No description available.

No description available.

No description available.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-12-18Bitstream added on 2014-06-13T19:42:23Z : No. of bitstreams: 1 nunes_ma_dr_jabo.pdf: 2056446 bytes, checksum: 2c54de2b440ec113fde3178a2d46cea8 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Este trabalho teve como objetivo investigar a possibilidade de plantas utilizadas como cercas-vivas e quebra-ventos, bem como plantas invasoras comuns em pomares cítricos, hospedarem o Citrus leprosis virus, cytoplasmic type (CiLV-C) e servirem de inóculo para os citros. Em casa-de-vegetação, ácaros provenientes de uma criação-estoque sobre frutos de laranja Pêra, com sintomas de leprose, foram transferidos para folhas isoladas por barreira adesiva de: hibisco (Hibiscus rosa-sinensis L.), malvavisco (Malvaviscus arboreus Cav.), grevílea (Grevilea robusta A. Cunn.), urucum (Bixa orellana L.), trapoeraba (Commelina benghalensis L.) e laranja [Citrus sinensis (L.) (Osbeck)]. Após 90 dias da infestação, os ácaros descendentes foram transferidos para mudas de laranja “Natal”. Amostras de tecidos das plantas testes se mostraram positivos para todas as plantas inoculadas com ácaros virulíferos por análise de RT-PCR utilizando-se de “primers” específicos para detecção do CiLV-C e foram verificadas a presença de partículas virais em hibisco, laranja, malvavisco, e trapoeraba em análise de Microscopia Eletrônica de Transmissão (MET). Em campo, laranja, malvavisco, grevílea e sansão-do-campo foram plantados próximos a plantas-teste de laranja e infestados com ácaros virulíferos. Essas espécies foram avaliadas quanto à presença de ácaros, à incidência e à severidade da doença. Foi possível observar que a incidência e a severidade da leprose foram maiores nas plantas de laranja que estavam próximas às laranjeiras infestadas, seguidas daquelas próximas a malvavisco e sansão-do-campo, que diferiram estatisticamente de grevílea. Estes resultados indicam que as plantas analisadas podem ser importantes na epidemiologia da doença. / The objective of this work was to investigate the possibility that hedgerows, windbreaks, and weeds normally found in citrus orchards could host Citrus leprosis virus, cytoplasmic type (CiLV-C), serving as its source of inoculum. In greenhouse, mites reared onto sweet orange fruits var. “Pêra” symptomatic for leprosis were transferred to leaves, isolated by adhesive barrier, of Hibiscus rosasinensis, Malvaviscus arboreus, Grevilea robusta, Bixa orellana, Commelina benghalensis and Citrus sinensis. After 90 days of infestation, the descendant mites were transferred to Natal sweet orange plants to verify the transferability of the virus back to citrus. Non-viruliferous mites, which had no feed access to diseased tissue, were used as control. Localized lesions (chlorotic or necrotic spots, ringspots) developed in almost all tested plants. Tissue samples of plants infested with viruliferous and non-viruliferous mites were submitted to RT-PCR with specific primers to CiLV-C. Transmission electron microscopy analyses detected the presence of viral inclusions in C. benghalensis H. rosa-sinensis, M. arboreus, and C. sinensis. In experimental groves, C. sinensis, G. robusta, M. arboreus and Mimosa caesalpinaefolia were planted and infested with viruliferous mites around citrus plants. There was a clear variation in leprosis incidence and severity observed in sweet orange plants depending on the alternative host cultivated beside them. The higher intensity of the disease was observed in sweet orange plants that were close to C. sinensis, followed by those close to M. arboreus and Mimosa caesalpinaefolia. The intensity of leprosis in sweet oranges planted near G. robusta was significantly lower than in those cultivated close to the other hosts. These results suggest that the alternative hosts tested can play a role in the epidemiology of the disease, serving as sources of inoculum of the virus.

