Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / Passion fruit (Passiflora edulis) and cowpea (Vigna unguiculata) are important crops of economical impact for the Northeast of Brazil. Fruit woodiness is an important virus disease of passion fruit, caused by Passionfruit woodiness virus (PWV) and Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV), both from the genus Potyvirus. CABMV is also responsible for important disease on cowpea. The present research had the objective to study and compare the biological, serological and molecular properties of isolates of CABMV obtained from passion fruit (CABMV-P Pet, CABMV-P Gua, CABMV-P Sb and CABMV-P Uba) and from cowpea (CABMV-C Fort and CABMV-C Bv). CABMV-C Fort and CABMV-C Bv were purified from infected cowpea cv. Pitiuba systemically infected. The obtained purified preparations presented concentrations of 16.4 mg of virus per mL (CABMV-C Bv) and 15.9 mg of virus per mL (CABMV-C Fort). Both purified virus preparations were used for rabbit immunizations to produce polyclonal antisera with reactive titers of 1:128.000 in PTA-ELISA. Electrophoresis analyses of the virus purified preparations revealed the presence of only one capsidial protein with molecular weight of 34 kDa for both virus isolates. Parts of the genomes, corresponding to the coat protein gene (cp), from the virus isolates obtained from cowpea and from passion fruit were amplified by RT-PCR. The philogenetic analyses of the amplified cDNA fragments grouped with the CABMV isolates sequences deposited in the GenBank, according to their original host. Based on the biological, serological and molecular results, the virus isolates studied were classified into two biotypes: Biotype Cowpea (CABMV-C) including CABMV-C Bv and CABMV-C Fort obtained from cowpea, and biotype Passion fruit (CABMV-P) including CABMV-P Pet, CABMV-P Gua, CABMV-P Sb and CABMV-P Uba obtained from passion fruit. Source of immunity to CABMV-C Bv and CABMV-C Fort was identified in cowpea and the genotype was designate Lab-Poty. Studies of virus interaction in cowpea demonstrated strong synergistic effect among CABMV-C, Cucumber mosaic virus (CMV) and Cowpea severe mosaic virus (CPSMV). / O maracujazeiro (Passiflora edulis) e o feijoeiro caupi (Vigna unguiculata) sÃo culturas de elevada importÃncia econÃmica para o Nordeste brasileiro. Entre as viroses que se manifestam no maracujazeiro, destaca-se o endurecimento dos frutos causado por Passionfruit woodiness virus (PWV) e Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV), ambos pertencentes ao gÃnero Potyvirus, sendo o CABMV responsÃvel por importante doenÃa do feijoeiro caupi. A presente pesquisa teve como objetivo estudar e comparar as propriedades biolÃgicas, sorolÃgicas e moleculares de isolados de CABMV obtidos de maracujazeiro (CABMV-P Pet, CABMV-P Gua, CABMV-P Sb e CABMV-P Uba) e isolados obtidos de feijoeiro caupi (CABMV-C Fort e CABMV-C Bv). Os isolados CABMV-C Fort e CABMV-C Bv foram purificados a partir de plantas de feijoeiro caupi cv. Pitiuba sistemicamente infetadas. As preparaÃÃes purificadas obtidas apresentaram concentraÃÃes de 16,4 mg de vÃrus por mL (CABMV-C Bv) e 15, 9 mg de vÃrus por mL (CABMV-C Fort), as quais foram usadas na imunizaÃÃo de coelhos, para a produÃÃo de antissoros policlonais, com tÃtulo de 1:128.000 em PTA-ELISA. AnÃlises eletroforÃtica das preparaÃÃes virais revelaram uma Ãnica proteÃna capisidial com peso molecular de 34 kDa. Partes do genoma correspondente ao gene da capa protÃica (cp) dos isolados virais obtidos de feijoeiro caupi e de maracujazeiro foram amplificadas por RT-PCR. AnÃlises filogenÃticas dos fragmentos dos cDNA amplificados se agruparam com sequencias de isolados do CABMV depositadas no GenBank, de acordo com os hospedeiros originais. Com base nos resultados de estudos biolÃgicos, sorolÃgicos e moleculares, os isolados virais estudados foram classificados em dois biÃtipos: BiÃtipo Cowpea (CABMV-C) incluindo CABMV-C Bv and CABMV-C Fort obtidos de feijoeiro caupi e biÃtipo Passion fruit (CABMV-P) incluindo CABMV-P Pet, CABMV-P Gua, CABMV-P Sb e CABMV-P Uba obtidos de maracujazeiro. Fontes de imunidade a CABMV-C Bv e CABMV-C Fort foi identificada em feijoeiro caupi e o genÃtipo foi designado de Lab-Poty. Estudos de interaÃÃo viral em feijoeiro caupi, mostraram forte sinergismo entre CABMV-C, Cucumber mosaic virus (CMV) e Cowpea severe mosaic virus (CPSMV).

