Aggregatibacter actinomycetemcomitans produz fatores de virulência que induzem destruição periodontal, porém a sua regulação é pouco conhecida. O sistema de dois componentes ArcAB é um regulador da transcrição gênica que percebe concentrações de oxigênio no ambiente. Este estudo tem como objetivo construir uma amostra de A. actinomycetemcomitans arcB deficiente e comparar características fenotípicas e de transcrição gênica em relação à amostra selvagem. As curvas de crescimento em condições de microaerofilia e anaerobiose foram similares. Foram observadas diferenças nas capacidades de adesão e invasão às células epiteliais, de formação de biofilme, de adesão à hidroxiapatita recoberta por saliva e na hidrofobicidade entre as amostras. A análise de transcrição gênica por RT-PCR em tempo real mostrou expressão diferenciada de apaH, vppA, vapA e omp29. Os dados indicam que em A. actinomycetemcomitans, ArcB é capaz de detectar condições redox, sendo associado a expressão de fatores de colonização da cavidade oral, regulando a transcrição de genes associados à virulência. / Aggregatibacter actinomycetemcomitans produces several virulence factors which induce periodontal destruction, but little is known about their regulation. The two components system ArcAB is a genetic transcription regulator that senses oxygen concentrations in the environment. This study aimed to construct an A. actinomycetemcomitans arcB deficient mutant and to compare phenotypic carachteristics and gene transcription with the wild type. The growth curves under microaerophilic and anaerobic conditions were similar. There were differences in abilities to adhere and invade epithelial cells, to form biofilm, to adhere to saliva-coated hydroxyapatite and in hydrophobicity between the strains. Gene transcription analysis by real time PCR showed differential expression of apaH, vppA, vapA and omp29. These data indicate that in A. actinomycetemcomitans, ArcB is able to detect redox conditions and is associated with colonization factors of the oral cavity, by regulating transcription of genes associated with virulence.

O conhecimento das implicações da variabilidade genética em populações de inimigos naturais, principalmente parasitoides, é de vital importância para a otimização de programas de controle biológico. Desta forma, o presente trabalho teve por objetivo determinar como a variabilidade genética influencia diferentes parâmetros biológicos de Trichogramma pretiosum Riley, 1879 em experimentos de laboratório e de campo. Para que este objetivo fosse atingido, foram avaliados: 1) o efeito da seleção de isolinhagens de T. pretiosum em condições de laboratório, marcadas por meio do DNA mitocondrial, no subsequente desempenho de campo; 2) como a UR afeta a capacidade de voo de isolinhagens, marcadas por meio do DNA mitocondrial, de espécimes de T. pretiosum oriundas do Brasil e EUA; 3) a compatibilidade reprodutiva entre isolinhagens norteamericanas e brasileira de T. pretiosum, avaliada por meio de uma abordagem integrativa e 4) o possível estabelecimento de uma linhagem de T. pretiosum proveniente da Colômbia num novo ecossistema, no Nordeste brasileiro. Com base nos resultados do presente trabalho conclui-se que a variabilidade genética de T. pretiosum exerce grande influência em parâmetros biológicos do parasitoide, uma vez que: 1) os diferentes desempenhos reprodutivos das isolinhagens em condições de laboratório foram correspondentes àqueles em condições de campo, sendo as sequências mitocondriais uma técnica de marcação precisa e eficiente para avaliação do desempenho de T. pretiosum em condições de campo; 2) para algumas isolinhagens, as condições ambientais do local onde se pretende liberar T. pretiosum, se distintas do hábitat natural do parasitoide, podem afetar negativamente o voo deste inseto; 3) foi registrada incompatibilidade reprodutiva leve e diferenças morfológicas mais pronunciadas entre as isolinhagens americanas e brasileira, geneticamente variáveis; 4) foram observados fortes indícios de que uma linhagem de T. pretiosum, introduzida em Petrolina, PE há 22 anos, trazida de Palmira, Colômbia, se estabeleceu naquela região. / The knowledge on genetic variability in populations of natural enemies, especially parasitoids, has a vital importance for the optimization of biological control programs. Thus, this study aimed to determine the influences of genetic variability on different biological parameters of Trichogramma pretiosum Riley, 1879, in laboratory and field experiments. We evaluated: 1) the effect of selection of T. pretiosum isofemale strains in laboratory conditions, marked by mitochondrial DNA, on the subsequent field performance; 2) the effects of RH on flight capacity isofemale lines, marked by the mitochondrial DNA, of T. pretiosum specimens from Brazil and the USA; 3) the reproductive compatibility between USA and Brazilian isofemale lines of T. pretiosum, through an integrative approach, and 4) the possible establishment of a T. pretiosum strain from Colombia in a new ecosystem in the Brazilian Northeast. The results allow to conclude that genetic variability of T. pretiosum has great influence on biological parameters of the parasitoid, since: 1) the different reproductive performance of isofemale strains in laboratory conditions corresponded to those under field conditions, and mitochondrial DNA was accurate and efficient, marking technique for the evaluation of T. pretiosum performance in field conditions; 2) for some isofemale lines, the environmental conditions of the release sites, if distinct from the natural habitat of the parasitoid, may adversely affect flight capacity of the parasitoid; 3) slight reproductive incompatibility and more pronounced morphological differences were observed between American and Brazilian isofemale lines, genetically variable; 4) there is strong evidence that T. pretiosum line introduced in Petrolina, PE, 22 years ago, brought from Palmira, Colombia, has established in that region.

