Orientador: Carmen Regina [UINESP] Marcati / Resumo: Estudos intraespecíficos com procedências replicadas em diferentes locais permitem distinguir o efeito do genótipo e do ambiente no crescimento e na estrutura anatômica das plantas. Diante das previsões de intensificação dos períodos seca e o aumento da temperatura em todo o mundo, entender como a predisposição genética e o ambiente influenciam o crescimento das plantas e as características do xilema secundário é importante para estabelecer futuros padrões na distribuição de espécies arbóreas. Assim, neste trabalho, avaliamos o efeito da procedência e das condições ambientais na variabilidade intraespecífica do crescimento das árvores e da estrutura anatômica do xilema secundário de Balfourodendron riedelianum (Engl.) Engl. (Rutaceae). Comparamos o crescimento (estimado por meio da altura e do diâmetro do caule), a densidade da madeira, a condutividade hidráulica potencial e as características anatômicas do xilema secundário de árvores adultas de três procedências de B. riedelianum crescidas em dois plantios homogêneos como testes de procedências. Selecionamos 72 árvores de 30 anos de idade de B. riedelianum crescidas em um plantio homogêneo localizado na Estação Experimental de Luís Antônio e outro na Estação Experimental de Pederneiras, ambos no estado de São Paulo. O solo do plantio de Luís Antônio é argiloso e neste local há maior precipitação anual do que no plantio de Pederneiras, onde o solo é arenoso. As procedências vêm de sementes coletadas em populações naturais lo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Intraspecific studies with provenances replicated at different sites allow to distinguish the effect of genotype and environment on the growth and anatomical structure of plants. Considering predictions of drought intensification and increased temperature in wordwilde, understanding how genetic predisposition and environment influence plant growth and secondary xylem features is important to establishing future patterns in the distribution of tree species. Thus, in this work, we evaluated the effect of the provenance and environmental conditions on the intraspecific variability of tree growth and the anatomical structure of the secondary xylem of Balfourodendron riedelianum (Engl.) Engl. (Rutaceae). We compared growth (estimated from stem height and diameter), wood density, potential hydraulic conductivity, and anatomical features of the secondary xylem of adult trees of three provenances of B. riedelianum from two homogeneous plantations as provenances tests. We selected 72 trees of 30 years old of B. riedelianum grown in a homogeneous plantation located in the Experimental Station of Luís Antônio and another in the Experimental Station of Pederneiras, in the state of São Paulo. The plantations of Luís Antônio have clay soil and highest annual precipitation than the plantations of Pederneiras, where the soil is sandy. The provenances came from seeds collected in natural populations located in the city of Alvorada do Sul, state of Paraná, and from Bauru and Gália, state of Sã... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

The aim of this work was to analyse sugarcane RB (Republic of Brazil) clones as part of the series 93 of PMGCA-CECA/UFAL, to identify the best clones and evaluate the representativity of the areas where the essays were performed and so to subsidiary the recommendations of clones of the referred series which are in releasing process for commercial cultivation. The study was based on three competition essays using 23 sugarcane RB clones of the 93 series, and three varieties patterns (RB72454, RB83102 and SP79-1011). The essays were installed in 1998 in the following sugarcane mills: Caeté (UCA), in the city of São Miguel dos Campos-AL; Coruripe (UCO), in the city of Coruripe-AL; and Santo Antônio (USA), in the city of São Luis do Quitunde-AL. The selected environment were constituted of the combination of the number of cuts and places forming nine environments. The experimental design used was randomized block with four repetitions, being each formed by 104 replications (26 genotypes x 4 repetitions) each one of them composed of five furrows of 6 m in length, spaced as pattern used by the sugarcane mills. The evaluated caracters were PC (Pol of the cane), TCH (tons of cane for hectare) in three successive cuting (plant cane, first ratoon, and second ratoon). The initial statistic procedures were constituted of analysis of variance for each environment, followed by an analysis of evaluation of the significance of the interaction genotype x environment and the possibility to put together the environments where the genotypes did met show difference of performance. It was also estimated the parameters of stability and adaptability, according to methodology proposed by Eberhart and Russel (1966). Based on the obtained results, it was concluded that the best sugarcane RB clones of the 93 series were: RB931011, RB931530, RB931565, RB931566 and RB931611; and among the best clones, RB931011 and RB931566 had good environment adaptability, and those clones with ample adaptability were RB931530, RB931565 and RB931611. The best clones shown low stability in relation to their results. / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Este trabalho teve como objetivo a análise da série 93 de clones RB de cana-de-açúcar, do PMGCA-CECA/UFAL, com o intuito de identificar os melhores clones, e avaliar a representatividade dos locais onde foram realizados os ensaios, subsidiando as recomendações de cultivos de clones dessa série que estão em processo de liberação para o cultivo comercial. O estudo foi desenvolvido com base nos resultados de três ensaios de competição de 23 clones RB (República do Brasil) de cana-de-açúcar da série 93, e três variedades padrões (RB72454, RB83102 e SP79-1011), instalados no ano de 1998, nas usinas: Caeté (UCA), no município de São Miguel dos Campos-AL; Coruripe (UCO), em Coruripe-AL; e Santo Antônio (USA), em São Luis