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Vigilância epidemiológica do vírus da doença de Newcastle em aves domésticas e selvagens pelo método de Real Time PCR. / Surveilance of Newcastle disease virus in domestics and wild birds by Real Time PCR.

Luciano Matsumiya Thomazelli 17 June 2009 (has links)
A avicultura brasileira é atualmente uma atividade de grande sucesso. A utilização de sistemas de planejamento associados a novas tecnologias, reflete-se no extraordinário crescimento da atividade. A produção brasileira de frango ultrapassou a marca anual de 10 milhões de toneladas, em 2007. O Brasil está entre os três maiores produtores de frango no ranking mundial, junto com Estados Unidos e China. Haja vista a importância que a avicultura representa para o país, pela geração de benefícios sociais e econômicos, o risco que a Doença de Newcastle (DNC) constitui para a avicultura brasileira é enorme. Um surto desta doença em um centro de produção avícola representaria um risco à economia e incidiria de forma negativa nos níveis de consumo de proteína de qualidade e economicamente acessível à população. A fim de estabelecermos um monitoramento do vírus da Doença de Newcastle (NDV) em aves selvagens, livres ou de cativeiro, e aves domésticas não vacinadas, residentes em regiões de elevada confluência migratória aviária no Brasil e em pingüins ao redor da Estação Antártica Comandante Ferraz (EACF), coletamos amostras de swabs orais e cloacais para a posterior análise por PCR em Tempo Real (qPCR), além de sangue para testes sorológicos, tendo como objetivos maiores, contribuir para o fortalecimento dos serviços de defesa sanitária animal, aumentar a capacidade de investigação, e finalmente, atualizar e harmonizar normas e procedimentos para a prevenção e controle da DNC, referenciando-se nas recomendações da Organização Mundial de Sanidade Animal (Office International des Epizooties - OIE). Das 1072 aves amostradas em diferentes regiões do Brasil, 8 (0,75%) apresentaram resultado positivo para o NDV por qPCR, sendo 5 (62,5% das positivas) delas provenientes da região Norte, 2 (25% das positivas) do Nordeste e 1 (12,5% das positivas) da região Sul do Brasil. Na Antártica, dos 100 pingüins estudados, 2 apresentaram resultado positivo para o NDV por qPCR e em cerca de 33,3% dos soros testados foi detectada a presença de anticorpo pelo teste de Inibição da Hemaglutinação (HI). Todas as amostras positivas foram re-analisadas por qPCR específico para cepas mesogênicas e/ou velogênicas, resultando negatividade, corroborando os dados que certificam o Brasil como sendo livre da Doença de Newcastle. / Brazilian chicken meat exports ended 2007 with shipments of 3,3 million tons, which represented a 21% increase in comparison with 2006. These results were the best in the history of the poultry sector in Brazil. The production reached 10.2 million tons, a result that kept the country as the worlds largest chicken meat exporter and the third largest producer, only behind USA and China. Thus the risk of an introduction of the Newcastle disease virus (NDV) into domestic poultry is enormous and will play severe consequences for the economy and poltry industries. In order to provide the surveillance of the NDV in wild, free or captive, and non vaccinated domestic birds from some regions of migratory birds confluence in Brazil and in penguins around the brasilian Antarctic Station Comandante Ferraz, we collected oral and cloacal swabs, for the viral detection by Real Time PCR (qPCR), and blood for the serological test (hemaglutination inhibition test HI). A total of 1072 birds were sampled in diferent regions of Brazil, where 8 (0.75%) shown positive results to NDV, in which 5 (62.5% of positive) were from North region, 2 (25% of positive) were from Northeast and 1 (12,5% of positive) was from South. In the Antarctic 100 penguins were studied, in which 2 were detected the NDV (2% of total). HI test showed that 33.3% of penguins were seropositives for NDV, indicating their previous contact with the pathogen. All the positive samples by qPCR were repeated with primers projected to detect only virulent strains and no sample was positive, indicating the absence of velogenic strains in Brazil. The epidemiological profile was richer with the isolament of positive samples in embrioned chiken eggs specific patogen free and latter nucleotidic genomic sequencing of isolate.
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Detecção de resíduos de DNA em alimentos: avaliação da qualidade, da quantidade e da capacidade de amplificação por PCR de DNA extraído de matérias-primas e produtos acabados para fins de análise de transgenia / Detection of DNA in food: evaluation of quality, quantity and amplifiability by PCR of isolated DNA from raw and processed foodstuffs targeting the detection of genetically modified organisms in food

Daniela Gazoto Contri 16 October 2006 (has links)
O objetivo do trabalho foi avaliar a qualidade, a quantidade e a capacidade de amplificação por PCR de DNA extraído de grãos de soja e milho, seus derivados e produtos acabados contendo como ingredientes obtidos desses grãos, com vistas à detecção de resíduos de organismos geneticamente modificados em alimentos. Para a amplificação de DNA pela PCR convencional, não houve melhor adequação de um protocolo de extração. Ambos métodos, CTAB e coluna de sílica tiveram desempenho comparável para as 32 matrizes avaliadas. A técnica de PCR em tempo real se mostrou mais sensível à qualidade do DNA testado e nesse contexto, o método CTAB se mostrou mais eficiente do que o método de coluna de sílica. Independentemente do método de extração utilizado não foi possível detectar DNA em óleos de soja e milho e em alguns derivados de amido, sugerindo que a aplicabilidade da lei de rotulagem pode esbarrar num entrave técnico no caso de algumas matrizes alimentares altamente processadas. / The aim of the study was to evaluate the quality, the quantity and the amplifiability by PCR of DNA isolated from soybean and maize grains and their by-products targeting the detection of genetically modified organisms in food. PCR amplification of DNA samples isolated either from CTAB and silica-column extraction methods achieved comparable performances. Both extraction methods showed similar results for the 32 tested matrices. The DNA amplification by real time PCR appeared to be affected by the quality of the isolated DNA. In this context, the CTAB extraction method showed to be more suitable when compared to the silica-column method. No DNA was amplified from soy and maize oils, as well as from some starch by-products, regardless the DNA extraction method used. It suggests that, the labeling requirement may rely on technical issues considering some high processed foodstuffs.
