L’objectif de ce travail est de reconstituer les changements de la dynamique hydrosédimentaire de la Loire en fonction des variations climatiques globales et régionales depuis l’Holocène Moyen (~7 ka), dans un contexte de ralentissement et de stabilisation de la remontée du niveau marin. Le rôle des aménagements anthropiques de l’estuaire interne depuis le début du XXème siècle, a été également considéré. Dans cet objectif, les séquences sédimentaires étudiées ont été prélevées le long d’un continuum terre-mer entre l’estuaire interne de la Loire et la partie septentrionale du Golfe de Gascogne, en passant par les paléovallées incisées présentes à l’embouchure actuelle.L’emboitement des dimensions temporelle et spatiale fait l’unicité de ce travail de recherche à l’échelle de la Loire mais également sa complexité. Afin de déconvoluer les différents signaux enregistrés, nous avons entrepris une approche analytique combinant des données sédimentologiques, micro-paléontologiques (foraminifères benthiques) et géochimiques, le tout dans un cadre chronologique contraint par des datations 14Cet 210Pb/137Cs. Nos résultats montrent que le ralentissement de la montée des eaux a joué un rôle majeur dans le façonnement du paysage estuarien et par conséquence, dans la chenalisation du flux terrigène vers le large. Ce flux terrigène est également modulé à plus grande échelle par les forçages climatiques internes et externes (e.g., Oscillation Nord Atlantique, forçage solaire) affectant à la fois le bassin versant, l’occurrence des tempêtes au large ainsi que la circulation océanique de surface. Enfin, la partie la plus récente de nos archives sédimentaires estuariennes enregistre l’impact des aménagements humains qui ont profondément modifié la morphologie de l’estuaire interne depuis le début du XXème siècle. / The aim of this work is to reconstruct changes in the hydro-sedimentary dynamics of the Loire River according to global and regional climatic variations since the Middle Holocene (~ 7 ka), in a general context of slowing down of sea-level rise. The impact of the recent human settlements undertaken in the internal Loire estuary since the beginning of the 20th century is also considered. To achieve this objective, the studied sedimentary sequences were collected along a land-sea continuum from the internal estuary, to the incised paleovalleys off the present-day river mouth, until the northern part of the Bay of Biscay (South Brittany). The imbrication of both temporal and spatial dimensions makes the originality of this research on the scale of the Loire River, but also its complexity. In order to deconvolute the various recorded signals, we used a multiproxy approach combining sedimentological, micropaleontological (benthic foraminifera) and geochemical analyses, within a chronological framework constrained by 14C and 210Pb/137Cs dating. Our results show that the Middle to Late Holocene slowing down of sea-level rise plays a major role in shaping the estuarine landscape and in the channelization of the terrigenous flow towards the ocean. At the same time, this terrigenous flow is modulated on a larger scale by internal and external climatic forcing (e.g., North Atlantic Oscillation, solar forcing) controlling humidity over the Loire River catchment area, the occurrence of storms and ocean surface circulation. The most recent parts of our estuarine sedimentary sequences record the impact of human settlements since the beginning of the 20th century modifying significantly the morphology of the inner estuary and the location of the main river channel.

Résumé Cette thèse examine l’impact de l’octroi de titres miniers sur les dynamiques politiques ayant cours dans des territoires affectés par le conflit armé colombien. Du point de vue théorique, elle reprend les questions classiques que la philosophie politique formule au sujet du rapport entre normes et communauté politique, c.-à-d., autour du rapport dialectique entre politique et droit. Elle les reformule cependant au regard des transformations induites par la globalisation: la multiplication et la superposition de différents régimes normatifs, qui remettent en cause la cohérence de la sphère normative et, par le fait même, le rapport assumé entre droit, démocratie et souveraineté. M’appuyant sur les réflexions de chercheurs de l’École de Bruxelles de philosophie du droit, je propose le modèle « d’écosystème normatif » pour analyser les rapports qui s'établissent entre des régimes normatifs a priori incommensurables, allant du droit aux stratégies contre-insurrectionnelles, de la Responsabilité sociale des entreprises (RSE) à la morale; et des relations contractuelles à la violence politique. Sur la base d’études de cas menées dans deux régions de la province d’Antioquia, cette thèse démontre que l’octroi de titres miniers favorise des configurations particulières de l’écosystème normatif. En d'autres mots, l’octroi de titres miniers induit une certaine stabilisation des relations entre droit public, RSE, contractualité et gouvernementalité, que j'appelle « écosystème normatif minier ». Ma thèse conclut que l’écosystème normatif minier colombien est peu propice à l'articulation de communautés politiques et empêche la conduite délibérée et rationnelle des affaires publiques ainsi que l'organisation démocratique du territoire. L’écosystème normatif minier favorise au contraire des rapports sociaux utilitaires, la corruption, le clientélisme et la violence politique. Cette recherche démontre en outre que les « solutions » normatives mises de l’avant pour traiter les conflits suscités par l’activité minières remettent parfois en cause certaines catégories fondamentales de la pensée politique et juridique moderne. En Colombie, une politique d’institutionnalisation de la RSE, menée conjointement par l’État et les titulaires miniers, induit ainsi des changements profonds dans les rapports entre communautés, entreprises et gouvernements. Ma thèse clarifie ainsi certains des défis que la société colombienne doit surmonter, étant donné les nombreux titres miniers octroyés sur une grande proportion de son territoire, pour mener à bien le processus de paix initié en 2016.   