Embora não exista uma variedade comercial de maracujazeiro-doce (Passiflora alata Curtis), a fruta vem ganhando espaço no mercado brasileiro, justificando o uso de técnicas convencionais e moleculares no melhoramento da cultura. Nas espécies em que ocorre autoincompatibilidade e o cruzamento entre indivíduos é obrigatório, como nos maracujazeiros, não é possível a obtenção de populações convencionais de mapeamento. Por isso, utiliza-se a técnica two-way pseudo-testcross para a geração de mapas genéticos, usando uma população F1 segregante e marcas dominantes, o que resulta na geração de mapas individuais, sendo um por genitor. A inconveniência desta estratégia tem sido superada pelo uso de marcadores codominantes e estatísticas mais robustas. Marcadores baseados em SSRs (ou microssatélites) e em SNPs são úteis para promover a integração dos mapas, pois são codominantes e abundantes no genoma de plantas. O presente trabalho objetivou gerar um mapa integrado de P. alata, usando novos marcadores SSR, além de M-AFLP e SNP. Os locos SSR foram desenvolvidos a partir de uma biblioteca genômica enriquecida, previamente construída. Dentre os motivos, prevaleceram os dinucleotídicos perfeitos de (AC)n e (AG)n. Neste trabalho, mais 175 primers de SSR foram desenhados e avaliados juntamente com 111 previamente obtidos, observando-se uma taxa de polimorfismo entre os genitores de 31,9%. Ainda com esse conjunto de primers, foi possível recuperar polimorfismos de conformação de fita simples (SSR-SSCP) em 23 locos. A genotipagem de 26 SSRs na população segregante resultou em 40 locos, os quais, associados a um SSR-SSCP, resultaram em seis locos com segregações mais informativas do tipo 1:1:1:1 e 1:2:1. M-AFLPs apresentaram 34,0% de polimorfismo, acrescendo mais seis locos informativos ao mapa de ligação. Os SNPs revelados pelo alinhamento das sequências de AFLP e de genes putativos revelaram uma mutação a cada 110 pb, em média. Foi possível a genotipagem de SNP para um dos genes, e conjuntos de primers para outros locos são propostos. Mapas individuais para ambos os genitores foram obtidos com 175 e 229 marcadores de segregação 1:1, respectivamente, ao passo que o mapa integrado incluiu, além desses, 12, 7 e 40 marcas de segregação 1:1:1:1, 1:2:1 e 3:1, respectivamente. Foi possível estabelecer a correspondência para a maioria dos grupos de ligação individuais e integrados. Observou-se a ampla distribuição de marcadores baseados em microssatélites, com a eventual formação de clusters. Este mapa, embora preliminar, pode ser útil no mapeamento de caracteres agronômicos e em estudos comparativos com o mapa integrado de P. edulis f. flavicarpa. / Although there is no a commercial variety of sweet passion fruit (Passiflora alata Curtis) the crop has gained importance in the Brazilian market. This justifies the use of conventional and molecular techniques for breeding the crop. In species where self-incompatibility occurs and crossing between plants is necessarily required, as in passion fruits, conventional mapping populations are not possible to be produced. Therefore, the two-way pseudo-testcross approach is used for the generation of genetic maps, employing an F1 segregating population and dominant markers, resulting in individual maps, one for each parent. The drawback of this strategy has been overcome by the use of codominant markers and more robust statistics. Markers based on SSRs (or microsatellites) and SNPs are useful for integrating the maps, because of their codominant inheritance and abundance in plant genomes. This study aimed to generate an integrated map of P. alata using new SSR, M-AFLP and SNP markers. The SSR loci were developed from an enriched genomic library previously constructed. Among the motifs, the most frequent were perfect di-nucleotides, (AC)n and (AG)n rich. In this study, 175 SSR primers were designed and evaluated along with 111 previously obtained. A polymorphism rate of 31.9% was observed between the parents. Using these primer sets, it was possible to recover single-stranded conformation polymorphisms (SSR-SSCP) at 23 loci. The genotyping of the segregating population using the 26 SSRs resulted in 40 loci; adding a SSR-SSCP, the result was six informative loci showing segregation rations of 1:1:1:1 and 1:2:1. M-AFLPs showed 34.0% of polymorphism, providing six informative loci to the map. The alignment of parental AFLP and putative gene sequences revealed one SNP per 110 bp on average. It was possible to genotype one gene-derived SNP, and primer sets for other loci are proposed. Individual maps of both parents were obtained with 175 and 229 markers segregating in 1:1 ratio, respectively, while in the integrated map were included 12, 7 and 40 markers segregating in 1:1:1:1, 1:2:1 and 3:1 rations, respectively. It was possible to establish the correspondence for most of the individual linkage groups and the integrated groups. Microsatellite-based markers showed a wide genome distribution, with eventual cluster formation. Although preliminary, this map may be useful for mapping agronomic traits and in comparison studies with the integrated map of P. edulis f. flavicarpa.

