As análises biplot que utilizam os modelos de efeitos principais aditivos com inter- ação multiplicativa (AMMI) requerem matrizes de dados completas, mas, frequentemente os ensaios multiambientais apresentam dados faltantes. Nesta tese são propostas novas metodologias de imputação simples e múltipla que podem ser usadas para analisar da- dos desbalanceados em experimentos com interação genótipo por ambiente (G×E). A primeira, é uma nova extensão do método de validação cruzada por autovetor (Bro et al, 2008). A segunda, corresponde a um novo algoritmo não-paramétrico obtido por meio de modificações no método de imputação simples desenvolvido por Yan (2013). Também é incluído um estudo que considera sistemas de imputação recentemente relatados na literatura e os compara com o procedimento clássico recomendado para imputação em ensaios (G×E), ou seja, a combinação do algoritmo de Esperança-Maximização com os modelos AMMI ou EM-AMMI. Por último, são fornecidas generalizações da imputação simples descrita por Arciniegas-Alarcón et al. (2010) que mistura regressão com aproximação de posto inferior de uma matriz. Todas as metodologias têm como base a decomposição por valores singulares (DVS), portanto, são livres de pressuposições distribucionais ou estruturais. Para determinar o desempenho dos novos esquemas de imputação foram realizadas simulações baseadas em conjuntos de dados reais de diferentes espécies, com valores re- tirados aleatoriamente em diferentes porcentagens e a qualidade das imputações avaliada com distintas estatísticas. Concluiu-se que a DVS constitui uma ferramenta útil e flexível na construção de técnicas eficientes que contornem o problema de perda de informação em matrizes experimentais. / The biplot analysis using the additive main effects and multiplicative interaction models (AMMI) require complete data matrix, but often multi-environments trials have missing values. This thesis proposed new methods of single and multiple imputation that can be used to analyze unbalanced data in experiments with genotype by environment interaction (G×E). The first is a new extension of the cross-validation method by eigenvector (Bro et al., 2008). The second, corresponds to a new non-parametric algorithm obtained through modifications of the simple imputation method developed by Yan (2013). Also is included a study that considers imputation systems recently reported in the literature and compares them with the classic procedure recommended for imputation in trials (G×E), it means, the combination of the Expectation-Maximization (EM) algorithm with the additive main effects and multiplicative interaction (AMMI) model or EM-AMMI. Finally, are supplied generalizations of simple imputation described by Arciniegas-Alarcón et al. (2010) that combines regression with lower-rank approximation of a matrix. All methodologies are based on singular value decomposition (SVD), so, are free of any distributional or structural assumptions. In order to determine the performance of the new imputation schemes were performed simulations based on real data set of different species, with values deleted randomly at different percentages and the quality of the imputations was evaluated using different statistics. It was concluded that SVD provides a useful and flexible tool for the construction of efficient techniques that circumvent the problem of missing data in experimental matrices.

Como organismos multicelulares complexos, as plantas requerem um extraordinário nível de coordenação entre as células para que se desenvolvam ordenadamente. Para a coordenação dessas atividades, as células devem freqüentemente ser aptas a se comunicar umas com as outras a certas distâncias. Os principais meios de comunicação intercelular são os hormônios e mensageiros químicos que carreiam as informações entre as células e assim coordenam seu crescimento e desenvolvimento. O ácido abscísico (ABA) é o hormônio envolvido nos processos fisiológicos quando as plantas são expostas a alguns tipos de estresse, como deficiência hídrica. Relativamente grandes quantidades de ABA são rapidamente sintetizadas em folhas em resposta ao estresse hídrico, onde o principal papel parece ser a regulação da abertura e fechamento estomático. No início do estresse hídrico, o ABA carreado pelo fluxo xilemático é sintetizado nas raízes que estão em contato direto com o solo seco. Devido a esse transporte poder ocorrer antes que o baixo potencial de água no solo cause qualquer mudança mensurável no estado hídrico das folhas, acredita-se que o ABA seja um sinal das raízes que ajuda a reduzir a taxa de transpiração nas folhas pelo fechamento estomático. O principal objetivo do trabalho foi determinar se o ABA sintetizado nas raízes de Lycopersicon esculentum é crucial na regulação do comportamento estomático ou se o ABA produzido pelas folhas poderia agir como sinal hormonal que permitisse a sobrevivência da planta em condições de deficiência hídrica. De forma similar, Lycopersicon pennellii, uma espécie tolerante ao estresse hídrico, foi estudada com o objetivo de determinar a possível função dos sinais químicos das raízes ou de outro mecanismo de tolerância a seca. Para tanto, plantas com 30 dias de idade obtidas de sementes de L. esculentum cv Lukullus, L. pennellii e um mutante chamando notabilis foram enxertadas umas nas outras e crescidas em casa de vegetação. Após dois meses, medidas de condutância estomática, transpiração e potencial da água na folha foram realizadas em três condições de água no solo: bem irrigado, estresse hídrico e reirrigação. Os valores de condutância estomática e transpiração mostraram que o comportamento estomático foi determinado pelo genótipo da parte aérea das plantas enxertadas. Também verificou-se que a tolerância a seca em L. pennellii não foi