Orientador: Ana Maria Lima de Azeredo-Espin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-09T08:21:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rosa_AlineCoelhoda_M.pdf: 1020874 bytes, checksum: 5958193e586711ee1cf0c5fe30134718 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Este trabalho consiste na construção de uma biblioteca genômica enriquecida em microssatélites e na caracterização de dez locos polimórficos para a espécie Haematobia irritans irritans (Diptera: Muscidae), popularmente conhecida como mosca-dos-chifres, um ectoparasita de grande importância econômica para a pecuária de diversos países, principalmente no Brasil. A biblioteca genômica enriquecida em microssatélites teve um rendimento de 67% considerando-se o número de microsatélites (contendo mais de 7 repetições em série) caracterizados em um total de 109 sequências analisadas. Um rendimento de 22% foi encontrado referente à obtenção de 16 locos potencialmente informativos. Dos microssatélites identificados nesta análise, 85% possuíam motivos (CA)n e apenas 12% apresentaram motivos (GA)n, apesar da biblioteca ter sido enriquecida para ambos os motivos. Neste projeto, dez locos polimórficos de microssatélites foram descritos para a espécie H. irritans. Destes, oito locos apresentaram motivos dinucleotídeos, sendo cinco motivos (CA)n e três motivos (GA)n, além da identificação de um loco com motivo trinucleotídeo (CAA)7 e um tetranucleotídeo (CCGT)6. Entre os dez locos polimórficos, o número de alelos por loco variou entre dois e oito, tendo uma média de quatro alelos por loco, considerados um número baixo quando comparado com outras espécies de dípteros. As heterozigosidades esperada e observada apresentaram um intervalo de 0,1421-0,7702 e 0,1500-0,6750, respectivamente. Os valores de heterozigosidade também foram considerados baixos, sendo inferiores a 0,5 em pelo menos três locos. Após correção seqüencial de Bonferroni, oito locos não apresentaram desvios significativos pelo esperado por Hardy-Weinberg, bem como não foi verificado desequilíbrio de ligação entre os pares de locos. A caracterização destes marcadores microssatélites polimórficos, é potencialmente informativa para elucidar questões evolutivas envolvendo H. irritans como a compreensão da dinâmica populacional e estrutura genética desta espécie. A análise deste marcador molecular poderá orientar projetos de manejo e controle da mosca-dos-chifres / Abstract: The aim of this work was the construction of a genomic microsatelliteenriched library for the species Haematobia irritans irritans (Diptera: Muscidae), commonly known as ¿horn fly¿, an ectoparasite of great economic importance world-wide, and particularly in Brazil. Here we describe ten polymorphic microsatellite loci isolated from this species. From a complete set of 109 sequences analised, 67% contained microsatellites regions (considering sequences with more than 7 repeats). The analysis of these sequences resulted in the identification of 16 potentially informative microsatellites loci (an efficience of 22%). Regarding the composition of the microsatellites sequenced retrived in this process, 85% have (CA)n motifs and only 12% have (GA)n motifs, despite enrichment on both. From the ten polymorphic microsatellite loci isolated from H. irritans, 8 have dinucleotide motifs (5 (CA)n and 3 (GA)n), one was a trinucleotide motif (CAA)7 and one was a tetranucleotide motif (CCGT)6. The number of alleles per locus ranged from two to eight, with an average of four alleles per locus. This number of alleles was considered low if compared with other dipterans studies. The expected and observed heterozigosities ranged from 0,1421 to 0,7702 and 0,1500 to 0,6750, respectively. Heterozigosity values were considered low. In this analysis, at least three loci presented heterozigosity values under 0,5. After sequential Bonferroni correction, significant deviation from Hardy-Weinberg equilibrium was found for 2 loci. No linkage disequilibrium was observed between pairs of loci after correction for multiple tests. The characterization of these polymorphic microsatellites markers is potentially informative to investigate evolutionary questions regarding H. irritans populations by providing fundamental insights into population dynamics and genetic structure. Further projects on horn flies control and management could also benefit from this molecular marker analysis / Mestrado / Genetica Animal e Evolução / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Rosangela M. S. Resende / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-14T22:16:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos-Garcia_MelissadeOliveira_D.pdf: 5324075 bytes, checksum: e6ca57392002e1631d9b7a3bcc4c96e7 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: No Brasil, a pecuária bovina é baseada principalmente na utilização de pastagens para alimentação animal, sendo a maioria destas cultivadas. Gramíneas do gênero Urochloa P. Beauv. originárias da África Setentrional têm sido as mais utilizadas pelos pecuaristas, juntamente com algumas leguminosas de origem sul-americana. Os maiores problemas enfrentados pelos produtores são a degradação das pastagens e o seu alto custo de recuperação, principalmente pela necessidade de uso de fertilizantes químicos nitrogenados. Devido à capacidade das leguminosas de transformar o nitrogênio atmosférico e fixá-lo no solo, seu uso consorciado a gramíneas pode ser indicado como uma alternativa menos onerosa para recuperação das pastagens. Dentre as leguminosas já testadas como pastagens, as do gênero Stylosanthes Sw. têm se mostrado passíveis de utilização em regiões de solos de baixa fertilidade, apresentando bons resultados quando consorciadas a gramíneas. O Brasil é o maior centro de origem e diversidade deste gênero, com ocorrência das espécies de maior potencial forrageiro, havendo vários acessos disponíveis em bancos de germoplasma. Para que os programas de melhoramento possam utilizar de forma adequada os bancos de germoplasma existentes, é necessário um conhecimento da quantidade e da distribuição da diversidade genética dentro dessas coleções. Além disso, para grande parte das espécies do gênero, as taxas de cruzamento são desconhecidas ou foram estimadas com base em caracteres morfológicos, que podem sofrer