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Estudo da distribuição genotípica e de mutações no genoma do vírus da hepatite B, em pacientes co-infectados pelo vírus da hepatite B e HIV, na Casa da AIDS, do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo / Hepatitis B genotype distribution and frequency of resistance mutations in a group of patients co-infected with HIV and hepatitis B virus (HBV) at an AIDS Outpatient Clinic in Sao Paulo

Silva, Adriana Cristina da 12 January 2011 (has links)
O objetivo deste estudo foi avaliar a distribuição genotípica e mutações no genoma do vírus da hepatite B (VHB) em um grupo de pacientes co-infectados pelo VHB e vírus da imunodeficiência humana (HIV). Foram incluídos pacientes AgHBs +/HIV+ , atendidos em um ambulatório de referência para pacientes infectados pelo HIV, na cidade de São Paulo. Para a detecção dos marcadores sorológicos para infecção pelo VHB utilizou-se técnica de ELISA através de kits comerciais. A detecção do DNA-VHB foi realizada através de nested-PCR e sua quantificação foi realizada por COBAS AMPLICOR. De acordo com a literatura, a infecção pelo VHB no Brasil varia de 0,4 a 8,5%. Os genótipos de VHB, as mutações na região do core, BCP, pré-core e na região da polimerase foram determinados por seqüenciamento. Cinqüenta e nove pacientes foram incluídos neste estudo e cinqüenta e seis pacientes relatavam uso prévio de lamivudina ou tenofovir. A presença do DNA-VHB foi detectada em 22 pacientes AgHBs positivos. A identificação dos genótipos foi realizada em 16 pacientes e a distribuição dos genótipos do VHB foi: A (12-75%); G (2-13%), D (1-6%) e F (1-6%). Em 10 dos pacientes com viremia presente para DNA-VHB, foram observadas mutações na região da polimerase (rtL180M + rtM204V, rtV173L + rtL180M + rtM204V) e no gene do envelope (sI195M, sW196L, sI195M/sE164D). Mutações na região do BCP (A1762T, G1764A) e do pré-core (G1896A) foram identificados em quatro pacientes. Em conclusão, entre os pacientes analisados observou-se uma alta prevalência de mutações associadas a resistência à lamivudina e associadas a resistência a anti-HBs. O genótipo G, raramente descrito em nosso meio, foi também observado nesse grupo de pacientes. / The objective of this study was to evaluate the genotype distribution and genomic mutations of hepatitis B virus (HBV) among a group of HIVHBV co-infected patients from an AIDS outpatient clinic in São Paulo. HBV serological markers were detected by commercially available enzyme immunoassay kits. HBV DNA was detected by using an in-house nested PCR and quantified by COBAS AMPLICOR. HBV genotypes, basal core promoter (BCP) / pre-core / core region and surface / polymerase genes mutations were determined by sequencing. Among the 59 patients included in this study, 56 reported previous use of lamivudine or tenofovir. According to the literature HBV infection in Brazil varies from 0,4 to 8,5%. HBV DNA was detected in 16/22 patients and the genotypes distribution was A (n=12, 75%); G (n=2, 13%); D (n=1, 6%), and F (n=1, 6%). In 10 patients with viremia, lamivudine-resistance mutations in the polymerase gene (rtL180M + rtM204V, rtV173L + rtL180M + rtM204V) were found, accompanied by changes in the envelope gene (sI195M, sW196L, and sI195M/sE164D). Mutations in the BCP and pre-core regions were identified in 4 patients. In conclusion, genotype G, rarely seen in Brazil, was observed in this group of patients. A high prevalence of mutations associated with lamivudine-resistance accompanied by mutations associated with anti-HBs resistance was also found among these patients.
