A criptosporidiose já foi descrita em várias espécies animais, incluindo várias espécies de aves. É considerada uma das principais infecções por protozoários em aves das ordens Anseriformes, Charadriformes, Columbiformes, Galliformes, Passeriformes, Psittaciformes e Struthioniformes. Três espécies de Cryptosporidium infectam aves: Cryptosporidium baileyi, Cryptosporidium galli e Cryptosporidium meleagridis, além de vários genótipos distintos geneticamente, como os genótipos I, II, III, IV e V de aves. Cryptosporidium galli e Cryptosporidium genótipo III de aves estão relacionados com infecções crônicas no proventrículo, de forma semelhante à infecção por Cryptosporidium serpentis, em serpentes. Vários métodos de diagnóstico são utilizados para detecção do parasito, mas somente aqueles com base em biologia molecular são capazes de determinar a espécie de Cryptosporidium. O projeto teve com objetivo o desenvolvimento da PCR duplex em tempo real, tendo como alvo o gene da subunidade 18S do rRNA, por meio de ensaio TaqMan, para detecção de DNA de C.galli e Cryptosporidium genótipo III de aves, e avaliar os atributos diagnósticos da PCR duplex em tempo real quando comparada à nested PCR, utilizando 1027 amostras fecais de aves das ordens Passeriformes e Psittaciformes. A PCR duplex em tempo real apresentou positividade em 580/1027 (56,47%) para C. galli, enquanto que a nested PCR resultou em positividade para Cryptosporidium spp. em 104/1027 (10,13%) amostras. Para Cryptosporidium genótipo III de aves, houve positividade em 21/1027 (2,04%). A PCR duplex em tempo real resultou em alta especificidade analítica quando foram utilizadas amostras de DNA de outras espécies e genótipos de Cryptosporidium. A única exceção foi a amplificação de DNA de C. serpentis, com a utilização de primers e sonda para detecção de Cryptosporidium genótipo III de aves, porém, com uma baixa eficiência de amplificação. Foram identificados novos hospedeiros aviários para ambas as espécies gástricas, assim como foi possível a identificação de C. baileyi e, pela primeira vez no Brasil, de Cryptosporidium genótipo V de aves. Conclui-se que a PCR duplex em tempo real desenvolvida neste estudo é um recurso que apresenta rapidez e confiabilidade para diagnóstico de criptosporidiose gástrica em aves / Cryptosporidiosis has been described in several animal species, including many species of birds, and is considered a major protozoan infection of the orders Anseriformes, Charadriformes, Columbiformes, Galliformes, Passeriformes, Psittaciformes and Struthioniformes. Three species of Cryptosporidium are valid in birds: Cryptosporidium baileyi, Cryptosporidium meleagridis and Cryptosporidium galli; beside these species, there are several genotypes genetically distinct, as avian genotypes I, II, III, IV and V. Cryptosporidium galli and Cryptosporidium avian genotype III are related to chronic infections in proventriculus, similar to Cryptosporidium serpentis infection in snakes. Several methods are used for cryptosporidiosis diagnosis, but only those based on molecular biology are able to determine the Cryptosporidium species and genotypes. The aim of this project was the development of a duplex real-time PCR targeting 18S subunit of rRNA gene, by TaqMan assay, to detect DNA of C. galli and Cryptosporidium avian genotype III, and to evaluate the diagnostic attributes of the duplex real-time PCR compared to nested PCR, using 1027 fecal samples from birds of the orders Passeriformes and Psittaciformes. The duplex real time PCR showed positivity in 580/1027 (56.47%) for C. galli, whereas nested PCR was positive for Cryptosporidium spp. in 104/1027 (10.13%) samples. For Cryptosporidium avian genotype III, there was positivity in 21/1027 (2.04%) samples. The duplex real time PCR resulted in high analytical specificity when tested using DNA samples from other Cryptosporidium species and genotypes. The only exception was the amplification of DNA from C. serpentis with primers and probe for the detection of Cryptosporidium avian genotype III, although with lower efficiency. New avian hosts were identified for both gastric species, as well as it was possible to identify C. baileyi and, for the first time in Brazil, Cryptosporidium avian genotype V. It was concluded that the duplex real time PCR developed in this study is a fast and reliable tool for diagnosis of gastric cryptosporidiosis in birds.

