Submitted by Maurílio Figueiredo (maurilioafigueiredo@yahoo.com.br) on 2013-03-13T23:06:32Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_CaracterizaçãoMolecularInicial.PDF: 9043527 bytes, checksum: ec8797c765bb1bf67e3b219963d610be (MD5) / Approved for entry into archive by Neide Nativa (neide@sisbin.ufop.br) on 2013-03-18T18:23:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_CaracterizaçãoMolecularInicial.PDF: 9043527 bytes, checksum: ec8797c765bb1bf67e3b219963d610be (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-18T18:23:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_CaracterizaçãoMolecularInicial.PDF: 9043527 bytes, checksum: ec8797c765bb1bf67e3b219963d610be (MD5) Previous issue date: 2010 / O sucesso da parasitemia por Schistosoma mansoni apresenta uma relação direta com a adaptação do parasito a diferentes ambientes e hospedeiros durante um ciclo biológico completo. Um dos mecanismos que estão envolvidos na adaptação do parasito é a expressão estágio específica de um conjunto de genes que são expressos de maneira coordenada, cujo controle pode ser tanto a nível transcricional como traducional. Um bom exemplo destes mecanismos de regulação da expressão gênica estágio-específico é a transição de cercária a esquistossômulo onde a diferenciação e as mudanças morfológicas e bioquímicas acontecem independente de síntese protéica. Vaults são ribonucleoproteínas com 13MDa, altamente conservadas entre eucariotos inferiores e superiores e compostas por um conjunto de três proteínas: Major Vault Protein (MVP), Vault (PolyADP-Ribose) Polymerase (VPARP) e Telomerase-associated Protein (TEP1), além de um pequeno RNA não traduzido. Em células de mamíferos, o papel biológico de Vaults está associado ao fenótipo de resistência a múltiplas drogas, ao transporte núcleo-citoplásmico e a vias de transdução de sinal. Até o momento a função exata deste complexo é desconhecida. A análise genômica comparada mostrou que organismos modelos como Caenorhabditis elegans e Drosophila melanogaster não possuem genes codificadores para os constituintes de Vaults, homólogos ao de mamíferos. Entretanto, estas mesmas análises mostraram a existência de genes relacionados à Vaults em S. mansoni. Estas observações levantaram várias questões, dentre elas o envolvimento de Vaults nos mecanismos de adaptação do parasito no hospedeiro mamífero. Desta forma, o objetivo geral desse trabalho foi realizar a caracterização molecular inicial dos constituintes de Vaults em S. mansoni. Através de ferramentas de bioinformática, os possíveis componentes protéicos de Vaults foram recuperados do banco de dados e utilizados na identificação, por homologia, de suas ortólogas em organismos superiores e inferiores, seguida pela análise dos dados recuperados. Os resultados sugerem que os componentes SmMVP e SmTEP-1 são conservados e que a SmVPARP e os vRNAs de S. mansoni permanecem por serem identificados. Os níveis de expressão dos componentes de Vaults foram quantificados utilizando PCR convencional e confirmados por qRTPCR utilizando RNA total de verme adulto, ovos, cercária e esquistossômulos mecanicamente transformados (EMT) com 3,5 horas, 1, 2, 3, 5 e 7 dias de cultivo in vitro. Os resultados sugerem uma expressão equivalente em todos os estágios evolutivos analisados. Para avaliar se os níveis equivalentes dos transcritos para a SmMVP iriam refletir nos níveis protéicos, foram realizados experimentos de western blot. Os resultados sugerem níveis equivalentes da MVP corroborando com os resultados da analise da expressão gênica ao nível da transcrição. Em conjunto, os resultados sugerem que o complexo Vault pode estar envolvido na regulação de processos celulares relacionados ao sucesso do parasitismo tanto durante a rota de peregrinação como na manutenção da infecção no hospedeiro mamífero. __________________________________________________________________________________________________________ / ABSTRACT: The success of parasitemia by Schistosoma mansoni has a direct relation to the parasite adaptation to different environments and hosts during a complete life cycle. One of the mechanisms that are involved in the adaptation of the parasite is a stage-specific expression of a set of genes that are expressed in a coordinated manner, which can be controlled both the transcriptional and translational levels. A good example of mechanisms for stage-specific gene expression control is the cercariae-schistosomula transition in where the differentiation and morphological and biochemical changes occur independent of protein synthesis. Vaults are a 13MDa ribonucleoproteins, highly conserved between lower and higher eukaryotes and consist of a set of three proteins: Major Vault