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Avaliação de metodologia de alta demanda para estudo de frequência de mutações relacionadas a trombofilia e hemocromatose hereditária na população de doadores da Fundação Pró-Sangue do Hemocentro de São Paulo / Evaluation of a high throughput method for the detection of mutations associated with thrombosis and hereditary hemochromatosis in Brazilian blood donors

Niewiadonski, Vivian Dionisio Tavares 22 July 2015 (has links)
O objetivo deste estudo foi avaliar a plataforma OpenArray para testes genéticos em doadores de sangue e determinar as frequências genotípicas e alélicas de alterações pontuais (SNPs) associadas à trombose venosa (G1691A e G20210A), à hiperhomocisteinemia (C677T, A1298C), e à hemocromatose hereditária (C282Y, H63D e S65C) na população de doadores de sangue de São Paulo, Brasil. Foram analisadas 400 amostras de sangue total coletadas de outubro a novembro de 2011. A detecção dos SNPs foi realizada utilizando a tecnologia de microarray em superfície sólida OpenArray. As amostras também foram analisadas utilizando a técnica de PCR em Tempo Real sistema FRET para comparação dos resultados e determinação da acurácia do sistema OpenArray. Observamos que houve 100% de concordância de resultados entre ambas as técnicas para todas as amostras, em todas as variantes pesquisadas, com exceção da mutação C282Y no gene HFE, a qual apresentou 99,75% de concordância. O resultado da amostra em questão foi posteriormente confirmado por sequenciamento direto (Sanger), que confirmou o resultado fornecido pelo método OpenArray. As frequências calculadas para cada SNP foram: FV G1691A 98,8% (G/G), 1,2% (G/A); FII G2021A 99,5% (G/G), 0,5% (G/A); MTHFR C677T 45,5% (C/C), 44,8% (C/T), 9,8% (T/T); MTHFR A1298C 60,3% (A/A), 33,6% (A/C), 6,1% (C/C); HFE C282Y 96%(G/G), 4%(G/A), HFE H63D 78,1%(C/C), 20,3% (C/G), 1,6% (G/G); e HFE S65C 98,1% (A/A), 1,9% (A/T). Esses resultados descrevem as frequências de SNPs associados a doenças e são importantes para aprimorar o conhecimento atual do perfil genético da população de doadores de sangue brasileiros, embora um estudo maior seja necessário para determinar com a maior acurácia a frequência das mutações pesquisadas. Além disso, observamos que a plataforma OpenArray, demonstrou alta taxa de concordância com o método de PCR em Tempo Real sistema FRET. / The aim of this study was to evaluate the OpenArray platform for genetic testing of blood donors and to assess the genotype frequencies of nucleotide-polymorphisms (SNPs) associated with venous thrombosis (G1691A and G20210A), hyperhomocysteinemia (C677T, A1298C), and hereditary hemochromatosis (C282Y, H63D and S65C) in blood donors from Sao Paulo, Brazil. We examined 400 blood donor samples collected from October to November 2011. The SNPs were detected using OpenArray technology. The blood samples were also examined using a real-time PCR-FRET system to compare the results and determine the accuracy of the OpenArray method. We observed 100% agreement in all assays tested, except HFE C282Y, which showed 99.75% agreement. The HFE C282Y assay was further confirmed through direct sequencing, and the results showed that OpenArray analysis was accurate. The calculated frequencies of each SNP were FV G1691A 98.8% (G/G), 1.2% (G/A); FII G2021A 99.5% (G/G), 0.5% (G/A); MTHFR C677T 45.5% (C/C), 44.8% (C/T), 9.8% (T/T); MTHFR A1298C 60.3% (A/A), 33.6% (A/C), 6.1% (C/C); HFE C282Y 96%(G/G), 4%(G/A), HFE H63D 78.1%(C/C), 20.3% (C/G), 1.6% (G/G); and HFE S65C 98.1% (A/A), 1.9% (A/T).Taken together, these results describe the frequencies of SNPs associated with diseases and are important to enhance our current knowledge of the genetic profiles of Brazilian blood donors, although a larger study is needed for a more accurate determination of the frequency of the alleles. Furthermore, the OpenArray platform showed a high concordance rate with standard FRET RT-PCR
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Diversidade morfológica, biológica e genética, e relações filogenéticas de tripanossomas de morcegos do Brasil e Moçambique (África). / Morphological, biological and genetic diversity, and phylogenetic relationships of bat trypanosomes from Brazil and Mozambique (Africa).

Lima, Luciana 05 July 2011 (has links)
Embora os morcegos sejam hospedeiros de tripanossomas de vários subgêneros, o conhecimento sobre a diversidade genética, variedade de hospedeiros, vetores, ciclos de vida, distribuição geográfica e relações filogenéticas desses tripanossomas é muito limitado. Neste estudo, caracterizamos tripanossomas de morcegos do Brasil e de Moçambique (África). A diversidade morfológica, biológica e genética e o relacionamento filogenético de espécies de Schizotrypanum revelaram os clados T. dionisii e T. c. marinkellei (restritos a morcegos) e T. cruzi. Nossos resultados permitiram descrever um novo genótipo de T. cruzi e uma nova espécie desse subgênero em morcegos africanos. Confirmamos, com análises filogenéticas, a presença de T. rangeli em morcegos e caracterizamos uma nova espécie, tradicionalmente classificada como Megatrypanum, mas filogeneticamente não posicionada neste subgênero. Novas análises, visando melhor resolver as filogenias e estimar tempos de divergências, são necessárias para inferir a hipótese mais provável para a história evolutiva desses tripanossomas. / Although bats are hosts of trypanosomes from several subgenera, our knowledge regarding their genetic diversity, host-range, vectors, life-cycles, geographical distribution and phylogenetic relationships is very limited. Here, we characterized bat trypanosomes from Brazil and Mozambique (Africa). Morphological, biological and genetic diversity, and phylogenetic relationships of Schizotrypanum species disclosed T. dionisii, T. c. marinkellei (bat restricted) and T. cruzi clades. Our findings also enabled the description of a new genotype of T. cruzi and a new species of this subgenus infecting African bats. We also reported T. rangeli in bats confirmed by phylogenetic analysis and characterized a new species of bat trypanosome traditionally classified as Megatrypanum, but not phylogenetically supported in this subgenus. Further analyses aiming better-resolved phylogenies and reliable molecular-clock model to estimate divergence times are required to infer the most likely hypothesis for the evolutionary history of bat trypanosomes.
