O óxido nitroso (N2O) é um importante gás de efeito estufa (GEE) e, nos ecossistemas terrestres, é produzido principalmente pelo processo de desnitrificação. Esse ocorre em condições anaeróbias e, portanto, é fortemente estimulado pelo aumento do teor de umidade do solo. Entretanto, solos sob diferentes usos podem exibir taxas de emissão de N2O distintas, mesmo quando apresentam teores de umidade equivalentes. Ainda não está claro se isso se deve somente ao fato de os mesmos diferirem quanto a atributos físicos e químicos capazes de afetar a atividade dos organismos desnitrificantes ou se também se deve à diferenças com relação ao tamanho de suas populações. O presente trabalho foi desenvolvido com o objetivo de compreender as relações entre os fluxos de N2O, a umidade e a abundância de genes bacterianos envolvidos no processo de desnitrificação (nirK, norB e nosZ) em solos de floresta, pastagem e cultivo de cana-de-açúcar, utilizando um experimento de microcosmos. Amostras de solo foram coletadas na fazenda Capuava, situada no município de Piracicaba, SP. Os microcosmos estabelecidos a partir das mesmas foram mantidos com diferentes teores de umidade (original e ajustados para atingir 60% e 90% da capacidade de campo) e incubados a 30 °C por 30 dias. Ao longo do período de incubação, os fluxos de N2O a partir desses solos foram analisados por cromatografia gasosa. Amostras coletadas do interior dos microcosmos, antes e depois da aplicação dos tratamentos, foram comparadas quanto à estrutura de suas comunidades bacterianas, utilizando a técnica de T-RFLP, e quanto à abundância dos genes 16S rRNA, nirK, norB e nosZ, através da técnica de qPCR. Somente os solos que tiveram sua umidade ajustada para 90% da capacidade de campo exibiram incrementos significativos na produção de N2O. Em tais amostras, também foi verificada a alteração da estrutura das comunidades bacterianas e do número de cópias dos genes norB e nosZ. Apenas este último, no entanto, apresentou uma correlação positiva com a umidade do solo. A abundância dos genes avaliados não apresentou correlações significativas com as taxas de emissão do GEE. Por outro lado, as emissões cumulativas de N2O se correlacionaram positivamente com as quantidades de genes desnitrificantes presentes inicialmente nas amostras de solo. Estes genes se mostraram mais abundantes nas amostras de pastagem e floresta, as quais apresentavam maiores teores de matéria orgânica, carbono, nitrogênio, nitrato e argila do que aquelas provenientes da área cultivada com cana-de-açúcar. Tais resultados demonstram que o conteúdo de água do solo afeta a taxa de emissão de N2O, mas que isso não se deve a alterações na abundância das bactérias envolvidas no processo, como as que carregam os genes nirK, norB e nosZ. Aparentemente, no entanto, quantidade de GEE que o solo é capaz de produzir está relacionada ao tamanho das populações desses organismos desnitrificantes. / Nitrous oxide (N2O) is an important greenhouse gas (GHG) and, in terrestrial ecosystems, it is mainly produced by denitrification. This process occurs under anaerobic conditions and, therefore, is strongly stimulated by the increase of the soil moisture content. However, soils under different uses may exhibit distinct N2O emission rates, even when they have the same moisture content. It is still not clear whether this is due solely to the fact that they differ in relation to physical and chemical properties that affect the activity of denitrifying organisms or whether this is also due to differences in the size of their populations. The aim of this work was to evaluate the relations between N2O fluxes, moisture and abundance of bacterial genes involved in denitrification process (nirK, norB e nosZ) in soil samples from forest, pasture and sugarcane field, through a microcosm experiment. These samples were collected at Fazenda Capuava, located in Piracicaba, SP. Microcosms established from them were maintained with different moisture contents (original and adjusted to achieve 60% and 90% of field capacity) and incubated at 30 °C for 30 days. During the incubation period, the N2O fluxes from soils were analyzed by gas chromatography. Soil samples from microcosms, collected before and after application of the treatments, were compared regarding the structure of their bacterial communities, by using T-RFLP technique, and the abundance of 16S rRNA, nirK, norB and nosZ genes, through qPCR technique. Only samples that had their moisture content adjusted to 90% of field capacity exhibited significant increases in N2O production. In these samples, changes in the structure of bacterial communities and in the copy numbers of norB and nosZ genes were also detected. Only the latter gene, however, showed a positive correlation with soil moisture. The abundance of the quantified genes showed no significant correlations with the gas emission rates. On the other hand, the cumulative N2O emissions were positively correlated with the amounts of denitrifying genes initially present in the samples. These genes were more abundant in pasture and forest soils, which had higher levels of organic matter, carbon, nitrogen, nitrate and clay than those from sugarcane cropping area. These results indicate that soil water content affects the N2O emission rates. However it is not due to changes in the abundance of bacteria involved in the process, such as those that bear the nirK, norB and nosZ genes. Apparently, it is the size of these organisms\' populations that determines the amount of GHG that the soil is able to produce.

