Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-19T21:21:54Z No. of bitstreams: 1 Hermes Pedreira EStudo molecular dos vírus B e C...2010.pdf: 5589974 bytes, checksum: b86706272dbb22d0d349edae7d641ce1 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-19T21:21:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Hermes Pedreira EStudo molecular dos vírus B e C...2010.pdf: 5589974 bytes, checksum: b86706272dbb22d0d349edae7d641ce1 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / Infecções pelos vírus B e C das hepatites constituem um significante problema de saúde pública em todo mundo. Mais de 350 milhões de pessoas estão cronicamente infectadas pelo VHB e 170 milhões pelo VHC. No Brasil, a prevalência de pessoas infectadas pelo VHB varia de baixa endemicidade (<2%) até alta, (>7%), e estima-se que 1,5% da população esteja infectada pelo VHC (WHO). Estudos recentes tem demonstrado consideráveis variações entre os isolados do VHB, confirmando a diversidade de genótipos do vírus circulantes e o surgimento de mutações no genoma viral que podem ter impacto na resposta terapêutica e imune. Informações sobre a diversidade genética do VHB serão de grande valor para determinar fatores de risco associados a disseminação do vírus e auxiliar na adoção de medidas de prevenção e terapêutica. A infecção pelo VHC tornou-se um sério problema de saude pública desde que não existe uma vacina disponível e o tratamento é extremamente caro para os órgãos públicos como desgastante para o paciente. Este trabalho utilizou as ferramentas moleculares e de epidemiologia no estudo destes vírus para caracterizar molecularmente os vírus B e C das hepatites nas Regiões Norte e Nordeste, particularmente na Bahia, através de sequenciamento de DNA e análises filogenéticas. Amostras de pacientes provenientes da Bahia, Acre, Rondonia, Amazonas, Maranhão e Tocantins foram analisadas. As amostras foram oriundas de outros estudos e de centros de referência para tratamento das hepatites, sendo avaliadas 635 amostras para o VHC e 335 de VHB. Sequencias das regiões pré-S/S e pré- Core/Core do VHB e NS5b, 5UTR, E1 e Core do VHC foram utilizadas para classificação genotípica e análise filogenetica. Os genótipos mais frequentes para o VHB foram A (57%), D (10%) e F(33%) na Bahia e nas amostras da região Norte. Nós encontramos em nosso estudo 55,6% de pacientes co-infectados com VHB/Delta. Não foi possível estabelecer uma ligação genótipo específico com a evolução da infecção, e determinar a presença de mutantes relacionados à resposta terapêutica e ao escape imunológico. Com relação ao VHC, a subtipagem dos isolados foi realizada através do sequenciamento da região NS5b e 5UTR (n=230). Os sub-genótipos mais frequentes foram 1a(45,6%), 1b (46,9%), 3a (6,5%) e 2a/b(0,8%). As regiões E1 e Core também foram sequenciadas e no futuro serão utilizadas para avaliar possiveis mutações. O presente estudo mostra que a aplicação de protocolos de sequenciamento, bioinformática e filogenia são indispensáveis para a compreensão da epidemiologia molecular dos vírus das hepatites. / Infections with hepatitis B and C viruses constitute a significant public health problem worldwide. More than 350 million people are chronically infected with HBV and 170 million by HCV. In Brazil, HBV remains endemic despite widespread vaccination with prevalence of infection ranging from (<2%) low endemicity, until high (>7%) in different regions. Prevalence of HCV infection in Brazil has been estimated at 1.5%. Recent studies have shown considerable genetic variation among HBV isolates, confirming the diversity of circulating genotypes of the virus and the emergence of mutations in the viral genome that may impact on therapeutic and immune response. Information on the genetic diversity of HBV is useful for molecular epidemiology to determine risk factors associated with the spread of the virus and to inform prevention strategies and for monitoring therapy. Because there is no vaccine available to prevent HCV infection and treatment is extremely expensive for public agencies, HCV is an emerging public health problem. The treatment efficiency is directly related to viral genotype. In this study molecular epidemiology tools were used to characterize HBV and HCV in the North and Northeast, particularly in Bahia, through DNA sequencing and phylogenetic analysis. Samples from Bahia, Acre, Rondônia, Amazonas, Maranhão and Tocantins were analyzed. The samples were collected in collaboration with other studies and centers of references for hepatitis treatments. 635 samples from HCV infected patients and 335 samples from HBV infected were evaluated. Sequences of the regions pre-S / S, HBV core / pre-core, NS5B, 5UTR, HCV Core and E1 were used for genotypic classification and phylogenetic analysis. The most frequent HBV genotypes were A (57%), D (10%) and F (33%) in Bahia and in the samples from the North region. Fifty five percent of the patients from Rondônia were coinfected with HBV and HDV. In this study, we were unable to establish a connection with the particular genotype evolution of the infection and determine the presence of mutants related to therapeutic response and immune escape. In the North region co-infection with HBV genotype F and D virus is strongly associated with poor outcome of the disease as informed by the physicians and literature. Regarding HCV, the subtyping of isolates was performed by sequencing the NS5B region and 5UTR (n=230). The sub-genotypes more frequent were 1a (45.6%), 1b (46.9%), 3a (6.5%) and 2a / b (0.8%). The Core and E1 regions were also sequenced and in the future could be used to evaluate possible mutations. This study shows that the implementation of protocols for sequencing, bioinformatics and phylogenetic are essential for understanding the molecular epidemiology of hepatitis.