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Meta-análise para a identificação de alterações na expressão de microRNAs e vias moleculares do desenvolvimento vascular reguladas por microRNAs em angiossarcoma

Mendes, Lied Pereira January 2017 (has links)
Orientador: Winston Bonetti Yoshida / Resumo: Introdução: O Angiossarcoma (AS) é um tumor vascular maligno raro. As vias moleculares associadas ao desenvolvimento e progressão do AS ainda são pouco entendidas. miRNAs são moléculas reguladoras da expressão gênica com papel importante na tumorigênese e constituem biomarcadores em potencial, podendo definir prognóstico e tratamento de pacientes com câncer. A identificação de perfis de expressão de miRNAs e das vias moleculares reguladas por miRNAs pode contribuir para a elucidação dos mecanismos de tumorigênese em AS. Objetivos: Identificação da expressão global de miRNAs e vias moleculares em AS. Identificar miRNAs alterados em AS; identificar genes-alvo regulados pelos miRNAs e mapear miRNAs e genes alvo relacionados ao desenvolvimento vascular. Material e Métodos: Realizamos uma meta-análise segundo a Declaração de Prisma e utilizando as principais bases de dados, PubMed e EMBASE. Após a aplicação de critérios de inclusão e exclusão específicos, um estudo (incluindo 5 amostras de AS) foi considerado elegível e selecionado para extração dos dados. Deste, foram identificados os miRNAs significativamente desregulados (FC>=1,5 e p<0,05). A seguir, os dados de expressão de miRNAs foram analisados utilizando as ferramentas de bioinformática miRWalk v.2.0 para predição de genes-alvo regulados pelos miRNAs e STRING e Cytoscape v.3.1.1/BINGO para identificação de redes de interação (miRNAs-mRNAs-alvo) e funções biológicas, respectivamente. Resultados: 59 miRNAs estavam com expres... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor
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Dinâmica molecular investigada com pulsos de femto-segundos

Buckup, Tiago January 2004 (has links)
Técnicas experimentais de óptica não-linear resolvidas no tempo são capazes, em diversas situações, de fornecer mais informações sobre a dinâmica e estrutura molecular do que técnicas sem nenhuma resolução temporal. Nesta tese investigou-se três sistemas com técnicas espectroscópicas resolvidas no tempo, utilizando pulsos ultra-curtos de um sistema LASER amplificado, baseado em cristal de Ti:Safira, e de amplificadores ópticos paramétricos. Para este estudo foram implementadas e analisadas quatro diferentes técnicas espectroscópicas resolvidas no tempo: Espalhamento Raman anti-Stokes Coerente (CARS), Espalhamento hiper-Rayleigh Resolvido no Tempo (TRHRS), Bombeio-Prova e Bombeio- Depleção-Prova. O três sistemas investigados apresentam um grau crescente de complexidade nas suas dinâmicas e interações com o meio. O primeiro dos sistemas estudados foi a dinâmica da molécula de H2 no regime de impacto, na presença de moléculas e átomos perturbadores (N2 e He). Foi possível determinar, pela primeira vez, coeficientes de alargamento para o ramo Q devido à colisões entre H2+H2 utilizando a técnica de CARS resolvido temporalmente, bem como novos coeficientes para o deslocamento das linhas. O emprego da mesma técnica em sistemas binários lançou mais luz sobre a possibilidade de existir alguma não-homogeneidade em tais tipos de colisões. O segundo experimento investigou a dinâmica de relaxação orientacional da acetonitrila em solução utilizando a nova técnica de TRHRS; esta foi desenvolvida e testada com sucesso pela primeira vez neste trabalho. Um modelamento teórico mostra que dentro do modelo de Debye para a difusão rotacional, tempos associados ao terceiro momento do tempo de difusão (τ3) e ao primeiro momento (τ1) devem ser observados. Os resultados experimentais para a acetonitrila apresentam um decaimento consistente com este modelo (τ3~850 fs), concordando também com valores derivados de resultados experimentais e teóricos obtidos por outros métodos. Além disso, também foi observado experimentalmente uma segunda componente mais rápida (~50 fs), que não pôde ser explicada dentro do modelo de difusão rotacional livre. Esta componente foi atribuída a efeitos reorientacionais coletivos em conjunto com efeitos de superposição temporal de pulsos. A interpretação do sinal desta nova técnica foi testada com sucesso realizando o experimento em tetracloreto de carbono.O terceiro sistema investigado foi a dinâmica de relaxação de energia intramolecular de carotenóides. A principal questão, da vii existência ou não de estados eletrônicos adicionais, foi abordada utilizando uma modificação da técnica de Bombeio e Prova, denominada de Bombeio-Depleção-Prova. A técnica de Bombeio-Depleção-Prova foi pela primeira vez utilizada em carotenóides, possibilitando observar dinâmicas nunca vistas por qualquer outra técnica experimental. Dentro da resolução temporal dos experimentos realizados, a presença de novos estados eletrônicos em carotenóides livres em solução é descartada. Além disso, uma nova ferramenta de análise de dados foi desenvolvida. A análise de alvos espectrais baseada em um algoritmo evolutivo trouxe mais argumentos para o modelo clássico de três níveis. A dinâmica de carotenóides livres em solução foi comparada com sua dinâmica quando inseridos no complexo fotossintético de coleta de luz (LH2) da bactéria púrpura, utilizando para isso a técnica de Bombeio e Prova. Os resultados obtidos mostram um sistema de níveis de energia mais complexo do que quando o carotenóide está livre em solução. Esta modificação devido ao ambiente é possivelmente gerada pela quebra de simetria do carotenóide quando inserido no complexo LH2, possibilitando o cruzamento entre sistemas (singlete-triplete).