Por representar a mais importante arbovirose em nível mundial, as infecções causadas pelos vírus da dengue são de grande importância em nosso país, apresentando uma ampla variedade de sintomas clínicos que vão desde infecção assintomática até formas mais graves da doença. O título de anticorpos neutralizantes produzidos frente à infecção por dengue parece ser determinante na forma de apresentação da doença no paciente. Atualmente, a forma com que o teste de neutralização é realizado demanda tempo para sua realização. O objetivo deste trabalho foi padronizar um ensaio de neutralização viral por RT-PCR em tempo real em cepas virais dos quatro sorotipos dengue para, posteriormente, ser empregada na detecção rápida e em grande escala de anticorpos em soro de pacientes e de candidatos vacinais. Para isso, foram construídas curvas padrão, para cada sorotipo viral, por meio da transcrição in vitro do RNA viral. O ensaio de neutralização padronizado nesse estudo reduziu o número de dias de detecção da neutralização em 48 horas quando comparada com a técnica de neutralização tradicional (PRNT), além de utilizar técnicas moleculares sensíveis e específicas para detecção como a RT-PCR em tempo real que garantem maior aplicabilidade do teste. / Because Dengue virus is the most important arboviral disease worldwide, infections caused by this pathogen are of great importance in Brazil, producing a wide variety of clinical symptoms ranging from asymptomatic infection to more serious forms of the disease. The title of neutralizing antibodies produced against the dengue infection appears to be determinant in the outcome of the disease. Currently, neutralization tests that have been performed take time for its execution. The aim of this study was to standardize a viral neutralization assay by real-time RT-PCR of viral strains of the four Dengue serotypes to subsequently be used for rapid detection and large-scale using antibodies of patients and for vaccine candidates. For this matter, standard curves were constructed for each Dengue serotype, by in vitro transcription of viral RNA. The neutralization assay in this study reduced the period of neutralization to 48 hours, compared to traditional neutralization test (PRNT), and it uses a more sensitive and specific molecular technique for detection of neutralizing antibodies, such as real time RT-PCR, to ensure greater applicability of the test

A vida moderna tem gerado mudanças importantes nos hábitos alimentares em todo o mundo e observa-se um aumento da demanda por alimentos prontos para o consumo, tais como frutas e hortaliças minimamente processadas. As condições de embalagem e armazenamento destes produtos podem favorecer a multiplicação de bactérias psicrotróficas, destacando-se o patógeno Listeria monocytogenes. Para estudos de avaliação de riscos microbiológicos relativos a L. monocytogenes, dados quantitativos são fundamentais, mas, os métodos para enumeração disponíveis atualmente são trabalhosos e morosos. Há grande interesse no desenvolvimento de métodos rápidos para a determinação das populações de L. monocytogenes, o que pode reduzir significativamente o tempo de análise. Neste trabalho, foram analisadas 162 amostras de hortaliças minimamente processadas adquiridas no comércio varejista de Ribeirão Preto/SP, no período de setembro de 2007 a agosto de 2008. Foram realizados ensaios convencionais para enumeração de coliformes totais e termotolerantes, Escherichia coli e bactérias aeróbias psicrotróficas. Foi realizada a detecção de Listeria sp. por imunoensaio (Oxoid Listeria Rapid Test) e de Salmonella por método convencional. Alíquotas congeladas de amostras positivas para L. monocytogenes e Salmonella sp. foram também avaliadas quantitativamente empregando-se métodos convencionais. Para quantificação de L. monocytogenes foi utilizado o método da Reação de Polimerase em Cadeia (PCR) em tempo real, com primers de DNA baseados em 16S rRNA. Para a comparação do método de PCR em tempo real e método convencional de cultivo, foram inoculadas seis amostras de hortaliças minimamente processadas (alface, cheiro-verde, couve, almeirão, repolho e acelga) com três níveis de inoculação. Dentre as 162 amostras de hortaliças analisadas, L. monocytogenes foi detectada em uma amostra de couve e uma de cheiro-verde, com populações de 1,5 x 103 e 0,43 NMP/g, respectivamente. Salmonella sp. foi isolada de duas amostras de almeirão, com populações de 0,09 e 4,6 NMP/g. Contaminação por coliformes totais foi detectada em 132 (81,5%) amostras e por coliformes termotolerantes em 107 (66%) amostras. Escherichia coli foi confirmada em 86 (53,1%) amostras, enquanto que 158 (96,7%) amostras apresentaram população de bactérias psicrotróficas maior que 5 log UFC/g. Os resultados obtidos entre os dois métodos desenvolvidos apresentaram pouca variação e todos os resultados foram concordantes considerando-se o intervalo de confiança de 95% da técnica do NMP (SWANSON; PETRAN; HANLIN, 2001). A PCR em tempo real foi otimizada com a preparação comercial ABSOLUTETM QPCR SYBR® Green Mix (ABgene, Reino Unido) e os primers utilizados mostraram ser específicos para L. monocytogenes. As populações de microrganismos encontradas nestes alimentos indicaram a baixa qualidade microbiológica e evidenciaram a importância da implantação de programas para garantia da inocuidade de alimentos na cadeia produtiva das hortaliças minimamente processadas. A PCR em tempo real mostrou ser de fácil execução e diminuiu o tempo de obtenção de resultados para pouco mais que 48 horas em comparação com o tempo gasto (7 dias) quando as hortaliças foram analisadas por meio do método convencional de cultivo. / Modern lifestyles have deeply changed eating habits worldwide, with an increasing demand for ready-to-eat foods, including minimally processed fruits and leafy greens. Packaging and storage conditions of these products may favor the growth of psychrotrophic bacteria, such as the pathogen Listeria monocytogenes. For microbiological risk assessment, it is crucial to generate quantitative data on foodborne pathogens, but the enumeration methods currently available are labor and time consuming. There is great interest in the development of reliable and fast methods for enumeration of L. monocytogenes, in order to shorten the time needed to obtain quantitative results. In this study 162, samples of leafy vegetables minimally processed were acquired at retail market in Ribeirão Preto from September, 2007 to August 2008 and they were analysed by conventional enumerating methods for total and thermophilic coliforms, Escherichia coli and psychrotrophic aerobic bacteria. Presence or absence of Listeria spp. was evaluated by immunoassay (Oxoid Listeria Rapid test) and detection of Salmonella was performed by conventional methods. Frozen aliquots of Salmonella spp. and L. monocytogenes positive samples were quantitatively evaluated by conventional methods and L. monocytogenes was also enumerated by real-time Polymerase Chain Reaction (PCR) with DNA primers based on 16S rRNA. Real-time PCR method was applied to analyze six artificially contaminated vegetables and the results obtained with this methodology were similar to the ones obtained with conventional most probably number (MPN) technique with a confidence interval of 95% (SWANSON; PETRAN; HANLIN, 2001). Of the 162 samples analyzed, L. monocytogenes was detected in one sample of collard green and in one mixed bunch of parsley plus spring onion (1.5x103 and 0.43 MPN/g, respectively). Salmonella sp was detected in two samples of common chicory with populations of 0.09 and 4.6 MPN/g. One hundred and thirty two samples (81.5%) showed contamination by total coliforms and 107 (66%) by thermophilics coliforms. Escherichia coli was confirmed in 86 (53.1%) samples while 156 (96.7%) showed populations of psychrotrophic bacteria above of 5 log CFU/g. PCR was optimized with a commercial preparation ABSOLUTE TM QPCR SYBRÒ Green Mix (ABgene, UK) and the primers utilized were specific for L. monocytogenes. These results showed the low microbiologic quality of minimally processed vegetables samples studied and indicate an urge for implementation of quality programs from producer to processors of these ready-to-eat foods. Realtime In comparison with the conventional culture method, real-time PCR was more easily performed and the time required to obtain the results was reduced to ca. 48 hours, in comparison with 7 days for conventional method.

