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"Pesquisa de sítios de restrição enzimática em segmento da ORF K1 do genoma de herpesvírus humano tipo 8 (HHV-8) em isolados clínicos de São Paulo: relação com subtipos virais e implantação da técnica de RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism Analyses) para determinar subtipos virais" / "Research of the restriction enzymatic sites in segment from ORF K1 genome HHV-8, isolates from KS-AIDS patients of São Paulo. Standardized a PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism analysis for HHV-8 subtyping"Moreira, Abdiel Aparecido 22 August 2003 (has links)
A epidemia da Síndrome de Imunodeficiência Adquirida (AIDS) fez aumentar a incidência de sarcoma de Kaposi (SK) em todos os países e o SK passou a ser considerado doença definidora de AIDS. Desde a descoberta de seu agente etiológico, o herpesvírus humano tipo 8 (HHV-8), vários estudos vêm sendo realizados com o objetivo de caracterizar subtipos virais presentes em todas as formas de SK: clássica, endêmica, iatrogênica e epidêmica. Os sistemas rotineiramente usados na subtipagem do HHV-8 têm usado o seqüenciamento de um gene que contém regiões hipervariáveis e que codifica uma glicoproteína de membrana viral (ORF K1). O presente trabalho apresenta um sistema de subtipagem alternativo que se baseia na presença de sítios de restrição enzimática em um pequeno segmento do gene ORF K1, região hipervariável 1 (VR1) e que permite discriminar subtipos virais. A análise de 68 seqüências; 50 que pertenciam a 36 pacientes com sarcoma de Kaposi infectados e não infectados pelo HIV-1 de São Paulo e 18 a protótipos dos subtipos A a E, mostraram mapas de restrição enzimática característicos dos principais subtipos virais descritos até o momento. Tomando como base apenas as enzimas disponíveis comercialmente, foram selecionadas cinco que se mostraram úteis para a subtipagem de HHV-8: Taq I, Nsi I, Hinf I, Hae III e Mse I. Os resultados obtidos com a técnica de PCR-RFLP (reação em cadeia de polimerase associada à análise do polimorfismo de fragmentos de restrição enzimática) mostraram que de 48 espécimes brasileiros previamente classificados como sendo dos subtipos A, B e C por seqüenciamento gênico, todos foram corretamente subtipados pela técnica de PCR-RFLP. Três amostras (duas do subtipo A e uma do B) apresentaram mais um sítio de restrição enzimática além dos descritos como sendo os predominantes. Mais recentemente, outras 27 amostras de 18 casos de infecção por HHV-8 foram subtipadas pela PCR-RFLP. Houve detecção de oito isolados do subtipo A, sendo seis de variante predominante, um de variante minoritária conhecida e um de nova variante viral. Dois casos de infecção por HHV-8 do subtipo B e sete do subtipo C também foram identificados. Finalmente, um provável caso de infecção pelo subtipo E foi encontrado em paciente com SK-AIDS disseminado, resistente à quimioterapia. Na avaliação global, houve maior número de casos de infecção por HHV-8 dos subtipos A e C. Concluindo, devido à alta sensibilidade e especificidade, baixo custo, rapidez e facilidade de execução, a técnica de PCR-RFLP pode ser usada em larga escala para estudos de epidemiologia molecular, principalmente em países em desenvolvimento. / AIDS epidemic has increased the incidence rates of Kaposi s sarcoma (KS) in all countries, and KS has been considered an AIDS-defining illness. Since the discovery of the human herpesvirus 8 (HHV-8), the etiological agent of KS, several studies have been conducted in order to characterize HHV-8 in all forms of KS: classic, endemic, iatrogenic, and epidemic. The HHV-8 genome presents a hypervariable region termed ORF K1 useful for virus subtyping. The objectives of the present study were to describe an alternative method for subtyping HHV-8, to compare this new method with DNA sequencing, and to use this method for HHV-8 subtyping. After cloning and sequencing a segment of the ORF K1 (VR1) in 50 HHV-8/DNA isolates from 36 Brazilian KS-AIDS patients, we searched for restriction enzymatic sites in this segment of DNA, and compared them with 18 sequences reported in the literature. Then we constructed the enzymatic restriction maps useful for discriminating all HHV-8 subtypes described up to now, and standardized a PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism analysis) using five commercial enzymes: Taq I, Nsi I, Hinf I, Hae III e Mse I. After comparing the results obtained by the two methods, we used PCR-RFLP for HHV-8 subtyping in 27 new HHV-8/DNA isolates. The results obtained by DNA sequencing and PCR-RFLP showed 100% of concordance, and allowed the use of PCR-RFLP for HHV-8 subtyping. Indeed, we disclosed that among KS-AIDS patients from São Paulo, subtypes A and C are more prevalent than subtype B. Although additional restriction sites were detected in some Brazilian HHV-8 isolates, the majority of them belonged to the predominant strains described in the literature. Interestingly, one probable case of HHV-8 subtype E was detected in a patient who presented disseminated KS and resistance to chemotherapy. Because of its high sensitivity, specificity, low cost, and rapid execution, PCR-RFLP could be used on a large scale, mostly in countries with poor resources and where KS is endemic.
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"Pesquisa de sítios de restrição enzimática em segmento da ORF K1 do genoma de herpesvírus humano tipo 8 (HHV-8) em isolados clínicos de São Paulo: relação com subtipos virais e implantação da técnica de RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism Analyses) para determinar subtipos virais" / "Research of the restriction enzymatic sites in segment from ORF K1 genome HHV-8, isolates from KS-AIDS patients of São Paulo. Standardized a PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism analysis for HHV-8 subtyping"Abdiel Aparecido Moreira 22 August 2003 (has links)
