Made available in DSpace on 2013-08-07T18:42:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000393359-Texto+Completo-0.pdf: 3706184 bytes, checksum: 69c5551b27d8ba08aadf9a5c582b8491 (MD5) Previous issue date: 2007 / The natural resistance of plants to disease is based not only on preformed mechanisms, but also on induced mechanisms. The defense mechanisms present in resistant plants may also be found in susceptible ones. This study attempts to analyze phenolic compounds levels, including the flavonoid group and polyphenol oxidase (PPO) and peroxidase (POX) activities in Solanum tuberosum cv. Agata, in response to inoculation of the incompatible plant pathogenic bacteria Xanthomonas axonopodis and Ralstonia solanacearum, and the compatible bacteria Erwinia carotovora. Bacteria compatibility was evaluated using tubers infiltration. Tubers infiltrated with E. carotovora suspensions exhibited disease symptoms. On the other hand, bacteria R. solanacearum and X. axonopodis did not induce disease. Leaf inoculation was performed depending on the number and location of the leaves on the stem. Multiple-leaf inoculation was performed on basal, intermediate and apical leaves and single inoculations on intermediate leaves. Leaves inoculated with bacterial suspensions of X. axonopodis and R. solanacearum showed hypersensitive response (HR) within 24 hpi, while leaves inoculated with E. carotovora showed disease symptoms. Therefore, the R. solanacearum isolate used in the experiments did not exhibit virulence to this potato cultivar. Regardless of the bacterial treatments, multiple-inoculated basal leaves presented higher PPO and POX activities and lower levels of total phenolic compounds and flavonoids, when compared to apical leaves. Basal and intermediate leaves inoculated with R. solanacearum and X. axonopodis showed an increase in total phenolic compounds and flavonoid levels. These increases were similar or higher than the levels observed in non-inoculated apical leaves. In general, multiple-leaf inoculations showed the highest levels of phenolic compounds and flavonoids, while the single inoculations presented the highest increase in PPO activity. However, with POX activities there were no significant differences between single and multipleleaf inoculations. In the present study, the plant defense metabolism in this potato cultivar was stimulated by incompatible bacteria, indicating their potential use as inducers for further plant defense against any subsequent attack by compatible pathogens. / A resistência natural das plantas a doenças é baseada tanto em mecanismos pré-formados quanto em mecanismos induzidos. Esse estudo pretendeu analisar os níveis de compostos fenólicos, incluindo o grupo dos flavonóides e as atividades das enzimas polifenoloxidases (PPOs) e peroxidases (POX) em Solanum tuberosum cv. Ágata, em resposta às inoculações com as bactérias fitopatogênicas incompatíveis Xanthomonas axonopodis, Ralstonia solanacearum, e compatíveis Erwinia carotovora. A compatibilidade das bactérias foi avaliada através da inoculação de tubérculos. Tubérculos infiltrados com E. carotovora exibiram sinais de doença e com R. solanacearum e X. axonopodis não desenvolveram doença. As inoculações nas folhas foram realizadas dependendo do número e das localizações das folhas nos ramos. As inoculações múltiplas foram realizadas nas folhas basais, intermediárias e apicais e as inoculações simples ocorreram nas folhas intermediárias. As folhas inoculadas com as suspensões de X. axonopodis e R. solanacearum exibiram a resposta de hipersensibilidade (HR) dentro de 24 hpi, enquanto que as folhas inoculadas com E. carotovora evidenciaram sintomas de doença. Portanto, o isolado de R. solanacearum utilizado nos experimentos não mostrou virulência a esta cultivar de batata. Independentemente do tratamento bacteriano, as folhas basais apresentaram nas inoculações múltiplas, as mais altas atividades das PPOs e das POX e os níveis mais baixos de compostos fenólicos totais e de flavonóides, quando comparadas com as folhas apicais. As folhas basais e as intermediárias inoculadas com R. solanacearum e com X. axonopodis mostraram um aumento nos níveis de compostos fenólicos totais e de flavonóides. Esses aumentos foram similares ou maiores que os níveis observados nas folhas apicais não inoculadas. De um modo geral, as inoculações múltiplas exibiram os maiores níveis de compostos fenólicos totais e de flavonóides, enquanto que as inoculações simples apresentaram os maiores aumentos nas atividades das PPOs. Contudo, as atividades das POX não apresentaram diferenças significativas entre as inoculações múltiplas e simples. No presente estudo, o metabolismo de defesa nesta cultivar de batata foi estimulado pelas bactérias incompatíveis, indicando a sua posterior utilização como indutoras da defesa da planta contra o ataque subseqüente de patógenos compatíveis.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2015. / Submitted by Patrícia Nunes da Silva (patricia@bce.unb.br) on 2016-02-05T13:05:53Z No. of bitstreams: 1 2015_AlaersonMaiaGeraldine_Parcial.pdf: 11895274 bytes, checksum: 0a59c54f104d2e95f8af0824dd15d853 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2016-02-05T13:52:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_AlaersonMaiaGeraldine_Parcial.pdf: 11895274 bytes, checksum: 0a59c54f104d2e95f8af0824dd15d853 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-05T13:52:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_AlaersonMaiaGeraldine_Parcial.pdf: 11895274 bytes, checksum: 0a59c54f104d2e95f8af0824dd15d853 (MD5) / Apesar do grande número de estudos sobre doenças causadas por Sclerotiniasclerotiorum, os processos componentes do ciclo das doenças nos diferentes hospedeiros são quase sempre estudados independentemente. O ciclo das doenças causadas por Sclerotiniaé bastante complexo, e pode ser dividido em quatro fases, correspondendo a estruturas típicas do ciclo de vida do patógeno. Essas fases correspondem à formação e função biológica de quatro tipos de propágulos: (1) escleródios, (2) apotécios e ascósporos, (3) pétalas infectadas, e (4) hifas infecciosas. Um etográfico serve para sintetizar o conhecimento relevante sobre a epidemiologia de uma doença. No primeiro capítulo, versões sucessivas de um etográfico são usadas para discutir a fenomenologia do mofo-branco do feijoeiro, enfatizando as relações entre propágulos de S. sclerotiorum, os sucessivos estágios da doença e os estágios de desenvolvimento do hospedeiro. O etográfico descreve a fenomenologia do mofo-branco do feijoeiro através do exame dos vários estágios do ciclo da doença em maior detalhamento do que geralmente é apresentado, e leva em consideração a concatenação de eventos pertinente ao ciclo. O método é útil em identificar os estágios-chave do ciclo e em explicitar as relações entre os estágios da doença, os quatro tipos de propágulos e os fatores que afetam seus respectivos processos de infecção. A abordagem também é útil como primeiro passo para modelagem quantitativa do mofo-branco do feijoeiro. No capítulo 2, foram analisados os estágios sucessivos (fases das epidemias), bem como seus processos de regulação e fatores envolvidos. Foram estudadas epidemias em lavouras de feijão, em condições ambientais naturais prevalecentes no período de inverno no Brasil Central. Os conjuntos de epidemias experimentais objetivaram promover uma série de epidemias de mofo branco. Cinquenta e sete epidemias, representando uma grande variação em níveis de severidade e formas de progresso da doença foram monitorados com atenção específica para os quatro tipos de propágulos considerados. As epidemias foram analisadas por diferentes técnicas estatísticas e três grupos (A, B e C) de epidemias foram identificados. O Grupo A inclui epidemias de lento estabelecimento, desenvolvidas em uma baixa taxa de infecção e levaram a incidências e severidades finais muito baixas. As epidemias no Grupo C tiveram um início precoce, progrediram muito rapidamente com uma taxa de infecção inicialmente elevada, seguida de estabilização. As epidemias no Grupo B apresentaram um comportamento intermediário, inicialmente com baixa taxa de progresso da doença, seguido por um forte aumento da taxa de infecção da folhagem em fases posteriores. Supõe-se que a infeção planta-a-planta (infecção secundária) ocorre raramente em epidemias do grupo A devido menor frequência de contatos efetivos, resultando em um