O infiltrado inflamatório, a perda maciça de células acinares e a fibrose se destacam como alterações da pancreatite alcoólica crônica, o que é reflexo da expressão gênica. O -tocoferol regula a expressão de vários genes, entre eles moduladores de proteínas extracelulares e de inflamação. O presente trabalho teve como intuito avaliar o efeito da suplementação com vitamina E sobre a expressão gênica pancreática de marcadores inflamatórios, em ratos com pancreatite alcoólica crônica induzida por dieta líquida contendo etanol (com ou sem suplementação de -tocoferol), ciclosporina A e ceruleína, por meio da técnica quantitativa de PCR em tempo real. Além disso, foram realizadas determinações de -tocoferol plasmático e hepático, lipídeos totais hepáticos, e análise histopatológica do pâncreas e fígado dos animais submetidos aos diferentes tratamentos (Grupo 1: Controle; Grupo 2: Pancreatite alcoólica crônica; Grupo 3: Pancreatite alcoólica crônica e suplementação com vitamina E). Os animais que receberam suplementação com vitamina E apresentaram maiores valores de -tocoferol plasmático e hepático [(G1: 14,27 ± 1,5 umols/L plasma; 125,47 ± 18,5 nmols/g fígado; 5,1 ± 0,8 nmols/mg lipídeo hepático); (G2: 21,64 ± 3,0 umols/L plasma; 126,54 ± 10,5 nmols/g fígado; 2,8 ± 0,7 nmols/mg lipídeo hepático); (G3: 43,91 ± 6,1 umols/L plasma*; 1595,90 ± 802,7 nmols/g fígado*; 17,3 ± 8,8 nmols/mg lipídeo hepático*)] (*p<0,01). O pâncreas dos animais do Grupo 1 apresentou histologia normal, ao passo que nos Grupos 2 e 3 apresentou focos de destruição tecidual leve a moderada, presença de infiltrado de células mononucleares (linfócitos e plasmócitos) e proliferação de tecido conjuntivo de sustentação, mostrando um quadro ainda em estágios iniciais de pancreatite alcoólica crônica. O fígado do Grupo 1 apresentou histologia normal, e dos Grupos 2 e 3, esteatose macro e microvesicular em grau variável, entre 30 a 60%. A análise de PCR em tempo real mostrou aumento de expressão de todos os 13 genes biomarcadores do processo inflamatório nos Grupos 2 e 3, provocado pela pancreatite alcoólica crônica, em relação ao Grupo 1 (p<0,01). A suplementação com vitamina E na presença de pancreatite no Grupo 3, em relação ao Grupo 2, diminuiu o número de transcritos para 5 genes (-SMA, COX-2, IL-6, MIP-3, TNF-) (p<0,01), aumentou o número de transcritos para 1 gene (Pap) (p<0,01), e não modificou os 7 genes restantes (Col1a1, IL-4, IL-8, IL-10, MCP-1, Mif, MMP-2) (p>0,05). A suplementação com vitamina E apresentou efeitos anti-inflamatórios e benéficos na expressão gênica pancreática de alguns biomarcadores do processo inflamatório em ratos com pancreatite alcoólica crônica, comprovando sua participação em alguns mecanismos da resposta inflamatória no pâncreas. / The inflammatory infiltrate, the massive loss of acinar cells and fibrosis are highlighted as changes in alcoholic chronic pancreatitis, which is a gene expression reflection. The -tocopherol regulates many genes expression, including extracellular proteins and inflammation modulators. This study was aimed to evaluate the vitamin E supplementation effect on pancreatic gene expression of inflammatory markers in rats with alcoholic chronic pancreatitis induced by liquid diet containing ethanol (with or without -tocopherol supplementation), cyclosporin A and cerulein through the quantitative real time PCR technique. Moreover, -tocopherol content in plasma and liver were analyzed, total lipid content in liver, and pancreas and liver histopathology of animals subjected to different treatments (Group 1: Control, Group 2: Alcoholic chronic pancreatitis, Group 3: Alcoholic chronic pancreatitis and vitamin E supplementation). The animals that received vitamin E supplementation had higher -tocopherol amounts in plasma and liver [(G1: 14,27 ± 1,5 umols/L plasma; 125,47 ± 18,5 nmols/g liver; 5,1 ± 0,8 nmols/mg liver lipid); (G2: 21,64 ± 3,0 umols/L plasma; 126,54 ± 10,5 nmols/g liver; 2,8 ± 0,7 nmols/mg liver lipid); (G3: 43,91 ± 6,1 umols/L plasma*; 1595,90 ± 802,7 nmols/g liver*; 17,3 ± 8,8 nmols/mg liver lipid*)] (*p<0,01). The pancreas of animals in Group 1 had normal histology, whereas in Groups 2 and 3 presented tissue destruction foci with mild to moderate mononuclear cells infiltration (lymphocytes and plasma cells) and connective tissue proliferation, showing an early stage occurrence of alcoholic chronic pancreatitis. The Group 1 liver showed normal histology, and Groups 2 and 3, macro and microvesicular steatosis in varying degrees, from 30 to 60%. The quantitative real time PCR analysis showed increased expression of all 13 inflammatory biomarkers genes in Groups 2 and 3, caused by alcoholic chronic pancreatitis, compared to Group 1 (p<0,01). Vitamin E supplementation in the presence of pancreatitis in Group 3, compared to Group 2, decreased the transcripts number for five genes (-SMA, COX-2, IL-6, MIP-3, TNF-) (p<0,01), increased the transcripts number for one gene (Pap) (p<0,01), and did not alter the seven remaining genes (Col1a1, IL-4, IL-8, IL-10, MCP-1 , Mif, MMP-2) (p>0,05). Vitamin E supplementation showed anti-inflammatory and beneficial effects on pancreatic gene expression of some inflammation biomarkers in rats with alcoholic chronic pancreatitis, confirming its participation in the inflammatory response mechanisms in the pancreas.

