Submitted by Ana Lúcia Torres (bfmhuap@gmail.com) on 2017-09-20T14:56:11Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇÃO_Egidio_André_FINAL_26122016.pdf: 1444438 bytes, checksum: 846cb4588a5c486580f4c8af04030572 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Lúcia Torres (bfmhuap@gmail.com) on 2017-09-20T14:56:45Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇÃO_Egidio_André_FINAL_26122016.pdf: 1444438 bytes, checksum: 846cb4588a5c486580f4c8af04030572 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-20T14:56:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇÃO_Egidio_André_FINAL_26122016.pdf: 1444438 bytes, checksum: 846cb4588a5c486580f4c8af04030572 (MD5) Previous issue date: 2016 / Centro Universitário São José. UNIFSJ / A colonização por Staphylococcus aureus representa o principal risco para infecções, principalmente em crianças, que apresentam elevada morbimortalidade relacionada a este patógeno. Tal microrganismo apresenta grande variabilidade molecular que confere mudanças epidemiológicas constantes. Linhagens com características variadas de resistência e virulência emergem e sucumbem, constituindo-se em um desafio para a saúde pública mundial. Nos últimos anos, alguns estudos têm sugerido uma mudança epidemiológica nas linhagens de S. aureus resistentes a meticilina (MRSA) no Brasil. O objetivo do presente estudo é atualizar o conhecimento acerca da epidemiologia molecular de MRSA colonizando crianças e adolescentes em Niterói – Rio de Janeiro. Trata-se de estudo de corte transversal, realizado com crianças e adolescentes, de zero a 16 anos, em creches, ambulatórios e hospitais na cidade de Niterói-RJ, no período de agosto de 2011 a junho de 2013. Um total de 1500 participantes (500 de creches, 500 de ambulatório e 500 de hospitais) foi submetido à coleta de secreção nasal por meio de swabs para pesquisa de MRSA. Destes, 749 (49,9%) das 1500 amostras foram caracterizados como S. aureus, sendo 288 (57,6%) das 500 amostras de ambulatório, 239 (47,8%) das 500 de hospitais e 222 (44,4%) das 500 das creches desta região. Do total, 144 (9,6%) das 1500 amostras foram caracterizadas como MRSA, sendo 31 (6,2%) das 500 das creches, 45(9%) das 500 de ambulatório e 68 (13,6%) das 500 dos hospitais. As 144 amostras de MRSA foram submetidas às técnicas de genotipificação por PCR dos genes mecA, lukS/lukFPV e SA442 para a identificação do gene de resistência a meticilina, da leucocidina Panton-Valentine (PVL) e confirmação da espécie S. aureus, respectivamente. Foram realizados testes de susceptibilidade antimicrobiana com 14 antimicrobianos selecionados de acordo com o CLSI (2012). Também foram realizados PCR-multiplex para identificação do tipo de cassete mec (SCCmec) e sequenciamento dos genes da proteína A (spa-Typing) e genes constitutivos (MLST), para a caracterização molecular das linhagens de MRSA. Observou-se a prevalência de diferentes clones de MRSA, incluindo os mais frequentes, ST5-MRSA-IV (CC5) e ST30-MRSA-IV (CC30), cujas características, corroboram com a literatura de linhagens de grande relevância, disseminadas em nível pandêmico, “Clone pediátrico” e “Clone SWP”, respectivamente. Nas creches e nos hospitais, foram identificados seis de complexos clonais (CC) diferentes em cada cenário. Já o ambulatório apresentou nove CCs diferentes. O PVL foi observado em 30 (54,5%) das 55 CC30. Das amostras classificadas como CC5 34 (57,6%) de 59 apresentaram resistência ou resistência intermediária à eritromicina. Evidenciou-se variação sazonal de colonização por MRSA, com maior frequência no verão. Nossos resultados confirmam a mudança epidemiológica do até então conhecido Clone Epidêmico Brasileiro para linhagens amplamente descritas pela literatura e disseminadas em nível pandêmico, com grande relevância, conhecidas como “Clone Pediátrico” e “Clone SWP” em crianças e adolescentes no Brasil, com variação sazonal na frequência de colonização por MRSA. Tais achados são relevantes para uma melhor compreensão do comportamento epidemiológico da colonização por MRSA em nível local, com informações que auxiliem nas estratégias de vigilância epidemiológica para o controle desse patógeno. / The colonization by Staphylococcus aureus (S. aureus) is the main risk factor for infections, especially in children who have high morbidity and mortality related to this pathogen. This microorganism has large molecular variability that provides constant epidemiological changes. Lineages with varied characteristics of resistance and virulence emerge and succumb, constituting a challenge to global public health. In recent years, some epidemiologic studies have suggested a change in strains of methicillin-resistant S. aureus (MRSA) in Brazil. The aim of this study is to update the knowledge of the molecular epidemiology of MRSA colonizing children and adolescents in Niterói - Rio de Janeiro. This is a cross-sectional study, conducted with children and adolescents in community day care centers, outpatient clinics and hospitals in Niterói, RJ, from August 2011 to June 2013. A total of 1500 participants (500 of day care centers, 500 of outpatient clinic and 500 of hospitals) was submitted to nasal secretion collection using swabs for MRSA research. Of these, 749/1500 (49.9%) were characterized as S. aureus, being that 288/500 (57.6%) were of outpatient clinic, 239/500 (47.8%) of hospitals and 222/500 (44.4 %) of the day cares centers. Among the samples of S. aureus 144/1500 (9.6%) were characterized as MRSA, with 31/500 (6.2%) from day care centers, 45/500 (9%) from outpatient clinics and 68/500 (13 6%) of hospitals. The 144 samples of MRSA were submitted to genotyping by PCR from the mecA, luks/lukFPV and SA442 genes to identifi of methicillin resistance gene, the Panton-Valentine leukocidin (PVL) toxin and species, respectively. Antimicrobial susceptibility tests were performed with 14 antimicrobials selected according to the CLSI (2012). It was also performed multiplex-PCR to identify the type of cassette mec (SCCmec) and sequencing of the genes of protein A (spa-Typing) and constitutive genes (MLST), for molecular characterization of MRSA lineages. We observed the prevalence of different MRSA, including the most commons, ST5-MRSA-IV (CC5) and ST30-MRSA-IV (CC30), whose characteristics corroborate with the literature of relevant lineages, disseminated on pandemic level, "Pediatric Clone" and "SWP Clone", respectively. In day care centers and hospitals six types of different clonal complexes (CC) have been identified in each environment, and the outpatient clinics had nine different CCs. The CC30 showed a frequency of 54.5% (30/55) for positivity of PVL genes. Samples classified as CC5 showed 57.6% (34/59) of resistance or intermediate resistance to erythromycin. This finding corroborates with literature, which describes about the epidemiological distribution of these strains. Our results confirm the epidemiological change of the Epidemic Brazilian Clone to strains widely described in the literature with pandemic level of disseminated and great relevance, known as "Pediatric Clone" and "SWP Clone" in children and adolescents in Brazil with seasonal variation in the frequency of MRSA colonization. These findings are relevant for a better understanding of the epidemiological changes of MRSA colonization locally, with information that assists in epidemiological surveillance strategies for the control of this pathogen.