do Quitunde-AL. Os ambientes avaliados foram constituídos da combinação do número de cortes e locais, constituindo-se de nove ambientes. O delineamento utilizado foi em blocos ao acaso com quatro repetições, sendo cada experimento constituído de 104 parcelas (26 genótipos x 4 repetições), cada uma delas composta de cinco sulcos de seis metros de comprimento, espaçados conforme padrão adotado na usina. Os caracteres avaliados foram PC (Pol da cana), TCH (toneladas de cana por hectare) e TPH (toneladas de pol por hectare), em três cortes sucessivos (cana-planta, cana-soca e cana-ressoca). Os procedimentos estatísticos iniciais constituíram-se de análise da variância para cada ambiente, seguida de uma análise conjunta entre os ambientes, para avaliar a significância da interação genótipo x ambiente e a possibilidade de se agruparem os ambientes onde os genótipos não apresentem diferenças de comportamento (estratificação de ambientes). Em seguida, utilizando-se os dados médios da análise conjunta, foram estimados os parâmetros de estabilidade e adaptabilidade, segundo a metodologia proposta por Eberhart & Russell (1966). Com base nos resultados obtidos, pode-se concluir que os melhores clones da série 93 de cana-de-açúcar RB foram: RB931011, RB931530, RB931565, RB931566 e RB931611; dentre os melhores clones dessa série, aqueles com adaptabilidade para ambientes favoráveis são: RB931011 e RB931566; e aqueles com adaptabilidade ampla ou geral, são: RB931530, RB931565 e RB931611; os melhores clones dessa série apresentaram baixa estabilidade de seus resultados; a estratificação de ambientes evidencia as diferenças existentes entre estes, destacando a representatividade dos locais de experimentação utilizados pelo PMGCACECA/ UFAL.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T18:11:20Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 691583 bytes, checksum: 4ef3641fa5567e83a1b4ec4ac4985770 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T18:11:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 691583 bytes, checksum: 4ef3641fa5567e83a1b4ec4ac4985770 (MD5) Previous issue date: 2003-10-10 / A guaranaicultura vem se tornando importante atividade agrícola no Estado do Amazonas, onde existe grande variação ambiental, principalmente em se tratando de seus solos e da atual expansão de seu plantio, que vem atingindo novos locais e regiões. Desta forma, a cultura é submetida a diversos fatores de ordem física, como no caso do tipo de solo, do clima e da aplicação de tecnologias modernas, a exemplo do uso de corretivos e fertilizantes, o que cria novas condições ambientais aos materiais genéticos que vêm sendo selecionados. O conhecimento da existência da interação genótipos x anos ou genótipos x locais e outros tipos de interações, de sua magnitude e também de sua significância, apesar de contribuir para melhorar a eficiência dos programas de melhoramento, não fornece informações detalhadas sobre o comportamento individual de cada genótipo, em relação aos fatores ambientais. Com essa finalidade, os dados deste estudo foram gerados em experimentos instalados em delineamento de blocos casualizados completos, com duas repetições, e em parcelas constituídas por três plantas, espaçadas 5 m x 5 m. Para atender aos objetivos propostos, foi fundamental a avaliação em várias condições de cultivo, para possibilitar o estudo das interações e, a partir destas, estimar os parâmetros adaptabilidade e estabilidade fenotípica dos clones de guaraná e também, com base nos coeficientes de repetibilidade, o número mínimo de medições necessárias para se obter o real valor genotípico dos materiais. Os resultados das análises biométricas têm como propósitos contribuir, orientar e adotar melhores estratégias de seleção para o Programa de Melhoramento Clonal do Guaraná da Embrapa Amazônia Ocidental (Centro de Pesquisa Agroflorestal da Amazônia Ocidental – CPAA), em Manaus, AM, além de identificar genótipos superiores, objetivando proporcionar aos produtores clones de bom desempenho produtivo e adequado às condições disponíveis de cultivo. Os resultados alcançados neste trabalho indicaram a existência de expressiva variabilidade entre os clones e interação significativa de genótipos x ambientes, com predominância da fração comfplexa e de condições favoráveis à seleção, em razão dos altos coeficientes de determinação genético (H 2 ) e da existência de relação CVg/CVe maior ou próxima de 1,0. Maior discriminação entre os clones avaliados foi verificada nos ambientes de alta potencialidade, ou seja, o local Maués, em solo de mata primária e capoeira, sendo neste último caso adubado. Com base no comportamento dos clones, foram detectados materiais com adaptabilidades ampla e específica às condições favoráveis e desfavoráveis, destacando-se o clone CMU871, com alta produção, boa estabilidade e alta adaptabilidade, ou seja, responsivo à melhoria das condições de cultivo; e o clone CMU619, que apresentou alta produção, porém com especificidade às condições favoráveis. Determinou-se que quatro anos de avaliação da produção são necessários para acessar o real valor dos clones, porém, para isso, deve-se excluir da análise a primeira produção mensurável. / Guarana culture is increasingly becoming an important agricultural activity in the state of Amazon, which presents great environmental variation, especially in soil and expanded planted area, reaching new places and regions. Thus, the culture is submitted to several physical factors such as type of soil, climate and modern technologies, e.g., correctives and fertilizers, creating new environmental conditions for the genetic materials being currently selected. Despite contributing to improving breeding program efficiency, knowledge about genotype x year or genotype x place interactions and other types of interactions, their magnitude as well as their significance does not supply detailed information on the individual behavior of each genotype in relation to the environmental factors. Thus, experiments were arranged in