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Trigo: avaliação de linhagens diaplóides obtidas via cultura de anteras. / Wheat: evaluation of dihaploid lines originated via anther culture.

Salomon, Marcus Vinicius 07 March 2002 (has links)
Avaliaram-se 36 linhagens diaplóides de trigo, obtidas via cultura de anteras in vitro oriundas de plantas híbridas, em geração F1, divididas em dois ensaios com dezoito linhagens e dois cultivares controles (IAC-24 e IAC-289), nos anos de 1999 e 2000. Cada ensaio foi instalado em dois locais do Estado de São Paulo: Ensaio I - Estações Experimentais de Agronomia de Capão Bonito (solo ácido, sem aplicação de calcário e em condição de sequeiro) e Tatuí (solo ácido, com aplicação de calcário e em condição de irrigação por aspersão) e Ensaio II - Estações Experimentais de Agronomia de Tatuí e Monte Alegre do Sul (ambos em solo ácido com aplicação de calcário e condição de irrigação por aspersão). Em cada ensaio, avaliaram-se os seguintes parâmetros: acamamento, altura da planta, ciclos da emergência ao florescimento e da emergência à maturação, produção de grãos, resistência às moléstias, comprimento da espiga e componentes de produção. Todos os genótipos foram, também, avaliados quanto à tolerância à toxicidade de alumínio, em solução nutritiva, em condição de laboratório. No Ensaio I, destacaram-se, pela produção de grãos, as linhagens 4 (2.309 kg ha -1 ) e 5 (2.319 kg ha -1 ), provenientes do cruzamento PF70402/ALD'S'//PAT72160/ALD'S'/3/PEW'S'/4/OPATA/5/IAC-60; 9 (2.150 kg ha -1 ), provinda do cruzamento MLR'S'/BUC'S'//BUC'S'/3/IAC-24, 11 (2.102 kg ha -1 ) e 12 (2.056 kg ha -1 ), oriundas do cruzamento TEPOCA/IAC-24. A 13 (JUN/GEN//IAC-24) apresentou as plantas mais baixas (53 cm). As linhagens 2, 4 e 18, originárias dos cruzamentos JUN/GEN//IAC-24,PF70402/ALD'S'//PAT72160/ALD'S'/3/PEW'S'/4/OPATA/5/IAC-60 e TEPOCA/IAC-24, revelaram, ao mesmo tempo, moderada resistência aos agentes causais da ferrugem-da-folha e da mancha-da-folha. Todos os genótipos, com exceção do cultivar IAC-289 e da linhagem 13 (JUN/GEN//IAC-24), foram considerados tolerantes a 10 mg L -1 de Al 3+ , quando avaliados em solução nutritiva. No Ensaio II, a linhagem 8 (ANA/IAC-24) e o cultivar IAC-289 apresentaram elevadas produções de grão (3.311 e 3.341 kg ha -1 respectivamente). A linhagem 13 exibiu o porte mais baixo (61 cm) entre os genótipos estudados e a 3 (ANA/IAC-24//IAC-24), mostruo, ao mesmo tempo, resistência ao agente causal da ferrugem-da-folha, moderada resistência ao agente da mancha-da-folha e imunidade ao agente causal do oídio. As linhagens 8 (ANA/IAC-24) e 14 (PF70402/ALD"S"//PAT72160/ ALD"S"/3/PEW"S"/4/OPATA/5/ IAC-60) mostraram elevada tolerância à toxicidade de alumínio, associada a alta produção de grãos. / Thirty six dihaploid wheat lines, originated via anther culture from F1 hybrid plants were evaluated in two trials with eighteen lines plus two control cultivars (IAC-24 and IAC-289), in 1999 and 2000. Each trial was carried out in two locations of the State of São Paulo: trial I - Capão Bonito Agronomy Experiment Station (acid soil without lime application and upland condition) and Tatuí Agronomy Experiment Station (acid soil with lime application and sprinkler irrigation condition) and trial II - Monte Alegre do Sul and Tatuí Agronomy Experiment Station (both with acid soil with lime application and sprinkler irrigation condition). In each the genotypes were evaluated for lodging, plant height, cycle from emergence to flowering and from emergence to maturation, grain yield, resistance to disease, head length and yield components. All genotypes were also evaluated for aluminum toxicity tolerance, in nutrient solution, under laboratory condition. Considering trail I, the lines 4 (2.309 kg ha -1 ) and 5 (2.319 kg ha -1 ) originated from the cross PF70402/ALD'S'//PAT72160/ALD'S'/3/PEW'S'/4/OPATA/5/IAC-60, 9 (2.150 kg ha -1 ) from the cross MLR'S'/BUC'S'//BUC'S'/3/IAC-24, and the lines 11 (2.102 kg ha -1 ) e 12 (2.056 kg ha -1 ) from the cross TEPOCA/IAC-24, presented high grain yield. The line 13 (JUN/GEN//IAC-24) showed the shortest plants (53 cm). The lines 2, 4 and 18 originated from crosses JUN/GEN//IAC-24,PF70402/ALD'S'//PAT72160/ALD'S'/3/PEW'S'/4/OPATA/5/IAC-60 and TEPOCA/IAC-24, showed at the same time moderate resistance to the causal agents of leaf rust and leaf spot. All genotypes, with exception of the cultivar IAC-289 and the line 13 (JUN/GEN//IAC-24) , were considered tolerant to 10 mg L -1 Al 3+ , when evaluated in nutrient solutions. Considering trial II, the line 8 (ANA/IAC-24) and the cultivar IAC-289 presented high grain yield (3.311 e 3.341 kg ha -1 respectively). The line 3 (ANA/IAC-24//IAC-24) exhibited at the same time resistance to the causal agent of leaf rust, moderate resistance to the causal agent of leaf spot and immunity to the causal agent of powdery mildew. The lines 8 (ANA/IAC-24) and 14 (PF70402/ALD"S"//PAT72160/ALD"S"/3/PEW"S"/4/OPATA/5/IAC-60), also showed high tolerance to aluminum toxicity being associated to high grain yield, and so could be used in breeding programs with the objective to get cultivars for acid soils.
