Made available in DSpace on 2014-06-12T18:02:44Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3672_1.pdf: 2497903 bytes, checksum: cc3087d67434a06af59f087e20d56fc9 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Papilomavírus bovinos (BPVs), vírus da família Papillomaviridae, acometem o gado com a indução do aparecimento de verrugas, cânceres de bexiga e do trato digestório, causando importantes prejuízos à economia pecuarista. Dez tipos de BPV já foram bem caracterizados (BPV-1 a 10). O presente trabalho teve como foco detectar seqüências do genoma de BPVs em amostras de sangue de animais de uma fazenda leiteira em Pernambuco e nas culturas de linfócitos correspondentes, visando investigar a presença dos tipos virais, mais especificamente 1, 2 e 4, verificar a presença simultânea de mais de um tipo viral e o eventual tipo mais freqüente. Para o diagnóstico viral, utilizou-se a técnica da reação em cadeia da polimerase (PCR), empregando-se iniciadores específicos para os tipos 1, 2 e 4, direcionados aos genes L1, L2 e E7, respectivamente. A confirmação dos produtos amplificados foi realizada com digestão enzimática e posterior seqüenciamento. Foram detectadas seqüências virais em todos os animais trabalhados, independente da presença de papilomas aparentes. Os tipos 1 e 2 foram detectados diretamente de amostras de sangue e em cultura celular de linfócitos, enquanto que o tipo 4 não foi detectado em nenhuma das amostras. Os resultados positivos puderam ser confirmados por digestão enzimática. A presença viral em sangue corrobora trabalhos descritos na literatura que discutem a disseminação do BPV pelo sangue, enquanto que a detecção em cultura indica manutenção viral neste sistema. A partir do seqüenciamento de algumas amostras positivas para BPV-1, sugeriu-se uma nova variante viral, quando comparadas às seqüências depositadas no GenBank. Faz-se necessário a ampliação deste estudo, abordando-se outras fazendas importantes do Estado. Em conclusão, os resultados obtidos neste trabalho geram maiores conhecimentos acerca de BPV em Pernambuco, mais especificamente no município de Ribeirão

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:03:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3721_1.pdf: 1019481 bytes, checksum: 6ed9b63eeef30792d57f60c470058784 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os papilomavírus constituem uma extensa família de vírus associados a lesões epiteliotrópicas, mas afetando também o tecido mucoso, causando tumores benignos que podem sofrer malignização. A papilomatose bovina é uma doença economicamente relevante, por causar desvalorização do gado a ser comercializado, tanto pela deterioração da pele quanto pela caquexia e morte. Embora não existam dados epidemiológicos, os relatos de produtores e a observação direta indicam que sua incidência no estado de Pernambuco é elevada. O objetivo deste trabalho foi a detecção e tipificação dos diferentes tipos de papilomavírus bovino (BPV), através de PCR, em amostras de verrugas cutâneas coletadas de animais afetados pela papilomatose em uma propriedade leiteira de Pernambuco. Foram analisadas 36 amostras de verrugas cutâneas de 23 bovinos (Bos taurus). Os resultados demonstraram que os primers de detecção geral de BPV, MY09/11 e FAP59/64, não têm alta eficiência, uma vez que não detectaram a ocorrência de BPV em 58,34% e 61,12% das lesões papilomatosas dos bovinos testados. Entretanto, utilizando os primers específicos de tipificação, pelo menos um tipo viral foi detectado em cada amostra de lesão cutânea analisada. Os resultados demonstram a presença de pelo menos um tipo de BPV em quase todas amostras, apresentando maior incidência dos tipos BPV-2 e 3 nos animais avaliados. Além disto, os resultados obtidos indicam a existência de infecção simultânea em 89% dos indivíduos, principalmente por BPV-2 e 3, sendo que 25% dos animais apresentaram co-infecção tripla por BPV-2, 3 e 4. Estes resultados confirmam a presença de diferentes tipos de BPVs no gado afetedo por papilomatose cutânea e sugere que o BPV2 seja o mais freqüente