O tratamento de indivíduos infectados pelo HIV-1 com terapia anti-retroviral (ARV) pode reduzir a viremia plasmática abaixo dos limites de detecção dos ensaios atuais em muitos pacientes, porém difícil de ser alcançada em crianças na vida real. Falha em alcançar ou manter a supressão da replicação viral está geralmente associada com o desenvolvimento de vírus resistentes a drogas. Nós investigamos o perfil de resistência genotípica em crianças com supressão viral prolongada (< 400 cópias/mL de RNA viral plasmático) em vigência de tratamento anti-retroviral. Nós obtivemos 32 amostras de células mononucleares do sangue periférico (do inglês PBMC) de 16 crianças do CEADIPe - UNIFESP quem tinham tido carga viral indetectável por 12 meses ou mais, em dois momentos: a primeira amostra na inclusão e a segunda após mínimo de 9 meses de acompanhamento. A análise das seqüências foi realizada em vírus isolado de PBMC pelo \"ABI PRISM 377 sequencer\" (Applied Biosystems, USA). Dentre as principais características da população do estudo encontramos: mediana da idade na inclusão de 11 (6-15 anos); esquemas terapêuticos com 2 inibidores da transcriptase reversa análogos nucleosídeo (ITRN) + 1 inibidor da protease (IP) ou 2 ITRN + 1 inibidor da transcriptase reversa não-nucleosídeo (ITRNN) ou 2 ITRN + 2 IP + 1 ITRNN ou 2 ITRN + 2 IP ou 2 ITRN; mediana de células CD4 (cél/mm 3 ) de 1016 (347- 2588) e 938 (440-3038) no primeiro e segundo momentos, respectivamente; classificação clínica (CDC 1994): N = 1, A = 3, B = 6; e classificação imune (CI): CI 1 = 4, CI 2 = 6, CI 3 = 6. O tempo médio de seguimento foi 15 (9 - 27) meses a partir da inclusão. Seis (37,5%) e 7 (43,75%) dos 16 pacientes mostraram no mínimo uma mutação associada aos ITRN, na primeira e na segunda amostra, respectivamente. Dois dos dezesseis (12,5%) apresentaram mutações associadas aos ITRNN na primeira amostra e 3/16 (18,75%) na segunda. Além disso, 14/16 (87,5%) mostraram pelo menos uma mutação associada aos IP nos dois momentos. A despeito do tratamento com drogas anti-retrovirais potentes e supressão do RNA do HIV-1 no plasma a níveis indetectáveis por vários meses, resistência parcial à terapia pode ter resultado primariamente de arquivos de vírus ou refletir precocemente condições sub-ótimas de tratamento. / Treatment of HIV1-infected individuals with antiretroviral therapy (ARV) can reduce plasma viremia to below the limits of detection of current assays in many patients, although it is difficult to happen to children in real life. Failure to achieve or maintain suppression of viral replication is often associated with the development of drug-resistant virus. We investigated genetic resistance profiles of low-level plasma HIV-1 in children with prolonged viral suppression (<400copies/mL of plasma HIV-1 RNA) while receiving ARV. We obtained 32 samples of peripheral-blood mononuclear cells (PBMC) from 16 children from CEADIPe - UNIFESP who had had undetectable viral load for 12 months or more, at two moments: first sample at the inclusion and second after a minimum 9-months follow-up time. Sequence analysis was performed on virus isolated from PBMC by \"ABI PRISM 377 sequencer\" (Applied Biosystems, USA). The main characteristics of the study population were: median age baseline = 11 (6-15 years); drug combinations = 2 nucleoside reverse transcriptase inhibitor (NRTI) + 1 protease inhibitor (PI) or 2 NRTI + 1 non-nucleoside reverse transcriptase (NNRTI) or 2 NRTI + 2 PI + 1 NNRTI or 2 NRTI + 2 PI or 2 NRTI; median CD4 cell count (cells/mm 3 ) = 1016 (347-2588) and 938 (440-3038) at first and second time points, respectively; clinic classification (CDC 1994): N = 1, A = 3, B = 6; and immune classification (IC): IC 1 = 4, IC 2 = 6, IC 3 = 6. The median follow-up time was 15 (9 - 27) months starting from the inclusion. Six (37,5%) and 7 (43,75%) of the 16 patients showed at least one NRTI-associated mutation, in the first and second samples, respectively. Two out of sixteen (12,5%) presented NNRTI-associated mutation at the first moment and 3/16 (18,75%) at the second. In addition, 14/16 (87,5%) showed at least one PI-associated mutation at both moments. Despite treatment with potent antiretroviral drugs and plasma HIV-1 RNA suppression to undetectable levels for several months, partial resistance to therapy may result primarily from archival or contemplate earlier sub optimal treatment conditions.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-08-26T18:59:21Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Branquinho (2011).pdf: 1481959 bytes, checksum: ddf79d2fa9222fdebd9ddefc24d9cc18 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-08-26T18:59:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Branquinho (2011).pdf: 1481959 bytes, checksum: ddf79d2fa9222fdebd9ddefc24d9cc18 (MD5) Previous issue date: 2011-12-19 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The objective of this study was to establish a consistent environmental stratification for the region of soybean cropping in Central Brazil, based on genotype by environment (GE) interaction analysis. For this, yield data from variety trials conducted by Embrapa Cerrados in partnership with others Brazilian institutions, during seven growing seasons (2002/03 to 2008/09), were used. The study covered six experimental sets that were related to the genotypes of three maturity groups (early, medium and late), and two commercial groups (soybean conventional and transgenic RR), totaling 559 trials analyzed. The statistical treatment of data was performed in two stages: first, analyses of variance were performed for each experiment, from which the estimates of treatment mean (combination of genotype and environment) were obtained. In the second stage the joint and GE interaction analyses were performed. Thus, the yield mean of each genotype in each environment were submitted to the AMMI analysis (Additive Main effects and Multiplicative Interaction model), that led to choose a model with only one principal component (AMMI1). As result of this analysis, the genotypes and environments were jointly represented in a scatter plot called biplot (graph that display the rows and columns of a matrix; in this case, genotypes and environments are marginal in this table). To stratify the target region, the approach of winner genotypes (Gauch & Zobel, 1997; Crop Sci. 37: 311-326) was used. In this approach each stratum is composed by locations that shared a same winner genotype (one that is the higher yielding mean ranking of a location). In the AMMI1 biplot, the boundaries of each stratum were identified by horizontal lines drawn from the ordinate points (scores) corresponding to the