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Sensibilidade ambiental ao óleo na bacia do Ribeirão Anhumas, Campinas-SP : proposta metodológica para análise conjunta de ambientes terrestres e fluviais /

Camargo, Danilo Mangaba de January 2019 (has links)
Orientador: Rosemarie Rohn Davies / Resumo: Dentre os diversos tipos de acidentes ambientais, aqueles vinculados ao derramamento de óleo têm sido recorrentes em diversos ambientes do globo e dadas as suas consequências, são alvos de destaque pela comunidade científica mundial. A Lei Federal 9.966, de 22 de abril de 2000 regulamenta as ações de transporte e armazenamento de petróleo no território brasileiro. De acordo com a referida lei, cabe ao órgão federal responsável pelo meio ambiente, a consolidação dos planos de contingência – local e regional, instituindo o Plano Nacional de Contingência. Nesse sentido, estão inseridas as cartas de sensibilidade a derrames de óleo (Cartas SAO), produtos cartográficos essenciais, constituídas como relevante fonte de informação na elaboração de planos de contingencia e na avaliação de danos e impactos provenientes desse tipo de ocorrência. A presente pesquisa apresenta a proposição de uma metodologia de análise multicriterial para avaliação da sensibilidade ambiental ao óleo nas áreas continentais, tendo a bacia hidrográfica como unidade de análise. A Bacia do Ribeirão das Anhumas, localizada entre os municípios de Campinas-SP e Paulínia-SP foi selecionada para o estudo de caso. De acordo com as características da região e após o levantamento de dados bibliográficos, foram levantados dez critérios de mapeamento, os quais foram ponderados e classificados em níveis de sensibilidade. Após a ponderação dos critérios, os mapas descritores de cada um deles foram integrados em um softwar... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Among the various types of environmental accidents, those linked to oil spills have been recurrent in several environments around the globe and given their consequences, they are highlighted by the world scientific community. The federal Law 9.966, of the April 22, 2000 regulates the transportation and storage of oil in the Brazilian territory. According to this law, it is the responsibility of the federal agency responsible for the environment to consolidate contingency plans - local and regional, establishing the National Contingency Plan. In this sense, the Oil Spill Sensitivity Map (SAO MAP), essential cartographic products, are included as a relevant source of information in the preparation of contingency plans and in the evaluation of damages and impacts arising from this type of occurrence. This work presents the proposal of a methodology based on multicriteria analysis to evaluate the environmental sensitivity to the oil in the continental areas, having the watershed as unit of analysis. The Ribeirão das Anhumas Watershed, located between the municipalities of Campinas-SP and Paulínia-SP was selected for the case study. According to the characteristics of the region and after the collection of bibliographical data, ten mapping criteria were collected, which were weighted and classified in sensitivity levels. After weighting the criteria, the descriptive maps of each of them were integrated in a geoprocessing software, from the equation characteristic of each model. Th... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Caracterização da erosão hídrica laminar do solo em bacia hidrográfica com base na malha fundiária, por meio de sensoriamento remoto, geoprocessamento e modelagem

Pereira, Luiz Henrique [UNESP] 08 October 2010 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:49Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-10-08Bitstream added on 2014-06-13T20:17:15Z : No. of bitstreams: 1 pereira_lh_me_rcla.pdf: 2022527 bytes, checksum: 43db9492f7f5d60ef8062e4b51523fbe (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Dentre as diversas formas de erosão, a erosão laminar é um dos principais processos de degradação do solo, acarretando sérios danos ao setor produtivo. Este processo pode ser intensificado devido ao uso inadequado que o homem faz da terra, em especial, nas áreas agrícolas. Para minimizar a degradação ambiental, bem como promover o desenvolvimento sócio-econômico, é necessário a elaboração de um planejamento territorial que vise a manutenção da qualidade do ambiente físico, biológico e social. Tendo a bacia hidrográfica como unidade natural para o planejamento, deve-se considerar que nela estão contidas propriedades rurais, que representam grande barreira ao desenvolvimento das práticas exigidas para a sua gestão, além de colaborar com o processo de erosão