Fungos Basidiomycetes são citados como degradadores de fenóis e corantes que podem estar em efluentes. Neste estudo Pycnoporus sanguineus e Trametes versicolor foram pesquisados na produção de lacase e descoramento de vermelho congo e verde malaquita. O crescimento radial em ágar BD foi 8,2 a 9,5 mm dia-1 no P. sanguineus e 5,4 a 7,1 mm dia-1 no T. versicolor A biomassa dos fungos foi 1,6 a 1,7 g L-1 em extrato de malte (EM) e 0,32 a 0,34 g L-1 em caldo Bushnell-Haas(BH), detectando lacase após 5 dias. Em 20 dias de cultura estática em caldo EM, T. versicolor produziu 800 unidades de siringaldazina e P. sanguineus 400. Aeração favoreceu a produção de lacase no P. sanguineus. As taxas de descoramento do vermelho congo pelos fungos em BH foram de 5,5 a 8 mg L-1 dia-1 após 48 horas. O descoramento após 10 dias foi 60% (BH) e 92% (BH+ 0,001% de glicose, BHG), no P. sanguineus (32 Unidades de lacase produzidas ), e 80% (BH) e 99% (BHG) no T . versicolor (438 U. lacase). As taxas de descoramento do verde malaquita no P. sanguineus e T. versicolor após 48 horas foram 5,0 a 9 mg L-1 dia-1 em BH. Descoramento após 10 dias foi 28% (BH) e 40% (BHG) pelo P. sanguineus (83 U. lacase) e 84% (BH) e 68% (BHG) pelo T. versicolor (311 U.lacase). Os resultados sugerem que os fungos Basidiomycetes podem ser utilizados para tratamento de efluentes industrais contendo estes e corantes similares. / Basidiornycete fungi are cited as being able to degrade phenolics and dyes which can be presente in effluents. In this study Pycnoporus sanguineus and Trametes versicolor were investigated for laccase production and Congo red and Malachite green discolorization. Radial growth on potato dextrose agar was 8.2-9. 5 mm d-1 for P. sanguineus and 5.4-7.1 mm d-1 for T. versicolor. Biomass production for both fungi was 1.6-1.7 g L-1 in malt extract broth (MEB) and 0.32-0.34 g L-1 in Bushnell-Haas broth (BHB), with laccase detected after 5 days. After 20 days static culture in MEB, T. versicolor produced 800 syringaldazine units and P. sanguineus 400. Aeration favored laccase production by P. sanguineus. Congo red discoloration rate by both fungi in BHB was 5.5-8 mg L-1 d-1 after 48h . Discoloration after 10 d was 60% (BHB) and 92% (BHB+0.001% glucose, BHBG) for P. sanguineus (32 laccase units produced) and 80% (BHB) and 99% (BHBG) for T . versicolor (438 laccase units). Malachite green discoloration rate after 48 h by P. sanguineus and T. versicolor was 5.0-9.0 mg L-1 d-1 in BHB. Discoloration after 10 d was 28% (BHB) and 40% (BHBG) for P. s anguineus (83 laccas e units) and 84% (BHB) and 68% (BHBG) for T. versicolor (311 laccase units). These results suggest that these basidiornycete fungi could be used for the treatment of industrial effluents containing these, and related, dyestuffs .

O Brasil é o segundo maior produtor de inoculantes do mundo e possui uma das legislações mais rigorosas para qualidade de inoculantes, entretanto com o grande desenvolvimento de novas estirpes e produtos, novas metodologias de análise dos produtos devem ser pesquisadas visando melhor qualidade e praticidade. A utilização de métodos de análise de perfis genômicos, direto do produto inoculante, para a caracterização dos microrganismos recomendados para inoculação no País foi o objetivo do presente estudo. Foram utilizadas as quatro estirpes recomendadas para soja, duas recomendadas pra milho/trigo e vinte produtos inoculantes com misturas dos referidos microrganismos, em diversas formulações. As estirpes isoladas, suas misturas e os inoculantes foram caracterizados quanto ao melhor tipo de extração de DNA, coloração do gel de agarose e através de técnicas moleculares, com análise da distribuição dos elementos repetitivos BOX e ERIC, de oligonucleotídeos iniciadores específicos para bradirrizóbios e eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE). Os resultados obtidos mostram que a extração realizada com kit apresenta maior concentração de DNA extraído e melhor qualidade, quando comparada às demais. A coloração dos géis de agarose foi padronizada para utilização do corante Blue green. As análises com a técnica de DGGE permitiu a identificação das estirpes recomendadas para soja dentro do produto inoculante. / Brazil is the second largest producer of inoculants in the world and has one of the more stringent law´s quality, however with the development of new strains and products, new methodologies for analyzing the products should be investigated in order to better quality and practicality. The use of methods of analysis of genomic profiles, direct from the product, for the characterization of microorganisms recommended for inoculation in the country was the aim of this study. Four strains recommended for soybean, two recommended to corn / wheat and twenty inoculant products with mixtures of such microorganisms, in various formulations, were used for the tests. The methodology of analysis of the isolated strains, inoculants and their mixtures were characterized as the best type of DNA extraction, staining of the agarose gel and using molecular techniques to analyze the distribution of consensus elements BOX and ERIC primer specific for bradhyirizobia and electrophoresis in denaturing gradient gel (DGGE). The results show that the extraction performed with kit has a higher concentration of DNA extracted and better quality when compared to the other. The staining of agarose gels has been standardized for use of the Blue green dye. The DGGE technique allowed the identification of the strains recommended for soybean inoculant into the product.