O objetivo principal deste estudo foi avaliar a frequência de cepas do HBV com mutações de resistência aos análogos nucleos(t)ídeos (AN) utilizados no tratamento da hepatite B entre indivíduos cronicamente infectados, não submetidos a tratamento, procedentes de diferentes regiões do Brasil. Além disso, foram avaliadas a presença de mutações que alteram a antigenicidade do HBsAg promovendo escape dos anticorpos anti-HBs; mutações nos genes pré-core/core e a associação dos diferentes subgenótipos com as mutações encontradas e características demográficas e laboratoriais dos pacientes. Foram incluídas 779 amostras de soro de pacientes com infecção crônica pelo HBV e virgens de tratamento com AN ou interferon, as quais foram coletadas no período de 2006 a 2011. Os pacientes eram procedentes dos seguintes estados brasileiros: Pará, Maranhão, Bahia, Minas Gerais, São Paulo, Paraná e Rio Grande do Sul. O DNA do HBV foi extraído das amostras de soro utilizando o Kit QIAamp DNA Blood Mini Kit (Qiagen) e posteriormente foi realizada a amplificação das regiões S/polimerase (S/P) e pré-core/core (PCC) do genoma viral por nested PCR. O fragmento amplificado foi submetido a sequenciamento direto em sequenciador automático de DNA (ABI 3500) e as sequências obtidas foram analisadas para identificação dos genótipos e subgenótipos do HBV, pesquisa de mutações na polimerase, no HBsAg e nos genes pré-core/core. A região S/Pol foi amplificada e sequenciada com sucesso em 702 amostras, as quais foram incluídas para atender aos objetivos deste estudo. Entre as 702 amostras analisadas sete genótipos e 12 subgenótipos do HBV foram identificados. O subgenótipo A1 foi o mais frequente (63,7%, 447/702), seguido pelo HBV/D3 (14,5%, 102/702). Os demais genótipos e subgenótipos encontrados e suas frequências foram as seguintes: A2 (3,3%, 23/702), A3 (0,1%, 1/702), B1 (0,1%, 1/702), B2 (0,1%, 1/702), C2 (0,9%, 6/702), D1 (0,9%, 6/702), D2 (4,6%, 32/702), D4 (5,1%, 36/702), D com subgenótipo não identificado (0,7%, 5/702), E (0,6%, 4/702), F2a (4,6%, 32/702), F4 (0,4%, 3/702), e G (0,4%, 3/702). Cepas do HBV com mutações de resistência (rtS202G, rtM204V/I, rtA194T, rtM250I, rtA181T/S, rtT184S) associadas ou não a mutações compensatórias (rtL80I, rtV173L, rtL180M, rtV207I) foram identificadas em 1,6% (11/702) das amostras analisadas. Cepas com mutações potencialmente associadas com resistência ao adefovir (rtS85A, rtL217R, rtI233V, rtN238T, rtN238D, rtN248H, rtV214A,e rtQ215S) ou ao entecavir (rtS219A) foram identificadas em 7,7% (54/702) e 2,6% (16/702) dos pacientes, respectivamente. Cinquenta e sete (8,5%) amostras apresentaram cepas do HBV com mutações na principal região hidrofílica do HBsAg previamente relacionadas com escape dos anticorpos anti-HBs ou com prejuízo na secreção do HBsAg. Foram feitas análises estatísticas para avaliar a correlação entre os subgenótipos do HBV mais frequentes na casuística (A1, A2, D1, D2, D3, D4 e F2a) e a presença de mutações nos genes PCC. Dentre as mutações nos genes PCC associadas com redução ou falha na expressão do HBeAg, as mutações A1762T/T1764A estiveram associadas aos subgenótipos A1 e F2a; G1862T e mutações nas posições 1809-1812 ao subgenótipo A1; G1896A e/ou G1899A aos subgenótipos D2, D3 e D4. Mutações associadas com evolução da doença foram detectadas e entre essas as mutações C1766T e T1768A estiveram associadas aos subgenótipos A1 e F2a, e a mutação G1888A foi associada ao subgenótipo A1. As cepas do HBV que circulam nas diferentes regiões brasileiras estudadas apresentam grande variabilidade genética e a distribuição dos genótipos e subgenótipos reflete a formação histórica de cada região e do fluxo migratório mais recente. A frequência de cepas do HBV com mutações de resistência aos AN circulando entre pacientes virgens de tratamento com esses medicamentos nas diferentes regiões do Brasil estudadas é baixa, sendo que o perfil de mutações que confere resistência total à lamivudina e parcial ao entecavir parece ser o mais disseminado. Embora tenham sido detectados casos de infecção com cepas do HBV portando mutações com grande impacto na antigenicidade dessa proteína todas as amostras apresentaram HBsAg detectável. Pacientes com HBeAg negativo foram mais frequentes na casuística estudada, independente do subgenótipo. As mutações encontradas nos genes PCC sugerem que há perfis de mutações diferentes envolvidos na negatividade do HBeAg para cada subgenótipo / The main aim of this study was to evaluate the frequency of HBV strains harboring mutations that confer resistance to nucleos(t)ide analogues (NA) used to hepatitis B treatment among treatment-naïve patients with chronic hepatitis B from different Brazilian region. Furthermore, we evaluated the presence of mutations that alter the antigenicity of HBsAg causing anti-HBs escape; mutations in genes pre-core/core and the association of different subgenotypes with the mutations detected and demographic and laboratory characteristics of the patients. Serum samples from 779 treatment-naïve patients with chronic HBV infection were included in this study. The samples were collected between 2006 to 2011 and the patients were from the following states: Pará, Maranhão, Bahia, Minas Gerais, São Paulo, Paraná and Rio Grande do Sul. HBV DNA was extracted from serum samples using the QIAamp DNA Blood Mini Kit (Qiagen) and amplification of S/polymerase (S/Pol) and pre-core/core (PCC) regions were performed by nested PCR. The amplified PCR products were submitted to sequencing in an automatic DNA sequencer (ABI 3500). The sequences obtained were analyzed to classify HBV genotypes/subgenotypes and to analyze the presence of mutations. S/Pol region was amplified and sequenced successfully from 702 samples, which were included in this study. Among these 702 samples, seven genotypes and 12 subgenotypes have been identified. HBV subgenotype A1 was the most frequent (63.7%, 447/702), followed by HBV/D3 (14.5%; 102/ 702). The remaining genotypes and subgenotypes identified and their frequencies were as follows: A2 (3.3%, 23/702), A3 (0.1%, 1/702), B1 (0.1%, 1/702), B2 (0.1%, 1/702), C2 (0.9%, 6/702), D1 (0.9%, 6/702), D2 (4.6%, 32/702), D4 (5.1%, 36/702), D unclassified subgenotype (0.7%, 5/702), E (0.6%, 4/702), F2a (4.6%, 32/702), F4 (0.4%, 3/702), and G (0.4%, 3/702). HBV strains harboring mutations conferring NA resistance alone (rtS202G, rtM204V/I, rtA194T, rtM250I, rtA181T/S, rtT184S) or combined with compensatory mutations (rtL80I, rtV173L, rtL180M, rtV207I) were identified in 1.6% (11/702) of the patients. Isolates harboring mutations potentially associated with adefovir resistance (rtS85A, rtL217R, rtI233V, rtN238T, rtN238D, rtN248H, rtV214A, and rtQ215S) or entecavir resistance (rtS219A) were identified in 7.7% (54/702) and 2.6% (16/702) of the patients, respectively. HBV with HBsAg mutations previous related with anti-HBs escape or impaired secretion were detected in 8.5% (57/702) of the samples. Statistical analyzes were performed to assess the correlation between the more frequent HBV subgenotypes found in this study (A1, A2, D1, D2, D3, D4 