pequeno número de lesões na folhagem e baixa incidência de plantas doentes (média de 12% de incidência). Por outro lado, presume-se que, em epidemias do Grupo C, infecções planta-a-planta ocorrem com frequência, devido maior frequência de contatos efetivos, que conduz a um número muito maior de lesões e maior incidência de plantas doentes (média de 81% de plantas doentes). Portanto, mesmo considerando a relevância do inóculo primário na forma de escleródios e a subsequente formação de apotécios, o papel das infecções subsequentes por outros propágulos em epidemias de mofo-branco deve ser levado em conta. No capítulo 3 é descrita a estrutura de um modelo de epidemias de mofo-branco em feijão que enfatiza os sucessivos tipos de propágulos do patógeno e sua interação com plantas hospedeiras. Um etográfico descrevendo o ciclo de infecção em feijão mofo-branco foi desenvolvido utilizando símbolos e conceitos desenvolvidos para análise de sistemas. Em seguida um modelo simplificado foi construído utilizando o programa STELLA® 10,6 (Isee system, EUA). Em seguida, oito parâmetros do modelo foram ajustados para variar em quatro níveis. Análises de sensibilidade e métodos estatísticos foram então conduzidos a fim de identificar lacunas, quais parâmetros mais contribuem para variabilidade dos resultados e quais parâmetros são altamente correlacionados com as saídas do modelo. A análise de sensibilidade do sub-modelo de germinação de escleródios mostrou que mudanças na taxa relativa de escleródios germinados (RRGSC) causou variação na área abaixo da curva de progresso da doença (AUDPC), que foram menores do que os causados pela variação no número de inicial de escleródios (SC). A análise de sensibilidade do sub-modelo de infecção de flor mostrou que alterações nos valores da taxa relativa de senescência floral (RRFS) causou menor variação na AUDPC do que mudanças na taxa relativa de infecção floral (RRFI). No terceiro sub-modelo de simulação de infecção da folhagem de feijão, a taxa relativa de infecção primária na folhagem (RRP) teve o mais forte efeito sobre os valores AUDPC. Diferentes análises (análise de variância e análise de componentes principais) indicam que SC, RRGS, RRFI, RRP e RRS foram os parâmetros mais importantes do modelo de simulação de epidemias de mofo-branco. Três grupos de epidemias foram estabelecidas utilizando os resultados do modelo (valores de AUDPC) como um critério para a formação de grupos. Como resultados, os três grupos de epidemias foram confirmados pela análise de discriminante envolvendo uma combinação de parâmetros do modelo de simulação mofo branco. Claramente, o patossistemaPhaseolusvulgaris - Sclerotiniasclerotiorum é muito mais complexo do que o modelo teórico geral para doenças "de juros simples", mesmo que a quantidade de inóculo inicial (na forma de propágulo 1, escleródios) permaneça como um dos mais importantes parâmetros, como mostrado por análise de sensibilidade. / Despite the large number of studies on Sclerotiniadiseases on several hosts, the processes composing disease cycles are almost always studied separately.The cycle of Sclerotiniadiseases is complex, and can be divided in four broad phases, corresponding to typical structures of the pathogen life cycle. These phases correspond to the formation and the biological functions of four different types of propagules: (1) sclerotia, (2) apothecia and ascospores, (3) infected petals, and (4) infectious hyphae. An ethograph graphically synthesizes knowledge relevant to epidemiology of a disease. In the first chapter, successive versions of an ethograph are used to discuss the phenomenology of the bean white mould cycle and to highlight relationships among S. sclerotiorum propagules, successive stages of the disease and bean developmental stages. The ethograph describe the phenomenology of bean white mould through the examination of the several stages of the disease cycle in more detail than it is usually attempted and taking into account the concatenation of events. The method is useful to identify key stages and to explicit the relationships among disease stages of the disease cycle, the four types of propagules, and the factors that affect their respective processes of infection. It constitutes an initial step to for the development of a quantitative, simulation model. In Chapter 2 we analysed these successive stage (phases), as well as their regulating processes and factors. Sets of experimental epidemics were created in bean fields under natural environmental conditions prevailing in the winter season in Central Brazil. The sets of experimental epidemics aimed to promote a range of white mould epidemics. Fifty-seven epidemics, representing a wide variation in severity levels and in disease progress shapes, were monitored, with specific attention paid to the four considered propagule types. Epidemics were analysed by different statistical techniques and three groups (A, B, or C) of epidemics were distinguished. Group A includes epidemics which were slow to establish, developed at a low rate, and led to very low terminal incidence and severity. Epidemics in Group C had an earlier onset, progressed very rapidly with an initially high rate of increase, followed by stabilization. Epidemics in Group B displayed an intermediate behaviour, with an initially low rate of disease increase, followed by a strong increase of the rate of foliage infection at later stages. It is assumed that plant-to-plant spread (secondary infection) occurs rarely in Group A epidemics because of the lower frequency of effective contacts, resulting into a small number of lesions on the foliage and low incidence of diseased plants (average 0.12% of incidence). By contrast, it is assumed that, in epidemics of Group C, plant-to-plant spread occurs frequently, because of the higher frequency of effective contacts, leading to a much higher number of lesions and higher incidence of diseased plants (average 0.81% of incidence). Therefore, even if the primary inoculum in the form of sclerotia and the subsequent formation of apothecia are, in part, relevant, the role of subsequent infections by other propagules on white mould epidemics must be taken into account. In chapter 3 we described the structure of a model for bean white mould epidemics that emphasizes on the successive types of pathogen propagules and their interaction with host plants. An ethograph describing the infection cycle in bean white mould was developed using symbols and concepts developed for system analysis and a simplified model was built using the STELLA® 10.6 programme (Isee systems, USA). Next, eight model parameters were set to vary in four levels for model evaluation. Sensitivity analyses and statistical methods were then conducted in order to identify gaps, which inputs contribute most to output variability and which parameters are most highly correlated with the outputs. Sensitivity analysis of the sclerotia germination sub-model showed that changes in the relative rate of germinated sclerotia (RRGSC) caused variation in the area under disease progress curve (AUDPC) that were smaller than those caused by variation in the parameter initial number of sclerotia (SC). Sensitivity analysis of the flower infection sub-model showed that changes in values of the relative rate of flower senescence (RRFS) caused narrower AUDPC variation than changes in the relative rate of flower infection, RRFI. In the third sub-model simulating infection of bean foliage, the relative rate of primary infection on foliage, RRP, had the strongest effect on AUDPC values. Different analyses (analyses of variance and principal component analysis) indicate that SC, RRGS, RRFI, RRP and RRS were the most important parameters of the white mould epidemic simulation model. Three epidemics groups were established using the outputs of the model (AUDPC values) as a criterion for group formation. As a result three epidemic groups were defined by discriminant analysis involving a combination of parameters of the white mould simulation model. Clearly, the bean (Phaseolus vulgaris) - Sclerotiniasclerotiorumpathosystem is much more complex than the theoretical general “simple interest” diseases model, even if the amount of initial inoculum (in the form of propagule 1, sclerotia) remains as one of the most important parameters, as shown by sensitivity analysis.