Actuellement, le traitement des pathologies infectieuses chez les bovins et les animaux de compagnie est menacé par l’accroissement de l’antibiorésistance et des bactéries multirésistantes. Il est donc primordial pour les entreprises pharmaceutiques vétérinaires de développer de nouvelles gammes d’agents antibactériens spécifiques au domaine animale. Dans ce contexte, il a été montré que certains polyaminostérols naturels tels que la squalamine possèdent un fort potentiel antimicrobien. Ainsi, l’objectif de ce travail de thèse est de répondre à la problématique présentée par la société Virbac dans le traitement des mammites (bovins) et des otites/pyodermites (chien) par le développement d’une nouvelle classe de dérivés polyaminostéroïdiens synthétiques à large spectre antimicrobien. Pour cela, nous avons constitué une chimiothèque de composés originaux préparés à partir de différents acides biliaires selon des voies de synthèse inédites. Ces composés ont été évalués in vitro pour leur cytotoxicité et leurs activités antibactériennes contre diverses bactéries à Gram positif et à Gram négatif et nous avons pu établir la preuve de concept in vitro de leur potentiel thérapeutique en tant qu’agents antibactériens ou adjuvants d’antibiotiques. De plus, nous avons montré que l’un de ces nouveaux dérivés, la claramine A1, agit sur l’intégrité physique des membranes bactériennes et sur les performances d'efflux des pompes AcrAB-TolC. Ainsi, il apparaît finalement que ces dérivés polyaminostéroïdiens au mode d’action non conventionnel pourraient constituer une nouvelle classe d’agents antibactériens pour un usage en tant que substituts d’antibiotiques en médecine vétérinaire. / Currently, the treatment of infectious pathologies in cattle and pets is threatened by the growing antimicrobial resistance and the development of multidrug-resistant bacteria. Thus it is necessary for the veterinary pharmaceutical firms to develop new lines of antibacterial agents. In this context, some natural polyaminosterols such as squalamine have gained interest due to their potent antimicrobial activities. Thus the aim of this PhD work is to provide an answer in the treatment of mastitis (cattle) and otitis/pyoderma (dog) by the development of a new class of synthetic polyaminosterols with a broad spectrum of antibacterial activity. In this purpose, a chemical library of original compounds has been prepared starting from various bile acids by using unprecedented synthesis procedures. These compounds were evaluated for their in vitro cytotoxicity on CHO cells as well as their antibacterial activities against Gram-positive and Gram-negative bacteria and we have establish the in vitro proof of concept of the therapeutic potential of this family of molecules as antibacterial agent or antibiotic adjuvant. Additional investigations were then conducted on one of these novel derivatives namely claramine A1 to deepen knowledge of its mechanism of action and showed that claramine A1 acts on the physical integrity of bacterial membranes and the efflux performance of AcrAB-TolC pumps. Based on the results of claramine A1, it finally appears that these new polyaminosterol derivatives possessing a non-classical mode of action pertain to a new class of antibacterial agents and could constitute a substitute for traditional antibiotics in veterinary medicine.

Submitted by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2016-01-12T13:27:26Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) filipe_ton_fialho.pdf: 584567 bytes, checksum: c709d14f5ea8f5fe36206a752e8381b4 (MD5) / Approved for entry into archive by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2016-01-12T13:28:04Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) filipe_ton_fialho.pdf: 584567 bytes, checksum: c709d14f5ea8f5fe36206a752e8381b4 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-12T13:28:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) filipe_ton_fialho.pdf: 584567 bytes, checksum: c709d14f5ea8f5fe36206a752e8381b4 (MD5) Previous issue date: 2014 / Foi realizado estudo na Fazenda Experimental Risoleta Neves, utilizada pelo conv?nio UFSJ/EPAMIG, para avaliar as caracter?sticas bromatol?gicas de silagens de capim-momba?a acrescidos em n?veis crescentes de res?duo de soja (0, 5, 10, 15 e 20% de res?duo), com a utiliza??o ou n?o de inoculante, e a cin?tica de degrada??o e tr?nsito de part?culas de quatro n?veis de inclus?o do res?duo (0, 10, 15 e 20%). As silagens produzidas foram analisadas quanto ? mat?ria-seca, prote?na bruta pH, fibra insol?vel em detergente neutro e fibra insol?vel em detergente ?cido Para o estudo de cin?tica de tr?nsito e degrada??o foram utilizados quatro animais fistulados no r?men, com peso m?dio de 470 kg, em um quadrado latino (4x4). No estudo da cin?tica de tr?nsito, a fibra em detergente neutro das silagens foi marcada com dicromato de pot?ssio, incubada no r?men, e depois realizou-se amostragens de fezes coletadas direto no reto dos animais, com tempos pr?