La mammite clinique (MC) est l'une des maladies les plus fréquentes et plus coûteuses touchant les vaches laitièrs. Un des L'aspect frustrant de la MC est sa récurrence. Il n’existe actuellement aucune étude exhaustive sur le risque de récurrence de la MC, les facteurs de risque de cas répétés de MC et ses impacts. Cependant, la récurrence de la MC chez les vaches laitières a été abordée dans de nombreuses études indépendantes. Par conséquent, un examen de portée a été effectué afin de développer des connaissances sur le risque de récurrence de la MC, ses facteurs de risque et ses impacts négatifs. Deux bases de données (PubMed et CAB Abstracts) et une plate-forme de recherche (Web of Science) ont été utilisées pour récupérer de nombreuses publications scientifiques pertinentes publiées en anglais et français après 1989. Cinquante-sept articles ont été sélectionnés pour la synthèse qualitative. Trente-trois, 19 et 37 études choisies inclurent respectivement des descriptions et des données sur les cas récurrents de MC, ses impacts négatifs et ses facteurs de risque. Ensuite, une méta-analyse et une méta-régression ont été effectuées pour calculer le rapport de risque (RR), permettant de comparer le risque de MC chez les vaches ayant subi un cas de MC dans une lactation donnée par rapport au risque de MC chez les vaches en santé. Le nombre total de lactations suivies et le nombre de lactations avec ≤ 1 et ≤ 2 cas de MC ont été rapportés dans neuf études et cette information a été utilisée dans la méta-analyse. Ces neuf études ont ensuite été séparées en deux groupes selon le temps minimum entre deux cas pour considérer qu'un cas subséquent est un nouveau cas ; ceux avec des échéances de 24 heures et de ≥ 5 jours entre deux cas de MC, considérant la prochaine occurrence de MC comme étant un nouveau cas de MC. Pour les études avec d'un délai minimum de seulement 24 heures, les vaches ayant déjà subi un cas de MC dans une lactation donnée avaient un RR de 1,5 fois plus élevé pour une MC récurrente comparativement aux vaches en santé. Cependant, pour les études demandantdes délais ≥ 5 jours entre deux cas de MC, le risque de cas répétés de MC n’était pas différent chez les vaches ayant déjà subi un cas de MC dans une lactation donnée comparativement aux vaches en santé (RR : 0,99, IC à 95 % : 0,86 et 1,1). Dans cette étude, la diminution de la production laitière et le risque accru de décès et de réforme ont été identifiés comme étant des impacts négatifs importants de la MC récurrente. Les vaches laitières âgées, les vaches laitières à haute production laitière et le manque de guérison bactériologique à la suite d’un premier cas de MC ont été identifiés comme étant les plus importants facteurs de risque de la MC récurrente. Une meilleure compréhension concernant les caractéristiques des vaches et des agents pathogènes associés à la récurrence des événements de MC pourrait éventuellement aider à contrôler ces événements récurrents, à réduire les coûts associés et à diminuer les quantités d'antibiotiques utilisées dans les fermes laitières. De plus, l'acquisition de ces connaissances pourrait également être utile pour prédire la probabilité d'un événement récurrent de MC et pourrait par conséquent être utile pour développer des outils servant à formuler les décisions de gestion des producteurs laitiers concernant la MC. / Clinical mastitis (CM) is one of the most common and most costly diseases of dairy cows in dairy herds. A frustrating aspect of CM is its recurrent nature. Currently, no study has reported in an exhaustive and comprehensive manner information about risk of recurrent CM, risk factors for CM recurrence and its impacts. However, the information about CM recurrence in dairy cows were investigated in many, but disconnected studies. Therefore, a scoping review was conducted to synthesize knowledge on risk of recurrent CM, its risk factors, and negative impacts. Two databases (PubMed and CAB Abstracts), and one search platform (Web of Science) were searched to identify relevant English or French scientific literature published after 1989. Fifty-seven articles were selected for qualitative synthesis. Description of recurrent CM, its negative impacts, and risk factors were reported in 33, 19, and 37 selected studies, respectively. Then, meta-analysis and meta-regression analysis were applied to compute risk ratio (RR) comparing risk of CM in cows that experienced one CM case in the current lactation to risk of CM of healthy cows. The total number of lactations followed and the number of lactations with ≤ 1 and ≤ 2 CM cases were reported in nine studies and the information was used in meta-analysis. These nine studies were then separated into two groups based on recurrent CM definition; those requiring only 24 h and those requiring ≥ 5 d between two CM cases to consider a CM case as a new CM event. For studies requiring only 24 h, cows that already had one CM case in the current lactation had a 1.5 times higher RR for recurrent CM than healthy cows. However, for studies using ≥ 5 d between two CM cases, risk of repeated cases of CM was not different in cows that suffered one CM case in a given lactation as compared with healthy cows (RR: 0.99; 95% CI: 0.86, 1.1). In this study, milk yield reduction and increased risk of mortality and culling were identified as important negative impacts of recurrent CM. Moreover, the most important CM recurrence risk factors were older dairy cow, high-producing dairy cow, and not having cure of treatment following initial CM case. A better understanding of the cow’s, pathogens’ and herd’s characteristics associated with recurrent CM events may possibly help controlling these recurrent events, decrease the associated costs as well as reduce amounts of antibiotics used on dairy farms. Moreover, these knowledges may be also useful in predicting the probability of a repeated CM event and could, therefore, be used to develop tools to inform dairy producer’s CM-related management decisions.

