Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-25Bitstream added on 2014-06-13T20:19:15Z : No. of bitstreams: 1 santana_am_me_jabo.pdf: 1036969 bytes, checksum: 219ad2d9cc666bb8a7c481a54c0a4cf9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O búfalo de rio (Bubalus bubalis) é uma espécie de interesse econômico pertencente à família Bovidae, utilizado para a produção de carne e leite, além de força de trabalho no campo, constituindo-se em um animal de tripla aptidão. Recentemente, a construção de um painel de células somáticas híbridas irradiadas (linhagens celulares) contendo fragmentos do genoma do búfalo de rio, incorporado ao genoma de hamster (BBURH5000), está permitindo, pela primeira vez, o mapeamento de todos os cromossomos bubalinos. A utilização desse painel de células associado a análises estatísticas, está gerando mapas genômicos de alta resolução contendo diferentes tipos de marcadores moleculares. O presente trabalho teve por objetivo utilizar este painel de células para gerar grupos de ligação com os marcadores mapeados no cromossomo 9 bubalino e assim comparar a organização dos grupos de ligação obtidos com aqueles já descritos para o cromossomo 7 bovino. Para tal, foram testados com DNA bubalino, seqüências de “primers” para PCR de 26 marcadores moleculares previamente mapeados no cromossomo 7 bovino, o qual foi descrito na literatura como o homólogo ao cromossomo 9 de búfalo. Do total de marcadores testados, 18 geraram produtos de PCR adequados ao mapeamento utilizando o painel BBURH5000, sendo que destes 18, foi possível a genotipagem final de 10 marcadores. A partir das análises de ligação com os 10 marcadores genotipados, foi possível distribuir os mesmos em três grupos de ligação no BBU9. A análise comparativa entre os grupos de ligação do BBU9 e do BTA7 revelou a presença dos mesmos grupos de ligação nos cromossomos de ambas espécies, evidenciando conservação de sintenia. / The river buffalo (Bubalus bubalis), a member of the Bovidae family, is an economically important livestock specie useful to produce milk and meat, as well as source of labor, comprising an animal of triple aptness. The recent construction of a whole-genome 5000-rad radiation hybrid somatic cell panel for the river buffalo genome (BBURH5000), is allowing for the first time the mapping of all chromosomes from the specie. The use of BBURH5000 panel associated with statistical analyses is generating high-resolution RH maps integrating different types of molecular markers. The goal of this study was to genarate linkage groups with the markers mapped on the river buffalo chromosome 9 (BBU9), using the BBURH5000 panel, and then compare these groups with those already described in BTA7. Previous studies have identified bovine chromosome 7 as homologous to BBU9. Cattle derived PCR primers from 26 markers, previously mapped in cattle, were tested with buffalo DNA. A total of 18 of the 26 markers amplified PCR products suitable for RH mapping. From these 18 markers, it was possible the genotyping of 10. The analyses of linkage with the 10 markers genotyped turned possible to distribute them in three linkage groups on the BBU9. The comparative analyses between the linkage groups of BBU9 and BTA7 revealed the presence of the same linkage groups on the chromosome of both species, revealing conservation of synteny between them.

