Made available in DSpace on 2016-04-20T12:52:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 luciano_carvalho_ioc_mest_2015.pdf: 1373982 bytes, checksum: 3b3db93481290f3bb0d5b363e62df89e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Aids é uma doença que ataca o sistema imunológico devido à destruição dos glóbulos brancos (linfócitos T CD4+). Ela é considerada um dos maiores problemas da atualidade pelo seu caráter pandêmico (ataca ao mesmo tempo muitas pessoas numa mesma região) e sua gravidade. A terapia antirretroviral altamente ativa (HAART) vem permitindo, desde 1996, que maiores taxas de supressão viral máxima sejam atingidas. A resistência viral que surge no contexto de terapia antirretroviral (TARV) e supressão viral inadequada é denominada resistência secundária. Não existem estudos sobre perfil de resistência aos antirretrovirais em pacientes com falha terapêutica dos estados do Piauí e Maranhão. Com o objetivo de avaliar o perfil de resistência do HIV aos antirretrovirais (ARVs), através de genotipagem, em pacientes com falha terapêutica, atendidos no Instituto de Doenças Tropicais Natan Portela (IDTNP), Teresina-PI, no período de 2003 a 2013, foi realizado um estudo descritivo, retrospectivo, do tipo série de casos que compreendeu 246 pacientes. Características epidemiológicas e laboratoriais dos pacientes, bem como informações sobre drogas em uso ou previamente utilizadas pelos pacientes foram obtidas a partir de formulário de solicitação de genotipagem padronizado pela RENAGENO. A lista de mutações presentes e o padrão de sensibilidade do HIV aos ARV foram obtidos do laudo do exame de genotipagem. Os pacientes em sua maioria eram homens com idade acima de 45 anos e residentes em Teresina- PI. As médias de CD4 e Log da CV foram 275cél/mm³ e 4,27, respectivamente. O subtipo B foi identificado em 92,4% dos pacientes. A classe de drogas mais utilizada pelos pacientes foi a dos ITRN, com destaque para o AZT (87%) e lamivudina (86,2%) Em relação aos ITRNN, a frequência de uso de efavirenz (52%) foi bastante superior a da nevirapina (12,2%). Entre os IPs, o lopinavir/r (37,7%), o nelfinavir (20,7%) e o atazanavir/r (14,6%) foram as drogas mais usadas. Os esquemas antirretrovirais mais utilizados foram AZT associado a lamivudina e efavirenz (32,11%) e AZT associado a lamivudina e lopinavir/r (26,02%). Dentre as mutações da transcriptase reversa, as mais frequentes associadas aos ITRN foram a M184V e as TAMs e associada aos ITRNN foi a K103N. As mutações mais frequentes da protease foram M36I, I62V e D30N. No grupo dos ITRN, o tenofovir representou a droga com melhor perfil de sensibilidade (62%), provavelmente associado a seu uso em menor frequência quando comparado aos outros representantes do grupo. A etravirina, ITRNN de segunda geração e não utilizada pelos pacientes, foi a droga desse grupo que mostrou permanecer com maior atividade antiviral (43%); a frequência de resistência viral para nevirapina (33%) e efavirenz (34%) foi semelhante, apesar da primeira ser muito menos utilizada, o que evidencia a existência de resistência cruzada para drogas da mesma classe. No grupo dos IPs, a melhor sensibilidade foi observada para os IPs de mais nova geração, tipranavir (79%) e darunavir (92%). Entre os IPs mais amplamente utilizados, o melhor perfil observado foi para lopinavir/r (69%). Os dados, encontrados em nosso trabalho, serão de suma importância para nortear estudos futuros sobre o tema e estabelecer comparações com trabalhos desenvolvidos na mesma área no Brasil e no mundo / AIDS is a disease that attacks the immune system due to the destruction of white blood cells (CD4 + T lymphocytes). AIDS is considered one of the biggest problems of our time for its pandemic character (attacks while many people in the same region) and its severity. Highly active antiretroviral therapy (HAART) has allowed, since 1996, that higher rates of maximum viral suppression are achieved. Viral resistance that arises in the context of antiretroviral therapy (ARVs) and inadequate viral suppression is called secondary resistance. There are no studies on resistance profile to antiretroviral in patients with treatment failure in the states of Piauí and Maranhão. In order to evaluate the resistance profile of HIV to antirretrovirals through genotyping in patients with treatment failure treated at Instituto de Tropicais Natan Portela (IDTNP), Teresina-PI, in the period from 2003 to 2013, a retrospective and descritive series of cases study was developed. Epidemiological and laboratory characteristics of 246 patients as well as information about drug use or previously used by the patients were obtained from standardized genotyping application form by RENAGENO. The list of mutations present and the pattern of sensitivity of HIV to ARV were obtained from the survey genotyping report. The patients were mostly men aged over 45 and living in Teresina-PI. The average CD4 and log CV were 275cél / mm³ and 4.27, respectively. B subtype was identified in 92.4 % of patients. The class of drugs most commonly used by patients