Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Determina la bioactividad sobre Mycobacterium tuberculosis H37RV de los extractos, alcaloides y flavonoides de las especies Juglans neotropica Diels., Piper aduncum L., Croton lechleri Müll. Arg., Lantana camara L., Annona cherimola Mill, Annona muricata L. y Jatropha gossypifolia L., mediante el ensayo en microplacas con azul de alamar. Se recolectó hojas de las 7 especies vegetales seleccionadas según la quimiotaxonomía vigente: Juglans neotropica Diels., Piper Aduncum L., Croton lechleri Mull. Arg., Lantana camara L., Annona cherimola Mill, Annona muricata L. y Jatropha gossypifolia L. Se preparó extractos etanólicos y clorofórmicos. Se aisló alcaloides y flavonoides. Se determinó la bioactividad sobre Mycobacterium tuberculosis H37RV de los extractos, alcaloides y flavonoides mediante el screening antimicobacteriano basado en la reducción del azul de alamar a tres concentraciones (10, 100 y 1000 μg/ml); siguiendo el protocolo original de Collins y Franzblau 64 con algunas modificaciones. Se determinó la concentración mínima inhibitoria (CMI) in vitro de los extractos con bioactividad sobre Mycobacterium tuberculosis H37RV en el rango de concentraciones de 2000-15.63 μg/ml, mediante el ensayo en microplacas con azul de alamar; siguiendo el protocolo original de Collins y Franzblau 64. El screening antimicobacteriano basado en el azul de alamar determinó que los 14 extractos estudiados (100%) presentaron bioactividad sobre Mycobacterium tuberculosis H37RV a 1000 μg/ml. El ensayo en microplacas con azul de alamar determinó que el extracto etanólico de Piper Aduncum L presentó un CMI igual a 31.5 μg/ml. El Piper aduncum L. es una buena alternativa de extractos y metabolitos antituberculosos. / Tesis

Evalúa el impacto antrópico sobre la calidad de las aguas del río Lurín en los sectores medio y bajo de su cuenca, a partir de indicadores físico-químicos, microbiológicos y macroinvertebrados. Realizó un muestreo de las aguas del río Lurín, considerado el menos contaminado de los tres ríos que cruzan por Lima Metropolitana, a partir del cual se calculó el Índice de Calidad Ambiental para aguas superficiales (ICA_sp) que involucra parámetros físico-químicos, microbiológicos en combinación con el Índice Biological Monitoring Working Party (BMWP) modificado y el Average Score Per Taxa (ASPT) que hacen uso de los macrobentos. Los puntos de muestreo fueron seis, durante el mes de noviembre del año 2017 en época de estiaje; se evaluó de esta manera la cuenca media y parte de la baja del río Lurín. Con la aplicación del Índice ICA_sp se obtuvo que los puntos P2 y P3 tienen aguas de “excelente calidad”, el punto P5 de “aceptable calidad”, los puntos P1 y P4 “medianamente contaminadas”, el P6 “altamente contaminada”; mientras que con la aplicación del Índice BMWP/nPe-mod se obtuvo que el punto P1 tienen “aguas con signos de estrés”, los puntos P2, P3 y P5 son “aguas contaminadas” y los puntos P4 y P6 son “aguas muy contaminadas” y con la aplicación del índice ASPT se obtuvo como resultado que todos los seis puntos presentan aguas con “probable contaminación moderada” . El uso combinado de los tres índices muestra una buena coincidencia y un alto grado de complementariedad. / Tesis

Evalúa la relación de la concentración de los marcadores inmunometabólicos del ambiente urinario con la distribución filogenética de Escherichia coli uropatógena en adultos mayores. El estudio es analítico correlacional, en el cual se enrolaron 24 pacientes con infección del tracto urinario y 17 sin infección del tracto urinario. Primero, se cuantificó el hierro en orina por espectrofotometría, segundo, el TNF – α, tercero, la IL - 1β por enzimoinmunoensayo, cuarto, la capacidad antioxidante en la orina por las metodologías de ABTS+* y FRAP y quinto, la determinación de la filogenia de E.coli por el método de Clermont. La concentración de hierro en la orina de los pacientes con ITU por E.coli - B2 positivo fue de 193,48 ug/L y en pacientes con infección por E.coli - B2 negativos de 160,12 ug/L (p = 0.316). La concentración de TNF – α en la orina de los pacientes con ITU por E.coli - B2 positivo fue de 84,26 ug/L y en pacientes con infección por E.coli - B2 negativos de 58,12 ug/L (p = 0.168). La concentración de IL - 1β en pacientes con ITU por E.coli - B2 positivo fue de 386,96 pg/mL y de pacientes con infección por E.coli - B2 negativos 294,79 pg/mL (p = 0.245). Finalmente, la capacidad antioxidante de la orina ensayada con la técnica ABTS.+ tuvo una tendencia positiva en los pacientes con ITU por E.coli - B2 positivo (p = 0.121) en comparación con la orina de los pacientes con ITU por E.coli –B2 negativos (1636,07 vs 885,94 ug/mL). Se evidencia una tendencia diferenciada en la respuesta inmunometabólica frente a los grupos clonales de Escherichia coli uropatógena estudiados. / Tesis

