La Trilogie de Jules Vallès accorde une part significative à la question alimentaire et à la vie digestive de son héros, Vingtras. Dans cette perspective, chaque roman du triptyque se charge d’une signification : L’Enfant devient le roman de la maltraitance alimentaire ; Le Bachelier, celui du diplômé affamé ; L’Insurgé, celui de la révolte des Maigres contre les Gras. De manière plus précise, la nourriture dans la Trilogie se trouve constamment liée à la langue, à l’écrit et à l’oral. La nourriture vallésienne apparaît ainsi autant terrestre que langagière : un va-et-vient constant s’opère entre ces deux faces de la même pièce. Les productions langagières permettent de se nourrir ; la nourriture permet d’écrire, de produire du texte et donc de survivre. Un cycle fragile s’instaure : à chaque moment, un aléa scolaire, littéraire ou journalistique peut remettre en cause le pain durement gagné ; et, parallèlement, à chaque moment, l’écrit peut se révéler incapable de « nourrir son homme ». La précarité alimentaire de l’homme de lettres s’avère bien proche de celle de l’ouvrier. Cette particularité de la Trilogie – l’omniprésence de la nourriture, sous toutes ses formes – nous invite donc à nous interroger sur les interprétations possibles du thème alimentaire dans l’œuvre. Relève-t-elle d’un traumatisme familial et scolaire ? Renvoie-t-elle à une métaphore de la création littéraire ou à une question sociale qui concernerait un prolétariat mal nourri dont Vallès partagerait les souffrances ? Ou est-ce que la question alimentaire permet à Vingtras de dresser son propre « autoportrait en mangeur » ? / Food and the digestion of its hero, Vingtras, play a significant role in the Trilogy of Jules Vallès. In this respect it can be said that each novel in the triptych takes on a distinctive meaning : L’Enfant is the novel about maltreatment dealing with food, whereas Le Bachelier treats the undernourished graduate. L’Insurgé deals with the revolt of the Thin against the Fat. Even more specifically, food in the Trilogy is always linked to the question of language, both written and spoken. Food for Vallès can thus be something literally produced by the soil or it can be related to language, with a constant shift between these two sides of the same coin. What one produces with language makes it possible to feed oneself. With food, one can write, produce texts and thereby eke out a living. A very fragile cycle emerges : an unforeseen event at school, in one’s writing or journalistic efforts can call into question one’s hard-earned bread. At the same, and at each instant, one’s writing might not be enough for one to be able to eat. The writer’s precarious relation to food turns out to be close to that of the manual worker. This feature of the Trilogy – the omnipresence of food in all it forms – leads us to examine possibile interpretations of the theme of food in the work. Is there a reference to some personal or academic traumatism ? Does it refer to a metaphor for literary creation or to a social question dealing with the undernourished proletariat whose suffering Vallès identified with ? Or is the subject of food a means for letting Vingtras reveal to the reader his self-portrait as an eater ?

Les animaux sont constamment soumis à des variations de leur environnement auxquelles ils doivent s’adapter. Au sein des systèmes d’élevage qui reposent sur la stimulation de processus naturels réduisant les intrants requis pour la production, et dans une perspective agro-écologique, l’autonomie et les capacités d’adaptation des animaux apparaissent particulièrement importantes. Au pâturage, les petits ruminants sont confrontés au parasitisme par les nématodes gastro-intestinaux, qui représente une menace majeure notamment du fait du développement de résistance aux traitements anthelminthiques chimiques, et une alternative à ces traitements est l’utilisation de fourrages bioactifs contenant des composés secondaires tels que les tannins condensés. Dans ce contexte, nous avons exploré les capacités d’automédication des ovins et des caprins via l’utilisation d’aliments riches en tannins lorsque ceux-ci sont confrontés au parasitisme gastro-intestinal, en proposant plusieurs scénarios pour lesquels nous avons fait varier la complexité de l'environnement alimentaire et la charge parasitaire.Ainsi, nous avons dans un premier temps évalué les capacités des moutons à apprendre les bénéfices associés à l’ingestion d’un fourrage riche en tannins, le sainfoin, à l’aide d’une période de conditionnement, et à adapter leur sélection alimentaire suivant un changement de statut parasitaire. Dans un second temps, nous avons examiné les différences entre chèvres et moutons dans leur propension à sélectionner du sainfoin lorsque ceux-ci sont parasités, en supposant que les chèvres montreraient de meilleures capacités d’automédication. Enfin, dans une troisième expérimentation, nous nous sommes intéressés aux priorités qu’accordaient les ovins dans leur sélection alimentaire aux nutriments (énergie, protéines) et aux tannins selon leur statut parasitaire.Nos