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Variabilidade molecular e resistência a geminivirus em acessos de tomateiro do BGH-UFV / Molecular variability and resistance the geminivirus in accesses of tomato of BGH-UFV

González Aguilera, Jorge 03 August 2007 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:40:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1132396 bytes, checksum: 0b291e326e4243ffd6914eba9be519bb (MD5) Previous issue date: 2007-08-03 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / The Bank of Germplasm of Vegetables (BGH) of the Federal University of Viçosa, it maintains about 870 accesses of the gender Lycopersicon, many of them still no characterized. That culture is attacked by countless curses, where the flywhite (Bemisia tabaci) one of the most important is considered. Starting from 1994, it happened the introduction of a new biotype of B. tabaci in Brazil (biotype B), responsible for the spread of new begomovírus species in tomato. One of those new species, Tomato yellow spot virus (ToYSV), it causes severe symptoms and with high precocity in the tomato. Inside of this context, our work had as objectives: (1) to evaluate 96 tomato accesses (Lycopersicon esculentum Mill.) as the resistance to the gemivirus Tomato yellow spot virus and (2) to characterize the genetic variability starting from molecular data. The resistance to ToYSV was evaluated through a selection being inoculated the accesses through agroinoculação and he saw biobalística, using the isolated of ToYSV Bi2. As a result of that selection it was selected the accesses that manifested the largest resistance pattern and again inoculated. The accesses that showed as resistant they were selected again and inoculated the same conditions low, being planted 20 plants by accesses. It was evaluated her witnesses from the virus in a visual way to the 10, 20 and 30 days after inoculation. The visual evaluation was confirmed through PCR and hybridization. The accesses were fenotipados tends as base the percentage of infected plants confirmed by PCR and hybridization, of the total of inoculated plants. The molecular variability was characterized using molecular markers ISSR. The accesses were sowed in vegetation house and leaves of three plants by access were collected for extraction in bulk of DNA. Ten molecular markers anchored ISSR were used. The bands analyzed for each employed primer allowed the construction of the head office of binary data. The head office was used in I calculate it of the dissimilar using the complement of the coefficient of similarity of Jaccard. The head office was used in the accomplishment of the groupings by the method of optimization of Tocher and hierarchical UPGMA. Of the 96 accesses inoculated through agroinoculação, 31 accesses were selected classified as highly resistant (AR), being inoculated through biobalistica and selected among of them 4 accesses. The 4 selected accesses were inoculated again and as result he stood out the access BGH-224 that was classified as AR with only 10% of infected plants, and suitable as promising access for obtaining of you cultivate with resistance to ToYSV. The markers ISSR generated, together, 53 bands polymorphic of a total of 144 amplified. The primer 840 generated the largest number of bands polimórficas, with 18% (13 bands) of the 144 bands obtained by the 10 used primers. The size of the amplified fragments varied from 250 to 2000 pb. By the evaluation of the dendrogram obtained by the grouping method UPGMA and the grouping for the method Tocher, it was possible to differentiate the accesses. The access BGH- 980 was classified separately, being the most divergent of the tested accesses. They were classified in groups of 2 accesses the equal of accesses BGH- 674 and BGH-991, BGH-616 and BGH-970, that constitute duplicated accesses. The markers ISSR were useful in the characterization of the variability of the accesses of Lycopersicon esculentum, amplifying relatively high number of locos for primer, being enough to discriminate the appraised accesses. / O Banco de Germoplasma de Hortaliças (BGH) da Universidade Federal de Viçosa, mantém cerca de 870 acessos do gênero Lycopersicon, muitos deles ainda não caracterizados. Essa cultura é atacada por inúmeras pragas, onde a mosca-branca (Bemisia tabaci) é considerada uma das mais importantes. A partir de 1994, ocorreu a introdução de um novo biótipo de B. tabaci no Brasil (biótipo B), responsável pela disseminação de novas espécies de begomovírus em tomateiro. Uma dessas novas espécies, o Tomato yellow spot virus (ToYSV), causa sintomas severos e com alta precocidade no tomateiro. Dentro deste contexto, nosso trabalho teve como objetivos: (1) avaliar 96 acessos de tomateiro (Lycopersicon esculentum Mill.) quanto a resistência ao gemivirus Tomato yellow spot virus (ToYSV) e (2) caracterizar a variabilidade genética a partir de dados moleculares. A resistência ao ToYSV foi avaliada através de uma triagem, sendo inoculados os acessos via agroinoculação e via biobalística, empregando o isolado de ToYSV Bi2. Como resultado dessa triagem foi selecionado os acessos que manifestaram o maior padrão de resistência e foram novamente inoculados. Os acessos que se manifestaram como resistentes foram selecionados novamente e inoculados baixo as mesmas condições, sendo plantadas 20 plantas por acessos. Foi avaliada a presencia do vírus de modo visual aos 10, 20 e 30 dias após inoculação. Foi confirmada a avaliação visual via PCR e hibridização. Os acessos foram fenotipados tendo como base a porcentagem de plantas infectadas confirmadas por PCR e hibridização, do total de plantas inoculadas. A variabilidade molecular foi caracterizada empregando marcadores moleculares ISSR. Os acessos foram semeados em casa de vegetação e folhas de três plantas por acesso foram coletadas para extração em bulk do DNA. Dez marcadores moleculares ISSR ancorados foram empregados. As bandas analisadas para cada primer empregado permitiu a construção da matriz de dados binários. A matriz foi empregada no calculo da dissimilaridade utilizando o complemento do coeficiente de similaridade de Jaccard. A matriz foi empregada na realização dos agrupamentos pelo método de otimização de Tocher e hierárquico UPGMA. Dos 96 acessos inoculados via agroinoculação, foram seleccionados 31 acessos classificados como Altamente Resistente (AR), sendo inoculados via biobalística e selecionados dentre deles 4 acessos. Os 4 acessos selecionados foram inoculados novamente e como resultado destacou-se o acesso BGH-224 que foi classificado como AR, com apenas 10% de plantas infectadas, e indicado como acesso promissor para obtenção de cultivares com resistência ao ToYSV. Os marcadores ISSR geraram, em conjunto, 53 bandas polimórficas de um total de 144 amplificadas. O primer 840 gerou o maior número de bandas polimórficas, com 18 % (13 bandas) das 144 bandas obtidas pelos 10 primers empregados. O tamanho dos fragmentos amplificados variou de 250 a 2000 pb. Mediante a avaliação do dendrograma obtido pelo método de agrupamento UPGMA e o agrupamento pelo método Tocher, foi possível diferenciar os acessos. O acesso BGH-980 foi classificado isoladamente, sendo o mais divergente dos acessos testados. Foram classificados em grupos de 2 acessos os pares de acessos BGH-674 e BGH-991, BGH-616 e BGH-970, ainda que semelhantes não constituem acessos duplicados. Os marcadores ISSR foram úteis na caracterização da variabilidade dos acessos de Lycopersicon esculentum, amplificando número relativamente elevado de locos por primer, sendo suficiente para discriminar os acessos valiados.
