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Polimorfismos genéticos relacionados à hemostasia e a sua relação com abortos espontâneos recorrentes / Genetic polymorphism associated with hemostasis and its relationship with recurrent pregnancy losses

Bertinato, Juliano Felix 28 May 2013 (has links)
Aborto espontâneo recorrente (AER) é definido pela presença de três ou mais abortos espontâneos e consecutivos que ocorreram até a 20ª semana de gestação. O AER possui origem multifatorial. Dentre os diversos fatores associados ao AER, alterações na hemostasia podem comprometer o fluxo sanguíneo na placenta e com isso pode aumentar o risco de complicações obstétricas, como o aborto. O objetivo geral deste estudo foi investigar se existe associação entre polimorfismos genéticos (no gene do fibrinogênio (FGB -455G>A e -148C>T), da trombomodulina (THBD 1418C>T), do fator V (F5 1691G>A), da protrombina (F2 20210 G>A), do PAI-1 (SERPINE1 4G/5G) e do TAFI (CPB2<i/> c.505G>A)) e os abortos espontâneos recorrentes (primários e secundários). Os objetivos específicos desse estudo foram: 1- avaliar se existe associação entre os sete polimorfismos e o período em que ocorreram as perdas fetais (precoce ou tardia) e o número de abortos recorrentes; 2- determinar se os haplótipos dos polimorfismos FGB -455G>A e FGB -148C>T estão ou não associados aos abortos primários e secundários. Foram incluídas 256 mulheres com história de abortos espontâneos recorrentes, provenientes do Ambulatório de Obstetrícia da Clínica Obstétrica do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP e 264 mulheres saudáveis, sem história de aborto espontâneo e que tiveram pelo menos duas gestações normais (grupo controle), pareadas segundo as idades. Amostras de sangue foram obtidas para realização das genotipagens dos polimorfismos por meio de PCR em tempo real (FGB -148C>T, FGB -455G>A, THBD 1418C>T e CBP2 c.505G>A), e PCR-RFLP (SERPINE14G/5G, F5 1691G>A e F2 20210 G>A). As frequências dos genótipos e de alelos para os sete polimorfismos foram semelhantes entre os grupos aborto primário, aborto secundário e grupo controle. Entretanto, quando foi realizada um modelo de regressão logística multivariada saturada, que incluiu as variáveis independentes: F5 1691G>A (referência GG vs GA), F2 20210G>A (referência GG vs GA), CBP2 c.505G>A (referência GG + GA vs AA), THBD 1418C>T (referência CC + CT vs TT), SERPINE1 4G/5G (referência 5G/5G vs 4G/4G + 4G/5G) FGB -455G>A (referência GG vs GA vs AA) e FGB -148C>T (referência CC vs CT vs TT), apenas o polimorfismo FGB -148C>T foi associado ao maior risco de ter aborto primário (OR: 2,91, IC 95% 1,02 - 8,29, p=0,045). Quando os haplótipos para os polimorfismos FGB -455G>A e FGB 148C>T foram considerados, foi observada maior frequência de haplótipo 455G/148T em mulheres com AER primário (3,4%) do que no grupo controle (1,1%), (p=0,030); porém esse efeito não foi observado no AER secundário. Em relação ao número de abortos consecutivos, houve uma tendência (p=0,060) a maior frequência de genótipo TT para o polimorfismo FGB -148C>T no grupo de aborto primário com até três perdas quando comparado com as mulheres do mesmo grupo, porém com número maior de perdas (>3). Em conclusão, os sete polimorfismos quando analisados separadamente, não foram associados ao AER; no entanto, em modelo multivariado de regressão logística, o genótipo TT do polimorfismo FGB 148C>T foi associado com o aumento do risco de ter AER primário. Além disso, foi encontrado maior frequência do haplótipo 455G/148T para os polimorfismos FGB -455G>A e FGB -148C>T em mulheres com aborto primário. / Recurrent pregnancy loss (RPL) is defined by the presence of three or more consecutive losses prior to 20 weeks of gestation. The RPL has multifactorial origin. Among several factors associated with RPL, changes in hemostasis may impair the blood flow in the placenta and thus may increase the risk of obstetric complications, such as pregnancy loss. The general aim of this study was to investigate the association between genetic polymorphisms (in the genes of fibrinogen (FGB -455G>A and -148C>T), thrombomodulin (THBD 1418C>T), factor V (F5 1691G>A), prothrombin (F2 20210 G>A), PAI-1 (SERPINE1 4G/5G) and TAFI (CPB2 c.505G>A)) and recurrent pregnant losses (primary and secondary). The specific aims of this study were: 1 - to evaluate the association between the seven polymorphisms and the period in which the fetal losses occurred (early or late) and the number of recurrent losses; 2 - to determine if the haplotypes of polymorphisms FGB -455G>A and FGB -148C>T present association with primary and secondary pregnant losses. We included 256 women with a RPL history, from the Ambulatory of Obstetrics from Clinical Hospital of the Medical School of USP and 264 healthy women without losses history that have had at least two normal pregnancies (control group), matched according to age. Blood samples were obtained to perform the genotyping of polymorphisms by real-time PCR (FGB -148C>T, FGB -455G>A, THBD 1418C>T and CBP2 c.505G>A), and PCR-RFLP (SERPINE1 4G/5G, F5 1691G>A and F2 20210G>A). The frequencies of genotypes and alleles for the seven genetic polymorphisms were similar in 3 groups. However, when it was performed a model of multivariate logistic regression, which included the independent variables: F5 1691G>A (GG vs GA reference), F2 20210G>A (GG vs GA reference), CBP2 c.505G>A (GG + GA reference vs AA), THBD 1418C>T (reference CC + CT vs TT), SERPINE1 4G/5G (reference 5G/5G + 4G/5G vs 4G/4G), FGB -455G>A (GG reference vs GA vs AA) and FGB - 148C>T (reference CC vs CT vs TT), only the polymorphism FGB 148C>T polymorphism was associated with a higher risk of having primary losses (OR: 2.91, 95% CI 1.02 to 8.29, p = 0.045). When the haplotypes for the polymorphisms FGB -455G>A and FGB -148C>T were considered, had a higher frequency of the haplotype 455G/148T in women with primary RPL (3.4%) than in the control group (1.1%) (p = 0.030); but this effect was not observed in secondary RPL. Regarding the number of successive pregnant losses, there was a trend (p = 0.060) to higher frequency of the TT genotype for FGB -148C>T polymorphism in the group with primary RPL up to three losses when compared with women of the same group, but with loss number higher than three. In conclusion, when the seven genetic polymorphisms were evaluated separately, they do not show association with RPL, however, in multivariate logistic regression analysis, the TT genotype of the FGB -148C>T polymorphism was associated with increased risk for primary RPL. Furthermore, it was found higher frequency of the haplotype 455G/148T for the FGB -455G>A and FGB -148 C>T polymorphisms in women with primary RPL.
