Made available in DSpace on 2015-03-04T18:50:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Diogo_Marinho.pdf: 3506314 bytes, checksum: 33551832c16356372e97856d79324b25 (MD5) Previous issue date: 2011-03-24 / Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior / Os métodos computacionais de docking receptor-ligante são importantes ferramentas utilizadas em estudos na quimica medicinal, auxiliando o processo de descoberta de novos fármacos para alvos moleculares envolvidos em doenças sem tratamento, ou que necessitam de novos tratamentos quimioterápicos. Estes métodos são parte importante dentro da abordagem conhecida como desenho racional de fármacos baseado em estruturas. Esta dissertação apresenta o desenvolvimento da nova versão do programa Dockthor, para docking molecular de ligante flexível, tendo como inovações: (i) uma nova e completa implementação computacional com o aperfeiçoamento do algoritmo genético não-geracional de múltiplas soluções; (ii) a implementação do campo de força molecular MMFF94; (iii) a criação de ferramentas auxiliares para parametrização automática de ligantes, cofatores e receptores protéicos; (iv) introdução da opção de triagem virtual. A nova versão do programa foi validada utilizando dois conjuntos teste. O primeiro envolvendo cinco ligantes altamente flexíveis do receptor HIV-I protease. O segundo, envolvendo 35 complexos receptor-ligante com uma grande diversidade strutural e química nos ligantes, associados a receptores representativos de 18 famílias de proteínas. A validação do programa foi feita através de experimentos de redocking sem utilizar nenhuma etapa de pré-otimizacão do ligante dentro do sítio receptor. Os resultados obtidos são considerados muito bons nos seguintes aspectos: (i) foi obtida uma taxa de sucesso de cerca de 80% (90%) no redocking de ligantes da HIV-1 protease considerando as solucoes de menor energia (menorRMSD); (ii) foi obtida uma taxa de sucesso de cerca de 94% (99%) no redocking do conjunto mais amplo de ligantes considerando as solucoes de menor energia (menor RMSD); (iii) com exceção de dois casos, todas as soluções de menor energia encontradas apresentavam um RMSD < 2.5 _A com relação a estrutura experimental. Os excelentes resultados obtidos nos experimentos de redocking mostram que o programa está apto para estudos de interações receptor-ligante envolvendo moléculas de interesse na química medicinal. As facilidades introduzidas no programa Dockthor permitirão a sua disponibilização e uso pela comunidade acadêmica e grupos de pesquisa atuantes na área de desenho racional de fármacos.

O carrapato do boi, Rhipicephalus microplus, é o principal empecilho para o avanço da produção pecuária, causando enormes prejuízos econômicos. Durante a infestação, o carrapato acaba ingerindo uma grande quantidade de imunoglobulinas presentes no soro do hospedeiro. Desse modo, como mecanismo de defesa e com o objetivo de auxiliar o repasto sanguíneo realizado pelas fêmeas, carrapatos machos Ixodidae, secretam proteínas ligantes de IgG (IGBPs) contidas em sua saliva, teoricamente interferindo na ligação específica de anticorpos com antígenos do carrapato, bem como nas funções efetoras da IgG. Raças bovinas taurinas e zebuínas possuem uma peculiar distribuição de alótipos de IgG e, ao mesmo tempo, frente às infestações por carrapatos, tais raças se comportam de maneira distinta, sendo taurinas susceptíveis e zebuínas resistentes a esse ectoparasita. Uma vez que já é relatado na literatura existir diferença na ligação entre as IGBPs de diversos patógenos e os diferentes alótipos de IgG, o presente trabalho teve por objetivo avaliar a natureza das interações entre a IGBP-C de R. microplus e os alótipos de IgG bovina de animais suscetíveis ou resistentes a carrapatos. Para isso, foi feita a genotipagem por sequenciamento da região CH1-CH3 de IgG1 e IgG2, de 40 bovinos da raça taurina Holandesa (Holandês preto e branco - HPB) e 40 bovinos zebuínos da raça Nelore, com posterior purificação do alótipo de IgG1 e IgG2 mais comum em cada raça a partir do soro dos animais homozigotos. Curiosamente, verificou-se que havia uma associação entre os genótipos da região constante da cadeia pesada de IgG1 e IgG2 com os fenótipos de infestação por carrapato observados nos animais estudados. Em seguida, foram realizados ensaios em sistema de Ressonância Plasmônica de Superfície (Biacore T200 - GE