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2016-06-29T14:03:23Z No. of bitstreams: 1 Anibia Vicente da Silva.pdf: 1124619 bytes, checksum: 3937e390506d1c9bb8bda42364a17869 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T14:03:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Anibia Vicente da Silva.pdf: 1124619 bytes, checksum: 3937e390506d1c9bb8bda42364a17869 (MD5) Previous issue date: 2013-05-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Gliricidia sepium, Jacq., Kunth, Walp. is a medium-sized tree belonging to the Leguminosae family, and has great importance for the commercial area, due to its multiple use characteristics. Many leguminous trees, such as gliricidia, are able to form symbiosis with nitrogen-fixing bacteria (NFB) and arbuscular mycorrhizal fungi (AMF), which promote better absorption of nutrients. The BNF is a highly dependent energy process in ATP form. AMF activity therefore benefits this process because these microorganisms promote greater P uptake by plants. Plant growth promoting bacteria (PGPB’s) also can contribute to this process in them they are also able to solubilize phosphates. In this context, the work aimed to evaluate gliricidia’s nodulation and symbiotic efficiency by triple inoculation of PGPB’s - rhizobia - AMF, aiming to optimize BNF process. The experiment was performed in a greenhouse in randomized block design with 11 x 2 (+1) factorial arrangement. The 11 levels corresponded the inoculation of 10 PGPB's jointly inoculated with rhizobia and a rhizobia treatment independently - in presence and absence of AMF -, plus a control (control - no PGPB, AMF or rhizobia). Pots filled with 8 kg of soil (dystrophic Ultisol) were used as experimental unit. In the sowing was done the Rhizobium sp. (BR 8801) inoculation and co-inoculation with AMF + BPCP's. 10 days after sowing (DAS) re-inoculation was performed with Rhizobium sp. During plant growth, a nutrient solution without addition of nitrogen and phosphorus was used. The variables evaluated were: plant height (PH) at 30, 60, 90 and 120 DAS, shoot dry matter (SDM), root (RDM) and nodules (NDM); RDM / SDM ratio; root length (RL), total N accumulated (Nac) in SDM; phosphorus rate in SDM; efficiency of strain (E), phosphorus rate (P), P contents and mycorrhizal colonization (MC). Treatments showed significant effects for all variables. AMF addition in treatments promoted better results for the evaluated variables, observing significant difference (p <0.05) for treatments with co-inoculation of BPCP's and no significant difference (p>0.05) for treatment inoculated with Rhizobium (BR 8801), in presence or absence of AMF. BR 8801+EL-183+AMF treatment promoted the best response for gliricidia / A Gliricidia sepium, Jacq., Kunth, Walp é uma árvore de porte médio, pertencente à família Leguminosae, que possui grande importância para a área comercial, devido as suas características de uso múltiplo. Muitas leguminosas arbóreas, tais como a gliricídia, são capazes de formar simbiose com bactérias fixadoras de nitrogênio (BFN) e fungos micorrízicos arbusculares (FMA) que promovem maior absorção de nutrientes. A fixação biológica de nitrogênio (FBN) é um processo altamente dependente de energia na forma de ATP. Portanto, a atividade dos FMAs beneficia esse processo por promoverem maior absorção de P pelas plantas. As bactérias promotoras de crescimento de plantas (BPCPs) também podem contribuir para esse processo visto que também são capazes de solubilizar fosfatos. Nesse contexto, o presente trabalho teve como objetivo avaliar a nodulação e eficiência simbiótica da gliricidia pela tripla inoculação BPCPs - rizóbios - FMA, visando otimizar o processo da FBN. O experimento foi conduzido em casa de vegetação, com delineamento em blocos ao acaso, em arranjo fatorial 11 x 2 (+1). Os 11 (onze) níveis corresponderam à inoculação de 10 BPCP’s inoculadas conjuntamente com rizóbio e um tratamento somente com rizóbio - na presença e ausência de FMA -, além de uma testemunha absoluta (controle - sem BPCP, FMA e rizóbio). Foram utilizados vasos preenchidos com 8 kg de solo (Argissolo Vermelho Amarelo distrófico) como unidade experimental. Na semeadura foi efetuada a inoculação com Rhizobium sp. (BR 8801) e co-inoculação com BPCP’s + FMA. Aos 10 (dez) dias após o plantio (DAP) foi realizada uma reinoculação com Rhizobium sp.. Durante o desenvolvimento das plantas foi utilizada solução nutritiva sem adição de nitrogênio e fósforo. As variáveis avaliadas foram: altura de planta (AP) aos 30, 60, 90 e 120 DAP; massa seca da parte aérea (MSPA), da raiz (MSR) e dos nódulos (MSN); relação MSR/MSPA; comprimento da raiz (CR); N total acumulado (Nac) na MSPA; teor de fósforo na MSPA; eficiência da estirpe (E), teor de fósforo (P), conteúdo de P e colonização micorrízica (CM). Os tratamentos demonstraram efeito significativo para todas as variáveis avaliadas. A adição de FMA aos tratamentos proporcionou melhores resultados para as variáveis estudadas, observando-se diferença significativa (p<0,05) para os tratamentos co-inoculados com BPCP’s e não significativa (p>0,05) para o tratamento inoculado com Rhizobium (BR 8801), na presença ou ausência de FMA. O tratamento BR 8801 + 183-EL + FMA promoveu a melhor resposta para a gliricídia