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Análise da atividade do promotor de BiP (Binding Protein) de soja em plantas transgênicas de tabaco / Analysis of soybean BiP (binding protein) promoter activity in tobaco transgenic lines

Rodrigues, Leonardo Augusto Zebral 23 February 2005 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-17T18:21:20Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2822554 bytes, checksum: 7bef13d6e29446a21866e18f47787668 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-17T18:21:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2822554 bytes, checksum: 7bef13d6e29446a21866e18f47787668 (MD5) Previous issue date: 2005-02-23 / A proteína BiP ("binding protein") de plantas tem sido descrita como um importante mediador de translocação, dobramento e montagem de proteínas recém-sintetizadas no lúmem do retículo endoplasmático, exibindo uma forte indução em resposta a uma variedade de estresses bióticos e abióticos. Apesar de sua relevância funcional, muito pouco se sabe com relação aos mecanismos de regulação da expressão dos genes BiP de plantas e da estrutura de seus promotores. Nesta investigação, dois promotores de BiP de soja, designados gsBiP6 e gsBiP9, bem como diferentes extensões de suas extremidades 5' foram fusionados ao gene repórter beta-glucuronidase (GUS) e introduzidas em Nicotiana tabacum via transformação mediada por Agrobacterium tumefaciens. Os promotores de gsBiP6 e gsBiP9 possuem cis-elementos gerais, característicos de promotores de genes de plantas, como as seqüências de transcrição CAAT e TATA, e cis-elementos que respondem a estresses do retículo endoplasmático (ERSE), além de seqüências relacionadas com o G-box. Ensaios de atividade de GUS em discos foliares transformados com os genes quiméricos BiP6-GUS e BiP9-GUS demonstraram que o promotor de gsBiP6 é induzido por uma variedade de estresses, enquanto gsBiP9 é induzido apenas por tunicamicina, um potente ativador da via de resposta a proteínas mal-dobradas (UPR). Além disso, análises histoquímicas de plantas transformadas com as construções -358pbip6-gus (BiP6) e -2200pbip9-gus (BiP9) revelaram que os promotores de BiP produziram um padrão intenso e uniforme de expressão de GUS em folhas, caules, raízes e meristemas apicais. Este padrão de distribuição espacial da atividade de GUS está correlacionado com uma expressão desses genes em tecidos que apresentam alta atividade celular secretória e alta proporção de células em um processo ativo de divisão celular. Análises de deleções do promotor de gsBiP9 em plantas transformadas identificaram dois domínios regulatórios cis-atuantes, denominados CRD-1 (-1090 a -670) e CRD-2 (-670 a +1), que são importantes para regulação espacial dos promotores de BiP em condições normais de desenvolvimento. A região de CRD-1 é caracterizada pela predominância quase absoluta de adenina e timina exibindo uma alta atividade do gene repórter GUS. Este domínio funcional possui uma atividade similar à de “enhancer”, já que é capaz de restaurar altos níveis de expressão quando fusionado diretamente à extremidade 5’ do promotor de BiP9. De fato, a atividade do gene repórter -glucuronidase (GUS) nas plantas contendo esse domínio regulatório cis-atuante foi praticamente idêntica àquela exibida pelo promotor inteiro. Além disso, a análise histoquímica e fluorimétrica de plantas contendo tais seqüências mostraram um aumento significativo na atividade do gene repórter GUS. A região de CDR-2 é caracterizada por conter elementos regulatórios positivos, que coordenam a expressão tecido-específica do promotor de gsBiP9, sendo capaz de restaurar em parte, os níveis de expressão basal do gene repórter GUS, uma vez que se detectou atividade do promotor em raízes e caule, entretanto, os níveis de expressão em folhas, principalmente na região dos feixes vasculares, não foram suficientemente altos e nem tão pouco de forma generalizada como visto nas construções contendo o promotor completo de BiP, sendo necessário seqüências adicionais delimitadas até a posição -1090 para uma alta atividade. Estes resultados sugerem que o controle da expressão dos genes BiP de plantas envolve múltiplos e complexos mecanismos e depende de uma complexa integração de múltiplos cis-elementos regulatórios no promotor. / Plant BiP (binding protein) has been described as an important mediator of translocation, folding and assembly of nascent secretory proteins in the endoplasmic reticulum lumen and it responds to a variety of biotic and abiotic stresses. Despite its functional relevance, little is known about the regulation mechanisms of plant BiP gene expression and the structure of their promoters. Here, we have fused two BiP promoters, designated gsBiP6 and gsBiP9, as well as different extensions of their 5'-flanking sequences to beta-glucuronidase (GUS) reporter gene and introduced into Nicotiana tabacum by Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation. The gsBiP6 and gsBiP9 promoters possess cis-regulatory elements of most plant promoters, such as CAAT e TATA boxes, in addition to potential regulatory cis-elements, such as endoplasmic reticulum stress elements (ERSE) and G-box-related sequences. GUS activity assays from leaf discs expressing BiP6- GUS e BiP9-GUS demonstrated that gsBiP6 promoter is induced by a variety of stress conditions, whereas the induction of gsBiP9 is restricted to tunicamycin treatment, a potent activator of the unfolded protein response (UPR) pathway. Furthermore, histochemical analysis of transgenic lines harbouring -358pbip6-gus (BiP6) and -2200pbip9-gus (BiP9) revealed that BiP promoters drove an intense and uniform pattern of GUS expression in leaves and stems, with the expression of BiP genes in tissues with high secretory activity and in regions of intense cell division. Promoter deletion analyses allowed to identify two cis-regulatory functional domains, designated CRD-1 (-1090 to -670) and CRD-2 (-670 to +1), that are important for the spatially-regulated activation of BiP expression under normal plant development. CRD-1 corresponds to an AT-rich enhancer-like region, capable of promoting a significant increase in GUS activity in all analysed tissues. CDR-2 is able to maintain a basal expression of the reporter gene in root, stem and leaves and, most likely, it contains all the required elements of a eukaryotic promoter. In spite of that, the gene reporter expression levels driven by CRD-2 domain were not sufficiently high in these organs, and GUS activity were not detected in apical meristems. In fact, the BiP promoter activity in meristematic tissues requires the presence of a second activating domain CRD-1 (-1090 to -670), that corresponds to an AT-rich enhancer-like region, capable of promoting a significant increase in GUS activity in all analysed tissues. These results suggest that the tissue-specific control of BiP gene expression requires a complex integration of multiple cis- acting regulatory elements on the promoter. / Dissertação importada do Alexandria
