Introdução:Até 60% das mulheres com endometriose apresentam como sintoma a infertilidade. Entretanto, os mecanismos envolvidos ainda permanecem não totalmente esclarecidos, especialmente quando não há distorção da anatomia pélvica. A etiologia multifatorial e comprometimento poligênico nesta doença têm sido amplamente aceitos. A aromatase é uma molécula das mais estudadas e há evidências de aumento da expressão do seu gene no endométrio eutópico e ectópico na endometriose. Esta enzima, codificada pelo gene CYP19A1, converte andrógenos a estrógenos e está presente normalmente nas células da granulosa, onde é fundamental para a produção esteroidogênica intrafolicular. Estudos in vitropor cultivo de células da granulosa, mostraram redução da atividade da aromatase em mulheres com endometriose. Devido à escassez de estudos que analisem a expressão do seu gene (CYP19A1) nessas células foi o que estimulou a proposta deste estudo. Este trabalho tem porobjetivo medir a expressão do gene da aromatase por PCR em tempo real nas células da granulosa luteinizadas murais de mulheres com endometriose submetidas a técnicas de reprodução assistida. Pacientes e Métodos: Estudo caso-controle, com 11 mulheres com endometriose e 11 com os fatores tubáreo ou masculino de infertilidade,submetidas à hiperestimulação ovariana controlada (HOC) para reprodução assistida, num total de 12 ciclos para o grupo com endometriose e 11 para o controle. Não houve diferença entre as características clínicas dos dois grupos quanto à idade e parâmetros do ciclo de HOC. As células da granulosa murais foram coletadas de folículos pré-ovulatórios maduros no dia da captação oocitária e isoladas. Posteriormente, procedeu-se à extração do RNA (clorofórmio/ isopropanol) e à transcrição reversa. A PCR em tempo real foi realizada para quantificar os níveis de RNA mensageiro produzidos para o gene da aromatase, normalizados aos produtos do gene endógeno, ß-actina (expressão relativa). Todos os experimentos foram realizados em duplicata. Resultados: não houve diferença na expressão do gene CYP19A1 nas células da granulosa luteinizadas murais de mulheres com endometriose quando comparadas ao grupo controle (p>0,05; Mann Whitney), mesmo na comparação combinada considerando-se separadamente os diferentes graus de endometriose (controle vs. endometriose mínima/leve vs. endometriose moderada/grave, p>0,05;Kruskall Wallis). Conclusão:Os resultados deste estudo sugerem que a aromatase apresenta um mecanismo complexo de controle para sua expressão gênica nas células da granulosa e, apesar de evidências prévias de sua reduzida atividade nessas células na endometriose, a expressão de seu gene parece não estar afetada pela doeça, de acordo com o presente estudo. / Background: Up to 60% of women with endometriosis have infertility symptoms. However, mechanisms remain unclear, mainly when there is no distortion of pelvic anatomy. The multifactorial etiology and polygenic involvement of this disease have been widely accepted. Aromatase is one of the most studied molecules and there are evidences of increased expression of its gene (CYP19A1) on eutopic and ectopic endometrium in endometriosis. This enzyme, codified by the CYP19A1 gene, converts androgens to estrogens and is normally present in granulosa cells, where it plays an essential role for the intrafollicle steroidogenic production. In vitrostudies by granulosa cells culture have demonstrated reduced aromatase activity in women with endometriosis. The scarcity of studies assessing expression of the aromatase gene (CYP19A1) on these target cells stimulated the proposal of this research. The aim of this study is to quantify aromatase gene expression, by real-time PCR, in mural lutein-granulose cells of women with endometriosis undergoing assisted reproduction techniques. Patients and Methods: a case-control study was conducted on 11 women with endometriosis and 11 with male or tubal causes of infertility submitted to ovarian hyperstimulation (HOC), with a total of 12 cycles for endometriosis and 11 for the control group. There was no difference between the groups regarding age or HOC parameters. Mural lutein-granulosacells were harvested from pre-ovulatory follicles during oocyte retrieval and properly isolated. Later, RNA extraction (clorophorm/isopropanol) and reverse transcription were performed. Real-time PCR was run to quantify RNAm products of aromatase gene normalized to those from the control gene, beta-actin (relative expression). All experiments were carried out in duplicate. Results: there was no difference between the groups regarding the gene expression of CYP19A1 (aromatase) gene on mural lutein-granulosa cells (p>0.05, Mann Whitney), even if we consider separately the different stages of endometriosis (control vs. minimal/mild vs. moderate/severe, p>0.05, Kruskall Wallis). Conclusion: These results suggest that aromatase may have a complex control of its gene expression on granulosa cells and, despite of previous evidences showing its reduced activity on these target cells in endometriosis, the gene expression seems not affected by the disease, according to this study.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2018-01-24T17:49:23Z No. of bitstreams: 1 2017 - Leandro Martins Ferreira.pdf: 2738374 bytes, checksum: a6ccde64b30f6cd52122b9030ab6c92e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-24T17:49:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017 - Leandro Martins Ferreira.pdf: 2738374 bytes, checksum: a6ccde64b30f6cd52122b9030ab6c92e (MD5) Previous issue date: 2017-02-22 / CAPES / Faperj / CNPq / Among the abiotic stress, drought is a major environmental stress seriously limiting plant growth and crop productivity. Rice is one of the most important staple food crops in the world and requires a larger quantity of water to produce, once it is a crop extremely sensitive to drought stress. For this reason, to obtain rice plants that cope with drought stress without major reduction in productivity is the challenge for breeding programs nowadays. This work aimed: (i) identify upland rice varieties with contrasting drought tolerance through the evaluation of morphological and physiological traits, (ii) analyse root parameters which could explain the differences between tolerant and sensitive varieties to the drought stress and, (iii) identify new biotechnological targets related with the tolerance through transcript profile analysis in the contrasting varieties. Six experiments were performed, two in greenhouse and four in growth chamber conditions. The experimental design adopted was completely randomized. The first experiment started with ten rice varieties submitted to control and stress conditions during the reproductive stage. The contrasting varieties were selected based on morphological and physiological traits. Experiments from II to IV aimed to correlate the tolerance to the drought stress with the root development and morphology. Experiment V aimed to evaluate the regulation of genes related to the drought tolerance and the experiment VI aimed to analyse the differential expression of genes through the RNAseq analysis in rice roots. Data obtained from the productivity components, tolerance index and multivariate analysis through the evaluation of morphological and physiological traits allowed to identify Catet?o and Piau? variety as the most tolerant and Quebra Cacho and Mira as the most sensitive. Drought tolerance was correlated with a lower root angle and increase in the root density and emission of