Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-12T14:44:36Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Clarissa de França Oliveira Silva.pdf: 1540230 bytes, checksum: 96a55739b70a00b546e928e6e76833d8 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-12T14:44:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Clarissa de França Oliveira Silva.pdf: 1540230 bytes, checksum: 96a55739b70a00b546e928e6e76833d8 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014-02-26 / FACEPE / As micorrizas arbusculares (MAs) são simbioses mutualistas, formadas entre fungos do Filo Glomeromycota e as raízes da maioria das plantas. Para o hospedeiro vegetal essas associações proporcionam maior disponibilidade de nutrientes minerais e resistência contra patógenos, entre outros benefícios. O tomateiro é uma solanácea herbácea com ampla capacidade adaptativa, sendo o Brasil um dos maiores produtores mundiais. Essa cultura vem sendo utilizada como modelo vegetal para o estudo da regulação micorrízica, em alternativa à Arabdopsis thaliana, pois possui ciclo de vida curto e genoma relativamente pequeno (950Mb), além disso são facilmente micorrizáveis. O estabelecimento das MAs envolve uma série de eventos bioquímicos e moleculares regulados por ambos simbiontes, ainda não totalmente esclarecidos. O estudo da expressão gênica em raízes colonizadas permitirá melhor compreensão dos mecanismos envolvidos no desenvolvimento da simbiose, contribuindo para melhor aplicabilidade desta. O objetivo deste trabalho foi analisar a expressão diferencial dos genes Chi3, BGL2, CAT2 e APX1, envolvidos na resposta de defesa do tomateiro em função da colonização com Glomus etunicatum e do nível de P no solo, através de RT-qPCR. Plântulas de tomateiro foram transferidas para sacos de polietileno com areia e vermiculita esterilizadas e inoculadas com G. etunicatum. O delineamento experimental consistiu de tratamentos com e sem inoculação e solução nutritiva com 3 níveis de fósforo (3, 8 e 15 mg/dm³). As raízes foram coletadas 8, 15 e 30 dias após a inoculação (d.a.i.) para análise do percentual de colonização e expressão gênica. Apesar da presença de estruturas micorrízicas na maioria das amostras, os percentuais de colonização foram menores aos 8 d.a.i. e aumentaram ao longo do tempo de cultivo, atingindo o máximo aos 30 d.a.i. Sabe-se que o teor de P é de grande importância para o estabelecimento das micorrizas, nesse sentido, os maiores valores de colonização foram encontrados nas amostras com baixa concentração de P na solução nutritiva aplicada, enquanto que no tratamento com alto nível de P a colonização foi reduzida ou inibida. Os primers para amplificação dos genes BGL2, CAT2 e APX1 não foram eficientes nas reações de RT-qPCR e por isso estes genes não puderam ser validados no presente trabalho. Entretanto, os ensaios para o alvo Chi3 foi eficiente e mostrou-se adequado para o experimento. A análise da expressão gênica mostrou que o gene Chi3 sofreu influência da concentração de fósforo e tempo de micorrização (T0, T1, T2). Dessa forma, as amostras cultivadas em condições de baixo fósforo, tiveram a expressão da quitinase aumentada na primeira semana de cultivo e reduzida nas semanas seguintes, indicando que durante os primeiros estágios da micorrização pode haver uma indução temporária desse gene de defesa seguido de supressão após o reconhecimento entre os simbiontes. Entretanto, apenas na primeira semana a variação de P interferiu no acúmulo de transcritos da quitinase. A análise da expressão de genes que codificam enzimas do sistema defensivo vegetal é necessária para compreensão dos mecanismos do desenvolvimento da micorriza arbuscular. Assim, os dados obtidos neste trabalho fornecerão subsídios para um melhor entendimento do papel de genes de defesa nesta simbiose.