expérimentations s’accordent sur l’absence d’automédication curative. En effet, nous n’avons observé ni de sélection plus importante de l’aliment riche en tannins par les animaux parasités par rapport à ceux non parasités, ni d’augmentation de la sélection après infection. Comme nous nous y attendions, les chèvres ont montré une propension plus importante à consommer l’aliment riche en tannins que les moutons, mais n’ont néanmoins pas manifesté de meilleures capacités d’automédication. Enfin, les agneaux n’ont pas priorisé l’apport en composés bioactifs par rapport aux nutriments, mais ont considérablement augmenté leur apport en énergie après infestation. Il apparait que les niveaux de tannins que nous avons volontairement choisis modérés pour les aliments expérimentaux ont induit des bénéfices nutritionnels ayant potentiellement surpassé les effets anthelminthiques, qui étaient eux-mêmes modérés, et expliquant ainsi que les animaux parasités et les animaux sains ont sélectionné les tannins de façon similaire. Par ailleurs, des difficultés d’apprentissage peuvent également expliquer cette sélection, comme en témoigne la claire inversion de préférences pour l’aliment riche en tannins observée après que les animaux ont appris à associer l’aliment riche en tannins à ses conséquences post-ingestives, après la période de conditionnement. En ce qui concerne la flexibilité de la sélection alimentaire, les préférences alimentaires sont restées inchangées après déparasitage, probablement du fait de l’absence d’effets antinutritionnels des tannins, et du statut sécuritaire accordé aux aliments riches en tannins.Nous pensons que l’évaluation des capacités d’automédication des ruminants mérite des travaux complémentaires, notamment en explorant d’autres modèles que celui du parasitisme gastro-intestinal et des fourrages bioactifs. L’analyse de l’étiologie du comportement d’automédication, en s’intéressant à l’influence du modèle social par exemple, apparait également importante afin de favoriser un tel comportement au sein de pratiques d’élevage adaptées. / Animals are constantly facing variations in their environment to which they have to adapt. In breeding systems that rely on the stimulation of natural processes to reduce the inputs needed for production, under an agroecology perspective, animal's autonomy and adaptive abilities are particularly important. In grazing systems of small ruminants, parasitism by gastrointestinal nematodes is a major threat notably due to worms' resistance to chemical anthelminthic, and one alternative is the use of bioactive forages containing secondary compounds such as condensed tannins. Within this context, we explored the abilities of sheep and goats to self-medicate through the selection of tannin-rich feeds while facing gastrointestinal parasitism, by proposing different scenarios in which we varied the complexity of the feeding environment.We assessed the abilities of sheep to learn about the benefits of the tannin-rich sainfoin, by carrying out a conditioning period, and to adapt their diet selection according to changes in parasitic load. Secondly, we evaluated the differences between sheep and goats in their willingness to select sainfoin when parasitized, assuming that goats would show greater self-medication abilities. Thirdly, we studied the interactions between nutrients and medicines on diet selection by analyzing the way sheep selected proteins, energy and condensed tannins depending on their parasitic status.Our experiments did not support evidence for curative self-medication as we did not observe a greater selection of the tannin-rich feeds in parasitized than non-parasitized animals, nor an increase in selection following infection. As expected, kids were more willing than lambs to consume the tannin-rich feed, but they did not show greater abilities to self-medicate. Lastly, lambs did not prioritize medicine over nutrients, but greatly increased their energy intake following infection. It appears that the levels of tannins we voluntarily chose moderate for the experimental feeds, induced nutritional benefits that may have outweighed the anthelminthic ones, which were moderate, making both parasitized and non-parasitized animals select tannins in a similar way. Furthermore, learning impairment may be involved as well, as indicated by the striking reversal of preferences for the tannin-rich feed we observed once animals were helped to associate the tannin-rich feed with its consequences via conditioning. Regarding diet selection flexibility, feed preferences remained unchanged after deworming, likely because of the absence of anti-nutritional effects of tannins, and the safe status attributed the tannin-rich feeds.We think that the investigation of self-medication abilities in ruminants deserves further work, notably by exploring other models than gastrointestinal parasitism and bioactive forages. The analysis of the etiology of self-medication, by investigating the influence of the social model for example, appears also important in order to favour such behaviour by adapted farming practices.