and F2a ) and mutations in PCC genes. Among the mutations found in these genes that were associated with reduction or failure in HBeAg synthesis, A1762T/T1764A mutations were associated to subgenotypes A1 and F2a; G1862T and mutations at positions 1809-1812 to subgenotype A1; G1896A and/or G1899A to subgenotypes D2, D3 and D4. Other mutations associated with disease progression were found: C1766T and T1768A mutations were associated with subgenotypes A1 and F2a, and the G1888A mutation was associated with subgenotype A1. HBV strains circulating in different Brazilian regions studied showed high genetic variability and distribution of genotypes and subgenotypes reflects the population formation history of each region and the occurrence of recent events of migration. The frequency of HBV strains with NA resistance mutations circulating among treatment-naive patients in different regions of Brazil studied is low and the profile of mutations that confer total resistance to lamivudine and partial resistance to entecavir is more widespread. Although some cases of infection have been detected with HBV strains carrying mutations associated with major impact on the antigenicity of this protein, all samples had detectable HBsAg. HBeAg negative cases were more frequent in the studied population, regardless of subgenotype. Different pattern of mutations were found in PCC genes, suggesting that different mechanisms are involved in HBeAg negativity for each subgenotype

A predição da variância fenotípica é de grande importância para que os sistemas de produção de bovinos de corte consigam aumentar a rentabilidade otimizando o uso de recursos. Modelos mecanicistas dinâmicos do crescimento bovino vêm sendo utilizados como ferramentas de suporte à tomada de decisão em sistemas de manejo individual do gado. Entretanto, a aplicação desses modelos ainda fundamenta-se em parâmetros populacionais, sem qualquer abordagem para que se consiga capturar a variabilidade entre sujeitos nas simulações. Assumindo que modelos mecanicistas sejam capazes de simular o componente de desvio ambiental da variância fenotípica e considerando que marcadores SNPs possam predizer o componente genético dessa variância, esse projeto objetivou evoluir em direção a um modelo matemático que considere a variabilidade entre animais em seu nível genético. Seguindo conceitos de fisiologia genômica computacional, nós assumimos que a variância genética da característica complexa (i.e. produto do comportamento do modelo) surge de características componentes (i.e. parâmetros dos modelos) em níveis hierárquicos mais baixos do sistema biológico. Esse estudo considerou dois modelos mecanicistas do crescimento de bovinos - Cornell Cattle Value Discovery System (CVDS) e Davis Growth Model (DGM) - e ao questionar se os parâmetros de tais modelos mapeariam regiões genômicas que englobam QTLs já descritos para a característica complexa, verificou as suas interpretações biológicas esperadas. Tal constatação forneceu uma prova de conceito de que os parâmetros do CVDS e do DGM são de fato fenótipos cuja interpretação pode ser confirmada através das regiões genômicas mapeadas. Um método de predição genômica foi então utilizado para computar os parâmetros do CVDS e do DGM. Os efeitos dos marcadores SNPs foram estimados tanto para os parâmetros quanto para os fenótipos observados. Nós buscamos qual o melhor cenário de predição - simulações dos modelos com parâmetros computados a partir das informações genômicas ou predição genômica conduzida diretamente nos fenótipos complexos. Nós encontramos que enquanto a predição genômica dos fenótipos complexos pode ser uma melhor opção em relação aos modelos de crescimento, simulações conduzidas com parâmetros obtidos a partir de dados genômicos estão condizentes com simulações geradas com parâmetros obtidos a partir de métodos regulares. Esse é o principal argumento para chamar atenção da comunidade científica de que a abordagem apresentada nesse projeto representa um caminho para o desenvolvimento de uma nova geração de modelos nutricionais aplicados capazes de capturar a variabilidade genética entre bovinos de corte confinados e produzir simulações com variáveis de entrada específicas de cada genótipo. Esse projeto é a primeira abordagem no Brasil conhecida dos autores a usar genótipos Bos indicus para o estudo da aplicação de genômica integrada à modelos mecanicistas para o manejo e comercialização de animais na pecuária. / The prediction of phenotypic variance is important for beef cattle operations to increase profitability by optimizing resource use. Dynamic mechanistic models of cattle growth have been used as decision support tools for individual cattle management systems. However, the application of such models is still based on population parameters, with no further approach to capture between-subject variability. By assuming that mechanistic models are able to simulate environmental deviations components of phenotypic variance and considering that SNPs markers may predict the genetic component of this variance, this project aimed at evolving towards a mathematical model that takes between-animal variance to its genetic level. Following the concepts of computational physiological genomics, we assumed that genetic variance of the complex trait (i.e. outcome of model behavior) arises from component traits (i.e. model parameters) in lower hierarchical levels of biological systems. This study considered two mechanistic models of cattle growth - Cornell Cattle Value Discovery System (CVDS) and Davis Growth Model (DGM) - and verified their expected biological interpretation by asking whether model parameters would map genomic regions that harbors QTLs already described for the complex trait. This provided a proof of concept that CVDS and DGM parameters are indeed phenotypes whose expected interpretations may be stated by means of their mapped genomic regions. A method of genomic prediction to compute parameters for CVDS and DGM was then used. SNP marker effects were estimated both for their parameters and observed phenotypes. We looked for the best prediction scenario - model simulation with parameters computed from genomic data or genomic prediction on complex phenotypes directly. We found that while genomic prediction on complex phenotypes may still be a better option than predictions from growth models, simulations conducted with genomically computed parameters are in accordance with those performed with parameters obtained from regular methods. This is the main argument to call attention from the research community that this approach may pave the way for the development of a new generation of applied nutritional models capable of representing genetic variability among beef cattle under feedlot conditions and performing simulation with inputs from individual\'s genotypes. To our knowledge, this project is the first of this kind in Brazil and the first using Bos indicus genotypes to study the application of genomics integrated with mechanistic models for the management and marketing of commercial livestock.