Made available in DSpace on 2014-06-12T22:57:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4047_1.pdf: 527643 bytes, checksum: 5a0f9b33994af35eb4597e4aa3372c69 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A lectina de ligação da manose (MBL) é uma proteína plasmática sintetizada no fígado e é um importante constituinte do sistema imune inato. É capaz de se ligar a determinados carboidratos presentes na superfície de vários patógenos e interagir com proteínas séricas (MASPs) para realizar a ativação do complemento. Seus níveis séricos são afetados por polimorfismos genéticos do gene MBL2 e têm sido associados à suscetibilidade a doenças infecciosas e autoimunes. Este estudo investigou a associação entre o polimorfismo no exon-1 do gene MBL2 com a doença periodontal em pacientes diabéticos tipo 2. A amostra foi composta por 100 pacientes que se submeteram ao exame clínico periodontal que avaliou, em seis sítios de cada dente, profundidade de sondagem, sangramento à sondagem, nível de inserção clínica, placa dental e número de dentes presentes. A doença periodontal foi definida como a presença de 4 + sítios com perda de inserção de ≥5 mm com um ou mais destes sítios com profundidade de sondagem de 4 + mm. Foi realizada a coleta das células de descamação da mucosa oral e a detecção do polimorfismo foi feita através da técnica de PCR em tempo real e análise da temperatura da curva de melting. Os dados evidenciaram não haver diferença estatisticamente significante entre as freqüências genotípicas (p=1,00) e alélicas (p=1,00) observadas entre os indivíduos controles e aqueles com periodontite. Este estudo indica que polimorfismo no exon-1 do gene MBL2 não esteve associado com a presença de doença periodontal na amostra estudada

Submitted by Israel Vieira Neto (israel.vieiraneto@ufpe.br) on 2015-03-05T18:05:43Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação_fonseca AMS.pdf: 1186794 bytes, checksum: e8f15236e194ffed0ba7850b992cf7e2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-05T18:05:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação_fonseca AMS.pdf: 1186794 bytes, checksum: e8f15236e194ffed0ba7850b992cf7e2 (MD5) Previous issue date: 2012 / O Lúpus Eritematoso Sistêmico (LES) é uma doença autoimune do tecido conectivo, que apresenta diversas manifestações clínicas e sorológicas. Embora sua causa seja desconhecida, sabe se que o LES é uma doença multifatorial, no qual pacientes apresentam uma deficiência no reparo de quebras de dupla fita de DNA (DSBs), causada tanto por agentes endógenos quanto exógenos. O gene STK17A (Serina/Threonina quinase 17A) pode estar envolvido no desencadeamento da doença, uma vez que codifica uma proteína que participa do processo de reparo de DSBs e apoptose. Deficiência nesse processo pode induzir a produção de anticorpos anti ds-DNA e consequente deposição de imunocomplexos, causando inflamação nos tecidos. Neste estudo, foi investigada a associação de cinco polimorfismos de base única (SNPs) no gene STK17A com a susceptibilidade ao LES e as principais manifestações clínicas da doença. O grupo de estudo foi composto por 143 pacientes com LES e 177 indivíduos saudáveis como grupo controle. A genotipagem foi realizada pela metodologia de PCR em tempo real ABI7500HT (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) utilizando Probe Taqman SNP Genotyping Assay. As frequências alélicas e genotípicas foram calculadas através do programa Genotyper Transposer e avaliadas para o equilíbrio de Hardy-Weinberg. As análises estatísticas foram realizadas pelo teste exato de Fisher, juntamente com o programa R, versão 2.1.1 para verificar associação entre os SNPs testados e a susceptibilidade à doença. A distribuição haplotípica foi analisada através do programa SNPstat. A avaliação da associação dos alelos e genótipos dos SNPs com as manifestações clínicas e sorológicas da doença foi realizada pelo EpiInfo (versão 3.5.2) e teste exato de Fisher. Para ajustar os valores de p-values para testes múltiplos, foi aplicada a correção de Bonferroni. Foi observada diferença significativa quando comparados pacientes e controles após a estratificação para o sexo: O genótipo A/A do SNP rs10259269 se mostrou mais frequente nos controles (7.6%) do que nos pacientes (0,7%) conferindo proteção contra o desenvolvimento do LES no sexo feminino (OR = 0,09, p = 0,01). Quando analisada a distribuição dos haplótipos, foi encontrada associação significativa em pacientes com LES entre dois haplótipos: TGGTT e TAGTC (OR = 0,54, p = 0,01 e OR = 0,25, p = 9.04e-08, respectivamente) com efeito protetor contra o desenvolvimento da doença. Interessantemente, após estratificação para etnia (descendentes europeus) e sexo (feminino) o haplótipo TAGTC novamente conferiu proteção ao LES (OR = 0,25, p = 2.30e-06 e OR = 0,41, p = 0,01 respectivamente). Uma associação significativa foi observada entre o genótipo A/G para o SNP rs7802995 com manifestação cutânea em pacientes com LES (OR = 3,44, p = 0,004). Finalmente, depois da estratificação dos pacientes para etnia, foi encontrada uma associação significativa com a alteração sorológica anti ds-DNA na proteção de descendentes de Africanos (OR = 0,11, p = 0,009). Não foi observada associação entre o sexo e as manifestações clínicas/laboratoriais. Em síntese, concluímos que polimorfismos no gene STK17A podem estar envolvidos no desenvolvimento do LES, entretanto, outros estudos de réplica avaliando o efeito funcional desses SNPs na expressão e/ou atividade da proteína são necessários para confirmar o seu papel na susceptibilidade/proteção à doença.