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-08-30T20:49:47Z No. of bitstreams: 1 Tatiana Amorim Boa Sorte Estudo das bases moleculares da fenilcetonuria no nordeste do Brasil.pdf: 1805592 bytes, checksum: 2caa9f81224a65539eb11f580bd6b8a9 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-30T20:49:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tatiana Amorim Boa Sorte Estudo das bases moleculares da fenilcetonuria no nordeste do Brasil.pdf: 1805592 bytes, checksum: 2caa9f81224a65539eb11f580bd6b8a9 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / As hiperfenilalaninemias (HPA), em especial a fenilcetonúria (PKU) estão entre os erros inatos do metabolismo mais bem estudados, por fazerem parte de programas de triagem neonatal em todo o mundo. No Brasil, o Programa Nacional de Triagem Neonatal (PNTN) garante o rastreamento, confirmação diagnóstica e tratamento desta condição em todo o país, através dos Serviços de Referência em Triagem Neonatal (SRTN). O PNTN oferece o diagnóstico bioquímico de PKU. A investigação molecular, através da detecção de mutações no gene da fenilalanina hidroxilase (PAH) não está prevista, e inexistem dados a este respeito na região nordeste do Brasil. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar uma amostra de pacientes com HPA, quanto aos seus aspectos clínicos, demográficos, epidemiológicos e moleculares, além de avaliar a operacionalização do PNTN nesta região do país. MÉTODOS: Participaram do estudo pacientes da Bahia, Sergipe, Alagoas, Ceará, Maranhão e Piauí. Dados epidemiológicos e demográficos estiveram disponíveis apenas para pacientes da Bahia, e foram obtidos através de consulta a bancos de dados laboratoriais e prontuários médicos, nutricionais e sociais. Informações clínicas dos pacientes dos seis estados foram obtidas através de preenchimento de questionário. A Análise molecular incluiu investigação inicial para sete mutações no gene da PAH, previamente selecionadas (IVS10nt11ga, V388M, R261Q, R252W, I65T e R408W ) entre as mais frequentes em estudos brasileiros anteriores, através de RFLP, seguida de sequenciamento gênico dos éxons 3, 5, 6, 7, 11 e 12 do gene da PAH. Estudos de correlação genótipo-fenótipo foram realizados utilizando informações sobre atividade residual da PAH. RESULTADOS: Entre 1992 e 2009, foram diagnosticados 111 pacientes com HPA na Bahia. A cobertura populacional alcançou 90,81%, e a coleta do exame de triagem neonatal ocorreu após o 7º dia de vida em 76,8% dos casos, sendo a média da incidência de 1:16.362 NV. PKU clássica foi diagnosticada em 56,8% dos pacientes. A mediana de idade na primeira consulta foi de 34,5 dias para a PKU clássica nos últimos dois anos. A avaliação sócio econômica mostrou que 64,1% das genitoras não concluíram o ensino fundamental e 69,5% das famílias tinham renda abaixo de 2 salários mínimos. A partir de amostras de DNA de pacientes de seis estados do nordeste do Brasil, a triagem inicial de sete mutações permitiu a identificação de 64,3% dos genótipos. As mutações mais frequentes foram IVS10nt11ga (21,3%), V388M e I65T (15,8%) e R252W (14,6%). As menos frequentes foram R261Q (8,7%) e R408W (1,2%.). A mutação R261X não foi encontrada. Outras seis mutações foram identificadas através de sequenciamento gênico, com um total de 32 genótipos diferentes. Correlação entre genótipo e fenótipo apresentou-se adequada em 42,7% dos casos. A correlação foi mais evidente entre os pacientes com PKU leve ou moderada (68,2%) e genótipo homozigoto (45,4%). Mutações responsivas ao tratamento com tetrahidrobiopterina (V388M e I65T) foram encontradas com frequência relevante. CONCLUSÕES: Os dados epidemiológicos e clínicos serão de utilidade para a melhor organização das estratégias de saúde pública, enquanto que os dados moleculares poderão ser úteis em sugerir um painel de mutações mais adequado para investigação regional, ao tempo em que pode contribuir na otimização do tratamento e acompanhamento dos pacientes. / Hyperphenylalaninemia (HPA), especially phenylketonuria (PKU) are among the most studied inborn errors of metabolism, once they it is part of neonatal screening programs worldwide. In Brazil, National Neonatal Screening (PNTN) warrants screening, diagnostic confirmation and treatment of this condition across the country through the Reference Services for Neonatal Screening (SRTN). The PNTN offers biochemical diagnosis of PKU. Molecular investigation, by detecting mutations in the phenylalanine hydroxylase gene (PAH) is not provided, and there are no data so far in the northeast region of Brazil. This study aimed to characterize a sample of patients with HPA, in clinical, demographic, epidemiological and molecular aspects, and assess the implementation of