Devido à escassez de dados espectroscópicos sobre as interações de aminas aromáticas com SO2 e devido também à importância que complexos de transferência de carga assumem numa série de processos, inclusive biológicos, realizou-se um estudo objetivando a caracterização dessa interação através de várias técnicas espectroscópicas, como a espectroscopia Raman, no Infravermelho, no visível-ultravioleta e de Ressonância Magnética Nuclear. A partir dos dados obtidos nesses estudos concluímos que ocorre transferência de carga da amina para o SO2 ; essa transferência ocorre a partir do orbital ocupado de maior energia da amina , localizado principalmente no átomo de nitrogênio, para o orbital vago de mais baixa -energia do SO2 (π * ) localizado no a-tomo de enxofre. Os espectros vibracionais mostram que não é possível correlacionar as frequências de estiramento do SO2 complexado com o pKb (ou potencial de ionização) da base e sugerem que fatores estéricos podem ser importantes, influenciando o recobrimento dos orbitais do doador e do aceptor. No caso particular da ANI.SO2 , alterações na região de estiramento N-H do espectro no infravermelho , indicam que muito provavelmente ocorre a formação de ligações de hidrogênio entre a amina e o SO2 além da interação através do átomo de nitrogênio. ° comportamento termocrômico dos complexos foi investigado através de espectroscopia Raman à baixa temperatura. As informações preliminares obtidas sugerem que o desaparecimento da côr é devido a uma depopulação dos estados vibracionais excitados, a partir dos quais se efetuam as transições eletrônicas com fatores de Franck-Condon muito favoráveis / The shortage of spectroscopic data on the interactions between amines and SO2, together with the relevance that molecular complexes have in several process, including biological ones, stimulated us to study these systems by Raman, Infrared, Visible-Ultra violet and NMR spectroscopic techniques. From the data obtained, it\'s possible to conclude that there is charge transfer from the HOMO of the amines, which is localized mainly at the nitrogen atom, to the LUMO of SO2, localized at the sulfur atom. The vibrational spectra show that it is impossible to correlate any of the SO2 vibrational bands to the pKb of the donor and suggest that steric hindrance may play an important role in such interations, affecting the overlap of donor and aceptor orbitals; in the case of ANI.SO2 , the band shape in the N-H stretching region led us to conclude that hidrogen bonding between the amine and SO2 occurs, together with the specific interation through the nitrogen atom. The complexes show Pré-Resonance Raman Effect and from its study one concludes that SO2 belongs to the chromophoric group. The thermochromism that the complexes present was investigated by Raman Spectroscopy at low temperature. The informations obtained strongly suggest that the vanishing of its colour may be atributed to a depopulation of an vibrational excited state from which the charge transfer eletronic transition can occur with apreciable Franck-Condon factors.

Técnicas experimentais de óptica não-linear resolvidas no tempo são capazes, em diversas situações, de fornecer mais informações sobre a dinâmica e estrutura molecular do que técnicas sem nenhuma resolução temporal. Nesta tese investigou-se três sistemas com técnicas espectroscópicas resolvidas no tempo, utilizando pulsos ultra-curtos de um sistema LASER amplificado, baseado em cristal de Ti:Safira, e de amplificadores ópticos paramétricos. Para este estudo foram implementadas e analisadas quatro diferentes técnicas espectroscópicas resolvidas no tempo: Espalhamento Raman anti-Stokes Coerente (CARS), Espalhamento hiper-Rayleigh Resolvido no Tempo (TRHRS), Bombeio-Prova e Bombeio- Depleção-Prova. O três sistemas investigados apresentam um grau crescente de complexidade nas suas dinâmicas e interações com o meio. O primeiro dos sistemas estudados foi a dinâmica da molécula de H2 no regime de impacto, na presença de moléculas e átomos perturbadores (N2 e He). Foi possível determinar, pela primeira vez, coeficientes de alargamento para o ramo Q devido à colisões entre H2+H2 utilizando a técnica de CARS resolvido temporalmente, bem como novos coeficientes para o deslocamento das linhas. O emprego da mesma técnica em sistemas binários lançou mais luz sobre a possibilidade de existir alguma não-homogeneidade em tais tipos de colisões. O segundo experimento investigou a dinâmica de relaxação orientacional da acetonitrila em solução utilizando a nova técnica de TRHRS; esta foi desenvolvida e testada com sucesso pela primeira vez neste trabalho. Um modelamento teórico mostra que dentro do modelo de Debye para a difusão rotacional, tempos associados ao terceiro momento do tempo de difusão (τ3) e ao primeiro momento (τ1) devem ser observados. Os resultados experimentais para a acetonitrila apresentam um decaimento consistente com este modelo (τ3~850 fs), concordando também com valores derivados de resultados experimentais e teóricos obtidos por outros métodos. Além disso, também foi observado experimentalmente uma segunda componente mais rápida (~50 fs), que não pôde ser explicada dentro do modelo de difusão rotacional livre. Esta componente foi atribuída a efeitos reorientacionais coletivos em conjunto com efeitos de superposição temporal de pulsos. A interpretação do sinal desta nova técnica foi testada com sucesso realizando o experimento em tetracloreto de carbono.O terceiro sistema investigado foi a dinâmica de relaxação de energia intramolecular de carotenóides. A principal questão, da vii existência ou não de estados eletrônicos adicionais, foi abordada utilizando uma modificação da técnica de Bombeio e Prova, denominada de Bombeio-Depleção-Prova. A técnica de Bombeio-Depleção-Prova foi pela primeira vez utilizada em carotenóides, possibilitando observar dinâmicas nunca vistas por qualquer outra técnica experimental. Dentro da resolução temporal dos experimentos realizados, a presença de novos estados eletrônicos em carotenóides livres em solução é descartada. Além disso, uma nova ferramenta de análise de dados foi desenvolvida. A análise de alvos espectrais baseada em um algoritmo evolutivo trouxe mais argumentos para o modelo clássico de três níveis. A dinâmica de carotenóides livres em solução foi comparada com sua dinâmica quando inseridos no complexo fotossintético de coleta de luz (LH2) da bactéria púrpura, utilizando para isso a técnica de Bombeio e Prova. Os resultados obtidos mostram um sistema de níveis de energia mais complexo do que quando o carotenóide está livre em solução. Esta modificação devido ao ambiente é possivelmente gerada pela quebra de simetria do carotenóide quando inserido no complexo LH2, possibilitando o cruzamento entre sistemas (singlete-triplete).