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-22T17:53:29Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4424231 bytes, checksum: 751c03b840d885ffe4706122e3be0086 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-22T17:53:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4424231 bytes, checksum: 751c03b840d885ffe4706122e3be0086 (MD5) Previous issue date: 2016-08-31 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Viruses of phytophatogens are present in the most diverse groups of hosts, infecting from Spiroplasma to nematode and playing an important role in the ecology of these hosts. Because of the potential as biological control agents, the discoveries about these viruses have increased which encourages the ecological management of plant diseases. In this context, this study aimed: isolate and characterize viruses that infect plant pathogenic fungi (1) and Ralstonia spp. in the Americas (2) and investigate antiviral defense mechanisms in Ralstonia spp. (3). In this thesis, three viruses were characterized at biological and molecular level. Two viruses infect bacteria, Ralstonia spp. and the third infect a fungus, Alternaria alternata. The bacterial virus displayed two propagation modes: pseudolysogenic for the RsIBR1 inovirus (Inoviridae) and lytic for the phiAP1 phikmvvirus (Podoviridae). RsIBR1 has been shown to dramatically change the phenotype of the host, while not causing cell lysis, converting the phytopathogenic R. pseudosolanacearum into a commensal bacterium. PhiAP1 was characterized as a new member of the genus Phikmvvirus, and the presence of exolisinas, in addition to the bactericidal properties and EPS degradation make this virus attractive for future proposals of the bacterial wilt management. In A. alternata, it was characterized Alternaria alternata parititivirus 1 (AtPV1), a new divergent mycovirus related to genus Gammapartitivirus. Its persistent lifestyle prevented to dissect completely the interaction, because in the absence of isogenic lineage, it is unclear whether the viral infection led to a conversion of a pathogen in a epiphytic or still if is responsible for controlling phenotypic plasticity expressed by the host. The presence of canonical CRISPR loci in Ralstonia spp. isolates suggested that, in these hosts, this system could compose the antiviral defense arsenal. However, here was demonstrated that in R. solanacearum, the CRISPR-Cas system is unable to acquire new spacers or interfere with foreign DNA, even in a state of priming. The expression of the Cas genes was not detected; indicating that Cas operon apparently is a suppressed transcriptional unit. Two genes h-ns, expressed in R. solanacearum CFBP2957 are candidates to the putative transcriptional repression of CRISPR. The BIMs (Bacteriophages Insensitive Mutants) who escaped of infection by an alternative strategy to the CRISPR, were less competent, but still permissive to viral adsorption, and were able to survive under high inoculum pressure, which excludes the presence of abortive systems. Viral replication was also not detected and sequencing of two BIMs genome revealed the presence of particular mutations in genes encoding components of the secretory and motility pathways (such as Type II and Type IV), potentially involved in the antiviral resistance. Additional analyzes are being conducted to characterize in detail this defense strategy. In conclusion, the discovery and characterization of viruses infecting phytopathogens in Brazil expand the information on this diversity, little known in America, exposes the biotechnological potential of these natural enemies and reveals the important role of these viruses in the modulation and evolutionary course of their hosts / Vírus que infectam fitopatógenos são encontrados nos mais diversificados grupos de hospedeiros, infectando desde spiroplasmas a nematóides e desempenhando papel relevante na ecologia desses hospedeiros. Graças ao potencial como agentes de controle biológico, as descobertas sobre esses vírus tem aumentado o que amplia as perspectivas do manejo ecológico de doenças de plantas. Neste contexto, este trabalho objetivou: Isolar e caracterizar vírus que infectam fungos fitopatogênicos (1) e os que infectam Ralstonia spp. no continente americano (2) e Investigar mecanismos de defesa antiviral in Ralstonia spp (3). Nesse trabalho, três vírus foram caracterizados a nível biológico e molecular. Dois deles infectam bactérias do complexo Ralstonia spp. e o terceiro infecta um fungo, Alternaria alternata. Os virus de bacterias isolados possuem dois modos de propagação distintos: pseudolisogênico, o inovírus RsIBR1 (Inoviridae) e lítico, o phikmvvirus phiAP1 (Podoviridae). RsIBR1 demonstrou ser capaz de alterar drasticamente o fenótipo do hospedeiro, convertendo a bactéria fitopatogênica R. pseudosolanacearum em uma comensal. PhiAP1 foi caracterizado como um novo membro do gênero Phikmvvirus, e a presença de exolisinas em adição as propriedades bactericida e de degradação de EPS o tornam atrativo para futuras propostas de manejo da murcha-bacteriana. Em A. alternata, foi caracterizado o Alternaria alternata parititivirus 1 (AtPV1), um novo micovírus divergente, relacionado ao gênero Gammapartitivirus. Seu estilo de vida persistente impediu dissecar por completo a interação, pois na ausência da linhagem isogênica, não foi possível confirmar se a infecção viral conduziu a uma conversão de um patógeno em um epifítico ou ainda se é responsável pelo controle da plasticidade fenotípica manifestada pelo hospedeiro. A presença de loci CRISPR canônicos entre isolados de Ralstonia spp. sugeriu que nesses hospedeiros esse sistema pudesse compor o arsenal de defesa antiviral. No entanto, aqui foi demonstrado que em R. solanacearum, o sistema CRISPR é incapaz de adquirir novos spacers ou interferir com DNA invasor, mesmo em estado de priming. A expressão dos genes Cas não foi detectada, indicando que o operon Cas aparentemente é uma unidade transcricional reprimida. Dois genes h-ns, expressos em R. solanacearum CFBP2957 são candidatos na execução da provável repressão do CRISPR. Foram obtidos BIMs (Bacteriophages Insensitive Mutants) que escaparam da infecção por uma estratégia alternativa ao CRISPR. Os BIMs foram menos competentes, mas ainda permissivos a adsorção viral, e foram hábeis para sobreviver sob alta pressão de inóculo, o que exclui a presença de sistemas abortivos. A replicação viral também não foi detectada e o sequenciamento do genoma de dois BIMs revelou a presença de algumas mutações em genes que codificam proteínas componentes das maquinarias de secreção e motilidade bacteriana (Tipo II e Tipo IV), potencialmente envolvidas com o fenótipo da resistência. Análises adicionais estão sendo conduzidas para caracterizar em detalhes essa(s) estratégia(s) de defesa. Em conclusão, a descoberta e caracterização de vírus que infectam fitopatógenos no Brasil, além de ampliar as informações sobre essa diversidade, pouco conhecida na América, expõe o potencial biotecnológico desses inimigos naturais e revela o papel relevante desses vírus na modulação e curso evolutivo dos seus hospedeiros.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-06-05T18:35:12Z No. of bitstreams: 1 2017_PedroMarettiBrant.pdf: 2836357 bytes, checksum: 9d3963f4506e49546ec09c79daaa34f4 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-06-20T21:20:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_PedroMarettiBrant.pdf: 2836357 bytes, checksum: 9d3963f4506e49546ec09c79daaa34f4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-20T21:20:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_PedroMarettiBrant.pdf: 2836357 bytes, checksum: 9d3963f4506e49546ec09c79daaa34f4 (MD5) Previous issue date: 2017-06-20 / A floricultura no Brasil teve início como atividade secundária da fruticultura nos estados de São Paulo e Santa Catarina no início do século XX e atualmente apresenta um crescimento anual de exportação maior que a média mundial. O Distrito Federal (DF) é o décimo em valor de mercado no país, sendo um mercado altamente promissor por apresentar a maior renda per capita do país. Com a expansão do setor, aumento na incidência das doenças e a constante introdução de mudas e sementes exóticas no país, fatores de cultivo, manejo e sanidade vegetal podem constituir um entrave à produção de ornamentais no país e DF. Ainda assim, pesquisas direcionadas a detecção precisa de espécies virais ocorrendo em plantas ornamentais são incipientes no país e escassas no DF. O estudo de viroma em