Submitted by Camila Urbano Braz null (camila_urbano@yahoo.com.br) on 2016-08-29T20:11:34Z No. of bitstreams: 1 Tese_Camila_Urbano_Braz.pdf: 2227912 bytes, checksum: 63cf8f89ad9895f8c74ed5d890e0b2f9 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-08-30T18:25:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 braz_cu_dr_jabo.pdf: 2227912 bytes, checksum: 63cf8f89ad9895f8c74ed5d890e0b2f9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-30T18:25:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 braz_cu_dr_jabo.pdf: 2227912 bytes, checksum: 63cf8f89ad9895f8c74ed5d890e0b2f9 (MD5) Previous issue date: 2016-07-29 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O mercado consumidor tem sido cada vez mais exigente quanto à qualidade da carne e, portanto, a pecuária precisa melhorar sua eficiência e fornecer produtos diferenciados, padronizados e com qualidade. Entre as características de qualidade de carne, a maciez é a que mais influencia na satisfação dos consumidores. Considerando a importância dada à maciez da carne, pesquisas têm sido desenvolvidas para melhor compreender os mecanismos relacionados à expressão fenotípica desta característica. Os estudos de genes candidatos têm possibilitado a identificação de polimorfismos que modificam as estruturas das proteínas ou ainda, que estejam em desequilíbrio de ligação com alterações funcionais no DNA. Com a automatização dos polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) muitas regiões ao longo do genoma foram identificadas como responsáveis pela variação fenotípica da maciez da carne. No entanto, os marcadores SNPs podem ter baixa capacidade de identificar locos que atuam nas características quantitativas (QTL) por serem, na grande maioria, bi-alélicos e, mesmo que aconteçam mutações, as mudanças nas frequências alélicas dos SNPs podem permanecer quase inalteradas. Por outro lado, com a utilização de haplótipos, mutações tendem a causar mudanças nas frequências dos haplótipos, aumentando as chances de identificação dos QTL. Sendo assim, este estudo teve como objetivos detectar QTL e mutações causais em genes candidatos e identificar QTL por meio de uma análise de associação genômica ampla, para a característica maciez da carne em bovinos da raça Nelore, utilizando haplótipos como unidades fundamentais dos testes de associação. Foram utilizadas informações fenotípicas, genotípicas e de pedigree de animais provenientes de fazendas que integram os programas de melhoramento genético DeltaGen e PAINT. Cinquenta e dois genes candidatos foram escolhidos para serem analisados utilizando haplótipos construídos com base no desequilíbrio de ligação, utilizando 1.616 animais. Do total de haplótipos, dois foram significativos, sendo que os éxons próximos e dentro destes foram sequenciados visando buscar a mutação causal. O sequenciamento foi realizado com 298 animais e os SNPs identificados foram imputados para os 1.318 animais remanescentes. Foram realizadas análises de associação utilizando haplótipos construídos com base na metodologia de janelas sobrepostas, sendo que seus efeitos foram estimados pelo método Genomic Best Linear Unbiased Predictor (GBLUP). Os valores genéticos dos animais foram estimados para cada haplótipo e SNP e, após, as variâncias genéticas aditivas foram calculadas. Utilizando haplótipos construídos com base em janelas sobrepostas, verificou-se que o aumento do número de SNPs no haplótipo permitiu capturar maior proporção da variância genética aditiva da característica maciez da carne. Seis possíveis QTL foram identificados explicando as maiores proporções de variância genética aditiva para maciez da carne, dos quais um está no gene CAPN1 e cinco no gene ASAP1. Não houve evidências de que a mutação causal para a maciez da carne tenha sido identificada nos dois genes. Uma análise de associação genômica ampla foi realizada utilizando haplótipos construídos com base na metodologia de janelas sobrepostas de tamanhos variados. Foram utilizados nesta análise 1.405 animais genotipados com o painel Illumina Bovine HD e 1.756 animais genotipados com painel de menor densidade (70 K Neogen) e, posteriormente, imputados para o painel HD, em um total de 3.161 animais analisados. Os efeitos dos haplótipos e SNPs foram estimados pelo método GBLUP e as variâncias genética aditivas de cada haplótipo e SNP foram calculadas. Os genes NOS1AP, SUCLG1, PHLDB2 e LOC107132946 foram associados com a característica maciez da carne em bovinos da raça Nelore, por meio de análises de associação genômica ampla utilizando SNPs individuais e haplótipos. A análise utilizando SNPs identificou QTL diferentes das análises com haplótipos e, em alguns casos, SNPs apresentaram variâncias genéticas aditivas maiores do que as apresentadas pelos haplótipos. A análise que utilizou haplótipos construídos com cinco SNPs identificou mais QTL do que as análises de haplótipos construídos com sete e nove SNPs. Sugere-se que análises utilizando haplótipos, baseados em janelas sobrepostas, sejam realizadas para complementar análises de SNPs individuais em estudos de associação genômica ampla. / The consumer market has been increasingly demanding about the meat quality and therefore livestock needs to improve its efficiency and provide differentiated products, standardized and with quality. Considering the importance given to the meat tenderness, research has been undertaken to better understand the mechanisms related to the phenotypic expression of this trait. The candidate gene studies have allowed the identification of polymorphisms that change the structures of the proteins or that are in linkage disequilibrium with functional alterations in the DNA. With the advent of single nucleotide polymorphisms (SNPs) throughout many regions of the genome have been identified as responsible for phenotypic variation in meat tenderness. However, SNPs markers may have low ability to identify mutations, because SNPs are commonly bi-allelic and even when mutations have occurred, allelic frequencies can remain unaltered. On the other hand, using haplotype, mutations tend to cause major changes in haplotype frequencies, increasing the chances of identification of QTL. Thus, this study aimed to detect QTL and causal mutations by the approach of candidate genes and identify possible QTL through a genome-wide association analysis, for the trait meat tenderness in Nelore cattle using haplotypes as fundamental units of association tests. Information of the phenotypic, genotypic and pedigree were used from farms that belong to the breeding programs DeltaGen and PAINT. Fifty-two candidate genes were chosen for analysis using haplotypes constructed based on linkage disequilibrium using 1,616 animals. Two haplotypes were significant, and the exons near and within these haplotypes were sequenced to search for the causal mutation. The sequencing was performed using 298 animals and the identified SNPs were imputed for 1,318 remaining animals. Association analysis using haplotypes constructed based on the method of overlapping sliding windows were carried out and the SNPs and haplotypes effects were estimated using Genomic Best Linear Unbiased Predictor (GBLUP) method. The breeding values were estimated for each haplotype and SNPs and the additive genetic variances were calculated. Using haplotypes constructed based on overlapping sliding windows, we found that increasing the number of SNPs in the haplotype allowed to capture a greater proportion of additive genetic variance of meat tenderness. Six putative QTL were identified with the greatest additive genetic variances for meat tenderness, which one was in CAPN1 gene and five in ASAP1 gene. There was no evidence that the causal mutation for meat tenderness trait has been identified in these genes. A genome-wide association analysis was performed using haplotypes constructed based on the methodology of overlapping sliding windows of varying sizes. In this analysis, 1,405 animals genotyped with the Illumina Bovine HD panel and 1,756 genotyped animals with lower density panel (Neogen 70 K) were used and then, the genotypes of the 1,756 were imputed to the HD panel, in a total of 3,161 animals analyzed. The haplotypes and SNPs effects were estimated by the method GBLUP and the additive genetic variances were calculated for each haplotype and SNP. The NOS1AP, SUCLG1, PHLDB2 and LOC107132946 genes were associated with the meat tenderness trait in Nelore cattle through genome-wide association analysis using individual SNPs and haplotypes. The analysis using SNPs identified different QTL of the haplotype analyzes, and in some cases, the SNPs showed additive genetic variance greater than those presented by the haplotypes. The analysis used haplotypes constructed with five SNPs identified more QTL than analysis of haplotypes constructed with seven and nine SNPs. Analyzes using haplotypes based on overlapping sliding windows, should be conducted as additional analyzes for individual SNPs in genome-wide association studies. / FAPESP: 2013/00035-9

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:06:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_ daniela_ priori.pdf: 1667098 bytes, checksum: 34e76681ceb9a2d408f534549b9ee012 (MD5) Previous issue date: 2011-02-25 / Genetic resources conserved in genebanks have a great value in terms of conservation of rare types, when they are threatened by abandonment of farming or as a unique resource for plant breeding programs. Among the accessions conserved in genebanks important sources of genetic variability can be found for obtaining more productive genotypes tolerant to biotic and abiotic stresses and improved nutritional quality. To have success in that demand is necessary that the accessions contained in genebanks are characterized and evaluated in terms of both qualitative and quantitative characters. The characterization and evaluation of accessions conserved in genebanks must be priorities in the strategy for management of genetic resources, as they provide better knowledge of the germplasm available, is essential for use in breeding programs. In Brazil, there is little information on genetic resources of Cucurbits, especially as regards Cucurbita ficifolia, Cucurbita argyrosperma. Large number of Cucurbita landraces grown in the country could be better exploited as sources of genes for breeding programs, after genetic characterization. Much of the genetic diversity of different Cucurbita landraces grown in southern Brazil has been lost due to neglect of cultivation or its replacement by commercial hybrid varieties. This work was carried in order to contribute to general knowledge related to genetic resources of Cucurbita argyrosperma, Cucurbita ficifolia and Cucurbita pepo, and with specific objectives to assess the transferability of primers designed to C. pepo in C. argyrosperma and C. ficifolia and to evaluate the genetic variability within and among landraces of C. pepo grown in Rio Grande do Sul through analysis of microsatellite markers. Ten accessions of C. pepo, nine of C. argyrosperma and five of C. ficifolia belonging to the Active Germplasm Bank of Cucurbitaceae from Embrapa Temperate Agriculture were submitted to molecular characterization. The genetic distance between these accessions was determined. The transferability of SSR loci from C. pepo to C. argyrosperma and C. ficifolia was 85% and 80% respectively. The analysis of these 24 accessions with 