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Multiuser Transmission in Code Division Multiple Access Mobile Communications Systems

Irmer, Ralf 28 April 2005 (has links)
Code Division Multiple Access (CDMA) is the technology used in all third generation cellular communications networks, and it is a promising candidate for the definition of fourth generation standards. The wireless mobile channel is usually frequency-selective causing interference among the users in one CDMA cell. Multiuser Transmission (MUT) algorithms for the downlink can increase the number of supportable users per cell, or decrease the necessary transmit power to guarantee a certain quality-of-service. Transmitter-based algorithms exploiting the channel knowledge in the transmitter are also motivated by information theoretic results like the Writing-on-Dirty-Paper theorem. The signal-to-noise ratio (SNR) is a reasonable performance criterion for noise-dominated scenarios. Using linear filters in the transmitter and the receiver, the SNR can be maximized with the proposed Eigenprecoder. Using multiple transmit and receive antennas, the performance can be significantly improved. The Generalized Selection Combining (GSC) MIMO Eigenprecoder concept enables reduced complexity transceivers. Methods eliminating the interference completely or minimizing the mean squared error exist for both the transmitter and the receiver. The maximum likelihood sequence detector in the receiver minimizes the bit error rate (BER), but it has no direct transmitter counterpart. The proposed Minimum Bit Error Rate Multiuser Transmission (TxMinBer) minimizes the BER at the detectors by transmit signal processing. This nonlinear approach uses the knowledge of the transmit data symbols and the wireless channel to calculate a transmit signal optimizing the BER with a transmit power constraint by nonlinear optimization methods like sequential quadratic programming (SQP). The performance of linear and nonlinear MUT algorithms with linear receivers is compared at the example of the TD-SCDMA standard. The interference problem can be solved with all MUT algorithms, but the TxMinBer approach requires less transmit power to support a certain number of users. The high computational complexity of MUT algorithms is also an important issue for their practical real-time application. The exploitation of structural properties of the system matrix reduces the complexity of the linear MUT mthods significantly. Several efficient methods to invert the ystem matrix are shown and compared. Proposals to reduce the omplexity of the Minimum Bit Error Rate Multiuser Transmission mehod are made, including a method avoiding the constraint by pase-only optimization. The complexity of the nonlinear methods i still some magnitudes higher than that of the linear MUT lgorithms, but further research on this topic and the increasing processing power of integrated circuits will eventually allow to exploit their better performance. / Der codegeteilte Mehrfachzugriff (CDMA) wird bei allen zellularen Mobilfunksystemen der dritten Generation verwendet und ist ein aussichtsreicher Kandidat für zukünftige Technologien. Die Netzkapazität, also die Anzahl der Nutzer je Funkzelle, ist durch auftretende Interferenzen zwischen den Nutzern begrenzt. Für die Aufwärtsstrecke von den mobilen Endgeräten zur Basisstation können die Interferenzen durch Verfahren der Mehrnutzerdetektion im Empfänger verringert werden. Für die Abwärtsstrecke, die höhere Datenraten bei Multimedia-Anwendungen transportiert, kann das Sendesignal im Sender so vorverzerrt werden, dass der Einfluß der Interferenzen minimiert wird. Die informationstheoretische Motivation liefert dazu das Writing-on-Dirty-Paper Theorem. Das Signal-zu-Rausch-Verhältnis ist ein geeignetes Kriterium für die Performanz in rauschdominierten Szenarien. Mit Sende- und Empfangsfiltern kann das SNR durch den vorgeschlagenen Eigenprecoder maximiert werden. Durch den Einsatz von Mehrfachantennen im Sender und Empfänger kann die Performanz signifikant erhöht werden. Mit dem Generalized Selection MIMO Eigenprecoder können Transceiver mit reduzierter Komplexität ermöglicht werden. Sowohl für den Empfänger als auch für den Sender existieren Methoden, die Interferenzen vollständig zu eliminieren, oder den mittleren quadratischen Fehler zu minimieren. Der Maximum-Likelihood-Empfänger minimiert die Bitfehlerwahrscheinlichkeit (BER), hat jedoch kein entsprechendes Gegenstück im Sender. Die in dieser Arbeit vorgeschlagene Minimum Bit Error Rate Multiuser Transmission (TxMinBer) minimiert die BER am Detektor durch Sendesignalverarbeitung. Dieses nichtlineare Verfahren nutzt die Kenntnis der Datensymbole und des Mobilfunkkanals, um ein Sendesignal zu generieren, dass die BER unter Berücksichtigung einer Sendeleistungsnebenbedingung minimiert. Dabei werden nichtlineare Optimierungsverfahren wie Sequentielle Quadratische Programmierung (SQP) verwendet. Die Performanz linearer und nichtlinearer MUT-Verfahren MUT-Algorithmen mit linearen Empfängern wird am Beispiel des TD-SCDMA-Standards verglichen. Das Problem der Interferenzen kann mit allen untersuchten Verfahren gelöst werden, die TxMinBer-Methode