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Polimorfismo no grupo sanguíneo Duffy e anticorpos IgG naturalmente adquiridos contra a proteína de ligação em Duffy de Plasmodium vivax (PvDBP) na Amazônia rural brasileira. / Duffy blood group polymorphism and naturally acquired IgG antibodies to Plasmodium vivax Duffy binding protein (PvDBP) in rural Amazonians.

Vanessa Cristina Nicolete 30 November 2012 (has links)
A proteína de ligação em Duffy (PvDBP) dos merozoítos de P. vivax se liga a glicoproteínas de membrana, chamadas de grupo sanguíneo Duffy, conhecidas como DARC. Indivíduos DARC negativos são normalmente resistentes a infecção estágio sanguínea por P. vivax; portanto, PvDBP é um forte antígeno canditato a vacina. Aqui, investigamos respostas de anticorpos contra três proteínas derivadas de PvDBP e MSP119, em 343 indivíduos de uma região Amazônica brasileira. Anticorpos contra Sal III-His, OII-His, Sal III-IV-GST e MSP119-GST foram encontrados em 43,7%, 39,0%, 14,3% e 38,8% dos indivíduos. Os indivíduos FY*BESFY*BES foram os que menos apresentaram anticorpos contra PvDBP, porém encontramos proporções similares de respondedores entre indivíduos com outros genótipos. A análise de sequências revelou muitas variantes da região II de PvDBP em 41 isolados. A mais comum (encontrada em 28,8% dos isolados), difere de Sal I e PNG- O em seis codóns de aminoácidos. Nenhuma variante tipo Sal I, cujo protótipo de vacina está em teste clínico, foi encontrada nos parasitas locais. / The Duffy binding protein (PvDBP) of the P. vivax merozoites, which binds to a erythrocyte membrane glycoprotein known as Duffy blood group antigen for chemokines (DARC). DARC-negative individuals are usually resistant to blood-stage infection with P. vivax; therefore, PvDBP is a major vaccine candidate antigen. Here, we investigated antibody responses to three proteins derived from PvDBP and MSP119, in 343 subjects in the Amazon of Brazil. Antibodies to Sal III-His, OII-His, Sal III-IV-GST and MSP119-GST were found in 43,7 %, 39,0%, 14,3% and 38,8% of the subjects. FY*BESFY*BES individuals were less likely to have antibodies to PvDBP, but we found similar proportions of seropositive subjects with other genotypes. Sequence analysis revealed several region II PvDBP variants in 41 local P. vivax isolates. The most common of them (found in 28,8% isolates) differs from Sal I and PNG-O alleles in six amino acid codons. No Sal I-type variant, from which a PvDBP-based vaccine prototype currently under clinical testing has been derived, was found in local parasites.
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Adaptabilidade, estabilidade e estratificação ambiental em genótipos de milho na região sul do Estado do Tocantins

Dotto, Michel Antônio 07 April 2015 (has links)
A cultura do milho apresenta grande importância socioeconômica no Brasil, devido à notória variedade de produtos que o utilizam na sua composição, bem como a possibilidade de consumo direto na alimentação humana ou animal. Assim como sua utilização o cultivo do milho ocorre em todas as regiões do Brasil, causando grande efeito da interação genótipo x ambiente, gerando problemas de recomendação e instabilidade na produção. Para minimizar tais efeitos, medidas devem ser tomadas no intuito de assegurar recomendação assertiva dos mesmos. Nesse contexto, foi realizado estudo utilizando seis genótipos experimentais de milho, desenvolvidos pelo programa de melhoramento da cultura do milho da Universidade federal do Tocantins - UFT, Campus de Gurupi e seis genótipos comerciais, utilizados por produtores na região sul do estado do Tocantins, que serviram como testemunhas, em 24 ambientes distintos, formados por diferentes níveis de adubação nitrogenada em cobertura e épocas de plantio. Os experimentos foram conduzidos na UFT, campus de Gurupi, nas safras 2012/13 e 2013/14. O delineamento experimental foi constituído de blocos completos ao acaso, com doze tratamentos em três repetições e parcelas de duas linhas de cinco metros, espaçadas em 0,75 metros. Foram avaliadas 10 plantas representativas em cada parcela, seguida por tabulação e aplicação dos métodos estatísticos. O estudo foi dividido em dois capítulos, sendo no primeiro estudado a adaptabilidade e estabilidade dos genótipos em 24 ambientes distintos, pelo método de Eberhart e Russel (1966), que foi eficiente em classificar os genótipos de ampla adaptação, bem como os de adaptação especificas para ambientes favoráveis, desfavoráveis e os de comportamento previsíveis. O genótipo AL BANDEIRANTE apresentou comportamento mais imprevisível e com adaptação especifica a ambientes desfavoráveis. Os genótipos UFT 2 e BRS GORUTUBA, apresentaram adaptação a ambientes favoráveis. Os genótipos UFT 5 e BR 205 apresentaram de forma geral, ser mais adaptados e responsivos à melhoria do ambiente e de comportamento mais estável, sendo as mais indicadas para cultivo nos ambientes estudados. No segundo capítulo, foi estudada a estratificação ambiental através do método de Lin (1982), que se apresenta eficiente na classificação dos ambientes quanto similares ou divergente e indicou que as diferentes épocas de plantio e níveis de nitrogênio foram eficientes na formação de ambientes distintos nos genótipos estudados. / The maize crop presents great socioeconomic importance in Brazil, due to the remarkable variety of products that use it in its composition, as well as the possibility of direct consumption in human food or animal feed. As well as its use