Due to the great social, economic and cultural context which Mangabeira (Hancornia speciosa) represents, as well as the intense devastation of the areas where it occurs naturally, was implemented in 2006, the Active Bank Mangabeira Embrapa Tabuleiros Costeiros (BAGMangaba) in Itaporanga d'Ajuda, SE. The Genebank (bags) gather genetic constitutions of different backgrounds and represent sources of genes for breeding programs. Therefore, it is essential that the breeder knows the genetic diversity of germplasm available. The aim of this study was to estimate the genetic variability of 55 accessions of BAG Mangaba RAPD markers (Polymorphic DNA Randomly Amplified). 13 primers were used for synthesis (primers), which generated 82 fragments (bands), 72 polymorphic, which were analyzed as binary data. From these data yields a similarity matrix using Jaccard's coefficient. With this coefficient and the UPGMA method agglomerative cluster analysis were performed using the programs FreeTree; TreeView and XLSTAT and a method of resampling (bootstraps) generated dendrograms that used to distinguish among the accessions. The similarity ranged from 0.02 to 0.91. Individuals were more similar CA4 and CA5 and more divergent lining IP6 and PR4. From the SGM were detected at the pair of individuals and CA5 CA4, CA1 and CA2, PT2, and PT3 are considered similar (clones). Through Clustering UPGMA and PCoA was possible to identify five groups. The high level of polymorphism (95%) suggests that RAPD markers are a useful tool to detect genetic differences among accessions of H. speciosa, assisting in a future program to improve the species. / Devido à grande importância social, econômica e cultural que a mangabeira (Hancornia speciosa Gomes) representa, bem como a intensa devastação das áreas onde ocorre naturalmente, foi implantado em 2006, o Banco Ativo de Mangabeira da Embrapa Tabuleiros Costeiros (BAG Mangaba), em Itaporanga d‟Ajuda, SE. Os Bancos de Germoplasma (BAGs) reúnem constituições genéticas de diferentes origens e representam fontes de genes para programas de melhoramento. Para tanto, é fundamental que o melhorista conheça a variabilidade genética do germoplasma disponível. O objetivo deste estudo foi estimar a variabilidade genética de 55 acessos do BAG Mangaba utilizando marcadores RAPD (Polimorfismo de DNA amplificado ao acaso). Foram usados 13 iniciadores de síntese (primers), que geraram 82 fragmentos (bandas), sendo 72 polimórficos, os quais foram analisados como dados binários. A partir desses dados foi obtida uma matriz de similaridade utilizando o coeficiente de Jaccard. Com esse coeficiente e com o método aglomerativo UPGMA foram realizadas análises de agrupamento utilizando os programas FreeTree; TreeView e XLSTAT e um método de reamostragens (bootstraps), gerou dendrogramas que permitiu a distinção genética entre os acessos. A similaridade variou entre 0,02 e 0,91. Os indivíduos mais similares foram CA4 e CA5 e mais divergentes forram IP6 e PR4. A partir do nível SGM foram detectados que os pares de indivíduos CA4 e CA5; CA1 e CA2; PT2 e PT3 são considerados similares (duplicatas). Por meio do Agrupamento UPGMA e ACoP foi possível identificar seis grupos. O alto nível de polimorfismo observado (95%) sugere que os marcadores RAPD são uma ferramenta adequada para detectar diferenças genéticas entre acessos de mangabeira, auxiliando futuros programas de melhoramento da espécie.