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Repetibilidade, correlações fenotípicas e mapeamento de QTLs em populações segregantes de café arábica / Repeatability, phenotypic correlations and mapping of QTLs on segregant populations of arabic coffee

Machado, Cristina de Fátima 03 November 2004 (has links)
Submitted by Cleber Casali (clebercasali@ufv.br) on 2017-06-01T18:56:32Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3178138 bytes, checksum: 36dc59dea6244885fb4b6dc4cae0f6fa (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-01T18:56:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3178138 bytes, checksum: 36dc59dea6244885fb4b6dc4cae0f6fa (MD5) Previous issue date: 2004-11-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Três populações de retrocruzamento 1 (RC 1 ) e uma população F 2 foram obtidas a partir do cruzamento “Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”, sendo elas: população 1, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”) x (“Mundo Novo IAC 464-18”)], com 28 plantas; população 2, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18”) x (“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”)], com 40 plantas; população 3, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”) x (“Híbrido de Timor UFV 440-22”)], com 86 plantas; e população 4, F 2 - com 47 plantas, obtida a partir da autofecundação controlada de uma planta F 1 (H 464-2). Inicialmente foram estimados os coeficientes de repetibilidade e seus respectivos coeficientes de determinação, por meio dos métodos dos componentes principais e análise estrutural, a partir das matrizes de covariância e correlação. As características agronômicas avaliadas foram: altura da planta (ALTP), diâmetro da copa (DICP), vigor vegetativo (VIVG), posição da ramificação principal (PRAP), número de ramos laterais (NRAL), número de nós no ramo principal (NNRP), número de nós nos ramos laterais (NNRL), altura do primeiro ramo (ALPR) e diâmetro do caule (DIAC). As avaliações fenotípicas foram realizadas em cinco sucessivas épocas de avaliação (novembro de 2002 a novembro de 2003), com intervalo de três meses entre avaliações, exceto para o DIAC que foram quatro, sendo estas iniciadas a partir da segunda época de avaliação das demais características. As populações 1 e 2 (RC 1 s) e 4 (F 2 ) foram avaliadas, a partir de 17 meses e a população 3, RC 1 a partir de 50 meses. As altas estimativas de repetibilidade das nove características (épocas 1 a 5) nas quatro populações segregantes de café arábica, além da existência de correlações significativas a 1% de probabilidade, apontam tais características como bons indicadores da acurácia na identificação dos locos controladores das características quantitativas (QTLs) para a seleção precoce. Neste sentido, marcadores do tipo RAPD foram utilizados para construção de dois mapas de ligação, utilizando-se LOD escore mínimo (logaritmo na base 10 da razão entre a probabilibildade de que os marcadores estejam ligados e a probabilidade de que eles não estejam ligados) de 3,0 e r (freqüência máxima de recombinação entre o QTL e o marcador) de 0,40. Para a população 3, RC 1 um dos objetivos foi aumentar o número de marcas no mapa de ligação do cafeeiro, construído pelo programa de melhoramento do cafeeiro da Universidade Federal de Viçosa (UFV)/Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais (EPAMIG). Tais mapas foram construídos, visando caracterizar e identificar os possíveis QTLs candidatos associados a essas características. Cinqüenta marcadores RAPD foram acrescentados ao mapa parcial da população 3, RC 1 . Um total de 137 marcadores RAPD foram obtidos, dos quais 124 (90,51%) apresentaram segregação 1:1 (P < 0,01), 13 (9,49%) segregação (2:1). Para a construção do mapa, foram utilizados os 124 marcadores, que segregaram 1:1, sendo que 26 não mostraram-se ligados aos grupos formados. Noventa e oito marcadores RAPD resultaram em 10 grupos de ligação (GLs) cobrindo 789,55 cM. Os quatro primeiros grupos obtidos tiveram boa densidade de marcadores. O maior intervalo entre dois marcadores adjacentes foi 33,42 cM, sendo que 88,64% dos intervalos não excederam 20 cM. Na população segregante 4, F 2 , 97 marcadores RAPD foram utilizados para construção do mapa, sendo que 35 não mostraram-se ligados aos grupos formados. Sessenta e dois marcadores RAPD resultaram em 13 GLs cobrindo 339,71 cM. O maior intervalo entre dois marcadores adjacentes foi 20,58 cM, sendo que 97,96% dos intervalos não excederam 20 cM. As metodologias de marca simples, mapeamento por intervalo simples e mapeamento por intervalo composto foram empregadas, para detectar e mapear regiões genômicas associadas às nove características agronômicas mencionadas anteriormente. A metodologia de marca simples além de indicar marcadores consistentes, que explicam as variações das características ALTP, DICP, VIVG, PRAP, NRAL, NNRL e ALPR (população 3, RC 1 ) e ALTP, DICP, PRAP, NRAL, NNRP, NNRL e ALPR (população 4, F 2 ) (épocas 1 a 5), apontaram dois e três marcadores, respectivamente, associados a mais de uma característica nessas populações. Tais marcadores são: a) OPZ09 associado ao VIVG e a ALPR; e OPAK08b associado ao NNRL e a ALPR (população 3, RC 1 ); e b) OPAL12 associado a PRAP e a ALPR; OPAX20 associado ao NRAL e ao NNRP; e OPAR02 associado ao NNRL e a ALPR (população 4, F 2 ). As metodologias de marca simples e mapeamento por intervalo composto detectaram e identificaram um QTL associado a PRAP e um outro ligado a ALPR. Tais QTLs foram consistentes (épocas 1 a 5), e estão presentes nos GLs 5 e 9 do mapa parcial de ligação da população 3, RC 1 , respectivamente, para a PRAP e a ALPR. Estes QTLs explicam de 12,25% a 16,48% e de 8,27 a 8,44% da variação fenotípica da característica PRAP, associada aos locos OPV17 e OPS10a, além da ALPR associada ao loco OPAK08b. Para a população 4, F 2 , um QTL consistente (épocas 1 a 5), associado a ALPR foi detectado e identificado por meio das metodologias de marca simples, mapeamento por intervalo simples e mapeamento por intervalo composto. Tal QTL está presente no GL 4 do mapa parcial de ligação da população 4 (F 2 ). Este QTL explica entre 29,14% a 29,41% (épocas 1 e 2) e entre 30,32 a 30,45% (épocas 3 a 5) da variação fenotípica da característica ALPR associada aos locos OPAE05 e OPG14. O número reduzido de QTLs detectados no presente estudo é devido à baixa saturação do mapa, número reduzido das progênies e a utilização de um só tipo de marcador (dominante). O número de grupos de ligação, obtidos para as duas populações segregantes mapeadas, é inferior ao correspondente