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Avaliação dos genes TRP3 e TRP5 da via de biossíntese do triptofano no patógeno oportunista C. neoformans quanto a sua aplicabilidade como alvo de drogas antifúngicas. / Evaluation of TRP3 and TRP5 tryptophan biosynthetic pathway genes in the opportunistic pathogen Cryptococcus neofarmans and its applicability as a target for antifungal drugs.

Fernandes, João Daniel Santos 25 February 2015 (has links)
Criptococose é uma doença causada pelo fungo C. neoformans que têm grande importância atualmente, devido ao aumento da população imunocomprometida,. Além disso, existem poucas opções terapêuticas contra micoses profundas. Neste trabalho foi avaliado se a via de biossíntese do triptofano seria um bom alvo para o desenvolvimento de novos antifúngicos. Com o uso da tecnologia de RNA de interferência, concluiu-se que esta via de síntese é essencial para a sobrevivência desta levedura, sendo, portanto, um ótimo alvo. Ainda neste estudo, demonstrou-se que a letalidade decorre da baixa captação de triptofano pelas permeases de aminoácidos, as quais sofrem repressão catabólica pela fonte de nitrogênio e efeito negativo da temperatura. Foram testados dois inibidores específicos que atuam sobre a antranilato sintase e a triptofano sintase, duas enzimas cruciais para a conversão do corismato em triptofano. Ambos compostos causaram inibição do crescimento de C. neoformans e C. gattii. / Cryptococcosis is a disease caused by C. neoformans, currently of great importance due to the increase in immunocompromised population. Furthermore, there are few therapeutic options for treating this disease. This study evaluated the tryptophan biosynthetic pathway as a possible target for the antifungal development. By using RNA interference technology we concluded that this metabolic pathway is essential for the survival of this yeast, and, therefore, it is a good target. In the same study, it was demonstrated that lethality results from the low uptake of the tryptophan amino acid by permeases, which undergo nitrogen catabolite repression and negative effect of temperature. Two specific inhibitors acting on the anthranilate synthase and tryptophan synthase, two key enzymes for the conversion of chorismate into tryptophan were tested. Both compounds caused growth inhibition of C. neoformans and C. gattii.
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Alterações na resposta imune inata e adaptativa induzidas por Escherichia coli enteroinvasora em modelo murino / Changes in innate and adaptive immune response induced by Escherichia coli enterainvasora in a murine model

Amhaz, Juliana Mota Khalil 03 August 2007 (has links)
Durante uma infecção, uma complexa seqüência de eventos é inkiada após a invasão do hospedeiro por microrganismos patogênicos. Escherichia coli enteroinvasora (EIEC), assim como Shigella, causa disenteria através da invasão da mucosa do cólon, levando à destruição tecidual e inflamação. Para que ocorra um processo infeccioso, porém, são necessários inóculos de 102 Shigella e 106 EIEC. Foram avaliados aspectos da resposta inflamatória desencadeada pela infecção por EIEC em modelo murino, comparativamente a Shigella. A infecção de macrófagos J774 por EIEC resultou em fagocitose bacteriana, comprometimento da viabilidade do macrófago e produção de citocinas. Macrófagos de camundongos C57BU6 infectados com EIEC produziram NO, que parece ser importante no controle da infecção. Foi observado que camundongos INOS nocaute apresentaram maior produção de citocinas pró-inflamatórias e maior letalidade após infecção do que os selvagens. EIEC induziu a migração de granulócitos e monócitos para o peritônio, e a secreção de citocinas por estas células. Houve proliferação de linfócitos em resposta aos antígenos solúveis de EIEC, mas não foi detectada produção de citocinas por estes linfócitos.Comparativamente a Shigella, EIEC escapou mais lentamente do macrófago, induziu menor produção de citocinas pró-inflamatórias e NO, e menor ativação dos linfócitos T. Estes dados sugerem o desafio com EIEC desencadeia uma resposta menos severa no hospedeiro do que Shigella, o que explicaria a forma mais branda de disenteria e resolução mais rápida do processo infeccioso causado por EIEC. / During an infection, a complex sequence of events in iniciated after invasion of the host by pathogenic microorganisms. Enteroinvasive Escherichia coli (EIEC) and Shigella cause dysentery by means of invading the colonic mucosa, leading to tissue destruction and inflammation. In arder for an infectious process to occur, inocula of 102 Shigella are necessary incontrast to e 106 EIEC. The infection of J774 macrophages by EIEC resulted in phagocytosis of the bacterium, a hindering of the viability of the macrophage and in the production of cytokines. Macrophages obtained from C57BU6 mice infected with EIEC produced NO, which seems to be important for the control if infection. We observed that in iNOS knockout mice, both the production of proinflammatory cytokines and lethality were higher than that observed in wild-type mice. EIEC induced the migration of granulocytes and monocytes to the peritoneum as well as the secretion of cytokines by these cells. We observed a proliferation of Iymphocytes in response to inoculation with soluble EIEC antigens, however, in this case, the production of cytokines was not detected. Compared to Shigella, EIEC was slower in escaping from the macrophage, and induced a shyer production of pro-inflammatory cytokines and NO, as well as promoted a smaller activation of T Iymphocytes. These data suggest that when challenged with EIEC, the host produces a less severe response than that elicited by Shigella, which might explain why the infectious process with EIEC produces a milder form of dysentery with a quicker resolution.