a randomized complete block design with two repetitions with plots being three 5 m x 5 m spaced plants. In order to meet the proposed objectives, evaluation under various cultivation conditions was fundamental to allow the study of interactions and based on these, to estimate the parameters adaptability and phenotypic stability of the guarana clones and also, based on the repeatability coefficients, the minimal number of necessary measurements to obtain the real genotypic value of the materials. The biometric analysis results aim at contributing to, guiding, and adopting improved selection strategies for the Guarana Clonal Breeding Program – Embrapa Amazonia Ocidental (Centro de Pesquisa da Amazonia Oriental – CPAA) in Manaus, AM, besides identifying superior genotypes to provide producers clones with good productive performance and adequate to the available cultivation conditions. The results obtained in this work indicate an expressive variability among clones and significant genotype x environment interaction, with a predominance of the complex fraction and favorable selection conditions, due to the high genetic determination coefficients (H 2 ) and CVg/CVe relation greater or close to 1.0 Greater discrimination among the clones evaluated was verified in highly potential environments, i.e., Maues, located in primary forest soil and second growth soil, being fertilized in the latter. Based on the behavior of the clones, amply and specifically adapted materials for favorable and unfavorable conditions were detected, especially clone CMU871,which displayed high production, good stability and high adaptability, i.e., was responsive to the improved cultivation conditions; and clone CMU619, which presented high production but with specificity under favorable conditions. It was determined that four years of production evaluation are necessary to assess the real value of the clones. However, the first measurable production must be excluded from the analysis. / Tese importada do Alexandria

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T17:10:29Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 309233 bytes, checksum: 9e8efff48a55efc0f6b3c979b9f44766 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T17:10:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 309233 bytes, checksum: 9e8efff48a55efc0f6b3c979b9f44766 (MD5) Previous issue date: 2003-07-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O sucesso na condução de um programa de melhoramento de plantas autógamas é dependente de decisões acertadas nas suas etapas iniciais. Um questionamento freqüente é como os genitores deverão ser cruzados para obtenção das populações segregantes. Visto que, na cultura do feijoeiro, existem poucos estudos a esse respeito, o presente estudo teve como objetivos avaliar o comportamento de populações segregantes de feijoeiro oriundas de híbridos simples e duplos, predizer o potencial dessas populações com vista à extração de linhagens com produtividade superior a cultivar Valente e avaliar o efeito da interação genótipos x safras na predição do potencial genético de populações segregantes de feijão. Assim, foram cruzados 40 genitores obtendo-se, inicialmente, 20 híbridos simples, posteriormente, estes foram combinados num esquema de dialelo circulante obtendo-se, 20 híbridos duplos. Os experimentos foram conduzidos na estação experimental de Coimbra/UFV, Minas Gerais. As 40 populações segregantes oram avaliadas nas gerações F 4 , F 5 e F 6 , juntamente com nove testemunhas, nas safras da seca, do inverno e das águas, respectivamente, visando estimar, entre outros efeitos, o efeito da interação populações segregantes safras. O delineamento experimental utilizado foi o látice triplo 7 x 7 com parcelas de quatro linhas de quatro metros. Utilizando dados de produtividade de grãos (gramas/planta) e a variância dentro das populações foi estimada a probabilidade de uma dada população produzir linhagens que supere, em 20%, a produtividade da cultivar Valente segundo a metodologia de JINKS & POONI (1976). Tanto com base nas produtividades de grãos (kg/ha) como na predição do potencial das populações em gerar linhagens promissoras não foram observadas diferenças entre as populações oriundas de híbridos simples e aquelas populações oriundas de híbridos duplos, indicando que o número de genitores envolvidos no cruzamento não foi determinante no desempenho final das populações segregantes. Foi constatado efeito significativo da interação populações segregantes x safras, cuja natureza foi predominantemente complexa, advertindo sobre a necessidade de condução e avaliação das populações segregantes nas diferentes safras da cultura do feijoeiro. / The success in conducting a breeding program of self-pollinated plants depends on the decisions made in its initial steps. A frequent question is how the parents will have to be crossed in order to obtain segregant populations. Since, in common bean, few works exist that can help this decision, this study had as goals to evaluate the performance of segregant populations derived from single-cross and double-cross hybrids, to predict the potencial of that populations for lines extraction with surpass grain yield of Valente cultivar and evalute the effect of segregant populations x sowing dates interaction in the prediction of the genetic potencial of common bean segregant populations. Thus, 40 parents were crossed obtaining 20 single-cross hybrids. These hybrids were intercrossed according to the cycle diallel procedure obtaining, in that way, 20 double-cross hybrids. The experiment was conducted in Coimbra/ UFV experimental station, Minas Gerais. The populations were evaluated in the F 4 , F 5 and F 6 generation, with nine checks, the sowing dates being in dry, winter and wet seasons of 2002, respectively, aiming to study the effects of the interaction of segregant populations x sowing dates. The experimental design used was 7 x 7 triple lattice with plots of four lines, 4m long. Grain yield data (grams/plant) and