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Efeito de inibidores de endonucleases na transferência gênica mediada por espermatozoides em camundongos / Effect of endonucleases inhibitor in mice sperm mediated gene transfer

Maria, Fernanda Sevciuc 29 June 2012 (has links)
A baixa eficiência e a dificuldade de reprodução de resultados da técnica de transferência gênica mediada por espermatozoides (TGME) têm como possível explicação à ativação de endonucleases espermáticas. Assim, a inibição desta enzima poderia evitar a fragmentação de DNA (exógeno e genômico), possibilitando assim, o uso de maiores concentrações de DNA exógeno, aumentando a eficiência e garantindo a reprodutibilidade da técnica. O ácido aurintricarboxílico (ATA) é um inibidor geral de endonucleases (HALLICK et al., 1977), inclusive das endonucleases espermáticas (MAIONE et al., 1997; MAGNANO et al., 1998). Deste modo, o presente estudo objetivou avaliar a inibição das endonucleases espermáticas, pelo ácido aurintricarboxílico (ATA). Para isso, três experimentos foram realizados: 1) avaliar a inibição das endonucleases espermáticas pela adição do ácido aurintricarboxílico, após incubação com DNA exógeno; 2) verificar a eficiência do ATA na inibição de fragmentação de DNA genômico e 3) detectar o aumento nos índices de internalização após o uso de ATA. Para o primeiro experimento, um ensaio de digestão plasmidial com os plasmídeos PCX-EGFP e pmGENIE3 e três concentrações de ATA (10µM, 25µM e 50µM) foram testados. As digestões dos vetores plasmidiais ocorreram pela incubação dos plasmídeos PCX-EGFP e pmGENIE3, com e sem a presença de ATA, com extratos espermáticos. As incubações ocorreram durante 1 hora à 37ºC e os produtos foram analisados por eletroforese (2 horas, 100mV) em gel de agarose 0,7%. Os resultados foram avaliados em escala de cruzes, no qual 1 foi considerado digestão total dos plasmídeos e 3, a não digestão. Os resultados foram analisados em nível de significância de 5%. Os resultados demonstraram diferenças nas digestões dos dois vetores plasmidiais, sendo o pmGENIE3 mais susceptível à degradação pelo extrato espermático, demonstrando ausência de bandas em algumas replicatas (mediana=1). O PCX-EGFP apresentou inibição parcial da degradação já com 10µM de ATA. Já o pmGENIE só apresentou inibição da degradação com 25 ou 50µM de ATA. Assim a concentração utilizada nos experimentos consecutivos foi a de 50µM. Para o experimento 2, espermatozoides de camundongos da linhagem Bl-6/DBA (F1) foram incubados com duas concentrações (500 ou 1000ng) do plasmídeo PCX-EGFP, com ou sem pré-incubação com ATA. As incubações ocorreram durante 5 horas, em ar com 5% de CO2 à 37ºC. Assim, os espermatozoides foram submetidos ao teste de susceptibilidade à denaturação ácida e ao ensaio de cometa alcalino para verificar possível fragilidade da cromatina. Os dados demonstraram que o uso do ATA em espermatozoides murinos leva à fragilidade do genoma, independente de serem incubados com DNA exógeno e a concentração do mesmo. Além disso, foi possível verificar que pode existir um limiar de concentração ótima para que as endonucleases causem fragmentação do DNA cromossomal, o qual foi de 500ng. O uso de concentrações maiores, como 1000ng, pode ter agido como fator protetor ao DNA genômico, podendo este DNA exógeno ter sido o alvo primário das endonucleases, já que quando as amostras foram incubadas com essa concentração de plasmídeo, não houve altos índices de fragmentação no DNA endógeno. No experimento 3, espermatozoides de camundongos foram incubados com 500 ou 1000ng de PCX-EGFP/106 células, sendo ou não pré-incubados com ATA. O DNA genômico das células espermáticas foi extraído pelo método de fenol clorofórmio, diluído para concentração de 1ng/µl e submetidos à quantificação de DNA plasmidial pela técnica de quantificação absoluta em tempo real (qPCR). Os resultados demonstraram que o ATA não melhorou a eficiência de incorporação, já que tanto na concentração de 500 quanto na de 1000ng de DNA exógeno, a porcentagem foi menor (0,001% para os dois grupos) em relação aos grupos nos quais este não foi utilizado. Os grupos em que o ATA não foi utilizado não apresentaram diferença entre si demonstrando que a quantidade de 500ng de DNA exógeno foi suficiente na internalização deste ao espermatozoide, sendo a porcentagem de incorporação maior do que 1000ng (0,20% contra 0,10%). Contudo, o uso do inibidor de endonucleases, ao invés de aumentar os índices de incorporação apresentou resultados opostos, indicando que seu uso não trouxe melhorias para a técnica de TGME. / The low efficiency and low repeatability of sperm-mediated gene transfer (SMGT) could be due to the activation of sperm endonucleases. The inhibition of this enzyme would avoid genomic DNA fragmentation enabling the use of higher concentrations of exogenous DNA, increasing the efficiency and ensuring the reproducibility of this technique. Aurintricarboxilic acid (ATA) is a general inhibitor of endonucleases (HALLICK et al., 1977), including sperm endonucleases (MAIONE et al., 1997; MAGNANO et al., 1998). This study aimed to evaluate the inhibition of sperm endonucleases using the aurintricarboxilic acid (ATA). For that, three experiments were set: 1) evaluate the inhibition of sperm endonucleases by adding aurintricarboxilic acid after incubation with exogenous DNA, 2) study the inhibition efficiency of ATA in genomic DNA fragmentation and 3) detect exogenous DNA internalization after the use of ATA. For the first experiment, a plasmid digestion assay with pmGENIE3 and PCX-EGFP and three concentrations of ATA (10µM, 25µM and 50µM) were tested. The digestion of plasmid vector occurred by incubation of PCX-EGFP and pmGENIE3 with and without the presence of ATA with sperm extracts. Incubations took place for 1 hour at 37°C and the products were analyzed by electrophoresis (2 hours, 100mV) in 0,7% agarose gel. The results were evaluated on a cross scale whereas 1 was considered a total plasmid digestion and 3 no digestion. The results were analyzed with a significance level of 5%. The results show differences in the digestion of the two plasmid vectors, being pmGENIE3 more susceptible to degradation by sperm extract, demonstrating absence of bands in some replicates (median = 1). The PCX-EGFP showed a