número haplóide de cromossomos (22). Sendo assim, o genoma de Coffea arabica L. foi parcialmente explorado e muitas regiões ainda não foram identificadas. / Three populations of a backcross 1 (RC 1 ) and one population F 2 were obtained from the cross between “Mundo Novo IAC 464-18” and “Híbrido de Timor UFV 440-22”. The populations obtained were: population 1, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440- 22”) x (“Mundo Novo IAC 464-18”)] with 28 plants; population 2, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18”) x (“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”)] with 40 plants; population 3, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”) x (“Híbrido de Timor UFV 440-22”)] with 86 plants; and population 4, F 2 - with 47 plants obtained from a controlled selffecundation of a plant F 1 (H 464-2). Initially, the repeatability coefficients and their respective determination coefficients were estimated by using the methods of main components and structural analysis from the matrix of covariance and correlation. The following agronomic characteristics were evaluated: height plant, canopy diameter, vegetative vigor, position of the primary ramification, number of lateral branches, number of nodes on the main branch, number of nodes on the lateral branches, height of the first branch and stem diameter. The phenotypic evaluations were done at five seasons (November 2002 to November 2003) with three months period between them except for the stem diameter which was evaluated in four seasons initiated at the second times of the other characteristics. The populations 1 and 2 (RC 1 s) and 4 (F 2 ) were evaluated from the 17 th month and the population 3, RC 1 from the 50 th month. The high stimates of repeatability coefficients of the nine characteristics (seasons 1 to 5) on the four segregant populations of arabic coffee, besides having correlations significant at 1% of probability, show that the characteristics studied were good indicators of the accuracy on the identification of quantitative trait loci (QTLs) to reach early selection. At the same trend, markers as RAPD were used to construct two maps of ligation using minimum value 3.0 for LOD score (log 10 obtained from the ratio between the probability that the markers were ligated and the probability of that they were not) and r (maximum frequency of recombination between the QTL and the marker) of 0.40. For the population 3, RC 1 , one of the goals was to increase the number of markers on the ligation map of coffee constructed in the coffee breeding program of the “Universidade Federal de Viçosa (UFV)/Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais (EPAMIG)”. These maps were constructed with the goal to characterize and identify possible QTLs candidates associated with these characteristics. Fifty RAPD markers were added to the parcial map of population 3, RC 1 . A total of 137 RAPD markers were obtained with 124 (90.51%) of them showing segregation 1:1 (P < 0,01) and 13 (9.49%) with segregation 2:1. In order to construct the map, 124 markers that segregated 1:1, with 26 of them not showing ligation with the formed groups, were used. Ninety-eight RAPD markers resulted on 10 groups of ligation (LGs) covering 789.55 cM. The four first groups obtained showed a good density of markers. The longest space between the two adjacent markers was 33.42 cM with 88.64% of the intervals not exceding 20 cM. On the segregant population 4(F 2 ), 97 RAPD markers were used to construct the map with only 35 of them not showing ligation with the formed groups. A total of 62 RAPD markers resulted in 13 LGs that covered 339.71 cM. The longest interval between two adjacent markers was 20.58 cM with 97.96% of the intervals not exceding 20 cM. The methodologies of simple markers, simple interval mapping and composite interval mapping were used to detect and to map genomic the regions associated with the nine agronomic characteristics cited above. The methodology of simple markers, besides to indicate consistent markers that explain the variation on the characteristics height plant, canopy diameter, vegetative vigor, position of the primary ramification, number of lateral branches, number of nodes on the lateral branches and height of the first branch (population 3, RC 1 ) and height plant, canopy diameter, xiiiposition of the primary ramification, number of lateral branches, number of nodes on the main branch, number of nodes on the lateral branches and height of the first branch (population 4, F 2 ; seasons 1 to 5) indicated two and three markers, respectively, associated with more than one characteristics these populations. These markers were: OPZ09 associated with vegetative vigor and height of the first branch; and OPAK08b associated with number of nós on the lateral branches and height of the first branch (population 3, RC 1 ); and b) OPAL12 associated with the position of the primary ramification and height of the first branch; OPAX20 associated with number of lateral branches and number of nodes on the main branch; and OPAR02 associated with number of nodes on the lateral branches and height of the first branch (population 4, F 2 ). The methodologies of simple markers and the composite interval mapping detected and identified one QTL associated with the position of the primary ramification and another one ligated with the height of the first branch. These QTLs were consistent (seasons 1 to 5) and were present on LGs 5 and 9 of the parcial map of ligation for population 3, RC 1 , respectively, to position of the primary ramification and height of the first branch. This explain 12.25% to 16.48% and from 8.27% to 8.44% of the phenotypic variation of the characteristic position of primary ramification associated with the loci OPV17 and OPS10a besides the height of the first branch associated to the locus OPAK08b. Regarding population 4 (F 2 ), one consistent QTL (seasons 1 to 5) associated with the height of the first branch was detected and identified by the methodologies of simple markers, simple interval mapping and composite interval mapping. This QTL is present on LG 4 of the parcial map of ligation from population 4 (F 2 ). This explain from 29.14% to 29.41% (seasons 1 and 2) and from 30.32% to 30.45% (seasons 3 to 5) of the phenotypic variation of the characteristic height of the first branch associated to loci OPAE05 and OPG14. The reduced number of QTLs detected on this study was due to the low saturation of the map, reduced number of progenies and the use of a single kind of marker (dominant). The number of groups of ligation obtained to the two segregant populations maped is lower than the correspondent number of cromossome haploid (22). Therefore, the genome of Coffea arabica L. was parcially explored and many regions were not identified.