was that of NRTIs, particularly AZT (87%) and lamivudine (86.2 %). Regarding the NNRTI, the frequency of the use of efavirenz (52%) was much higher than that of nevirapine (12.2%) Among the PIs, lopinavir/r (37.7%), nelfinavir (20.7%) and atazanavir/r (14.6%) were the most used drugs. The most commonly used antiretroviral AZT regimens were associated with lamivudine and efavirenz (32.11%) and AZT associated with lamivudine and lopinavir/r (26.02%). Among the mutations of reverse transcriptase, the most frequently associated with NRTIs were M184V and TAMs, and associated with NNRTI was the K103N. The most common protease mutations were M36I, I62V and D30N. In the group of NRTI, tenofovir represented the drug with better sensitivity profile (62%), probably associated with its use in lower frequency when compared to other representatives of the group. Etravirine, second generation NNRTI and not used by patients was the drug of this group showed that remain with higher antiviral activity (43% ); viral resistance to nevirapine frequency ( 33%) and efavirenz (34% ) was similar, although the former is much less used, which demonstrates the existence of cross-resistance to drugs of the same class. In the group of IPs, the best sensitivity was observed for the younger generation of IPs, tipranavir (79 %) and darunavir (92%). Among the most widely used PI, the better profile was observed for lopinavir/r (69%). The data found in our work is of paramount importance to guide future studies and comparisons with work carried out in the same area in Brazil and in the world

Submitted by ALINE APARECIDA DEL'VESCOVO null (alinedelvescovo@yahoo.com.br) on 2016-03-11T17:46:30Z No. of bitstreams: 1 Defesa Oficial Aline Ap. Del Vescovo.pdf: 1253963 bytes, checksum: c4bb222d0eaddb9111ac9d6ffcf287e1 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-03-14T18:20:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 vescovo_aa_me_bot.pdf: 1253963 bytes, checksum: c4bb222d0eaddb9111ac9d6ffcf287e1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-14T18:20:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vescovo_aa_me_bot.pdf: 1253963 bytes, checksum: c4bb222d0eaddb9111ac9d6ffcf287e1 (MD5) Previous issue date: 2016-02-22 / Os Astrocitomas são tumores de Sistema Nervoso Central (SNC) caracterizado, quanto à sua nomenclatura e grau de malignidade, conforme seu tipo histológico e seu potencial proliferativo, presença de necrose e invasão cortical. Os interferons (IFNs) foram inicialmente associados à resposta antiviral, contudo, estudos posteriores evidenciaram o envolvimento dessas citocinas na regulação do crescimento celular e no efeito imunomodulatório. A Interleucina 28B (IL28B), membro da família dos IFNs do tipo III, parece estar envolvida na resposta imune antiviral e antitumoral. Sendo assim, o objetivo do presente estudo foi avaliar a frequência de variações genéticas em IL28B em pacientes acometidos por Astrocitomas. Cinquenta e sete pacientes tratados pelo serviço de Neurocirurgia da UNESP de Botucatu/SP foram incluídos neste estudo. A análise do polimorfismo rs12979860 C/T não teve significância estatística quando comparou-se a frequência genotípica da população brasileira em relação a presente casuística. Foi descrito a detecção de novas variações genéticas (missense e silent) no gene IL28B ao comparar com a sequência referência disponível em banco de dados (NCBI). Estes dados sugerem uma importante relação destas variações genéticas em relação a estrutura e função das proteínas envolvidas, entretanto um estudo mais aprofundado das consequências dessas alterações na gênese e/ou progressão dos astrocitomas devem ser considerado. / The astrocytomas are tumors of the central nervous system (CNS) characterized as to its nomenclature and degree of malignancy, according to their histological type and their proliferative potential, presence of necrosis and cortical invasion. Interferons (IFNs) were originally associated with the antiviral response, however, subsequent studies revealed the involvement of these cytokines in the regulation of cell growth and immunomodulatory effect. Interleukin 28B (IL28B), member of the family of IFNs type III appears to be involved in the antiviral and anti-tumor immune response. Thus, the aim of this study was to evaluate the frequency of genetic variation in IL28B in patients suffering from astrocytomas. Fifty-seven patients treated by our service at UNESP in Botucatu / SP were included in this study. Rs12979860 C / T polymorphism analysis was not statistically significant when compared to genotypic frequency of the population in relation to this study. It described the detection of new genetic variants (missense and silent) in IL28B gene to compare with the reference sequence available in the database (NCBI). These data suggest an important relationship between these genetic variations regarding the structure and function of the proteins involved, however further study of the consequences of these changes in the genesis and / or progression of astrocytomas should be considered.

