The Major Histocompatibility Complex class II B (MHC II B) gene encodes a protein that is part of the adaptive immune system and critical for the non-self recognition ability of immune cells. This gene has been characterized in the Bald Eagle, ten unique alleles were found in two subpopulations at the geographic extremes of the range margins. Geographic genetic variation is suggested by the presence of population specific alleles. The results showed considerable divergence of groups of Bald Eagle alleles when compared to alleles from other birds of prey. Particular codons within the exon II show signs of balancing selection driving the evolution of the MHC II B. Transcription data showed statistically significant differential expression of alleles. This can be interpreted as meaning a particular locus is being preferentially expressed in blood. The analysis of the polymorphism of this adaptive marker may aid managers of wildlife during this age of global climate change and the biodiversity crisis. / by Andrew Smith. / Thesis (M.S.)--Florida Atlantic University, 2010. / Includes bibliography. / Electronic reproduction. Boca Raton, Fla., 2010. Mode of access: World Wide Web.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-06-30Bitstream added on 2014-06-13T21:01:41Z : No. of bitstreams: 1 paneto_gg_dr_arafcf_parcial.pdf: 173215 bytes, checksum: 2ba141316e57f525b9ed10acf6c7e979 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A identificação humana por meio da análise de DNA utiliza o perfil genético de um indivíduo baseado na combinação de diversos marcadores que são herdados de seus progenitores. Estes marcadores são geralmente diferenças nas sequências de DNA nuclear entre os indivíduos (polimorfismos). Em alguns casos, entretanto, a análise do DNA nuclear não pode ser aplicada. Isso ocorre quando o DNA da amostra apresenta-se degradado ou em casos onde o material biológico não apresenta o DNA nuclear. Nestes casos, a análise do DNA mitocondrial (DNA mt) é o método de escolha. Entretanto, em um mesmo indivíduo podem existir populações de DNA mt diferentes, fenômeno denominado heteroplasmia. Este trabalho teve como objetivo o estudo de polimorfismos presentes no DNA mt de indivíduos residentes na Grande São Paulo para aplicação na Identificação Humana. Para isso, foi sequenciada toda a região hipervariável do DNA mt de 160 indivíduos. Além disso, o SNP 3010 foi analisado por discriminação alélica (PCR em tempo real) para estudo do aumento do poder discriminatório quando os indivíduos não puderam ser diferenciados pela análise da região hipervariável. Foi desenvolvido, também, uma reação de SNaPshot em multiplex contendo 42 SNPs que permitiram a classificação das amostras em haplogrupos do DNA mt. Por fim, foram analisadas 100 amostras de cabelo dos mesmos indivíduos para o estudo da frequência de heteroplasmia na região HV3 do DNA mt. De um total de 160 amostras, 144 haplótipos diferentes foram encontrados quando analisamos toda a região hipervariável do DNA mt; 131 haplótipos foram únicos. O SNP 3010 foi suficientemente discriminatório para conseguir distinguir indivíduos que apresentavam o mesmo haplótipo em dois dos treze casos que apresentavam mais de um indivíduo com o mesmo haplótipo / The human identification by DNA analysis uses the genetic profile of an individual based on the combination of diverse markers that are inherited of its ancestors. These markers are generally differences in sequences of nuclear DNA between individuals (polymorphisms). In some cases, however, the analysis of the nuclear DNA cannot be applied. It occurs when the DNA sample is degraded or in cases which the biological material does not content nuclear DNA. In these cases, the mitochondrial DNA (mtDNA) analysis is the choice method. However, inside one individual can exist different mtDNA populations, phenomenon called heteroplasmy. The aim of this work was to study mtDNA polymorphisms in individuals residents in São Paulo metropolitan area for application in Human Identification. For this, we have sequenced the entire hypervariable region of mtDNA for 160 