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Extraction et sélection de motifs émergents minimaux : application à la chémoinformatique / Extraction and selection of minimal emerging patterns : application to chemoinformatics

Kane, Mouhamadou bamba 06 September 2017 (has links)
La découverte de motifs est une tâche importante en fouille de données. Cemémoire traite de l’extraction des motifs émergents minimaux. Nous proposons une nouvelleméthode efficace qui permet d’extraire les motifs émergents minimaux sans ou avec contraintede support ; contrairement aux méthodes existantes qui extraient généralement les motifs émergentsminimaux les plus supportés, au risque de passer à côté de motifs très intéressants maispeu supportés par les données. De plus, notre méthode prend en compte l’absence d’attributqui apporte une nouvelle connaissance intéressante.En considérant les règles associées aux motifs émergents avec un support élevé comme desrègles prototypes, on a montré expérimentalement que cet ensemble de règles possède unebonne confiance sur les objets couverts mais malheureusement ne couvre pas une bonne partiedes objets ; ce qui constitue un frein pour leur usage en classification. Nous proposons uneméthode de sélection à base de prototypes qui améliore la couverture de l’ensemble des règlesprototypes sans pour autant dégrader leur confiance. Au vu des résultats encourageants obtenus,nous appliquons cette méthode de sélection sur un jeu de données chimique ayant rapport àl’environnement aquatique : Aquatox. Cela permet ainsi aux chimistes, dans un contexte declassification, de mieux expliquer la classification des molécules, qui sans cette méthode desélection serait prédites par l’usage d’une règle par défaut. / Pattern discovery is an important field of Knowledge Discovery in Databases.This work deals with the extraction of minimal emerging patterns. We propose a new efficientmethod which allows to extract the minimal emerging patterns with or without constraint ofsupport ; unlike existing methods that typically extract the most supported minimal emergentpatterns, at the risk of missing interesting but less supported patterns. Moreover, our methodtakes into account the absence of attribute that brings a new interesting knowledge.Considering the rules associated with emerging patterns highly supported as prototype rules,we have experimentally shown that this set of rules has good confidence on the covered objectsbut unfortunately does not cover a significant part of the objects ; which is a disavadntagefor their use in classification. We propose a prototype-based selection method that improvesthe coverage of the set of the prototype rules without a significative loss on their confidence.We apply our prototype-based selection method to a chemical data relating to the aquaticenvironment : Aquatox. In a classification context, it allows chemists to better explain theclassification of molecules, which, without this method of selection, would be predicted by theuse of a default rule.
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Search and Aggregation in Big Graphs / Recherche et agrégation dans les graphes massifs