influência do ambiente e são encontrados em número restrito. Nesse contexto, no presente trabalho foram desenvolvidos marcadores microssatélites para três espécies do gênero Stylosanthes Sw. (S. capitata Vog., S. guianensis (Aubl.) Sw. e S. macrocephala Ferr. et Costa). Devido à disponibilidade dos experimentos, foi possível utilizar os microssatélites desenvolvidos para estimar a taxa de cruzamento de S. capitata Vog. e S. guianensis (Aubl.) Sw., mostrando que ambas as espécies apresentam um sistema misto de reprodução com predominância de autogamia. Considerando que as flores de Stylosanthes são cleistógamas, a taxa de cruzamento encontrada foi alta (26% ara S. guianensis (Aubl.) Sw. e 31% para S. capitata Vog.) e deve ser considerada durante a multiplicação de sementes para manutenção do banco de germoplasma, a fim de manter a integridade individual de cada acesso. Foi também observada uma variação da taxa de cruzamento entre diferentes progênies. Também foi avaliada a diversidade genética em bancos de germoplasma de duas espécies do gênero (S. guianensis (Aubl.) Sw. e S. macrocephala Ferr. et Costa), mostrando a formação de grupos bem definidos entre os acessos dessas espécies e que podem ser considerados durante o melhoramento. Em S. guianensis (Aubl.) Sw., que apresenta uma classificação taxonômica controversa, os grupos formados estão de acordo com um dos modelos taxonômicos propostos. Os microssatélites desenvolvidos, assim como os dados de taxa de cruzamento e de diversidade genética gerados nesse trabalho, são um passo em direção a um melhor entendimento do gênero e uma ferramenta para que novos trabalhos possam ser realizados. / Abstract: In Brazil, most of the cattle are grown in cultivated pastures. Forage grasses belonging to the African genus Urochloa P. Beauv. have been the most commonly used, together with some American legumes. Soil degradation and high costs for reclaiming are the major problems of pastures, since nitrogen enrichment is necessary. Considering that legumes can fix atmospheric nitrogen into soil, their use in consortium with grasses has been a plausible alternative for soil reclaiming. Among feasible legumes for pastures, those belonging to the genus Stylosanthes Sw. have proved to be suitable for low fertile soils and and for consortium with grasses. Brazil is the major center of origin and diversity of this genus, including its most promising species. Many Stylosanthes Sw. accessions are available in germplasm collections and their use could be potentiated by further knowledge on the available genetic diversity. In addition, there is still limited knowledge on the mating system of most of Stylosanthes Sw. species. In the present work, microsatellite markers were developed for S. capitata Vog., S. guianensis (Aubl.) Sw. and S. macrocephala Ferr. et Costa aiming at studying the genetic diversity and mating systems of Stylosanthes Sw. species. The microsatellite analysis on the mating system of S. capitata Vog. and S. guianensis (Aubl.) Sw. showed a mixed mating system with predominance of self-fertilization. Considering that Stylosanthes flowers are cleistogamous, the observed outcrossing rates wererelatively high, being 26% for S. guianensis (Aubl.) Sw. and 31% for S. capitata Vog.. These outcrossing rates should be taken into consideration in seed multiplication, for the purpose of maintaining the genetic integrity of individual accessions. Variation in the estimates of outcrossing among different progenies was observed. The microsatellite studies on the genetic diversity in S. guianensis (Aubl.) Sw. and S. macrocephala Ferr. et Costa demonstrated that there are genetic distinct groups within the germplasm collection that could be useful for breeding purposes. In S. guianensis (Aubl.) Sw., which has a controversial taxonomy, the observed groups were in agreement with one of the proposed taxonomical classification. The microsatellites developed for Stylosanthes Sw. species and the data on mating system and genetic diversity presented herein represent important knowledge and tools towards the understanding of this genus and are potentially useful for further studies. / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientador: André Olmos Simões / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-26T03:43:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Scatigna_AndreVito_M.pdf: 3305692 bytes, checksum: 2c9fe2f311dab327995537083164034a (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Philcoxia é um gênero recentemente descrito, composto por quatro espécies reconhecidas e uma nova espécie, endêmicas das formações arenosas do Cerrado e Caatinga. Por conta de sua raridade e da vulnerabilidade de seu habitat, o gênero pode ser considerado criticamente ameaçado de extinção. Recentes evidências filogenéticas sustentam a inclusão do gênero na tribo Gratioleae (Plantaginaceae). Entretanto, as relações de Philcoxia dentro da tribo continuam controversas desde sua descrição. Apresentamos, aqui, estudos filogenéticos de Gratioleae, focados no teste do monofiletismo de Philcoxia, suas relações interespecíficas e seu posicionamento. As análises filogenéticas foram feitas pelos métodos de Máxima Parcimônia e inferência Bayesiana. Sequências dos íntrons rpl16, rps16 e trnL e do espaçador trnL-trnF, todas do DNA cloroplastidial, foram analisadas, incluindo 31 amostras, entre as quais quatro espécies de Philcoxia, 23 outras espécies de Gratioleae e mais quatro táxons (grupo externo) de Plantaginaceae. As espécies de Philcoxia formam um clado fortemente sustentado, irmão de Stemodia stellata. Philcoxia minensis é mais próxima de P. rhizomatosa e P. bahiensis é mais próxima de P. tuberosa. O clado que inlcui Philcoxia e S. stellata é relacionado aos clados formados por Achetaria, Scoparia e alguns representantes de Stemodia. Realizamos, também, o desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites inéditos para estudos em genética de populações voltados para conservação de P. minensis. Pares de iniciadores foram desenhados para 27 locos de microssatélites e testados em 30 indivíduos de uma população de P. minensis e em quatro indivíduos de P. bahiensis. Dezessete locos foram amplificados com sucesso, doze dos quais se mostraram polimórficos. Os 12 marcadores polimórficos serão usados em