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Perfil de suscetibilidade, genes de resistência aos aminoglicosídeos e similaridade genética em amostras de Acinetobacter baumannii isoladas em um Hospital Terciário /

Mataruco, Mayra Mioto. January 2015 (has links)
Orientador: Mara Corrêa Lelles Nogueira / Banca: Alessandra Vidotto / Banca: Fátima Pereira de Souza / Resumo: Acinetobacter baumannii é frequentemente encontrado em infecções hospitalares, ocasionando pneumonia associada à ventilação, bacteremia, infecções de trato urinário e meningite secundária. Nos últimos anos, o uso extensivo de antimicrobianos em hospitais contribuiu para o aumento e emergência de cepas resistentes, incluindo os carbapenêmicos, os principais recomendados no tratamento. Assim, os aminoglicosídeos ganham importância como opção terapêutica. A resistência a estes antimicrobianos é decorrente, principalmente, da produção de enzimas modificadoras de aminoglicosídeos (AMEs) e de enzimas 16S rRNA Metilases. No Brasil, informações sobre o perfil de suscetibilidade e genes que codificam estas enzimas são escassas. Assim, é fundamental a identificação de mecanismos de resistência e reservatórios potenciais, bem como realizar comparação de isolados para controlar a disseminação de A. baumannii no ambiente hospitalar. O presente estudo teve como objetivos avaliar e comparar o perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos, genes de enzimas modificadoras de aminoglicosídeos (AMEs), genes de enzimas 16S rRNA Metilases e similaridade genética entre isolados de A. baumannii com importância clínica no Hospital de Base (HB) de São José do Rio Preto, SP. Além disso, estes resultados foram comparados com um estudo anterior realizado no mesmo hospital. Foram avaliados 32 isolados coletados no período entre dezembro de 2013 a maio de 2014. A identificação da espécie foi realizada por metodologias automatizadas e confirmada por Duplex-PCR. Os testes de suscetibilidade aos antimicrobianos foram resultantes de teste automatizado de microdiluição e disco-difusão, para aminoglicosídeos Amicacina (AK), Gentamicina (CN), Tobramicina (TOB) e Canamicina (CAN), de acordo com o CLSI, 2014 e FDA, 2013. Primers específicos e PCRmultiplex foram usados para a detecção dos genes... / Abstract: Acinetobacter baumannii is found in nosocomial infections, causing ventilator-associated pneumonia, bacteremia, urinary tract infections and secondary meningitis. In recent years, the extensive use of antibiotics in hospitals has contributed to the rise and emergence of A. baumannii strains resistant to a wide range of antimicrobials, including carbapenems, main antibiotics recommended on treatment. In this context, aminoglycosides gain importance as therapeutic options. Resistance to aminoglycosides is mainly due to the Aminoglycoside Modifying Enzymes (AMEs) and 16S rRNA Methylases production. In Brazil, high infection rates to carbapenem-resistant A. baumannii are observated, however information about aminoglycoside susceptibility profile and occurance of this genes are scarce. Thus, it is essential to identify resistance mechanisms and potential reservoirs, as well as perform comparison of isolates to control the spread of A. baumannii in the hospital environment. This study aimed to evaluate and compare the antimicrobial susceptibility profile, genes of aminoglycoside modifying enzymes and 16S rRNA Methylases and genetic similarity among A. baumannii isolates with clinical importance at Hospital de Base (HB) in São José do Rio Preto, SP. Additionally, the results were compared to another previous study achieved in the same hospital. 32 isolates collected between December 2013 and May 2014 were evaluated. Specie identification was performed using automated methodology and confirmed by Duplex- PCR. The susceptibility tests were the result of automated and disc-diffusion tests - for aminoglycosides Amikacin (AK), Gentamicin (CN), Tobramycin (TOB) and Kanamycin (K) - according to CLSI, 2014 and FDA, 2013. Specific primers and Multiplex-PCR were used in AMEs' and 16S rRNA Methylases' genes detection and primers REP1-REP2 were used in molecular typing by REP-PCR. All the isolates of this study... / Mestre
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Investigação de genes de resistência às quinolonas e aminoglicosídeos em Klebsiella pneumoniae produtoras de carbapenemases do tipo KPC em hospitais do estado de São Paulo /

Tolentino, Fernanda Modesto January 2015 (has links)