Les processus de bioturbation constituent un exemple classique d’ingénierie de l’écosystème. Ils sont le fait d’espèces bioturbatrices qui contribuent à la structuration physique et biogéochimique des environnements sédimentaires. Dans les environnements marins meubles, les thalassinidés comptent parmi les bioturbateurs les plus influents. Ainsi, la crevette de vase Upogebia cf. pusilla est à l’origine d’un important remaniement sédimentaire et d’une large bioirrigation des sédiments dans le bassin d’Arcachon. Ces activités de bioturbation modulent les processus de minéralisation de la matière organique et les flux biogéochimiques à l’interface eau-sédiment. L’intensité de la bioturbation de U. cf. pusilla dépend de son état physiologique, celui-ci pouvant être altéré par divers facteurs de stress. Une approche couplant études de terrain et expérimentations en laboratoire a permis d’évaluer l’influence du parasitisme et de la contamination métallique sur les activités de U. cf. pusilla. Ce travail avait pour objectifs de (1) caractériser la pression parasitaire chez U. cf. pusilla à l’échelle locale, (2) déterminer les niveaux de base des éléments métalliques chez cet organisme dans le bassin d’Arcachon et d’évaluer le potentiel rôle des parasites dans les processus d’accumulation des métaux et (3) estimer l’impact du parasitisme et de la contamination métallique, seuls et en interaction, sur U. cf. pusilla et ce à deux échelles d’organisation, moléculaire et comportementale. In situ, un suivi spatial et un suivi temporel ont permis de caractériser la dynamique spatio-temporelle de deux parasites chez U. cf. pusilla¸ un bopyre infestant la cavité branchiale (Gyge branchialis), et un trématode (Maritrema sp.), infectant l’ensemble des organes de l’animal. Au sein de leur hôte, ces deux parasites sont négativement associés, le bopyre limitant probablement les processus d’infection par le trématode. Par ailleurs, un suivi saisonnier d’un an a permis de noter de faibles concentrations en métaux chez U. cf. pusilla, dans le bassin d’Arcachon. Ces concentrations ont été mises en parallèle avec le statut parasitaire des spécimens échantillonnés. Aucune corrélation n’a été notée entre la présence des trématodes et les quantités de métaux accumulées. A l’inverse, les observations de terrain ont permis d’envisager que le parasite bopyre puisse interférer avec les processus d’accumulation des métaux chez cet organisme. Cette dernière hypothèse a été testée en laboratoire au cours d’expérimentations visant à évaluer l’influence d’une contamination métallique (en utilisant le cadmium comme contaminant modèle) et du parasite bopyre, seuls et en interaction, sur U. cf. pusilla. A l’échelle moléculaire, le bopyre n’a été associé à aucune modification de l’expression d’une dizaine de gènes cibles. Par ailleurs, à l’échelle comportementale, ce parasite réduit peu le remaniement sédimentaire de son hôte, à l’inverse de ce qui avait été montré au cours d’une étude antérieure. En ce qui concerne l’influence du cadmium, ce métal module amplement l’expression de gènes codant notamment des protéines impliquées dans la réponse au stress oxydant et dans les mécanismes de détoxication. Ces observations suggèrent que U. cf. pusilla est capable de mettre en place des mécanismes de lutte contre le stress métallique. Au niveau comportemental, le cadmium semble stimuler le remaniement sédimentaire des organismes. Finalement, les expériences « doubles stress » ont montré un effet antagoniste du bopyre et du cadmium à la fois à l’échelle génique et à l’échelle comportementale. Ainsi, cette étude souligne la complexité des interactions entre facteurs de stress multiples et la nécessité d’effectuer de telles expérimentations. [...] / Bioturbation is a typical example of ecosystem engineering. Bioturbating species are mainly epi- or endobenthic organisms, which profoundly affect the physical structure and biogeochemical properties of sediments. In marine soft-bottom environments, thalassinidean mud shrimp are considered as one of the most prominent bioturbating organisms. Among these species is the mud shrimp Upogebia cf. pusilla, which is recognized as an important sediment reworker, also significantly contributing to the bioirrigation of sediments. In fine, this species greatly modulates organic matter mineralization and biogeochemical fluxes at the sediment-water interface. The influence of U. cf. pusilla in ecosystem functioning depends on the intensity of its bioturbation and thus on its fitness. Several factors can affect the physiological status of organisms, potentially