futuros estudos relacionados ao sistema de reprodução e à diversidade genética de P. minensis e são potenciais ferramentas para esses estudos com P. bahiensis. Além disso, a nova espécie Philcoxia rhizomatosa é descrita e ilustrada. Ela apresenta folhas maiores que outras espécies do gênero e também possui um rizoma bastante conspícuo e ramificado. Esta nova espécie é aparentemente endêmica de um areal em Botumirim, Minas Gerais, em vegetação de transição entre Cerrado e Caatinga. Testes de carnivoria positivos sugerem que P. rhizomatosa é uma planta carnívora / Abstract: Philcoxia is a recently described genus, composed of four currently recognized species and one additional new species, endemic to the Brazilian sandy formations of the Cerrado and Caatinga. Due to its rarity and the vulnerability of the formation where it occurs, this genus could be treated as critically endangered. Recent evidences from molecular phylogenetics support the inclusion of the genus within the tribe Gratioleae (Plantaginaceae). The affinities of Philcoxia within the tribe, however, have been controversial since it was first described. Here, we present a phylogenetic analysis of Gratioleae, focusing on the test of the monophyly of Philcoxia, its interspecific relationships and its placement. Phylogenetic analyses were conducted using Maximum Parsimony and Bayesian approaches. Sequence data from rpl16, rps16 and trnL introns and trnL-trnF intergenic spacer were analysed, including 31 samples representing four species of Philcoxia, 23 additional Gratioleae species and four outgroup taxa from Plantaginaceae. Philcoxia species form a strongly supported clade, sister of Stemodia stellata. Philcoxia minensis is closely related to P. rhizomatosa and P. bahiensis is closer to P. tuberosa. The clade Philcoxia plus S. stellata is related to clades formed by Achetaria, Scoparia and Stemodia representatives. We also developed and characterized new microsatellite markers as tools for further studies in population genetics aiming the conservation of P. minensis. Primer pairs were developed for 27 microsatellite loci and validated in 30 individuals of P. minensis from a natural population and tested in four idivividuals from a natural population of P. bahiensis. Seventeen loci successfully amplified, twelve of which were polymorphic. The 12 polymorphic markers are suitable for studies concerning mating system and genetic diversity of P. minensis and also may be usefull tools to study similar issues regarding its related species, P. bahiensis. In addition, the new species Philcoxia rhizomatosa is described and illustrated. It has bigger leaves than other species in the genus and presents a conspicuous and branched rhizome. This new taxa is possibly endemic to a sand patch in the transition vegetation between the Cerrado and the Caatinga in Botumirim, Minas Gerais, Brazil. Tests for carnivory were performed and showed activity of phosphatase, suggesting that P. rhizomatosa is a carnivorous plant / Mestrado / Biologia Vegetal / Mestre em Biologia Vegetal

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Antonio Augusto Franco Garcia / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Economia / Made available in DSpace on 2018-08-20T23:12:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Souza_LiviaMourade_D.pdf: 2370923 bytes, checksum: b0c800b4425fab2c0c9fda9cbbb4798d (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: A seringueira é uma espécie de cruzamento misto e com um longo ciclo de vida, o que dificulta a geração de linhagens endogâmicas e, por consequência, a construção e integração de mapas de ligação usando as metodologias convencionais. A exemplo do que tem sido feito em outras espécies vegetais que apresentam limitações para a obtenção de linhagens endogâmicas, os mapas genéticos existentes para seringueira foram construídos utilizando populações F1 (com diferentes tipos de segregação). A integração dos mapas obtidos para cada um dos genitores é possível com base em marcadores bi-parental, onde ambos os genitores são heterozigóticos podendo segregar nas proporções 1:1:1:1, 1:2:1 e 3:1 na progênie F1. Além disso, o uso de marcadores codominantes e multialélicos, como os microssatélites, acrescentam muito à construção do mapa, uma vez que permite a obtenção de estimativas de frequência de recombinação e da fase de ligação com um menor viés. Os microssatélites são marcadores moleculares consagrados, sendo eles a ferramenta de escolha no estudo de diversos organismos pela simplicidade de uso e de análise. Entretanto, para espécies que ainda não têm grande parte de seu genoma sequenciado, a obtenção de marcadores desse tipo passa pela necessidade de desenvolvimento via bibliotecas genômicas. Esse trabalho objetivou desenvolver, caracterizar e mapear microssatélites em Hevea brasiliensis para possibilitar estudos genético-moleculares da variação morfológica, identificação de regiões genômicas associadas a fenótipos de interesse, bem como análises genético-populacionais. Uma biblioteca genômica enriquecida em motivos repetitivos foi construída, a partir da qual foram desenvolvidos os microssatélites utilizados nesse trabalho. A utilização dos microssatélites de Hevea brasiliensis em amplificações heterólogas envolvendo seis espécies do gênero Hevea resultou em aproximadamente 98% de sucesso nas amplificações, sugerindo a existência de um complexo formado pelas diferentes espécies do gênero. Um mapa genético-molecular foi construído utilizando-se 284 marcadores microssatélites na análise de uma população segregante F1 com 270 indivíduos, a partir do cruzamento entre os genitores PB217 e PR255. Por meio da utilização do programa ONEMAP foi possível a construção de um mapa de ligação integrado que revelou 2840 cM de extensão, distribuídos em 23 grupos de ligação. O mapeamento de QTLs realizado utilizando metodologia de mapeamento por intervalo composto (CIM) detectou 24 QTLs para altura e circunferência das plantas entre as estações de verão e inverno. Este trabalho é pioneiro na construção de um mapa integrado para seringueira pelo fato dele ter sido construído unicamente com marcadores microssatélites, os quais são altamente informativos. Além disso, é também o primeiro estudo envolvendo análise de QTL para características relacionadas ao