determinada exclusivamente por caracteres morfo-anatômicos da parte aérea. / Multicellular plants are complex organisms and their orderly development requires an extraordinary measure of coordination between cells. In order to coordinate their activities, cells must be able to communicate with each other, often at some distance. The principal means of intercellular communication are the hormones, chemical messengers that carry information between cells and thus coordinate their growth and development. Abscisic acid (ABA) is the hormone involved in physiological processes when plants are exposed to some sort of stress: water deficiency, for example. Relatively large amounts of ABA are rapidly synthesized in leaves in response to water stress, where it appears to play a major role in regulating stomatal opening and closure. As water stress begins, some of the ABA carried out by the xylem stream is synthesized in roots that are in direct contact with the drying soil. Because this transport can occur before the low water potential of the soil causes any measurable change in the water status of the leaves, ABA is believed to be a root signal that helps reduce the transpiration rate in the leaves by closing stomata. The main objective of the work was to determine if ABA synthesized in the roots of Lycopersicon esculentum is crucial in regulation stomata behavior or ABA produced by the leaves could act as hormone signal to improve plant survival under water shortage conditions. In a similar way, Lycopersicon pennellii, a water stress tolerant specie, was studied in order to determine the possible role of chemical root signals or any other mechanism. For that, 30 d-old plants obtained from seeds of L. esculentum cv Lukullus, L. pennellii and a mutant named notabilis were grafted to each other and grown in greenhouse conditions. Two months later, measurements of stomatal conductance, transpiration and leaf water potential were carried out. These measurements were done under three soil water conditions: plenty, stress and reirrigation. The values of stomatal conductance and transpiration showed that stomatal behavior was influenced by the genotype of the aerial part of grafted plants. It was also verified that the drought tolerance of L. pennellii was not only determined by morpho-anatomical characteristics of plant shoot.

A transmissão do VHC vem diminuindo após a implementação de diretrizes de triagem de doadores de sangue e adoção de políticas sociais para reduzir o risco de infecção em UDI, entretanto o VHC ainda constitui um grave problema de saúde pública mundial. Em torno de 10% dos pacientes infectados com VHC não referem exposição a nenhum fator de risco conhecido. Alguns estudos demonstraram a presença de RNA em diferentes secreções, sugerindo a existência de outras rotas de transmissão do VHC. Este estudo teve como objetivo analisar as relações filogenéticas de diferentes regiões genômicas do VHC de cônjuges portadores crônicos e correlacioná-las com seqüências de portadores crônicos não relacionados atendidos no mesmo ambulatório. Foram selecionados 18 pacientes (9 casais) com genótipo concordante entre eles e 42 controles (14 de cada genótipo encontrados nos casais). Foram amplificadas e seqüenciadas as regiões NS3 (~620nt) e NS5B (~360nt). As seqüências foram alinhadas usando o programa Clustal X e Bioedit 6.0.7. A presença do sinal filogenético, nas regiões estudadas, foi analisado através do mapeamento da verossimilhança pelo programa Tree-Puzzle. Os modelos evolucionários foram estimados pelo teste de razão de verossimilhança com o auxílio do programa Modeltest e utilizados para as análises das seqüências NS3, NS3+NS5B (TrN+I+G) e NS5B(TrNef+I+G). Foram empregados os métodos de distância com algoritmo de agrupamento de vizinhos e máxima verossimilhança com o algoritmo de rearranjo dos braços, seccionando a árvore em dois pedaços e ligando em outras partes, para a construção das árvores, pelo programa PAUP*4b10. Foram calculados os valores de bootstrap, com 1000 réplicas, para a verificação da sustentação de ramos nas topologias. Nas análises foram incluídas seqüências referencia do Genbank de diferentes genótipos. Todos os casais tiveram a região NS5B amplificada e seqüenciada, entretanto, não foi possível amplificar e seqüênciar a região NS3 de amostras de 2 casais. Considerando-se as três análises o sinal filogenético foi de 90.5% (NS5B - 199 nt), 92.9% (NS5B - 344 nt), 94.8% (NS3 - 619 nt ) e 96.1% (NS5B + NS3). Como esperado, o melhor sinal filogenético foi obtido com as seqüências das duas regiões concatenadas NS3+NS5B. As análises filogenéticas sugerem fortemente que os vírus dos casais 3, 4, 6, 7, e 8 têm a mesma origem. Na maioria das análises as seqüências dos vírus destes casais formaram um grupo monofilético com valores de bootstrap acima de 70. As seqüências dos outros casais, em algumas situações, apresentaram grupos monofiléticos, contudo os valores de bootstrap não foram significativos. A utilização de seqüências de duas regiões genômicas diferentes suportam a hipótese de que os vírus dos casais 3, 4, 6, 7 e 8 têm a mesma origem. A inclusão de seqüências controle, dos mesmos subtipos encontrados nas amostras dos casais, foram fundamentais para a confirmação dos resultados. Estes resultados indicam fortemente a possibilidade de transmissão entre casais. / HCV transmission has decreased with the adoption of universal blood donors screening and social policies to reduce risk of infection in IVDU, but HCV is still a worldwide health problem. The epidemiological route of infection cannot be identified in a significant proportion of patients. Some studies demonstrated the presence of viral RNA in different secretions, suggesting the existence of other routes for HCV transmission. The aim of this study was