Habi, Abdelmalek 26 November 2019 (has links)
Ces dernières années ont connu un regain d'intérêt pour l'utilisation des graphes comme moyen fiable de représentation et de modélisation des données, et ce, dans divers domaines de l'informatique. En particulier, pour les grandes masses de données, les graphes apparaissent comme une alternative prometteuse aux bases de données relationnelles. Plus particulièrement, le recherche de sous-graphes s'avère être une tâche cruciale pour explorer ces grands jeux de données. Dans cette thèse, nous étudions deux problématiques principales. Dans un premier temps, nous abordons le problème de la détection de motifs dans les grands graphes. Ce problème vise à rechercher les k-meilleures correspondances (top-k) d'un graphe motif dans un graphe de données. Pour cette problématique, nous introduisons un nouveau modèle de détection de motifs de graphe nommé la Simulation Relaxée de Graphe (RGS), qui permet d’identifier des correspondances de graphes avec un certain écart (structurel) et ainsi éviter le problème de réponse vide. Ensuite, nous formalisons et étudions le problème de la recherche des k-meilleures réponses suivant deux critères, la pertinence (la meilleure similarité entre le motif et les réponses) et la diversité (la dissimilarité entre les réponses). Nous considérons également le problème des k-meilleures correspondances diversifiées et nous proposons une fonction de diversification pour équilibrer la pertinence et la diversité. En outre, nous développons des algorithmes efficaces basés sur des stratégies d’optimisation en respectant le modèle proposé. Notre approche est efficiente en terme de temps d’exécution et flexible en terme d'applicabilité. L’analyse de la complexité des algorithmes et les expérimentations menées sur des jeux de données réelles montrent l’efficacité des approches proposées. Dans un second temps, nous abordons le problème de recherche agrégative dans des documents XML. Pour un arbre requête, l'objectif est de trouver des motifs correspondants dans un ou plusieurs documents XML et de les agréger dans un seul agrégat. Dans un premier temps nous présentons la motivation derrière ce paradigme de recherche agrégative et nous expliquons les gains potentiels par rapport aux méthodes classiques de requêtage. Ensuite nous proposons une nouvelle approche qui a pour but de construire, dans la mesure du possible, une réponse cohérente et plus complète en agrégeant plusieurs résultats provenant de plusieurs sources de données. Les expérimentations réalisées sur plusieurs ensembles de données réelles montrent l’efficacité de cette approche en termes de pertinence et de qualité de résultat. / Recent years have witnessed a growing renewed interest in the use of graphs as a reliable means for representing and modeling data. Thereby, graphs enable to ensure efficiency in various fields of computer science, especially for massive data where graphs arise as a promising alternative to relational databases for big data modeling. In this regard, querying data graph proves to be a crucial task to explore the knowledge in these datasets. In this dissertation, we investigate two main problems. In the first part we address the problem of detecting patterns in larger graphs, called the top-k graph pattern matching problem. We introduce a new graph pattern matching model named Relaxed Graph Simulation (RGS), to identify significant matches and to avoid the empty-set answer problem. We formalize and study the top-k matching problem based on two classes of functions, relevance and diversity, for ranking the matches according to the RGS model. We also consider the diversified top-k matching problem, and we propose a diversification function to balance relevance and diversity. Moreover, we provide efficient algorithms based on optimization strategies to compute the top-k and the diversified top-k matches according to the proposed model. The proposed approach is optimal in terms of search time and flexible in terms of applicability. The analyze of the time complexity of the proposed algorithms and the extensive experiments on real-life datasets demonstrate both the effectiveness and the efficiency of these approaches. In the second part, we tackle the problem of graph querying using aggregated search paradigm. We consider this problem for particular types of graphs that are trees, and we deal with the query processing in XML documents. Firstly, we give the motivation behind the use of such a paradigm, and we explain the potential benefits compared to traditional querying approaches. Furthermore, we propose a new method for aggregated tree search, based on approximate tree matching algorithm on several tree fragments, that aims to build, the extent possible, a coherent and complete answer by combining several results. The proposed solutions are shown to be efficient in terms of relevance and quality on different real-life datasets
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Zvířata v katedrále. Architektonická skulptura zvířat a fantaskních tvorů parléřovské huti v katedrále sv. Víta, jejich symbolika a ikonografie. / The animals in the cathedral. Architectonical sculpture of animals and fantastical creatures by parlerian lodge in the St. Vitus Cathedral, their symbols and iconography.

Urbanová, Karolína January 2017 (has links)
This Master Thesis "The animals in the cathedral. Architectural sculpture of animals and fantastical creatures by parlerian lodge in the St. Vitus Cathedral, their symbols and iconography" looks into the architectural sculpture of animal's motifs and motifs of fantastical Creatures. The goal of this work is to summarize recent aspects of research about this theme, explain in more detail individually motifs of animal's and their Iconography and their meaning for Cathedral of St. Vitus. Also this thesis want to explain how could this special animal's motifs fit into the places, where are they have been situated. Their Iconography is taken with larger perspective, by literature's reception from antique over czech medieval age. Concerning animals and fantastic Creatures in the southern vestibule - pelican and phoenix; an owl in the Crown Chamber; gryphon and fight between cat and dog in the inner triforium; an eagle, an unicorn, a horse with bird's legs, a phoenix, a pelican, a stag, a lion, a gryphon, a lioness, a bear, a "cat" and three chimera in the outer triforium; a lion, a dog, a dragon and an eagle in buttresses and at least a dragon and a goat on the Big Tower. Keywords Cathedral st. Vitus, animal's motifs, symbols, iconography, architektonical sculpture, sculptures, console, relief, gothic...
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Hällristningsforskning : En studie om hur forskningen förhåller sig till sydskandinaviska hällristningsskepp och cirkelmotiv / Rock carving research : A study on how the research relates to South Scandinavian rock carving ships and circle motifs