A formação de biofilmes é um fator preocupante para indústria de alimentos, pois pode comprometer a sanitização de superfícies de contato e aumentar o risco de contaminação por patógeno em alimentos processados. L. monocytogenes é uma bactéria de ampla distribuição no ambiente e com capacidade de formar biofilmes e sobreviver por longos períodos em condições adversas. Esta bactéria pode causar doenças em pessoas imunocomprometidas e mulheres grávidas manifestando-se por infecções do sistema nervoso central, abortos e nascimentos prematuros. Vários estudos têm demonstrado que algumas bactérias podem sofrer transição para o estado viável mas não cultivável em resposta ao estresse. Considerando-se a importância da garantia da segurança e qualidade dos alimentos, há necessidade de desenvolvimento e de padronização de técnicas rápidas para a quantificação de células viáveis de L. monocytogenes em alimentos e biofilmes. Neste estudo foi avaliada a formação de biofilmes e viabilidade celular de Listeria monocytogenes em condições de estresse. Foram utilizadas técnicas de semeadura em placa e quantificação direta por microscopia de fluorescência com os corantes cloreto de 5-ciano-2,3-di-(p-tolil) tetrazólio (CTC) e 4,6-diamino-2- fenilindol (DAPI). Foram também realizados ensaios preliminares para padronização da Reação da Polimerase em Cadeia em tempo real (PCR em tempo real) com amostras previamente tratadas com brometo de etídio monoazídico (EMA). Os resultados obtidos demonstraram que o método de semeadura em placa foi adequado somente para a enumeração de células viáveis de L. monocytogenes em biofilmes enquanto que o método de enumeração por microscopia de fluorescência com CTC-DAPI permitiu quantificar bactérias no estado viável e viável mas não cultivável. Também foi observado que a presença de bacteriocinas de L. sakei 1 e L. mensenteroides 11 causou a diminuição na viabilidade e formação de biofilmes por L. monocytogenes. Os resultados preliminares utilizando culturas puras de L. monocytogenes demonstraram que o tratamento com brometo de etídio monoazídico (EMA) antes da análise por PCR em tempo real reduziu a amplificação do DNA de células mortas em 1 log de UFC por mL. No entanto dependendo da concentração utilizada, pode ocorrer também a inibição da amplificação de células viáveis de L. monocytogenes. Os resultados do presente trabalho indicaram que a microscopia de fluorescência é comparável à placa para análise de células de L. monocytogenes não estressadas. Entretanto, para a quantificação de L. monocytogenes submetida a estresse, é desejável a utilização de corantes de viabilidade celular. O método de PCR em tempo real com pré-tratamento com EMA é promissor mas, ainda necessita de maior padronização para avaliação de sua aplicabilidade na determinação seletiva de células viáveis de L. monocytogenes. / Biofilm formation is of great concern for food industry because it may compromise sanitization of surfaces and increase contamination risk of processed foods by bacterial pathogens. L. monocytogenes is an ubiquitous bacterium which is able to form biofilms and to survive for long periods under adverse conditions. L. monocytogenes may cause disease in immunocomprommised people and pregnant women, manifesting as central nervous system infections, abortion and premature birth. Some bacteria can undergo transition to viable but non-cultivable state in response to stress and it is important to study techniques for rapid quantification of viable cells of L. monocytogenes in foods. In this study biofilm formation and cell viability of Listeria monocytogenes were studied in stress conditions by plate counting, direct quantification by fluorescence microscopy with double staining dyes 5-cyano-2,3-ditolyl tetrazolium chloride (CTC)/4\'-6 diamino-2 phenylindole (DAPI). Preliminary experiments with real time polymerase chain reaction and treatment with ethidium bromide monoazide (EMA) were also performed. The results showed that plate count method was suitable for enumeration only of viable cells of L. monocytogenes in biofilms since, fluorescence microscopy with CTC-DAPI yielded higher counts, probably due to the presence of viable but nonculturable cells. It was also observed that the presence of bacteriocins of L. sakei 1 and L. mensenteroides 11 decreased viability and formation of biofilm by L. monocytogenes. Results obtained with pure cultures of L. monocytogenes showed that the treatment with ethidium bromide monoazide (EMA) before real time PCR detection, reduced DNA amplification of dead cells in 1 log CFU per mL, but depending on the concentration used, EMA also inhibited amplification of viable cells of L. monocytogenes. The results indicated that plate counting and fluorescence microscopy are equivalent for enumeration of non-stressed L. monocytogenes cells. However, the use of double staining with fluorescence microscopy is a more suitable method if stressed cells are present. The EMA-real time PCR is a promissing tool for rapid evaluation of viable L. monocytogenes, but it needs further standartization.

