The transcription factor MYC is a onco-protein, found to be deregulated in many human cancers. High MYC levels correlate with an aggressive tumor outcome and poor survival rates. Despite MYC being discovered as an oncogene already in the 1970s, how MYC regulates transcription of its target genes, which are involved in cellular growth and proliferation, is not fully understood yet. In this study, the question how MYC influences factors interacting with the RNA polymerase II ensuring productive transcription of its target genes was addressed using quantitative mass spectrometry. By comparing the interactome of RNA polymerase II under varying MYC levels, several potential factors involved in transcriptional elongation were identified. Furthermore, the question which of those factors interact with MYC was answered by employing quantitative mass spectrometry of MYC itself. Thereby, the direct interaction of MYC with the transcription elongation factor SPT5, a subunit of the DRB-sensitivity inducing factor, was discovered and analyzed in greater detail. SPT5 was shown to be recruited to chromatin by MYC. In addition, the interaction site of MYC on SPT5 was narrowed down to its evolutionary conserved NGN-domain, which is the known binding site for SPT4, the earlier characterized second subunit of the DRB-sensitivity inducing factor. This finding suggests a model in which MYC and SPT4 compete for binding the NGN-domain of SPT5. Investigations of the SPT5-interacting region on MYC showed binding of SPT5 to MYC’s N-terminus including MYC-boxes 0, I and II. In order to analyze proteins interacting specifically with the N-terminal region of MYC, a truncated MYC-mutant was used for quantitative mass spectrometric analysis uncovering reduced binding for several proteins including the well-known interactor TRRAP and TRRAP-associated complexes. Summarized, ... / Bei dem Transkriptionsfaktor MYC handelt es sich um ein Onkoprotein, welches in einer Vielzahl der menschlichen Krebserkrankungen in erhöhter Konzentration vorliegt, was wiederum mit einem schweren Krankheitsverlauf einhergeht. Bereits in den 1970iger Jahren wurde das Protein MYC als ein Onkoprotein identifiziert, aber wie es die Transkription seiner großen Bandbreite an Zielgenen, welche für Zellwachstum und -proliferation verantwortlich sind, reguliert, ist bisher noch nicht eindeutig geklärt. In dieser Arbeit wurde die zentrale Frage untersucht, wie MYC die Proteine beeinflusst, die mit der RNA-Polymerase II interagieren, um dadurch eine schnelle und produktive Transkription seiner Zielgene zu ermöglichen. Hierfür wurden mittels der Durchführung massenspektrometrischer Untersuchungen Proteine, die in der An- und Abwesenheit von MYC mit der RNA-Polymerase II interagieren, identifiziert, was eine MYC-bedingte Änderung einiger Elongationsfaktoren im Interaktom der RNA-Polymerase II aufzeigte. Des Weiteren wurden ebenfalls unter Zuhilfenahme massenspektrometrischer Analysen Proteine bestimmt, die mit MYC selbst interagieren. Hierdurch konnte die bisher unbeschriebene, direkte Interaktion zwischen MYC und SPT5, der großen Untereinheit des DRB-sensitivity inducing factors, aufgedeckt und näher analysiert werden. Es konnte gezeigt werden, dass MYC SPT5 zum Chromatin rekrutiert. Weiter konnte nachgewiesen werden, dass MYC mit der evolutionär konservierten NGN-Domäne von SPT5 interagiert, an welche auch SPT4, die zweite Untereinheit des DRB-sensitivity inducing factors, bindet. Dies resultiert in dem Modell, dass MYC mit SPT4 um die Bindestelle auf SPT5 konkurriert und durch dieses ersetzt werden kann. Die Nähere Untersuchung der Bindestelle von SPT5 auf MYC zeigte eine Binderegion im N-terminalen Bereich von MYC auf, der die MYC-Boxen 0, I und II miteinschließt. Um Proteine zu identifiziert, die selektiv mit dem N-terminalen Bereich von MYC interagieren, ...