Summary This thesis examines the impact of granting mining titles on political dynamics in the territories affected by the Colombian armed conflict. From a theoretical point of view, it takes up the classic political philosophy interrogations about the relationship between norms and political community, i.e., the dialectical relationship between politics and law. Those questions are updated by taking into account the transformations induced by globalization: indeed, the multiplication and superimposition of different normative regimes undermines the coherence of the normative sphere and, by the same token, the assumed relationship between law, democracy and sovereignty. Based on the reflections of researchers at the Brussels School of Philosophy of Law, I propose the notion of “normative ecosystem” to analyze the relationships that are established between presumably incommensurable normative regimes, from law to the counter-insurgency strategies, from Corporate Social Responsibility (CSR) to morality; and from contractual relations to political violence. Based on case studies conducted in two regions of the province of Antioquia, this thesis demonstrates that the granting of mining titles favors particular configurations of the normative ecosystem. In other words, the granting of mining titles induces a certain stabilization of the relations between law, CSR, contractuality and governmentality, which I call the “mining normative ecosystem”. My thesis concludes that the Colombian mining normative ecosystem is not conducive to the articulation of political communities and prevents the deliberate and rational conduct of public affairs as well as the democratic organization of the territory. On the contrary, the mining normative ecosystem favors utilitarian social relations, corruption, clientelism and political violence. This research also shows that the normative “solutions” put forward to deal with conflicts in the mining sector call into question certain fundamental categories of modern political and legal thought. In Colombia, a policy of institutionalization of CSR conducted jointly by the State and mining title holders induces profound changes in the relationships between communities, companies and governments. My thesis thus clarifies some of the challenges that Colombian society must overcome, given the numerous mining titles granted over a large part of its territory, to successfully carry out the peace process initiated in 2016.

Le nombre de robot humanoïde s’est accru ces dernières années pour pouvoir collaborer avec l’homme ou le remplacer dans des tâches fastidieuses. L’objectif de cette thèse est de transférer aux robots humanoïdes, des habilités ou compétences humaines, en particulier pour des mouvements impliquant une coordination entre les deux bras. Dans la première partie de la thèse, un processus de conversion d’un mouvement humain vers un mouvement de robot, dans un objectif d’imitation est proposé. Comme les humains possèdent beaucoup plus de degrés de liberté qu’un robot humanoïde, les mouvements identiques ne peuvent pas être produits, les caractéristiques(longueurs des corps) peuvent aussi être différentes. Notre processus de conversion prend en compte l’enregistrement des localisations de marqueurs attachés aux corps de l’humain et des articulations pour améliorer les processus d’imitation. La deuxième partie de la thèse vise à analyser les stratégies de génération du mouvement utilisées par l’homme. Les mouvements humains sont supposés optimaux et notre objectif est de trouver un critère à minimiser pendant les manipulations. Nous faisons l’hypothèse que ce critère est une combinaison de critères classiquement utilisés en robotique et nous recherchons les poids de chaque critère qui représente au mieux le mouvement humain. De cette façon, une approche de commande cinématique optimale peut ensuite être utilisée pour générer des mouvements du robot humanoïde. / The number of humanoid robots has increased in recent years to be able to collaborate with humans or replace them in tedious tasks. The objective of this thesis is to transfer to humanoid robots, skills or human competences, in particular for movements involving coordination between the two arms. In the first part of the thesis, a process of conversion from a human movement to a robot movement, with the aim of imitation is proposed. Since humans have much more freedom than a humanoid robot, identical movements cannot be produced, the characteristics (body lengths) canal so be different. Our conversion process takes into account the recording of marker locations attached to human bodies and joints to improve the imitation processes. The second part of the thesis aims at analyzing the strategies used by humans to generate movement. Human movements are assumed to be optimal and our goal is to find criteria minimized during manipulations. We hypothesize that this criterion is a combination of classical criteria used in robotics and we look for the weights of each criterion that best represents human movement. In this way, an optimal kinematic control approach can then be used to generate movements of the humanoid robot.