A ulceração aftosa recorrente (UAR) é uma das lesões mais freqüentes da cavidade bucal, comprometendo a qualidade de vida de seus portadores muitas vezes de maneira importante. Embora sua etiopatogenia ainda não esteja esclarecida, vários fatores têm sido consistentemente relacionados ao surgimento da UAR, especialmente alterações imunológicas e genéticas, conduzindo grande parte da investigação científica para esses campos do conhecimento. Os receptores Toll-Like (TLR) reconhecem produtos moleculares derivados, principalmente, de microrganismos, desencadeando a resposta inflamatória protetora. Entretanto, anormalidades em sua função podem estar relacionadas ao desenvolvimento de doenças, pela ativação aberrante do sistema imunológico. A proposta desta investigação foi a de se avaliar a expressão dos receptores TLR-2, TLR-4 e TLR-7 através do RT-PCR em tempo real, a partir de amostras de sangue periférico e da mucosa bucal de população portadora de UAR e indivíduos controles sadios. Cinco pacientes UAR e quatro controles voluntários compuseram a casuística estudada, sendo submetidos à biópsia de lesões de UAR ou de mucosa de revestimento sadia. Na mesma sessão os pacientes tiveram sangue coletado por venopunção. Posteriormente, ambos os materiais foram submetidos aos procedimentos laboratoriais de extração do RNA e análise de expressão dos receptores TLR por meio da técnica de RT-PCR real time. Não houve diferença significativa na expressão destes receptores entre portadores de UAR e controles sadios, nos dois tipos de amostra. Estudos mais aprofundados são necessários a fim de se verificar a real participação destes receptores na UAR, visto que não há outros estudos nesta área e a amostra analisada foi pequena. / Recurrent aphthous stomatitis (RAS) is one of the most common oral mucosal diseases which may cause serious impairment on patients quality of life. Despite its still unknown pathogenesis, several factors have been consistently associated with RAS, especially genetic and immunological changes, which has driven a lot of research effort towards these issues. Toll-Like receptors (TLR) recognize molecular products, mainly derived from microorganisms, triggering the inflammatory response. However, abnormalities in their function may give rise to the development of diseases, through abnormal activation of the immune system. The purpose of this investigation was to evaluate the expression of receptors TLR-2, TLR-4 and TLR-7 in peripheral blood and tissue samples of RAS and healthy controls, through real time RT-PCR technique. Five UAR patients and four healthy volunteers with no RAS history composed the casuistic and were submitted to biopsy of their UAR lesions or normal oral mucosa. On that same session patients had a blood sample taken through venopuncture. Both samples (tissue and blood) were, afterwards, submitted to lab procedures of RNA extraction and toll-like receptors expression through real time RT-PCR. There were no significant differences in the expression of these receptors between RAS and healthy controls in the two sample types. Further studies are necessary to allow sound conclusions on the actual participation of these receptors in RAS, since the sample followed were small and there are no similar studies published.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2015-02-04T11:34:12Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Fernanda Antunha de Freitas - 2014.pdf: 1434433 bytes, checksum: dc31fc189484df358ff2c4b1c41491b3 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-02-05T14:21:32Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Fernanda Antunha de Freitas - 2014.pdf: 1434433 bytes, checksum: dc31fc189484df358ff2c4b1c41491b3 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-05T14:21:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Fernanda Antunha de Freitas - 2014.pdf: 1434433 bytes, checksum: dc31fc189484df358ff2c4b1c41491b3 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-02-21 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Staphylococcus aureus can produce a wide variety of virulence factors secreted or associated with bacterial wall, among them the exotoxins. The pathogenicity of S. aureus to the bovine udder is not quite clarified, but the staphylococcal exotoxins and their combinations may play a role in the pathogenic potential of the microorganism. Considering that knowing the virulence factors of S. aureus provides an important information of the establishment of effective control strategies of intramammary infections we aimed to detect the DNA of S. aureus isolates from milk of cows with clinical or subclinical mastitis and identify genes encoding bacterial exotoxins and superantigens. For this purpose, in the present study were used 55 isolates of S. aureus, obtained from milk samples from cows with clinical or subclinical mastitis. The isolates were electronically identified using the methodology described by Vitek 2® device manual. Genomic DNA extrac ted using the High Pure PCR Template Preparation Kit. The laboratory analysis for detection of species and genes encoding the exotoxins were performed at the Laboratório de Especialidades Biológicas of Centro de Pesquisa em Alimentos of Escola de Veterinária e Zootecnia da Universidade Federal de Goiás (LEB/CPA/EVZ/UFG). The gene eta was detected in 85,5% of the isolates, the pvl gene in 63,6% and the tst gene in 14,5%. The etb gene was not isolated. It was verified that the Real Time PCR technique for detection of sodA gene proved to be effective in identifying the species S. aureus, and may become an important tool in the diagnosis of the bovine mastits causing microorganisms. The isolates of S. aureus mastitis harbor genes exotoxins, such as pvl, tst and eta, which the last one may play an important role in the pathogenesis of bovine mastitis since the majority of the isolates showed to be positive for its presence. / Staphylococcus aureus é capaz de produzir uma grande variedade de fatores de virulência associados à parede bacteriana ou secretados, entre eles as exotoxinas. Sua patogenicidade para o úbere bovino não está completamente elucidada, mas as exotoxinas estafilocócicas e suas combinações podem desempenhar papel no potencial patogênico do microrganismo. Levando em consideração que o conhecimento dos fatores de virulência de S. aureus fornece informações importantes para o estabelecimento de estratégias efetivas de controle de infecções intramamárias, objetivou-se detectar o DNA de S. aureus isolados de leite provenientes de vacas com mastite clínica ou subclínica e identificar genes codificadores de superantígenos bacterianos e exotoxinas. Para tanto, no presente estudo foram utilizados 55 isolados de S. aureus, obtidos a partir de amostras de leite provenientes de vacas com mastite clínica ou subclínica. Os isolados foram identificados eletrônicamente a partir da metodologia descrita pelo manual do equipamento Vitek 2 ® . O DNA genômico extraído utilizando o High Pure PCR Template Preparation Kit. As análises laboratoriais de detecção da espécie e dos genes codificadores das exotoxinas foram realizadas no Laboratório de Especialidades Biológicas do Centro de Pesquisa em Alimentos da Escola de Veterinária e Zootecnia da Universidade Federal de Goiás (LEB/CPA/EVZ/UFG). Detectou-se o gene eta em 85,5% dos isolados, o gene pvl em 63,6% e o gene tst em 14,5%. O gene etb não foi isolados. Verificou-se que a técnica de PCR em tempo real para detecção do gene sodA, mostrou-se eficaz na identificação da espécie S. aureus, podendo se tornar uma ferramenta importante no diagnóstico dos microrganismos causadores de mastites bovinas. Os isolados de S. aureus de mastite carream genes de exotoxinas, como pvl, tst e eta, sendo que este último pode ter um papel importante na patogênese de mastites bovinas, visto que a maioria dos isolados se mostraram positivos para a sua presença.

