Os vinhedos estão entre as formas mais intensivas de plantio e a diversidade de leveduras associadas a estes vinhedos ainda não foram caracterizadas e, informações concernentes à ecologia e diversidade ainda é limitada. Neste contexto, o trabalho tem como objetivo estudar a diversidade e riqueza de leveduras associadas a regiões produtoras de vinho, selecionar linhagens do gênero Saccharomyces com fenótipos desejáveis para vinificação. As leveduras foram isoladas de três vinhedos localizados em Pinheiro Preto, Serra do Marari e Campos Novos no sul do Brasil. Em Pinheiro Preto, o mais antigo, foi coletado 20 pontos localizados nos vinhedos e na cantina para um estudo transversal, nos outros dois vinhedos foram coletados cachos de uvas. Após o isolamento em meio enriquecido (YPD), foram incubados por 48 horas a 28°C. Foi utilizado um procedimento de triagem consistindo de agrupamento de leveduras com o mesmo perfil obtido com (GTG)5 MSP-PCR fingerprinting, seguido de identificação por sequenciamento do domínio D1/D2 (LSU rDNA) ou região ITS1-5.8S-ITS2 de um ou alguns representantes selecionados de cada grupo de leveduras, porém espécies não relacionadas foram agrupados em um mesmo grupo. Resultando em sensibilidade alta e especificidade baixa de (GTG)5 MSP-PCR fingerprinting. Para análise da biodiversidade e riqueza de espécies foram sequenciados 106 linhagens identificadas em 22 espécies. Os índices de estimativas de riqueza aplicados variaram entre as espécies para cada vinhedo (ICE1, ACE, Jackknife 2, Bootstrap, p<0,001). A comparação da diversidade taxonômica de leveduras provenientes destas regiões usando o índice Recíproco de Simpson apresentou diferença significativa entre os vinhedos de Serra do Marari e Campos Novos (5,72±1,18 e 2,92±0,36, p<0,0001). Em geral, observamos que os vinhedos diferenciaram entre si para os índices avaliados (FAD2, FDc e Rao p<0,0001). Foi observada uma possível dispersão de S. cerevisiae entre a cantina e o parreiral em Pinheiro Preto. Através da análise fenotípica sugere-se que os isolados 06CE, 11 CE e 33CE sejam de Saccharomyces cariocanus. Foi possível determinar 4 perfis genotípicos com o primer EI1. De acordo com o perfil de compostos voláteis produzidos foi possível agrupar as linhagens. Os vinhedos apresentaram uma biodiversidade de leveduras, demonstrando ser um ambiente para o isolamento de linhagens do gênero de Saccharomyces de interesse industrial e enológico. / The vineyards are among the most intensive forms of crop and the diversity of yeasts associated with vineyards have not yet been characterized, and information concerning the ecology and diversity is restricted. In this context, the work aims to study the diversity and richness of yeasts associated with wine-producing regions, select Saccharomyces strains with desirable phenotypes for winemaking. The yeasts were isolated from three vineyards located in Pinheiro Preto, Serra do Marari and Campos Novos in southern Brazil. Samples were collected from 20 sites located in the vineyards. In Pinheiro Preto cross evaluation since it is the oldest of the vineyards studied, were collected 20 points located in the vineyards and in the winery, the other two vineyards were collected bunches of grapes. After isolation in YPD enrichment medium were incubated for 48 hours at 28 °C. We used a screening procedure group consisting of yeast with the same profile obtained (GTG)5 MSP-PCR fingerprinting, followed by sequencing to identify the D1/D2 domain (LSU rDNA) or ITS1-5.8S-ITS2 region of one or some selected representatives from each group of yeasts, but unrelated species were clustered into one group. For analysis of biodiversity and species richness were sequenced 106 strains identified in 22 species. The estimated species richness applied varied between species for each vineyard (ICE1, ACE, Jackknife 2, Bootstrap, p <0.001). A comparison of the taxonomic diversity of the yeasts from these regions using the reciprocal Simpson index showed a significant difference between the Serra do Marari and Campos Novos vineyards (5.72 ± 0.36 and 2.92 ± 0.36, p <0.0001). The possible spreading of Saccharomyces cerevisiae from the winery to the vineyard in Pinheiro Preto was observed. By phenotypic analysis suggests that the isolated 06CE, 33CE and 11CE is Saccharomyces cariocanus. Was determined 4 genotypic patterns using primer EI1.By the determination of the volatile profile was possible to group the strains of Saccharomyces. The vineyards showed a biodiversity yeast, demonstrating to be an environment for the isolation of the strains Saccharomyces of industrial interest oenological.

