Made available in DSpace on 2015-03-26T13:47:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1604601 bytes, checksum: 38fc7a3e41183836ef961684bc79c882 (MD5) Previous issue date: 2011-06-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Escherichia coli is a microorganism of environmental origin highly adaptive and its ability to form biofilms under certain conditions may be critical for their resistance to antimicrobial treatments, which makes E. coli an important causative agent of mastitis. We studied 27 isolates of E. coli producing biofilms obtained from clinical mastitis belong to the collection of the Federal University of Viçosa. The isolates were tested for sensitivity to antibiotics used to treat mastitis, both for planktonic cells, by assessing the minimal inhibitory concentration - MIC as for the sessile, assessing the minimal biofilm eradication concentration - MBEC. In addition, all isolates were grown in minimal media containing different pH values and glucose concentrations and to assess the influence of these factors in producing biofilms. Similarly underwent the isolates at concentrations of antimicrobial sub-inhibitory to verify the possible induction of these doses on the formation of biofilms. Four isolates were chosen, large and weak biofilm producers, to be analyzed by scanning electron microscopy - SEM. The results revealed a high rate of sensitivity, confirmed by the evaluation of MIC, in which only four (14.8%) isolates had high MIC values ranging from 4 to 10 &#956;g / mL and were classified as resistant. However, for the remaining isolates (85.2%) were lower, ranging from 0.125 to 2 &#956;g/mL classified as sensitive. The evaluation of MBEC indicated that the concentration of antibiotic required to eliminate the sessile cells ranged from the 100 &#956;g/mL 500 &#956;g/mL. Gentamicin and enrofloxacin were possible inducers of biofilm formation, respectively, at 0.0312 and 0.0125 &#956;g / mL. MBEC values were significantly higher in isolated large and moderate-producing biofilms in relation to isolated weak biofilm producers (p < 0.001). There was no correlation between the values of MCEC and MIC (p > 0.05). The biofilm production was higher (p < 0.001) in minimal media with limited glucose (0.5%) and pH values further away from neutrality (pH 5.5 and pH 8, 5) in relation to the minimum means-rich glucose (2,5% and 3.5%) and pH close to neutrality (pH 6.5 and 7,5). The presence of biofilms was confirmed in isolates submitted to the SEM, through visualization of adhered cells and the presence of exopolysaccharides, characterizing the typical architecture of biofilms. The knowledge of the characteristics of biofilm production in isolates of E. coli causing mastitis is an important tool for establishing more efficient treatment strategies. / Escherichia coli é um micro-organismo de origem ambiental altamente adaptativo e sua habilidade em formar biofilmes em determinadas condições pode ser fundamental para sua resistência a tratamentos da mastite com antimicrobianos. Estudou-se 27 isolados de E. coli produtores de biofilmes obtidos de leite mastítico. Os isolados foram submetidos a testes de sensibilidade a antimicrobianos usados no tratamento da mastite, tanto para as células planctônicas, por meio da avaliação da concentração mínima inibitória CMI quanto para as sésseis, pela avaliação da concentração mínima de erradicação de biofilmes - CMEB. Todos os isolados foram cultivados em meios mínimos contendo diferentes valores de pH e concentrações de glicose visando investigar a influência desses fatores na produção de biofilmes. De mesmo modo submeteu-se os isolados às CMI para verificar a possível indução dessas concentrações na produção dos biofilmes. Foram escolhidos quatro isolados, grandes e fracos produtores de biofilmes, para serem analisados por microscopia eletrônica de varredura MEV. Os resultados obtidos revelaram uma alta taxa de sensibilidade, confirmada pela avaliação da CMI, na qual apenas quatro (14,8%) isolados obtiveram valores da CMI elevados, variando de 4 a 10 &#956;g/mL, sendo classificados como resistentes. Entretanto, para os demais isolados (85,2%) os valores foram menores, variando de 0,125 a 2 &#956;g/mL, classificados como sensíveis. A avaliação de CMEB indicou que a concentração dos antimicrobianos necessária para eliminar as células sésseis variou de 100 &#956;g/mL a 500 &#956;g/mL. Gentamicina e enrofloxacina foram indutores da produção de biofilmes, respectivamente nas concentrações de 0,0312 e 0,0125 &#956;g/mL. Os valores de CMEB foram significativamente maiores nos isolados grandes e moderados produtores de biofilmes em relação aos isolados fraco produtores biofilmes (p < 0,001). Não houve correlação entre os valores de CMEB e CMI (p > 0,05). A produção de biofilmes foi maior (p < 0,001) nos meios mínimos com pouca disponibilidade de glicose (0,5%) e valores de pH mais distantes da neutralidade (pH 5,5 e 8,5) em relação aos meios mínimos ricos em glicose (2,5% e 3,5%) e com valores de pH próximos da neutralidade (pH 6,5 e 7,5). A presença dos biofilmes foi confirmada nos isolados submetidos à MEV por meio da visualização de células aderidas e da presença de matriz extracelular, caracterizando a arquitetura dos biofilmes. O conhecimento das condições da produção de biofilmes em isolados de E. coli causadores de mastite é uma importante ferramenta para se estabelecer estratégias de controle e tratamentos mais eficientes.