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2016-07-05T14:16:15Z No. of bitstreams: 1 Altanys Silva Calheiros.pdf: 1294352 bytes, checksum: b00286aab295bb03c3b8fce7507f2eaf (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-05T14:16:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Altanys Silva Calheiros.pdf: 1294352 bytes, checksum: b00286aab295bb03c3b8fce7507f2eaf (MD5) Previous issue date: 2012-07-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Biological nitrogen fixation by the legume-rhizobia symbiosis is one of the most important mechanisms of nitrogen supply to plants, and depends on the symbiotic efficiency of the rhizobial strain. We now know that legumes associate with 98 species from 18 different genera of rhizobia and native rhizobia biodiversity is fundamental for the selection of new, more efficient strains for biological nitrogen fixation. To this end, the present work aims to evaluate the effect of different vegetation covers in a single soil on diversity and symbiotic efficiency of calopo rhizobial isolates. Soil samples were collected at the 0-0,2 m deep layer, in areas with Brachiaria decumbens pastures, “sabiá” (Mimosa caesalpiniifolia) woodlots and Atlantic forest, with three separate areas for each cover, all in the same soil. Calopo plantlets were pre-germinated in Petri dishes with paper towel for three days, transplanted to Leonard jars, inoculated with 10 g of soil and harvested after 50 days. Four to five nodules were sampled per plant, used to rhizobial isolation in YMA media and later morphologically characterized. 1575 isolates were obtained, which were distributed in 398 groups. Authentication was conducted for a single isolate from each group, in randomized blocks with two replicates, in bags with 0.5 kg of sand:vermiculte (1:1) autoclaved mixture, and received Hoagland solution without N daily. Inoculation was done with 1 mL per plant of a bacterial broth with population estimated in 108 cells.mL-1. Plants were harvested 45 days after inoculation and separated in shoot, root and nodules, dried in oven until constant mass and weighted. The symbiotic efficiency test was conducted in randomized blocks, with four replicates, in polyethylene bags with 1.5 kg of the sand:vermiculite 1:1 autoclaved mixture. Treatments were 122 isolates selected after authentication, based on shoot dry mass, five uninoculated controls with 0, 50, 100, 150 and 200 kg.ha-1 of N, and a control inoculated with SEMIA 6152, recommended for the culture. The experiment was conducted as the earlier phase. Shoot dry matter was ground and nitrogen content was measured. 25 isolates were considered efficient and selected for the next phase. An experiment was conducted in randomized blocks, with four replicates, in polyethylene bags with 2.5 kg of soil. Treatments were the 25 selected isolates, five uninoculated treatments with 0, 30, 60, 90 and 120 kg.ha-1 of N, and a treatment inoculated with the SEMIA 6152 strain. Inoculations was done as per the authentication phase. The first cut was 45 days after inoculation, with the remaining cuts 45 days after the previous one. Shoot dry matter was ground and N contents were determined for the first cut. Data was submitted to analysis of variance, and the Scott-Knott means comparison test, and variables were correlated. Over 98% of the isolates have fast growth in culture media, although the recommended strain is B radyrhizobium japonicum¸ considered to have slow growth. After grouping, 163, 257 and 77 groups were found for the pasture, sabiá woodlots and Atlantic Forest areas, respectively, showing high diversity amongst the isolates. Vegetation cover did not affect rhizobial diversity. Mean shoot dry matter for the plants inoculated with the most efficient strains did not differ from the treatment receiving 150 kg. ha-1 of N. Shoot dry matter correlated positively with all evaluated variables. The highest proportion of efficient isolates was from sabiá woodlots, indicating that symbiotic efficiency may be affected by vegetation cover. There was high variability in nodule dry mass, as well as in N content and accumulation, indicating large differences in symbiotic capability among the isolates. Shoot dry matter was affected by N supply in both cuts. There was an increase in shoot dry matter in the second cut for all treatments, when compared to the first cut. There was no significant effect of vegetation cover in the evaluated variables for both cuts. Higher responses to the isolates were found in the second cut, and some isolates allowed shoot dry matter similar to those of the highest N fertilization treatments. / A fixação biológica do nitrogênio é um dos mais importantes mecanismos de disponibilização de nitrogênio para as plantas e sabe-se que as leguminosas se associam com 98 espécies de 18 gêneros diferentes e estudos de diversidade de rizóbios nativos do solo são primordiais para a seleção de novas estirpes mais eficientes na fixação biológica do nitrogênio. Objetivou-se avaliar o efeito de diferentes coberturas vegetais em um mesmo solo na diversidade e eficiência simbiótica de isolados rizobianos de calopogônio. As amostras de solo foram coletadas na camada de 0 - 0,2 m de profundidade em áreas de pastagens de capim Brachiaria decumbens, bosques de sabiá (Mimosa caesalpiniifolia), e em áreas de Mata Atlântica, com três áreas diferentes sob cada cobertura. Plântulas de calopogônio foram pré-germinadas em placas de Petri com papel toalha por três dias e transplantadas para copos descartáveis de prolipropilento de 300 mL, sendo inoculadas com 10,0 g de solo e colhidas aos 50 dias. Foram amostrados quatro a cinco nódulos por planta, usados para isolamento em meio YMA e, posteriormente, realizou-se a caracterização morfológica. A autenticação dos isolados foi realizada em blocos casualizados com duas repetições, com apenas um isolado aleatoriamente escolhido de cada grupo em experimento contendo 0,5 kg da mistura areia:vermiculita autoclavada (1:1), recebendo diariamente solução nutritiva de Hoagland sem N e inoculadas com um mL por planta de