benötigt jedoch die geringste Sendeleistung, um eine bestimmt Anzahl von Nutzern zu unterstützen. Die hohe Rechenkomplexität der MUT-Algorithmen ist ein wichtiges Problem bei der Implementierung in Real-Zeit-Systemen. Durch die Ausnutzung von Struktureigenschaften der Systemmatrizen kann die Komplexität der linearen MUT-Verfahren signifikant reduziert werden. Verschiedene Verfahren zur Invertierung der Systemmatrizen werden aufgezeigt und verglichen. Es werden Vorschläge gemacht, die Komplexität der Minimum Bit Error Rate Multiuser Transmission zu reduzieren, u.a. durch Vermeidung der Sendeleistungsnebenbedingung durch eine Beschränkung der Optimierung auf die Phasen des Sendesignalvektors. Die Komplexität der nichtlinearen Methoden ist um einige Größenordungen höher als die der linearen Verfahren. Weitere Forschungsanstrengungen an diesem Thema sowie die wachsende Rechenleistung von integrierten Halbleitern werden künftig die Ausnutzung der besseren Leistungsfähigkeit der nichtlinearen MUT-Verfahren erlauben.
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Dynamical characterization of Markov processes with varying order

Bauer, Michael 01 July 2008 (has links)
Time-delayed actions appear as an essential component of numerous systems especially in evolution processes, natural phenomena, and particular technical applications and are associated with the existence of a memory. Under common conditions, external forces or state dependent parameters modify the length of the delay with time. Consequently, an altered dynamical behavior emerges, whose characterization is compulsory for a deeper understanding of these processes. In this thesis, the well-investigated class of time-homogeneous finite-state Markov processes is utilized to establish a variation of memory length by combining a first-order Markov chain with a memoryless Markov chain of order zero. The fluctuations induce a non-stationary process, which is accomplished for two special cases: a periodic and a random selection of the available Markov chains. For both cases, the Kolmogorov-Sinai entropy as a characteristic property is deduced analytically and compared to numerical approximations to the entropy rate of related symbolic dynamics. The convergences of per-symbol and conditional entropies are examined in order to recognize their behavior when identifying unknown processes. Additionally, the connection from Markov processes with varying memory length to hidden Markov models is illustrated enabling further analysis. Hence, the Kolmogorov-Sinai entropy of hidden Markov chains is calculated by means of Blackwell’s entropy rate involving Blackwell’s measure. These results are used to verify the previous computations.
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New insights into conjugate duality

Grad, Sorin - Mihai 13 July 2006 (has links)
With this thesis we bring some new results and improve some existing ones in conjugate duality and some of the areas it is applied in. First we recall the way Lagrange, Fenchel and Fenchel - Lagrange dual problems to a given primal optimization problem can be obtained via perturbations and we present some connections between them. For the Fenchel - Lagrange dual problem we prove strong duality under more general conditions than known so far, while for the Fenchel duality we show that the convexity assumptions on the functions involved can be weakened without altering the conclusion. In order to prove the latter we prove also that some formulae concerning conjugate functions given so far only for convex functions hold also for almost convex, respectively nearly convex functions. After proving that the generalized geometric dual problem can be obtained via perturbations, we show that the geometric duality is a special case of the Fenchel - Lagrange duality and the strong duality can be obtained under weaker conditions than stated in the existing literature. For various problems treated in the literature via geometric duality we show that Fenchel - Lagrange duality is easier to apply, bringing moreover strong duality and optimality conditions under weaker assumptions. The results presented so far are applied also in convex composite optimization and entropy optimization. For the composed convex cone - constrained optimization problem we give strong duality and the related optimality conditions, then we apply these when showing that the formula of the conjugate of the precomposition with a proper convex K - increasing function of a K - convex function on some n - dimensional non - empty convex set X, where K is a k - dimensional non - empty closed convex cone, holds under weaker conditions than known so far. Another field were we apply these results is vector optimization, where we provide a general duality framework based on a more general scalarization that includes as special cases and improves some previous results in the literature. Concerning entropy optimization, we treat first via duality a problem having an entropy - like objective function, from which arise as special cases some problems found in the literature on entropy optimization. Finally, an application of entropy optimization into text classification is presented.