PNTN at this region of the country. METHODS: Patients were from Bahia, Sergipe, Alagoas, Ceará, Maranhão and Piauí. Epidemiological and demographic data of patients were available only from Bahia, and were obtained by consulting the laboratory databases and medical, nutritional and social records. Clinical information of patients from all six states were obtained through a questionnaire. Molecular analysis included search for seven mutations in the PAH, previously selected (IVS10nt11g  a, V388M, R261Q, R252W, R408W and I65T) among the most frequent in previous Brazilian studies, using RFLP, followed by gene sequencing for éxons 3, 5, 6, 7, 11 and 12 of PAH gene. Studies of genotype-phenotype correlation were carried out using information on residual activity of PAH. RESULTS: Between 1992 and 2009, 111 patients were diagnosed with PAH in Bahia. The population coverage has reached 90.81% and the collection of samples for neonatal screening occurred after the 7th day of life in 76.8% of cases. The average incidence was 1:16.362 newborns. Classical PKU was diagnosed in 56.8% of patients. The median age at first visit was 34,5 days for classical PKU. Socioeconomic evaluation showed that 64.1% of mothers have not completed elementary education and 69.5% of households had income below two minimum wages. Using samples from six states of northeast of Brasil, screening for seven mutations allowed identification of, 64.3% of genotypes. By his screening, the most frequent mutations were IVS10nt11g  a (21.3%), I65T and V388M (15.8%) and R252W (14.6%). R261Q (8.7%) and R408W (1.2%) were less frequent. R261X was not found. Six other mutations have been identified through gene sequencing, with a total of 32 different genotypes. Correlation between genotype and phenotype presented adequate in 42,7% of cases. The correlation was most evident among patients with mild or moderate PKU (68,2%) and homozygous (45.4%). Mutations responsive to treatment with tetrahydrobiopterin (I65T and V388M) were found with significant frequency. CONCLUSIONS: The epidemiological and clinical data will be useful for better organization of public health strategies, whereas molecular data may be useful in suggesting a panel of mutations most appropriate for regional research at the time that may contribute to the optimization of treatment and monitoring of patients.

Made available in DSpace on 2016-04-04T12:47:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 amanda_cavalcanti_ioc_dout_2014.pdf: 8125448 bytes, checksum: a21804f13675939416a209e2c1250af8 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A Leishmaniose Visceral causada pela Leishmania infantum é uma doença zoonótica no Novo Mundo em que o cão é o principal hospedeiro doméstico. O conhecimento prévio dos mecanismos imunopatogênicos associados à infecção por L. infantum é necessário para o desenvolvimento de vacinas e outras estratégias de controle. O objetivo geral desta tese foi correlacionar a expressão clínica, a carga parasitária, a resposta imunológica do hospedeiro e a diversidade genética dos parasitos em cães naturalmente infectados por L. infantum. O presente estudo é uma avaliação transversal de noventa e dois cães naturalmente infectados por L. infantum provenientes do estado do Mato Grosso. A infecção dos animais incluídos no estudo foi confirmada por sorologia, cultura e /ou PCR. O diagnóstico etiológico foi realizado por PCR-RFLP para o gene hsp70 e por eletroforese de enzimas nos parasitos isolados. Foram ainda analisados os sinais clínicos, a resposta imune pela expressão gênica de citocinas, a carga parasitária por qPCR, as alterações histológicas no baço e fígado e a as populações e genótipos de L. infantum circulantes por meio da análise do polimorfismo de microssatélites. Foram definidos grupos de acordo com a carga parasitária esplênica e hepática. Os animais com alta carga parasitária apresentaram altos títulos de anticorpos específicos anti-Leishmania e mais sinais clínicos da doença A carga parasitária no baço foi maior do que no fígado e houve correlação com o rompimento da arquitetura esplênica, caracterizado principalmente pela desorganização da polpa branca. No fígado, a carga parasitária foi correlacionada positivamente à ocorrência de granulomas, à degeneração dos hepatócitos bem como à intensidade do infiltrado inflamatório. Mostramos que a maior carga parasitária promoveu menor expressão gênica de IL-12, IFN\03B3, TNF, IL-6, TGF\03B2 e IL-10 no baço e maior expressão de CCL2, CXCL8 e MAP4K4 no fígado. A análise genética dos parasitos é indicativa de que há infecção policlonal e tropismo tissular de alguns clones, mais evidente na análise das amostras pareadas (tecidos e isolados do tecido). Foi observada baixa variabilidade genética em que a maioria (96%, 49/51) das amostras foi caracterizada como pertencente a POP2, dentre as populações circulantes no Brasil previamente descritas pelo nosso grupo. Não houve associação entre a variabilidade genética dos parasitos e os parâmetros clínicos, parasitológicos ou imunológicos. Apesar disso, os dados gerados pelos ensaios in vitro com as cepas de diferentes populações sugerem que há sim diferenças na infectividade entre cepas com genótipos de microssatélites distintos. Foi reunida uma série de dados