Made available in DSpace on 2014-12-02T11:16:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-17Bitstream added on 2014-12-02T11:21:06Z : No. of bitstreams: 1 000773377_20160227.pdf: 491041 bytes, checksum: f98e8637abbf3b0b2af46cc71882d907 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-02-29T12:16:24Z: 000773377_20160227.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-29T12:17:23Z : No. of bitstreams: 1 000773377.pdf: 4008553 bytes, checksum: 946bb9dcb59b5183dfd4e4b97e56739d (MD5) / Com o advento dos bens de consumo industrializados, tornou-se maior a demanda por compostos minerais, sendo o cobre um dos metais mais utilizados para a produção de componentes tecnológicos, o que confronta a atual capacidade das mineradoras, uma vez que as jazidas vem se esgotando progressivamente e portanto apresentam teores cada vez menores. Neste contexto, a Biohidrometalurgia, processo que utiliza micro-organismos que promovem a dissolução de minérios sulfetados para otimização da extração do metal de interesse, apresenta-se como alternativa promissora e mais ambientalmente adequada para a recuperação de metais a partir de minérios de baixo teor. A maior parte do cobre presente na natureza encontra-se na forma de calcopirita, mas esse sulfeto mineral é altamente refratário ao ataque químico e biológico. Atualmente não há processo biohidrometalúrgico comercial em operação para a extração do cobre da calcopirita. A maior limitação para isso não está nos aspectos operacionais do processo, mas nos micro-organismos envolvidos nele. Desta maneira, o objetivo deste trabalho foi obter novas linhagens mutantes utilizando técnicas da genética clássica (radiação ultravioleta) a partir de uma das principais bactérias envolvida neste processo a Acidithiobacillus ferrooxidans e disponível em nosso banco de linhagens e avalia-las quanto à alguns dos parâmetros envolvidos no processo. Por meio da aplicação de radiação ultravioleta em diferentes tempos (0, 10, 15, 30, 60, 120, 300, 600, 1800 e 7200 segundos) na linhagem selvagem de A. ferrooxidans foram obtidos dezoito linhagens mutantes para cada fonte energética. Estes mutantes foram avaliados quanto à capacidade de produção de ácido na presença de enxofre elementar e quanto às velocidades iniciais (v0) na cinética de oxidação dos íons ferrosos. As linhagens mutantes que se destacaram nestes aspectos foram utilizadas em ensaios de frascos agitados... / Recent industrialization has demanded great amounts of mineral compounds copper is one of the most utilized in technological components manufacturing. The large increase in mining activities has resulted in lower grade mineral deposits. As a consequence, the demand for technical and economical solutions became critical. In this context, biohydrometalurgy, a process that uses microorganisms to perform mineral sulphide dissolution for improving metal extraction, has been pointed as a promising and environmentally safer solution for metal recovery from low grade mineral deposits. In its natural conditions most of copper is found as chalcopyrite, but this mineral sulphide is recalcitrant to chemical and biological dissolution. Nowadays, there is no commercial biohydrometalurgic processes for extracting copper from chalcopyrite. The biggest issue for this is not in the operational aspects of the process, but the microrganisms involved in it. The aims of this study were to obtain new mutant strains of Acidithiobacillus ferrooxidans, the main bacterium involved in this process, (available in our strains collection) using classical genetics tools (ultraviolet radiation) and study some parameters involved. By means of ultraviolet radiation directed to the wild strain of Acidithiobacillus ferrooxidans in different exposure periods (0, 10, 15, 30, 60, 120, 300, 600, 1800 and 7200 seconds), eighteen mutant strains were obtained for each energy source. These strains were evaluated regarding their capacity of acid production in the presence of elemental sulphur and initial velocities in the kinetics of ferrous ions oxidation. The cell suspensions with higher performances were submitted to shake flasks experiments in the presence of chalcopyrite. The selective pressure of UV radiation over the wild strain resulted in mutant bacteria that presented different behaviors towards kinetics consumption of its energetic sources. Nine strains from ferrous ions...

O Mycobacterium tuberculosis é intrinsecamente resistente a diversos antimicrobianos. Esta resistência é devida, principalmente, ao envelope hidrofóbico da célula bacteriana que atua como uma barreira efetiva para diversos compostos. Outros determinantes da sua resistência intrínseca incluem enzimas hidrolíticas e bombas de efluxo de drogas. A resistência adquirida em isolados clínicos de M. tuberculosis é principalmente devida a mutações em genes que codificam alvos para os fármacos ou em seus ativadores. Apesar disso, um número entre 5–30% das cepas resistentes não têm caracterizado o seu mecanismo de resistência, considerando-se o sistema de efluxo como uma das possibilidades para esta resistência. O efluxo é o resultado da atividade de proteínas transportadoras envolvidas na extrusão de substâncias (incluindo todas as classes de relevantes antimicrobianos clínicos) de dentro da célula para o meio externo. O principal objetivo deste trabalho foi comparar a Concentração Mínima Inibitória (CMI) em condições de diferentes tratamentos (presença e ausência de inibição do sistema de efluxo) e os resultados obtidos com o seqüenciamento dos genes rpsL e rrs. Para isso foram testados 79 isolados de M. tuberculosis, destes, 43 (54%) isolados apresentaram mutações; 38 (48%) diminuíram a CMI na presença de inibidores do sistema de efluxo, sendo que isso ocorreu tanto em isolados resistentes ou sensíveis, mutados ou não-mutados. Em três isolados resistentes a estreptomicina não foram identificadas alterações nos genes rpsL e rrs e na presença de inibidores do sistema de efluxo a resistência foi diminuída. A diminuição da CMI nesses isolados resistentes, embora sem mutação, indica uma possível participação do sistema de efluxo. Nas cepas mutadas, o mecanismo de efluxo, estaria aumentando a tolerância do isolado à concentração da droga. Estas últimas possuiriam dois mecanismos de resistência atuantes (mutação nos genes alvo do fármaco e superexpressão das proteínas de membrana responsáveis pelo efluxo de drogas). / Mycobacterium tuberculosis is naturally resistant to many antimicrobials. This resistance is due mainly to the hydrophobic cell envelope acting as an effective permeability barrier for many compounds. Other determinants ones of its intrinsic resistance include hydrolytic enzymes and efflux pumps of drugs. The acquired resistance in clinical isolates of M. tuberculosis is mainly due to mutations in genes that encode targets for drugs substances or in their activators. Even so, in 5-30% of the resistant strains the resistance mechanism is not known and the efflux system has been considered as one of the possibilities for this resistance. Efflux is the result of the activity of transport proteins involved in extrusion of substances (including all classes of clinically relevant antimicrobials) from the interior of the cells into the external environment. The main goal of this study is to compare the Minimal Inibitory Concentration (MIC) in different conditions (with or without efflux system inhibitors) and the sequencing data of the rpsL and rrs genes. For that we have analized 79 M. tuberculosis isolates, and from these, 43 (54%) presented mutations; 38 (48%) decreased the MIC in presence of efflux system inhibitors. This decrease in MIC occurred in resistant or sensitive isolates, with or without mutations. Three resistant isolates did not present any mutations in rpsL and rrs genes and in presence of efflux system inhibitors the resistance decreased. The decrease of MIC in these resistant isolates, although without mutation, indicates participation of the efflux system. In the mutated isolates the efflux system could increase the tolerance to drug concentration. In these isolates two resistance mechanisms must be acting (mutation on the drug target genes and over-expression of membrane proteins responsible for the drug efflux).