Healthcare) para avaliar a afinidade de ligação entre a proteína recombinante IGBP-C e os alótipos de IgG1 e IgG2 bovinas, de uma forma não cognata. Por meio do ensaio em Biacore, observou-se uma maior afinidade de ligação da IGBP-C com alótipos de IgG2 de ambas as raças estudadas em relação aos alótipos de IgG1 e apesar de ligar em mais moléculas do alótipo de IgG2 mais frequente em bovinos Nelore (resistente a carrapato), apresentou uma afinidade maior para o alótipo de IgG2 mais frequente na raça HPB (suscetível a carrapato). Além disso, foi possível confirmar a porção Fc como o sítio de ligação preferencial da IGBP-C na IgG. Por fim, para um maior entendimento da sua função, foi feita a modelagem por homologia da IGBP-C e em ensaios adicionais, visto que essa proteína também interfere no processo de angiogênese, bem como na ativação da via clássica do complemento. Em suma, no presente trabalho foi possível descrever algumas funções promovidas pela IGBP-C, demonstrando assim, a sua importância em compor mecanismos de escape do carrapato R. microplus em relação a resposta imune do hospedeiro / The cattle tick, Rhipicephalus microplus, is the main impediment to the advance of livestock production, causing enormous economic losses. During infestation, the tick ingests a large amount of immunoglobulins present in the host\'s serum. Consequently as a defense mechanism and for assisting the blood meal performed by females, male Ixodidae ticks secrete IgG binding proteins (IGBPs) contained in their saliva, theoretically interfering in the specific binding of antibodies with tick antigens and in the effector functions of IgG. The taurine and zebu bovine breeds have a peculiar distribution of IgG allotypes and also present different phenotypes of tick infestation, being susceptible taurines and zebuines resistant to this ectoparasite. Since it is reported in the literature that there is a difference in the binding between the IGBPs of different pathogens and the different IgG allotypes, the present work aimed to evaluate the nature of the interactions between the IGBP-C of R. microplus and the IgG from susceptible or tick resistant animals. For this, was done genotyping by sequencing of the CH1-CH3 region of IgG1 and IgG2 from forty Holstein taurine and forty Nelore zebu cattle, with subsequent purification of the more common IgG allotypes in each breed, from the serum of homozygous animals. Interestingly, there was an association between IgG1 and IgG2 heavy chain constant region genotypes with tick infestation phenotypes. Subsequently, assays were performed in Surface Plasmon Resonance System (Biacore T200) to evaluate the binding affinity between the recombinant IGBP-C protein and the bovine IgG1 and IgG2 allotypes in a non-cognate manner. Through the Biacore assay, was observed that IGBP-C binding more affinity with IgG2 than IgG1 allotypes of both breeds, and although IGBP-C binds more molecules of the most frequent IgG2 allotype in Nelore tick resistant cattle, showed a higher affinity for the most frequent IgG2 allotype in the HPB, tick susceptible cattle. In addition, it was possible to confirm the Fc portion as the preferred binding site of IGBP-C in IgG. The homology modeling of this protein was done for a better understanding of its function and finally, IGBP-C has also been shown to interfere with the angiogenesis process, as well as in the activation of the classical complement pathway. In short, in the present work it was possible to describe some of the functions promoted by the IGBP-C, thus demonstrating its importance in composing escape mechanisms of the R. microplus tick to the host immune response

O foco do trabalho está direcionado para a construção da linhagem knock-out do gene ncsA de A. fumigatus, bem como a caracterização do fenótipo da linhagem DncsA e a investigação de interações deste gene com vias de sinalização importantes para o desenvolvimento do fungo. A linhagem mutante ncsA foi construída através da transformação do WT (Dku80) com o gene marcador pyrG de A. fumigatus. Foi confirmada a deleção por Southern blot e as alterações fenotípicas da linhagem foram analisadas. O gene ncsA em A. fumigatus não é essencial e a linhagem DncsA apresentou-se sensível EGTA e SDS, alé, de tolerante a altas concentrações de íons cálcio. Na linhagem NcsA:mRFP foi localizado a proteína NcsA no citoplasma das células e sua localização