Orientador: Antonio Carlos Luz Lisboa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Quimica / Made available in DSpace on 2018-08-06T17:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mendez_ManoelOrlandoAlvarez_M.pdf: 2603376 bytes, checksum: 0c8ee135799f28f8bda8e30c0023f76d (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Materiais Carbonosos Ativados (MCA), tais como Carvões Ativados (CA) e Peneiras Moleculares de Carbono (PMC), são caracterizados por apresentar elevada área superficial específica e um grande volume de poros em sua matriz carbonosa, sendo sua principal propriedade a de adsorver moléculas tanto na fase líquida quanto na gasosa. O Brasil importa em sua totalidade peneiras moleculares produzidas a partir de precursores carbonosos, empregando-os nas mais diversas áreas de ciência e tecnologia e em vários segmentos industriais. O coque de petróleo é um resíduo com alto teor de carbono fixo e baixo teor de cinzas, e em decorrência de sua estrutura praticamente amorfa, é um material de pouco valor comercial, sendo considerado um resíduo problemático, tanto em termos ambientais quanto comerciais. Desta forma, a utilização de coque de petróleo para a produção de CAs e de PMCs torna-se atrativa para a utilização deste resíduo. O presente trabalho teve como objetivo estudar a síntese de carvões ativados através das ativações física e química de coque de petróleo proveniente da unidade de coqueamento retardado da REPLAN - PETROBRÁS, buscando avaliar as influências dos parâmetros de processo na qualidade dos CAs, tais como: concentração de agente ativante, tempo de ativação, temperatura de ativação e granulometria do coque de petróleo. A ativação física apresentou resultados insatisfatórios devido a baixa reatividade do coque de petróleo com o dióxido de carbono. Contudo, o coque de petróleo apresentou uma maior reatividade com hidróxido de potássio, permitindo desenvolver uma metodologia adequada para a ativação química do coque de petróleo com KOH, de modo a obter carvões ativados de elevada área superficial. Os resultados obtidos indicam a possibilidade de produção de carvões ativados de elevada área superficial, superiores a 2000 m2.g-1 a partir do coque de petróleo / Abstract: Activated Carbon MateriaIs (ACM), such as Activated Carbons (AC) and Carbon Molecular Sieves (CMS), are characterized by a high specific surface area em high pore volume in their carbon matrix, being their principal property to adsorb molecules in liquid and gas phase. Brazil imports all its molecular sieves, using them in several areas of science and technology and industrial segments. Petroleum coke is a high carbon content residue with low ash content, and due to its amorphous structure have low comercial value, being considered an environmental and comercial problem. In this sense, the utilization of petroleum coke to produce AC and CMS becomes an atractive utilization of this residue. The objective of the present work was to study the synthesis of activated carbon by physical and chemical processes using as raw material the petroleum coke originated from the delayed coking unit from REPLAN PETROBRAS, evaluating the infiuence of process parameters, such as activating agent concentration, activation time, activation temperature and average particle size on the AC quality. The results of physical activation of petroleum coke was not satisfactory due to the low reactivity of the petroleum coke with the carbon dioxide. However, the petroleum coke presented higher reactivity with potassium hidroxide, given the possibility to develop an adequate methodology to chemically activate petroleum coke with KOH, in order to obtain activated carbon with high specific surface area. The results indicated the possibility to produce activated carbon materiaIs from petroleum coke with surface area higher than 2000 m2 .g-l / Mestrado / Engenharia de Processos / Mestre em Engenharia Química

Orientador: Carlos Henrique Inacio Ramos / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T20:53:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cagliari_ThiagoCarlos_D.pdf: 4482929 bytes, checksum: a1439ac0cca9a21c77eb47d2e163c224 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: As proteinas sao macromoleculas que possuem importancia vital para o funcionamento celular, participando da maioria das reacoes biologicas e tambem como componentes estruturais. Para que uma proteina possa exercer sua funcao, precisa atingir sua estrutura nativa atraves de um processo denominado enovelamento proteico. Neste contexto, as chaperonas moleculares sao proteinas capazes de auxiliar no enovelamento de outras proteinas, atuando na prevencao de agregados, desagregacao, translocacao, ativacao, entre outros. Dentre os muitos tipos de chaperonas existentes, neste trabalho foram abordadas as chaperonas das familias Hsp100 e Hsp90, as quais estao relacionadas aos processos de desagregacao e auxilio do enovelamento de proteinas-substrato, respectivamente. O presente trabalho pretendeu produzir as proteinas recombinantes Hsp100 e Hsp82 de cana-de-acucar para a caracterizacao de suas respectivas relacoes estrutura-funcao. Para isto foram empregadas tecnicas como: dicroismo circular, fluorescencia, espalhamento dinamico de luz e ultracentrifugacao analitica. Assim, foi observado que a forca ionica do meio e capaz de influenciar a estrutura quaternaria da proteina Hsp100, a qual se apresenta hexamerica em menores concentracoes de sal. Alem disto, e capaz de reconhecer agregados proteicos formados pelas proteinas luciferase e citrato sintase em ensaios in vitro. Ja a proteina Hsp82 apresentou uma estrutura dimerica, a qual nao e influenciada pela presenca de nucleotideos e apresenta grande estabilidade termica. Finalmente, a proteina p23 humana, a qual e responsavel por auxiliar a proteina Hsp90 no enovelamento de muitas proteinas/complexos proteicos, tambem foi caracterizada. Foram observados indicios de que a regiao C-terminal, rica em residuos de aminoacidos carregados, pode possuir algum grau de estruturacao, apesar de alguns estudos na literatura indicarem o contrario. O estudo das chaperonas de cana-de-acucar foi direcionado por um trabalho previo de anotacao de sequencias relacionadas as chaperonas moleculares no banco de dados do projeto SUCEST (Sugarcane EST Genome Project), o qual foi realizado por nosso grupo de pesquisa. Alem disto, sao apresentados os resultados da anotacao das sequencias relacionadas as chaperonas de eucalipto no banco de dados FORESTs (Eucalyptus Genome Sequencing Project Consortium), possibilitando futuros estudos com estas proteinas. / Abstract: Proteins are