Casos de malária importada, contraídos em região endêmica, mas diagnosticados em um país não-endêmico, são um evento raro mas com desfecho potencialmente fatal. Nosso objetivo foi investigar se a análise de genomas mitocondriais permite inferir a origem geográfica de casos importados de malária vivax diagnosticados nos EUA, comparando os resultados com aqueles obtidos por análise de DNA microssatélite. Foi sequenciado o genoma mitocondrial completo de 63 amostras de P. vivax provenientes de infecções importadas dos EUA, além de 7 amostras do Brasil e 6 do Panamá. A rede de haplótipos com DNA mitocondrial foi construída com 412 sequências e foi possível classificar com precisão a origem geográfica presumida dos isolados da América do Sul, Coréia, Sudeste Asiático e Melanésia, porém os isolados do Sul da Ásia, América Central e África não puderam ser classificados geograficamente. A análise bayesiana realizada com a tipagem de marcadores de microssatélites não apresentou sucesso quanto à classificação geográfica dos isolados de P. vivax. / Cases of imported malaria, infection acquired in an endemic region, but diagnosed in a non-endemic country, are rare but can lead to a fatal outcome. Our objectives were investigate whether the analysis of mitochondrial genomes allows inferring the geographic origin of isolates of P. vivax derived from cases of imported malaria diagnosed in the USA, and compare the performance of mitochondrial genome and DNA microsatellite analysis. We sequenced full mitochondrial genomes from 63 P. vivax isolates collected at the USA from imported infections, and 7 samples from Brazil and 6 Panama. A network of mitochondrial DNA haplotypes was built with 412 genomic sequences and were able to classify accurately isolates from South America, Korea, Southeast Asia and Melanesia according to their presumed geographic origin, but failed to do so with samples from South Asia, Central America and Africa. The Bayesian analysis performed by typing microsatellite markers showed no success on the classification of geographical isolates of P. vivax.

Uma população experimental F2 foi desenvolvida a partir do cruzamento de sete machos de uma linhagem não endogâmica de frangos de corte (TT), com sete fêmeas de uma linhagem não endogâmica de postura (CC), gerando vinte famílias F1 TC, com aproximadamente 100 progênies F2 cada obtidas em 17 incubações. Foram obtidos dados fenotípicos para vinte e oito características de desempenho e qualidade da carcaça em 2063 aves F2. As aves F1 TC foram genotipadas para 30 marcadores microssatélites posicionados nos cromossomos 3 e 5 para determinar o grau de informação dos marcadores. Os marcadores informativos foram empregados na genotipagem seletiva das aves F2 que apresentaram valores fenotípicos extremos (4,5 % superiores e 4,5 % inferiores), dentro de cada uma das 20 famílias, para a característica peso vivo aos 42 dias de idade ajustado (PV42aj). Os genótipos obtidos foram comparados através do teste de qui-quadrado. Foram encontradas seis regiões no cromossomo 3 e três regiões no cromossomos 5 com marcadores apresentando ligaçãio sugestiva (P < 0,10) com QTL para PV42aj. Foram selecionadas seis famílias mais informativas para a maioria dos marcadores significativos, e 90 progênies F2 de cada família (n=540) foram genotipadas. Os genótipos foram empregados para construção de mapas de ligação específicos para os cromossomos. Os fenótipos ajustados para efeitos fixos, os mapas de ligação e os genótipos foram empregados para mapeamento de QTL por análise de regressão, utilizando o programa QTL Express. Foram encontrados no cromossomo 3 10 QTL siginificativos para peso corporal aos 35, 41 e 42 dias de idade, para ganhos de peso do nascimento aos 35, 41 e 42 dias de idade, para peso de asas e coxas com sobrecoxas, e para peso de gordura abdominal e porcentagem de gordura. Foram observados um QTL no cromossomo 3 com ligação sugestiva para peso de pés, e três QTL no cromossomo 5 para consumo de ração, peso do coração, peso de gordura abdominal e porcentagem de gordura abdominal. Não houve interações significativas do QTL com efeito de família ou sexo. Os QTL significativos para peso de gordura abdominal e porcentagem de gordura abdominal apresentaram forte efeito de imprinting gamético. Os efeitos dos QTL foram na sua maioria aditivos, com o alelo originado da linhagem de corte aumentando o valor para a característica. Características de carcaça apresentaram efeito aditivo negativo, indicando que os alelos provenientes da linhagem de postura diminuíram o valor dessas características. A população experimental foi adequada para o mapeamento de QTL significativos para características de desempenho e carcaça no cromossomo 3, e QTL sugestivos para características de carcaça no cromossomo 3 e características de desempenho e carcaça no cromossomo 5. / An F2 chicken population was established from a cross of a broiler-sire line (TT) and an egg laying line (CC). This population was used for detecting and mapping quantitative trait loci (QTL). Over 2000 F2 TC offspring from 17 hatches were reared to slaughter at 6 wk of age. Twenty-eight performance and carcass traits were measured. The DNA were extracted from blood samples and informativeness of 50 selected microsatellite markers along chromosomes 3 and 5 were obtained in F1s. Data of 2063 individuals from 20 families were used to chosen offspring with high and low phenotypes for BW42, for selective genotyping. Twenty markers were used in the complete genotyping of 566 individuals from 6 families most informative. Interval mapping QTL analyses were carried out by regression method, using QTL Express software. Significant QTL at the genome were mapped on chromosome 3 for body weigh at 35, 41 and 42 days, gain between birth and 35, 41 and 42 days, abdominal fat weight, abdominal fat percentage, weight of wings and weight of thighs. Suggestive QTL were identified for weight of feet on chromosome 3 and for abdominal fat weight, abdominal fat percentage, heart weight and feed consumption on chromosome 5. Significant QTL for abdominal fat weight and abdominal fat percentage showed strong imprinting effect. There was no evidence for interactions of the QTL with sex and family, or for two QTL on the same chromosome for any of the traits. Genetic effects were generally additive, with the broiler alleles increasing performance traits. Additive effects were negative for carcass traits, indicating that the layer line decreased these traits. Experimental population was adequate to mapping significant QTL for performance and carcass traits on chromosome 3, and suggestive QTL for carcass traits on chromosome 3 and for performance and carcass traits on chromosome 5.

