Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-29. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:15Z : No. of bitstreams: 1 000868518.pdf: 4362952 bytes, checksum: f8782956d423a313439c04aba289df01 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Orientador: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Cintia Fridman / Banca: Rogério Nogueira de Oliveira / Banca: Gustavo Chemale / Banca: João Aristeu da Rosa / Resumo: A identificação humana por meio da análise de DNA utiliza o perfil genético de um indivíduo baseado na combinação de diversos marcadores que são herdados de seus progenitores. Estes marcadores são geralmente diferenças nas sequências de DNA nuclear entre os indivíduos (polimorfismos). Em alguns casos, entretanto, a análise do DNA nuclear não pode ser aplicada. Isso ocorre quando o DNA da amostra apresenta-se degradado ou em casos onde o material biológico não apresenta o DNA nuclear. Nestes casos, a análise do DNA mitocondrial (DNA mt) é o método de escolha. Entretanto, em um mesmo indivíduo podem existir populações de DNA mt diferentes, fenômeno denominado heteroplasmia. Este trabalho teve como objetivo o estudo de polimorfismos presentes no DNA mt de indivíduos residentes na Grande São Paulo para aplicação na Identificação Humana. Para isso, foi sequenciada toda a região hipervariável do DNA mt de 160 indivíduos. Além disso, o SNP 3010 foi analisado por discriminação alélica (PCR em tempo real) para estudo do aumento do poder discriminatório quando os indivíduos não puderam ser diferenciados pela análise da região hipervariável. Foi desenvolvido, também, uma reação de SNaPshot em multiplex contendo 42 SNPs que permitiram a classificação das amostras em haplogrupos do DNA mt. Por fim, foram analisadas 100 amostras de cabelo dos mesmos indivíduos para o estudo da frequência de heteroplasmia na região HV3 do DNA mt. De um total de 160 amostras, 144 haplótipos diferentes foram encontrados quando analisamos toda a região hipervariável do DNA mt; 131 haplótipos foram únicos. O SNP 3010 foi suficientemente discriminatório para conseguir distinguir indivíduos que apresentavam o mesmo haplótipo em dois dos treze casos que apresentavam mais de um indivíduo com o mesmo haplótipo / Abstract: The human identification by DNA analysis uses the genetic profile of an individual based on the combination of diverse markers that are inherited of its ancestors. These markers are generally differences in sequences of nuclear DNA between individuals (polymorphisms). In some cases, however, the analysis of the nuclear DNA cannot be applied. It occurs when the DNA sample is degraded or in cases which the biological material does not content nuclear DNA. In these cases, the mitochondrial DNA (mtDNA) analysis is the choice method. However, inside one individual can exist different mtDNA populations, phenomenon called heteroplasmy. The aim of this work was to study mtDNA polymorphisms in individuals residents in São Paulo metropolitan area for application in Human Identification. For this, we have sequenced the entire hypervariable region of mtDNA for 160 individuals. Furthermore, the SNP 3010 was analyzed by allelic discrimination (Real-Time PCR) to study the increase of the discriminatory power when individuals could not be differentiated by analysis of the hypervariable region. It was developed also, a SNaPshot multiplex reaction containing 42 SNPs that allowed the classification of samples in mtDNA haplogroups. Finally, 100 hair samples, from the same individuals, were analyzed for the study of heteroplasmy frequency in the HV3 region of mtDNA. Among 160 samples, 144 different haplotypes were found when the entire hypervariable region of mtDNA was analyzed; 131 haplotypes were unique. The SNP 3010 SNP was able to distinguish individuals who had the same haplotype in two of thirteen cases with more than one individual with the same haplotype. Our population was classified in 46.6% of African, 27.3% of European, 25.5% of Native American and 0.6% Asian origin using the SNaPshot panel of 42 SNPs in multiplex / Doutor