Resumo: O búfalo de rio (Bubalus bubalis) é uma espécie de interesse econômico pertencente à família Bovidae, utilizado para a produção de carne e leite, além de força de trabalho no campo, constituindo-se em um animal de tripla aptidão. Recentemente, a construção de um painel de células somáticas híbridas irradiadas (linhagens celulares) contendo fragmentos do genoma do búfalo de rio, incorporado ao genoma de hamster (BBURH5000), está permitindo, pela primeira vez, o mapeamento de todos os cromossomos bubalinos. A utilização desse painel de células associado a análises estatísticas, está gerando mapas genômicos de alta resolução contendo diferentes tipos de marcadores moleculares. O presente trabalho teve por objetivo utilizar este painel de células para gerar grupos de ligação com os marcadores mapeados no cromossomo 9 bubalino e assim comparar a organização dos grupos de ligação obtidos com aqueles já descritos para o cromossomo 7 bovino. Para tal, foram testados com DNA bubalino, seqüências de "primers" para PCR de 26 marcadores moleculares previamente mapeados no cromossomo 7 bovino, o qual foi descrito na literatura como o homólogo ao cromossomo 9 de búfalo. Do total de marcadores testados, 18 geraram produtos de PCR adequados ao mapeamento utilizando o painel BBURH5000, sendo que destes 18, foi possível a genotipagem final de 10 marcadores. A partir das análises de ligação com os 10 marcadores genotipados, foi possível distribuir os mesmos em três grupos de ligação no BBU9. A análise comparativa entre os grupos de ligação do BBU9 e do BTA7 revelou a presença dos mesmos grupos de ligação nos cromossomos de ambas espécies, evidenciando conservação de sintenia. / Abstract: The river buffalo (Bubalus bubalis), a member of the Bovidae family, is an economically important livestock specie useful to produce milk and meat, as well as source of labor, comprising an animal of triple aptness. The recent construction of a whole-genome 5000-rad radiation hybrid somatic cell panel for the river buffalo genome (BBURH5000), is allowing for the first time the mapping of all chromosomes from the specie. The use of BBURH5000 panel associated with statistical analyses is generating high-resolution RH maps integrating different types of molecular markers. The goal of this study was to genarate linkage groups with the markers mapped on the river buffalo chromosome 9 (BBU9), using the BBURH5000 panel, and then compare these groups with those already described in BTA7. Previous studies have identified bovine chromosome 7 as homologous to BBU9. Cattle derived PCR primers from 26 markers, previously mapped in cattle, were tested with buffalo DNA. A total of 18 of the 26 markers amplified PCR products suitable for RH mapping. From these 18 markers, it was possible the genotyping of 10. The analyses of linkage with the 10 markers genotyped turned possible to distribute them in three linkage groups on the BBU9. The comparative analyses between the linkage groups of BBU9 and BTA7 revealed the presence of the same linkage groups on the chromosome of both species, revealing conservation of synteny between them. / Orientadora: Maria Elisabete Jorge Amaral / Coorientadora: Vera Fernanda Martins H. de Lima / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Mestre

The bromeliad family comprises about 3,000 species distributed in 58 genera and 3 subfamilies: Pitcarnioideae, Bromelioideae and Tillandsioideae. The increasing demand of the market has been responsible for increasing the production and sale of bromeliads. However the illegal extraction is still dramatically reducing existing species. This fact, coupled with the devastation of Brazilian ecosystems, has caused irreparable losses in diversity. Considering this fact, have a basis with stored genetic material for future studies is very important. The main reason for the establishment and maintenance of a germplasm bank is to store and make available germplasm and provide information regarding certain accessions. The aim of the work was to perform the molecular characterization of accessions of native bromeliads prospected in Sergipe State, using tools such as RAPD and ISSR molecular markers and flow cytometry. The collections were performed in four counties of the Sergipe state (Itabaiana, Frei Paulo, Simão Dias e Poço