L'épithélium intestinal est en constant renouvellement et les mécanismes qui contrôlent la prolifération y sont parfaitement orchestrés. Le facteur de transcription E2F4 est un régulateur clé de la transition G1/S, de la prolifération et de l'homéostasie des cellules épithéliales intestinales. Contrairement à E2F1, la localisation cellulaire d'E2F4 varie en fonction de l'état prolifératif des cellules : il est exprimé majoritairement au cytoplasme des cellules quiescentes ou différenciées et au noyau des cellules prolifératives. Dans cette thèse, les mécanismes de contrôle de la localisation d'E2F4, de sa phosphorylation et de son expression, de même que les mécanismes qui contrôlent l'entrée en phase S des cellules épithéliales intestinales normales humaines (HIEC) ont été analysés. Nos résultats démontrent que l'activation de la signalisation MEK/ERK par le sérum est requise pour la translocation nucléaire d'E2F4 et la transition G 1/S des HIEC. Par contre, la stimulation du sentier MEK/ERK par l'EGF n'est pas suffisante à induire ces événements: l'inhibition concomitante des GSK3?/? ou des p38?/? est aussi requise. En effet, la combinaison de l'EGF ou du FGF9 avec un inhibiteur pharmacologique des GSK3 entraîne la translocation nucléaire d'E2F4 et l'entrée en phase S. De manière analogue, l'inhibition des p38 en combinaison avec l'EGF cause aussi la translocation nucléaire d'E2F4 et l'entrée en phase S des HIEC. Par ailleurs, l'activation des IKK?/? semble aussi requise pour la translocation nucléaire d'E2F4 et la transition G1/S des HIEC induites par le sérum. Ensuite, nos résultats indiquent qu'E2F4 est rapidement phosphorylé suivant la stimulation par le sérum de manière dépendante du sentier MEK/ERK. Ainsi, des essais kinases in vitro démontrent qu'ERK1 phosphoryle efficacement E2F4, potentiellement sur les S244 et S384. Nos résultats suggèrent aussi que GSK3? interagit avec E2F4, principalement dans les cellules quiescentes, et pourrait alors le phosphoryler. Par ailleurs, E2F4 est phosphorylé, surexprimé et localisé au noyau des adénomes colorectaux humains. De plus, les mutants d'E2F4 retrouvés dans les cancers colorectaux avec instabilité des microsatellites, E2F4(Ser) 12 et E2F4(Ser)14 , sont plus fortement exprimés en raison d'une stabilité accrue et ont une meilleure activité transcriptionnelle. Nous démontrons aussi l'existence de 2 formes principales du partenaire d'interaction d'E2F4, DP-2, exprimées dans les HIEC: DP-2 40 , dont l'expression augmente avec l'entrée en phase S et DP-266 , dont l'expression diminue. De plus, DP-2 40 est surexprimée dans les cancers colorectaux humains et pourrait alors y favoriser la localisation nucléaire d'E2F4. En conclusion, nous avons identifié des mécanismes de régulation du facteur de transcription E2F4 et de l'entrée en phase S des HIEC. Cependant, ces mécanismes sont altérés lors de la carcinogenèse. D'ailleurs, la surexpression et la localisation aberrante d'E2F4 de même que la surexpression de DP-2 40 dans les cancers colorectaux pourraient contribuer à l'hyperprolifération et à la formation de cancers dans le côlon et le rectum. [symboles non conformes]

Déoxynivalenol (DON) et nivalénol (NIV), fusariotoxines majeures des céréréales peuvent endommager l'intestin. Les effets de DON et NIV sur la muqueuse intestinale ont été étudiés chez le porc, après exposition aigüe d'explants jéjunaux après 4 heures (0 à 10 µM), d'anses jéjunales après 4 et 24 heures (0 à 10 µM), et après exposition d'animaux pendant 28 jours, à des aliments naturellement contaminés. Ex vivo sur les explants, des modifications histologiques dose-dépendantes ont été induites. In vivo, la diminution du nombre de cellules villositaires en prolifération a été concordante pour les anses jejunales et chez les animaux, atteignant, pour DON et NIV respectivement, 13 et 30% après 4h, et après 24 heures 35% et 40%, à 10 µM. Dans les anses, l'apoptose a été induite au niveau des villosités à 10µM de DON et de NIV. Après 24 heures, le nombre d'entérocytes apoptotiques a augmenté de façon dose dépendante avec DON, NIV, et DON+NIV (1:1), et l'analyse d'interaction a montré une synergie pour ce paramètre / Deoxynivalenol (DON) and nivalenol (NIV), major fusariotoxins and worldwide cereal contaminants, raise concerns for intestinal health. The impact of DON and NIV on pig intestinal mucosa was investigated after acute exposure on jejunal explants after 4 hours (0 to 10 µM), on jejunal loops after 4 hours and 24 hours (0 to 10 µM), and after 28-day natural contamination feeding of animals. On explants, dose-dependent increases in the histological changes were induced. The decrease in the overall proliferative villus cells was concordant between animal experiment and loops, reaching after 4 hours in loops 13% and 30%, and after 24 hours 35 and 40 % for DON and NIV respectively, at 10 µM. In loops, villus apoptosis increased after DON and NIV at 10 µM. After 24 hours, apoptotic enterocytes increased dose-dependently by DON, NIV, or the combination DON+NIV (1:1). The interaction analysis showed synergism between DON and NIV for villus enterocyte apoptosis