to evaluate the phylogenetical relationships among sequences from different HCV genomic regions from sexual partners of chronic infected patients when analyzed among themselves and when analyzed conjointly with sequences from virus found in non related chronic infected patients attended in the same clinic. Eighteen individuals (9 couples with stable relationship without other risk factors for HCV infection) and forty-two control patients (fourteen from each genotype found in the couples) were selected. NS3 (~620 nts) and NS5B (~360 nts) regions were amplified and sequenced. Sequences were aligned using clustal X 1.81 and Bioedit 6.0.7. Phylogenetic signal/noise ratio in the data set was investigated with a likelihood mapping analysis with the program TREE-PUZZLE. Evolutionary models were chosen by Hierarchical Likelihood Ratio Test (hLRTs) using Modeltest 3.06 and used for analyze NS3, NS3+NS5B (TrN+I+G) and NS5B (TrNef+I+G) sequences. Distance and maximum-likelihood (ML) phylogenetical analyses were performed with PAUP*4b10 and the trees were constructed with NJ and heuristic search. Tree bisection and reconnection (TBR) algorithm respectively.Robustness of trees was evaluated by analyzing 1000 bootstrap replicates. Genbank reference sequences from different genotypes were included in data analysis. Sequences from NS5B region were obtained for all samples while it was not possible to get NS3 sequences from only 2 couples. Considering the three analysis, phylogenetical signals were 90.5% (NS5B - 199 nt), 92.9% (NS5B - 344 nt), 94.8% (NS3 - 619 nt ) and 96.1% (NS5B + NS3). As expected, the best phylogenetical signal was obtained with concatened NS3+NS5B sequences. Phylogenetical analysis strongly suggested that virus from couples 3, 4, 6, 7 and 8 had a common origin. In the majority of the analysis, sequences inside these couples clustered in the same monophyletical group with bootstrap values higher than 70. For the other couples, monophyletical groups were observed but these results were not supported by the bootstrap analysis. In conclusion, using sequencing from two different viral genomic regions, we have strongly supported a common source of infection for the two members of five couples. Control sequences from the same subtypes than the couples were crucial to confirm the results. These data strongly support HCV transmission inside couples.

O manejo da cultura de milho (Zea mays L.) tem incorporado os recentes avanços tecnológicos em agricultura, o que tem proporcionado aumentos significativos de rendimento. Procedimentos relativos à redução da severidade de doenças, como a causada por Phaeosphaeria maydis, tornam-se prementes. O fungo é um agente biótico que promove redução de produtividade. Tal fato está relacionado com o estresse da planta, com a severidade da doença e com as condições climáticas, principalmente umidade relativa e temperatura do ar. A ênfase da pesquisa é a de nortear mais detalhadamente as ações de manejo levando em consideração esses fatores, estabelecendo técnicas culturais racionais quando da utilização de genótipos susceptíveis. Por outro lado, mesmo utilizando genótipos tolerantes, um manejo nutricional inadequado da cultura sob condições climáticas favoráveis à doença, pode ser constatada a incidência de P. maydis com maior severidade. Sendo assim, com o objetivo de avaliar cinco diferentes genótipos de milho, sendo quatro tolerantes a P. maydis e um susceptível, foram conduzidos ensaios em quatro épocas de semeadura, as duas primeiras no campus "Luiz de Queiroz" (Local 1) e as duas últimas na Estação Experimental de Anhembi (Local 2), ambos no município de Piracicaba, sob a influência de cinco doses de nitrogênio (0; 60; 120; 180 e 240 kg/ha). De acordo com os resultados obtidos, concluiu-se que: (i) o desempenho do genótipo é dependente da época de Semeadura, e a adubação nitrogenada propicia aumento no rendimento de grãos apenas quando a condição ambiental não é limitante; e (ii) a severidade de P. maydis é dependente da época de semeadura, da dose de nitrogênio e do material genético. O estresse da planta provocado por elevadas temperaturas predispõe a cultura à incidência da doença com maior severidade. / Maize (Zea mays L.) crop management is incorporating the ultimate technological advances in Agriculture, resulting in higher yield. Procedures to reduce diseases severity, as those caused by Phaeosphaeria maydis, are becoming more important. The fungus is a biotic agent that reduces productivity due to plant stress. This is related to disease severity and climatic conditions, mainly air temperature and relative humidity. The research had the emphasis of getting better orientation for management actions, using rational agricultural techniques when susceptible genotypes are used. Under favorable climatic condition for P. maydis, the inadequate crop nutritional management results in higher severity even using tolerant genotypes. Therefore, with the purpose of evaluating five different maize genotypes (four tolerant and one susceptible to P. maydis), the field experiments were carried out in four sowing dates, the first two at "Luiz de Queiroz" campus (Location 1) and the last two at Anhembi Experimental Station (Location 2), both in Piracicaba county, São Paulo State, Brazil, making four environments, all under the influence of five nitrogen doses (0; 60; 120; 180 e 240 kg/ha). According to the results, we concluded: (i) the genotype performance depends on the sowing date, and the nitrogen fertilization increases grain yield only without environmental limitation to plant growth; and (ii) the P. maydis severity depends on the sowing date, nitrogen fertilization dose and genotype susceptibility. The stress caused by high air temperature results in higher severity incidence of P. maydis.