não é alterada pela em resposta ao aumento da concentração de cálcio. A linhagem DncsA foi sensível a drogas que afetam a biossíntese e a manutenção da membrana plasmática, tais como voriconazole, anfotericina e itraconazole. O crescimento polarizado em presença de lovastatina nessa linhagem foi consideravelmente mais afetado que no tipo selvagem. O Spitzenkörper não foi visualizado no mutante DncsA, e existe uma significante diminuição de estruturas vacuolares e endossomos. Os resultados obtidos em ensaios de TRPCR em tempo real sugerem que NcsA modula a expressão dos genes pmcA e pmcB, que codificam proteínas ATPases transportadoras de íons cálcio. Os ensaios de virulência no modelo animal revelaram que a mutação do gene ncsA não causa perda de virulência no A. fumigatus. / Here, we characterize the A. fumigatus Neuronal Calcium Sensor, ncsA homologue. We showed that ncsA is not an essential gene and ncsA growth was decreased in the presence of EGTA and SDS. Furthermore, the ncsA mutant is more resistant to calcium chloride. NcsA:mRFP localizes to the cytoplasm that its cellular localization is not affected by the cellular response to calcium chloride. The ncsA mutant strain is more sensitive to voriconazole, itraconazole, and the ergosterol intercalating agent, amphotericin. Polar growth in the DncsA mutant strain was also considerably more affected by lovastatin than in the wild type mutant strain. The Spitzenkörper cannot be visualized in the DncsA mutant, and there is a significant decrease of the endosome/vacuole structures. NcsA supports pmcA and pmcB expression therefore reduced expression of these ion pumps, and also of other genes involved in the response to calcium in A. fumigatus. The ncsA inactivation mutation is not causing loss of virulence in a low dose murine infection when compared to the corresponding wild type strain.

Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / O desenvolvimento de novas metodologias no campo da engenharia rodoviÃria tem sido uma preocupaÃÃo, visando à melhoria da qualidade das vias pavimentadas, tornando-as mais seguras e resistentes. Algumas inovaÃÃes introduzidas nesta Ãrea tem sido praticadas com a aplicaÃÃo de ligantes asfÃlticos (LAs) modificados, que tem demonstrado melhorar o desempenho destes, contribuindo para a reduÃÃo da formaÃÃo das trilhas de roda e das trincas tÃrmicas. Neste estudo, o ligante asfÃltico (LA) brasileiro oriundo do Campo Fazenda Alegre foi modificado por copolÃmero de etileno e acetato de vinila (EVA) virgem, resÃduo da indÃstria de calÃados (EVAR) e fibra de coco (FC). Aditivos, como o lÃquido da castanha de caju (LCC) e o Ãleo extensor (OE) foram utilizados para melhorar a compatibilidade da mistura. O polÃmero e os aditivos foram caracterizados atravÃs de espectroscopia no infravermelho, termogravimetria e calorimetria exploratÃria diferencial. A avaliaÃÃo dos espectros FTIR dos ligantes apÃs envelhecimento simulado em estufa RTFOT, mostraram que os ligantes modificados com EVAR e EVA/FC foram mais resistentes ao processo oxidativo, provavelmente, devido à presenÃa de aditivos, como o carbonato de cÃlcio, na composiÃÃo do resÃduo. As curvas termogravimÃtricas dos LAs modificados apresentaram comportamento semelhante ao ligante puro. As propriedades reolÃgicas tambÃm foram avaliadas atravÃs de ensaios em: viscosÃmetro e reÃmetro de cisalhamento dinÃmico (DSR). O envelhecimento, de maneira geral, provoca aumento da rigidez e da viscosidade, porÃm as curvas mestras indicaram que o efeito do envelhecimento à mais expressivo nas temperaturas intermediÃrias a altas, e aumentaram a elasticidade ao longo do espectro de frequÃncias. A viscosidade zero shear (ZSV) obtida pelos modelos de Cross e Williamson apresentou-se mais elevada do que o modelo de Carreau. AlÃm disso, as imagens obtidas no microscÃpio de forÃa atÃmica (MFA) mostraram que o polÃmero EVA intumesceu devido à absorÃÃo de fraÃÃo aromÃtica do ligante, rompendo a estabilidade coloidal. Assim sendo, a adiÃÃo do Ãleo extensor preveniu a separaÃÃo de fases. Para o ligante modificado com EVAR, a mistura apresentou boa estabilidade à estocagem somente apÃs adiÃÃo de Ãleo extensor. A presenÃa do LCC e OE mostrou melhorar a susceptibilidade tÃrmica dos ligantes modificados. / The development of new methodologies in the field of road engineering has been a concern, aimed to the improvement of the quality