A epidemia da Síndrome de Imunodeficiência Adquirida (AIDS) fez aumentar a incidência de sarcoma de Kaposi (SK) em todos os países e o SK passou a ser considerado doença definidora de AIDS. Desde a descoberta de seu agente etiológico, o herpesvírus humano tipo 8 (HHV-8), vários estudos vêm sendo realizados com o objetivo de caracterizar subtipos virais presentes em todas as formas de SK: clássica, endêmica, iatrogênica e epidêmica. Os sistemas rotineiramente usados na subtipagem do HHV-8 têm usado o seqüenciamento de um gene que contém regiões hipervariáveis e que codifica uma glicoproteína de membrana viral (ORF K1). O presente trabalho apresenta um sistema de subtipagem alternativo que se baseia na presença de sítios de restrição enzimática em um pequeno segmento do gene ORF K1, região hipervariável 1 (VR1) e que permite discriminar subtipos virais. A análise de 68 seqüências; 50 que pertenciam a 36 pacientes com sarcoma de Kaposi infectados e não infectados pelo HIV-1 de São Paulo e 18 a protótipos dos subtipos A a E, mostraram mapas de restrição enzimática característicos dos principais subtipos virais descritos até o momento. Tomando como base apenas as enzimas disponíveis comercialmente, foram selecionadas cinco que se mostraram úteis para a subtipagem de HHV-8: Taq I, Nsi I, Hinf I, Hae III e Mse I. Os resultados obtidos com a técnica de PCR-RFLP (reação em cadeia de polimerase associada à análise do polimorfismo de fragmentos de restrição enzimática) mostraram que de 48 espécimes brasileiros previamente classificados como sendo dos subtipos A, B e C por seqüenciamento gênico, todos foram corretamente subtipados pela técnica de PCR-RFLP. Três amostras (duas do subtipo A e uma do B) apresentaram mais um sítio de restrição enzimática além dos descritos como sendo os predominantes. Mais recentemente, outras 27 amostras de 18 casos de infecção por HHV-8 foram subtipadas pela PCR-RFLP. Houve detecção de oito isolados do subtipo A, sendo seis de variante predominante, um de variante minoritária conhecida e um de nova variante viral. Dois casos de infecção por HHV-8 do subtipo B e sete do subtipo C também foram identificados. Finalmente, um provável caso de infecção pelo subtipo E foi encontrado em paciente com SK-AIDS disseminado, resistente à quimioterapia. Na avaliação global, houve maior número de casos de infecção por HHV-8 dos subtipos A e C. Concluindo, devido à alta sensibilidade e especificidade, baixo custo, rapidez e facilidade de execução, a técnica de PCR-RFLP pode ser usada em larga escala para estudos de epidemiologia molecular, principalmente em países em desenvolvimento. / AIDS epidemic has increased the incidence rates of Kaposi s sarcoma (KS) in all countries, and KS has been considered an AIDS-defining illness. Since the discovery of the human herpesvirus 8 (HHV-8), the etiological agent of KS, several studies have been conducted in order to characterize HHV-8 in all forms of KS: classic, endemic, iatrogenic, and epidemic. The HHV-8 genome presents a hypervariable region termed ORF K1 useful for virus subtyping. The objectives of the present study were to describe an alternative method for subtyping HHV-8, to compare this new method with DNA sequencing, and to use this method for HHV-8 subtyping. After cloning and sequencing a segment of the ORF K1 (VR1) in 50 HHV-8/DNA isolates from 36 Brazilian KS-AIDS patients, we searched for restriction enzymatic sites in this segment of DNA, and compared them with 18 sequences reported in the literature. Then we constructed the enzymatic restriction maps useful for discriminating all HHV-8 subtypes described up to now, and standardized a PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism analysis) using five commercial enzymes: Taq I, Nsi I, Hinf I, Hae III e Mse I. After comparing the results obtained by the two methods, we used PCR-RFLP for HHV-8 subtyping in 27 new HHV-8/DNA isolates. The results obtained by DNA sequencing and PCR-RFLP showed 100% of concordance, and allowed the use of PCR-RFLP for HHV-8 subtyping. Indeed, we disclosed that among KS-AIDS patients from São Paulo, subtypes A and C are more prevalent than subtype B. Although additional restriction sites were detected in some Brazilian HHV-8 isolates, the majority of them belonged to the predominant strains described in the literature. Interestingly, one probable case of HHV-8 subtype E was detected in a patient who presented disseminated KS and resistance to chemotherapy. Because of its high sensitivity, specificity, low cost, and rapid execution, PCR-RFLP could be used on a large scale, mostly in countries with poor resources and where KS is endemic.
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Prevalência e correlações clínicas da infecção pelo herpesvírus humano tipo 8 em indivíduos recém-infectados pelo HIV / High Human Herpesvirus 8 (HHV-8) prevalence, clinical correlates and high incidence among recently HIV-1-infected subjects in São Paulo, BrazilBatista, Mariana Dias [UNIFESP] 25 March 2009 (has links) (PDF)
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Previous issue date: 2009-03-25 / A infecção pelo herpesvírus humano tipo 8 (HHV-8) e suas correlações clínicas não foram até o presente bem caracterizadas em indivíduos recém-infectados pelo HIV. Esse estudo avalia a prevalência e correlações clínicas da infecção pelo HHV-8 em uma coorte de 228 indivíduos recém-infectados pelo HIV (vírus da imunodeficiência humana), além de estudar a incidência desta infecção após um ano de acompanhamento. As sorologias para HHV-8 foram realizadas através de imunofluorescência indireta para antígenos latentes e líticos. Encontrou-se prevalência de 25,9% (59/228) no início do acompanhamento. No modelo de análise univariada, foram encontradas associações estatisticamente significantes com sexo masculino (p=0,05), transmissão entre homens que fazem sexo com homens (p=0,023), hepatite B (p=0,009), sífilis (0,034) e etnia negra (p=0,021). No modelo multivariado permaneceram as associações com modo de transmissão, hepatite B e etnia negra. Não foram evidenciadas diferenças nas medianas da contagem de linfócitos T CD4+ e na carga viral do HIV de acordo com positividade para o HHV-8. Em termos de incidência, foram observadas 23/127 (18,1%) soroconversões na coorte após 1 ano de acompanhamento. A partir deste estudo pode-se concluir que o HHV-8 é altamente prevalente em indivíduos recém-infectados pelo HIV. Além disso, as correlações encontradas entre o HHV-8 e outras infecções sexualmente transmissíveis corroboram a teoria de que estas infecções compartilham modos de trasmissão comuns. / Background: Human herpesvirus 8 (HHV-8) is the etiological agent for Kaposi’s sarcoma, which occurs especially in HIV-infected subjects. HHV-8 infection and its clinical correlates have not been well characterized in recently HIV-1-infected individuals. Methods: We assessed the HHV-8 seroprevalence, clinical correlates, and incidence after one year of follow-up in a cohort of 228 recently HIV-1-infected individuals using indirect immunofluorescence assay. Results: The prevalence of HHV-8 infection at the time of cohort enrollment was 25.9% (59/228). In the univariate model, there were significant associations with male gender (p=0.05), black ethnicity (p=0.021), men who have sex with men (MSM) practice (p=0.023), and previous hepatitis B virus (p=0.009) and syphilis (p=0.034) infections. In the multivariate model we could still demonstrate association with MSM, hepatitis B, and black ethnicity. No differences in mean CD4+ cell counts or HIV viral load according to HHV-8 status were found. In terms of incidence, there were 23/127 (18.1%) seroconversions in the cohort after one year. Conclusions: HHV-8 is highly prevalent among recently HIV-1-infected subjects. Correlations with other sexually transmitted infections suggest common transmission routes. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações
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"Hipervírus humano tipo 8 (HHV-8): Estudo de segmentos alvo do genoma viral em amostras de sangue, saliva e urina de pacientes infectados pelo HIV/aids, com e sem Sarcoma de Kaposi" / Human Herpesvirus type 8 (HHV-8): Study of target segments of the HHV-8 genoma in blood, saliva and urine of HIV/aids infected patients with or without Kaposi's SarcomaFortuna, Elizabeth de Los Santos 08 December 2005 (has links)
Desde a descoberta do herpes vírus humano tipo 8 (HHV-8) como o agente etiológico do sarcoma de Kaposi (SK) nas suas diferentes formas clínico-epidemiológicas, vários estudos vêm sendo conduzidos com o intuito de determinar as vias de transmissão desse vírus em populações endêmicas e de risco epidemiológico. Em regiões endêmicas, a transmissão viral foi relacionada à transmissão horizontal de mães para filhos e entre irmãos e a sexual principalmente, nos casos de SK/aids. Com o objetivo de determinar segmentos do genoma viral em fluídos biológicos e consequentemente seu potencial infectante foi conduzido o presente trabalho. Foram avaliados quanto à presença de segmentos localizados em posições estratégicas do genoma do HHV-8 em sangue, saliva e urina de 76 pacientes com SK/aids, 19 pacientes com HIV/aids, 4 casos de SK clássico e 11 indivíduos sadios (HIV-soronegativos, sem SK). Foram utilizadas as técnicas de PCR "nested" para as ORF K1, ORF 25, ORF 26, ORF K8.1 e ORF 73 em DNA extraído de material de biópsia de lesão de SK (controle positivo), células do sangue periférico, saliva e urina. Os resultados de PCR positivo para o HHV-8 foram analisados quanto a variáveis epidemiológicas, clínicas e laboratoriais. Foram consideradas como variáveis: sexo, cor, origem étnica, tempo de infecção por HIV e de acompanhamento do SK, terapia ARV e para SK, contagem de células CD4+ e sorologia para o HHV-8 (IFI-LANA e IFI-Lítico). Os testes estatísticos de regressão logística e de razão de chances foram usados para detectar as associações estatisticamente significantes entre as PCRs positivas e as variáveis estudadas nos grupos SK/aids e HIV/aids. Os subtipos do HHV-8 foram também determinados pela técnica de PCR-RFLP da ORF K1 (VR1). Os resultados obtidos mostraram a detecção de DNA/HHV-8 em 80,2% do material de biópsia, 69,7% no sangue, 59,2% na saliva e 21,0% na urina de pacientes com SK/aids. No grupo HIV/aids, a PCR para o HHV-8 resultou positiva em 47,4% dos casos no sangue e em 26,3% na saliva e urina. Já no grupo SK clássico 100% das biópsias e salivas resultaram PCR positiva, 67% do sangue e 33% das urinas. A avaliação sorológica revelou 73,3% de reatividade para IFI-LANA e 85,3% para a IFI-Lítico no grupo SK/aids, enquanto o grupo HIV/aids mostrou reatividade de 15,8% para IFI-LANA e 47,4% para IFI-Lítico; todos os pacientes apresentaram resultados reagentes nas duas sorologias para o HHV-8 no grupo de SK clássico. No grupo controle sadio não houve reatividade na sorologia para o HHV-8, com exceção de um caso, que mostrou ser reagente na IFI-LANA. Foi possível realizar a subtipagem do HHV-8 em amostras de 69 pacientes, sendo detectadas 27 cepas do subtipo A, 13 do subtipo B, 28 do subtipo C e 1 do subtipo E. Após as análises estatísticas foi verificado que as PCRs que identificam as regiões ORF 26, ORF K8.1 e ORF 73 foram as que apresentaram melhor desempenho na identificação de DNA/HHV-8. Houve associação entre a reatividade de IFI-Lítico e a presença do vírus no sangue periférico, assim como a reatividade para IFI-LANA e a detecção de DNA/HHV-8 na saliva. Houve uma tendência dos subtipos B e C de HHV-8 serem detectados em pacientes com infecção profunda ou disseminada de SK. Estes resultados sugerem que a boca pode ser um sítio de latência da infecção por HHV-8 e confirmam a atuação de sangue, saliva e urina como fluídos potencialmente infectantes. / Since the discovery of the human herpesvirus 8 (HHV-8) as the etiological agent of Kaposis sarcoma (KS), several studies have been conducted in order to determine routes of virus transmission, mostly in endemic and at risk populations. The main of the present study was to determine target segments of the HHV-8 genoma and consequently infected bodily fluids. DNA sequences of ORF K1, ORF 25, ORF 26, ORF K8.1 and ORF 73 strategically localized in viral genoma were searched using nested PCR techniques in KS lesions (positive control), blood, saliva, and urine from 76 KS/aids patients, 19 HIV/aids patients, 4 classic KS patients, and among 11 healthy individuals (HIV-1 seronegative, without KS). HHV-8 subtypes were determined by PCR-RFLP of the ORF K1 (VR1), and HHV-8 antibodies by IFA-LANA and IFA-Lytic assays. The results obtained were analyzed according to epidemiological, clinical and laboratorial data, and the c2 test, logistic regression and odds ratio were applied to identify statistical association among variables in KS/aids and HIV/aids groups. The results obtained showed HHV-8 DNA in 80.2% of biopsies, 69.7% of blood, 59.2% of saliva, and 21% of urines from KS/aids group. Among HIV/aids patients, 47.4% resulted PCR positive in blood, 26.3% in saliva and urine. In classic KS cases, all biopsies and saliva resulted PCR positive, 67% in blood, and 33% in urine. The serology in KS/aids group showed 73.3% frequency of anti-latent antibodies, and 85.3% frequency of anti-lytic antibodies, while in HIV/aids group the frequencies were 15.8% and 47.4%, respectively. All classic KS cases resulted HHV-8 seroposite, while all individuals from control group resulted HHV-8 seronegative. Molecular characterization of 69 HHV-8 strains disclosed: 27 of subtype A, 13 of subtype B, 28 of subtype C, and 1 of subtype E. The ORF 26, ORF K8.1 and ORF 73 were the best segments for identifying HHV-8 DNA in bodily fluids. It was observed an association between antibodies to lytic antigens and the presence of HHV-8 in blood, and antibodies to latent antigens and the detection of HHV8 DNA in saliva of KS/aids patients. Indeed, HHV-8 subtypes B and C were detected mostly in disseminated KS cases. Taken together, the results obtained suggest that the mouth could be one site of HHV-8 latency, and confirm that blood, saliva and urine were potentially infectious bodily fluids.