O infiltrado inflamatório, a perda maciça de células acinares e a fibrose se destacam como alterações da pancreatite alcoólica crônica, o que é reflexo da expressão gênica. O -tocoferol regula a expressão de vários genes, entre eles moduladores de proteínas extracelulares e de inflamação. O presente trabalho teve como intuito avaliar o efeito da suplementação com vitamina E sobre a expressão gênica pancreática de marcadores inflamatórios, em ratos com pancreatite alcoólica crônica induzida por dieta líquida contendo etanol (com ou sem suplementação de -tocoferol), ciclosporina A e ceruleína, por meio da técnica quantitativa de PCR em tempo real. Além disso, foram realizadas determinações de -tocoferol plasmático e hepático, lipídeos totais hepáticos, e análise histopatológica do pâncreas e fígado dos animais submetidos aos diferentes tratamentos (Grupo 1: Controle; Grupo 2: Pancreatite alcoólica crônica; Grupo 3: Pancreatite alcoólica crônica e suplementação com vitamina E). Os animais que receberam suplementação com vitamina E apresentaram maiores valores de -tocoferol plasmático e hepático [(G1: 14,27 ± 1,5 umols/L plasma; 125,47 ± 18,5 nmols/g fígado; 5,1 ± 0,8 nmols/mg lipídeo hepático); (G2: 21,64 ± 3,0 umols/L plasma; 126,54 ± 10,5 nmols/g fígado; 2,8 ± 0,7 nmols/mg lipídeo hepático); (G3: 43,91 ± 6,1 umols/L plasma*; 1595,90 ± 802,7 nmols/g fígado*; 17,3 ± 8,8 nmols/mg lipídeo hepático*)] (*p<0,01). O pâncreas dos animais do Grupo 1 apresentou histologia normal, ao passo que nos Grupos 2 e 3 apresentou focos de destruição tecidual leve a moderada, presença de infiltrado de células mononucleares (linfócitos e plasmócitos) e proliferação de tecido conjuntivo de sustentação, mostrando um quadro ainda em estágios iniciais de pancreatite alcoólica crônica. O fígado do Grupo 1 apresentou histologia normal, e dos Grupos 2 e 3, esteatose macro e microvesicular em grau variável, entre 30 a 60%. A análise de PCR em tempo real mostrou aumento de expressão de todos os 13 genes biomarcadores do processo inflamatório nos Grupos 2 e 3, provocado pela pancreatite alcoólica crônica, em relação ao Grupo 1 (p<0,01). A suplementação com vitamina E na presença de pancreatite no Grupo 3, em relação ao Grupo 2, diminuiu o número de transcritos para 5 genes (-SMA, COX-2, IL-6, MIP-3, TNF-) (p<0,01), aumentou o número de transcritos para 1 gene (Pap) (p<0,01), e não modificou os 7 genes restantes (Col1a1, IL-4, IL-8, IL-10, MCP-1, Mif, MMP-2) (p>0,05). A suplementação com vitamina E apresentou efeitos anti-inflamatórios e benéficos na expressão gênica pancreática de alguns biomarcadores do processo inflamatório em ratos com pancreatite alcoólica crônica, comprovando sua participação em alguns mecanismos da resposta inflamatória no pâncreas. / The inflammatory infiltrate, the massive loss of acinar cells and fibrosis are highlighted as changes in alcoholic chronic pancreatitis, which is a gene expression reflection. The -tocopherol regulates many genes expression, including extracellular proteins and inflammation modulators. This study was aimed to evaluate the vitamin E supplementation effect on pancreatic gene expression of inflammatory markers in rats with alcoholic chronic pancreatitis induced by liquid diet containing ethanol (with or without -tocopherol supplementation), cyclosporin A and cerulein through the quantitative real time PCR technique. Moreover, -tocopherol content in plasma and liver were analyzed, total lipid content in liver, and pancreas and liver histopathology of animals subjected to different treatments (Group 1: Control, Group 2: Alcoholic chronic pancreatitis, Group 3: Alcoholic chronic pancreatitis and vitamin E supplementation). The animals that received vitamin E supplementation had higher -tocopherol amounts in plasma and liver [(G1: 14,27 ± 1,5 umols/L plasma; 125,47 ± 18,5 nmols/g liver; 5,1 ± 0,8 nmols/mg liver lipid); (G2: 21,64 ± 3,0 umols/L plasma; 126,54 ± 10,5 nmols/g liver; 2,8 ± 0,7 nmols/mg liver lipid); (G3: 43,91 ± 6,1 umols/L plasma*; 1595,90 ± 802,7 nmols/g liver*; 17,3 ± 8,8 nmols/mg liver lipid*)] (*p<0,01). The pancreas of animals in Group 1 had normal histology, whereas in Groups 2 and 3 presented tissue destruction foci with mild to moderate mononuclear cells infiltration (lymphocytes and plasma cells) and connective tissue proliferation, showing an early stage occurrence of alcoholic chronic pancreatitis. The Group 1 liver showed normal histology, and Groups 2 and 3, macro and microvesicular steatosis in varying degrees, from 30 to 60%. The quantitative real time PCR analysis showed increased expression of all 13 inflammatory biomarkers genes in Groups 2 and 3, caused by alcoholic chronic pancreatitis, compared to Group 1 (p<0,01). Vitamin E supplementation in the presence of pancreatitis in Group 3, compared to Group 2, decreased the transcripts number for five genes (-SMA, COX-2, IL-6, MIP-3, TNF-) (p<0,01), increased the transcripts number for one gene (Pap) (p<0,01), and did not alter the seven remaining genes (Col1a1, IL-4, IL-8, IL-10, MCP-1 , Mif, MMP-2) (p>0,05). Vitamin E supplementation showed anti-inflammatory and beneficial effects on pancreatic gene expression of some inflammation biomarkers in rats with alcoholic chronic pancreatitis, confirming its participation in the inflammatory response mechanisms in the pancreas.