corn cultivation occurs in all regions of Brazil, causing great effect of Genotype x environment interaction, generating problems of recommendation and instability in production. To minimize such effects, measures should be taken in order to ensure that the recommendation of the same assertive. In this context, study was performed using six experimental genotypes of maize, developed by the breeding program of the corn crop of Federal University of Tocantins - UFT, Campus of Gurupi and six commercial genotypes, used by producers in the southern region of the state of Tocantins, who served as witnesses, in 24 distinct environments, formed by different levels of nitrogen fertilization in coverage and planting seasons. The experiments were conducted in the UFT, campus of Gurupi, in 2012/13 and 2013/14 harvests. The experimental design consisted of randomized complete blocks, with 12 treatments in three repetitions and plots of two lines of five meters, spaced at 0.75 meters. Ten plants were assessed representative in each plot, followed by tabulation and application of statistical methods. The study was divided into two chapters, being in the first studied the adaptability and stability of genotypes in 24 distinct environments, by the method of Eberhart and Russell (1966), which was effective in classifying the genotypes of broad adaptation, as well as the specific adaptation to favorable environments, unfavorable and the foreseeable behavior. The genotype AL BANDEIRANTE presented more unpredictable behavior and with adaptation specifies the unfavorable environments. The genotypes UFT 2 and BRS GORUTUBA, presented adaptation to favorable environment. The genotypes UFT 5 and BR 205 showed a generally more adapted and responsive to environmental improvement and more stable behavior, being the most indicated for cultivation in the studied environments. In the second chapter, environmental stratification was studied through the method of Lin (1982), who presents efficiently in the classification of environments as similar or divergent and indicated that the different times of planting and nitrogen levels were efficient in the formation of distinct environments in the studied genotypes.
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Híbridos interpopulacionais de milho sob diferentes níveis de nitrogênio no sul do Tocantins

Silveira 03 March 2015 (has links)
O milho é atualmente um dos principais cereais cultivados no mundo e está presente em todas as regiões do Brasil. Apesar do estado do Tocantins apresentar condições territoriais favoráveis para o desenvolvimento da cultura, o milho vem sendo difundido com produtividades baixas comparadas aos estados com melhores índices de produções. Fato, devido a alguns fatores como à deficiência de tecnologias direcionadas para a realidade do produtor rural local e adoção de manejo ineficiente quanto ao uso de fertilizantes nitrogenados. Nesse contexto, objetivou-se avaliar características agronômicas de híbridos interpopulacionais de milho (Zea mays L.) sob diferentes níveis de nitrogênio no sul do Tocantins. O experimento foi conduzido na área agrícola da estação experimental da UFT-CAUG, no dia 21 de janeiro de 2014, utilizando delineamento experimental de blocos ao acaso com quatro repetições, sendo a área da parcela, composta por fileira única de 3 metros de comprimento espaçadas em 0,75 metros e densidade de semeadura de 50.000 plantas ha-1. Foi avaliado o potencial produtivo de 5 populações de polinização aberta, 15 híbridos interpopulacionais de milho e 5 testemunhas comerciais, utilizando 5 níveis de nitrogênio (0; 40; 80; 120; 160 Kg/ha) aplicados em cobertura. Após os dados serem submetidos à análise de variância e ao teste de médias Scott Knott (P<0,05), observou-se que os híbridos interpopulacionais obtiveram desempenho semelhante aos híbridos duplos comerciais utilizados como testemunha, apresentando bons desempenhos sobre doses reduzidas de nitrogênio. / Hybrids corn interpopulational under different levels of nitrogen in the south of Tocantins. Corn is currently one of the main cereals grown in the world and is present in all regions of Brazil. Despite the state of Tocantins present territorial favorable conditions for the development of culture, maize has increased in low productivity compared to states with higher levels of production. Indeed, due to factors such as disability technologies directed to the reality of the local farmers and inefficient management adoption in the use of nitrogen fertilizers. In this context, the objective was to evaluate agronomic characteristics of interpopulation hybrid corn (Zea mays L.) under different levels of nitrogen in southern Tocantins. The experiment was conducted in the agricultural area of the experimental station of the UFT-GUAC, on January 21, 2014, using experimental design of randomized blocks with four replications, the plot area, consisting of single row of 3 meters in length spaced at 0.75 meters and sowing density of 50,000 plants ha-1. The productive potential of 5 populations of open-pollinated, 15 interpopulational corn hybrids and five commercial checks were evaluated using five nitrogen levels (0, 40, 80, 120, 160 kg / ha) applied in coverage. After the data is subjected to analysis of variance and mean test Scott Knott (P <0.05), it was observed that the interpopulation hybrids obtained a similar performance to commercial double hybrid used as a witness, showing good performances on reduced nitrogen rates .