macromolecules that are vital to the functioning cell, participating in most of the biological reactions as well as structural components. To perform its function, a protein need to achieve its native structure through a process called protein folding. In this context, the molecular chaperone proteins are able to assist in the folding of other proteins, acting in the prevention of aggregation, disaggregation, translocation, activation, among others. From all types of existing chaperones, here were highlight the Hsp100 and Hsp90 families, which are related to processes of disaggregation and assistance of substrateprotein folding, respectively. This study sought to produce the recombinant proteins Hsp100 and Hsp82 from sugar cane for the characterization of their structure-function relationships. In order to do this, some techniques were employed such as: circular dichroism, fluorescence, dynamic light scattering and analytical ultracentrifugation. As a result, it was observed that the ionic strength of the solvent is capable of influencing the quaternary structure of protein Hsp100, which presents as a hexamer in lower salt concentrations. Furthermore, it is capable of recognizing protein aggregates formed by luciferase protein and citrate synthase in in vitro essays. The Hsp82 protein showed a dimeric structure, which was not influenced by the presence of nucleotides and presented a great thermal stability. Finally, the human protein p23, which is responsible for assisting in the Hsp90 protein folding of many proteins/protein complexes, was also characterized. In spite of some studies indicating the contrary, we observed evidence that the C-terminal region, which is rich in charged amino acid residues, can possible have some structure. The sugarcane chaperones study was guided by a previous chaperone sequence annotation work in the SUCEST (Sugarcane EST Genome Project) databank performed by our research group. In addition, results regarding chaperone sequences annotation in the eucalyptus databank (FORESTs - Eucalyptus Genome Sequencing Project Consortium) were presented here as well, which can also lead to future chaperone proteins function and structure studies. / Doutorado

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Cacilda Borges do Valle / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T19:56:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cancado_LeticiaJungmann_D.pdf: 2473309 bytes, checksum: ab9e0a498f29fb6c76b2ae1bb9583bc5 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Brachiaria é um gênero de gramíneas composto por cerca de 100 espécies. Nas últimas décadas, algumas destas espécies vêm sendo amplamente usadas como forrageiras nas regiões tropicais. Uma importante coleção de germoplasma, que preserva 443 acessos e amostra 14 espécies diferentes, foi introduzida no Brasil na década de 1980 e está estabelecida na Embrapa Gado de Corte, Campo Grande/MS. Esta coleção vem sendo usada no Programa de Melhoramento Genético de Forrageiras Tropicais da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária. São cinco as espécies de maior valor para este programa de melhoramento: B. brizantha, B. decumbens, B. dictyoneura, B. humidicola e B. ruziziensis. Este trabalho visou ao desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatélites para B. brizantha e B. humidicola e a caracterização da diversidade genética existente em acessos e cultivares destas cinco espécies. Foi desenvolvido um total de 28 microssatélites polimórficos para B. brizantha e 27 para B. humidicola. Vinte microssatélites desenvolvidos para B. brizantha foram usados na caracterização da diversidade genética intra-específica em 160 acessos e cinco cultivares desta espécie. Dentre estes 20 locos, sete foram usados para caracterizar a variabilidade interespecífica entre estes 165 genótipos de B. brizantha e 13 acessos de B. decumbens, sete de B. dictyoneura, 42 de B. humidicola e 16 de B. ruziziensis. Os 27 microssatélites desenvolvidos para B. humidicola foram usados na caracterização da diversidade genética existente nos 58 acessos desta espécie, conservados nesta coleção, além de duas cultivares. A diversidade interespecífica acessada através de similaridades genéticas mostrou que os marcadores utilizados foram capazes de distinguir as cinco espécies estudadas, sendo que B. brizantha, B. decumbens e B. ruziziensis revelaram-se mais similares entre si e mais dissimilares em relação a B. dictyoneura e B. humidicola. Apesar disso, uma análise Bayesiana revelou que B. brizantha e B. decumbens compartilham pools alélicos entre si, não compartilhados pelas outras espécies. Do mesmo modo, B. dictyoneura e B. ruziziensis compartilham um pool gênico entre si, enquanto que B. humidicola apresenta um pool gênico distinto. Estes resultados combinados estão discutidos. A análise de diversidade intraespecífica em B. brizantha mostrou que os genótipos avaliados foram posicionados em três grupos principais de diversidade, sendo que esta diversidade não está fortemente estruturada. A análise intraespecífica em B. humidicola mostrou uma clara distinção do único acesso sexual desta coleção em relação aos demais, todos apomíticos, e revelou que a diversidade genética nesta coleção está mais bem estruturada que a encontrada em B. brizantha. x / Abstract: Brachiaria is a genus that comprises about 100 species. In the last decades, some of its species have been widely used as forages in the Tropics. A germplasm collection with 14 species represented by 443 accessions was introduced to Brazil in the decade of 1980 and is maintained at Embrapa Beef Cattle, Campo Grande, central Brazil. This collection has been used in the Tropical Forages Breeding Program of the Brazilian Agricultural Research Corporation. The most valuable species, considering agronomical aspects, are: B. brizantha, B. decumbens, B. dictyoneura, B. humidicola and B. ruziziensis. The main goal of this work was the development of microsatellite markers for B. brizantha and B. humidicola and the characterization of the genetic diversity found within these species in both inter- and intraspecific approaches. A total of 28 polymorphic microsatellites is described for B. brizantha, while for B. humidicola we present 27 polymorphic loci. Twenty microsatellites of B. brizantha were used for assessing the genetic variability in 160 accessions and five cultivars of this species. Out of these twenty loci, seven were used to evaluate the 165 genotypes of B. brizantha and 13 accessions of B. decumbens, 7 of B. dictyoneura, 42 of B. humidicola and 16 of B ruziziensis. Twenty seven loci reported for B. humidicola were used in the