Le testicule des mammifères possède deux fonctions majeures : la production des spermatozoïdes et la synthèse des androgènes. Le maintien et la régulation de cette fonction sont sous le contrôle des facteurs endocrines et paracrines, mais sont aussi liés à l’homéostasie des lipides, notamment le cholestérol. Les récepteurs nucléaires des oxystérols (LXRs) sont des facteurs de transcription appartenant à la superfamille des récepteurs nucléaires. Les LXRs sont exprimés dans le tractus génital mâle et les testicules et leurs ligands y sont présents à des concentrations physiologiquement actives. Dans ces organes, ces récepteurs régulent l’homéostasie du cholestérol, un précurseur indispensable pour la synthèse des stéroïdes testiculaires. Ils contrôlent aussi les différentes étapes de la stéroïdogenèse en régulant les enzymes de la stéroïdogenèse. Enfin, leur rôle dans la balance prolifération/apoptose des cellules germinales est éminent. On assiste depuis les dernières décennies à une augmentation des anomalies de la différenciation de l’appareil génital mâle (hypospadias, cryptorchidisme) et du cancer du testicule, ainsi qu’à une diminution quantitative et qualitative de la production de spermatozoïdes. Il a été proposé que ces anomalies aient pour origine une perturbation du développement du testicule pendant la vie foetale. Des arguments écologiques, expérimentaux et cliniques laissent supposer que ces troubles résultent, au moins en partie, de l’augmentation du nombre et de la concentration des perturbateurs endocriniens dans l’environnement et dans la nourriture. Ainsi, les xénoestrogènes comme le diéthylstilbestrol (DES), agissent sur les récepteurs des oestrogènes en provoquant des effets néfastes sur la fonction de reproduction masculine. Le but de ce travail a été d’évaluer l’effet postnatal du DES sur la fonction de reproduction chez la souris mâle. Pour pouvoir comprendre l’intervention des LXRs, nous avons choisi d’étudier cet effet chez les souris KO pour les deux isoformes de ces récepteurs nucléaires (lxrαβ-/-). Ce modèle doit nous permettre d’identifier si les effets délétères du DES sur le testicule passent par lxrαβ et d’identifier plus précisément les mécanismes mis en jeu. Nous avons pu montrer que le DES provoque la perturbation de la stéroïdogenèse en diminuant les transcrits de la plupart des gènes stéroïdogéniques (StAR, Cyp11A1, Cyp17a1). Les analyses histologiques montrent que le DES altère la balance prolifération/apoptose quel que soit le génotype, indiquant la perturbation des spermatogonies pré- et post-méiotiques. Nous avons pu montrer également que l’effet du DES sur le phénotype lxrαβ-/- est plus accentué, suggérant un effet protecteur des LXRs in vivo contre l’effet délétère du diéthylstilbestrol. / The mammalian testis has two major functions, sperm production, and synthesis of androgens. The maintenance and regulation of those two functions are under the control of endocrine and paracrine factors, but are also related to lipid homeostasis, including cholesterol. The nuclear oxysterol receptors (LXRs) are transcription factors belonging to the superfamily of nuclear receptors. The LXRs are expressed in the male genital tract and testis, and their ligands are active at physiological concentrations. In these organs, these receptors regulate cholesterol homeostasis, a precursor essential for the synthesis of testicular steroids. They also control the different steps of steroidogenesis by regulating the enzymes of steroidogenesis. In the end, their role in the balance proliferation / apoptosis of germ cells is prominent. In recent decades, there has been an increase in abnormal differentiation of the male genital tract (hypospadias, cryptorchidism) and testicular cancer, as well as a decrease in quantity and quality of