parcial inhibition of the degradation using 10µM ATA. PmGENIE3 presented inhibiting of degradation only using 25 or 50µM of ATA. Thus, the concentration used in the consecutives experiments was 50µM. For experiment 2, sperm from Bl-6/DBA (F1) mice strain were incubated with two concentrations (500 or 1000ng) of the PCX-EGFP plasmid, with and without pre-incubation with ATA. Incubation took place for 5 hours, with 5% CO2 in air, at 37°C. Sperm samples were subjected to acid denaturation susceptibility test and alkaline comet assay to check for possible chromatin fragility. The data showed that the use of ATA in murine sperm leads to a fragility of their genome, independently of the incubation with exogenous DNA and its concentration. Result showed that there might be a threshold concentration for chromosomal DNA fragmentation caused by endonucleases, which was 500ng of plasmid. The use of higher concentrations, as 1000ng, may be a protective factor for genomic DNA integrity, since exogenous DNA seems to be the primary target of endonucleases, showed by, lower DNA fragmentation levels. In experiment 3, sperm were incubated with 500 or 1000ng PCX-EGFP/106 cells, pre-incubated or not with ATA. Genomic DNA was extracted by phenol chloroform method, diluted to concentrations of 1ng/µl and subjected to quantification of plasmid DNA insertions by absolute quantification in real-time PCR (qPCR). The results showed that ATA did not improve the efficiency of DNA internalization, whereas both concentration of 500 and 1000ng presented a lower percentage of exogenous DNA integration (0.001% in both groups) compared with the groups in which ATA was not used. The groups without ATA did not differ indicating that the amount of 500ng of DNA was able to integrate exogenous DNA to sperm, and have higher percentage of incorporation compared to 1000ng (0,20% versus 0,10%). Thereby, the use of an endonuclease inhibitor instead of increasing integration indexes showed opposite results, indicating that its use did not bring improvements to the SMGT technique.
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Expressão dos genes codificadores de canais de sódio Nav 1.7, Nav 1.8 e Nav 1.9 em portadores da Síndrome de Ardência Bucal / Expression of coding genes sodium channel Nav 1.7, Nav 1.8 and Nav 1.9 in patients with Burning Mouth Syndrome

Carvalho, Vanessa Juliana Gomes 20 January 2016 (has links)
A síndrome de ardência bucal (SAB) é uma condição caracterizada pelo sintoma de ardência na mucosa oral, na ausência de qualquer sinal clínico. Sua etiologia é desconhecida e, até o momento, não dispõe de tratamento efetivo. Há entretanto características de doença neuropática que justificam investigações nesse sentido. O objetivo desse estudo foi mensurar a expressão gênica dos receptores de canais de sódio, Nav 1.7, Nav 1.8 e Nav 1.9, nos pacientes portadores de SAB. A casuística foi composta por dois grupos sendo o grupo de estudo composto por 12 pacientes portadores de SAB, selecionados através do critério estabelecido pela International Headache Society, em 2013 e o grupo controle composto por 4 pacientes não portadores de SAB. As amostras analisadas foram coletadas do dorso lingual, por meio de biópsia realizada com punch de 3 mm e profundidade de 3 mm, estas foram submetidas ao método de análise RT-PCR em tempo real. A expressividade dos genes de canais de sódio foi avaliada nos indivíduos portadores de SAB em relação aos do grupo controle, sendo esta calculada a partir da normalização dos dados da quantificação destes com os da expressão do gene constitutivo (GAPDH), pelo método de Cicle Threshold comparativo e analisados estatisticamente por meio do teste estatístico Mann-Whitnney. Observou-se o aumento da expressão gênica do Nav 1.7 (fold-change = 38.70) e diminuição da expressão gênica do Nav 1.9 (fold-change = 0.89), porém sem diferenças estatisticamente significativas entre os grupos analisados. O gene Nav 1.8 não foi expresso em nenhuma das amostras analisadas. O Nav 1.7 expressa-se tanto em neurônios nociceptivos quanto no sistema nervoso autônomo e mutações no Nav 1.9 tem sido associada a perda de percepção dolorosa. Os resultados obtidos embora não estatisticamente significativos são compatíveis com as características da doença, justificando a extensão dos estudos na linha expressão de genes codificadores dos canais de sódio em pacientes com SAB. / Burning mouth syndrome (BMS) is a condition characterized by symptoms of burning in the oral mucosa, in the absence of any clinical signs. Its etiology is unknown and so far, it has no effective treatment. It is important to mention that BMS exhibits some traits of a neuropathic disease, what justifies a thorough investigation of this subject.The objective of this study was to measure the gene expression of the sodium channel receptors, Nav 1.7, Nav 1.8 and Nav 1.9, in patients with BMS.The sample was composed of two groups, being the study group formed by 12 patients with SAB, selected according to the criteria established by the International Headache Society in 2013, while the compound control group had 4 patients without SAB. The analyzed samples were collected from the tongue, by the biopsy technique with a 3 mm punch and 3mm depth. These samples were processed in real time, following the guidelines set forth by the RT-PCR method. The expressiveness of the sodium channels was evaluated in the individuals with BMS in relation to control group, which was calculated from the normalization of these data with the quantification of the expression of a constitutive gene (GAPDH) by the Cycle Threshold comparative methods and statistically compared by Man-Whitnney test. We observed an increased gene expression of Nav 1.7 (fold-change = 38.70) and a decreased gene expression of Nav 1.9 (fold-change = 0.89), but no statistically significant differences between the groups. Nav 1.8 gene was not expressed in any of the samples. Nav 1.7 is expressed in both nociceptive neurons as the autonomic nervous system and changes in Nav 1.9 has been associated with loss of pain perception. The results although not statistically significant are consistent with the disease characteristics, justifying the extension line of the studies on the expression of genes encoding the sodium channel in patients with SAB.