intraspecific characterization of the genetic diversity of the whole collection of this species (58 accessions) and two cultivars. The interspecific genetic diversity revealed through similarities showed that the markers used were able to distinguish the five species studied. B. brizantha, B. decumbens and B. ruziziensis were the most similar, while B. humidicola and B. dictyoneura were closer to each other. Besides, a Bayesian analysis showed that B. brizantha and B. decumbens share exclusive allelic pools not present in the other species. Likewise, B. dictyoneura e B. ruziziensis share another allelic pool, while B. humidicola did not share genic pools with any other species. The intraspecific genetic diversity survey in B. brizantha revealed that genotypes were positioned within three major groups, but the genetic variability does not seem to be very structured. The intraspecific survey in B. humidicola showed a clear distinction between the one sexual accession of this species and all the other apomictic accessions, and unveiled that the genetic diversity within this species is more strongly structured than in B. brizantha. / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-11-04T19:45:06Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Edivaldo Barbosa de Almeida Júnior - 2012.pdf: 2762643 bytes, checksum: 0890998c45a55f15544debf5f715e8c4 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-11-04T19:46:09Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Edivaldo Barbosa de Almeida Júnior - 2012.pdf: 2762643 bytes, checksum: 0890998c45a55f15544debf5f715e8c4 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-04T19:46:09Z (GMT). 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This could also help to recommend priority areas to collect and conserve the germplasm. Neutral molecular markers have been used to evaluate the distribution of genetic variability in natural populations. The genetic structure of populations is the result of historical interaction between genetic drift, mutation, and gene flow. To detect the influence of adaptive processes in the genetic differentiation of populations we used 𝑄𝑆𝑇 index. The comparison of 𝑄𝑆𝑇 to the 𝐹𝑆𝑇, for neutral loci, provides values to test hypotheses about the role of natural selection. Therefore, the aim of this study was to characterize the germplasm collection of the cagaiteira from the EA/UFG. We used quantitative traits and microsatellite markers to make inferences about the role of natural selection in the differentiation of the cagaiteira subpopulations of Goiás, Southeast Brazil. Data collected from the quantitative traits were: plant height (AB), height of the first bifurcation (AB), the stem circumference (CC) and mean diameter of the crown projection (DC), leaf length (CL), leaf width (LL), leaf format (FF) and footstalk length (CP). Molecular data were obtained by amplification of eight microsatellite loci. We estimated the following quantitative genetic parameters: heritability and genetic variation coefficient, and the molecular parameters: gene diversity and allelic richness. We compared the probability distributions of the genetic structure parameters for both, quantitative and molecular data (𝑄𝑆𝑇 vs. 𝐹𝑆𝑇). From the quantitative genetic parameters we found modest responses to selection for the traits: AP, CC and DC; and significant responses for CL, LL, FF and CP. It was observed that the samples collected in natural populations are well represented in the germplasm collection, supported by molecular gene diversity. The traits AP, DC and DC are under convergent natural selection, and the traits CL, LL, FF and CP are under divergent natural selection into the cagaiteira subpopulations of Southeast Goiás. / A cagaiteira (Eugenia dysenterica DC.) é uma das espécies nativas do Cerrado que se destaca pela produção de frutos, que são utilizados in natura ou processados de várias formas. Os frutos também fornecem alimento para a fauna local e, portanto, a sua conservação é importante para manutenção das comunidades. A utilização do potencial produtivo da espécie, no entanto, depende de programas de domesticação que visem o incremento da produção. Para subsidiar esses programas e visando também a conservação é necessária a caracterização da variabilidade genética disponível para o melhorista, nas coleções de germoplasma e nas populações naturais, com o objetivo de recomendar áreas prioritárias para coleta ou conservação in situ do germoplasma. A distribuição da variabilidade genética nas populações naturais tem sido avaliada por meio de marcadores moleculares neutros. Nesse caso, a estrutura genética das populações é o resultado da interação histórica entre a deriva genética e a mutação, com o fluxo gênico. Para detectar a influência de processos adaptativos na diferenciação genética das populações tem sido utilizado um índice, o 𝑄𝑆𝑇. Quando a estimativa do 𝑄𝑆𝑇 é comparada com a do 𝐹𝑆𝑇 , para locos neutros, é possível testar hipóteses quanto à atuação da seleção natural. Assim, o objetivo do trabalho foi caracterizar a coleção de germoplasma de cagaiteira da EA/UFG, a partir de caracteres quantitativos e com marcadores microssatélites, para fazer inferências quanto à atuação da seleção natural na diferenciação das subpopulações de cagaiteira do sudeste do Estado de Goiás, Brasil. Foram coletados dados referentes aos caracteres: altura da planta (AP), altura da primeira bifurcação (AB), circunferência do caule (CC), diâmetro médio de projeção da copa (DC), comprimento do limbo foliar (CL), largura do limbo (LL), formato das folhas (FF) e comprimento do pecíolo (CP). Os dados moleculares foram obtidos pela amplificação de oito locos microssatélites. Foram estimados os parâmetros genéticos quantitativos: herdabilidade e coeficiente de variação genética; e moleculares: diversidade genética e riqueza alélica. Foram realizados os testes de comparação entre as distribuições de probabilidade dos parâmetros de estrutura genética para dados quantitativos e moleculares (𝑄𝑆𝑇 vs 𝐹𝑆𝑇), através de 1000 bootstrap. A partir dos parâmetros genéticos quantitativos é possível esperar respostas modestas para a seleção dos caracteres: AP, CC e DC e respostas expressivas para: CL, LL, FF e CP. Foi observado que a coleção de germoplasma de cagaiteira da EA/UFG representa bem as coletas realizadas nas populações naturais da espécie, com base na diversidade genética estimada a partir de marcadores microssatélites. Os caracteres: AP, CC e DC estão sob seleção natural convergente e as variáveis das folhas: CL, LL, FF e CP estão sob seleção divergente nas subpopulações de cagaiteira do sudeste do Estado de Goiás.