sperm production. It was proposed that these abnormalities originate from a disturbance of testicular development during fetal life. Environmental, experimental and clinical arguments suggest that these disorders result, at least in part, to the increased number and concentration of endocrine disruptors in the environment and in food. Thus, xenoestrogens such as diethylstilbestrol (DES) act on the estrogen receptors, causing adverse effects on male reproductive function. The aim of this study was to assess the effect of DES on postnatal reproductive function in male mice. To understand the involvement of nuclear oxysterol receptors, we chose to study this effect in LXRαβ-null mice (lxrαβ-/-). This model should allow us to determine whether the deleterious effects of DES on testis go through lxrαβ and to identify more precisely the mechanisms involved. We have shown that DES causes disruption of steroidogenesis by decreasing transcripts of most steroidogenic genes (StAR, CYP11A1 and Cyp17a1). The histological analysis showed that DES alters the proliferation / apoptosis ratio whatever the genotype, indicating the disruption of pre-and post-meiotic spermatogonia. We have also shown that the effect of DES on the phenotype lxrαβ-/- is more pronounced, suggesting a protective effect of LXRs in vivo against the deleterious effect of diethylstilbestrol.

L’athérosclérose est une pathologie chronique inflammatoire qui résulte du dérèglement d’une réaction inflammatoire non résolue ayant pour but initial d’éliminer l’accumulation excessive de lipides au niveau de l’intima. Cette élimination est exercée par les monocytes/macrophages, dont l’infiltration et l’accumulation au niveau des lésions contribue à l’inflammation chronique locale.SR-BI est un récepteur scavenger multi-fonction capable de reconnaître un large spectre de ligands allant des lipoprotéines natives et modifiées jusqu’aux endotoxines. Outre de jouer un rôle crucial dans l’homéostasie du cholestérol dans le foie, est considéré comme un PRR capable d’être impliqué dans l’immunité inné. Un nombre croissant de données suggère un rôle athéro-protecteur de SR-BI dans les cellules dérivées de la moelle osseuse et notamment dans les macrophages. La contribution de SR-BI dans les macrophages au cours de l’athérosclérose et l’identification des mécanismes sous-jacents ne sont pas élucidées. Nous avons démontré que la délétion de SR-BI dans les macrophages entraîne une accélération du développement de l’athérosclérose et une augmentation de la cellularité au sein des lésions en absence d’effet sur la cholestérolémie. Ces effets athéro-protecteurs peuvent être attribués à une diminution de l’apoptose et à une augmentation de la prolifération cellulaire au sein des plaques.Nos données suggèrent également que la diminution de la susceptibilité à l’apoptose des macrophages déficients en SR-BI pourrait impliquer la voie d’activation P38. En parallèle de cette étude, le rôle de SR-BI dans la réponse inflammatoire a été exploré dans des conditions d’endotoxémie. / Atherosclerosis is a chronic inflammatory pathology which results from an uncontrolled inflammatory reaction secondary to an abnormal accumulation of lipids in the intima. The lipid clearance is performed by monocytes/macrophages. Their infiltration and accumulation in lesions contribute/ enhance the chronic local inflammation. SR-BI is a multifunction scavenger receptor capable of recognizing and binding a large spectrum of ligands from native and modified lipoproteins to endotoxins. Besides its crucial role in cholesterol homeostasis in the liver, SR-BI is also described as a PRR. An increasing number of data suggests that SR-BI exerts an atheroprotective role in bone marrow-derived cells and in particular macrophages.The specific contribution of SR-BI in macrophages in atherosclerosis development and the identification of the underlying mechanisms have yet to be elucidated.We have demonstrated that SR-BI deletion in macrophages increases atherosclerosis development and lesion cellularity without affecting cholesterolemia. These atheroprotective effects could be explained by decreased apoptosis and increased cell proliferation in plaques.Our data also suggest that the decrease in apoptosis sensitivity in SR-BI deficient macrophages could involve the P38 MAPK and STAT1 signaling pathways.In parallel to this study, the role of SR-BI in the inflammatory response has also been explored in endotoxemia and sepsis.