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"Hipervírus humano tipo 8 (HHV-8): Estudo de segmentos alvo do genoma viral em amostras de sangue, saliva e urina de pacientes infectados pelo HIV/aids, com e sem Sarcoma de Kaposi" / Human Herpesvirus type 8 (HHV-8): Study of target segments of the HHV-8 genoma in blood, saliva and urine of HIV/aids infected patients with or without Kaposi's SarcomaElizabeth de Los Santos Fortuna 08 December 2005 (has links)
Desde a descoberta do herpes vírus humano tipo 8 (HHV-8) como o agente etiológico do sarcoma de Kaposi (SK) nas suas diferentes formas clínico-epidemiológicas, vários estudos vêm sendo conduzidos com o intuito de determinar as vias de transmissão desse vírus em populações endêmicas e de risco epidemiológico. Em regiões endêmicas, a transmissão viral foi relacionada à transmissão horizontal de mães para filhos e entre irmãos e a sexual principalmente, nos casos de SK/aids. Com o objetivo de determinar segmentos do genoma viral em fluídos biológicos e consequentemente seu potencial infectante foi conduzido o presente trabalho. Foram avaliados quanto à presença de segmentos localizados em posições estratégicas do genoma do HHV-8 em sangue, saliva e urina de 76 pacientes com SK/aids, 19 pacientes com HIV/aids, 4 casos de SK clássico e 11 indivíduos sadios (HIV-soronegativos, sem SK). Foram utilizadas as técnicas de PCR "nested" para as ORF K1, ORF 25, ORF 26, ORF K8.1 e ORF 73 em DNA extraído de material de biópsia de lesão de SK (controle positivo), células do sangue periférico, saliva e urina. Os resultados de PCR positivo para o HHV-8 foram analisados quanto a variáveis epidemiológicas, clínicas e laboratoriais. Foram consideradas como variáveis: sexo, cor, origem étnica, tempo de infecção por HIV e de acompanhamento do SK, terapia ARV e para SK, contagem de células CD4+ e sorologia para o HHV-8 (IFI-LANA e IFI-Lítico). Os testes estatísticos de regressão logística e de razão de chances foram usados para detectar as associações estatisticamente significantes entre as PCRs positivas e as variáveis estudadas nos grupos SK/aids e HIV/aids. Os subtipos do HHV-8 foram também determinados pela técnica de PCR-RFLP da ORF K1 (VR1). Os resultados obtidos mostraram a detecção de DNA/HHV-8 em 80,2% do material de biópsia, 69,7% no sangue, 59,2% na saliva e 21,0% na urina de pacientes com SK/aids. No grupo HIV/aids, a PCR para o HHV-8 resultou positiva em 47,4% dos casos no sangue e em 26,3% na saliva e urina. Já no grupo SK clássico 100% das biópsias e salivas resultaram PCR positiva, 67% do sangue e 33% das urinas. A avaliação sorológica revelou 73,3% de reatividade para IFI-LANA e 85,3% para a IFI-Lítico no grupo SK/aids, enquanto o grupo HIV/aids mostrou reatividade de 15,8% para IFI-LANA e 47,4% para IFI-Lítico; todos os pacientes apresentaram resultados reagentes nas duas sorologias para o HHV-8 no grupo de SK clássico. No grupo controle sadio não houve reatividade na sorologia para o HHV-8, com exceção de um caso, que mostrou ser reagente na IFI-LANA. Foi possível realizar a subtipagem do HHV-8 em amostras de 69 pacientes, sendo detectadas 27 cepas do subtipo A, 13 do subtipo B, 28 do subtipo C e 1 do subtipo E. Após as análises estatísticas foi verificado que as PCRs que identificam as regiões ORF 26, ORF K8.1 e ORF 73 foram as que apresentaram melhor desempenho na identificação de DNA/HHV-8. Houve associação entre a reatividade de IFI-Lítico e a presença do vírus no sangue periférico, assim como a reatividade para IFI-LANA e a detecção de DNA/HHV-8 na saliva. Houve uma tendência dos subtipos B e C de HHV-8 serem detectados em pacientes com infecção profunda ou disseminada de SK. Estes resultados sugerem que a boca pode ser um sítio de latência da infecção por HHV-8 e confirmam a atuação de sangue, saliva e urina como fluídos potencialmente infectantes. / Since the discovery of the human herpesvirus 8 (HHV-8) as the etiological agent of Kaposis sarcoma (KS), several studies have been conducted in order to determine routes of virus transmission, mostly in endemic and at risk populations. The main of the present study was to determine target segments of the HHV-8 genoma and consequently infected bodily fluids. DNA sequences of ORF K1, ORF 25, ORF 26, ORF K8.1 and ORF 73 strategically localized in viral genoma were searched using nested PCR techniques in KS lesions (positive control), blood, saliva, and urine from 76 KS/aids patients, 19 HIV/aids patients, 4 classic KS patients, and among 11 healthy individuals (HIV-1 seronegative, without KS). HHV-8 subtypes were determined by PCR-RFLP of the ORF K1 (VR1), and HHV-8 antibodies by IFA-LANA and IFA-Lytic assays. The results obtained were analyzed according to epidemiological, clinical and laboratorial data, and the c2 test, logistic regression and odds ratio were applied to identify statistical association among variables in KS/aids and HIV/aids groups. The results obtained showed HHV-8 DNA in 80.2% of biopsies, 69.7% of blood, 59.2% of saliva, and 21% of urines from KS/aids group. Among HIV/aids patients, 47.4% resulted PCR positive in blood, 26.3% in saliva and urine. In classic KS cases, all biopsies and saliva resulted PCR positive, 67% in blood, and 33% in urine. The serology in KS/aids group showed 73.3% frequency of anti-latent antibodies, and 85.3% frequency of anti-lytic antibodies, while in HIV/aids group the frequencies were 15.8% and 47.4%, respectively. All classic KS cases resulted HHV-8 seroposite, while all individuals from control group resulted HHV-8 seronegative. Molecular characterization of 69 HHV-8 strains disclosed: 27 of subtype A, 13 of subtype B, 28 of subtype C, and 1 of subtype E. The ORF 26, ORF K8.1 and ORF 73 were the best segments for identifying HHV-8 DNA in bodily fluids. It was observed an association between antibodies to lytic antigens and the presence of HHV-8 in blood, and antibodies to latent antigens and the detection of HHV8 DNA in saliva of KS/aids patients. Indeed, HHV-8 subtypes B and C were detected mostly in disseminated KS cases. Taken together, the results obtained suggest that the mouth could be one site of HHV-8 latency, and confirm that blood, saliva and urine were potentially infectious bodily fluids.
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"Pesquisa de anticorpos dirigidos a antígenos de fase latente e lítica do herpesvírus humano tipo 8 (HHV-8): prevalência em populações sob risco epidemiológico e em população sadia de São Paulo" / "Search of antibodies against antigens of the latent and lytic phase of human herpesvirus type 8 infection: prevalence in different São Paulo populations"Carbone, Paulo Henrique Lage 21 February 2003 (has links)
O presente trabalho teve como objetivo otimizar ensaios sorológicos para serem utilizados na pesquisa de anticorpos dirigidos ao Herpesvírus humano tipo 8 (HHV-8) e com eles explorar grupos de risco para adquirir, transmitir e desenvolver doença relacionada à esta infecção, como o sarcoma de Kaposi (SK). Tomando como base a literatura disponível, as condições do laboratório e a experiência profissional acumulada na Seção de Imunologia do Instituto Adolfo Lutz de São Paulo, foram selecionados e utilizados os ensaios de imunofluorescência indireta (IFI) e Western blot (WB) para a pesquisa de anticorpos dirigidos a antígenos (Ag) de fase latente (LANA) e lítica da infecção por HHV-8. Para a padronização dos testes sorológicos foram utilizadas amostras de soro de 44 pacientes com SK e 21 controles sadios do Laboratório, e para o cálculo de prevalência de infecção HHV-8 em diferentes populações de São Paulo, soros de 3 grupos de indivíduos: - 477 pacientes infectados pelo HIV/AIDS sem SK; - 683 pacientes institucionalizados com deficiência mental e/ou física; - 736 profissionais da área da saúde, sadios. Foram empregados na preparação das lâminas de IFI e nas tiras de WB respectivamente, as células BCBL-1 latentemente infectadas pelo HHV-8 ou estimuladas com forbol éster e o antígeno viral bruto obtido de sobrenadante de lisado das mesmas células. Os resultados obtidos na padronização da IFI-LANA mostraram baixa especificidade do ensaio devendo ser acompanhado pelo teste confirmatório de WB-LANA. Por outro lado, a IFI-Lítico se mostrou altamente sensível e específica, prescindindo do teste confirmatório de WB-Lítico. Este último, devido à complexidade de componentes antigênicos aliado aos diferentes perfis de reatividade de anticorpos encontrados em soros controle positivo e negativo, não se mostrou útil para ser empregado no presente trabalho. Levando em consideração os resultados obtidos na IFI-LANA confirmados pelo WB-LANA e na IFI-Lítico, foi possível determinar a prevalência de infecção HHV-8 no grupo de pacientes infectados pelo HIV/AIDS sem SK que foi de 19,3%, sendo detectados 4,8% de soros positivos para Ag LANA e 17% para Ag Lítico. Neste grupo de pacientes, houve associação estatisticamente significante entre sorologia HHV-8 positiva, sexo masculino e prática homossexual. Baixas prevalências de anticorpos foram detectadas nos pacientes institucionalizados com deficiência mental e/ou física (1,6%) e nos profissionais da área da saúde (1,1%). Anticorpos dirigidos a Ag LANA foram encontrados em 0,6% e 0,95% dos casos, e para Ag Líticos em 1,0% e 0,3% dos casos, respectivamente. Os resultados obtidos mostram que São Paulo não é região endêmica desta infecção