Les adénovirus humains (HAdVs) provoquent généralement une infection bénigne chez l'hôte sain. En revanche, chez les patients immunodéprimés et immunocompétents, ils peuvent causer des infections sévères à létales. Les vecteurs HAdVs sont couramment utilisés dans les domaines de la thérapie génique et de la vaccination. L'immunité pré-existante de l’hôte protège généralement contre les infections de type sauvage mais peut entraîner des effets indésirables lors du relargage des virus tel que l’induction de processus inflammatoire locale ou général. Après l'infection, l'inflammation va principalement entraîner le recrutement de cellules dendritiques (DCs), de monocytes et de neutrophiles. Les DCs ont la capacité unique de présenter l'antigène et d’activer les cellules T, qui, par la suite, aideront les cellules B à produire des anticorps. En plus de leurs activités phagocytaires, des peptides antimicrobiens dérivés des neutrophiles (AMPs) jouent un rôle central dans l'immunité innée. Les AMPs peuvent neutraliser les microbes infectieux et / ou activer différents types de cellules immunitaires. Dans ce contexte, nous avons étudié l'interaction ex vivo entre le facteur hôte (anticorps anti-HADV et AMPs) contre les HAdVs dans les DCs ainsi que le rôle des DCs activés indirectement (indir-DCs) lors de la réponse immunitaire. Nous avons caractérisé le profil des cytokines et des chimiokines sécrétées par les DCs stimulées par différents HAdVs, AMPs et les combinaisons qui en découlent. Enfin, nous avons constaté que l’opsonisation d’HAdV5 par les IgG accroît la capacité de capture antigénique des MoDCs (cellules dendritiques dérivées de monocytes) et induit la mort cellulaire par pyroptose. Je me suis donc concentrée sur les caractéristiques et la fonction des indir-DCs dans l’immunité contre les HAdVs. Afin de mieux comprendre les propriétés et les phénotypes des indir-DCs et DCs activés directement (dir-DCs), nous avons caractérisé leurs profils de maturation, les facteurs influençant cette maturation, et leur capacité fonctionnelle de recruter les leucocytes. Ainsi nous avons pu mettre en évidence que les dir-DCs empêchent le recrutement leucocytaire tandis que les indir-DCs favorisent la migration des monocytes. L’ensemble de ces données contribue à comprendre comment l'immunité pré-existante contre les HAdVs peut impacter l’efficacité des traitements contre les maladies HAdVs ainsi que la conception de vaccins. / Human adenoviruses (HAdV) generally cause mild infection in healthy host, but in immunocompromised and immunocompetent patients, they cause severe on lethal infections. HAdV vector are also commonly used for gene transfer and vaccination. We know that pre-existing immunity can protect from wild type infection and cause adverse effects during vector delivery including local and system inflammation. Following HAdV infection on vector use, inflammation leads to the recruitment of dendritic cells (DCs), monocyte and neutrophils. DCs have the unique ability to present antigens and activate T cells, that subsequently aid B cells to produce antibodies. In addition to their phagocytic activities, neutrophil-derived antimicrobial peptides (AMPs) play a central role in innate immunity. AMPs can kill invading microbes and/or activate various cell types. Here I studied the ex vivo interaction between host factor (anti-HAdV antibodies and AMPs) to HAdV in DCs and the role of indirect-activated DC (indir-DCs) in immune response. I characterized the profile of cytokines and chemokines of DC stimulated with different HAdV, AMPs and their combination. We recently found that IgG-oposonization of HAdV5 increase the update by MoDCs (monoctyes-derived dendritic cells) and induced pyroptotic cell death. I therefore focused on the characteristic and function of indir-DCs in anti-HAdV immunity. To better understand the properties and phenotypes of indir-DCs and direct-activated DCs (dir-DCs), we characterize their maturation profile, the factors influencing their maturation, and the functional ability to recruit leukocyte. We found that dir-DC prevent leucocyte recruitment while indir-DC increases monocyte migration. These data contribute to understand how the pre-existing immunity to HAdV impacts treatment for HAdV diseases and vaccine design.

Le génome humain contient environ 200 000 séquences d'origine rétrovirale (HERV), intégrées au fil de l'évolution et organisées aujourd'hui en familles multicopies complexes globalement réprimées par un contrôle épigénétique. L'étude du transcriptome HERV au niveau locus est compliquée par les similarités phylogénétiques au sein d'une famille et par la profusion des sites d'intégration, deux propriétés inhérentes aux éléments transposables. Dans ce travail, nous avons utilisé une méthode de conception de sondes de détection de 25 mer afin d'adresser la question de l'expression individuelle des HERV. Une puce à ADN haute densité intégrant plus de 5 500 séquences HERV et permettant une lecture fonctionnelle de l'activité de leurs LTRs a été utilisée sur un panel de tissus sains et cancéreux. Cela a permis d'identifier 1 718 séquences HERV actives, dont 326 LTRs promotrices et 209 LTRs polyA. L’étude de l’environnement génomique a mis en évidence une fenêtre d’environ 8 kb en amont des LTRs promotrices, caractérisée par une sous-représentation en gènes cellulaires en orientation sens. Nous avons également montré que le transcriptome des rétrovirus endogènes humains suit des règles de tropisme d’expression, qu’il est sensible aux états de différenciation cellulaire et qu’il ne semble pas être corrélé à l’âge des familles. Une première tentative d’exploitation de ce répertoire HERV dans un contexte clinique a visé à rechercher de nouveaux marqueurs diagnostiques du cancer de la prostate à partir de prélèvements urinaires, par la réalisation d’une étude pilote sur 45 patients / The human genome contains around 200,000 endogenous retroviral sequences (HERV) integrated during the evolution and which are nowadays organized into complex multicopy families, globally repressed by epigenetic