environment of transition between two strata, which are characterized by their winner genotypes. With this information, the environmental strata were established for each growing year and experimental set. The maturity groups of assessed lines determined the environmental stratification obtained. Thus, the following locations were grouped to other localities, presenting a characteristic of redundancy: a) early maturity group (seven strata): (Campo Novo do Parecis, Maracajú, São Miguel do Araguaia, Tangará da Serra); (Conquista, Nuporanga, Sidrolândia, Sorriso); (Cristalina, Iraí, Sacramento); (Montividiu, Sonora, Tapurah); (Capinópolis, Senador Canedo); (Guaíra, Morro Agudo); and (Lucas do Rio Verde, Sapezal); b) medium maturity group (four strata): (Anápolis, Montividiu, Tangará da Serra); (Barreiras, Campo Novo do Parecis, Uberaba-Chapadões); (Chapadão do Sul, Conquista, Maracajú, Sonora); and (São Gabriel, Sorriso, Uberaba-Epamig); c) late maturity group (five strata): (Campo Novo do Parecis, Planaltina, Senador Canedo, Tapurah); (Iraí, Sacramento, Sonora); (Lucas do Rio Verde, Sorriso); (Goiatuba, Tangará da Serra); and (Barreiras, São Desidério). Were also identified key-locations to conduct the trials in the final stage of genotypic evaluation (advanced variety trials): a) early maturity group: Anápolis, Barretos, Campos de Júlio, Capinópolis, Chapadão do Céu, Chapadão do Sul, Goiatuba, Igarapava, Jataí, Luziânia, Morro Agudo, Planaltina, Primavera do Leste, Sacramento, São Gabriel do Oeste, São Miguel do Araguaia, Sapezal, Sidrolândia, Sonora, Uberaba-Chapadões, Uberaba-Epamig e Unaí;b) medium maturity group: Barreiras, Barretos, Campo Alegre, Campos de Júlio,Capinópolis, Chapadão do Céu, Chapadão do Sul, Cristalina, Goiatuba, Iraí, Jataí, Lucas do Rio Verde, Luziânia, Montividiu, Perolândia, Planaltina, Primavera do Leste, Rio Verde, Sacramento, São Desidério, Senador Canedo, Sorriso e Unaí; c) late maturity group: Anápolis, Campo Alegre, Campo Novo do Parecis, Campos de Júlio, Capinópolis, Chapadão do Céu, Chapadão do Sul, Cristalina, Goiatuba, Jataí, Luziânia, Montividiu, Primavera do Leste, Rio Verde, São Desidério, São Gabriel do Oeste, Sonora, Sorriso, Uberaba-Chapadões, Uberaba-Epamig e Unaí. Finally, among the locations recommended for the network of advanced trials, one was also appointed as key-location to conduct the initial stages of genotypes assessment in each maturity group. The locations Campos de Júlio (to early group), Rio Verde (medium and late groups) were in order indicated because resulted the best rankings of the winner genotypes through the target region. / O objetivo deste estudo foi estabelecer uma estratificação ambiental consistente para a região de cultivo comercial da soja, no Brasil Central, a partir de análise da interação entre genótipos e ambientes (GxA). Para isso, foram utilizados dados de produtividade de grãos, provenientes de ensaios de Valor de Cultivo e Uso (VCU) conduzidos pela Embrapa Cerrados, em parceria com outras instituições de pesquisa na região, durante sete anos agrícolas (2002/03 a 2008/09). O estudo envolveu seis conjuntos experimentais, correspondentes aos genótipos de três grupos de maturação (precoce, médio e tardio) e dois grupos comerciais (soja convencional e transgênica RR), totalizando 559 ensaios analisados. O tratamento estatístico dos dados foi feito em duas etapas: na primeira, foram realizadas análises de variância para cada experimento; e, a partir disto, estimaram-se as médias dos tratamentos (combinação entre genótipos e ambientes). A segunda etapa correspondeu às análises conjuntas da variação. Nessa etapa, as médias de produtividade de cada genótipo em cada ambiente foram submetidas à análise AMMI (Additive Main Effects and Multiplicative Interaction Model); e, neste caso, o modelo com apenas um eixo principal (AMMI1) foi o escolhido. Por último, os genótipos e os ambientes foram representados de forma conjunta em gráfico de dispersão denominado biplot (gráfico que representa as linhas e as colunas de uma matriz; neste caso, genótipos e ambientes estão nas marginais dessa tabela). Para a estratificação da região alvo, foi utilizada a abordagem de genótipos vencedores (Gauch & Zobel, 1997; Crop Sci. 37: 311- 326). Neste método, cada estrato é formado pelos locais que compartilham um mesmo genótipo vencedor (aquele que lidera a classificação de produtividades médias num dado local). No biplot AMMI1, os limites de cada estrato foram identificados por linhas horizontais, traçadas a partir dos pontos (escores) de ordenadas correspondentes aos ambientes de transição entre dois estratos, os quais são caracterizados pelos respectivos genótipos vencedores. De posse dessas informações, os estratos ambientais foram determinados para cada ano agrícola e conjunto experimental. O zoneamento ambiental ficou condicionado ao grupo de maturação das linhagens avaliadas. Assim, os seguintes locais agruparam-se a outras localidades, apresentando, portanto, característica de redundância: a) ciclo precoce (sete estratos): (Campo Novo do Parecis, Maracajú, São Miguel do Araguaia, Tangará da Serra); (Conquista, Nuporanga, Sidrolândia, Sorriso); (Cristalina, Irai, Sacramento); (Montividiu, Sonora, Tapurah); (Capinópolis, Senador Canedo); (Guaíra, Morro Agudo); e (Lucas do Rio Verde, Sapezal); b) ciclo médio (quatro estratos): (Anápolis, Montividiu, Tangará da Serra); (Barreiras, Campo Novo do Parecis, Uberaba-Chapadões); (Chapadão do Sul, Conquista, Maracajú, Sonora); e (São Gabriel, Sorriso, Uberaba-Epamig); c) ciclo tardio (cinco estratos): (Campo Novo do Parecis, Planaltina, Senador Canedo, Tapurah); (Iraí, Sacramento, Sonora); (Lucas do Rio Verde, Sorriso); (Goiatuba, Tangará da Serra); e (Barreiras, São Desidério). Foram, ainda, identificados os locais-chave para a condução dos ensaios na fase final da avaliação (ensaios de VCU): a) ciclo precoce: Anápolis, Barretos, Campos de Júlio, Capinópolis, Chapadão do Céu, Chapadão do Sul, Goiatuba, Igarapava, Jataí, Luziânia, Morro Agudo, Planaltina, Primavera do Leste, Sacramento, São Gabriel do Oeste, São Miguel do Araguaia, Sapezal, Sidrolândia, Sonora, Uberaba-Chapadões, Uberaba-Epamig e Unaí; b) ciclo médio: Barreiras, Barretos, Campo Alegre, Campos de Júlio, Capinópolis, Chapadão do Céu, Chapadão do Sul, Cristalina, Goiatuba, Iraí, Jataí, Lucas do Rio Verde, Luziânia, Montividiu, Perolândia, Planaltina, Primavera do Leste, Rio Verde, Sacramento, São Desidério, Senador Canedo, Sorriso e Unaí; c) ciclo tardio: Anápolis, Campo Alegre, Campo Novo do Parecis, Campos de Júlio, Capinópolis, Chapadão do Céu, Chapadão do Sul, Cristalina, Goiatuba, Jataí, Luziânia, Montividiu, Primavera do Leste, Rio Verde, São Desidério, São Gabriel do Oeste, Sonora, Sorriso, Uberaba-Chapadões, Uberaba-Epamig e Unaí. Por fim, entre os locais recomendados para a rede de ensaios de VCU, em cada grupo de maturação, indicou-se também um local-chave para a condução das fases iniciais do processo de avaliação. Os locais Campos de Júlio (para o grupo precoce) e Rio Verde (grupos médio e tardio) foram, então, indicados por resultarem nas melhores classificações dos genótipos vencedores ao longo da região alvo do estudo.