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Caracterização biológica e genotípica de isolados da Toxoplasma gondii obtidos de galinhas de criação livre do Pantanal do Mato Grosso do Sul / Biological and genotypic characterization of Toxoplasma gondii isolated from free ranges chickens from Pantanal of Mato Grosso do Sul

Silveira, Luciane Holsback 24 September 2009 (has links)
Apesar de o protozoário Toxoplasma gondii ser considerado a única espécie válida para o gênero, são reconhecidas três linhagens clonais, denominadas Tipo I, Tipo II e Tipo III, predominantes em países da Europa ocidental e Estados Unidos. Com a pesquisa de amostras deste parasito provenientes de outras regiões do mundo, como no caso do Brasil, várias outras configurações genotípicas diferentes das dos arquétipos mencionados acima vêm sendo encontradas. Neste trabalho, quarenta galinhas/galos (Gallus domesticus) de criação livre de oito propriedades rurais de áreas limítrofes ao Pantanal da Nhecolândia no estado do Mato Grosso do Sul foram eutanasiadas e amostras de sangue, cérebro e coração foram coletadas. O sorodiagnóstico foi realizado através do Teste de Aglutinação Modificado (MAT) e, com um pool de órgãos dos animais positivos, foi realizado bioensaio em camundongos. Foram obtidos, após o bioensaio, 11 isolados de T. gondii. O DNA foi extraído dos tecidos dos camundongos infectados e a tipificação dos isolados foi realizada utilizando 12 marcadores PCR-RFLP, genericamente denominados SAG1, 5´3´SAG2, SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1, Apico e CS3. Vinte e sete galinhas (67,5%) foram sorologicamente positivas para T. gondii e 13 (32,5%) foram negativas. Das amostras soropositivas, 7 (25,9%) foram positivas na diluição 1:5, 3 (11,1%) em 1:10, 2 (7,4%) em 1:20, 3 (11,1%) em 1:320, 1 (3,7%) em 1:640, 3 (11,1%) em 1:1280, 2 (7,4%) em 1:2560, 4 (14,8%) em 1:5120 e 2 (7,4%) em 1:10240. Quanto à genotipagem, cinco genótipos foram revelados nos 11 isolados de galinhas de cinco propriedades do município de Aquidauana e uma propriedade do município de Rio Verde do Mato Grosso, incluindo um genótipo misto encontrado em um isolado (TgCkBr198) que demonstrou um complexo cujos padrões são uma combinação de 2 alelos observados em oito loci. Dois genótipos foram descritos pela primeira vez, considerando os 140 isolados de galinhas de diferentes regiões brasileiras avaliadas em estudos anteriores. Os resultados corroboram com estudos anteriores sobre os isolados de T. gondii no Brasil, confirmando sua diversidade e atipicidade. / Despite the protozoan Toxoplasma gondii is considered the only valid species for the genus, three clonal lineages are recognized, known as the Type I, Type II and Type III, which predominate in Western European countries and the USA. The search for samples of this parasite from other regions of the world, as in the case of Brazil, has revealed different genotypes other than the archetypes above mentioned. In this study, forty free range chickens (Gallus domesticus) of eight farms from areas belonging to the Pantanal Nhecolândia in the state of Mato Grosso do Sul were euthanized and samples of blood, brain and heart were collected. The serodiagnosis was performed using the technique of modified agglutination test (MAT) and a pool of organs of seropositive animals was used to perform the bioassay in mice. It was obtained 11 isolates of T. gondii. DNA was extracted from tissues of infected mice and characterization of isolates was performed using 12 PCR-RFLP markers, known generically SAG1, 5\'3\'SAG2, SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, C29-2, L358, PK1, Apico and CS3. Twenty-seven chickens (67.5%) were serologically positive for T. gondii and 13 (32.5%) were negative. Among the seropositive samples, 7 (25.9%) were positive at 1:5 dilution, 3 (11.1%) in 1:10, 2 (7.4%) in 1:20, 3 (11.1%) at 1:320, 1 (3.7%) at 1:640, 3 (11.1%) in 1:1280, 2 (7.4%) in 1:2560, 4 (14.8%) on 1:5120 and 2 (7.4%) at 1:10240. With regard to genotyping, five genotypes were found within 11 isolates from chickens from five properties in the municipality of Aquidauana and one property of the municipality of Rio Verde of Mato Grosso, including a mixed genotype found in one isolate (TgCkBr198) that showed a complex pattern which is a combination of 2 alleles observed at eight loci. Two genotypes have been described for the first time, considering the 140 isolates from chickens in different Brazilian regions evaluated in previous studies. The results corroborate with previous studies on the isolates of T. gondii in Brazil, confirming their diversity and atypicality.