Andersson, Daniel January 2023 (has links)
Sydskandinaviska hällristningar har varit av stort intresse för arkeologin under en längre tid. Cirkelmotiv och skepp är några av de vanligaste hällristningsmotiven och detta har resulterat i att en mängd studier har publicerats genom åren. Olika forskare försöker att komma närmare ristningarna på olika plan. Det rör sig om olika symboliska ingångar, men också de mer objektiva ingångarna som datering och utbredningar. Istället för en fördjupning i hällristningarnas betydelser, ägnar sig denna studie åt att studera hur forskningen ser ut inom detta fält. Olika forskares arbeten presenteras vilka skiljer sig i metodiker och teoretiska ingångar. En del är publicerade i fel tid, vilket menas att de avviker från den dåvarande forskningstrenden. Resultatet av det kan variera. En del tenderar att hamna i skuggan av de som följer trenden, men blir relevanta efter sin tid. Studien försöker således att se till vad som händer med forskningen som avviker och även vad de teoretiska ingångarna grundar sig i. / South Scandinavian rock carvings have been of great interest to archaeology for a long time. Circular motifs and ships are some of the most common motifs and this has resulted in a number of studies being published over the years. Different researchers try to get closer to the carvings on different levels. These are various symbolic inputs, but also the more objective inputs such as dating and distributions. Instead of an in-depth look at the meanings of the rock carvings, this study devotes itself to studying what research looks like in this field. The works of various researchers are presented, which differ in methodologies and theoretical inputs. Some are published at the wrong time, which means that they deviate from the current research trend of their time. The result of it may vary. Some tend to be overshadowed by those who follow the trend, but become relevant after their time. The study thus tries to see what happens with the research that deviates and also what the theoretical inputs are based on.
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La communication : de l'écart à la rencontre dans Pigments suivi de Névralgies de Léon-Gontran Damas

Lapierre, Johannie 24 April 2018 (has links)
Ce mémoire analyse la communication dans Pigments et dans Névralgies de Léon-Gontran Damas. Il vise à examiner les multiples composantes d'une situation d'interaction et à évaluer leurs fonctions dans le recueil. Nous soutenons que l'auteur, vivant dans un monde d'exclusion qui trouve pourtant sa force dans le regroupement, représente dans ses poèmes des rapports interpersonnels infructueux entre des instances énonciatrices complexes. Nous nous efforçons de montrer que les paroles, les silences et les autres procédés de communication impliquent et affectent l'énonciateur autant que le récepteur. À partir d'un contexte où l'Autre est parfois désiré, parfois imposé, mais où il menace toujours la stabilisé intérieure de soi, nous cherchons un équilibre qui ne sera rendu que par le partage d'une reconnaissance mutuelle.
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La poétique du Mirouer chez Marguerite Porete : construction d'une théologie vernaculaire

Lefebvre, Ariane 07 February 2019 (has links)
Marguerite Porete a su, avec son Mirouer des simples ames anienties écrit entre la fin du XIIIe et le début du XIVe siècle, transformer le discours théologique en une œuvre mystique singulière en français, qui se présente comme une quête spirituelle de l’Âme, dont les guides, Amour et Raison, se disputent le discours jusqu’à ce que l’Amour divin l’emporte et que l’Âme s’anéantisse en lui. Cette étude s’attache à briser la surface miroitante de l’œuvre, pour réfléchir à la senefiance de ce « miroir » offert au lecteur. S’il ne s’agit pas ici de proposer une nouvelle analyse historique et théologique des propos hérétiques de Marguerite Porete, ce mémoire suggère une lecture du Mirouer d’un point de vue littéraire. Son point de départ se situe dans le constat que le texte propose une voix féminine doublement à la marge, par son genre et par sa langue, le français, pour un propos théologique. L’idée a donc été de voir jusqu’où pouvait être utilisée l’image du miroir et comment le conflit présent dans sa double nature, celle d’objet optique de savoir et celle d’objet courtois, pouvait être exploré pour comprendre le texte. Par l’observation détaillée des composantes courtoises et allégoriques de l’œuvre, nous espérons dégager les particularités d’un traité dont les formes du discours joignent théologie et littérature dans un ensemble mystique qui se distingue des œuvres didactiques et spirituelles traditionnelles. En relevant les éléments constitutifs de l’ouvrage, en regard d’un genre didactique attesté, celui du miroir, nous voulons démontrer comment cette tradition se confronte et s’unit à un langage courtois et lyrique, ce qui permet de proposer un enseignement théologique particulier puisqu’il prône, avec l’anéantissement de la raison, son propre anéantissement. De cette manière, nous proposons de réfléchir sur l’élaboration de ce discours mystique par l’intermédiaire de ses attributs courtois et allégoriques afin de mieux saisir l’édification de ce Mirouer original. / Marguerite Porete, with her Mirouer written between the 13th and the 14th century, has managed to transform the theological discourse into a singular mystical work in French, which presents itself as a spiritual quest of the Soul, whose guides, Love and Reason, compete for the discursive preeminence until Divine Love prevails and the soul is annihilated in him. This study seeks to break the shimmering surface of the work, to reflect on the senefiance of this "mirror" offered to the reader. If it is not a question here of proposing a new historical and theological analysis of Marguerite Porete's heretical remarks, this memoir suggests a reading of the Mirouer from a literary point of view. Its starting point lies in the observation that the text proposes a female voice doubly marginal, by its genre and by its language, French, for a theological purpose. The idea was therefore to see how far the image of the mirror could be used and how the conflict present in its dual nature, that of an optical object of knowledge and that of a courteous object, could help to understand the text. Through detailed observation of the courtly and allegorical components of the work, we hope to identify the peculiarities of a treatise whose forms of discourse join theology and literature in a mystical ensemble that differs from traditional didactic and spiritual works. By highlighting the constituent elements of the book, in relation to a known didactic genre, that of the mirror, we want to demonstrate how this tradition confronts itself to and unites with a courteous and lyrical language, which makes it possible to propose an original theological teaching since it advocates, with the annihilation of reason, its own annihilation. In this way, we propose to reflect on the elaboration of this mystical discourse through its courteous and allegorical attributes in order to better understand the construction of this original Mirouer.
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Chanter ensemble : poétique de la solidarité dans les chansons de Raymond Lévesque

