Estudaram-se a estruturas taxionômica e trófica e determinaram-se os índices de maturidade de comunidades de nematóides ocorrentes em áreas contíguas de mata natural preservada e de culturas perenes (bananeira, citros, pessegueiro) e anuais (milho x leguminosas) em rotação em Piracicaba (SP). Três amostras compostas de solo (volume aproximado de um litro) foram coletadas de cada área em duas épocas (\"seca\", agosto/2004 e \"chuvosa\", março/2005) e profundidades (0-15 e 15-30 cm). Para cada amostra, extraíram-se os nematóides de volume de 500 ml pela técnica de peneiramento combinado com flotação em centrífuga com solução de sacarose, sendo depois fixados em formalina, contados e infiltrados com glicerina. Para o cálculo das abundâncias, indicadores de diversidade e os índices de maturidade, 150 exemplares foram coletados ao acaso por amostra e identificados ao nível de gênero. Assinalaramse 61 gêneros, filiados a 32 famílias. As abundâncias totais foram maiores à menor profundidade, nas duas épocas de coleta. Os maiores valores de número e riqueza de gêneros, à menor profundidade, ocorreram na mata; à maior profundidade, tal se deu na área de anuais e de citros, nas primeira e segunda épocas de coleta, respectivamente. Os índices de diversidade de Shannon- Weaver e de Simpson e respectivos índices de eqüitatividade foram menos eficientes que o número e a riqueza de gêneros na discriminação dos sistemas estudados. Os parasitos de plantas constituíram o grupo trófico prevalente em todos os sistemas avaliados, nas duas épocas e profundidades de coleta, seguidos no geral pelos bacteriófagos. Todavia, não foi possível separar cultivos anuais de perenes com base nas abundâncias de parasitos de plantas. Os valores de T (diversidade trófica) não se prestaram à clara distinção entre os cinco sistemas, mas os de MI, mMI e PPI indicaram menor ocorrência de distúrbios na mata e no pomar cítrico em relação às demais áreas cultivadas. A herbivoria foi o canal prevalente de decomposição nos diferentes sistemas, exceto no pomar de citros. Dentre os microbiófagos (FF/BF), a predominância foi da via bacteriana. / The taxonomic structure, trophic structure and maturity index of nematode communities occurring in neighbouring areas of native forest and four different agroecosystems were studied in Piracicaba, São Paulo State, Brazil. Agroecosystems were three perennial (banana, citrus and peach orchards) and one annual (corn, rotating with leguminous plants or followed by fallow) crops. Three soil samples (one liter approximately) were collected per area at two different times (August/2004 and March/2005) and depths (0-15 and 15-30 cm). Nematodes were extracted from 500 cc of soil by a sieving and sugar flotation technique, fixed with formalin, counted and infiltrated with glycerin. Subsequently, 150 specimens randomly picked were identified to the genus level. A total number of 61 genera affiliated to 32 families was recorded. Total abundance was higher at lower depth irrespective of the sampling time. At depth 0-15 cm, higher values of genus number and genus richness were calculated for the forest in both sampling times; at 15-30 cm, the highest values were assigned to annual crop and citrus areas, respectively. Shannon- Weaver and Simpson indexes were less efficient than genus number and genus richness in discriminating the studied ecosystems. Plant-parasitic nematodes prevailed as a trophic group in all systems at both sampling times and depths, the bacterivorous usually ranking second position. However, the data of relative abundance of phytonematodes did not allow annual and perennial crop areas to be statistically differentiated. The studied systems also were not clearly distinguished with basis on the T values, but according to the MI, mMI and PPI data the forest and the citrus orchard were the less disturbed areas. Herbivory was the predominant decomposition channel in all systems, with exception of the citrus orchard. In terms of microbial decomposition (FF/BF), the process was usually dominated by bacteria.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / Estudos com fungos micorrÃzicos arbusculares tentam elucidar a contribuiÃÃo desses microrganismos no transporte de compostos sinalizadores entre plantas, uma vez que, eles formam uma rede micelial subterrÃnea que conecta as plantas e sÃo capazes de translocar substÃncias entre plantas vizinhas. O objetivo deste estudo foi avaliar a contribuiÃÃo dos fungos micorrÃzicos arbusculares na induÃÃo à resistÃncia do tomateiro a Meloidogyne incognita raÃa 2. O experimento foi realizado em casa de vegetaÃÃo e o delineamento experimental adotado foi o inteiramente casualizado (DIC), composto por 4 tratamentos e 5 repetiÃÃes, totalizando 20 parcelas. Cada parcela constituiu-se por um sistema inicial de vaso duplo conectado (VDC), contendo uma planta em cada lado do vaso, onde uma das plantas foi denominada de emissora (E) e a outra de receptora (R). Os tratamentos foram oriundos da combinaÃÃo entre os vasos com plantas emissoras com e sem micorriza, respectivamente (EM+ e EM-), conectados a vasos com plantas receptoras com e sem micorriza (RM+ e RM-). O experimento foi realizado em duas etapas, fase I e fase II. Iniciou-se a fase I com a introduÃÃo do inÃculo de nematÃide (4000 ovos e J2 M. incognita raÃa 2) apenas nos lados dos vasos contendo as plantas emissoras, com e sem micorrÃza (EM+ e EM-), tendo estas permanecido em contato com os nematÃides durante 45 dias. ApÃs esse perÃodo, procedeu-se a separaÃÃo dos vasos duplos conectados. A fase II teve inÃcio apÃs a separaÃÃo dos vasos e adiÃÃo do inÃculo do nematÃide nas plantas receptoras, permanecendo 45 dias em contado com os nematÃides em casa de vegetaÃÃo. Os resultados mostraram que as plantas emissoras inoculadas com micorrizas foram mais susceptÃveis ao parasitismo por M. incognita raÃa 2, apresentando menor desenvolvimento da planta e maior susceptibilidade ao nematoide. As plantas receptoras que estiveram em contato com as plantas emissoras com micorriza (EM+) no perÃodo de prÃ-condicionamento apresentaram melhor crescimento e menor susceptibilidade ao M. incognita revelando, dessa forma, que foram estimuladas durante a fase I, a acionar seu mecanismo de defesa contra o patÃgeno. / Studies mycorrhizal fungi try to elucidate the contribution of microorganisms in the transport of signaling between plants compounds, since they form a network that connects the underground mycelial and plant substances are able to translocate between neighboring plants. The aim of this study was to evaluate the contribution of mycorrhizal fungi in inducing resistance of tomato to Meloidogyne incognita race 2. The experiment was conducted in a greenhouse and the experimental design was a completely randomized design, consisting of 4 treatments and 5 replicates, totaling 20 plots. Each plot was constituted by a dual system connected initial vessel containing a plant on each side of the vessel, where a plant has been called issuing (I) and one receiver (R).The treatments were derived from the combination of the potted issuing plants with and without mycorrhiza, respectively (IM + and IM-) connected the potted receiver plant with and without mycorrhiza (RM + and RM-). The experiment was conducted in two phases, phase I and phase II. It started with phase I the introduction of nematode inoculum (4000 eggs and J2 Meloidogyne incognita race 2) only at the sides of the pots containing the issuing plants with and without mycorrhiza (IM + and IM-), and those remained in contact with nematodes for 45 days. After this period, we proceeded to double the separation vessel connected. Phase II began after the separation vessel and addition of the nematode inoculum in receiver plants 45 days remaining in contact with the nematodes in the greenhouse. The results showed that issuing plants inoculated with mycorrhizal were more likely to parasitism by M. incognita race 2, with lower plant development and increased susceptibility to nematodes. The receiver plants that were in contact with the issuing plants with mycorrhiza (IM+) during the preconditioning showed better growth and lower susceptibility to M. incognita revealing thereby that were stimulated during Phase I, the activate mechanism of defense against the pathogen.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-09-19T12:32:08Z No. of bitstreams: 1 Fabian Santana Silva.pdf: 2324497 bytes, checksum: 5c4e600acdaff03ee633bf78d5a2a9d2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-19T12:32:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fabian Santana Silva.pdf: 2324497 bytes, checksum: 5c4e600acdaff03ee633bf78d5a2a9d2 (MD5) Previous issue date: 2016-02-19 / In Brazil, the snapmelons of momordica botanical group are known in different regions of the country such as melon caxi, meloite, melon papoco and snow melon. There are few reports in the literature with snapmelons, requiring studies aimed at understanding the genetic variability. This study aimed to evaluate the melon caxi access reactions the Meloidogyne enterolobii and M. javanica, and then select the promising genotypes for the crop breeding program for resistance to root knot nematode UFRPE. The isolated M. enterolobii e M. javania they was kept in pure wing vegetation and multiplied in susceptible tomato plants. The extraction of the eggs was performed according to the technique proposed by Hussey &Barker (1973) and modified by Bonetti & Ferraz (1981). The experiments carried out in a randomized block design were conducted in the period February to April 2015, and from October to December of the same year. These experiments were conducted in a protected environment with the sowing of accesses made in PVC tubes containing commercial substrate Basaplant®. Infestation was performed of each species separately in egg suspension ratio of 3000 eggs.tubete-1. 45 days after the infestation of the seedlings, we proceeded to the evaluation of the hits, where the roots were washed for counting the number of galls per root system. After counting galls, the eggs were extracted from the roots of melon plants by technical Hussey and Barker (1973), modified by Boneti and Ferraz (1981). The thus obtained eggs were counted using a stereomicroscope, obtaining the number of eggs per root system. The reproduction factor: FR ≥ 1 indicate good host, FR <1.0 poor host and FR = 0 host not based on the classification proposed by Oostenbrink (1966). All tested accessions showed FR> 1 proved to be good hosts for M. enterolobii and M. javania. / No Brasil, os snapmelons do grupo botânico momordica são conhecidos em diferentes regiões do país como melão caxi, meloite, melão papoco e melão de neve. Existem poucos relatos na literatura com os snapmelons, necessitando de estudos que visem o conhecimento da variabilidade genética. O presente trabalho teve como objetivo avaliar as reações de acessos de melão caxi à Meloidogyne enterolobii e M. javania e, posteriormente, selecionar os genótipos promissores com resistência aos nematoides das galhas para o programa de melhoramento da cultura para da UFRPE. Os isolados de M. enterolobii e M. javania foram mantidos puros em casa de vegetação e multiplicados separadamente em plantas de tomate suscetíveis. A extração dos ovos foi realizada conforme técnica proposta por Hussey e Barker (1973) e modificada por Bonetti e Ferraz (1981). Os experimentos foram em blocos casualizados, sendo conduzidos no período de fevereiro a abril de 2015, e de outubro a dezembro do mesmo ano. Esses experimentos foram realizados em ambiente protegido com a semeadura dos acessos realizada em tubetes de PVC contendo substrato comercial Basaplant®. Foi realizada a infestação do substrato com uma suspensão de ovos de cada espécie separadamente na proporção de 3000 ovos.tubete-1. Aos 45 dias após a infestação das plântulas, procedeu-se a avaliação dos acessos, onde as raízes foram lavadas para a contagem do número de galhas por sistema radicular. Após a contagem das galhas, os ovos foram extraídos das raízes das plantas de melão pela técnica de Hussey & Barker (1973), modificada por Boneti & Ferraz (1981). Os ovos assim obtidos foram contados com auxílio de estereomicroscópio, obtendo-se o número de ovos por sistema radicular. O fator de reprodução: FR ≥ 1 indicará boa hospedeira, FR < 1,0 má hospedeira e FR = 0 não hospedeira com base na classificação proposta por Oostenbrink (1966). Todos os acessos testados apresentaram FR >1 mostraram-se bons hospedeiros para o M. enterolobii e M. javania.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-10-29T10:05:37Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leonardo Barros de Macedo - 2012.pdf: 639690 bytes, checksum: 4360ea45fb11a0ae3bac9bc2ce2974ea (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-10-30T10:18:59Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leonardo Barros de Macedo - 2012.pdf: 639690 bytes, checksum: 4360ea45fb11a0ae3bac9bc2ce2974ea (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-30T10:18:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leonardo Barros de Macedo - 2012.pdf: 639690 bytes, checksum: 4360ea45fb11a0ae3bac9bc2ce2974ea (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2012-08-17 / Soybean (Glycine max L.) is now a major export products from Brazil and one of the main commodities in the world. In the Central West region of Brazil, the main soybean-producing region, the lesion nematode, Pratylenchus brachyurus, has become a major problem for culture can lead to significant losses. Weeds are also a limiting factor for obtaining high yields in soybean, and herbicide application to control it can affect the population of nematodes. This study aimed to evaluate the effect of herbicides, including glyphosate, on the population density of P. brachyurus on soybean conventional and transgenic cultivar. Two experiments were conducted in field conditions and another in a greenhouse in 2010/2011 harvest. The experimental design of the first was completely randomized in factorial arrangement 2x4+2, with four replicates. In greenhouse the design was completely randomized, with the same factorial design and six replications. The factors of the treatments consisted of cultivars, with two levels (BRSGO Iara and M-SOY 8001), and methods of weed control, with four levels (pull-off manual and chemical control with lactofen, chlorimuron-ethyl, and haloxifop-r). Two additional treatments consisted of transgenic cultivar BRS Valiosa RR with manual control of weeds and glyphosate. The assessments for the population of P. brachyurus, in the field were made at 45 and 90 days after emergence (DAE). We also evaluated the biomass, leaf area index (LAI), fresh and dry mass of pods. In the greenhouse were measured wet weight of roots and aboveground biomass at 30 and 60 DAI. The reproduction factor (RF) was determined in both trials. In the field, to calculate the RF was considered the population of nematodes 45 DAE as initial population. The use of transgenic cultivar and glyphosate did not affect the population density of P. brachyurus. There was no difference in the behavior of cultivars in relation to nematode P. brachyurus. Herbicides clorimuron, lactofen and haloxifop also did not affect the population of P. brachyurus. However clorimuron and lactofen reduced the growing of soybean cultivars BRS Iara and M-SOY 8001. / A soja (Glycine max L.) é hoje um dos principais produtos de exportação do Brasil e uma das principais commodities do mundo. Na região Centro Oeste do Brasil, a principal região produtora de soja, o nematoide das lesões radiculares, Pratylenchus brachyurus, tornou-se um grande problema para a cultura, podendo ocasionar importantes perdas. As plantas daninhas também constituem fator limitante para a obtenção de altos rendimentos na cultura da soja, e a aplicação de herbicidas para o seu controle pode afetar a população de nematoides. O presente trabalho teve como objetivo avaliar o efeito de herbicidas, incluindo glyphosate, sobre a densidade populacional de P. brachyurus, em cultivares de soja convencionais e uma cultivar transgênica. Foram conduzidos dois ensaios, um em campo e outro em casa de vegetação, na safra 2010/2011. O delineamento experimental utilizado no campo foi blocos casualizados, em arranjo fatorial 2x4+2, com quatro repetições. Em casa de vegetação foi utilizado inteiramente casualizado, com o mesmo esquema fatorial, e seis repetições. Os fatores dos tratamentos consistiram em: cultivares, com dois níveis (BRSGO Iara e M-Soy 8001) e métodos de controle das plantas daninhas, com quatro níveis: arranquio manual e controle químico com lactofen, chlorimuron-ethyl e haloxifop-r. Os dois tratamentos adicionais consistiram da cultivar transgênica BRS Valiosa RR, com controle manual de plantas daninhas e glyphosate. As avaliações para a população de P. brachyurus, no campo, foram efetuadas aos 45 e 90 dias após emergência (DAE). Também avaliaram-se biomassa, índice de área foliar (IAF), massa fresca e massa seca das vagens. Em casa de vegetação foram avaliados o peso fresco de raízes e a biomassa da parte aérea, aos 30 e 60 dias após a inoculação (DAI). O fator de reprodução (FR) foi determinado em ambos os ensaios. No campo, para cálculo do FR considerou-se a população do nematoide aos 45 DAE como população inicial. O uso da cultivar transgênica e do herbicida glyphosate não afetou a densidade populacional de P. brachyurus. Não houve diferença no comportamento das cultivares em relação ao nematoide P. brachyurus. Os herbicidas clorimuron, lactofen e haloxifop também não influenciaram a população de P. brachyurus. Entretanto, clorimuron e lactofen reduziram o crescimento vegetativo das cultivares de soja BRSGO Iara e M-Soy 8001.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2015-10-28T14:32:01Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Juliana de Oliveira Silva - 2015.pdf: 2010407 bytes, checksum: a40c60aa62966947c2de8f29f43f3a75 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-10-28T14:50:14Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Juliana de Oliveira Silva - 2015.pdf: 2010407 bytes, checksum: a40c60aa62966947c2de8f29f43f3a75 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-28T14:50:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Juliana de Oliveira Silva - 2015.pdf: 2010407 bytes, checksum: a40c60aa62966947c2de8f29f43f3a75 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-02-24 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The tomato crop is attacked by a high range of pathogens, and among them are the nematodes of genera Meloidogyne. Among the various methods of controlling these pathogens, biological control has stood out on the world stage. The nematode survey is a necessary measure to plan and achieve the appropriate management. This study aimed to make a nematode survey in different producing areas of tomatoes in the vicinity of Goiânia-GO, evaluate the efficiency of different biological products in reducing Meloidogyne incognita population in the tomato crop, and to evaluate the most effective dose of a product based on Bacillus and Trichoderma. In this study nematode survey was performed in the tomato-producing areas of the surroundings of Goiânia-GO for a better understanding of the genera occurring in this crop. Also, four experiments were conducted: two to evaluate different doses of the biological product NemOutTM (Bacillus spp. and Trichoderma longibrachiatum) and two to evaluate different commercial biological products in reducing Meloidogyne incognita population and promoting tomato growth. The survey was conducted on ten tomato areas, in two consecutive years. Soil and root samples were collected and performed the extraction of nematodes and the identification of genera. The experiments were conducted in a greenhouse at the Universidade Federal de Goiás, in polyethylene pots (5L) containing sterilized substrate 1: 1 (soil + sand) in two periods, from March to May and October to December of 2014. Inoculation was made with 2,000 eggs and J2 of M. incognita. At 45 and 65 days after inoculation (DAI) the variables plant height, fresh weight shoots, fresh weight of root, galls index and egg mass index, nematode density and reproduction factor (RF), were evaluated. Producing tomato areas around Goiania-GO showed presence of genres Meloidogyne sp., Pratylenchus sp., Helicotylenchus sp., Criconemella sp. and Tylenchus sp. There was a greater abundance and dominance of Helicotylenchus sp. and Meloidogyne sp. on tomato areas studied. The use of crop rotation and fallow were effective in reducing the population of the genera found in the study area. Saturations of higher bases were positively correlated with the population density of Helicotylenchus sp., Pratylenchus sp. and Criconemella spp. and negative with the population density of Meloidogyne sp. At 45 DAI, in the first experiment, increasing doses of NemOutTM reduced the nematode population density and de reproduction factor (RF) linearly. In tested conditions the biological products NemOutTM, Nemat®, Paecilomyces JCO®, Serenade® and isolated P. chlamydosporia Pc-10 did not affect the development of tomato plants. The Serenade® product reduced index of galls and egg mass equaling the chemical in some cases. / A cultura do tomate é atacada por uma elevada gama de patógenos, e entre eles estão os nematoides do gênero Meloidogyne. Entre os vários métodos de controle desses patógenos, o controle biológico vem se destacando no cenário mundial. Fazer um levantamento dos nematoides presentes na área de produção é uma medida necessária para se planejar e realizar o manejo adequado. Este trabalho teve como objetivo fazer um levantamento de nematoides em diferentes áreas produtoras de tomate no entorno de Goiânia-GO, avaliar a eficiência de diferentes produtos biológicos na redução da população de Meloidogyne incognita na cultura do tomate, além de avaliar a dose mais eficaz de um produto a base de Bacillus e Trichoderma. Neste trabalho foi realizado um levantamento em áreas produtoras de tomate da região do entorno de Goiânia-GO, para um melhor conhecimento dos gêneros de nematoides presentes nessa cultura. Foram realizados também quatro experimentos, dois para avaliar diferentes dosagens do produto biológico NemOutTM (Bacillus spp. e Trichoderma longibrachiatum) e dois para avaliar diferentes produtos biológicos comerciais na redução da população de Meloidogyne incognita e na promoção do crescimento do tomateiro. O levantamento foi realizado em dez áreas produtoras de tomate, em dois anos consecutivos. Foram coletadas amostras de solo e raiz. Foram realizadas as extrações dos nematoides e a identificação dos gêneros. Os experimentos foram conduzidos em casa de vegetação na Universidade Federal de Goiás, em vasos de polietileno (5L), contendo substrato esterilizado na proporção de 1:1 (solo + areia), em dois períodos, de Março a Maio e de Outubro a Dezembro de 2014. Foram inoculados 2000 ovos e J2 de M. incognita. As avaliações foram realizadas aos 45 e 65 dias após a inoculação (DAI). Foram avaliadas as variáveis altura da planta, massa fresca da parte aérea, massa fresca da raiz, índice de galhas e massas de ovos, densidade populacional do nematoide e fator de reprodução (FR). Áreas produtoras de tomate no entorno de Goiânia-GO apresentaram presença dos gêneros Meloidogyne sp., Pratylenchus sp., Helicotylenchus sp., Criconemella sp. e Tylenchus sp. Houve maior abundância e dominância de Helicotylenchus sp. e Meloidogyne sp. nas áreas de tomate estudadas. A utilização de rotação de culturas e do pousio se mostraram eficientes na redução da população dos gêneros encontrados nas áreas estudadas. Saturações de bases mais altas apresentaram correlação positiva com a densidade populacional de Helicotylenchus sp., Pratylenchus sp. e Criconemella sp. e negativa com a densidade populacional de Meloidogyne sp. Na avaliação aos 45 DAI, do primeiro experimento, doses crescentes do produto NemOutTM reduziram a densidade populacional e o fator de reprodução de M. incognita linearmente. Nas condições testadas os produtos biológicos NemOutTM, Nemat®, Paecilomyces JCO®, Serenade® e o isolado P. chlamydosporia Pc-10 não afetaram o desenvolvimento das plantas de tomate. O produto Serenade® reduziu o índice de galhas e o índice de massas de ovos se igualando ao produto químico em alguns casos.

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-08-17T20:40:40Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Camilla Martins de Oliveira - 2015.pdf: 2722272 bytes, checksum: c1b127a024727131109290202bf7f846 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-18T12:47:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Camilla Martins de Oliveira - 2015.pdf: 2722272 bytes, checksum: c1b127a024727131109290202bf7f846 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-18T12:47:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Camilla Martins de Oliveira - 2015.pdf: 2722272 bytes, checksum: c1b127a024727131109290202bf7f846 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-02-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Nematodes cause losses in plants throughout the world that can be translated into many economic losses. The root-knot nematodes (Meloidogyne sp.) are the most common and destructive pathogens within this group. In order to get an efficient method of nematode management, it is need to identify species and quantify accurately and reliably. The aim of this research was to optimize an assay based on real-time PCR to detect and quantify M. incognita. For this purpose the effectiveness of different DNA methods of extraction were compared through the values of Ct intervals. The DNA extraction was made from 100 individual nematodes by the methods: CTAB, Phenol: Chloroform and commercial kit (PureLink® Genomic ADN Kit, Invitrogen). In the comparative analysis using the three methods the CTAB method and commercial kit obtained similar Ct values. The CTAB was the best method of extraction with less variation among the replications and showed higher linearity of the standard curve in comparison with the other methods tested. It was possible to quantify nematodes in the samples based on the intervals of the Ct values established from different numbers of nematodes (1, 10, 25, 100, 250, 500 and 750). This study demonstrated that qPCR technique is a sensitive and reliable alternative for the quantification of M. incognita that may help laboratories of diagnose and field survey. Twenty-six populations of the root-knot nematode (Meloidogyne spp.) from five locations of the state of Bahia, five from the state of Mato Grosso, four from the state of Goiás and one from the state of Minas Gerais, were characterized based on morphology of perineal cut, biochemical analysis through esterase profile and molecular analysis with specific primers. Identification of nematodes in the samples using the analysis of perineal cut, esterase profile and molecular analysis was possible, but with some variations in the perineal patterns and some atypical profiles of esterase. In the analyses of esterase profiles were found 69.23% of M. javanica with esterase profiles J3 and J2, and 30.77% of M. incognita with esterase profile I1. There was a higher occurrence of M. javanica in the areas cultivated with soybeans. Molecular analysis showed to be practical and accurate. / Nematoides causam perdas em plantas em todo o mundo, as quais podem ser traduzidas em muitos prejuízos econômicos. Os nematoides das galhas (Meloidogyne spp.) são os mais comuns e destrutivos dentro deste grupo de patógenos. Para conseguir implantar um método eficiente de manejo de fitonematoides há uma necessidade de identificação das espécies e quantificação precisa e confiável. O objetivo deste trabalho foi a otimização de um ensaio baseado em PCR em tempo real para detectar e quantificar M. incognita. Para isto diferentes métodos de extração de DNA e sua eficiência foram comparados. A extração de DNA foi feita a partir de 100 nematoides pelos métodos do CTAB, Fenol: Clorofórmio e KIT comercial (PureLink® Genomic DNA Kits, Invitrogen). Na análise comparativa destes três métodos de extração de DNA observou-se que o método CTAB e o utilizando o Kit comercial obtiveram igual eficiência, dados pelos valores próximos Ct (cycle threshold). O melhor método de extração foi considerado o CTAB, apresentando menor variação entre as diferentes amostras biológicas utilizadas como repetições e demonstrando maior linearidade na curva-padrão em comparação com os demais métodos testados. Foi possível estabelecer um parâmetro para a quantificação de nematoides nas amostras baseado em faixas de valores de Ct, estabelecidas a partir de diferentes números de indivíduos (1, 10, 25, 100, 250, 500 e 750). Este estudo demonstrou que a técnica de qPCR é uma alternativa sensível e confiável para a quantificação de M. incognita, para auxiliar laboratórios de diagnóstico e o monitoramento no campo desses nematoides. Vinte e seis populações do nematoide das galhas (Meloidogyne spp.), provenientes de cinco municípios do Estado da Bahia, cinco municípios do Estado do Mato Grosso, quatro municípios do Estado de Goiás e um município do Estado de Minas Gerais, foram caracterizados com base em: morfologia do corte perineal, análise bioquímica por meio de perfil de esterase e análise molecular com iniciadores específicos. Baseado nestes parâmetros foi possível a identificação das amostras, porém foram encontradas algumas variações nos padrões perineais e perfis atípicos nos perfis de esterase. Nas análises dos perfis de esterase foram encontradas 69,23% de M. javanica com perfis de esterase J3 e J2, e 30,77% de M. incognita com perfil de esterase I1. Verificou-se a maior ocorrência de M. javanica, nas áreas coletadas cultivadas com soja. A análise molecular se mostrou prática e precisa.

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Soybean was sown in polyethylene bags, and seven days after, the treatments were inoculated with the nematode. The experiment was conducted in a completely randomized design in a 5x4 factorial scheme, with eight replications. The treatments consisted of combinations of five soybean cultivars with: Control (plants not inoculated with the nematode and not sprayed with ASM), Pb (plants inoculated with the nematode), ASM (plants sprayed with the plant activator) and Pb + ASM (plants inoculated with the nematode and sprayed with ASM). The treatments with ASM were sprayed at 14, 21 and 28 days after the nematode inoculation (DAI) and, 24 hours later, the plant height and the enzymatic activity were evaluated. At 60 DAI it was evaluated the plant height, the shoots fresh weight (SFW), the roots fresh weigh (RFW), the reproduction factor (Rf) and the nematode density in the roots. There was higher total protein concentration after the third ASM application, with higher activity of chitinase (CHI) and β-1,3- glucanase (GLU) in the first two applications, higher peroxidase (POX) in the second and lipoxygenase (LOX) and phenylalanine ammonia-lyase (PAL) after the third. The results showed a possible synergistic effect between the activities of CHI and GLU and antagonistic effect between the POX and the FAL during the evaluation timings. ASM increased the activity of POX, LOX and FAL in the absence or presence of the nematode. Activities of CHI and GLU were higher in plants parasitized by the P. brachyurus. During the three evaluation periods the greatest heights were recorded at 28 DAI with lower height in plants with nematode. There was no statistical difference in height between treatments. However, there were differences between cultivars. The cultivars BRSGO 8560 RR, Emgopa 313 RR e M-Soy 8360 RR showed greater heights. The plants had higher SFW and RFW in treatments containing the nematode. In plants treated with ASM the nematode density was higher, while the Rf was lower. Thus, the results showed that the plant activator ASM and the nematode P. brachyurus affect the plant development and that the enzymatic activity is influenced by the number of ASM sprays and by the presence of nematode. The resistance inducer, ASM, shows potential for reducing the nematode`s reproduction. / O nematoide das lesões radiculares (Pratylenchus brachyurus) é um dos principais fitoparasitas da sojicultura brasileira. Até o momento, não há uma alternativa limpa e de baixo custo de controle que reduza satisfatoriamente a população desse nematoide nas áreas infestadas ou que proporcione pleno desenvolvimento das plantas parasitadas. Porém, estudos recentes mostram que há a possibilidade de induzir as defesas das plantas como estratégia a ser inserida nos programas de manejo das culturas a fitopatógenos, como os nematoides. Diante do exposto, o objetivo deste trabalho foi avaliar a resposta bioquímica e o desenvolvimento de cultivares de soja quando submetidas ao parasitismo pelo nematoide Pratylenchus brachyurus e tratadas com o indutor de resistência abiótico acibenzolar-S- metil. A soja foi semeada em saquinhos de polietileno e, após sete dias, os tratamentos foram inoculados com o nematoide. O experimento foi conduzido em delineamento inteiramente casualizado em esquema fatorial 5x4, com oito repetições. Os tratamentos foram compostos pela combinação das cinco cultivares de soja com: Testemunha (plantas não inoculadas com o P. brachyurus e não pulverizadas com o ASM), Pb (plantas inoculadas com P. brachyurus), ASM (plantas pulverizadas com o indutor de resistência) e Pb+ASM (plantas inoculadas com o nematoide e pulverizadas com o ASM). Os tratamentos que receberam ASM tiveram três aplicações (14, 21 e 28 dias após a inoculação do nematoide), sendo a atividade enzimática avaliada 24 horas após a aplicação do produto. Aos 60 DAI foi avaliado a altura, a massa fresca da parte aérea (MFPA) e das raízes (MFR), fator de reprodução (FR) e densidade do P. brachyurus nas raízes. Observou-se maior concentração de proteínas totais após a terceira aplicação do ASM, com maior atividade da quitinase (QUI) e β-1,3-glucanase (GLU) nas duas primeiras aplicações, da peroxidase (POX) na segunda aplicação e da lipoxigenase (LOX) e fenilalanina amônia-liase (FAL) após a terceira aplicação. Os resultados apresentam um possível efeito sinérgico entre as atividades da QUI e GLU e antagonista entre a POX e a FAL durante essas épocas. O ASM contribuiu para o incremento da atividade da POX, LOX e da FAL na ausência ou presença do nematoide e as atividades da QUI e da GLU foram maiores nas plantas parasitadas pelo P. brachyurus. Não houve diferença estatística para altura entre os tratamentos. No entanto, houve diferença entre as cultivares. A BRSGO 8560 RR, Emgopa 313 RR e M-Soy 8360 RR apresentaram as maiores alturas. As plantas apresentaram maior MFPA e MFR nos tratamentos contendo o nematoide. Nas plantas tratadas com o ASM a densidade de nematoides foi maior, enquanto que, o FR foi menor. Sendo assim, os resultados mostram que o indutor e o nematoide interferem no desenvolvimento da planta e a atividade enzimática é influenciada pelo número de aplicações do ASM e pela presença do P. brachyurus. O indutor de resistência mostra potencial para a redução da reprodução deste fitopatógeno.

Este projeto objetivou desenvolver um marcador molecular ligado ao gene de resistência a Tobacco mosaic virus (TMV), em vista da necessidade de aprimorar os métodos de melhoramento de plantas para atender crescentes demandas de produtividade. O outro objetivo deste trabalho foi a avaliação de uma população segregante F2 e de retrocruzamento (RC1F1) a Meloidogyne incognita raça 3, oriunda do cruzamento das cultivares comerciais Coker 176 (C176) e Coker 371 Gold (C371G). Para o desenvolvimento do marcador ligado ao gene de resistência a TMV, o gene N, foram desenvolvidos iniciadores específicos para regiões conservadas (TIR, NBS e LRR) deste gene com base em sua seqüência. Estes iniciadores foram utilizados para amplificar um marcador cuja ligação ao referido gene foi confirmada em 200 indivíduos de população segregante F2 oriunda do cruzamento entre uma linhagem resistente (Coker176) e outra suscetível ao vírus (Kentucky326). A proporção entre o número de plantas resistentes e suscetíveis (154:46) não diferiu estatisticamente daquela esperada no caso de segregação de um gene dominante de resistência, que seria de 3:1. Os resultados indicaram que o marcador e o gene estão proximamente ligados segundo taxa de recombinação, que foi de 1%. Na avaliação da hereditariedade a M.incognita utilizou-se 141 indivíduos da população segregante F2 oriunda do cruzamento entre uma linhagem resistente (Coker176) e suscetível (Coker 371G) e 138 indivíduos de RC1F1 ([C176 X C371G] X C371G). Os resultados obtidos entre a proporção entre o número de plantas resistentes e suscetíveis da população F2 (102:39) e da RC1F1 (67:71) não diferiu estatisticamente daquela esperada no caso de segregação de um gene dominante de resistência. / The aim of this study is to develop a molecular marker linked to the resistant gene to Tobacco mosaic virus (TMV) considering the necessity to improve plant breeding to meet growing demands of productivity. The other goal of this study is to evaluate the mode of inheritance of an F2 segregating population and backcross (BCF1) population of Meloidogyne incognita race 3 originated from cross breeding between commercial cultivars Coker 176 and Coker 371 Gold. For the development of the marker linked to the TMV resistant gene, the N gene, specific primers of this gene were developed for conserved regions (TIR, NBS and LRR) based on their sequence. These primers were used to amplify a marker whose connection with the aforementioned gene was confirmed in 200 individuals in a segregating F2 population originated from the cross breeding between a resistant cultivar (Coker176) and another cultivar which is susceptible to the virus (Kentucky326). The proportion between the number of resistant and susceptible plants (154:46) did not statistically differ from the one expected in the segregation of one dominant resistance, which would be a 3:1 segregation ratio. The results indicated that the marker and the gene are narrowly linked according to recombination ratio 1%. In the heredity evaluation of resistance to M.incognita 141 plants of the segregating F2 population originated from the cross breeding of a resistant (Coker176) and susceptible cultivar (Coker 371G) and 138 plants of backcross BC1F1 ([C176 X C371G) X C3371G) were used. The outcome of the proportion between the number of resistant and susceptible plants of segregating F2 (102:39) and BC1F1 population (67:71) were not statistically different from the ones expected for a monogenic dominant resistance.

Le système nerveux est un réseau complexe qui détecte et analyse les informations. Ces informations sont transmises entre cellules grâce à des connections synaptiques et des jonctions communicantes. Ce réseau n’est pas statique et évolue au cours du développement, de l’apprentissage mais aussi durant le processus de vieillissement – naturels ou pathologiques. Comprendre le système nerveux et son fonctionnement requiert une analyse des connections synaptiques in vivo chez un animal model tel que Caenorhabditis elegans. Cependant les techniques actuellement disponibles pour C. elegans sont laborieuses, ne dépendent pas forcément d’une interaction trans-synaptique ou fixent la synapse. Par conséquent, ces approches ne permettent pas de réaliser des études de populations et dynamiques des modifications synaptiques. Dans ce manuscrit, je décris tout d’abord une nouvelle technique pour visualiser les synapses in vivo chez le vers C. elegans. Cette technique appelé iBLINC (in vivo Biotin Labeling of INtercellular Contacts) qui consiste en la biotinylation d’un peptide par une ligase d’Escherichia coli, BirA. Ces deux molécules sont fusionnées à des protéines trans-membranaires qui forment un complexe à la synapse. La biotinylation est détectée grâce à une streptavidin monomérique taguée avec un fluorophore qui est secrétée dans l’espace extracellulaire. J’ai démontré que cette technique est directionnelle et dynamique. En utilisant iBLINC pour visualiser des synapses faisant partie du circuit sensoriel de C. elegans, une évolution du nombre et de la taille des synapses a pu être observée avec l’âge. Il semblerait que ce changement soit dépendant du segment de la zone synaptique observée. Ces résultats ont été corroborés par l’observation d’une diminution du nombre de vésicules pendant le vieillissement grâce à un marqueur pré-synaptique des synapses GABAergique de la jonction neuromusculaire. Pour conclure, ce manuscrit décrit une nouvelle technique permettant d’observer les synapses chez le vers vivant et démontre une évolution naturelle du nombre de synapses et du nombre de vésicules pré-synaptiques avec l’âge. / The nervous system is a complex network that senses and processes information and is essential for the survival of both vertebrates and invertebrates as it is involved in behavior responses. Information within the network is transmitted through specialized cell-cell contacts, including synaptic connections. Importantly, the network is not static and is believed to change during development and learning, as well as during pathological or normal age-related decline. Studying the nervous system in vivo requires the use of animal models such as Caenorhabditis elegans. Understanding of behavior and development requires visualization and analysis of synaptic connectivity. However, existing methods are laborious and may not depend on trans-synaptic interactions, or otherwise ‘trap’ the synapses by fixing the connections, thus precluding dynamic studies. In order to study synaptic modifications, we developed a new transgenic approach for in vivo labeling of specific connections in C. elegans, called iBLINC (in vivo Biotin Labeling of INtercellular Contacts). iBLINC involves the biotinylation of an acceptor peptide (AP) by the Escherichia coli biotin ligase BirA. Both are fused to two interacting post- and pre-synaptic proteins, respectively. The biotinylated acceptor peptide fusion is detected by a monomer streptavidin fused to a fluorescent protein that is transgenically expressed and secreted into the extracellular space. The method is directional, bright and dynamic. Moreover it correlates well with electron micrograph reconstruction. Using this new technique to observe synapses, which are part of the thermosensory circuitry of C. elegans, during aging, we could conclude that the connection pattern varies with age and within a population. Changes of the number and size of the synapses were observed during aging. Some segments of the synaptic region seem to be more affected than others by the aging process. Those results were corroborated by using a GABAergic pre-synaptic marker which allowed us to visualize a decline of the vesicle number with aging. In summary, in this thesis I explained a new in vivo trans-synaptic method to visualize synapses in C. elegans. Then I demonstrated that a natural decline in the number of synapses as well as the number of vesicles occurs during aging.

Thesis (M. A. Agriculture (Plant Protection)) -- University of Limpopo, 2019 / The influence of cultural practices can be modified by environmental conditions such as container-type or positioning. The objective of the study was to determine whether container-type and positioning would have an influence on the growth of tomato plants and suppression of Meloidogyne javanica exposed to biomuti (Trial 1) and Afrikelp (Trial 2). Different container-types were filled with approximately 10.4 L growing mixture comprising steam-pasteurised sandy loam soil and Hygromix-T at 3:1 (v/v) ratio. The containers were established in microplots at 0.6 m × 0.6 m spacing, with treatments being brown pot-below; brown pot-above, black pot-below, black pot-above, plastic bag-above and plastic bag-below. Tomato (Solanum lycopersicum L.) cv. 'Floradade' seedlings were each transplanted and irrigated with 500 ml chlorine-free tapwater every other day. Seven days after transplanting, each plant was inoculated with 2000 eggs and second-stage juveniles (J2) of M. javanica. Biomuti and Afrikelp, obtained from the Agricultural Research Council (ARC) Vegetable, Ornamentals and Plants (VOP), were applied in separate trials weekly at 2.5%. At 56 days after inoculation, plant growth including selected nutrient elements and nematode variables were measured. Data were subjected to analysis of variance, with separation of means achieved using Fisher’s Least Significant Difference test at the probability level of 5%. In the biomuti trial, container-type and positioning had a significant effect on plant height, fruit number, dry root mass, dry shoot mass and fruit mass, contributing 82, 48, 44, 85 and 89% in total treatment variation (TTV) of the respective variables. Relative to brown pot-below; black pot above, plastic bag-above and brown pot-above reduced plant variables, whereas treatment effects were not significant on nematode variables. In the Afrikelp trial, trends where similar to those in biomuti, treatments had highly significant effects on xvi plant height, dry root mass, dry shoot mass and gall rating, contributing 91, 88, 66 and 60% in TTV of the respective variables. Relative to brown pot-below; black pot above, plastic bag-above and brown pot-above reduced the plant variables, but had no significant effects on nematode variables. Generally, plastic bags and polyethylene pots below-ground improved most plant growth variables when compared to those in containers positioned above-ground.