resulting in behavioural changes and causing modifications of their activities. Amongst potential stressors, we evaluated the influence of parasitism and trace metal contamination on the mud shrimp U. cf. pusilla in Arcachon Bay, France. Field surveys and laboratory experiments were undertaken in order to evaluate (1) the parasite infestation levels in the mud shrimp at the local scale, (2) the metal contamination background and potential relationship between the metal accumulation and the parasitic status of organisms in the field and (3) estimate the distinct and interactive impacts of parasitism and metal contamination on two scales of organisation, by targeting a molecular (gene expression) and a behavioural (sediment reworking) endpoint.A large spatial and temporal survey conducted in Arcachon Bay showed that at least two parasites species occur in mud shrimp: a bopyrid isopod (Gyge branchialis), living in one of the gill chambers of its host, and a trematode parasite (Maritrema sp.), infecting the whole body of mud shrimp. These two parasite species are negatively associated within their host, in which the bopyrid likely interferes with trematodes establishment. Additionally, a one year seasonal sampling demonstrated that mud shrimp displayed very low levels of metals in Arcachon Bay. The bopyrid parasite could interfere with the process of metal accumulation in mud shrimp, while such correlation was not found for the trematode parasite. Finally, complementary laboratory experiments highlighted that, at the molecular level, the bopyrid parasite did not affect the expression of the genes targeted in this study in mud shrimp. Similarly, at the behavioural level, and conversely to a previous study, the effects of the bopyrid parasite were minor, i.e. only associated to small modifications of the bioturbation activity of its host. Indeed, the intensity of the sediment reworking of mud shrimp was slightly reduced when organisms were infested with this parasite. Regarding trace metal contamination, we noticed that mud shrimp largely accumulated cadmium. This accumulation was associated to an important modulation of gene expression, especially of genes encoding proteins involved in detoxification processes, highlighting, at this organisation level, the capability of mud shrimp to deal with the deleterious effect of cadmium. At the behavioural scale, cadmium contamination positively affected the sediment reworking activity of mud shrimp. Finally, double-stress experiments evidenced an antagonistic effect of both stressors on the two targeted endpoints. This study highlights the complexity of the interactions between multiple stressors and that the response of organisms cannot be predicted from “single-stress” experiments. [...]

L’influence de la coupe partielle à deux intensités, soit 25% et 40% de réduction de la surface terrière, sur le taux de parasitisme chez l’arpenteuse de la pruche, Lambdina fiscellaria (Guinée), et la tordeuse des bourgeons de l’épinette, Choristoneura fumiferana (Clemens) a été étudiée. Un an après les traitements, le taux de parasitisme chez les chrysalides de l’arpenteuse de la pruche a significativement diminué dans les parcelles à 40% de coupe partielle, alors que l’année suivante, aucune influence significative des traitements n’a été démontrée. Deux ans après les traitements, le taux de parasitisme chez les larves de la tordeuse des bourgeons de l’épinette a significativement diminué suite aux coupes partielles. Cependant, cet effet n’a pas été observé l’année suivante. En outre, la présente étude démontre que l’utilisation de nourriture artificielle pour produire des larves sentinelles de la tordeuse n’influence pas significativement les taux de parasitisme observés sur le terrain. / This study investigates the influence of partial cutting at two intensities, 25% and 40% stand basal area removed, on parasitism of hemlock looper, Lambdina fiscellaria (Guinée), and spruce budworm, Choristoneura fumiferana (Clemens). In plots with 40% partial cutting the parasitism of hemlock looper pupae was significantly reduced one year after treatments but, the treatments did not significantly influence parasitism the following year. Two years after treatments, parasitism of fourth and fifth instar spruce budworm larvae was significantly reduced by partial cutting of both intensities. However, once again, this influence disappeared in the following year. In addition, the present study demonstrates that artificial rearing diet of the spruce budworm does not significantly influence parasitism of exposed larvae in the field.