Orientador: Mara Correa Lelles Nogueira / Coorientador: Doroti de Oliveira Garcia / Banca: Ana Cristina Gales / Banca: Afonso Luis Barth / Banca: Aripuanã Sakura Aranha Watanabe / Banca: Margarete Teresa Gottardo de Almeida / Resumo: O aumento nas taxas de infecção por K. pneumoniae produtoras de KPC tornou-se um sério problema de saúde pública mundial. Estas enzimas hidrolizam carbapenêmicos, oxyimino-cefalosporinas, cefamicinas e não são inibidas por inibidores das -lactamases tais como o ácido clavulânico, sulbactam e tazobactam. Além disso, em plasmídeos que carreiam o gene blaKPC, geralmente são encontrados genes de resistência a outros antimicrobianos, como quinolonas e aminoglicosídeos. Deste modo, o objetivo deste estudo foi investigar, de forma comparativa, a presença de genes de resistência aos aminoglicosídeos, quinolonas e - lactâmicos entre K. pneumoniae produtoras de KPC, provenientes de diversos hospitais da cidade de São Paulo e de um hospital terciário localizado em São José do Rio Preto, região noroeste do estado de São Paulo. A similaridade genética e a relação clonal entre as cepas isoladas em cada região também foram determinadas. Foram estudadas cem cepas de K. pneumoniae produtoras de KPC, sendo cinquenta de hospitais da cidade de São Paulo, armazenadas na coleção do Instituto Adolfo Lutz de São Paulo, denominadas SP, e cinquenta do Hospital de Base de São José do Rio Preto, denominadas KP. O gene blaCTX-M foi detectado em 76% das cepas KP e em 58% das cepas SP. Entre as cepas KP, 68,4% apresentaram blaCTX-M-15, 23,7% blaCTX-M-2, 2,6%% blaCTX-M-59, 2,6% blaCTX-M-15 e blaCTX-M-59 simultaneamente e 2,6% não identificado. Entre as cepas SP, 51,7% apresentaram blaCTX-M-2, 37,9% blaCTX-M-15, 2,5% blaCTX-M-15 e blaCTX-M-2 simultaneamente e 5% blaCTX-M-14. Dos sete genes de AMEs investigados, foram detectados cinco, sendo aph(3')-VI, aph(3')-Ia, aac(6')- Ib, aac(3)-Ia e aac(3)IIa, distribuídos entre 95% das cepas, sem diferença entre KP e SP. Dos sete genes de metiltransferases 16S RNAr, apenas o gene rmtB foi detectado, em duas cepas SP. Quanto aos genes determinantes de resistência às quinolonas, 42% das cepas KP... / Abstract: The increase in infection rates by KPC producing K. pneumoniae is a serious global public health problem. These enzymes hydrolyze carbapenems, oxyimino-cephalosporins, cephamycins, and -lactamase inhibitors such as clavulanic acid, sulbactam and tazobactam. In addition, the plasmids carrying blaKPC genes generally harbor other antimicrobial resistance genes. Thus, the aim of this study was to investigate, in a comparative way, the presence of genes conferring resistance to aminoglycosides, quinolones and -lactams between KPC producing K. pneumonia from various hospitals in São Paulo City and from a tertiary hospital located in Sao Jose do Rio Preto, northwest of São Paulo state. The genetic similarity and the clonal relationship among strains were also determined. One hundred isolates were studied: fifty from different hospitals in São Paulo (named SP), and fifty from the "Hospital de Base de São José do Rio Preto" (named KP). The blaCTX-M gene was detected in 76% of the KP strains and in 58% of the SP strains. Among the KP strains, 68.4% had blaCTX-M-15, 23.7% blaCTX-M-2, 2.6% blaCTX-M-59, 2.6% blaCTX-M-15 and blaCTX M-59 simultaneously, and 2.6% were unidentified. Among the SP strains, 51.7% presented blaCTX-M-2, 37.9% blaCTX-M-15, 2.5% blaCTX-M-15 and blaCTX-M-2 simultaneously, and 5% blaCTX-M-14. Regarding the genes for AMEs, among the seven types investigated, five were detected: aph (3') -VI, aph (3 ') - Ia, aac (6') - Ib, aac (3) -Ia and aac (3) IIa were detected among 95% of the strains, and no difference was observed between KP and SP strains. Among the seven genes for 16S rRNA methyltransferases, only the rmtB was detected, in two SP strains. Concerning genes that determine resistance to quinolones, 42% of he KP and 14% of the SP strains showed qnrB. The oqxAB gene was detected in 56% and 2% of the SP and KP strains, respectively. Molecular typing by ERIC-PCR revealed that genetical... / Doutor
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Análise estrutural de halogenases encontradas em clusters gênicos da biossíntese de antibióticos glicopeptídicos /

Cardoso, Tábata Peres. January 2015 (has links)