É comum o estudo da estabilidade fenótipica em genoótipos de cana-de-açúcar. Varias são as metodologias para estudar a interação genótipos x ambientes (G x E). O desafio para os melhoristas é encontrar variedades de cana-de-açúcar com desempenho superior em diversos ambientes, ou seja, que sejam altamente produtivas e também responsivas com a melhoria do ambiente. O estudo das metodologias permite verificar se determinada técnica biométrica é eficiente para expressar o comportamento de genótipos em vários ambientes e tambem permite aprimorá-las para que as conclusões sejam mais confiáveis. Este trabalho teve como objetivo comparar dois métodos de regressão utilizados para avaliar a estabilidade fenótipica em variedades de cana-de-açúcar: o linear, de Cruz, Torres e Vencovsky (1989) e o não-linear, de Toler e Burrows (1998). Foram utilizados dados da variável tonelada de cana por hectare - TCH, fornecidos pelo Programa de Melhoramento Genetico da Cana-de- Acucar da UFSCar, compreendendo sete locais e 18 genótipos de cana-de-açúcar. Quando se realizou o enquadramento dos genotipos nos diferentes grupos, 17 genotipos dos 18 avaliados enquadraram-se nos mesmos grupos em ambos os métodos. Os coeficientes de determinação foram similares, sendo que 11 genótipos apresentaram melhor ajuste ao modelo de Cruz et al., enquanto que este numero foi de sete para o modelo de Toler e Burrows. As análises indicaram que ambas metodologias produziram resultados similares. / It is common to study the phenotypic stability of sugarcane genotypes. There are several methods to study the genotype by environment interaction . The challenge for breeders is to nd varieties of sugarcane with superior performance dierent environments, i.e, that are highly productive and responsive to environmental improvement. The study of methodologies allows to verify whether certain technique biometrics is eective to express the behavior of genotypes in several environments and it also allows improving them so that the conclusions are more reliable. This study aimed to compare two regression methods used to evaluate the phenotypic stability of varieties of sugarcane: the linear method by Cruz, Torres e Vencovsky (1989), and non-linear, by Toler and Burrows (1998). We used the variable data tons of cane per hectare - TCH, which were provided by the Genetic Improvement Program of Sugarcane in UFSCar, including seven locations and 18 genotypes. When genotypes were grouped according to stability and yield, 17 of the 18 genotypes evaluated were classied in the same groups, in both methods. The coecients of determination were similar, 11 genotypes showing better adjustment to the model of Cruz et al., while this number was seven for the Toler and Burrows\' model. The analysis indicated that both methodologies produced similiar results.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2016-08-17T12:29:26Z No. of bitstreams: 1 Ulisses Vieira Guimaraes.pdf: 877634 bytes, checksum: cafb89d2c3ac8722437ff1ee2a838a65 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-17T12:29:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ulisses Vieira Guimaraes.pdf: 877634 bytes, checksum: cafb89d2c3ac8722437ff1ee2a838a65 (MD5) Previous issue date: 2010-02-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The objective of this study was to assess the magnitude of the interaction between genotypes of cane sugar and environments and the adaptability and stability to the character of total sugar recovered (TSR) using the methodology proposed by Wricke (1965), Eberhart and Russell (1966), Cruz, Torres and Vencovsky (1989) and Annic-chiarico (1992). It was evaluated eight genotypes of sugar cane cultivated in Usina Trapiche in the State of Pernambuco and Usina Serra Grande in the State of Ala-goas. The experimental design was a randomized block design with four blocks during the period 2004 to 2008, referring to cuts, sugarcane, ratoon, second ratoon cane and fourth leaf, respectively. It was observed differences among genotypes within each environment. The evaluation of genotypes, has highlighted the G8 genotype to obtain the average productivity of TSR above the overall average, adaptable and suitable for all types of environments, according to Eberhart and Russell (1966), Cruz et al. (1989) and Annichiarico (1992), and high stability by the methods listed above and Wricke (1965). The G5 was the most productive, adaptable to all types of envi-ronments, but as it presents low stability, its behavior is unpredictable. At unfavorable environments, the genotype G4 was the best, with high productivity and good rre-sponse to environmental changes. It was noted a strong association between the results of the methods Eberhart and Russell (1966) and Cruz et al. (1989), which are based on linear regression analysis and simple linear regression bissegmented re-spectively. The use of methods of adaptability and stability in combination can be interesting and add information about the performance of genotypes evaluated, how-ever, the use of these methods, based on the same statistic is not recomendable. / O objetivo deste trabalho foi o de avaliar a magnitude da interação entre genótipos de cana-de-açúcar e ambientes e a adaptabilidade e estabilidade para o caráter açúcares totais recuperados (ATR) por meio dos métodos propostos por Wricke (1965), Eberhart e Russell (1966), Cruz, Torres e Vencovsky (1989) e Annicchiarico (1992). Foram avaliados oito genótipos de cana-de-açúcar cultivados na Usina Trapiche no Estado de Pernambuco e Usina Serra Grande no Estado de Alagoas. O delineamento estatístico utilizado foi o de blocos ao acaso com quatro repetições durante o período de 2004 a 2008, referentes aos cortes: cana-planta, cana-soca, cana-ressoca e quarta folha, respectivamente. Verificou-se a existência de diferenças significativas entre os genótipos dentro de cada ambiente. Dos genótipos avalia-dos, tem-se em destaque o genótipo G8 por obter a média de produtividade de ATR acima da média geral, adaptável e recomendado para todos os tipos de ambientes, segundo os métodos Eberhart e Russel (1966), Cruz et al. (1989) e Annichiarico (1992), e alta estabilidade segundo os métodos já citados e Wricke (1965). O G5 foi o mais produtivo, adaptável a todos os tipos de ambientes, no entanto apresenta baixa estabilidade, isto é, seu comportamento é imprevisível. Em ambientes desfavoráveis, se destaca o genótipo G4, com alta produtividade e responde bem às mu-danças ambientais. Notou-se uma forte associação entre os resultados dos métodos Eberhart e Russell (1966) e Cruz et al. (1989), sendo estes baseados em análise de regressão linear simples e regressão linear bissegmentada, respectivamente. A utilização de métodos de análise de adaptabilidade e estabilidade de forma combinada pode ser interessante e agregar informações a respeito do comportamento dos genótipos avaliados, no entanto, o uso desses métodos, baseados em mesma estatística, é desaconselhável.