Made available in DSpace on 2014-06-12T23:02:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo961_1.pdf: 1047689 bytes, checksum: 6efa4e1ba9bd47aa3c6646325b4a81ce (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / Background: Periodontite é uma doença inflamatória crônica que afeta os tecidos de suporte dos dentes. Este estudo teve como objetivo determinar a presença do polimorfismo genético da lectina de ligação da manose (MBL) e associar à condição periodontal. Participaram 93 pacientes, sendo 47 diagnosticados com periodontite (18 com forma agressiva e 29 com a crônica) e 46 periodontalmente saudáveis. Após o exame clínico, foram coletadas células de descamação da mucosa bucal para posterior extração de DNA e determinação do genótipo pela técnica da PCR em tempo real e análise da temperatura de melting. Resultados: Os resultados mostraram que o genótipo mutante esteve presente em 47,9% dos pacientes saudáveis e em 51% dos pacientes com periodontite. Entre os indivíduos com doença periodontal, 77,8% portadores da forma agressiva e 34,5% com a forma crônica apresentaram o genótipo mutante, sendo esta diferença estatisticamente significante (p=0,002). Com relação à frequência alélica, 25% dos pacientes periodontalmente saudáveis apresentaram o alelo 0 mutante. No grupo com periodontite, a presença do alelo mutante esteve em 17,2% dos indivíduos com a forma crônica e em 50% dos pacientes com periodontite agressiva (p=0,015). Conclusões: Os dados obtidos neste estudo mostraram associação entre o polimorfismo do gene da MBL e a periodontite agressiva

Submitted by Andre Moraes Queiroz (andre.moraesqueiroz@ufpe.br) on 2015-04-14T13:54:51Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Anselmo Jiro Kamada.pdf: 3782162 bytes, checksum: 9e3edbe815739e95716e1427a8368966 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-14T13:54:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Anselmo Jiro Kamada.pdf: 3782162 bytes, checksum: 9e3edbe815739e95716e1427a8368966 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013 / FACEPE / Recentemente foi demonstrado o envolvimento do complexo protéico conhecido como inflamassoma na resposta inata à infecção pelo HIV-1. O inflamassoma é um complexo citoplasmático constituído principalmente por um receptor de padrões moleculares (NLRP-1, NLRP-3, NLRC-4, IFI16 ou AIM-2) e uma cisteína protease (caspase-1) responsável pela digestão de precursores e citocinas pró-inflamatórias da família IL-1 (IL-1ß, IL-18 e IL-33). A ampla atividade das citocinas IL-1ß e IL-18 na inflamação e ativação de células dendríticas e linfócitos demonstra um papel central do inflamassoma na regulação da resposta imune. A atuação deste complexo pode ter relevância particularmente na infecção pelo HIV-1 no qual o comprometimento do sistema imune é determinante na progressão da doença. Objetivo do trabalho foi avaliar o papel do inflamassoma na infecção pelo HIV-1 através de um modelo celular baseado em células dendríticas derivadas de monócitos (MDDCs). O cultivo alogênico do HIV-1 a partir do sangue periférico de portadores crônicos do HIV-1 e a padronização do protocolo de diferenciação in vitro em MDDCs foram estabelecidos inicialmente. Em seguida, a indução da resposta mediada pelo inflamassoma foi avaliada por expressão gênica dos componentes do inflamassoma e de produção de IL-1ß em MDDCs. Contemporaneamente, polimorfismos de base única (SNPs) nos principais genes do inflamassoma foram analisados em coortes de Recife e São Paulo de portadores do HIV-1 para verificar o papel das variações genéticas na susceptibilidade à infecção pelo HIV-1.