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: Vanessa Paes da Cruz / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Fernanda Simões de Almeida / Banca: Jefferson Monteiro Henriques / Banca: Fernando Fernandes Mendonça / Banca: Fernando Yuldi Ashikaga / Banca: Guilherme José da Costa Silva / Banca:Cristiane Kioko Shimabukuro / Banca: Patrícia Elda Sobrinho Scuderler / Resumo: / Abstract: / Mestre

A icterícia costuma ser um fenômeno fisiológico em recém-nascidos saudáveis, contudo, hiperbilirrubinemia não conjugada grave ocorre em 5 a 6% dessa população. Tem sido sugerido que a variabilidade genética de genes de proteínas transportadoras de bilirrubina poderia aumentar o risco de hiperbilirrubinemia quando associada a outros fatores icterogênicos. O presente estudo incluiu neonatos com idade gestacional de 35 semanas ou mais e peso superior a 2000g com indicação para fototerapia. Os polimorfismos nos genes SLCO1B1 (rs4149056 e rs2306283) e SLCO1B3 (rs17680137 e rs2117032) foram analisados por sondas de hidrólise. Um total de 167 hiperbilirrubinêmicos e 247 recém-nascidos controles foi arrolado. Sexo, incompatibilidade ABO, peso ao nascimento e idade gestacional diferiram entre os grupos, mas as frequências alélicas e genotípicas dos polimorfismos dos genes SLCO1B não. Na análise por regressão logística, incompatibilidade ABO, idade gestacional e o alelo polimórfico T do rs2117032 permaneceram no modelo. A presença desse polimorfismo pareceu conferir proteção à hiperbilirrubinemia. Os indivíduos que eram homozigotos para o alelo G do rs2306283 e deficientes da enzima glicose-6-fosfato desidrogenase eram mais frequentes entre os casos. No presente estudo foram observadas apenas fracas interações entre os diferentes polimorfismos e os fatores clínico-ambientais. / Jaundice usually is a physiological phenomenon among newborns; however, severe hyperbilirubinemia occurs in 5% to 6% of this population. It has been suggested that genetic variation in the genes of bilirubin transporters could enhance the risk of hyperbilirubinemia when co-expressed with other icterogenic conditions. The present study included newborns with a gestational age of greater than 35 weeks and weights greater than 2000 g with indications for phototherapy. The polymorphisms from SLCO1B1 (rs4149056 and rs2306283) and SLCO1B3 (rs17680137 and rs2117032) genes were analyzed by hydrolysis probes. A total of 167 hyperbilirubinemic infants and 247 control subjects were enrolled. The gender, ABO incompatibility, birth weight, and gestational age differed between the groups but the allelic and genotypic frequency of the polymorphisms from SLCO1B genes did not. In logistic regression, the ABO incompatibility, gestational age, and polymorphic T allele of rs2117032 remained in the model. The presence of this polymorphism seemed to provide protection from hyperbilirubinemia. The individuals that were homozygous for the G allele of rs2306283 and glucose 6-phosphate-dehydrogenase deficient were more frequent among the cases. In the present study there were observed only weak associations between the different polymorphisms and the clinical/environmental factors.

