Os sistemas de grupos sanguíneos eritrocitários e plaquetários têm grande importância na medicina transfusional. Os serviços de hemoterapia têm investido cada vez mais em protocolos profiláticos à aloimunização contra antígenos eritrocitários, sendo o surgimento das plataformas de genotipagem em larga escala um avanço muito importante nesse âmbito. Este estudo tem por objetivo a padronização e a validação da plataforma OpenArray, por meio da técnica de microarranjos líquidos para genotipagem de antígenos eritrocitários e plaquetários em larga escala para futura implementação na rotina de doadores de sangue. Tal genotipagem permitirá a análise da frequência genotípica encontrada nos doadores de sangue da Fundação Pró-sangue/Hemocentro de São Paulo. Métodos: Foram analisadas 400 amostras de sangue total coletadas de doadores de sangue entre outubro e novembro de 2011. A genotipagem dos polimorfismos de troca de um nucleotídeo (Single nucleotide polymorphism - SNPs) que codifica os principais antígenos eritrocitários e plaquetários de relevância transfusional foi realizada utilizando a tecnologia OpenArray para as 400 amostras. Dessas, 242 também foram analisadas pela plataforma de genotipagem BLOODchip, em larga escala. Procedeu-se à comparação entre as técnicas em termos de acurácia, reprodutibilidade, número de resultados incorretos, número de resultados não amplificados ou indeterminados, possibilidade de customização dos ensaios, tempo total de duração da reação e número de amostras processadas por bateria. Foi também calculada a frequência genotípica dos SNPs e feita a comparação com dados prévios de literatura. Resultados e discussão: as amostras que foram testadas em ambas as plataformas apresentaram acurácia de 99,9% pela técnica OpenArray e 100% pela técnica BLOODchip, sendo os resultados discrepantes analisados por sequenciamento direto (técnica Sanger), confirmando os resultados obtidos pela genotipagem realizada no BLOODchip. Além disso, a técnica OpenArray apresentou maior número de resultados não amplificados ou indeterminados (no call), o que representa uma grande desvantagem do método, em decorrência da perda de insumos. Entretanto, a técnica OpenArray apresentou outras vantagens em relação ao BLOODchip, como a possibilidade de customização do ensaio, menor tempo para processamento das amostras, considerando a possibilidade de automatização total do processo e número de amostras testadas por bateria superior ao método comparativo. Os resultados da frequência alélica e genotípica dos polimorfismos analisados pelo método OpenArray foram comparados com as frequências encontradas na literatura, observando-se prevalência de doadores com perfil genotípico mais próximo da população caucasoide, porém, com a presença de alelos encontrados na população negra. Entretanto, esse perfil genotípico dos doadores predispõe à aloimunização de doentes falciformes, com perfil fenotípico negroide, reiterando a necessidade de transfusões com fenótipo compatível como profilaxia à aloimunização. / The erythrocyte and platelets blood groups are extremely important for transfusional medicine. Hemotherapy services have increasingly invested in prophylactic protocols for alloimmunization against erythrocyte antigens and the emergence of high-throuput genotyping platforms are a very prominent advance in this area. The aim of this study was to validate and to standardize the OpenArray platform, which is based on the microarray technolgy for the erythrocyte antigens genotyping on large scale, to further implementation in blood bank routine. This tecnique also allowed to asses the genotype frequencies in blood donors from Fundação Pró-sangue/Hemocentro de São Paulo. Method: We examined 400 blood donor samples collected from October to November 2011. The SNPs were detected using OpenArray technology. From the 400 blood samples, 272 were also tested using BLOODchip platform, to compare the results between both tecniques and evaluate the accuracy, reproducibility, number of incorrect results, failed samples, possibility of assays customization, duration of procedures, and number of samples that can be processed per batch. The genotype frequency of SNPs was also assesed and the findings were compared to previous studies. Results and Discussion: the OpenArray method showed accuracy of 99.9% and the BLOODchip of 100%. The inconsistent results were confirmed by Sanger Sequencing which showed that BLOODchip analysis was accurate. Besides, the OpenArray method showed a higher number of non-amplification or failed results (no call), which may be a major disavantage, due to reagent loss. However, the OpenArray platform showed other advantages when compared to BLOODchip such as the possibility of assay customization and full automation of the process, it was less time-consuming and allowed a higher number of samples per batch. The genotypic and allelic frequencies of each SNP tested in the blood donor population were calculated by the OpenArray method and the results were compared to reports from previous studies. We observed a prevalence of genotypic profiles closest to the Caucasian population, however, there was the presence of alleles found in the black population as well. This genotypic profile donors predispose to alloimmunization of sickle cell patients, with negroid phenotypic profile, reiterating the need for compatible phenotype transfusions and prophylaxis to alloimmunization.