caldo bacteriano com população estimada de 108 células rizobianas mL-1. Aos 45 dias após a inoculação, as plantas foram colhidas e separadas em parte aérea, raízes e nódulos, que foram secos em estufa até massa constante e em seguida foram pesados. O teste de eficiência simbiótica foi montado em blocos casualizados, com quatro repetições, em sacos de polietileno contendo 1,5 kg da mistura areia:vermiculita autoclavada (1:1). Os tratamentos foram compostos por 122 isolados selecionados em fase anterior, utilizando-se como critério a biomassa seca da parte aérea, cinco tratamentos controles (0; 50; 100; 150 e 200 kg ha-1 de N), além de um tratamento inoculado com a estirpe SEMIA 6152. O experimento foi conduzido da mesma forma que o da fase anterior. A matéria seca da parte aérea das plantas, após secagem, foi moída, sendo quantificados os teores de nitrogênio. Foram obtidos 1.575 isolados, dos quais 544 de solo com pastagem de Brachiaria decumbens, 666 de bosques de sabiá e 365 isolados de Mata Atlântica. Dos isolados obtidos, 98,5% apresentaram crescimento rápido em meio de cultura apesar da estirpe atualmente recopmendada para a cultura ser Bradyrhizobium japonicum, considerada de crescimento lento. Após agrupamento foram formados 163, 257 e 77 grupos para os isolados de áreas de pastagem, bosque de sabiá e Mata Atlântica, respectivamente, o que demonstra uma elevada diversidade entre os isolados. As coberturas vegetais influenciaram a diversidade rizobiana obtida no presente estudo. Houve diferença significativa entre os tratamentos para todas as variáveis analisadas. A produção média das plantas inoculadas com os isolados com melhor desempenho não diferiu estatisticamente do tratamento adubado com a dose equivalente a 150 kg ha-1 de N na forma de nitrato de amônio. A matéria seca da parte aérea das plantas se correlacionou positivamente com todas as variáveis analisadas, exceto com a matéria seca do sistema radicular. A maior proporção de isolados eficientes foi obtida com os isolados provenientes de bosques de sabiá, mostrando que a diferença na eficiência simbiótica desses isolados pode ser explicada pela cobertura vegetal. Houve grande variação nos valores de matéria seca de nódulos, bem como na concentração e acúmulo de nitrogênio na parte aérea das plantas, evidenciando uma grande diferença na capacidade simbiótica entre os isolados. Verificou-se aumento no acúmulo de matéria seca da parte aérea para a maioria dos tratamentos no segundo corte. No entanto esse comportamento foi menos expressivo no terceiro corte.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2016-08-15T14:32:13Z No. of bitstreams: 1 Ranieri Pereira da Silva.pdf: 1628993 bytes, checksum: a28ee947893bda527cb527db449f72aa (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-15T14:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ranieri Pereira da Silva.pdf: 1628993 bytes, checksum: a28ee947893bda527cb527db449f72aa (MD5) Previous issue date: 2006-03-13 / A field experiment was conducted using a randomized block design, with four replicate, to evaluate rhizobial inoculation on cowpea [Vigna unguiculata (L.) Walp.] grown on a soil of the “Sertão da Paraíba” (Planossolo). Two native isolates from the soil, three RELARE recommended strains (BR 3267, INPA 3-11B e UFLA 3-84) and an UFRPE selected strain (NFB 700) were inoculated on cowpea cultivar CNCx 409- 11F. Two control treatments were also used: one with mineral nitrogen, and the other without added mineral nitrogen, both uninoculated. Nodulation (nodule number and dry mass), aerial part dry mass, N content and total N and relative efficiency, at 17 days after emergence were evaluated. It was observed significant effect to number and dry matter of nodules, dry matter, total N accumulated and relative efficiency of total N accumulated on shoot dry matter. The results suggest the occurrence of native rhizobial population in soil with effective nitrogen fixation on cowpea. Strains INPA 3-11B, BR 3267 and UFLA 3-84 were more effective on nodulation and nitrogen fixation than native rhizobia and strain NFB 700, when inoculated on cowpea grown in a Planossol of the “Sertão da Paraíba”. Nitrogen fertilization (50 kg ha-1) reducesnodulation and nitrogen fixation on cowpea. / Foi conduzido um experimento no campo, no delineamento em blocos casualizados, com quatro repetições, para avaliar a inoculação com rizóbio na nodulação do caupi [Vigna unguiculata (L.) Walp.] cultivado em um planossolo do sertão paraibano. Foram testados dois isolados nativos do solo onde foi realizado o experimento, três estirpes recomendadas pela RELARE (BR 3267, INPA 3-11B e UFLA 3-84) e uma selecionada pela UFRPE (NFB 700), inoculadas na cultivar de caupi CNCx 409-11F. O experimento contou ainda com duas testemunhas: uma com adição de nitrogênio mineral e outra sem nitrogênio mineral, ambas sem inoculação. Foram feitas avaliações da nodulação (número e massa seca dos nódulos), massa seca, teor e acúmulo de N total e eficiência relativa da parte aérea, aos 17 dias após a emergência. Houve efeito significativo entre os tratamentos, para número e massa seca de nódulos, matéria seca, N total acumulado e eficiência relativa do N total na parte aérea. Os resultados sugerem a existência de população rizobiana autóctone muito efetiva na fixação de nitrogênio com o caupi. As estirpes INPA 3–11B, BR 3267 e UFLA 3–84 são mais eficientes na nodulação e na fixação de N2 que osisolados nativos e a estirpe NFB-700, quando inoculadas em feijão caupi, cultivado em um planossolo do sertão da Paraíba. A adição de N fertilizante (50 kg ha-1) reduz a nodulação e na fixação de N2 em caupi.