of paved roads making them safer and more durable. Some innovations introduced in this area have been practiced with the application of modified asphalt binder (AB), demonstrated to improve asphalt binder performance, contributing to the reduction of the formation of wheel tracks and of thermal cracking. In this study, the Brazilian asphalt binder from Fazenda Alegre oil reserve was modified by virgin ethylene vinyl acetate copolymer (EVA), residue of the industry of footwears (EVAR) and coir fiber (CF). Additives, such as the cashew nut shell liquid (CNSL) and extensor oil (EO) were used to improve the compatibility of the mixture. The polymer and additives were characterized by means of infrared spectroscopy, termogravimetry and diferencial scanning calorimetry. The evaluation of the spectra FTIR of the binders after simulated aging in RTFOT, showed that the modified binders with EVAR and EVA/FC were more resistant to oxidative hardening, probably due to the presence of the additive, in the composition of the residue, such as the calcium carbonate. The termogravimetry curves of the modified ABs presented behavior similar to the pure binder. The rheological properties were also evaluated by tests with the viscometer and the dynamic shear rheometer (DSR). In general, ageing causes an increase in stiffness and viscosity, however the master curves indicated that the effect of aging is most significant in the intermediate to high temperatures and increases the elasticity along the spectrum of frequencies. The zero shear viscosity (ZSV) obtained by the models of Cross and Williamson was higher than the Carreau model. In addition atomic force microscopy (AFM) images were obtained in the showed that the EVA polymer sweeling suggest that part of the maltenic fraction of the binder was absorbed by the polymer. For the binder modified with EVAR, the mixture showed good stability only after the addition of the extensor oil. The presence of CNSL and EO improved the thermal susceptibility of the modified binders.

Tese de mestrado integrado. Bioengenharia. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 2012

Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-10-01T21:50:08Z No. of bitstreams: 1 DANIEL DE JESÚS LIMONTA VELÁZQUEZ.pdf: 919728 bytes, checksum: e0d58f37f2cdfe18820bd7ba77a8415c (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-01T21:50:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DANIEL DE JESÚS LIMONTA VELÁZQUEZ.pdf: 919728 bytes, checksum: e0d58f37f2cdfe18820bd7ba77a8415c (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Dengue é a doença viral transmitida por mosquitos de maior importância mundial e é, causada por qualquer um dos quatro sorotipos do vírus (DENV-1,-2,-3,-4). É uma virose frequente em áreas tropicais e subtropicais e atualmente o Brasil notifica um número crescente de casos. Durante mais de 30 anos a dengue foi classificada em febre da dengue e febre hemorrágica da dengue. Porém, a OMS no ano 2009 propôs uma nova classificação: dengue com e sem sinais de alarme (DSSA e DCSA) e dengue grave (DG) no intuito de facilitar tanto o diagnóstico como o manejo do tratamento. A patogenia da dengue é multifatorial na qual se aceitam contribuições de fatores virais e do hospedeiro. Estudos sobre mecanismos da imunopatologia da dengue descreveram associações entre fenômenos descritos como “tempestade” de citocinas, hiperativação de células imunes, anticorpos e células T de reação cruzada entre diferentes sorotipos virais. Além disso, estudos vêm demonstrando a contribuição da apoptose na imunopatologia da dengue. Neste contexto, o objetivo do trabalho da tese foi avaliar o envolvimento de proteínas circulantes relacionadas a apoptose na patogênese da infecção pelos DENV. Para isso, 106 amostras foram obtidas de pacientes com suspeita clínica de infecção por DENV durante a epidemia de 2010 nos estados brasileiros de Mato Grosso do Sul e Rio de Janeiro. Para confirmação dos casos, cinco diferentes técnicas foram utilizadas: ELISA de captura de IgM, IgG anti-dengue, detecção da proteína viral NS1, isolamento viral e RT-PCR. Nesta casuística, 72 casos de dengue foram confirmados. A detecção de IgM anti-dengue confirmou um maior número de casos suspeitos. Os sorotipos encontrados foram DENV-1 e DENV-2. Baseado na nova classificação da OMS, tivemos 35 indivíduos com DSSA, 17 pacientes com DCSA e 15 indivíduos com