Resumo: Este trabalho teve como objetivo investigar a possibilidade de plantas utilizadas como cercas-vivas e quebra-ventos, bem como plantas invasoras comuns em pomares cítricos, hospedarem o Citrus leprosis virus, cytoplasmic type (CiLV-C) e servirem de inóculo para os citros. Em casa-de-vegetação, ácaros provenientes de uma criação-estoque sobre frutos de laranja Pêra, com sintomas de leprose, foram transferidos para folhas isoladas por barreira adesiva de: hibisco (Hibiscus rosa-sinensis L.), malvavisco (Malvaviscus arboreus Cav.), grevílea (Grevilea robusta A. Cunn.), urucum (Bixa orellana L.), trapoeraba (Commelina benghalensis L.) e laranja [Citrus sinensis (L.) (Osbeck)]. Após 90 dias da infestação, os ácaros descendentes foram transferidos para mudas de laranja "Natal". Amostras de tecidos das plantas testes se mostraram positivos para todas as plantas inoculadas com ácaros virulíferos por análise de RT-PCR utilizando-se de "primers" específicos para detecção do CiLV-C e foram verificadas a presença de partículas virais em hibisco, laranja, malvavisco, e trapoeraba em análise de Microscopia Eletrônica de Transmissão (MET). Em campo, laranja, malvavisco, grevílea e sansão-do-campo foram plantados próximos a plantas-teste de laranja e infestados com ácaros virulíferos. Essas espécies foram avaliadas quanto à presença de ácaros, à incidência e à severidade da doença. Foi possível observar que a incidência e a severidade da leprose foram maiores nas plantas de laranja que estavam próximas às laranjeiras infestadas, seguidas daquelas próximas a malvavisco e sansão-do-campo, que diferiram estatisticamente de grevílea. Estes resultados indicam que as plantas analisadas podem ser importantes na epidemiologia da doença. / Abstract: The objective of this work was to investigate the possibility that hedgerows, windbreaks, and weeds normally found in citrus orchards could host Citrus leprosis virus, cytoplasmic type (CiLV-C), serving as its source of inoculum. In greenhouse, mites reared onto sweet orange fruits var. "Pêra" symptomatic for leprosis were transferred to leaves, isolated by adhesive barrier, of Hibiscus rosasinensis, Malvaviscus arboreus, Grevilea robusta, Bixa orellana, Commelina benghalensis and Citrus sinensis. After 90 days of infestation, the descendant mites were transferred to Natal sweet orange plants to verify the transferability of the virus back to citrus. Non-viruliferous mites, which had no feed access to diseased tissue, were used as control. Localized lesions (chlorotic or necrotic spots, ringspots) developed in almost all tested plants. Tissue samples of plants infested with viruliferous and non-viruliferous mites were submitted to RT-PCR with specific primers to CiLV-C. Transmission electron microscopy analyses detected the presence of viral inclusions in C. benghalensis H. rosa-sinensis, M. arboreus, and C. sinensis. In experimental groves, C. sinensis, G. robusta, M. arboreus and Mimosa caesalpinaefolia were planted and infested with viruliferous mites around citrus plants. There was a clear variation in leprosis incidence and severity observed in sweet orange plants depending on the alternative host cultivated beside them. The higher intensity of the disease was observed in sweet orange plants that were close to C. sinensis, followed by those close to M. arboreus and Mimosa caesalpinaefolia. The intensity of leprosis in sweet oranges planted near G. robusta was significantly lower than in those cultivated close to the other hosts. These results suggest that the alternative hosts tested can play a role in the epidemiology of the disease, serving as sources of inoculum of the virus. / Orientador: Carlos Amadeu Leite de Oliveira / Coorientadora: Juliana de Freitas Astúa / Banca: Marinês Bastianel / Banca: André Luis Matioli / Banca: Nilza Maria Martinelli / Banca: Sérgio Antonio de Bortoli / Doutor

La fragmentation des habitats est aujourd’hui considérée comme l’une des plus sérieuses menaces sur la biodiversité, et une des causes majeures de la crise actuelle d’extinction des espèces. Dans les paysages fragmentés, le mouvement est un processus clé pour la survie des espèces faunistiques et floristiques, celui-ci étant facilité par une connectivité importante entre les éléments du paysage. Parmi les éléments qui concourent à augmenter la connectivité du paysage, les corridors écologiques sont particulièrement intéressants et efficaces. Le principal objectif de cette thèse est d’évaluer l’intérêt des images THRS pour identifier et caractériser les éléments du paysage agricole potentiellement constitutifs des corridors