que, em conjunto, mostram que na região estudada a Leishmanise Canina é causada por população geneticamente homogênea não tendo sido observada nenhuma correlação entre genótipos específicos e o fenótipo da infecção canina / Visceral leishmaniasis is a zoonotic disease in the New World and the domestic dog is the main host of Leishmania infantum . Prior knowledge of the immunopathogenic mechanisms associated with infection by L. infantum is required for the development of vaccines and other control strategies. The overall aim of this thesis was to compare the clinical expression, parasite load, the host immune response and genetic diversity of parasites in dogs naturally infected with L. infantum . This study is a cross - sect ional assessment of ninety - two dogs naturally infected by L. infantum . Infection was confirmed by serology, parasite culture and / or PCR. The etiology was assessed by hsp70 PCR - RFLP and MLEE . We further analyzed clinical signs , immune response by cytokine gene expression, molecular parasite load by qPCR, histological changes in sple nic and hepatic compartments and also L. infantum populations and genotypes through microsatellite analysis. Groups according to the spleen and liver parasite load were defined. Animals with high parasite load had high titers of anti - Leishmania antibodies and more clinical signs. The paras ite load in the spleen was higher than in liver and correlated with disruption of splenic architecture, mainly characterized by white pulp diso rganization. Liver parasite load was correlated with the occurrence of granulomas, degeneration and intensity of the inflammatory infiltrate. We show that the higher parasite load promoted lower gene expression o f IL - 12, IFNγ, TNF, IL - 6, IL - 10 and TGFβ in the spleen and increased expression of CCL2, CXCL8 MAP4K4 in the liver. Genetic analysis of parasites is indicative of polyclonal infection and tissue tropism of some clones, more evident in the analysis of paire d samples ( strain isolated and tissue). We also found l ow genetic variability , in which the majority (96%, 49/51) of the samples was characterized as belonging to POP2, among tree populations previously described by our group. There was no association betw een the genetic variability of the parasites and the clinical, parasitological and immunological parameters. Nevertheless, the data generated by in vitro assays with strains from different populations suggest that there are differences in infectivity betwe en strains with distinct m icrosatellite genotypes. Taken together, these results show that in the region studied Canine Leishmaniasis is caused by genetically homogeneous population without any correlation between specific genotypes and the phenotype of ca nine infection .

Made available in DSpace on 2016-06-15T17:47:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 sadia_ali_ioc_mest_2012.pdf: 2556754 bytes, checksum: 4021afcde5f4b6bf66a9b56032439b23 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2012 / Made available in DSpace on 2016-07-05T23:52:49Z (GMT). No. of bitstreams: 3 sadia_ali_ioc_mest_2012.pdf.txt: 336057 bytes, checksum: f697a3227b778cfb3d4acd605c43b9c9 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) sadia_ali_ioc_mest_2012.pdf: 2556754 bytes, checksum: 4021afcde5f4b6bf66a9b56032439b23 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O sarampo é uma doença exantemática viral, altamente infecciosa, causada por um vírus da família Paramyxoviridae, gênero Morbillivirus que, apesar de estar disponível uma vacina, segura e eficaz contra a doença, esta ainda constitui uma importante causa de morbidade e mortalidade infantil em muitos países em desenvolvimento. Embora exista apenas um tipo antigênico do vírus do sarampo, estudos de caracterização genética dos vírus de tipo selvagem permitiram a identificação oito subtipos (A-H) e 24 genótipos. O Brasil eliminou a transmissão autóctone do vírus do sarampo a partir do ano 2000. A partir de então foram confirmados vários casos de sarampo importados ou relacionados a importações, principalmente do genótipo D4. A epidemiologia molecular dos vírus do sarampo baseada nas análises da região C-terminal da nucleoproteína tem demonstrado uma diversidade limitada entre as cepas circulantes, dificultando dessa forma a determinação da origem dos vírus usando apenas essa região. O objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente os genótipos D4 dos vírus do sarampo detectados no Brasil no período de 2003 a 2012, e para tal, as sequências da proteína H completa e do gene Nparcial foram analisadas Os casos positivos para o genótipo D4 foram previamente identificados pela amplificação dos 450nt da região C-terminal da proteína N por RT-PCR, as sequências completas do gene H destas amostras foram diretamente amplificadas por RT-PCR a partir das amostras clínicas e posteriormente sequenciado. As análises filogenéticas da sequência de nucleotídeos do gene N e do gene H completo mostraram que os vírus do sarampo genótipo D4 detectados no Brasil podem ser resultado de várias importações de diferentes variantes do mesmo genótipo que circulam na Europa. Foram identificadas mutações nas sequências de aminoácidos tanto do gene N parcial como do gene H completo dos genótipos D4 dos