combinação com as estratégias de Next Generation Sequencing (NGS), tendo o apoio das metodologias de bioinformática, têm possibilitado uma eficiente descrição de diferentes organismos presentes em diferentes amostras biológicas nos mais diversificados ambientes e proporcionado avanços significativos em diferentes campos das ciências, incluindo a virologia vegetal. Neste trabalho, um pool composto por dez espécies de plantas ornamentais provenientes do Viveiro I da NOVACAP (Companhia Urbanizadora da Nova Capital do Brasil) foi submetido ao sequenciamento NGS. Após análise dos dados gerados, por meio de diferentes técnicas de bioinformática, sequências novas foram encontradas, indicando seis prováveis novas espécies virais em diferentes gêneros e famílias. Duas prováveis espécies novas de Nucleorhabdovirus (família Rhabdoviridae) foram identificadas, sendo uma delas em Pachystachys lutea (camarão-amarelo) e a outra em Coreopsis lanceolata (margaridinha). Nesta mesma ornamental, margaridinha, identificou-se também uma provável espécie nova do gênero Umbravirus (família Tombusviridae). Outro representante da família Tombusviridae, neste caso uma espécie classificada no gênero Pelarspovirus, foi identificada em Jasminum nitidum (jasmim estrela). As demais espécies, uma do gênero Cytorhabdovirus e outra uma do gênero Potyvirus, foram detectadas no pool de amostras. Dentre essas prováveis espécies novas de vírus, duas sequências detectadas nas plantas ornamentais C. lanceolata e P. lutea apresentaram maior proximidade com os vírus Sonchus yellow net nucleorhabdovirus (SYNV) e Potato yellow dwarf nucleorhabdovirus (PYDV), respectivamente, e foram denominadas como Coreopsis mottle-associated virus (CMaV) e Pachystachys mosaic-associated virus (PMaV). Para CMaV e PMaV, o genoma total foi recuperado mediante amplificação genômica nas amostras originais utilizando primers internos sobrepostos, sendo as extremidades 3’ e 5’ recuperadas através da técnica RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends - RACE). Após estes procedimentos, sequências foram obtidas via sequenciamento Sanger, confirmando a alta identidade com a sequência montada in silico pelo NGS. Com a sequência completa dos dois vírus procedeu-se análises filogenéticas. A partir de análises comparativas via alinhamento múltiplo de sequências (MSA), alinhamento pairwise e filogenéticas, propôs-se que CMaV e PMaV sejam prováveis espécies novas para o gênero Nucleorhabdovirus, tendo em vista a identidade nucleotídica de 56,99% entre os genomas de CMaV e SYNV e 46,99% entre PMaV e PYDV. / In Brazil, the floriculture agribusiness started as a minor activity in the São Paulo and Santa Catarina states in the early 20th century and currently its annual market growth is bigger than worldwide’s mean. The Federal District (DF) is ranked in the 10th place in terms of market value in Brazil, being a highly promising market due to the high average per capita income of its population. With the expansion of this sector, it was observed a significant increase in the incidence of diseases due to the constant transit and introduction into the country of exotic plant material and seeds. In addition, the implementation of new crop management practices is also having direct effects on disease outbreaks. These factors may affect the sustainability of the ornamental plant agribusiness sector in the country. Research efforts aiming to develop accurate diagnostic tools for viral species occurring in ornamental plants are yet incipient in the country. The virome study employing Next Generation Sequencing (NGS) techniques, combined with bioinformatics methods, has been considered as the most powerful strategy aiming to exploit the genetic diversity of organisms present in any biological sample and allowed significant advances in different fields of science, including plant virology. For this work a pool of ten ornamental plants from NOVACAP (Companhia Urbanizadora da Nova Capital do Brasil) Nursery 1 was sent to NGS. Posterior to data analysis, the sequences obtained were compared to reference genomes from DNA data banks and assembled, producing potential six plant virus sequences in different genera and families. Two probable new species from Nucleorhabdovirus (Rhabdoviridae family) were identified, one in Pachystachys lutea and other in Coreopsis lanceolata. In this ornamental plant, C. lanceolata, it was identified as well a probable new species of the genus Umbravirus (Tombusviridae family). Other member of the Tombusviridae family, now from the Pelarspovirus genus, was identified in Jasminum nitidum. Two of the assembled species, one of the Cytorhabdovirus genus and other from the Potyvirus genus, were detected in the pool only. Among these probable new viral species, two sequences that were detected in the ornamental plants C. lanceolata and P. lutea were close to the Sonchus yellow net nucleorhabdovirus (SYNV) and Potato yellow dwarf nucleorhabdovirus (PYDV) viruses, respectively, and were named as Coreopsis mottle-associated virus (CMaV) and 4 Pachystachys mosaic-associated virus (PMaV). For CMaV and PMaV, the total genome was recovered by amplifying the genome from the original samples using sintesyzed primers, while the 3’ and 5’ ends with the RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) technique. Posterior to these assays, sequences were obtained from Sanger sequencing method, confirming the high identity with the in silico assembled sequence from NGS. With the complete sequence of both viruses, phylogenetics assays were made. With the multiple sequence alignment (MSA), pairwise alignment and phylogenetics, we propose that CMaV and PMaV are probable new viruses from the Nucleorhabdovirus genus, as the nucleotide identity of the genome were 56.99% from CMaV and SYNV and 46.99% from PMaV and PYDV.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2007. / Submitted by Ruthléa Nascimento (ruthleanascimento@bce.unb.br) on 2015-10-05T16:20:07Z No. of bitstreams: 1 Dissert_Anelise Orilio.pdf: 2146597 bytes, checksum: 218ace7315aad0f1ee3fc2b4fd23b756 (MD5) / Approved for entry into archive by Ruthléa Nascimento(ruthleanascimento@bce.unb.br) on 2015-10-05T16:20:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissert_Anelise Orilio.pdf: 2146597 bytes, checksum: 218ace7315aad0f1ee3fc2b4fd23b756 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-05T16:20:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissert_Anelise Orilio.pdf: 2146597 bytes, checksum: 218ace7315aad0f1ee3fc2b4fd23b756 (MD5) / A mandioquinha-salsa é uma planta propagada vegetativamente e durante o seu cultivo sucessivo pode ocorrer o acúmulo de patógenos de infecção sistêmica como vírus, resultando em decréscimo da produção. No Brasil, é comum observar plantas de mandioquinha-salsa apresentando sintomas de mosaico, mosqueamento e deformação foliar, semelhantes a infecção por vírus. Evidências de ocorrência de vírus infectando esta cultura já foram relatadas, porém nenhum estudo de identificação e caracterização havia sido realizado. O objetivo do presente trabalho foi caracterizar biológica, sorológica e molecularmente um vírus isolado de mandioquinha-salsa e desenvolver técnicas para a sua detecção. Um isolado de vírus foi obtido a partir de mandioquinha-salsa coletada para estudo de micropropagação, denominado isolado C17, e que foi selecionado para a caracterização. Este vírus causa em Nicotiana benthamiana, hospedeiro usado para manutenção, sintoma de deformação foliar, bolhosidades e mosaico. O isolamento biológico foi realizado a partir do extrato da planta original de mandioquinha-salsa infectada em Chenopodium quinoa. Este isolado apresentou círculo de hospedeiros restrito e foi transmitido por afídeos de maneira não persistente. Partículas virais foram purificadas e análise ao microscópio eletrônico revelou partículas alongadas e flexuosas, típicas de espécies de Potyvirus. Em gel de poliacrilamida, a capa protéica apresentou uma proteína com peso molecular de aproximadamente 33 kDa, que em teste de Western blotting foi reconhecida especificamente pelo anti-soro policlonal produzido contra a proteína da capa do isolado C17. O anti-soro produzido em coelho a partir de partículas purificadas apresentou alta especificidade e sensibilidade. Amostras de campo do banco ativo de germoplasma de mandioquinha-salsa da Embrapa Hortaliças foram avaliadas por ELISA. A detecção foi positiva em 93 % das