lateral roots by Catet?o variety during drought stress. Moreover, Catet?o variety has showed higher expression levels and early induction of genes and transcription factors related with drought tolerance. The RNAseq analysis allowed to identify several potential genes which can be used in future breeding programs aimimg the improvement of drought tolerance in rice. / Dentre os estresses abi?ticos que podem limitar o crescimento das culturas agr?colas, a seca ? considerada um dos principais, sendo capaz de reduzir consideravelmente a produ??o global de alimentos. O arroz ? uma das mais importantes culturas agr?colas do mundo e sua produ??o demanda grande quantidade de ?gua, pois ? uma esp?cie extremamente sens?vel ao d?ficit h?drico. Portanto, a obten??o de plantas de arroz que lidam com o estresse h?drico, sem redu??o significativa de produtividade ? um desafio para os programas de melhoramento atuais. Este trabalho teve como objetivos: (i) identificar variedades de arroz de sequeiro contrastantes quanto ? toler?ncia ao estresse h?drico por meio da avalia??o de caracter?sticas morfol?gicas e fisiol?gicas, (ii) analisar par?metros radiculares que possam explicar a diferen?a entre variedades tolerantes e sens?veis ao estresse h?drico e, (iii) identificar novos alvos biotecnol?gicos envolvidos com essa toler?ncia por meio da an?lise do perfil de transcritos nas variedades de arroz contrastantes. Foram realizados seis experimentos, sendo dois em casa de vegeta??o e quatro em c?mara de crescimento. O delineamento experimental utilizado foi o inteiramente casualizado. O primeiro experimento iniciou com dez variedades de arroz submetidas a condi??o controle e estresse h?drico durante o per?odo reprodutivo. As variedades contrastantes foram selecionadas com base em caracter?sticas morfol?gicas e fisiol?gicas analisadas. Os experimentos II a IV foram realizados a fim de correlacionar a toler?ncia ao estresse com o desenvolvimento e morfologia do sistema radicular. O experimento V foi realizado para avaliar a regula??o de genes relacionados a toler?ncia ao estresse h?drico e o experimento VI teve como objetivo analisar a express?o diferencial de genes por meio da t?cnica de RNA-seq em ra?zes de arroz. Os dados obtidos dos componentes de produtividade, ?ndices de toler?ncia ao estresse e an?lise multivariada das caracter?sticas morfol?gicas e fisiol?gicas permitiram identificar as variedades Catet?o e Piau? como as mais tolerantes ao estresse h?drico, e Quebra Cacho e Mira como as mais sens?veis. Foi observado que a toler?ncia ao estresse h?drico est? correlacionada com o menor ?ngulo radicular, aumento da densidade e emiss?o de ra?zes laterais em condi??es de d?ficit h?drico na variedade Catet?o. Al?m disso, essa variedade mostra indu??o r?pida e elevados n?veis de express?o de genes e fatores de transcri??o relacionados ? toler?ncia ao estresse h?drico em arroz. Por meio do sequenciamento do RNA foi poss?vel identificar diversos genes com potencial para serem utilizados em programas de melhoramento visando o aumento da toler?ncia ao estresse h?drico em arroz.

A combinação do aumento da população mundial e a melhoria nos padrões de vida estão levando a uma maior demanda por alimentos com alto valor nutricional. As variedades de laranjas de polpa vermelha são as únicas laranjas que acumulam licopeno na polpa e no suco. O licopeno é um carotenóide considerado como um composto antioxidante, com ação potencial na prevenção de alguns tipos de câncer. Apesar do valor nutricional agregado as laranjas de polpa vermelha, a caracterização fisiológica e molecular dos carotenóides nessas laranjas permanece pouco estudada. O objetivo deste trabalho foi caracterizar o perfil de transcrição de genes envolvidos na via de biossíntese dos carotenóides e quantificar a concentração dos carotenóides na polpa dos frutos de duas laranjas de polpa vermelha e da laranja Pêra (controle). Para comparação entre variedades, os frutos das laranjas Sanguínea-de-Mombuca (\'SM\') e Bahia Cara-Cara (\'CC\'), que possuem polpa vermelha, e da laranja Pêra (\'P\') foram colhidos aos 270, 300 e 330 dias após o florescimento (DAF), em Cordeirópolis (CCSM). Para identificar a influência climática no acúmulo de carotenóides, frutos da laranja de polpa vermelha \'SM\' foram também colhidos frutos aos 270, 300 e 330 DAF em diversos locais: CCSM, Mogi-Mirim (MM) e São Bento do Sapucaí (SBS). A quantidade dos transcritos dos genes fitoeno sintase (PSY), fitoeno dessaturase (PDS), \'dzeta\'-caroteno dessaturase (ZDS), carotenóide isomerase (CRTISO), licopeno \'épsilon\'-ciclase (LCY\'\'épsilon\'), licopeno \'beta\'-ciclase (LCY\'beta\'), hidroxilase \'beta\'-caroteno (HY\'beta\') e zeaxantina epoxidase (ZEP), que codificam para as enzimas da via de biossíntese dos carotenóides, foram analisados por PCR em tempo real. A quantificação dos principais carotenóides presentes no suco dos frutos foi realizada por meio de cromatografia líquida de alta eficiência. A análise quantitativa de transcritos obtidos a 330 DAF indicaram a existência de maiores níveis de expressão dos genes precursores dos carotenos (PSY, PDS, CRTISO, ZDS, LCY\'beta\') nas variedades de polpa vermelha, principalmente na \'SM\'. A quantidade dos carotenos fitoflueno, licopeno e \'beta\'-caroteno foram maiores nas laranjas vermelhas, em relação ao observado nos frutos de laranja Pêra, correlacionando com os níveis de expressão gênica. Nos frutos da laranja pigmentada \'SM\' coletadas aos 330 DAF pôde-se observar uma possível associação entre o clima do local de cultivo e o conteúdo de transcritos dos genes da via de carotenóides. O cultivo em clima mais quente (MM) resultou em frutos com maiores níveis de transcritos dos genes precursores de carotenos (PSY, PDS, ZDS, CRTISO e LCY\'beta\'), enquanto que o cultivo em região de clima mais frio (SBS) resultou no aumento do nível de transcritos dos genes precursores das xantofilas (HY\'beta\' e ZEP). Como consequência, houve um acúmulo maior dos carotenos fitoflueno, licopeno e \'beta\'-caroteno, nos frutos cultivados em locais quentes, porém, em regiões mais frias, houve maior acúmulo das xantofilas zeaxantina e violaxantina, nos frutos. Com o sequenciamento das regiões de diferentes genes da via de biossíntese de carotenóides, foram identificadas algumas mutações pontuais na sequência de nucleotídeos dos genes PSY, CRTISO e ZDS da variedade pigmentada \'SM\', em comparação com os mesmos genes da laranja Pêra. Algumas dessas mutações resultaram na alteração de aminoácidos na sequência das proteínas e deste modo, supõe-se que estes genes sejam os principais candidatos a serem os responsáveis pela alteração do fenótipo das variedades que produzem frutos com polpa avermelhada, ricos em licopeno / The increasing world population and improvement in living standards are leading to greater demand for foods with high nutritional value. The sweet orange varieties with red-flesh are the only ones that accumulate lycopene in the pulp and juice. Lycopene is a carotenoid compound with antioxidative property which may have a potential action in preventing some cancers. Despite of the high nutritional value in the red-fleshed oranges, the physiological and molecular characterization of carotenoids remains to be elucidated. The present work aimed to characterize the transcriptional profile of genes involved in carotenoids biosynthesis pathway and quantify the carotenoids in red-fleshed oranges and Pêra orange (as a control). For a direct comparison among the varieties, fruits of Sanguínea-de-Mombuca (\'SM\') and Bahia Cara-Cara (\'CC\') red-fleshed sweet oranges, and Pêra orange were harvested at 270, 300 and 330 days after flowering (DAF) in Cordeirópolis station (CCSM). To investigate the impact of climate variation on carotenoids accumulation, red-fleshed fruits \'SM\' orange were harvested on 270, 300 and 330 DAF in different climate locations: Cordeirópolis station (CCSM), Mogi-Mirim (MM) and São Bento do Sapucaí (SBS). Quantitative transcriptional analysis of the genes phytoene syntase (PSY), phytoene desaturase (PDS), \'dzeta\'-carotene desaturase (ZDS), carotenoid isomerase (CRTISO), lycopene \'épsilon\'-ciclase (LCY\'épsilon\'), lycopene \'beta\'-cyclase (LCY\'beta\'), hydroxylase \'beta\'-carotene (HY\'beta\') and zeaxanthin epoxidase (ZEP) related to the carotenoids biosynthesis pathway were performed by quantitative Real Time PCR. Further, carotenoids quantification in red-fleshed fruits was measured by high performance liquid chromatography. The transcriptional profile at 330 DAF revealed high expression levels for the carotene gene precursors (PSY, PDS, CRTISO, ZDS, LCY\'beta\') in red-fleshed oranges, in particular to \'SM\' orange when compared to Pêra orange. Carotenoids profiling displayed higher phytofluene, lycopene and \'beta\'-carotene concentrations in red-fleshed orange than Pêra orange fruits. Transcript levels of genes related to the carotenoids pathway were responsive to the climate variation in red-fleshed orange harvested at 330 DAF. In warmer climate conditions, increased expression levels were found for the genes related carotene precursors (PSY, PDS, ZDS, CRTISO and LCY\'beta\'), whereas under colder climate conditions, the red-fleshed fruits orange showed higher expression levels for the xanthophylls precursors genes (HY\'beta\' e ZEP). As a consequence, the carotenes phytofluene, lycopene and \'beta\'-carotene accumulated in warmer climate developed fruits, instead of colder climate conditions, where the fruits accumulate increased concentrations of xanthophylls such as zeaxanthin and violaxanthin. Moreover, the sequencing of fragments from different genes related to the carotenoids pathway enabled the identification of point mutations for the genes PSY, CRTISO and ZDS in the red-fleshed variety. These mutations caused amino acid changes in the protein which indicates that these genes might be responsible for the phenotypes red-fleshed fruits and increased lycopene levels shown in the variety \'SM\'

A formação de biofilmes é um fator preocupante para indústria de alimentos, pois pode comprometer a sanitização de superfícies de contato e aumentar o risco de contaminação por patógeno em alimentos processados. L. monocytogenes é uma bactéria de ampla distribuição no ambiente e com capacidade de formar biofilmes e sobreviver por longos períodos em condições adversas. Esta bactéria pode causar doenças em pessoas imunocomprometidas e mulheres grávidas manifestando-se por infecções do sistema nervoso central, abortos e nascimentos prematuros. Vários estudos têm demonstrado que algumas bactérias podem sofrer transição para o estado viável mas não cultivável em resposta ao estresse. Considerando-se a importância da garantia da segurança e qualidade dos alimentos, há necessidade de desenvolvimento e de padronização de técnicas rápidas para a quantificação de células viáveis de L. monocytogenes em alimentos e biofilmes. Neste estudo foi avaliada a formação de biofilmes e viabilidade celular de Listeria monocytogenes em condições de estresse. Foram utilizadas técnicas de semeadura em placa e quantificação direta por microscopia de fluorescência com os corantes cloreto de 5-ciano-2,3-di-(p-tolil) tetrazólio (CTC) e 4,6-diamino-2- fenilindol (DAPI). Foram também realizados ensaios preliminares para padronização da Reação da Polimerase em Cadeia em tempo real (PCR em tempo real) com amostras previamente tratadas com brometo de etídio monoazídico (EMA). Os resultados obtidos demonstraram que o método de semeadura em placa foi adequado somente para a enumeração de células viáveis de L. monocytogenes em biofilmes enquanto que o método de enumeração por microscopia de fluorescência com CTC-DAPI permitiu quantificar bactérias no estado viável e viável mas não cultivável. Também foi observado que a presença de bacteriocinas de L. sakei 1 e L. mensenteroides 11 causou a diminuição na viabilidade e formação de biofilmes por L. monocytogenes. Os resultados preliminares utilizando culturas puras de L. monocytogenes demonstraram que o tratamento com brometo de etídio monoazídico (EMA) antes da análise por PCR em tempo real reduziu a amplificação do DNA de células mortas em 1 log de UFC por mL. No entanto dependendo da concentração utilizada, pode ocorrer também a inibição da amplificação de células viáveis de L. monocytogenes. Os resultados do presente trabalho indicaram que a microscopia de fluorescência é comparável à placa para análise de células de L. monocytogenes não estressadas. Entretanto, para a quantificação de L. monocytogenes submetida a estresse, é desejável a utilização de corantes de viabilidade celular. O método de PCR em tempo real com pré-tratamento com EMA é promissor mas, ainda necessita de maior padronização para avaliação de sua aplicabilidade na determinação seletiva de células viáveis de L. monocytogenes. / Biofilm formation is of great concern for food industry because it may compromise sanitization of surfaces and increase contamination risk of processed foods by bacterial pathogens. L. monocytogenes is an ubiquitous bacterium which is able to form biofilms and to survive for long periods under adverse conditions. L. monocytogenes may cause disease in immunocomprommised people and pregnant women, manifesting as central nervous system infections, abortion and premature birth. Some bacteria can undergo transition to viable but non-cultivable state in response to stress and it is important to study techniques for rapid quantification of viable cells of L. monocytogenes in foods. In this study biofilm formation and cell viability of Listeria monocytogenes were studied in stress conditions by plate counting, direct quantification by fluorescence microscopy with double staining dyes 5-cyano-2,3-ditolyl tetrazolium chloride (CTC)/4\'-6 diamino-2 phenylindole (DAPI). Preliminary experiments with real time polymerase chain reaction and treatment with ethidium bromide monoazide (EMA) were also performed. The results showed that plate count method was suitable for enumeration only of viable cells of L. monocytogenes in biofilms since, fluorescence microscopy with CTC-DAPI yielded higher counts, probably due to the presence of viable but nonculturable cells. It was also observed that the presence of bacteriocins of L. sakei 1 and L. mensenteroides 11 decreased viability and formation of biofilm by L. monocytogenes. Results obtained with pure cultures of L. monocytogenes showed that the treatment with ethidium bromide monoazide (EMA) before real time PCR detection, reduced DNA amplification of dead cells in 1 log CFU per mL, but depending on the concentration used, EMA also inhibited amplification of viable cells of L. monocytogenes. The results indicated that plate counting and fluorescence microscopy are equivalent for enumeration of non-stressed L. monocytogenes cells. However, the use of double staining with fluorescence microscopy is a more suitable method if stressed cells are present. The EMA-real time PCR is a promissing tool for rapid evaluation of viable L. monocytogenes, but it needs further standartization.