Um total de 144 amostras fecais colhidas de leitões com diarréia provenientes de diversas granjas distribuídas por 10 municípios do Estado de São Paulo, Brasil, foram examinadas para a presença de rotavírus através de eletroforese em gel de poliacrilamida e ELISA, num esquema de triagem em paralelo. Destas, 24 e 39 amostras foram, respectivamente, positivas por estes testes e a caracterização dos genotipos P e G foi realizada em 43 amostras por nested RT-PCR, usando diferentes conjuntos de primers. Utilizando-se primers animais, o genotipo P[6] foi o mais freqüente, detectado em 25,58% das amostras, seguido pelo P[1] (11,62%) e P[7] (9,3%). Infecção concomitante de genotipos P[6]+P[7] (9,3%), P[1]+P[6] (4,65%), P[1]+P[6]+P[7] (2,32%) foi também observada. O genotipo G[5] foi o mais freqüente, detectado em 30,23% das amostras, seguido pelo G[10] (20,93%) e G[6] (4,65%). Infecção concomitante de genotipos G[5]+G[10] (18,6%) foi também observada. Utilizando-se primers humanos, somente o genotipo P[6] (65,11%) foi encontrado. Foram detectados os genotipos G[4] (27,9%), G[3] (13,95%) nas amostras, e as infecções concomitantes G[3]+G[4] (9,3%), G[2]+G[3]+G[4] (4,65%) e G[2]+G[3] (2,32%). A combinação mais freqüente foi G[5]P[6] e G[4]P[6], porém foram encontradas também infecções mistas, genotipos atípicos e reassortants. O seqüenciamento do gene a partir dos produtos de nested PCR dos genotipos animais P e G mostrou diversidade de nucleotídeos e aminoácidos dentro de um mesmo genotipo. As árvores filogenéticas utilizando o critério de maxima parcimônia e o algoritmo branch-and-bound, tiveram topologias nas quais as seqüências de nucleotídeos geradas neste trabalho concordam com as outras descritas anteriormente e pertencentes a um mesmo genotipo, suportadas por índices aceitáveis de \"bootstrap\". Os resultados deste estudo, além de contribuir para um melhor entendimento da epidemiologia dos rotavírus suínos, é relevante ao mostrar que além de haver uma diversidade de genotipos circulantes no campo, há também dentro dos mesmos genotipos, e isto deve ser considerado ao se utilizar e desenvolver métodos de diagnóstico, bem como ao se adotarem medidas preventivas específicas contra esta doença. / A total of 144 fecal specimens collected from piglets with diarrhea from many swine-producing units distributed among 10 municipalities of São Paulo State, Brazil, were examined for rotavirus by polyacrylamide gel electrophoresis and ELISA, in a parallel screening scheme. Twenty-four and thirty-nine samples, respectively, were positive by these tests and the characterization of the P and G genotypes was performed on 43 samples by a nested reverse transcription-PCR typing assay, using different sets of primers. Using the animal set of primers, the P[6] genotype was the most frequent, accounting for viruses in 25.58% of the samples, followed by P[1] (11.62%) and P[7] (9.3%). Concomitant infection of P[6]+P[7] (9.3%), P[1]+P[6] (4.65%), P[1]+P[6]+P[7] (2.32%) genotypes was also observed. The G[5] genotype was the most frequent, accounting for viruses in 30.23% of the samples, followed by G[10] (20.93%) and G[6] (4.65%). Concomitant infection of G[5]+G[10] (18.6%) genotypes was observed. Using human set of primers, only the P[6] (65.11%) genotype was found. It was detected the genotypes G[4] (27.9%), G[3] (13.95%) on the samples. Concomitant infection of the genotypes G[3]+G[4] (9.3%), G[2]+G[3]+G[4] (4.65%) and G[2]+G[3] (2.32%) was also observed. The more frequent combination were G[5]P[6] and G[4]P[6], but it was found mixed infections, atypical genotypes and reassortants. Gene sequencing of nested products of G and P animal genotypes showed a diversity of nucleotides and aminoacids under the same genotype. The phylogenetic trees for P and G genotypes under the maximum parsimony criterion, using the branch-and-bound algorithm, had topologies in which the nucleotide sequences generated by this work agree to others described elsewhere that have the same genotypes, supported by acceptable scores of bootstrapping. The results of the present study, while contributing to a better understanding of epidemiology of porcine rotaviruses, address the relevance that there is not only a diversity of genotypes circulating on the field, but inside the same genotypes, and this must be considered when using and developing diagnostic tests, as well when carrying out specific preventive measures against this disease.