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Sítios polimórficos do gene HLA-G na asma brônquica / Polymorphic sites of HLA-G gene and bronchial asthma

Alves, Cinthia Caroline 11 August 2016 (has links)
A asma brônquica é doença inflamatória crônica complexa das vias aéreas provocada pela interação de fatores genéticos e ambientais. O gene HLA-G (Antígeno Leucocitário Humano G) foi identificado como gene de susceptibilidade à asma, codificando uma molécula não clássica do complexo principal de histocompatibilidade (MHC, do inglês Major Histocompatibility Complex) de classe I com função moduladora das células do sistema imunológico. Nesse contexto, avaliamos o papel do HLA-G na asma afim de identificar genótipos, alelos e haplótipos associados com proteção ou susceptibilidade nas diferentes formas de apresentação da doença. Investigamos os sítios polimórficos da região 3\' não traduzida (3\'UTR-untranslated region) do HLA-G (14 pb Ins/Del, + 3001 C/T, +3003 C/T, +3010 C/G, +3027 A/C, +3035 C/T, +3142 C/G, +3187 A/G e +3196 C/G) em 118 pacientes asmáticos estratificados em asma leve ou moderada e grave e 183 indivíduos brasileiros saudáveis. Testes de associação foram realizados para avaliar as frequências dos genótipos, alelos e haplótipos da 3\'UTR do HLA-G na asma brônquica, considerada como grupo total ou estratificada de acordo com a gravidade da doença. Nossos resultados demonstraram que as frequências dos alelos +3001 C, +3003 C, +3035 C e +3196 C e do genótipo 14 bp DI estavam aumentadas no grupo total e nas diversas formas de apresentação da doença. Os alelos +3010 C e +3142 G e o genótipo +3010 CC estavam mais representados em pacientes com asma leve ou moderada. Por outro lado, os genótipos +3010 GG, +3142 CG e +3187 AG e o alelo +3010 G apresentaram maior frequência nos asmáticos graves, estando fortemente associados com o desenvolvimento da forma grave da asma. Além disso, os genótipos 14 pb II, +3010 CC e +3142 GG e o alelo +3010 C conferiram proteção à asma grave. Além disso, identificamos um haplótipo da 3\'UTR do HLA-G associado ao desenvolvimento de asma brônquica, a UTR-8, e um haplótipo que conferiu proteção contra a mesma, a UTR-7. Concluindo, neste estudo, observamos frequências diferenciais de sítios polimórficos do segmento 3\'UTR do HLA-G associados com predisposição à asma brônquica e, também, com a gravidade da doença / Bronchial asthma is a complex chronic inflammatory disease of the airways caused by the interaction of genetic susceptibility and environmental factors. The HLA-G (Human Leucocyte Antigen G) gene was identified as a susceptible marker for bronchial asthma, encoding a nonclassical Major Histocompatibility Complex (MHC) class I molecule, considered to be an important immune check point modulator. In the present study, we evaluated the role of HLA-G in bronchial asthma susceptibility and disease severity, evaluating HLA-G genotypes, alleles or haplotypes. We investigated the HLA-G 3\'Untraslated region (3\'UTR) polymorphic sites (14-bp INS/DEL, +3001, +3003C/T, +3010C/G, +3027A/C, +3035C/T, +3142C/G, +3187A/G, and +3196C/G) in 118 asthmatic Brazilian patients, stratified according to disease severity into mild/moderate and severe asthma, and in 183 healthy individuals. HLA-G 3\'UTR variation sites were individually analyzed or lumped together as haplotypes. Our results showed that frequencies of +3001 C, +3003 C, +3035 C e +3196 C alleles and 14 pb ID genotype were increased in asthma group considered as a whole and in patients stratified according to disease severity. The +3010 C and .3142 G alleles and the +3010 CC genotype were overrepresented in patients with mild and moderate forms. Similarly, the +3010 GG, +3142 CG, +3187 AG genotypes and +3010 G allele presented increased frequency in severe asthmatic patients. In contrast, the 14 pb II, +3010 CC and +3142 GG genotypes and +3010 C allele conferred protection against severe asthma. In addition, we identified a 3\'UTR HLA-G haplotype that was associated with bronchial asthma development (UTR-8) and one haplotype that conferred protection against asthma (UTR-7). In conclusion, in this study, we observed differential frequencies at HLA-G 3\'UTR polymorphic sites that are associated with bronchial asthma predisposition and, also, with disease severity
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Estudo de polimorfismos da região controladora (D-Ioop) do DNA mitocondrial  em amostra de mulheres brasileiras com endometriose / Polymorphisms of control region (D-loop) of mitochondrial DNA in Brazilian women with endometriosis

Marina de Paula Andres 05 October 2017 (has links)
Introdução: A endometriose afeta 10 a 15% das mulheres em idade reprodutiva e há evidências crescentes de que o estresse oxidativo está envolvido na sua patogênese. Os polimorfismos na região controladora do DNA mitocondrial podem levar à replicação e à transcrição alterada dos genes mitocondriais, o que pode afetar a função mitocondrial e, consequentemente, a geração intracelular de espécies reativas de oxigênio. Descobertas recentes indicam que os polimorfismos do DNA mitocondrial (mtDNA) estão relacionados à endometriose em populações coreana e indiana. Objetivo: Avaliar a associação entre polimorfismos e haplogrupos do DNA mitocondrial e a presença de endometriose em mulheres brasileiras. Métodos: Pacientes com idade entre 18 e 50 anos foram divididas nos grupos endometriose (n = 90) e controle (n = 92). O primeiro grupo incluiu mulheres com diagnóstico histológico de endometriose e estadiamento cirúrgico, enquanto o segundo grupo incluiu pacientes submetidas à cirurgia para laqueadura tubária, leiomioma ou cistos ovarianos benignos, sem evidência de endometriose. O DNA foi extraído a partir de amostras de sangue periférico seguido do sequenciamento de Sanger e eletroforese capilar. Os polimorfismos foram determinados comparando as sequências obtidas com a Sequência padrão de Cambridge Revisada. Resultados: As frequências dos polimorfismos T16217C (14,4% vs. 5,4%; p = 0,049), G499A (13,3% vs. 4,3%; p = 0,038), T236C (5,6% vs. 0%; p = 0,028) e G185A (6,7% vs. 0%; p = 0.013) foram maior no grupo endometriose em comparação ao grupo controle, respectivamente, enquanto as frequências dos polimorfismos T146C (18,9% vs 32,6%; p = 0,042) e 573.2C (5,6% vs. 29,3%; p < 0.001) foram menores. A distribuição dos haplogrupos foi semelhante entre os grupos endometriose e controle. Nenhuma diferença foi observada nos haplogrupos de acordo com o estádio ou localização da doença. Conclusão: Os polimorfismos T16217C, G499A, T236C e G185A do DNA mitocondrial foram relacionados à presença de endometriose, enquanto T146C e 573.2C foram relacionados à ausência de doença, em amostra de mulheres brasileiras. Não foram observadas diferenças significativas entre os haplogrupos mitocondriais / Background: There is increasing evidence that oxidative stress is a major factor in the pathogenesis of endometriosis, a prevalent disease that affects 5-15% of reproductive-aged women worldwide. Polymorphisms in the control region of mitochondrial DNA (mtDNA) can lead to the altered replication and transcription of mitochondrial