A Terra Preta Antropogênica (TPA) é considerada um dos solos mais férteis do mundo e recebe essa denominação por ser originada da ação antrópica, provavelmente de populações pré-colombianas que viveram nestes sítios arqueológicos. O crescente aumento por agricultura sustentável torna a utilização de bactérias produtoras de antibióticos uma alternativa de controle para doenças de plantas. Pirrolnitrina (PRN) é um antibiótico que tem ampla atividade antimicrobiana produzida por várias estirpes de Burkholderia e Pseudomonas que foram isoladas de diferentes solos. Entretanto, não se tem conhecimento de isolados bacterianos de TPA que produzem PRN, assim com, sobre a ecologia e freqüência do gene para este antibiótico. A PRN é codificada por um operon composto por 4 genes sendo o gene prnD responsável por catalisar a oxidação que forma a pirrolnitrina. Neste trabalho, foi estudado o gene prnD através de métodos dependente e independente de cultivo. Foram utilizados isolados bacterianos para detectar o gene prnD através de PCR convencional e a identificação feita pelo seqüenciamento. As bactérias com amplificação positiva tiveram suas sequências do gene analisadas no programa MOTHUR o qual reuniu as em 10 grupos. Um representante de cada grupo foi empregado no teste de antagonismo contra o fitopatógeno Fusarium oxysporum. Amostras de solo de TPA e seus solos adjacentes foram coletados de dois sítios: Caldeirão Capoeira (floresta secundária por mais de 20 anos) e Cultivado (cultivado com mandioca por pelo menos 30 anos). Os DNAs totais das amostras de solo extraído foram usados como molde nas reações de PCR quantitativo em tempo real para verificar a abundância do gene prnD nas amostras de solo. Em amostras de solo também foi quantificado o gene 16S rRNA. No estudo dependente de cultivo, do total de 219 isolados (175 Burkholderia e 44 Pseudomonas), 60 isolados do gênero Burkholderia e 3 de Pseudomonas exibiram amplificação positiva. A análise filogenética do gene prnD mostrou que a maioria das seqüências obtidas deste estudo não agruparam com as seqüências do banco de dados do GenBank indicando que há diversidade do gene prnD nos isolados de solos amazônicos e que podem ser distintos dos descritos anteriormente. O teste de antagonismo demonstrou que isolados com potencial genético para produção de pirrolnitrina também são bioativos contra Fusarium oxysporum, apresentando forte atividade antimicrobiana. No estudo independente de cultivo, no sítio Caldeirão Cultivado, solo de TPA apresentou maior número de cópias do gene prnD e do gene 16S rRNA em relação ao solo ADJ. No sítio Caldeirão Capoeira, o solo adjacente apresentou maior quantidade do gene prnD (1,74x105 cópias/g solo) que o solo de TPA (2,48x104 cópias/ g de solo), no entanto, na TPA as bactérias totais foram mais abundante. Estes resultados evidenciam que a metodologia de PCR quantitativo em tempo real desenvolvida foi altamente sensível e específica permitindo a detecção de diferenças sensíveis e significativas entre os solos na quantificação do gene prnD. A abundância do gene prnD correlacionou significativamente com parâmetros químicos do solo tais como pH, fósforo, cálcio, magnésio e micronutrientes / Anthropogenic Dark Earth (ADE) is considered one of the world\'s most fertile soils and receives this name because it originated from human action, probably by pre-Columbian populations who lived in these archaeological sites. Because of the common trend in agriculture towards sustainability antibiotic-producing bacteria is an alternative for biocontrol to plant diseases. Pyrrolnitrin (PRN) is a broad-spectrum antibiotic produced by various strains of Burkholderia and Pseudomonas that have been isolated from different soils. However, little is known about PRN-producing bacteria screened from ADE, even as the ecology and frequency of pyrrolnitrin gene. PNR is encoded by an operon comprised by four genes and prnD gene is responsible for catalyze the oxidation to form pyrrolnitrin. In this work, we studied the gene prnD through culture dependent and independent methods. Conventional PCR were established to detect prnD gene in bacterial isolates screened in ADE and their adjacent soils (ADJ) and identification were done by sequencing. Based on the results generated by MOTHUR prnD sequences from isolates were grouped into 10 groups. A representative of each group was used in the test of antagonism against the plant pathogen Fusarium oxysporum. Soil samples of ADE and its adjacent soils were collected from two sites: Caldeirão Capoeira (secondary forest for over 20 years) and Caldeirão Cultivado (cultivated with cassava for at least 30 years). The total DNA extracted from soil samples was used as template in quantitative PCR reactions to determine the abundance of prnD gene. In soil samples was also quantified the 16S rRNA. In the study culture-dependent, in a total of 219 isolates (175 Burkholderia and 44 Pseudomonas), 60 isolates of Burkholderia and 3 Pseudomonas exhibited positive amplification for prnD gene. Phylogenetic analysis of prnD gene showed that most of the sequences obtained in this study grouped distinctly from sequences of the GenBank database. It indicates that there is diversity in prnD gene of isolates from amazonian soils and they may differ from those previous described. The antagonism test showed that isolates with genetic potential for production of pyrrolnitrin are also bioactive against Fusarium oxysporum, exhibiting strong antimicrobial activity. In culture-independent study, the site Caldeirão Cultivado, ADE soil showed higher copies number of prnD gene and 16S rRNA gene than in ADJ soil. At the site Caldeirão Capoeira, surrounding soil had a higher amount of prnD gene (1.74 x105 copies / g soil) than ADE soil (2.48 x104 copies / g soil), however, in ADE total bacteria was more abundant. These results show that the real-time PCR assay developed in this study was highly sensitive and specific enabling the detection of sensitive and significant differences between soils in the quantification of prnD gene. Soil variables such as pH, phosphorus, calcium, magnesium and micronutrients significantly correlated with abundance of prnD gene

A combinação do aumento da população mundial e a melhoria nos padrões de vida estão levando a uma maior demanda por alimentos com alto valor nutricional. As variedades de laranjas de polpa vermelha são as únicas laranjas que acumulam licopeno na polpa e no suco. O licopeno é um carotenóide considerado como um composto antioxidante, com ação potencial na prevenção de alguns tipos de câncer. Apesar do valor nutricional agregado as laranjas de polpa vermelha, a caracterização fisiológica e molecular dos carotenóides nessas laranjas permanece pouco estudada. O objetivo deste trabalho foi caracterizar o perfil de transcrição de genes envolvidos na via de biossíntese dos carotenóides e quantificar a concentração dos carotenóides na polpa dos frutos de duas laranjas de polpa vermelha e da laranja Pêra (controle). Para comparação entre variedades, os frutos das laranjas Sanguínea-de-Mombuca (\'SM\') e Bahia Cara-Cara (\'CC\'), que possuem polpa vermelha, e da laranja Pêra (\'P\') foram colhidos aos 270, 300 e 330 dias após o florescimento (DAF), em Cordeirópolis (CCSM). Para identificar a influência climática no acúmulo de