35 loci generated a total of 105 SSR markers, ranging from one to four alleles per locus, of which 56 (53,33%) were polymorphic, showing that there is genetic diversity in the accessions analyzed. The presence and absence of markers allowed to find 100 loci, varying from one to five alleles per locus, with overall average of three alleles per marker analyzed. Among the 34 loci tested, 29 (85.2%) were polymorphic, showing that there is genetic variability among the accessions of C. pepo analyzed. Data evaluation was done by molecular analysis of molecular variance (AMOVA). It was observed that 54.60% of genetic variability is attributable to variation between accessions and 45.39% is attributed to differences within accessions. A comparative analysis was made between the ten accessions studied, analyzed two by two by AMOVA. From 45 comparisons between the ten accessions significant differences there were detected between 35 comparisons, with average of 57.10% of molecular variation attributed to differences between accessions. Genetic variation among counties where the accessions were collected was not significant, indicating that there is not population subdivision according to geographic region. Results indicate that the microsatellites were efficient for the characterization and molecular analysis of genetic divergence. These studies contributed to increase the knowledge related to these genetic resources. SSR primers developed for Cucurbita pepo can be used for molecular characterization of C. argyrosperma and C. ficifolia. Landraces of C. argyrosperma and C. ficifolia showed low genetic variation, while C. pepo shows great variability. The largest proportion of variability in C. pepo is distributed between accessions and not within accessions. / Os recursos genéticos conservados em bancos de germoplasma apresentam grande valor do ponto de vista da conservação de tipos raros, quando os mesmos são ameaçados pelo abandono do cultivo ou como recurso insubstituível para programas de melhoramento genético vegetal. Dentre os acessos contidos nos bancos de germoplasma podem ser encontradas importantes fontes de variabilidade genética para a obtenção de genótipos mais produtivos, tolerantes a estresses bióticos e abióticos e com melhor qualidade nutricional. Para que haja sucesso nessa demanda é necessário que os acessos contidos nos bancos de germoplasma sejam caracterizados e avaliados, tanto em termos de caracteres qualitativos quanto quantitativos. No Brasil, há pouca informação sobre os recursos genéticos de Cucurbitáceas, de modo especial no que se refere à Cucurbita argyrosperma e Cucurbita ficifolia. Grande número de variedades locais de Cucurbita cultivadas no país poderiam ser melhor exploradas como fontes de genes para programas de melhoramento, após a devida caracterização. Muito da diversidade genética das variedades locais de diferentes espécies de Cucurbita cultivadas no Sul do Brasil vem sendo perdida devido ao abandono do cultivo ou à sua substituição por variedades híbridas comerciais. Este trabalho foi realizado com o objetivo geral de contribuir para o conhecimento relacionado aos recursos genéticos de Cucurbita argyrosperma, C. ficifolia e C. pepo, e objetivos específicos de avaliar a transferibilidade de loci de microssatélites de C. pepo para C. argyrosperma e C. ficifolia; e avaliar a variabilidade genética entre e dentro de variedades locais de C. pepo cultivadas no Rio Grande do Sul por meio da análise de marcadores microssatélites. Foram analisados dez acessos de C. pepo, nove de C. argyrosperma e cinco de C. ficifolia do acervo do Banco Ativo de Germoplasma de Cucurbitáceas da Embrapa Clima Temperado. A distância genética entre esses acessos foi determinada. A transferibilidade de locos SSR de C. pepo para C. argyrosperma e C. ficifolia foi de 85% e 80%, respectivamente. A análise dos 24 acessos de Cucurbita por meio de 35 loci SSR gerou um total de 105 marcadores SSR, com variação de um a quatro alelos por loco, dos quais 56 (53,33%) foram polimórficos, evidenciando que há diversidade genética entre os acessos analisados. Através dos dados de presença e ausência de marcadores obtidos com 34 combinações de primers, foram encontrados 100 locos com variação de um a cinco alelos por loco, com média geral de três alelos por marcador analisado. Dentre os 40 locos analisados, 29 (85,3%) foram polimórficos, evidenciando que há variabilidade genética entre os acessos de C. pepo analisados. A avaliação dos dados moleculares foi feita pela análise molecular da variância (AMOVA). Deste modo, foi possível verificar que 54,60% da variabilidade genética é atribuída à variação entre acessos e 45,39% é atribuída a diferenças dentro dos acessos. Foi feita a análise comparativa entre os dez acessos estudados, analisados dois a dois, pela análise AMOVA. Das 45 comparações entre os dez acessos, foram significativas as diferenças entre 35 delas, com média de 57,10% da variação molecular atribuída às diferenças entre acessos. A variação genética entre os municípios onde os acessos foram coletados não foi significativa, indicando que não ocorre subdivisão de populações em função da região geográfica. Os resultados obtidos indicam que os microssatélites foram eficientes para a caracterização molecular e a análise da divergência genética. É possível utilizar primers de microssatélites desenvolvidos para C. pepo na caracterização molecular de C. argyrosperma e C. ficifolia. Variedades locais de C. argyrosperma e C. ficifolia apresentam pouca variabilidade genética, enquanto que C. pepo evidencia grande variabilidade genética. A maior proporção da variabilidade em C. pepo encontra-se distribuída entre os acessos, e não dentro dos acessos.