Sox9 est un facteur de transcription exprimé au cours du développement de l'intestin et son expression est maintenue à l'âge adulte dans trois populations cellulaires : les cellules souches, les cellules de Paneth, et les cellules tuft. L'inactivation de Sox9 dans l'épithélium intestinal embryonnaire entraîne, chez l'adulte, une hyperplasie des cryptes ainsi que l'absence de cellules de Paneth. Ce projet de thèse vise à déterminer le rôle de Sox9 dans les cellules de Paneth (dont la fonction est altérée chez les patients atteints de la maladie de Crohn), à identifier les mécanismes par lesquels Sox9 régule la prolifération et à proposer des cibles de Sox9 dans les cellules tuft. À l'aide de modèles murins d'inactivation de Sox9 au niveau de l'épithélium intestinal adulte, nous avons montré que la perte de ce facteur conduit à une augmentation de la prolifération dans les cryptes, confirmant ainsi que Sox9 régule négativement ce processus. Nos résultats indiquent que Sox9 est essentiel au maintien de l'identité des cellules de Paneth et nous proposons qu'il assure cette fonction en réprimant des gènes requis pour la différenciation des cellules de Goblet : Muc2 et Klf4. La perte de Sox9 dans les cellules de Paneth s'accompagne d'une réduction importante des molécules antimicrobiennes, ce qui entraîne une dysbiose intestinale. Dans un environnement spécifique (en présence du « mouse norovirus »), les souris déficientes en Sox9 présentent une perméabilité intestinale augmentée et une susceptibilité à l'inflammation accrue. Les dysfonctionnements des réponses antimicrobiennes et immunitaires dans notre modèle sont comparables à ceux observés chez les patients atteints de la maladie de Crohn, suggérant une implication potentielle de Sox9 dans cette pathologie. De plus, ces altérations pourraient expliquer l'augmentation de l'apparition des tumeurs observée chez les souris dont l'épithélium intestinal est déficient en Sox9, dans le contexte d'une mutation du gène suppresseur de tumeur Apc. Enfin, nous avons identifié des gènes potentiellement régulés par Sox9 qui pourraient expliquer son rôle dans le contrôle de la prolifération. Ces découvertes seront importantes pour mieux comprendre le processus du renouvellement de l'épithélium intestinal et identifier précisément le rôle de Sox9 dans le maintien de l'homéostasie et au cours du processus de la tumorigenèse intestinale. / Sox9 is a transcription factor expressed during the intestinal development and its expression is maintained throughout adult age in at least three populations of cells: stem cells, Paneth cells and tuft cells. Sox9 inactivation in the embryonic intestinal epithelium leads to crypts hyperplasia and to the loss of the Paneth cell lineage. The aim of this project is to determine Sox9 function in the adult intestinal epithelium, especially its role in Paneth cells (which function is altered in patients affected by inflammatory diseases such as Crohn disease), to identify how Sox9 controls proliferation and to propose molecular targets of Sox9 in tuft cells. Using mice models to inactivate Sox9 in adult intestinal epithelium, we could show that Sox9 is required to limit proliferation in the crypts, thus validating the hypothesis that Sox9 regulates negatively proliferation. Our results indicate that Sox9 is essential to maintain Paneth cells identity and we proposed that it ensures this function by repressing genes specific for Goblet cells differentiation: Muc2 and Klf4. Loss of Sox9 in Paneth cells is associated with a reduction of antimicrobial molecules which causes intestinal dysbiosis. In a specific environment (in presence of the « mouse norovirus »), Sox9-deficient mice have a defective intestinal permeability and are more susceptible to inflammation. The dysfunctions of the mucosal defences and of immunity responses in our model resemble those observed in Crohn patients, thus suggesting a potential implication of Sox9 in this pathology. In addition, these alterations could be responsible for the increased susceptibility of our deficient model to develop tumors in the context of a mutation of the tumor suppressor gene Apc. We started to unravel potential molecular targets of Sox9 that are involved in the control of proliferation, that will be important to better understand Sox9 function in the intestinal epithelium self-renewal and to identify precisely Sox9 function to maintain homeostasis and during intestinal tumorigenesis.