The use of molecular markers allows an increase in efficiency of the selection as well as better understanding of genetic resources in breeding programs. However, with the increase in the number of markers, it is necessary to process it before it can be ready to use. Also, to explore Genotype x Environment (GE) in the context of genomic prediction some covariance matrices needs to be set up before the prediction step. Thus, aiming to facilitate the introduction of genomic practices in the breeding program pipelines, we developed two R-packages. The former is called snpReady, which is set to prepare data sets to perform genomic studies. This package offers three functions to reach this objective, from organizing and apply the quality control, build the genomic relationship matrix and a summary of a population genetics. Furthermore, we present a new imputation method for missing markers. The latter is the BGGE package that was built to generate kernels for some GE genomic models and perform predictions. It consists of two functions (getK and BGGE). The former is helpful to create kernels for the GE genomic models, and the latter performs genomic predictions with some features for GE kernels that decreases the computational time. The features covered in the two packages presents a fast and straightforward option to help the introduction and usage of genome analysis in the breeding program pipeline. / O uso de marcadores moleculares permite um aumento na eficiência da seleção, bem como uma melhor compreensão dos recursos genéticos em programas de melhoramento. No entanto, com o aumento do número de marcadores, é necessário o processamento deste antes de deixa-lo disponível para uso. Além disso, para explorar a interação genótipo x ambiente (GA) no contexto da predição genômica, algumas matrizes de covariância precisam ser obtidas antes da etapa de predição. Assim, com o objetivo de facilitar a introdução de práticas genômicas nos programa de melhoramento, dois pacotes em R foram desenvolvidos. O primeiro, snpReady, foi criado para preparar conjuntos de dados para realizar estudos genômicos. Este pacote oferece três funções para atingir esse objetivo, organizando e aplicando o controle de qualidade, construindo a matriz de parentesco genômico e com estimativas de parâmetros genéticos populacionais. Além disso, apresentamos um novo método de imputação para marcas perdidas. O segundo pacote é o BGGE, criado para gerar kernels para alguns modelos genômicos de interação GA e realizar predições genômicas. Consiste em duas funções (getK e BGGE). A primeira é utilizada para criar kernels para os modelos GA, e a última realiza predições genômicas, com alguns recursos especifico para os kernels GA que diminuem o tempo computacional. Os recursos abordados nos dois pacotes apresentam uma opção rápida e direta para ajudar a introdução e uso de análises genômicas nas diversas etapas do programa de melhoramento.

O objetivo principal deste estudo foi avaliar fatores virais associados com a evolução para o carcinoma hepatocelular (CHC) em pacientes com hepatite B crônica. Para tanto caracterizamos os subgenótipos do HBV, investigamos a ocorrência de mutações nos genes pré-core/core do HBV associadas à presença de CHC avaliamos por análise filogenética a associação de linhagens virais com a ocorrência de CHC e por fim a associação de outros fatores de risco com o desenvolvimento de CHC. Foram incluídos 119 amostras de soro de pacientes com infecção crônica pelo HBV, destas amostras 60 pertencem ao grupo 1 (CHC), que são pacientes com diagnóstico confirmado de carcinoma hepatocelular e 59 amostras pertencem ao grupo 2 (sem CHC) que são pacientes com hepatite crônica sem detecção prévia de nódulos hepáticos. Foram obtidas informações acerca da idade, sexo e naturalidade. Além disso, os pacientes responderam a um questionário sobre fatores de riscos associados ao desenvolvimento de CHC. Foram realizados exames bioquímicos, sorológicos, determinação da carga viral, e amplificação por nested PCR e sequenciamento das regiões S/polimerase e pré-core/core do genoma viral para posterior caracterização dos genótipos/subgenótipos do HBV e pesquisa de mutações associadas com evolução da doença hepática. Em relação à idade e sexo não houve grande variação entre os grupos. Quanto à naturalidade a maioria era procedente da região sudeste, seguido pela região nordeste; e por fim seis pacientes eram procedentes de outros países. Com base no sobrenome dos pacientes avaliou-se também a frequência de etnia oriental na casuística estudada, que foi similar nos 2 grupos. O perfil sorológico HBeAg negativo foi o mais frequente nos dois grupos de pacientes, assim como níveis de carga viral abaixo de 2.000 UI/mL. Em relação aos exames bioquímicos foram observadas diferenças estatisticamente significantes nos níveis séricos de AFP (p= 0,0013), FA (p= 0,0003) e GGT (p= 0,005). Dentre os fatores de risco analisados neste estudo, o consumo de amendoim foi o único que apresentou significância estatística (p= 0,003). A região S/pol foi amplificada e sequenciada com sucesso em 58 amostras (28 do grupo 1 e 30 do grupo 2). Entre as 58 amostras analisadas 4 genótipos e 8 subgenótipos do HBV foram identificados, sendo o subgenótipo