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Infecções respiratórias por bocavirus humano: aspectos clínicos e moleculares / Respiratory infections by human bocavirus: molecular and clinical features.

Modena, José Luiz Proença 20 May 2009 (has links)
O bocavirus humano (HBoV) é um parvovirus recentemente identificado em associação com a presença de sintomas de infecção do trato respiratório. Esse vírus possui um genoma de aproximadamente 5217 nucleotídeos que contém 3 open reading frames que codificam 4 proteínas (NS1, NP-1, VP-1 e VP-2). HBoV tem sido detectado em amostras respiratórias de diversas partes do mundo, incluindo Austrália, América do Norte, Europa, Ásia e África, o que sugere uma distribuição global desse vírus. Entretanto, nenhum estudo longitudinal de HBoV em amostras respiratórias foi realizado na América Latina. Dessa forma, nós realizamos um estudo prospectivo de HBoV em lavados nasofaríngeos (LFNs) coletados de pacientes com sintomas de infecção do trato respiratório (IRA) atendidos em um hospital universitário de Ribeirão Preto, SP e em um hospital universitário de Salvador, BA no período entre 2005 a 2007. 1288 LFNs de 1217 pacientes foram encaminhados ao laboratório de virologia e foram testados por PCR para HBoV. Desses pacientes, 962 eram menores de 5 anos e 177 eram maiores de 5 anos. Além disso, também foram analisados 50 LFNs de crianças menores de 5 anos que não tinham sintomas respiratórios. Todas as amostras positivas para HBoV foram testadas para todos os outros vírus respiratórios, incluindo o vírus sincicial respiratório (HRSV), rinovirus humano (HRV), influenza humano (HFLU), metapneumovirus humano (HMPV), parainfluenza humano (HPIV), coronavirus humano (HCoV) e adenovirus humano (HAdV). A carga viral de HBoV foi determinada por PCR em tempo real em todas as amostras positivas e o genoma completo de 19 amostras de HBoV foi seqüenciado. Com intuito, de fazer um levantamento sorológico e determinar sítios replicativos de HBoV, nós ainda clonamos e expressamos em S. cerevisae (Y258) o gene de VP2, que codifica uma das proteínas do capsídeo viral. A prevalência desse vírus foi de 4,8% em crianças menores de cinco anos e de 1% em pacientes maiores de cinco anos. HBoV não foi detectado em crianças sem sintomas. Dos 259 pacientes analisados em 2005, 25 (10%) foram positivos para HBoV. Esse vírus circulou mais frequentemente em abril, mês de maior incidência do HRSV. Em 2006, HBoV foi detectado em apenas 10 LFNs de 334 (3%) amostras testadas, sem qualquer pico de freqüência. Em 2007 HBoV foi detectado em 13 de 552 (2%) amostras, com uma freqüência de detecção um pouco maior em junho e julho. Os sintomas mais comumente observados foram rinorréia, tosse, febre e chiado, que foram observados geralmente em mais de 50% dos casos positivos para HBoV. Não houve uma diferença significativa na prevalência desses sintomas entre as crianças positivas e negativas para HBoV. Entretanto, foi observada uma maior freqüência de diarréia entre as crianças com esse vírus. Nesse estudo também foi documentado uma alta freqüência de co-infecções virais entre os pacientes com HBoV. Os vírus mais frequentemente associados com o bocavirus humano foram: HRSV, HRV e HAdV. Além disso, foi detectado uma maior carga viral media e uma maior freqüência de diarréia nos 15 pacientes com infecção exclusiva por HBoV do que nos pacientes com co-infecção. Esses resultados mostraram que HBoV pode alcançar títulos enormes (tão grandes como1014/mL) em LFNs de pacientes com sintomas respiratórios e que isso é associado a de diarréia. O seqüenciamento do genoma inteiro de HBoV realizado nesse estudo indica que a divergência genômica entre as amostras desse vírus é muito pequena. Como conclusão, nós demonstramos que HBoV circula e é detectado em associação com sintomas de infecção respiratória e diarréia no Brasil. Novos estudos, com um longo acompanhamento em diferentes populações serão necessários para determinar a sazonalidade e o real impacto clínico de HBoV em nosso país. / Human bocavirus (HBoV) is a parvovirus recently identified in association with respiratory tract infections. HBoV 5217 nt genome contains 3 open reading frames encoding four proteins (NS1, NP-1, VP-1 and VP-2). HBoV has been reported in respiratory samples from children in several parts of the world (including Australia, North America, Europe, Asia, and Africa), suggesting that the virus circulates worldwide. However, no longitudinal studies of HBoV in respiratory samples have been reported in Latin America. We report a prospective study of HBoV in nasopharyngeal aspirates (NPAs) collected from patients seen for acute respiratory tract infections (ARI) at the University of Sao Paulo Hospital in Ribeirao Preto, southeast Brazil and at the University Hospital in Salvador, Brazil. 1288 NPAs from 1217 patients was submitted to the virology lab for respiratory virus detection from 2005 to 2007 and were screened for HBoV by polymerase chain reaction (PCR), whom 962 were under 5 years of age and 177 were older than 5 years. In addition, NPAs from 50 children under 12 years without IRA was also tested to HBoV for PCR. All samples positive of HBoV was tested for others respiratory virus, including the human respiratory syncitial virus (HRSV), human rhinovirus (HRV), human influenza (HFLU), human metapneumovirus (HMPV), human parainfluenza virus (HPIV), human coronavirus (HCoV) and human adenovirus (HAdV). These samples had their HBoV viral load determined by real time PCR and the viral entire genome of nineteen HBoV sample was sequenced. We also cloned and expressed in S. cerevisae (Y258) the gene of VP2, one protein of viral capside. The prevalence of this virus was of 4,8% in children under 5 years and 1% in adults, both with IRA. HBoV was not found on the patients without symptoms. In 2005, of the 259 patients tested, 25 (10%) were positive for HBoV. Interestingly, the virus circulated more frequently in April, the month of peak activity of respiratory HRSV. In 2006 HBoV was detected in only 10 NPAs out of 334 samples (3%) tested, without any notable peak of frequency. In 2007 