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Kybernetik in der DDR: Begegnung mit der marxistischen Ideologie

Segal, Jérôme January 2001 (has links)
No description available.
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Coding Theorem and Memory Conditions for Abstract Channels with Time Structure

Mittelbach, Martin 04 December 2014 (has links)
In the first part of this thesis, we generalize a coding theorem and a converse of Kadota and Wyner (1972) to abstract channels with time structure. As a main contribution we prove the coding theorem for a significantly weaker condition on the channel output memory, called total ergodicity for block-i.i.d. inputs. We achieve this result mainly by introducing an alternative characterization of information rate capacity. We show that the ψ-mixing condition (asymptotic output-memorylessness), used by Kadota and Wyner, is quite restrictive, in particular for the important class of Gaussian channels. In fact, we prove that for Gaussian channels the ψ-mixing condition is equivalent to finite output memory. Moreover, we derive a weak converse for all stationary channels with time structure. Intersymbol interference as well as input constraints are taken into account in a flexible way. Due to the direct use of outer measures and a derivation of an adequate version of Feinstein’s lemma we are able to avoid the standard extension of the channel input σ-algebra and obtain a more transparent derivation. We aim at a presentation from an operational perspective and consider an abstract framework, which enables us to treat discrete- and continuous-time channels in a unified way. In the second part, we systematically analyze infinite output memory conditions for abstract channels with time structure. We exploit the connections to the rich field of strongly mixing random processes to derive a hierarchy for the nonequivalent infinite channel output memory conditions in terms of a sequence of implications. The ergodic-theoretic memory condition used in the proof of the coding theorem and the ψ-mixing condition employed by Kadota and Wyner (1972) are shown to be part of this taxonomy. In addition, we specify conditions for the channel under which memory properties of a random process are invariant when the process is passed through the channel. In the last part, we investigate cascade and integration channels with regard to mixing conditions as well as properties required in the context of the coding theorem. The results are useful to study many physically relevant channel models and allow a component-based analysis of the overall channel. We consider a number of examples including composed models and deterministic as well as random filter channels. Finally, an application of strong mixing conditions from statistical signal processing involving the Fourier transform of stationary random sequences is discussed and a list of further applications is given. / Im ersten Teil der Arbeit wird ein Kodierungstheorem und ein dazugehöriges Umkehrtheorem von Kadota und Wyner (1972) für abstrakte Kanäle mit Zeitstruktur verallgemeinert. Als wesentlichster Beitrag wird das Kodierungstheorem für eine signifikant schwächere Bedingung an das Kanalausgangsgedächtnis bewiesen, die sogenannte totale Ergodizität für block-i.i.d. Eingaben. Dieses Ergebnis wird hauptsächlich durch eine alternative Charakterisierung der Informationsratenkapazität erreicht. Es wird gezeigt, dass die von Kadota und Wyner verwendete ψ-Mischungsbedingung (asymptotische Gedächtnislosigkeit am Kanalausgang) recht einschränkend ist, insbesondere für die wichtige Klasse der Gaußkanäle. In der Tat, für Gaußkanäle wird bewiesen, dass die ψ-Mischungsbedingung äquivalent zu endlichem Gedächtnis am Kanalausgang ist. Darüber hinaus wird eine schwache Umkehrung für alle stationären Kanäle mit Zeitstruktur bewiesen. Sowohl Intersymbolinterferenz als auch Eingabebeschränkungen werden in allgemeiner und flexibler Form berücksichtigt. Aufgrund der direkten Verwendung von äußeren Maßen und der Herleitung einer angepassten Version von Feinsteins Lemma ist es möglich, auf die Standarderweiterung der σ-Algebra am Kanaleingang zu verzichten, wodurch die Darstellungen transparenter und einfacher werden. Angestrebt wird eine operationelle Perspektive. Die Verwendung eines abstrakten