Os vinhedos estão entre as formas mais intensivas de plantio e a diversidade de leveduras associadas a estes vinhedos ainda não foram caracterizadas e, informações concernentes à ecologia e diversidade ainda é limitada. Neste contexto, o trabalho tem como objetivo estudar a diversidade e riqueza de leveduras associadas a regiões produtoras de vinho, selecionar linhagens do gênero Saccharomyces com fenótipos desejáveis para vinificação. As leveduras foram isoladas de três vinhedos localizados em Pinheiro Preto, Serra do Marari e Campos Novos no sul do Brasil. Em Pinheiro Preto, o mais antigo, foi coletado 20 pontos localizados nos vinhedos e na cantina para um estudo transversal, nos outros dois vinhedos foram coletados cachos de uvas. Após o isolamento em meio enriquecido (YPD), foram incubados por 48 horas a 28°C. Foi utilizado um procedimento de triagem consistindo de agrupamento de leveduras com o mesmo perfil obtido com (GTG)5 MSP-PCR fingerprinting, seguido de identificação por sequenciamento do domínio D1/D2 (LSU rDNA) ou região ITS1-5.8S-ITS2 de um ou alguns representantes selecionados de cada grupo de leveduras, porém espécies não relacionadas foram agrupados em um mesmo grupo. Resultando em sensibilidade alta e especificidade baixa de (GTG)5 MSP-PCR fingerprinting. Para análise da biodiversidade e riqueza de espécies foram sequenciados 106 linhagens identificadas em 22 espécies. Os índices de estimativas de riqueza aplicados variaram entre as espécies para cada vinhedo (ICE1, ACE, Jackknife 2, Bootstrap, p<0,001). A comparação da diversidade taxonômica de leveduras provenientes destas regiões usando o índice Recíproco de Simpson apresentou diferença significativa entre os vinhedos de Serra do Marari e Campos Novos (5,72±1,18 e 2,92±0,36, p<0,0001). Em geral, observamos que os vinhedos diferenciaram entre si para os índices avaliados (FAD2, FDc e Rao p<0,0001). Foi observada uma possível dispersão de S. cerevisiae entre a cantina e o parreiral em Pinheiro Preto. Através da análise fenotípica sugere-se que os isolados 06CE, 11 CE e 33CE sejam de Saccharomyces cariocanus. Foi possível determinar 4 perfis genotípicos com o primer EI1. De acordo com o perfil de compostos voláteis produzidos foi possível agrupar as linhagens. Os vinhedos apresentaram uma biodiversidade de leveduras, demonstrando ser um ambiente para o isolamento de linhagens do gênero de Saccharomyces de interesse industrial e enológico. / The vineyards are among the most intensive forms of crop and the diversity of yeasts associated with vineyards have not yet been characterized, and information concerning the ecology and diversity is restricted. In this context, the work aims to study the diversity and richness of yeasts associated with wine-producing regions, select Saccharomyces strains with desirable phenotypes for winemaking. The yeasts were isolated from three vineyards located in Pinheiro Preto, Serra do Marari and Campos Novos in southern Brazil. Samples were collected from 20 sites located in the vineyards. In Pinheiro Preto cross evaluation since it is the oldest of the vineyards studied, were collected 20 points located in the vineyards and in the winery, the other two vineyards were collected bunches of grapes. After isolation in YPD enrichment medium were incubated for 48 hours at 28 °C. We used a screening procedure group consisting of yeast with the same profile obtained (GTG)5 MSP-PCR fingerprinting, followed by sequencing to identify the D1/D2 domain (LSU rDNA) or ITS1-5.8S-ITS2 region of one or some selected representatives from each group of yeasts, but unrelated species were clustered into one group. For analysis of biodiversity and species richness were sequenced 106 strains identified in 22 species. The estimated species richness applied varied between species for each vineyard (ICE1, ACE, Jackknife 2, Bootstrap, p <0.001). A comparison of the taxonomic diversity of the yeasts from these regions using the reciprocal Simpson index showed a significant difference between the Serra do Marari and Campos Novos vineyards (5.72 ± 0.36 and 2.92 ± 0.36, p <0.0001). The possible spreading of Saccharomyces cerevisiae from the winery to the vineyard in Pinheiro Preto was observed. By phenotypic analysis suggests that the isolated 06CE, 33CE and 11CE is Saccharomyces cariocanus. Was determined 4 genotypic patterns using primer EI1.By the determination of the volatile profile was possible to group the strains of Saccharomyces. The vineyards showed a biodiversity yeast, demonstrating to be an environment for the isolation of the strains Saccharomyces of industrial interest oenological.

Tesis presentada como parte de los requisitos para optar al Grado de Magíster en Ciencias Agropecuarias Mención en Producción Frutícola / La tuna es una de las especies de cactus más importante económicamente a nivel mundial, debido principalmente a la posibilidad de producirla en zonas áridas y semiáridas y los variados productos que se pueden obtener de ella. Esta es originaria del Golfo de México y el Caribe (CEZA, 2007) y desde allí se ha expandido por diversas partes del mundo. Esta especie fue introducida en España por los navegantes y desde allí se distribuyó por toda la cuenca del Mediterráneo y el resto de los continentes (Kiesling, 2012). Actualmente se encuentra en forma silvestre o cultivada en el sur de España, Francia, Grecia, Italia, Turquía, Israel y Sudáfrica, extendiéndose también dentro del mismo continente Americano desde Canadá hasta Chile (Sáenz, 2006).