Made available in DSpace on 2014-06-12T22:57:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4047_1.pdf: 527643 bytes, checksum: 5a0f9b33994af35eb4597e4aa3372c69 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A lectina de ligação da manose (MBL) é uma proteína plasmática sintetizada no fígado e é um importante constituinte do sistema imune inato. É capaz de se ligar a determinados carboidratos presentes na superfície de vários patógenos e interagir com proteínas séricas (MASPs) para realizar a ativação do complemento. Seus níveis séricos são afetados por polimorfismos genéticos do gene MBL2 e têm sido associados à suscetibilidade a doenças infecciosas e autoimunes. Este estudo investigou a associação entre o polimorfismo no exon-1 do gene MBL2 com a doença periodontal em pacientes diabéticos tipo 2. A amostra foi composta por 100 pacientes que se submeteram ao exame clínico periodontal que avaliou, em seis sítios de cada dente, profundidade de sondagem, sangramento à sondagem, nível de inserção clínica, placa dental e número de dentes presentes. A doença periodontal foi definida como a presença de 4 + sítios com perda de inserção de ≥5 mm com um ou mais destes sítios com profundidade de sondagem de 4 + mm. Foi realizada a coleta das células de descamação da mucosa oral e a detecção do polimorfismo foi feita através da técnica de PCR em tempo real e análise da temperatura da curva de melting. Os dados evidenciaram não haver diferença estatisticamente significante entre as freqüências genotípicas (p=1,00) e alélicas (p=1,00) observadas entre os indivíduos controles e aqueles com periodontite. Este estudo indica que polimorfismo no exon-1 do gene MBL2 não esteve associado com a presença de doença periodontal na amostra estudada

Made available in DSpace on 2014-06-12T23:13:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3258_1.pdf: 1438184 bytes, checksum: e790e29b283dba1591294bf666c0a4fe (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / O inhame é uma cultura de importância econômica e social para a região nordeste do Brasil. A produção e exportação dessa Dioscoreaceae são igualmente afetadas por doenças e pragas no campo e armazenamento, especialmente pela podridão-verde , causada pelo fungo Penicillium sclerotigenum, microrganismo relacionado à produção da micotoxina patulina, um metabólito secundário. Diante deste fato, foi proposto um estudo de detecção do mencionado metabólito, em amostras de túberas comerciais de inhame da Costa, obtidas na Central de abastecimento de Pernambuco (CEASA-PE). Após a obtenção do isolamento do fungo e preservação por meio de três diferentes técnicas, os mesmos foram utilizados para inoculações artificiais de túberas sadias. Após o período de incubação, foram realizados ensaios moleculares por meio de PCR para detecção do gene idh da via de síntese da referida micotoxina, em três amostras de DNA, a saber: 1- isolado fúngico, 2- inhames naturalmente infectado e 3- inhame artificialmente infectado. Foi realizado ainda ensaio analítico por meio de CLAE nas referidas amostras. Os testes de PCR e CLAE foram positivos independente dos três de tipos de amostras utilizadas, em 65,6% indicando relação entre presença do gene idh no fungo ou inhame infectado, com produção da patulina. A metodologia de PCR para detecção do gene idh em inhame infectado mostrou-se sensível (10 a 30ng de DNA total incluindo o DNA do fungo), reprodutível (obtenção de mesmo resultado em diferentes reações de PCR para as mesmas amostras) e específico para detecção de espécies toxigênicas em inhame, por ter sido positivo apenas para P. sclerotigenum e negativo para outras espécies de Penicillium que infectam o inhame e que até o momento não foram registradas no Brasil