Optimal fitness ser oftast olika ut för honor och hanar, och denna skillnad kan påverkas av endast en allel. När denna allel däremot ger ena könet en bättre chans att reproducera sig, medan den ger det andra könet en försämrad sexuell fitness. Då talar vi om en sexuell konflikt mellan lokus; en effekt som heter sexuell antagonism. Tidigare studier har kartlagt gener som ansetts vara högt rankade kandidater med en sexuell antagonistisk effekt.  En sådan effekt är rörelseaktivitet, vilket är en fenotypisk förmåga som selekteras fram hos hanar av Drosophila melanogaster. Genen CG3589 påverkar rörelseaktiviteten genom att påverka produktionen av muskelfibriller i sarkomererna. Min undersökning testade hanflugor av Drosophila melanogaster som härstammar från en wild-type population, Canton-S, med olika genetiska linjer. Med metoden CRISPR/Cas9 har två varianter av CG3598 skapats, och båda dessa ingår i min studie. Den en allelen (A2) uppvisar en högre rörelseaktivitet än den andra (A1). Jag observerade fem individers rörelse från varje genetisk linje i separata rör, samt mätte deras thoraxlängder. Min hypotes var att hanflugor med allel A2 har en högre fitness genom höge nivåer av fysisk aktivitet eller större kroppsstorlek än hanar med allel A1. Analyserna visade en signifikant skillnad mellan de genetiska linjerna inom de två allelerna. Slutsatsen är att det inte är genens två olika alleler som skapade de signifikanta skillnaderna mellan rörelseaktivitet och thoraxlängd, utan något i de genetiska linjernas bakgrund som skapar variationerna. / Optimal fitness usually looks different for females and males, and this difference can be affected by one allele. When this allele, on the other hand, gives one sex a better chance of reproducing, while it gives the other sex a negative effect on their sexual fitness. Then we are talking about a sexual conflict between loci, an effect called sexual antagonism. Previous studies have mapped genes that are highly ranked candidates with a sexual antagonistic effect. One such effect is locomotory activity, which is a phenotypic ability that is selected in males by Drosophila melanogaster. The gene CG3589 affects locomotory activity by affecting the production of muscle fibrils in the sarcomeres. My study tested male flies of Drosophila melanogaster derived from a wild-type population, Canton-S, with different excision lines. With the CRISPR / Cas9 method, two variants of CG3598 have been created, and both are included in my study. One allele (A2) shows a higher movement activity than the other (A1). I observed the movement of five individuals from each genetic line in separate tubes and measured their thoracic lengths. My hypothesis was that male flies with allele A2 have a higher fitness through high levels of physical activity and/or larger body size than males with allele A1. The analyzes showed a significant difference between the excision lines within the two alleles. The conclusion is that it is not the two different alleles of the gene that created the significant differences between locomotory activity and thoracic length, but something in the background of the excision lines that creates the variations.

Ett stort antal studier har gjorts där man konstaterat och ringat in svårigheter med att som elev förstå undervisning i genetik, och att som lärare bedriva densamma. Denna studie har jämfört två grupper av elever som båda läst kursen genetik & mikrobiologi på Naturbruksprogrammet inriktning djurvård. Med den ena gruppen (1) bedrevs undervisningen på sedvanligt sätt enligt skolans traditionella stoffordning och undervisningsmetoder. Med den andra gruppen (2) förändrades undervisningen genom att ett antal nya kursinslag skapades. Stoffordningen var dock i stort densamma mellan grupperna. De nya kursinslagen bestod bl.a. i filminslag, laborationer och ett tydligare avstamp i elevernas vardag och ting de kan tänkas känna igen. Det övergripande syftet med studien har varit att hitta metoder för ökad måluppfyllelse i genetik. Detta har gjorts genom att ta reda på vilka förväntningar som generellt sett finns på denna kurs bland de elever som väljer att läsa den. Jag ville också ta reda på vilken känsla kursen givit de elever som läst den, och om denna känsla skiljer sig åt mellan de två elevgrupperna. Med känsla menas här såväl den emotionella upplevelsen, som upplevelsen av användbarhet, nytta och anknytningar till ett framtida yrkesliv. Studien genomfördes under HT08/VT09 genom kvalitativt inriktade intervjuer.I studien har det visat sig att medan kurs 1 beskriver ord och begrepp man minns, kan kurs 2 beskriva mer av rum, händelser och bilder, det vill säga både det fysiska rummet –var vi befann oss- och vad vi som hände där. Eleverna i kurs 2 kunde lättare och mer spontant ge exempel på problem och situationer de med sina nya kunskaper nu kunde lösa. Eleverna från kurs 1 var mer bundna till kursens konkreta innehåll och de frågor vi diskuterat där.Den genomgående förväntan på kursen, har i studien varit att kursen skulle vara ”svår” –ett ord som återkom många gånger under intervjuerna. Denna förväntan har dock inte infriats, utan i efterhand förmedlar båda elevgrupperna en känsla av att man verkligen lärt sig något nytt, man har ytterligare ett perspektiv att lägga på sin framtida yrkesroll och man tycker inte kursen varit så svår som man förväntade sig.

