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Caracterización de cepas toxigénicas del género fusarium mediante técnicas de biología molecular

Gómez López, Eyder Daniel 13 October 2008 (has links)
CARACTERIZACIÓN DE CEPAS TOXIGÉNICAS DEL GÉNERO Fusarium MEDIANTE TÉCNICAS DE BIOLOGÍA MOLECULAR. Las micotoxinas son metabolitos producidos por un amplio grupo de hongos, entre los que se encuentran los pertenecientes al género Fusarium. Se han detectado como contaminantes naturales en mayor o en menor grado en un gran número de productos agrícolas y manufacturados y, si llegan a ser consumidas, pueden causar una gran variedad de efectos tóxicos en humanos y animales. Dentro de los cereales, el maíz es uno de los más vulnerables a la colonización por especies del género Fusarium y, por consiguiente, a la contaminación por las micotoxinas que produce dicho género. Es por ello que en este trabajo se aislaron estos hongos a partir de granos de maíz destinados al consumo humano y animal. Estos análisis, además de aportarnos los aislados necesarios para la identificación y detección de la producción de micotoxinas, sirvieron para el estudio comparativo entre los medios de cultivo Patata Dextrosa Agar (PDA) y Agar Verde Malaquita, destacándose este último por su selectividad para el aislamiento de hongos del género Fusarium frente otros géneros. Una vez obtenidos los aislados, nos centramos en la identificación por PCR de especies del género Fusarium procedentes de grano de maíz y la detección de especies productoras de tricotecenos (deoxinivalenol (DON) y nivalenol (NIV)). Como controles se utilizaron cepas de referencia: suministradas por la Colección Española de Cultivos Tipo. De los hongos obtenidos en la primera parte de este trabajo se seleccionaron 377 pertenecientes al género Fusarium. Estos aislados fueron analizados mediante PCR utilizando diferentes iniciadores específicos. Con este método se obtuvo la identificación de las especies F. graminearum, F. proliferatum, F. oxysporum y F. verticillioides. La técnica PCR también permitió la detección de cepas productoras de tricotecenos, así como la de aislados productores de DON. Para comprobar la especificidad / Gómez López, ED. (2008). Caracterización de cepas toxigénicas del género fusarium mediante técnicas de biología molecular [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/3346 / Palancia
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Estudio de los mecanismos de la regulación de la homeostasis iónica: Análisis fisiológico y transcriptómico del mutante hal4hal5 de Saccharomyces cerevisiae

Pérez Valle, Jorge 02 April 2009 (has links)
La homeostasis de la concentración celular de iones es una propiedad fundamental de las células vivas. Muchos parámetros fisiológicos importantes como el volumen celular, la turgencia, el pH intracelular, la fuerza iónica o la concentración interna de cationes dependen de la regulación de los sistemas de toma y salida de los principales cationes monovalentes: protones, sodio y potasio. El potasio, principal catión intracelular en plantas y muchos microorganismos, se retiene de forma activa, por lo que esta presente en el interior de las células a altas concentraciones, siendo el principal determinante de muchos de los parámetros fisiológicos anteriormente comentados. El umbral de toxicidad de otros cationes monovalentes como el sodio o el litio es mucho más bajo que el del potasio, por lo que se debe evitar su acumulación en el citoplasma para proteger enzimas esenciales y sensibles. Las células eucarióticas emplean el transporte activo primario, mediado por ATPasas de tipo P, y el transporte secundario, mediado por canales y cotransportadores, para mantener altas concentraciones de potasio, esencial para las