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Mancha-angular do feijoeiro-comum: variabilidade genética do patógeno e identificação de marcadores moleculares ligados à resistência / Common bean angular leaf spot pathogen genetic variability and identification of molecular markers associated with resistance

Nietsche, Silvia 02 March 2000 (has links)
Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-10-10T18:16:30Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 13406581 bytes, checksum: 15d4117957a92e914ab43a5c6615e1ba (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-10T18:16:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 13406581 bytes, checksum: 15d4117957a92e914ab43a5c6615e1ba (MD5) Previous issue date: 2000-03-02 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A mancha-angular, causada pelo fungo Phaeoisariopsis griseola (Saco) Ferraris, é atualmente uma das principais doenças do feijoeiro no Brasil. O patógeno apresenta alta variabilidade, e o desenvolvimento de novas variedades depende da identificação de novas fontes de resistência. Trabalhos recentes têm demonstrado a alta diversidade genética desse patógeno e a sua co-evolução com os grupos Andino e Mesoamericano de feijoeiro. Trabalhos acerca da herança da resistência a P. griseola têm evidenciado uma herança monogênica dominante em alguns casos e recessiva em outros. Os objetivos dessa série de estudos foram investigar a diversidade genética de P. griseola, determinar a herança da resistência e identificar marcadores RAPD e SCAR ligados ao gene de resistência à mancha-angular no cruzamento entre Rudá e Cornell 49-242. Para avaliar a diversidade genética de isolados de P. griseola coletados no Estado de Minas Gerais e em diversos estados brasileiros. foi utilizada uma série diferenciadora composta de 12 variedades de feijão e marcadores RAPD. Os estudos acerca da diversidade genética confirmaram a 17 raças fisiológicas. O patótipo 63.31 foi a raça que agrupou o maior numero de isolados, estando distribuída em quatro das cinco regiões amostradas. Apenas um isolado apresentou reação de compatibilidade com todos os genótipos da série diferenciadora e foi classificado como do patótipo 63.63, o que indicou a necessidade de inclusão de novos genótipos na série diferenciadora. Por meio do uso do primer OPAA 11 e dos dados do fenótipo de virulência, determinou-se a presença do acervo Mesoamericano no Estado de Minas Gerais. Foram estudados 39 isolados provenientes de diversos estados brasileiros, tendo sido identificados 20 patótipos. Além da determinação da diversidade genética, foram testadas nove potenciais fontes de resistência. 0 cultivar México 54 evidenciou-se como o mais resistente, apresentando reação de incompatibilidade a 20 das 25 raças testadas. Os cultivares AND 277, MAR 2, Cornell 49-242, Bat 332 e G 5686 também se destacaram como boas fontes de resisténcia. O cultivar Rudá foi suscetível à maioria dos isolados testados. Os resultados do estudo de herança indicaram a presença de um gene dominante controlando a resistência à mancha-angular no cultivar Cornell 49-242. Foram mapeados dois marcadores RAPD (OPNOZ 890 e OPEO4 650) ligados em fase de acoplamento a 3,2 e 12,5 CM do gene de resistência. 0 fragmento NOOZ 890 foi transformado em um marcador do tipo SCAR. Foi proposta a designação Phg-2 para o gene de resistência presente no cultivar Cornell 49-242. As análises efetuadas na série diferenciadora indicaram que alguns genótipos não são bons diferenciadores da mancha-angular. Fatores experimentais podem estar contribuindo para uma classificação incorreta dos patótipos de P. griseola. / Angular leaf spot, caused by fungus Phaeoisariopsis griseola (Saco) Ferraris, is one of the most important bean disease in Brazil. The pathogen has demonstrated to be highly variable and breeding programs dependent on the identification of new resistance genes to develop resitant cultivars. Recent studies demonstrated a high genetic diversity of this pathogen and its co- evolution with the Andean and Mesoamerican common bean groups. Several works has demonstrated that resistance to this pathogen has been attributed to one gene, sometimes dominant or recessive. The objective of this study were to determinate the inheritance of the resistance and to identify RAPD and SCARs markers linked to angular leaf spot resistance gene in the cross between Cornell 49 -2424 and Ruda, and to assay the genetic diversity P. griseola isolates from the state of Minas Gerais and from others Brazilian states. A differential series composed of 12 bean varieties and RAPD markers were used. Out of 49 isolates tested in Minas Gerais state, 17 races were identified. Race 63.31 grouped the greatest number of isolates. being distributed in four of the five studied regions. The virulence phenotypes showed a high virulence of the isolates. One isolate presented a reaction of compatibility with all genotypes of the differential series and was classified as being from race 63.63, wich suggest the introduction of the new genotypes in the series. The use of OPAA 11 primer and differential series, suggest the group mesoamerican in Minas Gerais state presence. The genetic diversity of 39 P. griseo/a isolates from the seven brasilian states were studied. The results confirmed a variability of the pathogen in Brazil: in 30 isolates tested, 20 phisiological races were obtained. In this study, not only the determination of the races was carrie out, but also nine potential resistance sources were tested. The results confirmed a variability of the pathogen in Mlnas Gerais state and in Brazil. The Mexico 54 cultivar was the most resistant, pressenting incompatibility reaction to 20 of the 25 races tested. AND 277, MAR-2, Cornell 49-242, BAT 332 and (55686 cultivars were good resistance sources. The cultivar Rudá, type, was susceptible to most of the isolates. In the inheritance study, the results indicated that a single gene dominant controls resistance in Cornell 49-242. Two RAPD markers were mapped OPNo2 ago and OPEO4 650 in coupling phase at 3.2 and 12.5 CM from the resistance gene. The No02 890 fragment was transformed into a SCAR marker and we proposed the designation Phg-2 for the angular leaf spot resistance gene in cultivar Cornell 49-242. The use of RAPD markers and the characterization of the pathotypes of P. griseola indicate the necessity of the substitution of some genotypes and the standardization of the protocols and methodologies related to the characterization of the genetic variability of P. griseola.