-determinados. Para o estudo da degrada??o das silagens, as mesmas foram mo?das em peneiras de 5mm, incubadas no r?men nos tempos 0, 6, 18, 48 e 96 horas, em saquinhos de n?ilon. O efeito do res?duo de soja sobre as qualidades nutricionais das silagens foi positivo, mas o efeito do inoculante foi nulo quando n?o houve a inclus?o do res?duo. N?o ? recomendada a adi??o do res?duo de soja em n?veis acima de 10%, pois a partir desta quantidade os padr?es de digest?o e passagem da fibra no r?men-ret?culo s?o prejudicados, e podem ocorrer altera??es no ambiente ruminal que poder?o afetar o aproveitamento da silagem. / Disserta??o (Mestrado) ? Programa de P?s-Gradua??o em Zootecnia, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2014. / ABSTRACT A study was conducted at the Experimental Farm Risoleta Neves ( FERN ) used by the agreement UFSJ/EPAMIG to assess the qualitative characteristics of silage of Mombasa increased with increasing levels of soybean residue ( 0 , 5 , 10 , 15 and 20 % of waste ) , with or without the use of inoculants and the kinetics of degradation and passage of particles of four levels of inclusion of the residue ( 0, 10 , 15 and 20 %). The silages were analyzed for dry - matter ( DM), crude protein (CP ), pH, neutral detergent fiber ( NDF) and acid detergent fiber ( ADF) . To study the kinetics and degradation transit four animals were cannulated in the rumen, with an average weight of 470 kg in a Latin square ( 4x4 ) . In the study of the kinetics of transit fiber silages was labeled with potassium dichromate, incubated in the fistula, and then by performing direct sampling collected stool in the rectum of animals with predetermined times. To study the degradation of silages, they were ground in 5 mm sieve, incubated in the rumen at 0, 6, 18, 48 and 96 hours in nylon bags. The effect of soybean residue on the nutritional quality of the silage was good, but the effect of inoculant is null when no inclusion of residue. It is recommended the addition of soybean residue at levels above 10 %, because this quantity from the patterns of digestion and passage of fiber in the rumen - reticulum are harmed, and changes in the rumen environment that will affect the use of silage can occur.

Acinetobacter sp. apresenta altos níveis de resistência intrínseca a muitos antimicrobianos que pode estar relacionada à perda ou à diminuição da expressão de proteínas de membrana externa (OMPs). O presente trabalho teve como objetivos: identificar as espécies e analisar o perfil fenotípico de OMPs de 19 isolados multirresistentes de Acinetobacter sp. (16 de origem clínica e 3 de efluente hospitalar) e seus revertentes cultivados na presença e ausência de imipenem (IMP) e ceftazidima (CAZ), para verificar possível alteração no perfil das OMPs diante destas condições; detectar fenotipicamente sistema de efluxo e avaliar os dados de outros mecanismos de resistência encontrados em trabalhos anteriores com os isolados em estudo. Os isolados foram identificados através da amplificação por reação em cadeia da polimerase (PCR) e sequenciamento dos genes 16S rRNA e rpoB, para verificar qual é mais discriminatório. Para a detecção de bomba de efluxo foi comparada a concentração inibitória mínima (CIM) de IMP e CAZ na presença e ausência de carbonil-cianeto-m-clorofenilhidrazona (CCCP). A extração de OMPs foi realizada conforme Laemmli (1970), com padronização e posterior análise por eletroforese em gel de poliacrilamida dodecil sulfato de sódio (SDS-PAGE). O gene rpoB demonstrou ser mais discriminatório que o gene 16S rRNA, identificando os isolados com 99 a 100% de similaridade com Acinetobacter baumanni. Foi observada alteração no perfil de OMPs em quatro isolados sendo que em três destes, a perda da expressão de proteínas de 34-35-kDa e 53-kDa pôde ser associada à resistência ao IMP. Maioria dos isolados apresentaram mais de um mecanismo de resistência antimicrobiana. / Acinetobacter sp. shows high levels of intrinsic resistance to many antimicrobials which can be associated with the loss or reduced expression of outer membrane proteins (OMPs). This study aimed to: identify the species and analyze the OMPs profile of 19 multirresistant strains of Acinetobacter sp. (16 of clinical origin and 3 of hospital wastewater) and its revertants grown in the presence and absence of imipenem (IMP) and ceftazidime (CAZ) to verify possible changes in the profile of OMPs on these conditions; phenotypically detect efflux system and evaluate data from other resistance mechanisms found in previous studies with the isolates under study. The isolates were identified through amplification by polymerase chain reaction (PCR) and sequencing of 16S rRNA and rpoB genes to verify which is more discriminatory. For detection of efflux pump was compared the minimal inhibitory concentration (MIC) of IMP and CAZ in the presence and absence of carbonyl-cyanide-m-chlorophenylhydrazone (CCCP). The extraction of OMPs was performed according to Laemmli (1970), with standardization and subsequent analysis by sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE). The rpoB gene proved to be more discriminating than the 16S rRNA gene, identifying the isolates with 99 to 100% similarity to Acinetobacter baumannii. It was observed changes in OMPs profile in four strains and in three of these, the loss of expression of proteins of 34-35 kDa and 53 kDa, could be associated with resistance to IMP. Most isolates showed more than one mechanism of antimicrobial resistance.