FUNDAMENTOS: O polimorfismo e a atividade da enzima conversora da angiotensina (ECA) contribuem, de forma significante, na expressão fenotípica e no prognóstico de pacientes com cardiomiopatia. OBJETIVOS: Determinar o polimorfismo da ECA, realizar a sua dosagem sérica e correlacioná-los com o grau de hipertrofia miocárdica e o índice de massa do ventrículo esquerdo em pacientes com cardiomiopatia hipertrófica (CMH) nas formas familiar e não familiar. CASUÍSTICA E MÉTODO: Foram estudados 136 pacientes consecutivos com CMH (69 da forma familiar e 67 da forma não familiar) com média de idade de 40,53±17,45 anos, sendo 76 do sexo masculino. Os indivíduos foram submetidos ao ecocardiograma para obtenção das medidas do septo interventricular, parede posterior e massa do ventrículo esquerdo e coleta de sangue para determinação do polimorfismo e dosagem sérica da atividade da ECA. RESULTADOS: Quanto ao genótipo do polimorfismo do gene da ECA, encontramos DD 47(35%), ID 71(52%) e II 18 (13%), sendo que do genótipo DD 34% na forma familiar e 36% na forma não familiar. A média da atividade da ECA foi de 56.414±19.236 para os pacientes com CMH na forma familiar e de 55.085±22.634 para a forma não familiar (p = 0,714). A média do índice de massa do ventrículo esquerdo na forma familiar foi 154±63 g/m2 e na forma não familiar foi 174±57 g/m2 (p = 0,008). A média do septo interventricular nas formas familiar e não familiar foi, respectivamente, 19±5 mm e 21±5 mm (p = 0,020). A média da parede posterior do ventrículo esquerdo nas formas familiar e não familiar foi, respectivamente, 10±2 mm e 12±3 mm (p = 0,0001). Não observamos correlação entre o polimorfismo e o grau de hipertrofia miocárdica (p = 0,651). Houve correlação positiva entre a atividade da ECA e o índice de massa do ventrículo esquerdo (p = 0,038). Os pacientes com a forma familiar, pela curva de regressão logística, possuíam o risco de apresentar índice de massa maior ou igual 190 g/m2, somente com o dobro do valor da atividade da ECA, quando comparados aos pacientes com a forma não familiar (p = 0,022). CONCLUSÕES: Não houve diferença estatisticamente significante entre o genótipo do polimorfismo e da atividade da ECA nos pacientes com CMH nas formas familiar e não familiar. Não houve correlação entre o polimorfismo da ECA e o grau de hipertrofia miocárdica. Houve correlação positiva entre a atividade da ECA e o índice de massa do ventrículo esquerdo. / BACKGROUND: The polymorphism and the activity of the angiotensin converting enzyme (ACE) contributes of significant form in the phenotypic expression and the prognostic of patients with cardiomyopathy. OBJECTIVES: To determine the ACE polymorphism and ACE plasma levels in patients with hypertrophic cardiomyopathy (HCM) in the familial and nonfamilial forms and to correlate it with the degree of myocardium hypertrophy and with the left ventricular mass index. PATIENTS AND METHODS: 136 consecutive patients with HCM (69 of familial and 67 of nonfamilial forms) were studied. The mean age was 40.53±17.45 years, 76 were male. The individuals were submitted to the Echo-Doppler for the measurement of interventricular septum, wall thickness and the left ventricular mass index. The blood samples were taken for extraction of the DNA for the polymerase reaction and measurement of ACE plasma levels. RESULTS: Regarding the genotype of the ACE gene polymorphism, we found DD 47 (35%), ID 71 (52%) and II 18 (13%), being that of genotype DD 34% in the familial and 36% in the nonfamilial forms. The mean of the activity of the ACE was 56.414±19.236 for the patients with HCM in the familial form and 55.085±22.634 in the non familial form (p = 0.714). The mean of the left ventricular mass index in the familial form was 154±63 g/m2 and in the nonfamilial form was 174±57 g/m2 (p = 0.0080). The mean of interventricular septum in the familial and nonfamilial forms was 19±5 mm and 21±5 mm (p = 0.0200), respectively. The mean of the wall thickness in the familial and nonfamilial forms was 10±2 mm and 12±3 mm (p = 0.0001), respectively. We did not observe correlation between the polymorphism and the degree of myocardium hypertrophy (p = 0.651). A positive correlation between the activity of the ACE and the left ventricular mass index (p = 0.038) was observed. In patients with the familial form, using a logistic regression curve, they had the risk to present the left ventricular mass index >= 190 g/m2, only with the double of the value of the activity of the ACE, when compared with the patients in the nonfamilial form (p = 0.022). CONCLUSIONS: There was no difference between the patients with HCM in the familial and nonfamilial forms regarding genotype of the polymorphism and activity of the ACE. There was no correlation between the polymorphism of the ACE with the degree of myocardium hypertrophy. Positive correlation with the activity of the ACE and the left ventricular mass index was observed.