Modells erlaubt dabei die einheitliche Betrachtung von zeitdiskreten und zeitstetigen Kanälen. Für abstrakte Kanäle mit Zeitstruktur werden im zweiten Teil der Arbeit Bedingungen für ein unendliches Gedächtnis am Kanalausgang systematisch analysiert. Unter Ausnutzung der Zusammenhänge zu dem umfassenden Gebiet der stark mischenden zufälligen Prozesse wird eine Hierarchie in Form einer Folge von Implikationen zwischen den verschiedenen Gedächtnisvarianten hergeleitet. Die im Beweis des Kodierungstheorems verwendete ergodentheoretische Gedächtniseigenschaft und die ψ-Mischungsbedingung von Kadota und Wyner (1972) sind dabei Bestandteil der hergeleiteten Systematik. Weiterhin werden Bedingungen für den Kanal spezifiziert, unter denen Eigenschaften von zufälligen Prozessen am Kanaleingang bei einer Transformation durch den Kanal erhalten bleiben. Im letzten Teil der Arbeit werden sowohl Integrationskanäle als auch Hintereinanderschaltungen von Kanälen in Bezug auf Mischungsbedingungen sowie weitere für das Kodierungstheorem relevante Kanaleigenschaften analysiert. Die erzielten Ergebnisse sind nützlich bei der Untersuchung vieler physikalisch relevanter Kanalmodelle und erlauben eine komponentenbasierte Betrachtung zusammengesetzter Kanäle. Es wird eine Reihe von Beispielen untersucht, einschließlich deterministischer Kanäle, zufälliger Filter und daraus zusammengesetzter Modelle. Abschließend werden Anwendungen aus weiteren Gebieten, beispielsweise der statistischen Signalverarbeitung, diskutiert. Insbesondere die Fourier-Transformation stationärer zufälliger Prozesse wird im Zusammenhang mit starken Mischungsbedingungen betrachtet.
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Canonical Correlation and the Calculation of Information Measures for Infinite-Dimensional Distributions: Kanonische Korrelationen und die Berechnung von Informationsmaßen für unendlichdimensionale Verteilungen

Huffmann, Jonathan 26 March 2021 (has links)
This thesis investigates the extension of the well-known canonical correlation analysis for random elements on abstract real measurable Hilbert spaces. One focus is on the application of this extension to the calculation of information-theoretical quantities on finite time intervals. Analytical approaches for the calculation of the mutual information and the information density between Gaussian distributed random elements on arbitrary real measurable Hilbert spaces are derived. With respect to mutual information, the results obtained are comparable to [4] and [1] (Baker, 1970, 1978). They can also be seen as a generalization of earlier findings in [20] (Gelfand and Yaglom, 1958). In addition, some of the derived equations for calculating the information density, its characteristic function and its n-th central moments extend results from [45] and [44] (Pinsker, 1963, 1964). Furthermore, explicit examples for the calculation of the mutual information, the characteristic function of the information density as well as the n-th central moments of the information density for the important special case of an additive Gaussian channel with Gaussian distributed input signal with rational spectral density are elaborated, on the one hand for white Gaussian noise and on the other hand for Gaussian noise with rational spectral density. These results extend the corresponding concrete examples for the calculation of the mutual information from [20] (Gelfand and Yaglom, 1958) as well as [28] and [29] (Huang and Johnson, 1963, 1962).:Kurzfassung Abstract Notations Abbreviations 1 Introduction 1.1 Software Used 2 Mathematical Background 2.1 Basic Notions of Measure and Probability Theory 2.1.1 Characteristic Functions 2.2 Stochastic Processes 2.2.1 The Consistency Theorem of Daniell and Kolmogorov 2.2.2 Second Order Random Processes 2.3 Some Properties of Fourier Transforms 2.4 Some Basic Inequalities 2.5 Some Fundamentals in Functional Analysis 2.5.1 Hilbert Spaces 2.5.2 Linear Operators on Hilbert Spaces 2.5.3 The Fréchet-Riesz Representation Theorem 2.5.4 Adjoint and Compact Operators 2.5.5 The Spectral Theorem for Compact Operators 3 Mutual Information and Information Density 3.1 Mutual Information 3.2 Information Density 4 Probability Measures on Hilbert Spaces 4.1 Measurable Hilbert Spaces 4.2 The Characteristic Functional 4.3 Mean Value