DG. Contudo, a classificação tradicional da dengue diagnosticou apenas 5 casos com febre hemorrágica da dengue. Nos 67 pacientes da dengue foram dosados níveis plasmáticos de moléculas pró-apoptóticas (TNF-α, TRAIL, FasL) e anti-apoptótica (Survivina). Níveis aumentados de TNF-α, FasL e TRAIL foram encontrados nos pacientes com a forma DSSA quando comparados aos controles e pacientes graves (DG). Nossos resultados não indicaram correlações importantes entre os níveis de TNF-α e parâmetros associados à gravidade, mas, observamos correlações diretas entre FasL ou TRAIL com plaquetas e TRAIL com hematócrito. Todavia, o único caso fatal apresentou o maior nível plasmático de FasL. De forma interessante, TRAIL se correlacionou inversamente com a contagem dos linfócitos. Em relação à Survivina, os resultados indicaram que o grupo DCSA apresentou níveis diminuídos em comparação aos controles e pacientes graves e de forma interessante, Survivina se correlacionou diretamente com a contagem de leucócitos. Assim, o TRAIL seria indicador de bom prognóstico da doença, e TRAIL poderia estar envolvido com a maior susceptibilidade dos linfócitos à morte. Por outro lado, Survivina poderia estar participando da proliferação e/ou migração dos leucócitos. Até o presente, este é o primeiro trabalho abordando mediadores circulantes de apoptose segundo a nova classificação clínica da dengue. Mais pesquisas precisam ser realizadas para discernir a complexa interação entre moléculas pró e anti-apoptóticas e suas implicações na gravidade da dengue. / Dengue é a doença viral transmitida por mosquitos de maior importância mundial e é, causada por qualquer um dos quatro sorotipos do vírus (DENV-1,-2,-3,-4). É uma virose frequente em áreas tropicais e subtropicais e atualmente o Brasil notifica um número crescente de casos. Durante mais de 30 anos a dengue foi classificada em febre da dengue e febre hemorrágica da dengue. Porém, a OMS no ano 2009 propôs uma nova classificação: dengue com e sem sinais de alarme (DSSA e DCSA) e dengue grave (DG) no intuito de facilitar tanto o diagnóstico como o manejo do tratamento. A patogenia da dengue é multifatorial na qual se aceitam contribuições de fatores virais e do hospedeiro. Estudos sobre mecanismos da imunopatologia da dengue descreveram associações entre fenômenos descritos como “tempestade” de citocinas, hiperativação de células imunes, anticorpos e células T de reação cruzada entre diferentes sorotipos virais. Além disso, estudos vêm demonstrando a contribuição da apoptose na imunopatologia da dengue. Neste contexto, o objetivo do trabalho da tese foi avaliar o envolvimento de proteínas circulantes relacionadas a apoptose na patogênese da infecção pelos DENV. Para isso, 106 amostras foram obtidas de pacientes com suspeita clínica de infecção por DENV durante a epidemia de 2010 nos estados brasileiros de Mato Grosso do Sul e Rio de Janeiro. Para confirmação dos casos, cinco diferentes técnicas foram utilizadas: ELISA de captura de IgM, IgG anti-dengue, detecção da proteína viral NS1, isolamento viral e RT-PCR. Nesta casuística, 72 casos de dengue foram confirmados. A detecção de IgM anti-dengue confirmou um maior número de casos suspeitos. Os sorotipos encontrados foram DENV-1 e DENV-2. Baseado na nova classificação da OMS, tivemos 35 indivíduos com DSSA, 17 pacientes com DCSA e 15 indivíduos com DG. Contudo, a classificação tradicional da dengue diagnosticou apenas 5 casos com febre hemorrágica da dengue. Nos 67 pacientes da dengue foram dosados níveis plasmáticos de moléculas pró-apoptóticas (TNF-α, TRAIL, FasL) e anti-apoptótica (Survivina). Níveis aumentados de TNF-α, FasL e TRAIL foram encontrados nos pacientes com a forma DSSA quando comparados aos controles e pacientes graves (DG). Nossos resultados não indicaram correlações importantes entre os níveis de TNF-α e parâmetros associados à gravidade, mas, observamos correlações diretas entre FasL ou TRAIL com plaquetas e TRAIL com hematócrito. Todavia, o único caso fatal apresentou o maior nível plasmático de FasL. De forma interessante, TRAIL se correlacionou inversamente com a contagem dos linfócitos. Em relação à Survivina, os resultados indicaram que o grupo DCSA apresentou níveis diminuídos em comparação aos controles e pacientes graves e de forma interessante, Survivina se correlacionou diretamente com a contagem de leucócitos. Assim, o TRAIL seria indicador de bom prognóstico da doença, e TRAIL poderia estar envolvido com a maior susceptibilidade dos linfócitos à morte. Por outro lado, Survivina poderia estar participando da proliferação e/ou migração dos leucócitos. Até o presente, este é o primeiro trabalho abordando mediadores circulantes de apoptose segundo a nova classificação clínica da dengue. Mais pesquisas precisam ser realizadas para discernir a complexa interação entre moléculas pró e anti-apoptóticas e suas implicações na gravidade da dengue.