écologiques. Pour cela, nous avons évalué le potentiel des images RSO et de l’utilisation combinée des données optiques et radar THRS pour caractériser des continuités écologiques à échelle fine, tant d’un point de vue structurel que fonctionnel. Les résultats montrent que les images radar et plus particulièrement un indicateur polarimétrique qui en est dérivé, l’entropie de Shannon, permettent de quantifier le degré d’ouverture de la canopée des haies, indicateur qui a pu être évalué d’un point de vue écologique. De plus, ils ont permis de mettre en évidence les indicateurs, les méthodes de classification et les dates clefs pour la cartographie des zones humides. Une évaluation de la synergie d’images optiques et radar à permis de montrer que les données radar permettent de cartographie des cultures. Nous avons également montré l’apport des séries temporelles d’images radar pour l’amélioration de modèles biologiques visant à expliquer la distribution de la biodiversité dans les paysages agricoles. Enfin, nous avons pu développer de nouvelles métriques de connectivité en intégrant des informations dérivées de données de télédétection qui se sont avérées pertinentes d’un point de vue écologique. / Habitat fragmentation is now considered as one of the most serious threats to biodiversity, and a major cause of the current crisis of species extinction. In fragmented landscapes, movement is a key process for the survival of flora and fauna species. Movement is facilitated by a significant connectivity between landscape elements. Among elements that contribute to increase landscape connectivity, ecological corridors are particularly useful and effective. The main objective of this pHD is to evaluate the interest of the VHSR images to identify and characterize potential agricultural landscape elements of the ecological networks. We evaluated the potential of SAR images and the combined use of VHSR optical and radar data to characterize ecological continuities at a fine scale, both structural and functional points of view. Results show that radar images and especially a polarimetric indicator, the Shannon entropy, allow quantifying the canopy cover of hedges. This indicator was assessed from an ecologically point of view. In addition, we highlight the indicators, classification methods and key dates to map wetland vegetation types. An evaluation of the synergy of radar and optical images shows the usefulness of radar data for crops mapping. We also showed the contribution of radar time series for improving biological models that explain the biodiversity distribution in agricultural landscapes. Finally, we developed new connectivity metrics, which relevant from an ecological point of view, by integrating information derived from remote sensing data

La tesi doctoral és un estudi de l'evolució del paisatge de les closes de l'Alt Empordà entre els anys 1957 i 2001. Dins el marc teòric s'hi explora el concepte de paisatge cultural agrari tradicional, es fa una introducció de les aportacions que fa la geografia històrica a l'estudi de les closes arreu d'Europa i es presenten els fonaments de l'ecologia del paisatge. La recerca es basa en la fotointerpretació de fotografies aèries ampliades i l'aplicació d'índexs espacials propis de l'ecologia del paisatge per a l'anàlisi de l'evolució de l'estructura del paisatge. Es complementa amb la realització d'entrevistes personals als gestors del paisatge per tal de conèixer com han dut a terme la gestió de les closes al llarg del període estudiat. Es combinen ambdós tipus d'informació a través de la tècnica estadística de la regressió logística multinomial per tal de descobrir el funcionament de les interaccions entre aquests àmbits. / The dissertation is a study of the evolution of the hedgerow landscape in the Alt Empordà between years 1957 and 2001. Within the theoretical frame the concept of traditional agrarian cultural landscape is explored, we provide an introduction to the main contributions that geographical history does to the study of hedgerow landscapes in Europe and the foundations of landscape ecology are presented. The research is based on the photointerpretation of enlarged aerial photographs and the calculation of landscape ecology metrics for the analysis of the landscape structure. This is complimented with personal interviews with the managers of the landscape in order to know how they have managed the landscape along the period studied. These two types of information are combined through the statistical tool of multinomial logistic regression to uncover how the interactions between these two areas work.