Protein (MVP), Vault (PolyADP ribose) polymerase (VPARP) and Telomerase-associated protein (TEP1), and a small untranslated RNA. In mammalian cell, the biological role of Vaults is associated with the phenotype of multidrug resistance, nuclearcytoplasmic transport and signal transduction pathways. To date, the exact function of this complex is unknown. The comparative genomic analysis showed that model organisms like Caenorhabditis elegans and Drosophila melanogaster does not possess genes coding for Vaults constituents, homologues to the mammalian. However, the same analysis showed the existence of related Vaults genes in S. mansoni. These observations raised several questions, among them the involvement of Vaults in the mechanisms of parasite adaptation in its mammalian host. Thus, the general objective of this work was the initial molecular characterization of the Vaults constituents in S. mansoni. Through bioinformatics tools, the putative Vaults protein components were recovered from database and used by search to identification of this orthologues in higher and lower organisms, followed by analysis of data retrieved. The results suggest that Vaults components SmMVP and SmTEP-1 are conserved and, for another hand SmVPARP and S. mansoni vRNA remain to be identified. The expression levels of the Vaults components were quantified using PCR and confirmed by qRT-PCR using total RNA from adult worms, eggs, cercariae and mechanically transformed schistosomula (MTS) at 3.5 hours, 1, 2, 3, 5 and 7 days of in vitro cultivation. The results suggest an equivalent expression in all developmental stages analyzed. To analyze whether equivalent levels of transcripts from SmMVP can be reflect on the protein levels, we performed western blot experiments. The results suggest equivalent levels of MVP corroborating the results of gene expression at transcriptional levels. Taken together, the results suggest that the Vault complex may be involved in cellular processes that are related to the success of parasitism during both peregrination as a maintenance of the infection in the vertebrate host.

Orientador : Antonio Paques / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica / Made available in DSpace on 2018-08-03T23:57:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sant'Ana_AlvinoAlves_D.pdf: 490691 bytes, checksum: 96aeea4c8c060050717d64c471c16c8e (MD5) Previous issue date: 2004 / Doutorado / Matematica / Doutor em Matemática

Orientadores: Pedro Luiz Queiroz Pergher, Claudina Izepe Rodrigues / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campiinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Computação Científica / Made available in DSpace on 2018-08-04T01:39:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Figueira_FabioGomes_D.pdf: 601498 bytes, checksum: 0eb9b4953feb322f765ac36c21c7262a (MD5) Previous issue date: 2004 / Doutorado / Matematica / Doutor em Matemática

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:28:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3804.pdf: 547055 bytes, checksum: af56410714984fa20f396c4ab492dc3f (MD5) Previous issue date: 2011-07-26 / Universidade Federal de Sao Carlos / We work with T-spaces (X; T), where X is a Hausdor_ compact space and T : X ! X is a continuous involution without _xed points. Considering the sphere Sn with the antipodal map, we highlight three classical theorems relating to the T-space Sn;A): Borsuk-Ulam's theorem, Kakutani-Yamabe-Yujobô's theorem and Dyson's theorem. This dissertation consists of a detailed study of the article fo C. T. Yang (Annals of Math. 60, no. 2 (1954), 262-282) where the author introduces a concept of the index and presents, in a sense homological, generalizations of the three theorems cited above, considering any T-space. Beyond the generalizations itself, we build examples of the index calculation of some T-spaces and, still, we explore a concept of orthogonality in T-spaces. / Trabalhamos com T-espaços (X; T), em que X é um espaço compacto e Hausdor _ e T : X ! X é uma involução contínua sem pontos _xos. Considerando a esfera Sn com a aplicação antipodal, destacamos três teoremas clássicos relativos ao T-espaço (Sn;A): teorema de Borsuk-Ulam, teorema de Kakutani-Yamabe-Yujobô e teorema de Dyson. Esta dissertação consiste em um estudo detalhado do artigo de C. T. Yang (Annals of Math. 60, no. 2 (1954), 262-282) em que o autor introduz um conceito de índice e apresenta, em certo sentido homológico, generalizações dos três teoremas citados acima, considerando T-espaços quaisquer. Além das generalizações em si, construímos exemplos de cálculo de índice de alguns T-espaços e, ainda, exploramos um conceito de ortogonalidade em T-espaços.