carotenóides, frutos da laranja de polpa vermelha \'SM\' foram também colhidos frutos aos 270, 300 e 330 DAF em diversos locais: CCSM, Mogi-Mirim (MM) e São Bento do Sapucaí (SBS). A quantidade dos transcritos dos genes fitoeno sintase (PSY), fitoeno dessaturase (PDS), \'dzeta\'-caroteno dessaturase (ZDS), carotenóide isomerase (CRTISO), licopeno \'épsilon\'-ciclase (LCY\'\'épsilon\'), licopeno \'beta\'-ciclase (LCY\'beta\'), hidroxilase \'beta\'-caroteno (HY\'beta\') e zeaxantina epoxidase (ZEP), que codificam para as enzimas da via de biossíntese dos carotenóides, foram analisados por PCR em tempo real. A quantificação dos principais carotenóides presentes no suco dos frutos foi realizada por meio de cromatografia líquida de alta eficiência. A análise quantitativa de transcritos obtidos a 330 DAF indicaram a existência de maiores níveis de expressão dos genes precursores dos carotenos (PSY, PDS, CRTISO, ZDS, LCY\'beta\') nas variedades de polpa vermelha, principalmente na \'SM\'. A quantidade dos carotenos fitoflueno, licopeno e \'beta\'-caroteno foram maiores nas laranjas vermelhas, em relação ao observado nos frutos de laranja Pêra, correlacionando com os níveis de expressão gênica. Nos frutos da laranja pigmentada \'SM\' coletadas aos 330 DAF pôde-se observar uma possível associação entre o clima do local de cultivo e o conteúdo de transcritos dos genes da via de carotenóides. O cultivo em clima mais quente (MM) resultou em frutos com maiores níveis de transcritos dos genes precursores de carotenos (PSY, PDS, ZDS, CRTISO e LCY\'beta\'), enquanto que o cultivo em região de clima mais frio (SBS) resultou no aumento do nível de transcritos dos genes precursores das xantofilas (HY\'beta\' e ZEP). Como consequência, houve um acúmulo maior dos carotenos fitoflueno, licopeno e \'beta\'-caroteno, nos frutos cultivados em locais quentes, porém, em regiões mais frias, houve maior acúmulo das xantofilas zeaxantina e violaxantina, nos frutos. Com o sequenciamento das regiões de diferentes genes da via de biossíntese de carotenóides, foram identificadas algumas mutações pontuais na sequência de nucleotídeos dos genes PSY, CRTISO e ZDS da variedade pigmentada \'SM\', em comparação com os mesmos genes da laranja Pêra. Algumas dessas mutações resultaram na alteração de aminoácidos na sequência das proteínas e deste modo, supõe-se que estes genes sejam os principais candidatos a serem os responsáveis pela alteração do fenótipo das variedades que produzem frutos com polpa avermelhada, ricos em licopeno / The increasing world population and improvement in living standards are leading to greater demand for foods with high nutritional value. The sweet orange varieties with red-flesh are the only ones that accumulate lycopene in the pulp and juice. Lycopene is a carotenoid compound with antioxidative property which may have a potential action in preventing some cancers. Despite of the high nutritional value in the red-fleshed oranges, the physiological and molecular characterization of carotenoids remains to be elucidated. The present work aimed to characterize the transcriptional profile of genes involved in carotenoids biosynthesis pathway and quantify the carotenoids in red-fleshed oranges and Pêra orange (as a control). For a direct comparison among the varieties, fruits of Sanguínea-de-Mombuca (\'SM\') and Bahia Cara-Cara (\'CC\') red-fleshed sweet oranges, and Pêra orange were harvested at 270, 300 and 330 days after flowering (DAF) in Cordeirópolis station (CCSM). To investigate the impact of climate variation on carotenoids accumulation, red-fleshed fruits \'SM\' orange were harvested on 270, 300 and 330 DAF in different climate locations: Cordeirópolis station (CCSM), Mogi-Mirim (MM) and São Bento do Sapucaí (SBS). Quantitative transcriptional analysis of the genes phytoene syntase (PSY), phytoene desaturase (PDS), \'dzeta\'-carotene desaturase (ZDS), carotenoid isomerase (CRTISO), lycopene \'épsilon\'-ciclase (LCY\'épsilon\'), lycopene \'beta\'-cyclase (LCY\'beta\'), hydroxylase \'beta\'-carotene (HY\'beta\') and zeaxanthin epoxidase (ZEP) related to the carotenoids biosynthesis pathway were performed by quantitative Real Time PCR. Further, carotenoids quantification in red-fleshed fruits was measured by high performance liquid chromatography. The transcriptional profile at 330 DAF revealed high expression levels for the carotene gene precursors (PSY, PDS, CRTISO, ZDS, LCY\'beta\') in red-fleshed oranges, in particular to \'SM\' orange when compared to Pêra orange. Carotenoids profiling displayed higher phytofluene, lycopene and \'beta\'-carotene concentrations in red-fleshed orange than Pêra orange fruits. Transcript levels of genes related to the carotenoids pathway were responsive to the climate variation in red-fleshed orange harvested at 330 DAF. In warmer climate conditions, increased expression levels were found for the genes related carotene precursors (PSY, PDS, ZDS, CRTISO and LCY\'beta\'), whereas under colder climate conditions, the red-fleshed fruits orange showed higher expression levels for the xanthophylls precursors genes (HY\'beta\' e ZEP). As a consequence, the carotenes phytofluene, lycopene and \'beta\'-carotene accumulated in warmer climate developed fruits, instead of colder climate conditions, where the fruits accumulate increased concentrations of xanthophylls such as zeaxanthin and violaxanthin. Moreover, the sequencing of fragments from different genes related to the carotenoids pathway enabled the identification of point mutations for the genes PSY, CRTISO and ZDS in the red-fleshed variety. These mutations caused amino acid changes in the protein which indicates that these genes might be responsible for the phenotypes red-fleshed fruits and increased lycopene levels shown in the variety \'SM\'

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-01-28Bitstream added on 2014-06-13T20:44:13Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_e_dr_jabo.pdf: 277356 bytes, checksum: 7f7e43415afd7264c79b023acd4b37ac (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O presente estudo foi realizado com o intuito de desenvolver o PCR quantitativo para detecção dos níveis de mRNA da toxina botulínica tipo A em palmito. Foram desenhados primers para o gene codificador da toxina botulínica tipo A, os quais apresentaram especificidade e sensibilidade elevadas. Cepas referência de Clostridium botulinum tipo B, C, D, E, F, G e Clostridium butyricum, baratii e argentinense foram utilizadas para verificação da especificidade dos primers sintetizados. Diluições seriadas de cultura da cepa referência de Clostridium botulinum tipo A foram inoculadas em amostras de palmito e separadas em dois grupos: palmito comercial com conservantes e palmito sem conservantes e incubadas a 4°, 25° e 37°C. Alíquotas dessas amostras contaminadas experimentalmente foram submetidas a extração de RNA, para determinação do limiar de detecção da técnica de PCR quantitativo, assim como inoculadas em camundongos para o teste de toxicidade aguda (bioensaio). O bioensaio apresentou sensibilidade característica e detectou a presença da toxina botulínica nas amostras de palmito sem conservantes. No entanto, o PCR quantitativo, apresentou sensibilidade maior que aquela observada no bioensaio, detectando a expressão do gene para BoNT/A (botulinum