A Proteína de Ligação à Manose (MBL) é um membro da família das colectinas humanas que atua como molécula de defesa e desempenha um papel importante na imunidade inata. A MBL se liga a carboidratos na superfície de microorganismos, desencadeando a opsonização e fagocitose. Essa ligação também resulta na ativação do sistema complemento. Já foi descrito que a MBL reconhece e se liga a proteína gp120 do Vírus da Imunodeficiência Humana-1 (HIV-1), mas o papel dessa molécula na infecção pelo HIV-1 ainda não está claro. Vários polimorfismos no gene MBL2 foram descritos como capazes de alterar a conformação da proteína, levando a baixos níveis séricos de MBL, e susceptibilidade aumentada a infecções. Entre eles, duas variantes na região promotora (-550 H/L e -221 X/Y), e três variantes no éxon 1, Arg52Cys, Gly54Asp e Gly57Glu (coletivamente chamadas de alelo 0, enquanto a combinação dos três alelos selvagens é chamada de A) foram analisadas no presente trabalho. Nosso objetivo foi investigar o papel da MBL na infecção pelo HIV-1, através da análise dos polimorfismos localizados nas regiões promotora e do éxon 1 do gene MBL2. Nós investigamos a prevalência dos alelos variantes em 410 pacientes infectados pelo HIV-1 do Hospital de Clínicas de Porto Alegre e 345 indivíduos não infectados. Todos os indivíduos são da região Sul do Brasil. As variantes localizadas na região promotora foram genotipadas usando a técnica PCR-SSP e as variantes do éxon 1 foram analisadas por PCR em tempo real, usando um ensaio de temperatura de melting e confirmação por PCR-RFLP. As freqüências genotípicas e alélicas foram comparadas entre os dois grupos analisados, indivíduos positivos para HIV-1 e controles, usando o teste de qui-quadrado. As análises foram realizadas subdividindo os indivíduos de acordo com a origem étnica. Entre os indivíduos Euro-descendentes, uma maior freqüência do genótipo LX/LX foi observada entre pacientes, quando comparada com controles (p<0,001). As análises haplotípicas também demonstraram uma maior freqüência dos haplótipos associados com baixos níveis de MBL entre os pacientes infectados pelo HIV-1 (p=0,0001). Entre os indivíduos Afro-descendentes, as freqüências dos genótipos LY/LY e HY/HY foram maiores entre os pacientes, quando comparadas com os controles (p=0,009 e p=0,02). Nosso trabalho encontrou uma maior freqüência dos genótipos associados com baixos níveis de MBL entre os pacientes Euro-descendentes, sugerindo um papel potencial para a MBL na susceptibilidade à infecção pelo HIV-1 entre indivíduos Eurodescendentes. / Mannose-binding lectin (MBL) is a member of the collectin protein family that acts as a defence molecule and plays an important role in innate immune responses. MBL binds to carbohydrates on the surface of microorganisms, leading to opsonisation and phagocytosis. This binding also results in activation of the complement system. It was already described that MBL recognizes and binds to gp120 protein of human immunodeficiency virus-1 (HIV-1), but the role of such molecule on HIV infection is still debated. Several MBL2 gene polymorphisms were described as capable of disrupting the MBL protein resulting in low serum levels and increased susceptibility to infections. Among them, two variants in the promoter region (-550 H/L and -221 X/Y) and three variants in exon 1, Arg52Cys, Gly54Asp and Gly57Glu (that are collectively called allele 0, while the combination of the three wild-type alleles is called A), were analyzed in the present work. Our aim was to investigate the role of MBL on HIV-1 infected subjects through the analysis of the polymorphisms located in the MBL2 promoter and exon 1 regions. We investigated the prevalence of the variant alleles in 410 HIV-1 infected patients from the Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA), and in 345 uninfected individuals. All individuals are from Southern Brazil. The variants from the promoter were genotyped using PCRSSP and the variants from the exon 1 were analyzed by Real-time PCR using a melting temperature assay and were confirmed by PCR-RFLP. Polymorphisms genotype and allele frequencies in the two groups analyzed, namely HIV-1 positive subjects and controls, were compared using Chi-square-test. The analyses were performed subdividing the individuals according to their ethnic origin. Among Euro-derived individuals a higher frequency of the LX/LX genotype in patients was observed when compared to controls (p<0.001). The haplotypic analysis also showed a higher frequency of the haplotypes associated with lower MBL levels among HIV-1 infected patients (p=0.0001). Among Afro-derived individuals the frequencies of LY/LY and HY/HY genotypes were higher in patients when compared to controls (p=0.009 and p=0.02). An increased frequency of genotypes associated with low MBL levels was observed among Euro-derived patients, suggesting a potential role for MBL in the susceptibility to HIV-1 infection in Euro-derived individuals.