Gagné, Anne-Catherine 19 April 2018 (has links)
Par l'analyse de cinq chansons du répertoire de Raymond Lévesque, ce mémoire vise à mettre en lumière les différentes stratégies visant à favoriser un esprit de solidarité, terme préféré à celui d'engagement pour des raisons expliquées en introduction. Dans « Quand les hommes vivront d'amour », « La peau », « Bozo-les-culottes », « Les militants » et « Conscience universelle », seront étudiés les paramètres textuels, musicaux et interprétatifs, de même que la rencontre entre ceux-ci; la chanson étant un tout, l'occultation de l'un ou l'autre de ces paramètres s'effectue aux dépens d'une compréhension plus globale de l'oeuvre. Notre réflexion mènera ainsi à une observation du phénomène de chanter-ensemble, fruit d'une rencontre efficace entre le chanteur et les spectateurs, particulièrement lors de grands spectacles militants. Car au-delà du thème, c'est surtout dans la forme même des chansons de Lévesque — énonciation, rythme, arrangements musicaux, etc. — que se déploie la solidarité.
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Physical Models of Biochemicallly Important Molecules Using Rapid Prototyping Techniques

Zubricky, James R., III 28 June 2006 (has links)
No description available.
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Optimizing Biomarkers From an Ensemble Learning Pipeline

Kuntala, Prashant Kumar January 2017 (has links)
No description available.
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New Structural Perspectives in G Protein-Coupled Receptor-Mediated Src Family Kinase Activation

Berndt, Sandra, Liebscher, Ines 03 January 2024 (has links)
Src family kinases (SFKs) are key regulators of cell proliferation, differentiation, and survival. The expression of these non-receptor tyrosine kinases is strongly correlated with cancer development and tumor progression. Thus, this family of proteins serves as an attractive drug target. The activation of SFKs can occur via multiple signaling pathways, yet many of them are poorly understood. Here, we summarize the current knowledge on G protein-coupled receptor (GPCR)- mediated regulation of SFKs, which is of considerable interest because GPCRs are among the most widely used pharmaceutical targets. This type of activation can occur through a direct interaction between the two proteins or be allosterically regulated by arrestins and G proteins. We postulate that a rearrangement of binding motifs within the active conformation of arrestin-3 mediates Src regulation by comparison of available crystal structures. Therefore, we hypothesize a potentially different activation mechanism compared to arrestin-2. Furthermore, we discuss the probable direct regulation of SFK by GPCRs and investigate the intracellular domains of exemplary GPCRs with conserved polyproline binding motifs that might serve as scaffolding domains to allow such a direct interaction. Large intracellular domains in GPCRs are often understudied and, in general, not much is known of their contribution to different signaling pathways. The suggested direct interaction between a GPCR and a SFK could allow for a potential immediate allosteric regulation of SFKs by GPCRs and thereby unravel a novel mechanism of SFK signaling. This overview will help to identify new GPCR–SFK interactions, which could serve to explain biological functions or be used to modulate downstream effectors.

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