células, y bajas concentraciones de sodio, que puede tener efectos tóxicos. En Saccharomyces cerevisiae el principal sistema de toma de potasio está codificado por los genes TRK1 y TRK2. El trabajo presentado se centra en el estudio de dos proteínas quinasas, Hal4 y Hal5. La sobre-expresión de los genes HAL4 y HAL5 mejora la tolerancia de las células de levadura a cationes tóxicos como el sodio o el litio, mientras que por el contrario, su disrupción produce hipersensibilidad a estos cationes. Se ha comprobado que estos efectos son dependientes del sistema de transporte de potasio Trk1-Trk2, y todo parece indicar que estas dos quinasas funcionan como activadores de este sistema, aumentando la entrada de potasio en las células, y por tanto, haciendo decrecer el potencial de membrana. Esta disminución del potencial de membrana también reduce la toma de cationes / Pérez Valle, J. (2009). Estudio de los mecanismos de la regulación de la homeostasis iónica: Análisis fisiológico y transcriptómico del mutante hal4hal5 de Saccharomyces cerevisiae [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/4329 / Palancia
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Caracterización molecular de bacterias con actividad L-asparaginasa aisladas de las Salinas de Pilluana, Maras y Chilca

Montes Cjuno, Jeanett Zenobia January 2018 (has links)
La L-asparaginasa (EC 3.5.1.1) hidroliza la L-asparagina generando ácido L-aspártico y amoniaco. La principal utilidad de esta enzima es como agente terapéutico contra la leucemia linfocítica aguda (LLA); sin embargo, las L-asparaginasas comerciales presentan muchos problemas inmunológicos poniendo en riesgo la seguridad y eficacia de su actividad antineoplásica en el paciente. Las investigaciones continuas, están enfocadas en encontrar fuentes alternativas que presenten mejores características terapéuticas antineoplásicas con ninguna o baja inmunogenicidad. En este contexto, el objetivo del presente estudio fue la caracterización fenotípica y genotípica de bacterias con actividad L-asparaginasa aisladas de las Salinas de Pilluana, Maras y Chilca. Para la selección de los aislados productores de esta enzima se empleó el medio M-9 modificado. De los 106 aislados bacterianos, se seleccionaron 24 con actividad L-asparaginasa, de los cuales 12 presentaron mayor actividad. Después, se caracterizó fenotípicamente a los 24 aislados con actividad L– asparaginasa, de los cuales, el 29 % (7/24) creció en un amplio rango de sales entre 0,9 a 20 %. El 42 % fue bacilos Gram negativos, 50 % bacilos Gram positivos y 8 % cocos Gram positivos. Los aislados productores de L-asparaginasa hidrolizaron en mayor proporción Skim milk, almidón y CMC. Los azúcares más empleados fueron glucosa y fructosa. Para la caracterización molecular, se amplificaron los genes ribosómicos 16S de 15 aislados con actividad L-asparaginasa y se secuenciaron parcialmente. El análisis bioinformático se realizó mediante el programa BLASTn, los géneros identificados fueron Bacillus (11), Enterobacter (3) y Halomonas (1). / Tesis
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Caracterización del biodeterioro y desarrollo de nuevos tratamientos de limpieza aplicables a los frescos restaurados de Antonio Palomino en la Iglesia de los Santos Juanes de Valencia

Bosch Roig, María del Pilar 18 February 2011 (has links)