A icterícia costuma ser um fenômeno fisiológico em recém-nascidos saudáveis, contudo, hiperbilirrubinemia não conjugada grave ocorre em 5 a 6% dessa população. Tem sido sugerido que a variabilidade genética de genes de proteínas transportadoras de bilirrubina poderia aumentar o risco de hiperbilirrubinemia quando associada a outros fatores icterogênicos. O presente estudo incluiu neonatos com idade gestacional de 35 semanas ou mais e peso superior a 2000g com indicação para fototerapia. Os polimorfismos nos genes SLCO1B1 (rs4149056 e rs2306283) e SLCO1B3 (rs17680137 e rs2117032) foram analisados por sondas de hidrólise. Um total de 167 hiperbilirrubinêmicos e 247 recém-nascidos controles foi arrolado. Sexo, incompatibilidade ABO, peso ao nascimento e idade gestacional diferiram entre os grupos, mas as frequências alélicas e genotípicas dos polimorfismos dos genes SLCO1B não. Na análise por regressão logística, incompatibilidade ABO, idade gestacional e o alelo polimórfico T do rs2117032 permaneceram no modelo. A presença desse polimorfismo pareceu conferir proteção à hiperbilirrubinemia. Os indivíduos que eram homozigotos para o alelo G do rs2306283 e deficientes da enzima glicose-6-fosfato desidrogenase eram mais frequentes entre os casos. No presente estudo foram observadas apenas fracas interações entre os diferentes polimorfismos e os fatores clínico-ambientais. / Jaundice usually is a physiological phenomenon among newborns; however, severe hyperbilirubinemia occurs in 5% to 6% of this population. It has been suggested that genetic variation in the genes of bilirubin transporters could enhance the risk of hyperbilirubinemia when co-expressed with other icterogenic conditions. The present study included newborns with a gestational age of greater than 35 weeks and weights greater than 2000 g with indications for phototherapy. The polymorphisms from SLCO1B1 (rs4149056 and rs2306283) and SLCO1B3 (rs17680137 and rs2117032) genes were analyzed by hydrolysis probes. A total of 167 hyperbilirubinemic infants and 247 control subjects were enrolled. The gender, ABO incompatibility, birth weight, and gestational age differed between the groups but the allelic and genotypic frequency of the polymorphisms from SLCO1B genes did not. In logistic regression, the ABO incompatibility, gestational age, and polymorphic T allele of rs2117032 remained in the model. The presence of this polymorphism seemed to provide protection from hyperbilirubinemia. The individuals that were homozygous for the G allele of rs2306283 and glucose 6-phosphate-dehydrogenase deficient were more frequent among the cases. In the present study there were observed only weak associations between the different polymorphisms and the clinical/environmental factors.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-06-13T15:18:11Z No. of bitstreams: 1 Lidiane Regia Pereira Braga de Brito.pdf: 2287582 bytes, checksum: 17e61dc27685605b15670b417a165d29 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-13T15:18:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lidiane Regia Pereira Braga de Brito.pdf: 2287582 bytes, checksum: 17e61dc27685605b15670b417a165d29 (MD5) Previous issue date: 2014-06-13 / The chemotherapy used in the treatment of acute leukemias (AL) in pediatric immune system, promoting the morbidity and mortality from infection during the induction phase of treatment, the first 50 days. However, questions remain about why some of these children develop severe and fatal infections. The occurrence of polymorphisms (SNPs) in regions associated with regulation of immune system components may be associated with proteins that indicate the recognition of pathogens, such as the mannose-binding lectin (MBL) and cytokine tumor necrosis factor alpha (TNFα) and interleukin 10 (IL-10). The aim of this study was to evaluate the association between susceptibility to infection of pediatric