Staphylococcus sp. é reconhecidamente causador de infecções humanas e considerado um dos principais patógenos alimentares. O objetivo deste estudo foi comparar isolados de Staphylococcus sp. quanto à formação de biofilme sob diferentes suplementações (1 %, 5 % e 10 % de glicose, 0,9 % de NaCl, 5 % de glicose com 0,9 % de NaCl e 12,5 % de plasma) e temperaturas (25 ºC, 35 ºC e 40 ºC), bem como avaliar isolados provenientes de morcilha quanto à caracterização molecular por meio da tipagem epidemiológica e produção de proteases e lipases. Um total de 102 Staphylococcus sp. (34 S. aureus clínicos, 26 estafilococos coagulase-positivos (ECP) de carne de frango, e 42 estafilococos coagulase-negativos (ECN) de morcilha) foram selecionados. Os isolados clínicos apresentaram maior formação de biofilme com adição de plasma a 35 ºC, já os alimentares com suplementação combinada de glicose e cloreto de sódio a 40 ºC. Não houve correlação entre os métodos de tipagem molecular, sendo o RAPD-PCR mais discriminatório que o rep-PCR, na análise dos ECN. Dentre os 42 isolados de morcilha, 57,14 % e 28,57 % apresentaram atividades lipolítica e proteolítica, respectivamente. Conclui-se que cada isolado apresentou um comportamento individualizado sob determinado suplemento ou temperatura de incubação, mas, de modo geral, o aumento da temperatura e a adição de glicose e NaCl favorecem a formação de biofilme, bem como a utilização de componentes da matriz do hospedeiro em isolados clínicos. A análise molecular mostrou uma elevada diversidade genética entre os isolados de morcilha. / Staphylococcus sp. is known to cause human infections and considered one of the main food pathogens. The objective of this study was to compare isolates of Staphylococcus sp. as the biofilm formation in different supplements (1 %, 5 % and 10 % glucose, 0.9 % NaCl, 5 % glucose and 0.9 % NaCl, 12.5 % plasm) and temperatures (25 °C, 35 °C and 40 °C) and isolated from black pudding evaluate their molecular characterization by epidemiological typing and production of proteases and lipases. A total of 102 Staphylococcus sp. (34 clinical S. aureus, 26 coagulase-positive staphylococci (ECP) from poultry, and 42 coagulase-negative staphylococci (ECN) from black pudding) were selected. Clinical isolates showed greater biofilm formation with the addition of plasma at 35 °C, as food isolates with combined supplementation of glucose and sodium chloride at 40 ºC. There was no correlation between the molecular typing methods, RAPD-PCR was more discriminatory than rep-PCR. Among the 42 isolates from black pudding, 57.14 % and 28.57 % had lipolytic and proteolytic activities, respectively. We conclude that each strain had an individualized behavior under specific supplement or temperature, but generally, the increase of temperature and the addition of glucose and NaCl favor the formation of biofilm, as well as the use of components of the host matrix from clinical isolates. Molecular analysis showed a high genetic diversity among the isolates from black pudding.

OLIVEIRA, Lis Christina de. Otite média e externa bilateral em cães : estudo comparativo do perfil microbiológico e susceptibilidade a antimicrobianos das espécies prevalentes. 2004. 114 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina. Fortaleza, 2004. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-01-05T12:34:31Z No. of bitstreams: 1 2004_dis_lcoliveira.pdf: 1016812 bytes, checksum: baea13a4b2d9667cf7571570c0078119 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-02T16:25:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2004_dis_lcoliveira.pdf: 1016812 bytes, checksum: baea13a4b2d9667cf7571570c0078119 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-02T16:25:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2004_dis_lcoliveira.pdf: 1016812 bytes, checksum: baea13a4b2d9667cf7571570c0078119 (MD5) Previous issue date: 2004 / Otitis results from auricular inflammation and represents 8-15% of all cases received in the veterinarian practices. This study was done to outline and compare the isolation profile in external and middle ears from dogs with otitis. Between August/2003 and March/2004, 64 dogs with both otitis externa and media and 50 dogs with bilateral otitis externa were studied. Fifty dogs with healthy ears were used as control group. The collection was done ate the Zoonosis Control Center in Fortaleza-CE and the microbiological analysis at the Microbiological Center - Department of Pathology and Legal Medicine-UFC. Samples from the external ears were collected with sterile swabs and the ones from the middle ears by osteotomy of the tympanic bulla. The microrganisms were cultured and identified according to methods previously described and susceptibility tested by agar diffusion method (NCCLS). In otitic dogs the most frequent alterations were: lesions of the pinna (72%), local pain (12%) and alteration of the pinna position (12%). Sixty-two per cent of the dogs showed entire tympanic membrane with some structural alteration. Microbiogical growth was seen in 48% of the samples fromdogss with otitis media, and the most frequent isolates were: Estafilococos positive-coagulase (62.5%), non-fermentative Gram-negative (10%), Enterobacteriaceae (5%) and Candida albicans (5%). It was observed that there was an increased number and variety of species isolated in external ears comparaed to middle ears. In samples from external ears, the following