Quarenta vacas lactantes e não gestantes, com idade aproximada de quatro anos e seus respectivos bezerros foram distribuídos em blocos, de acordo com a data do parto, e avaliadas dos 15 aos 180 dias de lactação. As vacas pertenciam a quatro grupos genéticos: 10 da raça Nelore (NE) com bezerros de touros Nelore; e 10 Canchim x Nelore (CN), 10 Angus x Nelore (AN) e 10 Simental x Nelore (SN) com bezerros filhos de touros da raça Canchim. As vacas cruzadas e as Nelore eram de origem do mesmo rebanho Nelore. As vacas foram alimentadas com uma única dieta peletizada contendo 50% de feno (15% de alfafa e 35% de Coastcross) e 50% de concentrado, com 16,1% PB e 2,24 Mcal EM, com base na MS. A quantidade de alimento fornecida foi ajustada a cada 14 dias para que o peso vivo em jejum (PVj) e o escore de condição corporal (ECC) da vaca ficassem inalterados. O PVj e ECC para as vacas NE, CN, AN e SN foram: 430 e 4,7; 449 e 4,8; 496 e 5,0; 507 e 5,1; respectivamente. Os bezerros receberam a mesma dieta a partir dos 40 dias de idade. A produção de leite das vacas foi determinada pelo método de pesagem dos bezerros antes e após a mamada aos 52, 66, 94, 122 e 178 dias de lactação, em média. Foi realizada ordenha manual aos 80 e 150 dias, para se estimar a composição do leite. As vacas NE consumiram menos energia metabolizável (19,7 Mcal/d; P<0,05) do que as vacas CN (20,6 Mcal/d), AN (23,1 Mcal/d) e SN (23,7 Mcal/d), valores positivamente correlacionados à produção de leite (P<0,05). Bezerros Nelore apresentaram menor peso ao desmame (P<0,05) do que os bezerros ¾Canchim¼Nelore (¾C¼N), ½Canchim¼Angus¼Nelore (½C¼A¼N) e ½Canchim¼Simental¼Nelore (½C¼S¼N) (165,8 vs. 205,5; 216,4 e 215,4 kg, respectivamente). Associado ao menor ganho de peso durante o aleitamento, os bezerros Nelore apresentaram menor (P<0,05) ingestão de energia metabolizável (Mcal de leite + Mcal de ração). Os bezerros foram abatidos ao desmame e a composição química do corpo vazio estimada utilizando a 9- 10- 11a costelas. A energia no corpo vazio foi maior (P<0,05) para os bezerros ½C¼A¼N (462,6 Mcal) em relação aos ¾C¼N (384,0 Mcal) e Nelore (321,8 Mcal); a quantidade de energia no corpo vazio para os bezerros ½C¼S¼N foi intermediária; 429,8 Mcal. A eficiência energética da unidade vaca/bezerro foi maior (P<0,05) para o grupo materno AN (124,4 kcal de bezerro desmamado/Mcal EM ingerida por vaca e bezerro) comparada ao par NE/Nelore (95,8 kcal/Mcal). Os pares Canchim e Simental foram intermediários, 105,2 e 107,0 kcal/Mcal, respectivamente. Portanto, a maior energia no corpo vazio e maior ganho de peso dos bezerros ½C¼A¼N mais do que compensou a ingestão mais elevada de energia metabolizável da unidade vaca/bezerro em comparação ao Nelore. Pode-se considerar que para as condições estabelecidas neste experimento, cujo delineamento não apresentava limitação nutricional, o cruzamento melhorou a eficiência da vaca, quando considerada a proporção de energia total consumida que foi depositada nos bezerros. Entretanto, não houve avaliação de parâmetros reprodutivos, e o menor consumo e exigência de MS e EM estabelecido para a vaca Nelore sugere que em ambiente nutricional desfavorável este genótipo poderia apresentar melhor produtividade. / Forty mature, lactating and non-pregnant cows (10 Nellore – NL; 10 Canchim x Nellore – CN; 10 Angus x Nellore – AN; and 10 Simmental x Nellore – SN) were randomized in blocks by calving date. Calves out of crossbred cows were sired by Canchim bulls, while calves out of NL cows were sired by Nellore bulls. Cows were individually fed from postpartum to weaning (15-180 d) a pelleted diet made of 50% hay (15% alfalfa and 35% Coastcross) and 50% concentrate. Diet had 16.1% CP and 2.24 Mcal of metabolizable energy (ME) on a DM basis. Amount offered to each individual cow was adjusted every 14 days to maintain shrunk body weight (SBW) and body condition score (BCS). SBW and BCS were 430 and 4.7, 449 and 4.8, 496 and 5.0, and 507 and 5.1 for NL, CN, AN and SN, respectively. At 40 days of age calves had access to the same diet of their dams ad libitum. Milk yields were determined at 52, 66, 94, 122 and 178 days postpartum by weighting calves before and after suckling. Cows were milked at 80 and 150 days postpartum and the samples analyzed for fat, protein, and lactose. Daily ME intake by NL cows (19.7 Mcal/d) was lower (P<0.05) compared to CN (20.6Mcal/d), AN (23.1 Mcal/d) and SN (23.7 Mcal/d). These results were positively correlated with milk yield (P<0.05). Nellore calves had lower weaning weight than crossbreds (P<0.05): 165.8 vs. 205.5 for ¾Canchim¼Nellore (¾C¼N), 216.4 for ½Canchim¼Angus¼Nellore (½C¼A¼N) and 215.4 kg for ½Canchim¼Simmental¼Nellore (½C¼S¼N). In association with the lowest weight gain, Nellore calves had lower (P<0.05) metabolizable energy intake (ME from milk plus ration, Mcal). Calves were slaughtered at weaning and body composition estimated using the 9-10-11th rib section. Body energy at weaning (Mcal) was higher (P<0.05) for ½C¼A¼N than ¾C¼N and Nellore calves: 462.6 vs. 384.0 and 321.8 Mcal, respectively. Calves ½C¼S¼N had intermediate body energy at weaning: 429.8 Mcal. Cow/calf energetic efficiency was higher (P<0.05) for AN compared to NL cow/calf pairs: 124.4 vs. 95.8 kcal deposited/Mcal of ME consumed by cow and calf. Results for Canchim and Simmental were intermediate: 105.2 and 107.0 kcal/Mcal, respectively. The higher ME intakes by Angus cow/calf pairs were more than compensated by the higher energy retention and body weight gain compared to NL. In an unrestricted nutritional setting, crossbreeding improved cow efficiency as measured by body energy/total feed energy input to cow and calf. Reproduction was not evaluated, and the lower intakes and daily energy requirements demonstrated for Nellore could be beneficial in a nutritionally limited environment.