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-10-13T17:50:42Z No. of bitstreams: 1 2017_YasminSoaresdeLima_PARCIAL.pdf: 1676261 bytes, checksum: a9863110a17ae3d6d0d1d388c1aaa89a (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-10-25T13:23:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_YasminSoaresdeLima_PARCIAL.pdf: 1676261 bytes, checksum: a9863110a17ae3d6d0d1d388c1aaa89a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-25T13:23:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_YasminSoaresdeLima_PARCIAL.pdf: 1676261 bytes, checksum: a9863110a17ae3d6d0d1d388c1aaa89a (MD5) Previous issue date: 2017-10-25 / A deficiência auditiva é o distúrbio sensorial mais comum no mundo. No Brasil, cerca de 5% da população apresenta algum tipo de deficiência auditiva e 1,12% declaram não ouvir som algum. Aproximadamente 50-60% dos casos de deficiência auditiva no mundo possuem uma etiologia genética. Destes, 30% são sindrômicos, sendo que mais de 100 genes j á foram associados com a deficiência auditiva não sindrômica. Painéis baseados em sequenciamento de nova geração vêm sendo comumente utilizados na busca da etiologia genética da deficiência auditiva não sindrômica e outras doenças genéticas, demonstrando-se ser uma eficaz ferramenta. Nesse trabalho, propusemos um painel Ion Ampliseq™ customizado especialmente para a deficiência auditiva sindrômica contendo 51 genes associados às síndromes mais comuns somado ao gene GJB2, principal causa de deficiência auditiva não sindrômica. Pacientes com e sem diagnóstico clínico foram selecionados. Dos 26 pacientes sequenciados com êxito, foram encontradas mutações potencialmente causativas em nove deles, todos com diagnóstico clínico prévio, enquanto foi possível realizar o diagnóstico molecular em seis, obtendo-se uma taxa diagnóstica de 23%. Foram identificadas cinco mutações sem sentido, duas de sentido trocado e duas frameshift. O painel demonstrou maior efetividade em realizar o diagnóstico molecular em pacientes com diagnóstico clínico em comparação aos pacientes sem diagnóstico clínico, com exceção a Síndrome Óculo-Aurículo-Vertebral, em que não foram encontradas mutações potencialmente causativas nos genes propostos incluídos no painel. Em conclusão, o painel demonstrou efetividade na realização do diagnóstico molecular especialmente para aqueles com diagnóstico clínico. A grande heterogeneidade genética, o envolvimento de genes ainda não identificados, e consequentemente, não incluídos no painel, além da não cobertura de regiões intrônicas e/ou reguladoras podem estar envolvidas na não identificação de variantes que pudessem determinar o quadro dos demais pacientes. Ainda, foi proposto de um fluxograma de abordagem diagnóstica baseado nos resultados observados neste trabalho. / Hearing impairment is the most common sensory disorder in the world. In Brazil, about 5% of the population has some type of hearing loss and 1.12% declares not hearing any sound. Approximately 50-60% of the world's hearing loss cases have a genetic etiology. 30% of these cases are syndromic, and more than 100 genes have been associated with non-syndromic hearing loss. Panels based on next generation sequencing have been commonly used in the search for the genetic etiology of non-syndromic hearing loss and other genetic disorders, proving to be an effective tool. In this work, we proposed a specially designed Ion Ampliseq ™ panel for syndromic hearing loss containing 51 genes associated with the most common syndromes plus the GJB2 gene, the main cause of non-syndromic hearing loss. Patients with and without clinical diagnosis were selected. From the 26 successfully sequenced patients, potentially causative mutations were found in nine of them, all with a previous clinical diagnosis, while it was possible to perform the molecular diagnosis in six of them, obtaining a diagnostic rate of 23%. We identified five nonsenses mutations, two missenses and two frameshift. The panel demonstrated greater effectiveness in performing the molecular diagnosis in patients with clinical diagnosis compared to patients without clinical diagnosis, except for Oculo-Auriculo- Vertebral Syndrome, in which no potentially causative mutations were found in the proposed genes included in the panel. In conclusion, the panel demonstrated effectiveness in performing the molecular diagnosis especially for those with clinical diagnosis. The large genetic heterogeneity, the involvement of unidentified genes, and consequently, not included in the panel, besides the non-coverage of intronic and / or regulatory regions may be involved in the non-identification of variants that could diagnosticate the other patients. In addition, a flowchart of a diagnostic approach was proposed, based on the results observed in this study.