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Caracterização biológica e genotípica de isolados de Toxoplasma gondii de capivaras (Hydrochaeris hydrochaeris) do Estado de São Paulo / Biological and genotypic characterization of Toxoplasma gondii isolates from capybaras (Hydrochaeris hydrochaeris) from São Paulo State

Yai, Lucia Eiko Oishi 09 April 2007 (has links)
Foi realizada a pesquisa de anticorpos anti-Toxoplasma gondii, através do teste de aglutinação modificado (MAT), em 68 amostras de soros de capivaras de seis municípios no estado de São Paulo. Anticorpos (MAT?25) foram encontrados em 51 (75%) capivaras examinadas. Dentre estas realizou-se o bioensaio em camundongos, com tecidos do cérebro, coração e língua, de 40 capivaras, sendo obtidos 36 isolados (90%). Não houve associação entre o número de isolados e idade das capivaras (p=0,21), sexo (p=0,58) ou tipo de criação (p=0,62), isto é, criadouros e vida livre, bem como a freqüência de isolamentos e os títulos de anticorpos (p=0,99). A análise de polimorfismo de comprimento dos fragmentos de DNA gerados por enzimas de restrição (RFLP) sobre produtos do locus SAG2 amplificados pela reação em cadeia pela polimerase (PCR) revelou que 20 isolados (55,5%) pertenciam ao genótipo I, 14 (38,9%) ao genótipo III e dois (5,6%) que apresentaram genótipo misto (tipos I e III). Não foi encontrado isolado tipo II. A proporção de isolados tipo I entre as capivaras de vida livre foi maior (p=0,049) do que entre as capivaras provenientes de criadouros. Por outro lado, entre as capivaras de criadouros, a proporção de isolados tipo III foi maior (p=0,041). A maioria dos isolados tipo I (12/20) causou óbito em todos os camundongos infectados e, em nenhum grupo com este isolado, 100% dos camundongos sobreviveram. A maioria dos isolados tipo III (8/14) não matou nenhum camundongo infectado. A freqüência de óbitos em camundongos com genótipo I (86%) foi maior do que o tipo III (44,9%) (p<0,001), enquanto a sobrevida dos camundongos com genótipo III foi significativamente maior que a dos camundongos com genótipo I (p<0,001). Foram encontrados cistos nos cérebros dos camundongos infectados em todos os 36 isolados. A análise genotípica também foi realizada diretamente dos tecidos de 35 das 36 capivaras (homogeneizados de tecidos) das quais houve isolamento pelo bioensaio, usando nestedPCR-RFLP no locus SAG2. Foram caracterizadas 22 amostras (62,8%), 21 delas idênticas aos dos isolados correspondentes. Em uma amostra genótipo misto foi obtido dos tecidos primários e tipo I no isolado. Os genótipos mistos foram confirmados pelo seqüenciamento de DNA dos produtos da nestedPCR obtidos das amostras primárias das capivaras. / Antibodies to Toxoplasma gondii were assayed by the modified agglutination test (MAT) in serum samples of 68 capybaras from six counties in São Paulo state, Brazil. Antibodies (MAT?25) were found in 51 (75%) capybaras examined. Tissues (brain, heart and tongue) of 40 of the seropositive capybaras were bioassayed in mice and 36 (90%) isolates were obtained. There was no statistical association between number of isolates and age (p=0.21), gender (p=0.58) and type of rearing (p=0.62), as well as no association with frequency of isolations and antibody titer distribution (p=0.99). Restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis in PCR-amplified SAG2 locus products revealed that 20 isolates (55.5%) were genotype I, 14 (38.9%) were genotype III and two (5.6%) were mixed genotypes (types I and III). Type II isolate was not found. The proportion of type I isolates in the group of wildlife capybaras was higher (p=0.049) than in the captive rearing group. On the other hand, the proportion of type III isolates was significantly higher in the captive rearing group (p=0.041). Most of the type I isolates (12/20) killed all infected mice and none of those groups had 100% of surviving mice. Most of the mice infected with genotype III isolate survived. The mortality rate in mice infected with genotype I (86%) was higher than the type III (44.9%) (p<0.001) and mice infected with type III isolates survived for longer periods than type I isolates (p<0.001). Tissue cysts were found in mice infected with all 36 isolates. Genotyping was also done directly from the tissue homogenates from the 35 of 36 capybaras using nested-PCR-RFLP analysis on the SAG2 locus. Twenty?two samples (62.8%) were characterized and in 21 the genotypes found were the same as those from the corresponding isolates. In one sample, mixed genotype was detected directly from the primary sample and type I from the mice isolate. The mixed genotype was confirmed by direct DNA sequencing of the nestedPCR products from the capybaras primary samples.
