A predição da variância fenotípica é de grande importância para que os sistemas de produção de bovinos de corte consigam aumentar a rentabilidade otimizando o uso de recursos. Modelos mecanicistas dinâmicos do crescimento bovino vêm sendo utilizados como ferramentas de suporte à tomada de decisão em sistemas de manejo individual do gado. Entretanto, a aplicação desses modelos ainda fundamenta-se em parâmetros populacionais, sem qualquer abordagem para que se consiga capturar a variabilidade entre sujeitos nas simulações. Assumindo que modelos mecanicistas sejam capazes de simular o componente de desvio ambiental da variância fenotípica e considerando que marcadores SNPs possam predizer o componente genético dessa variância, esse projeto objetivou evoluir em direção a um modelo matemático que considere a variabilidade entre animais em seu nível genético. Seguindo conceitos de fisiologia genômica computacional, nós assumimos que a variância genética da característica complexa (i.e. produto do comportamento do modelo) surge de características componentes (i.e. parâmetros dos modelos) em níveis hierárquicos mais baixos do sistema biológico. Esse estudo considerou dois modelos mecanicistas do crescimento de bovinos - Cornell Cattle Value Discovery System (CVDS) e Davis Growth Model (DGM) - e ao questionar se os parâmetros de tais modelos mapeariam regiões genômicas que englobam QTLs já descritos para a característica complexa, verificou as suas interpretações biológicas esperadas. Tal constatação forneceu uma prova de conceito de que os parâmetros do CVDS e do DGM são de fato fenótipos cuja interpretação pode ser confirmada através das regiões genômicas mapeadas. Um método de predição genômica foi então utilizado para computar os parâmetros do CVDS e do DGM. Os efeitos dos marcadores SNPs foram estimados tanto para os parâmetros quanto para os fenótipos observados. Nós buscamos qual o melhor cenário de predição - simulações dos modelos com parâmetros computados a partir das informações genômicas ou predição genômica conduzida diretamente nos fenótipos complexos. Nós encontramos que enquanto a predição genômica dos fenótipos complexos pode ser uma melhor opção em relação aos modelos de crescimento, simulações conduzidas com parâmetros obtidos a partir de dados genômicos estão condizentes com simulações geradas com parâmetros obtidos a partir de métodos regulares. Esse é o principal argumento para chamar atenção da comunidade científica de que a abordagem apresentada nesse projeto representa um caminho para o desenvolvimento de uma nova geração de modelos nutricionais aplicados capazes de capturar a variabilidade genética entre bovinos de corte confinados e produzir simulações com variáveis de entrada específicas de cada genótipo. Esse projeto é a primeira abordagem no Brasil conhecida dos autores a usar genótipos Bos indicus para o estudo da aplicação de genômica integrada à modelos mecanicistas para o manejo e comercialização de animais na pecuária. / The prediction of phenotypic variance is important for beef cattle operations to increase profitability by optimizing resource use. Dynamic mechanistic models of cattle growth have been used as decision support tools for individual cattle management systems. However, the application of such models is still based on population parameters, with no further approach to capture between-subject variability. By assuming that mechanistic models are able to simulate environmental deviations components of phenotypic variance and considering that SNPs markers may predict the genetic component of this variance, this project aimed at evolving towards a mathematical model that takes between-animal variance to its genetic level. Following the concepts of computational physiological genomics, we assumed that genetic variance of the complex trait (i.e. outcome of model behavior) arises from component traits (i.e. model parameters) in lower hierarchical levels of biological systems. This study considered two mechanistic models of cattle growth - Cornell Cattle Value Discovery System (CVDS) and Davis Growth Model (DGM) - and verified their expected biological interpretation by asking whether model parameters would map genomic regions that harbors QTLs already described for the complex trait. This provided a proof of concept that CVDS and DGM parameters are indeed phenotypes whose expected interpretations may be stated by means of their mapped genomic regions. A method of genomic prediction to compute parameters for CVDS and DGM was then used. SNP marker effects were estimated both for their parameters and observed phenotypes. We looked for the best prediction scenario - model simulation with parameters computed from genomic data or genomic prediction on complex phenotypes directly. We found that while genomic prediction on complex phenotypes may still be a better option than predictions from growth models, simulations conducted with genomically computed parameters are in accordance with those performed with parameters obtained from regular methods. This is the main argument to call attention from the research community that this approach may pave the way for the development of a new generation of applied nutritional models capable of representing genetic variability among beef cattle under feedlot conditions and performing simulation with inputs from individual\'s genotypes. To our knowledge, this project is the first of this kind in Brazil and the first using Bos indicus genotypes to study the application of genomics integrated with mechanistic models for the management and marketing of commercial livestock.