Orientador: Mário Luiz Teixeira de Moraes / Banca: Magali Ribeiro da Silva / Banca: Cantídio Fernando Gouvêa / Resumo : Handroanthus heptaphyllus (Vell.) Mattos, sinonímia Tabebuia heptaphylla ( Vell.) Toledo, popularmente conhecida por ipê-roxo, é uma espécie pertencente a família Bignoneaceae, muito apreciada pela sua beleza, madeira de excelente qualidade, além de algumas espécies dessa família possuírem substâncias as quais são usadas como produtos medicinais. A espécie é polinizada por abelhas, pássaros e outros visitantes que podem se alimentar das flores e dos frutos. Atualmente é utilizada em programas de reflorestamento de áreas degradadas, paisagismo e restauração. Ocorre em grande parte do Brasil, desde o Estado da Bahia até o Rio Grande do Sul, Minas Gerais, Mato Grosso do Sul, Santa Catarina e São Paulo, compreendendo as latitudes de 13ºS (BA) a 30ºS (RS). O trabalho teve como objetivos estudar a variabilidade genética entre e dentro das subpopulações de H. heptaphyllus, por meio de marcadores microssatélites e conhecer sobre o seu sistema reprodutivo. Para tanto, foram colhidas sementes de 30 árvores, na região de Botucatu, S.P., sendo grande parte na Fazenda Experimental Lageado pertencente a UNESP - Campus de Botucatu. As sementes foram semeadas no viveiro da UNESP e as folhas das mudas produzidas foram coletadas para a extração de DNA e posteriormente analisadas em géis de poliacrilamida. No total, foram estudados oito locos microssatélites polimórficos, que apresentaram desde seis alelos por loco (loco TAU22) a 14 alelos (locos TAU12, TAU30 e TAU31). A média de heterozigosidade esperada ( e H ˆ ) para as seis subpopulações foi de 0,732, sendo que a heterozigosidade observada ( o H ˆ ) foi de 0,618. Os índices médios de fixação variaram de -0,082 (subpopulação 4) a 0,255 (subpopulação 3), com média de 0,152. Os resultados das subpopulações estudadas mostraram os índices de fixação em níveis aceitáveis, com média de 15,2%, no entanto... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Handroanthus heptaphyllus (Vell.) Mattos, sinonímia Tabebuia heptaphylla (Velloso) Toledo, known as ipê-roxo, belongs to the Family Bignoniaceae. It is a very important Brazilian forest tree species because of its beautiful flowers, excellent wood quality, and medicinal properties. Its flowers are usually visited by animals, like bees, birds, bats, etc, for feeding and for pollination purposes. The species has also been used in programs of reforestation of degraded areas, landscaping, and restoration. The ipê-roxo is widespread throughout Brazil, from Bahia State to Rio Grande do Sul, Minas Gerais, Mato Grosso do Sul, Santa Catarina, and São Paulo States, from 13ºS (BA) to 30ºS (RS) latitudes. The research has as objectives to study the genetic diversity within and between subpopulations of H. heptaphyllus by microsatellite molecular markers and to understand its mating system. We collected seeds of 30 trees, through the Botucatu region, Brazil, mostly from the Lageado Experimental Station, São Paulo State University (UNESP) - Botucatu. The seeds were sown in a nursery and the leaves were collected, to extract the DNA, and analyzed through polyacrilamide gels. In a total of eight polymorphic microsatellite loci were analyzed that varied from six alleles (TAU22 locus) to 14 alleles (TAU12, TAU30, and TAU31 loci). The expected heterozygosity mean ( e H ˆ ) for the six subpopulations was 0.7318, the observed heterozygosity mean ( o H ˆ ) was 0.6183, and the average of fixation index (f) between pairs of the six population varied from -0,082 (subpopulation 4) to 0.255 (subpopulation 3), with an average of 0.152. The results of the studied subpopulations have shown acceptable levels of fixation index, presenting an average of 15.2%, therefore, the subpopulation 4 has shown a higher amount of heterozygous than expected. The total genetic diversity ( IT fˆ ) for the six subpopulations... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2015-03-03T15:16:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RicardoGS_TESE.pdf: 1607151 bytes, checksum: 892ba8afc1733edc8e855073b58ee05c (MD5) Previous issue date: 2012-05-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico / In this thesis, we study the thermo-electronic properties of the DNA molecule. For this purpose, we used three types of models with the DNA, all assuming a at geometry (2D), each built by a sequence of quasiperiodic (Fibonacci and / or Rudin-Shapiro) and a sequence of natural DNA, part of the human chromosome Ch22. The first two models have two types of components that are the nitrogenous bases (guanine G, cytosine C, adenine A and thymine T) and a cluster sugar-phosphate (SP), while the third has only the nitrogenous bases. In the first model we calculate the density of states using the formalism of Dyson and transmittance for the time independent Schr odinger equation . In the second model we used the renormalizationprocedure for the profile of the transmittance and consequently the I (current) versus V (voltage). In the third model we calculate the density of states formalism by Dean and used the results together with the Fermi-Dirac statistics for the chemical potential and the quantum specific heat. Finally, we compare the physical properties found for the quasi-periodic sequences and those that use a portion of the genomic DNA sequence (Ch22). / Nesta tese, estudamos as propriedades termo-eletr?nicas da mol?cula de DNA. Para tal prop?sito, fizemos uso de tr?s tipos de modelos com o DNA, todos assumindo uma geometria plana (2D), constru?dos cada um atrav?s das sequ?ncias quase-peri?dicas (Fibonacci e/ou Rudin-Shapiro) e de uma sequ?ncia de DNA natural, parte do cromossomo humano Ch22 . Os dois primeiros modelos apresentam dois tipos de componentes que s?o: as bases nitrogenadas (Guanina G, citosina C, Adenina A e Timina T) e um grupamento a??car-fosfato (SP), enquanto o terceiro modelo apresenta somente as bases nitrogenadas. No primeiro modelo calculamos as densidades de estados utilizando o formalismo de Dyson e as transmit?ncias pela equac?o de Schr?dinger independente do tempo. No segundo modelo fizemos uso do processo de renormalizac?o para obtemos os perfis das transmit?ncias e consequentemente as curvas I (corrente) _ V (voltagem). No terceiro modelo calculamos as densidades de estados pelo formalismo de Dean e utilizamos os resultados juntamente com a estat?stica de Fermi-Dirac para obtemos os potenciais qu?micos e os calores espec?ficos qu?nticos. Finalmente, comparamos as propriedades f?sicas encontradas para as sequ?ncias quase-peri?dicas e para aqueles que utilizam um trecho da sequ?ncia gen?mica do DNA (Ch22)

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ValeskaSL.pdf: 346083 bytes, checksum: 77d65411fbea9e85070d5c90e9b52fef (MD5) Previous issue date: 2007-02-23 / This research was conducted with the aim to study the genetic and pathogenic structure of Ramularia areola isolates collected in Brazil and to characterize the resistance response in cotton plants to ramularia spot. The genetic variability of 28 isolates of R. areola was studied using RAPD markers. The pathogenicity evaluation was realized by the inoculation of 6 isolates on cotton varieties Guazuncho-2 (Gossypium hirsutum) and VH8-4602 (Gossypium barbadense). The inheritance of disease resistance was studied using an artificially inoculated population of F2 individuals derived from the intercross of Guazuncho-2 (susceptible variety) end VH8-4602 (resistant variety), and also the parents and F1 individuals. Molecular polymorphism between the G. hisutum varieties DeltaOpal (suscetible) and CNPA CO-11612 (resistant) was estimated by 118 SSR and 24 AFLP markers. The parental genotypes Guazuncho-2 and VH8-4602 were selected for mapping, and then Recombinant Inbred Lines (RIL?s) derived from this crossing were evaluated with SSR 12 markers. The analysis of population structure of R. areola revealed that the three subpopulations were genetically simillar (Gst=0.18), and the isolates from Goi?s and Minas Gerais were more similar to each other (0,92). This probability can be related to the relatively high gene flow among the three subpopulations (Nm=2.20). The isolates R. areola 9.1, from Minas Gerais State and 8.1 and 8.3 from Goi?s State were the most aggressive ones to the susceptible variety Guazuncho-2. The variety VH8-4602 presented high level of resistance to ramularia spot. No differential interaction was observed between the pathogens and the analyzed varieties, and the resistance was classified as horizontal. The quantification of disease by number of necrotic lesions and number of spores in individual plants of F1 and F2 generations from the crossing between the varieties Guazuncho-2 and VH8-4602 presented continuous distribution, suggesting polygenic resistance. The resistance is probabilly recessive, since necrotic lesions and sporulation were observed on F1 plants. The molecular polymorphism between DeltaOpal e CNPA CO-11612 lineages was low (6%), then would be difficult to accomplish molecular mapping of disease resistance using this intercross. With the genotyping of the RIL s it was verified that 25% of the markers segregated in the proportions proposed by Mendel s Law and 75% of the studied markers presented segregation distortion in favor to the parental G. hirsutum. Both the low genetic variability of the pathogen and the number of resistance genes suggest that durable genetic resitance may be achieved / Este estudo teve como objetivos estudar a estrutura gen?tica e patog?nica de isolados de Ramularia areola do Brasil e caracterizar a resposta de resist?ncia no algodoeiro ? mancha-de-ramul?ria. Foi avaliada a variabilidade gen?tica de 28 isolados do pat?geno, utilizando-se marcadores RAPD. A avalia??o da patogenicidade de 6 desses isolados foi realizada ap?s a inocula??o nas variedades Guazuncho-2 (Gossypium hirsutum) suscet?vel e VH8-4602 (Gossypium barbadense) resistente ? doen?a. A heran?a da resist?ncia no algodoeiro ? doen?a foi caracterizada pela