Esta investigación se centra en el estudio de las pinturas murales realizadas por A. Palomino en la bóveda dcentral de la Iglesia de los Santos Juanes de Valencia. El objetivo general es el estudio del biodeterioro presente en las pinturas murales y la formulación de una propuesta de intervención desde el punto de vista bilógico. Se han utilizado diferentes técnicas analíticas como: Microscopía Estereomiscroscópica, Optica y Electrónica (SEM/EDX); Espectrocoscopía Infrarroja por Transformada de Fourier (FTIR); Cromatografía de Gases-Espectroscoía de Masas (GC/MS) y Pirólisis (Py-GC-MS). Se ha realizado el aislamiento, cultivo, recuento e identificación de líquenes y microorganismos, mediante análisis morfológicos, pruebas bioquímicas y técnicas de biología molecular. Por último, se desarrollan nuevos métodos alternativos de limpieza de pintura mural basados en la utilización de microorganismos (Pseudomonas stutzeri) para la eliminación de materia orgánica y eflorescencias, obteniendo resultados de biolimpieza muy satisfactorios. / Bosch Roig, MDP. (2011). Caracterización del biodeterioro y desarrollo de nuevos tratamientos de limpieza aplicables a los frescos restaurados de Antonio Palomino en la Iglesia de los Santos Juanes de Valencia [Tesis doctoral]. Editorial Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/9920 / Palancia
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Resistencia microbiana y capacidad de formación de biopelículas de cepas de Staphylococcus aureus y Listeria monocytogenes aisladas de carnes frescas provenientes de mercados de Lima Metropolitana

Conislla Vigo, Alberto Noé, Guerra Caballero, Richard Kevin January 2019 (has links)
Determina la resistencia microbiana y capacidad de formar biopelículas de las cepas de Staphylococcus aureus y Listeria monocytogenes aisladas de carnes frescas provenientes de tres mercados de Lima Metropolitana. Por eso se recolectaron 60 muestras que se distribuyó en tres grupos de 20 muestras de carne fresca (10 de pollo y 10 de cerdo) por cada mercado y se realizó el respectivo análisis microbiológico para identificarlos. Luego, se determinó la sensibilidad antimicrobiana por el método de Kirby Bauer según la CLSI y la formación de biopelículas por el método de microtitulación en placa, según las recomendaciones de Stepanovic et al. Se encontró incidencia de 75% para S. aureus y 13,33% para L. monocytogenes. Las cepas de S. aureus, presentaron resistencia a la penicilina (75,56%) y tetraciclina (28,89%); 97,78% al sulfametoxazol-trimetoprim, 82,22% para gentamicina y ciprofloxacino y 77,78% a la clindamicina. El 75% de las cepas de L. monocytogenes presentaron una resistencia a la clindamicina y ninguna presentó resistencia a la ampicilina, penicilina, tetraciclina, sulfametoxazol-trimetoprim, gentamicina, eritromicina y vancomicina. Se determinó que 33,33% de las cepas de S. aureus tienen capacidad fuerte, 28,89% capacidad moderada, 33,33% capacidad débil y 4,45% no tenían capacidad de formar biopelículas. En el caso de las cepas de L. monocytogenes, 100% presentó capacidad débil de formar biopelículas. / Tesis
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Desarrollo de micro y nanofibras antifúngicas para el control de antracnosis en aguacate "Hass" (Persea americana Mill. cv. Hass) obtenidas por procesado electrohidrodinámico y aerohidrodinámico

Vázquez González, Yuliana 05 December 2024 (has links)
Tesis por compendio / [ES] La pérdida y el desperdicio de alimentos supone un problema global de gran magnitud con implicaciones significativas en los ámbitos ambiental, económico y social. Una fracción importante de dichas pérdidas está producida por las enfermedades postcosecha causadas por fitopatógenos. Meyerozyma caribbica encapsulada en recubrimientos comestibles ha demostrado ser efectiva como control biológico en frutos. Sin embargo, las técnicas convencionales de producción de recubrimientos no garantizan la homogeneidad del tratamiento sobre el alimento, pudiendo afectar a su efectividad. En este sentido, las nanofibras hiladas mediante procesos electro y aerohidrodinámicos pueden actuar como una matriz biopolimérica para atrapar dichos