crescimento de plantas em seringueira, bem como é inédita a aplicação da metodologia CIM para população F1 segregante / Abstract: The rubber tree is an mixed crossing species with a long life cycle, which makes it difficult for the generation of inbred lines, and, therefore, the construction and integration of linkage maps by using conventional methodologies. Similar to what has been reported from other plant species that have limitations to obtain inbred lines, the genetic maps for rubber tree have been constructed by using F1 populations (with different types of segregation). The integration of maps obtained for each of the genitors is possible based on bi-parental markers, where both genitors are heterozygous, being able to segregate in ratios 1:1:1:1, 1:2:1 and 3:1 in the F1 progeny. Moreover, the use of co-dominant and multi-allele markers, such as microsatellites, adds a lot to the construction of maps, since it allows the obtainment of estimates of recombination frequency and linkage phase with less bias. The microsatellites are established molecular markers which are the tool of choice in the study of various organisms for their simplicity of use and analysis. Nevertheless, their application in species whose genomes have not yet been sequenced requires a prior development phase. The present study intended to develop, characterize and map microsatellites for the species Hevea brasiliensis so that initiatives concerning morphological variation, identification of genomic regions linked to phenotypes of interest, as well as population genetic analysis. A repetitive DNA-enriched library was constructed from which it was developed the microsatellites used in this work. The use of Hevea brasiliensis microsatellites for heterologous amplification in other six Hevea species was done with approximately 98% of success ratio, suggesting the existence of a complex formed by different species. A molecular genetic map was constructed using 284 microsatellite markers in the analysis of an F1 segregating population with 270 individuals from a cross between the parents PB217 and PR255. By using the program ONEMAP it was possible the construction of an integrated linkage map that revealed 2840 cm in length, divided into 23 linkage groups. The QTL mapping methodology was performed using composite interval mapping (CIM) and detected 24 QTLs for plant height and circumference between summer and winter. This work is a pioneer in building an integrated map for rubber because it was built only with microsatellite markers, which are highly informative. Furthermore, it is also the first one involving the analysis of QTL for characteristics related to the growth of rubber tree plants, as well as novel application of the CIM methodology for this type of population / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Submitted by MARCOS LEANDRO TEIXEIRA DE OLIVEIRA (marcosteixeira@ufv.br) on 2018-11-01T11:22:07Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 993827 bytes, checksum: 8498e005f6e2efc67c76122e44845c7f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-01T11:22:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 993827 bytes, checksum: 8498e005f6e2efc67c76122e44845c7f (MD5) Previous issue date: 2018-07-06 / O mal das folhas da seringueira (MDF) é uma doença destrutiva causada pelo fungo Pseudocercospora ulei que pode afetar severamente a seringueira em monocultura na América tropical. O agente causal da doença é um patógeno hemibiotrófico que apresenta crescimento lento in vitro. O isolamento de DNA de boa qualidade em quantidades adequadas não é uma tarefa fácil devido à falta de um protocolo padrão e a dificuldade de cultivar P. ulei em condições de laboratório. Embora o MDF seja conhecido por mais de um século, informações sobre a estrutura genética na região amazônica, seu centro de origem, permanecem desconhecidas. Neste trabalho foram avaliados protocolos adequados para a extração de DNA e a estrutura genética da população de P. ulei na região amazônica. Foram comparados seis protocolos de extração em relação a pureza e ao rendimento do DNA. Um total de 61 isolados foram amostrados ao longo das bacias hidrográficas Madeira, Purus e Juruá localizadas na região amazônica e genotipados para 12 locos SSR. O protocolo de extração de DNA de Doyle e Doyle foi o único que apresentou concentração consistente e melhor qualidade do DNA extraído. Houve desequilíbrio de ligação entre os alelos e diferenciação genética entre populações geograficamente distantes foi detectada. A análise de componentes principais revelou agrupamento dos isolados de acordo com os limites das bacias hidrográficas. Foram formados dois grupos, um constituído pelos indivíduos da bacia do rio Madeira e o outro composto por indivíduos dos rios Purus e Juruá. / South American leaf blight (SALB) is a destructive disease caused by the fungus Pseudocercospora ulei that can severely affect rubber tree in monoculture in tropical America. The causal agent of the disease is a hemibiotrophic pathogen, that grows slowly under in vitro conditions. Isolation of good quality DNA in proper quantities is not an easy task due to the difficulties in the handling of P. ulei under laboratory conditions and the lack of a standard protocol. Although SALB has been known for nearly a century, information on the genetic structure of P. ulei in the Amazon region, its center of origin, remains unknown. In this work, adequate protocols for DNA extraction were assessed and the population genetic structure of P. ulei in the Amazon region was determined using 12 microsatellite loci (SSR). Six extraction protocols were compared regarding yield and purity of the DNA. A total of 61 isolates were sampled along the Madeira, Purus and Juruá watersheds located in the Amazon region and SSR genotyped. The Doyle and Doyle DNA extraction protocol was the one that presented consistent and better quality extracted DNA. There was linkage disequilibrium between alleles and genetic differentiation between geographically distant populations was detected. Principal component analysis revealed clustering of the isolates according to the watershed boundaries. Two groups were formed, one comprised by individuals from the Madeira river and the other comprised of individuals from the Purus and Juruá rivers.