patients and the following polymorphisms: -550 promoter regions (alleles H / L), -221 (alleles X / Y) and structural exon 1 (alleles A / O) MBL2 gene, the promoter region -1082 (allele G / A), -819/-592 (allele C / T) of the IL-10 gene region and -308 (allele G / A) gene TNFα. The 225 patients were evaluated in the CEONHPE / HUOC-UPE. Of these, 84% (n = 189) were diagnosed with acute lymphoblastic leukemia (ALL). Overall group (AL), there was no association between the three polymorphic regions studied with febrile neutropenia (-550 H/L, p=0.912; -221 X/Y, p=0.471; exon 1 A/O, p=0.138), number of infectious events (-550 H/L, p=0.912; exon 1 A/O, p=0.741) and the risk of relapse (-550 H/L, p=0.588; exon 1 A/O, p=0.882). However, an association was observed between age and genotype AO of exon 1 in patients younger than 10 years in AL (p=0.027) and ALL (p=0.038). In conclusion, we can suggest that the pediatric patients younger than 10 years, carriers of the MBL2 genotype AO, that determine low oligomerization and compromised biological function of the protein may have immune response deficiency. / A quimioterapia utilizada no tratamento de leucemias agudas (LA) pediátricas deprime o sistema imune, favorecendo a morbidade e mortalidade por infecções durante a fase de indução do tratamento, ou seja, os primeiros 50 dias. Entretanto, permanecem duvidas sobre o porquê de algumas dessas crianças desenvolverem infecções severas e fatais. A ocorrência de polimorfismos (SNPs) em regiões promotoras e estruturais de genes de componentes do sistema imune pode estar associada ao padrão de reconhecimento de patógenos, a exemplo da Lectina Ligadora de Manose (MBL) e das citocinas Fator de Necrose Tumoral alfa (TNFα) e interleucina 10 (IL-10). O objetivo deste trabalho foi verificar uma possível associação entre a susceptibilidade à infecção nos pacientes pediátricos com os polimorfismos nas regiões promotoras -550 (alelos H/L), -221 (alelos X/Y) e estrutural éxon 1 (alelos A/O) do gene MBL2, das regiões promotoras -1082 (alelos G/A), -819/-592 (alelos C/T) do gene IL-10 e região -308 (alelos G/A) do gene TNFα. Foram avaliados 225 pacientes com LA em tratamento no CEONHPE/HUOC-UPE. Destes, 84%(n=189) tiveram o diagnóstico de Leucemia Linfoblástica Aguda (LLA). No grupo geral (LA), houve ausência de associação entre as três regiões polimórficas estudadas do gene MBL2 com a neutropenia febril (-550 H/L, p=0,912; -221 X/Y, p=0,471; éxon 1 A/O, p=0,138), número de eventos infecciosos (-550 H/L, p=0,912; éxon 1 A/O, p=0.741) e o risco de recaída (-550 H/L, p=0,588; éxon 1 A/O, p=0,882). Entretanto, observou-se que o genótipo AO do gene MBL2 foi associado aos pacientes pediátricos com LA (p=0,027) e LLA (p=0,038) que apresentavam idade abaixo de 10 anos. Com relação aos polimorfismos dos genes IL-10 e TNFα não foi observada associação com as mesmas situações clínicas anteriormente referidas e nem com a idade dos pacientes. Em conclusão, podemos sugerir que os pacientes pediátricos com idade abaixo de 10 anos e portadores do genótipo AO do gene MBL, que determina baixa oligomerização e função biológica comprometida da proteína podem apresentar deficiência na resposta imune.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-08-22T12:13:39Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) DISSERTAÇÃO FINAL (com ficha catalografica).pdf: 1190266 bytes, checksum: 5fb8d7ae60e8775661fb41f33bcb771e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-22T12:13:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) DISSERTAÇÃO FINAL (com ficha catalografica).pdf: 1190266 bytes, checksum: 5fb8d7ae60e8775661fb41f33bcb771e (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / CAPEs / A sepse, apesar do melhor entendimento de sua fisiopatologia e da aplicação de novos recursos terapêuticos, diferentes parâmetros clínicos e laboratoriais podem ser associados à