A etiologia da síndrome do desconforto respiratório (SDR) é considerada multifatorial e multigênica. A proteína B do surfactante (SP-B) é essencial para a função pulmonar normal. O gene responsável pela produção da SP-B está localizado no braço curto do cromossomo 2 (2p12->p11.2), estendendo-se por aproximadamente por 9.5 Kilobases e contém 11 exons. A presença de polimorfismos e mutações em genes dos componentes do surfactante, particularmente no gene da SP-B, parece estar associada à SDR. Objetivos: Determinar a freqüência de polimorfismos do gene que codifica a proteína B do surfactante no DNA de recém nascidos pré-termo portadores de SDR e de recémnascidos de termo sadios, comparar as freqüências desses polimorfismos entre os dois grupos e avaliar se existe alguma relação entre sexo, raça e SDR. Casuística e Métodos: Foram incluídos no estudo 150 RN, sendo 50 pré-termo portadores de SDR com idades gestacionais variando entre 28 e 33 semanas e 6 dias, e 100 RN de termo clinicamente sadios com idades gestacionais variando de 37 a 41 semanas e seis dias, no período de junho de 2001 a julho de 2004. Foram analisados quatro polimorfismos: A/C no nucleotídeo - 18; C/T no nucleotídeo 1580; A/G no nucleotídeo 9306 e G/C no nucleotídeo 8714. Os polimorfismos foram determinados através da amplificação dos segmentos de DNA genômico por reação em cadeia da polimerase e posterior genotipagem. Os genótipos foram definidos através da análise dos produtos obtidos a partir de reações com enzimas de S . 22 restrição [PCR-based converted restriction fragment length polymorphism (cRFLP)]. Resultados: O grupo controle foi constituído por 100 RN de termo aparentemente saudáveis; 42(42%) do sexo feminino e 58(58%) do sexo masculino; 39(39%) da raça branca e 61(61%) da raça não branca. O peso variou de 2280g a 4.740g (média de 3.239,9g), e a idade gestacional variou de 37 a 41 semanas e seis dias (média de 39 semanas e 3 dias). O grupo SDR foi composto por 50 RNPT, sendo 21(42%) do sexo feminino e 29(58%) do sexo masculino; 28(56%) eram da raça branca e 22(44%), não brancos. O peso variou de 640g a 2.080g (média de 1273g); a idade gestacional média foi de 31 semanas e dois dias, tendo variado de 28 semanas a 33 semanas e seis dias. Foi encontrada uma diferença estatisticamente significante quando comparados os dois grupos e a variável raça isoladamente no polimorfismo G/C 8714 (p=0,028). Quando a variável sexo foi analisada isoladamente, não houve diferença estatisticamente significante dos polimorfismos entre os dois grupos. As freqüências dos genótipos dos outros três polimorfismos estudados foram muito similares nos dois grupos, não tendo sido encontrada diferença estatisticamente significante quando as variáveis sexo e raça foram avaliadas conjuntamente. Conclusão: A análise do polimorfismo G/C 8714 mostrou que em indivíduos da raça branca, o genótipo GG foi apenas encontrado no grupo SDR, sugerindo que a sua presença possa se constituir em um possível fator de risco para a doença, enquanto que o genótipo GC foi mais prevalente no grupo controle indicando a possibilidade desse genótipo ser um fator protetor / The etiology of respiratory distress syndrome (RDS) is multifactorial and multigenic. Surfactant protein B (SP-B) is essential for normal lung function. The human SP-B gene is located on the short arm of chromosome 2 (2p12->p11.2), encompasses approximately 9.5 kilobases and have 11 exons. Polymorphisms and mutations in the genes that encode the surfactant components, particularly the SP-B gene, have been associated to the pathogenesis of RDS. Aims: To analyze SP-B gene polimorfisms frequencies in preterm babies with RDS and healthy term newborns, to compare the polymorphisms frequencies between both groups and to evaluate if there are differences related to sex, race and RDS. Material and Methods: We included 150 neonates, 50 preterm with RDS and gestational ages ranging from 28 weeks to 33 weeks and 6 days, and 100 healthy term newborns with gestational ages ranging from 37 weeks to 41 weeks and 6 days, during June 2001 to July 2004. Four SP-B gene polymorphisms were analyzed: A/C at - 18, C/T at 1580; A/G at 9306 and G/C at nucleotide 8714. The polymorphisms were detected by PCR amplification of genomic DNA and genotyping. The genotypes were determined using PCR-based converted restriction fragment length polymorphism (cRFLP). Results: The control group comprised 100 apparently healthy term newborns; 42(42%) were female and 58(58%) male; 39(39%) were Whites and 61(61%) non-Whites. Weight ranged from 2280g to 4.740g (mean 3.239,9g); gestational age ranged from 37 weeks to 41 weeks and six days (mean 39 weeks and 3 days). The RDS group comprised 50 preterm neonates, 21(42%) female and 29(58%) male; 28(56%) were Whites and 22(44%) non-Whites. Weight ranged from 640g to 2.080g (mean 1273g); mean gestational age was 31 weeks and two days (range, 28-33 weeks and six days). All genotypes frequencies were similar among both groups when sex and race were analyzed together. When race was analyzed separately, there was a statistically significant difference between both groups in the polymorphism G/C at 8714 (p=0,028). There was no difference between both groups in all polymorphisms when sex was analyzed separately. Conclusions: The analysis of the SP-B polymophism G/C 8714 showed that in white neonates the genotype GG was only found in the RDS group and the genotype GC was more frequently found in controls. This suggests that genotype GG could be a risk factor while GC might be a protective genotype for the development of the disease