Orientador: Marcio Vinícius Bertacine Dias / Banca: Gabriel Padilla / Banca: Daniel Maragno Trindade / Resumo: Vários experimentos têm comprovado que compostos naturais podem ter sua atividade biológica alterada devido à presença ou ausência de halogênios ligados. Os antibióticos glicopeptídicos, como a vancomicina e teicoplanina são produtos naturais halogenados que apresentam destacada importância. Halogenases são enzimas que catalizam a transferência de halogênios para um determinado substrato, porém são muito pouco estudadas, principalmente aquelas envolvidas na biossíntese de produtos naturais, como antibióticos glicopeptídicos, mesmo com o seu potencial de aplicação em biologia sintética. Cepas produtoras de glicopeptideos foram obtidas da coleção NRRL e crescidas em meio TSB. O DNA foi extraído e os genes de 3 diferentes halogenases (staI e staK de Streptomyces toyocaensis, composto 47934 and Orf8* de Actinoplanes teichomyceticus, Teicoplanina) foram clonados em pET28a e pET20a. Um gene sintético foi obtido para enzima ComH (biossíntese de complestatina) e clonado em pET28a. A expressão desses genes foi induzida por IPTG e a purificação se deu em colunas de afinidade e gel filtração. Foram realizados estudos biofísicos (CD e DLS da StaI), bem como modelagem molecular e ensaios de complementação para proteínas StaK e StaI. Três halogenases foram purificadas, StaI, StaK e ComH e apresentaram coloração amarela indicando a co-purificação com FAD. Orf8* apresentou-se somente na fração insolúvel. Análises de CD indicam a presença de -hélices e folhas-β e foi possível observar o estado de oligomerização e polidispersividade em diferentes condições para halogenase StaI. Os modelos moleculares deram insights sobre uma possível diferença de padrão de halogenação catalizada pela StaI e StaK, devido à diferença de resíduos hidrofóbicos que formam os sulcos do sítio ativo. Tentativas de ensaios de cristalização para as enzimas StaI, StaK e ComH foram realizadas. No entanto, apenas a... / Abstract: Various experiments have shown that natural compounds may have their biologic activity altered by presence or absence of halogens. Glycopeptide antibiotics, such as vancomycin and teicoplanin are halogenated natural products and they have substantial importance in the medicine. Halogenases, are enzymes that catalyses the attachment of halogens to a substrate, howerver they are not well understood mainly those ones in glycopeptide biosynthesis. Producing glycopeptides strains were obtained from NRRL collection, they were grown in liquid TSB medium and the DNA was extracted. Three different genes for halogenases [(staI and staK from Streptomyces toyocaensis (compound 47934) and Orf8* from Actinoplanes teichomyceticus (Teicoplanin)] were amplified and cloned into pET28a and pET20a. A synthetic gene for comH from the biosynthesis of complestatin was obtained and also cloned in the pET28a. The expression of these four genes was carried out with the induction by IPTG and the purification was performed by affinity and molecular exclusion. Samples of soluble and insoluble fractions and chromatographic peaks were analyzed on SDS-PAGE gel. Circular Dichroism (CD) and Dynamic Light Scattering (DLS) studies were performed for StaI and ComH. We have also performed molecular modelling for StaI and StaK enzymes because attempts to crystallise all the soluble halogenases did not return any result (only StaI had a single crystal which showed not reproduzible). ComH, StaI and StaK were purified and they had an yellow colour indicating the co-purification with FAD.Orf8* was predominantly insoluble. SDS-PAGE gel showed that StaI had high purity already after the affinity purification and the molecular exclusion indicates that it had a tendency to aggregate. By the analysis of CD was possible to observe the structural integrity of StaI and ComH, which shows, as expected, the presence of -helixes and β-sheets. The DLS analysis shows the oligomerization ... / Mestre
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Carreamento nasal de Staphylococcus aureus na população de Botucatu, São Paulo : prevalência, fatores de risco, resistência a antimicrobianos e epidemiologia molecular /

Pires, Fabiana Venegas. January 2012 (has links)
Orientador: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Coorientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza Cunha / Banca: Antonio Carlos Campos Pignatari / Banca: Marcelo Ribeiro Ribas / Resumo: Estudos recentes apontam para elevação da incidência e gravidade das infecções por Saphylococcus aureus. Esse fato é agravado pela ampla disseminação de isolados resistentes à meticilina (Methicillin-resistant S. aureus, MRSA) nos hospitais, e sua recente emergência na comunidade. A colonização nasal de indivíduos assintomáticos é a maior responsável pela persistência e disseminação de S. aureus nas populações humanas. Assim sendo, inquéritos de carreamento nasal são importantes para estimar a "carga"(burden) de S. aureus como um todo e de MRSA na comunidade. Este projeto tem por objetivo identificar a prevalência e fatores de risco para carreamento de