individuals. Furthermore, the SNP 3010 was analyzed by allelic discrimination (Real-Time PCR) to study the increase of the discriminatory power when individuals could not be differentiated by analysis of the hypervariable region. It was developed also, a SNaPshot multiplex reaction containing 42 SNPs that allowed the classification of samples in mtDNA haplogroups. Finally, 100 hair samples, from the same individuals, were analyzed for the study of heteroplasmy frequency in the HV3 region of mtDNA. Among 160 samples, 144 different haplotypes were found when the entire hypervariable region of mtDNA was analyzed; 131 haplotypes were unique. The SNP 3010 SNP was able to distinguish individuals who had the same haplotype in two of thirteen cases with more than one individual with the same haplotype. Our population was classified in 46.6% of African, 27.3% of European, 25.5% of Native American and 0.6% Asian origin using the SNaPshot panel of 42 SNPs in multiplex

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-06-15Bitstream added on 2014-06-13T19:40:53Z : No. of bitstreams: 1 balthazar_ea_dr_arafcf.pdf: 644870 bytes, checksum: ec0e6d8394bc755610e1c99cbf4f1415 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A interação entre gene e meio ambiente tem sido apontada como responsável pelo aumento das doenças crônicas metabólicas, cujos fatores de risco vêm se manifestando nas populações humanas, em idades cada vez mais precoces. Objetivo: Analisar os efeitos dos polimorfismos -514C/T no gene da LIPC e CT84 no gene da ApoA1, bem como da mutação missense no gene da ApoE sobre os fatores de risco para doenças crônicas, numa amostra de adolescentes, de um município do interior do Estado de São Paulo, Brasil. Metodologia: Foi realizado um estudo transversal com 214 adolescentes de ambos os sexos com idade mínima de 10 anos. Na coleta de dados foram incluídos: questionário de freqüência alimentar e de atividades físicas especifico para adolescentes, antropometria, aferição da pressão arterial, dosagens bioquímicas (insulina, glicose, colesterol total e frações, triglicerídeos e Apoa1) e genotipagem por PCR-real time dos genes selecionados. Resultados: Os adolescentes portadores do alelo raro para o polimorfismo -514CT do gene LIPC apresentaram maior prevalência de síndrome metabólica. Em relação ao polimorfismo TC84 da ApoA1, os adolescentes com o genótipo TT apresentaram maior prevalência de hipertrigliceridemia e se encontraram mal adaptados à prática de atividade física e consumo de carboidrato. Analisando a mutação missense do gene da ApoE foi verificado que os adolescentes portadores do alelo ApoE4 apresentaram maior prevalência de fatores de risco para doenças crônicas e eram beneficiados pelo consumo de gordura em substituições aos carboidratos. Conclusão: Recomendações dietéticas e prática de atividades físicas direcionadas ao perfil genético do adolescente poderão prevenir o desenvolvimento de fatores de risco metabólico e o aparecimento de doenças crônicas na vida adulta / The interactions between genes and environment has been identified as responsible for the increase of chronic metabolic diseases, in which risk factors are positioning themselves in human populations at earlier years of age. Objective: To analyze the effects of the polymorphisms -514CT LIPC gene and CT84 ApoA1 gene, as well as, missense mutation ApoE gene on the outcome of risk factors for chronic diseases in a sample of adolescents from a city in the state of Sao Paulo, Brazil. Methods: It was conducted a cross-sectional study in 214 adolescents of both sexes with a minimum of 10 years of age. The data collection included: food frequency and physical activity questionnaire, anthropometry, blood pressure, biochemical measurements (insulin, glucose, Total cholesterol and fractions, triglycerides e Apoa1) and genotyping of the selected genes by PCR-real time. Results: The adolescents with the rare allele for the -514CT LIPC polymorphism had higher prevalence of metabolic syndrome. Regarding TC84 ApoA1 polymorphism, the adolescent’s carriers of the TT genotype had higher prevalence of hypertriglyceridemia and found themselves ill-suited to the practice of physical activity and carbohydrate consumption. Analyzing the missense mutation of the ApoE gene it was found that adolescents with the ApoE4 allele had a higher prevalence of risk factors for chronic diseases and were benefited by the consumption of fat to carbohydrate substitutions. Conclusion: A dietary and physical activity treatment targeted to the genetic profile of the adolescent may prevent the development of metabolic risk factors and the onset of chronic diseases in adulthood

Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-06-10T14:20:01Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Tatiana Amaral Pires de Almeida.pdf: 3233406 bytes, checksum: e04eb0576f711f1ed5bbe73ae78b4932 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-06-11T18:30:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Tatiana Amaral Pires de Almeida.pdf: 3233406 bytes, checksum: e04eb0576f711f1ed5bbe73ae78b4932 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-06-11T19:08:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Tatiana Amaral Pires de Almeida.pdf: 3233406 bytes, checksum: e04eb0576f711f1ed5bbe73ae78b4932 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-11T19:08:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Tatiana Amaral Pires de Almeida.pdf: 3233406 bytes, checksum: e04eb0576f711f1ed5bbe73ae78b4932 (MD5) Previous issue date: 2010-08-20 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The Herpes Simplex Virus type 2 (HSV-2) is a widespread, incurable agent that establishes latency in nervous cells and is responsible for the majority of genital herpes cases. The UL23 is a polymorphic gene, which encodes the viral thymidine kinase (TK) of the Herpes virus. TK has six conserved regions, including two active sites, which plays an important role in acyclovir (ACV) metabolism. Therefore, some mutations in UL23 are implicated with ACV resistance phenoty pe. In this work, we analyzed 67 samples collected between Ap ril 2008 and September 2009 at the STI/STD clinic of “Alfredo da Matta” Foundation, in Manaus, Amazonas, Brazil obtained from HSV-2 genital ulcer patients. In order to characterize polymorphisms, all sp ecimens were processed for total nucleic acid isolation, submitted to PCR amplification targeting the complete ORF of UL23 gene followed by automated nucleotide sequencing with dideoxy chain terminators. Sequences analysis shown that 45 sequences were 100% similar to the reference strain “HG52”. The remaining 22 sequences (32.8%) showed at least one nucleotide substitution; none insertions or deletions were found. Amino acids substitutions were detected in 19 out of 22. The mutation Gly39Glu was the most frequently detected (16/19), followed by Asn78Asp (5/19); Gly39Glu and Asn78Asp were simultaneously found in four samples. Deduced amino acids sequences were aligned with 66 available on GenBank from African and American continents. A total of 23 variable sites were identified and, once more, Gly39Glu mutation was the most frequent found (74/133). Substitutions previously associated with ACV resistance were not detected, however, Gly39Glu was recently described as a probable resistant mutation. Another four mutations observed: His4Tyr, Met70Arg, Asn245Ser and Ala366Val had not been previously described. The theoretical models of TK’s structure built for seven samples showed that amino acids substitutions were found away from the conserved and/or catalytic sites of TK, with the exception of Arg338Gln which was nearly from ATP-binding site. Mutations associated with ACV resistance were not detected. However one of the mutations found, Gly39Glu, was p reviously associated with this resistance phenoty pe. Another four mutations found in his work: His4Tyr, Met70Arg, Asn245Ser and Ala366Val had not been previously described elsewere. To our knowledge, this is the first study on UL23 polymorphisms on Brazilian HSV-2 samples, a research field considered as a priority by WHO HIV/STI program. / latência em células nervosas sendo responsável pela maioria dos casos de herpes genital. O