predominated: Bacillus sp. (27.1%), M. pachydermatis (23.4%) e S. intermedius (21.8%). The most frequent species isolated in dogs with bilateral otitis externa were: Bacillus sp. (27.9% e 31%), M. pachydermatis (25.9% e 24%), S. intermedius (23.8% e 24.6%) e Enterobactérias (6% e 6.1%). There was a significative difference (p<0.0001) in the way the isolates were associated, which showed the individuality from each ear in bilateral otitis externa. In this study, no anaerobic microrganisms were isolated. S. intermedius strains (n=83) showed intermediate resistance to most of the cntimicrobials tested and high resistance to penicillin (36.1%), ampicillin (27.7%), tetracyclin (27.7%), erythromycin (14.5%) and clindamycin (12.0%). These results describe tha variety of bacterial and fungal isolates associated with canine otitis and reveal the need to adopt systematic procedures for the diagnosis and treatment of dogs with otitis. / A otite resulta da inflamação do conduto auditivo e representa 8-15% dos casos na prática veterinária. Com o objetivo de delinear e comparar o perfil de isolamento de microrganismos a partir dos ouvidos médio e externo de cães com otite foi realizado este estudo. No período de agosto/2003 a março/2004 foram analisados 64 cães com otite externa e média associados e 50 cães com conduto auditivo hígido. A coleta de amostras foi realizada no Centro de Controle de Zoonoses de Fortaleza-CE e a análise microbiológica no Setor de Microbiologia do Depto. de Patologia e Medicina Legal/UFC. As amostras do ouvido externo foram coletadas com auxílio de swab estéril eas de ouvido médio através da técnica de osteotomia da bula timpânica. A cultura e identificação de microrganismos foram realizadas segundo metodologia estabelecida e os testes de susceptibilidade através do método de difusão em ágar gel (NCCLS). Em cães otopatas as alterações mais frequentes foram: escoriações no pavilhão auricular (72%), otalgia (12%) e alteração no posicionamento do pavilhão (12%). Em 62% dos animais a membrana timpânica se encontrava íntegra, embora mostrasse alguma alteração estrutural. A cultura foi positiva em 48% das amostras de ouvido médio e os agentes isolados com maior frequência foram: Estafilococos coagulase-positiva (62,5%), bacilos Gram-negativos não fermentadores (10%), enterobactérias (5%) e Candida albicans (5%). Foi verificada diferença no número e variedade de espécies isoladas do ouvido externo quando comparado ao ouvido médio, onde predominaram: Bacillus sp. (27,1%), M. pachydermatis (23,4%) e S. intermedius (21,8%). Os agentes mais isolados nos ouvidos externos de cães com otite bilateral foram: Bacillus sp. (27,9% e 31%), M. pachydermatis (25,9% e 24%), S. intermedius (23,8% e 24,6%) e Enterobactérias (6% e 6,1%). Observou-se diferença significativa (p<0,0001) na forma como os agentes se associam, revelando a individualidade de cada conduto auditivo nesses quadros. A presença de bactérias anaeróbias estritas não foi observada. Cepas de S. intermedius (n=83) mostraram resistência intermediária à maioria dos antimicrobianos testados e altos níveis de resistência a: penicilina (36,1%), ampicilina (27,7%), tetraciclina (27,7%), eritromicina (14,5%) e clindamicina (12%). Os resultados obtidos descrevem a variedade de agentes bacterianos e fúngicos associados aos quadros de otite canina e sugerem a necessidade de se adotar procedimentos sistemáticos e direcionados para o diagnóstico e tratamento de otopatias em cães.

Introdução: A pressão de colonização (PC) representa a estimativa da probabilidade de transmissão cruzada de microrganismos entre pacientes dentro de uma unidade ou hospital. Pouco se sabe sobre a influência das bactérias Gram negativas na pressão de colonização comparativamente às Gram positivas. Ainda assim, alguns estudos realizados com pacientes que adquiriram Acinetobacter baumannii multirresistente (ACMR) em Centros de Terapia Intensiva (CTIs) demonstram a PC como fator de risco associado à aquisição desta bactéria. Além da PC e de outros fatores de risco tradicionais, como presença de comorbidades, procedimentos invasivos e antibioticoterapia prévia, a própria colonização por ACMR representa um fator de risco associado ao desenvolvimento de infecção. A identificação de pacientes portadores de ACMR pode servir tanto como marcador para o desenvolvimento de infecções clínicas subsequentes como para identificar potenciais transmissores desta bactéria a outros pacientes. No entanto, a implantação de estratégias de vigilância sistemática ainda apresenta limitações como a baixa sensibilidade dos métodos de rastreamento e a determinação do melhor sítio anatômico a ser pesquisado. Nosso estudo investigou o papel da PC e outros fatores preditores para aquisição de (ACMR) e também estimou a sensibilidade das culturas de rastreamento e a prevalência de ACMR entre pacientes adultos internados em Centros de Terapia Intensiva (CTI) com baixa endemicidade. Métodos: Estudo realizado com os pacientes internados no CTI adulto de hospital universitário terciário, no período de junho de 2009 a maio de 2012. Para estimar a sensibilidade dos rastreamentos e prevalência de ACMR foi realizado estudo transversal incluindo todos os pacientes adultos consecutivos, admitidos no CTI durante o período, submetidos pelo menos, a um rastreamento semanal para ACMR. As amostras foram coletadas através de swabs, de pelo menos três sítios anatômicos: orofaringe, pele e região