É comum o estudo da estabilidade fenótipica em genoótipos de cana-de-açúcar. Varias são as metodologias para estudar a interação genótipos x ambientes (G x E). O desafio para os melhoristas é encontrar variedades de cana-de-açúcar com desempenho superior em diversos ambientes, ou seja, que sejam altamente produtivas e também responsivas com a melhoria do ambiente. O estudo das metodologias permite verificar se determinada técnica biométrica é eficiente para expressar o comportamento de genótipos em vários ambientes e tambem permite aprimorá-las para que as conclusões sejam mais confiáveis. Este trabalho teve como objetivo comparar dois métodos de regressão utilizados para avaliar a estabilidade fenótipica em variedades de cana-de-açúcar: o linear, de Cruz, Torres e Vencovsky (1989) e o não-linear, de Toler e Burrows (1998). Foram utilizados dados da variável tonelada de cana por hectare - TCH, fornecidos pelo Programa de Melhoramento Genetico da Cana-de- Acucar da UFSCar, compreendendo sete locais e 18 genótipos de cana-de-açúcar. Quando se realizou o enquadramento dos genotipos nos diferentes grupos, 17 genotipos dos 18 avaliados enquadraram-se nos mesmos grupos em ambos os métodos. Os coeficientes de determinação foram similares, sendo que 11 genótipos apresentaram melhor ajuste ao modelo de Cruz et al., enquanto que este numero foi de sete para o modelo de Toler e Burrows. As análises indicaram que ambas metodologias produziram resultados similares. / It is common to study the phenotypic stability of sugarcane genotypes. There are several methods to study the genotype by environment interaction . The challenge for breeders is to nd varieties of sugarcane with superior performance dierent environments, i.e, that are highly productive and responsive to environmental improvement. The study of methodologies allows to verify whether certain technique biometrics is eective to express the behavior of genotypes in several environments and it also allows improving them so that the conclusions are more reliable. This study aimed to compare two regression methods used to evaluate the phenotypic stability of varieties of sugarcane: the linear method by Cruz, Torres e Vencovsky (1989), and non-linear, by Toler and Burrows (1998). We used the variable data tons of cane per hectare - TCH, which were provided by the Genetic Improvement Program of Sugarcane in UFSCar, including seven locations and 18 genotypes. When genotypes were grouped according to stability and yield, 17 of the 18 genotypes evaluated were classied in the same groups, in both methods. The coecients of determination were similar, 11 genotypes showing better adjustment to the model of Cruz et al., while this number was seven for the Toler and Burrows\' model. The analysis indicated that both methodologies produced similiar results.

O presente trabalho teve por objetivos avaliar métodos de inoculação de Nectria haematococca e Phytophthora parasitica e idades de Passiflora edulis f. flavicarpa suscetíveis à infecção; avaliar a ocorrência de damping-off e podridão de colo do maracujazeiro em solo infestado; avaliar o comportamento de diferentes Passsifloraceas e genótipos de maracujazeiro amarelo aos respectivos patógenos; realizar testes de controle químico in vitro, tratamento químico erradicante em solo infestado e tratamento químico curativo em P. edulis f. flavicarpa para os respectivos patógenos. Inoculações no colo das plantas de P. edulis f. flavicarpa proporcionaram maiores níveis de doença comparadas às inoculações no sistema radicular, previamente ferido. Os resultados sugerem que N. haematococca seja um patógeno que penetra através de ferimentos. A mortalidade foi maior quando a inoculação foi realizada em plantas mais jovens e quando os patógenos N. haematococca e P. parasitica estavam em associação. Dentre as 17 espécies de Passiflora avaliadas para resistência aos patógenos, as espécies P. nitida, P. laurifolia e P. alata apresentaram as menores médias de lesões de N. haematococca, enquanto que para P. parasitica foram as espécies P. suberosa, P. foetida e P. morifolia as menos afetadas. Passiflora sidaefolia, P. edulis f. flavicarpa e P. edulis f. edulis foram as mais suscetíveis a ambos os patógenos, com sintomas que culminaram com a morte de plantas. Os genótipos de P. edulis f. flavicarpa mais resistentes a N. haematococca foram os procedentes de Morretes (PR) e a variedade Maguari e de Sapucaí (SP), enquanto que para P. parasitica foram os genótipos de Morretes (PR), Jaboticabal (SP) e LE13P2 (IAC) os menos afetados. A variedade Sul-Brasil e o genótipo de Livramento (BA) foram altamente suscetíveis a ambos os patógenos, com sintomas que culminaram com a morte de plantas. No teste de fungitoxidade in vitro avaliou-se a eficiência dos fungicidas na inibição do crescimento micelial de N. haematococca e P. parasitica. Na dose 100 ppm somente prochloraz inibiu totalmente o crescimento micelial de N. haematococca e nenhum produto inibiu acima de 82 % o crescimento de P. parasitica. Os fungicidas prochloraz, thiabendazole, thiram+thiabendazole, carbendazim, triflumizole e captan exerceram controle erradicante em solo infestado com N. haematococca, inibindo a incidência da doença em plantas com seis semanas pós-germinação. O mesmo foi observado com os produtos kif, dimethomorph, metalaxyl+mancozeb, mancozeb, cymoxanil+maneb e oxicloreto de cobre para P. parasitica. Os fungicidas testados em tratamento curativo inibiram o desenvolvimento da doença com melhores resultados quando aplicados dois dias após a inoculação, comparado a sete dias. Os fungicidas prochloraz e carbendazim destacaram-se por evitar a morte de plantas inoculadas com N. haematococca e os fungicidas kif, dimethomorph, metalaxyl+mancozeb e cymoxanil+maneb apresentaram eficiência semelhante entre si e superior a fosetyl- Al no controle de P. parasitica. / The objectives of the present work were to evaluate methods of inoculation of Nectria haematococca and Phytophthora parasitica and ages of Passiflora edulis f. flavicarpa which are susceptible to infection; to evaluate the damping-off and collar rot of passion fruit plant in infested soil; to evaluate the behavior of different Passsifloraceas and yellow genotypes of passion fruit to the respective pathogens; to carry out tests of chemical control in vitro, eradicative chemical treatment in infested soil and curative chemical treatment in P. edulis f. flavicarpa for the respective pathogens. Inoculations in the collar zone of P. edulis f. flavicarpa plants provided higher levels of disease when compared to the inoculations in the radicular system previously wounded. The results suggest that N. haematococca is a pathogen that penetrates through wounds. Mortality was higher when the inoculation was carried out in younger plants and when