No Brasil, diariamente, são descartadas 2,3 toneladas de meios de cultura potencialmente contaminados com microorganismos. A resolução RDC No 306/2004 da Agência Nacional de Vigilância Sanitária preconiza que os resíduos devem ser tratados antes do descarte, visando à redução da carga microbiana. Foram desenvolvidos 2 métodos para avaliar a sensibilidade e a eficiência, assim como a concentração ideal, de um agente químico (biocida) contra microorganismos contaminantes. O método de difusão com Perfurador Circular de Ágar (PCA) e o método com Perfurador Linear de Ágar (PLA) foram testados com 13 cepas de microorganismos. O biocida avaliado foi a combinação de hipoclorito de sódio (NaClO) com ácido acético (CH3COOH). A partir destes resultados, foi desenvolvido um equipamento automatizado para processar a redução da carga microbiana (SADEMC) dos meios de cultura contaminados. A redução da carga microbiana foi avaliada pelo método quantitativo da reação da transcriptase reversa com detecção em tempo real. O método PCA mostrou ser reprodutível e eficiente para medir a inibição do crescimento bacteriano de um biocida. A concentração mínima de biocida capaz de reduzir o crescimento microbiano foi de 250 ppm para a solução aquosa de NaClO a 0,25% e de 200 ppm para a de CH3COOH a 0,2%. No SADEMC, foi possível processar 4,6kg de meios de culturas em 100 litros da concentração mínima eficaz do biocida por 15 minutos, e atingir uma redução da carga microbiana de, aproximadamente, 1,4E10 unidades formadoras de colônias. Podemos concluir que o SADEMC promove uma redução de carga microbiana compatível com os níveis exigidos pela RDC No. 306; fornece biossegurança na sua manipulação e que resulta em plástico reciclável. / In Brazil, daily, 2.3 tons of potentially contaminated cultured medium with microorganisms are discarded. The RDC 306 resolution from the Brazilian National Health Department rules out that residue must be treated prior to discart in order to reduce microbial load. Two methods were developed to evaluate the sensitivity, efficiency and ideal concentration of a chemical agent (biocide) against microorganisms. The Ágar\'s Diffusion Method by Circular Perforator (PCA) and by Linear Perforator (PLA) were tested with 13 microorganism lines and the biocide composed by Sodium Hypochlorite (NaClO) and its combination with Acetic Acid (CH3COOH). The microbial load reduction was evaluated by the real time reverse transcription-polymerase chain reaction. From the in vitro data, an automatic equipment to process the potentially contaminated culture media (SADEMC) was developed. The PCA method was reproductive and efficient to measure the bacterial growth inhibition induced by the biocide. The minimum biocide concentration capable to reduce the microbial growth was a solution of 0.25% NaClO (250 ppm) and 0.2% CH3COOH (200 ppm). In the SADEMC, the direct exposition of 4.6 kg of culture media in 100 liters of biocide for a period of 15 minutes is capable to reduce the microbial load in approximately 1,4E10 of colony-forming unit. We may conclude that the SADEMC is able to promote a microbial load reduction more intense than the one demanded by the RDC 306 resolution. In addition to that, the SADEMC contemplates personnel safety and allows recycling the plastic residues

INTRODUÇÃO: A principal manifestação clínica da doença aterosclerótica é o infarto agudo do miocárdio, caracterizada como emergência médica, que necessita de diagnóstico correto, rápido, preciso e terapia eficaz. Os estudos de transcriptoma e proteoma possibilitam obter informações que nos permite compreender de forma mais abrangente a evolução fisiopatológica das doenças, sendo as cardiovasculares particularmente favorecidas por terem etiologia multifatorial e sem dúvida multigênica, portanto a utilização destas ferramentas num modelo de doença aguda pode auxiliar, de forma singular, na obtenção de novas informações, tais como novos marcadores precoces de injúria. OBJETIVO: Identificar novos biomarcadores de doenças cardiovasculares através da análise do perfil de expressão de RNAm de células do sangue periférico e proteínas plasmáticas de pacientes com SCA. CASUÍSTICA E MÉTODOS: É um estudo caso-controle de pacientes com SCA recrutados no Pronto-Socorro do Instituto Dante Pazzanese de Cardiologia. Foram recrutados 84 indivíduos com Síndrome Coronariana Aguda (SCA), 47 indivíduos sem doença cardiovascular (grupo controle), de ambos os sexos com idade entre 30 a 65 anos, atendidos no Instituto Dante Pazzanese do Estado de São Paulo - Brasil. A avaliação de expressão gênica global de 10 pacientes e 6 controles (pareados) durante as primeiras 48 h após o IAM foi realizada através dos microarranjos de DNA (sistema Affymetrix) e a análise de plasma por separação em sistema de microarranjos (ProteinChip®), seguida da identificação e quantificação por espectrometria de massa, em sistema SELDI-TOF/MS. Os resultados de microarranjo de DNA foram validados tecnicamente (a partir das mesmas amostras processadas por microarranjo de DNA) e, posteriormente validados biologicamente (a partir das outras amostras não processadas por microarranjo de DNA) através da PCR em tempo real. RESULTADOS: Foram observados ao total 599 genes diferentemente expressos nas primeiras 48 h após IAM. Trinta e três genes foram selecionados e submetidos à validação técnica, sendo que destes, 20 genes foram submetidos à validação biológica através da PCR em