Quarenta vacas lactantes e não gestantes, com idade aproximada de quatro anos e seus respectivos bezerros foram distribuídos em blocos, de acordo com a data do parto, e avaliadas dos 15 aos 180 dias de lactação. As vacas pertenciam a quatro grupos genéticos: 10 da raça Nelore (NE) com bezerros de touros Nelore; e 10 Canchim x Nelore (CN), 10 Angus x Nelore (AN) e 10 Simental x Nelore (SN) com bezerros filhos de touros da raça Canchim. As vacas cruzadas e as Nelore eram de origem do mesmo rebanho Nelore. As vacas foram alimentadas com uma única dieta peletizada contendo 50% de feno (15% de alfafa e 35% de Coastcross) e 50% de concentrado, com 16,1% PB e 2,24 Mcal EM, com base na MS. A quantidade de alimento fornecida foi ajustada a cada 14 dias para que o peso vivo em jejum (PVj) e o escore de condição corporal (ECC) da vaca ficassem inalterados. O PVj e ECC para as vacas NE, CN, AN e SN foram: 430 e 4,7; 449 e 4,8; 496 e 5,0; 507 e 5,1; respectivamente. Os bezerros receberam a mesma dieta a partir dos 40 dias de idade. A produção de leite das vacas foi determinada pelo método de pesagem dos bezerros antes e após a mamada aos 52, 66, 94, 122 e 178 dias de lactação, em média. Foi realizada ordenha manual aos 80 e 150 dias, para se estimar a composição do leite. As vacas NE consumiram menos energia metabolizável (19,7 Mcal/d; P<0,05) do que as vacas CN (20,6 Mcal/d), AN (23,1 Mcal/d) e SN (23,7 Mcal/d), valores positivamente correlacionados à produção de leite (P<0,05). Bezerros Nelore apresentaram menor peso ao desmame (P<0,05) do que os bezerros ¾Canchim¼Nelore (¾C¼N), ½Canchim¼Angus¼Nelore (½C¼A¼N) e ½Canchim¼Simental¼Nelore (½C¼S¼N) (165,8 vs. 205,5; 216,4 e 215,4 kg, respectivamente). Associado ao menor ganho de peso durante o aleitamento, os bezerros Nelore apresentaram menor (P<0,05) ingestão de energia metabolizável (Mcal de leite + Mcal de ração). Os bezerros foram abatidos ao desmame e a composição química do corpo vazio estimada utilizando a 9- 10- 11a costelas. A energia no corpo vazio foi maior (P<0,05) para os bezerros ½C¼A¼N (462,6 Mcal) em relação aos ¾C¼N (384,0 Mcal) e Nelore (321,8 Mcal); a quantidade de energia no corpo vazio para os bezerros ½C¼S¼N foi intermediária; 429,8 Mcal. A eficiência energética da unidade vaca/bezerro foi maior (P<0,05) para o grupo materno AN (124,4 kcal de bezerro desmamado/Mcal EM ingerida por vaca e bezerro) comparada ao par NE/Nelore (95,8 kcal/Mcal). Os pares Canchim e Simental foram intermediários, 105,2 e 107,0 kcal/Mcal, respectivamente. Portanto, a maior energia no corpo vazio e maior ganho de peso dos bezerros ½C¼A¼N mais do que compensou a ingestão mais elevada de energia metabolizável da unidade vaca/bezerro em comparação ao Nelore. Pode-se considerar que para as condições estabelecidas neste experimento, cujo delineamento não apresentava limitação nutricional, o cruzamento melhorou a eficiência da vaca, quando considerada a proporção de energia total consumida que foi depositada nos bezerros. Entretanto, não houve avaliação de parâmetros reprodutivos, e o menor consumo e exigência de MS e EM estabelecido para a vaca Nelore sugere que em ambiente nutricional desfavorável este genótipo poderia apresentar melhor produtividade. / Forty mature, lactating and non-pregnant cows (10 Nellore - NL; 10 Canchim x Nellore - CN; 10 Angus x Nellore - AN; and 10 Simmental x Nellore - SN) were randomized in blocks by calving date. Calves out of crossbred cows were sired by Canchim bulls, while calves out of NL cows were sired by Nellore bulls. Cows were individually fed from postpartum to weaning (15-180 d) a pelleted diet made of 50% hay (15% alfalfa and 35% Coastcross) and 50% concentrate. Diet had 16.1% CP and 2.24 Mcal of metabolizable energy (ME) on a DM basis. Amount offered to each individual cow was adjusted every 14 days to maintain shrunk body weight (SBW) and body condition score (BCS). SBW and BCS were 430 and 4.7, 449 and 4.8, 496 and 5.0, and 507 and 5.1 for NL, CN, AN and SN, respectively. At 40 days of age calves had access to the same diet of their dams ad libitum. Milk yields were determined at 52, 66, 94, 122 and 178 days postpartum by weighting calves before and after suckling. Cows were milked at 80 and 150 days postpartum and the samples analyzed for fat, protein, and lactose. Daily ME intake by NL cows (19.7 Mcal/d) was lower (P<0.05) compared to CN (20.6Mcal/d), AN (23.1 Mcal/d) and SN (23.7 Mcal/d). These results were positively correlated with milk yield (P<0.05). Nellore calves had lower weaning weight than crossbreds (P<0.05): 165.8 vs. 205.5 for ¾Canchim¼Nellore (¾C¼N), 216.4 for ½Canchim¼Angus¼Nellore (½C¼A¼N) and 215.4 kg for ½Canchim¼Simmental¼Nellore (½C¼S¼N). In association with the lowest weight gain, Nellore calves had lower (P<0.05) metabolizable energy intake (ME from milk plus ration, Mcal). Calves were slaughtered at weaning and body composition estimated using the 9-10-11th rib section. Body energy at weaning (Mcal) was higher (P<0.05) for ½C¼A¼N than ¾C¼N and Nellore calves: 462.6 vs. 384.0 and 321.8 Mcal, respectively. Calves ½C¼S¼N had intermediate body energy at weaning: 429.8 Mcal. Cow/calf energetic efficiency was higher (P<0.05) for AN compared to NL cow/calf pairs: 124.4 vs. 95.8 kcal deposited/Mcal of ME consumed by cow and calf. Results for Canchim and Simmental were intermediate: 105.2 and 107.0 kcal/Mcal, respectively. The higher ME intakes by Angus cow/calf pairs were more than compensated by the higher energy retention and body weight gain compared to NL. In an unrestricted nutritional setting, crossbreeding improved cow efficiency as measured by body energy/total feed energy input to cow and calf. Reproduction was not evaluated, and the lower intakes and daily energy requirements demonstrated for Nellore could be beneficial in a nutritionally limited environment.