La dynamique globale des systèmes parasites-hôte (SPH) ‘trématode digènes - coque Cerastoderma edule’ a été étudiée simultanément à Merja Zerga (Maroc) et dans le Bassin d’Arcachon (France). La dynamique de populations de la coque a montré une variabilité intra et inter-site et a été expliquée essentiellement par la température, la prédation, la compétition et la dynamique sédimentaire. Dans les deux lagunes, le recrutement s’opère à une température de 19°C avec un décalage temporel en relation avec les positions latitudinales des sites (avril-mai à Merja Zerga et juin-juillet à Arcachon). Les taux de croissance restent comparables pour les deux populations de coque (K=1,5 an-1) mais les performances de croissance sont plus élevées à Arcachon (F’=3,3) qu’à Merja Zerga (F’=3,1). La production était plus élevée à Merja Zerga (36-65 g poids sec.m-2.an-1). P/B est faible sur les deux sites et légèrement plus élevée à Arguin (1,1-1,5 contre 1,0-1,1 an-1). Les deux sites présentent deux riches communautés parasitaires regroupant à Merja Zerga (11 espèces) et à Arguin (13 espèces), respectivement, 69% et 81% de la richesse parasitaire (digènes) connue des coques. Les communautés parasitaires restent comparables et l’éloignement géographique et climatique n’a eu qu’un faible retentissement sur la structure des peuplements parasitaires. La comparaison latitudinale de la structure et de la dynamique des SPH a permis de relativiser l’importance de la température dans la dynamique de l’hôte et des parasites, du moins dans cet intervalle climatique. A Merja Zerga, la température ne semble pas être un facteur limitant de l’infestation contrairement aux sites plus au nord. Mais finalement, les niveaux d’infestation des coques adultes sont similaires. Les échinostomatidés et les gymnophalidés ont été les plus contributives dans la mortalité parasito- dépendante observée. L’impact des parasites digènes en situation normale se traduit par une augmentation de E/B, cependant plus marqué à Merja Zerga. Cette différence d’effet dénote d’un gradient positif de virulence en allant du nord vers le sud. La présence d’herbiers, la situation ‘intertidal versus subtidal’ et la densité des coques ont un effet modéré sur l’infestation parasitaire. / The global dynamics of the parasites-host systems (PHS) ‘digenean trematodes – cockle Cerastoderma edule’ was simultaneously studied in Merja Zerga (Morocco) and Arcachon Bay (France). Cockle population dynamics exhibited an intra- and inter-site variability mostly explained by temperature, predation, competition and sedimentary dynamics. In both lagoons, recruitment occurred at 19° C, with a temporal delay due to latitudinal position (April-May at Merja Zerga, and June-July at Arcachon). Growth rates were similar in both cockle populations (K=1.5 an-1) but growth performances were higher at Arcachon (F’=3.3) than at Merja Zerga (F’=3.1). Production was higher at Merja Zerga (36-65 g dry weight.m-2.yr-1). P/B was low in both sites and slighly higher at Arguin (1.1-1.5 contre 1.0-1.1 yr-1). Both sites exhibited rich parasite communities with 11 species at Merja Zerga and 13 species at Arguin, corresponding to 69 and 81% of the identified cockle parasite species richness (digeneans). Great distances and climate differences did not alter the structure of parasite communities. Structure and dynamics of PHS related to latitude showed the moderate effect of temperature, within this climate range. At Merja Zerga, temperature was not a limiting factor for parasite infestation, in contrast with what happens in northern countries. But eventually, parasite loads in adult cockles were similar in both sites. Echinostomatids and gymnophallids were the most contributive families explaining parasite- dependent mortality. Digenean impact on cockle resulted in an increasing of E/B, with a higher effect at Merja Zerga. This difference could be linked to a higher virulence in southern sites. The presence of seagrass beds, the position between subtidal and intertidal and the cockle density remained secondary factors in controlling parasite infestation.