medi??o de intensidade da doen?a nas variedades Guazuncho-2 (G. hirsutum), suscet?vel, e VH8-4602 (G. barbadense), resistente ? doen?a, e nas gera??es F1 e F2 provenientes do cruzamento entre elas. O polimorfismo molecular entre as linhagens de G. hirsutum DeltaOpal e CNPA CO11612, contrastantes fenotipicamente quanto ? resist?ncia ? doen?a foi avaliado utilizando-se 118 marcadores SSR e 24 AFLP. Para mapeamento molecular dos genes de resist?ncia, linhagens recombinantes RIL s derivadas do cruzamento entre Guazuncho-2 e VH8-4602 foram genotipadas utilizando marcadores SSR. A an?lise da estrutura da popula??o de R. areola revelou que as tr?s subpopula??es foram semelhantes geneticamente (Gst=0.18). Os isolados de Goi?s e Minas Gerais obtiveram maior similaridade gen?tica (0,92), que pode estar associada com o alto fluxo gen?tico existente entre as subpopula??es que foi de (Nm=2.20). Quanto ? patogenicidade, os isolados de R. areola 9.1, coletado no estado de Minas Gerais, 8.2 e 8.3 de Goi?s, foram mais agressivos na variedade suscet?vel Guazuncho-2. A variedade VH8-4602 apresentou alto n?vel de resist?ncia ? doen?a. N?o foi observada intera??o diferencial entre os pat?genos e as variedades analisadas, sendo a resist?ncia classificada como horizontal. Na an?lise dos indiv?duos das gera??es F1 e F2, provenientes do cruzamento entre Guazuncho-2 e VH8-4602, a quantifica??o de sintomas da doen?a atrav?s da contagem de manchas necr?ticas e pelo n?mero de esporos mostrou varia??o cont?nua da resist?ncia ? doen?a nos indiv?duos da gera??o F2, indicando que a heran?a ? polig?nica. O aparecimento de sintomas e esporula??o nos indiv?duos F1 mostrou que a resist?ncia ? recessiva. O polimorfismo molecular entre as linhagens de G. hirsutum, DeltaOpal e CNPA CO11612 foi de 6%, portanto baixo, para realizar o mapeamento. Durante genotipagem das RIL?s foi verificado que 25% dos marcadores segregaram de acordo com as propor??es das leis de Mendel, e 75% desses marcadores apresentaram distor??o de segrega??o, com aumento da propor??o de genes do parental G. hirsutum. A baixa variabilidade do pat?geno e n?mero de genes de resist?ncia sugere que a resist?ncia gen?tica ao pat?geno tenha alta durabilidade

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Essa dissertação apresenta um estudo sobre o acúmulo de matéria orgânica nos sedimentos do complexo estuarino lagunar Mundaú Manguaba (CELMM) utilizando lipídios (ácidos graxos, esteróis e alcoóis lineares) como marcadores moleculares , com o objetivo de avaliar as fontes (naturais e antrópicas) e a variação espacial e temporal na composição da matéria orgânica sedimentar, assim como a influência dos processos diagenéticos sobre a qualidade e a preservação da mesma. O CELMM é caracterizado por um alto potencial de reciclagem e retenção de materiais e está sujeito a diversas atividades antropogênicas, incluindo a urbanização e as práticas de monocultura de cana-de-açúcar, além de sofrer um processo acelerado de degradação ambiental. Através de análise estatística multivariada foi possível discenir as fontes dos lipídios e, a partir disto, identificar as contribuições de matéria orgânica planctônica (fitoplâncton e zooplâcton), terrígena e bacteriana para os diferentes compartimentos do CELMM. Foi possível identificar um incremento no acúmulo de matéria orgânica de origem autóctona nas lagoas nos últimos anos. Este efeito foi mais significativo em Mundaú, reflexo do maior nível de alteração antrópica nessa lagoa. O nível de contaminação fecal avaliado através de esteróis fecais pode ser considerado de médio a baixo, quando comparados com outros locais que também apresentam influência antrópica significativa. A transformação diagenética da matéria orgânica, avaliada através das razões estanol/esterol, mostrou que a atividade bacteriana no CELMM é significativa ainda na coluna dágua ou na interface água-sedimento, mas que após o soterramento a matéria orgânica fica preservada. / This thesis presents a study on the accumulation of organic matter in the sediments of the complex estuarine lagoon Mundaú Manguaba (CELMM) using lipids (fatty acids, sterols and linear alcohols) as molecular markers to evaluate the sources (natural and anthropogenic) and spatial and temporal variation in the composition of sedimentary organic matter, as well as the influence of diagenetic processes on the quality and preservation of it. The CELMM is characterized by a high potential for recycling and storage of materials and is subject to various anthropogenic activities, including urbanization and practice of monoculture of cane sugar, in addition to suffering an accelerated process of environmental degradation. By multivariate analysis was possible to discern sources of lipids, and from this, identify the contributions of organic matter - plankton (phytoplankton and zooplankton), terrigenous and bacterial - for different sectors CELMM. It was possible to identify an increase in the accumulation of organic matter of autochthonous origin in the lagoons in recent years. This effect was more significant in Mundaú, reflecting the higher level of anthropogenic disturbance at the pool. The level of fecal contamination - assessed through fecal sterols - may be considered medium to low compared with other sites that also have significant human influence. The diagenetic transformation of organic matter as measured by the reasons stanol / sterol, showed that bacterial activity in CELMM is significant even in the water column or sediment-water interface, but that after the burial of organic matter is preserved.