UL23 é um gene polimórfico que codifica a timidinaquinase viral (TK) do Herpesvírus. A TK possui seis regiões conservadas, incluindo dois sítios ativos; esta enzima desempenha um papel importante no metabolismo do aciclovir (ACV). Consequentemente, algumas mutações no gene UL23 estão relacionadas a fenótipos de resistência ao ACV. Nesta dissertação, analisamos 67 amostras coletadas entre Abril de 2008 e Setembro de 2009 na clínica de DST/IST da Fundação “Alfredo da Matta”, em Manaus, Amazonas, Brasil, obtidas de pacientes com úlceras genitais por HSV-2. Com o objetivo de se caracterizar polimorfismos, todos os espécimes foram processados para extração total de ácido nucleico e submetidos à amplificação da CDS do gene UL23 pela técnica de PCR, seguida de sequenciamento nucleotídico automatizado utilizando-se terminadores dideóxi. As análises de sequências mostraram que 45 delas foram 100% similares à cepa-referência “HG52”. As 22 sequências restantes (32,8%) mostraram pelo menos uma substituição de nucleotídeo; nenhuma inserção ou deleção foi encontrada. Substituições de aminoácidos foram detectadas em 19 dessas 22 sequências. A mutação Gly39Glu foi a mais frequente (16/19), seguida pela Asn78Asp (5/19); Gly39Glu e Asn78Asp foram encontradas simultaneamente em quatro amostras. Sequências deduzidas de aminoácidos foram alinhadas com 66 sequências Africanas e Americanas disponíveis no GenBank. Um total de 23 sítios variáveis foram identificados e, mais uma vez, a mutação Gly39Glu foi a mais frequente (74/133). Substituições previamente associadas à resistência ao ACV não foram detectadas, entretanto, a Gly39Glu foi recentemente descrita como uma provável mutação de resistência. Outras quatro mutações observadas, His4Tyr, Met70Arg, Asn245Ser e Ala366Val, foram descritas pela primeira vez por este trabalho. Nos modelos teóricos da estrutura da TK, construídos para sete amostras, foi possível visualizar que as substituições de aminoácidos estavam situadas longe dos sítios ativos/conservados desta enzima, com exceção da mutação Arg338Gln que apresentou maior proximidade com o sítio de ligação de ATP. Não foram detectadas mutações sugestivas de resistência ao ACV. Ao nosso conhecimento, este é o primeiro estudo de polimorfismos do gene UL23 do HSV-2 em amostras brasileiras, um campo considerado prioridade pelo Programa de HIV/IST da OM S.

Scrapie ou paraplexia enzoótica dos ovinos é uma doença neurodegenerativa fatal que acomete ovinos e raramente caprinos. A doença é influenciada por polimorfismos nos códons 136, 154 e 171 do gene prnp que codifica a proteína priônica. Os animais podem ser susceptíveis ou resistentes, de acordo com as sequências alélicas observadas nos referidos códons. No Brasil ocorreram apenas casos de animais que foram importados, sendo o país considerado livre da doença. Neste trabalho foi realizada a genotipagem dos diferentes polimorfismos associados ao desenvolvimento do scrapie e a categorização em animais susceptíveis e resistentes. Foram sequenciadas 118 amostras provenientes de ovinos da raça Santa Inês criados em propriedades localizadas no Estado de São Paulo. Destas amostras foram identificados 6 alelos e 11 genótipos (ARQ/ARQ, ARR/ARQ, ARQ/AHQ, ARQ/VRQ, AHQ/AHQ, ARR/ARR, ARR/AHQ, VRQ/VRQ, ARQ/TRQ, TRR/TRR, TRQ/TRQ), dentre os quais o genótipo ARQ/ARQ teve ocorrência de 56,7%. Em nosso estudo foi detectada a presença da tirosina no códon 136, observação rara na medida em quenão existem relatos nacionais e relatos envolvendo a raça Santa Inês descrevendo este polimorfismo. Com os resultados obtidos, foi possível determinar a existência de grande variabilidade genética relacionada à raça Santa Inês no Estado de São Paulo, apesar da variabilidade, apenas 1,69% dos genótipos observados são extremamente resistentes ao scrapie. Estes dados demonstram que a raça nativa Santa Inês pode ser considerada potencialmente susceptível ao scrapie. / Enzootic paraplexia or scrapie is a fatal neurodegenerative disease affecting mainly sheep and rarely goats. The disease is influenced by polymorphisms at codons 136, 154 and 171 of prnp gene that encodes