amostras, demonstrando a grande aplicabilidade do antisoro em testes diagnósticos de amostras do campo. A porção 3´ terminal do genoma do vírus (1,7 kb) foi clonada por RT- PCR e sequenciada em sequenciador automático. A análise da seqüência nucleotídica do fragmento clonado revelou uma fase aberta de leitura incompleta (sem o códon de iniciação) que codifica uma parte da proteína NIb (polimerase viral) e capa protéica (CP), seguida de uma região 3´ não traduzida (3’ UTR). A sequência nucleotídica da CP e da 3' UTR apresentou baixa porcentagem de identidade com seqüências de outros potyvírus depositados em bancos de dados públicos. A maior porcentagem de identidade nucleotídica da CP foi de 63 % para Araujia mosaic virus e da seqüência de aminoácidos foi de 60 % para Narcissus late season yellows virus (NLSYV). A análise filogenética confirmou o agrupamento do C17 com o NLSYV e sugeriu que estes podem ter evoluído de um ancestral em comum. De acordo com o critério molecular para demarcação de espécies de Potyvirus, 82 % e 76 % de identidade na comparação da seqüência de aminoácidos e nucleotídeos da CP, respectivamente, o isolado C17 de mandioquinha-salsa pode ser considerado como uma nova espécie de vírus pertencente ao gênero Potyvirus, e o nome Arracacha mottle virus é proposto. Com o intuito de desenvolver uma ferramenta de detecção mais sensível que a sorologia, primers específicos foram desenhados e avaliados. Um par de primers mostrou excelentes resultados de especificidade e sensibilidade, sendo recomendados para o uso em testes de detecção em situações de necessidade de alta sensibilidade. A seqüência da região 3’ terminal genômica deste vírus foi bastante distinta dos demais potyvírus, portanto a clonagem do genoma para sequenciamento completo foi realizada. Utilizou-se a estratégia de RT-PCR com primers desenhados em regiões conservadas do genoma dos potyvírus mais próximos. Um total de dez clones foram obtidos, o que corresponde a 90% do genoma do vírus. A seqüência nucleotídica destes clones estão sendo determinados por primer walking. Até o momento, 70 % da seqüência de nucleotídeos do genoma já foi determinada. Este é o primeiro relato de identificação e caracterização de vírus infectando mandioquinha-salsa no Brasil. ________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Arracacha plant is vegetatively propagated and during its continuous cultivation accumulation of systemic pathogens, such as viruses, can occur resulting in decreased production. In Brazil, it is common to observe arracacha plants with symptoms of mosaic, mottling and leaf deformation, similar to virus infection. Evidences of virus occurrence have been reported, but their identification and characterization were not carried out. The objective of this study was to characterize at the biological, serological and molecular level a virus isolated from arracacha, and to develop detection techniques. The virus isolate was obtained from an arracacha plant collected for micropropagation studies. This isolate was named C17, and selected for characterization. This virus caused in Nicotiana benthamiana plants, the maintenance host, symptoms of leaf deformation, blistering and mosaic. Biological isolation was conducted from the extract of the original arracacha plant inoculated in Chenopodium quinoa leaves. This isolate had a narrow host range and was transmitted by aphids in a non-persistent manner. Viral particles were purified and EM analysis revealed flexuous and filamentous particles, typical of Potyvirus species. A SDSPAGE revealed a coat protein of ca. 33 kDa, which was specifically recognized by the C17 polyclonal antiserum by Western blotting. This antiserum was produced in rabbits from purified particles, and was shown to be highly specificic and sensitive. Samples of the germplasm bank of arracacha of Embrapa Hortaliças were tested by ELISA. A total of 93% were positive for the presence of C17, demonstrating the applicability of this antiserum in diagnostic tests in field collected samples. The 3’ genomic portion of the virus genome (1,7 kb) was cloned by RT-PCR and sequenced in an automated sequencer. Nucleotide sequence analysis of the cloned fragment showed a partial ORF (without the start codon) encoding the 3’ portion of the NIb protein (viral polymerase), and the coat protein (CP), followed by a 3' untranslated region (3'UTR). The CP and 3’ UTR nucleotide sequence shared low identity with other potyvirus sequences in public databases. The highest nucleotide identity was 63 % with Araujia mosaic virus (ArjMV), while the highest amino acid identity (60 %) with Narcissus late season yellows virus (NLSYV). The phylogenetic analysis confirmed the clustering of C17 isolate with NLSYV and suggested that they may have evolved from a common ancestral. According to the species demarcation criterion for Potyvirus species (82% and 76% identity of CP amino acid and nucleotide sequence, respectively), C17 isolate can be considered as a novel virus belonging to the Potyvirus genus. The name Arracacha mottle virus is proposed. In order to develop a detection tool more sensitive than serology, specific primers were designed and evaluated for the use in RT-PCR. One primer pair showed excellent specificity and sensitivity results and is recommended for application in detection tests when high sensitivity is needed. The sequence of the 3' terminal end of this virus was quite different from other potyviruses, hence complete genome cloning was attempted. The strategy used was based on RT-PCR with primers designed towards conserved regions of the potyvirus genome. A total of ten partial clones were obtained, which corresponded to 90% of the viral genome. Inserts of these clones are being sequenced by primer walking. To date, 70% of the nucleotide sequence has already been determined. This is the first report of the identification and characterization of a virus infecting arracacha in Brazil.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-01-14T16:24:56Z No. of bitstreams: 1 2015_ NancyEuniceNiñoCastañeda.pdf: 7740594 bytes, checksum: 31b928be0bd73c18fdd2d5a4ceb2eac9 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-01-21T20:53:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_ NancyEuniceNiñoCastañeda.pdf: 7740594 bytes, checksum: 31b928be0bd73c18fdd2d5a4ceb2eac9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-21T20:53:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_ NancyEuniceNiñoCastañeda.pdf: 7740594 bytes, checksum: 31b928be0bd73c18fdd2d5a4ceb2eac9 (MD5) / Na cultura da bananeira (Musa spp.) o nematoide das galhas Meloidogyne incognita é uma das espécies predominantes principalmente no subgrupo Cavendish, causando perdas consideráveis em algumas regiões do Brasil. Meloidogyne ncognita é também considerado um dos fitoparasitas de ampla importância na agricultura mundial por sua adaptabilidade ao ambiente e ampla gama de hospedeiras. Com as limitações do melhoramento convencional no desenvolvimento de variedades resistentes de bananeiras a nematoides, o uso da genômica é uma alternativa importante para entender os mecanismos moleculares envolvidos na resposta de defesa da planta ao parasitismo. O genótipo de Musa acuminata 4279-06 foi classificado em estudos anteriores como resistente ao nematoide das galhas, e foi selecionado para este estudo com o genótipo Cavendish Grande Naine (GN), utilizado como padrão de suscetibilidade. Assim o objetivo deste trabalho foi estudar a interação M. acuminata - M. incognita a fim de identificar genes associadas ao parasitismo do nematoide e genes de defesa da planta. Inicialmente verificou-se que o ciclo de vida de M. incognita em banana GN, desde a inoculação dos J2 até a formação de fêmeas com ovos, foi de 24 dias a 25º C. Na análise histológica dos genótipos GN e 4279-06, entre 2-7 dias após de inoculação (DAI) observaram se os J2 de M. incognita penetrando pelo ápice das raízes e migrando pelo córtex até o cilindro central e aos 9 DAI já haviam estabelecido sítios de alimentação. Utilizando microscopia de fluorescência não foi observada resposta hipersensível (RH) no genótipo 4279-06, sendo que o nematoide concluiu o ciclo de vida entre 27- 30 dias, com 3-6 dias de atraso em comparação ao genótipo GN (24 dias). Foi realizada análise de transcritoma aos 3, 7 e 10 DAI nos dois genótipos, com base nos dados histológicos, utilizando a tecnologia de sequenciamento massal de RNA por Illumina e análise