Submitted by biblioteca unifenas (biblioteca@unifenas.br) on 2016-09-28T13:54:49Z No. of bitstreams: 1 Poliana Silvia Garcia Rosa Dissertacao.pdf: 823674 bytes, checksum: 729179eaf82075941fd1280b8b99f1e2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-28T13:54:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Poliana Silvia Garcia Rosa Dissertacao.pdf: 823674 bytes, checksum: 729179eaf82075941fd1280b8b99f1e2 (MD5) Previous issue date: 2015-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The objective of this research was to evaluate the physicochemical characteristics of the Dutch and crossbred cows milk originating from dairy tournaments, in the southern region of Minas Gerais, in the period from March to October 2012, using the nonparametric data for protein, fat, lactose, total solids, nonfat dry extract and somatic cell count variables. Normative Instruction 62 establishes maximum levels of somatic cell count of 500,000 cells / ml of milk, minimum fat content of 3.0%, total solids 11.4%, 2.9% protein, dry extract 8.4%. The somatic cell count reflects the health of the mammary gland of the animal. Of the 108 samples of milk collected from cows participants on the last day of the milk match, after complete milking and weighing of milk, 24% of the animals showed somatic cell counts that do not fit the parameters established by the Normative Instruction 62. The other parameters evaluated as lactose, fat, total solids and nonfat dry extract showed significant differences by comparing the milk with high somatic cell count, milk with low somatic cell count. The level of milk protein with high somatic cell count remained in the Normative Instruction 62 standard, because of the increase of plasma proteins in milk as a result of the inflammatory response. Most milk samples from dairy tournaments did not fit in Instruction 62, as the increase in somatic cells interfered in the chemical physical quality. / Objetivou-se nesta pesquisa avaliar as características físico-químicas do leite de vacas holandesas e mestiças oriundas de torneios leiteiros na região do Sul de Minas Gerais, no período de março a outubro de 2012, sendo utilizados os dados não paramétricos para as variáveis de proteína, gordura, lactose, sólidos totais, extrato seco desengordurado e contagem de células somáticas. A Instrução Normativa 62 estabelece níveis máximo de contagem de células somáticas de 500.000 células/mL de leite, teores mínimos de gordura de 3,0%, sólidos totais de 11,4%, proteína 2,9%, extrato seco desengordurado 8,4%. A contagem de células somáticas reflete na saúde da glândula mamária do animal. Das108 amostras de leite coletadas das vacas participantes no último dia do torneio leiteiro, após a ordenha completa e pesagem do leite, 24% dos animais apresentaram contagem de células somáticas que não se enquadram nos parâmetros estabelecidos pela Instrução Normativa 62. Os demais parâmetros avaliados como lactose, gordura, sólidos totais e extrato seco desengordurado não apresentaram diferenças significativas, comparando o leite com contagem de células somáticas altas, com leite com contagem de células somáticas baixas. O nível de proteína em leite com contagem de células somáticas altas se mantiveram no padrão da Instrução Normativa 62, pois houve um aumento das proteínas plasmáticas no leite em decorrência da resposta inflamatória. Conclui-se que a maioria das amostras de leite coletadas em torneios leiteiro não se enquadraram na Instrução Normativa 62.

In der vorliegenden Arbeit wurden 2460 Viertelgemelksproben aus 16 hessischen Milcherzeugerbetrieben untersucht. 115 S. canis-Isolate konnten gefunden und auf ihre morphologischen, biochemischen und bei molekularbiologischen Eigenschaften untersucht werden. Die Isolate stammten von Viertelgemelksproben bzw. Tankproben, die zu einem oder mehreren Zeitpunkten in den Betrieben genommen wurden. Die Untersuchung der biochemischen Eigenschaften erbrachte 24 verschiedene Reaktionsmuster. Der Vergleich dieser 24 Biotypen mit einem S. canis-Referenzstamm mittels tDNA-PCR und 16S-RNA-PCR ergab eine völlige Übereinstimmung (100%) und damit eine sichere Spezies-Identifizierung. Zur Aufklärung epidemiologischer Zusammenhänge und zur Intra-Spezies-Identifizierung wurde von allen 115 Isolaten mittels PFGE nach Makrorestriktionsverdau mit SmaI ein DNA-Fingerprint erstellt. Dabei ergaben sich 21 verschiedene Restriktionsmuster. Von den 21 nach Makrorestriktion mit Sma I und anschließender PFGE unterscheidbaren Restriktionsmustern wurde je ein Isolat zur Bestimmung der Differenzierungsfähigkeit der Restriktionsenzyme Cla I und Apa I sowie der RAPD-PCR weitergehend untersucht. Für die Beurteilung epidemiologischer Zusammenhänge bei S. canis erwies sich die PFGE nach Makrorestriktion mittels Sma I als die differenzierteste Variante. Die mittels PFGE nach Makrorestriktionsverdau mit Sma I durchgeführten Untersuchungen der 115 Isolate zeigten, dass zu einem Probennahme-Termin gewonnene Isolate identisch waren; vom gleichen Betrieb zu unterschiedlichen Zeiten entnommene Proben zeigten z.T. deutliche Unterschiede, und bei Isolaten von verschiedenen Betrieben konnten keine Verwandtschaftsbeziehungen nachgewiesen werden. Aufgrund dieser genotypischen Eigenschaften der Kulturen konnte gezeigt werden, dass es sich bei durch S. canis verursachte Mastitiden um ein infektiöses Bestandsproblem handelt, bei dem der Erreger von Viertel zu Viertel und von Kuh zu Kuh übertragen wird.

A methodology for ageing foetal and neonatal cattle is developed, involving radiographic examination of infant mandibles for early developmental stages in molariform teeth; tooth-wear methodologies are imprecise at this stage before wear commences. Known-age modern bovine foetal and neonate material are collected as a control assemblage for method development (n=73); six Neolithic to Norse era assemblages from Orkney are examined using the modified technique together with standard tooth-wear analysis and other methodologies. Foetal and died-at-birth material is diagnosed at most sites using the new technique, together with a range of other peri-natal age-groups. Ageing at this early stage is highly relevant in the diagnosis of milking as a palaeoeconomy: the accepted view is that unwanted (male) calves were slaughtered to maximise milk for human consumption, hence a surfeit of neonate calf remains, as at the study sites. The diagnosis of foetal and died-at-birth material challenges this view, suggesting that attritional causes may have contributed to deaths at this stage. Although milking was probably carried out at most of the study sites, this may have been combined with slaughter of cattle for meat in a pragmatic exploitation strategy. Literary research shows possible attritional causes of abortion and early death in calves, in particular dietary insufficiency in pregnant cows, microbial infections, and also inadequate colostrum uptake. Additionally, research is used to consider the challenges to health that early milking might have posed, to the calf as mentioned, but also to the cow, where three main health issues are highlighted: infertility, mastitis and lameness. / The attached files include the Landscape pages and appendices V and VI. Not included are the jpeg Mandible files. A cover sheet was not available.