control. The study of the HERV transcriptome at the locus level is complicated by phylogenetic similarities within one family and by the profusion of integration sites, two inherent characteristics of transposable elements. In this work, we used a method aiming to optimally characterize individual loci associated with 25 mer probes. A custom microarray dedicated to more than 5,500 HERV sequences and allowing a functional interpretation of the LTRs expression was used on a panel of normal and tumor tissues. We therefore identified 1,718 active HERV sequences, including 326 promoter LTRs and 209 polyA LTRs. The study of the genomic environment has highlighted an approximately 8 kb zone upstream of promoter LTRs characterized by a drastic reduction in sense cellular genes. We also showed that the HERV transcriptome follows tropism rules, is sensitive to the state of cell differentiation and, unexpectedly, seems not to correlate with the age of the families. In a first attempt to use the HERV repertoire in clinical, we sought to identify new markers of prostate cancer from urine samples. This goal was pursued by conducting a pilot study on 45 patients

La membrane plasmique est un assemblage supramoléculaire qui délimite la cellule. C’est une structure fine, complexe et dynamique assurant des fonctions multiples et vitales pour la cellule. Sa rupture est un évènement physiologique pour les cellules soumises à des stress mécaniques fréquents et/ou importants, comme les cellules épithéliales, les cellules endothéliales ou les cellules musculaires. Dans des conditions physiopathologiques, la membrane plasmique peut également être endommagée par l’insertion de toxines bactériennes formant des pores (PFTs, pour « pore forming toxins »). Le processus de réparation membranaire et la machinerie protéique associée sont encore mal connus. Connaître les partenaires protéiques et comprendre les mécanismes mis en jeu durant le processus de réparation de la membrane plasmique sont deux enjeux fondamentaux majeurs. En effet, il a été établi qu’une défaillance du processus de réparation membranaire pour les fibres musculaires est la cause principale de certaines dystrophies musculaires. La machinerie protéique de réparation comprend des protéines comme la dysferline, la cavéoline-3 et certaines Annexines (Anx). Les Anx appartiennent à une superfamille de protéines répandue chez la plupart des eucaryotes, qui ont la propriété commune de se lier aux membranes biologiques en présence de calcium (Ca2+). Certaines Anx, comme l’AnxA5, une fois liées aux membranes biologiques s’auto-assemblent spontanément en réseau-2D. Lors de ce travail de thèse, nous avons étudié le rôle de l’AnxA5 dans la réparation membranaire des trophoblastes placentaires et des cellules du muscle squelettique humain. Pour les deux types cellulaires, nous avons montré que l’AnxA5 est un acteur indispensable du processus de réparation membranaire dans le cas de ruptures mécaniques. En associant des approches de microscopie de fluorescence et de microscopie électronique à transmission (MET), nous avons mis en évidence que dans ces cellules, le mécanisme de réparation est principalement basé sur la formation d’un « patch » lipidique. Dans les cellules musculaires, les expériences de MET ont mis en évidence qu’un pool d’AnxA5 endogène se lie aux bords du site de rupture quelques secondes après la lésion du sarcolemme. Ceci suggère qu’après rupture de la membrane plasmique, l’augmentation locale de la concentration calcique intracellulaire provoque la liaison de l’AnxA5 spécifiquement aux bords de la région membranaire lésée où elle forme un réseau-2D. Le réseau-2D stabiliserait localement la membrane et préviendrait sa déchirure, induite par les forces de tensions exercées par le cytosquelette cortical. Nous avons également montré que l’AnxA5 ne semble pas impliquée dans la réparation de la membrane plasmique après insertion de PFTs. Ceci suggère que différents mécanismes de réparation existent et que leur mise en place dépend probablement du type ou de l’importance des dommages. Finalement nous avons étendu notre étude à des lignées cellulaires établies à partir de patients diagnostiqués comme souffrant de dystrophies des ceintures de type 2B (déficience en dysferline) et 1C (déficience en cavéoline-3), respectivement. Nous avons montré, pour ces lignées, que la déficience en dysferline ou cavéoline-3 provoque un défaut de réparation dans le cas des ruptures mécaniques de la membrane plasmique. Dans ces cellules musculaires pathologiques intactes ou endommagées, l’AnxA5 a le même comportement, ce qui suggère que l’action de l’AnxA5 est indépendante de ces protéines. A la différence des cellules déficientes en dysferline, nous avons observé que les cellules déficientes en cavéoline-3 sont capables de réparer efficacement des lésions créées par l’insertion de PFTs dans le sarcolemme. Ce résultat supporte l’hypothèse de l’existence de plusieurs mécanismes de réparation. En conclusion, ce travail montre que l’AnxA5 est un composant clé de la machinerie de réparation dans le cas des ruptures mécaniques. / Plasma membrane is the supramolecular assembly that delimits the cell. It is a thin, dynamic and complex structure, ensuring multiple and vital cell functions. Its disruption is a physiological event occurring in cells submitted to frequent mechanical stresses, such as endothelial cells, epithelial cells and muscle cells. It is also a physiological event for cells exposed to pore forming bacterial toxins (PFTs). Membrane repair mechanisms and associated protein machinery are still poorly understood. This knowledge is, however, essential for obvious physiopathological issues. Indeed, a defect of membrane repair in muscle cells leads to some muscular dystrophies. Membrane repair machinery includes proteins such as dysferlin, MG-53, caveolin-3 and some Annexins (Anx). Anx belong to a superfamily of proteins widely spread in most of eukaryotes, which share the property of binding to biological membranes in the presence of calcium (Ca2+). Here, we investigated the role of