As enzimas CYP450 são as principais enzimas metabolizadoras de fármacos. Elas são codificadas por genes que apresentam polimorfismos gênicos que lhes confere características fenotípicas diversas. Estes fenótipos são: Metabolizadores Lentos ou PM, Metabolizadores Normais ou EM, Metabolizadores Intermediários ou IM e Metabolizadores Ultra-rápidos ou UM. A Farmacogenética é a ciência que estuda estas variações gênicas e sua relação com a resposta terapêutica no organismo. Entre as enzimas CYP450 se encontram as enzimas CYP2D6, que são responsáveis pelo metabolismo de 25% dos fármacos clinicamente prescritos. O objetivo principal deste estudo foi a identificação dos polimorfismos mais importantes deste gene: CYP2D6*1, CYP2D6*2, CYP2D6*3, CYP2D6*4, CYP2D6*5, CYP2D6*6, CYP2D6*10, CYP2D6*17 e CYP2D6*41 pelos métodos de Genotipagem (PCR Tetra Primer e Seqüenciamento) e Fenotipagem (analisado pelo Índice Metabólico) em 75 voluntários sadios da região de Campinas. Para a caracterização da Fenotipagem foi usada a substância teste Dextrometorfano (DM). Esta foi monitorada por espectrometria de massa mediante a determinação da concentração do seu principal metabólito o Dextrorfano (DX), que foi extraída das amostras de urina. Os resultados foram comparados entre estas duas metodologias e apresentaram alta correlação. Os resultados obtidos são a identificação das freqüências dos alelos *1, *3 e *4 pelo método PCR Tetra Primer (30.66%, 1.3% e 14%, respectivamente). O método de seqüenciamento detectou também outros alelos que não foram detectados pela PCR Tetra Primer. A avaliação do número de cópias do gene CYP2D6 também foi avaliada, detectando em um voluntário 3 cópias do gene CYP2D6, característica de metabolizadores Ultra-rápidos. Podemos afirmar que os métodos usados forneceram perfis dos polimorfismos de maneira rápida e prática. / The CYP450 enzymes are the major drug metabolizing enzymes. They are encoded by genes that show genetic polymorphisms which gives them several phenotypic characteristics. These phenotypes are Poor Metabolizers or PM, or Extensive Metabolizers or EM, Intermediate Metabolizers or IM, and finally, Ultra-rapid Metabolizers or UM. Pharmacogenetics is the science that studies these genetic variations and its relationship to therapeutic response in the body. One of CYP450 enzymes is CYP2D6 enzyme, which are responsible for the metabolism of 25% of clinically prescribed drugs. The main objective of this study was to identify the most important polymorphisms of this gene: CYP2D6 * 1, CYP2D6 * 2, CYP2D6 * 3, CYP2D6 * 4, CYP2D6 * 5, CYP2D6 * 6, CYP2D6 * 10, CYP2D6 * 17 and CYP2D6 * 41 by genotyping methods (PCR Tetra Primer and Sequencing) and phenotyping (by metabolic rate monitoring) in 75 healthy volunteers in Campinas region.To characterize the phenotyping was used to test substance Dextromethorphan (DM). This was monitored by mass spectrometry by determining the concentration of its major metabolite the Dextrorphan (DX), which was extracted from urine samples. The results were compared between these two methods and showed high correlation. We can obtain the identification of allelic frequencies of alleles * 1, * 3 and * 4 by Tetra Primer PCR (30.66%, 1.3% and 14% respectively). The sequencing method has also detected other alleles that were not detected by PCR Tetra Primer. The assessment of the number of copies of the CYP2D6 gene was also assessed. This method detected a volunteer which carrying three copies of CYP2D6 gene, characteristic of Ultra-rapid metabolizers. We can say that the methods used in this study provide polymorphism profiles quickly and conveniently.