Introdução: As Mucolipidoses II e III (MLII e MLIII) são doenças lisossômicas raras causadas pela deficiência da GlcNac-1-fosfotransferase (fosfotransferase), enzima envolvida na síntese do marcador M6P responsável pelo direcionamento de várias enzimas lisossomais para o lisossomo. A fosfotransferase é codificada pelos genes GNPTAB e GNPTG. O gene GNPTAB codifica as subunidades e da enzima; mutações neste gene provocam tanto a MLII, forma mais grave, quanto a MLIII, forma mais atenuada da doença. O gene GNPTG codifica a subunidade ; mutações neste gene provocam a MLIII. Objetivos: Identificar as mutações no gene GNPTAB presentes em pacientes brasileiros com MLII e MLIII. Metodologia: Os pacientes com diagnóstico bioquímico de ML II/III foram identificados pelo Laboratório de Referência para EIM do HCPA (LREIM-HCPA), Brasil, de 1983 até 2009. Treze pacientes não relacionados (MLII:6, MLIII:5, ML tipo não definido: 2), filhos de casais não-consanguíneos, e oriundos de várias regiões do Brasil, foram incluídos no estudo. Informações clínicas foram obtidas a partir do banco de dados do LREIMHCPA, sendo que o tipo de ML e a altura foram fornecidos pelo médico assistente. Amostras de sangue periférico foram coletadas para extração de DNA genômico. Os 21 exons que compreendem o gene GNPTAB, e respectivas regiões flanqueadoras, foram amplificados a partir de sequências específicas de oligonucleotídeos projetadas para este trabalho. A sequência do gene GNPTAB utilizada como referência para o sequenciamento foi a GenBank NM_024312.3. Resultados: Com a estratégia utilizada, foi possível a identificação de ambas as mutações patogênicas em 6/13 pacientes, e de apenas uma mutação patogênica em cinco pacientes. Em dois pacientes, ambos com MLIII, não foram identificadas mutações patogênicas. Em todos os pacientes foi encontrada pelo menos uma variante não-patogênica, sendo a mais frequente a c.-41-39delGGC (16/26 alelos). A mutação c.3503_3504delTC (p.L1168QfsX5) foi a mais frequente na amostra estudada (n= 7/26 alelos). Considerando regiões codificantes e não-codificantes, quatro novas mutações estão sendo descritas: c.2269_2273delGAAAC (exon 13), c.2808A>G (exon 14), c.323+20delT (intron 3) e c.365+96_97delGT (intron 4). Mutações sem sentido e deleções com alteração na fase de leitura parecem estar relacionadas ao fenótipo grave enquanto, mutações de sentido trocado, estão relacionadas ao fenótipo atenuado. Discussão/Conclusões: Este é o primeiro estudo do gênero realizado em pacientes brasileiros com MLII/III. Assim como é descrito em pacientes de outras populações, o gene GNPTAB apresentou grande heterogeneidade alélica e a mutação patogênica mais frequente encontrada foi a c.3503_3504delTC. Desta forma, sugere-se que a análise de DNA dos pacientes brasileiros com MLII/III seja iniciada pela pesquisa dessa mutação. Como a estratégia empregada detectou 17/26 dos alelos patogênicos, novas análises deverão ser realizadas para os pacientes que apresentam o genótipo parcialmente ou não estabelecido, incluindo a análise do GNPTG. Palavras-chaves: GNPTAB. Mucolipidose. Doenças Lisossômicas. M6P. Doença da Célula de Inclusão. Polidistrofia Pseudo-Hurler. / Introduction: Mucolipidosis II and III (MLII and MLIII) are rare lysosomal diseases caused by a deficiency of GlcNac-1-phosphotransferase (phosphotransferase), the enzyme responsible for the synthesis of marker M6P, which directs several lysosomal enzymes to the lysosome. Phosphotransferase is codified by the GNPTAB and the GNPTG genes. The GNPTAB gene codifies subunits and of the enzyme; mutations in this gene cause both MLII, the most severe form, and MLIII, the most attenuated form of the disease. The GNPTG gene codifies subunit ; mutations in this gene cause MLIII. Objectives: To identify mutations in the GNPTAB gene that are present in Brazilian patients with MLII and MLIII. Methodology: Patients with a biochemical diagnosis of ML II/III were identified at the Reference Laboratory of Inborn Errors of Metabolism of HCPA, Brazil, from 1983 to 2009. Thirteen unrelated patients (MLII: 6, MLIII: 5, undefined ML: 2), born to nonconsanguineous couples and from several regions of Brazil were included in the study. Clinical information was obtained from the database of the LREIM-HCPA, and the type of ML and height of patients were obtained with the assistant physician. Peripheral blood samples were collected for extraction of genomic DNA. The 21 exons that comprise the GNPTAB gene and their respective flanking regions were amplified from the specific sequences of primers designed for this study. The sequence of the GNPTAB gene used as reference for sequencing was GenBank NM_024312.3. Results: As a result of the strategy used, it was possible to identify both pathogenic mutations in 6/13 patients and only one pathogenic mutation in five patients. In two patients, both with MLIII, no pathogenic mutations were identified. At least one non-pathogenic variant was found in all patients, and the most frequently found was c.