Los tm. vesicales superficiales constituyen un interesente grupo de estudio por su comportamiento biológico y potencial maligno dispar, junto a la problemática de la subjetividad y baja reproductibilidad del diagnóstico anatómo-patológico. Se realiza un estudio retrospectivo de 82 pacientes diagnosticados de tm. vesical superficial entre 1989-1993. Los criterios de inclusión fueron, la presencia de muesta histológica representativa con un seguimiento mínimo de 3 años y ausencia de Ca. "in situ" en las muestras.De cada paciente se realizó el estudio anatómo-patológico y análisis de ploidía del ADN por medio de citometría de imagen (Ploidy 4.1) En nuestra serie predominaron los varones, 8 pacientes fueron tm.grado I, 58 grado II y 16 grado III. Respecto al nivel de infiltración, 50 pacientes fueron pT1 y 32 pTa, predominaron los tm.>3cm, múltiples y papilares. Los tipos de ploidía obtenidos fueron, 16 diploides, 6 hiperdiploides, 23 tetraploides y 37 hipertetraploides.Se realizó un análisis univariante de los factores clásicos y citométricos y un análisis multivariante (Regresión Logística). En el estudio univariante de los factores clásicos analizados solo destacó el tamaño >3cm (p=0.046).De los parámetros morfométricos destacó el área media nuclear (AMN). Los tm. recidivados y pT1 muestran AMN superiores a los no recidivados y pTa. Los tm. GIII mostraron AMN superiores a la de los GII y I. El AMN de los tm. aneuploides fue superior a la de los tm. diplodes.En el análisis multivariante de los parámetros clásicos se seleccionaron como variables independientes, la edad, el tamaño y la multiplicidad tumoral. El análisis de los parámetros citométricos obtuvo como variables independientes, el índice de proliferación (IP) y el grado de hiperploidía (DH).Una combinación de ambos tipos de parámetros mostró como variables independientes, la edad, el IP y la multiplicidad. Estos resultados permitieron crear grupos de riesgo de recidiva. El grupo de riesgo bajo estaba constituido por pacientes con 1-2 tumores y/o IP<10%. El grupo de riesgo medio lo formaban los pacientes con mas de 2 tumores, ó IP>10%, la edad >75 años multiplica por 4 el riesgo de recidiva. El grupo de riesgo elevado lo formaban pacientes con >2 tumores, IP>10% y la edad >75 años multiplicaba por 9 la probabilidad de recidiva tumoral. / Bladder tumors are an interesting study group for it biological behaviour and malignant potencial, near to the problem that constitue the subjectivity and low reproductibilty of anatomopathological diagnostic.We performed a retrospective study with 82 patients by 1989 to 1993. All patients was a histological representative specimen without Ca. "in situ" and at least 3 years of follow-up.To each patient, we did a pathological study and a cytometric study by image cytometric analysis (Ploidy 4.1).In our study, the majoritie of patients was men, 8 patients were bladder cancer grade I, 58 grade II and 16 were grade III. Fifty patients were pT1 and 32 were pTa. More important group of tumors were tumors >3cm, papilars with multifocality. Sixteen patients were diploid, 6 were hyperdiploid, 23 tetraploid and 37 hypertetraploid.Statistical methods include a univariant analysis and logistic regression.Only tumor size showed statistical relevance in univariant study (p=0.046). Nuclear mean area (NMA) was the morfometric parameter with statistical relevance. It was greater in recurrence tumors and pT1 and I. Aneuploid tumors showed NMA higher than diploid tumors.Logistic regression selected than independent clinical parameters age, size and tumoral multifocality. Independent cytometric parameters were proliferation index (PI) and degree of hyperploidy (DH).A combination of clinical and cytometric parameters showed as independent parameters age, PI and multifocality. This results allowed to create a recurrence risk group. Low recurrence risk group were performed by patients with 1-2 tumors and PI>10%. Middle recurrence risk group were patients with more than 2 tumors and/or PI>10%, 75 years old multiply by 4 the recurrence risk. High recurrene risk group were patients with >2 tumors, PI>10% and 75 years old multiply by 9 risk recurrence.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-10-02T19:41:29Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 465555 bytes, checksum: 19772ee08d978148b2a8517139d3316d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-02T19:41:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 465555 bytes, checksum: 19772ee08d978148b2a8517139d3316d (MD5) Previous issue date: 2016-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As abelhas indígenas sem ferrão (Hymenoptera, Apidae, Meliponini) ocorrem em colônias eussociais permanentes que diferem em muitos aspectos de outras abelhas. A determinação de sexo em Meliponini e outros Hymenoptera ocorre por haplodiploidia: ovos não fecundados, haploides, desenvolvem-se em machos e ovos fecundados, consequentemente diploides, dão origem às fêmeas. Os ovos são colocados sobre o alimento, nas células de cria, que são operculadas em seguida. Na maioria das espécies, as operárias podem contribuir na produção da colônia, colocando ovos haploides que darão origem a machos. Em Scaptotrigona, geralmente os ovos reprodutivos de operárias são colocados ao lado dos ovos da rainha, o que resulta em canibalismo entre larvas. Esse fenômeno, também chamado de larvofagia obrigatória, resulta em um macho filho da operária. Já os ovos tróficos não são viáveis e são colocados na margem da célula, servindo de alimento para a rainha. Ovos reprodutivos de operárias de S. postica são maiores que os da rainha, e seu tamanho pode variar entre as colônias, assim como os ovos de rainha. O objetivo deste trabalho foi estudar alguns aspectos dos ovos de rainhas e operárias em S. postica e S. xanthotricha, como morfometria e ploidia dos ovos e ocorrência de canibalismo entre as larvas. Seis colônias foram utilizadas, três de S. postica (em São Luís – MA) e três de S. xanthotricha (em Viçosa – MG). Nas colônias de S. postica, comparou-se o tamanho dos ovos de rainhas e operárias e correlacionou-se o tamanho dos ovos da rainha com a precipitação pluviométrica total, enquanto que em S. xanthotricha, os ovos de rainhas e operárias foram comparados e separados para desenvolvimento e posterior sexagem da larva. A variação do tamanho do ovo da rainha de S. postica se deu conforme a taxa de precipitação em todas as três colônias, mesmo que estas apresentassem médias diferentes, provavelmente devido à disponibilidade de alimento que varia conforme as estações. Já em S. xanthotricha, o estudo confirmou a diferença de tamanho entre ovos de rainhas e operárias e a ocorrência de larvofagia, e também revelou uma maior frequência de ovos haploides de rainha acompanhando os ovos de operárias. Este trabalho lança novos olhares sobre o que rege o tamanho dos ovos de rainhas e operárias, além de trazer uma nova informação sobre os padrões de canibalismo. / The stingless bees (Hymenoptera, Apidae, Meliponini) occur in eusocial permanent colonies, differing from other bees in several aspects. The sex determination in Meliponini and other Hymenoptera take place by the haplodiploidy system: non-fertilized eggs, haploids, develop into drones and fertile, diploid eggs, give rise to females. The eggs are placed on food in brood cells, which are then operculated. In most species, the workers can contribute to the production of the colony, laying eggs that give rise to haploid males. In Scaptotrigona usually workers’ reproductive eggs are placed next to queen eggs, which results in cannibalism among larvae. This phenomenon, also called mandatory larvofagia results in a drone, workers’ son. Trophic eggs are not viable and are placed at the edge of the cell, serving as food for the queen. Reproductive eggs from workers of Scaptotrigona postica are larger than the queen’s eggs, and their size can vary between colonies, as well as the queen's eggs. The objective of this study was to learn some aspects of the eggs of queens and workers in S. Postica and S. xanthotricha such as morphology, ploidy and the occurrence of cannibalism. Six colonies were used: three of S. Postica (in Sao Luis - MA) and three of S. xanthotricha (in Viçosa - MG). In the colonies of S. Postica, the size of queens and workers’ eggs were compared and the size of the queen’s eggs were correlated with rain precipitation, while in S. xanthotricha, eggs queens and workers were compared and separated for development and subsequent sexing larvae. The queen’s egg size variation in S. postica occurred according the amount of precipitation in all three colonies, even though they presented different averages, probably due to the availability of food which varies according to seasons. In S. xanthotricha, the study confirmed the size difference between eggs from queens and workers and the occurrence of larvophagy, and also revealed a haploid trend in queen’s eggs, which are accompanied by workers’ eggs. This work sheds new insights about what governs the size of the eggs of queens and workers, and bring new information about the cannibalism standards. / Não consta coorientadores.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-04-26T19:16:12Z No. of bitstreams: 1 DiegoGomesTeixeira_DISSERT.pdf: 3901094 bytes, checksum: 8c230a0e1503d41ddbfe3f8758b2dbce (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-04-28T21:48:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DiegoGomesTeixeira_DISSERT.pdf: 3901094 bytes, checksum: 8c230a0e1503d41ddbfe3f8758b2dbce (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-28T21:48:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DiegoGomesTeixeira_DISSERT.pdf: 3901094 bytes, checksum: 8c230a0e1503d41ddbfe3f8758b2dbce (MD5) Previous issue date: 2015-07-02 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / A Leishmaniose ? uma doen?a infecciosa que at? o momento n?o possui uma vacina capaz de eliminar o parasita do hospedeiro, sendo tratada apenas por meio de drogas pouco eficientes e de alto custo. Essa doen?a normalmente se apresenta formando ulcera??es na pele, mucosas e v?sceras. Os pa?ses mais atingidos por esse parasita encontram-se nas regi?es tropicais do planeta, e afeta aproximadamente dois milh?es de pessoas a cada ano. Acredita-se que no continente americano a esp?cie Leishmania infantum tenha sido introduzida pelos imigrantes durante o processo de coloniza??o dos pa?ses da Am?rica Central e do Sul. Nas ?ltimas d?cadas, estudos v?m mostrando que a expans?o urbana associada com o fluxo de pessoas para regi?es muito povoadas est?o contribuindo para uma expans?o no n?mero de reservat?rios para o parasita, influenciando uma maior varia??o de suas caracter?sticas g?nicas. Tais varia??es gen?ticas v?m sendo associadas ao perfil sintomatol?gico dos parasitas em seus hospedeiros, principalmente humanos. No estado do Rio Grande do Norte, Brasil, foram isolados e sequenciados o genoma de 20 cepas de L. infantum as quais apresentaram diferentes padr?es sintomatol?gicos (sintom?tico e assintom?tico) e com diferentes per?odos de isolamento, 5 na d?cada de 1990 e 15 nos anos recentes. Apesar dos diferentes padr?es cl?nicos o genoma dos isolados apresentaram alto grau de identidade entre si, at? mesmo os isolados da d?cada de 90 quando comparados com os recentes. Entretanto, as poucas varia??es foram suficientes para a identifica??o de padr?es de agrupamentos dos isolados por meio de an?lises de componentes principais, mostrando que os isolados dos anos recentes se encontram mais homog?neos na popula??o. An?lises de reconstru??o filogen?tica utilizando m?todos Bayesianos foram realizadas e observou-se a manuten??o nos padr?es de agrupamento j? vistos nos resultados anteriores, al?m disso foi gerado um expanded bayesian skyline plot por onde foi poss?vel constatar o crescimento da popula??o gen?mica de L. infantum quando comparado com a d?cada de 1990. Foram observadas altera??es no n?mero de c?pias