The aim of this work was to evaluate the performance of sweet potato (Ipomoea batatas L.) clones cultivated in three counties of Sergipe, Brazil. The experimental design was randomized blocks with three replications. We tested 28 accessions and three cultivars (Brazlândia Branca, Brazlândia Rosada and Palmas) of sweet potato grown in three counties of the Sergipe State (São Cristóvão, Malhador e Canindé de São Francisco). The analyzed variables were: dry weight of aerial part, dry matter content of aerial part, total root yield, total yield of marketable roots, weight per root, root form, resistance to soil insects, dry matter content of roots, starch content in the roots, yield of starch, ethanol and ethanol per ton of root. We realized an analysis of variance per local and a joint analysis of variance to analyze the genotype x environment interaction. We observed for cultivar Brazlândia Branca and the accessions IPB-075, IPB-079 and IPB-087 values of total yield of roots from 27.83 to 43.01 t.ha-1, from 29.64 to 63.28 t.ha-1, from 30.44 to 41.67 t.ha-1, from 35.12 to 48.18 t.ha-1, respectively, and values of total yield of marketable roots from 27.70 to 42.41 t.ha-1, from 26.63 to 63.17 t.ha-1, from 26.77 to 41.66 t.ha-1, and from 30.86 to 46.28 t.ha-1, respectively and scores of resistance to soil insects from 1.20 to 1.81, from 1.53 to 2.02, from 1.59 to 1.88, and from 1.74 to 2.37, respectively. For ethanol yield the clones IPB-075, IPB-087 and the cultivar Palmas, with their respective values of intervals in the three environments, we observed values from 5910.39 to 8516.12 L.ha-1, from 5141.85 to 6937.63 L.ha-1 and from 5829.62 to 8211.77 L.ha-1 for São Cristóvão, Malhador and Canindé de São Francisco, respectively. There were significant differences for genotypes, environments and genotype x environment for all variables. Estimates of heritability (h2) were above 50% for all variables except for resistance to soil insects in the Malhador county (15.39%) and Canindé de São Francisco (40.41%). The values of the CVg/CVe ratio for dry weight of aerial part, total yield of roots, total yield of marketable roots, root form, resistance to soil insects, dry matter content of roots, starch content in roots and ethanol per ton of roots were high, justifying their use in breeding programs. All genotypes showed variability in each environment with exception for the variable resistance to soil insects in the Malhador county, and between environments, with exception for the variable dry weight of aerial part. / O objetivo do presente trabalho foi avaliar o desempenho de clones de batata-doce (Ipomoea batatas L.) cultivados em três municípios de Sergipe. O delineamento experimental foi de blocos ao acaso, com três repetições. Testou-se 28 acessos e três cultivares (Brazlândia Branca, Brazlândia Rosada e Palmas) de batata-doce em três municípios do Estado de Sergipe (São Cristóvão, Malhador e Canindé de São Francisco). As variáveis analisadas foram: massa seca da parte aérea, teor de matéria seca da parte aérea, rendimento total de raízes, rendimento total de raízes comerciáveis, massa por raiz, formato de raiz, resistência a insetos de solo, teor de matéria seca das raízes, teor de amido nas raízes, rendimento de amido, etanol e etanol por tonelada de raiz. Realizou-se a análise de variância por local e a conjunta para analisar a interação genótipo x ambiente. Observou-se, para cultivar Brazlândia Branca e os acessos IPB-075, IPB-079 e IPB-087 valores de 27,83 a 43,01 t.ha-1, 29,64 a 63,28 t.ha-1, 30,44 a 41,67 t.ha-1, 35,12 a 48,18 t.ha-1 de rendimento total de raízes, respectivamente, de 27,70 a 42,41 t.ha-1, 26,63 a 63,17 t.ha-1, 26,77 a 41,66 t.ha-1, 30,86 a 46,28 t.ha-1 de rendimento total de raízes comerciáveis, respectivamente, e de 1,20 a 1,81, 1,53 a 2,02, 1,59 a 1,88, 1,74 a 2,37 de nota de resistência a insetos do solo, respectivamente. Para rendimento de etanol os clones IPB-075, IPB-087 e a cultivar Palmas, com respectivos intervalos de valores nos três ambientes, observou-se de 5.910,39 a 8.516,12 L.ha-1, 5.141,85 a 6.937,63 L.ha-1 e 5.829,62 a 8.211,77 L.ha-1 para São Cristóvão, Malhador e Canindé de São Francisco, respectivamente. Houve diferença significativa para genótipos, ambientes e genótipos x ambientes para todas as variáveis. As estimativas da herdabilidade (h²) apresentaram-se acima de 50% para todas as variáveis com exceção da variável resistência a insetos do solo em Malhador (15,39%) e Canindé do São Francisco (40,41%). Os valores da razão CVg/CVe para massa seca da parte aérea, rendimento total de raízes, rendimento total de raízes comerciáveis, formato de raiz, resistência a insetos do solo, teor de matéria seca das raízes, teor de amido nas raízes e etanol por tonelada de raiz foram altos, justificando sua utilização em programas de melhoramento. Todos os genótipos apresentaram variabilidade dentro de cada ambiente com exceção para a variável resistência a insetos de solo no ambiente de Malhador, e entre ambientes, com exceção para a variável massa seca da parte aérea.