genetic variance within the populations were used to estimate the probability of a given population to produce lines that could surpass grain yield of Valente cultivar by 20 percent, according to JINKS & POONI (1976) methodology. Based in average grain yield (Kg/ha) and also in the prediction of the populations potential of producing promising lines, any difference between the populations from single-cross hybrids and double-cross hybrids wasn t observed, indicating that the number of parents involved in the crossing to obtain the segregant populations wasn t determinant in the final performance of the segregant populations. The segregant populations x sowing dates interaction was significative, its nature was predominantly complex, warning about the necessity of the conduction and evaluation of segregant populations in the different sowing dates of the common bean culture. / Dissertação importada do Alexandria

OLIVEIRA, Frederico Inácio Costa de. Avaliação de genótipos de meloeiro quanto à resistência à mosca minadora. 2014. 54 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Agronomia / Fitotecnia, Fortaleza-CE, 2014 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-08-19T13:05:24Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_ficoliveira.pdf: 1387035 bytes, checksum: 44e7b3326944ccdacf271e37e21eb784 (MD5) / Approved for entry into archive by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-08-19T13:05:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_ficoliveira.pdf: 1387035 bytes, checksum: 44e7b3326944ccdacf271e37e21eb784 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-19T13:05:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_ficoliveira.pdf: 1387035 bytes, checksum: 44e7b3326944ccdacf271e37e21eb784 (MD5) Previous issue date: 2014 / The melon (Cucumis melo L.) is one of the most important vegetables in the world. Given its peculiarities, as its short cycle and staggered planting, pest control culture is prejudiced, being spent every year large amounts of pesticides to control the miner fly (Liriomyza sativae Blanchard) in melon, which, since 2000, appears as the key pest. The genetic control among the control measures is the ideal medium to circumvent the damage caused by this insect alternative. Thus, the aim of this work to evaluate a collection of Cucumis melo L. germplasm for resistance to miner fly (Liriomyza sativae); resistant accessions to identify and correlate the variables within and between experiments and field cage in field and cage were tested 58 melon genotypes for resistance to leaf miner, 49 accesses the Active Germplasm Bank of melon Embrapa Vegetables, five accessions of the Germplasm Bank of Cucurbits for the Brazilian Northeast and four commercial hybrids. The work was divided into two experiments: field and cage. The field experiment was conducted at the Experimental Station of Pacajus – CE, of the Embrapa Tropical Agroindustry (CNPAT), from December 2012 to February 2013 in a completely randomized design with two replications and six plants per plot. The experiment was conducted in cages in the Laboratories of Entomology and of Plant Breeding and Genetic Resources, in Fortaleza, during the period March 2013 to ammonium in a completely randomized design with six replications, each plant, subjective score based on infestation and number of mines per leaf - in the field: a portion of the following characteristics were evaluated and cage - number of mines per leaf chlorophyll content of leaves and colorimetry. Data were submitted to Kruskal-Wallis test. To determine the degree of relationship between variables, we calculated the Pearson correlation coefficient. The results revealed statistically significant differences among accessions for all variables. Genotypes 16, 48 and 51 showed favorable results for resistance in both experiments, so are best suited for future research focusing on improving introgression of resistance in melon L. sativae. / O meloeiro (Cucumis melo L.) é uma das hortaliças de maior relevância no mundo. Dada suas peculiaridades, como seu ciclo curto e plantio escalonado, o controle fitossanitário da cultura é prejudicado, sendo gasto todos os anos grande volume de defensivos agrícolas para controlar a mosca minadora (Liriomyza sativae Blanchard) no meloeiro, que, desde 2000, aparece como a praga chave da cultura. O controle genético, dentre as medidas de controle, é a alternativa ideal para contornar os danos causados por esse inseto. Com isso, objetivou-se com esse trabalho: Avaliar uma coleção de germoplasma de Cucumis melo L. quanto à resistência à mosca minadora (Liriomyza sativae); identificar acessos resistentes e correlacionar as variáveis analisadas dentro e entre os experimentos de campo e de gaiola.. Foram testados, em campo e em gaiola, 58 genótipos de meloeiro quanto a resistência à mosca minadora, sendo 49 acessos do Banco Ativo de Germoplasma de Melão da Embrapa Hortaliças (Brasília-DF), cinco acessos do Banco de Germoplasma de Cucurbitáceas para o Nordeste Brasileiro e quatro híbridos comerciais. O trabalho foi dividido em dois experimentos: campo e gaiola. O experimento de campo foi realizado no Campo Experimental de Pacajus-CE da Embrapa Agroindústria Tropical (CNPAT), no período de dezembro de 2012 a fevereiro de 2013, em um delineamento inteiramente casualizado, com duas repetições e seis plantas por parcela. O experimento nas gaiolas foi realizado nos laboratórios de Entomologia e de Melhoramento e Recursos Genéticos Vegetais da Embrapa Agroindústria Tropical, em Fortaleza-CE, durante o período de março a maio de 2013, em um delineamento inteiramente casualizado, com seis repetições, sendo cada planta uma parcela Foram avaliadas as seguintes características: no campo - nota subjetiva com base na infestação e número de minas por folha; e, em gaiola - número de minas por folha, teor de clorofila e colorimetria das folhas. Os dados foram submetidos ao teste de Kruskal-Wallis. Para determinar o grau de relação entre as variáveis estudadas, calculou-se o coeficiente de correlação de Pearson. Os resultados revelaram diferença estatística entre os acessos para todas as variáveis estudadas. Os genótipos CNPH 11-282, CNPH 11-1072 e CNPH 11-1077 apresentaram resultados favoráveis para resistência em ambos os experimentos, portanto são os mais indicados para pesquisas futuras em melhoramento com enfoque na introgressão da resistência à L. sativae em meloeiro.