cromoss?micas em todos os isolados, entretanto apenas o cromossomo 31 se apresentou como exclusivamente triss?mico. O presente trabalho apresenta ind?cios de padr?es nos genomas de isolados de L. infantum relacionando-os ?s caracter?sticas cl?nicas dos hospedeiros. / Leishmaniasis is a complex of diseases with no preventable or therapeutic vaccine available. There is only a small set of drugs for treatment of these diseases, which evolve with distinct clinical outcomes from skin ulcers, to mucosal involvement or visceralization. The type of clinical presentation usually is associated with the infecting species of Leishmania. Leishmania infantum is the visceralizing species, causing visceral leishmaniasis, in Latin America, Europe and northern Africa and was introduced in the Americas by Europeans during colonization. Visceral leishmaniasis used to be a sporadic disease found in rural areas Northeast of Brazil, however with urbanization, outbreaks have been reported in periurban areas of major cities. L. infantum infection can evolve with control of the parasite without apparent clinical symptoms, with only a minority developing symptomatic disease. The reasons why one evolve with selfresolution and others develop full blown disease is not entirely understood, but seems to include host genetic susceptibility, comorbidity, sand fly exposure and potentially genetic variation in the infecting Leishmania species. Our ongoing study, have shown structural genome variations in several clinical Leishmania isolates obtained from people infected in the State of Rio Grande do Norte. Despite the different clinical patterns, the isolates? genomes showed a high identity degree to each other, even the ones isolated from the 90 compared with the latest. However, the few found changes were sufficient for the isolation of the distinct groups by a principal component analysis, showing that the isolates from more recent years are more homogeneous among the population. Phylogenetic analyzes using Bayesian reconstruction methods have been made and supported the grouping patterns already seen in the foregoing results. Moreover by an Expanded Bayesian Skyline Plot it was possible to observe the growth of the genomic population of L. infantum compared with the 1990s. Changes were observed in the number of chromosome copies in all strains, but only chromosome 31 is presented as exclusively trisomic. This work presents evidence on patterns of L. infantum isolated genomes relating them to clinical characteristics of their hosts.

Submitted by Ramon Santana (ramon.souza@ufpe.br) on 2015-03-10T17:05:17Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) TESE Albert Eduardo Silva Martins.pdf: 1520089 bytes, checksum: 6f85e6e88a6376e89af5aebd3d4d29fb (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-10T17:05:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) TESE Albert Eduardo Silva Martins.pdf: 1520089 bytes, checksum: 6f85e6e88a6376e89af5aebd3d4d29fb (MD5) Previous issue date: 2013-10-30 / Pacientes HIV-positivo possuem uma maior prevalência de co-infecção por HPV de alto risco oncogênico. A presença viral favorece a progressão de lesões escamosas intra-epiteliais e podem induzir ao câncer. O objetivo do presente estudo foi avaliar a prevalência, distribuição dos tipos virais e fatores de risco para a infecção pelo HPV em pacientes infectados por HIV. Amostras cervicais de 450 mulheres infectadas pelo HIV foram analisadas quanto à citologia oncótica, colposcopia, presença e tipagem de HPV através de PCR e sequenciamento utilizando os iniciadores MY09 e MY11. Os resultados foram analisados comparando dados demográficos, e outros relacionados com a infecção pelo HPV e HIV. A prevalência de HPV foi de 47,5%. Das amostras positivas para o HPV, 59% albergavam tipos de alto risco oncogênico. Análise multivariada confirmou a associação da infecção pelo HPV com a presença de alterações à citologia (p=0,003), idade maior ou igual a 35 anos (p=0,002); número de parceiros maior que três (p=0,002); contagem de linfócitos T CD4+ < 200/mm3 (p=0,041), e etilismo (p=0,004). Apesar da presença de HPV de alto risco na maioria das lesões estudadas, a baixa freqüência de HPV 16 (3,3%) e o estado imunológico preservado na maioria das pacientes HIV-positivas, são fatores que podem explicar a baixa ocorrência de lesões cervicais pré-cancerosas nessa população. A persistência da infecção cervical por tipos de alto risco oncogênicos de papiloma vírus humano (HPV) pode levar a neoplasisas intra-epitliais cervicais (NIC). O objetivo do presente estudo foi o de avaliar, em mulheres infectadas pelo HIV, se a presença de aneuploidia em amostras de células cervicais está associda à presença e à evolução de NIC. O presente estudo constou de 2 etapas. Na primeira etapa, correspondendo a um corte transversal , analisou-se a associação entre a presença de aneuloidia por citometria de fluxo e características sócio-demográficas, hábitos e características ligadas à infecção pelo HPV e HIV. Na segunda etapa, correspondendo a uma coorte, verificou-se se a aneuploidia era preditiva da evolução da NIC. Não observou-se associação entre a presença de aneuploidia e a infecção por HPV, nem com alterações à citologia oncótica. Por outro lado, a aneuploidia esteve associada à presença de NIC (p=0,03?) no exame histológico e ao não uso de TARV (p=0,001). A maioria das mulheres infectadas por HIV (234/272) apresentaram contagem de linfócito T CD4+ normal (acima de 350células /mm3) e mostraram uma maior taxa de regressão (77,5%) da aneuploidia comparadas à taxa de progressão (23,9%) em até dois anos de seguimento. Embora tenha sido encontrada uma associação entre a presença da lesão tecidual cervical e o índice de DNA, este não foi preditivo da evolução da lesão cervical, sugerindo que a progressão da lesão cervical para o câncer em mulheres HIV-positivas também pode ser alterada pela melhoria do estado imunológico propiciado pelo uso de terapia anti-retrovirial (TARV).