Orientadores: Fernando Lopes Gonçales Junior, Neiva Sellan Lopes Lopes Gonçalves / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-05T09:07:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Corghi_DanielaBrambila_M.pdf: 459057 bytes, checksum: 1b987bc8d3a81c9e46ae85afcfc30e75 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: A hepatite pelo vírus C (HVC) é uma doença amplamente disseminada e de curso geralmente insidioso. Considera-se que 50 a 80% dos indivíduos com HVC aguda evoluirão para cronicidade. Cerca de 50% vão necessitar tratamento específico com algum tipo de interferon combinado, ou não, à ribavirina. O principal objetivo do tratamento da HVC crônica é obter-se uma resposta virológica sustentada (RVS). O interesse no estudo da hepatite C e alelos HLA classe II (loci DRB1 e DQB1) se deve ao fato de o Sistema HLA apresentar associação com várias patologias. Foram estudados 102 pacientes etnicamente miscigenados, não-aparentados, infectados pelo vírus da hepatite C (VHC), com anti-HIV e HBsAg negativos atendidos no Hospital das Clínicas da UNICAMP. Foi possível determinar o genótipo do VHC em 98 indivíduos e realizou-se a biópsia hepática em 83 pacientes. A genotipagem dos alelos HLA classe II (loci DRB1 e DQB1) foi realizada nos 102 pacientes pela técnica de PCR-SSP de baixa resolução. Os 102 pacientes foram tratados com IFN isolado ou associado à ribavirina ou PEG-IFN associado à ribavirina por 6 ou 12 meses de acordo com o genótipo do VHC. Destes 102, 51% dos pacientes apresentaram RVS ao tratamento. Correlacionando-se a presença dos alelos HLA-DRB1 e HLA-DQB1 com o genótipo do VHC e resposta virológica observou-se associação entre menor porcentual de RVS com a presença dos alelos HLA-DQB1*03 e HLA-DQB1*06 em pacientes infectados pelo genótipo 3. Observou-se associação entre a presença do alelo HLA-DRB1*04 e maior freqüência de cirrose hepática nos pacientes com HVC crônica. Encontrou-se uma freqüência 2,7 vezes maior do alelo HLA-DRB1*07 nos indivíduos infectados pelo VHC do que na população geral. Observamos associação estatisticamente significante entre a presença do alelo HLA-DQB1*02 e infecção pelo VHC quando comparado ao grupo controle. Houve concomitância da presença dos alelos HLA-DRB1*13 e HLA-DQB1*02 nos pacientes que não apresentaram RVS. Não encontramos associação entre presença dos alelos HLA-DRB1 e HLA-DQB1 quando comparamos pacientes com RVS e pacientes sem RVS. Este trabalho permitiu estabelecer relações entre o Sistema HLA e a hepatite C em pacientes brasileiros / Abstract: Hepatitis C virus (HCV) infection becomes chronic in most cases, with only 10-20% of those infected not developing persistent viraemia. The knowledge of host factors that influence the course of the disease is still limited. The immune response to HCV may be an important determinant of disease resolution and can be influence by a number of host factors. We investigated the distribution of HLA class II alleles in patients with chronic hepatitis C using a low-resolution PCR-sequence-specific-primer method to assess whether MHC class II alleles are associated with HCV infection and with their response to interferon therapy. One hundred and two unrelated white Brazilian patients with confirmed chronic HCV infection were included in this study. Fifty-two patients with sustained viral response after therapy (responder) and 50 patients without sustained viral response (non-responder) after completion of therapy were included in this study. The HLA-DRB1*07 allele was significantly more frequent in chronic hepatitis C patients than in controls. The higher frequencies of HLA-DRB1*13 and HLA-DQB1*02 in these patients were not significantly different after P correction. There was no significant difference between the phenotype frequencies of HLA-DRB1 and HLA-DQB1 alleles in responder with non-responder patients. We found that HLA-DRB1*07 is associated with chronic HCV infection / Mestrado / Mestre em Farmacologia

Orientador: Jose Dirceu Ribeiro / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-07T02:23:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sakano_Eulalia_D.pdf: 4393830 bytes, checksum: 9f6f7365bd3d89dbba87535f36bbc052 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Muitos estudos têm avaliado os aspectos clínicos e funcionais do comprometimento das vias aéreas inferiores na fibrose cística (FC). Entretanto, poucos estudos têm sido realizados para avaliar as alterações clínicas e funcionais das vias aéreas superiores. O objetivo do presente trabalho foi correlacionar variáveis obtidas por endoscopia nasossinusal, laboratoriais e tomográficas dos seios paranasais e, verificar a associação com a gravidade e o genótipo de pacientes com fibrose cística, de um centro universitário