both pathogens were together. Amongst the 17 species of Passiflora tested for resistance to the pathogens, P. nitida, P. laurifolia, and P. alata showed the lowest average of N. haematococca lesions, while P. suberosa, P. morifolia, and P. foetida were the least affected species by P. parasitica. Passiflora sidaefolia, P. edulis f. flavicarpa, and P. edulis f. edulis were the most susceptible to both pathogens, showing symptoms that culminated with the death of the plants. The most resistant genotypes of P. edulis f. flavicarpa to N. haematococca were those from Morretes (PR), Maguari variety, and those from Sapucaí (SP); with respect to P. parasitica, the genotypes from Morretes (PR), Jaboticabal (SP), and LE13P2 (IAC) were the least affected. The Sul- Brasil variety and the genotype from Livramento (BA) had been highly susceptible to both pathogens, having symptoms that culminated with the death of plants. The in vitro efficiency of the fungicides in the inhibition of the mycelial growth of N. haematococca and P. parasitica was evaluated. At 100 ppm, only prochloraz inhibited totally the mycelial growth of N. haematococca and no product inhibited over 82 % the growth of P. parasitica. Prochloraz, thiabendazole, thiram+thiabendazole, carbendazim, triflumizole, and captan controlled eradicatively the soil infested by N. haematococca, inhibiting the incidence of the disease in plants which were six weeks old. The same was observed for the products kif, dimethomorph, metalaxyl+mancozeb, mancozeb, cymoxanil+maneb, and copper oxychloride for P. parasitica. The tested fungicides in curative treatment inhibited the development of the disease with better results when applied two days after the inoculation, compared to seven days. Prochloraz and carbendazim were outstanding for preventing the death of plants inoculated with N. haematococca. Kif, dimethomorph, metalaxyl+mancozeb, and cymoxanil+maneb showed similar efficiency and were superior to fosetyl-Al in the control of P. parasitica.

No presente estudo, foram selecionados 33 pacientes infectados com HCV genótipo 3a, tratados com IFN e Ribavirina, incluindo pacientes cirróticos (C) e não-cirróticos (NC), respondedores (R) e não-respondedores (NR). Foi realizado o seqüenciamento das regiões E2 e NS5A do genoma do HCV. As seqüências geradas foram analisadas quanto a presença de mutações para correlacionarmos com a resposta virológica sustentada ao tratamento e com a presença de cirrose. Na análise estatística as mutações na região E2 não apresentaram diferença significante. As mutações conservadoras encontradas nas regiões NLS e V3 da NS5A apresentaram diferença significante. Estudos funcionais envolvendo a proteína NS5A são necessários para que possamos avaliar o valor preditivo das mutações conservadoras e não-conservadoras encontradas na NS5A / The aim of this study was to analyse the sequences of fragments of E2 and NS5A regions from 33 outpatients infected with HCV genotype 3, including cirrhotic (C) and non-cirrhotic (NC) patients that have responded (R) or not (NR) to treatment. In the E2 region, we did observe few amino acids changes between patients without statistical significance. In the NLS region and in V3 domain, we found conservatives mutations with statistical significance. In conclusion, our results confirm that the ISDR domain is not predictive for treatment success in patients infected with HCV genotype 3. The carboxy-terminal region and especifically V3 domain region showed most of variations. Structure-function studies are required to identify precisely how NS5A and IFN interact

Os efeitos da aplicação foliar de fósforo (Pi) na condutância estomática (gs) e na fotossíntese (A), foram avaliados em genótipos de feijoeiro, A320, Carioca e Ouro Negro, cultivados em potes numa casa de vegetação. Este estudo foi feito durante o dia após a aplicação foliar de 10 g de Pi L-1, em plantas hidratadas, e durante um período de deficiência hídrica iniciada dois ou cinco dias após a aplicação. Durante o dia após a aplicação de Pi, não foi observado nenhuma diferença, entre os tratamentos com e sem Pi, nas trocas gasosas de ambas as cultivares. Durante a desidratação, a aplicação de Pi não causou aumento de gs, mas causou aumento de A, nas medições às 0900, 1200 e 1500 horas, nas cultivares (Carioca e Ouro Negro), mas com um efeito maior na cultivar Ouro Negro, principalmente às 1200 horas. A eficiência intrínseca do uso da água (EIUA) também foi superior nas plantas com suprimento foliar de Pi. Quanto aos componentes da produção, a aplicação de Pi causou aumento do número de vagens das plantas da cultivar Ouro Negro, sob desidratação. Portanto, a aplicação de Pi foliar pode reduzir o efeito de uma desidratação quando aplicado dois dias antes da suspensão da irrigação. Além disso, o potencial fotossintético (Ac) de Ouro Negro com Pi foi superior ao de A320, com e sem Pi, na seca máxima, e ao A320 sem Pi, na reidratação. A dissipação térmica, não fotoquímica (NPQ), do genótipo A320 sem Pi foi maior que com Pi e que a do Ouro Negro, com e sem Pi, na reidratação, provavelmente devido aos menores valores de A neste tratamento sem Pi. O uso de fosfato de amônio substituindo a uréia ou o sulfato de amônio, que são aplicados aos 25 DAE, é recomendável. / The effects of foliar Pi supplying (Pi) on stomatal conductance (gs) and photosynthesis (A) were measured in genotypes, A320, Carioca and Ouro Negro, grown under greenhouse condition. Measurements of gs and A were taken one day after Pi application (10 g L-1) on well-irrigated plants, and during drought stress period beginning two or five days after Pi supplying. During the day after Pi application, it was not observed any difference on gas exchange of genotypes (Carioca and Ouro Negro) due to the treatments with and without Pi. During water stress, the Pi supplying did not cause increase of gs, however, caused increase of A at 0900, 1200 and 1500 h in both genotypes. This effect was higher when considered Ouro Negro at 1200 h. The intrinsic water use efficiency (IWUE) was also increased in Pi-supplied plants. The Pi supplying caused increase on pod number of Ouro Negro plants under water deficit. These results suggest that the foliar Pi application may reduce the effect of water deficit on photosynthesis when supplied two days before the water withholding. In addition, the O2 evolution (Ac) on Ouro negro with extra Pi was higher than for A320, with or without Pi, at the last day of the mild water deficit, and it was higher than A 320 with extra Pi at rehydration. The non-photosynthetic quenching (NPQ), was higher for A320 without Pi at recovery, probably due to the smaller values of A at this treatment. The use of ammonium phosphate, instead of urea or ammonium sulphate to be applied as usual 25 DAS, is recommended.