A interação QTL por ambientes (QE) têm sido relatada como uma das principais causas de insucesso da seleção assistida por marcadores moleculares (SAM). Estudos que visam o melhor entendimento da interação QE podem contribuir para o aumento da eficiência dos programas de SAM. O objetivo deste trabalho foi mapear QTL para produção de grãos (PG), prolificidade (PROL), peso de 500 grãos (P500), comprimento (CE) e diâmetro de espiga (DE), profundidade de grão (PROF), número de fileiras (NFil) e de grãos por fileira (NGFil) em uma população de milho tropical, verificar a importância da interação QE para estes caracteres e avaliar a estabilidade dos efeitos genéticos dos QTL mapeados. Uma população de 256 progênies F2:3 obtida do cruzamento entre duas linhagens de grupos heteróticos distintos e contrastantes para diversos caracteres foi avaliada em 13 ambientes. Os ambientes foram alocados em grupo de ambientes utilizando um método de agrupamento e o modelo AMMI, sendo que ambos os métodos levaram a identificação de três grupos de ambientes. O mapeamento de QTL foi realizado considerando um mapa genético com 177 marcadores microssatélites e mapeamento por intervalo composto expandido para múltiplos ambientes (mCIM). As médias de grupo de ambientes para cada caráter foram utilizadas nas análises. Foram mapeados 87 QTL, sendo 9 para PG, 9 para PROL, 14 para P500, 7 para CE, 9 para DE, 14 para PROF, 17 para NFil e 8 para NGFil. A maioria dos QTL mapeados localizou-se em regiões genômicas que ainda não foram reportados QTL, tanto para germoplasma temperado quanto tropical. A interação QTL por grupo de ambientes foi significativa para PG e não significativa para os componentes de produção. Para PG, as metodologias QQE biplot e AMMI foram utilizadas para estudar a interação QE dos efeitos genéticos dos QTL. As estimativas dos efeitos aditivos e de dominância dos QTL foram influenciadas pela interação QTL por grupo de ambientes, sendo que o padrão de interação foi específico para cada efeito genético. A expressiva interação QTL por grupo de ambientes para PG e o padrão específico de interação dos efeitos genéticos dos QTL impõe desafios adicionais à incorporação da SAM nos programas de melhoramento que visam o desenvolvimento de genótipos produtivos e com estabilidade de produção. / QTL by environment (QE) interaction has been reported as one of the main reasons for the unsuccessful of marker-assisted selection (MAS). Studies aimed to a better understanding of QE interaction could contribute to increase the efficiency of MAS programs. The objectives of this study were to map QTL for grain yield (GY), prolificacy (PROL), 500 Kernels weight (W500), ear length (EL), ear diameter (ED), kernel depth (KD), row number per ear (RN) and kernels per row number (KRN) in a tropical maize population, to assess the importance of QE interaction for these traits and to evaluate the stability of the genetic effects of mapped QTL. A population of two-hundred and fifty-six progenies obtained from the cross between two inbred lines, which belong to different heterotic groups and divergent for different traits, was evaluated in 13 environments. The environments were jointed into groups using a cluster method and an AMMI model. Both methods led to the identification of three groups of environments. The QTL mapping was performed considering a genetic map with 177 microsatellites markers and the multiple-environment composite interval mapping analysis (mCIM). The means from each group of environments of each trait were used in the analyses. Eighty seven QTL were mapped: 9 for GY, 9 for PROL, 14 for W500, 7 for EL, 9 for ED, 14 for KD, 17 for RN and 8 for KRN. Most of the mapped QTL was located in genomic regions that have not been reported QTL in both temperate and tropical germplasm. The QTL by group of environments interaction was significant for GY and not significant for yield components. For GY, QQE biplot and AMMI methodologies were used to study the QE interaction of the genetic effects of the QTL. The estimates of additive and dominance effects of QTL were affected by QTL by group of environments interaction and the interaction pattern was specific for each genetic effect. The large QTL by group of environments interaction for GY and the specific interaction pattern of the genetic effects of QTL impose additional challenges for the incorporation of MAS in breeding programs that aim to develop high yielding genotypes with grain yield stability.

O Lúpus Eritematoso Sistêmico (LES) é uma doença auto-imune caracterizada pela deposição de imunocomplexos nos tecidos. O clareamento de imunocomplexos está comprometido no LES, contribuindo para a patogênese da nefrite lúpica. Os receptores Fcg (FcgR) participam do clareamento dos imunocomplexos contendo IgG, pois se ligam à porção Fc desta molécula. O FcgRIIa é um receptor que tem dois alelos co-dominantemente expressos, o R131 e o H131, os quais diferem na sua eficiência em se ligar a subclasses de IgG. Células que expressam o homozigoto FcgRIIa-H/H131 são as únicas que se ligam eficientemente a imunocomplexos contendo IgG2, enquanto as que expressam FcgRIIa-R/R131 o fazem de forma menos eficaz. Este polimorfismo tem sido descrito como fator de risco para nefrite lúpica, embora ainda haja controvérsias. O propósito do nosso estudo foi o de analisar, em uma população de nefrite lúpica e em outra de glomerulopatias primárias, a associação entre o genótipo FcgRIIa-R/R131 e a gravidade da doença renal na sua instalação (definida pelo momento da biópsia renal) e ao final do seguimento, bem como possíveis relações com aspectos histológicos renais. A genotipagem do receptor FcgRIIa foi realizada em 76 pacientes com nefrite lúpica e 63 com glomerulopatias primárias através da extração do DNA genômico, seguido de reação de polimerização em cadeia (PCR) e nested PCR, utilizando-se primers específicos. Os pacientes foram avaliados por parâmetros clínicos e laboratoriais. Setenta e um pacientes com nefrite lúpica realizaram biópsia renal, enquanto 5 que já se encontravam em hemodiálise não a realizaram. Pacientes com glomerulonefrite membranoproliferativa, nefropatia da IgA e glomerulonefrite proliferativa mesangial foram agrupados como glomerulopatias proliferativas enquanto os com glomeruloesclerose segmentar e focal, glomerulopatia de lesões mínimas ou glomerulonefrite membranosa foram agrupados como glomerulopatias não proliferativas. O homozigoto FcgRIIa-R/R131 foi mais prevalente no grupo com nefrite lúpica (42,1% de R/R131 e 14,5% de H/H131) em relação ao grupo com glomerulopatias primárias (23,8% de R/R131 e 23,8% de H/H131), dado este estatisticamente significativo (p<0.05). Houve segregação do genótipo FcgRIIa- R/R131 nos pacientes com nefrite lúpica quando comparados aos com glomerulopatias não proliferativas, mas não quando comparados aos com glomerulopatias proliferativas (p<0.05). Não houve diferença na distribuição genotípica do receptor FcgRIIa em relação a classe histológica de nefrite lúpica, tampouco em relação aos que evoluíram ou não para insuficiência renal (Pcr = 1,4mg/dl ao final do seguimento). Um aumento na frequência do genótipo FcgRIIa- R/R131 foi encontrado nos pacientes com nefrite lúpica apresentando níveis mais elevados de FAN (FAN>1/100) e consumo de complemento C3 (p<0,05), mas não naqueles com presença de anticorpos anti-dsDNA ou anti-fosfolípide (p>0,05). Estes achados sugerem que uma distribuição anormal dos genótipos do receptor FcgRIIa com predomínio do homozigoto R/R131 é um fator importante que pode influenciar o desenvolvimento de nefrite lúpica e de glomerulopatias proliferativas. O genótipo FcgRIIa-R/R131 também está relacionado com maior atividade lúpica (FAN>1/100 e consumo de C3) em pacientes