S. aureus e MRSA em população de área urbana de Botucatu, São Paulo. Adicionalmente, o estudo se propôs a realizar caracterização molecular da clonalidade e resistência de isolados colonizantes nasais. Para tanto, foram selecionada uma amostra de 686 pessoas com mais de um ano de idade, estratificada por local de residência, gênero e idade. Foram colhidas secreções nasais por meio de swabs, que posteriormente foram semeados em meio de cultura. Ao mesmo tempo, foram identificados dados demográficos e clínicos dos sujeitos da pesquisa. Isolados de S. aureus foram submetidos a testes de suscetibilidade à meticilina/oxacilina (fenotípicos e genotípicos) e, se resistentes, à caracterização do cassete cromossômico SCCmec. Foi também realizada caracterização clonal dos isolados de MRSA por Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) e Multilocus Sequence Typing (MLST). Quando foram identificados carreadores de MRSA, foi obtidas amostras de seus contactantes domicilares para caracterização de clusters. Análises estatísticas foram realizadas para identificar fatores de risco para carreamento de S. aureus como um todo e MRSA em particular... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Recent studies point out to increasing incidence and severity of infections caused by Staphylococcus aureus. This phenomenon is aggravated by the widespread dissemination of methicillin-resistant isolates (Methicillin-resistant S. aureus, MRSA) in hospitals, and their recent emergence in the community. The nasal colonization of asymptomatic individuals is a determinant of the persistence and spread of S. aureus in human populations. Therefore, investigations of nasal carriage are important for estimating the burden of S. aureus as a whole and of MRSA in the community. This study aimed to identify the prevalence and risk factors for nasopharyngeal carriage of S. aureus and MRSA in the urban population in the city of Botucatu, São Paulo. Additionally, the study included molecular characterization of resistance and strain typing of isolates. We selected a sample of 686 people over one year of age, stratified by place of residence, gender and age. Nasal secretions were screened with swabs, which were plated in culture medium. We also aimed to identify demographic and clinical data of the study subjects. Isolates of S. aureus were tested for susceptibility to methicillin / oxacillin (phenotypic and genotypic test) and, if resistant, to the characterization of chromosome cassette SCCmec. Clonal characterization of MRSA isolates by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and Multilocus Sequence Typing (MLST) was also performed. When MRSA carriers were identified, samples were obtained from their household contacts in order to characterize clusters. Statistical analyzes were performed to identify risk factors for carrying of S. aureus as a whole and MRSA. Prevalence of S. aureus and MRSA carriage were 32.7% (95% CI = 29.2% - 36.2%) and 0.9% (0.4% -1.8%), respectively. Independent risk factors for colonization by... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Análise estrutural de halogenases encontradas em clusters gênicos da biossíntese de antibióticos glicopeptídicos

Cardoso, Tábata Peres [UNESP] 10 August 2015 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2016-05-17T16:51:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-10. Added 1 bitstream(s) on 2016-05-17T16:54:55Z : No. of bitstreams: 1 000863160.pdf: 2766481 bytes, checksum: c82e010be8ff17e9bea4e42451484ce0 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Vários experimentos têm comprovado que compostos naturais podem ter sua atividade biológica alterada devido à presença ou ausência de halogênios ligados. Os antibióticos glicopeptídicos, como a vancomicina e teicoplanina são produtos naturais halogenados que apresentam destacada importância. Halogenases são enzimas que catalizam a transferência de halogênios para um determinado substrato, porém são muito pouco estudadas, principalmente aquelas envolvidas na biossíntese de produtos naturais, como antibióticos glicopeptídicos, mesmo com o seu potencial de aplicação em biologia sintética. Cepas produtoras de glicopeptideos foram obtidas da coleção NRRL e crescidas em meio TSB. O DNA foi extraído e os genes de 3 diferentes halogenases (staI e staK de Streptomyces toyocaensis, composto 47934 and Orf8* de Actinoplanes teichomyceticus, Teicoplanina) foram clonados em pET28a e pET20a. Um gene sintético foi obtido para enzima ComH (biossíntese de complestatina) e clonado em pET28a. A expressão desses genes foi induzida por IPTG e a purificação se deu em colunas de