Este trabalho teve como objetivo caracterizar e padronizar métodos para a tipagem molecular de marcadores genéticos, para futuro uso em estudos de genética populacional de Plasmodium vivax na Amazônia brasileira. As amostras sanguíneas utilizadas neste estudo foram colhidas no Brasil, Camboja, Sri Lanka e Estados Unidos. Foram selecionados polimorfismos de única base (SNPs) distribuídos ao longo de cromossomos distintos de P. vivax; para estes polimorfismos, sete ensaios de tipagem de SNPs foram padronizados com sucesso. Com a tipagem molecular, foi possível definir haplótipos que caracterizam cada amostra, assim como identificar infecções geneticamente mistas (co-ocorrência de clones distintos na mesma amostra). No entanto, com este conjunto de marcadores não foi possível agrupar amostras de acordo com sua localização geográfica, por estes marcadores não serem suficientemente informativos do ponto de vista genético. Os sete SNPs avaliados, quando comparados a 13 marcadores de DNA microssatélite, revelaram menor proporção de infecções geneticamente mistas e menor diversidade genética. / This study aimed to characterize and standardize methods for molecular typing of genetic markers to be used in the future in studies of population genetics of Plasmodium vivax population in the Brazilian Amazon. Blood samples used in this study were collected in Brazil, Cambodia, Sri Lanka and United States. Single nucleotide polymorphisms (SNPs), distributed over different P. vivax chromosomes were chosen and seven typing assays were sucessfully standardized. Molecular typing of polymorphisms allowed to define haplotypes that characterize each sample, as well as to identify genetically mixed infections (co-occurrence of different clones in the same sample). However, with this markers set, it was not possible to group samples according to their geographical location, because probably they are not sufficiently genetically informative. Compared to 13 microsatellite markers, these seven SNPs revealed a lower proportion of mixed-clone infections and lower genetic diversity.

Parques localizados em grandes cidades possuem potencial para manter o ciclo biológico de insetos vetores de patógenos que causam doenças. Este é o caso do Aedes fluviatilis, uma espécie de mosquito antropofílica, abundantemente encontrada na cidade de São Paulo, porém que possui sua biologia, potencial epidemiológico e características genéticas pouco conhecidas. Visando o melhor conhecimento sobre a estrutura populacional dessa espécie foram selecionados oito loci microssatélites, marcadores utilizados em estudos de genética de populações, para caracterizar as populações de Ae. fluviatilis. Objetivos: (1) Testar parâmetros de funcionalidade de marcadores microssatélites em Ae. fluviatilis, previamente utilizados com sucesso em outras espécies de culicídeos (2) Avaliar a variabilidade genética e o fluxo gênico entre populações do mosquito Ae. fluviatilis, no município de São Paulo. Material e Métodos: Foram testados 40 pares de primers de microssatélites em mosquitos Ae. fluviatilis. Os primers funcionais foram utilizados para elucidar a estruturação das populações dessa espécie coletadas em nove parques urbanos da cidade de São Paulo. Resultados: Dos primers testados, oito foram funcionais e amplificaram de forma consistente em todas as nove populações de Ae. fluviatilis. Os resultados encontrados sugerem que essa espécie possui baixa estruturação genética, alto fluxo gênico, déficit de heterozigosidade e sofreram um processo de expansão populacional. Discussão: Processos de urbanização, juntamente com mudanças climáticas, beneficiam e tendem a aumentar a abundância de espécies antropofílicas e adaptadas ao meio antrópico, como é o caso de Ae. fluviatilis, a expansão populacional dessa espécie, juntamente com o alto fluxo gênico e baixa estruturação genética, apresentam um panorama de alta adaptabilidade e sobrevivência deste culicídeo. Conclusões: Evidências, como o alto fluxo gênico, baixa estruturação populacional e déficit de heterozigosidade, indicam que as populações de Ae. fluviatilis estão em expansão populacional e que esse evento esteja ocorrendo junto com a expansão da área urbana de São Paulo. / Urban Parks have the potential to harbor and maintain the life cycle of several mosquito species such as Aedes fluviatilis, an anthropophilic mosquito very abundant in the city of São Paulo. However its biology, epidemiological potential and genetic characteristics are poorly known. Aiming at better understanding of the population structure of this species, there were selected eight microsatellite loci, previously used in Aedes aegypti, Aedes albopictus and Aedes caspius population genetic studies to genetically characterize Ae. fluviatilis populations. Objectives: (1) Test microsatellite markers functionality parameters in Ae. fluviatilis, previously used successfully in other Aedes species (2) To evaluate the genetic variability and gene flow between populations of Ae. fluviatilis mosquito in São Paulo. Materials and Methods: There were tested 40 pairs of microsatellite loci in Ae. fluviatilis samples. The functional primers were used to elucidate the populations structure of this species collected in nine urban parks located in the city of São Paulo. Results: From the tested primers, eight were functional and amplified consistently in all nine populations of Ae. fluviatilis. The results suggest that this species has low genetic structure, high gene flow, heterozygosity deficit and are expanding its population size. Discussion: Urbanization processes, along with climate change benefits and tends to increase the abundance of anthropophilic and well adapted to human environment mosquito species, such as Ae. fluviatilis. The population expansion of this species, along with the high gene flow and low genetic structure, present a panorama of high adaptability and survival of this Culicidae in urban areas. Conclusions: Evidence, as the high gene flow, low population structure and high deficit of heterozygosity, indicate that Ae. fluviatilis population are in expansion and that this event is taking place along with the expansion of the urban area of São Paulo.