Den här studien har sin utgångspunkt i en debatt om fosterdiagnostik och abort som fördes i Läkartidningen under slutet av 1970-talet. Likväl handlar den om en tid av historiska förändringar, om abort- och steriliseringspolitik i 1900-talets Sverige, och om en argumentation som aldrig förändras. I form av en diskursanalys har jag, utifrån maktteoretiska begrepp undersökt hur man genom skriftlig formulering och argumentation i Läkartidningen strävat efter att upprätthålla maktrelationer och könsmaktsordning i samhället. / This study concentrates on a debate about prenatal diagnosis and abortion that was discussed in the Swedish medical journal Läkartidningen during the late 1970s. But it’s also a study about a time of historical transformation, about abortion and sterilization policy in 1900s Sweden, and about a line of arguments that never seem to change. It’s a discourse analysis, based on theoretical concepts about authority and it examines how writers of medical science through written formulation and argumentation in Läkartidningen have strived to maintain power relations and gender power structure in society.

Sammanfattning1993 gjordes en studie i hur elever uppfattade olika genetiska och gentekniska begrepp. 2004 följdes denna studie upp. Båda undersökningarna är gjorda på samma skola och 186 elever deltog.Kunskapsmässigt var det inte någon större skillnad mellan de båda undersöknings tillfällena, vilket också visas i TIMMS- utredningen. Men man kan se att eleverna har förändrat sitt sätt att svara mellan de båda undersökningarna. 1993 fanns vardagsnära förklaringar till ord som DNA (Danska National Armen) och mutationer (muta). I de olika frågeställningarna fanns mer av miljörelaterade svar 1993, vid den här tidpunkten var den massmediala bevakningen av miljöproblemen mer grundligt.2004 associeras DNA till en mänsklig identifieringskod vars främsta användningsområde var att användas att spåra upp brottslingar. Ord som kloning (ett ord som inte nämndes 1993) ges nu vardagsnära förklaringar som delning, kopiering. Kunskapen om DNA ökar med åldern och i årskurs nio vet 2/3-delar av eleverna vad DNA är.Mutationer är ett annat genspecifikt ord som eleverna har svårt att tolka korrekt naturvetenskapligt. Cirka 40 % av eleverna i årskurs nio vet vad mutationer är för något. Ca 16% av årskurs nio eleverna hade förstått innebörden av vad kloning går ut på. Hälften av alla eleverna oavsett årskurs tror att delning och kloning är synonymer, detta har sin grund i att uttrycken ofta används som just synonyma uttryck i icke naturvetenskapliga sammanhang. Flickorna har en större kunskap om att generna finns lokaliserade. Redan i årskurs sju visste en tredje del av flickorna i årskurs sju att arvsanlagen fanns i alla cellerna. Medan en tredjedel av pojkarna i årskurs nio hade den felaktiga uppfattningen att arvsanlagen endast fanns i könet. Att generna är orsaken till att vi liknar våra föräldrar till utseendet visste 3/4 av årskurs sju till nio eleverna. Ingen elev hade grepp om att arvsanlagen/generna ständigt är aktiva med t ex protein syntesen under vår livstid. Däremot trodde eleverna att man ibland hade användning för arvsanlagen vid vuxen ålder exempelvis vid reproduktionen, styra åldrandet, ärftliga sjukdomar. Eleverna hade inte förståelsen att mutationer är en av de grundläggande förutsättningarna för att en ny art skall bildas.Eleverna ansåg själva att de i årskurs nio fått sin kunskap i genetik och genteknik från skola TV och föräldrar.