Com a finalidade de avaliar o programa de melhoramento da cana-de-açúcar, este trabalho teve como objetivos: determinar o grau da interação famílias x ambientes (FA); comparar métodos de seleção na etapa inicial em termos de resposta esperada à seleção; e propor o método de seleção sequencial modificado. Para isso, foram avaliados 4752 'seedlings' pertencentes a 33 famílias (irmãs germanas e meia irmãs), em dois locais do Estado de São Paulo, Piracicaba e Jaú. Os caracteres estimados foram altura e diâmetro dos colmos, número de perfilhos, Brix % caldo da cana, toneladas de cana por hectare (TCH) e toneladas de Brix por hectare (TBH). Para validar a resposta esperada à seleção sequencial modificada, 40 famílias foram selecionadas por este método e os clones foram multiplicados até a etapa III do programa de melhoramento, a fim de fornecer a resposta realizada à seleção. Os resultados mostraram interação FA significativa para todos os caracteres avaliados. A opção por uma seleção específica implicou em aumentos de ganhos de 4,1% e 5,8% para TBH, para Piracicaba e Jaú, respectivamente, em relação à seleção de famílias generalistas, ou seja, baseada na média dos dois locais. A seleção sequencial modificada, proposta neste trabalho e a seleção combinada através de índices apresentaram pouca vantagem em relação à seleção massal, na condição de seleção direta (sem avaliação visual). Nessas mesmas condições, a seleção sequencial tradicional e a australiana foram inferiores à seleção massal, em termos de progresso esperado, para todos os caracteres. Incluindo a seleção indireta (com avaliação visual) o método sequencial modificado foi sempre superior à seleção massal, para os principais caracteres avaliados (TCH e TBH). Para os métodos australiano e tradicional, houve vantagem apenas quando a correlação genética entre a avaliação visual e o caráter principal foi igual ou inferior a 0,7. Dessa forma, e devido à dificuldade prática de utilizar índices (seleção combinada), concluiu-se que o método proposto de seleção sequencial modificada é perfeitamente viável, sendo, portanto, recomendado. Na comparação entre as respostas estimada e a realizada com a seleção sequencial modificada, houve concordância dos resultados, na condição de correlação genética igual a 0,62. Isso veio reforçar a confiabilidade das estimativas obtidas no trabalho, bem como assegurar as vantagens do método proposto sobre os demais aqui apresentados. Se considerada uma correlação genética entre o critério de avaliação visual e o caráter principal variando entre 0,5 a 0,7, a superioridade do método proposto em relação ao massal é da ordem de 3% a 5%, em termos de ganho esperado para TCH, em um ciclo de seleção. Para alcançar estes mesmos ganhos com a seleção massal, ter-se-ia que aumentar a população inicial entre 36% a 100%. Alternativamente, mantendo os mesmos tamanhos populacionais, o número provável de clones no final do processo seletivo seria aumentado em 85% a 150%, apenas com a substituição do método de seleção massal pelo sequencial modificado na etapa inicial. / Aiming at the evaluation of the sugarcane breeding program, this study had the following objectives: to determine the degree of the family x environments interaction (FE); to compare selection methods in the initial phase, in terms of expected response to selection, and to propose the modified sequential selection method. For this, 4752 seedlings, originated from 33 families (full-sibs and half-sibs), were evaluated in two sites of the State of São Paulo: Piracicaba and Jaú. The traits evaluated were stalk height and diameter, number of stalks, Brix % cane juice, tons of cane per hectare (TCH) and tons of brix per hectare (TBH). To validate the expected response to the modified sequential selection, 40 families were selected by this method and the clones were multiplied until phase III of the breeding program and the realized gains in selection measured. The results showed significant FE interaction for all evaluated traits. The option for a site specific selection would increase gains by 4.1% and 5.8% for TBH in Piracicaba and Jau, respectively, in relation to the generalized family selections, that is, based on the average of the two sites. The proposed modified sequential selection and the combined selection using indices showed little advantage over the mass selection using direct selection (without visual selection). In these conditions, the traditional sequential selection and the Australian one were inferior to the mass selection, in terms of expected progress, for all traits. Allowing for the indirect selection (with visual selection) the modified sequential method was always superior to the mass for the main traits evaluated (TCH and TBH). The Australian method and the Traditional one, were advantageous in relation to the mass selection only when the genetic correlation between visual selection and the main trait was equal or inferior to 0.7. For this reason, and given the practical difficulty of applying indices (combined selection), it was concluded that the proposed method of modified sequential is perfectly viable and was reccommended. Comparing the estimated and realized response of the modified sequential selection, there was correspondence of results, given rG equals to 0.62. This result confirmed the reliance of the estimates obtained in this study, and assured the advantages of the proposed method over those compared. Considering a genetic correlation (rG), between the visual selection criterion and the main character, varying from 0.5 to 0.7, the superiority of the proposed method over the mass one, varies from 3 to 5%, in terms of expected gain, for TCH in one selection cycle. To obtain these same gains with mass selection, one would have to increase the initial population between 36% and 100%. Alternatively, keeping the same population sizes, the likely number in the end of the selection process would be increased in 85% to 150%, just with the substitution of the method of mass selection by the modified sequential one, in the initial phase.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-05-15T11:39:38Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoPolimorfismoGenes.PDF: 342909 bytes, checksum: 36dbb22fd1eae45470757116ee9a046f (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-05-16T19:52:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoPolimorfismoGenes.PDF: 342909 bytes, checksum: 36dbb22fd1eae45470757116ee9a046f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-16T19:52:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoPolimorfismoGenes.PDF: 342909 bytes, checksum: 36dbb22fd1eae45470757116ee9a046f (MD5) Previous issue date: 2014-03-11 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os búfalos são animais domésticos pertencentes ao gênero Bubalus, família Bovidae da ordem Artiodactyla. Fornecem carne, leite e força de trabalho. São bastante adaptados as condições climáticas do estado do Pará, produzindo muito bem nessas condições. No entanto, os produtores ainda carecem de animais testados para características produtivas. Sendo assim utilizamos a técnica de SSCP (Polimorfismo de conformação de fita simples) e marcadores SNP (Polimorfismo de nucleotídeo único), com a finalidade de caracterizar