Importance: Polymorphic expression of drug metabolizing enzymes affects the metabolism of antidepressants, and thus can contribute to drug response and/or adverse events. Pregnancy itself can affect CYP2D6 activity with profound variations determined by CYP2D6 genotype. Objective: To investigate the association between CYP2D6 genotype and the risk of antidepressant discontinuation, dosage modification, and the occurrence of maternal CYP2D6, Antidepressants, Depression during pregnancy. Setting: Data from the Organization of Teratology Information Specialists (OTIS) Antidepressants in Pregnancy Cohort, 2006-2010, were used. Women were eligible if they were within 14 completed weeks of pregnancy at recruitment and exposed to an antidepressant or having any exposures considered non-teratogenic. Main Outcomes and Measures: Gestational antidepressant usage was self-reported and defined as continuous/discontinued use, and non-use; dosage modification was further documented. Maternal depression and anxiety were measured every trimester using the telephone interviewer-administered Edinburgh Postnatal Depression Scale and the Beck Anxiety Inventory, respectively. Saliva samples were collected and used for CYP2D6 genotype analyses. Logistic regression models were used to calculate crude and adjusted odds ratios (OR) with 95% confidence intervals. Results: A total of 246 pregnant women were included in the study. The majority were normal metabolizers (NM, n = 204, 83%); 3.3% (n = 8) were ultrarapid metabolizers (UM), 5.7%(n = 14) poor metabolizers (PM), and 8.1%(n= 20) intermediate metabolizers (IM). Among study subjects, 139 women were treated with antidepressants at the beginning of pregnancy, and 21 antidepressant users (15%) discontinued therapy during pregnancy. Adjusting for depressive symptoms, and other potential confounders, the risk of discontinuing antidepressants during pregnancy was nearly four times higher in slow metabolizers (poor or intermediate metabolizers) compared to those with a faster metabolism rate (normal or ultrarapid metabolizers), aOR = 3.57 (95% CI: 1.15-11.11). Predicted CYP2D6 metabolizer status did not impact dosage modifications. Compared with slow metabolizers, significantly higher proportion of women in the fast metabolizer group had depressive symptomin the first trimester (19.81 vs. 5.88%, P = 0.049). Almost 21% of treated women remained depressed during pregnancy (14.4% NM-UM; 6.1% PM-IM). Conclusions and Relevance: Prior knowledge of CYP2D6 genotype may help to identify pregnant women at greater risk of antidepressant discontinuation. Twenty percent of women exposed to antidepressants during pregnancy remained depressed, indicating an urgent need for personalized treatment of depression during pregnancy.

Thesis (MScAgric)--Stellenbosch University, 2011. / ENGLISH ABSTRACT: Abalone production is the largest financial contributor to aquaculture in South Africa and practically all of the abalone produced is exported to Asia. This means that the product must be globally competitive and many technologies have been applied to this cause. One that specifically shows great promise for bivalve mollusc production is triploidy; more precisely, sterility due to the induction of aneuploidy. Under normal maturation, energy is diverted from somatic growth through sexual maturation, therefore inhibiting or retarding gametogenesis through a process such as aneuploidy is expected to increase growth and decrease the time to marketing. Two studies preceding this one investigated the induction of triploidy through hydrostatic shock (De Beer, 2004) and the comparative growth rate of triploid genotypes from 8 to 24 months, prior to the onset of sexual maturation (Schoonbee, 2008). During this comparative growth stage, no convincing statistical evidence of faster growth or of seasonal environmental effects could be obtained. It was recommended that growth between triploid and diploid variants be compared during the age period when sexual maturity becomes a factor to determine whether triploidy in Haliotis midae is a useful biotechnological tool to improve biological productivity and global competiveness of the abalone industry. The growth measured as shell length and wet weight in the period from 29 to 62 months showed a statistically significant difference in mean weight and mean length with diploids showing a superior growth rate compared to their triploid siblings. This difference of 1.99 mm and 5.13 g was however not perceived as being commercially significant. Important production parameters including canning yield percentage and gonadosomatic index were also measured during this trial. For both these parameters, the triploid genotype showed statistically and commercially significant improvement of 10.68% increased canning yield and 28.42% reduction in gonadosomatic index when compared to their diploid counterparts. Triploid abalone was found to be not completely sterile; gametes and even mature gonads were observed in some instances. Even though complete sterility was not achieved there