El fuego bacteriano de las rosáceos es una enfermedad de fácil diseminación dificil control que afecta a los frutales de pepita, principalmente peral y manzano, y a plantas ornamentales. El agente etiológico de esta enfermedad es Erwinia amylovora, una enterobacteria considerada como organismo de cuarenta en la Unión Europea.Esta bacteria ha sido identificada en la mayoría de los paises del centro y norte de Europa, y en los últimos veinte años también se ha extendido por los países del Mediterráneo. en España, se han detectado diversos focos desde 1995, en distintos hospedadores procedentes de varias Comunidades Autonómas, habiéndose aplicado programas intensivos de erradicación en casi todas ellas. En esta investigación se ha llevado a cabo una caracterización fenotípica y genotípica de una amplia colección de aislados españoles de E. Amylovora de diversos orígenes geográficos, hospedadores y años de aislamiento. La evaluación de los datos obtenidos, tras la realización de análisis fisiológicos, bioquímicos y moleculares de las cepas españolas, ha mostrado su escasa diversidad fenotípica y genotípica. No obstante, los resultados de la cracterización molecular mediante electroforesis en campo pulsante y otras técnicas, apoyan dos hipotesis sobre el origen y la diseminación del fuego bacteriano en nuestro país; en primer lugar, la introducción de material vegetal infectado procedente de otros países de Europa como posible responsable de varios de los focos de infección de esta enfermedad en España, y en segundo lugar, la existencia de, al menos, tres fuentes de inóculo distintas. Por otro lado, la primera descripción de una cepa de E. amylovora que carece del plásmido PEA29 de forma natural, representa una novedad con implicaciones importantes para el diagnóstico molecular de la enfermedad, asi como para la hipótesis acerca del papel de este plásmido en la virulencia del patógeno del fuego bacteriano. / Donat Luis, MV. (2004). Caracterización fenotípica y genotípica de aislados españoles de Erwinia amylovora [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/1859 / Palancia

El presente trabajo de investigación tuvo como finalidad evaluar el efecto de la incorporación de la espirulina en las características nutricionales y sensoriales de una galleta elaborada a base de harina de trigo y kiwicha. Para efectos del estudio, en las cuatro formulaciones de galletas se sustituyó la harina de trigo por la de kiwicha en un 30%. Asimismo, la espirulina fue incorporada en 0% (galleta control), 1% (CS-1), 3% (CS-2), y 5% (CS-3). El efecto de esta incorporación en las características fisicoquímicas, microbiológicas y sensoriales fue evaluado. Los resultados mostraron que el porcentaje de proteínas, grasas, cenizas, humedad, hierro, calcio y sodio aumentó en las formulaciones CS-1, CS-2 y CS-3, debido a la incorporación de la microalga. Respecto a la evaluación sensorial, la muestra con 3% de espirulina recibió el puntaje de aceptación más alto, luego de la galleta control. / The aim of this study was to evaluate the incorporation of spirulina on the nutritional and sensory properties of wheat-and-amaranth based cookies, by means of proximal-chemical, microbiologic and sensory analysis. Wheat flour was partially replaced by amaranth flour in 30%. Also, it was replaced with spirulina at 0% (control cookie), 1% (CS-1), 3% (CS-2) and 5% (C-3). The impact of incorporation on physicochemical, microbiological and sensory characteristics of cookies were evaluated. Results showed that protein, fat, ash, moisture, iron, calcium and sodium content of cookies CS-1, CS-2 and CS-3 increased as a result of spirulina incorporation. According to sensory evaluation by hedonic test, sample with 3% spirulina received the highest score after control. / Tesis