RESUMO Cavalheiro, NP. Hepatite C: transmissão entre casais. São Paulo, 2004. 111p. Tese (Doutorado) - Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo. Introdução: A ocorrência e eficiência da transmissão sexual do VHC na ausência de outros fatores de risco ainda é muito controversa. Foram investigados e analisados 24 casais, ambos cônjuges infectados com o VHC. Destes, 22 apresentaram o mesmo subtipo viral e a análise filogenética de parte da região NS5b mostrou altos índices de homologia nas seqüências entre os vírus dos casais infectados. Objetivo: Análise da transmissão da Hepatite C entre casais heterossexuais. Método: O estudo recrutou 45 casais. Destes, 24 foram selecionados e incluídos na pesquisa, com diagnóstico clínico e laboratorial para a Hepatite C crônica. A infecção foi diagnosticada por testes imunoenzimáticos de terceira geração e pela presença da partícula viral circulante detectada pela PCR. As amostras de sangue foram coletadas entre os anos de 1999 e 2002. Foram seqüenciadas partes das regiões 5’NC e NS5b do VHC, para determinação dos subtipos virais. Os testes utilizados para as PCRs estão disponíveis para pesquisa e foram respectivamente TRUGENE 5’NC Test (Bayer Health Care Diagnostics, Tarrytown, NY, USA) e Titan One Tube RT-PCR Kits (Roche Molecular, Mannheim, Germany). Para as PCRs dos seqüenciamentos foi utilizado o kit CLIP sequencing test (Bayer Health Care Diagnostics, Tarrytown, NY, USA). As seqüências foram analisadas com o sistema de seqüenciamento Open Gene DNA, software na Versão 3.1, biblioteca específica (Bayer Health Care Diagnostics, Tarrytown, NY, USA). Para o alinhamento das seqüências, referentes a região NS5b, foi utilizado o programa Clustal W (Clustal W Multiple Sequence Alignment Program, v1.7, June 1997) e a árvore filogenética foi gerada pelo método Neighbor Joining. Um questionário padrão e entrevistas foram usados para coleta de dados sobre fatores de risco para aquisição da doença e comportamento sexual. Os pacientes desta pesquisa foram recrutados no Ambulatório de Hepatite do Hospital das Clínicas da Universidade de São Paulo e Ambulatório de Hepatite do Hospital Guilherme Álvaro, da cidade de Santos. Resultados: Entre os 24 casais selecionados, 22 apresentaram o mesmo subtipo viral e altas porcentagens de homologia (região NS5b) entre 93,0% e 99,4%. Os subtipos HCV apresentados foram dois (9,1%) casais infectados por 1a, nove (40,9%) com subtipo 1b, um (4,6%) com subtipo 2b e dez (45,5%) dos casais pelo subtipo HCV 3a. Os dois casais discordantes apresentaram índices de 70,1% e 82,2% e foram infectados pelos subtipos 2b e 1b, e 1b e 1a respectivamente. A média de tempo de convivência foi de 22,4 anos, variando de 2 a 45 anos e a renda per capta anual foi em média US$2,270/ano. Com base nos questionários e entrevistas os fatores de risco apresentados pelos casais foram: 9 (37,5%) transfusão de sangue, 17 (70,8%) U.D. endovenosa e 15 (62,5%) U.D. inalatória, 4 (16,7%) acupuntura e 5 (20,8%) tatuagem. O compartilhar de utensílios de higiene pessoal relatado pelos casais apresentou altos índices e 6 (25,0%) dos casais assumiram o uso comum de escova de dente, 16 (66,7%) lâmina de barbear, 21 (87,5%) cortador de unhas e 14 (58,3%) alicate de manicure. Os dois casais discordantes relataram fatores de risco como transfusão de sangue e U.D. Conclusão: A alta similaridade encontrada entre as cadeias genômicas do VHC pode dar suporte a hipótese de transmissão do VHC entre esses casais. O uso compartilhado de utensílios de higiene pessoal e o tempo de convivência tornam difícil a interpretação dos dados. O uso compartilhado de utensílios de higiene pessoal pode dificultar a interpretação dos dados em relação à transmissão sexual do VHC. A hipótese do sentido mais provável de transmissão do VHC, de homem para mulher, foi reforçada neste trabalho. / ABSTRACT Cavalheiro, NP. Hepatitis C: transmission between couples. São Paulo, 2004. 111p. Thesis (Doctoral) - Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo. Introduction: The occurrence and the efficiency of HCV sexual transmission in the absence of other risk factors are still very controversial. I investigated and analyzed 24 couples, both infected with HCV, of whom 22 shared the same viral subtype. A phylogenetic analysis of NS5b region showed high sequence homology among the infected couples. Objective: Analysis of the Hepatitis C transmission between heterosexuals couples. Methods: The study recruited 45 couples, 24 were included, with anti-HCV positive and clinical diagnosis of active chronic hepatitis. HCV infection was diagnosed by positivity of serum samples for anti HCV (third-version enzyme immunoassay) and by circulating HCV-RNA detected by Polymerase Chain Reaction (PCR). All blood samples were collected between 1999 and 2002. Sequencing of the 5’NC region was performed utilizing the research available TRUGENE HCV 5’NC Test (Bayer Health Care Diagnostics, Tarrytown, NY, USA). Sequencing of the NS5B region was performed by RT-PCR amplification with Titan One Tube RT-PCR Kits (Roche Molecular, Mannheim, Germany) and CLIP sequencing using a prototype NS5B genotyping assay (Bayer Health Care Diagnostics, Tarrytown, NY, USA). Sequence analysis was completed using