AnxA5 in cell membrane repair of human trophoblastic and skeletal muscle cells. We showed that AnxA5 is required for membrane repair of mechanical damages in the two cell types. By combining fluorescence and transmission electron microscopy approaches, we evidenced that membrane repair mechanism in these cells is based on the formation of a lipid “patch”. In human muscle cells, TEM experiments revealed that a pool of endogenous AnxA5 binds to the edges of the torn sarcolemma as soon as a few seconds after membrane disruption. Our results suggest the following mechanism: triggered by the local increase in Ca2+ concentration, AnxA5 molecules bind to PS exposed at the edges of the torn membrane, where they self-assemble into 2D arrays. The formation of 2D arrays strengthens the damaged sarcolemma, counteracts the tensions exerted by the cortical cytoskeleton and thus prevents the expansion of the tear. We showed also that a pool of endogenous AnxA5 binds to intracellular vesicles that obstruct the wounding site. It is likely these vesicles, once associated one to each other, ensure membrane resealing. Our results suggest that sarcolemma repair of damages caused by PFTs is independent of AnxA5. Therefore, different membrane repair mechanisms may exist, their occurrence probably depending on the type and/or the size of damages. Finally, we performed studies on muscle cells established from patients diagnosed with limb girdle muscular dystrophies type 2B (dysferlin-deficient) and 1C (caveolin-3-deficient), respectively. We found that dysferlin or caveolin-3 deficiency leads to a defect of membrane repair, in the case of mechanical damages. AnxA5 behaved similarly in these damaged cells and wild-type cells, suggesting that its function is independent of dysferlin or caveolin-3. Unlike dysferlin-deficient cells, damages created by PFTs are efficiently repaired in caveolin- 3-deficient cells. This result supports the hypothesis that different mechanisms occur in muscle cells, depending on the type of damage. In conclusion, this work indicates that AnxA5 is a key component of the membrane repair machinery, in the case of mechanical disruptions. Our results enable to propose a detailed mode of action for AnxA5.

Le sepsis est défini par l’apparition de dysfonctions d’organes, multiples et mortelles, causées par une réponse de l’hôte dérégulée suite à une infection. L’hétérogénéité de la maladie représente un défi clinique majeur au regard de la prise en charge thérapeutique, et à ce jour les marqueurs proposés ne suffisent pas à stratifier les patients. Les rétrovirus endogènes humains (HERV) pourraient être des marqueurs pertinents,compte tenu des propriétés immunosuppressives de leurs enveloppes et de leur expression dans des maladies inflammatoires et auto-immunes. Cette thèse a pour objectif de savoir dans quelle mesure les HERV sont exprimés et modulés, dans des conditions d’inflammation et d’immunosuppression. Pour cela,nous avons utilisé une puce à ADN haute densité permettant (i) l’analyse de la transcription de 363 689HERV et 1500 gènes, et (ii) une lecture fonctionnelle de l’activité des LTR. L’expression des HERV a été objectivée (i) dans un modèle ex-vivo de tolérance à l’endotoxine sur des cellules mononuclées du sang périphérique (PBMC) d’individus sains et (ii) sur sang total provenant d’individus sains et de patients en choc septique, stratifiés ou non en fonction du statut immunitaire. (1) De 5,6% à 6,9% des HERV sont exprimés dans le compartiment sanguin et environ 20% des LTR possèdent une fonction promotrice ou polyA, les deux fonctions étant mutuellement exclusives. (2) Le contenu du transcriptome HERV est modulé ex vivo dans le contexte de tolérance à l’endotoxine laissant apparaitre deux grands phénotypes transcriptionnels. L’expression de certains loci HERV est corrélée au statut immunitaire de patient septique.L’évaluation d’une signature moléculaire complexe sur une cohorte de validation, permet la séparation en deux groupes présentant des critères de sévérité distincts, suggérant les HERV/MaLR comme biomarqueurs de stratification. (3) L’analyse de la co-expression des gènes et des HERV a permis d’intégrer ceux-ci au sein de réseaux associées à la réponse de l’hôte et de proposer des hypothèses fonctionnelles. / Sepsis is defined as a life-threatening organ dysfunction caused by a dysregulated host response to infection.The heterogeneity of the disease present a major clinical challenge with regard to the therapeutic coverage,and this day the proposed markers are not enough to stratify patients. The human endogenous retrovirus(HERV) could be relevant markers, considering the immunosuppressives properties of their envelopes andtheir expression in inflammatory and autoimmune disease. The aim of this thesis is to know to what extentthe HERVs are expressed and modulated, in inflammatory and immunocompromised contexts. For this, weused a high density DNA chip allowing (i) the transcription analysis of 363,689 HERV and 1500 genes,and (ii) a functional reading of LTRs activities. The HERVs expression was objectified (i) in endotoxintolerance ex vivo model in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) of healthy volunteers and (ii) inwhole blood of healthy volunteers and septic shock patients, stratified or not according to immunity state.(1) Of 5,6% at 6,9% of HERVs are expressed in the blood compartment and around 20% of LTRs have apromoter or polyA function, both functions being mutually exclusive. (2) The HERV transcriptome ismodulated in ex vivo endotoxin tolerance model letting appear two higher transcriptional phenotypes. Theexpression of some HERVs loci are correlated of the immunity state of the septic shock patients. Theevaluation of molecular signature in validation cohort, allowed to separate in two patients groupspresenting different severity criteria, suggesting HERV/MaLR as biomarkers of stratification. (3) The coexpressedanalysis of genes and HERVs allowed to integrate these within signaling pathways associated atthe host immune response and to provide functional hypothesis.