Made available in DSpace on 2014-06-12T23:16:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo8658_1.pdf: 1333847 bytes, checksum: 8e0ef0e5a50bdc8b81e3a03962307235 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / As crescentes aplicações das radiações ionizantes, associadas à evolução das técnicas de análises moleculares, têm despertado grande interesse para identificação de marcadores moleculares de irradiação ocupacional ou acidental. Alguns genes envolvidos na resposta molecular ao estresse radioativo foram identificados pela alteração de sua capacidade de expressão. Entretanto, os métodos comumente utilizados para avaliação da expressão gênica são laboriosos e de alto custo. Neste trabalho, o gene ABL foi utilizado como base no estabelecimento de um protocolo para avaliação da expressão gênica em linfócitos, após irradiação gama. Para tanto, foram testadas amostras de sangue periférico de indivíduos sadios após 3, 6 e 12 horas de irradiação com doses de 1 e 3 Gy a partir de uma fonte de Cobalto-60. A técnica de avaliação empregada foi a de Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real, tendo o fluoróforo Sybr green como intercalante de DNA. Em todas as etapas, amostras não irradiadas foram empregadas como controle. O RNA foi extraído dos linfócitos totais e o cDNA, sintetizado pelo método de transcrição reversa. Com base no protocolo desenvolvido, foi possível identificar um aumento na expressão do gene ABL na dose de 1 Gy, após seis horas. Entretanto, não foram evidenciadas variações estatisticamente significantes dos níveis de expressão desse gene nas demais condições analisadas. O protocolo estabelecido nessa pesquisa mostrou-se de fácil reprodução e rápido. Os recursos empregados para avaliação de sua eficácia constataram a confiabilidade do método, sugerindo sua aplicação em análises tanto dos níveis de expressão do gene ABL, quanto em investigações de genes candidatos a biomarcadores moleculares de exposição à radiação ionizante

Devido à sua múltipla utilidade, a cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é amplamente cultivada em mais de 127 países tropicais e subtropicais. No Brasil, a cultura apresentou expansão em área plantada nos últimos anos em virtude da crescente demanda por biocombustíveis. Porém, a produção de mudas sadias tende a ser um fator limitante a este aumento de demanda, já que diversas doenças são transmitidas por toletes contaminados. Dentre estas, destaca-se o raquitismo da soqueira (RSD), causado pela bactéria fastidiosa Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx) (KAO e DAMANN, 1980). De acordo com a literatura, a transmissão de Lxx se dá através de toletes contaminados e/ou instrumentos de corte, não havendo relatos sobre sua transmissão por sementes. Desta forma, seu controle se baseia no princípio da exclusão, através do uso de toletes tratados termicamente como fonte de material propagativo. Porém, não se conhece o efeito do tratamento no título de Lxx, uma vez que os relatos de eficiência da termoterapia baseiam-se em avaliações qualitativas. Em face destas informações, este estudo objetivou avaliar a transmissão de Leifsonia xyli subsp. xyli por sementes e também quantificar o efeito da termoterapia no título de Lxx em duas variedades de cana-de-açúcar através da PCR quantitativa em tempo real. No ensaio de transmissão via sementes, a bactéria foi detectada em altas incidências (>87%) em plantas de 90 dias oriundas de sementes coletadas de plantas infectadas e em quantidades estimadas superiores a 51 células por 100ng de DNA total de sementes. Além disso, aos 270 dias após o plantio, a bactéria foi isolada de 6 plantas. A identidade das colônias foi comprovada através de PCR convencional utilizando primers específicos para Lxx. Dois ensaios foram conduzidos para quantificar o efeito da termoterapia na população bacteriana. O título de Lxx foi determinado em folhas de plantas de duas variedades de cana-deaçúcar oriundas de toletes tratados termicamente ou não aos 90 dias após o plantio. O título inicial presente nos colmos utilizados como fonte de toletes interferiu na eficiência do tratamento, que reduziu a população bacteriana somente no ensaio onde os colmos apresentaram elevado título bacteriano inicial. Além disso, 70 e 55% das plantas oriundas de toletes tratados termicamente no primeiro e no segundo