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-06-04T18:27:54Z No. of bitstreams: 1 ludmila_n_rocha_ioc_bp_0020_2010.pdf: 2174715 bytes, checksum: ebf8bfd1505512fa4a3904c3dc6b97f6 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-04T18:27:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ludmila_n_rocha_ioc_bp_0020_2010.pdf: 2174715 bytes, checksum: ebf8bfd1505512fa4a3904c3dc6b97f6 (MD5) Previous issue date: 2010 / Instituto Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Em todo o mundo as gastroenterites infantis agudas causadas por rotavírus do grupo A (RV-A) estão associadas a cerca de 611.000 mortes por ano. RV-A pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus, e são constituídos de onze segmentos de RNA dupla-fita que codificam para seis proteínas estruturais (VPs) e seis proteínas não-estruturais (NSPs). Os genótipos de RV-A são definidos por dois genes que codificam para as duas proteínas do capsídeo externo, VP4 (P) e VP7 (G). Estudos epidemiológicos demonstraram que mundialmente cinco genótipos G são mais frequentes: G1-G4 e G9; em associação com os genótipos P [8], P [4] ou P [6]. Em 2005 houve a re-emergência do genótipo G3 em crianças internadas em um hospital público no Rio de Janeiro, em concordância com a emergência desse genótipo em diversas partes do mundo, principalmente nos países asiáticos. O objetivo do presente estudo é determinar a relação entre os genes VP4, VP7 e NSP4 de RV-A genótipo G3 isoladas no Rio de Janeiro entre 1996 e 2009. A análise filogenética realizada a partir das seqüências de nucleotídeos dos genes do VP7, VP4 e NSP4 demonstrou que as amostras que circularam em 1996 e 1997 no Rio de Janeiro são distintas daquelas que foram isoladas em 2005 e 2006, sugerindo uma possível introdução deste genótipo no Rio de Janeiro. Em 2009, mais amostras de RV-A G3 foram detectadas no Rio Grande do Sul. A análise dos três genes estudados demonstrou estreita relação genética com as amostras isoladas em 2005. Recentemente, um novo sistema de classificação de rotavírus foi proposto, em que todos os 11 segmentos do genoma de RNA são utilizados e valores de cut-off foram determinados para diferenciar os genótipos. Segundo essa nova classificação, todas as amostras desse estudo foram classificadas como pertencentes aos genótipos G3 – P[8] – E1 para VP7, VP4 e NSP4, respectivamente. Em todos os genes estudados foram observadas mutações pontuais em regiões antigênicas, porém são necessários mais estudos para avaliar a importância na estrutura e função das proteínas. Foram evidenciados eventos de reestruturação genômica entre amostras humanas para o gene que codifica para VP4 (VP8*), os quais podem estar relacionados a uma vantagem adaptativa para o vírus. Os resultados do presente estudo confirmam a importância do monitoramento contínuo e da caracterização molecular das amostras de RV-A a fim de obter melhor entendimento da epidemiologia e a evolução dos RV-A genótipo G3. / Acute gastroenteritis caused by group A rotaviruses (RV-A) are associated to nearly 611,000 deaths of children worldwide per year. RV-A belong to the family Reoviridae, genus Rotavirus, and are characterized by having a segmented genome, composed of 11 segments of double-stranded RNA that encodes six structural proteins (VPs) and six non-structural proteins (NSPs). The genotypes of RV-A are defined by two genes that codify the two outer proteins, VP4 (P) and VP7 (G). Epidemiological studies in several parts of the world have indicated that there are five most common G genotypes: G1-G4 and G9; in association with P [8], P [4] or P [6] genotypes. In 2005, genotype G3 has emerged in hospitalized children in a public hospital in Rio de Janeiro, corroborating the global emergence of this genotype, especially in Asian countries. The present study aims to determine the relationship between the genes VP4, VP7 and NSP4 of stool samples positive for RV-A genotype G3 isolated in Rio de Janeiro between 1996 and 2006. Phylogenetic analyses carried out on the VP7, VP4 and NSP4 genes demonstrated that the samples that circulated in 1996 and 1997 in Rio de Janeiro are distinct from those that were detected in 2005 and 2006, which suggests a possible entering of a new G3 variant in Rio de Janeiro. In 2009, new samples of G3 were detected in Rio Grande do Sul. The analysis of the three studied genes demonstrated a straight genetic relation with the samples identified in 2005. A new rotavirus classification system has been recently proposed, in which all the 11 RNA genome segments are utilized and cut-off values were determinated to differ the genotypes. According to this new classification, all the samples in this study were characterized as genotypes G3 – P[8] – E1 to VP7, VP4 and NSP4, respectively. In all studied genes there were amino acids substitutions in antigenic regions, although more studies are necessary to evaluate the importance in the structure and protein functions. Genomic restructuration events in the VP4 (VP8*) codifying gene between human samples have been been described, which might be related to an adaptive advantage for the virus. The results of the current study confirm the importance of continuous monitoring and molecular characterization of RV-A samples with the purpose of a better understanding of RV epidemiology and evolution.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-07-17T17:10:52Z No. of bitstreams: 1 Desenvolvimento da PCR em Tempo Real para.pdf: 2139383 bytes, checksum: 1075a6c994ede19cfbf82267ae9a76b9 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-17T17:10:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Desenvolvimento da PCR em Tempo Real para.pdf: 2139383 bytes, checksum: 1075a6c994ede19cfbf82267ae9a76b9 (MD5) Previous issue date: 2010 / CNPq e FAPESP / Fundação Oswaldo Cruz. Pavilhão Hélio Peggy e Pereira. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Giardia duodenalis (G. duodenalis) é um protozoário entérico patogênico distribuído mundialmente e apresenta amplo espectro de hospedeiros mamíferos, incluindo humanos. Isolados deste parasito possuem grande diversidade genética, apresentando sete genótipos (A-G) e diversos subtipos. No entanto, apenas os genótipos A e B infectam o homem e no subtipo A1 concentra-se o potencial zoonótico do parasito. Análise das sequências de amplicons de determinados marcadores moleculares demonstrou resultados discordantes na genotipagem de G. duodenalis evidenciando a necessidade de identificar novos marcadores. A proposta desse trabalho foi avaliar a aplicabilidade do locus da enzima málica (ME) comparando os resultados obtidos com o gene da β-giardina (βg) usando a PCR convencional seguida de sequenciamento para detecção e genotipagem de amostras clínicas. Foi desenvolvida uma PCR em Tempo Real - ME para detectar, quantificar e genotipar isolados de G. duodenalis diretamente de amostras de fezes. Foram usadas 100 amostras clínicas (83 humanas e 17 caninas) positivas segundo exame parasitológico e imunológico. A N - PCR convencional - βg amplificou 61% destas (52 amostras humanas e sete caninas) e todas foram caracterizadas como genótipo A, sendo 42 subtipo A1 (38 humanas e quatro caninas) e 19 subtipo A2 (16 humanos e três caninas). A N - PCR convencional - ME detectou apenas nove amostras (9%) positivas e todas pertencentes ao genótipo A, sendo seis humanas (quatro pertencentes ao subtipo A1, uma subtipo A2 e uma com subtipo indeterminado) e três caninas (todas A1). Ao correlacionar a genotipagem por ambos marcadores, observou-se concordância na identificação do genótipo. A comparação do limite de detecção da PCR convencional ME com a PCR em Tempo Real - ME demonstrou que esta última foi aproximadamente 10 4 vezes mais sensível. Análise estatística dos resultados obtidos com as réplicas da curva-padrão indicou reprodutibilidade do método e determinou que amostras negativas são aquelas com valores de Ct > 37. Desta forma, 71 amostras clínicas (71%) foram positivas na PCR em Tempo Real - ME com sonda para subtipo A1, destas 62 (87,3%) eram amostras humanas e nove (13,4%) caninas. A quantificação relativa de DNA de G. duodenalis nas amostras clínicas com a PCR em Tempo Real - ME, demonstrou que a concentração de cistos nas amostras analisadas variou de 4,21 ng a 204 fg (respectivamente, 22.000 e 1,0 cistos). A PCR em Tempo Real - ME apresentou maior sensibilidade em relação à N - PCR convencional - ME, indicando a necessidade de utilização de novos iniciadores, pois os utilizados encontram-se em regiões polimórficas, como demonstrado pela análise das sequências de ME. Apesar da necessidade de mais estudos, os resultados obtidos neste trabalho indicam que a PCR em Tempo Real - ME possui potencial aplicabilidade nos estudos de epidemiologia molecular da giardíase. / Giardia duodenalis (G. duodenalis) is an intestinal protozoan parasite found worldwide in various mammalian hosts, including humans. G. duodenalis isolates display high genetic diversity with seven genotypes (A-G) and subtypes. However, only A and B assemblages have been detected in humans. The subtype A1 parasite presents the strongest zoonotic potential. Discordant genotyping and detection results of G. duodenalis isolates have been previously reported using amplicon sequence analysis from certain molecular markers. Therefore, this leads to the search of novel ones. The purpose of this work was to compare conventional PCR, followed by sequencing, using malic enzyme (ME) and β-giardin gene (βg) as molecular markers for the detection and genotyping of the parasite found in faecal samples. Likewise, an approach involving Real Time PCR - ME for detecting, quantifying and genotyping G. duodenalis isolates was developed. We collected 100 positive faecal samples (83 humans and 17 canines) according to parasitological exam and immunoassays. N - PCR - βg detected 61 positive samples (61%) from which 52 were human and seven were canine. All those samples were characterized as genotype A. Subtype A1 and A2 were determined in 42 (38 humans/4 canines) and 19 (16 humans/3 canines) samples, respectively. However N - PCR - ME analyses revealed that only nine faecal samples (9%) were positive (6 humans/3 canines) for genotype A. Six human samples were subtyped as A1 (4), A2 (1) and one not-determined, and the three canine samples were subtype A2. However, when correlating the sample genotyping using both markers, we have observed an agreement in the identification of the genotypes. The comparison of the detection limit between the N - PCR - ME and the Real Time PCR - ME showed that the latter one was approximately 104-fold more sensitive. The statistical analysis of the data from the standard curve replicates indicated reproducibility of the method. Furthermore, Ct values > 37 were established as an indicative for negative samples. Therefore, Real Time PCR - ME analysis revealed that 71 samples (71%) were positive for subtype A1 from which 62 (87.3%) and nine (13.4%) samples were humans and canines, respectively. The relative quantification of G. duodenalis DNA in the clinical samples using Real Time PCR - ME varied from 4.21 ng to 204.0 fg corresponding to 22.000 and one cyst, respectively. Overall, Real Time PCR – ME analysis showed to be more sensitive than N - PCR - ME. It, thus, suggest the need to design different primers, because the ones used were within a polymorphic region of the ME sequence. Although more investigation is yet to be done, the results achieved in this work indicate that Real Time PCR - ME has a great potential in the applicability for molecular epidemiological studies of giardiasis.