Les récifs coralliens hébergent la plus grande biodiversité sur Terre et fournissent la nourriture, le revenu économique, la protection côtière et les valeurs culturelles pour des millions de personnes. L'accessibilité des écosystèmes via les réseaux routiers est un déterminant majeur de leurs conditions, les écosystèmes les plus accessibles étant les plus menacées. Longtemps, l’estimation de l'accessibilité par l’Homme s’est limitée à l'utilisation de la distance linéaire qui ignore l’irrégularité des côtes maritimes et les réseaux routiers, facteurs influençant le temps nécessaire pour atteindre les lieux de pêche. Cette thèse présente un double enjeu : (i) développer des indices d'accessibilité intégrant l’hétérogénéité du milieu marin pour quantifier les impacts humains sur les récifs ; (ii) évaluer l'importance de ces nouveaux indices, en interaction avec les mesures de protection, pour expliquer les variations de la biomasse de poissons. Dans un premier temps, j’ai caractérisé la proximité des hommes aux récifs, en tenant compte des surfaces rencontrées (routes, chemin, eau) qui influencent le temps de trajet jusqu’aux récifs. Le temps de trajet a permis de calculer un indice de gravité, défini comme la population humaine divisée par le temps de trajet au carré, pour évaluer le niveau de pression humaine de n'importe quel récif au monde. J'ai trouvé que le temps de trajet et la gravité sont des déterminants majeurs de la biomasse de poissons à l’échelle globale. Dans un second temps, trois applications utilisant ces nouveaux indices ont permis de montrer que (i) la gravité permet de révéler l’efficacité des actions de conservation : les réserves placées là où les impacts humains sont modérés à forts fournissent des gains de conservation élevés pour la biomasse de poissons, mais elles sont peu susceptibles de protéger les prédateurs supérieurs, qui sont uniquement présent dans les réserves soumises à de faibles impacts humains ; (ii) en utilisant un cas d'étude réalisé dans le Nord-Ouest de Madagascar, j'ai illustré comment la proximité du marché peut affecter les communautés de pêcheurs et, finalement, engendrer des changements dans l'exploitation des ressources marines ; (iii) j’ai développé une nouvelle approche, le Community-Wide Scan (CWS), pour identifier les espèces de poissons qui contribuent de manière significative à la biomasse et à la couverture corallienne des récifs de l’Indopacifique, celles-ci pouvant constituer des espèces cibles à protéger. Dans le contexte de changements globaux et de perte de biodiversité, la mesure d’accessibilité constitue un outil puissant et permet de relancer le défi de gestion durable et efficace des socio-écosystèmes coralliens. / Coral reefs have the greatest biodiversity of any ecosystem on the planet and support ecosystem goods and services to million people who depend directly on them for food, economic income, coastal protection and cultural values. Ecosystem accessibility, through road networks, is the main driver of their conditions, with the most accessible ecosystems being most at risk of resource depletion. To date, measuring accessibility to humans was strictly limited to examining the linear distance which ignores ragged coastlines and road networks that can affect the time required to reach fishing grounds. This thesis presents a double challenge: (i) developing new metrics of accessibility that account for seascape heterogeneity to better assess human impacts on coral reefs; (ii) evaluating the importance of coral reef accessibility, in interactions with their management, to explain variations of fish biomass. First, I developed novel metrics of reef proximity to human populations and markets based on the friction distance which is related to transport surfaces (paved road, dirt road, water) influencing the effective reach of human settlements. Travel time was used to build the gravity index, defined as human population divided by the squared travel time, to assess the level of human pressure on any reef of the world. I found that both travel time and gravity are strong predictors of fish biomass globally. Second, three applications using these new metrics highlighted that (i) gravity identified critical ecological trade-offs in conservation since reserves placed with moderate-to-high impacts may provide substantial conservation gains for fish biomass while reserve locations with low human impacts were more likely to support higher-order predation, (ii) using a study case in Northwest Madagascar, I illustrated how market proximity can affect fishermen communities and, ultimately, trigger changes in marine resources exploitation, and (iii) I implemented a new Community-Wide Scan (CWS) approach to identify fish species that significantly contribute to the biomass and coral cover on Indo-Pacific reefs and which provided tractable conservation targets. Within the context of global changes and biodiversity loss, the thesis challenges the sustainable and efficient management of coral reef socio-ecological systems with accessibility being the cornerstone.