the prion protein. The animals may be susceptible or resistant to the development of the disease according to the allelic sequences observed in these codons. In Brazil there were only cases of scrapie in imported animals, therefore the country is considered free of the disease. This study performed the genotyping of different polymorphisms associated to the development of scrapie. Then, based on these findings the animals were categorized in resistant and susceptible. A total of 118 samples were sequenced from the Santa Ines sheep raised on properties located in the State of Sao Paulo. From these samples, 6 alleles and 11 genotypes were identified (ARQ / ARQ, ARR / ARQ, ARQ / AHQ, ARQ / VRQ, AHQ / AHQ, ARR / ARR, ARR / AHQ, VRQ / VRQ, ARQ / TRQ, TRR / TRR, TRQ / TRQ), the genotype ARQ / ARQ presented a frequency of 56.7%. It was also detected the presence of tyrosine at codon 136, which may be considered a rare observation, since there is no report regarding Santa Ines breeding presenting this polymorphism. These results showed the great genetic variability in Santa Ines in Sao Paulo and only 1,69% of the genotypes observed are extremely resistant to scrapie. These data demonstrate that the Santa Ines sheep can be considered potentially susceptible to scrapie.

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O envelhecimento é um processo inexorável, porém a redução gradativa da capacidade do organismo está bastante ligada com os hábitos do estilo de vida e a fatores genéticos. Polimorfismos nos genes que codificam a enzima conversora de angiotensina (ECA) e a proteína alfa-actinina 3 (ACTN3) podem resultar em mudanças na aptidão física. Já o treinamento físico tem sido utilizado como uma ferramenta não farmacológica na prevenção primária em saúde. Por fim, a periodização deste treinamento busca ser um meio sistemático de planejar e organizar o treinamento de modo a torná-lo mais eficiente. Não há na literatura estudos com a periodização ou com os genótipos da ECA e ACT3 associados ao treinamento combinado. Nesse contexto, o objetivo desse estudo foi avaliar diferentes modelos de periodização do treinamento no exercício físico combinado em variáveis de saúde e comparar a magnitude da resposta em indivíduos com diferentes características genéticas em relação aos genes ECA e ACTN3. Após três semanas de adaptação, 54 mulheres com idade entre 50-75 anos foram randomicamente divididas nos modelos de treinamento a) não periodizado (NP), b) periodização não linear (NL) ou c) periodização não linear flexível (NLF). Para os valores pré e pós 12 semanas de treinamento, aptidão aeróbia (consumo máximo de oxigênio [VO2 pico] e teste de caminhada de seis minutos) e força muscular (1 RM no supino e leg press) foram medidas. A genotipagem da ECA foi feita por PCR convencional e a ACTN3 por PCR em tempo real. Os resultados mostraram que a força máxima foi aumentada estatisticamente no supino (effect size [ES] de 1,18 em PNL e 1,22 em PNLF] e leg press (ES de 0,92 em PNL e 0,98 em PNLF) nos grupos PNL e PNLF. No teste de caminhada de seis minutos, a magnitude da aptidão aeróbica melhorou em todos os grupos (ES de 1,02 em NP, 1,33 em PNL e 0,54 em PNLF). Para o gene da ECA, houve uma diferença estatística entre os grupos do pré para o pós no supino (ID/DD: 18,6%; II: 8,3%). Para o gene da ACTN3, houve diferença estatística do pré para o pós dentro do grupo no supino (CC/CT: 17,4%; TT: 6,9%) e leg press (CC/CT: 12,3%; TT: 7,5%) apenas no grupo CC/CT. Em conclusão, o presente estudo mostrou que os modelos periodizados foram capazes de induzir melhorias significativas na força muscular em mulheres pós menopausa fisicamente ativas. Além disso, os genótipos ID/DD do gene da ECA e CC/CT do gene da ACTN3 melhor efeito na força muscular no treinamento combinado. / The aging is an inexorable process, but the gradual reduction of the capacity in the organism is related with lifestyle habits and genetic factors. Polymorphisms in genes encoding both angiotensin converting enzyme (ACE) and alpha-actinin 3 protein (ACTN3) may result in changes in physical fitness. Physical training has