HBoV was detected in 13 out of 552 (2%) tested samples with little higher frequency of detection in June an July. Rhinorrhea, cough, and wheezing were observed in more than 50% of the HBoV-positive children, and no obvious respiratory clinical differences were noted between HBoV-positive and negative children. However, was noted a higher frequency of diarrhea on HBoV-positive patients. In this study was also observed a larger frequency (71%) of viral coinfections between the HBoV-positive patients. The respiratory viruses more frequently associated with human bocavirus were: HRSV, HRV and HAdV. Interestingly, on the 15 HBoV-alone patients was observed a higher viral load and a higher prevalence of diarrhea than HBoV-coinfection patients. These results showed that this virus can reach enormous titles (like 1014) in NPAs from patients with respiratory infection symptoms and this is associated with diahhrea. The entire genome sequencing of HBoV of our study indicates that the genetic divergence between the HBoV lineages is small. In conclusion, we demonstrated that HBoV circulates and is detected in association with respiratory symptoms and diarrhea in Brazil. Long term surveillance will be needed to determine whether or not an HBoV season occurs and what is the real clinical impact of this virus in our country.
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Análise da expressão gênica e proteômica em pacientes com doença de Alzheimer: busca de marcadores periféricos / Genetic and proteomic expression analysis in patients with Alzheimer\'s disease: search for peripheral biomarkers

Athié, Maria Carolina Pedro 05 August 2010 (has links)
A Doença de Alzheimer (DA) é uma desordem neurodegenerativa influenciada por elementos genéticos e ambientais. O diagnóstico é baseado em parâmetros clínicos, mas sua confirmação é post-mortem, após avaliação patológica durante a autópsia. A identificação de biomarcadores baseados em tecido periférico como o sangue permitiria um diagnóstico menos invasivo e mais preciso, como também poderia servir como marcador de predisposição, conversão, progressão e resposta à tratamento. Para atingir tal objetivo, métodos de prospecção em larga escala de perfis de expressão gênica e protéica têm sido extensamente aplicados. O presente estudo se propôs a selecionar e validar potenciais candidatos a biomarcadores na DA, e também, de identificar potenciais biomarcadores pelo desenvolvimento de perfis proteômicos de plaquetas de pacientes. Dados publicados de microarray para DA foram comparados e genes com perfil de expressão similar em pelo menos dois estudos independentes foram selecionados. Foram identificados 4 genes de expressão aumentada em pacientes (HLADRB1, HLAB, CIRBP, S100A4) e 4 genes de expressão diminuída (CALM1, ATP5J2, KIF1B, FLOT1), que posteriormente foram submetidos a validação por PCR em tempo-real em amostras de RNA extraído a partir de leucócitos de sangue periférico de 20 pacientes e 20 controles idosos. Ao mesmo tempo, padronizamos e traçamos o perfil proteômico de pools de proteínas de plaquetas de pacientes do sexo feminino e masculino e seus respectivos controles idosos por Eletroforese Bidimensional (2-D). Dentre os genes analisados por meio de PCR em tempo-real, três (ATP5J2, S100A4 e KIF1B) apresentaram expressão aumentada no grupo DA em relação ao grupo controle (p >0,05). Estes genes podem estar envolvidos na resposta inflamatória periférica e indução da apoptose. A padronização do perfil proteômico por 2-DE foi bem sucedida e um conjunto de 5 proteínas diferencialmente expressas para ambos os gêneros foram obtidas, mas não foi possível a sua identificação por Espectrometria de Massas devido a massa limitada dessas proteínas em cada spot. Por ambas as técnicas foi possível identificar perfis diferentes de expressão gênica e protéica entre pacientes e controles idosos, demonstrando que sangue periférico é uma boa matriz de prospecção de biomarcadores de doenças neurodegenerativas. / Alzheimer\'s disease (AD) is a neurodegenerative disorder influenced by genetic and environmental elements. The diagnosis is based on clinical parameters, but its confirmation needs post-mortem pathologic evaluation at autopsy. The identification of biomarkers based on peripheral tissue would allow a less invasive and more accurate diagnosis, but could also serve as a marker of predisposition, conversion, progression and response to treatment. To achieve this goal, methods of exploring large-scale gene expression profiles and protein have been extensively applied. The present study proposed to select and validate potential candidate genes for biomarkers in AD, and also identify potential biomarkers from proteomic profiles of platelets of these patients. Published microarray data for AD were compared and genes with similar expression profile in at least two independent studies were selected. We identified four up-regulated genes (HLADRB1, HLAB, CIRBP, S100A4) and four down-regulated genes in patients (CALM1, ATP5J2, KIF1B, FLOT1), which were then submitted to validation by real time PCR in RNA samples extracted from peripheral blood leukocytes of 20 patients and 20 elderly controls. At the same time, standardized, and traced the proteomic profile of platelet proteins pools of female patients and male elders and their respective controls by two-dimensional electrophoresis (2-D). Among the genes analyzed by real time PCR three of them (ATP5J2, S100A4 and KIF1B) showed increased expression in the AD group compared to the control group (p> 0.05). These genes may be involved in peripheral inflammatory response and induction of apoptosis. The standardization of proteomic profile by 2-DE has been successful and a set of five differentially expressed proteins in both genders were obtained, but could not be identified by mass spectrometry due to limited mass of these proteins in each spot. For both techniques were able to identify different patterns of gene and protein expression between patients and elderly controls, demonstrating that peripheral blood is a good prospect source of biomarkers for neurodegenerative diseases.