Introduction : Depuis 2007, la vaccination contre les infections à papillomavirus humains (HPV) est recommandée en complément du dépistage du cancer du col utérin (CCU). Cependant, au vu de la faible couverture vaccinale en France, l’impact épidémiologique de la vaccination est discuté, ainsi que le choix de la population cible et les moyens déployés pour son adhésion à la recommandation. Cette thèse propose des données et des outils originaux pour l’évaluation et l’optimisation de l’impact de la vaccination HPV en France. Pour les aspects quantitatifs, une modélisation de la transmission de l’infection à HPV appuyée sur des données détaillées décrivant les partenariats sexuels dans la population générale est nécessaire. L’exploration du lien potentiel entre la participation au dépistage du CCU des femmes précaires et leur choix d’administrer le vaccin HPV à leurs filles, l’appréciation de l’acceptabilité de la vaccination à partir des réseaux sociaux, et l’évaluation médico-économique de la pertinence de l’extension de la vaccination aux hommes, sont déterminants pour parfaire le ciblage des populations à atteindre.Méthodes : Nous avons développé une plateforme de modélisation destinée à l'étude des contacts sexuels et de la dynamique de transmission des infections par les HPV à partir des données de l’enquête Contexte de la Sexualité en France. Grâce à des modèles de mélange de lois, nous avons identifié des classes latentes d’activité sexuelle, permettant de définir des profils à risque d’infections sexuellement transmissibles. Ensuite, nous avons interrogé les femmes consultant au sein du Centre de Prévention et d’Éducation pour la Santé de Lille, ayant au moins une fille éligible à la vaccination HPV, sur leurs attitudes vis-à-vis du dépistage du CCU et de la vaccination. Puis, nous avons analysé les opinions exprimées par les internautes sur le forum en ligne d’un site d’information en santé, concernant la sécurité, l’efficacité et la perception du vaccin HPV. Enfin, nous avons réalisé une revue systématique des études médico-économiques relatives à l’extension de la vaccination HPV aux hommes.Résultats : Les simulations sur la plateforme de modélisation ont permis de reproduire les données de prévalence des infections à HPV mais les résultats restent sensibles aux hypothèses sur les comportements sexuels qui présentent des incohérences entre les hommes et les femmes. Cinq classes latentes d’activité sexuelle ont été identifiées pour les hommes ainsi que pour les femmes. Le cluster correspondant au niveau d’activité sexuelle le plus élevé représente 3,3% chez les femmes et 4,8% chez les hommes. Par ailleurs, le statut vaccinal des filles ne diffère pas selon le profil de dépistage de leur mère. L’argument majoritairement rapporté par les mères pour justifier la non-vaccination de leurs filles concerne le manque d’information, surtout parmi celles qui ne se dépistent pas. De plus, les opinions négatives, exprimées sur le forum de discussion en ligne, sont passées de 28,6 % des avis exprimés en 2006 à 42,2 % en 2013. Les arguments avancés par les « anti-vaccinaux » concernent la sécurité du vaccin et la perception de la vaccination. Enfin, les modèles médico-économiques montrent que l’extension de la vaccination aux hommes est très rarement une stratégie coût-efficace. Néanmoins, la vaccination ciblée des homosexuels masculins semble être la stratégie optimale du point de vue éthique et médico-économique.Discussion : La plateforme de modélisation des contacts sexuels constitue le socle de l’évaluation de l’impact de la vaccination HPV. La surveillance des forums de discussion en ligne permet le monitoring de l’acceptabilité de la vaccination et le ciblage des actions d’information. L’optimisation de couverture vaccinale nécessite la mise en place d’un programme organisé de vaccination des jeunes filles. À défaut d’une implémentation en milieu scolaire, les centres de prévention offrent une alternative intéressante. / Introduction: Since 2007, prophylactic vaccination against human papillomavirus (HPV) has been recommended in addition to cervical screening in French women. However, given the low vaccine coverage in France, the epidemiological impact of the vaccination is debated, as well as the choice of the target population and the means to ensure compliance with the recommendation. This doctoral thesis provides original data and tools for the evaluation and the improvement of the impact of HPV vaccination in France. For quantitative aspects, modelling HPV transmission based on the best data describing sexual partnerships in the general population is essential. The investigation of potential links between participation to cervical screening of deprived women and their choice of vaccinating their daughters, the appraisal of vaccine acceptability through social media and the cost-effectiveness evaluation of the relevance of extending the HPV vaccination program to include males are key elements to improve the focus on targeted populations.Methods: We developed a modelling platform to study the dynamics of HPV transmission, using data from Social Context of Sexuality, the latest national French sexual behavior study. Using finite mixture models, we identified latent classes of sexual activity to define profiles of partner acquisition with age, likely to have different risks of sexually transmitted infections. Then, we asked women attending the Centre for Preventive Medicine and Health Education of Lille, who had at least a daughter eligible for HPV vaccination, about their attitudes towards cervical screening and HPV vaccination. Next, we explored sentiments about HPV vaccine safety, efficacy and perceptions, spontaneously expressed by web users on the online discussion forum of a French-speaking health information website. Finally, we performed a systematic review of the cost-effectiveness studies about extending HPV vaccination to include males.Results: Simulations from the modelling platform reproduced HPV infection prevalence observed in France. Nevertheless, results were sensitive to assumptions about sexual behavior, with discrepancies between men and women. Five latent classes of sexual activity were identified in men and in women. The cluster describing the highest level of sexual behavior represents 3.3% in women and 4.8% in men. Besides, daughters’ vaccination profile did not differ with their mothers’ profile of participation to cervical screening. The main reason for not vaccinating their daughters reported by mothers was lack of information, especially for those non-compliant with cervical screening recommendations. Moreover, negative sentiments, reported by the health website forum, evolved from 28.6% of total opinions in 2006 to 42.2% in 2013. The arguments expressed by “anti-vaccine” postings involved most often vaccine safety and negative vaccine perceptions. Finally, cost-effectiveness analyses show that extending the HPV vaccination program to include males is rarely found to be a cost-effective strategy. Nevertheless, the targeted vaccination of men having sex with men seems to be the best strategy from ethical and cost-effectiveness points of view.Discussion: The modelling platform of sexual contacts represents the basis of the evaluation of HPV vaccination impact. The surveillance of online forums enables the monitoring of vaccine acceptability and hence the targeting of preventive messages. Improving the HPV vaccine coverage requires offering girls and young women an organized vaccination program. In the lack of a school-based vaccination program, Centres for Preventive Medicine and Health Education offer an interesting alternative.