A malária transmitida por transfusão sanguínea permanece como uma das infecções mais relevantes para os serviços de hemoterapia. Dados sobre a frequência de malária transfusional mostram valores que variam de menos que 0,2 casos por milhão de unidades de sangue em países não endêmicos a 50 casos ou mais em áreas com transmissão ativa. Embora no Brasil a incidência de malária por transfusão sanguínea não seja conhecida, este evento pode contribuir para a disseminação da doença em casos de falha na triagem clínico-epidemiológica ou na ocorrência de doadores assintomáticos nos bancos de sangue. Doadores que ocasionaram malária transfusional geralmente apresentavam parasitemias muito baixas com estimativa de um a 10 parasitos presentes por unidade de sangue, o que requer metodologias mais sensíveis para o diagnóstico e prevenção. O presente estudo de corte transversal e de abrangência nacional, visou a estimar a prevalência de marcadores específicos para malária em grande número de amostras de doadores de sangue agrupadas em pools, através de diferentes metodologias moleculares e um teste sorológico. Participaram 147 serviços hemoterápicos brasileiros, públicos e/ou privados localizados em áreas endêmicas e não endêmicas para malária e 13.338 doadores de sangue aprovados pelos métodos de triagem locais. As amostras foram agrupadas em pools de 10 totalizando 1299 pools. Esses pools foram processados por quatro técnicas diferentes de PCR em tempo real e uma técnica de nested PCR. Também foi empregado um teste rápido para detecção de anticorpos. Os pools positivos pelas PCRs foram ensaiados individualmente para detectar o(s) doador(es) positivo(s). Foram identificados 43 pools com amplificação para Plasmodium pela PCR em tempo real, sendo 4,72% de pools positivos da Região Amazônica e 3,19 da Extra-Amazônica. A nested PCR conseguiu identificar quatro pools com P. vivax, dois pools contendo P. falciparum e um pool com P. malariae, todos de doadores de Região Extra-Amazônica. Amostras dos pools positivos foram processadas individualmente e a PCR em tempo real mostrou amplificação em 25 doadores, uma positividade de 6,94% em 360 amostras individuais analisadas, sendo apenas uma de doador de Região Amazônica. A nested PCR identificou P. malariae em um doador e P. vivax em outro. O teste rápido revelou presença de anticorpos contra P. vivax em 13 pools de área não endêmica e 3 pools de área endêmica, sendo somente em um pool positivo pela PCR em tempo real. Limitações do estudo foram a descontinuação do teste rápido no Brasil que impediu a análise individual dos pools positivos e a problemas relativos à conservação das amostras de sangue individuais, o que dificultou a identificação de algumas amostras. A técnica de PCR em tempo real apresentou o melhor desempenho e foi capaz de identificar Plasmodium mesmo em amostras agrupadas em pool de 10, diminuindo desta forma o tempo e o custo do processamento. Os resultados deste estudo, que analisou amostras de sangue de doadores de áreas endêmicas e não endêmicas brasileiras, constituindo um painel nacional, revelaram o risco de malária transfusional em nosso país e a necessidade de validação de protocolos sensíveis para detecção de baixas parasitemias. Estes resultados poderão subsidiar as tomadas de decisões das agências reguladoras hemoterápicas, minimizando desta forma a transmissão de malária em bancos de sangue brasileiros / Malaria transmitted by blood transfusion remains one of the most important infections for hemotherapy services. Data on the frequency of transfusion malaria show values ranging from less than 0.2 cases per million units of blood in nonendemic countries to 50 or more cases in areas with active transmission. While in Brazil the incidence of malaria by blood transfusion is unknown, this event may contribute to the spread of the disease in cases of failure in the clinical and epidemiological screening or due to the occurrence of asymptomatic donors in blood banks. Donors that caused transfusion malaria mostly showed very low parasitemia with an estimated rate of 1 to 10 parasites per unit of blood, which requires sensitive methods for the diagnosis and prevention. This cross-sectional study with samples from whole country, aimed to estimate the prevalence of specific markers for malaria in large number of samples from blood donors grouped into pools, using different molecular methods and one serologic test. It was included 147 Brazilian public or private blood banks located in endemic and nonendemic areas for malaria with 13,338 blood donors that have been accepted by the local methods of screening. The samples were grouped into pools of 10 totalizing 1,299 pools that were processed by four different techniques of real time PCR and one nested PCR. It was also used a rapid test for antibody detection. Samples from the positive pools were tested individually by PCR to detect positive donors. Real-time PCR revealed amplification for Plasmodium in 43 pools with samples from Amazon Region (4.72%) and Extra-Amazon Region (3.19%). Nested PCR was able to identify four pools with P. vivax, two pools with P. falciparum and one pool with P. malariae, all related to samples from Extra-Amazon Region. Samples from positive pools were processed individually and real-time PCR revealed amplification in 25 donors, showing a positivity rate of 6.94% in 360 individual samples, with only one donor from Amazon Region. Nested PCR showed amplification in samples from two donors, one harboring P. malariae and one P. vivax. The rapid diagnostic test revealed the presence of antibodies against P. vivax in 13 pools from non-endemic area and in three pools from endemic area. Only one of the PCR positive pools resulted positive in the rapid diagnostic test. Limitations of this study were related to the unavailability of the rapid test in Brazil for processing the individual samples from the positive pools and problems concerning the storage of individual blood samples. Real-time PCR showed the best performance and was able to identify Plasmodium in pools of 10 samples, reducing time and cost of processing. The results of this study, which analyzed blood samples from donors from endemic and non-endemic Brazilian areas revealed the risk of transfusion malaria in our country and the need for sensitive validated protocols for detection of low parasitaemia. These results may support the decision making of blood donor screening criteria by regulatory agencies, in order to reduce malaria transmission in Brazilian blood banks