brasileiros. / Systemic lupus erythematosus (SLE) is an autoimmune disease characterized by tissue deposition of immune complexes. Immune complex clearance is impaired in SLE, contributing to the pathogenesis of lupus nephritis. Fcg receptors (FcgR) participate in the clearance of the immune complexes containing immunoglobulin G, because they bind the Fc domain of this molecule. The FcgRIIa receptor has two co dominant alleles, R131 and H131. They differ in their efficiency to bind IgG subclasses. Cells expressing the homozygote FcgRIIa-H/H131 are the only ones, which bind efficiently immune complexes containing IgG2, whereas those expressing FcgRIIa-R/R131 do not. This polymorphism has been described as a risk factor for lupus nephritis. However, reports are still controversial. This study aims to establish the role of FcgRIIa polymorphism in the severity and prognosis of lupus nephritis compared to primary glomerulopathies, and whether it is related to histological findings or not. In 76 patients with lupus nephritis and 63 patients with primary glomerulopathies, genotyping of the FcgRIIa receptor was performed with standard PCR, followed by nested PCR using specific primers. The same patients were assessed according to clinical and laboratory patterns. Seventy-one patients with lupus nephritis underwent biopsy, while five did not since they were already under dialysis. Patients diagnosed as membranoproliferative glomerulonephritis, IgA glomerulonephritis and mesangial proliferative glomerulonephritis were grouped as proliferative glomerulopathies, while those with focal segmental glomerulosclerosis, membranous glomerulonephritis and minimal change disease were grouped as nonproliferative glomerulopathies. The homozygous FcgRIIa-R/R131 was more prevalent in lupus nephritis (42,1% being R/R131 and 14,5% H/H131) than in glomerulopathies (23,8% being R/R131 and 23,8% H/H131). These data were statistically significant (p<0.05). A segregation of the FcgRIIa-R/R131 genotype was found in patients with lupus nephritis compared to nonproliferative glomerulopathies, but not when compared to proliferative glomerulopathies (p<0.05). No relation was found between genotype distribution and histological class or renal insufficiency (end-study serum creatinine = 1.4 mg/dl). The genotype R/R131 was more prevalent in lupus nephritis patients presenting complement 3 (C3) consumption and higher antinuclear factor (ANF) titers, but not in those with antidouble- stranded DNA or antiphospholipid antibodies (p>0.05). We concluded that a skewed distribution of the FcgRIIa genotypes with R/R131 predominance may contribute to the development of lupus nephritis and proliferative glomerulopathy. In Brazilian patients, this polymorphism is also related to more intense lupus activity (ANF > 1/100 and C3 consumption).

FUNDAMENTOS: O polimorfismo e a atividade da enzima conversora da angiotensina (ECA) contribuem, de forma significante, na expressão fenotípica e no prognóstico de pacientes com cardiomiopatia. OBJETIVOS: Determinar o polimorfismo da ECA, realizar a sua dosagem sérica e correlacioná-los com o grau de hipertrofia miocárdica e o índice de massa do ventrículo esquerdo em pacientes com cardiomiopatia hipertrófica (CMH) nas formas familiar e não familiar. CASUÍSTICA E MÉTODO: Foram estudados 136 pacientes consecutivos com CMH (69 da forma familiar e 67 da forma não familiar) com média de idade de 40,53±17,45 anos, sendo 76 do sexo masculino. Os indivíduos foram submetidos ao ecocardiograma para obtenção das medidas do septo interventricular, parede posterior e massa do ventrículo esquerdo e coleta de sangue para determinação do polimorfismo e dosagem sérica da atividade da ECA. RESULTADOS: Quanto ao genótipo do polimorfismo do gene da ECA, encontramos DD 47(35%), ID 71(52%) e II 18 (13%), sendo que do genótipo DD 34% na forma familiar e 36% na forma não familiar. A média da atividade da ECA foi de 56.414±19.236 para os pacientes com CMH na forma familiar e de 55.085±22.634 para a forma não familiar (p = 0,714). A média do índice de massa do ventrículo esquerdo na forma familiar foi 154±63 g/m2 e na forma não familiar foi 174±57 g/m2 (p = 0,008). A média do septo interventricular nas formas familiar e não familiar foi, respectivamente, 19±5 mm e 21±5 mm (p = 0,020). A média da parede posterior do ventrículo esquerdo nas formas familiar e não familiar foi, respectivamente, 10±2 mm e 12±3 mm (p = 0,0001). Não observamos correlação entre o polimorfismo e o grau de hipertrofia miocárdica (p = 0,651). Houve correlação positiva entre a atividade da ECA e o índice de massa do ventrículo esquerdo (p = 0,038). Os pacientes com a forma familiar, pela curva de regressão logística, possuíam o risco de apresentar índice de massa maior ou igual 190 g/m2, somente com o dobro do valor da atividade da ECA, quando comparados aos pacientes com a forma não familiar (p = 0,022). CONCLUSÕES: Não houve diferença estatisticamente significante entre o genótipo do polimorfismo e da atividade da ECA nos pacientes com CMH nas formas familiar e não familiar. Não houve correlação entre o polimorfismo da ECA e o grau de hipertrofia miocárdica. Houve correlação positiva entre a atividade da ECA e o índice de massa do ventrículo esquerdo. / BACKGROUND: The polymorphism and the activity of the angiotensin converting enzyme (ACE) contributes of significant form in the phenotypic expression and the prognostic of patients with cardiomyopathy. OBJECTIVES: To determine the ACE polymorphism and ACE plasma levels in patients with hypertrophic cardiomyopathy (HCM) in the familial and nonfamilial forms and to correlate it with the degree of myocardium hypertrophy and with the left ventricular mass index. PATIENTS AND METHODS: 136 consecutive patients with HCM (69 of familial and 67 of nonfamilial forms) were studied. The mean age was 40.53±17.45 years, 76 were male. The individuals were submitted to the Echo-Doppler for the measurement of interventricular septum, wall thickness and the left ventricular mass index. The blood samples were taken for extraction of the DNA for the polymerase reaction and measurement of ACE plasma levels. RESULTS: Regarding the genotype of the ACE gene polymorphism, we found DD 47 (35%), ID 71 (52%) and II 18 (13%), being that of genotype DD 34% in the familial and 36% in the nonfamilial forms. The mean of the activity of the ACE was 56.414±19.236 for the patients with HCM in the familial form and 55.085±22.634 in the non familial form (p = 0.714). The mean of the left ventricular mass index in the familial form was 154±63 g/m2 and in the nonfamilial form was 174±57 g/m2 (p = 0.0080). The mean of interventricular septum in the familial and nonfamilial forms was 19±5 mm and 21±5 mm (p = 0.0200), respectively. The mean of the wall thickness in the familial and nonfamilial forms was 10±2 mm and 12±3 mm (p = 0.0001), respectively. We did not observe correlation between the polymorphism and the degree of myocardium hypertrophy (p = 0.651). A positive correlation between the activity of the ACE and the left ventricular mass index (p = 0.038) was observed. In patients with the familial form, using a logistic regression curve, they had the risk to present the left ventricular mass index >= 190 g/m2, only with the double of the value of the activity of the ACE, when compared with the patients in the nonfamilial form (p = 0.022). CONCLUSIONS: There was no difference between the patients with HCM in the familial and nonfamilial forms regarding genotype of the polymorphism and activity of the ACE. There was no correlation between the polymorphism of the ACE with the degree of myocardium hypertrophy. Positive correlation with the activity of the ACE and the left ventricular mass index was observed.