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Isolamento e caracterização molecular e biológica de Toxoplasma gondii e pesquisa de Neospora caninum em roedores urbanos da Grande São Paulo (SP) / Isolation, molecular and biological characterization of Toxoplasma gondii and survey for Neospora caninum in urban rodents from Great São Paulo (SP)

Muradian, Vanessa 08 May 2009 (has links)
Com o objetivo de identificar Toxoplasma gondii e Neospora caninum em roedores urbanos da Grande São Paulo (SP) 217 roedores (quatro camundongos -Mus musculus, 20 ratazanas - Rattus norvegicus e 193 ratos de telhado - Rattus rattus) foram capturados entre abril de 2005 e fevereiro de 2008, para realização do diagnóstico biológico e molecular. Das 20 ratazanas (Rattus norvegicus) capturadas apenas uma foi positiva para T. gondii pelo bioensaio, correspondendo a 5% de positividade entre as ratazanas e 0,46% entre todos os roedores capturados. O isolado obtido dessa ratazana foi caracterizado como genótipo recombinante I, III e u-1 por PCR-RFLP, similar ao isolado previamente descrito e obtido de duas ovelhas e um gato, todos do Estado de São Paulo. Quatro amostras de roedores negativos ao bioensaio resultaram como positivas ao T. gondii pela nested PCR B1. Entretanto, quando submetidas à nested PCR ITS1 e à restrição enzimática (RFLP) não houve confirmação desse resultado em três delas. Em relação ao N. caninum, amostras de tecido cerebral e cardíaco de 121 roedores foram examinadas por nested PCR Nc5, tendo sido encontradas 12 amostras positivas, provenientes de 10 roedores. Quando submetidas à nested PCR ITS1 e à restrição enzimática (RFLP) N. caninum não foi confirmado em nenhuma das amostras. Este estudo conclui que a ocorrência de T. gondii e N. caninum em roedores urbanos da Grande São Paulo (SP) é baixa, sugerindo que estes animais não possuem papel importante na cadeia epidemiológica como reservatórios desses agentes para predadores como os cães e gatos urbanos. / In order to identify Toxoplasma gondii and Neospora caninum in urban rodents from the Great São Paulo (SP) 217 rodents (four Mus musculus, 20 Rattus norvegicus and 193 Rattus rattus) were captured between April 2005 and February 2008 to biological and molecular diagnosis. One out of the 20 Rattus norvegicus was considered positive by bioassay in mice, corresponding to a 5% positivity among Rattus norvegicus and a 0.46% positivity considering all captured rodents. The isolate from this rat was characterized as a recombinant I, III and u-1 genotype by RFLP-PCR. This characterization had been previously described from isolates obtained from two sheep and one cat also from São Paulo state. Four samples from rodents with negative results by bioassay were positive to T. gondii by nested PCR B1. However, when tested with nested PCR ITS1 and RFLP these results were not confirmed in three of these samples. Regarding N. caninum, brain and heart samples of 121 rodents were examined by nested PCR Nc5 and 12 samples from 10 rodents were positive. When tested with nested PCR ITS1 and RFLP all of these samples turned out to be negative. This study concludes that T. gondii and N. caninum have low occurrence in urban rodents in the Great São Paulo area, and they are not important as T. gondii and/or N. caninum reservoirs to predators like urban cats and dogs.
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Estudo da infecção oral por Toxoplasma gondii em ovinos: avaliação da transmissão congênita em infecções experimentais por meio de diferentes linhagens brasileiras / Study of oral infection with Toxoplasma gondii in sheep: evaluation of congenital transmission in experimental infections using Brazilian atypical strains

Chiebáo, Daniela Pontes 08 July 2015 (has links)
Toxoplasma gondii é apontado como causa primária de doença congênita, abortamentos e natimortalidade em humanos e animais de produção. No Brasil, genótipos atípicos do parasita podem estar relacionados com ocorrência de enfermidade severa, inclusive em indivíduos imunocompetentes. Este estudo aplicou-se à reprodução experimental de infecções por T. gondii em ovinos, com vistas a estudar aspectos relacionados à ocorrência da transmissão congênita, avaliando reinfecções produzidas por diferentes genótipos de T. gondii isolados no Brasil. Treze ovelhas soronegativas para a infecção por T. gondii foram primo-infectadas com 2x103 oocistos esporulados via oral deste parasito, Grupo 1 (4 animais) com genótipo BrI e Grupos 2 e 3 (5 e 4 animais, respectivamente) com genótipo BrIII. Após a cronificação da infecção, os animais foram emprenhados. Da mesma forma, uma segunda infecção foi realizada após 2 meses de gestação, animais dos Grupos 1 e 3 receberam oocistos de T. gondii genótipo BrIII e o Grupo 2 recebeu BrI. Semanalmente foram observados os efeitos da reinfecção comparando com um grupo controle (5 animais) não infectado, através de exames físicos, ultrassonográficos, sorológicos, hematológicos e bioquímicos. Utilizando