Seconde espèce de mollusque bivalve la plus exploitée au monde, la palourde japonaise Venerupis philippinarum représente un intérêt économique majeur. A l’échelle du bassin d’Arcachon, la maladie du muscle marron ou BMD (pour Brown Muscle Disease), pathologie émergente découverte en 2005 inquiète tout particulièrement le secteur de la pêche. Cette pathologie affecte le muscle adducteur postérieur de la palourde et perturbe l’ouverture-fermeture des valves. Cette perturbation entraine la remontée des individus à la surface du sédiment et la mort.Ces travaux de thèse ont porté d’une part sur l’épizootiologie de la maladie et son impact sur l'hôte et d’autre part sur l’identification de l’agent responsable de la maladie.Une étude sur la distribution des palourdes dans le bassin d’Arcachon (littoral Atlantique français) montre que la prévalence de la BMD a diminué entre 2010 et 2012. Toutefois cette baisse ne concerne pas les individus ayant atteint la taille légale de pêche (> 35mm). De plus, la maladie semble apparaitre chez des individus de plus en plus petit et risque donc d’accroitre la mortalité aux plus jeunes stades. L’analyse des facteurs environnementaux impliqués dans la distribution de la maladie souligne la corrélation entre la prévalence de la BMD et un hydrodynamisme relativement « calme ».La BMD affecte tout particulièrement le métabolisme énergétique de l’hôte, les mécanismes de réponse au stress oxydant et également le système immunitaire. De nombreuses fonctions sont surexprimées chez les hôtes malades mais d’autres voies comme celle de l’apoptose sont régulées négativement par l’agent infectieux.Si l’origine virale est maintenant une hypothèse solide (microscopie électronique, transcriptomique), la nature exacte de l’agent étiologique (famille virale) ne peut à ce jour être déterminée avec certitude. Des particules virales ont bien été observées dans les tissus malades mais pas dans les tissus sains, et ont pu être purifiées sur gradient de sucrose. Toutefois, les essais pour provoquer la maladie chez des individus sains ont échoué. / The Manila clam Venerupis philippinarum is the second most exploited mollusk bivalve in the world and represents a major economic interest. At the scale of Arcachon bay, the Brown Muscle Disease or BMD, an emergent pathology discovered in 2005, concerns fishing activity. This pathology affects the posterior adductor muscle of the clam and disrupts the valve opening and closing process. It induces the migration of clams to the surface and their death.This thesis concerns on the one hand the epizootiology of the disease and its impact on host and on the other hand the identification of the causal agent of the disease. A study of the clam distribution in Arcachon bay (French Atlantic coast) shows that prevalence of BMD decreased between 2010 and 2012. However this decrease doesn't affect clams of the legal harvesting size (> 35mm). Furthermore, the disease seems to appear in individuals with increasingly smaller size and thus risks to increase mortality in the youngest stages. The analysis of the environmental factors that are involved in the disease distribution highlights the correlation between prevalence of the BMD and relatively "quiet" hydrodynamism.BMD particularly affects the energy metabolism of the host, the oxidative stress response mechanisms and the immune system.Many functions are up-regulated in the BMD-affected hosts but other ways, as the apoptosis, are down-regulated by the infectious agent.Although viral origin of BMD is now a convincing hypothesis (electronic microscopy, transcriptomic), the nature of the etiological agent (viral family) cannot so far be determined with certainty. Viral particles were observed in tissues of BMD-diseased hosts but not in tissues of healthy host. They have been purified on sucrose gradient. However, the attempt to provoke the disease in healthy individuals failed.

Seconde espèce de mollusque bivalve la plus exploitée au monde, la palourde japonaise Venerupis philippinarum représente un intérêt économique majeur. A l'échelle du bassin d'Arcachon, la maladie du muscle marron ou BMD (pour Brown Muscle Disease), pathologie émergente découverte en 2005 inquiète tout particulièrement le secteur de la pêche. Cette pathologie affecte le muscle adducteur postérieur de la palourde et perturbe l'ouverture-fermeture des valves. Cette perturbation entraine la remontée des individus à la surface du sédiment et la mort.Ces travaux de thèse ont porté d'une part sur l'épizootiologie de la maladie et son impact sur l'hôte et d'autre part sur l'identification de l'agent responsable de la maladie.Une étude sur la distribution des palourdes dans le bassin d'Arcachon (littoral Atlantique français) montre que la prévalence de la BMD a diminué entre 2010 et 2012. Toutefois cette baisse ne concerne pas les individus ayant atteint la taille légale de pêche (> 35mm). De plus, la maladie semble apparaitre chez des individus de plus en plus petit et risque donc d'accroitre la mortalité aux plus jeunes stades. L'analyse des facteurs environnementaux impliqués dans la distribution de la maladie souligne la corrélation entre la prévalence de la BMD et un hydrodynamisme relativement " calme ".La BMD affecte tout particulièrement le métabolisme énergétique de l'hôte, les mécanismes de réponse au stress oxydant et également le système immunitaire. De nombreuses fonctions sont surexprimées chez les hôtes malades mais d'autres voies comme celle de l'apoptose sont régulées négativement par l'agent infectieux.Si l'origine virale est maintenant une hypothèse solide (microscopie électronique, transcriptomique), la nature exacte de l'agent étiologique (famille virale) ne peut à ce jour être déterminée avec certitude. Des particules virales ont bien été observées dans les tissus malades mais pas dans les tissus sains, et ont pu être purifiées sur gradient de sucrose. Toutefois, les essais pour provoquer la maladie chez des individus sains ont échoué.