de referência em tratamento de FC no Brasil. Realizou-se um estudo clínico, laboratorial com 50 fibrocísticos. Todos foram submetidos a tomografia computadorizada dos seios paranasais, estudo genético das mutações da FC, endoscopia nasossinusal e bacterioscopia dos seios maxilares, orofaringe e traquéia. A gravidade da FC foi avaliada pelo escore de Shwachman. A prevalência de polipose na população estudada foi de 36% e maior entre homozigotos para ?F508. O escore de Shwachman correlacionou-se com a idade. Não houve correlação do genótipo e do grau de gravidade com as outras variáveis estudadas. Os sujeitos apresentaram alta prevalência de colonização precoce para P. aeruginosa. Concluiu-se que a doença sinusal em pacientes fibrocísticos é muito freqüente, apresenta alterações nasofibroscópicas, tomográficas e clínicas, embora a maioria das variáveis estudadas, não apresenta correlação com a gravidade e o genótipo da doença / Abstract: Many studies have assessed clinical and functional aspects of lower airway affections in cystic fibrosis. Conversely, few studies have been performed to assess the clinical and functional affections of upper airways. The objective of the present study was to correlate the variables obtained by nasal and paranasal sinuses endoscopy, paranasal sinus laboratory and computed tomography (CT) scan findings, and to check the association with severity and genotype of cystic fibrosis patients. Clinical and laboratory study of 50 patients with cystic fibrosis at a university center. All patients were submitted to CT scan, nasal and paranasal endoscopy and bacterioscopy of maxillary sinus, trachea and oropharynx secretion. Severity of cystic fibrosis was assessed by Shwachman score and the most frequent genetic mutations were identified. The prevalence of polyposis in the studied population was 36% and it was greater among homozygote for ?F 508. Shwachman score was correlated with age (p=0,003). The genotype was correlated with nasal polyposis (p=0,006). There was no association between affections in CT scan and severity of cystic fibrosis (CF). Patients presented high prevalence of early colonization of Pseudomonas aeruginosa. Sinus disease in CF patients are very frequent and presents several clinical, endoscopic and tomographic affections and most of them are not correlated with severity and disease genotype / Doutorado / Otorrinolaringologia / Doutor em Ciências Médicas

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-10-23T18:01:50Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 15820854 bytes, checksum: 05a1d316d60a8fce289637e8e8a312b2 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-23T18:01:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 15820854 bytes, checksum: 05a1d316d60a8fce289637e8e8a312b2 (MD5) Previous issue date: 1987-07-22 / Foram conduzidos 18 ensaios em diferentes localidades e épocas, no ano agrícola I984/85, no Mato Grosso do Sul, com o objetivo de avaliar a representatividade de locais e/ou épocas de semeadura, a inclusão de épocas de semeadura para melhorar a eficiência da seleção de cultivares e linhagens para diferentes regiões e estimar a adaptabilidade e estabilidade fenotípica de II genótipos de soja. Os ensaios conduzidos em diferentes localidades e/ou épocas de semeadura apresentaram uma tendência a alterar significativamente a ordem de classificação dos cultivares e linhagens, sendo maior para o carater produção de grãos do que para outros caracteres. Verificou-se maior possibilidade de substituir um ensaio por outro com relação aos caracteres altura de planta e número de dias para maturação do que para produção de grãos. A seleção de genótipos pode ser feita de maneira mais eficiente por meio da escolha de ambientes a serem agrupados, envolvendo localidades e épocas de semeadura. A combinação de IO localidades na época em que tradicionalmente são conduzidos os ensaios finais, não se mostrou eficiente para a seleção de cultivares e linhagens para todo o Estado do Mato Grosso do Sul. O agrupamento das cinco localidades da regiao Centro-Norte do Estado e o plantio na época tradicional não representaram bem esta região. Apenas o agrupamento região Sul (Grande Dourados) parece estar sendo eficiente com respeito à seleção de cultivares mais bem adaptados as condições desta região. / Lattes e CPF não encontrado. Dissertação antiga.