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-15Bitstream added on 2014-06-13T21:00:47Z : No. of bitstreams: 1 nova_cv_me_bauru.pdf: 1980542 bytes, checksum: 9aad1da39bf5c30c6e4d38ca0be07fef (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A teoria cinética dos gases tem como primeira aproximação o comportamento observado considerando o gás como tendo um comportamento ideal, isto é, pode ser modelado através da lei do gás ideal. As equações de estado conhecidas, como a equação do gás ideal e de van der Waals descrevem, dentro das aproximações do modelo, situações bastante diversas. Neste trabalho iremos utilizar a lei dos gases ideais, ou mais especificamente a implementação da Equação de van der Waals para o entendimento do fenômeno de colisões que entre átomos e moléculas / The kinetic theory of gases has a a first approximation the observed behavior considering the gas to have an ideal behavior, ie it can be modeled by the ideal bas law. The equations of state known as the ideal gas equation and Van der Waals describe, within the approximations of the model, very different situations. In this paper we use the ideal gas law, or more specifically the implementation of the Vann der Waals equation for understandign the phenomenon of collisions between atoms and molecules

Nesse trabalho, foi investigado um novo tipo de fotodetector de radiação infravermelha baseado em pontos quânticos de submonocamada de InAs obtidos pela técnica de epitaxia por feixe molecular (MBE, Molecular Beam Epitaxy). Suas propriedades foram comparadas com as de fotodetectores de pontos quânticos de InAs convencionais obtidos pela mesma técnica de deposição, mas no modo de crescimento Stranski-Krastanov. Medidas de corrente de escuro, de ruído, de responsividade e de absorção mostraram que, dependendo da estrutura das amostras, os dispositivos com pontos quânticos de submonocamada podem ter um excelente desempenho. / In this work, we investigated a new type of infrared photodetector based on InAs sub-monolayer quantum dots grown by molecular beam epitaxy (MBE). Their properties were compared with those of photodetectors containing conventional InAs quantum dots obtained by the same deposition technique, but in the Stranski-Krastanov growth mode. Dark current, noise, responsivity and absorption measurements have shown that, depending on the structure of the samples, the devices with sub-monolayer quantum dots can perform very well.

Neste trabalho, estudamos colisões entre átomos de Rydberg ultrafrios em uma amostra atômica de alta densidade aprisionada em uma armadilha óptica de dipolo (AOD) tipo QUEST (Quasi Electrostatic Trap). Nossos objetivos incluíam testar a manifestação de fenômenos de muitos corpos bem como estudar efeitos de anisotropia nos processos colisionais envolvendo dois corpos. Para isso, escolhemos o processo colisional descrito por 5/2+5/2(+2)3/2+(2)7/2 no intervalo de 37 ≤ ≤47. O processo foi estudado na ausência e presença de campo elétrico estático, originando as ressonâncias Förster. Os resultados mostram que mesmo em alta densidade atômica o processo de dois corpos domina a interação, apesar da clara manifestação do bloqueio dipolar. Após modificações na montagem experimental, estudamos um dos picos da ressonância Förster 375/2+375/2393/2+357/2 em função da direção e amplitude em relação ao eixo longitudinal da AOD. Discutimos os resultados e os desafios futuros do experimento. / In this paper, we study collisions between ultracold Rydberg atoms in a high density atomic sample trapped in an optical dipole trap (ODT), type QUEST (Quasi Electrostatic Trap). Our goals included testing the manifestation of many-body phenomena and to study anisotropy effects in collisional processes involving two Rydberg atoms. In order to do this, we have chosen the collision process described by 5/2+5/2(+2)3/2+(2)7/2 in the range of 37 ≤ ≤47. The process was studied in the presence and absence of a dc static electric field, also known as Förster resonances. The results show that even at high atomic density, two-body interaction dominates de process, despite the clear manifestation of Rydberg blockade. After several improvements in our experimental setup, we have studied also a Förster resonance peak 375/2+375/2393/2+357/2 as a function of the magnitude of the dc static electric field as well as the angle between this field and the longitudinal axis of the ODT. We discuss the results and future challenges of the experiment.