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Possível envolvimento da Chlamydia pneumoniae e Mycoplasma pneumoniae na resposta inflamatória da aterosclerose / Possible involvement of Chlamydia pneumoniae and Mycoplasma pneumoniae in the inflammatory response of atherosclerosis

Assis, Renata Melo de 20 June 2008 (has links)
A aterosclerose é um processo complexo, multifatorial que ainda não está totalmente esclarecido. Foi proposto que a resposta imune mediada por processos infecciosos e/ou inflamatórios influencia na patogênese de lesões ateroscleróticas. Os receptores TolI-likes (TLRs) estão envolvidos na resposta inata e em outros eventos fisiológicos através da interação com seus ligantes endógenos e exógenos e talvez envolvidos no processo aterogênico. Tem por objetivo analisar a expressão dos receptores Toll-like 2 e 4 (TLR2 e TLR4) associando o processo de sinalização com a presença de agentes infecciosos tais como a Chlamydia pneumoniae (CP) e Mycoplasma pneumoniae (MP), em pacientes com infarto do miocárdio (MI) e em aneurismas aórticos. Foram obtidos fragmentos de aortas ascendentes de pacientes submetidos à cirurgia de revascularização do miocárdio (G1, n=13) e de fragmentos de pacientes submetidos à cirurgia de correção de aneurisma aórtico (G2, n=14). Amostras congeladas e parafinadas foram analisadas por Imunohistoquímica (lHO) e Hibridização in situ (HIS) para detecção e localização da presença dos patógenos e TLRs. Realizou-se uma semiquantificação em microscópio (O, ausente; 1, discreto e focal; 2, moderado e focal e 3, intenso e difuso). Observou-se o grau de inflamação e de acúmulo de gordura. Outrossim, realizou-se PCR em tempo real (SYBR Green) para pesquisa de DNA de CP e MP, como também análise da expressão de mRNA de TLR2 e de TLR4. Na lHQ, constatou-se presença de MP, CP, TLR2 e TLR4 (G1 e G2), maior quantidade de MP (p=0,012) e de TLR4 (p=0,017) no G2. Houve correlação de CP com MP (r=0,810 e p=0,003) e de TLR2 com TLR4 (r=0,569 e p=0,034). Na HIS, constatou-se presença de MP, CP, TLR2 e TLR4 (G1 e G2), não houve diferenças significativas comparando-se os grupos (G1 x G2), porém houve correlação, no G1, de CP com TLR4 (r=0,730 e p=0,040) e de infiltrado inflamatório com células adiposas (r=0,700 e p=0,036). No G2, houve várias correlações: MP com CP (r=0,620 e p=0,016), MP com TLR4 (r=0,662 e p=0,010), CP com TLR2 (r=O,733 e p=0,003), CP com TLR4 (r=0,589 e p=0,027) e de TLR2 com TLR4 (r=0,714 e p=0,004). A PCR em tempo real mostrou presença de CP, pela segunda extração de DNA realizada (G2). Não houve diferença de expressão dos TLRs entre os grupos. A expressão de TLR2 foi maior do que de TLR4 no G1 (p=0,006). O grau de inflamação e o acúmulo de gordura foram maiores no G2 do que no G1(p=0,001). Estes dados sugerem uma relação da co-infecção CP e MP, na gravidade do processo inflamatório presente em placas ateroscleróticas e em pacientes com infarto do miocádio, como também, participação dos receptores Toll-like 2 e 4. / The atherosclerosis is a complex and multifactorial process that is not still completely elucidated. It has been proposed that immune-mediate response to inflammatory and/or infectious processes is implicated in the pathogenesis of the atherosclerotic lesions. Toll-like receptors (TLRs) are involved in the innate response and other physiological events through binding to endogenous and exogenous ligands and it may be involved in the atherogenic process To investigate the Toll-like receptor 2 (TLR2) and Toll-like receptor 4 (TLR4) expression in atheroma plaques and its association with the presence of infectious agents such as Chlamydia pneumoniae (CP) and Mycoplasma pneumoniae (MP) in patients with myocardial infarction (MI) and aortic aneurysms. Fragments of ascending aorta were obtained from MI patients submitted to surgeries of revascularization of the myocardium (G1, n=13) and correction of aortic aneurism (G2, n=14). Frozen and paraffined samples slices were analyzed by Immunohistochemistry (lHQ) and in situ Hybridization for detection and localization of TLR2 and TLR4 expression and CP and MP antigens. There was semiquantification in microscope (0, absent; 1, discreet and focal; 2, moderate and focal; and 3, intense and diffuse). Histopathology was also carried out to investigate the inflammation degree and fat accumulation in these tissues. Real time PCR using SYBR Green System detection was used to stydy DNA CP and MP, also to analyze expression of mRNA TLR2 and TLR4. Using lHQ, it was verified presence of MP, CP, TLR2 and TLR4 (G1 and G2), larger amount of MP (p=0.012) and TLR4 (p=0.017) in G2. In G1 group, MP was positively correlated with CP (r=0.810, p=0.003), in G2, TLR2 with TLR4 (r=0.569, p=0.034). Using HIS, it was verified presence of MP, CP, TLR2 and TLR4 (G1 and G2), there were not significant differences between groups (G1 x G2), however, It was shown correlation between in G1, CP with TLR4 (r=0.730, p=0.040) and also inflammation with fat accumulation (r=0.700, p=0.036). In G2, there were several correlations: presence of MP with CP (r=0.620, p=0.016), MP with TLR4 (r=0.662, p=0.010), CP with TLR2 (r=0.733 p=0,003), CP with TLR4 (r=0.589, p=0.027) and TLR2 with TLR4 (r=0.714, p=0.004). Real time PCR showed presence of CP DNA using second purification accomplished (G2). There was not difference of expression TLRs among the groups. The expression of TLR2 was higher than TLR4 in G1 (p=0.006). Increased degree of inflammation and fat accumulation was also find in G2 than in G1 (p=0.001). These results are suggesting that the gravity of the inflammatory process in atherosclerotic plaques strongly are related to the presence of MP and CP co infection and expression of TLR2 and TLR4, as well in MI patients under myocardial revascularization.