A1 o mais frequente nos dois grupos. Não se observou diferença estatisticamente significante na distribuição dos subgenótipos entre os dois grupos de pacientes. Na topologia da árvore filogenética construída com sequências do HBV isoladas dos pacientes incluídos neste estudo e sequências disponíveis no GenBank não se observou padrões de agrupamento associados com o perfil clinico do paciente (com e sem CHC). Foram obtidas sequências de boa qualidade da região précore/ core em 44 amostras, sendo 20 amostras do grupo 1 e 24 do grupo 2. Diversas das mutações investigadas foram identificadas na região précore/ core, as quais foram avaliadas estatisticamente para verificar a existência de diferença na frequência das mesmas entre os grupos de pacientes estudados. Entre as mutações identificadas se destacaram com significância estatística as seguintes mutações: T1768A (p= 0,006), a combinação das mutações C1766T + T1768A (p= 0,043) e G1888H (p= 0,05). Na análise de regressão logística simples foi possível identificar que a chance de um paciente do grupo 2 desenvolver CHC aumenta 14,7 vezes na presença de infecção por cepas do HBV com a mutação T1768A, enquanto que a infecção com cepas do HBV que albergam a mutação G1888H reduz tal chance 2,5 vezes / The aim of this study was to evaluate viral factors associated with the progression to hepatocellular carcinoma (HCC) in patients with chronic hepatitis B. For this goal, we characterized HBV subgenotypes, investigated the occurrence of mutations in pre-core/core genes associated with progression to HCC, characterized HBV strains through phylogenetic analyzes and evaluated risk factors associated with HCC. Were included 119 serum samples from patients with chronic HBV infection that were classified in 2 groups: 60 patients with confirmed HCC diagnosis (group 1) and 59 patients with advanced hepatitis B liver disease without the detection of nodular liver lesions and without HCC (group 2). Data about the age, sex and geographic precedence were obtained from medical records. The patients also answered a questionnaire on risk factors for developing HCC. Biochemical, serological and viral load testing were performed in all samples. Moreover, S/polymerase and precore /core regions of HBV DNA were amplified by nested PCR and sequenced by Sanger method. Sequences were analyzed to identify HBV genotypes and subgenotypes and to detect mutations in the precore/core gene. Patient\'s age and sex did not differ between the two groups. Most of the patients came from the Southeast region, followed by the Northeast region; and six patients were from other countries. Based on the patient\'s surname, they were evaluated concerning Eastern ethnicity, which was similar in the 2 groups. Most of the patients included in this study were HBeAg negative and showed viral load bellow 2,000 IU/mL. Concerning the biochemistry assays, statistically significant differences in serum levels of AFP (p = 0.0013), AP (p = 0.0003) and GGT (p = 0.005) were found. Among the risk factors analyzed in this study, peanut consumption was the only one statistically significant (p = 0.003). The S/pol region was successfully amplified and sequenced in 58 samples (28 from Group 1 and 30 from Group 2). Among the 58 samples analyzed, 4 genotypes and 8 subgenotypes were identified, subgenotype A1 was the most frequent in both groups and there was no statistically significant difference in the distribution of them between the two groups. In the phylogenetic tree topology built with HBV sequences isolated from patients included in this study and sequences available in GenBank, it was not observed any clustering associated with the clinical profile of the patients (with or without HCC). Sequences of good quality from pre-core/core region were obtained from 44 samples, 20 from group 1 and 24 from group 2. These sequences were analyzed and several mutations were found among which stood out with statistical significance: T1768A (p = 0.006) C1766T + T1768A (p = 0.043) and G1888H (p = 0.05). In addition to the comparative analysis, the changes were subjected to a simple logistic regression analysis which found that the chance of a patient in group 2 developed HCC increases 14.7 times in the presence of HBV infection strains with the T1768A mutation, while infection with HBV strains harboring the mutation G1888H reduces this chance by 2.5 times

O Lúpus Eritematoso Sistêmico (LES) é uma doença auto-imune caracterizada pela deposição de imunocomplexos nos tecidos. O clareamento de imunocomplexos está comprometido no LES, contribuindo para a patogênese da nefrite lúpica. Os receptores Fcg (FcgR) participam do clareamento dos imunocomplexos contendo IgG, pois se ligam à porção Fc desta molécula. O FcgRIIa é um receptor que tem dois alelos co-dominantemente expressos, o R131 e o H131, os quais diferem na sua eficiência em se ligar a subclasses de IgG. Células que expressam o homozigoto FcgRIIa-H/H131 são as únicas que se ligam eficientemente a imunocomplexos contendo IgG2, enquanto as que expressam FcgRIIa-R/R131 o fazem de forma menos eficaz. Este polimorfismo tem sido descrito como fator de risco para nefrite lúpica, embora ainda haja controvérsias. O propósito do nosso estudo foi o de