dos solos. Neste contexto, a presente pesquisa teve como objetivo estimar o aporte de sedimentos, resultante da erosão hídrica laminar do solo, considerando a fragmentação da área da bacia hidrográfica do ribeirão Monjolo Grande (SP), em termos das propriedades rurais nela contidas, com apoio do modelo preditivo Modificação da Equação Universal de Perda de Solo (MEUPS) e das técnicas de Sensoriamento Remoto e Sistemas de Informações Geográficas. Os resultados obtidos indicaram que a perda relativa de solo por propriedade é dinâmica no tempo e no espaço, de modo que aquela que apresenta, em relação a outras propriedades, porcentagens elevadas de perda no período chuvoso, não necessariamente manterá a taxa relativa na época de estiagem. Observou-se também que a bacia apresenta elevado grau de sensibilidade ao manejo agrícola das terras, sendo que 13 propriedades rurais (que correspondem a 72% da área da bacia) apresentaram alto potencial a processos erosivos, com perdas de solo acima de limites toleráveis, condicionado pela influência antrópica na área / Among various forms of erosion, the laminate erosion is a major soil degradation processes, causing serious damage to the productive sector. This process can be intensified due to inappropriate use man makes of the land, especially in agricultural areas. For to minimize environmental degradation and promote socio-economic development, it is necessary to elaborate a regional planning aimed at maintaining the quality of the physical, biological and social. Considering the watershed as a natural unit for planning, one should consider that it is contained rural properities, which represent cumber to the development of the practices required to manage, and collaborate with the process of soil erosion. In this context, the goal this research has estimate yields of sediment resulting from soil erosion laminar, considering the fragmentation of the area’s Monjolo Grande (SP) watershed in terms of rural properties contained therein, with support from predictive model of Modified Universal Soil Loss Equation (MUSLE) and the remote sensing and geographic information systems. The results indicated that the relative loss of soil from properties is dynamic in time and space, so that it presents, in relation to other properties, high percentages of loss in the rainy season, not necessarily maintain the relative rate at the time of drought. It was also noted that the watershed has a high sensibility to agricultural management of land, with 13 farms (which represent 72% of the basin area) showed high potential erosion, soil losses above tolerable limits, conditioned by human influence in the area
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Sistema de apoio à decisão aplicado ao planejamento operacional da coleta seletiva de resíduos sólidos

Simonetto, Eugenio de Oliveira January 2004 (has links)
O trabalho apresenta a concepção, modelagem e implementação de um sistema de apoio à decisão aplicado ao planejamento operacional da coleta seletiva de resíduos sólidos (SCOLDSS), o qual tem por funcionalidade principal à geração de alternativas ao processo decisório no que se refere à: (a) alocação de veículos para a coleta seletiva, bem como à determinação do roteiro a ser percorrido pelos mesmos e, (b) a determinação da quantidade diária de resíduos sólidos a ser enviado a cada unidade de triagem, de modo a evitar o desperdício de mão-de-obra e reduzir a quantidade de resíduos enviada aos aterros sanitários. Para o desenvolvimento do mesmo foi utilizada a combinação de técnicas advindas da Pesquisa Operacional, que são a simulação computacional de eventos discretos e algoritmos para o problema da alocação e roteamento de veículos. O sistema foi desenvolvido utilizando o ambiente Borland Delphi e, para a simulação foi utilizado o simulador Arena 3.5. Para a validação do SCOLDSS foram utilizados dados da coleta seletiva de um município do Rio Grande do Sul. / A decision support system (DSS) for modeling and solving the recyclable waste collection operational planning is presented. The computer system has the following objectives: (a) to define the vehicles’ allocation and routing; (b) to determine the quantity of solid waste to be sent to each waste recyclable trial unit; and (c) to generate operational scenarios to be taken into account in the decision process. To accomplish such objectives the DSS employs two well-known operations research techniques, namely simulation, and assignment/VRP algorithms. The DSS was implemented in Borland Delphi, using the commercial package Arena 3.5 to carry out the simulations. The system was validated using a field test in Porto Alegre, Rio Grande do Sul.