genes, thereby affecting both overall mitochondrial function, and the intracellular generation of reactive oxygen species. Objective: The present study investigated whether the incidence of mtDNA polymorphisms and/or haplogroups is associated with endometriosis in a Brazilian population. Methods: Female patients (aged 18-50 years) were enrolled in the present study, and assigned to either endometriosis (n = 90) or control (n = 92) group. The former group comprised patients who had received a histological diagnosis of endometriosis and had been assigned a surgical stage, while the latter comprised patients who had undergone gynecological surgery for tubal ligation, leiomyoma, or ovarian cysts, and showed no evidence of endometriosis. DNA was extracted from peripheral blood samples, and then subjected to Sanger sequencing and capillary electrophoresis. Polymorphisms were identified by comparing the isolated mtDNA sequences with the revised Cambridge Reference Sequence. Results: The frequency of some identified polymorphisms was found to be higher in the endometriosis group than in the control group, including polymorphisms T16217C (found in 14.4% and 5.4% of endometriosis- and control-group members, respectively; p=0.049), G499A (13.3% vs. 4.3%; p=0.038), T236C (5.6% vs. 0%; p=0.028), and G185A (6.7% vs. 0%; p=0.013). In contrast, polymorphisms T146C (18.9% vs. 32.6%; p=0.042) and 573.2C (5.6% vs. 29.3%; p < 0.001) were found to occur at a lower frequency in the endometriosis compared to the control group. Observed haplogroup frequencies were similar between the endometriosis and control groups, and did not appear to be affected by either disease location and/or staging. Conclusion: mtDNA polymorphisms T16217C, G499A, T236C, and G185A were found to be associated with endometriosis, while conversely, T146C and 573.2C were shown to be associated with an absence of disease in the analyzed Brazilian population. No significant differences were observed between the mitochondrial haplogroups of patients with, versus without endometriosis
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Polimorfismo Genético do Sistema HLA em uma amostra de Doadores Voluntários de Medula Óssea do Maranhão / Genetic polymorphism of HLA system in a sample of Volunteer Marrow Donors Bone of Maranhão

Ferreira, Francileide Lisboa 16 June 2007 (has links)
Made available in DSpace on 2016-08-19T17:47:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Francisleide Lisboa Ferreira.pdf: 653404 bytes, checksum: df345a6af79843bea75c16b5c13463f5 (MD5) Previous issue date: 2007-06-16 / FUNDAÇÃO DE AMPARO À PESQUISA E AO DESENVOLVIMENTO CIENTIFICO E TECNOLÓGICO DO MARANHÃO / The HLA system has as one of their main characteristics the high degree of genetic polymorphisms and it is known that the HLA molecules represent the main aloantígenos related to the rejection of grafts of solid organs and to the reaction of grafts against host in transplants of cells trunk hematopoietic. Those properties allow that the HLA alleles are used as instrument of characterization of the genetic composition of different people, once the allelic and haplotypes frequencies are characteristic of each ethnic group and population; for the study of HLA alleles associations with diseases and to evaluate the compatibility between donors and receivers of organs. In this study it was verified the allelic frequencies and the haplotype associations present in a sample of DVMO of the state of Maranhão and the power of these loci in exams of paternity. 1151 unrelated individuals, been born in Maranhão, were analyzed. All of the samples were analyzed by PCR - SSO method, in the Laboratory of Imunogenética and Molecular Biology (LIB) of UFPI. It was observed that the most frequent HLA-A genes were *02 (24,87%), *24 (9,87%), *01 (7,63%), *03 (6,96%) and *31 (6,71%). The largest frequencies for HLA-B alleles the were *44 (9,44%), *35 (9,19%), *15 (7,42%) and *07 (5,56%), and for HLA-DRB1 it was observed that *07 (12,81%), *13 (10,61%), *04 (8,07%), *11 (7,86%) and *03 (7,27%) were the most frequent. The haplotypes associations more frequents were HLA A*02 B*44 DRB1*07 (0,61%), HLA A*01 B*08 DRB1*03 (0,52%), HLA A*02 B*44 DRB1*13 (0,46%), HLA A*02 B*15 DRB1*04 (0,35%), HLA A*02 B*51 DRB1*13 (0,29%). The observed frequencies showed similar to those found in other Brazilian population studies and in comparison with other ethnic groups, there was larger similarity with the frequencies of European groups, following by the African. This result can be explained by the characteristics of the formation of the population from Maranhão that had effective contribution of three ethnic groups: the Indian, the white (mainly the Portuguese) and the black. The values of the Power of Exclusion and Power of Discrimination observed in the HLA loci in study were superior to the observed in common markers used for exams of exclusion of paternity. / O Sistema HLA tem como uma de suas principais características o alto grau de polimorfismo genético e sabe-se que as moléculas HLA representam os principais aloantígenos relacionados à rejeição de enxertos de órgãos sólidos e à reação de enxertos contra hospedeiro em transplantes de células tronco hematopoéticas. Essas propriedades permitem que os alelos HLA sejam utilizados como instrumento de caracterização da composição genética de diferentes povos, uma vez que as freqüências alélicas e haplotípicas são características de cada grupo étnico e população; para o estudo de associações de alelos HLA com doenças e para avaliar a compatibilidade entre doadores e receptores de órgãos. Neste estudo verificou-se as freqüências alélicas e as associações haplotípicas presentes numa amostra de DVMO do estado do Maranhão e o poder destes loci em exames de paternidade. Foram analisados 1151 indivíduos não aparentados, nascidos no Maranhão. Todas as amostras foram analisadas pelo método PCR SSO, no Laboratório de Imunogenética e Biologia Molecular (LIB) da UFPI. Observou-se que os genes HLA-A mais freqüentes foram *02 (24,87%), *24 (9,87%), *01 (7,63%), *03 (6,96%) e *31 (6,71%). Para os alelos HLA-B as maiores freqüências foram *44 (9,44%), *35 (9,19%), *15 (7,42%) e *07 (5,56%), e para HLA-DRB1 observou-se que *07 (12,81%), *13 (10,61%), *04 (8,07%), *11 (7,86%) e *03 (7,27%) foram os mais freqüentes. As associações haplotípicas mais freqüentes foram HLA A*02 B*44 DRB1*07 (0,61%), HLA A*01 B*08 DRB1*03 (0,52%), HLA A*02 B*44 DRB1*13 (0,46%), HLA A*02 B*15 DRB1*04 (0,35%), HLA A*02 B*51 DRB1*13 (0,29%). As freqüências observadas mostraram-se semelhantes às encontradas em outros estudos populacionais brasileiros e em comparação com outros grupos étnicos, houve maior semelhança com as freqüências de grupos europeus seguido do africano. Esse resultado pode ser explicado pelas características da formação da população maranhense, que teve contribuição efetiva de três grupos étnicos: o índio, o branco (principalmente o português) e o negro. Os valores do Poder de Exclusão e Poder de Descriminação observados nos loci HLA em estudo foram superiores aos observados em marcadores de uso comum para exames de exclusão de paternidade.