mortalidade de pacientes criticamente enfermos, dentre eles as citocinas, como por exemplo, as interleucinas (ILs). Concentrações basais mais elevadas de IL-6 e IL-10, além de polimorfismos genéticos nesses genes estão associadas à evolução desfavorável de disfunção orgânica. O objetivo deste estudo foi avaliar os polimorfismos genéticos das ILs 6 (-634C>G) e 10 (-1082G>A), correlacionando-os aos níveis de biomarcadores inflamatórios e escores prognósticos (APACHE II e SOFA) em pacientes diagnosticado com sepse na UTI do Pronto Socorro Cardiológico de Pernambuco, Recife. Um total de 120 pacientes (incluindo 70 pacientes com sepse e 50 controles) foram analisados. Os níveis de citocinas no plasma foram determinados por citometria de fluxo com kit CBA Th1/Th2. Os Polimorfismos IL10-1082G>A e IL6-634C> G foram estudados por meio de análise PCR-RFLP. Os escores de prognóstico e os níveis de interleucinas foram comparados entre os grupos de pacientes com diferentes genótipos IL6 e IL10. Entre os pacientes incluídos no estudo, o grupo com sepse mostrou pontuações mais altas no APACHE II e SOFA e maiores níveis séricos de IL-6 e IL-10. Os polimorfismos avaliados nas regiões promotoras IL6 e IL10 não tiveram efeito sobre os níveis séricos destas citocinas e não estavam associados à sepse ou com os escores, exceto o alelo G de IL10(-1082) que foi associado com valor de SOFA superior a 7. Portanto, o APACHE II e SOFA foram bons indicadores de mortalidade. Níveis mais elevados de IL-6 e IL-10 foram observados nos pacientes com sepse. Neste estudo, embora o polimorfismo IL6 (-634C> G) não demonstrou estar envolvido no processo de agravamento da sepse, o alelo G do gene IL10 (-1082G>A) agiu como um fator de risco quando relacionado com o escore SOFA. No entanto, como esses genes são muito polimórficos, é necessário estudos mais amplos de associação de escores prognósticos incluindo outros polimorfismos. / Sepsis, despite the better understanding of its pathophysiology and application of new therapeutic resources, different clinical and laboratory parameters can be associated with mortality in critically ill patients, including cytokines, such as interleukins (ILs). Higher baseline levels of IL-6 and IL-10, besides genetic polymorphisms in these genes are associated with unfavorable outcomes organ dysfunction. The aim of this study was to evaluate the genetic polymorphisms of ILs 6 (-634C>G) and 10 (-1082G>A), correlating the levels of inflammatory biomarkers and prognostic scores (APACHE II and SOFA) in patients diagnosed with sepsis in Ready ICU Cardiac Emergency of Pernambuco, Recife. A total of 120 patients (including 70 patients with sepsis and 50 controls) were analyzed. Levels of cytokine in plasma were determined by flow cytometry with the CBA Th1 / Th2 kit. The polymorphisms IL10-1082G>A and IL6-634C>G were studied by PCR-RFLP analysis. The prognostic scores and interleukins levels were compared between groups of patients with different genotypes IL6 and IL10. Among the patients included in the study, the group with sepsis showed higher scores on the APACHE II and SOFA and higher serum levels of IL-6 and IL-10. Polymorphisms evaluated in the promoter regions of IL-6 and IL-10 had no effect on serum levels of these cytokines and were not associated with sepsis or with the scores except the G allele of IL-10 (-1082) who was associated with SOFA value than 7. Therefore, the APACHE II and SOFA scores were good indicators of mortality. Higher levels of IL-6 and IL-10 were observed in patients with sepsis. In this study, although the IL6 polymorphism (-634C>G) has not demonstrated to be involved in the process of worsening sepsis, the G allele of the IL10 gene (-1082G>A) acted as a risk factor when related to the SOFA score. However, as these genes are very polymorphic, we need larger studies of association of prognostic scores including other polymorphisms.