de bioinformática para identificar genes diferencialmente expressos relacionados ao parasitismo do nematoide e a resposta de defesa. O sequenciamento gerou um total de 510.937.976 sequências paired-end. Na análise de gene ontology (GO), um total de 320.113 termos de GO foram encontrados e relacionados às 27.604 sequências anotadas distribuídos em três categorias principais: processos biológicos (27.551 sequências), função molecular (25.362 sequências) e componente celular (25.487 sequências). Na análise de expressão diferencial, 680 genes apresentaram expressão diferencial significante. Dentre estes, 474 genes foram modulados no genótipo 4279-06 e 235 genes no genótipo GN, evidenciando uma maior regulação da expressão gênica na interação em 4279-06. Os genótipos apresentaram 29 genes comumente regulados, 445 genes exclusivamente modulados em 4279-06 e 206 em GN. Na resposta de Musa acuminata à infecção por M. incognita, foi evidente o grande envolvimento de genes ligados a fatores de transcrição das famílias MYB e WRKY, e de hormônios. Pouca resposta de defesa relacionadas ao Ácido Salicílico (de resposta a parasitas biotróficos) foi encontrada, mas sim uma ampla resposta pela via do etileno. Também foram encontrados genes que aumentam os níveis de auxinas e citocininas e que estão associados à formação de células gigantes, assim como expansinas e proteínas de domínio NAC. Proteínas da família bHLH, calose e endotransglucosilase xiloglucano foram expressas exclusivamente no genótipo 4279-06. Os resultados deste trabalho contribuem para uma maior compreensão dessa complexa interação molecular. / In banana crop (Musa spp.), the root-knot nematode Meloidogyne incognita is one of the predominant species, mainly in Cavendish (GN), causing considerable losses in some regions of Brazil. Meloidogyne incognita, also considered one of the plant parasites of wide importance in world agriculture for their adaptability to the environment and wide host range. With the difficulties of the traditional breeding programs in search for resistant varieties of bananas to nematodes, the use of genomics is an important alternative to understand the molecular mechanisms involved in plant defense response to parasitism. The banana genotype 4279-06 was classified in previous studies as resistant to the root-knot nematode, and was selected for this study, with the Cavendish Grande Naine genotype (GN) used as susceptibility standard. So the aim of this work was to study the interaction Musa acuminata - Meloidogyne incognita in order to identify genes associated with parasitism of nematode and plant defense genes. Initially, the life cycle of M. incognita in banana (NG), from the inoculation of J2 to the formation of females with eggs was 24 days at 25oC. On histological analysis of both genotypes GN and 4279-06, between 2-7 days after inoculation (DAI) it was observed that J2 of M. incognita penetrated at the roots tips and moved through the cortex to the central cylinder, and that at 9 DAI had already feeding sites established. Using fluorescence microscopy, no hypersensitive response (HR) was observed in 4279-06 genotype, and its life cycle has completed between 27- 30 days after inoculation, with 3-6 days delay in comparison with the GN genotype (24 days). Transcriptome analysis was performed at 3, 7 and 10 DAI, based on histological data, using RNA mass sequencing technology by Ilumina and bioinformatics analysis to identify differentially expressed genes related to the banana defense response in nematode interaction with the two genotypes. Sequencing generated a total of 510,937,976 sequences paired-end. In ontology gene analysis (GO), a total of 320,113 terms of GO were found and related to 27,604 annotated sequences divided into three main categories: biological processes (27,551 sequences), molecular function (25,362 sequences) and cellular component (25,487 sequences). In the analysis of differential expression, 680 genes showed significant differential expression. Of these, 474 genes were modulated in genotype 4279-06 and 235 genes in GN genotype, showing greater regulation of gene expression in the interaction with 4279-06. The genotypes showed 29 commonly regulated genes, 445 genes uniquely modulated in 4279-06 and 206 in GN. In Musa acuminata response to infection with M. incognita, was evident the great involvement of genes linked to the MYB transcription factors and WRKY families, and hormones. Little defense response related to salicylic acid (response to biotróficos parasites) was observed, but a broad response for the ethylene pathway. They have also found genes that increase the levels of cytokinins and auxins and that are associated with the formation of giant cells, like expansins and NAC domain proteins. Proteins bHLH family, callose and xyloglucan endotransglucosilase were exclusively expressed in the genotype 4279-06. These results contribute to a better understanding of this complex molecular interaction.

Made available in DSpace on 2015-08-26T02:04:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000474060-Texto+Completo-0.pdf: 1372189 bytes, checksum: a43c7ff8c9402604b61dba9bcef89a8f (MD5) Previous issue date: 2015 / The potato is the third most important consumed food in the world. Despite its high productivity, many pest problems cause losses in the quantity and quality of the product. Its high susceptibility to pathogens such as the necrotrophic bacteria Pectobacterium atrosepticum, has led to the indiscriminate use of pesticides, causing damage to the environment and human population. Studies of plant resistance inducers represent an alternative for disease control in some cultures by promoting innate defense system against pathogens. Understanding the changes in plant metabolism related to defense enables the evaluation and development of new strategies and products to disease control. This work aimed was to evaluate some of the mechanisms involved in defense metabolism of Solanum tuberosum in response to the phytobacteria Pectobacterium atrosepticum as well as to the XTH and ASM elicitors. To this end, we analyzed the activities of antioxidant enzymes superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT) and ascorbate peroxidase (APx), enzymes related to defense metabolism, polyphenol oxidase (PPO), peroxidase (POX), phenylalanine ammonia lyase (PAL), and pathogenesis-related proteins, β-1,3-glucanase and chitinase. It was also determined the synthesis of phenolic compounds and salicylic acid (SA), and the assessment of disease progression caused by the phytobacteria in leaves pretreated with XTH. Our results showed that the elicitor XTH was able to delay the disease progression and symptoms caused by the bacteria P. atrosepticum. The elicitors ASM and XTH promoted the activation of the antioxidant enzymes, as well as the induction of certain enzymes related to defense before and after the bacterial inoculation, differing from the response pattern observed in the leaves treated only with P. atrosepticum. In addition, we observed an increase in free SA levels in leaves treated only with the phytobacteria, differing from the other treatments. In conclusion, the elicitor XTH promotes resistance to the necrotrophic bacteria P. atrospeticum by the defense metabolism activation and modulation of S. tuberosum. / A batata destaca-se como o terceiro alimento mais consumido no mundo. Apesar de sua alta produtividade, inúmeros problemas fitossanitários vêm causando perdas na quantidade e na qualidade do produto. Sua alta suscetibilidade a patógenos, como a bactéria necrotrófica Pectobacterium atrosepticum, tem levado ao uso indiscriminado de agrotóxicos, causando danos ao meio ambiente e à população humana. Estudos com indutores de resistência vegetal têm representado uma alternativa para o controle de doenças em algumas culturas através da promoção do sistema inato de defesa contra patógenos. Compreender as modificações no metabolismo vegetal relacionado à defesa possibilita a avaliação e o desenvolvimento de novos recursos e produtos para o manejo fitossanitário. Este trabalho teve por objetivo avaliar alguns dos mecanismos envolvidos no metabolismo de defesa de Solanum tuberosum em resposta à fitopabactéria Pectobacterium atrosepticum e aos indutores XTH e ASM. Para tal, foram realizadas análises de atividade das enzimas antioxidantes superóxido dismutase (SOD), catalase (CAT) e ascorbato peroxidase (APx), das enzimas relacionadas ao metabolismo de defesa, polifenoloxidase (PPO), peroxidase (POX), fenilalanina amônia liase (PAL), e das proteínas relacionadas à patôgenese, β-1,3-glucanase e quitinase. Foi determinado também o acúmulo de compostos fenólicos e de ácido salicílico (AS), além da avaliação da manifestação da doença provocada pela fitobactéria em folhas pré-tratadas com XTH. Os resultados demonstraram que o indutor XTH foi capaz de retardar a progressão e os sintomas da doença provocados pela bactéria P. atrosepticum em folhas de batata. Os indutores XTH e ASM promoveram a ativação das enzimas antioxidantes, assim como a indução de enzimas relacionadas à defesa, anteriormente e posteriormente à inoculação de P. atrosepticum, diferindo do padrão de resposta observado nas folhas tratadas apenas com a bactéria patogênica. Além disso, foi observado um aumento dos níveis de AS livre nas folhas tratadas apenas com a fitobactéria, diferindo dos outros tratamentos. A partir destes resultados conclui-se que o indutor XTH promove resistência contra a bactéria necrotrófica P. atrospeticum através da ativação e modulação do metabolismo de defesa em S. tuberosum.