Estudios en distintos ambientes, como el marino o el hipersalino, han demostrado que la combinación de metodologías y la integración de resultados tienen el potencial de aportar nueva información que las técnicas no pueden proveer de manera individual. En esta tesis se han utilizado tres cepas de S. ruber utilizadas para la descripción de la especie para el aislamiento de virus. Un total de 8 virus de aguas de diferentes ambientes hipersalinos se han aislado y seleccionado para realizar una descripción fenotípica, genética y ecogenómica en profundidad. La descripción se ha combinado con un estudio mediante metagenómica vírica dirigida para obtener información acerca de la dinámica poblacional de los virus de S. ruber. Para ahondar en el estudio de la virosfera de Haloquadratum hemos usado diferentes estrategias combinando metodologías dependientes e independientes cultivo. Se realizó un experimento de metagenómica dirigida mediante la incubación de los virus de una muestra de agua hipersalina con dos cepas de Hqr. walsbyi. El metaviroma obtenido se estudió mediante ensamblaje de secuencias y se utilizó para hibridación con un microarray vírico previamente construido. Los genomas halovíricos con señal positiva a la hibridación fueron también analizados y sus secuencias sirvieron como plantilla para la realización de experimentos de phageFISH, en un trabajo independiente a esta tesis, que confirmó su hospedador. Por último se combinó la técnica de single-cell genomics con la hibridación en virochips para detectar células de Haloquadratum infectadas. / Tesis financiada por los proyectos del Plan Nacional CGL2012-39627-C03-01 y CGL2015-66686-C3-3-P, del Ministerio de Economía y Competitividad.

Aunque tradicionalmente las dificultades asociadas a su estudio han subestimado la importancia de los virus en los ecosistemas, hoy en día el desarrollo de nuevas metodologías nos ha hecho comprender que estos juegan un papel relevante a nivel global, sobre todo en los océanos. La secuenciación del genoma vírico de una muestra ambiental (la virómica) y su posterior reconstrucción (ensamblaje de genomas), ha permitido ampliar el número de virus marinos conocidos, sin embargo, también han puesto de manifiesto la enorme diversidad de genomas víricos que continúan sin ser reconstruidos. En esta tesis, la novedosa metodología de Single-virus genomics (SVGs), una técnica en la que se separan virus mediante sorting y se amplifica y secuencia su genoma de forma individual, fue aplicada con éxito sobre muestras marinas, desvelándose el genoma de virus marinos, previamente desconocidos, a pesar de ser altamente abundantes a lo largo de todos los océanos del planeta. El motivo por el que la virómica no ha podido reconstruir estos genomas fue analizado también en la tesis y se le atribuyó a la (micro-)diversidad de estas abundantes poblaciones víricas. Uno de estos virus obtenidos por SVG, el vSAG 37-F6, resultó ser el más abundante en los océanos. Diferentes métodos in silico, basados en análisis de k-mer, espaciadores CRISPR y búsqueda de ARNt, fueron empleados para tratar de identificar su huésped, sin embargo, no dieron resultado, por lo que se diseñó una aproximación experimental. Se diseñaron unos primers de PCR, específicos para el vSAG 37-F6 y se probaron en una colección de células sorteadas individualmente cuyo genoma había sido amplificado (SAGs). Tras comprobar la correcta amplificación (no inespecificidades) en uno de estos SAGs, se secuenció su genoma, mostrando que estaba relacionado con los Pelagibacteriales, por lo que el vSAG 37-F6 se identificó como un pelagifago. Corroborando este resultado 3 contigs diferentes, similares al vSAG 37-F6 fueron encontrados en otros 3 SAGs identificados también como Pelagibacter sp, obtenidos cada uno de ellos en diferentes localizaciones (Océanos Atlántico y Pacífico), y en tres experimentos y trabajos diferentes. Estos Pelagifagos similares al 37-F6 estaban poco relacionados con los obtenidos por técnicas dependientes de cultivo. La abundancia de los virus en muestras ambientales es tradicionalmente estimada de forma relativa mediante el reclutamiento de fragmentos virómicos. Sin embargo, la ausencia de marcadores específicos dificulta el empleo de métodos para calcular su abundancia de forma absoluta, como se hace con los procariotas. En el tercer capítulo de esta tesis, se muestra la aplicación de la técnica de droplet digital PCR (ddPCR) para calcular la abundancia absoluta de 2 pelagifagos, el vSAG 37-F6, y el HTVC010P. Además, son evaluados los pasos críticos de esta metodología, como es el diseño de primers específicos, o la correlación matemática para su cálculo. Las abundancias absolutas de ambos virus fueron calculadas en tres muestras ambientales diferentes, dos del Mar Mediterráneo, y una del Atlántico Norte, procedente del Golfo de Maine (Estados Unidos). La pareja de primers empleada con el vSAG 37-F6 fue diseñada siguiendo el procedimiento propuesto en este trabajo, mientras que para el HTVC010P se empleó una pareja de primers obtenida de la bibliografía. Los valores de abundancia obtenidos estuvieron comprendidos entre los valores de 1,270-14,400 virus mL-1 y de 360 a 8,510 virus mL-1 para el HTVC010P y el vSAG 37-F6 respectivamente. Sin embargo, la secuenciación de los amplicones obtenidos por PCR, mostró una sobreestimación del 6% para los primers del HTVC010P, pero no para los del vSAG 37-F6. Los dos últimos apartados de esta tesis se corresponden con dos trabajos que están actualmente siendo desarrollados por el doctorando. En el primero de ellos se analiza la (micro-)diversidad de las poblaciones del vSAG 37-F6 desde varios puntos de vista. Y para finalizar la técnica de SVGs es aplicada en muestras marinas de profundidad, de las que poco se conoce actualmente. / La presente tesis ha sido financiada por el Ministerio de Economía y competitividad español (refs. CGL2013-40564-R and SAF2013-49267-EXP), por la Generalitat Valenciana (ref. ACOM/2015/133 and ACIF/2015/332), y por la Gordon and Betty Moore Foundation (ref. 5334).