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 881362 bytes, checksum: 0e498263c87a06e3c091110afa80ddfe (MD5) Previous issue date: 2012-07-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Tissue culture techniques are often associated with the occurrence of somaclonal variation, characterized by a genetic/epigenetic alteration found in cells, embryos, organs or in vitro grown plants, due to stress conditions imposed by the system. The propagation process involving the calogenesis step has a higher susceptibility to variation, because of many cell divisions. Calli are disorganized cell masses, whose cells divide at different rates depending on where they are located in relation to the culture medium, therefore, they are not considered homogeneous materials. Flow cytometry is a tool that has been used to evaluate the competence of somatic embryogenesis in callus, both to identify the different types as possible and to detect early changes in DNA content of their cells. However, there are no reports in the literature of the flow cytometry use to determine the existence of heterogeneity in relation to the DNA content in callus. In this perspective, the present work adapted this methodology for friable Passiflora cincinnata calli in order to verify the existence of vertically regionalized heterogeneity in relation to DNA ploidy level, and relate it to factors inductors of somaclonal variation, such as cultivation time and subculture numbers. Initially, P. cincinnata cotyledonary leaves were inoculated onto semi-solid medium containing 2, 4-D and BA, for friable embryogenic callus induction. The calli were multiplied and subcultured at different times, thus generating three callus types: new, intermediate and old. Twenty calli of each type were subjected to sagittal cuts resulting two layers (I, II) in new calli, and three layers (I, II and III) in intermediate and old calli, totalizing 160 layers, which were analyzed by flow cytometry. Six different DNA ploidy levels and multiploidies were detected in the layers. In new calli, 25% were heterogeneous, i.e. at least one callus layer showed different DNA ploidy level from the others, differently from intermediate and old calli, which 75% and 63% were heterogeneous, respectively. The homogeneous new calli were predominantly diploid. The highest DNA ploidy levels were observed in the layers in contact with the culture medium on intermediate calli, and 4C and 4C/8C cells were more evident in older calli. These observations suggest that the appearance of new DNA ploidy levels between the layers and between the different callus types is related to the exposure time to the medium containing relatively high concentration of 2,4-D. It was also possible to verify that the layer in contact with the culture medium is more proliferative when compared the percentages of the G2 peaks in homogeneous diploid calli. The heterogeneity in DNA ploidy level between the layers was observed, and it implies that parts of a callus cannot infer about a whole callus. This work suggests that time influences the appearance of different DNA ploidy levels in calli induced in vitro. / Técnicas de cultura de tecidos estão frequentemente associadas com a ocorrência de variação somaclonal, caracterizada pela alteração genética e/ou epigenética encontrada em células, embriões, órgãos ou plantas cultivadas in vitro, em decorrência das condições de estresse impostas pelo sistema. O processo de propagação que envolve a etapa de calogênese apresenta maior susceptibilidade à ocorrência de variação, em função das inúmeras divisões celulares. Calos são massas celulares não organizadas, cujas células se dividem a diferentes velocidades dependendo de onde se localizam em relação ao meio de cultura; portanto, não são considerados materiais homogêneos. A citometria de fluxo é uma ferramenta que tem sido utilizada para avaliar a competência da embriogênese somática em calos, tanto para identificar seus diferentes tipos quanto para detectar precocemente possíveis alterações no conteúdo de DNA de suas células. No entanto, não há relatos na literatura da utilização da citometria de fluxo para verificar a existência da heterogeneidade quanto ao conteúdo de DNA em calos. Nesta perspectiva, o presente trabalho adaptou essa metodologia para calos friáveis de Passiflora cincinnata, a fim de verificar a existência de heterogeneidade verticalmente regionalizada, em relação à ploidia de DNA, e relacioná-la com fatores de indução de variação somaclonal, como tempo de cultivo e número de subcultivos. Inicialmente, folhas cotiledonares de P. cincinnata foram inoculadas em meio semissólido contendo 2,4-D e BA, para indução de calos embriogênicos friáveis. Os calos foram multiplicados e subcultivados em diferentes tempos, gerando, assim, três tipos de calos, denominados como novos, intermediários e velhos. Vinte calos de cada tipo foram submetidos a cortes sagitais que resultaram duas camadas (I e II) em calos novos, e três camadas (I, II e III) em calos intermediários e velhos, totalizando 160 amostras que foram analisadas por citometria de fluxo. Seis diferentes ploidias de DNA e multiploidias foram detectadas nas camadas. Em calos novos, 25% deles foram heterogêneos, ou seja, pelo menos uma camada apresentou nível de ploidia de DNA diferente das demais, diferentemente dos calos intermediários e velhos, os quais 75% e 63% foram heterogêneos, respectivamente. Os calos novos homogêneos foram predominantemente diploides. As ploidias de DNA mais altas foram observadas nas camadas em contato com o meio de cultura em calos intermediários, e células 4C e 4C/8C foram mais evidentes em calos velhos. Essas observações sugerem que o surgimento de novos níveis de ploidia entre as camadas e entre os calos de diferentes tipos está relacionado com o tempo de exposição ao meio contendo concentração relativamente alta de 2,4-D. Foi possível, também, verificar que a camada em contato com o meio é mais proliferativa quando se comparou os percentuais dos picos G2 de calos diploides homogêneos. A heterogeneidade quanto ao nível de ploidia de DNA entre as camadas foi constatada e isto implica que partes de um calo não podem inferir sobre um calo inteiro. Esse trabalho sugere que o tempo influenciou o surgimento de diferentes ploidias de DNA em calos induzidos in vitro.