neurotoxin type A) no tratamento de palmito sem conservantes e no tratamento de palmito comercial incubado a 37°C. Isto evidencia a possível utilização desta técnica no diagnóstico de contaminação de amostras de alimento por C. botulinum tipo A. / The present study was realized in order to develop the quantitative assay for the detention of the levei mRNA of the botulinic toxin type A production in palm heart. Primers were designed for the gene encoding the botulinic toxin type A, which showed high specificity and sensitivity. Reference of strains of C. botulinum type S, c, D, E, F, G, C/ostridium butyricum, baratii and argentinense were used for verification of the specificity of the primers synthesized. Serial dilutions culture of the reference strain of C/ostridium botulinum type A were inoculated in the palm heart samples and separated in two groups: commercial palm heart (with preservatives) and palm heart without preservatives and incubated at 4°, 25° and 37°C. Aliquots these contaminated experimentally samples were subjected to extraction of RNA, for determination of the threshold of detection of the technique of quantitative PCR, well as inoculated into mice to test the acute toxicity (bioassay). The bioassay presented its characteristic sensitivity and detected the presence of the botulinic toxin in samples of palm heart without preservatives. However, the quantitative PCR presented greater sensibility than that observed in the bioassay, detecting the expression of the gene for SoNT/A (botulinic neurotoxin type A) in the treatment of palm heart without preservatives and treatment of commercial palm heart incubated at 37°C. This highlights the possible use of this technique in the diagnosis of contamination of samples the food by C. botulinum type A.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-04-03T13:38:30Z No. of bitstreams: 1 Joselli Silva. Desestruturação da polpa... 2014.pdf: 6952851 bytes, checksum: 512840eb0cc488e4f61742ce875c4837 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-03T13:38:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Joselli Silva. Desestruturação da polpa... 2014.pdf: 6952851 bytes, checksum: 512840eb0cc488e4f61742ce875c4837 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina da Bahia. Salvador, BA, Brasil / A leishmaniose visceral está associada às alterações arquiteturais esplênicas e redistribuição de populações celulares envolvidas na resposta imunológica. Os objetivos desta tese foram estudar a desestruturação da polpa branca do baço na leishmaniose visceral canina e quais as células e citocinas envolvidas nesse processo. Para isso, amostras de baços de cães de uma área endêmica para LV foram agrupadas em três categorias: TIPO1-CONT ou TIPO1-SIA (cães não infectados ou sem infecção ativa e com polpa branca organizada), TIPO1-INF (cães infectados com polpa branca organizada) e TIPO3-INF (cães infectados com polpa branca desorganizada). No capítulo 2 e 3, as secções de baço foram marcadas através de imunoistoquímica com anticorpos anti-CD3 (linfócitos T), anti-CD79-α (linfócitos B), anti-S100 (célula dendrítica folicular), anti-Ki-67 (células em proliferação), anti-IgG e anti-IgM (plasmócitos secretores de IgA, IgG e IgM). Foram estimadas as densidades de todas as populações celulares através de morfometria. As expressões de citocinas e quimiocinas foram avaliadas através de RT-PCR em tempo real. A ativação policlonal de células B e hipergamaglobulinemia foram avaliadas por ELISA e eletroforese de proteínas séricas. No capítulo 2, foi visto que a densidade de linfócitos B foi maior nos folículos e na zona marginal dos animais com baço TIPO1 do que nos dos animais com baço TIPO3 (teste de Mann-Whitney P < 0,02). Os números de células proliferantes, células B e células dendríticas foliculares foram menores em animais de baço TIPO3. A expressão da quimiocina CXCL13 foi maior nos animais com baço TIPO 1 (teste de Mann-Whitney, P < 0,02). No capítulo 3, foi visto que a plasmocitose foi maior em animais de baço TIPO3 do que nos animais com baço TIPO1 (Teste qui-quadrado, P < 0,04). A densidade de plasmócitos secretores de imunoglobulina do isotipo IgG foi maior na polpa vermelha de animais com baço TIPO3 (Teste Man-Whitney, P <0,05). Em geral, observou-se uma tendência de maior densidade de plasmócitos secretores de imunoglobulinas dos isotipos IgM e IgG nos animais de baço TIPO3 em comparação com animais do baço TIPO1. Animais de baço TIPO3 apresentam maiores níveis séricos de proteína gamaglobulina e também uma maior expressão das citocinas BAFF e APRIL e da quimiocina CXCL12, que estão envolvidas no processo de ativação e homing de plasmócitos. No capítulo 4 foi visto que uma região de aproximadamente 1.28Mb do cromossomo 8 canino foi encontrada com os segmentos gênicos VH, DH e JH. As principais conclusões obtidas nesse estudo foram que a redistribuição de populações celulares do baço, especialmente de linfócitos B, células dendríticas foliculares e plasmócitos estão relacionada com a desorganização do tecido esplênico e com a expressão anômala de CXCL13, CXCL12, BAFF e APRIL, que são citocinas e quimiocinas envolvida com a organização do tecido esplênico, ativação e homing de plasmócitos. A ativação policlonal, a hipergamaglobulinemia e a diglobulinemia são também relacionadas com a desorganização do baço. As regiões variáveis (VH), diversidade (DH) e de junção (JH) da cadeia pesada de imunoglobulina são compostos de noventa e dois, dez e nove genes obtidos na linha germinativa canina, respectivamente. / Visceral leishmaniasis is associated with splenic architectural changes and redistribution of cell populations involved in the immune response. The objectives of this thesis was to study the disruption of the white pulp of the spleen in canine visceral leishmaniasis and which cells and cytokines are involved in this process. For this, samples of spleens of dogs from an endemic area for VL were grouped into three categories: TYPE1-CONT or TYPE1-NIF (non-infected dogs or without active infection with organized white pulp), TYPE1-INF (infected dogs with pulp organized white) and TYPE3-INF (infected animals with disorganized white pulp). In Chapter 2 and 3 the spleens sections were stained by immunohistochemistry with anti-CD3 (T lymphocytes), anti-CD79 (B lymphocytes), anti-S100 (follicular dendritic cells), anti-Ki-67 (cells proliferation), anti-IgG and anti-IgM (plasma cells). The number and distribution of all cell populations were estimated by morphometry. The expressions of cytokines and chemokines were assessed by real time RT-PCR. The polyclonal B cell activation and hypergammaglobulinemia were evaluated by ELISA and serum protein electrophoresis. In chapter 2, it was seen that the density of B lymphocytes was higher in the marginal zone and follicles of animals with spleen TYPE1-INF than animals with the spleen TYPE3-INF (Mann -Whitney test P < 0.02). The numbers of proliferating cells, B cells and follicular dendritic cells was lower in animals of TYPE3-INF. The expression of the chemokine CXCL13 was higher in the spleen of animal with the spleen TYPE 1 (Mann-Whitney, P < 0.02). No difference was observed in the expression of other cytokines compared between the two groups of animals. In chapter 3, it was seen that the plasma cells was higher in