Seminario de Título entregado a la Universidad de Chile en cumplimiento parcial de los requisitos para optar al Título de Ingeniero en Biotecnología Molecular. / Los hongos filamentosos de ambientes extremos son fuentes promisorias de metabolitos secundarios de carácter novedoso. En particular, el género fúngico Pseudogymnoascus, que habita distintos ambientes fríos, entre ellos la Antártida, posee un metabolismo secundario poco explorado. En estudios previos de la cepa fúngica antártica Pseudogymnoascus sp. 131209-E2A-C5II-EB se identificaron los genes codificantes para enzimas policétido sintasa GymB, GymC, GymD y Gym722, de los cuales solo los dos primeros se expresaron fuertemente en las condiciones de cultivo ensayadas. El objetivo de este trabajo fue identificar nuevos genes codificantes para enzimas policétido sintasa en la cepa Pseudogymnoascus sp 131209-E2A-C5II-EB, e identificar las condiciones de cultivo en las cuales se induce su expresión. Para encontrar estas condiciones de cultivo adecuadas se emplearon distintos medios de cultivo (aproximación OSMAC) y el remodelador de cromatina 5-azacitidina. Por último, se realizaron las primeras actividades para, mediante la técnica de ARN de interferencia, identificar el metabolito sintetizado por la ruta de biosíntesis de la que forma parte el gen GymD. En resumen, en este trabajo se identificó un nuevo gen codificante para una enzima policétido sintasa, al cual se denominó Gym36. Por otro lado, mediante la aproximación OSMAC, se identificó que el medio PDB es donde se obtienen mayores niveles de inducción de manera generalizada de los genes estudiados (a excepción de Gym722 que se mantuvo sin expresión). La adición del remodelador de cromatina 5-azacitidina no logró inducir la expresión de los genes estudiados, pero si se observó que la adición de dimetilsulfóxido logró alterar positivamente los niveles de expresión de estos. Finalmente, por electroporación de conidias germinadas, se logró obtener una cepa transformante de la cepa en estudio con el gen GymD atenuado. Como trabajo futuro, se espera que al contar con un mayor número de cepas atenuantes se pueda identificar el metabolito sintetizado por la ruta de biosíntesis de la que forma parte el gen. / Filamentous fungi from extreme environments are a promising source of novel secondary metabolites. In particular, fungal genus Pseudogymnoascus, which inhabits different cold environments, including Antarctica, has a secondary metabolism that has been poorly explored. In previous studies of the Antarctic fungal strain Pseudogymnoascus sp. 131209-E2A-C5II-EB the genes coding for polyketide synthase enzymes GymB, GymC, GymD and Gym722 were identified, of which only the first two were strongly expressed in the tested culture conditions. The objective of this work was to identify new coding genes for polyketide synthase enzymes in the strain Pseudogymnoascus sp 131209-E2A-C5II-EB, and to identify the culture conditions in which their expression is induced. To find these suitable culture conditions, different culture media (OSMAC approach) and the 5-azacitidine chromatin remodeler were used. Finally, the first activities were carried out to identify, through the RNA interference technique, the metabolite synthesized by the biosynthesis pathway to which the GymD gene belongs. In summary, in this work it was identified a new gene coding for a polyketide synthase enzyme, named Gym36. On the other hand, through the OSMAC approach, it was found that the PDB medium is where the highest levels of induction are obtained in a generalized manner of the genes studied (with the exception of Gym722 that remained silent). The addition of the chromatin remodeler 5-azacitidine failed to induce the expression of the genes studied, but it was observed that the addition of dimethylsulfoxide was able to positively alter the expression levels of these. Finally, by electroporation of germinated conidia, it was possible to obtain a transformant strain of the studied strain with the GymD gene attenuated. As future work, it is expected that having a greater number of attenuating strains, will allow the identification of the metabolite synthesized by the biosynthesis pathway of which the gene belongs.