Submitted by Jean Medeiros (jeanletras@uepb.edu.br) on 2018-05-11T13:03:15Z No. of bitstreams: 1 PDF - Aline Ferreira de Araújo Jerônimo.pdf: 26670711 bytes, checksum: 92864afd3e086a9cb19dbb47d53bcc6a (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2018-05-22T20:48:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PDF - Aline Ferreira de Araújo Jerônimo.pdf: 26670711 bytes, checksum: 92864afd3e086a9cb19dbb47d53bcc6a (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-22T20:48:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Aline Ferreira de Araújo Jerônimo.pdf: 26670711 bytes, checksum: 92864afd3e086a9cb19dbb47d53bcc6a (MD5) Previous issue date: 2017-03-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Background: Breast cancer is the type of cancer that most causes deaths among women in developing countries. In Brazil, an incidence of the disease increases and the number of new cases of breast cancer can be attributed to the increase in life expectation of women and changes related to reproductive factors and lifestyle. Objectives: The aim of this study was to analyze the literature on breast cancer risk factors and knowledge about the disease and to identify associations between risk factors and triple-negative breast cancer. Methods: Two scientific articles were developed for publication. The first article deals with an integrative review on the knowledge of breast cancer and its risk factors in Latin American studies. The second article deals with a cross-sectional study on lifestyle risk factors and triple-negative breast cancer, performed with 236 women diagnosed with invasive breast cancer in the state of Paraiba. Results: In the integrative review, of 47 studies selected, 27 were about risk of breast cancer and 20 were about knowledge or awareness. The main risk factors identified by the authors were obesity and overweight, old age, family history of breast cancer, nulliparity and menopause. The articles on knowledge focused in early diagnosis of breast cancer and breast self-examination was the most investigated method of detection. The cross - sectional study showed that smoking and obesity had associations with the triple- negative subtype of breast cancer. Women who smoked sometime in their lives had 3.70 (OR = 0.270, 95% CI: 0.10-0.68, p = 0.006) times less likely to have a triple-negative subtype. Patients with obesity had 3,514 (95% CI: 1.23 - 10.03; p = 0.019) more likely to have the triple-negative subtype when compared to the Luminal A subtype. Conclusions: The literature on breast cancer risk factors presents a better methodological outline and theoretical basis than the literature on the knowledge of the disease. Smoking is associated with lower chances of having triple-negative breast cancer, while obesity is associated with a higher chance of developing this type of breast cancer. / Introdução: O câncer de mama é o tipo de neoplasia que mais causa mortes entre as mulheres nos países em desenvolvimento. No Brasil, a incidência da doença é elevada no Nordeste do país e o aumento no número de casos novos pode ser atribuído às mudanças relacionadas aos fatores reprodutivos e do estilo de vida. Objetivos: Esta dissertação teve como objetivo analisar a literatura sobre os fatores de risco do câncer de mama e o conhecimento sobre a doença e identificar associações entre fatores de risco e o câncer de mama do tipo triplo-negativo. Métodos: Foram desenvolvidos dois artigos científicos para publicação. O primeiro artigo trata-se de uma revisão integrativa sobre o conhecimento da neoplasia mamária e seus fatores de risco em estudos Latino americanos. O segundo artigo trata-se de um estudo transversal sobre fatores de risco do estilo de vida e o câncer de mama triplo-negativo, realizado com 236 mulheres diagnosticadas com câncer de mama invasivo no estado da Paraíba. Resultados: Na revisão integrativa da literatura foram selecionados 47 artigos, dos quais 27 eram sobre fatores de risco do câncer de mama e 20 eram sobre conhecimento ou consciência sobre a doença. Os principais fatores de risco identificados pelos autores foram obesidade e sobrepeso, idade avançada, historia familiar de câncer de mama, nuliparidade e menopausa. Os artigos sobre conhecimento destacaram o diagnóstico precoce da neoplasia mamária e o autoexame foi o método de detecção mais investigado. O estudo transversal mostrou que tabagismo e obesidade tiveram associações com o subtipo triplo-negativo do câncer de mama. As mulheres que já fumaram alguma vez na vida tiveram 3.70 (OR= 0.270; 95% CI: 0.10-0.68; p= 0.006) vezes menos chances de ter o subtipo triplo-negativo. Pacientes com obesidade tiveram 3.514 (95% CI: 1.23- 10.03; p= 0.019) mais chances de ter o subtipo triplo-negativo quando comparadas com o subtipo Luminal A. Conclusões: A literatura sobre fatores de risco do câncer de mama apresenta melhor delineamento metodológico e fundamentação teórica do que a literatura sobre o conhecimento da doença. O tabagismo está associado a menores chances de ter o câncer de mama triplo-negativo, enquanto que a obesidade está associada a maiores chances de desenvolver esse tipo de câncer de mama.