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:34:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5686.pdf: 10016184 bytes, checksum: e6a42772f0db7983f4cc9525851f9c5b (MD5) Previous issue date: 2014-01-17 / Universidade Federal de Sao Carlos / O foco principal desse trabalho foi a implementação, otimização e aplicações práticas de métodos de ressonância magnética nuclear (RMN) com o propósito de avaliar as interações entre moléculas de diferentes massas molares, sendo que essas técnicas foram implementadas pela primeira vez no laboratório de RMN do DQ-UFSCar. Existem várias abordagens que podem ser utilizadas com esse propósito, e dentre elas, destacamos: STD NMR, Tr-NOESY, WaterLOGSY, SALMON, INPHARMA, DOSY, SAR. Esses métodos são muito úteis para detectar mudanças de comportamento, a nível molecular, quando adicionamos macromoléculas em um meio contendo somente micromoléculas. O entendimento desse comportamento molecular ajuda a desvendar sistemas complexos de interações moleculares existentes no corpo humano, e que, são muito importantes para o descobrimento de novos medicamentos. O primeiro passo para a implementação das técnicas foi a utilização da proteína de soro bovino (do inglês BSA) e proteína de soro humano (do inglês HSA) como fonte de macromoléculas e micromoléculas orgânicas isoladas da fração etanólica do extrato bruto (1 mg) de Rauia resinous e da fração acetato de etila de Strypnodendron polyphyllum, utilizando cromatografia líquida de alta eficiência, extração por fase sólida e a ressonância magnética nuclear (CLAE-EFS/RMN) para a completa elucidação estrutural quando necessário. As técnicas utilizadas foram: saturation transfer difference (STD), transfer nuclear Overhauser spectroscopy (Tr-NOESY) e STD-TOCSY (total correlation spectroscopy). Essa mesma metodologia além de representar um importante mecanismo para avaliar as interações entre moléculas, também pode ser utilizada para outras matrizes variando tanto as macro quanto as micromoléculas. / The main focus of this work was the implementation, optimization and practical applications of nuclear magnetic resonance (NMR) methods for the purpose of evaluating the interactions between molecules of different masses, and these techniques were implemented for the first time in the laboratory NMR DQ - UFSCAR. There are a number of ligand-based screening approaches available, such that, STD NMR, Tr-NOESY, WaterLOGSY, SALMON, INPHARMA, DOSY, SAR by NMR etc. These methods are sensitive towards the perturbations as results of the macromolecular addition in a medium containing the small molecules. The molecular understanding of this behavior helps to uncover the complex systems of molecular interactions existing in the human body, which are very important for the discovery of new medicines. In the first step while implementing these techniques, Bovine Serum Albumin (BSA) and Human Serum Albumin (HSA) as a source of organic macromolecules were used. While, for the small organic molecules, a 1 mg crude extract from the hydroethanolic fraction of the Rauia resinous and ethyl acetate fraction of Strypnodendron polyphyllum was utilized, however, for the complete structural characterization, solid phase extraction following high-pressure liquid chromatography in an integrated fashion and then nuclear magnetic resonance (LC-SPE/NMR) was employed when necessary. On the other hand, the ligand screening techniques used were the saturation transfer difference (STD), Nuclear Overhauser Transfer Effect SpectroscopY (Tr- NOESY), Diffusion-Order Spectroscopy (DOSY) and STD- TOCSY (TOtal Correlation SpectroscopY). More importantly, this methodology also represents an important mechanism to evaluate the interactions between molecules or the first hand detection of the active constituents/inhibitors, which can also be used for other matrices varying both the macro and the small molecules.