microorganismos, y pueden ser depositadas homogéneamente en la superficie de los alimentos, y esto, junto a que son estructuras con una gran superficie-volumen, las hace más activas y eficientes. La etapa 1, consistió en la optimización y la caracterización fisicoquímica de las disoluciones poliméricas (goma de anacardo, CG; FucoPol, FP; poli óxido de etileno, PEO; pululano, Pul). La etapa 2, consistió en la obtención de estructuras mediante electrospray y electrospinning, éstas se caracterizaron mediante SEM, ATR-FTIR, WAXS, TGA y DSC. La etapa 3 consistió en la encapsulación de M. caribbica en nanofibras de pululano, CG:PEO y FP:PEO mediante electrospinning. Las nanofibras se caracterizaron mediante SEM, ATR-FTIR y TGA. Se determinó la viabilidad de M. caribbica y se evaluó la actividad antifúngica de las nanofibras frente a 6 hongos de interés comercial. La etapa 4, consistió en el análisis in vivo de frutos cubiertos con nanofibras adicionadas con M. caribbica aplicadas por Solution Blow Spinning (SBS) para ello se determinó la viabilidad de M. caribbica en las nanofibras y se evaluó la actividad antifúngica in vitro e in vivo como tratamientos preventivos y curativos frente a C. gloeosporioides. Finalmente, se evaluó el efecto de las nanofibras sobre los parámetros de calidad de los aguacates. Las microestructuras obtenidas con CG, mostraron cápsulas esféricas sin depresiones irregulares que encapsularon al compuesto modelo (ß-caroteno). Las cápsulas de CG brindaron protección térmica y fotoestabilidad al ß-caroteno. Por otro lado, FP, FP:Pul y FP:PEO mostraron fibras helicoidales cilíndricas, lisas y gruesas. Mediante WAXS, en las nanofibras de FP:Pul y FP:PEO se detectaron nuevos picos a ángulos por debajo de los 10º, lo que sugiere que FucoPol podría afectar la estructura polimérica de otros materiales con una estructura secundaria helicoidal. Las nanofibras de pululano, CG:PEO y FP:PEO con M. caribbica mostraron nanofibras cilíndricas, lisas y homogéneas. Los polímeros utilizados brindaron protección térmica a la levadura. Las nanofibras de pululano mostraron la viabilidad más alta de M. caribbica y el mayor porcentaje de inhibición del crecimiento de los 6 hongos evaluados. Mediante SBS se obtuvieron fibras homogéneas, continuas y rizadas. SBS garantizó una alta viabilidad de M. caribbica en las nanofibras aplicadas en la superficie de los aguacates bajo diferentes condiciones evaluadas. Las nanofibras de pululano con M. caribbica como tratamiento preventivo inhibieron por completo el crecimiento de C. gloeosporioides. Además, la aplicación de las nanofibras sobre los aguacates no afectó los parámetros de calidad. El pululano, la CG y el FP en combinación con PEO y pululano se han estudiado por primera vez para formar estructuras mediante procesos electrohidrodinámicos y aerohidrodinámicos. Estos resultados obtenidos, sugieren un alto potencial de las nanofibras para su uso en la industria alimentaria y representan una alternativa interesante para el tratamiento post-cosecha de frutos en el control de enfermedades fúngicas, contribuyendo de esta manera a reducir la pérdida en la producción de alimentos. / [CA] La pèrdua i el malbaratament d'aliments representen un gran problema mundial amb implicacions significatives en els àmbits ambiental, econòmic i social. Una part considerable d'estes pèrdues es deu a malalties post collita causades per fitopatògens. Meyerozyma caribbica, encapsulada en recobriments comestibles, ha demostrat ser efectiva com a control biològic en fruites. No obstant això, els mètodes tradicionals de producció de recobriments sovint no asseguren un tractament uniforme a la superfície dels aliments, cosa que pot comprometre l'eficàcia. En este context, les nanofibres filades mitjançant