Solanum lycocarpum A.St.-Hil. (Solanaceae) é uma espécie de ampla distribuição no bioma Cerrado. Popularmente conhecida com fruta-do-lobo, devido ao fato de o lobo-guará consumir frequentemente os frutos desta planta, sendo este seu principal agente dispersor de sementes. É utilizada pela população local para fabricação de doces, e empiricamente como medicinal. A espécie floresce e frutifica durante todo o ano, característica que permite constante fluxo de genes via pólen e sementes. Ocupa facilmente ambientes antropizados, o que permite que seja utilizada em projetos de restauração. O presente estudo teve como objetivo, caracterizar a estrutura genética populacional de S. lycocarpum em ambientes naturais e antropizados, utilizando dois marcadores moleculares: microssatélites (SSR) e isoenzimas. Foram estudadas quatro populações com SSR, e duas populações com Isoenzimas, formando pares de populações (uma natural e outra antropizada). As populações estudadas com marcadores SSR estavam situadas duas a Nordeste do Estado de Goiás e outras duas a Sul do estado. As duas populações estudadas com isoenzimas localizavam-se a Sul de Goiás. Coletou-se aleatoriamente amostras de 60 indivíduos em cada população, exceto na população antrópica estudada com marcador Isoenzimático, que foram amostrados 41 indivíduos. As amostras foram conduzidas ao LARGEA &#150; ESALQ/USP, onde foram realizados os procedimentos laboratoriais. A análise dos dados consistiu em quantificar a diversidade genética e sua distribuição entre e dentro das populações. Embora os valores do índice de fixação tenham sido algumas vezes altos, não foram detectados valores significativos em nenhuma das populações para ambos os marcadores, sugerindo ausência de endogamia nas populações estudadas. As populações naturais estudadas com locos SSR apresentaram número de alelos por loco mais elevados que as populações antropizadas. Uma população situada em uma unidade de conservação foi a que apresentou maior número de alelos por locos e maior número de alelos exclusivos, o que permite sugerir que unidades de conservação abrigam maior diversidade genética que populações com influência antrópica. Utilizando o teste X2 foi possível confirmar que o número de alelos encontrados nas populações naturais é significativamente mais elevado que os encontrados no outro tipo de ambiente. O mesmo não foi verificado para as populações estudadas com locos isoenzimáticos. A divergência genética entre as populações foi substancial, significativamente diferentes de zero e semelhantes para ambos os marcadores (&#952;p=0,095 e &#952;p=0,081 para marcadores SSR e Isoenzimáticos, respectivamente). A divergência genética entre as populações medida pela estimativa GST(Hedrick), que considera tanto o tipo como a freqüência dos alelos, apresentou valores superiores para os dois marcadores (SSR=0,167 e Isoenzimáticos= 0,102), indicando maior restrição no fluxo gênico histórico se comparado com as estimativas obtidas da estatística FST. O presente estudo permite sugerir que existe diferença na estrutura genética entre áreas sob intervenção antrópica e aquelas com intervenção restrita, havendo nas áreas mais preservadas maior diversidade genética. Os resultados obtidos com a estimativa GST(Hedrick) possibilitam propor que mesmo em espécies de ampla distribuição e que frequentemente ocupam ambientes de ação antrópica, como a lobeira, pode estar ocorrendo restrição de fluxo gênico e apontam maior diferenciação entre populações de lobeira do que relatado em estudos anteriores. / Solanum lycocarpum A. St.-Hil. (Solanaceae) has a wide distribution in savanna biome. The species is common know as &#34;fruta-do-lobo&#34; due the &#34;lobo-guará&#34; frequently to eat your fruits. &#34;Lobo-guará&#34; is also the main seed disperser of the species. The species is used for local people to manufacture sweets and as medicine. The species flowering and produce fruits during all year, favoring pollen and seed gene flow. The species colonize easily anthropized environments, permitting your use in environmental restoration projects. The goal of this study was to characterize the genetic structure of S. lycocarpum in natural and anthropized populations, using two different kinds of genetic markers: microsatellites (SSR) and allozymes. Four populations were studied using SSR markers and two using allozyme markers, forming pair of populations (a natural and an anthropized). Two populations studied by SSR markers were located in Northeast of Goiás State and two in South of the State. The two South populations were also studied by allozyme markers. Samples were randomly collected from 60 individuals in each population, with exception in one anthropized population study by allozymes, where 41 individuals were sampled. The samples were envied to LARGEA &#150; ESALQ/USP, where the Lab analyses were made. The genetic diversity and distribution among and within populations was quantified. Although fixation index values were highest in some populations, these values were not statistically different from zero for both used genetic markers, suggesting absence of inbreeding in the studied populations. For SSR markers, natural populations showed higher number of alleles per locus than anthropized populations. A population located in a conservation unity presents the highest number of alleles per locus