viral e que pacientes institucionalizados e profissionais da área da saúde não são grupos de alto risco para adquirir e transmitir o HHV-8; nenhum caso de SK foi relatado neste grupo de indivíduos na ocasião da coleta das amostras de soro. Quanto ao grupo de pacientes infectados pelo HIV/AIDS sem SK, embora 19,3% deles tenham resultado sorologia HHV-8 positiva sendo a maioria para Ag de fase lítica de replicação viral, apenas 2% desenvolveram SK em estudo longitudinal de 5 anos. A explicação encontrada para o baixo número de casos de SK nesta população de indivíduos foi a introdução em 1994, de terapia anti-retroviral em São Paulo, que mudou o curso da infecção HIV e das doenças à ela associadas. Enfim, foi possível implantar ensaios sorológicos de pesquisa de anticorpos específicos, que juntos, apresentam alta sensibilidade e especificidade e que podem ser empregados em levantamentos epidemiológicos e no diagnóstico de infecção HHV-8. / The objective of the present study was to optimize serologic assays to be employed in the search for antibodies against human herpesvirus type 8 (HHV-8) and use them to survey groups at risk to acquire, transmit and develop disease related to this infection, such as Kaposis sarcoma (KS). On the basis of the available literature and of the Laboratory conditions and professional experience accumulated in the Immunology Section of the Adolfo Lutz Institute of São Paulo, we selected and used indirect immunofluorescence assay (IFA) and Western blot (WB) for the search of antibodies against antigens (Ag) of the latent (LANA) and lytic phase of HHV-8 infection. Serum samples from 44 patients with KS and from 21 healthy controls from the laboratory were used for the standardization of the serologic tests, and sera from the following 3 groups of individuals were used to calculate the prevalence of HHV-8 infection in different São Paulo populations:- 477 patients infected with HIV/AIDS without KS; - 683 institutionalized patients with mental and/or physical deficiency; - 736 healthy professionals from the health area. For the preparation of IFA slides and WB strips, we respectively used BCBL-1 cells latently infected with HHV-8 or stimulated with phorbol ester and the crude antigen obtained from the supernatant of a lysate of the same cells. The results obtained in the standardization of the IFA-LANA showed low specificity of the assay, which needed to be accompanied by the confirmatory WB-LANA test. In contrast, the IFA-Lytic proved to be highly sensitive and specific, requiring no confirmatory WB-Lytic test. The latter, due to the complexity of the antigenic components joined to the different reactive profiles of the antibodies detected in positive and negative control sera, was not found to be useful for the present study. Considering the results obtained by IFA-LANA confirmed by WB-LANA and those obtained by IFA-Lytic, it was possible to determine the prevalence of HHV-8 infection in the group of HIV-AIDS patients without KS, which was 19.3%, with the detection of 4.8% sera positive for LANA Ag and 17% positive for Lytic Ag. In this group of patients there was a statistically significant association between HHV-8-positive serology, male sex and homosexual practice. Low antibody prevalences were detected in institutionalized patients with mental and/or physical deficiency (1.6%) and in health professionals (1.1%). Antibodies against LANA Ag were detected in 0.6% and 0.95% of cases, and antibodies against Lytic Ag in 1.0% and 0.3% of cases, respectively. The results obtained show that São Paulo is not an endemic region for this viral infection and that institutionalized patients and health professionals are not groups at high risk to acquire and transmit HHV-8; no case of KS was reported by these groups on the occasion of the collection of serum samples. With respect to the patients infected with HIV/AIDS without KS, although 19.3% of them showed HHV-8-positive serology, in most cases for Ag of the lytic phase of viral replication, only 2% developed KS in a 5 year longitudinal study. The small number of KS cases detected in this population is explained by the introduction in 1994 of antiretroviral therapy in São Paulo, which changed the course of HIV infection and of the diseases associated with it. In conclusion, it was possible to set up serologic assays for the detection of specific antibodies which, considered jointly, presented high sensitivity and specificity and which could be used in epidemiologic surveys and in the diagnosis of HHV-8 infection.
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Immunopathologie de la Maladie de Castleman Multicentrique associée à l'infection par HHV-8. Altérations des Cellules iNKT et Lymphocytes B / Immunopathology of HHV-8-associated Multicentric Castleman Disease. B and iNKT cell alterationsSbihi, Zineb 25 September 2017 (has links)
Le Virus Humain Herpès 8 (HHV-8) est un Herpèsvirus lymphotrope proche du virus d’Epstein Barr (EBV). Au cours de la lymphoprolifération B qu’est la Maladie de Castleman Multicentrique (MCM) HHV-8 est spécifiquement associé à une profifération de plasmablastes monotypiques IgM/. Ces cellules expriment des facteurs de transcription qui suggèrent que ces cellules sont au stade plasmablastique ou pré-plasmocytaire de la différenciation B.Les cellules invariantes Natural Killer (iNKT) sont des cellules innées qui jouent un rôle dans l’immunité antivirale, en particulier dans le contrôle des Herpèsvirus. Une diminution de ces cellules est associée à l’infection VIH ou l’âge, deux situations associées aux pathologies tumorales associées à HHV-8. Dans la première partie du travail nous avons analysés les iNKT chez des patients MCM et montrés des anomalies de fréquence et de prolifération de ces cellules. Les anomalies des cellules sont associées à des anomalies de répartition des sous populations B mémoires dans le sang circulants et la rate de ces patients. Des expériences de co-cultures montrent que les cellules iNKT pourraient être nécessaires au maintien de ces populations BDans la seconde partie de ce travail, nous avons démontré que la MCM HHV-8 est associée pendant les poussées de a maladie à une circulation dans le sang périphérique de cellules présentant les caractéristiques typiques des plasmablastes décrits jusqu’à présent uniquement dans les tissus lymphoïdes. Nous avons ensuite analysé le profil d’expression génique des cellules B infectées par HHV-8 par rapport à celui de sous populations B normales. Nos résultats montrent clairement que les cellules infectées par HHV-8 présentent un profil d’expression génique très différent de celui des sous populations B normales. Leur profil est par ailleurs caractéristique de plasmablastes. De plus, ces cellules sont en prolifération, modulent négativement l’expression de beaucoup de gènes associés à l’immunité et l’adhésion cellulaire. Enfin, nous confirmons que les cellules B infectées par HHV-8 de la MCM sont bien polyclonales même dans le sang circulant et sans mutations somatiques.Au total, ces résultats nous permettent de proposer un modèle de la physiopathologie de la MCM associée à l’infection HHV-8. / Human Herpesvirus-8 is a B-lymphotropic \γ-herpesvirus closely related to the Epstein-Barr virus (EBV). He is specifically associated with monotypic (IgM/λ) plasmablasts in Multicentric Castleman disease (HHV-8 MCD), which is a B lymphoproliferative disorder. These cells express transcription factors suggesting they are at the plasmablast or pre-pasma cell stage of differentiation. Invariant natural killer T (iNKT) cells are innate-like T cells that play a role in antiviral immunity, specifically in controlling viral replication in EBV-infected B cells. Decline of iNKT cells is associated with age or HIV infection, both situations associated with HHV-8-related diseases. We demonstrated that iNKT cell abnormalities are associated with HHV-8 MCD. These iNKT cell alterations were found to be associated with an imbalance in the frequency of circulating and splenic B cell subsets, and results of Coculturing experiments indicate that iNKT cells may be required for maintaining this cell population. In the second part of our work thesis, we demonstrate that HHV-8 MCD is associated with a unique population of circulating plasmablasts detected during the flare of the disease, with the typical phenotype of the MCD HHV-8-infected plasmablasts in MCD lesions. Then, we used gene expression profile analysis (about 48 000 genes) to further define the phenotype of this MCD HHV-8-infected cells and to investigate the lymphoma relationship to normal B cell subpopulations. The results showed that MCD HHV-8-infected cells displayed a common gene expression profile that is clearly distinct from all the normal B cell subpopulations. The gene expression profile of MCD HHV-8-infected cells was defined as plasmablastic. Moreover, the transcriptomic pattern of MCD HHV-8-infected cells demonstrates that these cells are proliferating and escaping the immune system. Finally, we determined the clonality and the cellular origin of the monotypic circulating plasmablasts by studying the rearranged immunoglobulin heavy genes in LANA+ HHV-8-infected B cells from patients with HHV-8 MCD. Our results show that these cells are polyclonal without somatic mutation. Altogether our results allowed us to elaborate a model of MCD physiopathology.