INTRODUÇÃO: A mudança nos critérios de introdução das drogas anti- retrovirais, assim como a dificuldade na manutenção da terapia anti-retroviral de alta eficácia, tem levado à descontinuação da terapêutica por longo período de tempo em alguns pacientes infectados pelo Vírus da Imunodeficiência Humana Adquirida-Tipo 1 (HIV-1). O objetivo deste estudo foi a caracterização dos fatores que levam à interrupção terapêutica e a avaliação da persistência da resistência aos anti-retrovirais após a interrupção da terapia anti-retroviral. MÉTODOS: Foram incluídos na pesquisa 150 pacientes de dois serviços de atendimento ambulatorial de atenção a pacientes infectados pelo HIV-1 da cidade de São Paulo, os quais se achavam em interrupção terapêutica havia pelo menos 6 meses. Os pacientes foram submetidos a um questionário e houve consulta aos prontuários. Foi realizada coleta de amostra de sangue para teste de genotipagem. O DNA pró-viral foi amplificado e seqüenciado para a região da protease e transcriptase reversa do vírus. As seqüências foram analisadas por meio do algoritmo de Stanford, sendo consideradas resistentes as amostras com resultado parcial ou completo de resistência a pelo menos uma droga. RESULTADOS: Dos 150 pacientes, 137 tiveram DNA do HIV-1 amplificado e seqüenciado, sendo que 38 (27,7%) apresentaram cepas resistentes. Entre os 38 pacientes com resistência, 29 (76,3%) apresentavam mutações para os análogos nucleosídeos inibidores da transcriptase reversa, 15 (39,4%) para os não análogos nucleosídeos inibidores da transcriptase reversa, e 5 (13,1%) para os inibidores da protease. A detectabilidade da carga viral antes da interrupção terapêutica foi o único fator associado com a resistência do vírus. Cento e dez (73,3%) pacientes suspenderam a medicação por orientação médica. A principal causa das interrupções terapêuticas foram os efeitos adversos para 58 (38,7%), seguida de 45 (30,0%) pacientes fora dos critérios atuais de início da terapia e/ou boas condições clínico/laboratoriais, e baixa adesão em 30 (20%). No ano anterior à pesquisa, 56 (37,3%) pacientes relataram relação sexual desprotegida e 130 (86,7%) mais que 2 parceiros. CONCLUSÕES: A freqüência de mutações de resistência revelou-se alta nesse grupo de pacientes. Tais mutações parecem ter um fitness semelhante ao das cepas selvagens, pois mesmo sem a pressão seletiva do medicamento por mais de 6 meses, mantiveram-se como cepas majoritárias. O aumento da carga viral, associado a comportamentos de risco, torna esses indivíduos uma fonte de cepas resistentes para a população, reforçando a necessidade de atenção especial para a prevenção da transmissão do HIV-1 nesse segmento de pacientes. / INTRODUCTION: Changes in guidelines for antiretroviral introduction and difficulties in maintaining Highly Active Antiretroviral Therapy have lead some physicians in Brazil to interrupt for long periods of time the treatment in some Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1) infected patients. The objective of this study was to evaluate the causes that influenced long term treatment interruption and to determine the frequency of resistant strains among these patients. METHODS: A total of 150 patients, previously treated with antiretroviral therapy and under treatment interruption TI for at least 6 months, were recruited from two HIV outpatients clinics in São Paulo city. Patients responded to a questionnaire and the medical records were also analyzed. Plasma samples were obtained to HIV-1 genotypic resistance test. DNA was amplified for the protease and reverse transcriptase gene. Sequences were analyzed using Stanford algorithm; samples were considered resistant if they resulted in partial or complete resistance to at least one drug. RESULTS: One hundred thirty seven of the 150 samples had their DNA amplified, 38 (27.7%) of them harboring a resistant strain. Nucleoside reverse-transcripatse inhibitors, nonnucleoside reverse- transcripatse inhibitors and protease inhibitors associated mutations were present in 29 (76.3), 15 (39.4%) and 5 (13.1%) samples respectively. We could only associate presence of resistance to viral load detection before TI.. Of the 150 patients, 110 (73.3%) had interrupted treatment following medical advice, the remaining stopped by their own decision. The reasons for TI were: 58 (38.7%) had ARV-related side-effects, 45 (30.0%) had good laboratory parameter and/or started therapy based on criteria that were no longer used, 30 (20.0 %) had poor adhesion. During the 12 months prior to the study, there were 56 (37.3%) who had unprotected sexual relations and 130 (86.7%) had had sex with two or more partners. CONCLUSION: The frequency of drug resistance strains in this group of patients was high. These strains seem to have a good fitness because they were present after 6 months of drug interruption. The high viral load associated to non sexual protection in this group of patients may lead to increase in transmission of drug resistance strains.This highlights the need of prevention measures in this special group.