ensaio, respectivamente, apresentavam células de Lxx, porém em menores quantidades quando comparadas a plantas oriundas de toletes não tratados. Com isso, conclui-se que Lxx é transmitida em elevada frequência via sementes e a termoterapia, embora não tenha efeito erradicante pronunciado, é capaz de reduzir o título bacteriano no tecido vegetal. / Due to its multiple uses, sugarcane (Saccharum spp.) is widely cultivated in more than 127 tropical and subtropical countries. In Brazil, sugarcane cropping has increased in recent years because of the growing demand for biofuels. However, the production of healthy seedlings tends to be a limiting factor to this increase, since contaminated setts transmit many diseases. Among these, the Ratoon Stunting Disease (RSD) is a major disease caused by the fastidious bacterium Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx) (KAO and DAMANN, 1980). According to the literature, the transmission of Lxx occurs through contaminated setts and/or cutting tools, but there are no reports of its transmission by seeds. Therefore, its control is based on the principle of exclusion using heat-treated setts as source of propagative material. However, the quantitative effect of the treatment on the bacterial titer is not known, since reports of thermotherapy efficiency are based on qualitative assessments. This study aimed to evaluate the transmission of Leifsonia xyli subsp. xyli by seeds and to quantify the effect of thermotherapy on Lxx in two sugarcane varieties using real-time quantitative PCR. In the test of disease transmission by seeds, the bacterium was detected in high incidences (>87%) in 90-day old plants generated from seeds collected from infected plants in quantities exceeding 51 cells per 100ng of total DNA of seeds. In addition, at 270 days after planting, the bacterium was isolated from six plants. The colony identity was confirmed by conventional PCR using Lxx-specific primers. Two trials were conducted to quantify thermotherapy effect on bacterial population. Lxx titers were determined 90 days after planting in plant leaves of two sugarcane varieties originated from setts subjected or not to heat-treatment. The initial bacterial titer in the stalks affected the treatment efficiency, which significantly reduced Lxx titers only in the trial where the stalks presented high initial bacterial levels. Moreover, 70 and 55% of the plants originated from heat-treated setts in the first and second tests, respectively, were infected with Lxx, cells; however, in smaller amounts compared to plants from untreated setts. Thus, it is concluded that Lxx is transmitted in high frequency by seeds and that the thermo treatment, although not efficient as an eradicating treatment, reduces the bacterial population in the plant tissue.

A diarréia neonatal é o principal problema sanitário que acomete os bezerros nas primeiras semanas de vida, causando grandes prejuízos devido à morbidade, mortalidade, custos com tratamento e atraso no desenvolvimento. Os rotavírus são os mais importantes agentes virais causadores de gastroenterites em crianças e diarreia em diferentes espécies animais. Além do seu impacto econômico na produção animal, os bovinos podem atuar como reservatórios da diversidade genética e antigênica para humanos. Assim, o diagnóstico deste agente é fundamental para o desenvolvimento de medidas profiláticas mais especificas visando o seu controle. O objetivo deste trabalho foi desenvolver um método de PCR em Tempo Real para a detecção de rotavírus bovinos em sistema Taqman® tendo como alvo, a proteína não-estrutural 5 (NSP5). Para isso, 113 amostras de fezes bovinas foram coletadas de reabanhos do estado de São Paulo, e previamente testadas por PCR convencional. Para a padronização da PCR em Tempo Real, a estirpe padrão foi clonada, gerando um plasmídeo com 3x1010 cópias/reação. Como controle exógeno foi utilizado β-actina. O limite de detecção foi determinado por diluições seriadas na base 10, detectando até 6x101 cópias/µl. A curva padrão da PCR em Temo Real para a detecção do segmento codificador da proteína NSP5 teve como resultados, uma eficiência de 100,47%; com slope igual a -3,18 e R2 de 1,0. De um total de 113 amostras testadas pela PCR convencional 63 delas (55,7%) foram consideradas positivas para rotavírus. Dessas mesmas amostras testadas, 5 não amplificaram para