perianal. No caso de pacientes em ventilação mecânica, o sítio orofaringe era substituído pela aspiração de secreção traqueal e se houvesse ferida operatória e/ou cateter, era coletado um swab de ferida operatória e um swab do sítio de inserção do cateter. Para estimar a sensibilidade foram selecionados os pacientes que, além de submetidos pelo menos a um rastreamento semanal, apresentaram uma cultura positiva para ACMR proveniente de amostra clínica recente, obtida até 10 dias antes ou até 7 dias depois da coleta dos swabs para rastreamento. Para investigar a PC e fatores preditores para aquisição de ACMR foi realizada coorte retrospectiva incluindo-se todos os pacientes adultos, maiores de 18 anos, consecutivamente admitidos no CTI durante o período, submetidos pelo menos a uma oportunidade de rastreamento semanal para pesquisa de ACMR durante o período da internação e sem diagnóstico prévio de colonização/infecção por ACMR no momento da admissão. Pacientes em que ACMR foi isolado nas primeiras 48 horas de internação ou com tempo de permanência no CTI igual ou inferior a 48 horas foram excluídos do estudo. Para este delineamento, considerada somente a primeira internação de cada paciente durante o período avaliado. A PC foi estimada em nível individual como a proporção mensal de pacientes-dia identificados como portadores de ACMR no CTI X 100 no mês em que ocorreu a aquisição de ACMR, óbito ou alta da unidade. Além da PC, fatores como a presença de comorbidades, idade, sexo, escore APACHE II, cirurgia, uso de cateter vascular central, sonda vesical de demora, ventilação mecânica, antibioticoterapia com carbapenêmicos e/ou quinolonas e tempo de permanência no CTI foram investigados como preditores durante a hospitalização mediante análise univariável e multivariável. Resultados: Durante o período do estudo, 2561 pacientes foram admitidos no CTI e 1706 (66,6%) foram rastreados para pesquisa de ACMR. Foram realizados 14.638 rastreamentos ao total, dos quais 192 foram positivos (1,3%), identificados em 118 pacientes. A prevalência de pacientes colonizados ou infectados por ACMR no CTI foi de 9,5% (163/1706 pacientes), considerando isolados obtidos de amostras de rastreamento e amostras clínicas. A prevalência de pacientes colonizados ou infectados estimada somente por amostras de rastreamento foi de 6,9% (118/1706 pacientes) e a prevalência de pacientes colonizados foi 3,7% (64/1706 pacientes). Os sítios que apresentaram maior sensibilidade foram: aspirado traqueal (41,5%), orofaringe (40%) e ferida operatória (37,5%). A menor sensibilidade constatada foi quanto ao sítio de inserção de cateter (14,5%). A sensibilidade total do método foi de 60%, considerando a abordagem de rastreamento de múltiplos sítios. Entre os 1706 pacientes rastreados para pesquisa de ACMR e incluídos no estudo transversal, 1375 perfizeram os critérios de elegibilidade para o estudo de coorte. Destes, 75 (5,4%) adquiriram ACMR durante a internação no CTI. A densidade de incidência de ACMR no CTI variou entre zero a 10,6 casos/1000 pacientes-dia e os valores mensais da PC entre zero a 26,8%. Manifestações do trato digestivo (RR = 2,13; IC 1,22 – 3,69), diagnóstico de trauma e complicações relacionadas ao mesmo (RR = 2,39; IC 1,01 – 5,66) e a pressão de colonização (RR = 1,08; IC 1,06 – 1,10) foram identificados como fatores de risco independentes para aquisição de ACMR na análise multivariada. Conclusões: Em nosso estudo, o método utilizado para realizar o rastreamento de portadores de ACMR no CTI apresentou baixa sensibilidade, o que deve certamente subestimar a real prevalência desta bactéria. A pressão de colonização por ACMR esteve associada a risco de aquisição da bactéria em pacientes adultos submetidos à terapia intensiva mesmo num contexto de baixos níveis endêmicos, mesmo considerando-se a presença de outros fatores de risco já tradicionalmente conhecidos. / Introduction: Colonization pressure (CP) can represent an estimation of the probability of cross-transmission of a particular organism within a defined hospital unit or hospital. Few studies have assessed the role of gram-negative bacteria risk of acquisition in CP in comparison to the gram-positive. Some of these studies that are performed on patients who acquired Acinetobacter baumannii multiresistant (MRAB) in intensive care units, have showed that CP is associated at risk to acquire this bacteria. Besides CP and others traditional risk factors like comorbidities, invasive procedures and therapy with antibiotic, colonization by MRAB can be a risk factor to develop an infection. Establishing infection control measures to limit the crosstransmission is recommended when a MRAB carriage is identified and thus reduces the risk of development of clinical infections. The implementation of a screening surveillance policy to MRAB has some limitations including the low sensitivity of the method and the best anatomic site to be screened. The aim of this study is to evaluate the role of CP and other risk factors in the acquisition of multiresitant Acinetobacter baumannii (MRAB), estimate the sensitivity of surveillance cultures and estimate the prevalence of MRAB in adult patients admitted at intensive care unit (ICU) with low endemic levels of the bacteria. Methods: This study was conducted in the ICU at a tertiary hospital from June 2009 to May 2012. A cross-sectional study conducted to estimate the sensitivity of surveillance cultures and the prevalence