É conhecido que a epistasia pode ter um efeito importante na dinâmica das populações e no processo evolutivo das espécies e que está envolvida na manifestação de fenômenos biológicos importantes, tais como sobredominância, depressão por endogamia e heterose. No entanto, a epistasia é considerada como um dos aspectos mais complexos da genética quantitativa, uma vez que há limitada informação sobre os seus efeitos nos caracteres quantitativos. As estimativas dos componentes genéticos da variação, através de métodos que desconsideram a epistasia, podem estar viesadas; assim, interpretações de parâmetros genéticos importantes, como coeficientes de herdabilidade e respostas esperadas com a seleção, podem não ser adequadas. Este estudo foi realizado com os objetivos de: i) verificar a presença da epistasia para produção de grãos e alguns caracteres morfológicos em milho, ii) estimar o efeito da interação da epistasia com o ambiente e iii) estimar os efeitos epistáticos em plantas F2 para os diversos caracteres. Cem progênies F2:3 foram obtidas do cruzamento entre as linhagens L-08-05F e L-38-05D e, em seguida, foram retrocruzadas com as linhagens genitoras e com a sua geração F1 , segundo o delineamento triple testcross. As progênies de retrocruzamentos foram avaliadas em diversos ambientes no município de Piracicaba/SP, nos anos agrícolas 2008/2009 e 2009/2010, através do delineamento -latice, em esquema fatorial, com duas repetições por ambiente. Os caracteres avaliados foram produção de grãos (PG), acamamento e quebramento (ACQ), florescimento masculino (FM), florescimento feminino (FF), intervalo entre florescimentos (IF), altura da planta (AP) e da espiga (AE) e a posição relativa da espiga (PRE). A presença de epistasia foi detectada para todos os caracteres, com exceção do acamamento e quebramento. Para produção de grãos, altura da planta e intervalo entre florescimentos a epistasia do tipo aditiva x dominante e/ou dominante x dominante foi mais importante que a epistasia aditiva x aditiva; entretanto, para florescimento masculino e feminino, altura da espiga e posição relativa da espiga, todos os tipos de epistasia foram importantes. A interação entre a epistasia com ambientes foi significativa apenas para florescimento feminino e intervalo entre florescimentos. Foram identificados efeitos epistáticos não-unidirecionais significativos em plantas F2 para todos os caracteres. Estimativas da variância genética aditiva, de dominância e da interação aditiva com ambientes foram significativas para todos os caracteres. As estimativas da variância aditiva e da interação aditiva com ambientes foram significativamente (P £ 0,05) maiores que as das variâncias de dominância, para a maioria dos caracteres. As magnitudes das estimativas dos coeficientes de herdabilidade variaram de mediano a alto. Os graus médios de dominância variaram de 0,35 para PRE a 0,93 para produção de grãos. Os resultados sugerem que, na população estudada, a epistasia constitui um componente importante da variância genética, de forma que as estimativas da variância aditiva e de dominância estão viesadas e, consequentemente, os graus médios de dominância e coeficientes de herdabilidade também estão viesados. / It is known that epistasis may have important effects in the populations dynamics and in the evolutionary process of the species, and that it is involved in manifestation of important biological phenomena, such as overdominance, inbreeding depression and heterosis. However, epistasis is considered one of the more complex aspects of quantitative genetics since little information are available on its effects on quantitative traits. The estimates of genetic components of variation through methods that ignore epistasis could be biased, so the interpretation of important genetic parameters such as heritability coefficients and expected responser to selection could not be adequate. The objectives of this study were: i) verify whether epistasis is present for grain yield and for some morphological traits, ii) estimate the effect of epistasis by environment interaction and iii) estimate the epistatic effects in F2 plants. One hundred F2:3 progenies were obtained from the cross between the inbreed lines L-08-05F and L- 38-05D and then, they were backcrossed to the parental lines and to the F1 generation, according to the triple testcross. The backcrosses progenies were evaluated in several environments in the city of Piracicaba/SP in the 2008/2009 and 2009/2010 growing seasons, through the -lattice design on a factorial scheme with two replications per environment. The evaluated traits were grain yield (GY), root and stalk lodging (PL), days to anthesis (DA) and days to silk emergence (SE), anthesis-silking interval (ASI), plant height (PH), ear height (EH), and ear placement (EP). The presence of epistasis was verified for all traits, except for root and stalk lodging. For the traits grain yield, plant height and anthesis-silking interval the additive x dominance and/or dominance x dominance epistasis were most important than additive x additive epistasis, however, for days to anthesis, days to silk emergence, ear height and ear placement, all types of epistasis were important. Epistasis by environment interaction was significant only for days to silk emergence and anthesis-silking interval. Significant epistatic effects were identified in F2 plants and they were not unidirectional. Estimates of additive, dominance and the additive by environment variance were significant for all traits. Estimates of additive variance and additive by environment variance were significantly (P £ 0,05) higher than those of dominance variance for most of the traits. The magnitudes of the estimates of the heritability coefficients ranged from intermediate to high. The average level of dominance ranged from 0,35 for EP to 0,93 for GY. The results suggest that in the population under study the epistasis is an important component of the genetic variance, therefore, estimates of additive and dominance variance are biased and, consequently, the average levels of dominance and heritability coefficients are also biased.