Primeiramente, apresentamos esclarecimentos sobre a origem do táxon Acanthobothrium. A autoria do gênero deve ser creditada à Blanchard em 1848, ocasião na qual este autor disponibilizou a primeira espécie válida para o gênero, Acanthobothrium coronatum. A espécie tipo de Acanthobothrium é A. coronatum Blanchard, 1848, um sinônimo júnior de A. corollatum (Abilgaard, 1790). Também foi identificada Raja batis L. como hospedeiro-tipo do gênero. A seguir, empregamos a otimização direta de 16S, 28S, and ITS1 rDNA para avaliar o posicionamento filogenético das linhagens de Acanthobothrium parasitas de arraias de água doce (Potamotrygonidae). As delimitações morfológicas das espécies Acanthobothrium sp. 1, Acanthobothrium sp. 2 e A. terezae (sin. A. ramiroi) são validadas pela monofilia recíproca destas linhagens. São apresentados indícios de que A. amazonensis é sinônimo de A. quinonesi. Nossos resultados reforçam a ideia de que tetrafilídeos parasitas de potamotrigonídeos apresentam grande variação morfológica intraespecífica e baixa especificidade (em contraste com seus congêneres marinhos). Acanthobothrium quinonesi é grupo irmão do clado que compreende A. terezae e Acanthobothrium sp. 1. Acanthobothrium sp. 2 está mais relacionados com seus congêneres marinhos do que com as demais espécies parasitas de potamotrigonídeos, o que sugere que a colonização da água doce por Acanthobothrium se deu através de pelo menos duas linhagens ancestrais independentes que infectavam o ancestral exclusivo comum das arrais de água doce. / First we clarify some major points in the taxonomic history of Acanthobothrium. The authorship of the genus must be given to Blanchard in 1848, ocasion in which its first species, Acanthobothrium coronatum, was created. Therefore, the type species of Acanthobothrium is A. coronatum Blanchard, 1848, a junior synonym of A. corollatum (Abildgaard, 1790). Both Acanthothrothrium and A. corollatum have their concepts attached to armed tapeworms parasites of Raja batis L., their type host. Following we provided a phylogenetic analysis based on the direct optimization of 16S, 28S, and ITS1 rDNA to access the phylogentic position of freshwater Acanthobothrium lineages. The current morphological delimitations of Acanthobothrium sp. 1, Acanthobothrium sp. 2, A. terezae (syn. A. ramiroi) and A. quinonesi (syn. A. regoi and A. peruviense) are corroborated. There are indications that A. amazonensis should be considered synonym of A. quinonesi. Our results provide additionl evidence to support the idea that freshwater lineages of tetraphyllideans (as opposed to marine tetraphyllideans) presents great intra-specific morphological variation and low host specificity. Acanthobothrium quinonesi is sister group of a clade that comprises A. terezae and Acanthobothrium sp. 1. Acanthobothrium sp. 2 is more related to marine species of Acanthobothrium than to freshwater congenerics. This suggests that the colonization of the freshwater system by Acanthobothrium is likely to have occur via at least two separate lineages of Acanthobothrium infecting the exclusive common ancestor of the potamotrygonids, which would in time be responsible for the existence of two distinct clades of freshwater species of Acanthobothrium.