En rad områden som elever finner särskilt svåra har identifierats inom naturvetenskaplig ämnesdidaktisk forskning de senaste decennierna. Syftet med den här studien är att undersöka i vilken mån naturvetenskapliga läroböcker är skrivna på ett sätt som kan tänkas överbrygga dessa kända svårigheter. Dessutom undersöktes om det i detta avseende har skett några förändringar i de läroböcker som publicerats efter forskningsresultaten blev kända jämfört med dem som publicerats tidigare. Genetikavsnitten i två nypublicerade och en äldre biologilärobok analyserades med avseende på huruvida kända svårigheter överbryggas eller inte. Analysen visade att lärobokförfattarna inte på ett nämnvärt sätt undvikit svårigheterna. De nyare böckerna var inte heller bättre i detta avseende än den äldre boken.

Cellular growth and proliferation are among the most important processes for cells and organisms. One of the major determinants of these processes is the amount of proteins and consequently also the amount of ribosomes. Their synthesis involves several hundred proteins and four different ribosomal RNA species, is highly coordinated and very energy-demanding. However, the molecular mechanims of transcriptional regulation of the protein-coding genes involved, is only poorly understood in mammals. In this thesis, unbiased genome-wide knockout reporter screens were performed, aiming to identify previously unknown transcriptional regulators of ribosome biogenesis factors (RiBis), which are important for the assembly and maturation of ribosomes, and ribosomal proteins (RPs), which are ribosomal components themself. With that approach and follow-up (validation) experiments, ALDOA and RBM8A among others, could be identified as regulators of ribosome biogenesis. Depletion of the glycolytic enzyme ALDOA led to a downregulation of RiBi- and RPpromoter driven reporters on protein and transcript level, as well as to a downregulation of ribosome biogenesis gene transcripts and of mRNAs of other genes important for proliferation. Reducing the amount of the exon junction complex protein RBM8A, led to a more prominent downregulation of one of the fluorescent reporters, but this regulation was independent of the promoter driving the expression of the reporter. However, acute protein depletion experiments in combination with nascent RNA sequencing (4sU-Seq) revealed, that mainly cytosolic ribosomal proteins (CRPs) were downregulated upon acute RBM8A withdrawal. ChIP experiments showed RBM8A binding to promoters of RP genes, but also to other chromatin regions. Total POL II or elongating and initiating POL II levels were not altered upon acute RBM8A depletion. These data provide a starting point for further research on the mechanisms of transcriptional regulation of RP and RiBi genes in mammals. / Zelluläres Wachstum und Proliferation zählen zu den wichtigsten Prozessen für Zellen und Organismen. Eine der größten Determinanten dieser Prozesse ist die Menge an Proteinen und in der Konsequenz auch die Menge an Ribosomen. Deren Synthese erfordert mehrere hundert Proteine und vier verschiedene ribosomale RNA-Spezies, ist stark koordiniert und sehr energiefordernd. Dennoch sind die molekularen Mechanismen der transkriptionellen Regulation der beteiligten protein-kodierenden Gene in Säugetieren nur schlecht verstanden. In dieser Arbeit wurden hypothesenfreie genomweite Knockout-Reporterscreens mit dem Ziel durchgeführt, bisher unbekannte transkriptionelle Regulatoren von ribosomalen Biogenesefaktoren (RiBis), welche wichtig für den Zusammenbau und die Reifung der Ribosomen sind, und ribosomalen Proteinen (RPs), welche selbst ribosomale Bestandteile sind, zu identifizieren. Durch diesen Ansatz und nachfolgende (Validierungs- )Experimente, konnten unter anderem ALDOA und RBM8A als Regulatoren ribosomaler Biogenese identifiziert werden. Eine Depletion des glykolytischen Enzyms ALDOA führte sowohl zu einer Herunterregulation von RiBi- und RP-Promotor-gesteuerten Reportern auf Protein- und Transkriptebene, als auch zu einer Herunterregulation von ribosomalen Biogenesegentranskripten und von mRNAs anderer für die Proliferation wichtiger Gene. Eine Reduktion der Menge des Exon-Junction-Komplexproteins RBM8A führte zu einer deutlicheren Herunterregulation eines der beiden fluoreszierenden Reporter, aber diese Regulation war unabhängig vom Promotor, der die Expression des Reporters steuert. Akute Proteinabbauexperimente in Verbindung mit einer Sequenzierung naszenter RNA (4sU-Seq) zeigten allerdings, dass hauptsächlich zytosolische ribosomale Proteine (CRPs) nach akuter RBM8A-Depletion herunterreguliert waren. ChIP-Experimente zeigten RBM8A-Bindung an Promotoren von RP-Genen, aber auch an andere Chromatinregionen. Gesamt-POL II- oder elongierende und initiierende POL II-Mengen waren nach akuter RBM8A-Depletion nicht verändert. Diese Daten stellen einen Ausgangspunkt für weitere Forschung zu den Mechanismen transkriptioneller Regulation von RP- und RiBi-Genen in Säugetieren dar.