been used as a non-pharmacological tool in primary health prevention. Finally, the periodization training is a systematic means of planning and organizing training to do it more efficient. There are no studies in the literature with periodization or with ACT and ACT3 genotypes associated to combined training. In this context, the objective of this study was to evaluate different models of periodization training in combined exercise training in health variables and to compare the magnitude of the response in individuals with different genetic characteristics in relation to the ACE and ACTN3 genes. After three weeks of adaptation, 54 women aged 50-75 years were randomly assigned to a) nonperiodization (NP), b) non-linear periodization (NLP) or c) flexible non-linear periodization (FNLP). At baseline and after 12 weeks, aerobic fitness (peak oxygen uptake [VO2peak] and six-minute walk test) and maximal muscle strength (1 RM bench press and leg press) were measured. The ACE genotyping was performed trough conventional PCR and ACTN3 by real-time PCR. The results showed that the magnitude of the maximal strength statistically increased in the bench press [effect size (ES) of 1.18 in NLP and 1.22 in FNLP] and leg press (ES of 0.92 in NLP and 0.98 in FNLP) only in the periodized groups. In six-minute walk test, the magnitude of the aerobic fitness improved in all groups (ES of 1.02 in NP, 1.33 in UP and 0.54 in FNLP). In conclusion, the present study showed that periodized models could induce significant improvements on muscle strength in active postmenopausal women. In the ACE gene, there was a statistical difference between the groups from pre to post supine (ID / DD: 18.6%, II: 8.3%). For the ACTN3 gene, there was a statistical difference between the pre and post within the group in the bench press (CC/CT: 17,4%; TT: 6,9%) and leg press (CC/CT: 12,3%; TT: 7,5%) only in the CC/CT group. In conclusion, the present study showed that periodized models could induce significant improvements on muscle strength in active postmenopausal women. In addition, the genotypes ID / DD of the ECA and CC / CT gene of ACTN3 gene had a better effect to muscle strength.

Existing methods to systematically characterize sequence-intrinsic activity of promoters are limited by relatively low throughput and the length of sequences that could be tested. Here we present Survey of Regulatory Elements (SuRE), a method to assay more than a billion DNA fragments in parallel for their ability to drive transcription autonomously. In SuRE, a plasmid library is constructed of random genomic fragments upstream of a barcode and decoded by paired-end sequencing. This library is transfected into cells and transcribed barcodes are quantified in the RNA by high-throughput sequencing. By computationally analyzing the resulting data using generalized linear models, we succeed in delineating subregions within promoters that are relevant for their activity on a genomic scale, and making accurate predictions of expression levels that can be used to inform minimal promoter reporter construct design. We also show how our approach can be extended to analyze the differential impact of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) on gene expression.

MicroRNAs (miRNAs) are studied as key genetic elements that regulate the gene expression involved in different human diseases. Clinical sequence based variations like copy number variations (CNVs) affect miRNA biogenesis, dosage and target recognition that may represent potentially functional variants and relevant target bindings. To systematically analyze miRNA-related CNVs and their effects on related genes, a user-friendly free online database was developed to provide further analysis of co-localization of miRNA loci with human genome CNV regions. Further analysis pipelines such as miRNA-target to estimate the levels or locations of variations for genetic duplications, insertions or deletions were also offered. Such information could support the simulation of miRNA-target interactions.

Thesis (M. Phil.)--University of Hong Kong, 2007. / Also available online.