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<p>Staphylococcus aureus је често присутан у вимену крава где може да узрокује појаву субклиничких и клиничких маститиса. Због способности синтезе термостабилних стафилококних ентеротоксина представља чест узрок тровања храном код људи. Многи аутори бавили су се испитивањем патогености сојева Staphylococcus aureus са аспекта здравља вимена, као и испитивањем патогености сојева пореклом из стадних узорака млека или из производа од млека, али постоји мало података о патогености сојева Staphylococcus aureus изолованих из узорака млека узетих из појединих четврти вимена крава, као и о њиховој филогенетској сродности са изолатима пореклом од људи. Због тога, циљ истраживања у оквиру ове докторске дисертације, био је да се испита патогеност изолата Staphylococcus aureus пореклом из појединачних узорака млека и секрета вимена крава и изолата пореклом из брисева гуше људи, као и да се испита филогенетска сродност ових изолата.<br />На 46 газдинстава у централној Србији, Калифорнија маститис тестом идентификоване су краве са поремећеном секрецијом. Са две велике фарме у Војводини узети су узорци секрета из четврти вимена крава са клиничким маститисом. На Институту за јавно здравље Војводине у Новом Саду, узети су и брисеви гуше људи. Из наведених узорака коришћењем стандардних микробиолошких метода за изолацију и идентификацију, као и API Staph теста и доказивањем присуства nuc гена методом ланчане реакције полимеразе (PCR) 86 изолата потврђено је као Staphylococcus aureus. Из четврти вимена крава са субклиничким маститисом изоловано је 62 изолата, из четврти вимена крава са клиничким маститисом изоловано је 13 изолата, а из брисева гуше људи 11 изолата Staphylococcus aureus. За одређивање способности синтезе стафилококних ентеротоксина (SE) коришћен је VIDAS&reg; SET2 тест на принципу ELFA методе. Присуство гена за синтезу појединих SE, присуство гена за синтезу Пантон Валентин леукоцидина (PVL) и гена за резистенцију на метицилин доказано је PCR методом. Диск дифузионом методом по Кирби-Бауеру одређена је осетљивост изолата на антимикробне лекове и то на амоксицилин, амоксицилин/клавуланску киселину, ампицилин, бацитрацин, неомицин, новобиоцин, пеницилин, тетрациклин, триметоприм и триметоприм/сулфаметоксазол. Анализом нуклеотидних секвенци гена за синтезу стафилококног протеина А утврђена је филогенетска сродност изолата Staphylococcus aureus пореклом из млека крава оболелих од субклиничког и клиничког маститиса, као и изолата пореклом из брисева гуше људи.<br />Из 111 узорака млека узетих из четврти са позитивним CMT тестом Staphylococcus aureus изолован је из 62 узорка млека, што износи 55,86%. Од укупно 62 изолата Staphylococcus aureus пореклом из четврти вимена крава са поремећеном секрецијом, 5 (8,06%) синтетише стафилококне ентеротоксине и то само SECs, док 6 (54,54%) од 11 изолата Staphylococcus aureus пореклом од људи, синтетише стафилококне ентеротоксине и то и SECs и SEB. Присуство гена за синтезу Пантон-Валентин леукоцидина утврђено је код 5 (8,06%) од 62 изолата Staphylococcus aureus пореклом из четврти вимена крава са поремећеном секрецијом, као и код 7 (63,64%) од 11 изолата Staphylococcus aureus пореклом од људи. Изолати Staphylococcus aureus пореклом из вимена крава резистентни су на мањи број антимикробних лекова од изолата Staphylococcus aureus пореклом од људи на основу испитивања осетљивости на 10 антимикробних лекова. Свих 86 изолата Staphylococcus aureus су сензитивни на новобиоцин и триметоприм-сулфаметоксазол, док је 77 изолата (89,54%) резистентно<br />на бацитрацин, 24 (27,91%) на пеницилин, а 14 (16,28%) на ампицилин. Присуство гена за метицилинску резистенцију утврђено је код 2 (18,18%) од 11 изолата Staphylococcus aureus пореклом од људи и код 1 (1,33%) од 75 изолата Staphylococcus aureus пореклом из вимена крава. На основу испитивања филогенетске сродности нуклеотидних секвенци гена за синтезу стафилококног протеина А код 75 изолата пореклом из вимена крава и 11 изолата пореклом од људи, 2 изолата Staphylococcus aureus пореклом од људи могу се сматрати прецима свих осталих изолата. Подаци о нуклеотидним секвенцама изолата Staphylococcus aureus пореклом од крава депоновани су у GenBank и додељени су им приступни бројеви од KJ023978 до KJ024046.<br />Резултати истраживања указују на различита патогена својства изолата Staphylococcus aureus пореклом од крава са поремећеном секрецијом, због чега би њихово што раније откривање могло да има значајну улогу у очувању здравља вимена и у добијању квалитетног и здравствено безбедног млека.<br />Неопходна су даља истраживања како би се у потпуности разјаснио утицај изолата Staphylococcus aureus из вимена крава на безбедност млека и производа од млека, као и на здравље људи.</p> / <p>Staphylococcus aureus je često prisutan u vimenu krava gde može da uzrokuje pojavu subkliničkih i kliničkih mastitisa. Zbog sposobnosti sinteze termostabilnih stafilokoknih enterotoksina predstavlja čest uzrok trovanja hranom kod ljudi. Mnogi autori bavili su se ispitivanjem patogenosti sojeva Staphylococcus aureus sa aspekta zdravlja vimena, kao i ispitivanjem patogenosti sojeva poreklom iz stadnih uzoraka mleka ili iz proizvoda od mleka, ali postoji malo podataka o patogenosti sojeva Staphylococcus aureus izolovanih iz uzoraka mleka uzetih iz pojedinih četvrti vimena krava, kao i o njihovoj filogenetskoj srodnosti sa izolatima poreklom od ljudi. Zbog toga, cilj istraživanja u okviru ove doktorske disertacije, bio je da se ispita patogenost izolata Staphylococcus aureus poreklom iz pojedinačnih uzoraka mleka i sekreta vimena krava i izolata poreklom iz briseva guše ljudi, kao i da se ispita filogenetska srodnost ovih izolata.<br />Na 46 gazdinstava u centralnoj Srbiji, Kalifornija mastitis testom identifikovane su krave sa poremećenom sekrecijom. Sa dve velike farme u Vojvodini uzeti su uzorci sekreta iz četvrti vimena krava sa kliničkim mastitisom. Na Institutu za javno zdravlje Vojvodine u Novom Sadu, uzeti su i brisevi guše ljudi. Iz navedenih uzoraka korišćenjem standardnih mikrobioloških metoda za izolaciju i identifikaciju, kao i API Staph testa i dokazivanjem prisustva nuc gena metodom lančane reakcije polimeraze (PCR) 86 izolata potvrđeno je kao Staphylococcus aureus. Iz četvrti vimena krava sa subkliničkim mastitisom izolovano je 62 izolata, iz četvrti vimena krava sa kliničkim mastitisom izolovano je 13 izolata, a iz briseva guše ljudi 11 izolata Staphylococcus aureus. Za određivanje sposobnosti sinteze stafilokoknih enterotoksina (SE) korišćen je VIDAS&reg; SET2 test na principu ELFA metode. Prisustvo gena za sintezu pojedinih SE, prisustvo gena za sintezu Panton Valentin leukocidina (PVL) i gena za rezistenciju na meticilin dokazano je PCR metodom. Disk difuzionom metodom po Kirbi-Baueru određena je osetljivost izolata na antimikrobne lekove i to na amoksicilin, amoksicilin/klavulansku kiselinu, ampicilin, bacitracin, neomicin, novobiocin, penicilin, tetraciklin, trimetoprim i trimetoprim/sulfametoksazol. Analizom nukleotidnih sekvenci gena za sintezu stafilokoknog proteina A utvrđena je filogenetska srodnost izolata Staphylococcus aureus poreklom iz mleka krava obolelih od subkliničkog i kliničkog mastitisa, kao i izolata poreklom iz briseva guše ljudi.