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"Pesquisa de anticorpos dirigidos a antígenos de fase latente e lítica do herpesvírus humano tipo 8 (HHV-8): prevalência em populações sob risco epidemiológico e em população sadia de São Paulo" / "Search of antibodies against antigens of the latent and lytic phase of human herpesvirus type 8 infection: prevalence in different São Paulo populations"Paulo Henrique Lage Carbone 21 February 2003 (has links)
O presente trabalho teve como objetivo otimizar ensaios sorológicos para serem utilizados na pesquisa de anticorpos dirigidos ao Herpesvírus humano tipo 8 (HHV-8) e com eles explorar grupos de risco para adquirir, transmitir e desenvolver doença relacionada à esta infecção, como o sarcoma de Kaposi (SK). Tomando como base a literatura disponível, as condições do laboratório e a experiência profissional acumulada na Seção de Imunologia do Instituto Adolfo Lutz de São Paulo, foram selecionados e utilizados os ensaios de imunofluorescência indireta (IFI) e Western blot (WB) para a pesquisa de anticorpos dirigidos a antígenos (Ag) de fase latente (LANA) e lítica da infecção por HHV-8. Para a padronização dos testes sorológicos foram utilizadas amostras de soro de 44 pacientes com SK e 21 controles sadios do Laboratório, e para o cálculo de prevalência de infecção HHV-8 em diferentes populações de São Paulo, soros de 3 grupos de indivíduos: - 477 pacientes infectados pelo HIV/AIDS sem SK; - 683 pacientes institucionalizados com deficiência mental e/ou física; - 736 profissionais da área da saúde, sadios. Foram empregados na preparação das lâminas de IFI e nas tiras de WB respectivamente, as células BCBL-1 latentemente infectadas pelo HHV-8 ou estimuladas com forbol éster e o antígeno viral bruto obtido de sobrenadante de lisado das mesmas células. Os resultados obtidos na padronização da IFI-LANA mostraram baixa especificidade do ensaio devendo ser acompanhado pelo teste confirmatório de WB-LANA. Por outro lado, a IFI-Lítico se mostrou altamente sensível e específica, prescindindo do teste confirmatório de WB-Lítico. Este último, devido à complexidade de componentes antigênicos aliado aos diferentes perfis de reatividade de anticorpos encontrados em soros controle positivo e negativo, não se mostrou útil para ser empregado no presente trabalho. Levando em consideração os resultados obtidos na IFI-LANA confirmados pelo WB-LANA e na IFI-Lítico, foi possível determinar a prevalência de infecção HHV-8 no grupo de pacientes infectados pelo HIV/AIDS sem SK que foi de 19,3%, sendo detectados 4,8% de soros positivos para Ag LANA e 17% para Ag Lítico. Neste grupo de pacientes, houve associação estatisticamente significante entre sorologia HHV-8 positiva, sexo masculino e prática homossexual. Baixas prevalências de anticorpos foram detectadas nos pacientes institucionalizados com deficiência mental e/ou física (1,6%) e nos profissionais da área da saúde (1,1%). Anticorpos dirigidos a Ag LANA foram encontrados em 0,6% e 0,95% dos casos, e para Ag Líticos em 1,0% e 0,3% dos casos, respectivamente. Os resultados obtidos mostram que São Paulo não é região endêmica desta infecção viral e que pacientes institucionalizados e profissionais da área da saúde não são grupos de alto risco para adquirir e transmitir o HHV-8; nenhum caso de SK foi relatado neste grupo de indivíduos na ocasião da coleta das amostras de soro. Quanto ao grupo de pacientes infectados pelo HIV/AIDS sem SK, embora 19,3% deles tenham resultado sorologia HHV-8 positiva sendo a maioria para Ag de fase lítica de replicação viral, apenas 2% desenvolveram SK em estudo longitudinal de 5 anos. A explicação encontrada para o baixo número de casos de SK nesta população de indivíduos foi a introdução em 1994, de terapia anti-retroviral em São Paulo, que mudou o curso da infecção HIV e das doenças à ela associadas. Enfim, foi possível implantar ensaios sorológicos de pesquisa de anticorpos específicos, que juntos, apresentam alta sensibilidade e especificidade e que podem ser empregados em levantamentos epidemiológicos e no diagnóstico de infecção HHV-8. / The objective of the present study was to optimize serologic assays to be employed in the search for antibodies against human herpesvirus type 8 (HHV-8) and use them to survey groups at risk to acquire, transmit and develop disease related to this infection, such as Kaposis sarcoma (KS). On the basis of the available literature and of the Laboratory conditions and professional experience accumulated in the Immunology Section of the Adolfo Lutz Institute of São Paulo, we selected and used indirect immunofluorescence assay (IFA) and Western blot (WB) for the search of antibodies against antigens (Ag) of the latent (LANA) and lytic phase of HHV-8 infection. Serum samples from 44 patients with KS and from 21 healthy controls from the laboratory were used for the standardization of the serologic tests, and sera from the following 3 groups of individuals were used to calculate the prevalence of HHV-8 infection in different São Paulo populations:- 477 patients infected with HIV/AIDS without KS; - 683 institutionalized patients with mental and/or physical deficiency; - 736 healthy professionals from the health area. For the preparation of IFA slides and WB strips, we respectively used BCBL-1 cells latently infected with HHV-8 or stimulated with phorbol ester and the crude antigen obtained from the supernatant of a lysate of the same cells. The results obtained in the standardization of the IFA-LANA showed low specificity of the assay, which needed to be accompanied by the confirmatory WB-LANA test. In contrast, the IFA-Lytic proved to be highly sensitive and specific, requiring no confirmatory WB-Lytic test. The latter, due to the complexity of the antigenic components joined to the different reactive profiles of the antibodies detected in positive and negative control sera, was not found to be useful for the present study. Considering the results obtained by IFA-LANA confirmed by WB-LANA and those obtained by IFA-Lytic, it was possible to determine the prevalence of HHV-8 infection in the group of HIV-AIDS patients without KS, which was 19.3%, with the detection of 4.8% sera positive for LANA Ag and 17% positive for Lytic Ag. In this group of patients there was a statistically significant association between HHV-8-positive serology, male sex and homosexual practice. Low antibody prevalences were detected in institutionalized patients with mental and/or physical deficiency (1.6%) and in health professionals (1.1%). Antibodies against LANA Ag were detected in 0.6% and 0.95% of cases, and antibodies against Lytic Ag in 1.0% and 0.3% of cases, respectively. The results obtained show that São Paulo is not an endemic region for this viral infection and that institutionalized patients and health professionals are not groups at high risk to acquire and transmit HHV-8; no case of KS was reported by these groups on the occasion of the collection of serum samples. With respect to the patients infected with HIV/AIDS without KS, although 19.3% of them showed HHV-8-positive serology, in most cases for Ag of the lytic phase of viral replication, only 2% developed KS in a 5 year longitudinal study. The small number of KS cases detected in this population is explained by the introduction in 1994 of antiretroviral therapy in São Paulo, which changed the course of HIV infection and of the diseases associated with it. In conclusion, it was possible to set up serologic assays for the detection of specific antibodies which, considered jointly, presented high sensitivity and specificity and which could be used in epidemiologic surveys and in the diagnosis of HHV-8 infection.