Orientador: Anete Pereira de Souza. / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-27T05:07:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Durigan_Mauricio_D.pdf: 7600085 bytes, checksum: 74ae2337a73b6edfb14a403af4ffa590 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: Giardia duodenalis é um protozoário flagelado que parasita o homem e diversos animais domésticos e selvagens. Este parasito causa a doença giardiose que é uma das mais prevalentes doenças parasitárias de veiculação hídrica do mundo, responsável por aproximadamente 280 milhões de casos anualmente. Existe uma considerável variabilidade genética em G. duodenalis, de modo que seus isolados foram divididos em oito grupos genéticos (A-H), dois dos quais (A e B) são encontrados tanto em humanos quanto em animais. Os demais grupos (C-H) parasitam outros animais e apresentam maior especificidade a determinados hospedeiros não humanos. A contaminação ambiental por Giardia tem sido amplamente descrita embora esses estudos, em sua maioria, são realizados no nível de identificação de espécie. Há falta de estudos que correlacionam a contaminação ambiental e infecções clínicas na mesma região. O presente trabalho teve como objetivo principal contribuir para o conhecimento da diversidade genética da espécie Giardia duodenalis. Primeiramente, foi realizada a genotipagem multilocos dos principais grupos genéticos de G. duodenalis na região metropolitana de Campinas. Foram encontrados grupos genéticos associados principalmente a infecções humanas bem como isolados com potencial zoonótico em amostras ambientais e obtidas de outros animais. Foi encontrado um alto percentual (25%) de amostras com grupos genéticos mistos e um elevado número de haplótipos distintos, indicando grande diversidade genética do parasito nessa região. Na segunda parte deste trabalho, foi realizado um estudo populacional com amostras clínicas de Giardia provenientes de hospital, creche e centro de controle de zoonoses e amostras ambientais de esgoto hospitalar, efluente de estação de tratamento de esgoto e amostras hídricas de importantes rios e córregos urbanos. As análises populacionais, com exceção das amostras caninas, evidenciaram grande similaridade genética entre essas populações de Giardia. Na terceira parte do presente trabalho, foi realizada uma busca por repetições microssatélites (SSRs) nos genomas publicados de Giardia para desenvolvimento, caracterização e avaliação de polimorfismo de novos marcadores microssatélites. Foram encontrados 506, 438, 402 e 507 microssatélites correspondentes aos genomas AI, AII, B e E, respectivamente. Foram selecionados 80 SSRs específicos aos grupos genéticos A, B e E (40, 20 e 20, respectivamente), além de 36 SSRs compartilhados entre os três genomas. A análise de amplificação confirmou a existência de marcadores específicos aos grupos genéticos A, B e E, além de marcadores compartilhados entre os grupos. A caracterização dos SSRs permitiu a detecção de 12 locos SSRs polimórficos do grupo genético A e sete locos SSRs polimórficos do grupo genético B. Dentre os marcadores compartilhados, o loco GduABE01 apresentou polimorfismo. Os locos polimórficos podem servir para futuros estudos populacionais e os marcadores desenvolvidos podem ser utilizados para identificação dos principais grupos genéticos de G. duodenalis em amostras clínicas e ambientais. Os resultados apresentados contribuem para um melhor entendimento sobre a diversidade genética do parasito bem como sobre a presença de grupos com potencial zoonóticos inter-relacionados em diferentes regiões. Os novos marcadores moleculares disponibilizados podem contribuir para novos estudos populacionais, promovendo melhor discriminação entre os genótipos e possibilitando assim identificar a contaminação e promover o rastreamento da doença / Abstract: Giardia duodenalis is a flagellate protozoan that that parasites humans and several domestic and wild animals. This parasite causes giardiasis, one of the most common waterborne diseases in the world responsible for, approximately 280 million cases per year. There is a great genetic diversity in this species and its isolates have been grouped into eight distinct genetic assemblages (A-H). While groups A and B parasitize different hosts and have zoonotic potential, groups C, D, E, F, G and H usually found in animals and show greater specificity to the parasitized host. Environmental contamination for Giardia has been widely reported however, most of these studies have been performed only at species level. The present study aimed to contribute to the knowledge of the genetic diversity of the species Giardia duodenalis. In the first chapter of this document, multilocus sequence-based genotyping using three gene loci assigned most of the samples as belonging to human genotypes although isolates with zoonotic potential have also been identified in environmental and non-human clinical samples. A high percentage (25%) of mixed assemblages and a high number of different haplotypes were detected, which indicates high genetic diversity of this parasite in this region. In the second chapter, a population genetics study was performed with clinical samples from hospital, day-car center and a center for zoonosis control of the city and environmental samples from hospital sewage, effluent of a wastewater treatment plant and important water samples from rivers and urban streams. With the exception of the canine population, population genetic analysis showed consistent similarity between clinical and environmental populations. In the last chapter, we performed a search for microsatellites (SSRs) in the published genomes of Giardia to develop and characterize the polymorphism of new microsatellite markers. Our group identified 506, 438, 402 and 507 microsatellites of the genomes AI, AII, B and E, respectively. We have selected 80 markers specific to the genetic assemblages A, B and E (40, 20 and 20, respectively) and 36 shared SSRs between the three genomes. Analysis of amplification reactions confirmed the existence of specific loci of each genetic assemblage as well as shared loci among assemblages. Characterization of all loci allowed the detection of 12 polymorphic loci for group A and seven polymorphic loci for group B. Among the shared markers, GduABE01 presented polymorphism. The polymorphic markers can be used in future population genetic studies and the developed markers can contribute to the identification of the main genetic assemblages of G. duodenalis in clinical and environmental samples. The results presented here contribute to a better understanding of the genetic diversity of the parasite as well as the presence of zoonotic potential genotypes, related in different regions. The new molecular markers provided can contribute with population genetic studies in a high level of discrimination that allows identifying the source of contamination and molecular tracking of the disease / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-04-18T17:22:52Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1489452 bytes, checksum: 984999f8ae42f59b9db01a6c863797b5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T17:22:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1489452 bytes, checksum: 984999f8ae42f59b9db01a6c863797b5 (MD5) Previous issue date: 2017-02-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O melhoramento de soja no Brasil não levou em consideração as avaliações de ampliação ou redução da diversidade genética. Ao longo dos anos, o processo de melhoramento da soja pode causar redução da variabilidade genética pelo estreitamento da base genética da cultura. O estudo da diversidade genética, além de ser importante para fins de melhoramento pode ser empregado para avaliação e identificação de descritores adicionais em soja. Essa