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Sistema de apoio à decisão aplicado ao planejamento operacional da coleta seletiva de resíduos sólidos

Simonetto, Eugenio de Oliveira January 2004 (has links)
O trabalho apresenta a concepção, modelagem e implementação de um sistema de apoio à decisão aplicado ao planejamento operacional da coleta seletiva de resíduos sólidos (SCOLDSS), o qual tem por funcionalidade principal à geração de alternativas ao processo decisório no que se refere à: (a) alocação de veículos para a coleta seletiva, bem como à determinação do roteiro a ser percorrido pelos mesmos e, (b) a determinação da quantidade diária de resíduos sólidos a ser enviado a cada unidade de triagem, de modo a evitar o desperdício de mão-de-obra e reduzir a quantidade de resíduos enviada aos aterros sanitários. Para o desenvolvimento do mesmo foi utilizada a combinação de técnicas advindas da Pesquisa Operacional, que são a simulação computacional de eventos discretos e algoritmos para o problema da alocação e roteamento de veículos. O sistema foi desenvolvido utilizando o ambiente Borland Delphi e, para a simulação foi utilizado o simulador Arena 3.5. Para a validação do SCOLDSS foram utilizados dados da coleta seletiva de um município do Rio Grande do Sul. / A decision support system (DSS) for modeling and solving the recyclable waste collection operational planning is presented. The computer system has the following objectives: (a) to define the vehicles’ allocation and routing; (b) to determine the quantity of solid waste to be sent to each waste recyclable trial unit; and (c) to generate operational scenarios to be taken into account in the decision process. To accomplish such objectives the DSS employs two well-known operations research techniques, namely simulation, and assignment/VRP algorithms. The DSS was implemented in Borland Delphi, using the commercial package Arena 3.5 to carry out the simulations. The system was validated using a field test in Porto Alegre, Rio Grande do Sul.
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A time Petri net based approach for software synthesis in Hard Real-Time embedded systems with multiple processors

TAVARES, Eduardo Antônio Guimarães January 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T15:59:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo5135_1.pdf: 1049051 bytes, checksum: e5be25e2aa87cb17b0788411f129a4a8 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / Atualmente, sistemas embarcados são ubíquos. Em outras palavras, eles estão em todos os lugares. Desde utilitários domésticos (ex: fornos microondas, refrigeradores, videocassetes, máquinas de fax, máquinas de lavar roupa, alarmes) até equipamentos militares (ex: mísseis guiados, satélites espiões, sondas espaciais, aeronaves), nós podemos encontrar um sistema embarcado. Desnecessário afirmar que a vida humana tem se tornado mais e mais dependente desses sistemas. Alguns sistemas embarcados são classificados como sistemas de tempo real, onde o comportamento correto depende não somente da integridade dos resultados, mas também nos tempos em que tais resultados são produzidos. Em sistemas embarcados de tempo real críticos, se as restrições temporais não forem satisfeitas, as conseqüências podem ser desastrosas, incluindo grandes danos aos equipamentos ou mesmo perdas de vidas humanas. Devido a tarefas que possuem alta taxa de utilização de processador, alguns sistemas embarcados (ex: dispositivos médicos) precisam ser compostos de mais de um processador para obter performance aceitável e, no caso de sistemas embarcados de tempo real críticos, para satisfazer as restrições temporais críticas. Entretanto, questões adicionais precisam ser consideradas para lidar com um ambiente multiprocessado, tal como comunicação entre processadores e sincronização. Nessa dissertação, um método de síntese de software baseado no formalismo matemático redes de Petri com tempo é apresentado para lidar com sistemas embarcardos de tempo real críticos com múltiplos processadores. A abordagem inicia a partir de uma especificação (usualmente composta de tarefas concorrentes e comunicantes) e automaticamente gera o código fonte de um programa considerando: (i) as funcionalidades e restrições; e (ii) o suporte operacional para execução das tarefas em um ambiente multiprocessado. Síntese de software é uma alternativa para sistemas operacionais especializados para dar suporte a execução de um programa. Sistemas operacionais são usualmente genéricos e podem introduzir atrasos no tempo de execução, e ao mesmo tempo produzir alto consumo de memória. Por outro lado, a síntese de software é uma alternativa de projeto, dado que este método automaticamente gera o código fonte do programa, satisfazendo a funcionalidade, as restrições especificadas, o suporte para execução, e a minimização dos atrasos e uso de memória