A baixa eficiência e a dificuldade de reprodução de resultados da técnica de transferência gênica mediada por espermatozoides (TGME) têm como possível explicação à ativação de endonucleases espermáticas. Assim, a inibição desta enzima poderia evitar a fragmentação de DNA (exógeno e genômico), possibilitando assim, o uso de maiores concentrações de DNA exógeno, aumentando a eficiência e garantindo a reprodutibilidade da técnica. O ácido aurintricarboxílico (ATA) é um inibidor geral de endonucleases (HALLICK et al., 1977), inclusive das endonucleases espermáticas (MAIONE et al., 1997; MAGNANO et al., 1998). Deste modo, o presente estudo objetivou avaliar a inibição das endonucleases espermáticas, pelo ácido aurintricarboxílico (ATA). Para isso, três experimentos foram realizados: 1) avaliar a inibição das endonucleases espermáticas pela adição do ácido aurintricarboxílico, após incubação com DNA exógeno; 2) verificar a eficiência do ATA na inibição de fragmentação de DNA genômico e 3) detectar o aumento nos índices de internalização após o uso de ATA. Para o primeiro experimento, um ensaio de digestão plasmidial com os plasmídeos PCX-EGFP e pmGENIE3 e três concentrações de ATA (10&micro;M, 25&micro;M e 50&micro;M) foram testados. As digestões dos vetores plasmidiais ocorreram pela incubação dos plasmídeos PCX-EGFP e pmGENIE3, com e sem a presença de ATA, com extratos espermáticos. As incubações ocorreram durante 1 hora à 37ºC e os produtos foram analisados por eletroforese (2 horas, 100mV) em gel de agarose 0,7%. Os resultados foram avaliados em escala de cruzes, no qual 1 foi considerado digestão total dos plasmídeos e 3, a não digestão. Os resultados foram analisados em nível de significância de 5%. Os resultados demonstraram diferenças nas digestões dos dois vetores plasmidiais, sendo o pmGENIE3 mais susceptível à degradação pelo extrato espermático, demonstrando ausência de bandas em algumas replicatas (mediana=1). O PCX-EGFP apresentou inibição parcial da degradação já com 10&micro;M de ATA. Já o pmGENIE só apresentou inibição da degradação com 25 ou 50&micro;M de ATA. Assim a concentração utilizada nos experimentos consecutivos foi a de 50&micro;M. Para o experimento 2, espermatozoides de camundongos da linhagem Bl-6/DBA (F1) foram incubados com duas concentrações (500 ou 1000ng) do plasmídeo PCX-EGFP, com ou sem pré-incubação com ATA. As incubações ocorreram durante 5 horas, em ar com 5% de CO2 à 37ºC. Assim, os espermatozoides foram submetidos ao teste de susceptibilidade à denaturação ácida e ao ensaio de cometa alcalino para verificar possível fragilidade da cromatina. Os dados demonstraram que o uso do ATA em espermatozoides murinos leva à fragilidade do genoma, independente de serem incubados com DNA exógeno e a concentração do mesmo. Além disso, foi possível verificar que pode existir um limiar de concentração ótima para que as endonucleases causem fragmentação do DNA cromossomal, o qual foi de 500ng. O uso de concentrações maiores, como 1000ng, pode ter agido como fator protetor ao DNA genômico, podendo este DNA exógeno ter sido o alvo primário das endonucleases, já que quando as amostras foram incubadas com essa concentração de plasmídeo, não houve altos índices de fragmentação no DNA endógeno. No experimento 3, espermatozoides de camundongos foram incubados com 500 ou 1000ng de PCX-EGFP/106 células, sendo ou não pré-incubados com ATA. O DNA genômico das células espermáticas foi extraído pelo método de fenol clorofórmio, diluído para concentração de 1ng/&micro;l e submetidos à quantificação de DNA plasmidial pela técnica de quantificação absoluta em tempo real (qPCR). Os resultados demonstraram que o ATA não melhorou a eficiência de incorporação, já que tanto na concentração de 500 quanto na de 1000ng de DNA exógeno, a porcentagem foi menor (0,001% para os dois grupos) em relação aos grupos nos quais este não foi utilizado. Os grupos em que o ATA não foi utilizado não apresentaram diferença entre si demonstrando que a quantidade de 500ng de DNA exógeno foi suficiente na internalização deste ao espermatozoide, sendo a porcentagem de incorporação maior do que 1000ng (0,20% contra 0,10%). Contudo, o uso do inibidor de endonucleases, ao invés de aumentar os índices de incorporação apresentou resultados opostos, indicando que seu uso não trouxe melhorias para a técnica de TGME. / The low efficiency and low repeatability of sperm-mediated gene transfer (SMGT) could be due to the activation of sperm endonucleases. The inhibition of this enzyme would avoid genomic DNA fragmentation enabling the use of higher concentrations of exogenous DNA, increasing the efficiency and ensuring the reproducibility of this technique. Aurintricarboxilic acid (ATA) is a general inhibitor of endonucleases (HALLICK et al., 1977), including sperm endonucleases (MAIONE et al., 1997; MAGNANO et al., 1998). This study aimed to evaluate the inhibition of sperm endonucleases using the aurintricarboxilic acid (ATA). For that, three experiments were set: 1) evaluate the inhibition of sperm endonucleases by adding aurintricarboxilic acid after incubation with exogenous DNA, 2) study the inhibition efficiency of ATA in genomic DNA fragmentation and 3) detect exogenous DNA internalization after the use of ATA. For the first experiment, a plasmid digestion assay with pmGENIE3 and PCX-EGFP and three concentrations of ATA (10&micro;M, 25&micro;M and 50&micro;M) were tested. The digestion of plasmid vector occurred by incubation of PCX-EGFP and pmGENIE3 with and without the presence of ATA with sperm extracts. Incubations took place for 1 hour at 37°C and the products were analyzed by electrophoresis (2 hours, 100mV) in 0,7% agarose gel. The results were evaluated on a cross scale whereas 1 was considered a total plasmid digestion and 3 no digestion. The results were analyzed with a significance level of 5%. The results show differences in the digestion of the two plasmid vectors, being pmGENIE3 more susceptible to degradation by sperm extract, demonstrating absence of bands in some replicates (median = 1). The PCX-EGFP showed a parcial inhibition of the degradation using 10&micro;M ATA. PmGENIE3 presented inhibiting of degradation only using 25 or 50&micro;M of ATA. Thus, the concentration used in the consecutives experiments was 50&micro;M. For experiment 2, sperm from Bl-6/DBA (F1) mice strain were incubated with two concentrations (500 or 1000ng) of the PCX-EGFP plasmid, with and without pre-incubation with ATA. Incubation took place for 5 hours, with 5% CO2 in air, at 37°C. Sperm samples were subjected to acid denaturation susceptibility test and alkaline comet assay to check for possible chromatin fragility. The data showed that the use of ATA in murine sperm leads to a fragility of their genome, independently of the incubation with exogenous DNA and its concentration. Result showed that there might be a threshold concentration for chromosomal DNA fragmentation caused by endonucleases, which was 500ng of plasmid. The use of higher concentrations, as 1000ng, may be a protective factor for genomic DNA integrity, since exogenous DNA seems to be the primary target of endonucleases, showed by, lower DNA fragmentation levels. In experiment 3, sperm were incubated with 500 or 1000ng PCX-EGFP/106 cells, pre-incubated or not with ATA. Genomic DNA was extracted by phenol chloroform method, diluted to concentrations of 1ng/&micro;l and subjected to quantification of plasmid DNA insertions by absolute quantification in real-time PCR (qPCR). The results showed that ATA did not improve the efficiency of DNA internalization, whereas both concentration of 500 and 1000ng presented a lower percentage of exogenous DNA integration (0.001% in both groups) compared with the groups in which ATA was not used. The groups without ATA did not differ indicating that the amount of 500ng of DNA was able to integrate exogenous DNA to sperm, and have higher percentage of incorporation compared to 1000ng (0,20% versus 0,10%). Thereby, the use of an endonuclease inhibitor instead of increasing integration indexes showed opposite results, indicating that its use did not bring improvements to the SMGT technique.