Submitted by Nathália Neves (nathalia.neves@ufpe.br) on 2015-03-04T18:33:43Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Formato digital - Juliana de Castro 2013.1.pdf: 985270 bytes, checksum: 14f3a13c691b9d8853fcfbe2c0c26fe2 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-04T18:33:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Formato digital - Juliana de Castro 2013.1.pdf: 985270 bytes, checksum: 14f3a13c691b9d8853fcfbe2c0c26fe2 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-02-28 / Inhame, macaxeira e batata-doce são vegetais ricos em amido e importantes sócio economicamente para o Nordeste brasileiro. O solo da rizosfera desses tubérculos e raízes é ambiente rico em bactérias que produzem metabólitos com diversas aplicações biotecnológicas, a exemplo de Polihidroxialcanoatos (PHAs), polímeros biodegradáveis produzidos a partir dos produtos da hidrolise do amido e utilizados na produção de plásticos. O objetivo do trabalho foi isolar e identificar do solo da rizosfera e do aderido à superfície desses três vegetais, bactérias potencialmente produtoras de PHAs, selecionando-as por PCR de colônia e avaliando a produção de PHAs por coloração de Sudan Black. Colônias bacterianas isoladas com características morfológicas distintas foram selecionadas para a PCR de colônia. Das 214 bactérias selecionadas, 11 amostras foram positivas para o gene phaC da via de síntese de PHA. Nove bactérias apresentaram resultado satisfatório para produção de grânulos de PHAs após coloração de Sudan Black. Dentre as bactérias positivas na PCR e Sudan Black, oito foram identificadas por seqüenciamento ao nível de gênero ou espécie, tais como: Pseudomonas, Bacillus, Agrobacterium, Stenotrophomonas, Cupriavidus e Microvirga flocculans, sendo esta última descrita pela primeira vez como produtora de PHA. A aplicação da PCR de colônia com coloração por Sudan Black mostrou-se eficiente e rápida para seleção de bactérias potencialmente produtoras de PHAs a partir de amostras de solo.

Submitted by Israel Vieira Neto (israel.vieiraneto@ufpe.br) on 2015-03-05T18:05:43Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação_fonseca AMS.pdf: 1186794 bytes, checksum: e8f15236e194ffed0ba7850b992cf7e2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-05T18:05:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação_fonseca AMS.pdf: 1186794 bytes, checksum: e8f15236e194ffed0ba7850b992cf7e2 (MD5) Previous issue date: 2012 / O Lúpus Eritematoso Sistêmico (LES) é uma doença autoimune do tecido conectivo, que apresenta diversas manifestações clínicas e sorológicas. Embora sua causa seja desconhecida, sabe se que o LES é uma doença multifatorial, no qual pacientes apresentam uma deficiência no reparo de quebras de dupla fita de DNA (DSBs), causada tanto por agentes endógenos quanto exógenos. O gene STK17A (Serina/Threonina quinase 17A) pode estar envolvido no desencadeamento da doença, uma vez que codifica uma proteína que participa do processo de reparo de DSBs e apoptose. Deficiência nesse processo pode induzir a produção de anticorpos anti ds-DNA e consequente deposição de imunocomplexos, causando inflamação nos tecidos. Neste estudo, foi investigada a associação de cinco polimorfismos de base única (SNPs) no gene STK17A com a susceptibilidade ao LES e as principais manifestações clínicas da doença. O grupo de estudo foi composto por 143 pacientes com LES e 177 indivíduos saudáveis como grupo controle. A genotipagem foi realizada pela metodologia de PCR em tempo real ABI7500HT (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) utilizando Probe Taqman SNP Genotyping Assay. As frequências alélicas e genotípicas foram calculadas através do programa Genotyper Transposer e avaliadas para o equilíbrio de Hardy-Weinberg. As análises estatísticas foram realizadas pelo teste exato de Fisher, juntamente com o programa R, versão 2.1.1 para verificar associação entre os SNPs testados e a susceptibilidade à doença. A distribuição haplotípica foi analisada através do programa SNPstat. A avaliação da associação dos alelos e genótipos dos SNPs com as manifestações clínicas e sorológicas da doença foi realizada pelo EpiInfo (versão 3.5.2) e teste exato de Fisher. Para ajustar os valores de p-values para testes múltiplos, foi aplicada a correção de Bonferroni. Foi observada diferença significativa quando comparados pacientes e controles após a estratificação para o sexo: O genótipo A/A do SNP rs10259269 se mostrou mais frequente nos controles (7.6%) do que nos pacientes (0,7%) conferindo proteção contra o desenvolvimento do LES no sexo feminino (OR = 0,09, p = 0,01). Quando analisada a distribuição dos haplótipos, foi encontrada associação significativa em pacientes com LES entre dois haplótipos: TGGTT e TAGTC (OR = 0,54, p = 0,01 e OR = 0,25, p = 9.04e-08, respectivamente) com efeito protetor contra o desenvolvimento da doença. Interessantemente, após estratificação para etnia (descendentes europeus) e sexo (feminino) o haplótipo TAGTC novamente conferiu proteção ao LES (OR = 0,25, p = 2.30e-06 e OR = 0,41, p = 0,01 respectivamente). Uma associação significativa foi observada entre o genótipo A/G para o SNP rs7802995 com manifestação cutânea em pacientes com LES (OR = 3,44, p = 0,004). Finalmente, depois da estratificação dos pacientes para etnia, foi encontrada uma associação significativa com a alteração sorológica anti ds-DNA na proteção de descendentes de Africanos (OR = 0,11, p = 0,009). Não foi observada associação entre o sexo e as manifestações clínicas/laboratoriais. Em síntese, concluímos que polimorfismos no gene STK17A podem estar envolvidos no desenvolvimento do LES, entretanto, outros estudos de réplica avaliando o efeito funcional desses SNPs na expressão e/ou atividade da proteína são necessários para confirmar o seu papel na susceptibilidade/proteção à doença.