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2017-03-23T13:56:07Z No. of bitstreams: 2 Tese - Paulo Marcelo de Faria Vasconcelos - 2016.pdf: 2907269 bytes, checksum: 8be002cc2fa5b671e5695027d86a00dd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-03-24T11:00:39Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Paulo Marcelo de Faria Vasconcelos - 2016.pdf: 2907269 bytes, checksum: 8be002cc2fa5b671e5695027d86a00dd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T11:00:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Paulo Marcelo de Faria Vasconcelos - 2016.pdf: 2907269 bytes, checksum: 8be002cc2fa5b671e5695027d86a00dd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-09-30 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The larynx has important functions in the body, such as speech and breath. A particular pathology that affects this anatomical site will bring serious physiological problems, having a significant impact on quality of life of the patient. The aim of this study was to evaluate the clinical and epidemiological data, social-demographic and molecular patients diagnosed with squamous cell carcinoma (SCC) of the larynx of the Registro de Câncer de Base Populacional of Goiania (RCBP) of the Associação de Combate ao Câncer in Goiás (ACCG), analyzing the data of 63 patients followed over a period of 6 years. This study was conducted at the Núcleo de Pesquisa Replicon (PUC-GO) and LaGene (SES-GO), in order to evaluate the clinical and epidemiological characteristics and molecular related to cancer of the larynx. This study found no association between biometabolism genes of xenobiotics (CYP1A1, GSTM1 and GSTT1) and susceptibility to SCC of the larynx. Additionally, the study of polymorphism in codon 72 of TP53 revealed that individuals Pro/Pro develop cancer of the larynx later than the Arg/Arg and Arg/Pro patients. Comparing the case and control groups were observed an increased risk of developing cancer of the larynx in the presence of the Arg/Pro genotype 2.7 times. The HPV genome rate was 3% of analyzed samples (HPV16/45 and HPV11), all for Arg/Arg individuals. The SCC larynx, in this study, occurred 3.5 times more men than women. Patients with tobacco habits and chronic alcoholic and concomitant feature a significantly lower survival compared to patients without such habits at an interval of six years. Additionally, the overall survival of the larynx was approximately 66% in six years. This observation is directly related to smoking and concomitant alcoholic habits, strengthening the participation of these factors in the initiation and progression of SSC larynx. Additional changes in previously studied areas and the investigation of other factors associated with laryngeal carcinomas can be important tools in estimating the prognosis of tumor progression and hence improving the quality of life of patients. / A laringe possui funções importantes para o organismo, como fonação e respiração. Uma determinada patologia que acomete esse sítio anatômico trará sérios problemas fisiológicos, tendo um impacto expressivo na qualidade de vida do paciente. O objetivo deste estudo foi avaliar os dados clínico-epidemiológicos, sócio-demográficos e moleculares de pacientes diagnosticados com carcinoma espinocelular da laringe do Registro de Câncer de Base Populacional de Goiânia (RCBP) da Associação de Combate ao Câncer em Goiás (ACCG), analisando os dados de 63 pacientes acompanhados num período de 6 anos. O presente estudo foi conduzido no Núcleo de Pesquisas Replicon (PUC-GO) e no LaGene (SES-GO), no qual foram avaliadas as características clínico-epidemiológicas e moleculares relacionadas ao câncer da laringe. O presente estudo não observou associação entre os genes de biometabolismo de xenobióticos (CYP1A1, GSTM1 e GSTT1) e a suscetibilidade de câncer de células escamosas (CCE) de laringe. Adicionalmente, o estudo do polimorfismo do códon 72 do gene TP53 revelou que indivíduos Pro/Pro desenvolveram câncer da laringe mais tardiamente do que os pacientes Arg/Arg e Arg/Pro. Comparando os grupos caso e controle, foi observado um risco maior de desenvolver câncer de laringe com a presença do genótipo Arg/Pro de 2,7 vezes. A frequência do genoma do HPV foi de 3% das amostras analisadas (HPV11 e 16/45), todos para indivíduos Arg/Arg. O CCE de laringe, no presente estudo, acometeu 3,5 vezes mais homens, do que mulheres. Os pacientes com hábitos tabagista e etilista crônicos e concomitantes apresentam uma sobrevida consideravelmente menor, quando comparados aos pacientes que não apresentam tais hábitos em um intervalo de 6 anos. Adicionalmente, a sobrevida geral da laringe foi de aproximadamente 66% em seis anos. Tal observação está diretamente relacionada aos hábitos tabagistas e etilistas concomitantes, reforçando a participação desses fatores na iniciação e progressão do CCE de laringe. Alterações adicionais em regiões previamente estudadas e a investigação de outros fatores associados aos carcinomas laríngeos poderão vir a ser ferramentas importantes na estimativa do prognóstico da progressão tumoral e, consequentemente, na melhoria da qualidade de vida dos pacientes.