Orientador: Jose Dirceu Ribeiro / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-13T16:38:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pinto_LeonardoAraujo_D.pdf: 2429827 bytes, checksum: a59296dab0f3be65bd94ed9ca116b99a (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Introdução: O desenvolvimento da asma pode ser influenciado pela predisposição genética para respostas imunes específicas. A produção de citocinas com predomínio de resposta Th1 ou Th2 é controlada por diferentes fatores de transcrição, dos quais o Fator de Regulação do Interferon 1 (FRI-1) e o Transdutor de Sinal e Ativador da Transcrição 1 (TSAT-1) são de fundamental importância. A metaloproteinase 9 (MP-9) é uma outra proteína envolvida na degradação do colágeno da matriz extracelular e que pode influenciar o desenvolvimento de doenças pulmonares. O objetivo deste estudo incluiu a pesquisa de variações genéticas nestes genes e o estudo da associação entre polimorfismos e fenótipos relacionados a asma. Métodos: Entre 1995-96, foi realizado um estudo transversal na Alemanha, como parte do protocolo ISAAC para determinar a prevalência de asma e atopia. A genotipagem de polimorfismos nos genes FRI-1, TSAT-1 e MP-9 foi realizada com o método MALDI-TOF. Foram realizadas revisões sistemáticas utilizando a base de dados Genetic Association Database. Resultados: Além de genes indutores de resposta Th2 como interleucina (IL)-13, IL4 e CD14, os fatores de transcrição FRI-1, TSAT-1 foram associados a fenótipos de atopia como IgE elevada e sensibilização a testes cutâneos. Por outro lado, os genes MP-9 e IL-8 estão fortemente associados à sibilância não atópica, e podem ser determinantes para o desenvolvimento de doenças respiratórias na infância. Conclusão: Estes resultados sugerem que os diferentes fenótipos de asma na infância podem ser determinados por polimorfismos genéticos diversos. Pode-se chamar atenção para a necessidade de que os estudos de associação genética levem em consideração os diferentes desfechos e fenótipos em estudo. Além disso, uma análise estratificada para atopia deve ser realizada sempre que este dado estiver disponível. / Abstract: Introduction: It has been speculated that the development of asthma may be influenced by genetic predisposition for specific immune responses. Th1/Th2 balance is influenced by several transcription factors, of which Interferon Regulatory Factor 1 (IRF-1) and Signal Transducer Activator of Transcription 1 (STAT-1) are of special importance. As matrix metalloproteinase 9 (MMP-9) plays an important role in airway wall thickening and airway remodelling, it may also influence the development of obstructive airway disease in children. To investigate the presence and role of genetic variations in these genes, we performed association studies with asthma-related phenotypes. Methods: Genotyping of tagging SNPs in the IRF-1, STAT-1 and MMP-9 gene was performed using MALDI-TOF in independent cross-sectional study populations of German children phenotyped for asthma and atopic phenotypes according to ISAAC standard procedures in 1995-96. Additionally we performed systematic reviews using Genetic Association Database. Results: Functional polymorphisms in Th2 genes as interleukin (IL)-13, I-L4, CD14, IRF-1 and STAT- 1 were significantly associated with atopy, total or specific IgE levels. On the other hand, SNPs in MMP-9 and IL-8 genes significantly increased the risk for non-atopic wheezing and non-atopic asthma. Conclusion: We have shown evidences that different wheezing disorders in childhood may be affected differently by genetic variations, considering their role on airway inflammation and atopy. Future genetic association studies should consider the different wheezing phenotypes in infancy. Moreover, the analyses stratified for atopy may be useful to clarify the mechanisms of the disease. / Doutorado / Doutor em Saude da Criança e do Adolescente