analisar, em uma população de nefrite lúpica e em outra de glomerulopatias primárias, a associação entre o genótipo FcgRIIa-R/R131 e a gravidade da doença renal na sua instalação (definida pelo momento da biópsia renal) e ao final do seguimento, bem como possíveis relações com aspectos histológicos renais. A genotipagem do receptor FcgRIIa foi realizada em 76 pacientes com nefrite lúpica e 63 com glomerulopatias primárias através da extração do DNA genômico, seguido de reação de polimerização em cadeia (PCR) e nested PCR, utilizando-se primers específicos. Os pacientes foram avaliados por parâmetros clínicos e laboratoriais. Setenta e um pacientes com nefrite lúpica realizaram biópsia renal, enquanto 5 que já se encontravam em hemodiálise não a realizaram. Pacientes com glomerulonefrite membranoproliferativa, nefropatia da IgA e glomerulonefrite proliferativa mesangial foram agrupados como glomerulopatias proliferativas enquanto os com glomeruloesclerose segmentar e focal, glomerulopatia de lesões mínimas ou glomerulonefrite membranosa foram agrupados como glomerulopatias não proliferativas. O homozigoto FcgRIIa-R/R131 foi mais prevalente no grupo com nefrite lúpica (42,1% de R/R131 e 14,5% de H/H131) em relação ao grupo com glomerulopatias primárias (23,8% de R/R131 e 23,8% de H/H131), dado este estatisticamente significativo (p<0.05). Houve segregação do genótipo FcgRIIa- R/R131 nos pacientes com nefrite lúpica quando comparados aos com glomerulopatias não proliferativas, mas não quando comparados aos com glomerulopatias proliferativas (p<0.05). Não houve diferença na distribuição genotípica do receptor FcgRIIa em relação a classe histológica de nefrite lúpica, tampouco em relação aos que evoluíram ou não para insuficiência renal (Pcr = 1,4mg/dl ao final do seguimento). Um aumento na frequência do genótipo FcgRIIa- R/R131 foi encontrado nos pacientes com nefrite lúpica apresentando níveis mais elevados de FAN (FAN>1/100) e consumo de complemento C3 (p<0,05), mas não naqueles com presença de anticorpos anti-dsDNA ou anti-fosfolípide (p>0,05). Estes achados sugerem que uma distribuição anormal dos genótipos do receptor FcgRIIa com predomínio do homozigoto R/R131 é um fator importante que pode influenciar o desenvolvimento de nefrite lúpica e de glomerulopatias proliferativas. O genótipo FcgRIIa-R/R131 também está relacionado com maior atividade lúpica (FAN>1/100 e consumo de C3) em pacientes brasileiros. / Systemic lupus erythematosus (SLE) is an autoimmune disease characterized by tissue deposition of immune complexes. Immune complex clearance is impaired in SLE, contributing to the pathogenesis of lupus nephritis. Fcg receptors (FcgR) participate in the clearance of the immune complexes containing immunoglobulin G, because they bind the Fc domain of this molecule. The FcgRIIa receptor has two co dominant alleles, R131 and H131. They differ in their efficiency to bind IgG subclasses. Cells expressing the homozygote FcgRIIa-H/H131 are the only ones, which bind efficiently immune complexes containing IgG2, whereas those expressing FcgRIIa-R/R131 do not. This polymorphism has been described as a risk factor for lupus nephritis. However, reports are still controversial. This study aims to establish the role of FcgRIIa polymorphism in the severity and prognosis of lupus nephritis compared to primary glomerulopathies, and whether it is related to histological findings or not. In 76 patients with lupus nephritis and 63 patients with primary glomerulopathies, genotyping of the FcgRIIa receptor was performed with standard PCR, followed by nested PCR using specific primers. The same patients were assessed according to clinical and laboratory patterns. Seventy-one patients with lupus nephritis underwent biopsy, while five did not since they were already under dialysis. Patients diagnosed as membranoproliferative glomerulonephritis, IgA glomerulonephritis and mesangial proliferative glomerulonephritis were grouped as proliferative glomerulopathies, while those with focal segmental glomerulosclerosis, membranous glomerulonephritis and minimal change disease were grouped as nonproliferative glomerulopathies. The homozygous FcgRIIa-R/R131 was more prevalent in lupus nephritis (42,1% being R/R131 and 14,5% H/H131) than in glomerulopathies (23,8% being R/R131 and 23,8% H/H131). These data were statistically significant (p<0.05). A segregation of the FcgRIIa-R/R131 genotype was found in patients with lupus nephritis compared to nonproliferative glomerulopathies, but not when compared to proliferative glomerulopathies (p<0.05). No relation was found between genotype distribution and histological class or renal insufficiency (end-study serum creatinine = 1.4 mg/dl). The genotype R/R131 was more prevalent in lupus nephritis patients presenting complement 3 (C3) consumption and higher antinuclear factor (ANF) titers, but not in those with antidouble- stranded DNA or antiphospholipid antibodies (p>0.05). We concluded that a skewed distribution of the FcgRIIa genotypes with R/R131 predominance may contribute to the development of lupus nephritis and proliferative glomerulopathy. In Brazilian patients, this polymorphism is also related to more intense lupus activity (ANF > 1/100 and C3 consumption).