Cette thèse s'inscrit dans un partenariat entre l'INRA et l'INRIA et dans le champs de l'extraction de connaissances à partir de bases de données spatiales. La problématique porte sur la caractérisation et la simulation de paysages agricoles. Plus précisément, nous nous concentrons sur des lignes qui structurent le paysage agricole, telles que les routes, les fossés d'irrigation et les haies. Notre objectif est de modéliser les haies en raison de leur rôle dans de nombreux processus écologiques et environnementaux. Nous étudions les moyens de caractériser les structures de haies sur deux paysages agricoles contrastés, l'un situé dans le sud-Est de la France (majoritairement composé de vergers) et le second en Bretagne (Ouest de la France, de type bocage). Nous déterminons également si, et dans quelles circonstances, la répartition spatiale des haies est structurée par la position des éléments linéaires plus pérennes du paysage tels que les routes et les fossés et l'échelle de ces structures. La démarche d'extraction de connaissances à partir de base de données (ECBD) mise en place comporte différentes étapes de prétraitement et de fouille de données, alliant des méthodes mathématiques et informatiques. La première partie du travail de thèse se concentre sur la création d'un indice spatial statistique, fondé sur une notion géométrique de voisinage et permettant la caractérisation des structures de haies. Celui-Ci a permis de décrire les structures de haies dans le paysage et les résultats montrent qu'elles dépendent des éléments plus pérennes à courte distance et que le voisinage des haies est uniforme au-Delà de 150 mètres. En outre différentes structures de voisinage ont été mises en évidence selon les principales orientations de haies dans le sud-Est de la France, mais pas en Bretagne. La seconde partie du travail de thèse a exploré l'intérêt du couplage de méthodes de linéarisation avec des méthodes de Markov. Les méthodes de linéarisation ont été introduites avec l'utilisation d'une variante des courbes de Hilbert : les chemins de Hilbert adaptatifs. Les données spatiales linéaires ainsi construites ont ensuite été traitées avec les méthodes de Markov. Ces dernières ont l'avantage de pouvoir servir à la fois pour l'apprentissage sur les données réelles et pour la génération de données, dans le cadre, par exemple, de la simulation d'un paysage. Les résultats montrent que ces méthodes couplées permettant un apprentissage et une génération automatique qui capte des caractéristiques des différents paysages. Les premières simulations sont encourageantes malgré le besoin d'un post-Traitement. Finalement, ce travail de thèse a permis la création d'une méthode d'exploration de données spatiales basée sur différents outils et prenant en charge toutes les étapes de l'ECBD classique, depuis la sélection des données jusqu'à la visualisation des résultats. De plus, la construction de cette méthode est telle qu'elle peut servir à son tour à la génération de données, volet nécessaire pour la simulation de paysage / This thesis is part of a partnership between INRA and INRIA in the field of knowledge extraction from spatial databases. The study focuses on the characterization and simulation of agricultural landscapes. More specifically, we focus on linears that structure the agricultural landscape, such as roads, irrigation ditches and hedgerows. Our goal is to model the spatial distribution of hedgerows because of their role in many ecological and environmental processes. We more specifically study how to characterize the spatial structure of hedgerows in two contrasting agricultural landscapes, one located in south-Eastern France (mainly composed of orchards) and the second in Brittany (western France, \emph{bocage}-Type). We determine if the spatial distribution of hedgerows is structured by the position of the more perennial linear landscape features, such as roads and ditches, or not. In such a case, we also detect the circumstances under which this spatial distribution is structured and the scale of these structures. The implementation of the process of Knowledge Discovery in Databases (KDD) is comprised of different preprocessing steps and data mining algorithms which combine mathematical and computational methods. The first part of the thesis focuses on the creation of a statistical spatial index, based