processos electro- i aerohidrodinàmics poden servir com a matriu bio polimèrica per atrapar estos microorganismes, garantint la deposició homogènia sobre les superfícies dels aliments. El seu gran ràtio superfície-volum enfortix l'activitat i l'eficiència. L'etapa 1 va implicar l'optimització i la caracterització fisicoquímica de les solucions de polímers (goma d'anacard, CG; FucoPol, FP; i poli òxid d'etilè, PEO); pululan, Pul). L'etapa 2 es va centrar en la fabricació d'estructures mitjançant electrospray i electrospinning, caracteritzades per SEM, ATR-FTIR, WAXS, TGA i DSC. L'etapa 3 va incloure l'encapsulació de M. caribbica en nanofibres de pullulan, CG:PEO i FP:PEO per electrofilat. Les nanofibres van ser caracteritzades per SEM, ATR-FTIR i TGA. La viabilitat de M. caribbica es va determinar i l'activitat antifúngica de les nanofibres es va avaluar contra 6 fongs d'interés comercial. L'etapa 4 va consistir en l'anàlisi in vivo de fruites recobertes amb nanofibres afegides amb M. caribbica aplicades per mitjà de Solution Blow Spinning (SBS); per això, es va determinar la viabilitat de M. caribbica a les nanofibres i es va avaluar l'activitat antifúngica in vitro i in vivo com a tractaments preventius i curatius enfront de C. gloeosporioides. Finalment, es va avaluar l'efecte de les nanofibres en els paràmetres de qualitat dels alvocats. Les microestructures obtingudes amb CG van mostrar càpsules esfèriques sense depressions irregulars que encapsulaven el compost model (ß-caroté). Les càpsules de CG van proporcionar protecció tèrmica i foto estabilitat al ß-caroté. D'altra banda, FP, FP:Pul i FP:PEO van mostrar fibres cilíndriques, suaus i gruixudes. Mitjançant WAXS es van detectar nous pics a angles per davall dels 10°, la qual cosa suggerix que FucoPol podria afectar l'estructura d'altres materials amb una estructura secundària helicoidal. Les nanofibres de pululan, CG:PEO i FP:PEO amb M. caribbica van mostrar nanofibres cilíndriques, suaus i homogènies. Els polímers utilitzats van proporcionar protecció tèrmica al llevat. Les nanofibres de pululan van mostrar la màxima viabilitat de M. caribbica i el màxim percentatge d'inhibició del creixement dels 6 fongs provats. Utilitzant SBS, es van obtindre fibres homogènies, contínues i arrissades. SBS va garantir una alta viabilitat de M. caribbica a les nanofibres aplicades a la superfície dels alvocats en diferents condicions avaluades. Les nanofibres de pululan amb M. caribbica com a tractament preventiu van inhibir completament el creixement de C. gloeosporioides. A més, l'aplicació de nanofibres en alvocats no va afectar els paràmetres de qualitat. El Pululan, la CG i l'FP en combinació amb PEO i pululan han estat estudiades per primera vegada per a formar estructures mitjançant processos electro hidrodinàmics i aero hidrodinàmics. Estos resultats obtinguts suggerixen un alt potencial de les nanofibres per a ser utilitzades en la indústria alimentària i representen una interessant alternativa per al tractament post collita de les fruites en el control de les malalties fúngiques, contribuint a reduir la pèrdua en la producció d'aliments. / [EN] Food loss and waste represent a significant global challenge with substantial implications across environmental, economic, and social domains. A considerable portion of these losses stems from postharvest diseases caused by phytopathogens. Meyerozyma caribbica, encapsulated in edible coatings, has demonstrated effectiveness as a biological control agent in fruits. However, conventional coating production methods often fail to ensure uniform treatment on food surfaces, potentially compromising efficacy. In this context, nanofibers spun through electro- and aerohydrodynamic processes can serve as a biopolymeric matrix