As posições críticas dos estatísticos, que atuam em programas de melhoramento genético, referem-se à falta de uma análise criteriosa da estrutura da interação do genótipo com o ambiente (G x E) como um dos principais problemas para a recomendação de cultivares. Tradicionalmente, a análise dessa estrutura á superficial não detalhando os efeitos da complexidade da interação. Com isso, os ganhos genéticos podem ser diminutos, pela não seleção de genótipos superiores melhores indicados a um ambiente específico. A busca constante por novos métodos e algoritmos, visando eliminar ou minimizar esse problema, tem proporcionado uma inegável evolução científica, com a geração de tecnologias de ponta que envolvem grande capacidade de processamento computacional. Atualmente, a metodologia AMMI (additive main efects and multiplicative interaction analysis) propõe ser mais eficiente que as análises usuais na interpretação e compreensão da interação G x E. Entretanto, os principais pontos negativos dessa metodologia dizem respeito à dificuldade de se interpretar a interação quando há baixa explicação do primeiro componente principal; à dificuldade de se quantificar os escores como baixos, considerando estável os genótipos e/ou ambientes, além de não apresentar o padrão de resposta do genótipo, o que caracteriza os padrões de adaptabilidade. Nesse contexto, essa metodologia apresenta alguns inconvenientes de ordem estatística, fazendo com que suas interpretações sejam vistas com ressalvas. Assim, o objetivo desta tese foi o desenvolvimento de procedimentos estatísticos que minimizem esses problemas, tornando a metodologia AMMI mais precisa e confiável na caracterização da estabilidade e adaptabilidade fenotípica de plantas. Nesse sentido, foi desenvolvido uma metodologia via reamostragem "bootstrap", no modelo AMMI, que possibilitou as análises gráficas e numéricas, das estabilidades e adaptabilidades fenotípicas de 75 progênies de Eucalyptus grandis, procedentes de três localidades australianas, e implantadas em sete testes de procedências e progênies nas regiões Sul e Sudeste do Brasil. Os resultados indicaram comportamentos diferenciados dos genótipos e dos ambientes, sendo a interação G x E significativa ao nível de 1% de probabilidade. As interpretações das estabilidades e adaptabilidades fenotípicas foram melhores compreendidas com a realização da reamostragem "bootstrap". A metodologia "bootstrap" AMMI, eliminou as dúvidas relacionadas à quantificação dos escores como baixos, tornando a metodologia AMMI mais precisa e confiável, na predição da estabilidade fenotípica de genótipos e de ambientes. O coeficiente "bootstrap" de estabilidade (CBE), baseado na distância quadrada de Mahalanobis, sobre o modelo AMMI2, obtidos através da região de predição para o vetor nulo, permitiu classificar os genótipos e ambientes em cinco escalas de estabilidade, e, conjuntamente com as representações gráficas das regiões de confiança para a estabilidade e gráficos de dispersões dos escores bootstrap", em biplot AMMI2, apresentaram melhores qualidades para predições das estabilidades fenotípicas, do que o método tradicional AMMI, com representação gráfica em biplot. / Reliable evaluation of the stability of genotypes and environment is of prime concern to plant breeders, who have Undertaken much research into the development of methods for studying in detail the structure of genotype-environment interaction. The lack of a comprehensive analysis of the structure of the GEI interaction has been a stumbling block to the recommendation of cultivars. Traditionally, the analysis of that structure was superficial and stopped short of detailing the efects of the complexity of the interaction. However, recent advances in computer science have allowed the development of interactive systems of data processing with fast and precise algorithms. Consequently, statistical methods are being developed to study in detail the structure and stability of GEI interaction. At the moment, the Additive Main Efects and Multiplicative Interaction (AMMI) Model promises to be more eficient than the usual analyses in the interpretation and understanding of the GEI interaction. The main drawbacks of the AMMI methodology are the dificulty of interpreting the interaction when there is a poor explanation of the first principal component; the dificulty of determining low scores, which relates to the statistical stability of the genotypes and/or environments; and the lack of presentation of the pattern of response of the genotype, which characterizes the adaptability patterns of the groups formed through significant parameters. Thus care needs to be exercised in the interpretation. The present contribution proposes the use of bootstrap re-sampling in the AMMI Model, and applies it to obtain both a graphical and a numerical analysis of the phenotypic stability and adaptability of 75 progenies of Eucalyptus grandis from Australia that were planted in seven environments in the South and Southeast regions of Brazil. The results show diderential behavior of genotypes and environments, the genotype x environment interaction being significant (p value < 0.01). The interpretation of the phenotypic stability through graphical analysis of the AMMI biplot is better understood with the aid of the bootstrap. The bootstrap coeficient of stability based on the squared Mahalanobis distance of the scores bootstrap, shows that genotypes and environments can be diferentiated in terms of their stabilities. The AMMI bootstrap proposal thus provides better and more precise predictions of phenotypic stability and adaptability of the geno- types than the traditional AMMI analysis, and eliminates the doubts related to the identification of the low scores.

Em experimentação agrícola, é freqüente a necessidade de análise conjunta de grupos de experimentos. Em muitos casos, o pesquisador deseja generalizar resultados para condições gerais de regiões e/ou em avaliar o desempenho de vários genótipos (tratamentos) em diversos ambientes (locais e/ou ano). Quando um conjunto de experimentos é planejado para vários locais é necessário considerar o delineamento individual em cada local e a combinação total dos genótipos com os locais (interação genótipo × ambiente). Logo, os dados observados podem ser organizados em uma tabela de dupla entrada. Existem várias metodologias de análise e interpretação para a interação genótipo × ambiente proveniente de um grupo de cultivares testados em vários ambientes. Entre essas metodologias destaca-se os modelos AMMI ("additive main effects and multiplicative interaction model"), como o próprio nome diz é um método uni-multivariado, que engloba uma análise de variância para os efeitos principais, que são os efeitos dos genótipos (G) e os ambientes (E) e para efeitos multiplicativos (interação genótipo × ambiente), utiliza-se a decomposição em valor singular (DVS). Essa técnica multivariada baseia-se no uso dos autovalores e autovetores provenientes da matriz de interação genótipo × ambiente. Araújo e Dias (2005) verificaram o problema de superestimação e subestimação de autovalores estimados da maneira convencional. Para superar esses problemas de estimação de autovalores, Muirhead (1987) apresenta três métodos para corrigir autovalores estimados a partir das matrizes de covariâncias amostral e alerta que nem sempre essas correções mantêm a ordem decrescente de valores, assim é sugerido o uso de regressão isotônica para ordenar esses dados, mas propriamente um algoritmo apresentado por Lin e Pearlman (1985). Os resultados indicaram que: A regressão isotônica juntamente com o algoritmo foi necessária e se mostrou muito importante em todos conjuntos de dados; Houve uma redução no número de componentes significativos para serem retidos nos modelos, fazendo com que os modelos AMMI selecionados sejam mais parcimoniosos quando se utiliza qualquer um dos métodos de correção; O método 2 apresentou as menores taxa de correção da soma de quadrados da interação