Innate immunity has received impressive attention in the past decade owing to the discovery of the Toll like receptors (TLRs) and the NOD-like receptors (NLRs). While the TLRs specialize in fighting microbes at the cell surface, the NLRs complement by detecting and responding to intracellular microbes. Recently, the non-microbe sensing NLR called inflammasomes, have been identified, which senses metabolic stress as well as certain pathogenic microbes and elicits host’s inflammatory response. The NLR, NALP3 (formerly known as cryopyrin) forms a large cytoplasmic complex called the ‘inflammasome’ when NALP3, activated by a stimuli, associates with the adaptor proteins ASC and CARD-8. This interaction leads to the activation of pro-inflammatory caspase-1 which subsequently results in the formation of Interleukin (IL)-1β and IL-18. Mutations in the gene encoding NALP3, termed NLRP3 can lead to its constitutive activation resulting in an uncontrolled production of IL-1β. These mutations have been implicated in hereditary inflammatory diseases, often grouped under cryopyrin associated periodic syndromes (CAPS). This thesis describes a patient with a long history of arthritis and antibiotic resistant fever, but without the typical symptoms of CAPS. The patient was found to be a heterozygous carrier of two common polymorphisms Q705K in NLRP3 and C10X in the CARD-8. Experimental studies showed elevated levels of caspase-1 and IL-1β in the patient, and a total clinical remission was achieved by IL-1β blockade. These two polymorphisms combined, were found to occur in approximately 4% of the control population, suggesting the possibility of a genetic predisposition for inflammation in these individuals. Therefore, a cohort of rheumatoid arthritis (RA) patients, where elevated IL-1β could be one of the reasons behind chronic inflammation, was investigated. We found that carrying the combined polymorphisms resulted in increased RA susceptibility and a more severe disease course. Hypothetically, this subgroup of patients might benefit from IL-1β blockade. Additional studies are warranted to elucidate the functional effects of the two polymorphisms and to determine whether they identify a subgroup of patients that could benefit from IL-1 targeted therapy. Given the structural similarity of NALP3 to other NALPs, the possibility of involvement of the alternative, homologous genes cannot be eliminated.

This study investigates if the area around Kiruna, Northern Sweden has experienced large shifts in weather conditions and whether these have affected organism abundances. With a significant increase in global temperature and an increase in average temperature of 1.9 °C in Sweden during the last 130 years, it is crucial to understand the effect of climate change on organisms. The Swedish Defense Research Agency deployed an air filter station to monitor radioactive fallout. The archived filters allowed for the creation of a high-resolution time series of organism composition ranging from 1974 to 2008, based on DNA sequencing. The organisms were clustered into 17 distinct clusters based on their similarities in time series patterns.  This study found that Cluster 2 (plant pathogenic bacteria), Cluster 3 (wetland microorganisms) and Cluster 5 (planktonic bacteria) exhibited changepoint correlations with relevant climate variables. Plotting the 3 clusters and their relevant climate variables revealed that sea surface temperatures have a positive influence on the abundance of both Cluster 2 and 5. Frost change days negatively influenced Cluster 2. Dry spells positively influenced Cluster3 and 5. Additionally, the results suggest that air pressure and water deficiency in soil are predictors for Cluster 5. Overall, these findings provide insights into how climate change affects different organisms and can help inform future management decisions for these ecosystems.