Le nombre de lymphocytes T (LT) présents dans l’organisme est contrôlé de manière étroite et maintenu constant. En réponse à une chute de ce nombre, par exemple suite à une infection, un traitement de chimiothérapie ou lors d’une greffe de moelle osseuse, les LT résiduels ou transférés se divisent activement et repeuplent les compartiments lymphoïdes, rétablissant ainsi un nombre «normal» de cellules immunes périphériques. Ce processus, appelé prolifération homéostatique, est soutenu par l’IL-7 ainsi que les signaux TCR et mène à la génération de LT effecteurs/mémoire. Ces cellules effectrices/mémoire peuvent favoriser le développement d’une réponse anti-tumorale mais sont aussi impliquées dans le développement de maladies auto-immunes et inflammatoires.Des changements métaboliques sont étroitement liés à la différenciation et aux fonctions des LT. De plus, un nombre grandissant de données suggère qu’une modulation du métabolisme permet d’influencer le cours d’une réponse immune. L’AMP-activated protein kinase (AMPK) est un senseurmajeur du stress métabolique qui régule l’homéostasie des mitochondries, la glycolyse et l’équilibre rédox. Si l’AMPK est activée lors de la stimulation du TCR, son implication dans la biologie des LT reste confuse.Au cours de cette thèse, nous avons entrepris une série d’expériences afin d’évaluer le rôle de l’AMPK sur la biologie des LT et plus particulièrement au cours de leur prolifération homéostatique. Grâce à différents modèles in vivo et in vitro, nous avons montré que l’AMPK, bien que dispensable pour les étapes précoces de l’activation du TCR, est requise pour soutenir la viabilité et l’expansion des LT au cours de proliférations de longues durées. L’AMPK promeut l’accumulation de LT effecteurs/ mémoire au cours d’une prolifération homéostatique. En accord avec ces données, la transplantation de LT AMPK-KO dans un hôte allogénique conduit au développement d’une réaction du greffon contre l’hôte de moindre gravité.D’un point de vue métabolique, l’AMPK soutient le potentiel de membrane mitochondrial, permet une plus grande flexibilité métabolique, limite la production de dérivés toxiques de l’oxygène (ROS) et protège les LT contre le stress oxydant. En outre, la neutralisation des ROS par un traitement antioxydant restaure partiellement la prolifération des LT AMPK-KO.Nos données suggèrent qu’en limitant l’accumulation de dégâts mitochondriaux et oxydatifs au cours de cycles de divisions prolongées, l’AMPK soutient la viabilité, la prolifération et les fonctions effectrices des LT. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Le récepteur Sigma 1 (SigR1) est une protéine transmembranaire du RE, enrichie dans les MAMs, qui agirait comme une chaperonne. Ubiquitaire, SigR1 est très exprimé dans le système nerveux central (SNC) et le foie. Dans le SNC, SigR1 est impliqué dans un grand nombre de maladies neurodégénératives mais aussi dans le mécanisme de la douleur et dans la dépression. SigR1 est aussi impliqué dans les cancers. Il est surexprimé dans de nombreuses tumeurs cancéreuses et particulièrement dans les tumeurs hormonodépendantes dans lesquelles son expression est corrélée au statut hormonal de la tumeur. Malgré sa très forte expression dans le foie, son rôle y est inconnu. Dans l’objectif de déterminer le rôle de SigR1 dans le foie nous étudions son expression dans les différents types de tumeurs hépatiques. SigR1 est significativement surexprimé dans les adénomes hépatocellulaires (HCA) et particulièrement le sous-type muté pour le gène HNF1α, les H-HCA. Les H-HCA sont des tumeurs hépatiques bénignes stéatosées majoritairement observées chez des femmes jeunes prenant des contraceptifs oraux (œstrogènes). Quelles sont les causes et les conséquences de cette surexpression dans les hépatocytes ? En utilisant des modèles cellulaires hépatocytaires (HepG2 et Huh7) et des souris KO pour le gène HNF1α nous mettons en évidence les résultats suivants. Les œstrogènes induisent l’expression de SigR1 via son récepteur nucléaire ERα. De même, l’inhibition d’HNF1α induit une surexpression de SigR1. Cette surexpression entraine une prolifération et une stéatose des hépatocytes, correspondant au phénotype des patientes atteintes de H-HCAs. / Sigma 1 receptor (SigR1) is a transmembrane protein of the RE, enriched in the MAMs, which would act like a chaperone. Although ubiquitous, SigR1 is especially expressed in the central nervous system (CNS) and the liver. In the CNS, SigR1 has been linked to neurodegenerative diseases and also pain and depression. SigR1 is also involved in cancer. SigR1 is overexpressed in many cancer