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Estudo epidemiológico da infecção por herpesvírus 8 humano (HHV-8) em população indígena da Amazônia brasileira / Epidemiological study of Human herpesvirus 8 infection (HHV-8) in the Amerindian population from Brazilian AmazonBorges, Jaila Dias 11 November 2009 (has links)
O Herpesvírus 8 humano (HHV-8) é endêmico em populações africanas e indígenas da região Amazônica. A infecção nestas populações acontece durante a infância e, na África, envolve o contato íntimo no ambiente intrafamiliar. Diversos estudos confirmam a distribuição geográfica dos diferentes subtipos de HHV-8, sendo que o subtipo E é típico das populações indígenas. Objetivos: 1. Caracterizar o(s) subtipo(s) de HHV-8 que circula(m) em população indígena da Amazônia brasileira baseado na análise da região ORF K1 do vírus; 2. Construir a árvore filogenética dos subtipos virais encontrados; 3. Comparar filogeneticamente os subtipos encontrados com os subtipos prevalentes em outras populações indígenas do Brasil e de outros países da América do Sul; 4. Calcular a taxa de substituição para a região VR1 do HHV-8 para as amostras estudadas; 5. Estimar a data de entrada do vírus na população do estudo; 6. Investigar a dinâmica de transmissão do vírus no ambiente intrafamiliar; 7. Averiguar se há correlação entre os alelos de HLA classe I (A e B) e II (DQB1 e DRB1) e suscetibilidade à infecção por HHV-8. Casuística e métodos: Estudo de soroprevalência da infecção por HHV-8 em amostra de população indígena da Amazônia brasileira utilizando IFI para detecção de antígenos da fase latente (LANA) e lítica (Lítico) do vírus. Análise filogenética da amostras encontradas utilizando-se o DNA/HHV-8 extraído de amostras de saliva, submetidas à reação de nested PCR para amplificar as regiões hipervariáveis VR1 e VR2. Cálculo da taxa de substituição do HHV-8, utilizando-se os métodos de distância e técnica bayesiana. Estimar a data do ancestral comum mais recente para as amostras em estudo, utilizando-se o programa BEAST. Tipagem de HLA de indivíduos positivos e negativos para a infecção por HHV-8, utilizando-se a técnica de PCR-SSO. Resultados: A soroprevalência geral da infecção por HHV-8 na população em estudo foi de 75,3% (399/530). Observou-se que a soropositividade dos filhos está correlecionada com a soropositividade materna. O único subtipo viral encontrado foi o subtipo E. A taxa de substituição de nucleotídeos do HHV-8 utilizando a região VR1 foi da ordem de 6x10-4 substituições por sítio por ano (s/s/a). Ao analisar todas as seqüências estudadas o ancestral comum mais recente está em torno de 138 anos. Não houve correlação entre a susceptibilidade à infecção por HHV-8 e alelos de HLA classe I ou II. Conclusões: A população estudada é endêmica para a infecção por HHV-8. A infecção ocorre principalmente na infância, por via horizontal não-sexual, e a transmissão se dá provavelmente pela saliva. Assim como em outras populações endêmicas da África, a soropositvidade dos filhos está correlacionada com a soropositividade das mães. Confirmando achados anteriores, o único subtipo do HHV-8 circulante na população estudada, foi o subtipo E. Nossos dados sugerem que a região do gene VR1 do HHV-8 evolui com uma taxa de 6x10-4 substituições por sítio por ano (s/s/a), e que o ancestral comum mais recente do vírus, a partir das amostras analisadas está em torno de 138 anos. Os dados sugerem, também, que não há correlação entre a susceptibilidade à infecção por HHV-8 e os alelos de HLA classe I ou II. / The human herpesvirus 8 (HHV-8) is endemic in Africa and Amerindian populations from Amazon region. The infection in those populations occurs during childhood and, in Africa, involves a close contact in intrafamilial environment. Several studies confirm the geographical distribution of different subtypes of HHV-8, and the subtype E is typical of the Amerindian population. Objectives: 1. To characterize the HHV-8 subtypes circulating in Amerindian population from Brazilian Amazon, based on the analysis of ORF K1 region of the virus. 2. To construct a phylogenetic tree of viral subtypes found among Amerindians 3. To compare by phylogenetic methods the subtypes found in Mapuera Amerindians with the subtypes prevalent in others Amerindians populations of Brazil and South America 4. To determine the substitution rate of VR1 region of HHV-8 for the sequences obtained in the present study 5. To estimate the date of entry of the viruses in the Mapuera population 6. To investigate the dynamic of transmission of the virus in the intrafamilial environment 7. To investigate if there is a correlation between susceptibility to HHV-8-infection and HLA class I (A and B) and II (DQB1 and DRB1) alleles. Patients and methods: The seroprevalence of HHV-8 infection in a sample of the indigenous population of the Brazilian Amazon was carried out using IFA to detect antibodies to latent (LANA) and lytic phase antigens of HHV-8. Phylogenetic analysis of the sequences was performed by using the DNA extracted from samples of saliva, using a nested PCR to amplify the hypervariable regions VR1/ VR2 of HHV-8. Estimation of the substitution rate of HHV-8 nucleotides was performed by using the method of distance and the Bayesian technique. Estimates of the time of the most recent common ancestor (TMRCA) for all samples studied were done by using the BEAST program. HLA typing of positive and negative subjects for HHV-8 infection was performed by using the PCR-SSO technique. Results: The overall HHV-8 seroprevalence was 75.3% (399/530). There was a positive correlation between soropositivity of children and maternal seropositivity. The only viral subtype found was subtype E. The substitution rate of HHV-8 using the VR1 region was estimated around 6x10-4 substitutions per site per year (s / s / y). By using this rate of substitution, the TMRCA of the Mapuera viruses sequences was estimated to be around 138 years. There was no correlation between susceptibility to HHV-8-infection and HLA class I or II alleles. Conclusions: The population studied is endemic for HHV-8 infection. The infection occurs mainly in childhood, by horizontal, nonsexual transmission, probably by saliva. As in endemic populations of Africa, the soropositvity of children is positively correlated with the seropositivity of the mothers. In agreement with previous reports, the subtype E was the only HHV-8 subtype found in Mapuera Amerindians. Our data suggest that the VR1 gene region of HHV-8 evolves with a rate of 6x10-4 substitutions per site per year (s / s / y), which results in a time of the most recent common ancestor for Mapuera HHV-8 sequences of 138 years. There was no correlation between susceptibility to HHV-8-infection and HLA class I or II alleles.