to entrap such microorganisms, ensuring homogeneous deposition on food surfaces. Their large surface-area-to-volume ratio enhances activity and efficiency. Stage 1 involved optimizing and characterizing polymer solutions (cashew gum, CG; FucoPol, FP; polyethylene oxide, PEO; pullulan, Pul). Stage 2 focused on fabricating structures via electrospray and electrospinning, characterized by SEM, ATR-FTIR, WAXS, TGA, and DSC. Stage 3 entailed encapsulating M. caribbica in pullulan, CG:PEO, and FP:PEO nanofibers via electrospinning, fibers were characterized by SEM, ATR-FTIR, and TGA. M. caribbica viability and the nanofibers' antifungal activity were assessed against six commercially relevant fungi. Stage 4 comprised in vivo analysis of fruits coated with nanofibers containing M. caribbica applied via Solution Blow Spinning (SBS). Viability of M. caribbica in the nanofibers and their antifungal efficacy were determined in vitro and in vivo as preventive and curative treatments against C. gloeosporioides. The impact of nanofibers on avocado quality parameters was evaluated. The microstructures obtained with CG exhibited spherical capsules encapsulated the model compound (ß-carotene), providing thermal and photostability. FP, FP:Pul, and FP:PEO showed cylindrical, smooth, and thick helical fibers. Using WAXS, new peaks at angles below 10º were detected in FP:Pul and FP:PEO nanofibers, suggesting that FucoPol could affect the polymer structure of other materials with a secondary helical structure. Pullulan, CG:PEO, and FP:PEO nanofibers with M. caribbica were cylindrical, smooth, and homogeneous, offering thermal protection to the yeast. Pullulan nanofibers exhibited the highest M. caribbica viability and highest percentage of growth inhibition of the tested fungi. SBS showed homogeneous, continuous, and curly fibers, ensuring high M. caribbica viability on avocado surfaces under diferent conditions. Pullulan nanofibers with M. caribbica as preventive treatment completely inhibited C. gloeosporioides growth without affecting avocado quality parameters. This study represents the first investigation of pullulan, CG, and FP combined with PEO and pullulan for forming structures via electrohydrodynamic and aerohydrodynamic processes. The results underscore the high potential of nanofibers in the food industry, offering a promising alternative for postharvest fruit treatment against fungal diseases and contributing to reducing food loss in fruit production. / Agradezco al Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACyT) por la beca número 754518 concedida para hacer posible el desarrollo de este proyecto de investigación. / Vázquez González, Y. (2024). Desarrollo de micro y nanofibras antifúngicas para el control de antracnosis en aguacate "Hass" (Persea americana Mill. cv. Hass) obtenidas por procesado electrohidrodinámico y aerohidrodinámico [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/206250 / Compendio
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Aislamiento y caracterización fenotípica y molecular de cepas nativas de Bacillus thuringiensis aisladas de ecoregiones de la costa del Perú con actividad larvicida para Aedes (Stegomyia) aegypti (L)

Ramirez Ortiz, Ingrid Nathalie January 2019 (has links)