vírus do sarampo detectados no Brasil. Estas mutações parecem não alterar as propriedades antigênicas e imunológicas do vírus / Measles is a highly infectious viral exanthem of the family Paramyxoviridae, genus Morbillivirus. Despite the availability of a safe and effective vaccine, measles infection continues to be an important cause of infantile morbidity and mortality in developing countries. Although there is only one antigenic type of the measles virus, genetic characterisation of the wild-type virus identified 8 subtypes (A-H), with a total of 24 genotypes being recognised. From 2000, the indigenous transmission of the measles virus has been eliminated in Brazil. Since then, several cases of imported measles, or cases associated with importations, were confirmed, principally of genotype D4. The molecular epidemiology of the measles virus based on analyses of the C-terminal region of the nucleoprotein has demonstrated a limited diversity between circulating strains, making it difficult to determine the origin of the virus by this genomic region alone. The objective of this study was to genetically characterise the D4 genotype of measles viruses detected in Brazil from 2003 to 2012 by analysing sequences from the complete H gene and partial N gene of the virus Cases positive for measles genotype D4 were previously identified by the amplification of a 450nt of the C-terminal region of the N protein by RT-PCR. The complete H gene from these samples was amplified by RT-PCR directly from clinical samples and subsequently sequenced. Phylogenetic analysis of the nucleotide sequences of the N gene and the complete H gene demonstrated that the measles D4 genotype detected in Brazil may have been a result of several importations of different variants of the same genotype circulating in Europe. Mutations were identified in the amino acid sequences of the N gene and complete H gene but they do not appear to change the immunological and antigenic properties of the virus

Amebas de vida livre (AVL) são distribuídas mundialmente no solo e na água. Um número pequeno delas é considerado importante para a saúde dos seres humanos: Acanthamoeba spp., Naegleria fowleri, Balamuthia mandrillaris e Sappinia diploidea. Algumas das infecções são oportunistas, ocorrendo em indivíduos imunocomprometidos, enquanto outras são não oportunistas. Amostras de água foram coletadas de banheira de hidromassagens e piscinas térmicas na cidade de Porto Alegre, RS, Brasil, com o objetivo de determinar a presença de Acanthamoeba, bem como realizar a caracterização fenotípica e genotípica dos isolados. Amebas foram isoladas em cultivo monoxênico com Escherichia coli. A identificação dos isolados foi baseada na morfologia dos cistos e na amplificação por PCR com oligonucleotídeos gênero-específico. De 72 amostras analisadas, 20 (27,77%) foram positivas para amebas de vida livre, e identificadas morfologicamente como pertencentes ao gênero Acanthamoeba. Destas, 11 possuíam características compatíveis com o grupo morfológico II e 9 com o grupo III. Entre os isolados, 11(55%) foram considerados potencialmente patogênicos a partir de testes de osmotolerância e termotolerância. Somente 9 isolados quando submetidos à Reação da PCR, confirmaram pertencer ao gênero Acanthamoeba. A análise do sequenciamento através da comparação das sequências dispostas no GenBank, demonstrou a distribuição nos grupos genotípicos T3 (11,1%), T5 (11,1%), T4 (33,3%) e T15 (44,4%).Os resultados obtidos com este confirmam a presença de isolados potencialmente patogênicos que podem representar um risco à saúde humana nos ambientes de banheiras de hidromassagem e piscinas térmicas. / Free-living amoebae (FLA) are widely distributed in soil and water. A few number of them are implicated in human disease: Acanthamoeba spp., Naegleria fowleri, Balamuthia mandrillaris and Sappinia diploidea. Some of the infections were opportunistic, occurring mainly in immunocompromised hosts, while others are non opportunistic. Water samples were collecyed from both hot tubs and thermal swimming pools in the city of Porto Alegre, RS, Brazil, to determine the presence of Acanthamoeba in the water as well as perform the phenotypic and genotypic characterization of the isolates. Amoebae were isolated in monoxenic culture with Eschererichia coli. The identification of the isolates was based on the cysts morphology and PCR amplification using genus-specific oligonucleotides. From 72 samples analyzed, 20 (27,77%) were positive for free-living amoebae, and the isolates were morphologically identified as belonging to the genus Acanthamoeba. Out of these, 11 presented morphological characteristics compatible with group II, and 9 with group III. Among the isolates, 11 (55%) were considered potentially pathogenic according to osmotolerance and temperature assays. The isolates when submitted to PCR reaction only 9 were confirmed as belonging to the genus Acanthamoeba. The sequences analysis when compare to the sequences in the GenBank, showed that genotype distribution in group T3 (11,1%), T5 (11,1%), T4 (33,3%) and T15 (44,4%). The results of this study confirmed the presence of potentially pathogenic isolates of free living amoebae in hot swimming pool and spas which can present risks to human health.