As sequências espectrais foram criadas por Jean Leray num campo de concentração durante a Segunda Guerra Mundial motivado por problemas inerentes à Topologia Algébrica. Num primeiro momento, surge como uma ferramenta para auxiliar no cálculo da cohomologia de um feixe. Porém, Jean-Louis Koszul apresenta uma formulação puramente algébrica para tais sequencias, que consiste basicamente no cálculo da homologia de um complexo total associado a um complexo duplo. Concentraremos nosso trabalho nas definições e resultados que nos permitem demonstrar os seguintes resultados conhecidos da Álgebra usando sequências espectrais: o Lema dos Cinco, o Lema da Serpente, Balanceamento para o Funtor Tor, Mudança de Base para o Funtor Tor e o Teorema dos Coeficientes Universais. Apresentamos, ao final do trabalho, uma generalização que nos permite entender melhor os funtores derivados à esquerda: as Sequências Espectrais de Grothendieck. / Spectral sequences were created by Jean Leray in a concentration camp during World War II motivated by problems of Algebraic Topology. At first, it appears as a tool to assist in calculating the cohomology of a sheaf. However, Jean-Louis Koszul presents a purely algebraic formulation for these sequences, which basically consists in calculating a total of homology complex associated with a double complex. We will focus our work on the definitions and results that allow us to demonstrate known results of algebra using spectral sequences: The Five Lemma, The Snake Lemma, Balancing of functor Tor, Base Change for Tor and Universal Coefficient Theorem. We present, at the end of this work, a generalization that allows us to better understand the left derivative functors: the Spectral Sequence of Grothendieck.

O conceito de homologia similaridade entre partes com ancestralidade comum é um dos mais importantes conceitos dentro das análises evolutivas. Desde a sua origem, muitas definições que diferem na definição e na aplicação foram propostas. A presente dissertação tem como objetivo reconstruir a história da homologia para esclarecer teoricamente os debates modernos. Após esta historiografia, foi feita uma análise filomemética dos principais autores que discutiram a teoria e a prática do conceito. E, por último, foi feita uma discussão teórica do papel da homologia dentro da sistemática filogenética, abordando as principais discussões atuais. Os resultados demonstram que é possível esclarecer algumas discussões através da análise histórica do conceito sob a perspectiva da teoria da evolução. A análise filomemética reconstruiu os grupos de autores de acordo com suas escolas e propostas sobre a homologia. A análise teórica do conceito na metodologia filogenética evidencia que o conceito de homologia é equivalente ao conceito de sinapomorfia e uma nova visão sobre a relação de ausências, homoplasias e homologias é proposta. A discussão sobre as nomenclaturas e definição do conceito de homologia demonstra que as terminologias homologia primária e secundária são as melhores propostas para representar a relação da origem e legitimação de homólogos. Uma crítica às análises filomeméticas conceituais é feita. / The concept of homology similarity between parts due to common ancestrality is one of the most important concept in evolutionary analysis. Since it origin, many definitions which differ on definition and application were proposed. This dissertation has as the main goal reconstruct the history of homology to clarify theoretically the modern debates. After this historiography, was made a phylomemetic analysis of main authors that discussed the theory and pratics of homology concept. Lastly, was made a discussion on the importance of the role of homology in phylogenetic systematics, approaching actual discussions. The results support that is possible to clarify some discussions through historical analysis of this concept with an evolutionary background. The phylomemetic analysis reconstruct groups of author accordingly to their methodological schools and propositions. The historical analysis of the concept in phylogenetic analysis evidence that homology concept is equivalent to synapomorphy and a new look into the relation of absence, homoplasy and homology is proposed. The discussion on nomenclatures and definition of the concept of homology support that primary and secondary homology are the best proposition to represent the relation of origin and legitimation of homologs. A criticism to phylomemetic analysis is pointed.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-03-13Bitstream added on 2014-06-13T20:48:28Z : No. of bitstreams: 1 lima_af_me_sjrp.pdf: 566999 bytes, checksum: e8609221640cc685479db8cc71b941c4 (MD5) / Not available