bioensaio em camundongos, análise molecular, exames histopatológicos e imunohistoquímica, avaliou-se a infecção experimental de ovelhas e cordeiros. Verificaram-se as diferenças entre as médias dos resultados dos grupos com ANOVA dois fatores para a sorologia e ANOVA um fator, post-hoc Bonferroni ou Kruskall-Wallys, post-hoc U de Mann-Withney para os outros parâmetros, sendo considerados significativos quando p<0,05. Não foram observados abortamentos, obtiveram-se 19 cordeiros dos grupos experimentais, todos soronegativos. As ovelhas infectadas apresentaram altos títulos de IgG e hipertermia após a primo-infecção e aumento moderado após a reinfecção, com diferença estatística somente no Grupo 1. Parâmetros clínicos alterados nos grupos experimentais foram observados principalmente nos dias 21 e 28 após o desafio. Houve significância estatística comparando-se resultados de patologia clínica em infecções por genótipos diferentes em vários pontos de tempo. À necropsia, observou-se fibrina nas placentas das ovelhas infectadas, um feto mumificado em uma das ovelhas do Grupo 2 e cordeiros e ovelhas com linfoadenomegalia. PCR realizado em amostras de tecido alterado confirmou presença de T. gondii em linfonodos e coração de cordeiros do grupo 2 e coração e placenta de ovelhas do Grupo 3. Nos bioensaios em camundongos dos tecidos de cordeiros foram observados cistos cerebrais em um animal do Grupo 2, confirmados por PCR. Análises histopatológicas confirmaram taxa de transmissão de 26% nos três grupos experimentais. Exceto por uma ovelha do Grupo 1, todos os ovinos, incluindo o cordeiro positivo, estavam infectados com o isolado utilizado na primo-infecção. Observou-se maior frequência de transmissão congênita endógena em ovelhas soropositivas após reinfecção com genótipos diferentes, com alterações fisiológicas significativas em ovelhas gestantes, porém não acarretando abortamento ou malformações. A primo-infecção proporcionou imunidade cruzada contra reinfecção subsequente na maioria dos animais, aparentando maior eficácia quando utilizado genótipo BrIII / Toxoplasma gondii is considered the primary cause of congenital disease, miscarriage and stillbirth in humans and farm animals. In Brazil, non-classical genotypes may be related with severe toxoplasmosis also in immunocompetent patients. This study evaluated infections and reinfections caused by two atypical field strains of T. gondii isolated in Brazil and their consequences over congenital transmission in sheep. Thirteen Santa Ines ewes seronegative for T. gondii were prime-infected orally with 2x103 sporulated oocysts, being Group 1 from genotype BrI (4 animals), whilst Groups 2 and 3 ewes received an inoculum from genotype BrIII (5 and 4 animals, respectively). After infection chronification all animals were mated. Likewise, a second inoculation was held at 2 months pregnancy, Group 1 and 3 receiving oocysts from genotype BrIII, while Group 2 was infected with genotype BrI. Blood samples for serology, CBC, biochemistry, vital signs evaluation and abdominal ultrasound were performed weekly, comparing with a control group (5 animals). Experimental infection from ewes and lambs was evaluated thru mice bioassay, molecular analysis, histopathological and immunohistochemical tests. To analyze serology variation between groups their mean results were subjected to two-way ANOVA. The other parameters were tested using one-way ANOVA followed by Bonferroni or Kruskall-Wallys followed by Mann-Whitney U, where statistical significance was set at p<0,05. No abortion was observed and 19 lambs were born from ewes of the experimental groups presenting negative serology. Infected ewes showed high IgG titles and fever after prime-infection and moderate increase after reinfection, although only Group 1 presented statistical significance. Altered clinical values were observed from experimental groups mainly 21 and 28 days post challenge. Significant differences were detected when comparing infections from different genotypes. Post-mortem analysis revealed fibrin over placentas from ewes of all experimental groups; a mummified fetus inside an ewe from Group 2 and lymph nodes enlargement within ewes and lambs. PCR performed on altered tissues from necropsy confirmed presence of T. gondii on lymph nodes and heart of a Group 2 lamb and on placenta and heart of Group 3 ewes. Considering mice bioassays from lamb tissues, one animal from group 2 presented brain smear cysts, also PCR analysis positive. Histopathological tests corroborate a congenital transmission rate of 26% among experimental groups. Apart from one ewe from Group 1 all the other animals, including the positive lamb, were infected with the strain from the prime-infection. Therefore, it was more frequently observed endogenous congenital transmission in seropositive ewes after reinfections with different strains leading to significant physiological variations in pregnant ewes, abortion and congenital malformations absence notwithstanding. The prime-infection also provided cross protective immunity against a following reinfection for the majority of the animals, suggesting apparent better response when performed using genotype BrIII