on a geometric neighborhood concept and allowing the characterization of structures of hedgerows. Spatial index allows to describe the structures of hedgerows in the landscape. The results show that hedgerows depend on more permanent linear elements at short distances, and that their neighborhood is uniform beyond 150 meters. In addition different neighborhood structures have been identified depending on the orientation of hedgerows in the South-East of France but not in Brittany. The second part of the thesis explores the potential of coupling linearization methods with Markov methods. The linearization methods are based on the use of alternative Hilbert curves: Hilbert adaptive paths. The linearized spatial data thus constructed were then treated with Markov methods. These methods have the advantage of being able to serve both for the machine learning and for the generation of new data, for example in the context of the simulation of a landscape. The results show that the combination of these methods for learning and automatic generation of hedgerows captures some characteristics of the different study landscapes. The first simulations are encouraging despite the need for post-Processing. Finally, this work has enabled the creation of a spatial data mining method based on different tools that support all stages of a classic KDD, from the selection of data to the visualization of results. Furthermore, this method was constructed in such a way that it can also be used for data generation, a component necessary for the simulation of landscapes

Während der letzten Jahrzehnte hat sich die Landwirtschaft grundlegend verändert und wird heute zunehmend von hocheffektiven, wirtschaftlich optimierten Produktionssystemen mit ausgedehnten Anbauflächen und dem damit verbundenen gesteigertem Einsatz von Kunstdüngern und Pestiziden geprägt. Diese Entwicklung bedingt jedoch auch den Verlust und die Fragmentierung von naturnahen Habitaten mit negativen Auswirkungen auf die Artenvielfalt in intensiv genutzten landwirtschaftlichen Gebieten. Der Rückgang der Artenvielfalt führt zur Schwächung von Ökosystemfunktionen wie der biologischen Schädlingskontrolle oder der Bestäubung von Ackerkulturen. Agrarumweltprogramme, ökologische Anbaumethoden und Habitatmanagement können helfen, diese negativen Auswirkungen abzumildern. Hierbei wird zunehmend deutlich, dass neben der lokalen Ebene auch der Einfluß der strukturellen Diversität auf der Landschaftsebene berücksichtigt werden muß: Eine Steigerung der Habitatdiversität auf der Landschaftsebene kann die Biodiversität auf der lokalen Ebene erhöhen, und so die negativen Folgen einer intensivierten Landnutzung kompensieren. In dieser Arbeit wurden die Effekte von lokalem Habitatmanagement (künstlich angelegte Blühstreifen, Waldränder und Hecken) und die Effekte verschiedener Anbaumethoden (extensive im Gegensatz zu intensiver Nutzung) auf Schwebfliegen-Gilden untersucht. Des Weiteren wurde der Einfluß bestimmter Landschaftsparameter, wie das Verhältnis von landwirtschaftlich genutzter Fläche zu naturnahem Habitat (als Maß der strukturellen Komplexität der Landschaften), oder der prozentuale Anteil von Rapskulturen im Umfeld der Versuchsflächen untersucht. Schwebfliegen stellen eine der größten Gruppen der Insektenordnung Diptera dar und kommen in vielen verschiedenen Habitaten in landwirtschaftlich genutzten Gebieten vor. Während adulte Schwebfliegen hauptsächlich Pollen- und Nektarkonsumenten sind, zeigen ihre Larven eine große Vielfalt von Ernährungsstrategien, die von zoophagen über bakteriophage und phytophage bis hin zu fungivoren Spezies reichen. Aphidophage Spezies wie Episyrphus balteatus oder Sphaerophoria scripta stellen die im Untersuchungsgebiet die am häufigsten vertretenen Schwebfliegenarten dar und können eine wichtige Rolle bei der biologischen Schädlingskontrolle verschiedener Blattlausarten einnehmen (z.B. Sitobion avenae, Rhopalosiphum padi, Metopolophium dirhodum). In dieser Arbeit haben wir den Einfluß künstlich angelegter Blühstreifen und natürlich entwickelter Grasstreifen auf Schwebfliegenpopulationen in Winterweizenfeldern untersucht, die entlang eines Gradienten der Landschaftskomplexität (zwischen 30% und 100% Ackerland auf mutiplen räumlichen Skalen von 0.5 bis 4 km Radien der Landschaftssektoren) lagen. Die Analyse des Einflusses extensiver im