genótipo × ambiente e o método 3 apresentou a maiores taxa de correção; Em relação a medida RMSPDPRESS, os menores valores foram obtidos quando se utilizou o método de correção 2. Já o método de correção 3 apresentou os maiores valores para RMSPDPRESS; O método 2 também se mostrou melhor quando o interesse era verificar o ganho em número de repetições, sendo que este benefício esteve sempre próximo de 3 repetições. Já o método 3 é o que apresenta um menor ganho em número de repetições, em torno de duas repetições. / In agricultural research is common to analyse groups of experiments. In many cases, the researcher intends to generalize results to general conditions of areas and/or evaluate the responses of several genotypes (treatments) in several environments (places and/or years). When a group of experiments is planned for several places it is necessary to consider the of design in each place and the combinations of the genotypes with the places (the interaction of genotype × environment). The observed data can be organized in an array. There are several methods of analysis and interpretation for the genotype × environment interaction from a group of genotype tested in several environments. These methods include AMMI models ("additive main effect and multiplicative interaction models"). As the name says it is a uni-multivariate method, that includes an analysis of variance for the main effects (the effects of the genotypes (G) and environments (E)) and assumes multiplicative effects for the genotype × environment interaction, using a singular value decomposition (DVS). This method estimates the eigenvalues and eigenvectors deriving from the matrix of genotype × environment interaction. Araújo and Dias (2005) found an overestimation and underestimation problem with the eigenvalues in the conventional way. To correct these problems Muirhead (1987) presents three methods to correct the eigenvalues from covariance the matrix and noted that these do not always maintain the order of values. The author suggested the use of isotonic regression to correct the eigenvalues, using an algorithm presented by Lin and Pearlman (1985). The results indicated that: The isotonic regression with the algorithm is necessary and it showed very important in all groups of data; There was a reduction in the number of significant components to be kept in the models and the order that the AMMI model selected is more parsimonious when any of the correction methods is used; The method 2 has the smallest rate of correction to the sum of squares of the genotype × environment interaction and method 3 has the largest correction rate; The measure RMSPDPRESS was smallest when method of correction 2 was used. The method of correction 3 has the largest values for RMSPDPRESS; Method 2 was also better when the interest was to verify the gain in number of replicates, and this benefit was always close to 3 replicates. The method 3 gives the smaller gain in the number of replicates, of around two replicates.

A interação genótipos ambientes (G E) foi definido por Shelbourne (1972) como sendo a variação entre genótipos em resposta a diferentes condições ambientais. Sua magnitude na expressão fenotípica do caráter pode reduzir a correlação entre fenótipo e genótipo, in acionando a variância genética e, por sua vez, parâmetros dependentes desta, como herdabilidade e ganho genético com a seleção. Estudos sobre a adaptabilidade e a estabilidade fenotípica permitem particularizar os efeitos da interação GE ao nível de genótipo e ambiente, identificando a contribuição relativa de cada um para a interação total. Varias metodologias estatísticas têm sido propostas para a interpretação da interação G E proveniente de um grupo de cultivares testados em vários ambientes. Entre essas metodologias destaca-se os modelos AMMI (Additive Main Eects and Multiplicative Interaction Model), que vem ganhando grande aplicabilidade nos últimos anos. O modelo AMMI e um método uni-multivariado, que engloba uma analise de variância para os efeitos principais, que são os efeitos dos genótipos (G) e os ambientes (E) e para os efeitos multiplicativos (interação genótipo ambiente), para a qual utiliza-se a decomposição em valor singular (DVS). Essa técnica multivariada baseia-se no uso dos autovalores e autovetores provenientes da matriz de interação G E. Araujo e Dias (2005) verificaram o problema de superestimação e subestimação de autovalores estimados da maneira convencional. Efron(1979) propôs uma técnica de simulação numérica chamada Bootstrap para avaliar tais incertezas. O método Bootstrap consiste em uma técnica de reamostragem que permite aproximar a distribuição de uma função das observações a partir da distribuição empírica dos dados. Por meio desse método, podem ser estimados o erro-padrão da referida estimativa e os intervalos de confiança, com o intuito de fazer inferência sobre os parâmetros em questão. O objetivo deste trabalho será estudar o efeito da interação G E, avaliar a adaptabilidade e estabilidade de genótipos em diferentes ambientes através do modelo AMMI, com as analises através dos gráficos Biplot, encontrar a distribuição empírica dos autovalores e calcular o intervalo de confiança através o método Bootstrap não-paramétrico. Com o estudo da distribuição empírica dos autovalores poder-se-a validar os testes de hipóteses propostos na literatura para identificar o numero de IPCA (Incremental Principal Component Analysis) para seleção dos modelos AMMI, e propor um teste para seleção dos modelos. / The genotype environment interaction (G E) was dened by Shelbourne (1972) as the variation among genotypes in response to dierent environmental conditions. Its magnitude in phenotypic expression of the character can reduce the correlation between genotype and phenotype, in ating the genetic variance and, in turn, dependent on the parameters, as heritability and genetic gain with selection. Studies on the phenotypic adaptability and stability allow particularize the eects of interaction G E at the level of genotype and environment, identifying the relative contribution of each to the total interaction. There are several methods of analysis and interpretation for the genotype environment interaction from a group of genotype tested in several environments. These methods include AMMI models (Additive Main Eects and Multiplicative Interaction Model), coming gaining great applicability past years. The AMMI model is a uni-multivariate method, that includes an analysis of variance for the main eects (the eects of the genotypes (G) and environments (E)) and assumes multiplicative eects for the genotype environment interaction, using a singular value decomposition (DVS). This method estimates the eigenvalues and eigenvectors deriving from the matrix of genotype environment interaction. Araujo and Dias (2005) found an overestimation and underestimation problem with the eigenvalues in the conventional way. Efron (1979) proposed a numerical resampling technique called Bootstrap for evaluate such uncertainties. The bootstrap method consists of a resampling technique that allows to approximate the distribution of a function of the observations from the empirical distribution of the data. Through this method, can be estimated by the standard error of that estimate and condence intervals, in order to make inferences about the parameters in question. The aim of this work was to study the eect of genotype environment interection (GE), evaluate the adaptability and stability of genotypes in dierent environments through the AMMI model, with the analysis through the Biplot graphs, nd the empirical distribution of eigenvalues and calculate the condence interval using the nonparametric bootstrap, the study of the empirical distribution of eigenvalues serve to validate the hypothesis tests proposed in the literature to identify the number of IPCA (Incremental Principal Component Analysis) for selecting the AMMI model, and propose a test for selection of models.