-41-39delGGC (16/26 alleles). Mutation c.3503_3504delTC (p.L1168QfsX5) was the most frequently found pathogenic mutation in the sample studied (n= 7/26 alleles). As to codifying and noncodifying regions, four novel mutations are being described herein: c.2269_2273delGAAAC (exon 13), c.2808A>G (exon 14), c.323+20delT (intron 3), and c.365+96_97delGT (intron 4). Nonsense mutations and frameshift mutations seem to be related to the severe phenotype, while inverse mutations are related to the attenuated phenotype. Discussion/Conclusions: This is the first study of its kind conducted in Brazilian patients with ML II/III. As it is described in patients of other populations, the GNPTAB gene presented great allelic heterogeneity, and the most frequently found pathogenic mutation was c.3503_3504delTC. Thus, we suggest the DNA analysis of Brazilian patients with MLII/III to be initiated by testing this mutation. As the strategy applied herein detected 17/26 of the pathogenic alleles, new analyses should be conducted for the patients who present a partial or unestablished genotype, including the analysis of the GNPTG gene. Key words: GNPTAB. Mucolipidosis. Lysosomal Disease. M6P. I-cell Disease. Pseudo-Hurler Polydystrophy.

Orientador: Adriana Camargo Ferrasi / Resumo: Os Astrocitomas são tumores de Sistema Nervoso Central (SNC) caracterizado, quanto à sua nomenclatura e grau de malignidade, conforme seu tipo histológico e seu potencial proliferativo, presença de necrose e invasão cortical. Os interferons (IFNs) foram inicialmente associados à resposta antiviral, contudo, estudos posteriores evidenciaram o envolvimento dessas citocinas na regulação do crescimento celular e no efeito imunomodulatório. A Interleucina 28B (IL28B), membro da família dos IFNs do tipo III, parece estar envolvida na resposta imune antiviral e antitumoral. Sendo assim, o objetivo do presente estudo foi avaliar a frequência de variações genéticas em IL28B em pacientes acometidos por Astrocitomas. Cinquenta e sete pacientes tratados pelo serviço de Neurocirurgia da UNESP de Botucatu/SP foram incluídos neste estudo. A análise do polimorfismo rs12979860 C/T não teve significância estatística quando comparou-se a frequência genotípica da população brasileira em relação a presente casuística. Foi descrito a detecção de novas variações genéticas (missense e silent) no gene IL28B ao comparar com a sequência referência disponível em banco de dados (NCBI). Estes dados sugerem uma importante relação destas variações genéticas em relação a estrutura e função das proteínas envolvidas, entretanto um estudo mais aprofundado das consequências dessas alterações na gênese e/ou progressão dos astrocitomas devem ser considerado. / Abstract: The astrocytomas are tumors of the central nervous system (CNS) characterized as to its nomenclature and degree of malignancy, according to their histological type and their proliferative potential, presence of necrosis and cortical invasion. Interferons (IFNs) were originally associated with the antiviral response, however, subsequent studies revealed the involvement of these cytokines in the regulation of cell growth and immunomodulatory effect. Interleukin 28B (IL28B), member of the family of IFNs type III appears to be involved in the antiviral and anti-tumor immune response. Thus, the aim of this study was to evaluate the frequency of genetic variation in IL28B in patients suffering from astrocytomas. Fifty-seven patients treated by our service at UNESP in Botucatu / SP were included in this study. Rs12979860 C / T polymorphism analysis was not statistically significant when compared to genotypic frequency of the population in relation to this study. It described the detection of new genetic variants (missense and silent) in IL28B gene to compare with the reference sequence available in the database (NCBI). These data suggest an important relationship between these genetic variations regarding the structure and function of the proteins involved, however further study of the consequences of these changes in the genesis and / or progression of astrocytomas should be considered. / Mestre

Introdução: As Mucolipidoses II e III (MLII e MLIII) são doenças lisossômicas raras causadas pela deficiência da GlcNac-1-fosfotransferase (fosfotransferase), enzima envolvida na síntese do marcador M6P responsável pelo direcionamento de várias enzimas lisossomais para o lisossomo. A fosfotransferase é codificada pelos genes GNPTAB e GNPTG. O gene GNPTAB codifica as subunidades e da enzima; mutações neste gene provocam tanto a MLII, forma mais grave, quanto a MLIII, forma mais atenuada da doença. O gene GNPTG codifica a subunidade ; mutações neste gene provocam a MLIII. Objetivos: Identificar as mutações no gene GNPTAB presentes em pacientes brasileiros com MLII e MLIII. Metodologia: Os pacientes com diagnóstico bioquímico de ML II/III foram identificados pelo Laboratório de Referência para EIM do HCPA (LREIM-HCPA), Brasil, de 1983 até 2009. Treze pacientes não relacionados (MLII:6, MLIII:5, ML tipo não definido: 2), filhos de casais não-consanguíneos, e oriundos de várias regiões do Brasil, foram incluídos no estudo. Informações clínicas foram obtidas a partir do banco de dados do LREIMHCPA, sendo que