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Ligações em silos metálicos de chapas corrugadas: proposta de um parafuso alternativo

Ficanha, Daniele Cristina 11 July 2016 (has links)
Submitted by Edineia Teixeira (edineia.teixeira@unioeste.br) on 2017-08-24T19:35:51Z No. of bitstreams: 2 Daniele _Ficanha2016.pdf: 2114781 bytes, checksum: 4cf98bf8089cd41a33e68e5cfc4c1ba8 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-24T19:35:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Daniele _Ficanha2016.pdf: 2114781 bytes, checksum: 4cf98bf8089cd41a33e68e5cfc4c1ba8 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-07-11 / The function of metal silos consists in storing and preserving the quality of the grains. For that, it is extremely important the correct dimensioning in order to guarantee efficiency and security of the set. The possibility of a metal silo implantation is based mainly in the cost and weight of the primary raw material, the steel. The side plates represent the biggest part of the raw material used. The feasibility of a new fixation element, the alternative bolt, responsible for the connections of the silo body’s elements increase the resistance of the side plate, becoming attractive and economic for all users of metal silos. The elaboration of an alternative bolt was based on ISO 4016 (2000) regarding chemical composition and mechanical properties. Mass from the hexagonal head of the traditional bolt was withdrawn and added in the cut plan of the alternative bolt, making it an oblong element and round head. Prototypes of the alternative bolt were developed with the same raw material, temper process and bichromatization as the executed in the traditional bolts. Twenty-three samples of the traditional bolt and sixteen samples of the alternative bolt were produced through the method of direct shearing. The model’s premises were verified, in which the increase in shearing area in the alternative bolt’s cutting plan produced effects in the shearing resistance in the traditional bolt. Through the result of the alternative bolt, it was possible to determine the random error average variable of the model , validating the theoretical functions of the probability distribution for the representation of the statistic information of this random variable, determining the correct strength of the alternative bolt as 107,40 kN. In order to use the alternative bolt in metal silos, 27 samples of the traditional bolt and 3 samples of the alternative bolt were compared, both using support plates of the same material used in the silos, to verify if the plate influences the bolt’s shearing resistance. The parameters used in the definition of the crushing and tearing resistance were determined by tensile tests on the support plates, quantification to the breaking point, as well as the distance between the hole and the edge were determined, to be superior to the resistance of the bolts calculations. It was not possible to determine the influence of the support plate in the resistance of the alternative bolt shear, since the support plate crushed it and it reached only deformed plastic state. The comparison between the averages for the sample of the alternative bolt may have produced positive effects in the shear bolt resistance. / A função dos silos metálicos consiste em armazenar e preservar a qualidade dos grãos. Para isso, é de suma importância o dimensionamento adequado, a fim de garantir a eficiência e a segurança do conjunto. A possibilidade de implantação de um silo metálico baseia-se principalmente no custo e no peso da matéria prima: o aço. As chapas laterais representam a maior parte da matéria prima utilizada. A viabilização de um novo elemento de fixação, o parafuso