A imensa diversidade de micro-organismos no solo leva a uma inevitável riqueza de interações entre espécies. Neste intuito, esse projeto é inovador na identificação dos cogumelos da Mata Atlântica, e na descrição da comunidade bacteriana associada às suas micosferas. Usando corpos de frutificação dos fungos (cogumelos) como indicadores para sistemas ricos em nutrientes, as amostras foram coletadas para investigar as interações entre os fungos (maioria do domínio Basidiomycota) e as bactérias presentes no solo em volta das micélios fúngicos (ambiente micosférico). As análises foram feitas com técnicas independentes de cultivo (análise PCR-DGGE, sequenciamento Sanger de fragmentos de ITS/18S e pirosequenciamento de tags da região V4 de 16S DNAr). As famílias fúngicas Marasmiaceae e Lepiotaceae, do domínio Basidiomycota foram as mais abundantes entre os cogumelos amostrados (13 e 5 cogumelos, respectivamente), e estavam presentes entre todas as três parcelas de estudo. As demais amostras foram alocadas dentro das famílias Marasmiaceae, Lepiotaceae, Inocybaceae, Lachnocladiaceae, Bolbitiaceae, Entolomataceae, Hygrophoraceae, Hymenogastraceae, Mycenaceae e Strophariaceae, além de dois do domínio Ascomycota. Baseado na análise de DGGE, é bastante claro que existe uma grande diferença na comunidade bacteriana (de toda a comunidade bacteriana, de ?- proteobacteria e de ?-proteobacteria) entre os solos associados ou não com os corpos de frutificação. Os dados de pirosequenciamento indicaram que dentro dos tratamentos as amostras se agruparam baseado nas famílias fúngicas ou no substrato onde os cocumeglos ocorrem (solo ou serrapilheira), sendo clara em algumas micosferas as alterações na ocorrência de grupos microbianos. O grupo de UTOs mais induzidas na região da micosfera foi composto dos grupos Burkholderia, Acidobacteria Gp1, Comamonadaceae, Sphingobacteriaceae, Burkholderiaceae, Chitinophagaceae), Schlesneria, Acidobacteria Gp3 e Spartobacteria gênero incertae sedis. Isto indica que existe um processo de seleção para bactérias específicas dependendo das diversas variáveis e fatores ambientais presentes no microhabitat micosfera. / The immense microbial diversity in the soil leads to inevitable richness in inter-species interactions. For this reason, this is a novel project that focuses on identifying mushrooms and the associated bacterial community with their mycospheres in the Brazilian Atlantic Rainforest. Using fungal fruiting bodies (mushrooms) as indicators of nutrient-rich systems, samples were taken to investigate the interactions between fungi (mostly of the domain Basidiomycota) and bacteria present in the soil surrounding fungal mycelia (mycosphere environment). The analyses were conducted using culture-independent techniques, where isolating DNA of bacteria and/or mushrooms attempts to provide information on microbial functionality. These culture-independent analyses (PCR-DGGE, Sanger sequencing of ITS/18S fragments, and pyrosequencing of tags from the V4 region of 16S rDNA) generated extensive data on the bacterial diversity selected for in the presence of fungal structures in the soil. The fungal families Maramiaceae and Lepiotaceae, of the domain Basidiomycota were the most abundant among the mushrooms sampled (13 and 5 mushrooms, respectively) and were present in all of the three sampling sites. The rest of the mushrooms were found to be within the families Marasmiaceae, Lepiotaceae, Inocybaceae, Lachnocladiaceae, Bolbitiaceae, Entolomataceae, Hygrophoraceae, Hymenogastraceae, Mycenaceae, and Strophariaceae, in addition to two of the domain Ascomycota. Based on DGGE analysis, it is clear that there is a great difference in the bacterial community (entire bacterial community, of ?- proteobacteria and of ?-proteobacteria) between all fungal fruiting body-associated and non-associated soils. The pyrosequencing data indicated that within each treatment group, the samples did not separate according to fungal families or substrate where the mushrooms were found (in the soil or amoung the leaf litter). However, some mycospheres exhibited clearly altered bacterial communities. The group of OTUs most induced in the mycosphere region consisted of Burkholderia, Acidobacteria Gp1, Comamonadaceae, Sphingobacteriaceae, Burkholderiaceae, Chitinophagaceae), Schlesneria, Acidobacteria Gp3, and Spartobacteria genus incertae sedis. This indicates that there is a selection process for specific bacteria depending on a wide range of variable and environmental factors acting in the mycosphere microhabitat.