In dieser Arbeit wurden einerseits die Antizipationsphasen von aversiven gegenüber neutralen Reizen anhand von Messungen der Hautleitfähigkeit und der Startle-Reaktion untersucht. Andererseits wurde die Hautleitfähigkeit auch während der Präsentation aversiver und neutraler Reize mit dem Ziel gemessen, signifikante Unterschiede festzustellen. Insbesondere wurden die Auswirkungen der Allele der Gene ASIC1 und der Interaktion der Genallele BDNF und NPSR1 betrachtet. Ziel der vorliegenden Arbeit war es, den Einfluss der Risikogene auf die physiologische Angstreaktion und die subjektive Angstwahrnehmung zu untersuchen. Hierzu wurden den genotypisierten Probanden aversive und neutrale Videos präsentiert. Vor jedem Video erfolgte die Ankündigung, ob es sich um ein neutrales oder aversives Video handelt, wodurch bei Letzterem im Allgemeinen antizipatorische Angst – Erwartungsangst – hervorgerufen wird. Im Vergleich der Antizipationsphase vor Darbietung aversiver Videos mit der Antizipationsphase vor neutralen Videos konnte eine erhöhte Startle-Amplitude gemessen werden. Jedoch konnte weder anhand der Veränderung der Hautleitfähigkeit noch anhand der Startle-Amplitude ein signifikanter Unterschied bei Trägern und Nicht- Trägern der Risikogenallelen in der Antizipationsphase festgestellt werden. Während der Präsentation der Videos konnte für die aversiven Videos im Vergleich zu den neutralen eine erhöhte Hautleitfähigkeit gemessen werden. Ebenfalls konnte bei der Darbietung von aversiven Videos bei den Trägern der Genallel-Interaktion NPSR1 AT/TT * BDNF GG und den Trägern des Risikogenallels ASIC1TT eine erhöhte Hautleitfähigkeit gemessen werden. So konnte mit den Ergebnissen dieser Arbeit belegt werden, dass Antizipationsangst auslösbar und anhand der Startle-Amplitude messbar ist. Um Antizipationsangst festzustellen oder diese bei Risikogenallel-Träger zu untersuchen, waren die Ergebnisse bezüglich der Hautleitfähigkeit jedoch weniger aussagekräftig als erwartet. Allgemein konnte die Interaktion NPSR1 AT/TT * BDNF GG und ASIC1 TT als Risikogenallele bezüglich einer verstärken Reaktion auf aversive Reize bestätigt werden. Weitere Studien sind notwendig, um die genetische Komponente von Angst und damit auch von Angsterkrankungen näher zu beleuchten, damit zukünftige Diagnostik- und Therapieansätze präzise entwickelt werden können. / In this study, the anticipation phases of aversive versus neutral stimuli were investigated using measurements of electrodermal activity and the startle response. Furthermore, electrodermal activity was also measured during the presentation of aversive and neutral stimuli with the aim of identifying significant differences. In particular, the effects of the alleles of the genes ASIC1 and the interaction of the gene alleles BDNF and NPSR1 were considered. The aim of the presented study was to investigate the effect of the genes on the physiological fear response and the subjective perception of fear. For this purpose, aversive and neutral videos were presented to genotyped test subjects. Each video was preceded by an announcement as to whether it was a neutral or aversive video, which generally generates anticipatory anxiety in the latter case. An increased startle amplitude was measured when comparing the anticipatory phase before the presentation of aversive videos with the anticipatory phase before neutral videos. However, neither the change in electrodermal activity nor the startle amplitude showed a significant difference between carriers and non-carriers of the risk alleles in the anticipation phase. During the presentation of the videos, an increased electrodermal activity was measured for the aversive videos compared to the neutral videos. Likewise, during the presentation of aversive videos, the carriers of the of the gene allele interaction NPSR1 AT/TT * BDNF GG and the carriers of the risk gene allele ASIC1 TT. The results of this study thus demonstrate that anticipatory anxiety can be triggered and measured using the startle response. However, the results regarding electrodermal activity were less significant than expected for detecting anticipatory anxiety or investigating for in risk gene allele carriers. In general, the interaction of NPSR1 AT/TT * BDNF GG and ASIC1 TT could be confirmed as risk gene alleles with regards to an increased reaction to aversive stimuli. Further studies are needed to shed more light on the genetic component of anxiety as well as on anxiety disorders so that future diagnostic and therapeutic approaches can be developed precisely.