Made available in DSpace on 2016-07-01T13:10:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-26. Added 1 bitstream(s) on 2016-07-01T13:14:18Z : No. of bitstreams: 1 000866926.pdf: 743081 bytes, checksum: 2828d0722b47842ed4053d5ce7906847 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O presente estudo investigou a eficácia do ceftiofur intramamário no tratamento estendido com dez aplicações, a cada 12 horas, na mastite subclínica por estafilococos em primíparas bovinas. Foram utilizados 60 animais da raça holandesa, divididos em quadro grupos: G1 = Grupo negativo ou sem infecção estafilocócica, CMT negativo e CCS < 200.000 células/mL; G2 = Grupo com infecção estafilocócica não tratado, CMT positivo (2+ ou 3+) e CSS > 200.000 células/mL; G3 = Grupo com infecção tratado no início da lactação (entre 15 e 100 dias de lactação), CMT positivo (2+ ou 3+) e CCS > 200.000 células/mL e G4 = Grupo tratado final da lactação (entre 101 e 200 dias de lactação), CMT positivo (2+ ou 3+) e CCS > 200.000 células/mL. As amostras de leite foram coletadas em cinco momentos: M0 ou dia zero (diagnóstico da mastite subclínica), M1 = 7 dias após o diagnóstico da mastite subclínica e início da terapia estendida, M2 = 2 dias após o término do tratamento estendido (dia 14 após o diagnóstico da mastite subclínica), M3 = 7 dias após M2 (dia 21 após o diagnóstico da mastite ou 9 dias após o final do tratamento), M4 = 7 dias após M3 (dia 28 após o diagnóstico da mastite ou 16 dias após o final do tratamento). Nos grupos tratados com ceftiofur intramamário, foi evidenciada a cura microbiológica com redução na CCS em 73,34% no G3 e 46,66% no G4. Assim, nos grupos tratados (G3 + G4) e não tratado (G2), as taxas de cura foram, respectivamente, 60,00% e 26,66% (p<0,05). Foram isoladas 45 linhagens de Staphylococcus spp., das quais foram identificados principalmente S. aureus (51,12%), S. intermedius (40,0%) e S. epidermidis (8,88%). O perfil de sensibilidade microbiana in vitro dos isolados apresentou maiores índices de sensibilidade para oxacilina (80,00%), ceftiofur (77,78%) e cefalexina (77,78%), seguidos do ciprofloxacino (66,66%) e gentamicina (60,00%). Em contraste... / This study investigated the efficacy of extended ceftiofur intramammary therapy using 10 applications by five days in primiparous heifers infected by staphylococcal subclinical mastitis. Sixty Holstein cows were divided in four groups: G1 = negative group or without staphylococcal infection, CMT-negative and SCC<200.000 cells/mL; G2 = untreated group with staphylococcal infection, CMT-positive and SCC>200.000 cells/mL; G3 = treated early lactation group (15-100 days of lactation) with staphylococcal infection, CMT-positive and SCC>200.000 cells/mL, G4 = treated late of lactation group (101-200 days of lactation) with staphylococcal infection, CMT-positive and SCC>200.000 cells/mL. The milk samples were collected at five moments: M0 or day zero (diagnosis of subclinical mastitis), M1 = 7 days after diagnosis of subclinical mastitis and early extended therapy, M2 = 2 days after the end of the extended treatment (day 14 after the diagnosis of subclinical mastitis), M3 = 21 days after diagnosis of mastitis (9 days after the end of treatment), M4 = 28 days after diagnosis of mastitis (16 days after the end of treatment). In the groups treated with intramammary ceftiofur, microbiological cure was observed with reduction in SCC in 73.34% and 46.66% of animals for G3 and G4, respectively. Thus, in the treated (G3 + G4) and untreated (G2) groups, microbiological cure rates were 60.00% and 26.66% (p<0.05), respectively. Forty-five Staphylococcus spp. strains were isolated. From these, S. aureus (51.12%), S. intermedius (40.0%), and S. epidermidis (8.88%) were the most common species. In vitro antimicrobial susceptibility profile of isolates showed that the most effective drugs were oxacillin (80.0%), ceftiofur (77.78%), and cephalexin (77.78%), followed by ceftriaxone (69.0%), ciprofloxacin (66.66%) and gentamicin (60,0%). In contrast, high-resistance rates of isolates were founded to cloxacillin (24.44%), penicillin...