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The study included 152 patients with ACL, 124 were from of the state of Goiás and 28 at Mato Grosso, aged between 6-79 years, and center and thirteen these individuals were male. For diagnosis, clinical, epidemiological and laboratory data were collected, such as direct examination (ED), histopathology (AH), Montenegro skin test (MST), indirect immunofluorescence (IIF). ELISA using crude extract of L. (Viannia) braziliensis was performing. Characterization of Leishmania species was carried out by polymerase chain reaction (PCR). The positivity of ED, AH, MST, IIF and ELISA was 70.6%, 80.9%, 68.9%, 44.2% and 73.0%, respectively. Specific IgG to L. (V.) braziliensis were detecting in 84.7% of patients with mucosal leishmaniasis (ML), significantly higher than those found in patients with cutaneous leishmaniasis (CL), which was 69.0% (p < 0.05). Detection of IgG before and after treatment was performed using ELISA and was observed a statistically significant difference only in samples obtained from patients with CL after 6 and 18 months of treatment. The data serological monitoring of patients with ACL before and after treatment indicates that the total IgG levels tend to decrease after 6 months of treatment. PCR was performed on 69 samples obtained from scraping the edge of lesions of patients with ATL, these, 62 (89.8%) were positive, 53 patients with LC and 9 patients with ML. The samples were characterized by PCR as L. (V.) braziliensis (93.5%) and L. (L.) amazonensis (6.5%). It was found that 25.8% of cases of leishmaniasis in the state of Goiás occurred in Campestre, Goiânia, Aparecida de Goiânia and Niquelândia. By analyzing the frequency of cases of ATL over the months during the years analyzed, it was observed that there was a distribution of ACL in all seasons from 2000 to 2006, with a larger number of cases in winter. PCR represents important and powerful tool in the diagnosis and species identification in ACL in endemic areas. ACL controlling in endemic areas is difficult and requires an accurate idea of its epidemiology. / A leishmaniose tegumentar americana (LTA) é causada por protozoários do gênero Leishmania, que acomete pele e/ou mucosas. É uma zoonose endêmica, cujos números de casos na região Centro-Oeste são crescentes. No Estado de Goiás, foram notificados 2798 casos de LTA, entre os anos de 2007 e 2013. No presente trabalho a nossa proposta foi Investigar as características epidemiológicas e moleculares da LTA de pacientes atendidos no ambulatório de endemias do hospital Anuar Auad no período de 2000 a 2006 e identificar as espécies de Leishmania spp. Participaram do estudo 152 pacientes com LTA, 124 do Estado de Goiás e 28 do Mato Grosso, com faixa etária de 6 a 79 anos. Destes, 113 eram do sexo masculino. Para o diagnóstico foi realizada a avaliação clínicoepidemiológica e laboratorial, tais como exame direto (ED), análise histopatológica (AH), intradermorreação de Montenegro (IRM), imunofluorescência indireta (IFI) e ELISA utilizando extrato total de L. (Viannia) braziliensis. Foi feita a caracterização das espécies de leishmânias por reação em cadeia da polimerase (PCR). A positividade do ED, AH, IRM, IFI e ELISA foi de 70,6%, 80,9%, 68,9%, 44,2% e 73,0%, respectivamente. Foram detectadas IgG específica para L. (V.) braziliensis em 84,7% dos pacientes com leishmaniose mucosa (LM), sendo significativamente superiores às encontradas em pacientes com leishmaniose cutânea (LC), que foi de 69,0% (p<0,05). A detecção de IgG antes e após o tratamento foi feita utilizando ELISA e foi observado que apenas nas amostras dos pacientes com LC obtiveram uma diferença estatística significante após 6 e 18 meses de tratamento. Os dados do acompanhamento sorológico dos pacientes com LTA antes e após o tratamento indicam que os níveis de IgG total tendem a diminuir após 6 meses de tratamento. A PCR foi realizada em 69 amostras obtidas a partir de raspado das bordas das lesões de pacientes com LTA. Destes, 62 (89,8%) foram positivas, sendo 53 de pacientes com LC e nove de pacientes com LM. As amostras foram caracterizadas por PCR como Leishmania (V.) braziliensis (93,5%) e L. (L.) amazonensis (6,5%). Verificou-se que 25,8% dos casos de LTA no Estado de Goiás ocorreram em Campestre, Goiânia, Aparecida de Goiânia e Niquelândia. Ao analisar a frequência de casos de LTA ao longo dos meses durante os anos analisados, observou-se que houve uma distribuição de LTA em todas as estações do ano, com um maior número de casos no inverno. A PCR representa uma importante e poderosa ferramenta no diagnóstico e na identificação das espécies de LTA em áreas endêmicas. O controle da LTA em áreas endêmicas é difícil e requer uma ideia exata de sua epidemiologia.