A fibrose cística (FC) é diagnosticada na presença de achados fenotípicos, história familiar ou triagem neonatal positiva acompanhada de evidência laboratorial de disfunção da CFTR, seja pelo teste do suor, diferença de potencial nasal ou pela identificação de duas mutações conhecidas como causa de FC nos genes da CFTR. Objetivos: Avaliar a contribuição da análise molecular do gene CFTR na investigação diagnóstica da fibrose cística em pacientes com suspeita de FC leve ou doença atípica. Secundariamente, comparar as características dos pacientes em 3 grupos: grupo com identificação de duas mutações conhecidas como causadoras da FC, grupo com identificação de apenas uma mutação e grupo sem mutação identificada. Métodos: Estudo transversal em adolescentes e adultos (≥14 anos). Os pacientes foram submetidos à avaliação clínica, laboratorial e radiológica; espirometria, microbiologia do escarro, ecografia hepática, teste do suor e análise molecular do gene CFTR. Resultados: Foram avaliados 37 pacientes com achados fenotípicos de FC, com ou sem confirmação pelo teste do suor. Houve predomínio do sexo feminino (75,7%) com média de idade de 32,5 ± 13,6 anos. A análise molecular contribuiu para o diagnóstico definitivo de FC em 3 casos (8,1%) dentre 37 pacientes em avaliação. Em 7 pacientes (18,9%) foram identificadas apenas uma mutação causadora de FC e em 26 pacientes (70,3%) não foram identificadas mutações. Nenhuma característica clínica estudada se associou com o diagnóstico genético. A mutação p.F508del foi a mais comum, encontrada em 5 pacientes. A associação de p.V232D e p.F508del foi encontrada em 2 pacientes. Outras mutações encontradas foram: p.A559T, p.D1152H, p.T1057A, p.I148T, p.V754M, p.P1290P e p.R1066H e p.T351S. Conclusão: A análise molecular da região codificante do gene CFTR apresentou contribuição limitada para investigação diagnóstica de pacientes com suspeita de fibrose cística leve ou doença atípica. Além disso, não houve associação entre as características clínicas e o diagnóstico genético. / Cystic fibrosis (CF) is diagnosed in the presence of phenotypic findings, family history or positive neonatal screening accompanied by laboratory evidence of CFTR dysfunction, either by sweat test, nasal potential difference or the identification of two mutations known to cause CF in the CFTR gene. Objectives: To evaluate the contribution of molecular analysis of CFTR gene in cystic fibrosis diagnostic investigation in patients with suspected mild FC or atypical disease. Secondarily, to compare the characteristics of patients into 3 groups: group with identification of two mutations known to cause CF, group with identification of just one mutation and group without mutations. Methods: Cross-sectional study in adolescent and adult (≥ 14 years). The patient underwent clinical, laboratory and radiological spirometry, sputum microbiology, liver ultrasound, sweat test and molecular analysis of the CFTR gene. Results: We evaluated 37 patients with phenotypic findings of FC, with or without confirmation by the sweat test. There was a predominance of females (75.7%) with a mean age of 32.5 ± 13.6 years. Molecular analysis contributed to the definitive diagnosis of CF in 3 cases (8.1%) among 37 patients under evaluation. In 7 patients (18.9%) were identified only one mutation that causes CF and in 26 patients (70.3%) were not identified mutations. No clinical feature studied was associated with genetic diagnosis. The P.F508del mutation was the most common, found in 5 patients. The association p.V232D and p.F508del was found in 2 patients. Other mutations found were: p.A559T, p.D1152H, p.T1057A, p.I148T, p.V754M, and p.P1290P p.R1066H and p.T351S. Conclusion: Molecular analysis of the CFTR gene coding region showed limited contribution to the diagnostic investigation of patients with suspected cystic fibrosis mild or atypical disease. Moreover, there was no association between clinical features and genetic diagnosis.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:54:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 382768 bytes, checksum: 5901385480e681996480ad2d4e438ea7 (MD5) Previous issue date: 2009-07-28 / The objective of the present study was to find the digestible lysine requirement and to evaluate nutritional plans for barrows of two different genetic lines. Different digestible lysine levels were tested to evaluate performance and carcass characteristics. Ninety six barrows selected for lean deposition were used. The animals were distributed in experimental design of randomized blocks, with 4x2 factorial arrangements (four digestible lysine levels and two genetic lines), six replications and two animals per experimental unit. The treatments corresponded of three sequences of digestible lysine levels inside four nutritional plans: P1= 0,80 - 0,70 - 0,60%; P2= 0,90 - 0,80 - 0,70%; P3= 1,00 - 0,90 - 0,80% e P4= 1,10 - 1,00 - 0,90% used in the phases of 63 to 103; 104 to 133 and 134 to 163 days old, respectively. Two experiments were carried out with this work, one of digestible lysine levels during the period of 63 to 103 days old, in which were evaluated digestible lysine levels of (0.8; 0.9; 1.0 e 1.1%), and another of nutritional plans during the period of 63 to 163 days old,. There wasn t found statistical interaction (P>0.05) between the genetic lines and lysine levels in pig performance and carcass characteristics. The daily lysine intake was affected (P<0.01) and increased linearly with the sequence of digestible lysine levels. The line two has better carcass characteristics (loin eye area, back fat thickness and lean %) than the line one in the phase from 63 to 103 days old (P<0.05). The level of 0.8% digestible lysine supplied animal s requirement of both genetic lines, during the phase of 63 to 103 days old, with an average daily intake of 16.60 grams of digestible lysine. The treatment one (0.8; 0.7; 0.6% of digestible lysine level) supplied animal's requirement as a nutritional plan in the phases of (63 to 103, 104 to 133 and 134 to 163 days