Objective: To assess the presence of Dengue, Chikungunya, and Zika in serum samples of patients with acute febrile illness in Piura, Peru and describe the most common clinical features. Results: Dengue was the most common arbovirus detected in 170/496 (34.3%), followed by Zika in 39/496 (7.9%) and Chikungunya in 23/496 (4.6%). Among the 170 samples positive for Dengue, serotype 2 was the most predominant type present in 97/170 (57.1%) of samples, followed by the serotype 3 in 9/170 (5.3%). Headaches, muscle pain, and joint pain were the most common symptoms associated with fever in patients with Dengue and Zika. No symptoms predominance was observed in patients with Chikungunya.Dengue is considered the most frequent arbovirus in Peru and the number of cases has increased dramatically in the last 5 years. However, it is not the only arbovirus that circulates along the northern coast of Peru. It has also been determined the presence of Zika and Chikungunya in our population, which may suggest the circulation of other arboviruses that have not been detected.

Le SARM et l’ERV sont deux bactéries responsables d’infections nosocomiales importantes. Elles sont retrouvées au sein des différents centres hospitaliers à travers le monde et leur présence cause de grands problèmes en santé publique. Elles constituent notamment une cause majeure de complication des soins de santé avec, en conséquence, une augmentation de la mortalité et de la morbidité, une prolongation de l’hospitalisation et une hausse importante des coûts de santé (INSPQ). La détection rapide du SARM et de l’ERV permettrait un meilleur contrôle de ces maladies nosocomiales. Présentement, le dépistage se fait séparément. Afin de réduire le temps d’exécution des analyses, nous proposons de combiner le dépistage des 2 microorganismes. Le projet consistait au développement d’une méthode d’analyse diagnostique pour la détection simultanée du SARM et de l’ERV par PCR. Par la suite, nous avons procédé à la validation de la méthode sur 99 spécimens de patients. La réalisation de ce projet de recherche se scinde en trois étapes importantes : 1) l’élaboration d’un nouveau bouillon de culture permettant la croissance du SARM et de l’ERV, 2) la mise au point de la PCR en temps réel et finalement, 3) la validation de cette méthode grâce à un nombre significatif de spécimens de patients. Nous avons trouvé qu’un nouveau bouillon de culture, contenant 25 g/L de NaCl, d’aztréonam et de céfotaxime permettait la croissance concomitante du SARM et de l’ERV tout en inhibant la croissance du SASM et des entérobactéries. Notre PCR multiplex permet l’amplification du SARM traditionnel et SARM-AC, de la souche récemment découverte en Europe ainsi que les 2 principaux génotypes d’ERV. Nous avons validé ces deux innovations auprès de 99 participants. Analysées par la méthode de référence, la sensibilité et la spécificité de notre bouillon sont de 50% et de 95% respectivement pour le SARM. Analysée par notre PCR multiplex, la sensibilité augmente à 92,8%. La sensibilité et la spécificité de notre bouillon avec notre PCR multiplex ERV sont de 100%. La validation du nouveau bouillon (1D) a démontré qu’il est aussi efficace voire plus que le bouillon utilisé actuellement. La nouvelle PCR permet l’amplification du SARM et de l’ERV simultanément dans un même programme PCR.