Redondo), whose locations were mapped with the use of a GPS and the individuals were kept in a greenhouse, composing a Active Germplasm Bank (AGB). For molecular analyzes young leaves were collected and used for DNA extraction. Eleven ISSR primers and 13 RAPD primers were used to characterize the prospected accessions. Analyses by flow cytometry were performed for the determination of DNA content, using young leaves and extraction of nuclei was performed following the method of Dolezel. ISSR and RAPD markers detected large genetic variability among the accessions of the AGB. The estimation of the DNA content obtained by flow cytometry of the bromeliad accessions collected in four municipalities of Sergipe State allowed the distinction of two groups (group 1 = 1,59 pg and group 2 = 1,057 pg). / A família bromeliácea compreende aproximadamente 3.000 especies, distribuídas em 58 gêneros e 3 subfamílias: Pitcarnioideae, Bromelioideae e Tillandsioideae. A crescente demanda de mercado tem sido responsável pelo aumento da produção e comercialização das bromélias. No entanto o extrativismo ilegal ainda existente está reduzindo drasticamente as espécies. Esse fato, somado à devastação dos ecossistemas brasileiros, tem causado perdas irreparáveis na diversidade. Diante desse fato, ter uma base com material genético guardado para futuros estudos é muito importante. A principal razão para o estabelecimento e a manutenção de um banco de germoplasma é armazenar e disponibilizar germoplasma e prover informações a respeito de determinado acesso. O objetivo do trabalho foi realizar a caracterização molecular dos acessos de bromélias nativas prospectadas no Estado de Sergipe, empregando ferramentas como marcadores moleculares RAPD, ISSR e citometria de fluxo. As coletas foram realizadas em quatro municípios do Estado de Sergipe (Itabaiana, Frei Paulo, Simão Dias e Poço Redondo), cujos locais foram mapeados com o auxílio de GPS e os indivíduos foram conservados em casa de vegetação, compondo um Banco Ativo de Germoplasma (BAG). Para as análises moleculares folhas jovens foram coletadas e utilizadas para a extração do DNA. Onze iniciadores ISSR e 13 iniciadores RAPD foram utilizados para a caracterização dos acessos prospectados. As análises por citometria de fluxo foram realizadas para a determinação do conteúdo de DNA, usando folhas jovens e as extrações dos núcleos foram realizadas seguindo o método de Dolezel. Os marcadores ISSR e RAPD detectaram ampla variabilidade genética entre os acessos do BAG. A estimativa do conteúdo de DNA obtido pela citometria de fluxo dos acessos de bromélias coletados nos quatro municípios de Sergipe possibilitou a distinção de dois grupos (grupo 1 = 1,59 pg e grupo 2 = 1,057 pg).

Orientadores: Luciana Lasry Benchimol, Anete Pereira de Souza / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T09:26:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oblessuc_PaulaRodrigues_M.pdf: 2069238 bytes, checksum: 9bb655ec20a8c552a66d533e2467aa51 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: O feijão comum (Phaseolus vulgaris L.) é o legume mais consumido em todo o mundo. O melhoramento do feijoeiro busca ferramentas robustas de transferência de genes de resistência à doenças para cultivares de interesse. A doença da mancha angular, causada pelo fungo Pseudocercospora griseola (Sacc.) Crous & U. Braun, é responsável por grandes prejuízos aos produtores de feijão. Novo mapa genético para feijão utilizando marcadores microssatélites foi desenvolvido a partir de uma população segregante de 380 linhagens endogâmicas. A população foi gerada pelo cruzamento entre a variedade 'IAC-UNA' (Mesoamericana/suscetível) e a linhagem 'CAL 143' (Andina/resistente). O mapa UC foi gerado com 198 microssatélites ligados, distribuídos nos onze grupos de ligação, usando LOD mínimo de 3,0 e fração de recombinação máxima de 0,40. O comprimento total de mapa encontrado foi de 1.864,2 cM. Os dados fenotípicos das linhagens da população UC quanto à resistência à mancha angular foram obtidos em condições naturais de infecção por P. griseola, em campo, e em condições controladas de casa de vegetação (raça 60.54). Onze QTLs (Quantitative Trait Loci) associados à resistência a mancha angular foram mapeados por mapeamento por intervalo composto. Sete QTLs foram identificados a