Niemann-Pick tipo C (NPC) é uma doença de depósito lisossomal, ocasionada por alterações no tráfico de colesterol não esterificado, decorrente de alterações bialélicas nos genes NPC1 ou NPC2, ambos definindo uma doença autossômica recessiva, progressiva e irreversível, caracterizada por manifestações viscerais, neurológicas e psiquiátricas, não necessariamente combinadas. Com o propósito de descrever as características fenotípicas e genotípicas de pacientes com NPC, objetivou-se relatar dados demográficos, formas clínicas classificadas por idade, sinais e sintomas neurológicos e psiquiátricos, achados de ressonância magnética (RM) de encéfalo e ultrassonografia de abdome, assim como teste de filipin, mutações observadas e o tratamento com N-butyldeoxynojirimycin (Miglustat). De uma casuística de 12 pacientes atendidos entre 2000-2014, por revisão de prontuários, no Ambulatório de Neurogenética do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, havia 7 mulheres e 5 homens, idade média de 20 anos (entre 2 e 42), sendo dez pacientes da etnia branca e dois mulatos, procedentes de 3 estados brasileiros: São Paulo, Mato Grosso do Sul e Minas Gerais. As formas clínicas identificadas foram infantil, juvenil e adulto. A idade do primeiro sintoma neurológico ocorreu entre 1 e 27 anos (media 9,5). Dentre os achados viscerais, dois pacientes encontravam-se assintomáticos, os demais apresentaram icterícia prolongada/colestase, hepatomegalia e esplenomegalia. Todos os pacientes apresentaram em diferentes momentos da evolução manifestações neuropsiquiátricas, tais como: paralisia do olhar vertical, ataxia/quedas, epilepsia, mioclonias, distonia, disartria, disfagia, fraqueza muscular, espasticidade, declínio cognitivo/demência, sintomas psicóticos, atraso escolar, distúrbio de comportamento, cataplexia gelástica e hipotonia neonatal. A idade de diagnóstico variou de 0 a 41 anos, com uma média de 14,5 anos. O tempo entre a idade do primeiro sintoma neurológico e o diagnóstico da doença variou de 0 a 14 anos, tempo médio de 5,3 anos. O teste de Filipin demonstrou seis resultados positivos e seis variantes. A RM de encéfalo apresentou três diferentes tipos de alteração: atrofia cerebral em 6 casos, atrofia cerebelar e desmielinização em 7. A ultrassonografia de Abdome resultou em três alterações: hepatomegalia em 8, esplenomegalia em 10 e hepatoesplenomegalia em 8. O resultado do teste genético molecular em 11 pacientes evidenciou alterações no gene NPC1 e uma paciente não possuía o resultado. A mutação c.3104C>T foi a mais frequente, em oito pacientes; c.3548G>A, de significado incerto, em um paciente, e, as demais mutações encontradas: c.3493G>A, c.3019C>G. O tratamento com N-butyl deoxynojirimycin (Miglustat) foi realizado por todos os pacientes, o tempo entre o diagnóstico e o início da medicação variou de 0 a 9 anos, média de 2,9 anos. Concluímos que o registro da doença NPC deve ser feito através de uma coleta de dados detalhada e contínua, pois sua heterogeneidade fenotípica e genotípica sugerem um número subestimado de casos, não só por sua raridade, mas também pelo desconhecimento da doença, já que há poucos grupos estudados e publicados. O seu reconhecimento precoce, associado ao adequado manejo clínico, podem retardar a progressão implacável da doença e aumentar a expectativa de vida dos pacientes. / Niemann-Pick type C (NPC) is a lysosomal storage disease caused by abnormal unesterified cholesterol trafficking, resulting from biallelic changes in NPC1 or NPC2 genes, both defining an autosomal recessive progressive and irreversible disease characterized by visceral, neurological and psychiatric manifestations, not necessarily combined. In order to describe the phenotypic and genotypic characteristics of patients with NPC, this work aimed to report demographic data, clinical forms classified by age, neurological and psychiatric signs and symptoms, brain magnetic resonance imaging (MRI) and abdominal ultrasound findings, Filipin test, the gene mutations, and the treatment with N-butyldeoxynojirimycin (Miglustat). A series of 12 patients were studied, treated between 2000-2014, by review of medical records of the Neurogenetics Clinic at the Hospital of Clinics, Ribeirão Preto Medical School, Brazil. There were 7 women and 5 men, mean age 20 years (from 2 to 42); 10 caucasian and 2 mulattos, coming from three Brazilian states: São Paulo, Mato Grosso do Sul and Minas Gerais. Infantile, Juvenile and adult clinical forms were identified. The age of the first neurological or psichiatric symptoms occurred between 1 and 27 years (mean 9.5). Among the visceral findings, two patients were asymptomatic, and the others had prolonged jaundice / cholestasis, hepatomegaly and splenomegaly. All patients had at different times of evolution symptoms, such as paralysis of vertical gaze, ataxia/falls, epilepsy, myoclonus, dystonia, dysarthria, dysphagia, muscle weakness, spasticity, cognitive decline/dementia, psychotic symptoms, school delay, disorders behavior, gelastic cataplexy and neonatal hypotonia. Age at diagnosis ranged from 0 to 41 years, with a mean of 14.5 years. The interval between the first signs of the disease and the onset of treatment ranged from zero to 14 years, with an average of 5.3 years. Filipin test resulted six positive and six variant form. The MRI scans showed three different types of changes: brain atrophy in 6 cases, cerebellar atrophy in 7 and demyelination in 7. Abdominal ultrasound revealed 8 patients with hepatomegaly, 10 with splenomegaly and 8 hepatosplenomegaly. The results of the molecular genetic testing on 11 patients showed changes in NPC1 gene and a patient did not have the result. Mutation c.3104C>T was more frequent in eight patients; c.3548G>A, of uncertain significance in a patient, and other mutations found: c.3493G>A and c.3019C>G. Treatment with N-butyl deoxynojirimycin (Miglustat) was carried by all patients; the time between diagnosis and beginning of the treatment ranged from 0 to 9, with an average of 2.9 years. We conclude that NPC disease registry should be done through a collection of detailed and continuous data because their phenotypic and genotypic heterogeneity suggest an underestimated number of cases, not only for its rarity but also by unawareness about the disease, and the fact that there are few published studies. The early recognition, coupled with appropriate clinical management, may slow the progression of the disease and increase life expectancy of patients.