os 83 animais das raças murrah e mediterrâneo. Para o DGAT1 encontramos as frequências alélicas de 0,741 para o alelo A, 0,253 para o alelo B e de 0,01 para o alelo C. As frequências genotípicas foram de 0,54 para o genótipo AA, 0,39 para o genótipo AB, 0,06 para o genótipo BB e de 0,01 para o genótipo AC. Para o gene GH encontrou-se apenas um genótipo. O gene DGAT1, mostrou considerável variação genética e detectou-se a presença de SNPs. / The Buffaloes are domestic animals belonging to Bubalus genus, Bovidae family and Artiodactyla order. Provide meat, milk and workforce. Are quite adapted to the climatic conditions of the state of Pará, producing well in those conditions. However, producers still need tested animals for production characteristics. There were used the technique of SSCP (single-strand conformation polymorphism) and SNP markers (single nucleotideo polymorphism), in order to characterize the 83 buffaloes from murrah and Mediterranean breeds. For the DGAT1, occured allelic frequency of 0.741 for the allele A, 0.253 for the allele B and 0.01 for the allele C. The genotypic frequencies were 0.54 for the AA genotype, 0.39 for the AB genotype, 0.06 for the BB genotype and 0.01 for the AC genotype. For the GH gene was found only one genotype. The DGAT1 gene showed considerable genetic variation and detects the presence of SNPs.

A pigmentação humana é uma característica variável e complexa determinada por fatores genéticos e hormonais, exposição à radiação ultravioleta, idade, doenças, entre outros. Alguns polimorfismos em genes de pigmentação têm sido associados com a diversidade fenotípica de cor da pele, cabelo e olhos e em populações homogêneas. A técnica denominada Fenotipagem Forense pelo DNA (FDP) vem beneficiando a ciência forense em vários países e auxiliando investigações criminais por ser capaz de sugerir, com boa precisão, os possíveis fenótipos para as características externamente visíveis (EVCs) em amostras de origem desconhecida. No presente trabalho foram avaliadas as associações entre os SNPs presentes nos genes SLC24A5 (rs1426654; rs16960620; rs2555364), TYR (rs1126809) e ASIP (rs6058017) com cor de pele, cabelo e olhos em indivíduos da população brasileira para apontar o possível uso desses marcadores na prática forense em populações miscigenadas. Os voluntários responderam um questionário no qual fizeram a autodeclaração dessas características e estes dados foram usados para as comparações entre genótipos e fenótipos. Os resultados mostraram que para os SNPs rs2555364 e rs1426654 o alelo ancestral esteve associado com as características cor de pele negra, cabelos castanhos ou pretos e olhos castanhos. Além disso, o alelo ancestral do SNP rs6058017 foi significativamente associado com cor de pele negra e olhos castanhos. Inversamente, os alelos variantes destes SNPs são correlacionados com características de pigmentação clara para as EVCs avaliadas, corroborando os estudos prévios realizados em diferentes populações. Esses resultados mostram que a informação molecular pode ser útil para a inferência de EVCs, e a técnica de FDP é uma importante ferramenta para estudos forenses em amostra brasileira / Human pigmentation is a variable and complex trait determined by genetic and hormonal factors, exposure to ultraviolet radiation, age, diseases, among others. Some polymorphisms in pigmentation genes have been associated with the phenotypic diversity of skin, hair and eyes color in homogeneous populations. Forensic DNA Phenotyping (FDP) is benefiting forensic science in several countries, helping in criminal investigations due to its ability to suggest, with good accuracy, the possible phenotypes for externally visible characteristics (EVCs) in samples of unknown origin. Herein, we evaluated the associations between the SNPs present in the genes SLC24A5 (rs1426654; rs16960620; rs2555364), TYR (rs1126809) and ASIP (rs6058017) with skin, hair and eyes color in individuals of the Brazilian population in order to point out the possible use of these markers in forensic practice in admixed populations. The volunteers answered a questionnaire in which they self reported these characteristics for comparison between genotypes and phenotypes. The results showed that for the SNPs rs2555364 and rs1426654 the ancestral allele was associated with characteristics of black skin color, brown or black hair and brown eyes. In addition, the ancestral allele of the SNP rs6058017 was significantly associated with black skin color and brown eyes. Inversely, the variant alleles of these SNPs are correlated with fair pigmentation characteristics for the evaluated EVCs, corroborating the previous studies performed in different populations. These results show that molecular information may be useful for the inference of EVCs, and the FDP technique is an important tool for forensic studies in a Brazilian sample

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Enterococcus resistentes à vancomicina (VRE) são reconhecidos como importantes patógenos causadores de infecções nosocomiais, configurando um grave problema de saúde pública, principalmente pela escassez de opção terapêutica eficaz. O fenótipo de resistência VanA é o mais frequente, sendo definido pela resistência a altos níveis de vancomicina e teicoplanina. VanA é caracterizado por um conjunto gênico (vanRSHAXYZ) localizado no elemento genético móvel denominado transposon Tn1546. A diversidade de Tn1546 resulta de alterações estruturais promovidas por deleções ou integração de sequências de inserção (IS) que, exercem papel chave na evolução do elemento VanA, modificando os aspectos relacionados à sua transferência e expressão do fenótipo. O objetivo deste estudo foi caracterizar e avaliar o polimorfismo de elementos Tn1546 presentes em amostras de diferentes espécies de Enterococcus isoladas em instituições hospitalares do Estado do Rio de Janeiro no período de 2000 a 2012. Foram incluídas neste estudo 70 amostras VRE que foram caracterizadas quanto ao gênero, espécies e genótipo de resistência aos glicopeptídeos por métodos convencionais e PCR multiplex. A susceptibilidade a 17 antimicrobianos foi avaliada pelo método de difusão em ágar, e concentração inibitória mínima (CIM) para vancomicina e teicoplanina foi determinada por microdiluição em caldo. O tranposon foi obtido após lise das células bacterianas e amplificação por PCR longo, utilizando-se oligonucleotídeos específicos para a região repetida e invertida que flanqueia este elemento genético. A diversidade dos elementos Tn1546 foi avaliada por um conjunto de métodos moleculares que incluiu a análise do polimorfismo do tamanho de fragmentos de restrição (restriction fragment