As dermatofitoses apresentam alta prevalência na população em geral, sendo Trichophyton interdigitale (Trichophyton mentagrophytes) a segunda espécie mais frequentemente relatada como causadora de infecção em humanos. O objetivo do trabalho foi determinar a identidade genética, o perfil enzimático e de assimilação de açúcares e a suscetibilidade a antifúngicos de isolados clínicos do gênero Trichopyton. Os isolados foram avaliados por de ensaios enzimáticos, assimilação de fontes de carbono e da atividade antifúngica in vitro. A caracterização genotípica foi realizada através da amplificação e do sequenciamento da região do gene que codifica a região interna do gene DNA ribossomal dos isolados testados. No estudo, todos os isolados secretaram DNase, mas nenhum deles foi capaz de secretar fosfolipase e proteinase. Por outro lado, urease e lipase foram produzidas pela maioria dos isolados testados. Entre os antifúngicos avaliados, a terbinafina e o itraconazol demonstraram melhores resultados de sensibilidade, enquanto o fluconazol apresentou baixa atividade para as amostras. A anfotericina B, apesar de menos eficaz que a terbinafina e o itraconazol, também demonstrou resultados satisfatórios. A combinação entre os antifúngicos tioconazol e terbinafina demonstrou ter atividade antagônica em todos os isolados. Todos os dermatófitos testados assimilaram inulina, sorbitol, manose, glicose e trealose. Os demais carboidratos tiveram assimilação variável entre os isolados. Genotipicamente, todos os isolados do estudo foram identificados como pertencentes à espécie T. interdigitale. Os ensaios enzimáticos e de assimilação de carboidratos apresentaram resultados variáveis entre os isolados testados, inferindo variação intraespecífica entre as amostras de T. interdigitale. O perfil de sensibilidade aos antimicóticos testados seguiu o padrão de resultados observado em estudos anteriores. A identificação genotípica através da amplificação e do sequenciamento da região ITS permitiu garantir a identidade entre os isolados testados. / The prevalence of dermatophytosis among population is high, and Trichophyton interdigitale (Trichophyton mentagrophytes) is the second most frequently reported species to cause infection in humans. This study objective was to evaluate the genetic identity, the enzymatic profile and the assimilation of carbon sources, as well as the antifungal susceptibility of clinical isolates of Trichophyton sp. The isolates were analyzed phenotypically by enzymatic assays, assimilation of carbon sources and antifungal activity in vitro. The genotypic characterization was performed by amplification and sequencing the gene region encoding the internal region of the DNA ribosomal gene of the isolates tested. In our study, all isolates secreted DNase, while none of them was capable of secreting phospholipase, keratinase and proteinase. On the other hand, lipase and urease were secreted by most of the isolates. Of the antifungal agents tested, the best results in terms of sensitivity were found with terbinafine and itraconazole, while the antifungal activity of fluconazole was found to be weak. Amphotericin B, although less effective than terbinafine and itraconazole, also yielded satisfactory results. Evaluation of the drug combination of tioconazole and terbinafine revealed an antagonistic effect for all tested isolates. All isolates assimilated inulin, sorbitol, glucose, trehalose and mannose. Arabinose, dulcitol, galactose and xylose were assimilated by some of the isolates, whereas the most isolates assimilated cellobiose, dulcitol, erytritol and mannitol. Genotypically, all isolates in the study were identified as belonging to Trichophyton interdigitale species. In general, enzyme assays and assimilation of carbohydrates showed variable results among the isolates tested, inferring intraspecific variation between Trichophyton interdigitale samples. The sensitivity profile of the antifungal agents tested in this study was similar to results obtained in previous studies. The genotypic identification, by amplification and sequencing of the ITS region, has ensured the identity of the isolates tested.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-16Bitstream added on 2014-06-13T18:29:30Z : No. of bitstreams: 1 guidolin_dgf_me_jabo.pdf: 239613 bytes, checksum: 25503ca97d099f8707e7f0c6cd325324 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A identificação de interação genótipo-ambiente em bovinos de corte pode auxiliar o processo de seleção, aumentando a eficiência da avaliação genética de reprodutores submetidos à ambientes distintos. Características medidas pós-desmame estão mais sujeitas aos efeitos da interação genótipoambiente do que na fase pré-desmame. Assim, o objetivo deste trabalho foi verificar a existência do efeito da interação genótipo-ambiente sobre os pesos corporais aos 365 (P365), 450 (P450) e aos 550 (P550) dias de idade de bovinos Nelore criados nos estados de Goiás, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Minas Gerais, Pará e São Paulo. Os componentes de (co)variância, parâmetros genéticos e os valores genéticos preditos foram estimados para cada característica, por estado e para o conjunto total de dados, pelo método da máxima verossimilhança restrita. Correlações de Spearman entre as classificações dos touros por estado quanto ao valor genético para cada característica ou considerando cada estado individualmente e em conjunto (todos os estados), assim como a correlação genética entre observações da mesma característica, medida em dois estados distintos foram utilizadas para avaliar