tumors and especially in hormone dependent tumors where its expression is correlated to the hormonal status of the tumor. Although SigR1 is highly expressed in the liver, its role in this organ is unknown. Aiming at finding the role of this protein in the liver we analyze its expression in several liver tumors. SigR1 is significantly overexpressed in hepatocellular adenomas mutated for HNF1α gene, H-HCA. H-HCA are benign liver tumors with marked steatosis. They are mostly found in women taking oral contraceptives (estrogens). Why is SigR1 overexpressed in H-HCA ans what are the consequences of this overexpression? Using hepatocyte cellular models (HepG2 and Huh7) and mice that are KO for HNF1α gene, we found the following results. Estrogens induce the expression of SigR1 through its nuclear receptor ERα. HNF1α inhibition also induces its expression. This overexpression leads to an increase of the cell proliferation rate and steatosis. These effects resume H-HCA patients’ phenotype.

La thèse de doctorat porte sur la physique des neutrinos de réacteurs. L'étude de plus en plus précise des spectres d'antineutrinos des réacteurs a mis à jour une déviation entre la prédiction et les mesures qui pourrait indiquer l'existence d'un nouveau neutrino, non couplé avec l'interaction faible (un neutrino stérile) et de masse autour de 1 ₑV/c². L'expérience STEREO vise à tester l'hypothèse du neutrino stérile auprès du réacteur ILL de Grenoble. Le principe de STEREO repose sur 6 cellules de détection identiques disposées entre 9 et 11.5 m de distance du cœur du réacteur de recherche de l'ILL. Le détecteur a commencé la prise de données en novembre 2016, et les premiers résultats ont été publiés dès 2018. Le travail effectué pendant la thèse a consisté dans un premier temps à caractériser la réponse en énergie du détecteur. Pendant la première phase de prise de données, des défaillances matérielles se sont manifestées entrainant le découplage optique d'une cellule et une augmentation progressive des fuites de lumière entre cellules. Ces deux aspects ont contraint l'analyse de données à développer un algorithme de reconstruction des dépôts d'énergie qui corrige les fuites lumières au premier ordre. Un important travail sur la mesure des paramètres de cette méthode a été entrepris afin d'assurer que l'échelle en énergie soit bien reproduite dans la simulation GEANT4. L'estimation des incertitudes systématiques sur l'échelle en énergie a été effectuée en se servant des bruits de fond cosmogéniques. Le second aspect majeur abordé pendant la thèse est l'analyse statistique et la génération des contours d'exclusion de l'hypothèse du neutrino stérile. La déduction statistique a été conduite en s'inspirant de la méthode de Feldman et Cousins (1999) sur la génération d'intervalles de confiance fréquentistes. Un formalise en X² a spécialement été développé pour mener une analyse d'oscillations indépendante des prédictions de flux et de forme des spectres antineutrinos. Les erreurs statistiques et systématiques ont été propagées à l'aide de matrices de covariance et les lois de X² ont été calculées en générant des pseudo-expériences. L'ensemble des travaux menés pendant cette thèse de doctorat a contribué à la publication de trois papiers présentant les résultats de l'expérience STEREO. / The doctoral thesis focuses on the physics of reactor neutrinos. The increasingly precise study of antineutrinos spectra from reactors has revealed a deviation between the prediction and the measurements, which could indicate the existence of a new neutrino. This new neutrino state would not couple with the weak interaction (a sterile neutrino) and its mass would be around 1 ₑV/c². The STEREO experiment aims at testing the sterile neutrino hypothesis at the ILL reactor in Grenoble-France. The principle of the STEREO experiment is based on 6 identical detector cells aligned between 9 and 11.5 m distance from the core of the ILL research reactor. The detector started taking data in November 2016, and the first results were published in 2018. The work carried out during the thesis initially consisted in characterizing the detector's energy response. During the first phase of data taking, hardware failures occurred leading to the optical decoupling of a cell and a gradual increase in light cross-talk between cells. These two aspects have compelled data analysis to develop a dedicated energy deposit reconstruction algorithm that corrects first-order light leaks using a matrix formalism. Significant work on the measurement of the parameters of this method was undertaken to ensure that the energy