O presente estudo teve por objetivo estudar os efeitos da interação genótipo x ambiente sobre as características peso à desmama, peso ao sobreano e ganho de peso da desmama ao sobreano em bovinos da raça Nelore. Foram analisados 58.032 registros de peso à desmama ajustados para 205 dias (PD), 46.032 registros de peso ao sobreano ajustados para 550 dias (PS) e 45.844 registros de ganho de peso da desmama ao sobreano ajustados para 345 dias (GP), originários de três rebanhos distintos. Os dados foram submetidos a dois métodos de análises: no primeiro, processaram-se análises unicaracterísticas para os rebanhos individuais e para o conjunto formado pelos três rebanhos, e análises tri-características para os dados de cada rebanho, em que as mesmas características foram consideradas como variáveis distintas. Foi utilizado o programa GIBBS2F90, sob abordagem bayesiana. As estimativas dadas pelas médias dos coeficientes de herdabilidade para PD, PS e GP variaram de 0,09 a 0,24, 0,24 a 0,44 e 0,09 a 0,31, respectivamente. Nesta mesma ordem, as correlações genéticas das mesmas características nos diferentes ambientes variaram de 0,88 a 0,93, 0,85 a 0,98 e 0,75 a 0,97. As correlações entre as DEPs dos touros nos ambientes variaram de 0,97 a 0,99, 0,69 a 0,95 e 0,77 a 0,98 para PD, PS e GP, respectivamente. No segundo método, utilizou-se um modelo de regressão aleatória para descrever alterações nos valores genéticos dos animais em função do gradiente ambiental, formado pelos grupos contemporâneos. As análises foram feitas pelo programa INTERGEN, também sob enfoque bayesiano. As estimativas dos coeficientes de herdabilidade para PD, PS e GP variaram de 0,06 a 0,44, 0,19 a 0,63 e 0,20 a 0,40, respectivamente. As correlações genéticas entre intercepto e inclinação das normas de reação foram de 0,75, para PD, 0,76 para PS e 0,34 para GP. As correlações entre os valores genéticos dos touros nos ambientes variaram de -0,38 a 0,99, 0,79 a 1,00 e 0,68 a 0,99 para PD, PS e GP, respectivamente. Os resultados de ambos os métodos apontaram efeito da interação genótipo x ambiente sobre as características nos rebanhos incluídos neste estudo, especialmente sobre a classificação dos touros. / The objective of the present study was to evaluate the genotype by environment interaction effect on weaning weight, post-weaning weight and post-weaning weight gain in Nellore cattle. It were analyzed 58,032 records of weaning weight adjusted for 205 days (PD), 46,032 records of post-weaning weight adjusted for 550 days (PS) and 45,844 records of post-weaning weight gain adjusted for 345 days (GP), originated from three distinct herds. Those data were analyzed applying two different methods: in the first proceeding, the data set of the three herds separately and the data set composed by all herds in one was submitted to single-trait analysis, while a three-trait analysis considered the same trait as a distinct variables in different herds. The variance components were estimated by GIBBS2F90, under bayesian inference. The estimates given by the means of heritability coefficients for PD, PS and GP ranged from 0.09 to 0.24, 0.24 to 0.44 and 0.09 to 0.31, respectively. In the same sequence, the genetic correlation among the same traits in different environments varied from 0.88 to 0.93, 0.85 to 0.98 and 0.75 to 0.97. The correlation between sire\'s EPDs in the environments ranged from 0.97 to 0.99, 0.69 a 0.95 and 0.77 to 0.98 for PD, PS and GP, respectively. In the second method, a random regression model was performed in order to describe changes in breeding values as a function of the gradient environment, arranged by contemporary groups. The analyses were performed by INTERGEN, also under bayesian inference. The estimates of heritability coefficients for PD, PS and GP ranged 0.06 to 0.44, 0.19 to 0.63 and 0.20 to 0.40, respectively. The genetic correlation between level and slope of reaction norms were 0.75 for PD, 0.76 for PS and 0.34 for GP. The correlation between sire\'s breeding values in the environments ranged from - 0.38 to 0.99, 0.79 to 1.00 and 0.68 to 0.99 for PD, PS and GP, respectively. The results of both methods shown effect of genotype by environment interaction over the traits in herds included in this study, especially over the ranking of sires.