tempo real. Os validados foram: ALOX15, AREG, BCL2A1, BCL2L1, CA1, COX7B, ECDHC3,KCNE1, IL18R1, IRS2, MYL4, MMP9 e TREML4. Na análise, foram identificados 479 espectros de proteínas plasmáticas diferentemente expressos em relação ao controle, destes destacam-se 16 possíveis proteínas correspondentes ao peso molecular entre 6386.5 Da e 17807,7 Da. CONCLUSÃO: Os resultados desses estudos sugerem novos marcadores para avaliação da síndrome coronariana aguda e provavelmente com valor prognóstico importante. / BACKGROUND: The main clinical manifestation of atherosclerosis is the acute myocardial infarction (AMI), which is a medical emergency that requires prompt diagnosis and efficient therapy. The transcriptomic and proteomic approaches are both powerful tools for the study of AMI and may be instrumental to identify news biomarkers involved in the inflammatory and apoptotic process of cardiovascular diseases. OBJECTIVE: The aim of this study is to determine the gene expression of RNAm and protein in blood cells following an AMI to identify new biomarkers. PATIENTS AND METHODS: For this study eighty four patients with acute coronary syndrome (ACS) and forty seven control individuals were selected among patients of the Instituto Dante Pazzanese, São Paulo state, Brazil. A global gene expression profile by GeneChip® Exon 1.0 ST Array (Affymetrix) and proteomic plasma profile by ProteinChip® Biomarker System and SELDI-TOF/MS were evaluated for ten patients from the ACS group and six from the control group. These patients were followed up for the first 48 h following the AMI. The genes differently expressed by microarray analysis were submitted to technical (same casuistic) and biologic (new casuistic) validation by PCR real time. RESULTS: 599 genes were differentially expressed at the first 48 h after AMI. Thirty-three genes were selected and submitted to the technical validation, and 20 were subjected to biological validation by real time PCR afterwards. The validated ones were: ALOX15, Areg, BCL2A1, BCL2L1, CA1, COX7B, ECDHC3, KCNE1, IL18R1, IRS2, MYL4, MMP9 and TREML4. At proteomic analysis, 479 peaks of plasma proteins differentially expressed were identified. 16 peaks were considered as high potentially biomarkers. Their molecular weight was between 6386.5 Da and 17807.7 Da. CONCLUSION: Results from this study were able to identify changes in gene and protein profiles in the plasma, and suggest new markers for evaluation of acute coronary syndrome and probably with important prognostic value.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_vinicius_campos.pdf: 483644 bytes, checksum: 9caf292597102dea88bfa2da68dc9158 (MD5) Previous issue date: 2009-03-03 / Food intake in vertebrates is a complex process involving several endocrine and neural pathways. Among the orexigenic factors, the most notably are the neuropetides as the neuropeptide Y (NPY) that is a 36 amino acid peptide which plays a key role in food intake. Studies evaluating fish NPY expression showed that this peptide is involved in appetite stimulation. However, despite the recent advances, our present knowledge of the regulation of feeding behavior in fish is limited and based in a few fish species, and there is increasing evidence of speciesspecific differences. The Brazilian flounder Paralichthys orbignyanus is being considered for aquaculture, and it is important to understand the mechanisms regulating feeding in order to improve its performance in captivity. The objectives of this study were to clone NPY cDNA, evaluate the mRNA levels in different tissues of flounder, and also evaluate brain NPY expression during 24 h by real-time RT-PCR. A 597 bp NPY cDNA was cloned from Brazilian flounder brain by 3´RACE method. NPY expression was detected in all peripheral tissues analyzed, but with predominant expression in the brain. No significant differences were observed in brain NPY gene expression over a 24 h evaluation period. No correlation was observed among plasma glucose, total protein, cholesterol, triglycerides and NPY expression levels during 24 hours. These results indicated that NPY may play roles in flounder peripheral tissues and may be not involved short-term regulation of food intake at low-temperatures in Brazilian flounder. / O apetite e a ingestão de alimentos em vertebrados é um processo complexo que envolve várias rotas neurais e endócrinas. Dentre os fatores orexigênicos, destacamse os neuropeptídeos, como o neuropeptídeo Y (NPY), o qual é constituído de 36 aminoácidos e desempenha papel chave na regulação do apetite. Estudos avaliando a expressão do NPY em peixes demonstraram que este peptídeo está envolvido no estímulo da ingestão. Entretanto, apesar dos avanços recentes, o atual conhecimento sobre a regulação fisiológica do apetite é limitado e baseado em poucas espécies de peixes com evidencias de diferenças interespecíficas. O linguado Paralichthys orbignyanus tem sido considerado para a aqüicultura e com isso, torna-se importante compreender os mecanismos de regulação do apetite para incrementar o seu desempenho em cativeiro. Os objetivos deste trabalho compreenderam clonar o gene do NPY, avaliar os níveis de RNA mensageiro nos diferentes tecidos do linguado e também avaliar a expressão do NPY no cérebro durante 24 h por RT-PCR em tempo real. Um fragmento de 597 pb do cDNA do NPY foi clonado a partir do RNAm do cérebro do linguado através do método RACE 3 . A expressão do NPY foi detectada em todos os tecidos analisados (cérebro, baço, coração, intestino, estômago, brânquia, fígado, rim, músculo e testículo), mas com predominante expressão no cérebro. A expressão do NPY não cérebro demonstrou variações durante 24 horas de avaliação. Nenhuma correlação foi observada entre glicose, proteínas totais, colesterol e triglicerídeos plasmáticos. Estes resultados indicam que o NPY pode desenvolver funções em outros tecidos além do cérebro e também pode não estar associado na regulação da alimentação em curto prazo em baixas temperaturas.