Made available in DSpace on 2016-08-12T18:48:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-05. Added 1 bitstream(s) on 2016-08-12T18:50:51Z : No. of bitstreams: 1 000865506.pdf: 1455699 bytes, checksum: 95843a06b568521fddadf478cd152d92 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Foram estudados 300 estafilococos isolados de casos de mastite bovina de diferentes propriedades do estado de São Paulo: 150 Staphylococcus coagulase positiva (SCP) e 150 Staphylococcus coagulase negativa (SCN). A presença de genes para produção de enterotoxinas foi detectada pela Reação da Polimerase em Cadeia (PCR) e a expressão gênica pela PCR transcriptase reversa (RT-PCR). Os isolados foram submetidos ao perfil de sensibilidade correlacionada com a detecção dos genes mecA e vanA, pela técnica de PCR. Os 150 SCN isolados foram identificados como sendo: 48 (32%) S. warneri, 22(15%) S. epidermidis, 20(13%) S. hyicus, 10(7%) S. xylosus, 7(5%) S. haemolyticus, 6(4%) S. simulans, 6(4%) S. schleiferi subsp schleiferi, 6(4%) S. hominis, 5(3%) S. pasteuri, 4(2,7%) S. cohnii, 3(2%) S. saprophyticus subsp. saprophyticus 3(2%) S. chromogenes 3(2%) S. sciuri, 2(1%) S. saccharolyticus, 2(1%) S. lugdunensi, 1(0,7%) S. auriculares, 1(0,7%) S. saprophyticus subsp. bovis e 1(0,7%) S. capitis. Entre os SCP foram isolados: 105 (70%) S. aureus, 21(14%), S. hyicus, 19(13%), S. intermedius e 5(3%) S. schleiferi subsp coagulans. A concordância entre a identificação fenotípica e genotípica do total de linhagens de SCN e SCP foi de 96,7% e 98,7%, respectivamente. Foram detectados genes codificadores para enterotoxinas clássicas (sea, seb, sec, sed) e outras enterotoxinas (see, seg, seh, sei, sej, sek, sel, sem, sen, seo, sep, seq) em 175 (58%) dos 300 Staphylococcus spp. pesquisados. Estes genes foram detectados em 109 (73%) dos SCN isolados, resultado significantemente maior que entre SCP 66 (44%), P<0,0001. Entre os 109 SCN foram detectados genes codificadores de enterotoxinas nas seguintes espécies: 37(33,9%) S. warneri, 17(15,6%) S. epidermidis, 16(14,7%) S. hyicus, 5(4,6%) S. xylosus, 5(4,6%) S. haemolyticus, 4(3,7%) S. simulans, 4(3,7%) S. schleiferi subsp schleiferi, 4(3,7%) S. homini, 4(3,7%) S. pasteuri, 3(2,7%) S. saprophyticus... / A total of 300 isolates of bovine mastitis cases from several Brazilian dairy herds were studied, respectively: 150 CPS and 150 CNS strains. The isolates were analyzed to enterotoxins codifying genes by Polymerase Chain Reaction (PCR). Gene expression was evaluated by reverse transcription PCR (RT-PCR). The isolates were subjected to sensitivity profile correlated with the detection of mecA and vanA gene by PCR. Among the CNS the following species were identified: 48 (32%) S. warneri, 22(15%) S. epidermidis, 20(13%) S. hyicus, 10(7%) S. xylosus, 7(5%) S. haemolyticus, 6(4%) S. simulans, 6(4%) S. schleiferi subsp schleiferi, 6(4%) S. hominis, 5(3%) S. pasteuri, 4(2.7%) S. cohnii, 3(2%) S. saprophyticus subsp. saprophyticus 3(2%) S. chromogenes 3(2%) S. sciuri, 2(1%) S. saccharolyticus, 2(1%) S. lugdunensi, 1(0,7%) S. auriculares, 1(70%) S. saprophyticus subsp. bovis and 1(0.7%) S. capitis. Among the 150 CPS: 105 (70%) S. aureus, 21(14%), S. hyicus, 19(13%), S. intermedius and 5(3%) S. schleiferi subsp coagulans. The identification by phenotypic and genotypic tests showed a concordance of 96.7% in the CNS isolates, and 98.7% in the CPS. The codifying genes to enterotoxins production were detected to classical and enterotoxin-like in 175 (58%) out of 300 staphylococci isolates. These genes were detected significantly higher among the CNS (73%) in relation to CPS (44%), P<0.0001. In 109 CNS codifying genes to enterotoxins were detected in the following species: 37(33.9%) S. warneri, 17(15.6%) S. epidermidis, 16(14.7%) S. hyicus, 5(4.6%) S. xylosus, 5(4.6%) S. haemolyticus, 4(3.7%) S. simulans, 4(3.7%) S. schleiferi subsp schleiferi, 4(3.7%) S. homini, 4(3.7%) S. pasteuri, 3(2.7%) S. saprophyticus subsp. saprophyticus, 3(2.7%) S. cohnii, 3(2.7%) S. chromogenes, 2(1.8%) S. sciuri, 1(0.9%) S. lugdunensis and 1(0.9%) S. capitis. Among the 66 CPS, the enterotoxin genes were observed in the following species: 48(73 %) S. aureus, 10(15%) S. hyicus, ... / FAPESP: 11/21142-2

Submitted by ANA PAULA SBARDELLA null (paulasbardella@gmail.com) on 2016-08-30T12:48:56Z No. of bitstreams: 1 ANAPAULASBARDELLA_GENÉTICA_E_MELHORAMENTO_ANIMAL_MESTRADO_VERSÃO_FINAL.pdf: 2368521 bytes, checksum: c62c877ae578820d87db27a37651a178 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-08-31T12:58:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 sbardella_ap_me_jabo.pdf: 2368521 bytes, checksum: c62c877ae578820d87db27a37651a178 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-31T12:58:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 sbardella_ap_me_jabo.pdf: 2368521 bytes, checksum: c62c877ae578820d87db27a37651a178 (MD5) Previous issue date: 2016-07-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A mastite é responsável por grandes perdas econômicas na bovinocultura leiteira e necessita de maior compreensão de suas bases genéticas para que métodos de melhoramento genético possam ser desenvolvidos. Neste sentido, estudos de expressão gênica têm sido empregados. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1. Detectar, por meio de três métodos computacionais distintos, a expressão gênica diferencial de dados obtidos por sequenciamento de RNA extraído de glândula mamária mantida em um sistema extracorpóreo de bovinos de leite mestiços Holandês-Zebu e infectada experimentalmente com Streptococcus agalactiae; 2. Estudar o perfil de expressão do total de genes identificados e aqueles comuns aos três métodos relacionados ao desenvolvimento da mastite, a fim de contribuir para melhor entendimento de processos biológicos, de componente celular e função molecular e vias biológicas envolvidas com a expressão desta característica. Quatro vacas foram abatidas e os úberes foram colhidos, perfundidos e inoculados com S. agalactiae. Para cada úbere, dois quartos foram inoculados (anterior esquerdo - AE; e posterior esquerdo - PE) e dois quartos foram utilizados como controle (anterior direito - AD; e posterior direito - PD). Biópsias foram feitas do tecido alveolar nos tempos 0 e 3 horas após a perfusão do tecido. O RNA das amostras foi extraído e sequenciado com a plataforma HiSeq2000 (Illumina). A partir das leituras obtidas os transcritos foram montados utilizando como referência a anotação do genoma bovino UMD 3.1 e então foram avaliadas quanto à sua expressão diferencial e funcionalidade. Métodos que assumem distribuição binomial negativa executados pelos métodos computacionais edgeR e baySeq e o método que assume distribuição beta binomial negativa executado pelo Cuffdiff, foram utilizados para análise de expressão gênica diferencial. Foram identificados 5.158 genes provenientes da união dos resultados obtidos com os três métodos computacionais. Esses genes foram investigados pela plataforma DAVID revelando o enriquecimento de termos de ontologia gênica, dentre os quais destacaram-se os processos de resposta a estímulos, sistema imune e processos apoptóticos. O perfil de genes diferencialmente expressos em amostras afetadas foi associado com a diferenciação, proliferação, migração e apoptose celular, desempenhando importante papel no local da inflamação por células do sistema imune, além de ativar vias de sinalização relacionadas ao sistema imune que são importantes nas primeiras três horas de infecção. Foram identificados apenas 122 genes com expressão diferencial em comum pelos três métodos utilizados. A restrição causada pelo uso da intersecção dos resultados obtidos com os três métodos não se mostrou adequada para realizar o enriquecimento funcional pois muitos genes de interesse foram desconsiderados e perdeu-se suporte estatístico nas análises de enriquecimento funcional. Assim, sugerimos que para esse tipo de estudo é mais adequado a utilização dos resultados de um dos métodos ou a união dos resultados dos três métodos. Este estudo permitiu maior entendimento das bases genéticas do desenvolvimento da mastite em úbere extracorpóreo de bovinos leiteiros mestiços holandês-Zebu, infectado experimentalmente por S. agalactiae, durante as primeiras horas de infecção. / Mastitis is responsible for huge economic losses in dairy cattle production which requires a better understanding of its genetic bases in order that genetic breeding methods could be developed. Therefore, some gene expression studies have been developed. The aims of this study were: 1. To detect, through three different computational methods, the differential gene expression data obtained by RNA sequencing from mammary glands of Holstein-Zebu crossbred dairy cattle, kept in an extracorporeal system and experimentally infected with Streptococcus agaclatiae; 2. To study the total gene expression profile and those genes common to the three methods, related with mastitis, in order to contribute to a better understanding of biological processes, cellular components, molecular functions and metabolic pathways related with the expression of this trait. Four cows were slaughtered and its udders were perfused and inoculated with S. agalactiae. For each udder, 2/4 were inoculated (front left - AE, and rear left - PE) and 2/4 were used as control (front right - AD, and rear right - PD). Biopsies were obtained from the alveolar tissue at 0 and 3 hours after the tissue perfusion. The RNA sample was extracted and sequenced with HiSeq 2000 platform (Illumina). From the reads obtained transcripts were assembled using as the reference the bovine genome annotation UMD 3.1, and then were evaluated for differential expression and functionality. Methods that assumes negative binomial distribution performed by edgeR and baySeq and the method that assumes beta negative binomial distribution performed by Cuffdiff were used for differential gene expression analysis. From the union of the results obtained with all computational methods, a total of 5,158 genes were identified. These genes were investigated by DAVID platform showing the enrichment of gene ontology terms, which were highlighted the response processes stimuli, immune response and apoptotic processes. The profile of differentially expressed genes identified in the affected samples was associated with differentiation, proliferation, migration and apoptosis, playing a major role in the inflammation site by immune system cells and in the activation of signaling pathways related to the immune system, which are important in the early three hours of infection. Only 122 differentially expressed genes were identified in common by the three methods. The restriction caused by the use of the intersection of the results obtained with the three methods was not interesting to perform functional enrichment analysis because there is loss of many interesting genes and the functional enrichment analysis has no statistical support. Thus, for this kind of study, we suggest that could be most appropriate the use of the results obtained with one method or the union of the results obtained with more than one method. This study allowed a better understanding of the genetic basis of mastitis developing in extracorporeal udder of Holstein-Zebu crossbred dairy cattle, during the early hours of experimentally infection by S. agalactiae.