<br />Iz 111 uzoraka mleka uzetih iz četvrti sa pozitivnim CMT testom Staphylococcus aureus izolovan je iz 62 uzorka mleka, što iznosi 55,86%. Od ukupno 62 izolata Staphylococcus aureus poreklom iz četvrti vimena krava sa poremećenom sekrecijom, 5 (8,06%) sintetiše stafilokokne enterotoksine i to samo SECs, dok 6 (54,54%) od 11 izolata Staphylococcus aureus poreklom od ljudi, sintetiše stafilokokne enterotoksine i to i SECs i SEB. Prisustvo gena za sintezu Panton-Valentin leukocidina utvrđeno je kod 5 (8,06%) od 62 izolata Staphylococcus aureus poreklom iz četvrti vimena krava sa poremećenom sekrecijom, kao i kod 7 (63,64%) od 11 izolata Staphylococcus aureus poreklom od ljudi. Izolati Staphylococcus aureus poreklom iz vimena krava rezistentni su na manji broj antimikrobnih lekova od izolata Staphylococcus aureus poreklom od ljudi na osnovu ispitivanja osetljivosti na 10 antimikrobnih lekova. Svih 86 izolata Staphylococcus aureus su senzitivni na novobiocin i trimetoprim-sulfametoksazol, dok je 77 izolata (89,54%) rezistentno<br />na bacitracin, 24 (27,91%) na penicilin, a 14 (16,28%) na ampicilin. Prisustvo gena za meticilinsku rezistenciju utvrđeno je kod 2 (18,18%) od 11 izolata Staphylococcus aureus poreklom od ljudi i kod 1 (1,33%) od 75 izolata Staphylococcus aureus poreklom iz vimena krava. Na osnovu ispitivanja filogenetske srodnosti nukleotidnih sekvenci gena za sintezu stafilokoknog proteina A kod 75 izolata poreklom iz vimena krava i 11 izolata poreklom od ljudi, 2 izolata Staphylococcus aureus poreklom od ljudi mogu se smatrati precima svih ostalih izolata. Podaci o nukleotidnim sekvencama izolata Staphylococcus aureus poreklom od krava deponovani su u GenBank i dodeljeni su im pristupni brojevi od KJ023978 do KJ024046.<br />Rezultati istraživanja ukazuju na različita patogena svojstva izolata Staphylococcus aureus poreklom od krava sa poremećenom sekrecijom, zbog čega bi njihovo što ranije otkrivanje moglo da ima značajnu ulogu u očuvanju zdravlja vimena i u dobijanju kvalitetnog i zdravstveno bezbednog mleka.<br />Neophodna su dalja istraživanja kako bi se u potpunosti razjasnio uticaj izolata Staphylococcus aureus iz vimena krava na bezbednost mleka i proizvoda od mleka, kao i na zdravlje ljudi.</p> / <p>Staphylococcus aureus is often present in cow&#39;s udder and may cause the occurrence of subclinical and clinical mastitis. Due to the ability to synthesize thermostable staphylococcal enterotoxins, it is a common cause of food poisoning in humans. Many authors have dealt with the examination of the pathogenicity of strains of Staphylococcus aureus in terms of udder health, as well as examining the pathogenicity of strains originating from bulk tank milk samples or dairy products, but there is a scarce amount of data on the pathogenicity of strains of Staphylococcus aureus originating from individual samples from udder quarters, as well as on their phylogenetic relatedness with isolates from humans. Therefore, the goal of the research within this dissertation was to investigate the pathogenicity of Staphylococcus aureus originating from individual samples of milk and udder secretions, as well as isolates from throat swabs of people and to examine the phylogenetic relatedness of these isolates.<br />On 46 dairy farms in central Serbia, cows with abnormal secretion were identified using California mastitis test. From two large dairy farms in Vojvodina samples were taken from udder quarters with clinical mastitis. Human throat swabs were collected at the Institute of Public Health of Vojvodina in Novi Sad. From these samples a total of 86 strains of Staphylococcus aureus were isolated and confirmed by standard microbiological methods for isolation and identification, as well as API Staph test and by detection of nuc gene using the Polymerase Chain Reaction (PCR). 62 isolates of Staphylococcus aureus were isolated from udder quarters suffering subclinical mastitis, 13 isolates were isolated from udder quarters suffering clinical mastitis, and 11 isolates of Staphylococcus aureus were isolated from human throat swabs. VIDAS &reg; SET2 was used for determining the ability of the synthesis of staphylococcal enterotoxins (SE) by the ELFA method and PCR method for the presence of respective SE genes. PCR method was used for determining the presence of gene for the synthesis of the Panton Valentine leukocidin (PVL), and the gene responsible for methicillin resistance in strains of Staphylococcus aureus. Susceptibility to antimicrobial drugs was determined by disk diffusion method by Kirby - Bauer to amoxicillin, amoxicillin/ clavulanic acid, ampicillin, bacitracin, neomycin, novobiocin, penicillin, tetracycline, trimethoprim and trimethoprim/sulfamethoxazole. Phylogenetic relatedness was determined by analyzing the nucleotide sequences of the genes for the synthesis of staphylococcal protein A between isolates of Staphylococcus aureus originating from cow&#39;s udder quarters suffering subclinical and clinical mastitis, as well as isolates of Staphylococcus aureus originating from human throat swabs.