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"Efeito modulatório da nicotina sobre a neurotransmissão em núcleos encefálicos responsáveis pelo controle cardiovascular em ratos geneticamente hipertensos e normotensos" / "Nicotine modulatory effects on neurotransmiter systems in the cardiovascular brain areas of spontaneously hypertensive and normotensive rats"

Ferrari, Merari de Fatima Ramires 25 May 2006 (has links)
As ações cardiovasculares decorrentes do tabagismo devem-se principalmente à nicotina. O alcalóide exerce suas funções quando na corrente sangüínea, mas também atravessa a barreira hemato-encefálica onde pode participar da regulação de sistemas de neurotransmissão importantes para o controle central da pressão arterial e, eventualmente, desenvolvimento da hipertensão. Portanto, o abuso à nicotina pode ser especialmente relevante para indivíduos com predisposição genética à hipertensão. Desta forma, os objetivos do presente trabalho foram o de estudar os sistemas de neurotransmissão em núcleos encefálicos envolvidos no controle cardiovascular após tratamento crônico periférico com nicotina, assim como avaliar a influência da nicotina sobre o desenvolvimento da hipertensão essencial em ratos espontaneamente hipertensos (SHR) e compará-los a ratos normotensos (WKY). Para isso, utilizaram-se técnicas como a imunohistoquímica, análise da ligação de receptores, hibridização in situ, cultura de células neuronais e gliais, PCR em tempo Real e Western Blotting. Nossos resultados demonstraram que o tratamento crônico com nicotina não só antecipou o desenvolvimento como também intensificou a hipertensão nos animais SHR. Os ratos WKY não tiveram a pressão arterial alterada. De modo geral, o efeito do alcalóide sobre os sistemas catecolaminérgico e do neuropeptídeo Y não parece ter relação com a antecipação e a intensificação da hipertensão nos ratos SHR. O sistema glutamatérgico está, pelo menos em parte, relacionado à antecipação e intensificação da hipertensão em ratos SHR após exposição crônica à nicotina. O tratamento com nicotina gerou evidências de que o alcalóide interage com o sistema angiotensinérgico a fim de promover a hipertensão em ratos SHR. Por fim, os resultados apresentados aqui indicam que a nicotina modula diferentes sistemas de neurotransmissão, os quais podem estar envolvidos na antecipação e intensificação da hipertensão em ratos SHR submetidos ao tratamento com nicotina. / Nicotine is one of the most important agents for cardiovascular diseases in tobacco smoking. This alkaloid acts in the blood stream, but it also crosses the blood-brain-barrier and participate in the regulation of pivotal neurotransmitter systems for the blood pressure control and, eventually, for hypertension development. In this context, nicotine abuse could be very relevant to individuals carrying genetic factors to hypertension. The objectives of the present work were to study neurotransmitter system in brain cardiovascular areas involved in the control of blood pressure after chronic peripheral nicotine exposure, as well as to evaluate nicotine influence on essential hypertension development in spontaneously hypertensive (SHR) and normotensive rats (WKY). By means of immunohistochemistry, binding, in situ hybridization, neuron and glial culture, real time PCR and Western Blotting, we have demonstrated that chronic treatment with nicotine not only anticipated but also intensified hypertension on SHR. WKY rats did not showed any change on blood pressure. We observed no evidences of the involvement of neuropeptide Y and catecolamines systems in the development of hypertension after nicotine treatment. However, it seems that the glutamatergic system is, at least in part, responsible for the hypertension development after chronic nicotine exposure. To study the angiotensinergic system we cultivated neuron and glial cells from SHR and WKY rats and treated them with nicotine. The responses of this system agree with the hypothesis that nicotine interacts with angiotensin to promote hypertension only in the hypertensive strain. In conclusion, results presented herein support the hypothesis that nicotine modulates neurotransmitter systems that might have relevant functions in the development and intensification of hypertension in SHR.