and Covariance Operator 4.4 Gaussian Probability Measures on Hilbert Spaces 4.5 The Product of Two Measurable Hilbert Spaces 4.5.1 The Product Measure 4.5.2 Cross-Covariance Operator 5 Canonical Correlation Analysis on Hilbert Spaces 5.1 The Hellinger Distance and the Theorem of Kakutani 5.2 Canonical Correlation Analysis on Hilbert Spaces 5.3 The Theorem of Hájek and Feldman 6 Mutual Information and Information Density Between Gaussian Measures 6.1 A General Formula for Mutual Information and Information Density for Gaussian Random Elements 6.2 Hadamard’s Factorization Theorem 6.3 Closed Form Expressions for Mutual Information and Related Quantities 6.4 The Discrete-Time Case 6.5 The Continuous-Time Case 6.6 Approximation Error 7 Additive Gaussian Channels 7.1 Abstract Channel Model and General Definitions 7.2 Explicit Expressions for Mutual Information and Related Quantities 7.2.1 Gaussian Random Elements as Input to an Additive Gaussian Channel 8 Continuous-Time Gaussian Channels 8.1 White Gaussian Channels 8.1.1 Two Simple Examples 8.1.2 Gaussian Input with Rational Spectral Density 8.1.3 A Method of Youla, Kadota and Slepian 8.2 Noise and Input Signal with Rational Spectral Density 8.2.1 Again a Method by Slepian and Kadota Bibliography / Diese Arbeit untersucht die Erweiterung der bekannten kanonischen Korrelationsanalyse (canonical correlation analysis) für Zufallselemente auf abstrakten reellen messbaren Hilberträumen. Ein Schwerpunkt liegt dabei auf der Anwendung dieser Erweiterung zur Berechnung informationstheoretischer Größen auf endlichen Zeitintervallen. Analytische Ansätze für die Berechnung der Transinformation und der Informationsdichte zwischen gaußverteilten Zufallselementen auf beliebigen reelen messbaren Hilberträumen werden hergeleitet. Bezüglich der Transinformation sind die gewonnenen Resultate vergleichbar zu [4] und [1] (Baker, 1970, 1978). Sie können auch als Verallgemeinerung früherer Erkenntnisse aus [20] (Gelfand und Yaglom, 1958) aufgefasst werden. Zusätzlich erweitern einige der hergeleiteten Formeln zur Berechnung der Informationsdichte, ihrer charakteristischen Funktion und ihrer n-ten zentralen Momente Ergebnisse aus [45] und [44] (Pinsker, 1963, 1964). Weiterhin werden explizite Beispiele für die Berechnung der Transinformation, der charakteristischen Funktion der Informationsdichte sowie der n-ten zentralen Momente der Informationsdichte für den wichtigen Spezialfall eines additiven Gaußkanals mit gaußverteiltem Eingangssignal mit rationaler Spektraldichte erarbeitet, einerseits für gaußsches weißes Rauschen und andererseits für gaußsches Rauschen mit einer rationalen Spektraldichte. Diese Ergebnisse erweitern die entsprechenden konkreten Beispiele zur Berechnung der Transinformation aus [20] (Gelfand und Yaglom, 1958) sowie [28] und [29] (Huang und Johnson, 1963, 1962).:Kurzfassung Abstract Notations Abbreviations 1 Introduction 1.1 Software Used 2 Mathematical Background 2.1 Basic Notions of Measure and Probability Theory 2.1.1 Characteristic Functions 2.2 Stochastic Processes 2.2.1 The Consistency Theorem of Daniell and Kolmogorov 2.2.2 Second Order Random Processes 2.3 Some Properties of Fourier Transforms 2.4 Some Basic Inequalities 2.5 Some Fundamentals in Functional Analysis 2.5.1 Hilbert Spaces 2.5.2 Linear Operators on Hilbert Spaces 2.5.3 The Fréchet-Riesz Representation Theorem 2.5.4 Adjoint and Compact Operators 2.5.5 The Spectral Theorem for Compact Operators 3 Mutual Information and Information Density 3.1 Mutual Information 3.2 Information Density 4 Probability Measures on Hilbert Spaces 4.1 Measurable Hilbert Spaces 4.2 The Characteristic Functional 4.3 Mean Value and Covariance Operator 4.4 Gaussian Probability Measures on Hilbert Spaces 4.5 The Product of Two Measurable Hilbert Spaces 4.5.1 The Product Measure 4.5.2 Cross-Covariance Operator 5 Canonical Correlation Analysis on Hilbert Spaces 5.1 The Hellinger Distance and the Theorem of Kakutani 5.2 Canonical Correlation Analysis on Hilbert Spaces 5.3 The Theorem of Hájek and Feldman 6 Mutual Information and Information Density Between Gaussian Measures 6.1 A General Formula for Mutual Information and Information Density for Gaussian Random Elements 6.2 Hadamard’s Factorization Theorem 6.3 Closed Form Expressions for Mutual Information and Related Quantities 6.4 The Discrete-Time Case 6.5 The Continuous-Time Case 6.6 Approximation Error 7 Additive Gaussian Channels 7.1 Abstract Channel Model and General Definitions 7.2 Explicit Expressions for Mutual Information and Related Quantities 7.2.1 Gaussian Random Elements as Input to an Additive Gaussian Channel 8 Continuous-Time Gaussian Channels 8.1 White Gaussian Channels 8.1.1 Two Simple Examples 8.1.2 Gaussian Input with Rational Spectral Density 8.1.3 A Method of Youla, Kadota and Slepian 8.2 Noise and Input Signal with Rational Spectral Density 8.2.1 Again a Method by Slepian and Kadota Bibliography