and exclusive alleles, suggesting that this population have higher genetic diversity than anthropized populations. According to a X2 test, the number of SSR alleles was significantly higher that detected in anthropized population. The same was not observed for population studied by allozyme loci. The genetic divergence among populations was substantial and significant different from zero for both used genetic markers (&#952;p=0.095 and &#952;p=0.081 for SSR and allozymes, respectively). The genetic divergence measured by GST(Hedrick) statistic, that considerer simultaneously the kinds of alleles and gene frequency was higher for both genetic markers (SSR=0.167 and allozymes= 0.102), indicating lower historic gene flow than measured by FST statistic. The present study suggested that there are differences in genetic structure between natural and anthopized populations, where natural populations have more genetic diversity. The results from GST(Hedrick) statistic suggested that even species with wide geographic distribution and whish frequently colonizing anthropized environments, as lobeira, can experience restriction in gene flow. The present results also indicate higher genetic differentiation among population than has been related in previous population study with this species.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-21T15:30:56Z No. of bitstreams: 1 Roberta Lane de Oliveira Silva.pdf: 816508 bytes, checksum: 8ee58f1e26cefa223321e756c9e49f07 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T15:30:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Roberta Lane de Oliveira Silva.pdf: 816508 bytes, checksum: 8ee58f1e26cefa223321e756c9e49f07 (MD5) Previous issue date: 2008-02-21 / The salinity is a common factor of abiotic stress that seriously affects the agricultural production. Currently, over 800 million hectares worldwide are affected by salinity. One of the strategies to promote reincorporation of salinity areas and the productivity increase consists in development and selection of tolerant genotypes, which allows parental identification for crossings. The diploid (AA) of bananas Germplasm Bank's Active of the National Center for Research of Cassava and Fruticulture (CNPMF/Embrapa), sources of interest genes to improvement programmes, still are not characterized for their salinity tolerance. This research aimed to identify the salinity tolerance among nine banana diploid genotypes and characterize them genetically through ISSR and RAPD markers, to obtain cultivars adapted to saline soils. In physiological assessing, the growth variables analyzed were leaf area, plant height, diameterof pseudostem, leaves number, weight of fresh and dry matter. Twenty RAPD primers and twenty ISSR primers were used in molecular evaluation. The consensus dendrogram of similarity genetic analyses grouped the genotypes Monyet with Borneo, Buitenzorg with Tjau Lagada and 0323-03 with 0116-01, in ISSR and RAPD dendrogramas. The 0116-01 genotype showed greater salinity tolerance and could be used in future improvement programs. The 0337-02 genotype, presenting minor reduction in leaf area, number of leaves and fresh/dry biomass of limbo variables, was considered the most tolerant to salinity stress, while the Borneo genotype was the most sensitive on salt presence. / A salinidade é um fator comum de estresse abiótico que afeta a produção agrícola mundial. Atualmente, cerca de 800 milhões de hectares no mundo são afetados pela salinidade. Uma das estratégias para promover a reincorporarão de áreas salinizadas e o aumento da produtividade consiste no desenvolvimento e na seleção de genótipos tolerantes, o que permitirá a identificação de parentais a serem utilizados em cruzamentos. Os diplóides (AA) de bananeiras do Banco Ativo de Germoplasma do Centro Nacional de Pesquisa de Mandioca e Fruticultura – CNPMF/Embrapa, que são fontes de genes de interesse para os programas de melhoramento, não estão caracterizados, ainda, quanto à sua tolerância à salinidade. Esta pesquisa teve como objetivo identificar dentre nove genótipos diplóides de bananeiras,aqueles tolerantes a salinidade e caracterizá-los geneticamente, através de marcadores ISSR e RAPD, visando à obtenção de cultivares adaptados a solos salinos da região nordeste brasileira. Na avaliação fisiológica, as variáveis de crescimento analisadas foram área foliar, altura da planta, diâmetro do pseudocaule, número de folhas, peso da matéria fresca e o peso da matéria seca. Na avaliação molecular foram testados 20 primers RAPD e 20 primers ISSR. O dendograma consenso das análises de similaridades genéticas obtidas a partir dos marcadores ISSR e RAPD agruparam em mesmo subgrupos os genótipos Monyet e Borneo, Buitenzorg e Tjau Lagada e também 0323-03 e 0116-01, os quais se repetiram nos dendogramas de ISSR e RAPD. O genótipo 0116-01 apresentou maior tolerância à salinidade e poderá serutilizado em futuros programas de melhoramento. Considerando o conjunto das variáveis analisadas, o genótipo 0116-01 foi considerado o mais tolerantes dosnove genótipos diplóides AA avaliados no primeiro trabalho. No segundo trabalho, o genótipo 0337-02 por apresentar menor redução nas variáveis área foliar, número de folhas e fitomassa fresca e seca do limbo, foi considerado tolerante ao estresse salino, enquanto o genótipo Borneo foi o mais sensível na presença do sal.