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Suscetibilidade dos genótipos diplóides e tetraplóides de azevém (Lolium multiflorum Lam.) ao herbicida glyphosate / Susceptibility of diploid and tetraploid genotypes of Italian ryegrass (Lolium multiflorum Lam.) to the herbicide glyphosate

Dors, Celso Antonio 30 July 2009 (has links)
Genótipos de azevém (Lolium multiflorum Lam.) diplóides e tetraplóides são cultivados como forrageira na produção animal, no entanto, quando sistemas de produção que envolve o plantio direto são estabelecidos após o cultivo da forrageira é comum a dessecação com o herbicida glyphosate. Portanto, é importante conhecer se existe suscetibilidade diferencial a este herbicida entre os genótipos. Desta forma, foi desenvolvida a presente pesquisa como o objetivo de avaliar o grau de tolerância dos genótipos diplóides e tetraplóides de azevém ao herbicida glyphosate em quatro estádios fenológicos de desenvolvimento. Para isso, foram instalados quatro experimentos, sendo um para cada estádio fenológico do azevém (duas folhas, quatro perfilhos, pré-florescimento e formação de grãos). Os tratamentos consistiram da combinação dos dois genótipos e seis doses do herbicida glyphosate (240; 480; 960; 1.920; 3.840 e 7.680 g e.a. ha-1), e uma testemunha sem aplicação de glyphosate, em delineamento experimental de blocos ao acaso, quatro repetições. Os parâmetros analisados foram porcentagem de controle e fitomassa seca das plantas. Os resultados foram submetidos à análise de variância e em seguida ajustados para modelo de curva de dose-resposta do tipo logística, sendo destes modelos calculados valores de controle correspondestes a 50, 80, 90 e 99%. As conclusões principais obtidas nesta pesquisa foram de que os genótipos de azevém diplóide e tetraplóide apresentam suscetibilidade diferencial ao herbicida glyphosate, sendo o genótipo tetraplóide mais tolerante ao herbicida. O grau diferencial de tolerância, medido pelo fator de tolerância (FT) diferencial entre os genótipos, expresso pelo valor médio dos quatro estádios fenológicos estudados, utilizando como base o controle de 50% das plantas pelo glyphosate foi de 1,6 vezes a dose de glyphosate no genótipo tetraplóide em relação ao genótipo diplóide. Os estádios fenológicos de desenvolvimento das plantas de ambos os genótipos estudados afetam o grau de tolerância ao glyphosate. De maneira geral, em estádios mais avançados de desenvolvimento fenológico dos dois genótipos a suscetibilidade do azevém é menor ao glyphosate, exceto para o estádio de préflorescimento, no qual a planta é mais suscetível que o estádio de quatro perfilhos, quando o parâmetro de análise é a dose necessária para controle de 50% das plantas. O parâmetro de análise de suscetibilidade fitomassa seca das plantas apresentou a mesma tendência diferencial entre os fenótipos diplóides e tetraplóides que o parâmetro porcentagem de controle visual. / Diploid and tetraploid genotypes of Italian ryegrass (Lolium multiflorum Lam.) are cultivated as forage crop for animal production, however, when cropping systems that involve no tillage is established after the forage cultivation it is common the dessecation with the herbicide glyphosate. However, it is important to know if there is differential susceptibility between the genotypes to the herbicide, in four phenological stages of development. Therefore, it was developed this research with the objective of evaluating the degree of tolerance of the diploid and tetraploid genotypes of Italian ryegrass to the herbicide glyphosate. For that, four experiments were installed being one for each of the Italian ryegrass phenological stages (two leaves, four tillers, pre-flowering, and grain formation). The treatments consisted of the combination of the two genotypes and six rates of glyphosate (240; 480; 960; 1.920; 3.840 and 7.680 g a.e. ha-1) and a check plot without glyphosate application, in randomized complete blocks design, four replications. The parameters that were analyzed were control percentage and dry biomass. Results were submitted to analysis of variance and subsequently adjusted to non linear model of logistic dose-response curves, and from these models control values were calculated at 50, 80, 90 and 99%. The main conclusions obtained in this research were that genotypes of Italian ryegrass presented differential susceptibility to the herbicide glyphosate. The differential degree of tolerance, measured by the tolerance factor (TF) between the biotypes, expressed by the mean value of the four development stages studied, using the 50% Italian ryegrass control, was 1.6 times more glyphosate rate for the tetraploid genotype compared to the diploid genotype. The phenological stages of development of both genotypes affected the tolerance degree to glyphosate. In general, the more is the advanced development stages of both biotypes, the lower is the susceptibility of Italian ryegrass to glyphosate, except for the stage of pre-flowering, in which the plant is less susceptible than the stage of four tillers, when the analyzed parameter is the rate necessary to control 50% of the plants. The parameter of analysis of susceptibility plant dry biomass presented the same tendency of differential control between the diploid and tetraploid genotypes than the visual control percentage.