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The production of common quail is on increasing development and needs further genetics studies for productive direction. As the PCR technique in real time the most important in the analysis of animal gene expression, studies and experiments related components are needed. Among these components is the reference gene, normalizer data that has great impact on the results and has direct influence on the success of the analysis, which must have significant expression in tissue and invariably in all the experimental conditions. Among the experimental conditions, sex (male and female) can be considered, since there are research about responses in the animal gene expression in both sexes. Thus it is necessary to use a single set of reference genes for normalizing expression data from both samples (male and female), by eliminating the effect of sex. So, We aim with this study was to evaluate the stability and recommend reference genes for quantitative real-time PCR in different quails tissues of both sexes. The stability of 10 housekeeping genes (GAPDH, RPL5, MRPS27, MRPS30, TFRC, HMBS, EEF1, LDHA, B2M and UBC) was analyzed in four tissues (heart, thigh, brain and spleen) of males and females quails, from online available RefFinder tool. The RefFinder is based on the results of programs and methods commonly used for this purpose (Bestkeeper, NormFinder, GeNorm and ΔCq method) and the analysis was done separately for each tissue. The results confirm prior knowledge that different tissues express different genes, that it was noted from the different recommendations for each tissue. However, it is important to note that although the sex be able to influence the expression of genes, we observed stable constitutive genes for both sexes. The most stable housekeeping genes were: MRPS30, EEF1 and HMBS in thigh muscle; B2M, GAPDH and UBC in brain; MRPS30, TFRC and HMBS in heart; and EEF1, LDHA and HMBS in spleen, It is therefore recommended to be used as reference genes for gene expression studies of male and female quails. The recommendation of stable genes that can be used in both sexes quail facilitates the execution of subsequent genetic studies needed to assess the animals eliminating the effect of sex, influencing, consequently, in the development on the entire production. / A coturnicultura de corte está em crescente desenvolvimento e necessita de maiores estudos no campo genético para o direcionamento produtivo. Sendo a técnica da PCR em tempo real uma das mais importantes na análise da expressão gênica animal, estudos e experimentações relacionadas a seus componentes se fazem necessários. Dentre esses componentes encontra-se o gene de referência, normalizador de dados que possui grande impacto nos resultados e tem influência direta no sucesso da análise, devendo este possuir expressão significativa no tecido de forma invariável em todas as condições experimentais. Dentre as condições experimentais, o sexo (macho e fêmea) pode ser considerado, uma vez que existem pesquisas voltadas à busca de respostas do comportamento gênico animal de ambos os sexos. Dessa forma se faz necessária a utilização de um único conjunto de genes de referência para normalizar os dados de expressão de ambas as amostras (machos e fêmeas), eliminando o efeito de sexo. Assim, objetivou-se com esse trabalho avaliar a estabilidade e recomendar genes de referência para PCR quantitativo em tempo real em diferentes tecidos de codornas de corte de ambos os sexos. Foram analisadas as estabilidades de 10 genes constitutivos (GAPDH, RPL5, MRPS27, MRPS30, TFRC, HMBS, EEF1, LDHA, B2M e UBC) em quatro tecidos (coração, coxa, cérebro e baço), de codornas machos e fêmeas, a partir da ferramenta RefFinder disponível online. O RefFinder se baseia nos resultados dos programas e métodos comumente utilizados para esta finalidade (Bestkeeper, NormFinder, GeNorm e método ΔCq) e a análise foi feita separadamente para cada tecido. Os resultados confirmam o conhecimento prévio de que diferentes tecidos expressam genes diferentes, notável a partir das diferentes recomendações para cada tecido. Entretanto, é importante notar que, apesar de o sexo influenciar na expressão de genes, foi possível observar genes constitutivos estáveis para ambos os sexos. Os genes que se mostraram mais estáveis foram: MRPS30, EEF1 e HMBS no músculo da coxa; B2M, UBC e GAPDH no cérebro; MRPS30, TFRC e HMBS no coração; e EEF1, LDHA e HMBS no baço; sendo, portanto, recomendados para serem empregados como genes de referência em estudos de expressão gênica de codornas de corte machos e fêmeas. A recomendação de genes estáveis que podem ser utilizados em ambos os sexos de codornas facilita a execução de estudos genéticos posteriores que necessitem avaliar os animais eliminando o efeito de sexo, influenciando, consequentemente, no desenvolvimento de toda a cadeia produtiva.