Aedes aegypti es un vector de enfermedades de importancia en salud pública que es controlado con insecticidas químicos, sin embargo la naturaleza de estos insecticidas generan daños al ambiente y al hombre, además de generar resistencia entre las poblaciones de mosquitos. El objetivo de la presente investigación fue aislar y caracterizar cepas nativas de Bacillus thuringiensis con actividad larvicida frente a Aedes aegypti que puedan ser utilizadas como controladores biológicos de éste mosquito vector, y ser una alternativa más ecológica frente al uso de los insecticidas químicos. Las cepas fueron aisladas de tres ecorregiones costeras del Perú, las que fueron caracterizadas a través de pruebas bioquímicas diferenciales, observación de cristales parasporales y caracterizadas molecularmente a través de la detección de genes cry4Aa, cry11Aa y cyt1Aa. La actividad larvicida de las cepas nativas fue determinada siguiendo la metodología descrita por la OMS (2005), y utilizando la cepa B. thuringiensis HD500 como patrón. De las ecorregiones de Piura, Chiclayo y Lima se aislaron 9 cepas nativas de Bacillus thuringiensis, de las cuales 3 mostraron alta toxicidad para larvas del tercer estadío de Aedes aegypti. Estas cepas mostraron cristales parasporales circulares, pruebas bioquímicas características de Bacillus thuringiensis y la posesión genes cry11Aa y cyt1Aa para dos de las cepas nativas y la presencia de todos los genes evaluados para una cepa nativa. / Tesis
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Efecto de la oleorresina de Capsicum chinense “ají panca” sobre el desarrollo microbiano en carne de res empacada al vacío y almacenada en refrigeración

Salazar Sánchez, Eduardo Alexander, Salazar Sánchez, Eduardo Alexander January 2017 (has links)
Evalúa el efecto de la aplicación de oleorresina de ají panca (Capsicum chinense) sobre el desarrollo microbiano en carne de vacuno empacada al vacío y almacenada en refrigeración, como una propuesta para la extensión de la vida útil de este producto. La oleorresina se obtiene mediante extracción con etanol de grado alimentario y se cuantifica el contenido de capsaicina y dihidrocapsaicina mediante HPLC-DAD. Se preparan muestras de carne de vacuno de 50 g y se separan en 2 grupos: G1, con aplicación de 2.5 mL de oleorresina a cada corte, y G2, como control. Luego, ambos grupos de muestras se empacan al vacío y se almacenan a 0 -4 °C por 90 días. En los días 0, 1, 15, 30, 45, 60, 75 y 90 se mide el pH y se obtienen recuentos de aerobios mesófilos totales, aerobios psicrótrofos totales, bacterias ácido lácticas y Brochothrix thermosphacta a partir de ambos grupos. Además, se elaboran las respectivas curvas de pH y de desarrollo microbiano para establecer la vida útil del producto. La oleorresina tiene 1.39 mg de capsaicina y 0.54 mg de dihidrocapsaicina por gramo. En base a las curvas de pH y de recuentos microbianos, la vida útil de G1 es de 70 días, mientras que en G2 es 56. La aplicación de oleorresinas en productos cárnicos puede ser una alternativa para prolongar la vida útil de la carne. / Tesis
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Evaluación de la diversidad y funcionalidad del sistema CRISPR-Cas I-E de Escherichia coli

Díez-Villaseñor, César 07 July 2015 (has links)
Las CRISPR son unas repeticiones agrupadas regularmente espaciadas presentes en numerosos y diversos grupos de procariotas. Junto con unos genes asociados a las repeticiones (genes cas) forman los sistemas CRISPR-Cas. En trabajos incluidos en esta tesis se predijo que los sistemas CRISPR-Cas podrían proporcionar inmunidad adaptativa específica guiada por las secuencias espaciadoras, lo que tras comprobarse ha conllevado una revolución en aplicaciones biotecnológicas y en el modo de entender la microbiología. Se analizan en mayor detalle la funcionalidad del sistema CRISPR-Cas I-E de Escherichia coli, su diversidad, evolución y posible uso para el tipado de cepas. En relación con la adquisición de espaciadores se incluye un método patentado para detectarlas y la propuesta de un mecanismo de acción. Dado que el sistema CRISPR-Cas I-E se encuentra presente pero reprimido en la mayoría de cepas silvestres de E. coli, se discute qué papel ha podido desarrollar en la especie.