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Caracterização molecular de isolados de Sarcocystis spp. obtidos de fezes de marsupiais do gênero Didelphis pela análise de fragmentos gênicos de sequências codificadoras de antígenos de superfície dos parasitos / Molecular characterization of isolates of Sarcocystis spp. obtained from feces of opossums of the genus Didelphis by analysis of genes coding for surface antigens

Monteiro, Renata Molina 20 October 2011 (has links)
O objetivo deste trabalho foi desenhar primers, amplificar fragmentos de três loci que codificam antígenos de superfície de protozoários do gênero Sarcocystis spp. isolados do intestino de marsupiais do gênero Didelphis spp., sequenciar os fragmentos gênicos de todos isolados e compará-los entre si e com fragmentos de sequências homólogas disponíveis no GenBank. Trinta e duas amostras de Sarcocystis spp. de gambás do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, tiveram o DNA extraído e amplificado utilizando marcadores moleculares em genes codificadores de antígeno de superfície (SAG-2, SAG-3, e SAG-4). Entre essas amostras, 28 tiveram pelo menos um dos fragmentos gênicos sequenciados. Foi possível sequenciar os 3 fragmentos gênicos de 20 amostras. As análises das sequências dos genes renderam os seguintes resultados: SAG-2: 275 nucleotídeos e sete alelos para 26 amostras; SAG-3: 353 nucleotídeos e seis alelos para 21 amostras; SAG-4: 278 nucleotídeos e onze alelos para 25 amostras. Para cada marcador, análises filogenéticas foram realizadas empregando métodos de distância. As reconstruções filogenéticas permitiram verificar as relações de ancestralidade entre os diferentes alelos, que foram nomeados de acordo com o critério de evolução inferido na topologia das árvores. Para os três loci, diferentes alelos foram agrupados em três grupos ou genótipos, que foram nomeados com caracteres em números romanos I, II, III e IV. Diferenças intra-genótipo (sub-genótipos) foram representados por letras minúsculas (Ia, Ib, Ic, etc.). Cada alelo foi nomeado com numeração arábica (Ia1, Ia2, Ia3, etc.). Nas analises filogenéticas concatenadas baseada em dados de aminoácidos foi possível dividir as amostras dentro de três grupos. A filogenia baseada nas sequências de aminoácidos indica que três grupos de organismos devem existir dentro do complexo de indivíduos da população estudada (Sarcocystis-RS, Falcatula-like e Neurona-like). Embora o grupo designado como Sarcocystis-RS tenha um único alelo para o locus gênico SAG-3 (configuração do tipo III), táxons deste grupo compartilham alelos com indivíduos do grupo Falcatula-like. Assim, seria plausível assumir que exista uma troca gênica entre as duas populações. No que diz respeito ao grupo Neurona-like, nenhum dos indivíduos deste grupo compartilham alelos com indivíduos de outros grupos. No entanto, esta observação precisa ser confirmada, pois as análises foram baseadas em poucas sequências Neurona-like (duas sequências). Este relato revela uma notável diversidade genética entre os isolados de Sarcocystis spp de gambás do Brasil. / The present work aimed to design primers and amplify fragments of three loci that code for surface antigens of the protozoan genus Sarcocystis spp. isolated from intestine of marsupials of the genus Didelphis spp and to sequence the gene fragments of all isolates and compare them with each other and with fragments of homologous sequences available in GenBank. Thirty two samples of Sarcocystis spp. from opossums from the State of Rio Grande do Sul, had the nuclear DNA extracted and amplified using the molecular markers targeted to genes encoding surface antigens (SAG-2, SAG-3, and SAG-4). Among these samples, 28 had at least one of the gene fragments sequenced. It was possible to sequence the three gene fragments from 20 samples. The analysis of gene sequences yielded the following results: SAG-2: 275 nucleotides and seven alleles for 26 samples; SAG-3: 353 nucleotides and six alleles for 21 samples; SAG-4: 278 nucleotides and eleven alleles for 25 samples. For each marker phylogenetic analysis was performed employing distance methods. The phylogenetic reconstructions allowed us to verify the ancestry relationships between different alleles, which were named according to the criteria of evolution inferred from the tree topology. For the three loci, different alleles were grouped into three groups or genotypes, which were named with characters in Roman numerals I, II, III and IV. Intra-genotype differences (sub-genotypes) were represented by lowercase letters (Ia, Ib, Ic, etc.). Each allele was named with Arabic numerals (Ia1, Ia2, Ia3, etc.). With concatenated phylogenetic analysis based on amino acid dataset it was possible to divide the samples into three groups. The amino acid based phylogeny indicates that three groups of organisms must exist within the complex of individuals in the population studied (Sarcocystis-RS, Falcatula-like, and Neurona-like). Although the group designated as Sarcocystis-RS has a unique allele for the genetic locus SAG-3 (configuration type III), the taxa of this group share alleles with individuals in the Falcatula-like. Thus, it is plausible to assume that gene exchange occurs between these two populations. Regarding the Neurona-like group, none of the individuals in this group share alleles with individuals of the other groups. However, this observation remains to be confirmed, because this analysis was based on very few Neurona-like sequences (two sequences). This report reveals a striking genetic diversity among Sarcocystis spp isolated from opossums from Brazil.
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Modelo oculto de Markov para imputação de genótipos de marcadores moleculares: Uma aplicação no mapeamento de QTL utilizando a abordagem bayesiana / Hidden Markov model for imputation of genotypes of molecular markers: An application in QTL mapping using Bayesian approach

Medeiros, Elias Silva de 28 August 2014 (has links)
Muitas são as características quantitativas que são, significativamente, influenciadas por fatores genéticos, em geral, existem vários genes que colaboram para a variação de uma ou mais características quantitativas. As informações ausentes a respeito dos genótipos nos marcadores moleculares é um problema comum em estudo de mapeamento genético e, por conseguinte, no mapeamento dos locus que controlam estas características fenotípicas (QTL). Os dados que não foram observados ocorrem, principalmente, devido a erros de genotipagem e de marcadores não informativos. Para solucionar este problema foi utilizado o método do modelo oculto de Markov para inferir estes dados. Os métodos de acurácias evidenciaram o sucesso da aplicação desta técnica de imputa- ção. Uma vez imputado, na inferência bayesiana estes dados não serão mais tratados como uma variável aleatória resultando assim, numa redução no espaço paramétrico do modelo. Outra grande dificuldade no mapeamento de QTL se deve ao fato de que não se conhece ao certo a quantidade destes que influenciam uma dada característica, fazendo com que surjam diversos problemas, um deles é a dimensão do espaço paramétrico e, consequentemente, a obtenção da amostra a posteriori. Assim, com o objetivo de contornar este problema foi proposta a utilização do método Monte Carlo via cadeia de Markov com Saltos Reversíveis, uma vez que este permite flutuar, entre cada iteração, modelos com diferentes quantidades de parâmetros. A utilização da abordagem bayesiana permitiu detectar cinco QTL para a característica estudada. Todas as análises foram implementadas no programa estatístico R. / There are many quantitative characteristics which are significantly influenced by genetic factors, in general, there are several genes that contribute to the variation of one or more quantitative trait. The missing information about the genotypes in molecular markers is a common problem in studying genetic mapping and therefore the mapping of loci that control these phenotypic traits (QTL). The data were not observed occur mainly due to errors in genotyping and uninformative markers. To solve this problem the method of occult Markov model to infer this information was used. Techniques accuracies demonstrated the successful application of this technique of imputation. Once allocated, in the Bayesian inference this data will no longer be treated as a random variable thus resulting in a reduction in the parameter space of the model. Another great difficulty in mapping QTL is due to the fact that no one knows exactly the amount of these which influence a given characteristic, so that several problems arise, one of them is dimension of the parameter space and, consequently, obtaining the sample a posterior. Thus, in order to solve this problem using the method via Monte Carlo Markov chain Reversible Jump was proposed, since this allows fluctuate between each iteration, models with different numbers of parameters. The use of the Bayesian approach allowed five QTL detected for the studied trait. All analyzes were implemented in the statistical software R.