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Towards Transparency and Open Science / A Principled Perspective on Computational Reproducibility and Preregistration

Peikert, Aaron 17 October 2023 (has links)
Die Psychologie und andere empirische Wissenschaften befinden sich in einer Krise, da vielen Forschenden bewusst geworden ist, dass viele Erkenntnisse nicht so stark empirisch gestützt sind, wie sie einst glaubten. Es wurden mehrere Ursachen dieser Krise vorgeschlagen: Missbrauch statistischer Methoden, soziologische Verzerrungen und schwache Theorien. In dieser Dissertation gehe ich davon aus, dass ungenaue Theorien unvermeidlich sind, diese aber mithilfe von Induktion einer empirischen Prüfung unterzogen werden können. Anhand von Daten können Theorien ergänzt werden, sodass präzise Vorhersagen möglich sind, die sich mit der Realität vergleichen lassen. Eine solche Strategie ist jedoch mit Kosten verbunden. Induktion ist daher zwar notwendig, aber führt zu einem übermäßigen Vertrauen in empirische Befunde. Um empirische Ergebnisse adäquat zu bewerten, muss diese Verzerrung berücksichtigt werden. Das Ausmaß der Verzerrung hängt von den Eigenschaften des induktiven Prozesses ab. Einige induktive Prozesse können vollständig transparent gemacht werden, sodass ihre Verzerrung angemessen berücksichtigt werden kann. Ich zeige, dass dies bei Induktion der Fall ist, die beliebig mit anderen Daten wiederholt werden kann, was die Bedeutung von computergestützter Reproduzierbarkeit unterstreicht. Induktion, die die Forschenden und ihr kognitives Modell einbezieht, kann nicht beliebig wiederholt werden; daher kann die Verzerrung durch Induktion nur mit Unsicherheit beurteilt werden. Ich schlage vor, dass die Verringerung dieser Unsicherheit das Ziel von Präregistrierung sein sollte. Nachdem ich die Ziele von Reproduzierbarkeit und Präregistrierung unter dem Gesichtspunkt der Transparenz über Induktion präzisiert habe, gebe ich in den wissenschaftlichen Artikeln, die als Teil der Dissertation veröffentlicht wurden, Empfehlungen für die praktische Umsetzung beider Verfahren. / Psychology and other empirical sciences are in the middle of a crisis, as many researchers have become aware that many findings do not have as much empirical support as they once believed. Several causes of this crisis have been suggested: misuse of statistical methods, sociological biases, and weak theories. This dissertation proposes the following rationale: to some extent, imprecise theories are unavoidable, but they still can be subjected to an empirical test by employing induction. Data may be used to amend theories, allowing precise predictions that can be compared to reality. However, such a strategy comes at a cost. While induction is necessary, it causes overconfidence in empirical findings. When assessing findings, this overconfidence must be taken into account. The extent of the overconfidence depends on the properties of the inductive process. Some inductive processes can be made fully transparent, so their bias can be accounted for appropriately. I show that this is the case for induction that can be repeated at will on other data, highlighting the importance of computational reproducibility. Induction involving the researcher and their cognitive model can not be repeated; hence, the extent of overconfidence must be judged with uncertainty. I propose that reducing this uncertainty should be the objective of preregistration. Having explicated the goals of computational reproducibility and preregistration from a perspective of transparency about induction in the synopsis, I put forward recommendations for the practice of both in the articles published as part of this dissertation.