alternativo, responsável pelas ligações dos elementos do corpo do silo aumentam a resistência da chapa lateral, tornando-se atrativo e econômico para todas as fontes usufruintes dos silos metálicos. A elaboração do parafuso alternativo baseou-se na ISO 4016 (2000) quanto à composição química e às propriedades mecânicas. Retirou-se massa da cabeça sextavada do parafuso tradicional e adicionou-se no plano de corte do parafuso alternativo, formando um elemento oblongo de cabeça redonda. Confeccionaram-se protótipos do parafuso alternativo com a mesma matéria prima, processo de têmpera e bicromatização que a executada nos parafusos tradicionais. Ensaiaram-se 23 amostras do parafuso tradicional e 16 amostras do parafuso alternativo pelo método do cisalhamento direto. Foram verificadas as suposições do modelo, no qual o aumento da área de cisalhamento no plano de corte do parafuso alternativo produziu efeitos na resistência ao cisalhamento do parafuso tradicional. A partir do resultado do parafuso alternativo foi possível determinar a média da variável aleatória erro do modelo, validando as funções teóricas de distribuição de probabilidades para a representação da informação estatística dessa variável aleatória, determinando a força correta do parafuso alternativo, de 107,40 kN. Com o intuito de utilizar o parafuso alternativo nas chapas do corpo de silos metálicos, comparou-se através do ensaio de 27 amostras do parafuso tradicional e 3 amostras do parafuso alternativo, ambos utilizando chapas laterais de silos metálicos para verificar se há influência da mesma na resistência ao cisalhamento dos parafusos. Os parâmetros utilizados na definição da resistência ao esmagamento e rasgamento foram determinados a partir do ensaio de tração das chapas de apoio, quantificação da tensão de ruptura, tal que as distâncias entre furo e borda foram determinadas para serem superiores à resistência de cálculo dos parafusos. Não foi possível a determinação da influência da chapa de apoio na resistência ao cisalhamento do parafuso alternativo, visto que a chapa de apoio esmagou e o mesmo chegou apenas ao estado de deformação plástica. A comparação entre as médias para a amostra de parafuso alternativo produziu efeitos positivos na resistência ao cisalhamento dos parafusos
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Sistema de apoio à decisão aplicado ao planejamento operacional da coleta seletiva de resíduos sólidos

Simonetto, Eugenio de Oliveira January 2004 (has links)
O trabalho apresenta a concepção, modelagem e implementação de um sistema de apoio à decisão aplicado ao planejamento operacional da coleta seletiva de resíduos sólidos (SCOLDSS), o qual tem por funcionalidade principal à geração de alternativas ao processo decisório no que se refere à: (a) alocação de veículos para a coleta seletiva, bem como à determinação do roteiro a ser percorrido pelos mesmos e, (b) a determinação da quantidade diária de resíduos sólidos a ser enviado a cada unidade de triagem, de modo a evitar o desperdício de mão-de-obra e reduzir a quantidade de resíduos enviada aos aterros sanitários. Para o desenvolvimento do mesmo foi utilizada a combinação de técnicas advindas da Pesquisa Operacional, que são a simulação computacional de eventos discretos e algoritmos para o problema da alocação e roteamento de veículos. O sistema foi desenvolvido utilizando o ambiente Borland Delphi e, para a simulação foi utilizado o simulador Arena 3.5. Para a validação do SCOLDSS foram utilizados dados da coleta seletiva de um município do Rio Grande do Sul. / A decision support system (DSS) for modeling and solving the recyclable waste collection operational planning is presented. The computer system has the following objectives: (a) to define the vehicles’ allocation and routing; (b) to determine the quantity of solid waste to be sent to each waste recyclable trial unit; and (c) to generate operational scenarios to be taken into account in the decision process. To accomplish such objectives the DSS employs two well-known operations research techniques, namely simulation, and assignment/VRP algorithms. The DSS was implemented in Borland Delphi, using the commercial package Arena 3.5 to carry out the simulations. The system was validated using a field test in Porto Alegre, Rio Grande do Sul.