avaliação é importante para facilitar o processo de distinguibilidade de cultivares, uma vez que os descritores, atualmente em uso, estão se tornando insuficientes para diferenciar as cultivares de soja. Além disso, o estudo da relação entre caracteres pode tornar o processo de seleção mais rápido e eficaz quando pratica-se seleção indireta via caracteres de fácil mensuração que sejam correlacionados com a produção de grãos, a qual é um caráter quantitativo, controlado por muitos genes e com alta influência ambiental. Assim, os objetivos desses estudos foram: I) quantificar a diversidade genética de cultivares de soja de diferentes regiões de adaptação do Brasil e identificar descritores adicionais em soja; II) quantificar a diversidade genética de cultivares de soja por meio de marcadores microssatélites, e verificar se as análises moleculares podem substituir ou complementar as análises fenotípicas na diferenciação das cultivares de soja; III) verificar os efeitos diretos e indiretos de componentes primários e caracteres secundários sobre a produção de grãos em cultivares de soja. Os resultados do primeiro estudo mostraram que os descritores quantitativos agruparam as cultivares por região de adaptação, e os métodos UPGMA, Tocher e projeção gráfica foram concordantes nos agrupamentos nas três épocas de semeadura. O descritor quantitativo número de dias para o florescimento foi o mais importante para a diversidade em outubro de 2013 e abril de 2014, enquanto, em outubro de 2014 foi a altura de planta em R1. Quanto ao descritores qualitativos, o método de Tocher formou mais grupos que o UPGMA nas três épocas de semeadura, diferenciando mais as cultivares. Em todas as épocas houve maior dissimiliaridade dentro de cada região de adaptação. O descritor qualitativo linearidade da haste principal no terço superior foi importante para a diferenciação das cultivares em outubro de 2013 e em abril de 2014, enquanto, a densidade de pilosidade entre nervuras na parte abaxial do folíolo contribuiu para a diferenciação das cultivares em outubro de 2014. Os resultados dos segundo estudo demonstraram que o par de cultivares BRS Tracajá x M 9144 RR foi o mais similar para os marcadores estudados, enquanto, o par DM 6260 RSF IPRO x M 9144 RR foi o mais dissimilar, visto que as cultivares são de regiões de adaptação distintas (Sul e Centro-Oeste). Os métodos de Tocher, UPGMA e projeção bidimensional foram concordantes no agrupamento das cultivares. As cultivares da Monsanto ficaram alocadas em todos os grupos, exceto o grupo 4 do Tocher e dos grupos 5 e 6 do UPGMA. Esses resultados indicam que há variabilidade disponível dentro deste programa de melhoramento para a região Centro-Oeste. As cultivares da Embrapa, Nidera, Dom Mario, DuPont Pioneer ficaram em grupos separados, tanto pelo agrupamento de Tocher como pelo UPGMA. Portanto, há variabilidade entre esses programas de melhoramento. As correlações entre matrizes de distância de dados moleculares e fenotípicos foram de baixa magnitude. Os coeficientes de correlação variaram de r=-0,02 a r= 0,31, portanto, sugere-se que as análises moleculares não substituem as avaliações fenotípicas. Os resultados do terceiro estudo evidenciaram que componente primário peso médio do grão é indicado para seleção indireta para produtividade de grãos de soja, independente da época de semeadura; o componente primário número de vagens por planta foi eficiente para a seleção indireta para a produtividade de grãos na semeadura de abril; o caráter secundário ciclo é indicado para a seleção indireta para produtividade de grãos de soja na semeadura de outubro; os caracteres secundários altura de planta na maturação e período vegetativo são indicados para a seleção indireta para produtividade de grãos de soja na semeadura de abril. / Soybean breeding in Brazil did not take into account the assessments of magnification or reduction of genetic diversity. Over the years, the soybean breeding process can reduce genetic variability by narrowing the crop‘s genetic basis. The study of genetic diversity, besides being important for breeding purposes, can be used to evaluate and identify additional soybean descriptors. This evaluation is important to facilitate the process of distinguishing cultivars, since the descriptors currently in use are becoming insufficient to differentiate soybean cultivars. In addition, the study of the relationship between characters can make the selection process faster and more efficient when indirect selection is practiced via easily measured characters that are correlated with grain yield, which is a quantitative character, controlled by many genes and with high environmental influence. Thus, the objectives of these studies were: I) to quantify the genetic diversity of soybean cultivars from different adaptation regions of Brazil and to identify additional soybean descriptors; II) to quantify the genetic diversity of soybean cultivars by microsatellite markers, and to verify if the molecular analyzes can substitute or complement the phenotypic analyzes in the differentiation of soybean cultivars; III) to verify the direct and indirect effects of primary components and secondary characters on the yield in soybean cultivars. The results of the first study showed that the quantitative descriptors grouped the cultivars by adaptation region, and the UPGMA, Tocher and graphic projection methods were concordant in the groupings at the three sowing seasons. The quantitative descriptor number of days for flowering was the most important for diversity in October 2013 and April 2014, while the plant height at R1 in October 2014 was the most importante to. For the qualitative descriptors, the Tocher method formed more groups than the UPGMA in the three sowing seasons, differentiating more the cultivars. In all sowing seasons there was greater dissimilarity within each region of adaptation. The qualitative descriptor linearity of the main stem in the upper third was important for the cultivar differentiation in October 2013 and April 2014, while the density of pilosity between veins in the abaxial part of the leaflet contributed to the differentiation of the cultivars in October 2014. The results of the second study showed that the pair of cultivars BRS Tracajá x M 9144 RR was the most similar for the studied markers, while the pair DM 6260 RSF IPRO x M 9144 RR was the most dissimilar, since the cultivars are from different regions of adaptation (South and Central West). The Tocher, UPGMA and two-dimensional projection methods were concordant in the grouping of the cultivars. Monsanto’s cultivars were allocated to all groups, except group 4 of the Tocher and groups 5 and 6 of the UPGMA. These results indicate that there is variability available within this breeding program for the Midwest region. The cultivars from Embrapa, Nidera, Dom Mario and DuPont Pioneer were kept in separate groups, both by the Tocher and UPGMA methods. Therefore, there is variability between these breeding programs. The correlations between molecular and phenotypic data distance matrices were of low magnitude. The correlation coefficients ranged from r = -0.02 to r = 0.31, so it is suggested that molecular analyzes do not replace phenotypic evaluations. The results of the third study showed that: the primary component mean weight of grain is indicated for indirect selection for grain yield of soybean, independent of the growing season; the primary component number of pods per plant is indicated for indirect selection for grain yield at sowing in April; the secondary character cycle is indicated for the indirect selection for soybean grain yield at the sowing in October; the secondary characters plant height at maturation and vegetative period are indicated for the indirect selection for soybean grain yield at sowing in April.