<br />Out of 111 milk samples from CMT positive udder quarters, Staphylococcus aureus was isolated from 62 samples, which amounts to 55.86%. Out of 62 isolates of Staphylococcus aureus originating from udder quarters with abnormal secretion, 5 (8.06%) synthesized by staphylococcal enterotoxin and only it was SECs, while 6 (54.54%) out of 11 isolates of Staphylococcus aureus originating from humans, synthesize staphylococcal enterotoxin and they were SECs and SEB. The presence of a gene for the synthesis of the Panton - Valentine leukocidin was determined in 5 (8.06%) out of 62 Staphylococcus aureus strains originating from the udder quarters with abnormal secretion, and in 7 (63.64%) out of 11 strains of Staphylococcus aureus origin of humans. Isolates of Staphylococcus aureus originating from cow&#39;s udder were<br />resistant to fewer antimicrobials than isolates of Staphylococcus aureus originating from humans on the basis of susceptibility to 10 antimicrobials. All 86 strains of Staphylococcus aureus were sensitive to novobiocin and trimethoprim/ sulfamethoxazole, 77 strains (89.54%) were resistant to bacitracin, 24 (27.91%) to penicillin, and 14 (16.28%) to ampicillin. The presence of the gene for methicillin resistance was found in 2 (18.18%) out of 11 isolates of Staphylococcus aureus originating from humans and in 1 (1.33%) out of 75 isolates of Staphylococcus aureus originating from the cow&rsquo;s udder. Analyzing the phylogenetic relatedness based on nucleotide sequences of the genes for the synthesis of staphylococcal protein A from 75 isolates from cow&#39;s udder, and 11 isolates from humans, 2 isolates of Staphylococcus aureus originating from humans can be considered to be the ancestors of all the other isolates in terms of gene mutation ratio give at respective period. Data on the nucleotide sequences of isolates of Staphylococcus aureus originating from cows were deposited in GenBank and assigned the accession numbers of KJ023978 to KJ024046.<br />Results of study on diverse pathogenic properties of Staphylococcus aureus originating from cows with abnormal secretion, indicate the importance of their early detection that could have a significant role in maintaining the cow&rsquo;s udder health and in obtaining quality and safe milk.<br />Further research is necessary in order to fully clarify the impact of Staphylococcus aureus from the cow&#39;s udder to the safety of milk and dairy products, as well as human health.</p>

La litière de fumier recyclé (LFR) est utilisée dans les fermes laitières québécoises depuis quelques années, et ce, malgré le manque de connaissances scientifiques quant aux risques reliés à l’utilisation de ce produit pour la santé des animaux. Le premier objectif de cette thèse était de décrire les méthodes de production de LFR dans un contexte québécois et les pratiques de régie associées. Le deuxième objectif du projet consistait à déterminer le potentiel de recroissance de certaines espèces bactériennes dans la LFR lorsqu’elle est contaminée. Par la suite, le niveau de propreté et la prévalence de lésions aux jarrets chez les vaches laitières exposées ou non à ce produit ont été estimés. Finalement, l’association entre l’utilisation de LFR et l’incidence de mammite sous-clinique et clinique a été évaluée. Des études observationnelles cohorte ou transversale (selon l’objectif de recherche) ont été réalisées en 2018-2019 sur 27 fermes utilisant de la LFR et 61 fermes utilisant de la litière de paille, à titre comparatif. Les visites de fermes ont permis de constater que les méthodes utilisées pour produire de la LFR n’étaient pas standardisées et qu’elles ne permettaient pas un réel compostage de la fraction solide du fumier. Les essais de recroissance ont permis de démontrer que les différentes LFR (traitée en tas, contenant fermé ou cuve rotative) ne réagissaient pas de la même façon à une inoculation par des coliformes. La LFR de cuve rotative contenait une plus faible concentration initiale de Klebsiella spp. et a montré une croissance bactérienne significative dans les premières 24 h post-inoculation. Les LFR conditionnées dans des tas ou contenants avaient quant à elles une concentration initiale importante de Klebsiella spp. et n’ont pas démontré de croissance bactérienne significative suivant leur inoculation, ce qui suggère un effet de saturation de croissance bactérienne. Au cours de l’étude transversale, 30 vaches par troupeau, en moyenne, ont été notées à l’aide d’un score de propreté sur trois zones du corps ainsi que d’un score sur l’état des jarrets, afin d’estimer leur propreté et la présence de lésions aux jarrets. Le score de propreté attribué à chaque zone du corps des vaches allait de 1 à 4, 1 étant très propre et 4 très sale. Nous avons observé que les vaches logées sur LFR avaient, en général, une meilleure propreté du pis et du bas des pattes que celles logées sur paille. La LFR avait un effet protecteur pour le risque d’avoir un score de propreté du pis ≥ 3 (rapport de cotes (RC) : 0,43) ou d’avoir un score de 4 (RC : 0,29). Les vaches logées sur LFR avaient aussi le bas des membres plus propres que celles logées sur paille avec de plus faibles cotes d’avoir un score ≥ 2 (RC : 0,45), un score ≥ 3 (RC : 0,16) ou un score de 4 (RC : 0,07). Cependant, nous n’avons pas trouvé de différence entre les deux groupes d’animaux au niveau de la propreté du flanc et du haut des pattes. Lors de leur évaluation pour la propreté, les vaches ont aussi été notées à l’aide d’un score de lésions aux jarrets allant de 0 à 3. Un score de 0 représentait un jarret parfaitement sain alors qu’un score de 3 était attribué à un jarret présentant une enflure de plus de 2,5 cm. Les deux jarrets étaient évalués et le jarret ayant reçu le score le plus élevé était inclus dans les analyses. Nous n’avons pas identifié de différence quant aux scores de jarret entre les deux groupes d’animaux. Afin d’évaluer la santé de la glande mammaire, une étude cohorte d’une durée d’un an a été mise en place à partir de la visite de la ferme. Les dynamiques de comptages de cellules somatiques ont été suivies sur 11 031 vaches durant cette période afin d’analyser l’incidence de mammite sous-clinique. Nous n’avons pas été en mesure de détecter une différence d’incidence entre les deux groupes d’animaux. Au cours de l’étude cohorte, les producteurs laitiers ont identifié et fait parvenir au laboratoire 1 144 échantillons de lait provenant de vaches atteintes de mammites cliniques. L’incidence totale de mammite clinique n’était pas plus élevée dans les fermes LFR qu’au sein des fermes paille. Cependant, lorsque nous avons analysé l’incidence de mammite clinique par agent pathogène spécifique, nous avons pu constater que les vaches logées sur LFR étaient 7,0 fois plus à risque d’expérimenter une mammite clinique causée par Klebsiella pneumoniae que celles du groupe comparatif. / Recycled manure solids (RMS) bedding has been used on Quebec dairy farms for a number of years, despite the lack of scientific knowledge about the health risks associated with the use of this product for animals. The first objective of this thesis was to describe the RMS production methods in a Quebec context and the associated management practices. The second objective of the project was to determine the potential for regrowth of certain bacterial species in the RMS when it is contaminated. Subsequently, the level of cleanliness and prevalence of hock lesions in dairy cows exposed or not to this product were estimated. Finally, the association between RMS use and the incidence of subclinical and clinical mastitis was evaluated. Observational cohort or