lenght polymorphism, RFLP), utilizando-se a endonuclease ClaI, amplificação de segmentos internos por PCR de sobreposição de oligonucleotídeos (overlapping PCR) e detecção de sequências de inserção (ISs). A caracterização em espécies considerada para as demais análises foi obtida pela metodologia de PCR de acordo com a seguinte distribuição: E. avium (N=6), E. faecalis (N=12), E. faecium (N=46), E. gallinarum (N=4) e E. raffinosus (N=2). Todas as amostras apresentaram o genótipo vanA. Nos testes de susceptibilidade aos antimicrobianos foi observado que todas as amostras foram multirresistentes, sendo resistente de 6 a 13 dentre os 17 antimicrobianos testados. A presença de elementos semelhantes ao arquétipo de Tn1546 foi observada em 61,5% das amostras; entretanto, 27 amostras apresentaram perfis variantes de Tn1546. Foram identificados nove perfis de RFLP, dentre 66 avaliadas, sendo o perfil I, prevalente e semelhante ao arquétipo de Tn1546. Não foi possível analisar quatro amostras por RFLP. Os produtos de amplificação de Tn1546 alterados, obtidos pela overlapping PCR e pelo rastreamento de IS, levaram à classificação de 15 tipos polimórficos, nomeados de A a O. A maioria dos Tn1546 polimórficos teve suas regiões de ORF1 e/ou ORF2 deletadas; e IS1542 juntamente com IS1216V foram as inserções mais frequentes, que em muitas situações compartilhavam a mesma região de inserção. IS19 foi detectada apenas na região vanS-vanH. Os dados apresentados neste estudo indicam que o polimorfismo de Tn1546 pode ser explorado no rastreamento de rotas de transmissão, acompanhamento da dispersão de elementos VanA e investigação da evolução de amostras VRE. / Vancomycin-resistant Enterococcus (VRE) is a leading cause of nosocomial infections, remaining as a public health concern in the last two decades. VanA phenotype is the most frequently encountered and it is responsible for high-level vancomycin and teicoplanin resistance. VanA is characterized by a gene cluster (vanRSHAXYZ) located on the mobile genetic element called Tn1546. The diversity of Tn1546 results from structural changes promoted by deletions or additions of insertion sequences (IS) that play a key role in the evolution of VanA element, changing its transferability and expression of phenotype. The aim of this study was to characterize and evaluate the polymorphism of Tn1546 genetic elements belong to VRE isolates obtained from patients attending in hospitals located in the Rio de Janeiro state, during the period from 2000 to 2012. Seventy VRE strains were included in this study. The strains were identified by conventional physiological testes and multiplex PCR, including the vancomycin resistance phenotype and genotype. Antimicrobial susceptibilities testing were carried out by disk diffusion method for 17 antimicrobials; and the minimal inhibitory concentrations (MIC) values to vancomycin and teicoplanin were evaluated by microdilution technique. Tn1546 were amplified by long-PCR using primers to inverted-repeat sequences flanking the transposon. Tn1546 diversity was evaluated by a set of molecular methods including restriction fragment length polymorphism (RFLP), using the endonuclease ClaI, overlapping PCR and detection of insertion sequence elements (IS). Among the 70 strains, 6 E. avium, 12 E. faecalis, 46 E. faecium, 4 E. gallinarum, and 2 E. raffinosus were characterized by multiplex PCR, as well as the vanA glycopeptide resistance determinant. All the strains were multirresistant, being resistant from 6-13 among the 17 antimicrobials tested. The presence of similar elements to the archetype of Tn1546 was observed in 61.5% of samples; however, 27 samples had variant profiles of Tn1546. Nine RFLP profiles were identified among 66 strains, and the profile I was the most frequent and showed to be similar to the archetype of Tn1546. It was not possible to analyze four strains by RFLP. The amplification products of Tn1546, obtained by overlapping PCR, and screening the IS elements led to the characterization of 15 different types, named A through O. Most Tn1546 had its polymorphisms based on deletion of the ORF1 and / or ORF2 regions; and IS1542 as the most frequent insertion element, which in many cases shared the same region of insertion with IS1216V. IS19 was detected only in vanS-vanH region. The data presented in this study indicate that the polymorphism of Tn1546 can be exploited in tracking transmission routes, monitoring the dispersion of VanA elements and investigation of the evolution of VRE strains.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-15T19:20:49Z No. of bitstreams: 1 amanda_n_b_fontes_ioc_bcm_0050_2011.pdf: 3773109 bytes, checksum: 8933f048c4d79d33efa1313c366344a8 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-15T19:20:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 amanda_n_b_fontes_ioc_bcm_0050_2011.pdf: 3773109 bytes, checksum: 8933f048c4d79d33efa1313c366344a8 (MD5) Previous issue date: 2011-05-26 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / A hanseníase é uma doença infecto-contagiosa crônica, causada pelo Mycobacterium leprae. Após o sequenciamento do genoma deste patógeno, inúmeros esforços têm sido feitos na busca por sequências repetitivas com potencial para diferenciar isolados de M. leprae. Atualmente, VNTRs têm sido utilizados com o objetivo de compreender a diversidade genética deste patógeno em áreas com alta prevalência da doença. Além disso, SNPs também têm contribuído para elucidar aspectos referentes à disseminação da hanseníase pelo mundo. Neste estudo, a variabilidade genética de 292 isolados de M. leprae oriundos de amostras clínicas de pacientes hansenianos das regiões norte, nordeste e sudeste do país foi avaliada utilizando 16 VNTRs e três SNPs. O polimorfismo dos diferentes VNTRs foi determinado através de MLVA (Multiple-locus VNTR analysis) utilizando FLA (Fragment lenght analysis), enquanto que os SNPs foram analisados através de PCR-RFLP e/ou sequenciamento. O poder discriminatório dos 16 VNTRs foi de 0.999, sendo que as repetições de dinucleotídeos AT e o trinucleotídeo GAA21 apresentaram os maiores índices de discriminação alélica. Além da genotipagem de isolados de M. leprae de biópsias de pele, material de linfa fixado em lâmina de baciloscopia também foi utilizado como uma fonte alternativa para obtenção de DNA deste bacilo. Com relação à genotipagem por SNP, foi possível observar a predominância do genótipo 3, associado à população européia, em Rondônia, Rio de Janeiro e São Paulo. Já o genótipo 4, oriundo da África Ocidental, foi predominante em Pernambuco e Fortaleza. A presença dos diferentes genótipos e sua predominância em determinadas áreas corroboram