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Efeito do uso do solo e da rizosfera de cana-de-açúcar na estrutura e abundância de comunidades de Bacteria e do filo Verrucomicrobia / Effect of land use change and sugarcane rhizosphere on the structure and abundance of Bacteria and Verrucomicrobia communities

Venturini, Andressa Monteiro 12 November 2014 (has links)
A abundância e diversidade dos microrganismos do solo podem ser influenciadas por grande número de fatores, associados, principalmente, ao tipo de solo, sua cobertura e uso. A microbiota do solo apresenta grande importância pelos processos desempenhados pelos seus organismos, essenciais para todos os ecossistemas terrestres. Apesar da grande complexidade associada a esses estudos, os fatores que influenciam as comunidades microbianas podem ser melhor elucidados pela pesquisa com grupos específicos. Nesse sentido, o filo bacteriano Verrucomicrobia, grupo ubíquo em solos, apresenta elevada abundância em diferentes ambientes, o que sugere sua grande importância ecológica. Mas, pela dificuldade de isolamento de seus organismos, ainda pouco se sabe a respeito da ecologia do filo. O presente trabalho foi desenvolvido com o objetivo de analisar os efeitos do uso do solo e da rizosfera de cana-de-açúcar nas comunidades de Bacteria e do filo Verrucomicrobia. Com essa finalidade, amostras de solo foram coletadas em áreas sob diferentes usos em uma usina sucroalcooleira na cidade de Piracicaba (SP). As amostras foram utilizadas em dois estudos distintos. No primeiro, foram analisadas as comunidades microbianas presentes nas amostras de solo obtidas na coleta das áreas de estudo e, no segundo, retiradas de um experimento controlado conduzido em estufa para analisar o efeito do uso do solo e, principalmente, da rizosfera nas mesmas. As comunidades foram avaliadas quanto a sua abundância, pela técnica de qPCR, e estrutura, pela técnica de T-RFLP. No primeiro estudo, a diversidade do filo também foi acessada pelo desenvolvimento de bibliotecas do seu gene 16S rRNA. Os resultados dos estudos indicam que a comunidade bacteriana e, principalmente, do filo foram afetadas pelo uso do solo e pelo manejo adotado em cada área, o que evidencia a importância de sistemas conservacionistas. A análise das bibliotecas demonstrou que o filo Verrucomicrobia apresentou maior diversidade na mata nativa do que nos canaviais. Adicionalmente, a incidência e a abundância das subdivisões do grupo foram alteradas de acordo com o uso do solo. As comunidades também foram influenciadas pela rizosfera em sua estrutura e abundância, resultados de grande interesse para o estudo do filo, pois poucos trabalhos analisaram o efeito rizosférico em seus organismos. Além disso, a sua elevada abundância encontrada no estudo, que tem sido comumente subestimada, ressalta a importância de trabalhos com foco específico em grupos de interesse / The abundance and diversity of soil microbial communities can be influenced by many factors, mainly associated with soil type, its coverage and use. The soil microbiota has great importance due to the processes performed by its organisms, essential for all terrestrial ecosystems. Despite the great complexity associated with these studies, the factors that affect the microbial communities can be better explained through the research of specific groups. In this sense, the bacterial phylum Verrucomicrobia, a ubiquitous soil group, presents high abundance in different environments, which suggests its great ecological importance. But due to the difficulty of isolating its organisms, little is known about the ecology of the phylum. The present work was developed with the objective of analyzing the effect of land use changes and sugarcane rhizosphere on the structure and abundance of Bacteria and Verrucomicrobia communities. For this purpose, soil samples were collected in areas under different land uses in a sugarcane mill in Piracicaba (SP). The samples were used in two separate studies. In the first, the microbial communities present in soil samples obtained in the sampling areas were analyzed and, in the second, taken from a controlled experiment conducted in a greenhouse to analyze the effect of land use and, especially, the rhizosphere on the communities. The communities were evaluated for their abundance, by the qPCR technique, and structure, by T-RFLP. In the first study, the phylum diversity was also accessed with the development of 16S rRNA gene libraries. The results from the studies indicate that bacterial and, especially, the phylum community were affected by land use and the management adopted in each area, which evidences the importance of conservationist systems. The analysis of the clone library demonstrated that the phylum Verrucomicrobia presented greater diversity in native vegetation than in the sugarcane fields. Additionally, the incidence and abundance of the group subdivisions have been changed in accordance with land use. The structure and abundance of the communities were also influenced by the rhizosphere, results of great interest to the reserach of the phylum, since few studies have analyzed the rhizosphere effect on its organisms. Furthermore, the high abundance of the phylum found in the study, which has been commonly underestimated, emphasizes the importance of research with specific focus on groups of interest
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Caracterização, detecção  e quantificação de Vibrio cholerae em amostras de água. / Characterization, detection and quantification of Vibrio cholerae in water samples.

Vargas, Nadia Catalina Alfonso 18 August 2017 (has links)
Vibrio cholerae é uma bactéria autóctone em ecossistemas aquáticos, os fatores responsáveis pela virulência podem contribuir com a patogenicidade, influenciados por fatores genéticos e ambientais. Considerando a importância de conhecer e monitorar o V. cholerae, o estudo pretende caracterizar isolados da especie e padronizar uma metodologia para detecção em amostras de água. Os isolados foram avaliados por metodologias clássicas e moleculares, para confirmar espécie. Também, foi avaliada a presença de genes de virulência, susceptibilidade aos antibióticos e resposta em modelo invertebrado. Tres marcadores moleculares foram avaliados por PCR quantitativa. Observou-se que setenta dos isolados pertenciam a espécie V. cholerae e mostraram variação na prevalência dos genes de virulência e ao perfil de suscetibilidade ao antibióticos. Mostrou uma influencia da temperatura e concentração do inoculo no modelo invertebrado. Os marcadores moleculares selecionados mostraram a viabilidade da metodologia proposta neste estudo pela alta especificidade e sensibilidade. / Vibrio cholerae is an autochthonous bacterium in aquatic ecosystems, factors responsible for virulence may contribute to pathogenicity, influenced by genetic and environmental factors. Considering the importance of knowing and monitoring V. cholerae, the study pretend to characterize selected isolates and to standardize a methodology for detection in water samples. The isolates were evaluated by classical and molecular methodologies to confirm species. Also, the presence of factors associated with virulence, antibiotics susceptibility and response in invertebrate model were evaluated. Three molecular markers were evaluated by quantitative PCR. It was observed that seventy of the isolates belonged to the V. cholerae species and showed a variation in the prevalence of the virulence genes and the antibiotic susceptibility profile. Also, showed an influence of the inoculum temperature and concentration on the invertebrate model. The selected molecular markers showed the viability of the methodology proposed in this study for the high specificity and sensitivity.

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