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Resistência de genótipos de citros a lagarta-minadora-dos-citros Phyllocnistis citrella Stainton, 1856 (Lepidoptera: Gracillariidae) / Resistance of citrus genotypes to the Citrus leafminer Phyllocnistis citrella Stainton, 1856 (Lepidoptera: Gracillariidae)

Santos, Mônica Silva 14 May 2009 (has links)
Avaliou-se o efeito de diferentes cultivares, híbridos e gêneros afins de Citrus sobre o comportamento e biologia da lagarta minadora-dos-citros (LMC) Phyllocnistis citrella e o efeito do inseto sobre alguns destes materiais com a finalidade de encontrar, dentre os materiais testados, genótipos resistentes que afetem o comportamento de alimentação e de oviposição, e/ou a biologia da LMC, assim como genótipos que sejam menos danificados por P. citrella. Para a criação de manutenção de P. citrella, em laboratório, utilizaram-se gaiolas e como planta hospedeira, mudas de limão Cravo (Citrus limonia L. Osbeck). Inicialmente, foi feito o screening com 23 genótipos de citros por meio da exposição de mudas destas plantas a adultos da praga. Como padrão suscetível utilizou-se o limão Rugoso (C. jambhiri). Com base no número de ovos e de pupas encontrados em cada planta, cinco genótipos mostraram-se mais promissores: tangerina Sunki (Citrus sunki Hort. ex. Tanaka), os híbridos C x R4 (C. sunki x Poncirus trifoliata), C x R315 (C. sunki x P. trifoliata ), M x P222 (C. sinensis x Tangor Murcott) e o gênero afim Trifoliata Limeira (P. trifoliata ). A seguir, avaliou-se a preferência para oviposição, o desenvolvimento e a reprodução dos insetos criados nestes seis genótipos. No teste de preferência para oviposição com chance de escolha o híbrido C x R315 e o gênero afim Trifoliata Limeira foram os genótipos menos preferidos pela LMC, enquanto no teste sem chance de escolha, o efeito dos genótipos foi menos evidente, constatando-se diferença apenas entre os genótipos Trifoliata Limeira, o menos ovipositado e o limão Rugoso, o mais ovipositado. Os diferentes genótipos de citros não influenciaram a duração e a viabilidade das fases de ovo, larva e pupa de P. citrella. Observou-se, contudo, influência dos genótipos no tamanho e peso de pupas, destacando-se o híbrido C x R4 como o menos adequado. Fêmeas provenientes de lagartas criadas nos híbridos C x R4 e C x R315 foram as menos fecundas. No teste de tolerância, concluiu-se que dano foliar foi o parâmetro que melhor discriminou os genótipos em relação ao ataque de P. citrella, assim como, pesos fresco e seco não foram parâmetros adequados para estudos de tolerância. Os genótipos Trifoliata Limeira e o seu híbrido C x R4 se comportaram como tolerantes à LMC, enquanto a tangerina Sunki e o limão Rugoso foram suscetíveis. / The objective this study was to evaluate the effect of different cultivars, hybrids and genera related to Citrus on behavior and biology of the citrus leafminer (CLM), Phyllocnistis citrella. The effect of the host plant on feeding (nutritional) and oviposition behavior, and/or the biology of CLM was assessed to find resistant or tolerant genotypes.The insects were maintained in laboratory in cages. Lemon (Citrus limonia L. Osbeck) Cravo seedlings were used as host plant. Initially, 23 genotypes of citrus were screened by exposing the seedlings of these plants to adults of this pest. The susceptible lemon (C. jambhiri) Rugoso was used as control. Based on the number of eggs and pupae obtained on each plant, five genotypes were selected as the most promising: tangerina Sunki (Citrus sunki Hort. ex. Tanaka), the hybrids C x R4 (C. sunki x Poncirus trifoliata), C x R315 (C. sunki x P. trifoliata), M x P222 (C. sinensis x Tangor Murcott) and P. trifoliata (Trifoliata Limeira). So, the oviposition preference, and the development and reproduction of the insect were evaluated on these six genotypes. In the free-choice oviposition preference test the hybrid C x R315 and Trifoliata Limeira were the least preferred by CLM. In the no-choice test, the effect of genotypes was less evident occurring less oviposition in Trifoliata Limeira than in lemon Rugoso. The different genotypes of citrus did not influence the duration and viability of egg, larval and pupal stages of P. citrella. It was therefore observed that genotypes influenced size and pupal weight, being the hybrid C x R4 the least adequate. Females from larvae reared on hibrids C x R4 and C x R315 oviposited the least numbers of eggs. In the tolerance test, it was concluded that leaf damage was the better parameter for discriminating the genotypes in relation to attack by P. citrella. The fresh and dry weight were not adequate parameters for tolerance study. The genotypes Trifoliata Limeira and its hybrid C x R4 were tolerants to CLM while tangerina Sunki and the lemon Rugoso were susceptible.