Objective This study investigated an outbreak of Bartonellosis in a coastal region in Peru. Results A total of 70 (n = 70) samples with clinical criteria for the acute phase of Bartonellosis and a positive peripheral blood smear were included. 22.85% (n = 16) cases of the samples were positive for Bartonella bacilliformis by PCR and automatic sequencing. Of those positive samples, 62.5% (n = 10) cases were positive only for B. bacilliformis and 37.5% (n = 6) cases were positive to both Mycobacterium spp. and B. bacilliformis. The symptom frequencies were similar in patients diagnosed with Carrion’s disease and those co-infected with Mycobacterium spp. The most common symptoms were headaches, followed by malaise and arthralgia.

Les perturbations environnementales peuvent induire des changements au niveau génétique, biochimique et physiologique chez les organismes exposés. Pour faire face à ces perturbations, les bivalves possèdent des défenses antioxydantes telles que la métallothionéine (MT), la superoxide dismutase (SOD), la catalase (CAT), la glutathion peroxidase sélénium dépendante (Se-GPx) et la glutathion S-transférase de classe pi (pi-GST). L'objectif de ce travail est de contribuer à la compréhension des mécanismes de détoxication chez les bivalves d'eau douce Unio tumidus et Corbicula fluminea. Les mollusques bivalves sont largement utilisés comme espèce sentinelle pour étudier la qualité de l'écosystème aquatique. Ce sont des organismes sédentaires, filtreurs, pouvant bioaccumuler une grande quantité de micropolluants environnementaux et qui peuvent être facilement transférés dans des milieux contaminés. La séquence codante de MT de Corbicula fluminea, ainsi que les séquences codantes de MT, SOD et CAT d'Unio tumidus ont été identifiées par RT-PCR en utilisant des amorces dégénérées. L'expression de ces gènes, ainsi que ceux de la Se-GPx et de la GST-pi, a ensuite été étudiée au niveau des ARNm dans différents cas d'études : (i) chez des bivalves prélevés sur une période d'un an dans le but d'identifier une éventuelle variation de l'expression en fonction de la saison, (ii) chez Corbicula fluminea exposée au cuivre et au cadmium, (iii) et chez Unio tumidus transférée au niveau de stations situées le long de la Moselle. Nous avons mis en évidence des variations du niveau d'expression des gènes dues à des paramètres saisonniers tels que la température de l'eau et le cycle de reproduction, principalement chez Unio tumidus. Nos résultats ont montré que les niveaux d'expression des ARNm de MT, SOD, CAT, Se-GPx et GST-pi peuvent être utilisés en tant que biomarqueurs précoces d'exposition au cuivre et au cadmium chez Corbicula fluminea. Des variations d'expression de tous les gènes étudiés ont également été observées chez Unio tumidus, mettant en évidence une anthropisation du milieu aquatique, non détectée par les analyses physicochimiques. Les approches biologiques apparaissent donc comme des outils indispensables à la détection de perturbations environnementales. / Environmental perturbations can induce genetic, biochemical and physiological changes in exposed organisms. To protect from oxidative stress, bivalves possess defences such as metallothionein (MT), superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), selenium-dependent glutathione peroxidase (Se-GPx) and pi class glutathione S-transferase (pi-GST). The aim of this study is to contribute to the understanding of the detoxification mechanisms in the freshwater bivalves Unio tumidus and Corbicula fluminea. Bivalve molluscs are appropriate sentinel species to study the quality of the aquatic environment. They are sedentary, filter-feeding species, bioaccumulating high amounts of environmental micropollutants and can easily be transferred to contaminated areas. The MT coding sequence of Corbicula fluminea and the MT, SOD and CAT coding sequences of Unio tumidus were identified by RT-PCR using degenerated primers. Then, the mRNA expression level of MT, SOD, CAT, Se-GPx and pi-GST was measured in different studies: (i) in bivalves sampled during a 1-year period in order to identify possible seasonal variations of the expression pattern, (ii) in Corbicula fluminea exposed to copper and cadmium, (iii) and in Unio tumidus transplanted in stations located along the Moselle River. Fluctuations of the mRNA level, supposed to correspond to seasonal parameter such as water temperature and reproductive statute, were noted, principally in Unio tumidus. Our results pointed out that MT, SOD, CAT, Se-GPx and GST-pi mRNA expression level could be used as early exposure biomarkers of copper and cadmium exposure in Corbicula fluminea. Variations of gene expression were observed in Unio tumidus, highlighting anthropic impacts on aquatic ecosystem no detected by chemical analysis. Biological approaches appear as essential tools to detect environmental degradations