Submitted by Jean Medeiros (jeanletras@uepb.edu.br) on 2016-03-09T17:56:17Z No. of bitstreams: 1 PDF - Geisenilma Maria Gonçalves da Rocha.pdf: 891700 bytes, checksum: 6a3a21e49105289a64a7197232dd50c3 (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2016-03-10T17:00:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PDF - Geisenilma Maria Gonçalves da Rocha.pdf: 891700 bytes, checksum: 6a3a21e49105289a64a7197232dd50c3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-10T17:00:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Geisenilma Maria Gonçalves da Rocha.pdf: 891700 bytes, checksum: 6a3a21e49105289a64a7197232dd50c3 (MD5) Previous issue date: 2015-02-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The demand for colored cotton fibers has grown internationally, especially motivated by ecological appeal that management provides. In Brazil, especially in the Northeast, agricultural niches are concentrated in small areas of family-based farmers who adopt both the conventional management as the organic, generating employment and income. The cotton breeding program of Embrapa Cotton has made efforts in developing new varieties of colored fibers in order to contribute to the regional agribusiness growth, nowadays with five cultivars, with fibers of colors ranging from green to various shades of brown. The challenge for researchers, however, is to generate varieties with new shades that can contribute to move the competitive market of the textile industry, especially the natural and dyes free. To advance in this segment, it is essential to understand the molecular basis of the metabolites involved in the synthesis of the color of the fibers so that we can establish strategies for genetic improvement, both by conventional means such as by genetic engineering. It is known that flavonoids are secondary metabolites which confers color to fibers and that depending on the route of biosynthesis, various color tones can be synthesized by events cascade. Being a component of biochemical nature, it is estimated that the identification of genotypes holders of biosynthesized by associated molecular markers, directly or not, to flavonoids. This strategy can configure a useful tool to identify genotypes colored fibers, helping to reduce the time the selection procedures that take between 120 to 150 days for the character can be phenotyped. Seeking to generate information that may help with the colored cotton fiber improvement aimed this work a study of genetic and molecular approaches in colorful cotton accesses, based on analysis of divergence and molecular expression, focusing on fiber specific genes involved in flavonoid biosynthesis. For analysis of genetic diversity, twelve genotypes were phenotyped by ISSR-PCR, using 12 commercial oligonucleotides. The methods of Tocher, UPGMA and 2D Projection were adopted for cluster analysis based on the standard of 50 polymorphic bands. In light of the results, proceeded to the analysis of transcripts expression, using the genes PP2A1, C4H, DFR, ANR and ANS in cDNAs fibers collected at 8, 10 and 18 DPA (after anthesis days) from BRS Rubi, BRS Topázio, BRS 200 and V3 access. In the cluster analysis by UPGMA, there was the formation of six groups being groups B, D and E only those clustered colored materials. The results of the expression through semiquantitative RT-PCR, the amplicons were observed of approximately 200, 290, 1100, 1024 and 1067 bp for PP2A1, C4H, DFR, ANS and ANR, respectively, as expected. We observed increased expression of genes C4H, DFR and ANR in brown color genotypes, suggesting that these genes may be involved in flavonoid biosynthesis brown fibers. The results obtained in this study can be applied in the cotton breeding program aimed at obtaining varieties with new colors or new shades. / A demanda por fibras de algodão colorido tem crescido em nível internacional, motivada especialmente pelo apelo ecológico que o manejo proporciona. No Brasil, especialmente na região Nordeste, os nichos agrícolas se concentram em pequenas áreas de agricultores de base familiar, que adotam tanto o manejo convencional quanto o orgânico, gerando emprego e renda. O programa de melhoramento de algodão da Embrapa Algodão tem envidado esforços no desenvolvimento de novas cultivares de fibras coloridas com o intuito de contribuir com o crescimento do agronegócio regional, detendo atualmente cinco cultivares, com tonalidades de fibras variando do verde até várias tonalidades de marrom. O desafio dos pesquisadores, contudo, é gerar cultivares com novas tonalidades que possam contribuir para movimentar o competitivo mercado da indústria têxtil, especialmente o de fibras naturais e isentas de corantes para fixação da cor. Para avançar nesse segmento, é imprescindível que se entenda a base molecular dos metabólitos envolvidos na síntese da cor das fibras para que se possa estabelecer estratégias para o melhoramento genético, tanto por vias convencionais como por meio de engenharia genética. Sabe-se que os flavonoides são metabólitos secundários que conferem cor as fibras e que, dependendo da rota de sua biossíntese, várias tonalidades de cores podem ser sintetizadas ao final da cascata de eventos. Por ser um componente de natureza bioquímica, estima-se que a identificação de acessos detentores de diferentes biossintetizados possam ser discriminados por meio de marcadores moleculares associados, diretamente ou não, aos flavonoides. Tal estratégia pode se configurar em uma ferramenta útil para contribuir posteriormente na identificação de acessos de fibras coloridas, auxiliando a reduzir o tempo nos procedimentos de seleção, que levam entre 120 a 150 dias para que o caráter possa ser fenotipado. Com intuito de gerar informações que possam contribuir com o melhoramento de fibras de algodão colorido, objetivou-se nesse trabalho proceder um estudo envolvendo abordagens genética e molecular em acessos de algodão colorido, baseando-se em análise de divergência e de expressão molecular, focalizando em genes específicos de fibra envolvidos na biossíntese de flavonoides. Para análise da diversidade genética, doze acessos foram fenotipados por meio de PCR-ISSR, utilizando-se 12 oligonucleotídeos comerciais. Os métodos de Tocher, UPGMA e Projeção 2D foram adotados para análise de agrupamento, baseado no padrão de 50 bandas polimórficas. Em função dos resultados obtidos, procederamse as análises de expressão de transcritos, utilizando-se os genes PP2A1, C4H, DFR, ANR e ANS em cDNAs de fibras coletadas aos 8, 10 e 18 DPA (dias pós antese) dos acessos BRS Rubi, BRS topázio, BRS 200 e V3. Na análise de agrupamento via UPGMA, verificou-se a formação de seis grupos, sendo os grupos B, D e E os que aglomeraram apenas os materiais coloridos. Nos resultados da expressão via RT-PCR semiquantitativa, observaram-se amplicons de aproximadamente 200, 290, 1100, 1024 e 1067 pb para PP2A1, C4H, DFR, ANR e ANS, respectivamente, como esperado. Observou-se maior expressão dos genes C4H, DFR e ANR nos acessos de coloração marrom, sugerindo que estes genes podem estar envolvidos na biossíntese de flavonoides de fibras marrons. Os resultados obtidos neste trabalho podem ser aplicados no programa de melhoramento do algodão visando a obtenção de cultivares com novas cores ou novas tonalidades.