Os manguezais compõem um bioma de transição entre o ambiente marinho e terrestre característico de regiões tropicais e subtropicais. Dentro deste ambiente, a diversidade microbiana desempenha um importante papel na ciclagem de nutrientes. No entanto, a diversidade de fungos em manguezais é pouco estudada, bem como o estabelecimento de relações ecológicas entre esses organismos e o ambiente. Neste intuito, o presente trabalho teve como objetivo comparar a diversidade fúngica no sedimento de dois manguezais localizados na cidade de Bertioga [um contaminado com petróleo (OilMgv), e um manguezal próximo (AntMgv)]. As análises se basearam em metodologias independentes de cultivo, como a técnica de PCR-DGGE baseada na região ITS (internal transcribed sequence), que mostrou padrões complexos e uma grande abundância de bandas, sendo que dentro dos perfis obtidos é possível observar grupos selecionados para cada manguezal e para cada região dentro de um mesmo manguezal. A construção e análise de bibliotecas de clones também desta região mostraram a dominância de fungos afiliados aos filos Basidiomycota e Ascomycota, com destaque para a ocorrência dos gêneros Epicoccum, Nigrospora e Cladosporium. Uma análise mais ampla, por meio de pirosequenciamento permitiu uma melhor visualização destas comunidades e corroborou os dados anteriores, comprovando a ocorrência de grupos fúngicos distintos nos manguezais estudados (sequenciamento baseado em amplicons da região ITS), e permitindo a observação de outros grupos eucarióticos nos manguezais avaliados (análise de metagenômica). Em resumo, os dados apresentados constituem a primeira descrição robusta destas comunidades que desempenham funções essenciais à manutenção e ao funcionamento do ambiente estudado. / Mangroves ecosystems make up a transition biome between land and marine environments, particular occurring in tropical and subtropical regions. Within this environment, the microbial diversity plays an important role in nutrient cycling. However, the diversity of fungi in mangrove is still poorly studied, as well as the establishment of ecological relationships between these organisms and the environment. In this sense, this study aimed to compare the fungal diversity in the sediment of two mangroves located in the city of Bertioga [an oil-spilled mangrove (OilMgv) and a nearby unaffected mangrove (AntMgv)]. Analyzes were based on culture-independent methods, such as PCR-DGGE based on the ITS region (internal transcribed sequence), which showed complex patterns and an abundance of bands, allowing the observations of groups selected for each mangrove and each region inside the same mangrove. The construction and analysis of clone libraries showed the dominance of fungi affiliated with the phyla Ascomycota and Basidiomycota, with a remark for the occurrence of the genera Epicoccum, Nigrospora e Cladosporium. A more robust approach, performed by pyrosequencing, allowed better visualization of these communities, corroborating the previous results, reinforcing the differential occurrence of fungi groups in assessed mangroves (based on sequencing of the ITS region amplicons), and allowing the observation of other eukaryotic groups in these areas (metagenômica analysis). In summary, the present data provide the first robust description of these communities that perform essential roles for the functioning and maintenance of the studied environment.

O nitrogênio é o quinto elemento mais abundante em nosso sistema solar, é essencial para a síntese de ácidos nucleicos e proteínas, os dois polímeros mais importantes da vida. Apesar da importância do nitrogênio e sua abundância na atmosfera, o N2 é praticamente inerte; assim, as formas de nitrogênio inorgânico fixados mais comuns são os íons nitrato e amônio que muitas vezes limitam a produtividade primária nos ecossistemas marinhos e terrestres. Uma biosfera ativa requer a incorporação do nitrogênio em moléculas biológicas por meio da fixação de nitrogênio, um processo no qual os domínios em procarióticos Bacteria e Archaea reduzem gás nitrogênio em amônia. Porém, a maioria dos organismos não pode fixar nitrogênio, mas sim obtê-lo na forma de nitrogênio orgânico a partir do ambiente, ou a partir da redução do nitrato. O amônio é retornado para o ambiente quando os organismos morrem e isto depende da presença do oxigênio nestes locais. Na presença do oxigênio, o amônio é oxidado em nitrato, numa via conhecida como nitrificação. Na ausência de oxigênio, o nitrato é utilizado por muitos microrganismos como um receptor de elétrons, como na redução dissimilatória de nitrato a amônia (DNRA), acoplada à oxidação anaeróbica de carbono orgânico; o nitrato pode ser convertido em gás dinitrogênio pela desnitrificação, ou ainda uma via alternativa pode transformar o nitrogênio fixado em N2, realizada por um grupo de bactérias conhecido como planctomycetes, onde a oxidação do amônio é acoplada a redução de nitrato, no processo chamado anammox. Neste trabalho de tese foi realizada a avaliação do ciclo do nitrogênio, buscando entendimento de três vias de transformação deste elemento. Neste sentido, estas vias foram avaliadas quanto as suas taxas de ocorrência, com uso incubações do sedimento de manguezais e nitrogênio marcado, como também por meio da identificação de genes funcionais envolvidos nestes três processos, por meio de pirosequenciamento. O grupo Planctomycetes ainda pode ser estudado utilizando a hibridização com sonda fluorescente in situ FISH. Os resultados indicam a presença marcante de genes identificados como parte da via desnitrificação, assim como as taxas de incubação observadas para esta via foram muito expressivas quando comparadas com as taxas obtidas para o processo anammox e DNRA. Os resultados obtidos com as análises metagenômicas e com a técnica FISH sustentam os resultados obtidos com as incubações. Pode-se observar que a filogenia sugere a tendência do agrupamento com organismos planctomycetes não descritos como responsáveis pelo processo anammox. Por meio da técnica