β-actina e não foram incluídas nas análises posteriores. Para a PCR em Tempo Real o limite de detecção foi considerado o valor de 6x101 cópias/reação, sendo definido o ponto de corte o ciclo (Ct) de número 36 para o teste com a amostra viral a partir do DNA ligado em vetor plasmidial. Considerando-se o ponto de corte de 60 (6x101) cópias/reação, das 108 amostras testadas, 63 (58,3%) foram consideradas positivas ao teste. O valor de concordância obtido através do teste Kappa, a um intervalo de confiança de 95%, a partir dos resultados gerados entre os testes de PCR convencional e PCR em foi de 0.279 (baixa concordância). Os resultados obtidos nesse estudo demonstrou que o teste foi eficiente podendo ser utilizado para um diagnóstico rápido e eficiente do rotavirus do grupo A, aumentando assim o repertório dos testes já estabelecidos / Neonatal diarrhea is the main health problem affecting the calves in the first weeks of life, causing major losses due to morbidity, mortality, treatment costs and delayed development. Rotaviruses are the most important causative agents of viral gastroenteritis in children and in different animal species. In addition to its economic impact on livestock, cattle can act as reservoirs for genetic and antigenic diversity for human samples. Therefore, the diagnosis of this agent is critical to the development of more specific preventive measures for their control. The objective of this work is to develop a method of PCR for rotavirus detection in cattle using TaqMan® system targeting the 5 nonstructural protein (NSP5). For this, 113 samples of cattle feces were collected from farms of São Paulo, and previously tested by convencional PCR. To PCR standardization, the standard sample was cloned, generating plasmid 3x1010 copies/reaction. The β-actin was usede as exogenous control. The limit of detection was determined by serial dilutions, to detect 6 x101 copies/µl. The standard curve of PCR to encoding segment detection NSP5 protein had as a result, an efficiency of 108.5%; with slope equal to -3.18 and R2 equal 1.. From a total of 113 samples tested by conventional PCR 63 (55.7%) were positive for rotavirus. From these samples 5 not amplifyed for β-actin gene and were not included in subsequent analyzes. For detection limit of Real-Time PCR was considered the amount of 6x101 copies / reaction, the cut-off being defined cycle (Ct) number 36 to the test with a viral sample from the DNA ligated into plasmid vector. Considering the cut-off 60 (6x101) copies/reaction of the 108 samples tested, 63 (58.3%) were positive to the test. The correlation value obtained by the Kappa test, at a 95% confidence interval, based on results generated between the conventional and PCR testing PCR was 0.279 (low agreement). The results of this study demonstrated that the probe can be efficiently used for a fast and efficient diagnosis of rotavirus of group A, thereby enhancing the repertoire of the established tests

Fusobacterium nucleatum é uma espécie bacteriana Gram-negativa, anaeróbia estrita e uma das espécies frequentemente encontradas nas infecções primárias do sistema de canais radiculares. Esta espécie tem grande importância na formação de biofilmes por ser uma ponte de união entre espécies que não são capazes de interagir. Os micro-organismos constituintes de biofilmes trocam material genético, aumentando a tolerancia dos mesmos e é quase impossível um isolado clínico ter os genes totalmente iguais à cepa padrão de coleções de cultura como da ATCC (American Type Culture Colection). O presente estudo investigou a espécie bacteriana anaeróbia Fusobacterium nucleatum isolada de canais radiculares, comparando-a com sua cepa de referência. Foi feito a comparação da suscetibilidade microbiana in vitro por meio de cultura microbiológica pelo método do E-test, com as cepas em crescimento planctônico e em biofilme. Também foi definido um protocolo de Purificação de RNA para esta espécie em ambas as condições de crescimento. As cepas clínicas de F. nucelatum foram isoladas por meio da cultura microbiológica de 23 pacientes que apresentavam dentes com infecção primária e periodontite apical visível em radiografia. Foi feito isolamento e identificação da espécie por série bioquímica com testes comerciais (Sistema Api, Bio-Meriéux, França) e PCR convencional, sendo no total 4 isolados clínicos