Le propos de ce travail de thèse est d’examiner le développement de la formation de catégories de visages, par l’étude des préférences visuelles des nourrissons dans la première année de vie. Nous avons cherché à préciser les mécanismes de formation des préférences visuelles en les intégrant dans le cadre théorique développé par Valentine (1991), le face-space. Nous avons proposé de lier ces préférences à la manière dont l’expérience perceptive des nourrissons avec différentes catégories de visages va structurer l’espace de représentation des visages. De manière générale, nous avons postulé que les nourrissons présenteront des préférences pour les visages proches de la tendance centrale (i.e., prototype) du face-space. Nous avons mis en évidence une tendance des nourrissons de 0 à 6 mois à présenter un biais pour des visages d’adultes par rapport à des visages de nourrissons (Etudes 1 et 2), les premiers correspondant à une catégorie de visages prépondérante de l’environnement des nourrissons, là où les seconds correspondent à une catégorie de visages peu rencontrée. Ce biais pour la familiarité s’est avéré disparaitre à 9 et 12 mois (Etude 3). Ces préférences liées à la familiarité pourraient être liées à une forme de fausse reconnaissance du visage des proches des nourrissons, issue de la surreprésentation de ces visages dans le quotidien des nourrissons. Ce pattern de préférences n’a en revanche pas été retrouvé lorsque des nourrissons de 3 à 12 mois ont été confrontés à des visages d’enfants ou de nourrissons (Etudes 4 et 5), les résultats montrant plutôt une préférence pour les visages les moins familiers, relativement à l’expérience des nourrissons. Nous avons ensuite étudié les capacités de catégorisation de nourrissons de 9 et 12 mois pour des visages de différentes catégories d’âges, i.e., adulte, enfant, nourrisson (Etude 6). Les nourrissons de 12 mois ont formé des catégories discrètes des visages d’adulte et de nourrissons d’une part, et d’enfants et de nourrissons d’autre part. Les nourrissons de 9 mois en revanche ont montré un pattern plus asymétrique en ce qu’ils ont formé une représentation des visages d’enfants excluant un nouveau visage de nourrisson, et une représentation des visages de nourrissons incluant un nouveau visage d’enfant. Les nourrissons ayant tous une expérience de la crèche, donc des visages de nourrissons, cette asymétrie pourrait être liée à une influence de la connaissance de cette catégorie de visage. Dans une dernière étude (Etude 7) nous avons cherché à montrer plus directement le lien entre préférences visuelles et proximité par rapport au prototype, chez des nourrissons humains de 12 mois et des nourrissons macaques de 3 mois (Macaca mulatta). La mise en évidence de préférences liées à la distance par rapport au prototype chez ces deux populations suggère la présence d’un mécanisme commun aux deux espèces conduisant à la formation de préférences visuelles pour les visages. / The purpose of this work is to examine of the development of face category formation using infants’ visual preferences. We investigated the mechanisms leading to differential face preferences by integrating them in the theoretical framework developed by Valentine (1991), the face-space. We proposed that the way perceptual experience shape the structure of the face-space is a determinant of infants’ face preferences. We postulated that faces close to the central tendency of the face-space (i.e., prototype) will be preferred. We first reported a bias to look more toward adult faces than infant faces from birth to 6 month of age (Studies 1 and 2). Adult faces correspond to a frequently encountered category while infant faces represent a less frequently encountered category. We also showed a downturn of this familiarity bias as infants grow older (Study 3). The preferences showed by younger infants might be linked to a form of false recognition of the caregivers’ faces, due to the massive exposure to these faces. This pattern of preferences was not found in 3-to 12-month-olds presented with child and infant faces (Studies 4 and 5). Conversely, infants showed a tendency to prefer the less familiar faces, depending on their perceptual experience. We then studied 9- and 12-month-olds’ abilities to form categories of faces differing by age, i.e., adult, child, and infant faces, (Study 6). Twelve-month-olds formed discrete categories of adult and infant faces in one hand, and of child and infants faces on the other hand. Nine month-olds showed an asymmetric pattern of behavior, forming categories of child faces that exclude a new infant face, and categories of infant faces that include a new child face. All these infants being exposed to infant faces via nursery, the asymmetry might stem from the influence of the knowledge of this category of faces. In the last study (Study 7), we tried to provide more direct evidences of the link between face preferences and the distance from the prototype in two different populations: 12-month-old human infants, and 3-month-old macaque infants (Macaca mulatta). Preferences for faces close to the prototype in both species suggest a common mechanism leading to face preferences.