FISH pode-se confirmar a detecção destas bactérias e visualizar sua menor presença nos manguezais amostrados, quando comparadas às bactérias totais encontradas nestas amostras. / Nitrogen is the fifth most abundant element in our solar system, essential for the synthesis of nucleic acids and proteins, one of the most important polymers of life. Despite the importance of nitrogen and its overwhelming abundance in the atmosphere, N2 is practically inert, so the most commom forms of inorganic nitrogen fixed are nitrate and ammonium ions, which often limit primary productivity in marine and terrestrial ecosystems. An active biosphere requires the incorporation of nitrogen in biological molecules through nitrogen fixation, a process in which domains Archaea and Bacteria reduce nitrogen gas into ammonia. The most organisms can\'t fix nitrogen, but they can get it in inorganic nitrogen form from the environment or from the reduction of nitrate. The ammonia is returned to environment when organisms die and it depends on the presence of oxygen at these sites. In the presence of oxygen, ammonia is oxidized to nitrate, in a way known as nitrification, and in the absence of oxygen, the nitrate being used by many microbes as an electron acceptor, such as dissimilatory nitrate reduction to ammonia (DNRA), coupled to anaerobic oxidation of organic carbon. The nitrate can be converted to dinitrogen gas by denitrification, or an alternative route can turn fixed nitrogen in N2, performed by a bacteria group known as Planctomycetes, where oxidation is coupled to the ammonium nitrate reduction, in a process called anammox. In this work, with mangrove sediments from Bertioga city, State of São Paulo, the evaluation of these three pathways of nitrogen transformation was performed as their rates of occurrence, with incubations with labeled nitrogen, as well as through the identification of functional genes involved in these three cases, by pyrosequencing. The group Planctomycetes can also be studied using the hybridization probe FISH fluorescence in situ. The results show the strong presence of genes identified as part of the denitrification pathway, as well as the rates observed for incubation of this pathway were very significant when compared with the rates obtained for the process anammox and DNRA. The results obtained from the metagenomic analyze and the FISH technique support the results obtained with incubations. It can be observed that the trend suggests the phylogeny of the organisms group with Planctomycetes not described as responsible for anammox process. Through the FISH technique, it was possible to confirm the detection of these bacteria and view its reduced presence in mangrove sampled compared to total bacteria found in these samples.

Uma alternativa de manejo das doenças de citros causadas por Phytophthora spp. é o uso de matéria orgânica. Com o objetivo de avaliar os efeitos da incorporação de lodo de esgoto ao solo na indução de supressividade a Phytophthora nicotianae Breda de Haan (1896) em plântulas de limão cravo (Citrus lemonia (L.) Osbeck), foram realizados diversos experimentos em laboratório, casa de vegetação e campo. O aumento nas doses de lodo de esgoto, nos experimentos em laboratório, em casa de vegetação e em campo, resultou na redução do pH e aumento da condutividade elétrica do solo; aumento da atividade microbiana do solo (avaliada pela hidrólise de diacetato de fluoresceina - FDA e pela respiração microbiana); além de uma redução na recuperação de P. nicotianae, tanto do substrato e do solo como das raízes de plântulas e mudas. Em alguns experimentos, a recuperação do patógeno correlacionou-se significativa e negativamente com a atividade microbiana do solo(FDA) e com a condutividade elétrica. Um melhor desenvolvimento de plântulas e mudas foi observado com a incorporação de lodo até 20%. Esses resultados indicam um efeito supressivo do lodo de esgoto a P. nicotianae, nas condições avaliadas, explicado por fatores químicos e biológicos. Dentre os fatores químicos destacam-se o aumento da condutividade elétrica e a inibição do crescimento das colônias do patógeno em meio de cultura com extratos ácidos de lodo. Os fatores biológicos envolveram o aumento da atividade microbiana do solo e a presença de fungos (Aspergillus sp. e Trichoderma sp.) e actinomicetos antagonistas a P. nicotianae. / Soil organic matter amendments may provide an alternative for the management of citrus soil diseases caused by Phytophthora spp. The effects of incorporating residential sewage sludge into the soil in order to induce suppressiviness to Phytophthora nicotianae Breda de Haan (1896) in seedlings and plantlets of rangpuor lime (Citrus limonia (L.) Osbeck) were evaluated. For this, several experiments under laboratory, greenhouse and field conditions were conducted. In almost all experiments, while sewage sludge doses enlarged, soil pH values decreased and soil electrical conductivity increased; soil microbial activity (evaluated by the fluorescein diacetate hydrolysis - FDA and microbial respiration) increased, and P. nicotianae recovery from soil and roots tended to decreased. In some experiments, significantly and negative correlations were observed between P. nicotianae recuperation and microbial activity (FDA), and between P. nicotianae recuperation and soil electrical conductivity. Seedlings and plantlets development improved at a maximum of 20% v/v sewage sludge soil incorporation. These results suggest a sewage sludge suppressive effect on P. nicotianae, explained by chemical and biological factors, under the experimental conditions of the tests performed. Among chemical factors, the increase of the soil electrical conductivity and colony growth inhibition of P. nicotianae on culture media amended with an acid sewage sludge extract, were indicated. The biological factors involved in suppressiviness were the increase of soil microbial activity and the presence of fungi (Aspergillus sp. and Trichoderma sp.) and actinomyces antagonistic to P. nicotianae.