investigados. Foi verificada a suscetibilidade antimicrobiana dos seguintes antibióticos: Amoxicilina, Amoxicilina + ácido clavulânico, Ampicilina, Azitromicina, Clindamicina, Eritromicina e Metronidazol. O protocolo para purificação de RNA foi feito com microesferas de zircônia, dispositivo bead beater, kit comercial RNeasy (Qiagen) e transcrição para DNA complementar (cDNA). A qualidade da purificação foi testada quanto a sua capacidade de amplificação pela reação em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR) utilizando primer para o gene 16s RNA específico para F. nucelatum. Todas as cepas testadas foram 100% suscetíveis a Amoxicilina + ácido clavulânico, Ampicilina, Azitromicina, Clindamicina e Metronidazol. Ambos os tipos de crescimento bacteriano demonstraram resistência somente à eritromicina. O protocolo proposto para a purificação do RNA de F. nucelatum dos isolados em crescimento planctônico e em biofilme foi eficaz. A média do rendimento do RNA das amostras para as bactérias em crescimento planctônico foi de 514,2 ng/μL (DP ± 397,7) e para as amostras em biofilme foi de 377,1 ng/μL (DP± 144,1). Os valores encontrados sugerem uma boa qualidade de RNA, livre de contaminação por proteínas. Todas as cepas de Fusobacterium nucleatum isoladas de canais radiculares, assim como a cepa ATCC foram suscetíveis aos antibióticos testados, com exceção do antibiótico eritromicina em ambos os tipos de crescimento bacteriano. As bactérias em biofilme apresentaram aumento na tolerância frente aos agentes antimicrobianos, com diferença estatística. O protocolo estabelecido para a purificação do RNA de cepas de Fusobacterium nucleatum cultivadas em fase planctônica e em biofilmes teve êxito com amplificação por qPCR. / Fusobacterium nucleatum is a Gram-negative bacterial species, strict anaerobic and one of the species often found in primary infection of the root canal system. This species has great importance in biofilm formation to be a union bridge between species which are not able to act alone. The constituent microorganisms of the biofilm exchange each tother genetic material, increasing the strength of them. It is almost impossible for a clinical isolate have genes totally equal to a standard strain, such as strains of culture collections like ATCC (American Type Culture Collection). The present study investigated anaerobic bacterial species Fusobacterium nucleatum isolated from root canals, comparing them to the ATCC strain. The microbial in vitro susceptibility of biofilm and planktonic growth of the strains was compared by means of microbiological culture and the E-test method, with the antibiotics Amoxicillin, Amoxicillin + clavulanic acid, Ampicillin, Azithromycin, Clindamycin, Eritromycin and Metronidazole.. Also, a RNA Purification protocol for the strains under the same growth conditions was defined. Clinical isolates were obtained by microbiological samples of patients with teeth with pulp necrosis and apical periodontitis visible on radiographs. The species isolation and identification were performed using commercial biochemical tests (Sistema Api, Bio-Meriéux, France) and conventional PCR, obtaining four clinical isolates. The protocol for RNA purification was done with zirconia beads, bead beater device and commercial kit RNeasy (Qiagen) and transcribed into complementary DNA (cDNA). The quality of purification was tested for its ability of amplification by real time polymerase chain reaction (qPCR) using primer for the gene 16s RNA specific for F. nucleatum. All tested trains were 100% susceptible to amoxicillin + clavulanic acid, ampicillin, azithromycin, clindamycin and metronidazole. Both types of bacterial growth showed resistance to Erythromycin. Bacteria in biofilm showed a decrease in susceptibility to all antibiotics, but without statistical difference. The protocol proposed for the purification of RNA of F. nucleatum was effective, in the planktonic and the biofilm growth. The average yield of RNA samples for bacteria in planktonic growth was 514.2 ng /μL (SD ± 397.7) and the samples in biofilm was 377.1 ng / μL (SD ± 144.1). These found values suggest a good quality of RNA, free of protein contamination. The established protocol for the purification of the RNA of the Fusobacterium nucleatum strains, grown in biofilm and planktonic phase, had successfully amplified by qPCR.