Made available in DSpace on 2016-02-05T18:29:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-04-09. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:33:30Z : No. of bitstreams: 1 000856515.pdf: 1748390 bytes, checksum: 16f3b487acd5253a70d9bf0a84f4fc36 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As coleções de culturas são importantes pilares na preservação, catalogação e prospecção da biodiversidade microbiana. Com o propósito de atender ao depósito e fornecimento de material biológico de qualidade, a Central de Recursos Microbianos da UNESP (CRM-UNESP) iniciou sua adequação para alcançar os padrões internacionais de operação e gerenciamento; o que inclui a autenticação taxonômica das culturas mantidas na coleção. Utilizando um método de triagem molecular adaptado nesse estudo (microssatélites), aliado ao uso de marcadores morfológicos e moleculares, realizamos a identificação taxonômica de 189 isolados, de um total de 201 fungos filamentosos selecionados com base na diversidade de fontes de isolamento e mantidos no acervo de pesquisa da CRM-UNESP. Com o intuito de agregar informações sobre o potencial biotecnológico desses isolados, também avaliamos a produção de compostos antimicrobianos. Após a reativação e purificação dos isolados, foram identificados 66 gêneros e 116 espécies, sendo que os gêneros mais abundantes foram: Fusarium (18,9%), Clonostachys (11,4%), Trichoderma (7%) e Penicillium (6,5%). Todos os 201 isolados foram avaliados quanto à produção de metabólitos secundários com propriedade antibacteriana e antifúngica, segundo um método de alto desempenho (também adaptado neste estudo), frente a micro-organismos de interesse agrícola (Xanthomonas citri subsp. citri) e clínico (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Candida albicans, Candida krusei e Candida parapsilosis). Do total dos cultivos brutos avaliados, a maioria (62,7%) apresentou atividade antagonista frente, a pelo menos, um dos micro-organismos de referência. Os cultivos brutos dos fungos Penicillium aurantiogriseum LESF 194, Clonostachys rosea LESF 389, Penicillium dodgei LESF 487, Xylaria sp. 4 LESF 502 e de um isolado não identificado LESF 227 inibiram o crescimento de todos os micro-organismos de... / Culture collections are keystones in the preservation, cataloging and exploration of microbial diversity. In order to meet international standards of deposit and supply of biological materials, the UNESP-Microbial Resources Center (CRM-UNESP) started their suitability for functioning and management to reach international standards; which include taxonomic authentication of cultures preserved in the collection. Using an adapted molecular screening protocol (microsatellites) coupled with morphological and molecular markers, we obtained the taxonomic identification of 189 out of 201 filamentous fungi from the CRM-UNESP research collection. In order to gather information on the biotechnological potential of these isolates, we also evaluated the production of antimicrobial compounds. After revival and purification of fungal isolates, we identified 66 genera and 116 species; comprehending the most abundant genera: Fusarium (18.9%), Clonostachys (11.4%), Trichoderma (7%) and Penicillium (6.5%). All isolates were evaluated for the production of secondary metabolites with antibacterial and antifungal properties, according to a high-throughput method (also adapted in this study), towards agricultural (Xanthomonas citri subsp. citri) and clinical-relevant (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Candida albicans, Candida krusei and Candida parapsilosis) reference strains. The majority of culture broths (62.7%) showed antagonist activity against at least one of the reference strains. Culture broths of Penicillium aurantiogriseum LESF 194, Clonostachys rosea LESF 389, Penicillium dodgei LESF 487, Xylaria sp. 4 LESF 502 and from the non-identified fungus LESF 227 inhibited the growth of all reference strains. Our results contributed for the establishment of two screening approaches in the routine of CRM-UNESP. These methods allowed the identification of the various fungal isolates examined as well as the evaluation of the antimicrobial potential of ...