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Prediction of breeding values in sugarcane using pedigree and genomic information / Predição de valores genéticos em cana-de-açúcar usando informação de pedigree e genômica

Costa, Paulo Mafra de Almeida 17 December 2015 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-04-22T11:01:49Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3258723 bytes, checksum: 86a5f49b070b6d78e456fa633e53bd18 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-22T11:01:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3258723 bytes, checksum: 86a5f49b070b6d78e456fa633e53bd18 (MD5) Previous issue date: 2015-12-17 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Aplicações recentes da predição genômica na área vegetal têm incentivado o seu uso em melhoramento de plantas. O desenvolvimento de ferramentas genômicas para acelerar o melhoramento de cana-de-açúcar está atrasado em comparação com outras grandes culturas, portanto, estudos empíricos devem ser realizados para avaliar a utilidade desta abordagem para o melhoramento desta importante cultura. Os objetivos desse trabalho foram: i) avaliar a acurácia da predição de quatro caracteres quantitativos de cana-de- açúcar usando informação de marcadores SNPs e ii) comparar acurácias entre predições usando pedigree e informação genômica. Valores genéticos foram preditos em uma população de melhoramento da fase T2 de 514 indivíduos genotipados com 37.024 marcadores SNP. Cinco modelos preditivos foram avaliados: Genomic BLUP (GBLUP), Bayesian LASSO (BL), Bayes A (BA), Bayes B (BB) e Bayesian Ridge Regression (BRR). As acurácias dos métodos foram avaliadas através da correlação entre valores genéticos preditos e observados por meio de validação cruzada. Os métodos apresentaram valores de acurácia muito semelhantes. No entanto, houve diferenças marcantes nas acurácias obtidas entre características. A maior acurácia foi obtida para fibra pelo método BRR (0,57) e a menor foi obtida para toneladas de pol por hectare pelo método Bayes B (0,07). Na comparação da predição utilizando pedigree e informação genômica exibiu valores mais elevados de correlação, bem como desvio padrão inferior, exceto para toneladas de cana por hectare e toneladas de pol por hectare. A informação genômica explicou maior proporção da variância genética em comparação com o pedigree. Acurácias satisfatórias foram obtidos utilizando informação genômica, especialmente para percentual de pol em cana e porcentagem de fibra em bagaço. Assim, sua utilização pode ser um abordagem eficaz para a melhoria das características agronômicas desejáveis em uma cultura poliplóide complexa. / The development of genomic tools for speed up sugarcane breeding has been delayed compared to other major crops, therefore, empirical studies must be conducted to evaluate the usefulness of this approach on this important crop. The objectives of our study were: i) to assess the accuracy of prediction of four quantitative traits using genomic information of SNP markers in a commercial sugarcane breeding population; ii) to compare the accuracy between predictions using pedigree and genomic information. Genetic values were predicted in a second phase trial population of 514 individuals genotyped with 37,024 SNP markers. Five statistical predictive models were evaluated: Genomic BLUP (GBLUP), Bayesian LASSO (BL), Bayes A (BA), Bayes B (BB) and Bayesian Ridge Regression (BRR). Accuracies of the methods were assessed through the correlation between observed and predicted genetic values in a lO-fold cross validation. The methods exhibited very similar accuracy values regarding the trait. Nevertheless, there were marked differences among traits. The highest accuracy was obtained for FB by the BRR method (0.57) and the lowest was obtained for TPH by Bayes B method (0.07). Two models (pedigree - P and pedigree + genomic - P+G) were fitted and used to predict the traits in order to compare the prediction accuracy using pedigree and genomic information. Overall, P+G exhibited higher correlation values, as well as lower standard deviation, except for the traits TSH and TPH. Genomic information explained higher proportion of the genetic variance in comparison to the pedigree. Satisfactory accuracies were obtained by using genomic information, especially for pol percentage in sugarcane and fiber percentage in bagasse. Thus, the use of genomic information could be more efficient per unit of time for improvement of desirable agronomic traits in a complex polyploid crop.
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Espectroscopia Raman na L-valina deuterada a baixas temperaturas / Raman Spectroscophy in deuterated L-valine at low temperatures

Barboza, Felipe Moreira January 2012 (has links)
BARBOZA, Felipe Moreira. Espectroscopia Raman na L-valina deuterada a baixas temperaturas. 2012. 75 f. Dissertação (Mestrado em Física) - Programa de Pós-Graduação em Física, Departamento de Física, Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2012. / Submitted by Edvander Pires (edvanderpires@gmail.com) on 2015-04-23T21:25:11Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_fmbarboza.pdf: 1400454 bytes, checksum: d614be224b439b279076ca7546ca4c23 (MD5) / Approved for entry into archive by Edvander Pires(edvanderpires@gmail.com) on 2015-04-29T17:45:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_fmbarboza.pdf: 1400454 bytes, checksum: d614be224b439b279076ca7546ca4c23 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-29T17:45:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_fmbarboza.pdf: 1400454 bytes, checksum: d614be224b439b279076ca7546ca4c23 (MD5) Previous issue date: 2012 / Deuteration allows the identification of several species of vibrations, through the comparison of vibrational spectra of the deutered and hydrogeneted samples. In this work we base studied the vibrational properties of L-valine-d8 (99,8 % atom % D) through the Raman spectroscopy technique. At first, the assignment of all Raman active vibratonal mades of L-valine was revisited, and a comparison with a previous work was done. In particular, several bands associated to stretching of NH_3^+ and stretching of CH3, among others, which are observed in the interval 2000 – 2400 cm-1 were assigned. In the second part of the work, again using Raman spectroscopy, it was studied the vibrational modes of the crystal in the temperature range 100 – 300 K. It is known from literature that hydrogenated L-valine undergoes a phase transition at about 110 K. It also known that in deuterated crystals hydrogen bands - through Ubbehlode effect – tend to be less strange and, as a consequence, a comparative analyses between the deuterated and hydrogenated samples is very important. In a previous work on L-alanine it was observed that deutaration induces a new phase at low temperatures. In the investigation on L-valine, at least in the temperature range studied, it was not possible to note any change in the Raman spectra which could be associated to a structural phase transition. Both in the external modes region any great change is verified. As a consequence, we can infer that L-valine-d8 is stable between 100 and 300 K. A discussion about the difference behaviors at low temperatures of L-valine and L-alanine (both deuterated and hydrogenated) is also furnished in the present work. / A deuteração de uma determinada amostra permite fazer a identificação de vários tipos de vibrações, comparando-se o espectro vibracional com o de uma amostra hidrogenada. Neste trabalho estudou-se o comportamento vibracional da L-valina-d8 (99,8 átomo % D) através da técnica de espectroscopia Raman. Inicialmente revisitou-se o assinalamento de todos os modos vibracionais ativos no Raman, comparando-se com um estudo previamente realizado. Em particular foram identificadas diversas bandas associadas a vibrações do tipo estiramento do NH3+ e estiramento do CH3, entre outros, que são observadas na região entre 2000 e 2400 cm-1. Na segunda parte do trabalho foi realizado um estudo via espalhamento Raman dos modos vibracionais do cristal no intervalo de temperatura entre 100 e 300 K. Sabe-se da literatura que a L-valina hidrogenada apresenta uma transição de fase em torno de 110 K. Uma vez que nos cristais deuterados as ligações de hidrogênio via o efeito Uhbehlode tendem a ser mais fracas, uma análise comparativa entre as amostras hidrogenada e deuterada se faz necessário. Em particular, num estudo realizado na L-alanina descobriu-se que a deuteração induz a formação de uma nova fase em baixas temperaturas. No caso da L-valina, pelo menos no intervalo de temperatura investigado, não foi possível observar nenhuma mudança nos espectros Raman que pudessem ser associadas a uma transição de fase estrutural. De fato, tanto na região dos modos externos, quanto na região dos modos internos nenhuma grande modificação é verificada. Isso implica que a estrutura da L-valina-d8 é estável no intervalo de 100-300 K. Uma discussão acerca da diferença do comportamento a baixas temperaturas dos cristais de L-valina e de L-alanina nas formas hidrogenadas e deuteradas é também fornecida no presente trabalho.