o tipo de ML e a altura foram fornecidos pelo médico assistente. Amostras de sangue periférico foram coletadas para extração de DNA genômico. Os 21 exons que compreendem o gene GNPTAB, e respectivas regiões flanqueadoras, foram amplificados a partir de sequências específicas de oligonucleotídeos projetadas para este trabalho. A sequência do gene GNPTAB utilizada como referência para o sequenciamento foi a GenBank NM_024312.3. Resultados: Com a estratégia utilizada, foi possível a identificação de ambas as mutações patogênicas em 6/13 pacientes, e de apenas uma mutação patogênica em cinco pacientes. Em dois pacientes, ambos com MLIII, não foram identificadas mutações patogênicas. Em todos os pacientes foi encontrada pelo menos uma variante não-patogênica, sendo a mais frequente a c.-41-39delGGC (16/26 alelos). A mutação c.3503_3504delTC (p.L1168QfsX5) foi a mais frequente na amostra estudada (n= 7/26 alelos). Considerando regiões codificantes e não-codificantes, quatro novas mutações estão sendo descritas: c.2269_2273delGAAAC (exon 13), c.2808A>G (exon 14), c.323+20delT (intron 3) e c.365+96_97delGT (intron 4). Mutações sem sentido e deleções com alteração na fase de leitura parecem estar relacionadas ao fenótipo grave enquanto, mutações de sentido trocado, estão relacionadas ao fenótipo atenuado. Discussão/Conclusões: Este é o primeiro estudo do gênero realizado em pacientes brasileiros com MLII/III. Assim como é descrito em pacientes de outras populações, o gene GNPTAB apresentou grande heterogeneidade alélica e a mutação patogênica mais frequente encontrada foi a c.3503_3504delTC. Desta forma, sugere-se que a análise de DNA dos pacientes brasileiros com MLII/III seja iniciada pela pesquisa dessa mutação. Como a estratégia empregada detectou 17/26 dos alelos patogênicos, novas análises deverão ser realizadas para os pacientes que apresentam o genótipo parcialmente ou não estabelecido, incluindo a análise do GNPTG. Palavras-chaves: GNPTAB. Mucolipidose. Doenças Lisossômicas. M6P. Doença da Célula de Inclusão. Polidistrofia Pseudo-Hurler. / Introduction: Mucolipidosis II and III (MLII and MLIII) are rare lysosomal diseases caused by a deficiency of GlcNac-1-phosphotransferase (phosphotransferase), the enzyme responsible for the synthesis of marker M6P, which directs several lysosomal enzymes to the lysosome. Phosphotransferase is codified by the GNPTAB and the GNPTG genes. The GNPTAB gene codifies subunits and of the enzyme; mutations in this gene cause both MLII, the most severe form, and MLIII, the most attenuated form of the disease. The GNPTG gene codifies subunit ; mutations in this gene cause MLIII. Objectives: To identify mutations in the GNPTAB gene that are present in Brazilian patients with MLII and MLIII. Methodology: Patients with a biochemical diagnosis of ML II/III were identified at the Reference Laboratory of Inborn Errors of Metabolism of HCPA, Brazil, from 1983 to 2009. Thirteen unrelated patients (MLII: 6, MLIII: 5, undefined ML: 2), born to nonconsanguineous couples and from several regions of Brazil were included in the study. Clinical information was obtained from the database of the LREIM-HCPA, and the type of ML and height of patients were obtained with the assistant physician. Peripheral blood samples were collected for extraction of genomic DNA. The 21 exons that comprise the GNPTAB gene and their respective flanking regions were amplified from the specific sequences of primers designed for this study. The sequence of the GNPTAB gene used as reference for sequencing was GenBank NM_024312.3. Results: As a result of the strategy used, it was possible to identify both pathogenic mutations in 6/13 patients and only one pathogenic mutation in five patients. In two patients, both with MLIII, no pathogenic mutations were identified. At least one non-pathogenic variant was found in all patients, and the most frequently found was c.-41-39delGGC (16/26 alleles). Mutation c.3503_3504delTC (p.L1168QfsX5) was the most frequently found pathogenic mutation in the sample studied (n= 7/26 alleles). As to codifying and noncodifying regions, four novel mutations are being described herein: c.2269_2273delGAAAC (exon 13), c.2808A>G (exon 14), c.323+20delT (intron 3), and c.365+96_97delGT (intron 4). Nonsense mutations and frameshift mutations seem to be related to the severe phenotype, while inverse mutations are related to the attenuated phenotype. Discussion/Conclusions: This is the first study of its kind conducted in Brazilian patients with ML II/III. As it is described in patients of other populations, the GNPTAB gene presented great allelic heterogeneity, and the most frequently found pathogenic mutation was c.3503_3504delTC. Thus, we suggest the DNA analysis of Brazilian patients with MLII/III to be initiated by testing this mutation. As the strategy applied herein detected 17/26 of the pathogenic alleles, new analyses should be conducted for the patients who present a partial or unestablished genotype, including the analysis of the GNPTG gene. Key words: GNPTAB. Mucolipidosis. Lysosomal Disease. M6P. I-cell Disease. Pseudo-Hurler Polydystrophy.