partir dos dados fenotípicos de campo e outros quatro QTLs, obtidos dos dados de casa de vegetação. Os efeitos dos QTLs foram quantificados. O total da variação fenotípica explicada foi de 34% no experimento de campo, no qual foi identificado o QTL de maior efeito sobre o fenótipo (9,1%). No experimento de casa de vegetação, foi possível explicar 18% do total da variação fenotípica, sendo obtido o segundo QTL de maior efeito, sendo de 7,2%. Os resultados obtidos neste trabalho indicam um padrão de herança poligênico de resistência à mancha angular, sendo necessária a realização de experimentos fenotípicos com repetições para reduzir os efeitos ambientais e com isso, isolar melhor os efeitos genéticos. / Abstract: Common bean (Phaseolus vulgaris L.) is the most consuming legume worldwide. Common bean breeding is seeking alternatives to transfer resistance genes to cultivars of interest. The angular leaf spot disease caused by the fungus Pseudocercospora griseola (Sacc.) Crous & U. Braun is responsible for great losses for common bean producers. A new genetic map for common bean using microsatellites was obtained from a segregating population of 380 endogamic lines. This population was generated from the 'IAC-UNA' (Mesoamerican/ susceptible) x 'CAL 143' (Andean/resistant) cross. The UC map was generated with 198 microsatellites assigned to eleven linkage groups, using a minimum LOD of 3.0 and a maximum recombinant ratio of 0.40. Total map length found was 1864.2 cM. The angular leaf spot resistance phenotypic data from UC lines was obtained under natural infection condition with P. griseola, on the field, and with controlling greenhouse conditions (race 60.54). Eleven QTLs (Quantitative Trait Loci) were mapped for angular leaf spot resistance using compositive interval mapping. Seven QTLs were identified from field condition and other four QTLs, obtained from greenhouse data. The QTL effects were quantified. Total phenotypic variance explained was 34% on field experiment, in which the major QTL involved on phenotype was identified (9.1%). On the greenhouse experiment it was possible to explain 18% of total phenotypic variance, with the second major QTL, being of 7.2%. The results obtained in this work indicate a polygenic inheritance for angular leaf spot resistance, and it is necessary to carry out new phenotypic experiments with repetitions in order to reduce the environmental effects and, thus, better isolate the genetic effects. / Mestrado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vaniapiatto_tese.pdf: 1479841 bytes, checksum: 96e04c84851d635167398b1a4196d2fe (MD5) Previous issue date: 2003-11-28 / Mutações no gene que codifica a proteína conexina 26 têm contribuído para a maioria das deficiências auditivas pré-lingual, sensorioneural não-sindrômicas recessivas. Uma mutação específica, a 35delG, é a mais freqüente das mutações detectadas no gene GJB2 nos vários grupos étnicos estudados. O objetivo foi determinar a prevalência de mutações no gene GJB2 em pacientes com deficiência auditiva sensorioneural não sindrômica, do Serviço de Otorrinolaringologia da FAMERP, em São José do Rio Preto, SP. Trinta e três casos-índice foram avaliados por exames fisico e complementares para excluir formas sindrômicas e causas ambientais da deficiência auditiva e, pela reação em cadeia da polimerase alelo-específico (AS-PCR) para a detecção da mutação 35delG. Os pacientes heterozigotos para a mutação 35delG e aqueles que não tiveram a mutação detectada foram submetidos, posteriormente, ao PCR para detecção da mutação A(GJB6-D 1381830) e ao sequenciamento automático direto para análise da região codificante do gene GJB2. A mutação 35delG foi detectada em 27,3% dos casos-índice (9/3 3) ou em 2 1,2% dos alelos (14/66). A mutação A(GJB6-DI3SI 830) foi encontrada em um (3,0%) caso-índice heterozigoto 35delG. O seqüenciamento direto nos casos-índice heterozigotos identificou um paciente (3,0%) com as mutações 35delG/V3 71. As mutações no gene GJB2 são responsáveis por mais de um quarto das deficiências auditivas sensorioneural não-sindrômica na população do estudo e, o teste PCR alelo-específico (AS-PCR) é um método fácil para rastreamento da mutação 35delG e os resultados positivos podem estabelecer o diagnóstico etiológico e aconselhamento genético nos pacientes afetados.