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1076965 bytes, checksum: 39f371186cedd4587ea0ad27b341a26b (MD5) Previous issue date: 2012-07-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The anther culture has been applied in tomato as an attempt to induce callogenesis followed by regeneration of haploid and doubled haploid plants. By this technique, homozygous lines can be obtained, which has been considered relevant to breeding programs and molecular techniques. The androgenetic response can be influenced by several factors, especially the development stage of microsporogenesis. In this perspective, this study adapted a protocol by associating of flow cytometry and cytogenetic techniques in order to relate the development stages of microsporogenesis in tomato anthers to their size, aiming to select anthers profiles to be inoculated into culture medium. After a flow cytometry protocol was adapted for calli obtained in vitro, in order to monitor the DNA ploidy level. The nuclear suspensions analyzed by flow cytometry were obtained from digestion of anther cells and further homogenization using a mini mixer. The histograms showed low CV s, being considered suitable for cytometric analysis. Thus, anthers small (0.5 0.7 mm), showing cells in interphase/prophase I, exhibited a histogram profile similar to that observed in diploid leaf, and anthers large (1.6 1.9 mm), containing tetrad and microspores, showed an haploid peak and a G2 peak enlarged due to the presence of tetrads. From these analyzes, anthers of flower buds 1 5 mm, with size corresponding to those analyzed by flow cytometry and cytogenetics (0.5 1.9 mm), were inoculated in the callogenesis induction medium, to identify the phases more responsive to the condition in vitro. The basal MS medium supplemented with 2 mg L-1 AIA and 1 mg L-1 2 ip, induced 21.7% of callogenesis, and the highest percentage of calli was obtained from anthers of flower buds 2.0 3.9 mm, corresponding to the phases prophase I to anaphase II. The calli were analyzed by flow cytometry to identify the DNA ploidy. The chopping performed on calli afforded the nuclei isolation, and histograms with CV s considered suitable were obtained. The cytometric analysis revealed that the all calli were multiploids, each of which presented one of five classes of DNA ploidy levels, namely: 2C-4C-8C-16C; 2C-4C-8C-16C-32C; 4C-8C; 4C-8C-16C; 8C-16C-32C. A total of 44.4% of calli analyzed showed five levels of DNA ploidy. A statistical test of interaction showed that the size of flower buds had no effect on polyploidization occurred in the calli. These data evidence the somaclonal variation occurrence, which, probably, results from the interaction of genotype with growth regulators added to the induction medium. / A cultura de anteras tem sido aplicada em tomate como tentativa à indução de calogênese seguida da regeneração de plantas haplóides e duplo-haplóides. Por meio desta técnica, linhas homozigóticas podem ser obtidas, o que tem sido considerado relevante para programas de melhoramento e técnicas moleculares. A resposta androgenética pode ser influenciada por diversos fatores, destacando-se, dentre eles, o estádio de desenvolvimento da microsporogênese. Nesta perspectiva, este estudo adaptou um protocolo associando técnicas de citometria de fluxo e citogenética para relacionar as fases de desenvolvimento da microsporogênese em anteras de tomate com o tamanho das mesmas. O objetivo desta associação foi selecionar perfis de anteras a serem inoculadas em meio de cultura. Posteriormente, adaptou-se um protocolo de citometria de fluxo para os calos obtidos in vitro, a fim de monitorar o nível de ploidia de DNA. As suspensões nucleares analisadas pela citometria de fluxo foram obtidas com digestão das anteras e posterior homogeneização das células usando um mini mixer. Os histogramas obtidos mostraram baixos CV s, sendo considerados adequados para a análise citométrica. Dessa forma, anteras pequenas (0,5 0,7 mm), na fase de intérfase/prófase I, apresentaram um perfil de histograma semelhante ao observado em folha diplóide, e anteras grandes (1,6 1,9 mm) na fase de tétrades e micrósporos apresentaram um pico haplóide e um aumento em G2 em função da presença de tétrades. A partir destas análises, as anteras de botões florais de 1 5 mm, com tamanho correspondente aos daquelas analisadas por citometria de fluxo e citogenética (0,5 1,9 mm) foram inoculadas em meio de indução de calogênese, visando identificar as fases mais responsivas a esta condição in vitro. O meio MS basal, suplementado com 2 mg L-1 de AIA e 1 mg L-1 de 2 ip, induziu 21,7% de calogênese, e o maior percentual de calos foi obtido a partir de anteras de botões florais com 2,0 3,9 mm, correspondendo às fases prófase I a anáfase II. Os calos foram analisados pela citometria de fluxo a fim de identificar a ploidia de DNA. O chopping realizado nos calos proporcionou o isolamento dos núcleos, e histogramas com CV s considerados adequados foram obtidos. A análise citométrica evidenciou que todos os calos eram multiplóides, sendo que cada um apresentou uma das cinco classes de níveis de ploidia de DNA, a saber: 2C-4C-8C-16C; 2C-4C-8C-16C-32C; 4C-8C; 4C-8C-16C; 8C-16C-32C. Um total de 44,4% dos calos analisados apresentaram cinco níveis de ploidia de DNA. Um teste estatístico de interação mostrou que o tamanho dos botões florais não influenciou na poliploidização ocorrida nos calos. Estes dados evidenciam a ocorrência de variação somaclonal que, provavelmente, é resultado da interação do genótipo com os reguladores de crescimento acrescidos ao meio de indução.