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Avaliação de genótipos de mamona (Ricinus communis L.) em cruzamentos dialélicos parciais / Evaluation of castor (Ricinus communis L.) genotypes in partial diallel crosses

Nóbrega, Márcia Barreto de Medeiros 26 August 2008 (has links)
A mamona é uma cultura importante no nordeste brasileiro há muito tempo e é característica de pequenos produtores que utilizam mão de obra familiar. Devido a isso, a maioria deles não utiliza ainda cultivares melhorados e até o momento poucos cultivares de mamona foram liberados pelos programas de melhoramento. Nos últimos anos a cultura da mamona tornou-se importante também em outras regiões do Brasil, devido à importância que adquiriu o óleo extraído das suas sementes para a produção de biodiesel. O objetivo deste trabalho compreende a estimação de parâmetros genéticos e fenotípicos relacionados à produção e caracteres agronômicos de mamona, visando ao entendimento do controle genético de tais caracteres para fins de melhoramento. Para isso utilizou-se 10 genótipos de mamona, divididos em dois grupos: Grupo 1, composto de cinco genótipos de porte baixo, e, Grupo 2, composto de cinco genótipos de porte alto, que foram cruzados segundo um arranjo dialélico parcial, originando 25 cruzamentos. Os 25 tratamentos foram avaliados experimentalmente no ano agrícola de 2005/6 na área experimental do Departamento de Genética da ESALQ/USP, em um delineamento em látice 5 x 5 com quatro repetições e parcelas lineares de 9 metros, espaçadas de 3 metros, contendo 10 plantas. Os seguintes caracteres foram avaliados: produção de sementes (PR), peso de 100 sementes (P100), dias para florescimento (DF), altura da planta (AP), altura do caule (AC), diâmetro do caule (DC), comprimento total do racemo primário (TT), comprimento efetivo do racemo primário (TU), número de nós (NN) e comprimento dos internós (CI). A capacidade geral de combinação (CGC) foi significativa para todos os caracteres dos dois grupos na análise de variância, enquanto que a capacidade específica de combinação (CEC) foi significativa somente para P100, DF, DC, TT, TU e NN. Mesmo assim, a soma de quadrados devido à CGC foi maior que a soma de quadrados devido à CEC em todos estes caracteres. Nos dois grupos detectaram-se genótipos com alelos favoráveis para produção de sementes e caracteres agronômicos. Dois genótipos do Grupo 1 (BRA-5916 e BRA-3908) e dois do Grupo 2 (BRS Paraguaçu e BRS Nordestina) se destacaram pela maior concentração de alelos favoráveis para PR e características agronômicas, havendo complementação entre eles. Com base nestes resultados sugere-se a formação de populações derivadas de cruzamentos duplos, triplos e quádruplos com estes genótipos, visando à seleção de linhagens de alta produção e com características agronômicas favoráveis. / Castor has been a very important crop in northeastern Brazil, and has been characterized as low input agriculture of small farmers. Nowadays it became a very important crop in other places of Brazil, due to the possibility of biodiesel production. Most of castor crop in Brazil is based in landraces and only a few cultivars were released by breeding programs. The objective of the present work was to estimate the genetic and phenotypic parameters related to seed yield and agronomic traits in castor, in order to obtain a better understanding of the genetic control of these traits for breeding purposes. The genetic material comprised two sets of cultivars: Group 1, composed by five short genotypes, and Group 2, composed by five tall genotypes. The two groups were crossed according a partial diallel design, giving rise to 25 hybrid combinations. The 25 entries were evaluated under field conditions in the 2005/6 growing season, at Department of Genetics Experimental Station, College of Agriculture Luiz de Queiroz (ESALQ/USP) in a 5 x 5 lattice design with four replicates. Plots consisted of a 9-meter single row spaced 3 meter apart with 10 plants. The following traits were evaluated: seed yield (PR), 100-seed weight (P100), days to flowering (DF), plant height (AP), height up to primary raceme (AC), diameter of main stem (DC), total length of primary raceme (TT), effective length of primary raceme (TU), number of nodes up to primary raceme (NN) and length of internodes below the primary raceme (CI). General combining ability (GCA) was significant in the analysis of variance for all the traits in the two groups, while specific combining ability (SCA) was significant only for P100, DF, DC, TT, TU and NN. However, GCA sum of squares was higher than SCA sum of squares for all these traits. Both groups showed the presence of genotypes with favorable alleles for yield and agronomic traits. Two genotypes from Group 1 (BRA-5916 and BRA-3908) and two from Group 2 (BRS Paraguaçu and BRS Nordestina) presented a higher concentration of favorable alleles for PR and agronomic traits and were also complementary. We suggest the development of two-way, three-way and four-way populations with these genotypes, in order to select high yielding inbred lines and with other favorable traits.