A embriogênese somática é uma técnica alternativa com potencial aplicação na propagação clonal de plantas, além de ser uma excelente ferramenta para estudos básicos e análise dos eventos moleculares e bioquímicos que ocorrem durante a embriogênese vegetal. Contudo, apesar de várias pesquisas relativas a embriogênese somática, a falta de conhecimento sobre os fatores que controlam o fenômeno, comprova que existem ainda muitos pontos a serem entendidos sobre o processo. Deste modo, o presente estudo foi concebido com o intuito de estudar a embriogênese somática de duas espécies de citros, as quais apresentam diferentes graus de eficiência na produção de embriões somáticos. Inicialmente, buscou-se avaliar comparativamente o processo de embriogênese somática de duas espécies de citros, observando-se as diferenças estruturais através de análises histológicas e histoquímicas, e as diferenças na expressão do gene AtSERK1 nos calos, através de hibridização in situ. Para instalação dos experimentos, foram utilizados calos provenientes de nucelos de duas espécies, Citrus sinensis L. Osbeck, variedade Valência, e Citrus limonia Osbeck, variedade limão ‘Cravo’. Amostras de calos em meio de multiplicação, em meio de obtenção de embriões, e embriões somáticos nas diferentes fases de desenvolvimento foram coletados para observações anatômicas e histoquímicas através de microscopia óptica e realização de estudo da expressão gênica através de hibridização in situ. Com relação à morfologia, os principais resultados obtidos demonstraram que existem diferenças anatômicas e histoquímicas entre calos de limão ‘Cravo’ e ‘Valência’. Em relação à expressão gênica, os resultados evidenciaram a expressão do gene AtSERK1 em calos das duas espécies de citros, tanto em meio de multiplicação, com sacarose, como em meio de indução, com maltose, indicando que o potencial embriogênico já está instalado no calo em meio de multiplicação. Pode-se concluir também que este gene é conservado entre Arabidopsis e Citrus. Desenvolveram-se, também, experimentos para estudar os efeitos de alguns tratamentos (frio, dessecação, agrupamentos celulares) na otimização da indução e sincronização da embriogênese somática de C. sinensis, var. Valência. Neste sentido, calos nucelares de laranja ‘Valência’, procedentes do meio de multiplicação foram mantidos no mesmo meio líquido em agitador orbital a 200 rpm durante 24h e posteriormente peneirados de acordo com os tratamentos. As peneiras utilizadas apresentaram malhas de 150 µm (P1), 300 µm (P2) e 600 µm (P3). Além do efeito das peneiras também foram observados os efeitos de exposição ao frio (4 o C por quatro semanas, ausência de luz) e dessecação (27 o C, em placas de Petri na ausência de meio de cultura, seis dias, ausência de luz), sendo posteriormente mantidos em B.O.D., a 26 ± 1 o C e intensidade luminosa de 300 lux. Os resultados obtidos permitiram concluir que em relação ao desenvolvimento e produção de embriões somáticos o fator peneira foi superior ao fator estresse na freqüência embriogênica. O desenvolvimento de embriões somáticos em Citrus sinensis ocorre mais eficientemente a partir de agrupamentos celulares de tamanhos específicos. / Somatic embryogenesis is an alternative technique with potential application for clonal propagation of plants, and an excellent tool for basic studies and analysis of the molecular and biochemical events that occur during embryogenesis. However, although many studies have been done, the factors that control somatic embryogenesis are not completely understood. Thus, the present study proposes to evaluate aspects of somatic embryogenesis of two citrus species, which differ in efficiency for the production of somatic embryos. Initially, a comparison of the embryogenic process was done in terms of structural and histochemical analysis and evaluation of the expression of the gene AtSERK1 in callus cultures through in situ hybridization. For the experiments, callus cultures obtained from nucelli of two species, Citrus sinensis L. Osbeck, cv. Valencia, and Citrus limonia Osbeck, cv. Rangpur lime were used for anatomical and histochemical observations, callus samples from cultures in multiplication medium, in embryo induction medium, and somatic embryos in different stages of development were collected. Callus and embryo samples were also collected for analysis of gene expression through in situ hybridization. The anatomical and histochemical analysis showed differences between Rangpur lime and Valencia callus cultures. The in situ hybridization results evidenced the expression of the gene AtSERK1 in cultures of both citrus species, and also in both culture conditions: multiplication medium, with sucrose, and embryo induction medium, with maltose, indicating that the embriogenic potential is already installed in the callus cultures in multiplication medium. The results also lead to the conclusion that the gene is conserved between Arabidopsis thaliana and Citrus. Experiments aiming to synchronize the somatic embryogenesis formation in C. sinensis, cv. Valencia, were installed testing the effect of cold, desiccation and cell cluster size on somatic embryo formation. For that, callus cultures of ‘Valência’ sweet orange were cultivated in liquid medium in an orbital shaker, at 200 rpm, for 24h, and sieved through the following screens: 150 µm (P1), 300 µm (P2) and 600 µm (P3). The cell aggregates were then exposed to cold (4 o C, for four weeks, in the dark) and desiccation (27 o C, in Petri plates without culture medium, six days, in the dark) treatments, and cultured in incubators at 26 ± 1 o C and 300 lux of light intensity. The results lead to the conclusion that the separation of cultures in clusters of different sizes and the stress treatments were effective for synchronization and embryogenesis frequency. The size of cell clusters was the most important factor.