Introdução O diagnóstico de derrame pleural maligno (DPM) se baseia no achado de células tumorais no líquido ou no tecido pleural. Resultados falsos positivos ou falsos negativos influenciam na escolha da melhor conduta terapêutica a ser tomada, além de alterar substancialmente o prognóstico desses pacientes. A sensibilidade do exame citológico é geralmente inferior a 70%, motivo pelo qual, métodos complementares são frequentemente associados. Fatores como tipo histológico, sítio primário e grau de invasibilidade do tumor são os principais responsáveis por esta variação. Dentre os exames complementares propostos, destacam-se a dosagem de marcadores tumorais no líquido pleural (LP), as técnicas citoquímicas, imunocitoquímicas e de marcadores de proliferação celular em células do LP, a análise da ploidia de DNA por citometria de fluxo (CF) ou estática (CE) e, mais recentemente, as técnicas de citogenética e de biologia molecular, como a técnica de hibridação in situ por fluorescência (FISH) e a técnica de amplificação multiplex por sondas ligação - dependentes (MLPA) estas, capazes de detectar alterações em regiões gênicas consideradas \"alvo\" para o desfecho neoplásico. Objetivos 1) Padronizar as técnicas de DNA ploidia, FISH e MLPA em amostras frescas de líquido pleural; 2) Testar a eficiência diagnóstica dos métodos da DNA ploidia e da FISH no diagnóstico de derrame pleural maligno e 3) Avaliar alterações no número de cópias no gene EGFR em metástases pleurais utilizando a técnica de MLPA. Métodos Foram incluídos 200 pacientes adultos portadores de derrame pleural (DP) com indicação de toracocentese. O diagnóstico histológico foi o padrão ouro para malignidade. Características clínicas, radiológicas, histológicas e de seguimento clínico foram considerados para a exclusão de malignidade, de maneira que 130 casos foram classificados como malignos e 70 como benignos. As 200 amostras de LP foram submetidas ao exame citológico e à FISH utilizando sondas centroméricas para os cromossomos 11 e 17. A análise da ploidia de DNA por CF foi realizada em 45 casos de DP e a MLPA com o kit do gene do receptor do fator de crescimento epidérmico (EGFR) em 50 casos. Resultados A análise da ploidia de DNA por CF apresentou sensibilidade inferior ao exame citológico, com especificidade próxima (57,0%vs 96,2%; 70,0% vs 66,7%, respectivamente). A FISH isoladamente apresentou sensibilidade de 98,5% e especificidade de 98,6% e de 98,0% e 99,% quando associada ao exame citológico, com apenas um caso falso positivo e dois casos falsos negativos. A técnica de MLPA, padronizada para LP, demonstrou alterações na sequência do gene do EGFR em 28,2% dos casos malignos. Nenhuma amostra de líquido pleural dos casos benignos (controle) apresentou alteração no número de cópias e/ou rearranjos estruturais. Conclusão A análise citogenética de amostras frescas de líquido pleural por FISH é um valioso complemento ao exame citológico no diagnóstico de derrame pleural maligno, particularmente nos casos em que o resultado da citologia oncótica é inconclusiva / Introduction The diagnosis of malignant pleural effusion (MPE) is based on the finding of tumor cells in the pleural fluid or tissue. False positive or false negative results influence the choice of the best therapeutic approach to be used with these patients and substantially change their prognosis. The sensitivity of the cytology is generally lesser than 70%, for which complementary methods are often associated. Factors such as tumor histological type, staging, primary site and potential of invasiveness are responsible for this variation. Among the proposed ancillary tests, we highlight the dosage of tumor markers in pleural fluid (PF), the cytochemical and immunocytochemical techniques, including markers of cell proliferation, DNA ploidy analysis by flow cytometry (FC) or static cytometry (EC) and more recently, the cytogenetics and molecular techniques, as the fluorescence in situ hybridization (FISH) and the multiplex ligation - dependent probe amplification (MLPA), capable of detecting changes in gene regions considered \"target\" for the neoplastic outcome. Objectives 1) To standardize the techniques of DNA ploidy, FISH and MLPA in fresh samples of pleural fluid; 2) To test the diagnosis efficiency of DNA ploidy and FISH in the diagnosis of malignant pleural effusion and 3) To evaluate changes in the copy number of the EGFR gene by using the MLPA technique in cases of pleural metastases. Methods We included 200 adult patients with pleural effusion and clinical indication for thoracentesis. The histological diagnosis was considered the gold standard for malignancy. Clinical follow-up, radiological and histological characteristics were considered for exclusion of malignancy, which ranked de cases as 130 malignant effusions and 70 as benign ones. All cases were submitted to cytology and FISH using centromeric probes for the chromosomes 11 and 17. Analysis of DNA ploidy by FC was performed in 45 cases and the MLPA for epidermal growth factor receptor (EGFR) gene in 50 cases. Results DNA ploidy analysis showed less sensitivity than PF cytology, with similar specificity (57.0% vs 96.2% and 70.0% vs 66.7%, respectively). FISH alone had a sensitivity of 98.5% and specificity of 98.6%, and of 98.0% and 99% when associated with cytology. Only one false positive and two false negative cases were observed. The MLPA technique, standardized for PF, showed changes in the EGFR gene in 28.2% of the malignant cases. No samples of pleural fluid from benign cases (control) showed changes in copy number and/or structural rearrangements. Conclusion The cytogenetic analysis of fresh pleural fluid samples by FISH seems to be a valuable method to be associated to cytology in the diagnosis of malignant pleural effusion, particularly in cases of inconclusive cytological results