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Isolamento e caracterização biológica e genotipica de Toxoplasma gondii de ovinos e caprinos / Isolation and biological and genotypic characterization of Toxoplasma gondii from sheep and goats

Ragozo, Alessandra Mara Alves 10 April 2007 (has links)
O objetivo deste estudo foi o isolamento de Toxoplasma gondii de ovinos e caprinos e posterior caracterização genotípica desses isolados. Amostras de soros ovinos (495) de 36 Municípios do Estado de São Paulo e de caprinos (143) de seis Municípios dos Estados da Bahia (10), Paraíba (12), Rio Grande do Norte (7) e São Paulo (114) foram testadas, através do Teste de Aglutinação Modificado (MAT&ge;25) à presença de anticorpos anti-T. gondii. Dos animais amostrados, 24,2% e 32,2% dos ovinos e caprinos respectivamente, apresentaram-se positivos com títulos que variaram de 25 a 3200 em ambas espécies. Dentre os ovinos houve associação (p<0,001) entre sexo, idade e sistema de produção com a presença de anticorpos anti-T. gondii. Os caprinos apresentaram associação entre idade, sistema de produção, e raça com a soropositividade. Para o isolamento do agente o bioensaio em camundongos foi realizado utilizando-se pool de tecidos de ovinos (cérebro, coração e diafragma) e caprinos soropositivos (cérebro, coração e diafragma e masseter). Dos 82 bioensaios realizados com amostras de ovinos, 16 isolados (19,5%) foram obtidos. Houve associação entre o título de anticorpos anti-T. gondii e o isolamento do agente (p<0,001) com maior quantidade de isolados obtidos de animais com títulos mais altos. Para a caracterização genotípica das amostras utilizou-se a análise de polimorfismo de comportamento dos fragmentos de DNA gerados por enzimas de restrição (RFLP) sobre produtos do locus SAG2 amplificados pela PCR, que as identifica em genótipos I, II e III. Amostras do tipo I (87,5% dos ovinos e 100 % dos caprinos) e do tipo III (12,5% dos isolados de ovinos) foram obtidas e não houve o encontro de isolados tipo II ou mistas. Nos tecidos dos animais com títulos de anticorpos superiores a 400, e dos quais não se obteve o isolamento do agente pelo bioensaio (21 amostras de ovinos), foi realizada a nested-PCR das amostras primárias (homogeneizado de tecidos), não sendo obtida nenhuma amplificação. Amostras do tipo III não causaram óbitos nos camundongos e as tipo I causaram óbitos em 51,0% e 83,4% dos isolados de ovinos e caprinos, respectivamente. Houve associação entre a sobrevida dos camundongos infectados com o genótipo I de caprinos e ovinos (p<0,001). / The aim of this study was to analyze the SAG2 locus of Toxoplasma gondii isolated from sheep and goats in order to determine the frequency of occurrence of the three different lineages (types I, II and III). Serum samples of sheep (495) from 36 counties in São Paulo State and goat (143) from six counties in States of Bahia (10), Paraíba (12), Rio Grande do Norte (7) and São Paulo (114) were analyzed by the modified agglutination test (MAT&ge;25) for the detection of antibodies anti-T. gondii. Occurrence of antibodies anti-T. gondii was 24.2% and 32.2% in sheep and goats, respectively. The titers varied from 25 to 3200 in both species. Among sheeps, association of seropositivity (p<0,001) with sex, age, production system and presence of antibodies anti-T. gondii was observed. Association was also observed between the frequency of seropositive goats and age, production system and breed. For T. gondii isolation, pool of tissues of each seropositive sheep (brain, heart and diaphragm) and goat (brain, heart, diaphragm and masseter) were bioassayed in mice. From a total of 82 bioassay performed with sheep samples, 16 isolates (19.5%) were obtained. Association between antibodies anti-T. gondii titers and isolation was observed (p<0.001). Considering the goats, 12 isolates (42.6%) were obtained from 26 bioassays. For the genotypic characterization (genotype I, II and III), the restriction fragment length polymorphism (RFLP) was performed on fragments of the locus SAG2 amplified by PCR. Samples of type I (87.5% from sheep and 100% from goats) and type III (12.5% from sheep) was observed. Neither type II nor mixed samples were observed. In tissues samples from animals with antibodies titers above 400 in which T. gondii was not isolated (21 sheep sample), nested-PCR was performed and no amplification was observed. Mortality was not observed in the mice infected by the isolates type III. The isolates of type I from sheep and goats, respectively, killed 51.0% and 83.4% of the infected mouse. Association was also observed between mortality rate in infected mice and genotype I of sheep and goat (p<0.001).
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Interação genótipos x locais em cana-de-açúcar e perspectivas de estratificação ambiental / Genotypes by locations interaction in sugarcane and perspectives of environmental stratification

Santos, Éder Gustavo Dias dos 28 August 2008 (has links)
Este estudo foi realizado com base nos resultados experimentais relativos a genótipos RB da Série 92 do Programa de Melhoramento Genético da Cana-de-Açúcar da Universidade Federal de São Carlos (PMGCA UFSCar), tendo como finalidade avaliar a representatividade dos locais que compõe sua rede experimental. Para isso foram avaliados os caracteres Toneladas de colmo por hectare (TCH), Pol % da cana (PC) e Toneladas de Pol por hectare (TPH) de 15 genótipos em 13 locais, sendo estes locais referentes às Usinas : Santa Fé, Santa Luiza, Santa Terezinha, São Martinho, Cocal, Bonfim, Santa Elisa - 1, Cruz Alta, Iturama, Aralco, Lucélia, Sonora e Santa Elisa - 2. A partir das análises de variância individuais e conjuntas, foram realizados testes de agrupamento baseado na metodologia de Lin, que se baseia no quadrado da distancia euclidiana para agrupar locais que apresentem similaridade nas respostas dos genótipos; entretanto, com dois critérios de significâncias para a interação genótipos x locais, tais como: p 0,05 (original) e p 0,30 (modificada), para os três caracteres avaliados. A metodologia de Lin original (p 0,05) mostrou ser pouco confiável, podendo possibilitar o agrupamento de locais com valores de quadrados médios da interação genótipos x locais muito próximos da significância. Já a metodologia de Lin modificada mostrou ser mais confiável, apresentando, portanto, menos possibilidades de agrupamento. Assim, por meio da metodologia de Lin (1982) modificada, pode-se notar que se forem considerados os três caracteres simultaneamente (TCH, PC e TPH), apenas os locais referentes às Usinas Santa fé e Cruz Alta poderiam se juntar para formar um grupo, o que possibilitaria a redução de 13 locais para 12 locais. Isso mostra que os locais de experimentação da UFSCar são bem representativos das regiões estudadas. / This study was performed on the basis of experimental results concerning RB genotypes belonging to Series 92 of the sugarcane breeding program of the Universidade Federal de São Carlos (PMGCA - UFSCar), having as purpose to evaluate representativeness of the locations that compose its experimental net. This way, the characters tons of cane per hectare (TCH), Pol % sugar (PC) and Tons of Pol per hectare (TPH) of 15 RB genotypes cultivated in 13 locations, were evaluated. These locations belongs to the following Sugar factories: Santa Fé, Santa Luíza, Santa Terezinha, São Martinho, Cocal, Bonfim, Santa Elisa - 1, Cruz Alta, Iturama, Aralco, Lucélia, Sonora and Santa Elisa - 2. From the individual and joint analyses of variance, tests of grouping based on the methodology of Lin which is based on the Square of Euclidean distance for grouping locations that present similarity in behavior of the genotypes were carried out; however, with two significance criteria of the genotypes by locations interaction, such as: p 0,05 (original) and p 0,30 (modified), for those three parameters evaluated. The original Lin (p0,05) methodology was shown not to be very precise allowing grouping locations that presented average mean squares values of the interaction genotypes by locations very close to the significance. On the other hand, the modified Lin methodology (p 0,30) showed to be more precise, presenting, therefore, less possibilities of grouping. Thus, by using the modified Lin methodology (1982), it can be noticed that if the three characters (TCH, PC and TPH) are simultaneously considered , only the locations related to Santa Fé and Cruz Alta Sugar factories could be joined to form a group, and that would make possible the reduction from 13 to 12 experimental locations. This result show that the locations of experimentation of the UFSCar breeding program are well representative of the studied regions.
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Caracterização genética de isolados de Giardia spp. provenientes de amostras fecais de origem humana e animal / Characterization genetic of Giardia spp. isolated from human and animal faecal samples

Souza, Silvio Luis Pereira de 16 February 2007 (has links)
O protozoário flagelado Giardia duodenalis é um parasito intestinal que pode infectar uma ampla variedade de mamíferos, incluindo os humanos e os animais domésticos e selvagens. Devido à carência de informações a respeito da caracterização molecular de amostras de Giardia spp. no Brasil, o presente estudo teve como objetivo analisar 113 amostras de fezes positivas para Giardia spp. de origem humana e animal. Um segmento do gene que codifica a enzima glutamato desidrogenase (gdh) dos isolados provenientes de 37 humanos, 31 cães, 20 gatos, 12 bugios, cinco bezerros, três chinchilas, duas avestruzes, dois cachorros-do-mato e uma onça-pintada foi amplificado e seqüenciado. A análise da seqüência de nucleotídeos do gene gdh mostrou que estes isolados foram divididos em seis linhagens genéticas principais (Assemblages A, B, C, D, E, F). O genótipo AII foi identificado apenas nas amostras de humanos, enquanto o genótipo AI foi detectado nos isolados de origem animal (gato, bezerro, onça-pintada). Os isolados de Giardia spp. provenientes dos humanos, bugios, chinchilas e avestruzes foram caracterizados como pertencente ao genótipo BIV. Entretanto, os demais Assemblages foram identificados apenas em um grupo específico de hospedeiros. Assemblage C e D foram encontrados nas amostras de cães e cachorros-do-mato, Assemblage F nas amostras de gatos e Assemblage E nas amostras de bezerros. A caracterização molecular das amostras de Giardia spp. gera uma importante contribuição para o conhecimento da especificidade de hospedeiro dos diferentes genótipos. / The flagellated protozoan Giardia duodenalis is an intestinal parasite that can infect a broad variety of mammalian hosts, including humans and domestic and wild animals. Due the lack of information about the molecular characterization of Giardia spp. in Brazil, this study aimed to analyse 113 stool samples from human and animals, all positive to Giardia spp. A segment of the glutamate dehydrogenase gene (gdh) of isolates from 37 humans, 31 dogs, 20 cats, five calves, 12 wild monkeys, three chinchilas, two ostrichs, two crab-eating-foxes and one jaguar was amplified and sequenced. Nucleotide sequences analysis of gdh gene showed that these isolates could be divided into six main genetic lineage (Assemblages A, B, C, D, E, F). The genotype AII was identified only in human isolates, whereas genotype AI was detected in a variety of animals (cat, calf, jaguar). In adition, Giardia spp. isolates recovered from human, wild monkeys, chinchila and ostrichs were characterized as genotype BIV. However the other Assemblages identified were confined to restrict host species. Assemblages C and D were found in isolates from dogs and crab-eating-foxes, Assemblage F from cats and Assemblage E from calves. The molecular characterisation of Giardia spp. isolates has made a major contribution to our understanding of the host specificity of different genotypes.

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