of MRAB. We included all consecutive adult patients admitted to ICU, who had at least 1weekly surveillance cultures performed during their ICU stay. The samples were collected by swabs at least 3 body sites: pharynx, skin and rectum. In case of mechanical ventilation tracheal aspiration was collected instead of pharynx site. If patient had a surgery wound and/or catheter, a swab of surgical wound and insertion catheter site would be collected. Bacterial cultures of clinical specimens were performed by medical criteria. Patients whom MRAB isolated from a clinical specimen in the preceding 10 days or 7 days after performing surveillance cultures were selected to estimate the sensitivity of surveillance cultures. A retrospective cohort study was conducted to evaluate the role of CP and others risk factors in the acquisition of MRAB. We included all consecutive adult patients admitted to ICU without previous diagnosis of MRAB colonization/infection, who had at least 1 weekly surveillance cultures performed during their stay at ICU. Patients who stayed in the ICU for less than 48 hours, as well as those in whom MRAB was detected within the first 48 hours in the unit, were excluded from the cohort. Only the first ICU admission per patient was included in the analysis. CP was estimated individually as a monthly proportion of the number of patient-days positive to MRAB in ICU X100 in the month of MRAB acquisition, death or discharge. Multivariate analysis to determine risk factors for the MRAB acquisition was performed including additional variables such as patients’ demographic data, comorbidities, APACHE II score, performance of surgery, duration of ICU admission, quinolones or carbapenems antibiotic exposure and the use of mechanical ventilation, arterial/central venous catheter and/or urinary catheter. Results: During the study period, 2,561 patients were admitted to ICU and 1706 (66,6%) were screened to MRAB. A total of 14,638 surveillance cultures were performed, 192 were positive (1.3%) of 118 patients. The true prevalence of MRAB colonized or infected patients in ICU was 9.5% (163/1706 patients), while the prevalence estimated by the surveillance cultures was 6.9% (118/1706 patients). The most sensitivity site was tracheal aspirate (41.5%), pharynx (40%) and surgery wound (37.5%). The less sensitivity was obtained by a swab at the catheter insertion site (14.5%). The overall sensitivity of multisite surveillance approach was 60%. Out of the 1706 patients screened to surveillance cultures and included in a crosssectional study, 1375 met inclusion criteria for the cohort study. Of which, 75 (5.45%) acquired MRAB during ICU stay. The incident rates of MRAB ranged from 0 to 10.6 cases/1000 patient-days. CP ranged from 0 to 26.8%. Trauma (RR = 2.39; IC 1.01 – 5.66), gastrointestinal diseases (RR = 2.13; IC 1.22 – 3.69) and the CP (RR = 1.08; IC 1.06 – 1.10) were identified as independent risk factors for acquisition of MRAD at multivariate analysis. Conclusion: In our study, surveillance cultures to screening MRAB carriages showed low sensitivity. Thus, the true prevalence of MRAB in ICU may be underestimated. The CP was associated to the risk of acquisition of MRAB by the patients admitted to ICU despite the low endemic levels and other risk traditional factors included in the multivariate analysis.

As bactérias Gram-negativas das famílias Enterobacteriaceae e Pseudomonadaceae são os patógenos mais comumente isolados de infecções. Devido ao crescente aparecimento de micro-organismos resistentes aos antimicrobianos disponíveis para terapêutica, a busca de novos compostos tornou-se eminente, principalmente oriundos de fontes naturais cultiváveis. Os actinomicetos são uma das principais fontes de metabólitos secundários com atividade antibacteriana. Este trabalho teve como objetivo avaliar o potencial do actinomiceto endofítico R18(6) em produzir metabólitos ativos contra bactérias Gram-negativas multirresistentes. Para isto, utilizou-se o teste de dupla camada para avaliar a capacidade de produção de metabólitos ativos pelo actinomiceto. As condições de cultivo, como fontes de carbono, temperatura, pH, modo de incubação e tempo de incubação do isolado, sob cultura submersa, foram otimizadas. A atividade antimicrobiana do isolado foi avaliada a cada 24 horas durante 10 dias utilizando a técnica de difusão em poço, na qual foram medidos os halos de inibição. O actinomiceto mostrou melhor atividade contra as bactérias Gram-negativas testadas quando cultivado em meio base contendo glicose como fonte de carbono, pH ajustado para 6.5, incubação a 30ºC sob agitação constante durante 96 horas. No ensaio de concentração inibitória mínima do extrato bruto, esta variou entre 1/32 e 1/256, e mostrou atividade bactericida ou bacteriostática de acordo com o isolado Gram-negativo. O extrato ativo foi avaliado quando à sua estabilidade térmica e enzimática, o qual se apresentou estável a altas temperaturas e instável às enzimas proteolíticas. O extrato bruto foi submetido à extração com solventes e a acetona mostrou-se eficiente como solvente extrator. A micromorfologia do isolado foi observada em microscopia óptica e de varredura, nos quais apresentou características semelhantes ao gênero Streptomyces. O actinomiceto endofítico R18(6) mostrou ser uma nova fonte promissora para a produção de compostos ativos contra bactérias Gram-negativas multirresistentes. / Gram-negative bacteria of the Enterobacteriaceae and Pseudomonadacea family are the most common pathogens isolated from infections. Due to the increase of microorganisms resistant to antimicrobial agents available for treatment, the search for new compounds, mainly from natural and culturable sources, has become an important issue. The actinomycetes are a major source of secondary metabolites with antibacterial activity. The aim of this work was to evaluate the potential production of active metabolites by the endophytic actinomycete R18(6) against Gram-negative bacteria multiresistant. For this, the double layer method was used to assess the ability of production of active metabolites by the isolate. Based on this assay the culture condition growth of the isolate in submerged culture was optimized. For that as carbon source, temperature, pH, incubation way and incubation time were tested looking for a better metabolite production. The antimicrobial activity of the isolate was evaluated every 24 hours for 10 days by the well diffusion assay, where the inhibition halo was measured. The actinomycete showed the best activity against Gram-negative bacteria when cultured in base medium supplemented with glucose, adjusted in pH 6,5, incubation temperature of 30ºC for 96 hours with agitation. In the microdilution assay the concentration of crude extract varied from 1/32 to 1/256, and it showed bactericidal or bacteriostatic activity according to Gram-negative tested isolate. The thermal and enzymatic stability of crude extract were evaluated, where it exhibited thermal stability in high temperature and it was unstable to proteolytic enzymes. The crude extract was subjected to solvent extraction and acetone was efficient as extractor solvent. The isolate showed similar characteristics of the genus Streptomyces when evaluated by optical and scanning microscopy. The endophytic actinomycete R18(6) showed to be a new and a promising source of active metabolites production against Gram-negative bacteria multidrug resistant.

Magister Scientiae - MSc (Biotechnology) / The vaginal mucosa is dominated by Gram positive, rod shaped lactobacilli which serve as a natural barrier against infection. In both healthy and BV infected women Lactobacillus crispatus and Lactobacillus jensennii has been found to be the predominant Lactobacillus species. Many studies have been conducted to assess factors influencing lactobacilli dominance in the vaginal microbiome. However, no study has evaluated the impact of plasmids on the vaginal lactobacilli. In the present study two plasmids, pLc17 and pLc4, isolated from vaginal Lactobacillus species of both healthy and BV infected women were characterized. pLc4 was present in both Lactobacillus crispatus and Lactobacillus jensennii while pLc17 was only present in Lactobacillus crispatus. pLc17 (16663 bp in size) encoded a ribonucleotide diphosphate reductase (RNR), a filamentation induced by cAMP-like (FIC-like) protein and numerous mobile elements.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-11-27Bitstream added on 2014-06-13T19:15:43Z : No. of bitstreams: 1 silva_ac_me_jabo.pdf: 1101971 bytes, checksum: 1a77220d97261594450e4b872243df7c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Na natureza os bijupirás estão sujeitos à infecção por bactérias, vírus, parasitos e às doenças de origem nutricional. No entanto, dados a respeito dessas doenças em bijupirás em cativeiro são escassos no Brasil e em outros países. As infecções podem causar grandes perdas econômicas, seja pela redução no crescimento, custo de tratamento e morte dos peixes. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar os aspectos ictiopatológicos de bijupirás (Rachycentron canadum) criados em tanques-rede no litoral norte do estado de São Paulo (23°48'54S 45°22'14O) durante o ano de 2011. As investigações avaliaram a ocorrência de doenças caracterizando sinais clínicos e achados anatomopatológicos de 46 bijupirás coletados nos meses de março, maio, julho e setembro de 2011. Nos resultados do exame bacteriológico foram caracterizados e isolados micro-organismos compatíveis com a bactéria gram-negativa, Photobacterium damselae piscicida. No exame parasitológico foram identificados Neobenedenia melleni e Tuxophorus caligodes. Na análise histopatológica, órgãos como fígado, rins, baço, intestino e cecos pilóricos apresentaram lesões granulomatosas. No fígado e rins prevaleceram lesões como esteatose e degeneração tubular, respectivamente. No baço e nos intestinos foram identificados centros de melanomacrófagos e enterite crônica. As brânquias exibiram áreas de hiperplasia epitelial acompanhada de fusão lamelar, edema subepitelial e proliferação de células mucosas no ápice das lamelas primárias. Neste período houve 97,21% mortalidade atribuída à infecção por Photobacterium damselae piscicida, caracterizada e isolada pelos exames microbiológico e molecular / In nature cobias are subject to infection by bacteria, viruses, parasites and diseases of nutritional origin. However, data about these diseases in cobias in captivity are rare in Brazil and other countries. The infections can cause major economic losses, either by reduced growth, cost of treatment and death of fish. The objective of this current study was to characterize ictiopathological aspects of cobias (Rachycentron canadum) farmed in net tanks in north coast of state of São Paulo (23°48'54S 45°22'14W) during the year 2011. The research evaluated the occurrence of diseases characterized clinical signs and pathological findings of 46 cobias collected in March, May, July and September 2011. In the results of the bacteriological analysis were characterized and isolated micro-organisms compatible with gram-negative bacterium, Photobacterium damselae piscicida. In parasitological examination was identified Neobenedenia melleni and Tuxophorus caligodes. In the histopathological analysis, organs like liver, kidneys, spleen, intestine and pyloric caecum showed granulomatous lesions. In the liver and kidney prevailed lesions as tubular degeneration and steatosis, respectively. In the spleen and intestines were identified melanomacrophages centers and chronic enteritis. The gills exhibited areas of epithelial hyperplasia accompanied fusion lamellar, subepithelial edema and proliferation of mucosal cells at the apex of the primary lamellae. In this period there was 97,21% mortality attributed to infection by Photobacterium damselae piscicida, isolated and characterized by molecular and microbiological examinations

A região promotora é uma sequência de DNA localizada anteriormente à uma região codificante e é responsável por iniciar o processo de transcrição. Deste modo, atua como um elemento regulador. O estudo da regulação da expressão gênica auxilia na compreensão da maquinária vital dos seres vivos, no conhecimento sobre a funcionalidade dos genes em diferentes espécies, na resposta celular frente às mudanças ambientais, entre outras questões. Embora os métodos computacionais para a predição de genes possuam uma boa acurácia o mesmo não é conseguido para os promotores. Esta dificuldade se deve ao tamanho reduzido do promotor e ao padrão pouco conservado, o que gera resultados com alto número de falsos positivos. Esta tese teve como objetivo a utilização de Redes Neurais Artificiais na predição, caracterização e reconhecimento de promotores de bactérias Gramnegativas. Diferente de outros trabalhos, a predição realizada não foi limitada apenas aos promotores dos genes constitutivos; foi realizada também para as demais classes de sequências promotoras. Além da abordagem clássica utilizando a composição de nucleotídeos foram empregados os valores de estabilidade da sequência. De modo a otimizar o aprendizado da Rede Neural e implementar uma ferramenta própria para a predição de promotores, foram extraídas regras de inferência (baseadas no conhecimento produzido durante o treinamento da rede) que foram ponderadas e implementadas em uma nova ferramenta, chamada BacPP. Até o presente, os resultados obtidos com o BacPP foram satisfatórios e comparáveis com a literatura. Os valores de exatidão obtidos com o BacPP para os fatores σ24, σ28, σ32, σ38, σ54 e σ70 de E. coli foram, 86,9%; 92,8%; 91,5%; 89,3%; 97,0%; 83,6%, respectivamente. Quando a ferramenta foi aplicada em promotores pertencentes a outras bactérias Gram-negativas, a exatidão geral foi de 76%. Considerando a importância da predição de promotores e a ausência de banco de dados com informações para outras bactérias, implementou-se o IntergenicDB, um banco de dados com diversas informações sobre as sequencias intergênicas e o valor de classificação destas para os diferentes fatores σ bacterianos, conforme os resultados obtidos com o BacPP. / Submitted by Marcelo Teixeira (mvteixeira@ucs.br) on 2014-06-17T12:01:02Z No. of bitstreams: 1 Tese Scheila de Avila e Silva.pdf: 5973071 bytes, checksum: f889c78c177d3610ab61727477ea5cfc (MD5) / Made available in DSpace on 2014-06-17T12:01:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Scheila de Avila e Silva.pdf: 5973071 bytes, checksum: f889c78c177d3610ab61727477ea5cfc (MD5) / The promoter region is located some few base pairs before a coding region. It is responsible for initiating gene expression process, thus, it can plays a regulatory role. The study about gene expression regulation can assist mainly in the comprehension of complex metabolic network presented by several organisms and cellular answer considering the environment changes. The computational methods to gene prediction have a good accuracy, but this is not achieved in promoter prediction. This difficulty occurs because of the length of the promoter and its degenerate pattern. Those features can explain results with a great number of false positives present in the literature. The present thesis has as its main goal the neural networks applied to Gram-negative promoter prediction, recognition and characterization. Beside the classical approach with the nucleotides of the sequence, the prediction was also made by using stability values. Aiming at developing a own tool for bacterial promoter prediction, the rules extraction was carried out and the results were weighted and implemented. This tool, named BacPP, presents results comparable with the related literature. Currently, the BacPP specific accuracy for σ24, σ28, σ32, σ38, σ54 and σ70 were 86,9%; 92,8%; 91,5%; 89,3%; 97,0%; 83,6%, respectively. Furthermore, when challenged with promoter sequences belonging to other enterobacteria BacPP maintained 76% accuracy overall. Currently, there is no databases dedicated for other Gram-negative promoter than E.coli. For this reason, IntergenicDB was modeled and implemented. This database was projected to collect several pieces of information about the sequences and the organisms to which they belong and, the classification results originated from BacPP for each sequence.