Selon les nouvelles orientations agroécologiques qui s’imposent largement, il convient d’élaborer des systèmes d’élevage adaptés aux contraintes environnementales, efficients et pourvoyeurs de services écosystémiques bénéfiques pour l’environnement et la société. La question se pose singulièrement dans nos territoires antillais et ceci dans le cadre d’une demande pressante en produits carnés de qualité et à forte valeur patrimoniale comme l’est la viande caprine en Guadeloupe. Les petits ruminants, principalement élevés au pâturage, sont exposés aux infestations par les nématodes gastro-intestinaux (NGI) qui constituent une cause majeure de morbidité et de mortalité. Le déploiement de techniques adaptées et applicables sur le terrain s’avère nécessaire. Aussi des méthodes de gestion intégrée du parasitisme sont préconisées parmi lesquelles sont étudiées les stratégies d’alimentation des animaux. Il convient d’améliorer la capacité de l’animal hôte à tolérer les effets négatifs (résilience) ou à contrôler les infestations par les NGI (résistance) par la complémentation alimentaire. L’objectif de cette thèse était de définir des stratégies de complémentations des chevreaux en croissance, stade physiologique le plus touché par les NGI et dont les performances zootechniques conditionnent directement le revenu des producteurs (la production de viande).L’apport de la complémentation a été combinée à une série de recommandations de la gestion intégrée du parasitisme (voie génétique, méthode Famacha ®) et singulièrement à une stratégie de gestion du pâturage mixte avec des génisses. Ont été obtenus, un accroissement des résultats zootechniques (croissance et carcasse), de la note d’état corporel ainsi qu’une amélioration de la réponse physiologique (taux d’hématocrite). Une diminution du nombre de traitements anthelmintiques est observée aussi. Cet essai a abordé l’opérationnalité de la complémentation pour un éleveur. D’une façon générale, ce travail a ouvert aussi des questionnements scientifiques sur l’interaction nutrition*parasitisme avec un focus sur la nutrition azotée à déconnecter de l’alimentation énergétique. / New agroecological guidelines are needed around the world to develop livestock systems that are adapted to the environmental, efficient and environmentally and socially beneficial ecosystem services requirements. The question arises singularly in our Caribbean territories and this in the context of an urgent demand in meat products of quality and ofhigh patrimonial value as is the goat meat in Guadeloupe. Small ruminants, mainly grazed, are exposed to gastrointestinal nematode (NGI) infestations, which are a major cause of morbidity and mortality. The deployment of adapted and applicable techniques in the field is necessary. Therefore, methods of integrated management of parasitism are recommended among which are studied the strategies of feeding of the animals. The ability of the host animal to tolerate adverse effects (resilience) or to control infestations by NGI (resistance) should be enhanced by food supplementation. The objective of this thesis was to define supplementation strategies for growing kidneys, the physiological stage most affected by NGI and whose zootechnical performances directly affect the incarne of producers (meat production).Discussions focus on the development of targeted complementing strategies and attempt to answer questions: how to complement? (ln energy, nitrogen or both); When to complement? (Delay effects or effects during an established infestation). lt was also a question oftesting the life-size recommendations and on several variables (physio­pathological responses and zootechnical responses including carcass characteristics). In this sense this work has presented a certain originality. There was no statistically significant effect on carcass quality, however, in carcass­infected animals the carcasses were more degraded, especially with a low-protein diet. The complementation contribution was combined with a series of recommendations of integrated management of parasitism (genetic pathway, famacha method) and particularly a management strategy of mixed grazing with heifers. An increase in the zootechnical results (growth and carcass), body condition score and an improvement in physiological response, hematocrit) were obtained. A decrease in the number of anthelmintic treatments is also observed. This trial addressed the operationality of complementation for a breeder. In general, this work also opened up scientific questions about the interaction nutrition * parasitism with a focus on nitrogen nutrition to disconnect from the energy suooly