old) respectively, with an average daily intake of 17.50 grams of digestible lysine. / Objetivou-se com este estudo determinar níveis de lisina digestível e avaliar planos de nutrição para suínos machos castrados de duas linhagens genéticas. Foram utilizados 96 suínos, selecionados para deposição de carne na carcaça, distribuídos em delineamento experimental de blocos ao acaso, em esquema fatorial 4 x 2 (quatro seqüências de lisina digestível e duas linhagens) seis repetições e dois animais por unidade experimental. Os tratamentos corresponderam às seguintes seqüências de níveis de lisina digestível em forma de planos de nutrição: P1= 0,80 - 0,70 - 0,60%; P2= 0,90 - 0,80 - 0,70%; P3= 1,00 - 0,90 - 0,80% e P4= 1,10 - 1,00 - 0,90% utilizados respectivamente nas fases de 63 a 103; 104 a 133 e de 134 a 163 dias de idade. Os resultados foram discutidos de forma segmentada em duas etapas, na primeira foram avaliados níveis de lisina digestível (0,8; 0,9; 1,0 e 1,1%) dos 63 aos 103 dias de idade. Na segunda foram avaliados planos nutricionais do período completo (63 aos 163 dias). Não foi verificada interação significativa entre os níveis de lisina com as linhagens genéticas em relação ao desempenho e às características de carcaça dos animais. O consumo de lisina médio diário (CLMD) foi estatisticamente diferente entre os níveis de lisina e aumentou de forma linear à medida que o nível de lisina aumentou nas dietas. No período de 63 aos 103 dias de idade houve diferença entre as linhagens avaliadas, a linhagem dois foi melhor em comparação com a linhagem um, em relação as características de carcaça (área de olho de lombo, espessura de toucinho e quantidade de carne na carcaça). No experimento, dos 63 aos 103 dias de idade, o nível de 0,8% de lisina digestível atendeu as exigências nutricionais dos animais das duas linhagens com o consumo médio diário de 16,60 gramas de lisina digestível. Os níveis de (0,8; 0,7 e 0,6% de lisina digestível) atendem as exigências nutricionais dos animais das duas linhagens genéticas testadas nos períodos de (63 a 103; 104 a 133 e 134 aos 163 dias respectivamente), o que equivaleu a um consumo médio diário de 17,50 gramas de lisina digestível.

Orientador: Maria Inês M. C. Pardini / Banca: Giovanni Faria Silva / Banca: Isabel Maria Vicente Guedes de Carvalho Mello / Resumo: A identificação dos diferentes genótipos e subtipos do VHC tem sido útil para o entendimento da evolução da doença e da epidemiologia do vírus em relação a fatores de risco. Atualmente, os métodos de genotipagem assim como a região do genoma viral a ser utilizada constituem temas de discussão. O presente trabalho teve por objetivo comparar a metodologia de hibridização reversa (kit comercial INNO-LiPAÒ v1.0) ao seqüenciamento direto das regiões 5'UTR, NS5B e core do genoma do VHC. Foram utilizadas 92 amostras de plasma de pacientes do Ambulatório de Hepatites da Disciplina de Gastroenterologia Clínica da Faculdade de Medicina de Botucatu (UNESP). Dentre as 92 amostras constituintes deste trabalho, 64 foram selecionadas aleatoriamente e 28 foram escolhidas segundo a genotipagem prévia realizada com o kit INNO-LiPAÒ v.1.0. Dentre estas 28 amostras escolhidas, 10 foram genotipadas como 1a/1b, 2 como 2, 2 como 5, 7 apenas como 1 e 7 foram inconclusivas para a genotipagem com o kit comercial. A genotipagem por seqüenciamento direto foi efetuada seguindo as etapas de: extração do RNA viral, transcrição reversa, amplificação das regiões 5'UTR, NS5B e 5'UTR-core por Nested-PCR, reação de marcação fluorescente e eletroforese em aparelho automático ABI 377 (Applied Biosystems). Todas as amostras puderam ser amplificadas para a região 5'UTR e 62 para NS5B. Para as 30 amostras que não puderam ser amplificadas para NS5B foi realizada a amplificação da região 5'UTR-core que se mostrou eficiente na amplificação de 28 (93%) das amostras. A análise de seqüência permitiu uma maior precisão na classificação viral. O seqüenciamento direto foi eficaz na solução de 100% dos resultados inconclusivos pela metodologia de hibridização reversa. Assim como já reportado na literatura o kit comercial INNO-LiPAÒ v.1.0 produziu resultados errôneos com... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The HCV genotypes and subtypes identification has been useful to understand the disease evolution and viral epidemiological regarding risk factors. Recently, the genotyping methods and viral genomic region used in viral typing have been very discussed in scientific community. The goal of this study was to compare the reverse hybridization methodology and sequencing of the HCV genomic regions 5'UTR, NS5B and core. Ninety-two plasma sample with viral RNA detected from patients assisted in the Department of Internal Medicine - Gastroenterology Division, Botucatu Medical School, University of São Paulo State - UNESP were used in this study. From these 92 samples, 64 were randomly selected and 28 choose according genotyping result by reverse hybridization. The genotyping by reverse hybridization were performed with INNO-LiPAÒ v.1.0, according manufacturer's instructions. To genotyping by sequencing viral RNA isolated from plasma samples was used as a source for RT-PCR amplification and automatic sequencing in ABI 377 sequencer (Applied Biosystems). All samples were amplified to 5'UTR genomic region and 62 to NS5B. From 30 samples that showed insucess in NS5B amplification, 28 (93%) were amplified to 5'UTR-core region with efficiency. The genotyping by sequencing allowed more precision in viral classification. The sequencing showed efficient in the resolution of the 100% of cases inconclusive by reverse hybridization. The genotyping by INNOLiPA Ò v.1.0 showed wrong results in relation of viral subtyping, corroborating previous results of the scientific literature. The sequencing also demonstrated at least a change of viral genotype when compared with INNO-LiPAÒ v.1.0, result that could influence the therapeutic decision, turning questionable the INNO-LiPAÒ v.1.0 efficiency to determine the viral genotypes, too. / Mestre