Resumo:O objetivo do estudo foi avaliar a transferência de imunidade passiva (TIP) de vacas que pariram com mastite assintomática e clínica para os seus bezerros. Foram avaliados quatro grupos, a saber: Grupo I (GI) composto de 10 vacas primíparas sadias com contagem de células somáticas (CCS) ≤300 mil cél/mL, Grupo II (GII) composto de 10 vacas pluríparas sadias com CCS 301-600 mil cél/mL; Grupo III (GIII) composto de 10 vacas pluríparas com histórico de mastite que pariram com mastite assintomática com CCS>600 mil cél/mL sem alterações no úbere e colostro; e Grupo IV (GIV) composto por 10 vacas pluríparas com histórico de mastite que pariram com mastite clínica com CCS>600 mil cél/mL com alterações no úbere e/ou colostro. Foram coletadas amostras de sangue e colostro imediatamente após o parto, 24 e 48 horas após o parto/nascimento. O cultivo microbiológico mostrou ser Streptococcus sp. o principal agente isolado nos animais com mastite assintomática e o Staphylococcus sp. nos animais com mastite clínica. A CCS estipulada para os animais do grupo controle não pode ser seguida, uma vez que as secreções de animais sadios apresentaram valores médios superiores a 992 mil cél/mL de colostro. O CMT foi valioso no diagnóstico a mastite no pós-parto imediato. O exame ultrassonográfico mostrou-se eficaz na determinação de parênquimas acometidos por infecção. Não foram observadas diferenças entre os valores dos constituintes proteicos do colostro e dos valores de citocinas de vacas primíparas e pluríparas. A ingestão de colostro oriundo de vacas com mastite clínica e assintomática não causa falha na transferência de imunidade passiva nos respectivos conceptos / Abstract:The aim of this study was to evaluate the transfer of passive immunity (TPI) in Holstein calves delivery from cows with subclinical and clinical mastitis. Four groups of studies were evaluated. Group I (GI) 10 healthy primiparous cows with SCC ≤ 300,000 cells/mL, Group II (GII) 10 healthy multiparous cows with SCC 301-600,000 cells/mL, Group III (GIII) 10 multiparous cows with mastitis records that calved with subclinical mastitis with SCC> 600,000 cells/mL with normality in udder and colostrum and Group IV (GIV) 10 multiparous cows with mastitis records that calved with clinical mastitis with SCC> 600 000 cells/mL with changes in the udder and/or colostrum. Blood samples and colostrum were collected immediately after birth, 24 and 48 hours after delivery/birth. The microbiological culture showed that Streptococcus sp. and Staphylococcus sp. were the most common bacteria isolated from cows with subclinical and clinical mastitis respectively. The SCC stipulated for the control group cannot be followed, since the secretions of healthy animals showed average values greater than 992,000 cells/mL of colostrum. CMT can be useful to confirm mastitis in post-partum period. The ultrasound was effective in determining parenchyma affected by infection. No differences were observed between the values of the protein constituents of colostrum and values of cytokines in multiparous and primiparous cows. Ingestion of colostrum derived from cows with clinical and subclinical mastitis is unlikely to be an important contributor to failure of passive transfer in calves / Orientador:Francisco Leydson Formiga Feitosa / Banca:Marcia Marinho / Banca:Alice Maria Ville Paiva Della Libera / Mestre

Orientador: Danisio do Prado Munari / Coorientador: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Banca: Daniel Guariz Pinheiro / Banca: Marta Fonseca Martins / Resumo: A mastite é responsável por grandes perdas econômicas na bovinocultura leiteira e necessita de maior compreensão de suas bases genéticas para que métodos de melhoramento genético possam ser desenvolvidos. Neste sentido, estudos de expressão gênica têm sido empregados. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1. Detectar, por meio de três métodos computacionais distintos, a expressão gênica diferencial de dados obtidos por sequenciamento de RNA extraído de glândula mamária mantida em um sistema extracorpóreo de bovinos de leite mestiços Holandês-Zebu e infectada experimentalmente com Streptococcus agalactiae; 2. Estudar o perfil de expressão do total de genes identificados e aqueles comuns aos três métodos relacionados ao desenvolvimento da mastite, a fim de contribuir para melhor entendimento de processos biológicos, de componente celular e função molecular e vias biológicas envolvidas com a expressão desta característica. Quatro vacas foram abatidas e os úberes foram colhidos, perfundidos e inoculados com S. agalactiae. Para cada úbere, dois quartos foram inoculados (anterior esquerdo - AE; e posterior esquerdo - PE) e dois quartos foram utilizados como controle (anterior direito - AD; e posterior direito - PD). Biópsias foram feitas do tecido alveolar nos tempos 0 e 3 horas após a perfusão do tecido. O RNA das amostras foi extraído e sequenciado com a plataforma HiSeq2000 (Illumina). A partir das leituras obtidas os transcritos foram montados utilizando como referência ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Mastitis is responsible for huge economic losses in dairy cattle production which requires a better understanding of its genetic bases in order that genetic breeding methods could be developed. Therefore, some gene expression studies have been developed. The aims of this study were: 1. To detect, through three different computational methods, the differential gene expression data obtained by RNA sequencing from mammary glands of Holstein-Zebu crossbred dairy cattle, kept in an extracorporeal system and experimentally infected with Streptococcus agaclatiae; 2. To study the total gene expression profile and those genes common to the three methods, related with mastitis, in order to contribute to a better understanding of biological processes, cellular components, molecular functions and metabolic pathways related with the expression of this trait. Four cows were slaughtered and its udders were perfused and inoculated with S. agalactiae. For each udder, 2/4 were inoculated (front left - AE, and rear left - PE) and 2/4 were used as control (front right - AD, and rear right - PD). Biopsies were obtained from the alveolar tissue at 0 and 3 hours after the tissue perfusion. The RNA sample was extracted and sequenced with HiSeq 2000 platform (Illumina). From the reads obtained transcripts were assembled using as the reference the bovine genome annotation UMD 3.1, and then were evaluated for differential expression and functionality. Methods that assumes negative binomial distribution... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Hélio Langoni / Coorientador: José Paes de Almeida Nogueira Pinto / Banca: Paulo Francisco Domingues / Banca: Vera Lúcia Mores Rall / Banca: Márcia Garcia Ribeiro / Banca: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Resumo: A atividade leiteira na agricultura familiar é fundamental para sobrevivência e manutenção do homem no campo. A mastite bovina impacta negativamente a produção leiteira e oferece riscos à saúde pública. O presente estudo avaliou a qualidade do leite proveniente da agricultura familiar na região de Botucatu-SP, as dificuldades enfrentadas pelos produtores, a etiologia das mastites, e o perfil de sensibilidade dos patógenos aos antimicrobianos. Avaliou-se também a presença de genes produtores de enterotoxinas em linhagens de Staphylococcus isoladas. Objetivou também a recomendação de ações para melhoria na produção, visando a qualidade do leite. Aplicou-se um questionário socioeconômico aos produtores e foram coletadas amostras individuais do leite do conjunto de latões de cada propriedade e de vacas diagnosticadas com mastite pelo California Mastitis Test (CMT). Avaliou-se os teores de gordura, proteína, lactose, extrato seco, extrato seco desengordurado, a contagem bacteriana total (CBT), e a contagem de células somáticas (CCS). Foram analisadas 21 propriedades onde constatou-se que a idade média dos produtores era de 59 anos. Apenas cinco deles (23,8%) tinham ensino médio completo ou superior, sendo que nenhum (0%) contava com assessoria veterinária. Quanto às instalações da sala de ordenha, apenas quatro (19,0%) possuíam estábulos com piso concretado e quatro (19,0%) utilizavam sistema de ordenha mecânica. Quanto ao manejo, apenas um (4,8%) realizava pré-dipping corretamente, nenhum (0%) realizava pós-dipping, dois (9,5%) utilizavam papel toalha descartável na ordenha e somente dois produtores (9,5%) utilizavam o CMT com periodicidade. Em contrapartida, 15 produtores (71,4%) revelaram terem utilizado antimastíticos para tratamento das vacas. Com relação aos animais, foram avaliadas 239 vacas (média = 11,4 animais/propriedade). A mastite clínica foi verificada em apenas duas vacas (<1%), enquanto que... / Abstract: Dairy farming on family farms is critical for survival and maintenance of the rural worker. Bovine mastitis negatively impacts milk production and presents risks to public health. This study evaluated the quality of the milk from the family farm in the region of Botucatu-SP, the difficulties faced by producers, the mastitis etiology, and sensitivity profile of pathogens against antimicrobials. Also evaluated the presence of enterotoxin producing genes in isolated staphylococcal strains. Also aimed the recommendation of actions to improve the production, seeking the quality of the milk. A Socioeconomic questionnaire was applied to producers and individual milk samples were collected from the set of brasses of each property and from cows diagnosed with mastitis by California Mastitis Test (CMT). It was evaluated the levels of fat, protein, lactose, dried extract and nonfat dry extract, the total bacterial count (TBC) and the somatic cell count (SCC). Twenty one (21) properties were analyzed where it was found that the average of the farmers was 59 years. Only five of them (23.8%) had completed high school or higher, and none (0%) counted on veterinary advice. As for their facilities of milking parlor, only four (19.0%) had stables with concreted floor and four (19.0%) used mechanical milking system. As to the handling, only one (4.8%) performed pre-dipping correctly, none (0%) performed post-dipping, two (9.5%) used disposable paper for milking and only two producers (9.5%) used the CMT with periodicity. On the other hand, 15 producers (71.4%) stated that they used anti mastitis for treating the cows. Regarding the animals, 239 cows (average = 11.4 animals / property) were evaluated. The clinical mastitis was detected in only two cows (<1%), whereas 86 animals showed milk positive to CMT (35.9% of subclinical mastitis). One hundred seventy-seven (177) milk samples were cultured, on 55 (31.1%) of them it was identified staphylococci, on ... / Mestre