the Open Gene DNA Sequencing System, Gene Objects software package (Version 3.1), and Gene Librarian module (Bayer Health Care Diagnostics, Tarrytown, NY, USA). Multiple sequence alignments of the NS5B region were performed with Clustal W (Clustal W Multiple Sequence Alignment Program, v1.7, June 1997), and phylogenetic trees were generated using the Neighbor Joining Method. A standardized questionnaire and interview was used to collect data concerning risk factors and sexual behaviors. Follow up of all subjects was conducted at the hepatitis clinic of the Clinical Hospital of the University of Sao Paulo and at the Hospital Guilherme Alvaro in the city of Santos, in the state of Sao Paulo, Brazil. Results: Among the 24 couples, 22 had matching viral subtypes with homology scores (NS5b) ranging from 93.0% to 99.4%. Of the 22 couples with matching subtype, two (9.1%) where infected with subtype 1a, nine (40.9%) with subtype 1b, one (4.6%) with subtype 2b and ten (45.5%) with subtype 3a. The two couples that did not show matching viral subtypes had scores of 70.1% and 82.2%, and were infected with subtypes 2b and 1b, and 1b and 1a, respectively. The average of duration of marriage was 22.4 years (range 2-45 years) and the per capita income was an average of US$2,270/year. Based on the questionnaire and interviews, cause of infection of the 24 couples could be attributed to: blood transfusions 9 (37.5%), drug use, I.V. 17(70.8%) and inhalation 15 (62.5%), acupuncture 4 (16.7%) and tattooing 5 (20.8%). Shared hygienic utensils showed a much higher correlation of possible route of transmission, and are better explained by the sequence homology data than by the other associated risk factors. A total of 6 (25.0%) couples shared tooth brushes, 16 (66.7%) shared shaving blades, 21 (87.5%) shared nail clippers and 14 (58.3%) shared manicure cutters. The two couples that had different subtypes, both of them related transfusion blood and I.V. drug use. Conclusions: The high similarity found among the genome chains of HCV supports the hypothesis of transmission between these couples. The shared use of personal hygiene utensils and the amount of time spent living together made it difficult to interpret the data. Also, the shared use of personal hygiene utensils can make it difficult to interpret the data in relation to the sexual transmission of HCV. The hypothesis in relation to the direction of the HCV transmission, from man to woman, was reinforced in this work.

As características genéticas das culturas agrícolas podem ser influenciadas pelo ambiente, interferindo na produtividade. Sendo assim, esta pesquisa visa entender como ocorre a interação entre genótipo e ambiente (IGA) e a interação entre quantitative trait locus (QTL) e ambiente (IQA), a fim de fornecer instrumentos que possam melhorar a produtividade. Em destaque, vemos que o modelo de efeitos principais aditivos e interação multiplicativa (AMMI), que considera como aditivos os efeitos principais de genótipo e ambiente e como multiplicativos os efeitos da interação, é uma importante ferramenta que permite estudar a interação com dados de ensaios multi-ambientais e apresentar boas previsões na detecção de QTL para novos ambientes. Para se levar em considera- ção a heterogeneidade da variância do erro ao longo dos ambientes, uma generalização do modelo AMMI é utilizada, o modelo AMMI ponderado ou W-AMMI. Nesta pesquisa, observando os dados resultantes de um experimento com 9 genótipos de milho conduzidos em 20 ambientes e 4 blocos, foram comparadas as análises da IGA utilizando o modelo AMMI e W-AMMI. Com um segundo conjunto de dados, resultantes do cruzamento das variedades de cevada Harrington e TR306, com 141 genótipos conduzidos em 12 ambientes foram comparados os resultados das análises da IGA e IQA utilizando os modelos AMMI e W-AMMI, sendo que foram propostas ponderações por linha (todos os ambientes para determinado genótipo ficam com o mesmo peso) e coluna (todos os genótipos para determinado ambiente ficam com o mesmo peso). / The genetic characteristics of crops can be influenced by the environment, interfering with productivity. This research intends to understand the genotype-by-environment interaction(IGA) and quantitative trait locus (QTL)-by-environment interection (IQA), in order to provide tools that can improve productivity. That the Additive Main Effects and Multiplicative Interactions (AMMI) model, has been widely used to study and understand these interactions and has shown to provide good interpretations of both IGA and IQA, as well as QTL detection. In order to take into account of the heterogeneity of error variance over the environments, a generalization of the AMMI model is used, the weighted AMMI or W-AMMI. In this study, observing the data resulting from an experiment with 9 maize genotypes conducted in 20 environments and 4 blocks, was used to compare the results between the AMMI and W-AMMI models. A second set of data, resulting a cross between the barley varieties Harrington and TR306, with 141 genotypes conducted in 12 environments, was used to compare the AMMI and two versions of the W-AMMI (equal weighs per row; and equal weights per column) models in terms of IGA, IQA and QTL detection.