FundaÃÃo de Amparo à Pesquisa do Estado do Cearà / A tese trata da sexagem, reproduÃÃo, alevinagem e crescimento do pirarucu, Arapaima gigas. No primeiro capÃtulo foram revelados aspectos histÃricos da introduÃÃo e reintroduÃÃo do pirarucu nos aÃudes do nordeste do Brasil objetivando o desenvolvimento de pesquisas de manejo, crescimento e reproduÃÃo voltadas à produÃÃo aquÃcola. No segundo capÃtulo foram desenvolvidas diferentes tecnologias para a identificaÃÃo sexual do pirarucu: ultrassom, que gerou imagens distintas para gÃnadas masculinas e femininas; a laparoscopia que gerou imagens nÃtidas das gÃnadas, distinguindo-se inclusive estÃgios de ovÃcitos. Testou-se ainda as variaÃÃes nos nÃveis de estradiol e testosterona em alevinos e juvenis de pirarucu, nÃo sendo possÃvel a utilizaÃÃo deste mÃtodo para determinaÃÃo do sexo, em virtude de nÃo haver correlaÃÃo entre a concentraÃÃo dos hormÃnios e o comprimento dos pirarucus. ReaÃÃes de RAPD foram utilizadas buscando determinar polimorfismos entre sexo de espÃcimes de pirarucu, indicando a necessidade de estudos mais profundos e testes com novos primers. No terceiro capÃtulo foram estudados alguns aspectos do manejo reprodutivo: As precipitaÃÃes pluviais apresentaram correlaÃÃo positiva com a frequÃncia de desovas do pirarucu no CearÃ, sendo marÃo o mÃs de maior ocorrÃncia. Ainda neste capÃtulo, descreve-se a implantaÃÃo de transponders eletrÃnicos em pirarucus; A introduÃÃo dos transponders revelou uma nova dinÃmica comportamental de cortejo, com formaÃÃo de novos casais. Outro aspecto foi o treinamento alimentar. Foram observados dois sistemas de treinamento alimentar â o primeiro com utilizaÃÃo de transiÃÃo gradual de alimento vivo para raÃÃo comercial seca e o segundo com alevinos deixados nos viveiros de reproduÃÃo com cuidado parental, estes sofreram maior mortalidade apresentando ainda comprimento e peso superiores aos exemplares submetidos ao regime de transiÃÃo alimentar. O regime de transiÃÃo alimentar mostrou Ãndices de sobrevivÃncia superiores ao cuidado parental apresentando, porÃm, crescimento e peso inferiores. Foi testado o uso anestÃsicos (Mentol e clorofÃrmio); O mentol foi utilizado com sucesso em juvenis e adultos. O clorofÃrmio apresentou efeito anestÃsico imediato apÃs a inalaÃÃo, levando o espÃcime diretamente ao estÃgio de anestesia cirÃrgica. No quarto capÃtulo foram realizados estudos de crescimento e peso de alevinos e juvenis atà o tamanho comercial, utilizando inicialmente exemplares com peso mÃdio de 1g, finalizando, apÃs 18 meses de cultivo, com peso mÃdio de 10kg. / The present study deals with aspects of sexing, breeding, nursery and growth of pirarucu, Arapaima gigas, presented in four chapters. The first chapter revealed historical aspects of introduction and reintroduction of pirarucu. Now, the reintroduction of pirarucu in the past decade had another purpose, which was the development of studies in research management, growth and reproduction. In the second chapter we have developed different technologies for pirarucu sex identification: ultrasound, which generated different images for male and female gonads; laparoscopy that generated clear images of the gonads, and can distinguish gonadal stages. Was a tested variation in levels of estradiol and testosterone hormones in fingerling and juvenile, not being able to use this methodology to determine the sex because there is no correlation between the concentration of hormones and the length of pirarucus. RAPD reactions were used to determine polymorphisms with sex of Arapaima gigas, indicating the need for further studys. In third chapter we studied some of the many aspects that helped the reproduction management: The rainfall showed a positive correlation with the frequency of spawn pirarucu in Ceara state, Brazil; This chapter also describes the utilization of electronic transponders; No mortality was recorded during two years study, the introduction of electronic transponders also revealed a new dynamic of courtship behavior, with resultant formation of new pirarucu couples. Another aspect described in the third chapter was the pirarucu food training, step of importance in pirarucu fish farming. There were two systems of training food â The first one use gradual transition from live food to commercial food and seconds left fingerling in parental care. The system of weaning showed lower survival rates, however, righter growth and weight. The gradual transition showed higher survival and lower growth and weight. Anesthetics were tested (chloroform and menthol); Menthol has been used successfully in adults and juveniles with administration by spray gills. The chloroform was effective anesthetics immediately after inhalation, running directly to the stage of surgical anesthesia. The fourth chapter studies were performed growth and weight of pirarucu fry and juveniles to commercial size, initially using samples with an average weight of 1g, ending after 19 months of cultivation, with an average weight of 10,000 g.