Orientador: José Moacir Marin / Banca: Alessandra Aparecida Medeiros / Banca: Maria de Fátima Martins / Resumo: A um longo tempo a mastite tem sido reconhecida como a doença que provoca as maiores perdas econômicas nos rebanhos leiteiros. De fevereiro a novembro de 2004, 670 amostras de leite mastítico bovino, provenientes de dois estados brasileiros foram coletadas, das quais foram isoladas 231 cepas de Escherichia coli. Estas cepas foram analisadas para a detecção dos genes de produção de Shiga toxina (stx 1 e stx 2) e do gene da intimina (eae). Vinte cepas (8,6%) foram detectadas através de PCR contendo os genes da Shiga toxina (8 stx 1, 12 stx 2 e nenhuma delas ambos os genes). Duas cepas (0,8%) de E. coli eram eae positivo não produtoras de Shiga toxina. As cepas de E. coli foram também examinadas para detectar a resistência a 12 agentes antimicrobianos. As resistências mais comuns foram para tetraciclina (92,2%), estreptomicina (90,4%), ácido nalidíxico (88,3%), amicacina (86,5%) e cefalotina (84,8%). A resistência a múltiplas drogas foi encontrada em 152 cepas (65,8%). . Entre os sorogrupos determinados, O111, O26, O158 e O125 foram os mais comuns, todos sorogrupos EPEC clássicos. / Abstract: Mastitis has been recognized for some time as the most costly disease in dairy herds. From February to November 2004, 670 samples of bovine mastitic milk were collected from two Brazilian states, from which 231 Escherichia coli strains were isolated. These strains were screened for the presence of Shiga toxin-producing (stx 1 and stx 2) and intimin (eae) genes. Twenty (8.6%) strains were detected by PCR to harbor the Shiga toxin genes (8 the stx 1 gene, 12 the stx 2 gene and none both of them) Two (0.8%) of the E. coli strains studied were eae positive non Shiga toxin-producing. The E coli strains were also examined for resistance to 12 antimicrobial agents. The most commonly observed resistance was to tetracycline (92.2%), streptomycin (90.4%), nalidixic acid (88.3%), amikacin (86.5%) and cephalothin (84.8%). Multidrug resistance was found among 152 isolates (65.8%). Among the serogroups determined O111, O26, O158 and O125 were the most commonly, all of them classic EPEC serogroups. / Mestre

Orientador: José Moacir Marin / Banca: Everlon Cid Rigobelo / Banca: Simone Barone Salgado Marques / Resumo: A mastite representa um dos mais sérios problemas existentes nas fazendas de leite. Os objetivos deste estudo foram identificar leveduras envolvidas nos casos de mastite bovina; avaliar a sensibilidade in vitro de cepas de Candida spp. frente a quatro desinfetantes utilizados no pré e pós-dipping e avaliar a resistência destas leveduras frente à pasteurização e fervura. Cinquenta e cinco amostras (12,8%) foram positivas para o gênero Candida. As espécies mais isoladas foram C. krusei (34,6%), C. parapsilosis (25,4%), C. tropicalis (18,2%) e C. albicans (12,8%). As drogas utilizadas foram clorexidina (2,0%), iodo (0,8%), iodo glicerinado (0,8%) e hipoclorito de sódio (1,0%) em 4 intervalos específicos de tratamento (15″, 30″, 60″ e 300″). Cem por cento das cepas de Candida foram sensíveis a clorexidina nos tempos de 30″, 60″ e 300″, ao iodo glicerinado em 60″ e 300″, ao hipoclorito de sódio em 60″ e 300″ e ao iodo apenas em 300″. Em relação aos tratamentos térmicos, a pasteurização rápida foi o procedimento no qual houve maior índice de resistência (64,44%) por parte das estirpes de leveduras. A mastite provocada por fungos está se tornando um problema crescente devido ao aumento da participação deste microrganismo no desenvolvimento de mastite em bovinos. Além disso, resistência apresentada ao tratamento térmico pelas cepas de Candida representa um problema para o consumo de leite, significando um risco para a saúde pública. Uma conclusão adicional é a importância da realização periódica de avaliações de sensibilidade dos microrganismos aos desinfetantes utilizados, de forma a garantir a eficácia da desinfecção dos tetos / Abstract: Mastitis is one of the most serious problems in dairy farms. The objectives of this study were to identify yeasts involved in cases of bovine mastitis; evaluate the in vitro susceptibility of strains of Candida spp. Against four disinfectants used in the pre and post-dipping and evaluate the resistance of these strains before pasteurization and boiling. Fifty-five samples (12,8%) were positive for