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Estudo epidemiológico da infecção por herpesvírus 8 humano (HHV-8) em população indígena da Amazônia brasileira / Epidemiological study of Human herpesvirus 8 infection (HHV-8) in the Amerindian population from Brazilian AmazonJaila Dias Borges 11 November 2009 (has links)
O Herpesvírus 8 humano (HHV-8) é endêmico em populações africanas e indígenas da região Amazônica. A infecção nestas populações acontece durante a infância e, na África, envolve o contato íntimo no ambiente intrafamiliar. Diversos estudos confirmam a distribuição geográfica dos diferentes subtipos de HHV-8, sendo que o subtipo E é típico das populações indígenas. Objetivos: 1. Caracterizar o(s) subtipo(s) de HHV-8 que circula(m) em população indígena da Amazônia brasileira baseado na análise da região ORF K1 do vírus; 2. Construir a árvore filogenética dos subtipos virais encontrados; 3. Comparar filogeneticamente os subtipos encontrados com os subtipos prevalentes em outras populações indígenas do Brasil e de outros países da América do Sul; 4. Calcular a taxa de substituição para a região VR1 do HHV-8 para as amostras estudadas; 5. Estimar a data de entrada do vírus na população do estudo; 6. Investigar a dinâmica de transmissão do vírus no ambiente intrafamiliar; 7. Averiguar se há correlação entre os alelos de HLA classe I (A e B) e II (DQB1 e DRB1) e suscetibilidade à infecção por HHV-8. Casuística e métodos: Estudo de soroprevalência da infecção por HHV-8 em amostra de população indígena da Amazônia brasileira utilizando IFI para detecção de antígenos da fase latente (LANA) e lítica (Lítico) do vírus. Análise filogenética da amostras encontradas utilizando-se o DNA/HHV-8 extraído de amostras de saliva, submetidas à reação de nested PCR para amplificar as regiões hipervariáveis VR1 e VR2. Cálculo da taxa de substituição do HHV-8, utilizando-se os métodos de distância e técnica bayesiana. Estimar a data do ancestral comum mais recente para as amostras em estudo, utilizando-se o programa BEAST. Tipagem de HLA de indivíduos positivos e negativos para a infecção por HHV-8, utilizando-se a técnica de PCR-SSO. Resultados: A soroprevalência geral da infecção por HHV-8 na população em estudo foi de 75,3% (399/530). Observou-se que a soropositividade dos filhos está correlecionada com a soropositividade materna. O único subtipo viral encontrado foi o subtipo E. A taxa de substituição de nucleotídeos do HHV-8 utilizando a região VR1 foi da ordem de 6x10-4 substituições por sítio por ano (s/s/a). Ao analisar todas as seqüências estudadas o ancestral comum mais recente está em torno de 138 anos. Não houve correlação entre a susceptibilidade à infecção por HHV-8 e alelos de HLA classe I ou II. Conclusões: A população estudada é endêmica para a infecção por HHV-8. A infecção ocorre principalmente na infância, por via horizontal não-sexual, e a transmissão se dá provavelmente pela saliva. Assim como em outras populações endêmicas da África, a soropositvidade dos filhos está correlacionada com a soropositividade das mães. Confirmando achados anteriores, o único subtipo do HHV-8 circulante na população estudada, foi o subtipo E. Nossos dados sugerem que a região do gene VR1 do HHV-8 evolui com uma taxa de 6x10-4 substituições por sítio por ano (s/s/a), e que o ancestral comum mais recente do vírus, a partir das amostras analisadas está em torno de 138 anos. Os dados sugerem, também, que não há correlação entre a susceptibilidade à infecção por HHV-8 e os alelos de HLA classe I ou II. / The human herpesvirus 8 (HHV-8) is endemic in Africa and Amerindian populations from Amazon region. The infection in those populations occurs during childhood and, in Africa, involves a close contact in intrafamilial environment. Several studies confirm the geographical distribution of different subtypes of HHV-8, and the subtype E is typical of the Amerindian population. Objectives: 1. To characterize the HHV-8 subtypes circulating in Amerindian population from Brazilian Amazon, based on the analysis of ORF K1 region of the virus. 2. To construct a phylogenetic tree of viral subtypes found among Amerindians 3. To compare by phylogenetic methods the subtypes found in Mapuera Amerindians with the subtypes prevalent in others Amerindians populations of Brazil and South America 4. To determine the substitution rate of VR1 region of HHV-8 for the sequences obtained in the present study 5. To estimate the date of entry of the viruses in the Mapuera population 6. To investigate the dynamic of transmission of the virus in the intrafamilial environment 7. To investigate if there is a correlation between susceptibility to HHV-8-infection and HLA class I (A and B) and II (DQB1 and DRB1) alleles. Patients and methods: The seroprevalence of HHV-8 infection in a sample of the indigenous population of the Brazilian Amazon was carried out using IFA to detect antibodies to latent (LANA) and lytic phase antigens of HHV-8. Phylogenetic analysis of the sequences was performed by using the DNA extracted from samples of saliva, using a nested PCR to amplify the hypervariable regions VR1/ VR2 of HHV-8. Estimation of the substitution rate of HHV-8 nucleotides was performed by using the method of distance and the Bayesian technique. Estimates of the time of the most recent common ancestor (TMRCA) for all samples studied were done by using the BEAST program. HLA typing of positive and negative subjects for HHV-8 infection was performed by using the PCR-SSO technique. Results: The overall HHV-8 seroprevalence was 75.3% (399/530). There was a positive correlation between soropositivity of children and maternal seropositivity. The only viral subtype found was subtype E. The substitution rate of HHV-8 using the VR1 region was estimated around 6x10-4 substitutions per site per year (s / s / y). By using this rate of substitution, the TMRCA of the Mapuera viruses sequences was estimated to be around 138 years. There was no correlation between susceptibility to HHV-8-infection and HLA class I or II alleles. Conclusions: The population studied is endemic for HHV-8 infection. The infection occurs mainly in childhood, by horizontal, nonsexual transmission, probably by saliva. As in endemic populations of Africa, the soropositvity of children is positively correlated with the seropositivity of the mothers. In agreement with previous reports, the subtype E was the only HHV-8 subtype found in Mapuera Amerindians. Our data suggest that the VR1 gene region of HHV-8 evolves with a rate of 6x10-4 substitutions per site per year (s / s / y), which results in a time of the most recent common ancestor for Mapuera HHV-8 sequences of 138 years. There was no correlation between susceptibility to HHV-8-infection and HLA class I or II alleles.
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