Vergleich zu intensiver Landwirtschaft wurde in zwei europäischen Ländern durchgeführt (Südschweden und Norddeutschland), indem jeweils vier Felder mit hoher landwirtschaftlicher Intensivierung (lokalisiert in strukturarmen Landschaften) mit vier Feldern mit niedriger landwirtschaftlicher Intensivierung (lokalisiert in strukturreichen Landschaften) verglichen wurden. Weiterhin wurde der Einfluß von Waldrändern, mit Waldrädern verbundenen Hecken und isolierten Hecken, die an landwirtschaftliche Flächen (Winterweizen- und Rapsfelder) angrenzten, im Zusammenhang mit veränderlichen Anteilen von Rapsfeldern in der umliegenden Landschaft im Hinblick auf die Häufigkeit von Schwebfliegen untersucht. Die Ergebnisse haben gezeigt, dass Blühstreifen die Häufigkeit von Schwebfliegen steigern können: Die Schwebfliegen-Artenvielfalt in Weizenfeldern, die sich in der Nähe von Blühstreifen befanden, war ebenfalls erhöht. Weiterhin nahmen der Artenreichtum und die Häufigkeit von Schwebfliegen in den Blühstreifen zu, wenn der Anteil von Ackerland im umgebenden Landschaftsausschnitt anstieg, was zu einer Konzentration von Schwebfliegengemeinschaften auf den vereinzelten, aber als Nahrungsressource lohnenden, Blühstreifen führte. Die Gesamthäufigkeit von Schwebfliegen, ebenso wie die Häufigkeit von aphidophagen Schwebfliegen, war auf den deutschen Versuchsflächen höher als auf den schwedischen Versuchsflächen. Die Häufigkeit von aphidophagen Schwebfliegen war in Feldern mit hoher Intensivierung erhöht, während nicht-aphidophage Schwebfliegen in Feldern mit niedriger Intensivierung häufiger waren. Außerdem tauchten Schwebfliegen in der deutschen Versuchsregion früher in der Saison auf, was möglicherweise eine engere Räuber-Beute-Synchronisation ermöglicht. Die Abundanz der Schwebfliegen war in Rapsfeldern im Vergleich zu Weizenfeldern erhöht. Die Häufigkeit von aphidophagen Schwebfliegen in Hecken und Waldrändern unterschied sich entsprechend benachbarter Feldfrüchte (Weizen und Raps) und dem Anteil von Rapsfeldern in der umgebenden Landschaft. Hierbei zeigte sich eine verringerte Abundanz aphidophager Schwebfliegen in der Nachbarschaft von Rapsfeldern (Verdünnungseffekt) und eine erhöhte Abundanz in der Nachbarschaft von Winterweizenfeldern (Konzentrationseffekt) bei gleichzeitig hohen Anteilen von Rapsfeldern in der umgebenden Landschaft. Die Abundanz von aphidophagen Schwebfliegen war am höchsten in Hecken, welche mit einem Waldrand verbunden waren. Gleichzeitig zeigte sich auch eine erhöhte Abundanz in den an solche Standorte angrenzenden Agrarflächen, was auf ein gesteigertes Übertreten (spillover) zwischen den Hecken-Habitaten und den angrenzenden landwirtschaftlichen Flächen hindeutet, und auf diesem Wege möglicherweise auch die biologische Schädlingskontrolle und die Bestäuberleistung verbessern kann. Im Allgemeinen haben die Resultate gezeigt, dass lokales Habitatmanagement die Diversität und die Häufigkeit von Schwebfliegen erhöhen kann und dabei möglicherweise auch die biologische Kontrolle von Getreideblattläusen gesteigert werden kann. Auf der Landschaftsebene unterstreichen die Resultate die Annahme, dass Umweltmanagement in strukturarmen Landschaften aufgrund der Konzentration hochmobiler Schwebfliegen in ressourcenreichen Habitaten effektiver ist als in Landschaften mit generell erhöhter Habitattypendiversität. Die relative Häufigkeit von aphidophagen Schwebfliegen variierte stark zwischen der deutschen und der schwedischen Versuchsregion, was auf eine veränderliche Rolle bestimmter Arten in unterschiedlichen Breiten hinweist. Schwebfliegen-Gilden (aphidophage im Gegensatz zu nicht-aphidophagen) wurden unterschiedlich von der landwirtschaftlichen Intensivierung beeinflußt. Die Häufigkeit von aphidophagen Schwebfliegen in naturnahen Hecken wird durch den Prozentsatz der Rapsfelder in der umgebenden Landschaft sowie die Art der benachbarten Feldfrüchte beeinflußt. Die positive Wirkung seminatürlicher Habitate wie künstlicher Blühstreifen und Hecken auf angrenzende Anbauflächen (mit veränderlicher Stärke entsprechend verschiedener Landschaftsparameter wie Ackeranteil und Rapsanteil) zeigt den dringenden Bedarf an gruppenspezifischen Habitatmanagementmethoden, um die Biodiversität und damit verbundene Ökosystemleistungen wie die biologische Schädlingskontrolle und Bestäubung in Agrarlandschaften zu verbessern.