appeared to be a retarded gonadosomatic development in triploid variants. The delay in sexual maturation, together with the improvement in canning yield, may justify triploidy’s commercial application, despite its reduced growth rate. / AFRIKAANSE OPSOMMING: Perlemoen produksie lewer die grootste finansiële bydra tot akwakultuur in Suid Afrika en feitlik al die Perlemoen word uitgevoer na Asië. Dit beteken dat die produk moet kompeteer op die wêreld mark en verskeie tegnologieë word reeds aangewend vir die spesifieke doel. Een so tegnologie wat potensiaal toon ten opsigte van akwakultuur produksie is triploïedie; meer spesifiek, sterieliteit veroorsaak deur aneuploïedie induksie. Onder normale volwassewording, word energie weggeneem van somatiese groei wanneer geslagsrypheid intree en daarom kan groeitempo verhoog word deur gametogenese te inhibeer of te vertraag deur ‘n proses soos aneuploïedie en, word korter tydperk benodig om bemarkingsgrootte te bereik. Twee voorafgaande studies het gehandel oor die induksie van triploïedie deur hidrostatiese druk skok (De Beer, 2004) en die vergelykende groeitempo van triploïede genotipes vanaf ouderdom 8 tot 24 maande (Schoonbee, 2008) alvorens geslagsrypheid intree. Tydens hierdie vergelykende groeifase kon geen statisties betekenisvolle aanduidings van vinniger groei of seisoenale omgewingseffekte aangetoon word nie. Die studie handel vervolgens oor die uitbreiding van die vergelykende groeistudies tussen triploïede en diploïede genotipes tot ouderdom van 62 maande wat die intrede van geslagsrypheid insluit, ten einde te bepaal of die induksie van triploïedie in Haliotis midae voordele inhou ten opsigte van produksiedoeltreffendheid en mededingendheid op wêreldmarkte. Groei gemeet in terme van skulplengte en lewende massa oor die tydperk van 29 tot 62 maande het statisties betekenisvolle verskille getoon in gemiddelde massa en lengte van diploïede genotipes bo die van triploïede verwante individue. Die verskille van 1.99 mm en 5.13 g kan egter nie as kommersieel betekenisvol beskou word nie. Belangrike produksie eienskappe waaronder persentasie opbrengs van eindproduk en die gonadosomatiese indeks is ook bepaal. Vir beide die produksie eienskappe het die triploïede genotipe statisties sowel as kommersieel betekenisvolle verbetering van 10.68% getoon vir opbrengs en 28.42% verlaging in gonadosomatiese indeks in vergelyking met die diploïede genotipe. Triploïede genotipes was nie volledig steriel nie, gegewe die aanwesigheid van gonades en gamete in sommige individue. Selfs al is totale steriliteit nie bereik nie, het dit wel voorgekom asof daar vertraging in gonadosomatiese ontwikkeling plaasgevind het in triploïede genotipes. Die vertraging in geslagsrypheid tesame met die verhoogde persentasie opbrengs van die eindproduk hou voordele in bo die andersins effense stadiger groei van triploïede genotipes.

O presente trabalho teve por objetivos propor um método para testar a contribuição de cada genótipo e ambiente para a interação genótipos X ambientes em ensaios multi-ambientais através de um teste F e implementar uma rotina computacional para a realização da análise de dados segundo o teste proposto. O estudo avalia quatro conjuntos de dados, cada um com diferentes números de genótipos dentro de ambientes com quatro blocos. Para um dos conjuntos, simulou-se as somas de quadrados das linhas (genótipos) e colunas (ambientes) da matriz de interação genótipos X ambientes (GE) gerando 500, 5000 e 10000 experimentos para verificar a distribuição empírica. Os resultados indicaram um ajuste à distribuição qui-quadrado não-central para as linhas e colunas da matriz de interação GE, verificados também pelo teste de Kolmogorov-Smirnov e o gráfico QQplot. Na aplicação do teste F proposto aos quatro conjuntos de dados, identificou-se os genótipos e ambientes que contribuiram mais para a interação genótipos X ambientes. Dessa forma, os melhoristas podem selecionar bons genótipos e ambientes nos seus estudos. / The objective of the present work was to propose a method for testing the con- tribution of each element in a genotypes X environments interaction using multi-environment analyses by means of an F test and implementation of a computational routine to analyze the data according to the test proposed. The study evaluated four data sets, each with a di®erent number of genotypes and environments, in a block design with four repetitions. In one group, the sum of squares within rows (genotypes) and columns (environments) of the genotypes X environments (GE) matrix was simulated, generating 500, 5000 and 10000 experiments to verify the empirical distribution. Results indicate a non-central chi-squared distribution for rows and columns of the GE interaction matrix, which was also verified by the Kolmogorov-Smirnov test and QQplot graph. Application of the F test to the four data sets identified the genotypes and environments that contributed the most to the genotypes X environments interaction. In this way, geneticists can select good genotypes and environments in their studies.