Objetivou-se com o presente estudo foram caracterizar e definir ambientes homogêneos de produção de bovinos de corte compostos no Brasil com relação às variáveis climáticas e geográficas, utilizando técnicas exploratórias multivariadas. Verificar a presença de interação genótipo-ambiente (GxE) nas características peso ao nascimento (PN), peso a desmama (PD), ganho de peso da desmama ao sobreano (GP), perímetro escrotal (PE) e musculosidade (MUS). Pela análise de agrupamento não-hierárquico foram agrupadas as regiões similares com relação às variáveis ambientais. Foram formados seis grupos de fazendas. A inclusão do efeito de interação touro-grupo foi avaliada em análises uni-característica. Comparou-se um modelo com o efeito de interação touro-grupo com outro sem esse efeito. Incluir o efeito de interação touro-GEO no modelo de avaliação genética do PN, PD e PE não resultou melhor ajuste aos dados, no entanto não deve ser descartada a hipótese de se considerar outros tipos de efeitos de GxE. Foram estimados parâmetros genéticos por meio de análises multi-característica, considerando-se a mesma característica como diferente em cada grupo de fazendas. Foi verificada heterogeneidade de variância para todas as características. Os coeficientes de herdabilidade nos grupos de fazendas para PN, PD, GP, PE e MUS variaram de 0,15 a 0,25; 0,16 a 0,25; 0,10 a 0,20; 0,17 a 0,31 e 0,17 a 0,24, respectivamente. As correlações genéticas variaram de 0,19 a 0,90 para PN, -0,02 a 0,92 para PD, 0,31 a 0,93 para GP, 0,64 a 0,89 para PE e de 0,18 a 0,80 para MUS nos grupos fazendas. As diferentes estimativas de herdabilidade obtidas entre grupos de fazendas implicam resposta à seleção diferenciada conforme o ambiente em que os animais são criados e selecionados. Pelas correlações genéticas entre as características nas diversas regiões, constatou-se GxE, indicando que os melhores reprodutores para uma determinada região não são sempre os mesmos para as demais. Um modelo hierárquico de norma de reação sob abordagem Bayesiana também foi utilizado para estimação dos componentes de variância, parâmetros genéticos e verificação da existência de GxE. Os gradientes ambientais baseados nas soluções para o efeito de grupo de contemporâneos para PN, PD, GP e PE foram -6,45 a +4,75 kg, -65 a +65 kg, -72 a +112 kg e -6.5 a +5.5 cm, respectivamente. As estimativas de herdabilidade foram crescentes no gradiente ambiental, PN (0,04 a 0,55), PD (0,39 a 0,47), GP (0,01 a 0,43) e PE (0,21 a 0,23). A correlação entre o nível e a inclinação da norma de reação para PN e GP foi de alta magnitude, indicando que os animais de maior valor genético médio foram os que apresentaram maior resposta à melhoria das condições ambientais, caracterizando o efeito de escala da GxE. Para PD e PE, a correlação entre intercepto e inclinação foi baixa implicando reclassificação dos animais em ambientes diferentes. O modelo hierárquico de normas de reação foi útil para descrever alterações nos componentes de variância decorrentes do ambiente e para descrever a presença de GxE nas características estudadas de bovinos compostos. Existe variação genética com respeito à sensibilidade dos animais, o que possibilita a seleção de genótipos mais plásticos ou mais robustos. / The objectives of this study were to characterize and define homogenous production environments of composite beef cattle in Brazil in terms of climatic and geographic variables using multivariate exploratory techniques; to evaluate the presence of genotype by environment interaction (GxE) for birth weight (BW), weaning weight (WW), postweaning gain (PWG), scrotal circumference (SC) and muscling. Nonhierarchical cluster analysis was used to group farms located in regions with similar environmental variables into clusters. Six clusters of farms were formed. The effect of sire-cluster interaction was tested by single-trait analysis. The inclusion of sire-cluster interaction in the genetic evaluation model may not result in better fit to the data for BW, WW and SC. Genetic parameters were estimated by multiple-trait analysis considering the same trait to be different in each cluster. The heritability coefficient in the clusters for BW, WW, PWG, SC and muscling ranged from 0.15 to 0.25; 0.16 to 0.25; 0.10 to 0.20; 0.17 to 0.31 and 0.17 to 0.24, respectively. The genetic correlations ranged from 0.19 to 0.90 for BW, -0.02 to 0.92 for WW, 0.31 to 0.93 for PWG, 0.64 a 0.89 for SC and 0.18 to 0.80 for muscling in the clusters of farms. The different heritability estimates between groups of farms indicates that the response to selection varies with the environment in which animals are selected. The low genetic correlations between traits in the different regions demonstrated the presence of GxE, indicating that the best sires in a certain region are not the same for the other regions. A reaction norm hierarchical model using Bayesian approach was also used for estimation of variance components, genetic parameters and to verify the existence of GxE. Environmental gradients based in solutions for the effect of contemporary groups for BW, WW, PWG and SC were -6.45 to +4.75 kg, -65 kg to +65, -72 to +112 kg and -6.5 to +5.5 cm, respectively. Heritability estimates were increasing in the environmental gradient, BW (0.04 to 0.55), WW (0.39 to 0.47), PWG (0.01 to 0.43) and SC (0.21 to 0.23). The correlation between the level and slope of reaction norm for BW and PWG was of high magnitude, indicating that animals of higher average breeding value were the ones which presented a best response to environmental improvement, characterizing a scale effect on GxE. For WW and SC, the correlation between intercept and slope was low implying reranking of animals in different environments. The reaction norm hierarchical model has been useful to describe changes in the variance components due to the environment and to describe the presence of GxE traits in composite beef cattle. There is genetic variation with respect to the sensitivity of the animals, which enables the selection of genotypes most plastics or more robust.