Resumo: Os marcadores de microssatélites tem sido utilizados com grande freqüência como ferramenta efetiva para estudos de estrutura genética de populações, fluxo gênico, parentesco e para quantificar os efeitos da fragmentação de habitats e guiar estratégias de conservação e melhoramento genético. Este trabalho teve como objetivo avaliar a diversidade genética e o sistema reprodutivo em progênies de duas populações de Myracrodruon urundeuva, procedentes de Aramina-SP e Selvíria-MS, assim como verificar os efeitos da ação antrópica sobre estas populações. Foram avaliadas 25 progênies de cada população, cada uma com 17 a 20 indivíduos, sendo analisados oito locos polimórficos de regiões microssatélites. Observouse 118 alelos nas duas populações e o número efetivo por loco ( e A ∧ = 4,05) foi inferior ao número médio de alelos por loco ( ∧A= 14,75), indicando elevado número de alelos em baixa freqüência. O índice de fixação (F = 0,210 e 0,107, respectivamente para Aramina e Selvíria) foi positivo, relativamente alto e significativamente diferente de zero. A taxa de cruzamento multilocos ( ∧ m t = 1,000 e ∧ m t = 1,000) e unilocos ( ∧ s t = 0,989 e ∧ s t = 0,999) para as populações de Aramina e Selvíria, respectivamente, foram altos, confirmando que a espécie é obrigatoriamente de cruzamento. A diferença entre a taxa de cruzamento multilocos e unilocos indicam cruzamentos entre indivíduos aparentados na população de Aramina. 9 Entretanto, as duas populações apresentaram alta diversidade genética, o que as qualifica para utilização em programas de conservação e melhoramento genético da espécie. / Abstract: The microsatellite markers has been often employed as effective tool for studies of genetic structure of populations, gene flow, relationship and also for to quantify environmental fragmentation effects and to outline strategies for conservation and breeding. This study aimed to evaluate the genetic diversity and mating system in progenies of two Myracrodruon urundeuva populations from Aramina-SP and Selvíria-MS, as well as verify the effects of antropic action on these populations. From each population were evaluated 25 progenies, with 15-20 individuals each, using genetic data from 8 microsatellite loci. There was 118 alleles in both populations and the actual number per locus ( e A ∧ = 4.05) was lower than the average number of alleles per locus ( ∧A = 14.75), indicating high number of alleles in low frequency. The fixation index (F = 0,210 e 0,107, respectively for Aramina and Selvíria) was positive, relatively high and significantly different from zero. The multilocus outcrossing rate ( ∧ m t = 1,000 e ∧ m t = 1,000) single-locus ( ∧ s t = 0,989 e ∧ s t = 0,999) for the populations for Aramina and Selvíria, respectively, they were high, confirming that the species is obligatorily for outcrossing. The difference between the multilocus outcrossing rates and single-locus outcrossing rate indicates mating among relatives in the Aramina population. Meanwhile, the 11 two populations had high genetic diversity, which qualifies them for use in programs for conservation and breeding of this species. / Orientador: Mário Luiz Teixeira de Moraes / Coorientador: Cristina Lacerda Soares Petrarolha Silva / Banca: Alexandre Magno Sebbenn. / Banca: Karina Martins. / Mestre

Orientador: Mario Luiz Teixeira de Moraes / Coorientador: Celso Luiz Marino / Banca: Alexandre Magno Sebbenn / Banca: Leo Zimback / Banca: Bruno Cesar Rossini / Banca: Evandro Vagner Tambarussi / Resumo: Myracrodruon urundeuva (Anacardiaceae) é uma espécie arbórea de ampla distribuição geográfica. Por possuir madeira de reconhecido valor econômico, associada à alta taxa de fragmentação dos seus habitats, encontra-se ameaçada de extinção. Com o intuito de manter a variabilidade genética existente das populações fragmentadas e reduzir perdas na base genética da espécie, sementes de polinização aberta de M. urundeuva foram coletadas em diferentes regiões, no Brasil, para formação do banco de conservação ex situ da Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira, em Selvíria-MS. Esse trabalho foi realizado com o objetivo de caracterizar o sistema de reprodução e estimar parâmetros genéticos populacionais em progênies de M. urundeuva, procedentes de diferentes biomas brasileiros, por meio de caracteres quantitativos de crescimento e marcadores moleculares do tipo microssatélites. Os caracteres altura, diâmetro a altura do peito (DAP), diâmetro médio de copa e sobrevivência (SOB) foram utilizados para avaliar cinco populações: Aquidauana-MS, Selvíria-MS, Itarumã-GO, Paulo de Faria-SP e Seridó-RN. Os valores altos a medianos observados para SOB (96,4% - 70,8%) indicam boa adaptação das populações de M. urundeuva e potencial para uso em reflorestamentos. As estimativas do coeficiente de variação genética oscilaram de 3% a 24,6%, em nível de indivíduo, e de 1,5% a 12,3%, entre progênies, com os maiores valores obtidos para o DAP da população de Seridó. As herdabilidades individuais variaram ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Myracrodruon urundeuva (Anacardiaceae) is a tree species with a wide geographic distribution. Because it has wood of recognized economic value, associated with the high rate of fragmentation of its habitats, it is threatened with extinction. In order to maintain the existing genetic variability of the fragmented populations and reduce losses in the genetic base of the species, M. urundeuva seeds were collected in different regions in Brazil for the formation of the ex situ conservation bank of the Faculty of Engineering of Ilha Solteira (FEIS/UNESP), in Selvíria-MS. This work was conducted with the aims to characterize the mating system and estimate population genetic parameters in M. urundeuva offsprings from different Brazilian biomes, using quantitative growth traits and molecular markers of the microsatellite type. The height, diameter at breast height (DBH), mean crown diameter and survival were used to evaluate five populations: Aquidauana-MS, Selvíria-MS, Itarumã-GO, Paulo de Faria -SP and Seridó-RN. The values high to median observed for survival (96.4% - 70.8%) indicate good adaptation of populations of M. urundeuva and potential for use in reforestation. Estimates of the coefficient of genetic variation ranged from 3% to 24.6%, at the individual level, and from 1.5% to 12.3%, among progenies, with the highest values obtained for the DBH of the Seridó population. The individual heritabilities ranged from moderate (0.41) to low (0.01) for the characters. Using the gen... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor