L'objectif de cette thèse est de mener une étude fondamentale et expérimentale des propriétés physiques des cristaux liquides discotiques colonnaires (CLDCs) confinés dans des matrices poreuses templates hautement ordonnées à l'échelle nanométrique. Les molécules des CLDCs de forme plane, composées de noyaux polyaromatiques rigides entourées de chaînes aliphatiques flexibles fonctionnalisables, sont susceptibles de s'auto-assembler dans des colonnes favorisant ainsi le recouvrement de leurs orbitales électroniques π. Ce qui fait de ces matériaux de véritables candidats pour des applications dans l'électronique moléculaire et la photovoltaïque grâce à la possibilité de migration des porteurs de charges le long de leurs colonnes. Cependant, ces applications nécessitent une bonne maîtrise des paramètres influant sur les mécanismes d'alignement dans les phases colonnaires, sur de grands monodomaines, et de préférence à température ambiante. Une méthode très prometteuse visant à optimiser les longueurs de diffusion des porteurs de charge a été récemment proposée, basée sur la formation de nanofils orientés de CLDCs par auto-assemblage dans des matrices dites « templates » (de moulage). Toutefois, les propriétés structurales, dynamiques et les effets de confinement sur ces technologies restent aujourd'hui mal connus et morcelés et pourraient constituer un véritable verrou scientifique pour leur réalisation. Notre étude s'est portée sur les CLDCs commerciaux (HPT) et le Py4CEH (moins connus) qui sont confinés dans des alumines poreuses (AAO) et du silicium poreux (Sip) de diamètres de pores de quelques dizaines de nm. Les diagrammes de phase ont été d'abord étudiés par DSC puis les effets structuraux ont été approfondis grâce à la diffusion de neutrons. Dans les géométries confinées, nous observons une dépression des températures de transition, un élargissement du domaine de stabilité de la phase colonnaire et l'ouverture d'une hystérèse amplifiée dans les pores de plus petite taille. Un ordre orientationnel très élevé a été trouvé dans les phases colonnaires bulk par la RMN du solide et la structure des systèmes confinés colonnaires, dominée par une distribution radiale avec un ancrage homéotrope a été déterminée. La dynamique moléculaire a été étudiée par diffusion quasiélastique de neutrons. Elle est affectée par le confinement : la dynamique de grande amplitude est fortement ralentie, tandis que la dynamique rapide locale devient régie par une distribution très large de temps caractéristiques. / The aim of this work is to conduct fundamental and experimental studies of the physical properties of columnar discotic liquid crystal (CDLCs) confined in highly ordered porous templates at the nanoscale. CDLC molecule of planar shape, consist in rigid polyaromatic nuclei surrounded by functionalizable flexible aliphatic chains, and are capable of self-assembly in columns, thereby promoting overlap of their π electron orbitals. This makes these materials real candidates for applications in molecular electronics and photovoltaics due to the possibility of migration of the charge carriers along their columns. However, these applications require a good control of the parameters affecting the alignment mechanisms in the columnar phases of large single domains, preferably at room temperature. A very promising approach to optimize the diffusion lengths of charge carriers has been recently proposed, based on the formation of oriented CDLC nanowires by self-assembly in so-called "templates". However, structural and dynamical proprieties and confinement effects are still scarce, and could be a real scientific lock to their implementation. Our study is focused on commercial CDLCs (HPT) and Py4CEH which are confined in porous alumina and porous silicon membranes with pore diameters of c.a. tens of nm. The phase diagram was first studied by DSC and more deeply characterized by neutron scattering. In confined geometries, we observe a depression of the phase transition temperatures, a broadening of the columnar phase stability domain and an opening of hysteresis loops amplified by smaller pore size. A high orientational order was found in the bulk columnar phases by solid-state NMR, and the structure of confined columnar systems, dominated by a radial distribution with homeotropic anchoring was observed. The molecular dynamics was studied by quasielastic neutron scattering. It is affected by confinement: large lengthscale motions are massively slowed down, whereas the rapid and local dynamics becomes submitted to large distributions of correlation times.

La quantité croissante de données générées est à l’origine de nombreuses problématiques en bioinformatique telles que le développement de nouvelles méthodes de traitement et d’analyse efficaces de ces données. Plus particulièrement, les réseaux de régulation des fonctions cellulaires sont au coeur de nombreux projets aujourd’hui. Il est donc nécessaire, afin d’appréhender correctement ces systèmes de régulation, de comprendre l’origine et de caractériser les acteurs de ces systèmes tels que les ARN et les pseudogènes.Nous avons établi une nouvelle méthode de comparaison d’une séquence ARN requête avec un jeu de séquences ARN cibles. Notre méthode se base sur (i) l’indexation préalable des graines en séquence/structure des ARN du jeu cible, (ii) la recherche des ARN cibles par détection des graines de la séquence requête présentes également dans le jeu de données cible et le chainage de ces graines, puis (iii) la complétion de l’alignement obtenu à l’aide d’un algorithme d’alignement exact incorporant des contraintes d’alignement. Cette méthode a été appliquée sur le jeu de données de BraliBase2.1. L’exactitude des résultats obtenus et l’efficacité de la méthode ont alors été comparés à la méthode d’alignement exact LocARNA et à son filtre basé sur un algorithme de chainage de graines récemment développé, ExpLocP. Notre méthode RNA-unchained permet d’améliorer significativement les temps de calcul de LocARNA et présente des temps de calcul similaires à ExpLocP, tout en améliorant l’exactitude des alignements finaux.De plus, nous avons développé une méthode, PseudOE, de détection et de caractérisation du pseudome au sein d’un génome et d’analyse comparative de ce pseudome entre plusieurs génomes. Cette méthode a ainsi permis de réaliser l’analyse du panpseudome de deux souches relativement distantes de l’espèce Oenococcus oeni et qui présentent des propriétés oenologiques opposées. On observe dans ces génomes compacts, de 1,8Mb, 8,5% de pseudogènes. Par comparaison aux autres génomes bactériens, les génomes d’O. oeni semblent sensibles à la pseudogénisation. La majorité des pseudogènes détectés ont pour origine des mutations de leur séquence et sont présents uniquement dans l’un des génomes, ce qui soutient l’hypothèse d’une origine récente de ces séquences et qui illustre la tendance des O. oeni à l’hypermutabilité. De plus, l’analyse des données fournies par PseudOE a permis la mise en évidence d’une organisation spatiale des pseudogènes au sein de territoires spécifiques du chromosome. L’ensemble de ces analyses illustre les particularités des pseudogènes chez O. oeni et apporte des informations supplémentaires concernant l’évolution des gènes/génomes dont les annotations de génomes pourraient retirer des bénéfices. / The increasing amount of available data is a source of many issues in bioinformatics such that the development of new methods of treatments and efficient analysis of data. Especially, regulatory networks are at the heart of many projects. Also, in order to understand regulatory systems, it appears to be necessary to characterize and to understand actors of these systems such as RNA and pseudogenes. We develop a new method to compare a query RNA with a static set of target RNAs. Our method is based on (i) a preliminary indexing of the sequence/structure seeds of the target RNAs, (ii) searching the potentially homolog RNAs by detecting seeds of the query present in targets, chaining these seeds, then (iii) completing the alignment using an anchor-based exact alignment algorithm. We apply our method on the benchmark Bralibase2.1. We compare our method accuracy and efficiency with the exact method LocARNA and its recent seeds-based speed-up ExpLocP. Our pipeline RNA-unchained greatly improves computation time of LocARNA and is comparable to the one of ExpLocP, while improving the overall accuracy of the final alignments.Moreover, we develop a new method, PseudOE, to detect and to characterize the pseudome of one genome, and to analyse by comparison two genomes at least. This method allows to analyse the pan-pseudome of two distantly related Oenococcus oeni strains with opposite oenological properties. Quite interestingly, with 8.5% of pseudogenes for a compact 1.8Mb genome, O. oeni appeared to be prone to pseudogenization compared to other bacteria. A great proportion of pseudogenes were found to come from mutational degradation suggesting a relatively recent origin that could illustrate the natural propensity of O. oeni for hypermutability. In addition, we identify a spatial organization of pseudogenes into dedicated chromosomal territories. These analysis illustrate peculiar properties of O. oeni pseudogenes, providing additional insights of gene/genome evolution from which future genome annotation will benefit.

La mémoire de traduction (MT) joue un rôle décisif lors de la traduction et constitue une base de données idéale pour la plupart des professionnels de la langue. Cependant, une MT est très sujète au bruit et, en outre, il n’y a pas de source spécifique. Des efforts importants ont été déployés pour nettoyer des MT, en particulier pour former un meilleur système de traduction automatique. Dans cette thèse, nous essayons également de nettoyer la MT mais avec un objectif plus large : maintenir sa qualité globale et la rendre suffisament robuste pour un usage interne dans les institutions. Nous proposons un processus en deux étapes : d’abord nettoyer une MT institutionnelle (presque propre), c’est-à-dire éliminer le bruit, puis détecter les textes traduits à partir de systèmes neuronaux de traduction. Pour la tâche d’élimination du bruit, nous proposons une architecture impliquant cinq approches basées sur l’heuristique, l’ingénierie fonctionnelle et l’apprentissage profond. Nous évaluons cette tâche à la fois par annotation manuelle et traduction automatique (TA). Nous signalons un gain notable de +1,08 score BLEU par rapport à un système de nettoyage état de l’art. Nous proposons également un outil Web qui annote automatiquement les traductions incorrectes, y compris mal alignées, pour les institutions afin de maintenir une MT sans erreur. Les modèles neuronaux profonds ont considérablement amélioré les systèmes MT, et ces systèmes traduisent une immense quantité de texte chaque jour. Le matériel traduit par de tels systèmes finissent par peuplet les MT, et le stockage de ces unités de traduction dans TM n’est pas idéal. Nous proposons un module de détection sous deux conditions: une tâche bilingue et une monolingue (pour ce dernier cas, le classificateur ne regarde que la traduction, pas la phrase originale). Nous rapportons une précision moyenne d’environ 85 % en domaine et 75 % hors domaine dans le cas bilingue et 81 % en domaine et 63 % hors domaine pour le cas monolingue en utilisant des classificateurs d’apprentissage profond. / Translation Memory (TM) plays a decisive role during translation and is the go-to database for most language professionals. However, they are highly prone to noise, and additionally, there is no one specific source. There have been many significant efforts in cleaning the TM, especially for training a better Machine Translation system. In this thesis, we also try to clean the TM but with a broader goal of maintaining its overall quality and making it robust for internal use in institutions. We propose a two-step process, first clean an almost clean TM, i.e. noise removal and then detect texts translated from neural machine translation systems. For the noise removal task, we propose an architecture involving five approaches based on heuristics, feature engineering, and deep-learning and evaluate this task by both manual annotation and Machine Translation (MT). We report a notable gain of +1.08 BLEU score over a state-of-the-art, off-the-shelf TM cleaning system. We also propose a web-based tool “OSTI: An Open-Source Translation-memory Instrument” that automatically annotates the incorrect translations (including misaligned) for the institutions to maintain an error-free TM. Deep neural models tremendously improved MT systems, and these systems are translating an immense amount of text every day. The automatically translated text finds a way to TM, and storing these translation units in TM is not ideal. We propose a detection module under two settings: a monolingual task, in which the classifier only looks at the translation; and a bilingual task, in which the source text is also taken into consideration. We report a mean accuracy of around 85% in-domain and 75% out-of-domain for bilingual and 81% in-domain and 63% out-of-domain from monolingual tasks using deep-learning classifiers.

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Faubourgs de Bruxelles. Boulevards de Verviers. Quelle(s) réalité(s) ?Quelle(s) relation(s) ?<p>Pour les deux villes industrielles, le XIXe siècle a notamment été celui de l’expansion urbaine, au-delà des limites séculaires. Ce développement s’est matérialisé par des nouvelles voies de communication et des nouvelles bâtisses, dont les autorités publiques ont vu la nécessité de planifier l’organisation. Elles ont alors mis en place les moyens législatifs, humains et financiers pour maîtriser cette extension.<p>En partant de la fonction administrative appelée « inspecteur voyer des faubourgs de Bruxelles », une première partie de l’étude montre qu’à Bruxelles, capitale de la jeune Belgique, le service, le territoire, la mission de cet agent public, constituent une réelle particularité dans l’appareil administratif de la Province de Brabant. <p>En s’intéressant à l’évolution de cette fonction depuis son institution jusqu’à sa suppression, on découvre, non seulement un renforcement de cette originalité, mais on trouve aussi les rôle(s) et influence(s) qu’ont pu avoir les titulaires successifs. Parmi ceux-ci, il en est un qui a œuvré sur une longue période, de 1858 à 1904 :c’est Victor Besme. Il est bien connu des urbanistes comme auteur d’un plan d’ensemble qui a structuré le tissu urbain de la première couronne bruxelloise. Il est moins connu comme « électron libre » du « système voyer » qui s’est installé et confirmé dans la seconde moitié du XIXe siècle. Il est quasi inconnu comme ayant contribué à l’agrandissement de Verviers, à son « âge d’or ».<p>La notoriété acquise par l’inspecteur Besme à Bruxelles a conduit les autorités verviétoises à faire appel à ses services pour débloquer une situation devenue inextricable dans la cité lainière. En peu de temps, son analyse et le projet qu’il dépose font taire les dissensions et ouvrent la voie à la réalisation des rues d’un premier quartier, celui de l’Immobilière. Les relations qu’il noue à Verviers, la connaissance qu’il a des arcanes administratifs belges, permettent à Besme de déployer ses compétences également dans d’autres quartiers (Hanlet-Peltzer, Ile Adam) et de porter plusieurs casquettes, le plaçant parfois en équilibre entre la défense de l’intérêt général et celle de l’intérêt particulier, si pas de son intérêt personnel. C’est ainsi que le dossier des tramways verviétois fait en quelque sorte la synthèse de ces multiples postures.<p>Au final, on aura découvert deux villes différentes mais néanmoins comparables et même à rapprocher à certains égards, notamment pour ce qui est des préoccupations publiques de l’époque (assainissement, communication, extension). En examinant plus attentivement les éléments factuels, on aura appris à mieux connaître un homme multi-facettes, un « célèbre inconnu », dont l’itinéraire dans ces deux villes nous instruit sur la complexité qui se cache derrière des raccourcis. On aura aussi confirmé combien les mises en contexte, les liens et enchaînements, combien les particularités et les influences sont importants à étudier en urbanisme (et en architecture) car ils révèlent non seulement les lieux et les faits, mais font apparaître les systèmes, les structures et donnent un éclairage aux hommes qui les établissent, les occupent et les manœuvrent. / Doctorat en Art de bâtir et urbanisme / Une publication de la seconde partie de la thèse a été faite en 2016 par le Comité Scientifique d'Histoire de Verviers sous la référence suivante: D’HUART Th. Victor Besme et les extensions de Verviers sous Léopold II :genèse d’un patrimoine urbain, Comité scientifique d’histoire de Verviers (CSHV), Verviers, Mars 2016, 444p. / info:eu-repo/semantics/nonPublished

La réponse immunitaire est régulée spatialement et temporellement. Les cellules immunitaires font partie d’une plus grande communauté de populations cellulaires interconnectées qui coordonnent leurs actions par la signalisation intercellulaire. Suivant une blessure hépatique, la distribution et la composition du compartiment immunitaire évoluent rapidement au fil du temps. Par conséquent, l’information sur la position des cellules immunitaires dans le tissu hépatique est essentielle à la bonne compréhension de leurs fonctions dans la santé et la maladie. Cependant, l’organisation spatiale des cellules immunitaires en réponse à une atteinte hépatique aiguë, ainsi que les conséquences fonctionnelles de leur distribution topographique spécifique, restent mal comprises. Les macrophages hépatiques sont des cellules effectrices clés pendant l’homéostasie et en réponse à des blessures, et sont impliqués dans la pathogenèse de plusieurs maladies du foie. L’hétérogénéité et plasticité des macrophages dans le foie a été exposée avec l’émergence du séquençage de l’ARN, la cytométrie en flux et la cytométrie de masse. Ces techniques ont sensiblement contribué à la compréhension de l’origine, et fonctions des macrophages dans le foie. Cependant, ces technologies impliquent la destruction du tissu pour la préparation de suspension cellulaires ce qui entraîne une perte d’information spatiale et de contexte tissulaire. Par conséquent, la caractérisation spatiale et temporelle des macrophages dans le tissu hépatique pendant l’homéostasie tissulaire, et en réponse à une blessure, fournit une nouvelle information sur la façon dont les macrophages se rapportent aux cellules voisines et leur comportement pendant les réponses immunitaires. Dans la première partie de cette étude, nous avons conçu une stratégie pour le phénotypage spatial des cellules immunitaires hépatiques