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Detecção e genotipagem de astrovírus em amostras fecais de aves de produção procedentes de diferentes criações comerciais brasileiras / Detection and genotyping of astrovirus in fecal samples of production poultry from different Brazilian comercial fams

Espinoza, Luis Ramiro Luna 31 March 2016 (has links)
Os astrovírus são agentes virais associados com enteropatias e infecções extra-intestinais em aves, ocasionando prejuízos no desenvolvimento produtivo e saúde animal. Porém, são escassos os estudos no Brasil que visem a detecção e caracterização deste vírus com maior amplitude. Nesse contexto, detectaram-se e caracterizaram-se cepas de astrovírus a partir de 60 amostras fecais de aves procedentes de diferentes criações comerciais brasileiras (postura, corte e matrizes), mediante o emprego de uma reação PanAstrovírus como triagem inicial, que consistiu numa reação de RT-hemi-nested-PCR, visando a amplificação e posterior sequenciamento de um segmento parcial do gene RdRp (RNA polimerase dependente de RNA) do gene ORF1b, uma região gênica conservada entre todos os astrovírus. Subsequentemente, nas amostras positivas na triagem, realizou-se a amplificação, clonagem e sequenciamento do gene ORF2 codificante do capsídeo viral, analisado mediante análise filogenética. Os dados obtidos demonstraram uma frequência de infecção por astrovírus em 48,3% (29/60) das amostras analisadas. As espécies virais detectadas foram as seguintes: Avastrovírus 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) em 72,4% (21/29), Chicken Astrovírus (CAstV) em 6,8% (2/29) e Avastrovírus 1 (Turkey Astrovírus tipo 1, TAstV-1) em 20,8% (6/29) das amostras positivas. O sequenciamento total do gene ORF2 foi possível em oito amostras (8/21) positivas a ANV, em uma amostra (1/6) positiva a TAstV-1 e uma amostra (1/2) positiva para CAstV. A análise deste gene revelou, nas sequências ANV, a presença de três genótipos bem diferenciados, segundo critérios do Astroviridae Study Group, sendo que um deles, agrupou-se dentro do genótipo 5. Além disso, quando analisado com sequências procedentes de outras regiões, as sequências deste estudo formaram seis clusters, dois deles, relacionados com sequências procedentes de Austrália e Reino Unido. O análise do ORF2 em CAstV, revelou também um agrupamento com cepas procedentes do Reino Unido. Já o análise da ORF2 de TAstV-1, revelou divergência genética com cepas isoladas em Estados Unidos, que foram as únicas sequências disponíveis no GenBank. O presente estudo traz a luz vários dados epidemiológicos concernentes aos astrovírus aviário de origem brasileira o que permitirá a realização de outros estudos relacionados a epidemiologia deste vírus, seus possíveis riscos potenciais em saúde pública e a adoção de medidas de controle direcionadas a este agente / The astroviruses are viral agents associated with enteropathy and extraintestinal infections in poultry, causing injuries to the productive development and animal health. However, are scarce the studies in the Brazil that aimed to detection and characterization of this virus with greater scale. In this context, were detected and characterized astrovirus strains from 60 fecal samples of poultry from differents Brazilian commercial flocks (laying hens, broilers and breeders) by using of the Pan-Astrovirus reaction as initial screening, consisting of RT-Hemi-nested PCR reaction, aiming the amplification and subsequent sequencing of a partial segment of the RdRp gene (RNA polymerase RNA dependent) of the ORF1b gene, a genic conserved region among all of the astroviruses. Thereafter, in the positive samples in the screening, amplification, cloning and sequencing of the ORF2 gene, codificant of the viral capsid, was performed, and analyzed by phylogenetic analysis. The data obtained demonstrated a astroviruses frequency infection in 48,3% (29/60) of the analyzed samples. The viral species detected were the following: Avastroviruses 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) in 72,4 % (21/29), Chicken Astrovirus (CAstV) in 6,8% (2/29) and Avastrovirus 1 (Turkey Astrovirus type 1, TAstV-1) in 20,8% (6/29) of the positive samples. The total sequencing of the ORF2 gene was possible in eight positive samples (8/21) to ANV, in one positive sample (1/6) to TAstV-1 and a one positive sample (1/2) to CAstV. The analyze of this gene showed, in the ANV sequences, the presence of three distinct genotypes, according to the Astroviridae Study Group criteria, being one of them, was grouped within of the genotype 5. Furthermore, when analyzed with sequences from other regions, the sequences of this study, formed six clusters, two of them, related with sequences from Australia and United Kingdom. The ORF2 analyze in CAstV showed likewise a grouping with strains from United Kingdom. And the analyze of TAstV-1 ORF2, showed genetic divergence with strains isolated in United States of America, that were the only sequences available in the GenBank. The present study brings to light several data concerning to the Brazilian avian astroviruses, allowing to realization of the others studies related to the epidemiology of this virus, theirs potential public health risks and the adoption of the control measures targeted to this agent

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