cross-sectional studies (depending on the research objective) were conducted in 2018-2019 on 27 farms using RMS and 61 farms using straw bedding for comparison. The farm visits highlighted that the methods used to produce RMS were not standardized and did not allow for true composting of the manure solid fraction. The regrowth trials showed that different RMS (treated in heap, closed container or rotating drum) did not react in the same way to coliform inoculation. The rotating drum RMS contained a lower initial concentration of Klebsiella spp. and experienced significant bacterial growth in the first 24 hours post-inoculation. The heap or closed container RMS had a high initial concentration of Klebsiella spp. and did not show significant bacterial growth following inoculation, suggesting a saturation effect on bacterial growth. In the cross-sectional study, an average of 30 cows were measured using a cleanliness score on three body areas as well as a hock lesion score to estimate their cleanliness and the presence of hock lesions. The cleanliness score assigned to each area of the cows' body ranged from 1 to 4, with 1 being very clean and 4 being very dirty. We found that cows housed on RMS generally had better udder and lower leg cleanliness than those housed on straw. Recycled manure solids bedding had a protective effect for the risk of having an udder cleanliness score ≥ 3 (odds ratio (OR): 0,43) or having a score of 4 (OR: 0,29). Cows housed on RMS also had cleaner lower legs than those housed on straw with lower odds of having a score ≥ 2 (OR: 0,45), a score ≥ 3 (OR: 0,16) or a score of 4 (OR: 0,07). However, we found no difference between the two groups of animals in flank and upper leg cleanliness. When they were evaluated for cleanliness, cows were also measured using a hock lesion score ranging from 0 to 3. A score of 0 represented a perfectly healthy hock, while a score of 3 was assigned to a hock with swelling greater than 2.5 cm. Both hocks were scored and the hock with the higher score was included in the analyses. We did not identify any difference regarding hock lesions between the two groups of animals. To assess mammary gland health, a one-year cohort study was set up from the farm visit. Somatic cell count dynamics were followed on 11 031 cows during this period to analyze the incidence of subclinical mastitis. We were not able to detect a difference in incidence between the two groups of animals. During the cohort study, dairy farmers identified and sent to the laboratory 1 144 milk samples from cows with clinical mastitis. The total incidence of clinical mastitis was not higher on RMS farms than on straw farms. However, when we analyzed the incidence of clinical mastitis by specific pathogen, we found that cows housed on RMS were 7.0 times more likely to experience clinical mastitis caused by Klebsiella pneumoniae than those in the comparison group.

In den vorliegenden Untersuchungen wurde das Ziel verfolgt die Nutzbarkeit des Milchinhaltsstoffes Laktose als praxistaugliche Managementhilfe zu prüfen. Die Primärdaten stammen aus drei israelischen Hochleistungsherden, über mehrere Laktationen erhoben. Der Parameter Laktosegehalt wurde in der Datenaufbereitung dahingehend geprüft, ob dieser zur Gesundheits- und Leistungsvorhersage ausreicht oder welche zusätzlichen Merkmale für die Verwendung in einem Prognose-Modell von Bedeutung sein könnten. Als leistungs- bzw. gesundheitsrelevante Ereignisse (Events) wurden Brunst, Diarrhoe, Endometritis, Fieber, Infektionen, Klauenerkrankungen, Mastitis, Stress, Stoffwechselstörungen sowie Verletzungen zugeordnet. Die Bewertung der Nützlichkeit einzelner Merkmale für die Prädiktion erfolgte anhand der Erkennungsraten. Zwei- und dreistufige Entscheidungsbäume wurden entwickelt, um diese Events zu identifizieren. Ein einzelnes Merkmal ist oft nicht ausreichend, weshalb verschiedene Kombinationen von Variablen analysiert wurden. Die wichtigste Erkenntnis der vorliegenden Arbeit besteht darin, dass der Abfall der Laktosekonzentration und Laktosemenge immer ein kritisches Ereignis darstellt. Das Hauptziel eines Gesundheitsmonitorings im Milchkuhbestand sollte deshalb darin bestehen, frühzeitig eine Stoffwechselüberlastung "sichtbar" oder "erkennbar" zu machen. Unabhängig davon, welche Erkrankung sich anbahnt, muss das Herdenmanagement darauf hinwirken, die Glukoseversorgungssituation des Einzeltieres zu verbessern. Aus der Analyse für die einzelnen Herden und Laktationen kann grundlegend abgeleitet werden, dass die Ergebnisse der Milchkontrolldaten, die im Zuge der datengestützten Herdenüberwachung erhoben wurden, sich verwenden lassen, um den Leistungs- und Gesundheitsstatus der Kühe im Laktationsverlauf einzuschätzen und zu prognostizieren. Die Verwendung von Informationen zum Laktosegehalt des Gemelks verbesserten in jedem Fall die Erkennungsraten. / The aim of the current studies was to investigate whether the milk ingredient lactose can be used as a practical support management. The primary data comes from three Israeli high-performance herds, collected over several lactations. In the data preparation, the parameter "lactose content" was examined to see whether it is sufficient for a health and performance prediction or whether additional features may be of importance for usage in a forecasting model. Oestrus, diarrhea, endometritis, fever, infections, hoof diseases, mastitis, stress, metabolic disorders, and injuries have been assigned to the performance- and/or health-affecting events. The usefulness of individual features for the prediction was evaluated on the basis of the recognition rates. Thus two- and three-level decision trees have been developed to identify these events. As one single feature is often insufficient, different combinations of variables were analyzed. The most important finding of this study is that the drop in the lactose concentration and lactose quantity always represents a critical event. The main objective of a health monitoring in the dairy herd should therefore be to make a metabolic overload "visible" or "recognisable" at an early stage. Whichever disease begins to take shape, the herd management must work on improving the glucose supply situation of the individual animal. In conclusion from the analysis of the individual herds and lactations it can be inferred that the results of the milk control data collected in the course of the data-based herd monitoring can be used in order to assess and to predict the performance and health status of the cows in the course of lactation. The use of information on the lactose content of the milk improved in any case the recognition rates.