dans des échantillons de tissus. Cette stratégie combine techniques d'imagerie et l’alignement numérique des images pour surmonter les limitations actuelles du nombre de marqueurs pouvant être visualisés simultanément. En outre, nous avons généré des protocoles pour la quantification automatisée des cellules d’intérêt dans des sections de tissus pour réduire la subjectivité associée à la quantification par inspection visuelle, et pour augmenter la surface et la vitesse de l’analyse. Par conséquent, un plus grand nombre de populations de cellules immunitaires ont été visualisées, quantifiées et cartographiées, et leurs relations spatiales ont été déterminées. Dans la deuxième partie de l’étude, nous avons déterminé la cinétique et la dynamique spatiale des cellules de Kupffer (KCs) et des macrophages dérivés de monocytes (MoMFs) en réponse à une atteinte hépatique aiguë au CCl4, afin de mieux comprendre leurs rôles fonctionnels, et la répartition du travail entre eux. Nous avons constaté que les KC et les MoMFs présentent des différences au niveau de la distribution tissulaire, la morphologie, et la cinétique. En plus, seulement les KCs ont proliféré pour repeupler la population de macrophages résidents pendant la réparation tissulaire. Finalement, nous avons montré que le degré de colocalization de KCs et des MoMFs avec les cellules stellaires est différent. En plus, cette colocalisation varie avec la progression de la réponse immunitaire. Dans l’ensemble, nous avons montré que les KCs et les MoMFs ont des profils spatiaux et temporels différents en réponse à une atteinte hépatique aiguë. Dans l’ensemble, les observations faites dans cette étude suggèrent que le comportement spatial et temporel d’une sous-population donnée de cellules immunitaires est distinct et sous-tend sa capacité à remplir ses fonctions spécifiques pendant la réponse immunitaire. / The immune response is spatially and temporally regulated. Immune cells are part of a larger community of interconnected immune and non-immune cell populations that coordinate their actions mostly through cell-cell intercellular signaling. In the liver, the distribution pattern, and the composition of the immune compartment evolve during an immune response to injury influencing disease pathology, progression, and response to treatment. Hence, information on the location and interacting partners of immune cells in the hepatic tissue is critical for the proper understanding of their functions in health and disease. However, the spatial organization of hepatic resident and infiltrating immune cells in response to acute injury, and the functional consequences of their specific topographical distribution, remain poorly defined. Hepatic macrophages are key effector cells during homeostasis and in response to injury and are involved in the pathogenesis of several liver diseases. The heterogeneity and plasticity of the macrophage compartment in the liver have only recently started to be appreciated with the emergence of RNA sequencing, flow cytometry, and mass cytometry. Detailed transcriptomic and phenotypic profiling have deeply expanded our understanding of macrophage biology. However, these technologies involve tissue disruption with loss of spatial information and tissue context. Therefore, the spatial and temporal profiling of liver macrophages in tissue samples during the steady state, and in response to injury, provide novel information on how the macrophages relate to neighboring cells and their behavior during immune responses. In the first part of this study, we designed a strategy for the spatial phenotyping of hepatic immune cells in tissue samples. This strategy combined serial and sequential labeling, and digital tissue alignment to overcome current limitations in the number of markers that can be simultaneously visualized. In addition, we generated protocols for automated quantification of cells of interest in whole tissue sections which removed the subjectivity associated with quantification by visual inspection and greatly increased the area and the speed of the analysis. As a result, a larger number of immune cell populations were visualized, quantified, and mapped, and their spatial relations were determined in an unbiased manner. In the second part of this study, we monitored the kinetics, and spatial dynamics of resident Kupffer cells (KCs) and infiltrating monocyte-derived macrophages (MoMFs) in response to acute liver injury with CCl4, to gain insight into their functional roles, and the distribution of labor between them. KCs and MoMFs exhibited different tissue distribution patterns and cell morphology, different kinetics, and occupied neighboring but unique microanatomical tissue locations. KCs and MoMFs displayed a different capacity to replenish the macrophage pool upon acute injury, and were differentially related to hepatic stellate cells. Different kinetics and spatial profiles revealed that KCs and MoMFs have distinct spatial signatures and suggest that they perform distinct functions during the wound-healing response to acute liver injury. In summary, we optimized techniques and put together a strategy for the spatial profiling of hepatic immune cells. Then, we used this methodology to profile resident and infiltrating macrophage subpopulations to gain insight into their biology and distinct contribution to healing in response to acute liver injury. Overall, the observations made in this study suggest that the spatial and temporal behavior of a given subpopulation of immune cells underlie its ability to perform its specific functions during the immune response.