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Information processing in cellular signaling

Uschner, Friedemann 13 December 2016 (has links)
Information spielt in der Natur eine zentrale Rolle. Als intrinsischer Teil des genetischen Codes ist sie das Grundgerüst jeder Struktur und ihrer Entwicklung. Im Speziellen dient sie auch Organismen, ihre Umgebung wahrzunehmen und sich daran anzupassen. Die Grundvoraussetzung dafür ist, dass sie Information ihrer Umgebung sowohl messen als auch interpretieren können, wozu Zellen komplexe Signaltransduktionswege entwickelt haben. In dieser Arbeit konzentrieren wir uns auf Signalprozesse in S.cerevisiae die von osmotischem Stress (High Osmolarity Glycerol (HOG) Signalweg) und der Stimulation mit α-Faktor (Pheromon Signalweg) angesprochen werden. Wir wenden stochastische Modelle an, die das intrinsische Rauschen biologischer Prozesse darstellen können, um verstehen zu können wie Signalwege die ihnen zur Verfügung stehende Information umsetzen. Informationsübertragung wird dabei mit einem Ansatz aus Shannons Informationstheorie gemessen, indem wir sie als einen Kanal in diesem Sinne auffassen. Wir verwenden das Maß der Kanalkapazität, um die Genauigkeit des Phosphorelays einschränken zu können. In diesem Modell, simuliert mit dem Gillespie Algorithmus, können wir durch die Analyse des Signalverhaltens den Parameterraum zusätzlich stark einschränken. Eine weitere Herangehensweise der Signalverarbeitung beschäftigt sich mit dem “Crosstalk” zwischen HOG und Pheromon Signalweg. Wir zeigen, dass die Kontrolle der Signalspezifizität vor allem bei Scaffold-Proteinen liegt, die Komponenten der Signalkaskade binden. Diese konservierten Motive zellulärer Signaltransduktion besitzen eine geeignete Struktur, um Information getreu übertragen zu können. Im letzten Teil der Arbeit untersuchen wir potentielle Gründe für die evolutionäre Selektion von Scaffolds. Wir zeigen, dass ihnen bereits durch die Struktur des Mechanismus möglich ist, Informationsgenauigkeit zu verbessern und einer verteilten Informationsweiterleitung sowohl dadurch als auch durch ihre Robustheit überlegen sind. / Information plays a ubiquitous role in nature. It provides the basis for structure and development, as it is inherent part of the genetic code. It also enables organisms to make sense of their environments and react accordingly. For this, a cellular interpretation of information is needed. Cells have developed sophisticated signaling mechanisms to fulfill this task and integrate many different external cues with their help. Here we focus on signaling that senses osmotic stress (High Osmolarity Glycerol (HOG) pathway) as well as α-factor stimulation (pheromone pathway) in S.cerevisiae. We employ stochastic modeling to simulates the inherent noisy nature of biological processes to assess how systems process the information they receive. This information transmission is evaluated with an information theoretic approach by interpreting signal transduction as a transmission channel in the sense of Shannon. We use channel capacity to both constrain as well as quantify the fidelity in the phosphorelay system of the HOG pathway. In this model, simulated with the Gillespie Algorithm, the analysis of signaling behavior allows us to constrain the possible parameter sets for the system severely. A further approach to signal processing is concerned with the mechanisms that conduct crosstalk between the HOG and the pheromone pathway. We find that the control for signal specificity lies especially with the scaffold proteins that tether signaling components and facilitate signaling by trans-location to the membrane and shielding against miss-activation. As conserved motifs of cellular signal transmission, these scaffold proteins show a particularly well suited structure for accurate information transmission. In the last part of this thesis, we examine the potential reasons for an evolutionary selection of the scaffolding structure. We show that due to its structure, scaffolds are increasing information transmission fidelity and outperform a distributed signal in this regard.
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Classifiers for Discrimination of Significant Protein Residues and Protein-Protein Interaction Using Concepts of Information Theory and Machine Learning / Klassifikatoren zur Unterscheidung von Signifikanten Protein Residuen und Protein-Protein Interaktion unter Verwendung von Informationstheorie und maschinellem Lernen

Asper, Roman Yorick 26 October 2011 (has links)
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