Orientador: Zanoni Dias / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-08T13:30:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Galves_Miguel_M.pdf: 5199577 bytes, checksum: 4d8728b3e0fef3fa3caf69a78187f76a (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A pesquisa genomica é de grande interesse para area medica. Por isso o entendimento de como os genes influenciam na aparição de doencas é de grande relevancia para a criação de metodos de diagnostico e criação de drogas apropriadas. A maioria dos genes apresenta uma grande frequencia de variações alelicas, conhecida como polimorfismo. Estas variações podem ser a chave para a predisposição de certos indiv?duos a certas doenças. Dentre os polimorfismos, os SNPs tem uma grande importancia, por representarem cerca de 90% dos polimorfismos encontrados no genoma humano [21]. Neste trabalho iremos estudar tres etapas no processo de detecção e analise de SNPs. A primeira etapa consiste no processo de alinhamento de sequencias de EST e cDNA com DNA genomico. A identificaçãode genes em sequencias de DNA não-caracterizadas é um dos grandes problemas na pesquisa genomica. Os algoritmos tradicionais [45, 55, 83, 84, 106] descrevem metodos para alinhar duas sequencias arbitrarias. Iremos descrever as estrategias de alinhamento de duas sequencias, discutir os metodos existentes para alinhamento de cDNA com DNA genomico e propor um conjunto de coeficientes apropriados a serem usados com os algoritmos classicos para resolver este tipo de alinhamento. A segunda etapa consiste na detecção de SNPs, seja atraves de alinhamentos multiplos ou da analise de cromatogramas. Iremos descrever o funcionamento dos dois metodos citados acima e discutir uma nova metodologia para detectar SNPs em sequencias de v?rus HIV. A terceira etapa consiste em correlacionar SNPs. Sabe-se que a predisposição genetica para muitas doenças não é devido a apenas uma mutação, ou presença ou não de um certo alelo. Em muitos casos, varios SNPs agem em conjunto e aumentam ou não a chance de uma doença se manifestar em um indiv?duo. Assim, é muito importante desenvolver metodos de correlação entre diversos SNPs para se entender como eles interagem entre si. Iremos descrever medidas de correlação e estudar a presença de LDs e LDs multiplos em genes da cana-de-açucar, mapeados pelo projeto SUCEST, e em genes humanos / Abstract: Genomic research is of great interest in the medical field. Therefore, understanding how genes impact the ocurrence of diseases is of significant relevance, so that proper diagnosis can be made and appropriate drugs can be developed. Most genes present great variantion and allele frequency, known as polymorphism. These variantions may be key to understanding the predisposition in individuals to certain diseases. Among polymorhisms, SNPs are of great importance, representing circa 90% of all polymorphism found in the human genome. [21]. For this work, we will study three phases in the process of detecting and analysis of SNPs. The first phase consists in the process of aligning EST sequences and cDNA to genomic DNA. Identiying genes in non-caracterized DNA sequences is one of the challenging problems in genomic research. Traditional algorithms [45, 55, 83, 84, 106] describe methods to align two arbitrary sequences. We shall describe alignment strategies of two sequences, discuss over existing existing methods for aligning cDNA with genomic DNA and propose a set of apropriate coefficients to be used in the classical algorithms to perform this kind of alignment. The seconde phase consists in detecting SNPs, whether through multiple alignments or cromatogram analysis. We shall describe how the two above mentioned methods work and discuss a new methodology to detect SNPs and HIV sequences. The third phase consists of correlating SNPs. It is known that the genetic predisposition for many diseases is not only due to a single mutation, or to the presence or absence of a single allele. In many cases, several SNPs act together and may increase or decrease the chance for a disease to manifest in a individual. Thus, it is very important to develop methods of correlation between SNPs to better understand how they interact. We shall describe correlation measures and study the presence of LD or multiple LDs in sugarcane genes,which were mapped by the SUCEST project, and in human genes / Mestrado / Biologia Computaçional / Mestre em Ciência da Computação