Das Ziel der Arbeit bestand darin zu untersuchen, inwieweit durch Kombination von einfach zu erhebenden Daten des Melkprozesses mittels Fuzzy Logic die Bewertung der Eutergesundheit in Automatischen Melksystemen (AMS) verbessert werden kann. Eigene Forschungen richteten sich auf die Evaluierung unterschiedlicher Milch- bzw. Melkparameter hinsichtlich ihrer Eignung als Inputvariable verfeinerter Erkennungsmodelle für Euterkrankheiten am Melkroboter sowie auf die Entwicklung und Optimierung von Fuzzy Logic Modellen. Im Rahmen eines Vorversuches ist geprüft worden, welche Variablen Eingang in das Erkennungsmodell finden sollten. Zu diesem Zweck wurden neben der Erhebung von Prozessdaten eines AMS Astronaut(r) am 26. und 27. Juli 2001 mit Geräten des Typs LactoCorder(r) low flow insgesamt 754 Einzelmessungen an Eutervierteln durchgeführt und verarbeitet. Die Auswertung dieses Datenmaterials ergab, dass zwischen "unauffälligen", d.h. mehr oder weniger gesunden, und "auffälligen", d.h. mehr oder minder kranken Eutervierteln gewisse Unterschiede hinsichtlich der viertelbezogenen Parameter normierte Milchbildungsrate und normierter Milchfluss sowie der normierten Zwischenmelkzeit bestehen, welche für eine Modellierung nutzbar sind. Auch die elektrische Leitfähigkeit sollte in das weitere Vorgehen einbezogen werden. Die Funktionalität einfacher Fuzzy Logic Modelle ist anhand von 74 erstellten Datensätzen erfolgreich getestet worden. Vom 4. bis 9. März 2002 fand in einem Betrieb mit zwei parallel arbeitenden AMS Astronaut(r) in einer Herde von 103 melkenden Kühen die Hauptuntersuchung statt. 4 282 Messungen mit LactoCorder(r) low flow-Geräten an 359 Eutervierteln sind einzeln analysiert worden. Nach Entfernung eventuell fehlerhafter oder nicht eindeutig zuzuordnender Datensätze verblieb eine nutzbare Datenbasis von 2 826 Datensätzen, welche an 195 "unauffälligen" und an 41 "auffälligen" Eutervierteln gemessen worden waren. Die statistische Aufbereitung der absoluten Parameterwerte ergab hoch signifikante Differenzen zwischen "unauffälligen" und "auffälligen" Vierteln für die untersuchten Eingangsvariablen Milchbildungsrate, Milchfluss, Zwischenmelkzeit und Leitfähigkeit. Zur weiteren Modellierung wurden 527 aus den Rohdaten berechnete, normierte Datensätze verwendet, weil diese weitgehend unbeeinflusst von störenden individuellen und Umwelteinflüssen sind. Es sind drei verschiedene Ansätze zur Modellierung der normierten Parameter verfolgt, eingehend analysiert und untereinander sowie mit den Alarmmeldungen der AMS verglichen worden. Während Ein-Parameter-Modelle die höchsten Spezifitätswerte aufzeigten, konnten für die Verknüpfung der vier Eingangsvariablen durch Indexmodelle die besten Sensitivitätswerte ermittelt werden. Das optimale Ergebnis erzielte jedoch die Modellierung mit Hilfe von Fuzzy Logic. Sie ergab mit 5,9 Prozent die niedrigste statistische Wahrscheinlichkeit von Fehlklassifizierungen (falschen Diagnosen). Die Alarmliste der AMS wies zwar eine ähnlich geringe Fehlerquote auf, war jedoch zugleich durch eine schlechte Sensitivität charakterisiert. In einer abschließenden vergleichenden Diskussion mit aktuellen Forschungsergebnissen bestätigte sich die Richtigkeit beider Grundannahmen der vorgelegten Dissertation: 1. Aus Daten des Melkprozesses zu ermittelnde, viertelbezogene Parameter eignen sich zur Ergänzung von Leitfähigkeitsmessungen für die Erkennung von Euterkrankheiten. 2. Fuzzy Logic ist eine handliche und wirkungsvolle Methodik zur Modellierung der Zusammenhänge zwischen Melk- und Milchparametern einerseits und der Eutergesundheit andererseits. / The goal of the work was to examine to what extent the evaluation of the udder health in Automatic Milking Systems (AMS) can be improved by the combination of simply measurable data of the milking process by means of Fuzzy Logic. Own investigations were centred on the evaluation of different milking and milk parameters regarding their suitability as input variable of recognition models for udder diseases as well as on the development and optimisation of Fuzzy Logic models. In the context of a preliminary study, it was examined which variables should form the input of the recognition model. For this purpose, besides the collection of the process data of an AMS Astronaut(r), 754 measurements of single udder quarters were accomplished with measuring devices LactoCorder(r) low flow and were individually processed. The evaluation of this data resulted in certain differences between "inconspicuous" (healthy) and "conspicuous" (more ore less ill) udder quarters regarding the quarter-related parameters milk production rate, milk flow and milking interval which are usable for model building. Also the electrical conductivity should be included into further procedures. The functionality of simple Fuzzy logic models was tested successfully on the basis of 74 generated data sets. The main investigation took place in a dairy farm with two parallel working AMS Astronaut(r) in a herd of 103 milking cows. 4,282 measurements at 359 udder quarters with devices LactoCorder(r) low flow were individually analysed. After removal of possibly incorrect data records or those which could not clearly be assigned remained a usable database of 2,826 records measured at 195 "inconspicuous" and at 41 "conspicuous" udder quarters. The statistic analysis of the absolute parameter values resulted in highly significant differences between "inconspicuous" and "conspicuous" quarters for the examined input variables milk production rate, milk flow, milking interval and electrical conductivity. For the further modelling, 527 standardised data sets computed from the raw data were used because these are largely uninfluenced by disturbing individual and environmental determinants. Three different approaches of model building for the standardised parameters were pursued, analysed and compared among themselves as well as with the alerts of the AMS. While the One-parameter-models pointed out the highest specificity values, the best sensitivity values were determined for the linkage of the four input variables by index-models. However, the optimal result of modelling was obtained by Fuzzy logic. It resulted in the lowest probability of false classifications (wrong diagnoses) with 5,9 per cent. The alarm list of the AMS featured a margin of error which was similar low, however, at the same time it was characterised by bad sensitivity. A concluding discussion with current investigation results confirmed the correctness of both basic assumptions of the dissertation: 1. Quarter-related parameters which can be calculated from data of the milking process are suitable as a complement to conductivity measurements for the detection of udder diseases. 2. Fuzzy Logic represents a manageable and effective methodology for modelling the interrelations between milking and milk parameters on the one hand and the udder health on the other hand.