Candida. The most isolated species were C. krusei (34,6%), C. parapsilosis (25,4%), C. tropicalis (18,2%) and C. albicans (12,8%). As active drugs were used chlorhexidine (2,0%), iodine (0,8%), glycerin iodine (0,8%) and sodium hypochlorite (1,0%) at specific intervals of four treatment (15", 30", 60" and 300"). One hundred percent of Candida was found to be sensible to chlorhexidine at 30″, 60″, and 300″, to iodine glycerin at 60″ and 300″, to sodium hypochlorite at 60″, and 300″, to iodine only at 300″. In relation to thermal treatments, pasteurization was the quick procedure in which there was a higher resistance index (64,44%) by yeast strains. Moreover, t he resistance of Candida spp. strains after thermal treatment presents a problem for milk consumption what represents a potential risk for public health. A further conclusion was that it is important to undertake a periodic evaluation of the sensibility of microorganisms to the disinfectants commonly used, to guarantee the efficacy of the process of teat disinfecting / Mestre

Orientador: Márcio Garcia Ribeiro / Banca: Paulo Francisco Domingues / Banca: Amanda Keller Siqueira / Resumo: O sistema silvipastoril caracteriza-se por aumentar a produção de leite, com maior número de vacas por hectare, devido ao maior aporte de proteína na dieta. No sistema silvipastoril as vacas possuem a disposição para alimentação, além do pasto, pequenas árvores e arbustos. O objetivo do presente estudo foi investigar os principais indicadores de qualidade do leite e agentes causais de mastite em vacas criadas em sistema silvipastoril. Foram avaliadas a composição (teor de gordura, proteína, lactose, extrato seco, extrato seco desengordurado e nitrogênio ureico), contagem de células somáticas (CCS), contagem bacteriana total (CBT), ocorrência de mastite clínica e subclínica, isolamento microbiológico, perfil de sensibilidade bacteriana "in vitro" e detecção de resíduos de antimicrobianos/inibidores da multiplicação de micro-organismos, no leite de vacas, e do tanque de expansão e latões em propriedades do Vale do Cauca, Colômbia. Os teores médios dos principais constituintes do leite foram: 3,24% de gordura, 3,27% de proteína, 4,40% de lactose, 10,62% de extrato seco, 8,57% de extrato seco desengordurado e 15,82 mg/dL de nitrogênio ureico, enquanto do tanque de expansão e latões foi: 3,51% de gordura, 3,20% de proteína, 4,34% de lactose, 11,72% de extrato seco, 8,47% extrato seco desengordurado e 14,57 mg/dL de nitrogênio ureico. A celularidade média dos quartos mamários e do tanque de expansão e latões foram 141.252,75 CS/mL e 363.078,05 CS/mL, respectivamente. A CBT média dos quartos mamários e do tanque de expansão foram 4.466,84 UFC/mL e 24.547,01 UFC/mL respectivamente. Os principais micro-organismos isolados dos quartos mamários foram Staphylococcus spp. (17%), Corynebacterium bovis (5%), Staphylococcus aureus (4%), Streptococcus spp. (3%), Streptococcus dysgalactiae (2%) e Staphylococcus hyicus (1%), enquanto do tanque de expansão e latões foram identificados Streptococcus spp. (29%), ... / Abstract: The silvopastoral system is characterized by increasing the production of milk with a greater number of cows per hectare due to the higher amount of protein in the diet. In silvopastoral system cows are fed in addition to pasture, with small trees and shrubs. The aim of present study was determinate the main indicators of milk quality and mastitis causal agents in cows bred on silvopastoral system. We evaluated the composition (fat, protein, lactose, solids, dry extract, nonfat dry and urea nitrogen), somatic cell count (SCC), total bacterial count (TBC), occurrence of clinical and subclinical mastitis, microbiological isolation, "in vitro" bacterial sensitivity profile and detection of antimicrobial/multiplication inhibitors residues in milk produced by cows raised in silvopastoral systems, as well as the bulk tank and churns in farms of Cauca Valley, Colombia. The concentration of the major constituents of milk were 3.24% fat, 3.27% protein, 4.40% lactose, 10.62% dry extract, 8.57% nonfat dry and 15.82 mg/dL urea nitrogen, while the bulk tank and churns was: 3.51% fat, 3.20% protein, 4.34% lactose, 11.72% dry extract, 8.47% nonfat dry and 14.57 mg/dL urea nitrogen. The cell count of the cows and the bulk tank were 141,252.75 CS/mL and 363,078.05 CS/mL, respectively. The TBC mean in cows and the bulk tank were 4,466.84 CFU/mL and 24.547.01 CFU/mL respectively. The main microorganisms isolated from the udder cows were Staphylococcus spp. (17%), Corynebacterium bovis (5%), Staphylococcus aureus (4%), Streptococcus spp. (3%), Streptococcus dysgalactiae (2%) and Staphylococcus hyicus (1%), while the bulk tank and churns were identified more often Streptococcus spp. (29%), Enterobacter cloacae (14%), Hafnia alveii (14%) and Streptococcus α-haemolytic (14%). Antimicrobial residues in cow milk and bulk or churn were detected in 30% and 86% respectively. The silvopastoral system is a good alternative to cow nutrition, however is important the ... / Mestre