O presente trabalho teve por objetivos propor um método para testar a contribuição de cada genótipo e ambiente para a interação genótipos X ambientes em ensaios multi-ambientais através de um teste F e implementar uma rotina computacional para a realização da análise de dados segundo o teste proposto. O estudo avalia quatro conjuntos de dados, cada um com diferentes números de genótipos dentro de ambientes com quatro blocos. Para um dos conjuntos, simulou-se as somas de quadrados das linhas (genótipos) e colunas (ambientes) da matriz de interação genótipos X ambientes (GE) gerando 500, 5000 e 10000 experimentos para verificar a distribuição empírica. Os resultados indicaram um ajuste à distribuição qui-quadrado não-central para as linhas e colunas da matriz de interação GE, verificados também pelo teste de Kolmogorov-Smirnov e o gráfico QQplot. Na aplicação do teste F proposto aos quatro conjuntos de dados, identificou-se os genótipos e ambientes que contribuiram mais para a interação genótipos X ambientes. Dessa forma, os melhoristas podem selecionar bons genótipos e ambientes nos seus estudos. / The objective of the present work was to propose a method for testing the con- tribution of each element in a genotypes X environments interaction using multi-environment analyses by means of an F test and implementation of a computational routine to analyze the data according to the test proposed. The study evaluated four data sets, each with a di®erent number of genotypes and environments, in a block design with four repetitions. In one group, the sum of squares within rows (genotypes) and columns (environments) of the genotypes X environments (GE) matrix was simulated, generating 500, 5000 and 10000 experiments to verify the empirical distribution. Results indicate a non-central chi-squared distribution for rows and columns of the GE interaction matrix, which was also verified by the Kolmogorov-Smirnov test and QQplot graph. Application of the F test to the four data sets identified the genotypes and environments that contributed the most to the genotypes X environments interaction. In this way, geneticists can select good genotypes and environments in their studies.

A criação industrial de avestruzes no Brasil tem crescido nos últimos anos, mas avestruzes podem ser reservatórios de agentes com potencial zoonótico, como é o caso do vírus da influenza, rotavírus, vírus da encefalomielite eqüina do leste (EEEV) e do oeste (WEEV), salmonela, leptospira e micoplasma. O objetivo deste trabalho foi detectar rotavírus nas fezes de filhotes, anticorpos contra rotavírus, EEEV e WEEV, influenza A , leptospira, salmonela e micoplasma a partir do soro de reprodutores e efetuar o isolamento de Salmonella sp. a partir de de suabe cloacal. Para a detecção de rotavírus nas fezes utilizaram-se as técnicas de PAGE, isolamento viral e genotipagem pela RT-PCR. As técnicas de contraimunoeletroosmoforese, soroneutralização em cultura de células, inibição da hemaglutinação e aglutinação em placa foram utilizadas nos levantamentos sorológicos e a cultura bacteriológica foi utilizada para detecção de Salmonella spp. em suabes de cloaca. Rotavírus do grupo A com genotipos G[6], G[10], P[1] e P[7] foram detectados nas fezes de avestruzes e anticorpos anti-rotavírus em 10 amostras (10/182) de soros colhidos de avestruzes reprodutores. Foram detectados anticorpos para vários sorovares de Leptospira spp. (19/128), Salmonella pullorum (17/182), Mycoplasma gallisepticum (17/182) e Mycoplasma synoviae (47/182). Não foram detectados anticorpos anti-EEEV e WEEV e anti-vírus da Influenza A H3, bem como amostras de Salmonella spp. em suabes de cloaca. Estes resultados permitem sugerir o papel do avestruz na cadeia epidemiológica das rotaviroses e da leptospirose e dão bases para o aprimoramento sanitário do plantel brasileiro desta ave. / The industrial ostrich breeding in Brazil has grown in the last few years, but ostrich may be reservoirs of potentially zoonotic agents such as influenzavirus, rotavirus, eastern equine encephalitis virus (EEEV), western equine encephalitis virus (WEEV), Salmonella, Leptospira and Mycoplasma. The aim of the present study was to detect rotavirus in fecal samples of young ostriches, antibodies against rotavirus, EEEV and WEEV, influenza A , Leptospira, Sallmonela and Mycoplasma in sera from breeders and carry out Salmonella isolation in cloacal swabs. For the rotavirus detection, PAGE, viral isolation and genotyping by RT-PCR were used. Counterimmunoelectroosmophoresis, virus neutralisation assay in cell culture, hemagglutination inhibition and plate agglutination were used in the serological surveys and bacteriological culture was used to detetc Salmonella spp. in the cloacal swabs. Group A rotavirus with genotypes G[6], G[10], P[1] and P[7] was detected in the fecal samples and anti-rotavirus antibodies were detected in ten samples (10/182) from breeder ostriches. Antibodies to different serovars of Leptospira spp. (19/128), Salmonella pullorum (17/182), Mycoplasma gallisepticum (17/182) and Mycoplasma synoviae (47/182) were detected. Antibodies against EEEV, WEEV and influenzavirus A H3 were not detected, as well as Salmonella spp. in swab samples. These results allow one to suggest a role to ostriches in the epidemiological chain of rotavirus diseases and leptospirosis and give basis to the improvement of the sanitary condition of the Brazilian flocks.