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Estudo sobre a evolução do aporte natural e antrópico de matéria orgânica para sedimentos de um sistema estuarino- lagunar tropical (Mundaú-Manguaba, Alagoas) utilizando lipídios como marcadores moleculares / Study on the evolution of natural and anthropogenic inputs of organic matter for sediments of a tropical lagoon-estuarine system (Mundaú-Manguaba, Alagoas) using lipids as molecular markers

Michelle Passos Araujo 23 March 2010 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Essa dissertação apresenta um estudo sobre o acúmulo de matéria orgânica nos sedimentos do complexo estuarino lagunar Mundaú Manguaba (CELMM) utilizando lipídios (ácidos graxos, esteróis e alcoóis lineares) como marcadores moleculares , com o objetivo de avaliar as fontes (naturais e antrópicas) e a variação espacial e temporal na composição da matéria orgânica sedimentar, assim como a influência dos processos diagenéticos sobre a qualidade e a preservação da mesma. O CELMM é caracterizado por um alto potencial de reciclagem e retenção de materiais e está sujeito a diversas atividades antropogênicas, incluindo a urbanização e as práticas de monocultura de cana-de-açúcar, além de sofrer um processo acelerado de degradação ambiental. Através de análise estatística multivariada foi possível discenir as fontes dos lipídios e, a partir disto, identificar as contribuições de matéria orgânica planctônica (fitoplâncton e zooplâcton), terrígena e bacteriana para os diferentes compartimentos do CELMM. Foi possível identificar um incremento no acúmulo de matéria orgânica de origem autóctona nas lagoas nos últimos anos. Este efeito foi mais significativo em Mundaú, reflexo do maior nível de alteração antrópica nessa lagoa. O nível de contaminação fecal avaliado através de esteróis fecais pode ser considerado de médio a baixo, quando comparados com outros locais que também apresentam influência antrópica significativa. A transformação diagenética da matéria orgânica, avaliada através das razões estanol/esterol, mostrou que a atividade bacteriana no CELMM é significativa ainda na coluna dágua ou na interface água-sedimento, mas que após o soterramento a matéria orgânica fica preservada. / This thesis presents a study on the accumulation of organic matter in the sediments of the complex estuarine lagoon Mundaú Manguaba (CELMM) using lipids (fatty acids, sterols and linear alcohols) as molecular markers to evaluate the sources (natural and anthropogenic) and spatial and temporal variation in the composition of sedimentary organic matter, as well as the influence of diagenetic processes on the quality and preservation of it. The CELMM is characterized by a high potential for recycling and storage of materials and is subject to various anthropogenic activities, including urbanization and practice of monoculture of cane sugar, in addition to suffering an accelerated process of environmental degradation. By multivariate analysis was possible to discern sources of lipids, and from this, identify the contributions of organic matter - plankton (phytoplankton and zooplankton), terrigenous and bacterial - for different sectors CELMM. It was possible to identify an increase in the accumulation of organic matter of autochthonous origin in the lagoons in recent years. This effect was more significant in Mundaú, reflecting the higher level of anthropogenic disturbance at the pool. The level of fecal contamination - assessed through fecal sterols - may be considered medium to low compared with other sites that also have significant human influence. The diagenetic transformation of organic matter as measured by the reasons stanol / sterol, showed that bacterial activity in CELMM is significant even in the water column or sediment-water interface, but that after the burial of organic matter is preserved.
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Infecção oral de neonatos de gerbils (Meriones unguiculatus) com taquizoítos de Neospora caninum / Oral infection of neonates gerbils (Meriones unguiculatus) with Neospora caninum tachyzoites

Ferreira, Maiara Sanitá Tafner 27 February 2014 (has links)
Neosporosis is a parasite disease caused by Neospora caninum protozoan and characterized as a major cause of abortion in cattle. Eventually is possible birth of animals with neurological signs, stillbirths or birth of clinically normal calves, but chronically infected. Although there are many researches related to bovine neosporosis, there are still doubts about the cycle and the pathogenesis of N. caninum infection, so that is suitable for certain control and prophylaxis strategies to disease. Gerbils are considered highly sensitive of the parasite replication. Thus, this study aimed to verify the occurrence of infection with N. caninum by oral inoculation of tachyzoites in gerbils (M. unguiculatus). Seventeen animals were orally inoculated with 4x105 N. caninum tachyzoites. The detection frequency of total DNA samples of N. caninum showed that the protozoan infectivity occurs via this route of inoculation, noting that 81.8 % of the inoculated animal parasite DNA was detected. In relation to tissues, it can be observed that the DNA parasite was found in all organs evaluated (heart, lungs, kidneys, liver, spleen, brain), by variable frequency, demonstrating the wide distribution of this parasite in animals tissues. / Neosporose é uma enfermidade de origem parasitária, causada pelo protozoário Neospora caninum e caracteriza-se como uma das principais causas de aborto em bovinos. Eventualmente, é possível ocorrer o nascimento de animais com sinais neurológicos, natimortos, ou ainda, o nascimento de bezerros clinicamente normais, porém cronicamente infectados. Embora existam inúmeras pesquisas relacionadas à neosporose bovina, ainda existem imprecisões quanto ao ciclo e patogenia da infecção por N. caninum, para que possam ser determinadas estratégias adequadas ao controle e profilaxia da doença. Os gerbils (Meriones unguiculatus) são considerados altamente sensíveis a replicação do protozoário. Assim, este estudo teve como principal objetivo verificar a ocorrência de infecção pelo N. caninum através da inoculação oral de taquizoítos em gerbils. Foram inoculados 17 animais pela via oral, com 4x105 taquizoítos de N. caninum. A frequência de detecção total de DNA de N. caninum das amostras demonstrou que ocorre infectividade pelo protozoário através desta via de inoculação, observando que em 81,8% dos animais inoculados foi detectado DNA do parasita. Em relação aos tecidos, pode-se observar que o DNA do protozoário foi encontrado em todos os órgãos avaliados (coração, pulmões, rins, fígado, baço, cérebro), com frequências variáveis, demonstrando assim a ampla distribuição deste protozoário em diferentes tecidos dos animais.

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