Mapas genéticos são arranjos lineares que indicam a ordem e distância entre locos nos cromossomos de uma determinada espécie. Recentemente, a grande disponibilidade de marcadores moleculares tem tornado estes mapas cada vez mais saturados, sendo necessários métodos eficientes para sua construção. Uma das etapas que merece mais atenção na construção de mapas de ligação é a ordenação dos marcadores genéticos dentro de cada grupo de ligação. Tal ordenação é considerada um caso especial do clássico problema do caixeiro viajante (TSP), que consiste em escolher a melhor ordem entre todas as possíveis. Entretanto, a estratégia de busca exaustiva torna-se inviável quando o número de marcadores é grande. Nesses casos, para que esses mapas possam ser construídos uma alternativa viável é a utilização de algoritmos que forneçam soluções aproximadas. O objetivo desse trabalho foi avaliar a eficiência dos algoritmos Try (TRY), Seriation (SER), Rapid Chain Delineation (RCD), Recombination Counting and Ordering (RECORD) e Unidirectional Growth (UG), além dos critérios PARF (produto mínimo das frações de recombinação adjacentes), SARF (soma mínima das frações de recombinação adjacentes), SALOD (soma máxima dos LOD scores adjacentes) e LMHC (verossimilhança via cadeias de Markov ocultas), usados juntamente com o algoritmo de verificação de erros RIPPLE, para a construção de mapas genéticos. Para tanto, foi simulado um mapa de ligação de uma espécie vegetal hipotética, diplóide e monóica, contendo 21 marcadores com distância fixa entre eles de 3 centimorgans. Usando o método Monte Carlo, foram obtidas aleatoriamente 550 populações F2 com 100 e 400 indivíduos, além de diferentes combinações de marcadores dominantes e codominantes. Foi ainda simulada perda de 10% e 20% dos dados. Os resultados mostraram que os algoritmos TRY e SER tiveram bons resultados em todas as situações simuladas, mesmo com presença de elevado número de dados perdidos e marcadores dominantes ligados em repulsão, podendo ser então recomendado em situações práticas. Os algoritmos RECORD e UG apresentaram bons resultados na ausência de marcadores dominantes ligados em repulsão, podendo então ser recomendados em situações com poucos marcadores dominantes. Dentre todos os algoritmos, o RCD foi o que se mostrou menos eficiente. O critério LHMC, aplicado com o algoritmo RIPPLE, foi o que apresentou melhores resultados quando se deseja fazer verificações de erros na ordenação. / Genetic linkage maps are linear arrangements showing the order and distance between loci in chromosomes of a particular species. Recently, the availability of molecular markers has made such maps more saturated and efficient methods are needed for their construction. One of the steps that deserves more attention in the construction of genetic linkage maps is the ordering of genetic markers within each linkage group. This ordering is considered a special case of the classic traveling salesman problem (TSP), which consists in choosing the best order among all possible ones. However, the strategy of exhaustive search becomes unfeasible when the number of markers is large. One possible alternative to construct such maps is to use algorithms that provide approximate solutions. Thus, the aim of this work was to evaluate the efficiency of algorithms Try (TRY), Seriation (SER), Rapid Chain Delineation (RCD), Recombination Counting and Ordering (RECORD) and Unidirectional Growth (UG), as well as the criteria PARF (product of adjacent recombination fractions), SARF (sum of adjacent recombination fractions), SALOD (sum of adjacent lod scores) and LMHC (likelihood via hidden Markov chains), used with the RIPPLE algorithm for error verification, in the construction of genetic linkage maps. For doing so, a linkage map of a hypothetical diploid and monoecious plant species was simulated, containing 21 markers with fixed distance of 3 centimorgans between them. Using Monte Carlo methods, 550 F2 populations were randomly simulated with 100 and 400 individuals, together with different combinations of dominant and codominant markers. 10 % and 20 % of missing data was also included. Results showed that the algorithms TRY and SER gave good results in all situations, even with presence of a large number of missing data and dominant markers linked in repulsion phase. Thus, these can be recommended for analyzing real data. The algorithms RECORD and UG gave good results in the absence of dominant markers linked in repulsion phase and can be used in this case. Among all algorithms, RCD was the least efficient. The criterion LHMC, applied with the RIPPLE algorithm, showed the best results when the goal is to check ordering errors.