afinidade e gel filtração. Foram realizados estudos biofísicos (CD e DLS da StaI), bem como modelagem molecular e ensaios de complementação para proteínas StaK e StaI. Três halogenases foram purificadas, StaI, StaK e ComH e apresentaram coloração amarela indicando a co-purificação com FAD. Orf8* apresentou-se somente na fração insolúvel. Análises de CD indicam a presença de -hélices e folhas-β e foi possível observar o estado de oligomerização e polidispersividade em diferentes condições para halogenase StaI. Os modelos moleculares deram insights sobre uma possível diferença de padrão de halogenação catalizada pela StaI e StaK, devido à diferença de resíduos hidrofóbicos que formam os sulcos do sítio ativo. Tentativas de ensaios de cristalização para as enzimas StaI, StaK e ComH foram realizadas. No entanto, apenas a... / Various experiments have shown that natural compounds may have their biologic activity altered by presence or absence of halogens. Glycopeptide antibiotics, such as vancomycin and teicoplanin are halogenated natural products and they have substantial importance in the medicine. Halogenases, are enzymes that catalyses the attachment of halogens to a substrate, howerver they are not well understood mainly those ones in glycopeptide biosynthesis. Producing glycopeptides strains were obtained from NRRL collection, they were grown in liquid TSB medium and the DNA was extracted. Three different genes for halogenases [(staI and staK from Streptomyces toyocaensis (compound 47934) and Orf8* from Actinoplanes teichomyceticus (Teicoplanin)] were amplified and cloned into pET28a and pET20a. A synthetic gene for comH from the biosynthesis of complestatin was obtained and also cloned in the pET28a. The expression of these four genes was carried out with the induction by IPTG and the purification was performed by affinity and molecular exclusion. Samples of soluble and insoluble fractions and chromatographic peaks were analyzed on SDS-PAGE gel. Circular Dichroism (CD) and Dynamic Light Scattering (DLS) studies were performed for StaI and ComH. We have also performed molecular modelling for StaI and StaK enzymes because attempts to crystallise all the soluble halogenases did not return any result (only StaI had a single crystal which showed not reproduzible). ComH, StaI and StaK were purified and they had an yellow colour indicating the co-purification with FAD.Orf8* was predominantly insoluble. SDS-PAGE gel showed that StaI had high purity already after the affinity purification and the molecular exclusion indicates that it had a tendency to aggregate. By the analysis of CD was possible to observe the structural integrity of StaI and ComH, which shows, as expected, the presence of -helixes and β-sheets. The DLS analysis shows the oligomerization ...
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Estudo de amostras de Staphylococcus coagulase-negativa quanto a formação de biofilme

Bernardi, Adilson César Abreu [UNESP] 13 December 2005 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-12-13Bitstream added on 2014-06-13T19:22:47Z : No. of bitstreams: 1 bernardi_aca_dr_arafcf.pdf: 1525508 bytes, checksum: c65f0bdce77e95dac615f5ee33dd6287 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Os Staphylococcus coagulase-negativa, particularmente, os Staphylococcus epidermidis são a causa mais freqüente de infecções relacionadas ao cateter por sua habilidade em aderir a uma superfície e entre si (aderência intercelular) formando biofilme em multicamadas sobre superfícies de polímeros. O objetivo do presente estudo foi avaliar cepas hospitalares de Staphylococcus coagulasenegativa isoladas de cateteres intravenosos, quanto à resistência a oxacilina, produção de slime, aderência ao poliestireno, habilidade de formar biofilme sobre superfícies abióticas (cateter esterilizado) e a presença de genes icaAD. Na presente pesquisa, a presença de icaA e icaD foi determinada pelo método PCR, em uma coleção de 27 amostras Staphylococcus coagulase-negativa (10 Staphylococcus epidermidis, 4 S. haemolyticus, 2 S. hominis, 2 S. lugdunensis, 1 S. saprophyticus, 1 S. schleiferi, 2 S. xylosus e 4 S. warneri). Os genes icaAD foram detectados em dez cepas S. epidermidis... / Coagulase-negative Staphylococcus, particularly, Staphylococcus epidermidis are frequent cause of infections associated with catheters and is attributed to the attachment ability on a surface and each other (intercellular adhesion) forming a multilayered biofilm on polymeric surfaces. The objective of the present study was to evaluate coagulase-negative Staphylococcus strains isolated from intravenous catheters by oxacillin