As tonsilas palatinas e adenoides são órgãos linfoides epiteliais do trato respiratório superior, onde ocorre o primeiro contato entre antígenos inalados e células de defesa do hospedeiro. O tecido adenoamigdaliano está em contato constante com uma grande diversidade de bactérias e vírus, que se reflete na elevada taxa de detecção de patógenos bacterianos e virais nesses tecidos, mesmo que saudáveis. Infecções crônicas ou repetidas nas mucosas dos tecidos linfoides podem desencadear o desenvolvimento de um estado inflamatório crônico e a presença de hiperplasia tecidual. Esse estado está associado com inúmeras complicações como rinussinusites de repetição, ronco, obstrução nasal, disfunção da tuba auditiva, apnéia obstrutiva do sono, otite média, alterações do desenvolvimento facial, desenvolvimento comportamental. Por isso, este trabalho tem como objetivo principal analisar co-detecções das principais bactérias da microbiota respiratória humana (Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus aureus, Haemophylus influenzae, Moraxella catahrralis e Pseudomonas aeruginosa) de pacientes com e sem adenoamigdalite crônica através da técnica de PCR em tempo real. Tivemos como principal bactéria detectada em nosso estudo H. influenzae, que foi encontrada em altos níveis na amígdala e adenoide. Já nas secreções, a bactéria de maior frequência encontrada foi S. pneumoniae. Os resultados de comparação entre os 2 grupos (pacientes com a doença e sem a mesma) não foram estatisticamente significantes, porém não menos importante, mostrando que os principais agentes comensais que colonizam o trato aéreo superior (Streptococcus pneumoniae, Haemophylus influenzae e Moraxella catahrralis) sao elevados em ambos os grupos, e que provavelmente não são fundamentais na fisiopatogenia da hipertrofia adenoamigdaliana/tonsilites de repetição. Como conclusão podemos observar que as bactérias H. influenzae, M. catarrhalis e S. pneumoniae tiveram altas frequências de detecção em amígadalas, adenoides e lavados nasofaríngeo de crianças sem hipertrofia tonsilar e sintomatologia de infecção respiratória. Além disso, não houve maiores frequências de detecção de bactérias presentes na microbiota em pacientes com hipertrofia tonsilar do que em controles e diferentemente das demais bactérias, houve concordância moderada ou boa nas detecções de M. catarrhalis e H. influenzae entre adenoide e amígdada de indivíduos sem sintomas respiratórios. / The tonsils and adenoids are lymphoid epithelial organs of the upper respiratory tract, where the first contact between inhaled antigens and host defense cells occurs. In fact, the adenoid and tonsillar tissue is in constant contact with a wide variety of bacteria and viruses, which is reflected in the high rate of detection of bacterial and viral pathogens in these tissues, even if healthy. Chronic or recurrent infections of mucosal lymphoid tissues may trigger the development of a chronic inflammatory condition and the presence of tissue hyperplasia. This condition is associated with numerous complications such as rinussinusites repeat, snoring, nasal congestion, Eustachian tube dysfunction, obstructive sleep apnea, otitis media, abnormal facial development, behavioral development. Therefore, this study aims to analyze co-detections of the major human respiratory microbiota bacteria (Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus aureus, Haemophilus influenzae, Moraxella catahrralis and Pseudomonas aeruginosa) in patients with and without chronic adenoamigdalite using the technique of real time PCR. We had the main bacteria detected in our study H. influenzae, which was found in high levels in the amygdala and adenoids. Already in the secretions, the bacterium most frequently found was S. pneumoniae. In conclusion we can see that the bacteria H. influenzae, M. catarrhalis, and S. pneumoniae had high frequency of detection in amígadalas, adenoids and nasopharyngeal washed children without tonsillar hypertrophy and symptoms of respiratory infection. In addition, there were no major frequency detection of bacteria present in the microbiota in patients with tonsillar hypertrophy than in controls, and unlike the other bacteria, there was moderate to good agreement in the detection of M. catarrhalis and H. influenzae between adenoid and amígdada of individuals without respiratory symptoms.