Dans le bassin d’Arcachon, le crustacé thalassinidé Upogebia pusilla habite préférentiellement les vasières intertidales colonisées par les zostères naines (Zostera noltei) où il trouve la stabilité sédimentaire indispensable à l’établissement durable de son terrier. Du fait de la profondeur de ce dernier (> 30 cm) et de sa grande mobilité, cette espèce ingénieure a souvent été négligée dans les études antérieures ayant pour objectif de mieux comprendre le rôle des communautés macro-benthiques dans le fonctionnement des herbiers de phanérogames et les conséquences de leur régression rapide. Ce manuscrit présente une étude intégrée du rôle d’U. pusilla dans le fonctionnement de son écosystème en s’attachant particulièrement à caractériser et quantifier les relations entre (1) ses différentes activités (fouissage, ventilation, locomotion, …), (2) les modes de bioturbation qui en résultent et (3)leurs impacts respectifs sur la dynamique biogéochimique sédimentaire. Ce travail montre qu’U. pusilla engendre un remaniement et une bioirrigation intenses de la matrice sédimentaire qui l’entoure. Sa présence stimule ainsi fortement la reminéralisation de la matière organique sédimentée et les échanges de solutés à travers l’interface eau-sédiment.Bien que l’influence d’U. pusilla sur ces processus écologiques et biogéochimiques soit très dépendante des conditions environnementales (e.g., saisonnalité, prévalence parasitaire),l’ensemble de mes résultats suggère que le déclin progressif de ses populations, conséquence directe de la dégradation de son habitat, est susceptible de fortement altérer le fonctionnement global des écosystèmes du bassin d’Arcachon. / In Arcachon bay, the endobenthic thalassinid crustacean Upogebia pusilla is tightly associated with the intertidal dwarf grass Zostera noltei providing the sediment stability required for the construction of (semi-)permanent burrows. Because of the depth and complex architecture of their burrow (> 30 cm), this high mobile engineer species have been largely ignored in previous studies aiming at better understanding the role of macrobenthic communities in the functioning of seagrass ecosystems and the consequences of their rapid decline. This manuscript presents an integrated study regarding the role played by U. pusillain the functioning of its ecosystem, with particular emphasis on the characterisation and quantification of the relationships between (1) its different activities (burrowing, ventilating,walking…), (2) both bioturbation modes and rates and (3) their respective impacts on the sedimentary biogeochemical dynamics. This work shows that mud shrimp activity leads tohigh mixing and bioirrigation of the surrounding sediment matrix, thus strongly enhancing organic matter mineralisation processes and solute exchanges across the sediment-water interface. Although the influence of U. pusilla on ecological and biogeochemical processes largely depends on environmental conditions (e.g., seasonality and parasitism), altogether my results suggest that the gradual decline of its population in Arcachon bay, as a direct consequence of benthic habitat degradation, may greatly alter the overall functioning of this vulnerable marine ecosystem.

Certains symbiotes intracellulaires résident dans le cytoplasme des cellules et manipulent le système reproductif de leurs hôtes. Du fait de leur transmission maternelle, ces parasites sont sélectionnés pour optimiser la survie et la reproduction de leurs hôtes femelles. Chez les arthropodes, la bactérie Wolbachia infecte au moins 66% des espèces d’insectes mais peuvent aussi infecter des nématodes. Cette large distribution dans les populations hôtes confère à Wolbachia un potentiel important en tant que moteur d’évolution. En particulier, elle pourrait être utilisée comme vecteur transgène dans les espèces nuisibles. Mais la dynamique évolutive des infections à l’échelle des communautés est mal connue, en particulier la fréquence des transferts de parasites entre hôtes de différentes espèces et la stabilité évolutive des associations. Mon travail de thèse a porté sur la détection et dynamique des infections de Wolbachia à une échelle micro-évolutive, c’est-à-dire, dans des communautés d’arthropodes avec moins de 5 My. L’objectif de ce travail était à la fois la caractérisation des communautés géographiques d’arthropodes et celle des infections par Wolbachia de ces communautés. Nous avons également examiné l’existence de transferts horizontaux récents de ces symbiotes entre des taxa distantes ainsi que les routes écologiques potentielles pour ces transmissions / Sexual parasites are intracellular symbionts capable of manipulating the reproduction of their hosts. They are widespread in Arthropods where they display a wide range of reproductive manipulations; these can be potentially involved in the evolution of mating systems, speciation, gene acquisition and sex determination. In particular, Wolbachia is thought to infect more than 66% of insect species and is also found in nematodes. However, little is known about the dynamics of Wolbachia infections at the community level. Although at the intra-population level, invasion dynamics have been extensively studied, the same is not true at the community level where the turnover of infections remains largely uncharacterised. The question of how often are new infections acquired through horizontal transfers between distantly related hosts remains also open. Moreover, as Wolbachia is seen as a good candidate for a transgenic vector against pests, understanding its dynamic at the community level is crucial. We proposed to address them by performing an exhaustive characterisation of sexual parasites in simplified systems, using the opportunity offered by small arthropod communities in isolated islands