resistance, slime production (qualitative method) and spectrophotometric assay (quantitative method), ability to form biofilm on abiotic surfaces (steriled catheter) and the presence of icaAD genes. In the present study icaA and icaD were determined by PCR method, in a collection of 27 coagulasenegative Staphylococcus (10 Staphylococcus epidermidis, 4 S. haemolyticus, 2 S. hominis, 2 S. lugdunensis, 1 S. saprophyticus, 1 S. schleiferi, 2 S. xylosus and 4 S. warneri). The icaA genes were detected in nine S. epidermidis and icaD in ten. The slime-producing ability was determined by culture on Congo red agar plates in which slime-producing strains formed black colonies in 10 S. epidermidis, 4 S.haemolyticus, 4 S. warneri, 2 S. xylosus and 1 S. chromogenes, while nonslimeformingones develop red colonies. The quantitative assay of coagulase-negative Staphylococcus was observed in 19 strains, including: 10 S. epidermidis, 3 S.haemolyticus, 3 S. warneri, 2 S. xylosus, 1 S. chromogenes. The ability of coagulasenegative Staphylococcus to form biofilm embedded in an amorphous substance wasobserved by scanning electronic microscope on abiotic surface in 10 S. epidermidis,3 S. haemolyticus, 2 S. hominis, 2 S. lugdunensis, 1 S. saprophyticus, 1 S. schleiferi,2 S. xylosus and 3 S. warneri. The oxacillin resistance was observed in 9 strains S.epidermidis, 3 S. haemolyticus, 3 S. warneri, 1 S. xylosus and 1 S. chromogenes. All strains of staphylococci were susceptible... (Complete abstract, click eletronic address below)
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Perfil de suscetibilidade, genes de resistência aos aminoglicosídeos e similaridade genética em amostras de Acinetobacter baumannii isoladas em um Hospital Terciário

Mataruco, Mayra Mioto [UNESP] 13 May 2015 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-09-17T15:26:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-05-13. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:45:46Z : No. of bitstreams: 1 000846304.pdf: 3321509 bytes, checksum: c673b1568c327961a322434f621d5c56 (MD5) / Acinetobacter baumannii é frequentemente encontrado em infecções hospitalares, ocasionando pneumonia associada à ventilação, bacteremia, infecções de trato urinário e meningite secundária. Nos últimos anos, o uso extensivo de antimicrobianos em hospitais contribuiu para o aumento e emergência de cepas resistentes, incluindo os carbapenêmicos, os principais recomendados no tratamento. Assim, os aminoglicosídeos ganham importância como opção terapêutica. A resistência a estes antimicrobianos é decorrente, principalmente, da produção de enzimas modificadoras de aminoglicosídeos (AMEs) e de enzimas 16S rRNA Metilases. No Brasil, informações sobre o perfil de suscetibilidade e genes que codificam estas enzimas são escassas. Assim, é fundamental a identificação de mecanismos de resistência e reservatórios potenciais, bem como realizar comparação de isolados para controlar a disseminação de A. baumannii no ambiente hospitalar. O presente estudo teve como objetivos avaliar e comparar o perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos, genes de enzimas modificadoras de aminoglicosídeos (AMEs), genes de enzimas 16S rRNA Metilases e similaridade genética entre isolados de A. baumannii com importância clínica no Hospital de Base (HB) de São José do Rio Preto, SP. Além disso, estes resultados foram comparados com um estudo anterior realizado no mesmo hospital. Foram avaliados 32 isolados coletados no período entre dezembro de 2013 a maio de 2014. A identificação da espécie foi realizada por metodologias automatizadas e confirmada por Duplex-PCR. Os testes de suscetibilidade aos antimicrobianos foram resultantes de teste automatizado de microdiluição e disco-difusão, para aminoglicosídeos Amicacina (AK), Gentamicina (CN), Tobramicina (TOB) e Canamicina (CAN), de acordo com o CLSI, 2014 e FDA, 2013. Primers específicos e PCRmultiplex foram usados para a detecção dos genes... / Acinetobacter baumannii is found in nosocomial infections, causing ventilator-associated pneumonia, bacteremia, urinary tract infections and secondary meningitis. In recent years, the extensive use of antibiotics in hospitals has contributed to the rise and emergence of A. baumannii strains resistant to a wide range of antimicrobials, including carbapenems, main antibiotics recommended on treatment. In this context, aminoglycosides gain importance as therapeutic options. Resistance to aminoglycosides is mainly due to the Aminoglycoside Modifying Enzymes (AMEs) and 16S rRNA Methylases production. In Brazil, high infection rates to carbapenem-resistant A. baumannii are observated, however information about aminoglycoside susceptibility profile and occurance of this genes are scarce. Thus, it is essential to identify resistance mechanisms and potential reservoirs, as well as perform comparison of isolates to control the spread of A. baumannii in the hospital environment. This study aimed to evaluate and compare the antimicrobial susceptibility profile, genes of aminoglycoside modifying enzymes and 16S rRNA Methylases and genetic similarity among A. baumannii isolates with clinical importance at Hospital de Base (HB) in São José do Rio Preto, SP. Additionally, the results were compared to another previous study achieved in the same hospital. 