o efeito da interação genótipo-ambiente sobre as características estudadas. Correlações de Spearman não significativas indicaram mudança de posição na classificação de touros e conseqüente existência de interação genótipo-ambiente. A ocorrência desta interação também foi constatada em algumas ocasiões por estimativas de correlação genética entre observações da mesma característica em estados diferentes, para P365 foi observada indícios de interação entre SP e GO (0,71), SP e MT (0,68) e também entre SP e PA (-0,11), para P450, MT e MG (-0,28), GO e PA (0,62) e SP e PA (0,66), para a característica P550, MT e MG (-0,38), MG e PA (0,73), MG e SP (-0,34) e para... / The properly identification of genotype-environment interaction in beef cattle herds can help the selection process and improve genetic evaluation of sires submitted in different environments. Post weaning traits may be more influenced by the genotype-environment interactions than others. So, this paper objective was verify genotype-environment interaction in, beef cattle, body weight at 365 (P365), 450 (P450) and 550 (P550) days of age in herds distributed in six Brazilian states, Goiás (GO), Mato Grosso (MT), Mato Grosso do Sul (MS), Minas Gerais (MG), Pará (PA) and São Paulo (SP). Genetic parameters, (co)variance components and genetic values were estimated for each trait, each state and for all states together, using maximum restricted likelihood method. Spearman correlations among sire’s classifications due to its genetic value, for each trait, by state individually or in group (using data from all states), genetic correlation between the same trait measured in two different states were used to evaluate genetic-environment interaction over the traits studied. Non significant Spearman’s correlation indicated position changes at sires classification and consequently genotype-environment interaction. This interaction occurrence was also observed between genetic correlations of the same trait measured in two different states. Genetic correlation for P365, between SP and GO states were (0, 71), SP and MT (0, 68) and also between SP and PA (-0, 11). For P450, MT and MG (-0, 28), GO and PA (0, 62) and SP and PA (0, 66). P550, MT and MG (-0, 38), MG and PA (0, 73), MG and SP (-0, 34) and SP and PA (-0, 86). There so, selection conduced considering data obtained in one state could be different than one based in others. Beef cattle summary organized by state would be indicated if this one would be economically viable.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-07-18Bitstream added on 2014-06-13T20:33:52Z : No. of bitstreams: 1 ferreira_ag_me_jabo.pdf: 1060109 bytes, checksum: 053c94d8f7c28f0b88d050104ec93969 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Doze diferentes genótipos de Phaseolus vulgaris (L.), popularmente conhecido como feijão-vagem, obtidos na Universidade Estadual de Goiás (UEG), Ipameri, Goiás, Brasil, foram descritos morfologicamente, citogeneticamente e palinologicamente. Os estudos morfológicos evidenciaram que a maioria das amostras analisadas é semelhante quanto à forma de germinação, forma dos cotilédones, sistema radicular e filotaxia do primeiro par de folhas. As divergências são demonstradas na forma, espessura, comprimento, largura, cor do tegumento da semente e da pigmentação da porção superior do hipocótilo que são formas de se efetivar a classificação entre os vários genótipos. As plântulas são angiospermas, dicotiledôneas, tendo raiz primária glabra, cotilédones livres, peciolados, crassos, planoconvexos, maciços e de coloração verde clara. O epicótilo é cilíndrico e levemente esverdeado. As sementes são exalbuminosas, reniformes ou cubóides, apresentam tegumento em diferentes cores, com germinação do tipo epigéia e fanerocotiledonar. O número cromossômico diplóide é 2n = 22 cromossomos para os doze genótipos. Três amostras mostraram como proposta de cariótipo a formulação 3M + 7SB + 1ST, quatro possuem 6M + 5SB, cinco apresentam formulações cariotípicas divergentes, sendo 5M + 5SB + 1ST, 4M + 6SB + 1ST, 8M + 3SB, 10M + 1SB, 9M + 2SB. A morfologia polínica evidenciou grãos de forma triangular-obtusa com contorno convexo, tricolpados e com protuberâncias relativamente distantes. As diferenças entre esses grãos restringem-se à quantidade de protuberâncias no genótipo 26 e quanto ao tamanho, que varia de 38,33 μm a 31,10 μm de diâmetro. / Twelve different genotypes of Phaseolus vulgaris (L.) well-known as green been, obtained at UEG – University of Goiás State, Ipameri, GO Brazil were described morphologically, cytogenetically and palinologically. The morphologic evaluations evidenced a similar germination and cotyledon form, root system, and phyllotaxy in the first pair of leaves in the most of the analyzed samples. De differences appeared in the form, thickness, length, width, seed tegument color, and the hypocotyls superior portion pigmentation that are ways to effectuate the classification among several genotypes. The plantlets are angiosperms, dicotyledonous, have an initial root as glabra, free cotyledon, peciolate, crass, plan-convex, solid, and green-light color. The epicotyls is cylinder and slightly green. The seeds are unalbuminoses, reniforms or cuboids, present tegument in different colors, germination-like epigeous and fanerocotyledonous. The number of diploid chromosome is 2n=22 to all of twelve genotypes. Three samples showed as a cariotype proposal a 3M + 7SB + 1ST formula, while four presented the 6M + 5SB formula, five presented divergent cariotypic formula, being 5M + 5SB + 1ST, 4M + 6SB + 1ST, 8M + 3SB, 10M + 1SB, and 9M + 2SB. The polinic morphology evidenced triangular-obtuse grains shape having convex border, being trycolps and having ridges relatively distant. The differences between these grains are restricted to the ridges amount in the genotype 26 and by the size, varying from 38.33μm to 31.10μm diameter.