animals with spleen TYPE 3 than in animals with spleen TYPE1 (Chi-square test, P < 0.04). The density of plasma cells secreting the isotype IgG was higher in the red pulp of spleen of animals TYPE3 (Man-Whitney test, P < 0.05). In general, there was a trend toward higher density of plasma cells secreting the immunoglobulin of isotype IgM and IgG in the spleen of animals with spleen TYPE3-INF in comparison to animal’s spleen TYPE1. Animals with spleen TYPE3 have higher levels of serum gamma globulin protein as well as increased expression of citokines, BAFF and APRIL and the chemokine CXCL12 that are involved in the activation and homing plasma cells. The main conclusions of this study were that the redistribution of cell populations of the spleen, especially B lymphocytes, follicular dendritic cells and plasma cells (characterized by intense plasmacytosis) are related to the disorganization of the splenic tissue and aberrant expression of CXCL13, CXCL12, BAFF and APRIL, which are cytokines and chemokines involved in the organization of the splenic tissue, activation of B cells and plasma cell homing. The polyclonal activation, hypergammaglobulinemia and diglobulinemia are also related to the structural disorganization of the splenic lymphoid tissue. In addition, it was concluded that the variable regions (VH), the diversity (DH) and junction (JH) immunoglobulin heavy chain are composed of ninety-two, ten and nine genes that have been obtained in canine germline.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-01-28. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:00Z : No. of bitstreams: 1 Publico-119.pdf: 1451822 bytes, checksum: feaf2803cde522b94132a62f8fde6def (MD5) / Introdução: A identificação de 42 formas recombinantes circulantes (CRF) de HIV-1, juntamente com suas inúmeras formas recombinantes únicas, evidencia ainda mais o papel da recombinação gênica para esta epidemia. No Brasil, os subtipos B, F e C co-circulam, sendo que cinco CRF entre eles foram recém descobertas. A PCR em tempo real é uma ferramenta rápida, confiável e capaz de detectar diferentes subtipos de HIV-1 e suas formas recombinantes. Objetivo: O objetivo deste trabalho foi desenvolver sistemas de PCR em tempo real capazes de detectar vírus dos subtipos B e F, bem como recombinantes B/F gerados por ensaios de competição in vitro, e, assim, obter uma ferramenta para triagem das CRF brasileiras, 28 e 29, também recombinantes B/F. No futuro, estes sistemas serão testados para discriminação de subtipos de amostras clínicas. Metodologia: Células MT-4 foram infectadas separadamente pelos isolados virais BZ167 (subtipo B) e BR020 (subtipo F), e o sobrenadante foi coletado para otimização dos sistemas de PCR em tempo real (TaqMan®) desenvolvidos para detectar o subtipo de diferentes regiões genômicas, incluindo o gene pol (protease, transcriptase reversa, integrase) e o gene env (gp120 e gp41). Os primers desenhados deveriam amplificar igualmente o subtipo B e F; por outro lado, foram necessárias sondas subtipo-específicas capazes de detectar o subtipo presente no sobrenadante da cultura. As células MT-4 também foram co-infectadas por ambos os isolados, B e F, em iguais condições, para averiguação da possível geração de recombinantes. Para futura validação do uso destes sistemas em amostras clínicas, 157 amostras provenientes do Município de Santos, submetidas à genotipagem, foram seqüenciadas e subtipadas para as cinco regiões genômicas estudadas, utilizando o pacote Philip 3.5, sendo Neighbor-Joining o algoritmo de escolha. Resultados: Os sistemas desenvolvidos apresentaram-se capazes de detectar especificamente os isolados virais. A eficiência estimada para cada sistema, sendo um cálculo para a sonda do subtipo B e outro para F foram de, respectivamente: 80,97 e 85,16% para a região da protease; 89,80 e 75,09% para a região da transcriptase reversa; 80,90 e 83,83% para a região da integrase; 93,49 e 98,93% para a região da gp120; e 88,45 e 80,19% para a região da gp41. Nos ensaios de co-cultivo, a detecção de cada subtipo na primeira e na quinta passagem aconteceu de forma diferente, com variações na média dos valores de Cycle threshold (Ct) de intensidades diferentes. De uma forma geral, a concentração inicial do subtipo B pareceu diminuir, chegando a ficar indetectável em algumas regiões, enquanto do subtipo F pareceu aumentar ao longo das passagens para todas as regiões amplificadas (protease, transcriptase reversa, gp120 e gp41). A exceção foi a região da integrase, para qual foi detectado sinal somente para o subtipo B, sendo este sinal crescente ao longo do tempo. Do seqüenciamento e subtipagem das 157 amostras provenientes da cidade de Santos, foram obtidas seqüências de todas as regiões estudadas para 71 amostras. Destas, 43 foram subtipadas como B em todas as regiões, e somente três como F. De acordo com o padrão de distribuição de subtipos para as regiões, foram encontradas 12 seqüências com o padrão da CRF_28 e 9 no padrão da CRF_29. Nenhum subtipo C foi encontrado em nenhuma das regiões em estudo. Conclusão: O uso da técnica de PCR em tempo real para identificação de subtipos de fragmentos em cultura celular e para avaliação da dinâmica replicativa da recombinação em culturas co-infectadas reforça seu potencial uso em futuros testes in vivo para identificação de estruturas recombinantes. Esta metodologia mostrou ser eficiente, de mais fácil manipulação e mais econômica que o seqüenciamento de DNA. Os ensaios de co-cultivo amplificados pelos sistemas desenvolvidos sugeriram uma distribuição divergente nos subtipos resultantes para as diferentes regiões, sendo um grande indicativo de recombinação. O seqüenciamento das amostras clínicas evidenciou a importância das CRF em estudo, devido sua notável presença na amostragem utilizada, sendo um reflexo da epidemia de um local de grande circulação de mais de um subtipo. / Background: The discovery of 42 HIV-1 circulating recombinant forms (CRF) together with the innumerous unique HIV recombinants forms, makes clear the role of genetic recombination for the epidemic. In Brazil, clades B, F, and C co-circulate, with 5 recently described CRFs. Real Time PCR is a rapid and reliable tool capable of detecting different HIV-1 subtypes and recombinant profiles. Objective: The aim of this study was to develop real time PCR systems in order to detect the Brazilian CRF_28 and CRF_29, which are B/F recombinants, as well as detect B/F recombinants generated by in vitro competition assays. In future, these systems should be able to discriminate subtypes in clinical surveys. Methodology: MT-4 cells were separately infected with the viral strains BZ167 (subtype B) and BR020 (subtype F), and supernatant was collected in order to optimizing the real time PCR systems (TaqMan®) developed to detect the subtype profile of different genomic regions, including pol gene (protease, reverse transcriptase, integrase) and env gene (gp120 and gp41). The designed primers should be able to equally amplify the subtype B and F, which should be discriminated by subtype-specific probes. For future validation of these PCR systems, 157 clinical samples from the city of Santos were sequenced and phylogeneticaly analyzed in order to perform the clade assignment with Neighbor-Joining algorithm (Phylip software package v3.5). Results: The designed systems were able to differentiate the utilized viral strains. The estimated efficiencies for each system, for each probe, subtypes B and F separately, were respectively: 80,97 and 85,16% for protease region; 89,80 and 75,09% for reverse transcriptase region; 80,90% and 83,83% for integrase region; 93,49 and 98,93% for gp120 region; and 88,45 and 80,19% for gp41 region. For the co-infected cell culture, the detection of each subtype was performed in the first and fifth passages. Generally, the initial concentration of subtype B appeared to have decreased, some of them becoming undetectable, whereas subtype F seemed to increase with the passages, for protease, reverse transcriptase, gp120 and gp41 regions. The integrase region was an exception, since only the subtype B was detected, with increasing Cycle threshold (Ct) values over time. Sequencing results revealed that 65 out of 157 samples had the subtype profile defined for all regions. 