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GENNET : uma abordagem automatizada na análise, reconstrução e gerenciamento de redes de interações gênicas utilizando dados longitudinais de transcriptomas de hospedeiros / GENNET : an automated approach in the analysis,reconstruction and managing of genetic interactions networks using transcriptome longitudinal data of siv host

Costa, Raquel Lopes 31 October 2014 (has links)
Submitted by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2015-04-07T14:04:08Z No. of bitstreams: 1 thesis_RLC.pdf: 14146223 bytes, checksum: 3e764cd68f4c65f0572940fb339e5708 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2015-04-07T14:04:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 thesis_RLC.pdf: 14146223 bytes, checksum: 3e764cd68f4c65f0572940fb339e5708 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-07T14:04:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 thesis_RLC.pdf: 14146223 bytes, checksum: 3e764cd68f4c65f0572940fb339e5708 (MD5) Previous issue date: 2014-10-31 / Recent developments in molecular assays to study the transcriptome associated with statistical, mathematics and computational methods, introduced great advances in the comprehension of biological systems, in understanding the viral infectious process associated with immune response and the choice of targets for the development of vaccines and antiviral therapies. On one hand side, the modelling process involves different stages, including transcriptome acquisition, the integration with information available in biological databases and the visualization and analysis of networks therein obtained. On the other hand side, during the modelling process, many software systems are employed with differences in structure, design assumptions and heterogeneity in input data, making the whole analysis process, besides laborious and fragmented, error-prone. In this context, infrastructure to support e-science such as scientific workflows and databases are used in automating, structuring, execution, organization and management of scientific experiments in silico. In this thesis, we studied gene expression data (DNA microarray) of primates infected with SIV (Simian Virus Imunodeficiency) composing a time-series reflecting the evolution of infection. SIV infects more than 40 species in African continent that are known as natural hosts, as they do not develop the immunodeficiency syndrome (AIDS). However, when SIV strains infect non African primates, known as non-natural hosts, among them Asian rhesus monkey (Macaca mulatta), they develop a syndrome similar to the human immunodeficiency virus HIV. The evolutionary closeness of the virus, SIV and HIV, and between the hosts, human and non-human primates, enables biological studies in non-human models relevant to understanding the biological mechanisms of various innate and adaptive immunity in the host. Thus, we used data corresponding to sampling points in three different stages of SIV infection: before infection, acute and chronic phases of infection. Data process analysis was based on systems biology approaches. These analyzes included steps such as, data normalization, filtering, annotation, clustering, enrichment, interactions biological database and visualizations of the results in gene interaction networks. Among the main biological results, we selected: identification of co-expressed genes; functional characterization profiles from ontologies related to biological processes; interactions between genes host-host and virus-host and differences in the timing of immune responses during acute phase of infection between the different types of hosts. We implemented the analytical process described above in a framework denominated GenNet that consisting of a scientific workflow, GenNet.W, responsible for the automation of scientific experiments in silico and a database, GenNet.DB. The database adopted a graph data model, within a NoSQL based system, to store the inferred gene interaction networks, as well as other information generated by the scientific workflow. The graph data model natively supports the representation of gene interaction networks and enables the comparison between different inferred networks, as much as path explorations such as co??