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Interação entre polimorfismos de genes envolvidos na homeostase energética e na sensibilidade à insulina e a resposta a uma intervenção dietética para a redução do peso corporal em indivíduos obesos / Interaction between polymorphisms of genes involved in energy homeostasis andinsulin sensitivity and response to a dietary intervention for weight reduction in obese individuals

Oliveira, Raquel de 01 December 2011 (has links)
Neste estudo, foram incluídos 201 indivíduos com idade de 30 a 80 anos, sendo 100 obesos (IMC> 30 kg/m2) e 101 indivíduos do grupo controle. Os obesos participaram do programa de orientação nutricional para redução do peso corporal. As medidas antropométricas, avaliação da composição corporal e o perfil metabólico foram avaliados no grupo total. Os polimorfismos genéticos foram analisados pela técnica de PCR em tempo real e apenas o polimorfismo do gene IL 6 por PCR convencional. A avaliação de consumo alimentar foi realizada em apenas 73 indivíduos obesos que completaram o programa de orientação nutricional. Não encontramos associação entre os polimorfismos estudados e a obesidade em nosso estudo. No polimorfismo LEP -2548G>A, os indivíduos do grupo controle apresentaram concentração elevada de VLDL-c e triglicérides. Para o polimorfismo LEP 19A>G, os indivíduos obesos apresentaram concentração elevada de VLDL-c, insulina, HDL-c e valores aumentados de Homa&#946; e o grupo controle apresentou a concentração elevada de hemoglobina glicada. Para o polimorfismo LEPR Lys109Arg (c.326A>G), os obesos apresentaram valores aumentados de CA e RCQ e concentração elevada de ApoB e HDL-c, enquanto que os indivíduos do grupo controle apresentaram os valores aumentados de IMC, CA e teor de gordura e usPCR. Para o polimorfismo Gln223Arg (c.668A>G), os obesos apresentaram valores aumentados de teor de gordura e a concentração elevada de hemoglobina glicada e usPCR . Os indivíduos obesos, para o polimorfismo ADIPOQ 45T>G, apresentaram as concentrações elevadas de colesterol total e LDL-c ao passo que no grupo controle as concentrações elevadas de glicose e triglicérides. Para o polimorfismo 276G>T, os obesos apresentaram valores aumentados de IMC, CA, RCQ e teor de gordura e concentração elevada de IL-6. Os mesmos indivíduos apresentaram também o valor de IMC aumentado e a concentração de usPCR elevada para o polimorfismo PPARG Pro12Ala (34G>C). Já para o polimorfismo 161C>T os indivíduos obesos demosntraram a concentração elevada de HDL-c enquanto o grupo controle apresentou a concentração elevada de insulina e IL-1&#946;. Os indivíduos obesos para o polimorfismo IL-6 -174 G>C, apresentaram os valores de CA aumentados e a concentração elevada de PAI-1 já para os indivíduos do grupo controle a concentração elevada de ApoA, IL1&#946; e usPCR. No programa intervencional, foi possível observarmos uma adequação em relação ao consumo recomendado de carboidrato e lipídios, excedendo apenas proteínas. O consumo de carboidratos foi maior nos grupos com graus II e III de obesidade. Após a intervenção nutricional, observamos mudanças no hábito alimentar dos envolvidos devido à diminuição da ingestão calórica e á redução do perfil lipídico, inflamatório, nos polimorfismos LEP, LEPR, ADIPOQ, PPARG e IL6. Os indivíduos obesos portadores dos haplótipos TG+GG/GG, para os polimorfismos do gene ADIPOQ, apresentaram valor aumentado de CA, RCQ e concentração elevada de glicose. Os portadores do haplótipo TG+GG/GT+TT demonstraram hemoglobina glicada e ApoB. Os indivíduos obesos portadores dos haplótipos AG+GG/GG, para os polimorfismos do gene LEPR, apresentaram valores aumentados de CA, RCQ e teor de gordura, já portadores do haplótipo AG+GG/AG+GG demonstraram concentração elevada de leptina, adiponectina, glicose, usPCR e HDL-c. / This study included 201 individuals aged 30 to 80 years, and 100 obese (BMI> 30 kg/m2) and 101 control subjects. The obese participated in the program of nutritional guidelines for weight reduction. Anthropometric measurements, assessment of body composition and metabolic profile were evaluated in the total group. The genetic polymorphisms were analyzed by PCR in real time and only the IL 6 gene polymorphism by conventional PCR. The assessment of food intake was performed in only 73 obese subjects who completed the program of nutrition education. We found no association between the studied polymorphisms and obesity in our study. Polymorphism in the LEP-2548G> A, the control subjects showed high concentration of VLDL-C and triglycerides. For LEP polymorphism 19A> G, obese individuals showed high concentration of VLDL-C, insulin, HDL-C and increased values of Homa&#946; and the control group had a high concentration of glycated hemoglobin. To LEPR polymorphism Lys109Arg (c.326A> G), obese patients presented increased values of WC and WHR and high concentration of ApoB and HDL-c, while those in the control group showed increased values of BMI, WC and content values of fat and high concentration of usPCR. To polymorphism Gln223Arg (c.668A> G), obese patients presented increased values of fat content and high concentration of glycated hemoglobin and usPCR. Obese people, for the ADIPOQ polymorphism 45T> G, showed elevated concentrations of total cholesterol and LDL-C while in the control group the concentrations of glucose and triglycerides. For the polymorphism 276G> T, the obese had increased values of BMI, WC, WHR and fat content and high concentration of IL-6. The same individuals also had increased the value of BMI and the concentration of high usPCR for the PPARg polymorphism Pro12Ala (34G> C).As for the polymorphism 161 C> T obese individuals demonstrated the high concentration of HDL-C while the control group had a high concentration of insulin and IL-1&#946;. Obese individuals for polymorphism IL-6 -174 G> C showed increased values of WC and the high concentration of PAI-1 as for individuals in the control group, the high concentration of ApoA, and IL1&#946; usPCR. In the interventional program was able to observe a suitability in relation to recommended intake of carbohydrates and lipids, exceeding only protein. The carbohydrate intake was higher in groups II and III degree of obesity. After nutritional intervention, we observed changes in dietary habits of those involved due to decreased caloric intake and reducing the lipid profile, inflammatory, polymorphisms in the LEP, LEPR, ADIPOQ, PPARg and IL6. Obese individuals carring the haplotype TG+GG/GG, for the polymorphisms ADIPOQ gene showed increased values of WC, WHR end elevated glucose. Carries of haplotype TG+GG/GT showed glycate hemoglobin and ApoB. Obese individuals carrying the haplotype GG + AG / GG for the LEPR gene polymorphisms showed increased values of WC, WHR and fat, as carriers of the haplotype AG+GG/AG+GG showed high concentration of leptin, glucose, HDL-c and us PCR.
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A colonização de uma área por espécies de abelhas sem ferrão. Um estudo de caso: Partamona helleri (Friese, 1900) (Hymenoptera : Apidae: Meliponini)

Ferreira, Kátia Maria 28 February 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4055.pdf: 2221514 bytes, checksum: 7deb1678d13ce68f90502cabfae9d5ca (MD5) Previous issue date: 2011-02-28 / Universidade Federal de Minas Gerais / Bees are obligatory floral visitors and are considered the main pollinators of angiosperms. The increasing interest in the services of bees has led to efforts to develop management strategies for conservation purposes. The sustainable use of pollinators requires knowledge on the regional diversity of floral visitors obtained from the identification of the agents responsible for the effective pollination of crops. Furthermore, understanding the reproductive biology and population structure of these species as well as the factors that enable the colonization of certain areas by a species of bee are necessary requirements to designing management and conservation strategies. To test the hypothesis that a certain area may be colonized by a small number of maternal lineages of female founders of a species of stingless bee, samples from 73 nests of Partamona helleri (Hymenoptera: Apidae: Meliponini) located on the Brazilian campuses of the Universidade Federal de São Carlos (UFSCar, n = 34), Universidade de São Paulo in São Paulo (USP-SP, n = 14) and Universidade de São Paulo in Ribeirão Preto (USP-RP, n = 25) were analyzed for two mitochondrial genes cytochrome b (cyt b) and cytochrome oxidase I (COI) in order to determine the number of different haplotypes. A fragment of the cytochrome b (485 bp) and cytochrome oxidase (611 bp) genes was sequenced for all nests sampled. The analysis of nucleotide sequences identified only one cyt b haplotype in samples from UFSCar and a second haplotype, distinct from the former by a base substitution, in samples from USP-SP, while samples from USP-RP exhibited three distinct haplotypes, one of which was shared by the samples from UFSCar. Among the nucleotide substitutions, some resulted in amino acid changes in the product of the cyt b gene. A similar result was observed with the COI gene. Fst values estimated for the mitochondrial DNA from the cyt b and COI genes were 31.8% and 36.1%, respectively. The estimated rate of nucleotide substitution for cyt b was higher than that found for COI. Thus, the former gene was found to be less conserved than the latter in stingless bees. The larger number of haplotypes observed in the samples from USP-RP may be due to the introduction of colonies from other regions of the country. To determine the occurrence of population structure for nuclear genes, the samples were also examined for several microsatellite loci. Among the 18 heterologous microsatellites loci tested, only four Mbi215, Mbi278, Mbi232 and Mbi254 exhibited genetic variation. The prospection of species-specific microsatellite loci for Partamona helleri using the enrichment method for the construction of DNA libraries allowed characterizing seven new loci. Samples from 73 nests (two workers per colony) were analyzed for eleven microsatellite loci. The populations exhibited significant differentiation (Fst = 0.129, P = 0.000). Fst values estimated for mitochondrial genes and nuclear genes (microsatellites) were compared to establish whether there is evidence for differential male and female dispersal ability in this species. No evidence was found of sex-asymmetrical dispersal (colonizing females are colonizers; males are dispersers). Analysis of phenotypic segregation in the progenies of several nests revealed the occurrence of monandry in the species studied and, consequently, a simple sociogenetic structure monogyny/monandry. The presence of 'foreign' workers was rarely observed in the nests analyzed. / As abelhas, por serem visitantes florais obrigatórios, são consideradas os principais agentes polinizadores das angiospermas. O crescente interesse pelos serviços das abelhas tem gerado esforços para o desenvolvimento de estratégias de manejo para fins conservacionistas. A utilização sustentável dos polinizadores requer o conhecimento da diversidade regional dos visitantes florais obtido mediante a identificação dos agentes efetivos responsáveis pela polinização das culturas. Além disso, conhecer a biologia reprodutiva e a estrutura populacional dessas espécies, bem como elucidar quais os fatores que tornam possível a colonização de certa área por uma espécie de abelha, são requisitos necessários para o delineamento de estratégias de manejo e conservação. Visando verificar a hipótese de que certa área pode ser colonizada por um número reduzido de linhagens maternas das fêmeas fundadoras de uma espécie de abelha sem ferrão , amostras de 73 ninhos de Partamona helleri (Hymenoptera: Apidae: Meliponini) localizados nos Campi da Universidade Federal de São Carlos (UFSCar, n = 34), da Universidade de São Paulo em São Paulo (USP-SP, n = 14) e da Universidade de São Paulo em Ribeirão Preto (USP-RP, n = 25) foram analisadas para dois genes mitocondriais, citocromo B (cyt b) e citocromo oxidase I (COI), com o fim de determinar o número de diferentes haplótipos. Um fragmento dos genes citocromo b e citocromo oxidase I, de 485 pb e 611 pb, respectivamente, foram seqüenciados para todos os ninhos amostrados. A análise das seqüências nucleotídicas permitiu identificar somente um haplótipo de cyt b para as amostras da UFSCar e um haplótipo, distinto do anterior por uma substituição de base, privativo das colônias do Campus da USP-SP; ao contrário, as amostras da USP-RP apresentaram três haplótipos distintos, um dos quais compartilhado com as amostras da UFSCar. Dentre as substituições nucleotídicas identificadas, algumas resultaram em alterações de aminoácidos no produto do gene cyt b. Resultado similar foi observado para o gene COI. Os valores do Fst estimado para o DNA mitocondrial a partir dos genes cyt b e COI foram iguais a 31,8% e 36,1%, respectivamente. A taxa de substituição nucleotídica estimada foi maior para cyt b em comparação com COI; dessa forma, o primeiro gene parece ser menos conservado em relação ao outro nas abelhas sem ferrão. O maior número de haplótipos observados na USP-RP pode ser resultante da introdução no local de colônias trazidas de outras regiões do país. A fim de verificar a ocorrência de estruturação populacional para genes nucleares, estas amostras foram igualmente analisadas para vários locos microssatélites. Dentre 18 microssatélites heterólogos testados, somente quatro - Mbi215, Mbi278, Mbi232 e Mbi254 - apresentaram variação genética. A prospecção de locos microssatélites específicos para Partamona helleri, utilizando o método do enriquecimento para a construção de bibliotecas de DNA, permitiu caracterizar sete locos espécie-específicos. Amostras dos 73 ninhos (duas operárias por colônia) foram analisadas para estes onze locos microssatélites. As populações apresentaram significativa diferenciação interpopulacional (Fst = 0,129; P = 0,000). Os valores do Fst estimados para genes mitocondriais e para genes nucleares (microssatélites) foram comparados para estabelecer se há evidências de dispersão diferencial de machos e fêmeas na espécie. Não foram detectadas evidências de dispersão sexo-assimétrica (fêmeas colonizadoras, marchos dispersores). Análises da segregação fenotípica nas progênies de vários ninhos revelaram a ocorrência de monandria na espécie estudada e, portanto, uma estrutura sociogenética simples - monoginia/monandria. A presença de operárias estranhas aos ninhos analisados foi raramente observada.
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Estudo da associação de genotipos e haplotipos da sintase endotelial do oxido nitrico com retinopatia diabetica em pacientes portadores de diabetes mellitus tipo 2 / Endothelial nitric oxide sinthase genotype and haplotype are not associated with diabetic retinopathy in diabetes type 2 patients

Syllos, Roger William Cruz de 13 August 2018 (has links)
Orientador: Jose Eduardo Tanus dos Santos / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-13T02:13:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Syllos_RogerWilliamCruzde_M.pdf: 523113 bytes, checksum: 7a17db80334615a2d5ead89d954e6305 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Polimorfismos no gene da sintase endotelial do óxido nítrico (eNOS) têm sido associados com desenvolvimento ou severidade da retinopatia diabética em pacientes com diabetes mellitus tipo 1(DM1). Entretanto, existem poucos estudos investigando esta associação em portadores de diabetes mellitus tipo 2 (DM2). Além disso, não há estudo prévio que tenha analisado a combinação de marcadores genéticos (haplótipos) e aparecimento e/ou gravidade das complicações vasculares do DM2 . Foram estudados três polimorfismos genéticos: Polimorfismo de base única (SNP) na região promotora (T 786 C), no exon 7 (Glu298Asp) e um número variável de repetições sequenciais (VNTR) no intron 4 (b/a), em 103 voluntários saudáveis e 170 pacientes portadores de diabetes mellitus tipo 2, classificados em diabéticos sem retinopatia (114) e com retinopatia (56). Outrossim, examinamos a associação dos haplótipos genéticos da eNOS com diabetes mellitus tipo 2 e retinopatia diabética. Não foram encontradas diferenças na freqüência dos genótipos e dos alelos dos três polimorfismos entre os três grupos testados. Entretanto, um determinado haplótipo "C - Glu - b" foi mais comum no grupo de indivíduos saudáveis (24%) do que nos pacientes diabéticos (7%) (P=0.0001). Quando comparamos diabéticos com retinopatia diabética com aqueles sem retinopatia, não foi identificada diferença significativa na distribuição da freqüência dos haplótipos da eNOS (P=0,7372). Estes achados sugerem que não há associação entre retinopatia diabética e haplótipos individuais da eNOS em pacientes portadores de diabetes mellitus tipo 2. O haplótipo "C - Glu - b" , no entanto, pode possuir algum efeito protetor contra o desenvolvimento de diabetes mellitus tipo 2. Novos estudos devem se conduzidos para tentar identificar uma base molecular para tal efeito / Abstract: Background: Polymorphisms in the endothelial nitric oxide synthase (eNOS) gene have been associated with the development of diabetic retinopathy (DR) in patients with type 1 diabetes mellitus (T1DM), but not with T2DM. However, no previous study has analyzed combinations of genetic markers (haplotypes), which can be more informative. Methods: We studied three eNOS genetic polymorphisms: a single nucleotide polymorphism in the promoter region (T-786C), in exon 7 (Glu298Asp), and a variable number of tandem repeats in intron 4 (b/a) in 103 healthy controls, and in 170 patients with T2DM (without DR, N=114; with DR, N=56). We also examined the association of eNOS gene haplotypes with T2DM and with DR. Results: No differences were found in the frequencies of genotypes and alleles of the three polymorphisms among the three groups of subjects. Conversely, the "C-Glu-b" haplotype was more common in healthy controls (24%) than in T2DM patients (7%) (P=0.0001). Finally, no significant difference in the distribution of eNOS haplotypes frequencies was found when T2DM patients with or without DR were compared (P=0.7372). Conclusions: These findings suggest no association between DR and individual eNOS haplotypes in T2DM patients. The "C-Glu-b" haplotype, however, may have a protective effect against T2DM. Further studies should be conducted to address the molecular basis for such an effect / Mestrado / Mestre em Farmacologia
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Interação entre polimorfismos de genes envolvidos na homeostase energética e na sensibilidade à insulina e a resposta a uma intervenção dietética para a redução do peso corporal em indivíduos obesos / Interaction between polymorphisms of genes involved in energy homeostasis andinsulin sensitivity and response to a dietary intervention for weight reduction in obese individuals

Raquel de Oliveira 01 December 2011 (has links)
Neste estudo, foram incluídos 201 indivíduos com idade de 30 a 80 anos, sendo 100 obesos (IMC> 30 kg/m2) e 101 indivíduos do grupo controle. Os obesos participaram do programa de orientação nutricional para redução do peso corporal. As medidas antropométricas, avaliação da composição corporal e o perfil metabólico foram avaliados no grupo total. Os polimorfismos genéticos foram analisados pela técnica de PCR em tempo real e apenas o polimorfismo do gene IL 6 por PCR convencional. A avaliação de consumo alimentar foi realizada em apenas 73 indivíduos obesos que completaram o programa de orientação nutricional. Não encontramos associação entre os polimorfismos estudados e a obesidade em nosso estudo. No polimorfismo LEP -2548G>A, os indivíduos do grupo controle apresentaram concentração elevada de VLDL-c e triglicérides. Para o polimorfismo LEP 19A>G, os indivíduos obesos apresentaram concentração elevada de VLDL-c, insulina, HDL-c e valores aumentados de Homa&#946; e o grupo controle apresentou a concentração elevada de hemoglobina glicada. Para o polimorfismo LEPR Lys109Arg (c.326A>G), os obesos apresentaram valores aumentados de CA e RCQ e concentração elevada de ApoB e HDL-c, enquanto que os indivíduos do grupo controle apresentaram os valores aumentados de IMC, CA e teor de gordura e usPCR. Para o polimorfismo Gln223Arg (c.668A>G), os obesos apresentaram valores aumentados de teor de gordura e a concentração elevada de hemoglobina glicada e usPCR . Os indivíduos obesos, para o polimorfismo ADIPOQ 45T>G, apresentaram as concentrações elevadas de colesterol total e LDL-c ao passo que no grupo controle as concentrações elevadas de glicose e triglicérides. Para o polimorfismo 276G>T, os obesos apresentaram valores aumentados de IMC, CA, RCQ e teor de gordura e concentração elevada de IL-6. Os mesmos indivíduos apresentaram também o valor de IMC aumentado e a concentração de usPCR elevada para o polimorfismo PPARG Pro12Ala (34G>C). Já para o polimorfismo 161C>T os indivíduos obesos demosntraram a concentração elevada de HDL-c enquanto o grupo controle apresentou a concentração elevada de insulina e IL-1&#946;. Os indivíduos obesos para o polimorfismo IL-6 -174 G>C, apresentaram os valores de CA aumentados e a concentração elevada de PAI-1 já para os indivíduos do grupo controle a concentração elevada de ApoA, IL1&#946; e usPCR. No programa intervencional, foi possível observarmos uma adequação em relação ao consumo recomendado de carboidrato e lipídios, excedendo apenas proteínas. O consumo de carboidratos foi maior nos grupos com graus II e III de obesidade. Após a intervenção nutricional, observamos mudanças no hábito alimentar dos envolvidos devido à diminuição da ingestão calórica e á redução do perfil lipídico, inflamatório, nos polimorfismos LEP, LEPR, ADIPOQ, PPARG e IL6. Os indivíduos obesos portadores dos haplótipos TG+GG/GG, para os polimorfismos do gene ADIPOQ, apresentaram valor aumentado de CA, RCQ e concentração elevada de glicose. Os portadores do haplótipo TG+GG/GT+TT demonstraram hemoglobina glicada e ApoB. Os indivíduos obesos portadores dos haplótipos AG+GG/GG, para os polimorfismos do gene LEPR, apresentaram valores aumentados de CA, RCQ e teor de gordura, já portadores do haplótipo AG+GG/AG+GG demonstraram concentração elevada de leptina, adiponectina, glicose, usPCR e HDL-c. / This study included 201 individuals aged 30 to 80 years, and 100 obese (BMI> 30 kg/m2) and 101 control subjects. The obese participated in the program of nutritional guidelines for weight reduction. Anthropometric measurements, assessment of body composition and metabolic profile were evaluated in the total group. The genetic polymorphisms were analyzed by PCR in real time and only the IL 6 gene polymorphism by conventional PCR. The assessment of food intake was performed in only 73 obese subjects who completed the program of nutrition education. We found no association between the studied polymorphisms and obesity in our study. Polymorphism in the LEP-2548G> A, the control subjects showed high concentration of VLDL-C and triglycerides. For LEP polymorphism 19A> G, obese individuals showed high concentration of VLDL-C, insulin, HDL-C and increased values of Homa&#946; and the control group had a high concentration of glycated hemoglobin. To LEPR polymorphism Lys109Arg (c.326A> G), obese patients presented increased values of WC and WHR and high concentration of ApoB and HDL-c, while those in the control group showed increased values of BMI, WC and content values of fat and high concentration of usPCR. To polymorphism Gln223Arg (c.668A> G), obese patients presented increased values of fat content and high concentration of glycated hemoglobin and usPCR. Obese people, for the ADIPOQ polymorphism 45T> G, showed elevated concentrations of total cholesterol and LDL-C while in the control group the concentrations of glucose and triglycerides. For the polymorphism 276G> T, the obese had increased values of BMI, WC, WHR and fat content and high concentration of IL-6. The same individuals also had increased the value of BMI and the concentration of high usPCR for the PPARg polymorphism Pro12Ala (34G> C).As for the polymorphism 161 C> T obese individuals demonstrated the high concentration of HDL-C while the control group had a high concentration of insulin and IL-1&#946;. Obese individuals for polymorphism IL-6 -174 G> C showed increased values of WC and the high concentration of PAI-1 as for individuals in the control group, the high concentration of ApoA, and IL1&#946; usPCR. In the interventional program was able to observe a suitability in relation to recommended intake of carbohydrates and lipids, exceeding only protein. The carbohydrate intake was higher in groups II and III degree of obesity. After nutritional intervention, we observed changes in dietary habits of those involved due to decreased caloric intake and reducing the lipid profile, inflammatory, polymorphisms in the LEP, LEPR, ADIPOQ, PPARg and IL6. Obese individuals carring the haplotype TG+GG/GG, for the polymorphisms ADIPOQ gene showed increased values of WC, WHR end elevated glucose. Carries of haplotype TG+GG/GT showed glycate hemoglobin and ApoB. Obese individuals carrying the haplotype GG + AG / GG for the LEPR gene polymorphisms showed increased values of WC, WHR and fat, as carriers of the haplotype AG+GG/AG+GG showed high concentration of leptin, glucose, HDL-c and us PCR.
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Desequilíbrio de Ligação e Blocos de Haplótipos Determinados pela Análise de 250K SNPs em Três Remanescentes de Quilombos / Linkage Disequilibrium and Haplotype Blocks Determined by the Analysis of 250K SNPs in Three Quilombo Remnants Communities

Edilene Santos de Andrade 20 September 2013 (has links)
A associação não aleatória entre alelos de diferentes lócus caracteriza o que é chamado de desequilíbrio de ligação (DL) entre eles. A extensão do DL nas populações humanas pode ser influenciada por muitos fatores, tais como taxa de recombinação, características demográficas (idade, tamanho e taxa de crescimento) e fatores evolutivos (deriva genética, efeito fundador, gargalos populacionais, mutação, seleção e fluxo gênico). Portanto, o conhecimento dos padrões do DL fornecem dados que auxiliam na descrição dos eventos demográficos e evolutivos sofridos pelas populações. O objetivo deste estudo foi descrever os padrões de DL de quatro populações brasileiras e correlacioná-los com suas respectivas histórias demográficas, uma vez que estas populações experimentaram alguns dos eventos evolutivos que geram ou retardam o decréscimo do DL, como fundação por poucos indivíduos, miscigenação no momento da fundação e posterior isolamento. Foram analisadas amostras de três populações remanescentes de quilombos do Estado do Piauí, Gaucinha (GAU, n = 14), Mimbó (MIB, n = 15) e Sítio Velho (STV, n = 15) e da população urbana de Teresina, Piauí (TES, n = 15), além de sete amostras populacionais do projeto HapMap (CEU, CHB, JPT, ASW, LWK, MKK, YRI, todas com n = 15). Foram genotipados mais de 250 mil SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) utilizando-se o GeneChip® Human Mapping 250K Nsp I Array - Affymetrix® nas amostras das quatro populações brasileiras. Os dados brutos das populações do HapMap para este array foram obtidos na página do projeto. Os genótipos para todas as amostras foram determinados pelo algoritmo CRLMM após comparação com o algoritmo BRLMM, e as análises de DL e determinação dos blocos de haplótipos foram realizadas com o uso do programa Haploview. Considerando-se o número de blocos de haplótipos detectados em cada população estudada, padrão semelhante foi observado em todos os autossomos. Em geral, a população europeia (CEU) e as duas populações asiáticas (CHB e JPT) do HapMap apresentaram os maiores números de blocos, enquanto que os menores números foram observados nos quilombos GAU e MIB e na população TES. As populações africanas LWK, MKK e YRI e a população afro-americana ASW apresentaram os valores intermediários e a população afro-brasileira STV, apresentou um número de blocos apenas inferior a CEU, CHB e JPT. A grande contribuição africana nos quilombos GAU e MIB pode explicar o menor DL observado nestas comunidades. Por outro lado, o menor DL em TES se deve, provavelmente, à sua fundação, que envolveu um maior número de indivíduos e foi seguida por um rápido crescimento. A possível explicação para o maior DL observado em STV, em relação aos demais quilombos, consiste em sua peculiar história demográfica: esta comunidade experimentou uma miscigenação no momento de sua fundação, que foi seguida por um crescimento lento e pouca diferenciação. Assim, foi demonstrado como os eventos demográficos de cada população influenciam seus respectivos padrões de DL. / The non-random association between alleles of different loci characterizes what is called linkage disequilibrium (LD) between them. The LD extent in human populations can be influenced by many factors, such as recombination rate, demographic features (age, size and growth rate) and evolutionary events (genetic drift, founder effects, population bottlenecks, mutation, selection and gene flow). Therefore, knowledge of the LD patterns provides data that assists in describing the evolutionary and demographic events experienced by populations. The aim of this study was to describe the LD patterns of four Brazilian populations and correlate these patterns with their respective demographic histories, since these populations have experienced some of the evolutionary events that produce or retard the LD decrease, such as foundation by few individuals, admixture at the founding moment and subsequent isolation. Samples from three quilombo remnants populations of the Piauí State, Gaucinha (GAU, n = 14), Mimbó (MIB, n = 15) and Sítio Velho (STV, n = 15) and the urban population of Teresina, Piauí (TES, n = 15), and seven population samples from the HapMap Project (CEU, CHB, JPT, ASW, LWK, MKK, YRI, all with n = 15) were analyzed. More than 250 thousand SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) were genotyped using the GeneChip ® Human Mapping 250K Nsp Array I - Affymetrix ® in the samples of the four Brazilian populations. Raw data of the HapMap population samples for this array were obtained from the HapMap homepage. Genotypes for all samples were determined by CRLMM algorithm after comparison with the BRLMM algorithm. LD analyzes and determination of haplotype blocks were performed using the Haploview software. Considering the number of haplotype blocks detected in each population, a consistent pattern was observed for all autosomes. The European population (CEU) and the two Asian populations (CHB and JPT) of the HapMap showed the highest numbers of blocks, while the lowest numbers were observed in the GAU and MIB quilombos and in the TES population. The African populations, LWK, MKK and YRI, and the African-American ASW exhibited intermediate values and the African-Brazilian population STV, presented a number of blocks smaller than that observed for CEU, CHB and JPT. The great African contribution in the GAU and MIB quilombos may explain the lower LD observed in these communities. On the other hand, the lower LD in TES is probably due to its foundation that involved a larger number of individuals and was followed by a fast growth. A possible explanation for the higher LD observed in STV, compared to other quilombos, consists in its particular demographic history: this community experienced admixture at the time of its foundation, which was followed by slow growth and low differentiation. Thus, it was shown how the demographic events of each population influence their respective LD patterns.
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Sítios polimórficos do gene HLA-G na asma brônquica / Polymorphic sites of HLA-G gene and bronchial asthma

Cinthia Caroline Alves 11 August 2016 (has links)
A asma brônquica é doença inflamatória crônica complexa das vias aéreas provocada pela interação de fatores genéticos e ambientais. O gene HLA-G (Antígeno Leucocitário Humano G) foi identificado como gene de susceptibilidade à asma, codificando uma molécula não clássica do complexo principal de histocompatibilidade (MHC, do inglês Major Histocompatibility Complex) de classe I com função moduladora das células do sistema imunológico. Nesse contexto, avaliamos o papel do HLA-G na asma afim de identificar genótipos, alelos e haplótipos associados com proteção ou susceptibilidade nas diferentes formas de apresentação da doença. Investigamos os sítios polimórficos da região 3\' não traduzida (3\'UTR-untranslated region) do HLA-G (14 pb Ins/Del, + 3001 C/T, +3003 C/T, +3010 C/G, +3027 A/C, +3035 C/T, +3142 C/G, +3187 A/G e +3196 C/G) em 118 pacientes asmáticos estratificados em asma leve ou moderada e grave e 183 indivíduos brasileiros saudáveis. Testes de associação foram realizados para avaliar as frequências dos genótipos, alelos e haplótipos da 3\'UTR do HLA-G na asma brônquica, considerada como grupo total ou estratificada de acordo com a gravidade da doença. Nossos resultados demonstraram que as frequências dos alelos +3001 C, +3003 C, +3035 C e +3196 C e do genótipo 14 bp DI estavam aumentadas no grupo total e nas diversas formas de apresentação da doença. Os alelos +3010 C e +3142 G e o genótipo +3010 CC estavam mais representados em pacientes com asma leve ou moderada. Por outro lado, os genótipos +3010 GG, +3142 CG e +3187 AG e o alelo +3010 G apresentaram maior frequência nos asmáticos graves, estando fortemente associados com o desenvolvimento da forma grave da asma. Além disso, os genótipos 14 pb II, +3010 CC e +3142 GG e o alelo +3010 C conferiram proteção à asma grave. Além disso, identificamos um haplótipo da 3\'UTR do HLA-G associado ao desenvolvimento de asma brônquica, a UTR-8, e um haplótipo que conferiu proteção contra a mesma, a UTR-7. Concluindo, neste estudo, observamos frequências diferenciais de sítios polimórficos do segmento 3\'UTR do HLA-G associados com predisposição à asma brônquica e, também, com a gravidade da doença / Bronchial asthma is a complex chronic inflammatory disease of the airways caused by the interaction of genetic susceptibility and environmental factors. The HLA-G (Human Leucocyte Antigen G) gene was identified as a susceptible marker for bronchial asthma, encoding a nonclassical Major Histocompatibility Complex (MHC) class I molecule, considered to be an important immune check point modulator. In the present study, we evaluated the role of HLA-G in bronchial asthma susceptibility and disease severity, evaluating HLA-G genotypes, alleles or haplotypes. We investigated the HLA-G 3\'Untraslated region (3\'UTR) polymorphic sites (14-bp INS/DEL, +3001, +3003C/T, +3010C/G, +3027A/C, +3035C/T, +3142C/G, +3187A/G, and +3196C/G) in 118 asthmatic Brazilian patients, stratified according to disease severity into mild/moderate and severe asthma, and in 183 healthy individuals. HLA-G 3\'UTR variation sites were individually analyzed or lumped together as haplotypes. Our results showed that frequencies of +3001 C, +3003 C, +3035 C e +3196 C alleles and 14 pb ID genotype were increased in asthma group considered as a whole and in patients stratified according to disease severity. The +3010 C and .3142 G alleles and the +3010 CC genotype were overrepresented in patients with mild and moderate forms. Similarly, the +3010 GG, +3142 CG, +3187 AG genotypes and +3010 G allele presented increased frequency in severe asthmatic patients. In contrast, the 14 pb II, +3010 CC and +3142 GG genotypes and +3010 C allele conferred protection against severe asthma. In addition, we identified a 3\'UTR HLA-G haplotype that was associated with bronchial asthma development (UTR-8) and one haplotype that conferred protection against asthma (UTR-7). In conclusion, in this study, we observed differential frequencies at HLA-G 3\'UTR polymorphic sites that are associated with bronchial asthma predisposition and, also, with disease severity

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