O óxido nitroso (N2O) é um importante gás de efeito estufa (GEE) e, nos ecossistemas terrestres, é produzido principalmente pelo processo de desnitrificação. Esse ocorre em condições anaeróbias e, portanto, é fortemente estimulado pelo aumento do teor de umidade do solo. Entretanto, solos sob diferentes usos podem exibir taxas de emissão de N2O distintas, mesmo quando apresentam teores de umidade equivalentes. Ainda não está claro se isso se deve somente ao fato de os mesmos diferirem quanto a atributos físicos e químicos capazes de afetar a atividade dos organismos desnitrificantes ou se também se deve à diferenças com relação ao tamanho de suas populações. O presente trabalho foi desenvolvido com o objetivo de compreender as relações entre os fluxos de N2O, a umidade e a abundância de genes bacterianos envolvidos no processo de desnitrificação (nirK, norB e nosZ) em solos de floresta, pastagem e cultivo de cana-de-açúcar, utilizando um experimento de microcosmos. Amostras de solo foram coletadas na fazenda Capuava, situada no município de Piracicaba, SP. Os microcosmos estabelecidos a partir das mesmas foram mantidos com diferentes teores de umidade (original e ajustados para atingir 60% e 90% da capacidade de campo) e incubados a 30 °C por 30 dias. Ao longo do período de incubação, os fluxos de N2O a partir desses solos foram analisados por cromatografia gasosa. Amostras coletadas do interior dos microcosmos, antes e depois da aplicação dos tratamentos, foram comparadas quanto à estrutura de suas comunidades bacterianas, utilizando a técnica de T-RFLP, e quanto à abundância dos genes 16S rRNA, nirK, norB e nosZ, através da técnica de qPCR. Somente os solos que tiveram sua umidade ajustada para 90% da capacidade de campo exibiram incrementos significativos na produção de N2O. Em tais amostras, também foi verificada a alteração da estrutura das comunidades bacterianas e do número de cópias dos genes norB e nosZ. Apenas este último, no entanto, apresentou uma correlação positiva com a umidade do solo. A abundância dos genes avaliados não apresentou correlações significativas com as taxas de emissão do GEE. Por outro lado, as emissões cumulativas de N2O se correlacionaram positivamente com as quantidades de genes desnitrificantes presentes inicialmente nas amostras de solo. Estes genes se mostraram mais abundantes nas amostras de pastagem e floresta, as quais apresentavam maiores teores de matéria orgânica, carbono, nitrogênio, nitrato e argila do que aquelas provenientes da área cultivada com cana-de-açúcar. Tais resultados demonstram que o conteúdo de água do solo afeta a taxa de emissão de N2O, mas que isso não se deve a alterações na abundância das bactérias envolvidas no processo, como as que carregam os genes nirK, norB e nosZ. Aparentemente, no entanto, quantidade de GEE que o solo é capaz de produzir está relacionada ao tamanho das populações desses organismos desnitrificantes. / Nitrous oxide (N2O) is an important greenhouse gas (GHG) and, in terrestrial ecosystems, it is mainly produced by denitrification. This process occurs under anaerobic conditions and, therefore, is strongly stimulated by the increase of the soil moisture content. However, soils under different uses may exhibit distinct N2O emission rates, even when they have the same moisture content. It is still not clear whether this is due solely to the fact that they differ in relation to physical and chemical properties that affect the activity of denitrifying organisms or whether this is also due to differences in the size of their populations. The aim of this work was to evaluate the relations between N2O fluxes, moisture and abundance of bacterial genes involved in denitrification process (nirK, norB e nosZ) in soil samples from forest, pasture and sugarcane field, through a microcosm experiment. These samples were collected at Fazenda Capuava, located in Piracicaba, SP. Microcosms established from them were maintained with different moisture contents (original and adjusted to achieve 60% and 90% of field capacity) and incubated at 30 °C for 30 days. During the incubation period, the N2O fluxes from soils were analyzed by gas chromatography. Soil samples from microcosms, collected before and after application of the treatments, were compared regarding the structure of their bacterial communities, by using T-RFLP technique, and the abundance of 16S rRNA, nirK, norB and nosZ genes, through qPCR technique. Only samples that had their moisture content adjusted to 90% of field capacity exhibited significant increases in N2O production. In these samples, changes in the structure of bacterial communities and in the copy numbers of norB and nosZ genes were also detected. Only the latter gene, however, showed a positive correlation with soil moisture. The abundance of the quantified genes showed no significant correlations with the gas emission rates. On the other hand, the cumulative N2O emissions were positively correlated with the amounts of denitrifying genes initially present in the samples. These genes were more abundant in pasture and forest soils, which had higher levels of organic matter, carbon, nitrogen, nitrate and clay than those from sugarcane cropping area. These results indicate that soil water content affects the N2O emission rates. However it is not due to changes in the abundance of bacteria involved in the process, such as those that bear the nirK, norB and nosZ genes. Apparently, it is the size of these organisms\' populations that determines the amount of GHG that the soil is able to produce.