Libellulidae compreende a maior família de Anisoptera com mais de mil espécies, sendo uma das mais abundantes de Odonata. As investigações do padrão de relacionamento filogenético entre os gêneros dessa família têm sido demonstradas complexas, com hipóteses largamente divergentes, sendo as análises consideradas complicadas. Nesse trabalho é apresentada pela primeira vez uma análise cladística de uma de suas maiores subfamílias \'Sympetrinae\' baseada em 171 caracteres morfológicos de adultos com ênfase no grupo com a armadura femoral especializada (Erythemismorpha) que contém os gêneros Acisoma, Carajathemis, Cyanothemis, Erythemis, Porpax, Rhodopygia, Rhodothemis e Viridithemis. Representantes de quase todas as subfamílias de Libellulidae, assim como de todos os gêneros de \'Sympetrinae\' foram incluídos, totalizando 69 táxons terminais. Essa ampla amostragem objetivou testar de modo robusto o monofiletismo de Erythemismorpha e identificar grupos monofiléticos em \'Sympetrinae\'. Duas análises diferentes foram executadas uma com a parcimônia de Fitch e outra a de Sankoff, ambas com diferentes esquemas de ponderação de caracteres. A parcimônia de Sankoff foi utilizada para minimizar a influência dos \"gaps\" e demonstrou ser inapropriada para cálculos de índices de estabilidade com técnicas de reamostragem devido às exigências computacionais. Erythemismorpha foi demonstrado monofilético e além dos gêneros previamente citados inclui pelo menos Erythrodiplax castanea. Os gêneros Rhodothemis, Rhodopygia e Acisoma também tiveram suas hipóteses de monofiletismo suportas, enquanto Erythemis demonstrou ser parafilético em quase todas as árvores contrariando resultados anteriores. A maior parte dos nós internos de Eyrthemismorpha é inconclusiva, no entanto Cyanothemis + Porpax, assim como Carajathemis + Rhodopygia apresentaram suporte alto. A composição completa de Erythemismorpha permanece em aberto e dados de outras fontes devem ser incorporados. Também são discutidos extensivamente alguns conceitos equivocados sobre homoplasia e suas implicações em relação aos caracteres da venação alar em Anisoptera, advogando em favor da prevalência do padrão sobre o processo no paradigma da cladística. Defende-se homoplasia como um erro, um erro no estabelecimento da homologia primária, portanto, convergência reversão e conceitos similares, ligados ao processo e fortemente dependes de hipótese ad hoc não são concretos e tampouco observados no mudo real / Libellulidae comprises the largest family of Anisoptera with more than a thousand of species and one of the most abundant among dragonflies\' families. The investigations of its phylogenetic pattern of relationships, especially among their genera have been shown complex, with widely divergent hypotheses, and considered tricky. A first cladistic analysis of \'Sympetrinae\' based on 171 characters from adults morphology, with an emphasis on the \'armed leg group\' (Erythemismorpha) including the genera Acisoma, Carajathemis, Cyanothemis, Erythemis, Porpax, Rhodopygia, Rhodothemis and Viridithemis is presented here. Representatives of almost all Libellulidae subfamilies, as well as all genera of \'Sympetrinae\' were also included, summing up a total of 69 terminal taxa. This broad sampling aimed to provide a strong test to hypothesis of monophyly of Erythemismorpha and identify monophyletic groups in \'Sympetrinae\'. Two different analyzes were performed, each Fitch and Sankoff parsimony, both with distinct weighting schemes. The Sankoff parsimony was adopted to minimize the influence of \'gaps\' on the results, but proved be inappropriate for to obtain stability indexes with resampling techniques, due to the high cost of computational requirements. Erythemismorpha was shown be monophyletic and further than to those genera previously cited, also includes, at least Erythrodiplax castanea. The genera Acisoma, Rhodothemis, and Rhodopygia were has each their hypotheses of monophyly also supported by the analyses performed here, however Erythemis showed be paraphyletic in almost all trees contradicting previous results. Almost all of the internal nodes of Erythemismorpha are inconclusive, however Cyanothemis + Porpax, as well as Carajathemis + Rhodopygia presents both high support. The entire composition of Erythemismorpha still open, pending the inclusion of other data sources. Also was discussed the misconceptions about homoplasy and its implications on venational characters of Anisoptera dragonflies. Is advocated the already discussed prevalence of pattern over process in cladistics paradigm. Homoplasy in cladistics is an error, more precisely an error of establishment of homologues (primary homology), thus convergence, reversal and similar terms are process tied ad hoc hypotheses over a pattern of inclusive hierarchy and not is concrete neither observable in real world

Orientador: Maria Gorete Carreira Andrade / Banca: Ermínia Lourdes Campello Fanti / Banca: Ligia Laís Fêmina / Resumo: Não disponível / Abstract: Not available / Mestre