com o processo de colonização do país que se reflete na atual composição étnica da população brasileira. Com base nos perfis obtidos através dos VNTRs e SNPs, foram identificados seis grupos geneticamente idênticos: quatro do Ceará, um de Rondônia e outro formado entre amostras de Minas Gerais e São Paulo. Nenhuma associação entre os pacientes enquadrados nos grupos da região norte e sudeste do país foi estabelecida. Todavia, foi possível observar que os grupos foram formados entre indivíduos oriundos de mesmo estado ou região geográfica. Com relação aos grupos formados entre as amostras do Ceará, associações entre o gênero masculino e o local de origem das amostras foram estabelecidas com base nos genótipos de M. leprae, sugerindo que estes seriam fatores de risco para a transmissão da hanseníase. Neste estudo, também foi possível avaliar amostras de pacientes com hanseníase recidiva para quatro VNTRs e os achados sugerem que estes pacientes foram re-infectados ou que houve mudança da população bacteriana durante a recidiva da doença. Os resultados comprovam que a genotipagem de M. leprae é uma ferramenta importante na elucidação de aspectos relativos à transmissão e disseminação da doença pelo mundo. / Leprosy is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae. After sequencing the genome of this pathogen, numerous efforts have been made to identify repetitive sequences with potential to differentiate isolates of M. leprae. Currently, VNTRs have been used in order to understand the genetic diversity of this pathogen in areas with high prevalence of leprosy. Another form of genetic polymorphism, namely single nucleotide polymorphisms (SNPs), elucidated aspects related to the spread of leprosy in the world. In this study, the genetic variability of 292 M. leprae isolates from clinical leprosy patients from the north, northeast and southeast of the country, were analyzed for composition of 16 VNTRs and three SNPs. The genetic variability of different VNTRs was evaluated by MLVA (Multiple-locus VNTR analysis) using FLA (Fragment length analysis) while the SNPs were analyzed by RFLP-PCR and/or sequencing. The discriminatory power of 16 VNTRs was 0.999 and the AT dinucleotides and the GAA21 trinucleotide demonstrated the higher rates of allelic discrimination. In addition to the genotyping of isolates of M. leprae derived from skin biopsy samples, lymph fixed in ZN slides was also used as an alternative source to obtain DNA. By SNP typing, we observed the high prevalence of genotype 3, previously associated with Europeans, in the states of Rondônia, Rio de Janeiro and São Paulo. On the other hand, genotype 4, originating from Western Africa, was predominant in Pernambuco and Fortaleza. The presence of different genotypes and their prevalence in certain areas of Brazil is in accordance to the country’s history of colonization which reflects in the current ethnic composition of the population. Based on the VNTR and SNP profiles, six identical groups of two isolates each were identified: four from Ceará, one from Rondônia and another composed of samples from Minas Gerais and São Paulo. No association between patients from north and southeast of the country was established, however, most groups were composed by patients from the same state or geographic region. When performing an analysis of genotype similarity with patient data in groups from Ceará, we observed association of male gender and place of origin with M. leprae genotype grouping, suggesting these could be risk factors for transmission of leprosy. In this analysis, patients with leprosy relapse were also analyzed for four VNTRs and the results suggest the occurrence of re-infection or of bacterial population shift during disease relapse. The results of this study demonstrate that genotyping of M. leprae is an important tool to elucidate aspects of transmission and spread of disease in the world.

Made available in DSpace on 2016-03-28T12:34:06Z (GMT). No. of bitstreams: 3 480.pdf: 1790566 bytes, checksum: fa7db34091b49d7221ed81205a289cf4 (MD5) 2011lins-rhfb.pdf: 1790566 bytes, checksum: fa7db34091b49d7221ed81205a289cf4 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / Yersinia pestis é o agente causador da peste, doença primária de roedores, transmitida por pulgas infectadas, podendo infectar o homem e outros mamíferos. A maioria dos estudos de genotipagem realizada em cepas brasileiras de Y. pestis demonstrou baixo poder discriminatório, revelando padrões genotípicos semelhantes para cepas com diferentes características epidemiológicas. A análise do clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) vem sendo utilizada para genotipagem e estudos filogenéticos em diferentes gêneros bacterianos, inclusive de Y. pestis. Neste estudo foi realizada a genotipagem de cepas de Y. pestis da coleção de cultura do Serviço Nacional de Referência em Peste do Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães - CPqAM/FIOCRUZ, isoladas nos três focos de peste do Estado de Pernambuco, pela análise dos locos CRISPR. Para as amplificações das 51 amostras, foram utilizados primers dirigidos às sequências CRISPR descritas na literatura (YPa, YPb e YPc). Os amplicons obtidos, após PCR, foram sequenciados, a fim de analisar a estrutura de cada loco CRISPR. Dois locos se apresentaram polimórficos: YPa, com alelos de 150pb a 570pb e YPb, com alelos de 330pb a 331pb. O loco YPc se mostrou monomórfico com alelos de 208pb. Os padrões CRISPR obtidos para cepas de Y. pestis de focos de outros países foram os mesmos observados nas cepas brasileiras. Diferentes arranjos dos espaçadores (YPa, YPb e YPc) foram observados e possibilitou que as cepas fossem agrupadas em 12 perfis genotípicos (PG1-PG12). Dois perfis foram distribuídos nos três focos estudados: PG1 perfil mais frequente (38 cepas) e PG3 (seis cepas). Os demais perfis foram específicos de uma determinada região de isolamento: PG2 para o foco de Triunfo e PG4-PG7 para o foco de Araripe. Os perfis PG8 a PG12 representaram o restante das cepas de focos de outros países. As mesmas cepas foram analisadas, anteriormente, através de onze locos VNTR (MLVA), e foram agrupadas em 35 perfis genotípicos / A menor diversidade observada no CRISPR ocorre, provavelmente, devido à região estar envolvida na codificação gênica e com maior pressão seletiva, portanto, com menor risco de sofrer mutação decorrente de estocagem. A análise dos locos CRISPR, complementar ao uso do MLVA, será útil na identificação e rastreamento de novas cepas, contribuindo para o estabelecimento de medidas de controle adequadas nas áreas de foco para prevenção da peste e na investigação de novos casos que possam surgir no Brasil