O coronavírus bovino (BCoV) é classificado no grupo 2 do gênero Coronavirus da ordem Nidovirales, família Coronaviridae, causando diarréia em bezerros neonatos, processos respiratórios em bezerros não neonatos e disenteria em vacas adultas. No presente estudo, 203 amostras fecais de bezerros de 19 propriedades leiteiras nos Estados de São Paulo e Minas Gerais foram submetidas à prova de hemaglutinação/ inibição da hemaglutinação (HA/HI) para a detecção de coronavírus e a uma reação de PCR dirigida ao gene codificador da RNA-polimerase RNA-dependente dos coronavírus (PCR pol), sendo feita a comparação entre as duas técnicas através dos testes Kappa e J de Youden. Amostras positivas à PCR pol foram submetidas a uma reação de PCR para amplificação de um segmento de 488 pares de bases correspondentes à região hipervariável do gene codificador da subunidade S1 da proteína S, sendo os fragmentos submetidos a seqüenciamento de DNA para a reconstrução genealógica das amostras estudadas. Ainda, a presença de rotavírus foi pesquisada pela técnica de PAGE. Segundo a técnica de HA/ HI, 35,47% das amostras e 73,68% das propriedades rurais forma positivas para BCoV, enquanto que pela PCR pol 25,12% das amostras e 52,63% das propriedades rurais foram positivas para este vírus. A comparação entre as duas técnicas resultou valores de kappa de -0,048 para os resultados individuais e -0,08 em relação às propriedades rurais e J de Youden de -0,045 para os resultados individuais e -0,1 em relação às propriedades rurais, demonstrando baixa concordância entre as duas provas. A genealogia obtida por máxima parcimônia através de algoritmo heurístico e baseada em seqüências da região hipervariável do gene codificador da subunidade S1 da proteína S de 15 amostras de campo aqui estudadas, da amostra Kakegawa de coronavírus bovino utilizada como controle positivo e de 10 seqüências recuperadas dos GenBank revelou a existência de dois genotipos dentro desta espécie viral, sendo os dois genotipos encontrados entre amostras brasileiras. A identidade média de nucleotídeos entre as 15 amostras brasileiras foi de 98,34%, com similaridade média de aminoácidos de 98%. Amostras pertencentes ao genotipo 2 apresentaram uma deleção de 18 nucleotídeos/ 6 aminoácidos dentro da região correspondente ao domínio II da proteína S. A árvore de máxima parcimônia enraizada tendo bredavírus como grupo externo revelou que esta deleção ocorreu em um único momento na genealogia dos coronavírus bovinos. Rotavírus foi encontrado em 12,6% das amostras fecais individuais e 28, 57% das propriedades rurais pesquisadas. Estes resultados são os primeiros baseados em amostras brasileiras de coronavírus bovino e contribuem para a caracterização molecular do BCoV, para a predição da eficiência de imunógenos e para o encontro de marcadores moleculares úteis para estudos epidemiológicos continuados em relação às diarréias neonatais em bovinos. / Bovine coronavirus (BCoV) belongs to group 2 of the genus Coronavirus from the order Nidovirales, family Coronaviridae and causes diarrhea in newborn calves, respiratory diseases in non-newborn calves and dysentery in cows. In the present study, 203 stool samples of calves from 19 dairy farms from São Paulo and Minas Gerais States were submitted to hemagglutination/ hemagglutination inhibition test (HA/HI) to bovine coronavirus detection and a PCR assay targeted to the RNA-polymerase RNA-dependent gene of coronaviruses (PCR pol), the comparison between the two tests carried out with Kappa and Youden´s J tests. Samples positive to PCR pol were submitted to a PCR assay that amplifies a 488 base-pair fragment which corresponds to the hypervariable region of the gene coding for the S1 subunit of the S protein; the amplified fragments were submitted to DNA sequencing aiming the genealogic reconstruction of the studied samples. Rotavirus was surveyed with the PAGE test. The HA/ HI test resulted 35.47% of samples and 73.68% of farms positive to BCoV, while, according to PCR pol, 25.12% of the samples and 52.63% of the farms were positive to this virus. The comparison between the two tests produced a kappa value of -0.048 to individual results and -0.08 to the farms and Youden´s J value of -0.045 to individual results and -0.1 to the farms, showing low agreement between the two tests. Maximum parsimony genealogy with an heuristic algorithm based on sequences of the hypervariable region of the gene coding for the S1 subunit of the S protein from 15 field samples here studied, from the Kakegawa bovine coronavirus strain used as positive control and from 10 sequences retrieved from GenBank showed the existence of two genotypes in this viral species. Mean nucleotide identity between the 15 Brazilian samples was 98.34%, with mean amino acid similarity of 98%. Samples from genotype 2 showed a deletion of 18 nucleotides/ 6 amino acids inside the domain II region of the S protein. Rooted maximum parsimony tree with bredavirus as an outgroup revealed that this deletion has happened only once in bovine coronavirus genealogy. Rotavirus was found in 12.6 % of stool samples and 28.57% of the surveyed farms. These are the first results based on Brazilian strains of bovine coronavirus and contribute to molecular characterization of BCoV, to the prediction of the efficiency of immunogens and to the finding of molecular markers useful to continued epidemiologic surveys on newborn bovine diarrhea.