scale was well reproduced in the GEANT4 simulation. The estimation of systematic uncertainties on the energy scale was performed using cosmogenic background events. The second major aspect addressed during the thesis is the statistical analysis and generation of exclusion contours of the sterile neutrino hypothesis. The statistical inference was built using the Feldman and Cousins (1999) method by generating frequentist confidence intervals. A formalization in X² has been specially developed to conduct the oscillation analysis independently of any flux or shape prediction of the antineutrino spectra. Statistical and systematic errors were propagated using covariance matrices and X² laws were constructed by generating pseudo-experiments. All the work carried out during this doctoral thesis contributed to the publication of three papers presenting the results of the STEREO experiment.

Les cellules microgliales, sont les macrophages résidents du système nerveux central (SNC), et sont issues principalement des macrophages du sac vitellin, générés dès les premiers stades du développement embryonnaire. À leur arrivée dans le SNC, ces cellules subissent une phase de prolifération massive, permettant l'établissement de la population microgliale et la colonisation du SNC. Cette phase de prolifération revêt une importance capitale pour le processus de développement normal du cerveau, car les cellules microgliales interviennent dans la régulation de divers processus neurodéveloppementaux. Après cette phase de prolifération, une densité stable de cellules microgliales est atteinte, et est maintenue tout au long de la vie adulte grâce à un faible taux de prolifération qui favorise le renouvellement de la population. De plus, la prolifération des cellules microgliales constitue également un élément central dans la réponse du SNC face aux infections, aux traumatismes, et à la neurodégénérescence. Dans ces contextes de neuroinflamamtion, l'activationmicrogliale est accompagnée par l'expansion de la population microgliale, principalement par la prolifération de ces cellules. Cette expansion microgliale a pour but d'assurer un nombre suffisant de cellules pour protéger et restaurer l'homéostasie du SNC. La prolifération microgliale est donc une composante importante du développement du SNC et de la réponse immunitaire, ce qui en fait un processus complexe finement orchestré par une cascade d'événements transcriptionnels régissant l'expression ou la suppression de gènes spécifiques. Effectivement, la régulation transcriptionnelle est influencée par une variété de facteurs, incluant des molécules régulatrices qui déclenchent l'activation de différentes voies de signalisation essentielles, qui coordonnent l'activité de plusieurs facteurs de transcription nécessaires à la prolifération. De plus, la régulation de la transcription est également conditionnée par des interactions complexes entre les facteurs de transcription et les éléments régulateurs de la transcription, les promoteurs et les éléments amplificateurs. Cependant, malgré les progrès réalisés, notre compréhension des mécanismes qui régulent la prolifération des cellules microgliales au niveau transcriptionnel reste largement incomplète. Ainsi, il est essentiel de définir une signature génique spécifique des cellules microgliales en phase de prolifération et de déterminer les programmes d'expression génique qui coordonnent cette prolifération dans divers contextes physiologiques et pathologiques. En outre, il est important d'identifier les facteurs de transcription responsables de la coordination de ces programmes transcriptionnels et de caractériser leurs interactions avec les éléments régulateurs de la transcription. Nous avons donc analysé la prolifération des cellules microgliales pendant le développement postnatal et dans un modèle de déplétion-repopulation microgliale. Cette analyse nous a permis de mettre en évidence l'existence d'un programme transcriptionnel essentiel pour une prolifération efficace des cellules microgliales. Ce programme s'intègre à divers autres programmes transcriptionnels actifs dans un contexte spécifique, et est influencé par le microenvironnement cérébral. Par ailleurs, nous avons identifié deux mécanismes distincts de la régulation transcriptionnelle de la prolifération : le premier induit une augmentation de l'expression des gènes déjà présents dans les cellules microgliales non prolifératives (gènes C1), tandis que le second favorise l'expression de nouveaux gènes associés aux différentes phases du cycle cellulaire (gènes C2). Ces mécanismes sont régulés par une combinaison de