Made available in DSpace on 2014-08-13T02:01:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000460184-Texto+Completo-0.pdf: 1028375 bytes, checksum: 28478eee33cfe1af70ef0f52ca6b57b9 (MD5) Previous issue date: 2014 / Solanum tuberosum is one of the most important crops worldwide being the fourth most consumed food. Despite its importance, this crop presents a high susceptibility to a wide range of pathogens, leading to an extensive yield loss. A potential approach for disease control in potato is the understanding of the mechanisms of resistance induction and their relation to strengthening of natural plant defenses. In this work, the effect of defense inducers (XTH and Acibenzolar-S-methyl - Bion®) and ethylene blocker (aminoethoxyvinylglycine – AVG) in the plant metabolism was assessed. Biochemical markers for plant defense, such as POX and PPO enzymes, synthesis of phenolic compounds, flavonoid fraction and salicylic acid accumulation were also evaluated. Bion® resulted in a negative effect upon P. carotovorum inoculated plants, whilst XTH delayed disease progression. Plants cultivated in the presence of Bion+AVG showed an increase in PPO activity comparing to the control plants, although its activity was similar between XTH and Bion® plants. POX activity was promoted by Bion® at 24 hpi, however, at 72 hpi plants showed higher POX activity within XTH+AVG and Bion+AVG treated plants, compared with non-treated plants. In general, plants presented free SA levels 65% higher than conjugated one. The highest concentrations of SA (52. 2 μg/g) was found in Bion+AVG treated plants, whilst the lowest concentrations (4. 8 μg/g) were found in XTH and AVG treated plants. / A espécie Solanum tuberosum é uma das espécies vegetais de maior importância no mundo, sendo a batata o quarto alimento mais consumido. Porém, apesar do uso extensivo de pesticidas, esta cultura ainda é muito afetada por doenças, acarretando grandes perdas econômicas. Uma importante alternativa ao uso de químicos para o manejo das pragas, é o fortalecimento das defesas naturais da planta através da promoção de seus mecanismos de defesa. Neste trabalho foi avaliada a incidência da doença causada por Pectobacterium carotovorum e o metabolismo vegetal relacionados à defesa, tal como atividade das enzimas peroxidases (POX) e polifenoloxidases (PPO), síntese de compostos fenólicos, flavonoides e o acúmulo de ácido salicílico (AS) livre e conjugado. Foram utilizados os indutores de defesa XTH e o Bion®, bem como o bloqueador da síntese de etileno, AVG (aminoetoxivinilglicina), em plantas de batata cultivadas in vitro. O tratamento com Bion® não promoveu a resistência vegetal nas plantas inoculadas com P. carotovorum. Enquanto o uso do XTH foi eficiente na promoção de resistência das plantas, retardando o progresso da doença causada pela fitobactéria. Em plantas cultivadas na presença de Bion+AVG, foi observado um aumento na atividade de PPO em comparação com o controle, porém a atividade desta enzima é semelhante entre os tratamentos XTH e Bion®. Nas plantas do tratamento XTH+AVG a atividade da PPO se mantém semelhante às plantas do controle e do tratamento XTH. A atividade da POX foi promovida pelo tratamento Bion® em 24 horas pós-inoculação (hpi), enquanto que os tratamentos XTH+AVG e Bion+AVG induziram a maior atividade desta enzima em 72 hpi. Apesar das diferenças observadas nas atividades de PPO e POX, estas não apresentaram relação com a incidência da doença nas plantas. Em geral, os níveis de AS livre nos tecidos foi 65% maior que o AS conjugado. Em 24hpi, as plantas do tratamento Bion+AVG apresentaram os maiores níveis de AS livre (52,2 μg/g), enquanto os o tratamento XTH e AVG apresentaram os menores níveis de AS (4,87 e 4,82 μg/g, respectivamente).

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2006. / Submitted by Larissa Ferreira dos Angelos (ferreirangelos@gmail.com) on 2009-10-27T17:43:04Z No. of bitstreams: 1 2006_Adriana Magali de Freitas Alves Rezende.pdf: 1149055 bytes, checksum: ed2168fcf9108dd63d08a57481ba855f (MD5) / Approved for entry into archive by Gomes Neide(nagomes2005@gmail.com) on 2010-10-06T14:53:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_Adriana Magali de Freitas Alves Rezende.pdf: 1149055 bytes, checksum: ed2168fcf9108dd63d08a57481ba855f (MD5) / Made available in DSpace on 2010-10-06T14:53:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_Adriana Magali de Freitas Alves Rezende.pdf: 1149055 bytes, checksum: ed2168fcf9108dd63d08a57481ba855f (MD5) Previous issue date: 2006 / A bacteriose da goiabeira (Psidium guajava) causada por Erwinia psidii Rodrigues Neto et al. (1987) foi identificada pela primeira vez no Brasil em 1982, nas regiões de Valinhos e Pindamonhangaba, no Estado de São Paulo. Atualmente a doença se encontra em outras regiões paulistas, nos Estados de Minas Gerais, no Espírito Santo, no Paraná e no Distrito Federal. Devido à sua distribuição geográfica restrita ao Brasil, pouco se conhece sobre um controle efetivo da bacteriose, visto que a maioria dos produtos cúpricos utilizados causam sintomas de fitotoxidade nas plantas, assim como não se têm conhecimento do uso de variedades resistentes. O presente trabalho teve como objetivo estudar a resistência genética das variedades de goiaba comumente plantadas, assim como a utilização de produtos químicos no controle. No estudo da resistência genética foram avaliadas cinco variedades de goiaba e diferentes isolados de E. psidii, em dois métodos de inoculação: por pulverização (1x108 ufc/ml) e por agulha (1x109 ufc/ml). No estudo do controle da doença foram utilizados produtos cúpricos e o Fegatex (cloretos de benzalcônio), nos meios 523 e MMCC, em testes “in vitro”, em casa de vegetação e no campo. Foi também avaliada a sensibilidade de isolados de E. psidii a diferentes antibióticos. Verificou-se que na inoculação por agulha, dos isolados UnB 1285, 1288 e 1289, todas as variedades apresentaram 100% de plantas infectadas nas hastes, folhas e brotações (nota 4); enquanto que na inoculação por pulverização, os isolados UnB 1287 e 1288, apresentaram essa mesma percentagem de plantas infectadas, podendo ocorrer diferenças nos graus de agressividade entre os isolados. Em testes “in vitro” verificou-se que todos isolados de E. psidii no meio 523 foram mais resistentes ao sulfato de cobre e hidróxido de cobre, enquanto que no meio MMCC (baixa capacidade de complexar o cobre) todos os isolados apresentaram maior resistência ao hidróxido de cobre. Resultados também mostraram que os cloretos de benzalcônio mostraram melhor eficiência no controle “in vitro” comparado aos produtos cúpricos. Na avaliação dos antibióticos verificou-se que os isolados UnB 1285 e 1286 mostraram ser mais sensíveis à ação dos antibióticos. O princípio ativo oxacilina não apresentou efeito sobre a bactéria, para todos isolados testados. Sob condição de casa de vegetação, o sulfato de cobre mostrou maior grau de fitotoxidade nas folhas de goiabeira, reduzindo o desenvolvimento das brotações, no entanto, mostrou melhor eficiência no controle da bacteriose. O tratamento com cloretos de benzalcônio, não apresentou fitotoxidade e mostrou bom desenvolvimento nas plantas, assim como bom controle da doença. Em experimento de campo, verificou-se sintomas leves de fitotoxidade no estádio de inflorescência, na variedade Pedro Sato, com todos os produtos, e na variedade Comum, com exceção dos cloretos de benzalcônio. Nos frutos pequenos, os sintomas severos foram percebidos na variedade Pedro Sato, no tratamento com sulfato de cobre e na variedade Comum, no tratamento com sulfato de cobre e oxicloreto de cobre. Nos frutos médios, foi verificada evolução dos sintomas severos, na variedade Pedro Sato, nos tratamentos com oxicloreto de cobre e sulfato de cobre; e na variedade Comum em todos os tratamentos cúpricos. Para o controle da doença, o tratamento com hidróxido de cobre mostrou melhor eficiência na variedade Pedro Sato; enquanto que na variedade Comum, o tratamento com Fegatex (cloretos de benzalcônios) foi melhor, não apresentando nenhum sintoma de fitotoxidade. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The bacterial disease of the guava (Psidium guajava) caused by Erwinia psidii Rodrigues neto et al. (1987) was identified first time in Brazil in 1982, in the regions of Valinhos and Pindamonhangaba, in the State of São Paulo. Actually the disease is found in other regions of São Paulo, and the States of Minas Gerais, Espirito Santo, Paraná and in the Federal District. Due to their geographical distribution restricted to the Brazil, little is known about an effective control of the disease; seen that the majority of the copper products utilized cause symptoms of phytotoxicity in the plants; as well as do not have knowledge of the use of resistant variety. The present work had the objective to study the genetic resistance of guava variety frequently planted, as well as the utilization of chemical products in the control. In the study of the genetic resistance were studied five varieties of guava and different strains of E. psidii, in two methods of inoculation: by spraying (1x108 ufc/ml) and by needle (1x109 ufc/ml). In the study of the control of the disease were utilized copper products and the Fegatex (benzalconium chlorides), in the media, 523 and MMCC, in “in vitro” tests, in greenhouse and in the field. Also was evaluated the sensibility of strains of E. psidii to different antibiotic. The inoculation by needle of strains UnB 1285, 1288 and 1289 it was verified that all variety presented 100% of plants infected in the twig, leaves and budding (note 4); whereas in the inoculation by spraying, the strains UnB 1287 and 1288 presented that same percentage to plant infected, being able to occur differences in the level of virulence of the strains. In the “in vitro” tests it was verified that all of the stains of E. psidii in the medium 523 were more resistant to the copper sulfate and copper hydroxide, whereas in the medium MMCC (Medium Minimal Complexing Copper) all the strains presented more resistance to the copper hydroxide. Results also showed that the fegatex (benzalconium clorides) presented better efficiency in the control “in vitro” compared to the copper products. The evaluation of the antibiotics was variable and the strains UnB 1285 and 1286 showed to be more sensible. The oxacilin, did not present effect on the bacteria, for all strains studied. Under greenhouse conditions, the copper sulfate showed more phytotoxicity in the leaves of guava, reducing the development of the budding, however showed better efficiency in the control of the bacteria. The treatment with fegatex (benzalconium clorides), did not present phytotoxicity and showed good development of the plants, as well as good control of the disease. In the field condition it was verified light symptoms of phytotoxicity in the stadium of inflorescence, in the variety Pedro Sato, with all of the products and in the Comum variety, with the exception of the benzalconium clorides. In the small fruits, the severe symptoms were perceived in the variety Pedro Sato, in the treatment with copper sulfate and in the Common variety, in the treatment with copper sulfate and copper oxycloride. In the medium fruits, it was verified evolution of the severe symptoms, in the variety Pedro Sato, in the treatment with copper oxycloride and copper sulfate; and in the Common variety in all of the copper treatments. For the control of the disease, the treatment with copper hydroxide showed better efficiency in the variety Pedro Sato; whereas in the Common variety, the treatment with fegatex (benzalconum clorides) was better, presenting no symptom of phytotoxicity.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2007. / Submitted by Larissa Ferreira dos Angelos (ferreirangelos@gmail.com) on 2009-11-26T16:39:45Z No. of bitstreams: 1 2007_AnaAngelicaAlvesFelix.PDF: 2494604 bytes, checksum: 8789c6d849ecc146c1154916d3f7eb96 (MD5) / Approved for entry into archive by Carolina Campos(carolinacamposmaia@gmail.com) on 2010-01-19T16:55:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_AnaAngelicaAlvesFelix.PDF: 2494604 bytes, checksum: 8789c6d849ecc146c1154916d3f7eb96 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-01-19T16:55:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_AnaAngelicaAlvesFelix.PDF: 2494604 bytes, checksum: 8789c6d849ecc146c1154916d3f7eb96 (MD5) Previous issue date: 2007 / Amostras de sementes de plantas nativas de matas, cerrado e de campo empregadas para a confecção de artesanato de várias regiões do Brasil foram avaliadas quanto aos aspectos fitossanitários. Realizou–se o levantamento e identificação de fungos associados às sementes, bem como os sintomas nas mesmas. Técnicas de desinfestações superficiais e de tratamento natural com uma solução de óleos vegetais extraídos de essências florestais foi empregada para o controle dos fungos. As sementes de Euterpe oleraceae, E. precatoria var. precatoria, Dipterix alata, Orbignya phalerata, Phytelephas macrocarpa, Socratea exorrhiza, Hymenaea courbaril L. var. stilbocarpa, Leucaena leucocephala, Schefflera morototoni, Astrocaryum faranae, Sapindus saponaria, Ipomoea pes-caprae, Caesalpinia peltophoroides, Heliconia metallica, Cyperus rotundus e Astrocaryum aculeatum, apresentaram – se naturalmente infectadas com uma gama significante de fungos. Os fungos mais freqüentes associados às sementes foram Alternaria alternata, Aspergillus spp., Cladosporium sp., Chaetomium sp., Botryodiplodia sp., Epicoccum sp., Eurotium sp., Fusarium sp., Monilia sp., Nigrospora sphaerica, Penicillium sp., Pestalotiopsis sp., Phialophora sp., Rhizoctonia sp., Rhizopus sp., Syncephalastrum sp. e Verticillium sp. Os danos causados por estes fungos foram deformações, manchas necróticas, podridões moles e deterioração parcial ou total das sementes. O tratamento com a solução de óleos foi bastante eficiente para todos os fungos, com a erradicação da maioria deles. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Some seed samples of native plants from forestry, cerrado and savannas which are currently employed for the confection of handcrafts from several brazilian regions were valued as far as the phytosanitary aspects are concerned. The fungi overview and identification associated to the seeds as well as their symptoms were accomplished. Techniques of superficial de-infections and natural treatment with appropriate vegetable oil solutions extracted from tree essences were used to the control of fungi studied in the current work. Seeds of Euterpe oleraceae, E. precatoria var. precatoria, Dipterix alata, Orbignya phalerata, Phytelephas macrocarpa, Socratea exorrhiza, Hymenaea courbaril L. var. stilbocarpa, Leucaena leucocephala, Schefflera morototoni, Astrocaryum faranae, Sapindus saponaria, Ipomoea pes-caprae, Caesalpinia peltophoroides, Heliconia metallica, Cyperus rotundus and Astrocaryum aculeatum, have shown themselves naturally infected with a significant range of fungi. The most frequent fungi associated to the seeds were Alternaria alternata, Aspergillus spp., Cladosporium sp., Chaetomium sp., Botryodiplodia sp., Epicoccum sp., Eurotium sp., Fusarium sp., Monilia sp., Nigrospora sphaerica, Penicillium sp., Pestalotiopsis sp., Phialophora sp., Rhizoctonia sp., Rhizopus sp., Syncephalastrum sp. e Verticillium sp. The damages caused by these fungi have been associated to deformations, necrotic spots and soft rotten as well as partial or total decay of seeds. The treatment we propose here was accomplished with the natural oils solution and it has been shown that the proposed technique is very efficient in the control of all the fungi for the complete eradication of them.