32 isolates collected between December 2013 and May 2014 were evaluated. Specie identification was performed using automated methodology and confirmed by Duplex- PCR. The susceptibility tests were the result of automated and disc-diffusion tests - for aminoglycosides Amikacin (AK), Gentamicin (CN), Tobramycin (TOB) and Kanamycin (K) - according to CLSI, 2014 and FDA, 2013. Specific primers and Multiplex-PCR were used in AMEs' and 16S rRNA Methylases' genes detection and primers REP1-REP2 were used in molecular typing by REP-PCR. All the isolates of this study...
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"Resistência aos beta-lactâmicos e detecção dos genes blashv, blatem, blactx-m e blages em Enterobacteriaceae isoladas de efluentes hospitar e comunitário em um município do noroeste paulista" /

Ruiz, Leonardo Guizilini Plazas. January 2010 (has links)
Orientador: Mara Corrêa Lelles Nogueira / Banca: Doroti de Oliveira Garcia / Banca: Fátima Pereira de Souza / Resumo: As Enterobacteriaceae constituem um importante grupo de patógenos humanos, causadores de infecções hospitalares e comunitárias. Nestas bactérias, a produção de beta-lactamases de espectro estendido (ESBL) é um dos principais mecanismos de resistência aos antibióticos, e responsável pela falha da terapia antimicrobiana. Enterobactérias resistentes a antibióticos são encontradas em águas superficiais e apresentam alta prevalência em águas servidas, inclusive pós-tratamento. Esta realidade caracteriza-se como um importante problema de saúde pública, pois estes ambientes atuam como reservatórios de patógenos humanos e de genes de resistência que se disseminam horizontalmente. Crescentes evidências mostram a relação entre a disseminação ambiental de bactérias resistentes e genes de resistência e a evolução da resistência em bactérias de importância clínica. Este estudo investigou a diversidade de enterobactérias produtoras de ESBL e a presença dos genes blaSHV, blaTEM, blaCTX-M e blaGES em amostras de água coletadas de efluentes hospitalar e comunitário em um município localizado na região noroeste do estado de São Paulo. Genes de resistência foram detectados em várias espécies de Enterobacteriaceae apresentando resistência a diversas classes de antimicrobianos. Estes dados indicam a necessidade de adoção de medidas para o controle da disseminação de bactérias resistentes a antimicrobianos e seus genes no meio ambiente. / Abstract: The Enterobacteriaceae constitutes an important group of human patogens, causing of hospital and communitarian infections. In these bacteria, the production of extended spectrum beta-lactamases (ESBL) is one of the main mechanisms of resistance the antibiotics, responsible for the imperfection of the therapy against infections for gram-negative bacilli. Enterobacteria resistant the antibiotics are found in superficial waters and present high prevalence in served waters, also post-cure. This reality is characterized as an important problem of public health, therefore these environments act as reservoirs of human patogens and genes of resistance that if spread through horizontal transmission. Increasing evidences show the relation between the ambient dissemination of resistant bacteria and genes of resistance and the evolution of the resistance in bacteria of clinical importance. This study it investigated the diversity of producing Enterobacteria of ESBL and the presence of the genes blaSHV, blaTEM, blaCTX-M and blaGES in water samples collected in the system of sewers in a city located in the region the northwest of the state of São Paulo. The respective genes of resistance had been detected in several strains producing of ESBL presenting profile of multiple resistant to the diverse antimicrobials groups, suggesting the necessity of the surveillance and the adoption of measures for the control of the dissemination of the genes of resistance in the environment. / Mestre

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