As MMPs são endopeptidases zinco dependentes que, em conjunto, podem degradar todos os componentes da MEC e gerar moléculas bioativas. São as principais responsáveis pelo remodelamento tecidual durante eventos fisiológicos normais como a embriogênese e organogênese e também em eventos patológicos como a invasão tumoral nos tecidos. As pesquisas na área de mineralização biológica têm buscado identificar os genes envolvidos nos mecanismos moleculares que regula o processo de ossificação endocondral. As MMPs e seus inibidores são responsáveis pelo controle da degradação desta matriz, como os inibidores teciduais das MMPs (TIMPs) e a proteína RECK, que, muito provavelmente, determinam o grau de remodelação da matriz extracelular. Desta forma, nosso objetivo foi delinear o perfil temporal e espacial da expressão das MMP-15/MT2-MMP, MMP-16/MT3- MMP, MMP-17/MT4-MMP, MMP-24/MT5-MMP e MMP-25/MT6-MMP durante a ossificação endocondral em embriões de camundongos e em animais recémnascidos através das técnicas de PCR em tempo real e imunohistoquímica. Por imunohistoquímica, nós não encontramos imunomarcação para a MMP-15/MT2- MMP em nenhum dos períodos analisados, apesar da padronização do anticorpo primário. Tanto a MMP-16/MT3-MMP quanto a MMP-24/MT5-MMP foram imunolocalizadas, principalmente, nos osteoblastos do fronte de ossificação da placa de crescimento. Para a MMP-17/MT4-MMP, durante a diferenciação condrocítica (E13) os condrócitos proliferativos foram imunocorados, bem como os condrócitos hipertróficos no centro da cartilagem do molde cartilaginoso (E14). Durante a invasão celular e vascular (E15), as células mesenquimais oriundas do colar ósseo, provavelmente pré-osteoblastos, foram imunocorados na cavidade medular primitiva e osteoblastos fronte de ossificação foram imunocorados, de E16 a PN1. Observamos para a MMP-25/MT6-MMP o mesmo padrão de imunomarcação das demais MT-MMPs, exceto no molde cartilaginoso, onde apenas as células do periósteo e pericôndrio foram imunocoradas, diferentemente da demais que foram localizadas apenas no centro do molde cartilaginoso. A análise da expressão dos transcritos para todas as MT-MMPs revelou o mesmo perfil de expressão, sendo alta durante a fase de diferenciação condrocítica (E13), tendo queda de expressão de E14 a E16. Em E16 há um aumento de expressão até E18 e, novamente, queda até E20 e pouca ou nenhuma expressão em PN7. Apesar deste perfil semelhante, houve uma expressão diferencial entre elas, sendo a MMP-15/MT2-MMP > MMP- 17/MT4-MMP > MMP-16/MT3-MMP > MMP-24/MT5-MMP > MMP-25/MT6/MMP. Os resultados obtidos mostram, pela primeira vez, que as MT-MMPs estão diferencialmente expressas durante a ossificação endocondral normal em camundongos, sugerindo que a atividade biológica destas enzimas esteja atuando na degradação da matriz extracelular pericelular tanto durante a fase de desenvolvimento quanto de formação óssea. / MMPs are zinc-dependent endopeptidases that, collectivelly, degrade all components of the ECM and generate bioactive molecules. They are able to remodelate the ECM during normal developmental processes such as embryogenesis and organogenesis, as well as in pathological processes such as tumoral invasion. The biological mineralization research looking for discovering the genes involved in the molecular mechanisms that control the endochondral ossification process. MMPs and their inhibitors (TIMPs and RECK) are responsable for bone matrix remodeling and, probably, determinate the level of its turnover. Thus, our goal was to evaluate the temporal-spatial expression of MMP-15/MT2-MMP, MMP-16/MT3-MMP, MMP-17/MT4-MMP, MMP-24/MT5-MMP, and MMP-25/MT6- MMP in mice embryos and newborns during endochondral ossification by Real Time PCR and immunohistochemistry. By immunohistochemistry, MMP-15/MT2-MMP signal was not detected. Both MMP-16/MT3-MMP and MMP-24/MT5-MMP were immunostained, mainly in osteoblasts at ossification front of growth plate. For MMP- 17/MT4-MMP, proliferative chondrocytes were immunopositive during chondrocyte differentiation (E13) as well as in hipertrophyc chondrocytes at the middle of cartilaginous template (E14). During cellular e vascular invasion (E15), mesenchymal cells from bone collar, probable pre-osteoblasts, were immunostained at primary bone marrow and osteoblasts at ossification front from E16 e PN1. For MMP- 25/MT6-MMP, perichondrial and periostal cellls were immunostained at cartilaginous template. All MT-MMPs evaluated showed the same transcript levels profile, being high in chondrocyte differentiation (E13), decreasing from E14 to E16. mRNA levels increased from E16 to E18 and, once more, decreasing from E18 to E20. Despite this profile, we observed difference levels: MMP-15/MT2-MMP > MMP-17/MT4-MMP > MMP-16/MT3-MMP > MMP-24/MT5-MMP > MMP-25/MT6/MMP. Our findings show, for the first time, that MT-MMPs are differentially expressed during normal endochondral ossification in mice, suggesting their biological activity act in pericellular extracellular matrix degradation in both development and bone formation.