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-11-30Bitstream added on 2014-06-13T20:05:38Z : No. of bitstreams: 1 monteiro_jmc_dr_jabo.pdf: 1222391 bytes, checksum: acc3bc476ca5877b6c0800b21ad83071 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Objetivou-se comparar genótipos de suínos relativos ao desempenho, parâmetros e características de carcaça e da carne em animais abatidos aos 161 dias de idade. Utilizaram-se os seguintes genótipos: G1 - ½ Topigs© (Toppi) x ½ Naïma®; G2 - ½ DB Danbred© (Frederik) x ½ Naïma®; G3 - ½ PIC© (AGPIC 412) x ½ Naïma®; G4 - ½ SG 2030© (Duroc) x ½ Naïma®; e G5 - ½ Pen Ar Lan© (P76) x ½ Naïma®. Estudaram-se o ganho de peso total (GPT), consumo de ração total (CRT), conversão alimentar (CA) e eficiência alimentar (EA). As meias carcaças esquerdas foram, inicialmente, avaliadas quanto ao peso da carcaça quente (PCQ) e fria (PCF), comprimento (CC), área do olho de lombo (AOL), comprimento de olho do lombo (COL) e profundidade do toucinho (PT10ª). Foram feitas ainda, com a pistola de tipificação eletrônica Hennessy, medidas de espessura do músculo (EM1 e EM2) e profundidade do toucinho (PT1 e PT2). Foram feitas medidas de espessura de toucinho na altura da primeira costela (ET1), última costela (ET2), última lombar (ET3) e máxima lombar (ETM), com o auxílio de paquímetro digital. A carcaça foi desdobrada em seus cortes primários: pernil, carré, barriga, barriga ventral, fraldinha, paleta, sobre paleta, ponta do peito, filezinho, antebraço, perna e papada. Após a pesagem desses cortes, foi realizada a desossa dos mesmos, para se determinar os pesos da carne, gordura interna, ossos, pele e gordura subcutânea de cada um. A porcentagem de carne magra (PCM) foi determinada dividindo-se o total de carne magra desossada pelo peso da carcaça fria. Foram estudados os seguintes parâmetros físico-químicos da carne: pH post-mortem, perda de líquido por gotejamento, cor da carne,... / The aim of this work it was to compare different swine genotypes with the performance, characteristics of carcass and meat quality in swine slaughtered at 161 days of age. The following genotypes had been used: G1 - ½ Topigs© (Toppi) x ½ Naïma©; G2 - ½ DB Danbred© (Frederik) x ½ Naïma©; G3 - ½ PIC© (AGPIC 412) x ½ Naïma©; G4 - ½ SG 2030© (Duroc) x ½ Naïma©; e G5 - ½ Pen Ar Lan© (P76) x ½ Naïma©. They had been studied the profit of all up weight (BW), consumption of total ration (CTR), feed conversion (FC) and alimentary efficiency (AE). The half left carcasses had been, initially, evaluated to the hot carcass weight (HCW) and cold weight (CCW), carcass length (CL), loin eye area (LEA), loin eye length (LEL) and backfat thickness in tenth rib (BT10th). They had been made still, with the pistol electronic Hennessy, measures of muscle depth (MD1 and MD2) and fat depth (FD1 and FD2). Backfat thickness was measured at four locations: in the first rib (BT1), last rib (BT2), last lumbar (BT3) and maximum lumbar (BTM), with digital paquimeter. The carcass was unfolded in these cuts: ham, loin, belly, ventral belly, cranial belly, shoulder, neck, jowl, tenderloin, front shank, hind shank and cheek. After the weight of these cuts, the composition of each one was determined by physical dissection into lean, fat, bone, and skin. The lean meat percentage (LMP) was determined, dividing the total of boned lean meat by the weight of the cold carcass. The following parameters had been studied in the meat: pH post-mortem, ...(Complete abstract click electronic access below)

A utilização de genótipos de culturas com potencial alelopático superior é considerada uma importante alternativa para manejo de plantas daninhas. Estas cultivares também podem ser utilizadas para isolamento de substâncias potencialmente alelopáticas, como base para produção de herbicidas sintéticos. Contudo, há dificuldades para reproduzir-se a campo os resultados de atividade obtidos em ensaios conduzidos em laboratório. Este trabalho objetivou determinar a existência de variabilidade entre genótipos de sorgo quanto à produção de extratos hidrofóbicos de raízes; relacionar o potencial alelopático mensurado em laboratório com a supressão diferencial de plantas daninhas por estes genótipos a campo; e verificar a importância de fatores limitantes do desempenho da substância sorgoleone em nível de campo. Realizaram-se experimentos em casa de vegetação e em laboratório para testar o potencial alelopático de extratos hidrofóbicos e hidrofílicos de plantas de sorgo e quantificar a produção e o comportamento ambiental de sorgoleone. No campo, foram quantificados os efeitos de diversos genótipos dessa cultura. Há variabilidade entre genótipos de sorgo quanto à produção de extratos hidrofóbicos. O aleloquímico sorgoleone é o principal componente de extratos hidrofóbicos de raízes de sorgo. Não se constatou relação de dependência entre produção de sorgoleone por genótipos de sorgo em laboratório e capacidade de supressão de plantas daninhas a campo, por estes genótipos. O genótipo de sorgo BR 601 apresenta potencial alelopático superior em laboratório, e pertence ao grupo de genótipos com maior efeito alelopático a campo. A limitada ação de sorgoleone a campo deve-se à elevada sorção aos colóides do solo e à reduzida concentração no ambiente externo às raízes.