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Biorremediación de suelos contaminados por hidrocarburos pesados y caracterización de comunidades microbianas implicadas

Lladó Fernández, Salvador 17 December 2012 (has links)
La presente tesis doctoral tiene como principal objetivo aportar conocimiento en el área de la biorremediación de suelos contaminados por hidrocarburos, mediante el estudio a escala real y de laboratorio de tratamientos enfocados a mejorar la degradación de los contaminantes y el uso de técnicas moleculares para determinar la biodiversidad microbiana presente en el suelo, así como su evolución a lo largo de dichos tratamientos. Los estudios llevados a cabo pretenden abordar aspectos todavía no resueltos y por tanto necesitados de investigación. En primer lugar la presencia de hidrocarburos de elevado peso molecular como las fracciones alifáticas pesadas o los HAPs de 4 y 5 anillos, en concentraciones excesivamente elevadas después de aplicar la biotecnología de la biorremediación con técnicas convencionales como la aireación y la adición de nutrientes. Otro aspecto a resolver es la falta de accesibilidad de estas moléculas de excesivo tamaño molecular a aquellos microrganismos capaces de metabolizarlas. Cabe resaltar que mientras el grupo de investigación logró muy buenos resultados en la utilización de biosurfactantes para mejorar la biodisponibilidad de hidrocarburos de elevado peso molecular en medio líquido, los intentos llevados a cabo en distintos suelos, no condujeron a ninguna mejora de la biodegradación. Finalmente el reto más importante que actualmente tiene la comunidad científica, es aumentar el conocimiento de las poblaciones microbianas implicadas en los procesos de biorremediación. Deberíamos dejar la pura descripción para alcanzar el objetivo último que sería conocer qué función está llevando a cabo cada microorganismo identificado. Por suerte, las metodologías moleculares que están evolucionando vertiginosamente nos están ofreciendo el camino. Relacionado con este aspecto, y que quizás no ha sido abordado suficientemente, estaría el conocimiento de las interacciones entre bacterias y hongos o entre poblaciones autóctonas y aquellas introducidas como inóculos en procesos de bioaumentación. El presente trabajo de tesis doctoral aborda todos estos aspectos que se exponen en seis capítulos: (I) a multi-approach assessment to evaluate biostimulation and bioaugmentation strategies for heavily oil-contaminated soil, (II) ensayo piloto de biorremediación por tecnología de la biopila dinámica para la descontaminación de suelos contaminados por creosotas provenientes de las actividades dedicadas a la preparación de la madera, (III) microbial populations related to PAH biodegradation in an aged biostimulated creosote-contaminated soil, (IV) Fungal/bacterial interactions throughout bioremediation assays in an aged creosote polluted soil, (V) Comparative assessment of bioremediation approaches to highly recalcitrant PAH degradation in a real industrial polluted soil y (VI) Combining DGGE and barcoded pyrosequencing for microbial community characterization throughout different soil bioremediation strategies in an aged creosote-polluted soil. / The main objective of the present thesis work is to provide knowledge in the field of bioremediation of hydrocarbon contaminated soils, by performing field-scale and lab-scale treatments focused on improving the degradation of organic pollutants and the use of molecular techniques to determine the microbial biodiversity present in the soil and their evolution due to the treatment effect. The studies carried out intended to address unresolved issues and therefore in need of investigation. Firstly, the presence of high molecular weight hydrocarbon fractions such as heavy aliphatic or 4 and 5-ring PAHs, in excessively high concentrations after application of bioremediation biotechnology techniques as aeration and addition of nutrients. Another issue to address is the lack of accessibility of these high molecular weight compounds for those microorganisms able to metabolize them. It is noteworthy that while our research group obtained very good results using biosurfactants to improve bioavailability of PAHs in liquid medium, the attempts made in different soils did not lead to any improvement in biodegradation. Finally, the most important challenge that currently has the scientific community in our research field is to increase the knowledge of microbial populations involved in bioremediation processes. We should achieve the objective of knowing what function is conducting each organism identified and try to forget the simply ecological description. Fortunately, molecular methodologies are faster than before. Related to this aspect, it is important to highlight the paramount importance for bioremediation success of the interactions between bacteria and fungi or between indigenous communities and those introduced as inoculum in bioaugmentation processes. The present doctoral thesis deal with all these issues, which are presented in six chapters: (I) a multi-approach assessment to evaluate biostimulation and bioaugmentation strategies for heavily oil-contaminated soil, (II) ensayo piloto de biorremediación por tecnología de la biopila dinámica para la descontaminación de suelos contaminados por creosotas provenientes de las actividades dedicadas a la preparación de la madera, (III) microbial populations related to PAH biodegradation in an aged biostimulated creosote-contaminated soil, (IV) Fungal/bacterial interactions throughout bioremediation assays in an aged creosote polluted soil, (V) Comparative assessment of bioremediation approaches to highly recalcitrant PAH degradation in a real industrial polluted soil and (VI) Combining DGGE and barcoded pyrosequencing for microbial community characterization throughout different soil bioremediation strategies in an aged creosote-polluted soil.

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