La mammite subclinique est un problème de santé fréquent et coûteux. Les infections intra-mammaires (IIM) sont souvent détectées à l’aide de mesures du comptage des cellules somatiques (CCS). La culture bactériologique du lait est cependant requise afin d’identifier le pathogène en cause. À cause de cette difficulté, pratiquement toutes les recherches sur la mammite subclinique ont été centrées sur la prévalence d’IIM et les facteurs de risque pour l’incidence ou l’élimination des IIM sont peu connus. L’objectif principal de cette thèse était d’identifier les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, l’élimination et la prévalence d’IIM d’importance dans les troupeaux laitiers Canadiens. En premier lieu, une revue systématique de la littérature sur les associations entre pratiques utilisées à la ferme et CCS a été réalisée. Les pratiques de gestion constamment associées au CCS ont été identifiées et différentiées de celles faisant l’objet de rapports anecdotiques. Par la suite, un questionnaire bilingue a été développé, validé, et utilisé afin de mesurer les pratiques de gestion d’un échantillon de 90 troupeaux laitiers canadiens. Afin de valider l’outil, des mesures de répétabilité et de validité des items composant le questionnaire ont été analysées et une évaluation de l’équivalence des versions anglaise et française a été réalisée. Ces analyses ont permis d’identifier des items problématiques qui ont du être recatégorisés, lorsque possible, ou exclus des analyses subséquentes pour assurer une certaine qualité des données. La plupart des troupeaux étudiés utilisaient déjà la désinfection post-traite des trayons et le traitement universel des vaches au tarissement, mais beaucoup des pratiques recommandées n’étaient que peu utilisées. Ensuite, les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, à l’élimination et à la prévalence d’IIM à Staphylococcus aureus ont été investigués de manière longitudinale sur les 90 troupeaux sélectionnés. L’incidence d’IIM semblait être un déterminant plus important de la prévalence d’IIM du troupeau comparativement à l’élimination des IIM. Le port de gants durant la traite, la désinfection pré-traite des trayons, de même qu’une condition adéquate des bouts de trayons démontraient des associations désirables avec les différentes mesures d’IIM. Ces résultats viennent souligner l’importance des procédures de traite pour l’obtention d’une réduction à long-terme de la prévalence d’IIM. Finalement, les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, à l’élimination et à la prévalence d’IIM à staphylocoques coagulase-négatif (SCN) ont été étudiés de manière similaire. Cependant, afin de prendre en considération les limitations de la culture bactériologique du lait pour l’identification des IIM causées par ce groupe de pathogènes, une approche semi-Bayesienne à l’aide de modèles de variable à classe latente a été utilisée. Les estimés non-ajusté de l’incidence, de l’élimination, de la prévalence et des associations avec les expositions apparaissaient tous considérablement biaisés par les imperfections de la procédure diagnostique. Ce biais était en général vers la valeur nulle. Encore une fois, l’incidence d’IIM était le principal déterminant de la prévalence d’IIM des troupeaux. Les litières de sable et de produits du bois, de même que l’accès au pâturage étaient associés à une incidence et une prévalence plus basse de SCN. / Subclinical mastitis is a very frequent and costly health issue that can be detected using somatic cell count (SCC) measurements, but requires the use of milk bacteriological culture for identification of the causal pathogen. Because of this latter difficulty, nearly all subclinical mastitis research has focused on prevalent intramammary infections (IMI) and less is known on risk factors for IMI incidence or elimination. The main objective of this thesis was to identify the manageable risk factors associated with the incidence, elimination, and prevalence of IMI of importance in Canadian dairy herds. First, a systematic review of the literature on the associations between management practices used on farms and SCC was carried out. Management practices consistently associated with SCC were identified and differentiated from other practices for which anecdotic reports were available. Then, a bilingual questionnaire was developed, validated, and employed to measure the practices used on a sample of 90 Canadian dairy herds. To validate this tool, measures of repeatability and of validity of the questionnaire’s items were analyzed and an evaluation of the equivalence of the English and French versions was conducted. These analyses indicated that the questionnaire was, in general, acceptable, but also pinpointed some problematic items. These items were recategorized when possible or otherwise excluded from subsequent analyses to ensure good data quality. Most of the herds studied were already using post-milking teat disinfection and blanket dry cow therapy. Many other frequently recommended practices were not widely adopted. Next, manageable risk factors associated with Staphylococcus aureus IMI incidence, elimination, and prevalence were investigated on the 90 selected herds in a longitudinal fashion. The S. aureus IMI incidence appeared to be a stronger determinant of the herd prevalence than the elimination rate. Among other practices, wearing gloves during milking, using pre-milking teat disinfection, and having an adequate teat end condition showed desirable associations with the outcomes. These results highlight the importance of good milking practices to achieve a long-term reduction of S. aureus IMI prevalence. Finally, manageable risk factors associated with coagulase-negative staphylococci (CNS) IMI incidence, elimination, and prevalence were investigated in a similar manner. Because of the greater limitations of milk bacteriological culture to identify IMI caused by this group of pathogens, a semi-Bayesian latent class model approach was used. Sensitivity and specificity estimates from an internal validation study were used to link the observed IMI milk culture result to the latent true quarter IMI status. Non-adjusted estimates of IMI incidence, elimination, prevalence, and of associations with expositions appeared to be considerably biased by the diagnostic procedure’s imperfections. Most often, estimates were biased toward the null value. Again, IMI incidence was the main determinant of the herd IMI prevalence. Sand and wood products bedding were associated with lower CNS incidence and prevalence. Sending cows to pasture was also associated with lower CNS IMI incidence and prevalence.