O objetivo deste trabalho foi avaliar a infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) em indivíduos de Londrina e regiões circunvizinhas. Amostras de doadores de sangue e de indivíduos infectados pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) foram analisadas pela metodologia de enzimaimunoensaio de micropartículas (MEIA), obtendo-se a freqüência de positividade para anticorpos anti-HCV de 0,8% e de 20,2%, respectivamente. Um conjunto de 185 amostras soropositivas para anti-HCV pelo MEIA foi submetido a outros testes laboratoriais, para avaliação da correlação entre os diferentes métodos empregados. Apenas 79% destas amostras apresentaram resultado reagente em um segundo teste imunoenzimático (ELISA) empregado, sendo que a maior proporção de resultados discordantes ocorreu entre doadores de sangue. O mesmo ocorreu na pesquisa do RNA viral, onde 111 (67%) das 166 amostras analisadas apresentaram resultado positivo, sendo que a positividade foi maior entre indivíduos HIV soropositivos e pacientes com hepatite crônica do que entre os doadores de sangue. Quinze amostras foram submetidas ao immunoblot (IB), tendo-se obtido resultados positivos neste teste apenas nas amostras reagentes nos dois métodos imunoenzimáticos utilizados. Também pudemos verificar um grande número de amostras com resultado indeterminado no IB, inclusive entre amostras que eram negativas no segundo teste sorológico. Embora a amostragem fosse pequena, com apenas 61 amostras analisadas, a genotipagem do HCV revelou que os genótipos circulantes em nossa região são o tipo 1 (77,1%), seguido do tipo 3 (21,3%) e o tipo 2 (1,6%). Finalmente, avaliamos alguns fatores de risco associados à infecção pelo HCV, sendo que o principal fator de risco encontrado em indivíduos co-infectados pelo HIV/HCV foi o uso de drogas injetáveis, e em indivíduos sem infecção pelo HIV foi a transfusão sangüínea. O presente estudo contribuiu para a avaliação do perfil da infecção pelo HCV em indivíduos da nossa população, permitindo inclusive verificar a distribuição dos genótipos do HCV nesta região. / The objective of this work was to evaluate hepatitis C virus (HCV) infection in individuals of Londrina, Paraná State, Brazil, and adjacent areas. Samples of blood donors and individuals infected with Human Immunodeficiency virus (HIV) were analyzed by microparticle enzyme immunoassay (MEIA). Anti-HCV antibody frequency was 0.8% in blood donors, and 20.2% in HIV patients. A group of 185 anti-HCV positive samples by MEIA was submitted to other laboratorial tests, in order to access the correlation among different methods used. Only 79% of samples were reactive by a second antibody-screening test (enzime-linked immunosorbent assay - ELISA), and a great proportion of discordant results was verified among blood donors. The same happened at HCV-RNA detection by polymerase chain reaction (PCR), where 111/166 (67%) of samples showed positive results, which was greater among HIV positive individuals and patients with chronic hepatitis than among blood donors. Only 15 samples were submitted to immunoblot (IB): positive results were obtained only at samples which were also reactive by the two antibody-screening tests used. We could also verify a great number of anti-HCV indeterminate results by IB, which also happened among samples tested negative by the second serologic assay. Although the small number of samples used in genotype determination of HCV, only 61, our data revealed that the circulating genotypes in our region are type 1 (77.1%), followed by type 3 (21.3%) and type 2 (1.6%). Finally, we evaluated some risk factors associated to HCV infection, and we found that intravenous drug use was the most common risk factor among patients HIV/HCV co-infected, while blood transfusion was the most important risk factor in the group without HIV infection. The present study contributed to the evaluation of HCV infection in our population, so that the distribution of HCV genotypes in the region could be accessed.