-expression genes in high-level declarative query language. / O recente desenvolvimento de ensaios moleculares para estudo do transcriptoma, associados a métodos estatísticos, matemáticos e computacionais, trouxeram grandes avanços no entendimento de sistemas biológicos, dentre os quais, a compreensão de processos infecciosos virais associados à resposta imune e escolha de alvos para o desenvolvimento de vacinas e terapias antivirais. De um lado, o processo de modelagem envolve diferentes etapas, desde a aquisição dos dados de transcriptoma, integração de informações disponíveis em bancos de dados biológicos até visualizações e análises das redes obtidas. Por outro lado, durante o processo de modelagem, são utilizados diversos sistemas de software com diferentes pressupostos de organização e forma de dados de entrada, fazendo com que todo esse processo seja, além de trabalhoso e fragmentado, passível de erros. Nesse sentido, infraestruturas de apoio a e-science como workflows científicos e banco de dados são utilizados na automação, estruturação, execução, organização e gerenciamento de experimentos científicos in silico. Nessa tese, utilizamos diferentes dados de séries temporais de expressão gênica (microarranjo de DNA) em primatas infectados pelo SIV (do inglês, Simian Imunodeficiency Virus). O SIV infecta várias espécies de primatas africanos, conhecidos como hospedeiros naturais, que não desenvolvem doença. Entretanto, quando linhagens de SIV infectam primatas não africanos, conhecidos como hospedeiros não naturais, dentre os quais o macaco asiático rhesus (Macaca mulatta), esses desenvolvem uma imunodeficiência semelhante a que ocorre em humanos pelo HIV. A proximidade evolutiva entre os vírus, SIV e HIV, e entre os hospedeiros, humanos e primatas não humanos, possibilitam estudos em modelos biológicos não humanos relevantes na compreensão dos diferentes mecanismos da imunidade inata e adaptativa nos hospedeiros. Os dados utilizados corresponderam a pontos amostrais em três diferentes fases da infecção pelo SIV: antes da infecção, fase aguda e fase crônica. O processo de análise desses dados baseou-se em abordagens de biologia de sistemas. Tais análises incluíram etapas de normalização dos dados, filtragem, anotação, agrupamento, enriquecimento, integração com base de dados biológicas e visualização dos resultados em redes de interações gênicas. Dentre os principais resultados biológicos obtidos, selecionamos: a identificação dos genes co-expressos nos perfis de expressão gênica, caracterização funcional a partir das ontologias relacionadas aos processos biológicos, interações entre os genes hopedeiro-hospedeiro e vírus-hospedeiro e diferenças nos tempos das respostas imunes na fase aguda da infecção entre os tipos de hospedeiros. Inserimos o processo analítico descrito acima em uma framework chamada GenNet consistindo de um workflow científico GenNet.W responsável pela automação do experimento científico in silico e um banco de dados GenNet.DB. O banco de dados adotou um modelo de dados em grafos, NoSQL, para armazenar as redes de interações gênicas inferidas, bem como outras informações geradas pelo workflow científico. O modelo de dados em grafo suporta nativamente a representação das redes de interações gênicas e permite a comparação entre diferentes redes inferidas e a exploração de vias de como co-expressão gênica, usando consultas que expressam em alto nível de linguagem que o sistema suporta.
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Desenvolvimento de aplica??es paralelas a partir de modelos em gram?tica de grafos baseada em objetos

Pasini, F?bio 27 January 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 397342.pdf: 6244320 bytes, checksum: 1ad9082d42e6883bb7678a8782a81d49 (MD5) Previous issue date: 2006-01-27 / No desenvolvimento de aplica??es paralelas, al?m da an?lise de aspectos ligados ao desempenho, torna-se tamb?m importante a an?lise das propriedades funcionais do sistema para garantir, por exemplo, que a estrat?gia de paraleliza??o escolhida ? adequada ao problema sendo abordado, ou que ela pode convergir para um resultado esperado, ou mesmo para identificar a possibilidade de um cen?rio de bloqueio na computa??o. A garantia de corre??o sobre o modelo de uma aplica??o paralela, al?m de aumentar o grau de confian?a nos resultados, pode tamb?m ser um fator de economia, j? que possibilita a redu??o no tempo despendido no desenvolvimento e depura??o da aplica??o. Por?m, uma vez identificados os problemas e corre??es no modelo analisado, ainda existe a necessidade de se mapear as mudan?as necess?rias ? aplica??o original. Nesse sentido, verifica??o formal e gera??o autom?tica de c?digo podem ser utilizadas como ferramentas complementares durante o desenvolvimento, possibilitando tanto a an?lise do comportamento do sistema quanto a r?pida gera??o do c?digo correspondente ao modelo proposto. Este trabalho apresenta o uso de Gram?tica de Grafos Baseada em Objetos (GGBO) para a constru??o de aplica??es paralelas, a partir da defini??o de um m?todo de tradu??o de modelos GGBO para c?digo C, utilizando MPI como plataforma de comunica??o.