A vida moderna tem gerado mudanças importantes nos hábitos alimentares em todo o mundo e observa-se um aumento da demanda por alimentos prontos para o consumo, tais como frutas e hortaliças minimamente processadas. As condições de embalagem e armazenamento destes produtos podem favorecer a multiplicação de bactérias psicrotróficas, destacando-se o patógeno Listeria monocytogenes. Para estudos de avaliação de riscos microbiológicos relativos a L. monocytogenes, dados quantitativos são fundamentais, mas, os métodos para enumeração disponíveis atualmente são trabalhosos e morosos. Há grande interesse no desenvolvimento de métodos rápidos para a determinação das populações de L. monocytogenes, o que pode reduzir significativamente o tempo de análise. Neste trabalho, foram analisadas 162 amostras de hortaliças minimamente processadas adquiridas no comércio varejista de Ribeirão Preto/SP, no período de setembro de 2007 a agosto de 2008. Foram realizados ensaios convencionais para enumeração de coliformes totais e termotolerantes, Escherichia coli e bactérias aeróbias psicrotróficas. Foi realizada a detecção de Listeria sp. por imunoensaio (Oxoid Listeria Rapid Test) e de Salmonella por método convencional. Alíquotas congeladas de amostras positivas para L. monocytogenes e Salmonella sp. foram também avaliadas quantitativamente empregando-se métodos convencionais. Para quantificação de L. monocytogenes foi utilizado o método da Reação de Polimerase em Cadeia (PCR) em tempo real, com primers de DNA baseados em 16S rRNA. Para a comparação do método de PCR em tempo real e método convencional de cultivo, foram inoculadas seis amostras de hortaliças minimamente processadas (alface, cheiro-verde, couve, almeirão, repolho e acelga) com três níveis de inoculação. Dentre as 162 amostras de hortaliças analisadas, L. monocytogenes foi detectada em uma amostra de couve e uma de cheiro-verde, com populações de 1,5 x 103 e 0,43 NMP/g, respectivamente. Salmonella sp. foi isolada de duas amostras de almeirão, com populações de 0,09 e 4,6 NMP/g. Contaminação por coliformes totais foi detectada em 132 (81,5%) amostras e por coliformes termotolerantes em 107 (66%) amostras. Escherichia coli foi confirmada em 86 (53,1%) amostras, enquanto que 158 (96,7%) amostras apresentaram população de bactérias psicrotróficas maior que 5 log UFC/g. Os resultados obtidos entre os dois métodos desenvolvidos apresentaram pouca variação e todos os resultados foram concordantes considerando-se o intervalo de confiança de 95% da técnica do NMP (SWANSON; PETRAN; HANLIN, 2001). A PCR em tempo real foi otimizada com a preparação comercial ABSOLUTETM QPCR SYBR® Green Mix (ABgene, Reino Unido) e os primers utilizados mostraram ser específicos para L. monocytogenes. As populações de microrganismos encontradas nestes alimentos indicaram a baixa qualidade microbiológica e evidenciaram a importância da implantação de programas para garantia da inocuidade de alimentos na cadeia produtiva das hortaliças minimamente processadas. A PCR em tempo real mostrou ser de fácil execução e diminuiu o tempo de obtenção de resultados para pouco mais que 48 horas em comparação com o tempo gasto (7 dias) quando as hortaliças foram analisadas por meio do método convencional de cultivo. / Modern lifestyles have deeply changed eating habits worldwide, with an increasing demand for ready-to-eat foods, including minimally processed fruits and leafy greens. Packaging and storage conditions of these products may favor the growth of psychrotrophic bacteria, such as the pathogen Listeria monocytogenes. For microbiological risk assessment, it is crucial to generate quantitative data on foodborne pathogens, but the enumeration methods currently available are labor and time consuming. There is great interest in the development of reliable and fast methods for enumeration of L. monocytogenes, in order to shorten the time needed to obtain quantitative results. In this study 162, samples of leafy vegetables minimally processed were acquired at retail market in Ribeirão Preto from September, 2007 to August 2008 and they were analysed by conventional enumerating methods for total and thermophilic coliforms, Escherichia coli and psychrotrophic aerobic bacteria. Presence or absence of Listeria spp. was evaluated by immunoassay (Oxoid Listeria Rapid test) and detection of Salmonella was performed by conventional methods. Frozen aliquots of Salmonella spp. and L. monocytogenes positive samples were quantitatively evaluated by conventional methods and L. monocytogenes was also enumerated by real-time Polymerase Chain Reaction (PCR) with DNA primers based on 16S rRNA. Real-time PCR method was applied to analyze six artificially contaminated vegetables and the results obtained with this methodology were similar to the ones obtained with conventional most probably number (MPN) technique with a confidence interval of 95% (SWANSON; PETRAN; HANLIN, 2001). Of the 162 samples analyzed, L. monocytogenes was detected in one sample of collard green and in one mixed bunch of parsley plus spring onion (1.5x103 and 0.43 MPN/g, respectively). Salmonella sp was detected in two samples of common chicory with populations of 0.09 and 4.6 MPN/g. One hundred and thirty two samples (81.5%) showed contamination by total coliforms and 107 (66%) by thermophilics coliforms. Escherichia coli was confirmed in 86 (53.1%) samples while 156 (96.7%) showed populations of psychrotrophic bacteria above of 5 log CFU/g. PCR was optimized with a commercial preparation ABSOLUTE TM QPCR SYBRÒ Green Mix (ABgene, UK) and the primers utilized were specific for L. monocytogenes. These results showed the low microbiologic quality of minimally processed vegetables samples studied and indicate an urge for implementation of quality programs from producer to processors of these ready-to-eat foods. Realtime In comparison with the conventional culture method, real-time PCR was more easily performed and the time required to obtain the results was reduced to ca. 48 hours, in comparison with 7 days for conventional method.