Evalúa el efecto pantalla anti-UV de los extractos de tres algas pardas de la costa peruana; Macrocystis pyrifera (Linnaeus) C. Agardh, Lessonia trabeculata Villouta & Santelices y Petalonia binghamiae (J. Agardh) K. L. Vinogradova. Se cuantificó los polifenoles presentes en los extractos algales con el método de Folin- Ciocalteu, se identificó mediante RP-HPLC y se determinó la actividad anti-UV con el método microbiológico de acuerdo con el tiempo de reducción decimal de Escherichia coli. El valor máximo para la cantidad de polifenoles lo presentó P. binghamiae con 0,35 mg EFG/ml, seguido por L. trabeculata y M. pyrifera, con 0,32 mg EFG/ml en ambas. En las algas del orden Laminariales se identificó ácido gálico y ferúlico, entre otros polifenoles, mientras que P. binghamiae presenta únicamente ácido protocatecuico y ácido clorogénico. El mayor porcentaje de eficiencia anti-UV lo obtuvo el extracto de L. trabeculata con 33,50 ± 2,93 % anti-UV-C y 19,97 ± 1,50 % anti-UV-B. Finalmente, mediante la adecuación del método microbiológico a partir del tiempo de reducción decimal de E. coli, se comprobó que las macroalgas ensayadas tienen un efecto pantalla anti-UV que varía dependiendo de la concentración y el tipo de polifenol presente. / Tesis

El biofouling es una acumulación indeseada de sustancias orgánicas en una superficie sumergida en agua y se considera que el origen se debe principalmente a la formación de biofilm por parte de bacterias, el cual sirve de alimento en la colonización de organismos superiores responsables de impactos negativos en el ambiente e industria acuática. Debido a esto, se debe identificar bacterias asociadas a este fenómeno en cultivos de “concha de abanico” (Argopecten purpuratus) en la bahía de Huaynuma, Casma, Perú, que permita realizar trabajos para disminuir la adhesión bacteriana. Se aislaron 40 cepas en total, las cuales fueron sometidas a la prueba de adherencia, para evaluar la producción de biofilm y su capacidad para adherirse a un sustrato, determinándose así que 16 (40%), 8 (20%) y 7 (17.5%) cepas fueron fuerte, moderada y débilmente productoras de biofilm y 9 (22.5%) cepas no productoras. Posteriormente se realizó la identificación fenotípica, basada en las pruebas del Manual de Bergey, cuyos resultados de similitud fueron superiores al 90%, predominando el género Vibrio, principalmente la especie de V. alginolyticus; la identificación molecular ratificó el predominio del género Vibrio, en especial V. alginolyticus, sin embargo esta identificación no fue específica para una sola especie por los altos porcentajes de similitud (100%) entre dos o más cepas. Por su parte la cepa M28 fue identificada al 100% como Photobacterium damselae subs. damselae., el cual se reporta por primera vez en cultivos de “concha de abanico” en la bahía de Huaynuma. / Tesis