43 out of 71 were defined as B, whereas 3 were F in all regions. 12 samples presented the CRF_28 profile, and 9 samples presented the CRF_29 profile. There were no subtype C samples in any genomic regions analyzed. Conclusion: The use of real time PCR technique for identification of fragments’ subtypes in cell culture and for evaluation of replicative dynamics of recombination in co-infected cultures warrants its potential use in future in vivo surveys. This methodology proved to be efficient, fast, less cumbersome and less expensive than DNA sequencing. The newly designed systems performed for supernatant of competition assays had suggested a divergent distribution of subtypes for the different regions, which reflects the possibility of genetic recombination. Results from clinical samples revealed a high prevalence of CRF_28/29 in this geographic region, thus reflecting the resulting consequence of different co-circulating strains and pointing to the need for a careful surveillance. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-08-11T13:08:29Z No. of bitstreams: 1 Marcia Weber Carneiro. Expressão... 2014.pdf: 2460839 bytes, checksum: d1f20b5216588e233b534015a0642dd8 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-08-11T13:08:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcia Weber Carneiro. Expressão... 2014.pdf: 2460839 bytes, checksum: d1f20b5216588e233b534015a0642dd8 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Células de voluntários saudáveis, expostas in vitro a Leishmania, podem produzir altos níveis de IFNG na primeira exposição ao parasita, caracterizando os indivíduos como alto respondedores (AR), ou baixos níveis de IFNG, caracterizando os indivíduos baixo respondedores (BR). O objetivo deste estudo foi estudar o perfil de expressão gênica associado ao padrão de produção de IFNG de indivíduos AR e BR. Também avaliamos se as assinaturas gênicas identificadas nos indivíduos AR e BR se associam com o padrão de resposta imune observado em indivíduos de área endêmica identificada como subclínicos (SC) ou portadores de Leishmaniose Cutânea Localizada (LC). Inicialmente, Células Mononucleares do Sangue Periférico (CMSP) de voluntários saudáveis foram estimuladas in vitro com Leishmania braziliensis e identificamos indivíduos AR (com produção de IFNG acima de 330 pg/ml) e indivíduos BR (com produção abaixo de 215 pg/ml). Em seguida, analisamos a expressão gênica desses indivíduos utilizando microarranjos e validamos a expressão de alguns genes por PCR em tempo real. Indivíduos AR apresentaram 32 moléculas moduladas significativamente, sendo que 27 foram moduladas positivamente e apenas 5 negativamente. Por outro lado, nos indivíduos BR, 28 moléculas foram moduladas significativamente, sendo 18 positivamente e 10 negativamente. Utilizando o programa IPA, as moléculas moduladas nos indivíduos AR foram associadas a uma rede envolvendo resposta antimicrobiana, resposta imune humoral e síntese de proteínas. Nestes indivíduos, a via de sinalização canônica mais significativa está associada com a comunicação entre o sistema imune inato e adaptativo. Em indivíduos BR, os genes significativamente modulados foram associados a uma rede envolvendo a resposta imune humoral, síntese de proteína e sinalização celular. Nestes indivíduos, a via canônica mais significativa está associada com a resposta de receptores do tipo Toll. Selecionamos um grupo de genes (IFNG, IFI27, IL6, IRF1, TNF, IL10, CXLC10 e, JAK2), entre os diferencialmente modulados, e a expressão desses foi validada por PCR em tempo real, tanto nos indivíduos AR quanto nos BR. Por fim, a expressão desses genes foi avaliada em CMSP de pacientes com LC e em indivíduos SC, após o estímulo com L. braziliensis. Assim, foi possível determinar uma assinatura no qual os indivíduos SC apresentam maior expressão (p<0.01) de CXCL10, IFI27 e IL6, como nos indivíduos AR, enquanto os pacientes com LC apresentam menor expressão dessas moléculas, como nos indivíduos BR. Deste modo, outras moléculas, que não as citocinas clássicas IFNG e IL10, podem ter seu perfil de expressão associado ao desenvolvimento ou não da LC. / Naïve volunteers exposed to Leishmania in vitro can be high IFNG producers, characterizing a high-responder (HR), or low IFNG producers, characterizing a low-responder (LR). The purpose of this work is to characterize the gene expression profile associated to IFNG production in HR and LR individuals. Formerly, we analyzed if the gene signature identified could be associated with the pattern of immune response in individuals from endemic areas identified as subclinical (SC), or patients with Localized Cutaneous Leishmaniasis (LC). Initially, we stimulated Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMCs) from healthy volunteers in vitro with Leishmania braziliensis where we identified HR (IFNG production above 330 pg/ml) and LR (IFNG production below 215 pg/ml). Next, we analyzed the expression of 314 genes using real time PCR arrays. HR presented 32 significantly modulated molecules, being 27 positively modulated and only 5 negatively modulated. Still, LR presented 28 significantly modulated molecules, and that 18 were positively modulated and 10 negatively. Employing Ingenuity software, we associated molecules detected in HR with network involving antimicrobial response, humoral immune response and protein synthesis. In these individuals, the most significant canonical pathway associated was the communication between innate and adaptive immune cells. In LR, there was an association of identified genes with humoral immune response, protein synthesis and cellular signaling network. In these individuals, the most significant canonical pathway associated was role of pattern recognition receptors. We selected a group of genes, between the most modulated genes (IFNG, IFI27, IL6, IRF1, TNF, IL10, CXLC10 and JAK2), and their expression were validated by real time PCR, in both HR and LR individuals. At last, we analyzed the expression of this selected genes in PBMCs from patients with LC and in SC individual. In this manner, we were able to determine a signature that SC individual express more (p<0.01) CXCL10, IFI27 and IL6, as in HR, while LC patients express less, as in LR. This way, there are molecules, other than the classical IFNG and IL10, which correlates with disease progression or not