facteurs de transcription généraux et spécifiques. Enfin, il a été déterminé que la régulation de l'expression génique pendant la prolifération microgliale est principalement axée sur les promoteurs, avec une contribution moindre des éléments amplificateurs de la transcription. / Microglial cells are the resident macrophages of the central nervous system (CNS) and primarily originate from yolk sac macrophages, generated in theearly stages of embryonic development. Upon their arrival in the CNS, these cells undergo a phase of massive proliferation, allowing for the establishment of the microglial population and colonization of the CNS. This proliferation phase is of crucial importance for the normal brain development process, as microglial cells play a role in regulating various neurodevelopmental processes. Following this proliferation phase, a stable density of microglial cells is achieved and maintained throughout adulthood due to a low proliferation rate that promotes population renewal. Moreover, the proliferation of microglial cells also constitutes a central element in the CNS response to infections, injuries, and neurodegeneration. In these contexts of neuroinflammation, microglial activation is accompanied by the expansion of the microglial population, primarily through the proliferation of these cells. This microglial expansion aims to ensure enough cells to protect and restore CNS homeostasis. Therefore, microglial proliferation is an important component of CNS development and immune response, orchestrated by a cascade of transcriptional events governing the expression or suppression of specific genes. Transcriptional regulation is influenced by various factors, including regulatory molecules that trigger the activation of different essential signalling pathways, coordinating the activity of several transcription factors necessary for proliferation. Additionally, transcriptional regulation is conditioned by complex interactions between transcription factors and regulatory elements such as promoters and enhancers. However, despite progress, our understanding of the mechanisms regulating microglial cell proliferation at the transcriptional level remains incomplete. Thus, it is essential to define a specific gene signature of proliferating microglial cells and determine the gene expression programs coordinating this proliferation in various physiological and pathological contexts. Additionally, it is important to identify the transcription factors responsible for coordinating these transcriptional programs and characterize their interactions with transcriptional regulatory elements. Therefore, we analyzed the proliferation of microglial cells during postnatal development and in a microglial depletion-repopulation model. This analysis revealed the existence of an essential transcriptional program for efficient microglial cell proliferation. This program integrates with various other transcriptional programs active in specific contexts and is influenced by the cerebral microenvironment. Moreover, we identified two distinct mechanisms of transcriptional regulation of proliferation: the first induce an increase in the expression of genes already present in non-proliferative microglial cells (C1 genes), while the second promotes the expression of new genes associated with different phases of the cell cycle (C2 genes). These mechanisms are regulated by a combination of general and specific transcription factors. Finally, it was determined that the regulation of gene expression during microglial proliferation primarily focuses on promoters, with a lesser contribution from transcriptional enhancers.

Le cancer de la prostate est un enjeu de santé publique majeur au Canada où il constitue la troisième cause de décès liée au cancer. Bien que les premiers stades de la maladie puissent être traités efficacement, les stades plus avancés restent difficiles à soigner. Face à ce problème majeur, le présent projet de recherche s'est intéressé au potentiel thérapeutique des activateurs de FXR (CDCA et GW4064). Dans les cellules cancéreuses LAPC-4, nous avons mis en évidence leur capacité à 1) bloquer le cycle cellulaire en phase Gl grâce à la répression de gènes du cycle cellulaire; 2) provoquer l'apoptose caspase-dépendante et 3) réprimer la transcription du récepteur aux androgènes. Bien qu'ils augmentaient la prolifération dans une autre lignée cancéreuse (LNCaP), ils diminuaient l'effet pro-prolifératif des androgènes. Ces résultats méritent donc d'être approfondis afin de mieux cerner l'utilité des activateurs de FXR dans le traitement du cancer de la prostate.