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Adequa??o de modelos arquiteturais para aplica??es tempo-real em sistemas many-core / Adaption of architetural models for real-time applications in many-core systems

Madalozzo, Guilherme Afonso 12 January 2017 (has links)
Submitted by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-06-23T14:59:40Z No. of bitstreams: 1 TES_GUILHERME_AFONSO_MADALOZZO_COMPLETO.pdf: 2690462 bytes, checksum: f0014136baae215c473fedda8527433f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-23T14:59:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TES_GUILHERME_AFONSO_MADALOZZO_COMPLETO.pdf: 2690462 bytes, checksum: f0014136baae215c473fedda8527433f (MD5) Previous issue date: 2017-01-12 / Funda??o de Amparo ? Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul (FAPERGS) / The evolution of integrated circuit manufacturing process allowed the SoC (System-on- Chip) design in the 90?s, and currently the design of multiprocessors systems on chip ? MPSoCs (Multiprocessor System-on-Chip). Embedded systems use these devices, due to the offered computational power. The MPSoC design is a challenging task. Specify the MPSoC characteristics, define the components that compose the system and analyze their features are decisions that may change over the product development. Traditional design methods do not favor the design space exploration, leading to expensive products due to required hardware simulation at the gate level, which is only available at the end of the design flow. To solve the design problems of traditional methods, Platform Based Design (PBD) techniques is a design choice. The basis of PBD is a virtual platform model, enabling fast simulations, software debugging and reusability of hardware components. This Thesis comprises the study and development in two research axes: (1) modeling of virtual platforms; (2) analytical methods for software heuristics targeting embedded real-time applications. Virtual platforms are modeled by using ADLs (Architecture Description Languages). This work presents the modeling of several virtual platforms, using different abstraction levels (from RTL to untimed models) and memory architectures (shared and distributed). Based on the evaluations performed in each architecture, the HeMPS platform was adapted to execute real-time applications. The results showed that using the proposed scheduling mechanism and RTA mapping, the results meet the constraints defined by the applications. Comparing platforms with mapping and schedule heuristics on literature, the proposed platform met 100% of the restrictions resulting from the test cases. / A evolu??o no processo de fabrica??o de circuitos integrados permitiu o projeto de SoCs na d?cada de 1990, e atualmente o projeto de sistemas multiprocessados em um ?nico chip - MPSoCs (Multiprocessor System-on-Chip). Estes dispositivos s?o amplamente utilizados em sistemas embarcados, dado o poder computacional oferecido pelos mesmos. Aplica??es com restri??es de tempo-real v?m sendo utilizadas constantemente, sendo um desafio para o projeto de SoCs. O projeto de MPSoCs ? altamente complexo. Especificar as caracter?sticas do MPSoC, definir os componentes que comp?e o sistema e analisar suas funcionalidades s?o decis?es que podem apresentar altera??es ao longo do desenvolvimento do produto. M?todos tradicionais de projeto n?o favorecem as tomadas de decis?es e encarecem o produto, pois requerem simula??o em n?vel de hardware, estando dispon?vel apenas no final do fluxo de projeto. Para solucionar os problemas apresentados pelos m?todos tradicionais de projeto, adotou-se a t?cnica de projeto baseado em plataforma (PBD ? Platform Based Design). O m?todo de projeto PBD adota a modelagem de plataformas virtuais em n?vel de sistema possibilitando r?pidas simula??es, depura??o de software e reuso de componentes de hardware. Esta Tese tem por objetivo realizar estudos e desenvolvimentos em 2 eixos de pesquisa: (1) modelagem de plataformas virtuais com diferentes organiza??es de mem?ria; (2) estudo de m?todos anal?ticos para mecanismos de software em sistemas com restri??es de tempo-real. Para a modelagem de plataformas virtuais usa-se as ADLs (Architecture Description Language) OVP e ArchC. Neste tema de trabalho, diversas plataformas foram modeladas em diferentes n?veis de abstra??o (de RTL a modelos sem temporiza??o) e com diferentes arquiteturas de mem?ria (compartilhada e distribu?da). Com base nas avalia??es realizadas em cada arquitetura, adequou-se a plataforma HeMPS para executar aplica??es com restri??es de tempo-real. Os resultados apresentaram que, com a utiliza??o do mecanismo de escalonamento e do mapeamento RTA propostos, os dados resultantes das aplica??es com restri??es de tempo-real aconteceram dentro do per?odo de tempo definido pela aplica??o. Comparando plataformas com heur?sticas de mapeamento e escalonamento presentes na literatura, a plataforma desenvolvida na presente Tese atende as restri??es de aplica??es Hard-RT, garantindo 100% das restri??es resultantes dos casos de testes.

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