Resíduos produzidos em atividades industriais podem trazer danos significativos ao ambiente, principalmente quando estes não são degradáveis (ou são dificilmente degradáveis) por processos naturais. Polímeros sintéticos estão entre os principais resíduos descartados na natureza, permanecendo inertes por séculos e interferindo em processos ecológicos. Diante deste contexto, explorar o potencial biodegradável de plásticos e uma alternativa na substituição de embalagens descartáveis. Para a construção e otimização de materiais biodegradáveis, faz-se necessária a compreensão da ação da microbiota natural em processos de biodegradação natural. Neste trabalho, buscou-se compreender a dinâmica de microrganismos do filo Bacteroidetes no processo de biodegradação de blenda polimérica Poli (&#603;-caprolactona) / Amido/ Proteína Isolada de Soja (PCL/A/PIS), considerando solos e materiais plásticos distintos, como também a presença de genes notadamente associados a degradação biológica. Para tanto, partindo de amostras de DNA obtidas do solo ao longo do processo de biodegradação, foram utilizadas técnicas de PCR e PCR-DGGE (Reação de Polimerização em Cadeia - Eletroforese em Gel com Gradiente Desnaturante). Observou-se que: Bacteroidetes estão presentes em todos os momentos avaliados do processo de biodegradação da Blenda e do PCL; o solo Arenoso, onde a biodegradação e mais efetiva, apresenta comunidades com perfis bem delimitados, que se diferenciam na degradação da Blenda e do PCL; a dinâmica no solo Argiloso não exibe um padrão claro de influencia dos plásticos sobre a comunidade, apontando, porem para uma convergência de similaridade das comunidades sobre blenda e PCL no momento de maior atividade degradativa. Chitinophagaceae e uma família presente na biodegradação, sendo Chitinophaga pinensis uma das espécies presentes; genes exclusivos a esta espécie e outras da mesma família que codificam lipases e proteases, associados a degradação de polímeros pela literatura cientifica, estão presentes nas amostras de solo avaliadas, sendo possíveis atores na biodegradação dos plásticos. Bacteroidetes aparenta ser um filo importante em processos naturais de biodegradação de polímeros em solos, e explorar o potencial deste grupo e da família Chitinophagaceae pode oferecer subsídios para a construção de plásticos mais eficientes em sua biodegradação. / The human productive activity has brought significant damage to the environment, particularly by the disposal of non-degradable waste (or poorly degradable) by natural processes. Synthetic polymers are among the main materials discarded, remaining inert for centuries, causing damage to the natural wildlife or interfering with ecological processes. Given this context, the potential use of biodegradable plastics is an alternative, both for agriculture and for the replacement of disposable packaging. For the construction and optimization of biodegradable materials it is necessary to understand the action of natural microbial communities in the process. Microorganisms have predominant and diversified roles in the biodegradation process, with complex ecological relationships in their responses, either by their phylogenetic relationships or the enzymes used during the process. In this work, we sought to understand the dynamics of Bacteroidetes phylum in the biodegradation process of polymer blend poly (&#603;-caprolactone) / starch / Soy Protein Isolate (PCL/ A/ SPI), considering different soils and plastics, and also the presence of genes associated with biological degradation. Therefore, starting from DNA samples taken from the soil during the biodegradation process, PCR techniques and PCR-DGGE (Polymerization Chain Reaction - Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) were used. It was observed that: the Phylum Bacteroidetes is present in all periods evaluated of the biodegradation process of Blend, PCL and even soils without the addition of plastics; the sandy soil, where the biodegradation is more effective, presents communities with well defined profiles that differ in the degradation of blends and PCL; the dynamics in clay soil does not show a clear pattern of plastics influence over the community, pointing to a convergence of communities similarity in blends and PCL over greater degradation activity. Chitinophagaceae is a family present in biodegradation, Chitinophaga pinensis being one of the species present; genes unique to this species and others of the same family encoding lipases and proteases, associated with the degradation of polymers reported in the scientific literature, are present in the evaluated soil samples, potentially acting on plastics biodegradation. Bacteroidetes appears to be an important phylum in natural processes of polymer biodegradation in soils, and to explore the potential of this taxon and of Chitinophagaceae family can shed light on the construction of more efficient biodegradable plastics.