Os métodos computacionais de docking receptor-ligante são importantes ferramentas utilizadas em estudos na quimica medicinal, auxiliando o processo de descoberta de novos fármacos para alvos moleculares envolvidos em doenças sem tratamento, ou que necessitam de novos tratamentos quimioterápicos. Estes métodos são parte importante dentro da abordagem conhecida como desenho racional de fármacos baseado em estruturas. Esta dissertação apresenta o desenvolvimento da nova versão do programa Dockthor, para docking molecular de ligante flexível, tendo como inovações: (i) uma nova e completa implementação computacional com o aperfeiçoamento do algoritmo genético não-geracional de múltiplas soluções; (ii) a implementação do campo de força molecular MMFF94; (iii) a criação de ferramentas auxiliares para parametrização automática de ligantes, cofatores e receptores protéicos; (iv) introdução da opção de triagem virtual. A nova versão do programa foi validada utilizando dois conjuntos teste. O primeiro envolvendo cinco ligantes altamente flexíveis do receptor HIV-I protease. O segundo, envolvendo 35 complexos receptor-ligante com uma grande diversidade strutural e química nos ligantes, associados a receptores representativos de 18 famílias de proteínas. A validação do programa foi feita através de experimentos de redocking sem utilizar nenhuma etapa de pré-otimizacão do ligante dentro do sítio receptor. Os resultados obtidos são considerados muito bons nos seguintes aspectos: (i) foi obtida uma taxa de sucesso de cerca de 80% (90%) no redocking de ligantes da HIV-1 protease considerando as solucoes de menor energia (menorRMSD); (ii) foi obtida uma taxa de sucesso de cerca de 94% (99%) no redocking do conjunto mais amplo de ligantes considerando as solucoes de menor energia (menor RMSD); (iii) com exceção de dois casos, todas as soluções de menor energia encontradas apresentavam um RMSD < 2.5 _A com relação a estrutura experimental. Os excelentes resultados obtidos nos experimentos de redocking mostram que o programa está apto para estudos de interações receptor-ligante envolvendo moléculas de interesse na química medicinal. As facilidades introduzidas no programa Dockthor permitirão a sua disponibilização e uso pela comunidade acadêmica e grupos de pesquisa atuantes na área de desenho racional de fármacos.

Submitted by Lucienne Costa (lucienneferreira@ufcg.edu.br) on 2018-04-16T22:04:22Z No. of bitstreams: 1 JEOVANESA RÉGIS CARVALHO – DISSERTAÇÃO (PPGECA) 2018.pdf: 2847549 bytes, checksum: bebe69c78ee7035f4b1727ad4e6f1ce9 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-16T22:04:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JEOVANESA RÉGIS CARVALHO – DISSERTAÇÃO (PPGECA) 2018.pdf: 2847549 bytes, checksum: bebe69c78ee7035f4b1727ad4e6f1ce9 (MD5) Previous issue date: 2018-02-23 / Capes / No setor de pavimentação asfáltica, a emissão de gases-estufa para a atmosfera é decorrente principalmente das altas temperaturas de mistura e compactação. A tecnologia de Misturas Asfálticas Mornas (MAMs), se apresenta como um processo alternativo de fabricação das misturas asfálticas, pois as mesmas proporcionam uma redução das altas temperaturas de mistura e compactação, propiciando benefícios de sustentabilidade evidentes a curto, médio e longo prazo, possíveis de agrupar em vantagens sociais, econômicas e ambientais. Esta pesquisa tem por objetivo estudar as propriedades físicas e mecânicas de misturas asfálticas com ligante modificado pela adição do óleo de girassol. O óleo de girassol, aditivo utilizado nesta pesquisa, foi adotado em virtude de o mesmo encontrar-se entre as quatro oleaginosas mais consumidas mundialmente, respondendo pelo equivalente a 8,74% do consumo total de óleos vegetais segundo os usos alimentar e industrial. O óleo de girassol foi adicionado ao ligante asfáltico nos teores de 1, 2 e 3%. Para a avaliação das propriedades físicas do ligante asfáltico com e sem o aditivo, foram realizados os ensaios físicos de: penetração, ponto de amolecimento e o ensaio de Espectroscopia Infra Vermelho por Transformada de Fourier (FTIR) antes e após o procedimento de Rolling Thin-Film Oven (RTFO), além do ensaio reológico de viscosidade rotacional. Para a caracterização mecânica das misturas asfálticas dosadas a partir da metodologia SUperior PERforming asphalt PAVEments (SUPERPAVE), foram realizados os ensaios de: Flow Number, Lottman Modificado, Módulo de Resiliência, Resistência à Tração e Vida de Fadiga. Os resultados indicaram a viabilidade técnica da incorporação do óleo de girassol ao ligante asfáltico, pois possibilitou a vantagem de reduzir as temperaturas de mistura e compactação em até 6ºC, porém, esta redução, não possibilita a classificação do ligante modificado em uma típica MAM. Contudo, as misturas produzidas com ligante modificado proporcionaram um aumento da lubricidade e da resistência ao dano por umidade, contribuindo para adesividade e coesão da mistura asfáltica e ainda apresentaram um maior limite de resistência à fadiga. Os corpos de prova moldados com a adição de 2% do aditivo, apresentaram propriedades mecânicas e volumétricas satisfatórias em relação aos critérios preconizados pelas normas adotadas. / In the asphalt pavement sector, the emission of greenhouse gases to atmosphere is mainly due to high temperatures of mixing and compaction. The Warm Mix Asphalt (WMA) technology is an alternative process of manufacturing the asphalt mixtures. This technology provides reduction of the high temperatures of mixing and compaction and provide sustainable benefits in short, medium and long term to social, economic and environmental advantages. This research aims to study the physical and mechanical properties of asphalt mixtures with modified binder by the addition of sunflower oil. Sunflower oil, additive used in this research, was adopted because it is among the four most consumed oleaginous plants worldwide. Sunflower oil accounting for the equivalent of 8.74% of the total consumption of vegetable oils in food and industrial uses. The sunflower oil was added to the asphaltic binder in the contents of 1, 2 and 3%. In order to evaluate the physical properties of the asphalt binder with and without the additive, the physical tests of penetration, softening point and the Fourier Transformed Infra Red (FTIR) test were performed before and after the Rolling Thin-Film Oven (RTFO) in addition to the rheological test of rotational viscosity. For the mechanical characterization of asphalt mixtures dosed by SUperior PERforming Asphalt PAVEments (SUPERPAVE), the following tests were performed: Flow Number, Modified Lottman, Resilience Modulus, Tensile Strength and Fatigue Life. The results indicated technical feasibility of sunflower oil incorporation to the asphalt binder. Sunflower oil provided advantages as reducing the mixing and compacting temperatures up to 6ºC. However, this reduction does not allow classify modified binder as a typical WMA. However, mixtures produced with modified binder provided a greater increase in lubricity and resistance to moisture damage, contributing to tackiness and cohesion of the asphalt mixture and still provided an increase in fatigue strength. The specimens molded with the addition of 2% of the additive had satisfactory mechanical and volumetric properties in relation to the criteria recommended by the adopted standards.

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