A produtividade de grãos em milho é um caráter altamente complexo e muito dependente das condições ambientais. Neste trabalho de pesquisa, buscouse identificar regiões cromossômicas relacionadas à produtividade de grãos em milho por meio de análises de regressão múltipla stepwise, em vários ambientes. Os dados genotípicos advém da genotipagem de linhagens S2 por 163 locos RFLP, enquanto os dados fenotípicos foram obtidos de experimentos com repetições instalados em 11 locais distintos, nos quais foram avaliados os topcrosses das linhagens com quatro testadores diferentes. Foram selecionadas marcas associadas ao caráter nos diferentes ambientes, posteriormente comparadas a fim de verificar a consistência na expressão de genes das regiões detectadas. De maneira geral, observou-se que a maioria delas é ambiente-específica. Após a seleção das marcas, foi aplicado um índice de seleção de linhagens, baseado nos valores bj da regressão múltipla. O índice é composto pelo valor próprio das linhagens em topcrosses e por uma medida da complementaridade genotípica entre linhagens. As melhores linhagens, segundo o índice de seleção, foram agrupadas por testador e verificouse que a coincidência de linhagens entre locais variou de 48,5% a 80,0%. O emprego de marcadores permitiu verificar que a interação genótipo x ambiente foi devida à alta inconsistência na manifestação das regiões cromossômicas responsáveis pela produtividade de grãos em milho ao longo dos locais. Porém, a coincidência entre as linhagens indica que, mesmo na presença de interação, foi possível selecionar linhagens generalistas. / Grain yield in maize is a complex trait, highly dependent on environmental conditions. Identification of consistent chromosomal regions across environments related to this trait is desirable in the context of marker assisted selection. This work was aimed at identifying regions associated with maize grain yield by stepwise multiple regression analysis in several environments. Maize S2 lines were genotyped by 163 RFLP loci and topcrossed to four different testers. These top crosses were evaluated in 11 locations. Grain yield associated markers were identified for each environment and the consistency of expression of associated genes was verified. Most of the chromosome regions were environment specific. After marker identification for each environment, a selection index was applied, which was composed by the performance of a line in topcross and a measure of genetic complementarity. The best lines were grouped by tester across locations and the coincidence of superior lines varied from 48.5% to 80.0%. The use of molecular markers showed that genotype x environment interaction was due to a high expression inconsistency of chromosome regions related to grain yield in maize across environment. Nonetheless, the coincidence between superior lines indicated the possibility to selecting lines with good performance along environments, even in the presence of genotype x environment interaction.

No estado do Mato Grosso o cultivo do algodão herbáceo ocorre em diferentes condições edafoclimáticas e sob dois sistemas de produção: o sistema empresarial que compreende grandes áreas (entre 100 e 5.000 ha) com uso intensivo de insumos e mecanização, e o sistema familiar caracterizado por pequenas áreas (até 5 ha), menor quantidade de insumos e uso de mão-de-obra familiar. O objetivo deste trabalho foi avaliar a magnitude da interação entre cultivares e locais, o componente predominante da interação (simples ou complexa) e a estabilidade e adaptabilidade fenotípica para o caráter produção de algodão em caroço, nos dois sistemas de produção, através da metodologia de Eberhart e Russell (1966). Os experimentos foram constituídos por 28 cultivares avaliados no delineamento em blocos ao acaso com quatro repetições, em 19 municípios do Estado do Mato Grosso, em três anos agrícolas: 1998/99, 1999/00 e 2000/01. Verificou-se que a ocorrência predominante da interação foi o complexo. Os cultivares ideais, caracterizados por maior produtividade, estabilidade e adaptabilidade ampla () foram IAC/96-319, CNPA 96/1202, ITA-96, ANTARES, FMT-SATURNO e IPR-94 para o sistema empresarial; e EPAMIG PREC-1, CNPA-7H, IAC 97-86 e IPR-96 para o sistema familiar, em 1998/99, 1999/00 e 2000/01, respectivamente, indicando, também, a ocorrência de interação entre cultivares e sistemas de produção. Conseqüentemente, a avaliação de cultivares do programa de melhoramento do algodoeiro deve adotar critérios específicos para cada sistema de produção, empresarial ou familiar. / In the state of Mato Grosso, cotton is grown under different environmental conditions and two production systems: the high input system in large areas (100 to 5,000 ha), and the low input system in small areas (up to 5 ha), where only the family labor is used. The objective of this research was to evaluate the magnitude of the cultivar by location interaction, the main component of the interaction (simple or complex) and the phenotypic stability and adaptability for the trait cotton seed yield for both systems, based on Eberhart & Russell (1966)’s method. The yield trials were carried out in 19 locations of the Mato Grosso state, across three crop seasons: 1998/99, 1999/00 and 2000/01. Each experiment consisted of 28 cultivars, evaluated in a randomized block design with four replications. Cultivar by location interaction was detected for the three crop seasons, while the complex component explained most of this interaction, since the cultivar performances were not consistent over different locations. The best cultivars, characterized by higher yield, stability and broad adaptability (1=b), were IAC/96-319, CNPA 96/1202, ITA-96, ANTARES, FMT-SATURNO and IPR-94 under the high input system and EPAMIG PREC-1, CNPA-7H, IAC 97-86 and IPR-96 under the low input system, respectively for 1998/99, 1999/00 e 2000/01 crop seasons, indicating the occurrence of cultivar by production system interaction as well. Consequently, the evaluation of cultivars in cotton breeding programs must take into account the two production systems, with specific criteria for each one of them.