Made available in DSpace on 2018-09-11T12:33:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_12561_Lara Barreto.pdf: 1115334 bytes, checksum: 9ed6b553f7dfd7d433b43d903e2de25d (MD5) Previous issue date: 2018-05-18 / O presente trabalho busca examinar as mudanças informais da Constituição pela interpretação judicial e os possíveis limites para ocorrência do fenômeno. Diferentemente da mudança formal da Constituição, as mutações constitucionais não possuem previsão expressa no texto constitucional, mas ocorrem como meio de adaptação às mudanças ocorridas na sociedade. Isto porque, as normas constitucionais, em razão da sua estrutura e abertura semântica possibilitam essa interação com a realidade. Partindo-se da premissa de que a norma constitucional é diferente do seu texto, sendo composta do âmbito normativo, os fatos relevantes que circundam aquela norma e do programa normativo (resultado da interpretação dos dados linguísticos), como consequência do processo de concretização. Nesse sentido, de acordo com Friedrich Müller, a concretização é a criação da norma jurídica no caso concreto. Com isso, as mutações constitucionais ocorrem quando há alteração no âmbito normativo no momento da concretização da norma. A análise se desenvolverá a partir da perspectiva histórica e doutrinária do objeto de estudo, identificando a insuficiência de exame acerca dos limites da alteração informal da Constituição. A partir do método dedutivo de pesquisa, isto é, de uma premissa geral para alcançar uma resposta específica, utiliza-se da revisão bibliográfica sobre a matéria e decisões judiciais pertinentes para estudar o instituto. Desse modo, intenta-se oferecer parâmetros para as mudanças informais da Constituição, de modo a preservar a estabilidade do ordenamento jurídico em observância dos preceitos e garantias fundamentais. Palavras-chave: Constitucional; Mutação Constitucional; Processo Constitucional; Concretização Constitucional; Friedrich Müller

Submitted by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-04-24T15:29:16Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Mayara Matias de Oliveira.pdf: 1258323 bytes, checksum: bbf56918caf534af0c0e87ad21f16a51 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-24T15:29:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Mayara Matias de Oliveira.pdf: 1258323 bytes, checksum: bbf56918caf534af0c0e87ad21f16a51 (MD5) Previous issue date: 2016-08-25 / CNPQ / Mutações no gene DNMT3A foram previamente associadas com pior desfecho clínico na Leucemia Mielóide Aguda (LMA). Várias mutações foram descritas, a maioria delas na posição da arginina 882, localizada no éxon 23. Grande parte das evidências associando mutações no DNMT3A ao prognóstico na LMA vem de ensaios clínicos, que refletem o perfil de coortes selecionadas e por isso, nem sempre são confiáveis para a tomada de decisão terapêutica. Pouco se sabe sobre a importância clínica e a frequência de mutações no DNMT3A em pacientes com LMA no contexto de vida real. Neste estudo, investigamos a presença de mutações no DNMT3A e seu perfil de expressão gênica em 201 pacientes com LMA, associando estes achados com características clínicas e laboratoriais, sobrevida global (SG) e sobrevida livre de doença (SLD). Foram identificadas mutações no DNMT3A em 27 pacientes (13%). Estas mutações foram associadas com leucocitose (P=0,034), no entanto, não afetaram o desfecho clínico dos pacientes (SG: 261 dias (IC95%: 1-670 dias; P=0,13); SLD: 182 dias (IC95%: 161–377 dias; P=0,157)). Além disso, mutações no DNMT3A não estão associadas com níveis diferenciais de expressão gênica (P=1,000). Em contrapartida, a baixa expressão do DNMT3A foi associada com uma menor SG (P= 0,044). Em resumo, nossos dados sugerem que a baixa expressão do gene DNMT3A esteja associada ao pior desfecho clínico em pacientes com LMA. / DNMT3A gene mutations were previously associated with poor clinical outcome in acute myeloid leukemia (AML). Several mutations have been described, most of them on arginine in position 882, located in exon 23. Interestingly, most of evidence associating DNMT3A mutations and clinical outcome in AML are from clinical trials, that reflect the profile of selected cohorts and therefore, which are not always trustworthy clues for decision-making therapy. To date, little is known about the clinical importance and the frequency of DNMT3A mutations in AML in a real life setteing. Here, we performed DNMT3A screening mutation in exon 23 and its gene expression profile in 201 patients with AML, and associated these findings with clinical and laboratory characteristics, hematologic recovery, relapse, and survival. We identified DNMT3A mutations in 27 patients (13%). DNMT3A mutations were associated with higher white blood cell counts (P=0.034), but had no impact on clinical outcome (overall survival, OS: 261 days (IC95%: 1-670 days); P=0.13; disease-free survival, DFS: 182 days (IC95%: 161–377 days); P=0.157). DNMT3A mutations did not interfere in the gene expression levels (P= 1.000), although the lower DNMT3A gene expression had a negative impact on overall survival (P= 0.044). Taken together, our data suggest that lower expression of the DNMT3A gene is associated prognostic impact in AML.