A Esclerose Lateral Amiotrófica (ELA) é uma doença crônica, progressiva e neurodegenerativa causada pela morte dos neurônios motores. O diagnóstico destes pacientes pode levar até 12 meses para acontecer, sendo que estes vão à óbito entre 3-5 anos do início dos sintomas. Há, porém, grande variabilidade de quadro clínico, com alguns pacientes falecendo com menos de 1 ano do início dos primeiros sinais, e outros que sobrevivem por décadas. A identificação da ELA8, causada por uma mutação missense no gene VAPB (c.C166T, p.P56S), tem contribuído significativamente com o conhecimento dos mecanismos moleculares por trás da ELA. A literatura recente tem evidenciado que a diminuição dos níveis de VAPB está presente em modelos celulares e murinos da doença, e também em amostras de pacientes, sugerindo que esta proteína teria papel central na doença e uma contribuição significativa para a morte dos neurônios motores. O presente trabalho buscou três objetivos principais: (1) o diagnóstico molecular através de um painel de sequenciamento de nova geração que inclui os genes SOD1, FUS, TARDBP, SETX, SPG11, FIG4 e VAPB; (2) a avaliação dos níveis de RNAm de VAPA, VAPB e EPHA4 em pacientes de ELA8, controles familiares e outros pacientes de ELA, com o intuito de investigar possíveis papéis destes genes na doença; e por fim, (3) o desenvolvimento de um ensaio quantitativo para as proteínas VAPA, VAPB e VAPC baseado em cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massas em tandem (LC-MS/MS), para a posterior avaliação de VAPB como possível biomarcador em ELA, e de suas isoformas VAPA e VAPC como modificadores da doença. Para a análise genômica, foram avaliados 67 pacientes, sendo que 31 (ou 46%) apresentaram a mutação c.C166T em VAPB; 4 pacientes (6%) em SOD1, sendo que um destes apresentou uma mutação também em FIG4; 1 paciente (1.5%) foi identificado uma mutação patogênica em FUS; outro, duas mutações deletérias em trans em SPG11. Os níveis de RNAm de VAPB, VAPA e EPHA4 não são estatisticamente distintos entre pacientes e controles; porém, os níveis de EPHA4 estavam significativamente elevados em dois pacientes de início bulbar da doença. Para o desenvolvimento do método quantitativo por LC-MS/MS, foram escolhidos 8 peptídeos inequívocos para análise, estabelecidos dos parâmetros de corrida, e desenvolvidos dois padrões internos (linhagens SILAC e VAPB recombinante) para a quantificação. Esta ferramenta desenvolvida poderá auxiliar não apenas os estudos moleculares que envolvem os mecanismos por trás ELA8, responsável por uma elevada taxa dos casos familiais brasileiros, mas também poderá determinar o potencial de VAPB como biomarcador para Esclerose Lateral Amiotrófica / Amyotrophic Lateral Sclerosis is a chronic, progressive neurodegenerative disorder caused by the death of motor neurons. Diagnosis can take up to 12 months, with no molecular marker to expedite this process. In this scenario, patients die within 3 to 5 years of symptom onset, although a large clinical variability is seen, with severe patients dying less than one year after onset, and others surviving for decades. The identification of ALS8, caused by a missense mutation in the VAPB gene (c.C166T; p.P56S), has contributed significantly to the knowledge of molecular mechanisms behind ALS. Recent literature has evidenced that the decrease of VAPB levels is present in cellular and murine models, and also in patient samples, suggesting a central role in motor neuron death in ALS. The present work sought three main objectives: (1) a molecular diagnosis through a NGS sequencing panel including the SOD1, FUS, TARDBP, SETX, SPG11, FIG4 and VAPB genes; (2) analyze the expression levels of VAPA, VAPB and EPHA4 in patients, family controls and other forms of ALS, in order to investigate their possible roles in ALS8; and (3) the development of a targeted quantitative mass spectrometry based assay, gold standard in protein quantification due to its precision and sensitivity, for the VAPA, VAPB and VAPC proteins, seeking the analysis of VAPB as a potential biomarker in ALS and of its isoform\'s potential roles as modifiers in the disease. The genomic analyses revealed that out of 67 patients, 31 presented the ALS8 mutation in VAPB, 4 patients (6%) presented a mutation in SOD1, with one patient carrying a second mutation in FIG4; 1 (1.5%) patient was identified with a pathogenic mutation in FUS; and another presented two pathogenic mutations in trans in the SPG11 gene. Thus, we were able to diagnose over half of the patients included in this study with a panel of only 7 genes. VAPB, VAPA and EPHA4 mRNA levels are not statistically different between patients and controls; however, EPHA4 was shown to be highly elevated in two bulbar-onset non-ALS8 patients. For the development of the LC-MS/MS targeted assay, 8 surrogate peptides were chosen for analysis, run parameters were established, and two internal standards for quantification were developed (SILAC cell lines and recombinant VAPB). This tool will prove to be useful not only towards elucidating the molecular mechanisms behind ALS8, one of the most prevalent forms of familial ALS in Brazil, but also to determine VAPB\'s potential as a biomarker for ALS