Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 1983.pdf: 2042734 bytes, checksum: b10d1303f047d5017ee103c406c7270b (MD5) Previous issue date: 2008-07-25 / Universidade Federal de Sao Carlos / Shrimp catch is one of the main fishing activities in the world, mostly for the high value of commercialization reached by shrimp meat. Biological characteristics of penaeids make this group of shrimps aspirant to show different levels of population structure. Penaeid species like Farfantepenaeus brasiliensis are dependent of the estuary to complete its life cycle. Thus, the aim of this work was to evaluate if populations of F. brasiliensis, from the coast of Rio Grande do Norte, are structured by morphometrical and molecular analysis. Several measurements (Lt, Lc, La and weight) were recorded for each specimen. Divergence between places has been evaluated by univariate (ANOVA) and multivaried (Discriminant Analysis) techniques. FSTAT and GENEPOP were used to get the molecular levels of genetic variability in each population, as well as, comparisons between populations. The frequentist and bayesian methods were used to detect migrants in GENECLASS software. The results of the 3 morphometric analysis pointed out differences between sex-ratio in all analyzed localities. These results probably are related with differences in growth rate between sex and/or spatial stratification. Significant morphometric differences were obtained between populations by the univariate and multivaried methods. These differences could be consequence of the estuary necessity to complete the life cycle in F. brasiliensis. Likewise, local differences could contribute for these results. Females were more divergent among different areas than males. This result also could be a reflex of the biological characteristics of this species, due to the great relation between the spawning places and the females. The interval between insemination and spawning in shrimp females can be of 10 to 20 days. The molecular results showed medium levels of genetic variability in the analyzed localities. When compared with other species from the same family Ho varied between 0,471 and 0,540. The FST values did not showed genetic structure. However, these results could reflect the low number of analyzed loci, or the predominance of females in the samples, a characteristic inherent of the penaeids. The procedure used to detect migrants did not support the existence of migrants among evaluated populations; however some individuals had been excluded from all populations, probably belonging to other populations not sampled. In such a way, the set of results obtained, plus the biological characteristics of this species, and the distinct environmental characteristics among areas allow us to infer an existence of at least two F. brasiliensis stocks in Rio Grande do Norte coast. / A captura de camarões é uma das atividades pesqueiras de maior importância no mundo, principalmente pelo alto valor de comercialização alcançado por sua carne. Características biológicas dos peneídos fazem deste grupo de camarões candidatos a apresentarem algum grau de estruturação populacional, já que espécies como Farfantepenaeus brasiliensis apresentam certa dependência da presença de estuários para completarem seu ciclo de vida. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar como estão estruturadas as populações de F. brasiliensis na costa do Estado do Rio Grande do Norte por meio de análises morfométricas e moleculares. Para tanto, mensurações (Ct, Cc, Ca e peso) foram obtidas de cada exemplar analisado. Diferencças entre locais foram avaliadas por meio de técnicas univariadas (ANOVA) e multivariadas (Análise discriminante). Os programas FSTAT e GENEPOP foram utilizadados para se obter os níveis de variabilidade genética das populações, bem como, as comparações moleculares entre populações. Para detecção de migrantes os métodos frequentista e bayesiano do software GENECLASS foram adotados. Os resultados das análises morfométricas apontam diferenças nas proporções dos sexos em cada localidade analisada, que podem ser relacionadas a diferenças nas taxas de crescimento entre sexos e/ou estratificação espacial diferencial. Diferenças morfométricas significativas entre os locais foram evidentes tanto por técnicas univariadas como multivariadas. Estas diferenças podem ser resultados da necessidade dos estuários para completar o ciclo de vida por esta espécie, bem como, em virtude das diferenças exitentes entre os estuários presentes nas localidades analisadas. Fêmeas se mostraram mais diferenciadas entre locais que machos. Este resultado também pode ser reflexo de características biológicas da espécie, haja vista que o local de desova guarda grande relação com as fêmeas desta espécie que da inseminação a desova podem levar 2 de 10 a 20 dias. Os resultados moleculares mostraram níveis medianos de variabilidade genética nos locais analisadas, Ho variando entre 0,471 0,540, quando comparadas a outras espécies da mesma família. Os valores de FST obtidos não evidenciaram estruturação genética, no entanto, estes resultados podem ser tanto reflexo do baixo número de locos analisados, como da característica dos peneídeos de um predomíneo de fêmeas nas amostras. O procedimento utilizado para a detecção de migrantes não evidenciou a existência destes entre as populações avaliadas, no entanto, foram identificados indivíduos que foram excluídos de todas as populações podendo pertencer a outras populações não amostradas. Desta forma, o conjunto de resultados obtidos, somados as características biológicas da espécie, e as características ambientais distintas entre locais, nos permitem inferir a existência de pelo menos dois estoques de F. brasiliensis na costa do Rio Grande do Norte.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2329.pdf: 1318463 bytes, checksum: 91365257065327c5dbaf7e6100a4e5b1 (MD5) Previous issue date: 2009-02-18 / Universidade Federal de Minas Gerais / Farfantepenaeus paulensis, also known as pink shrimp, is a shrimp species usually found from Ilhéus (Bahia, Brazil) to Mar Del Plata (Argentina) and represents an important employment source for many Brazilian fisher s families. The study of its population structure using morphometrical parameters and microsatellites markers may provide basis for conservation programs. The purpose of this study is to analyze the population structure of pink shrimp F. paulensis at the Brazilian coast, in the south and southeast regions, using microsatellite markers and its morphometrical parameters. The shrimps were sampled in Patos Lagoon (RS), St. Antônio Lagoon (SC), Itajaí-Açu River (SC), Babitonga Bay (SC) and Cananéia City (SP). Although univariate and multivariate morphometric analyses had shown different population structure degrees between the studied places, the results of both microsatellites markers and multivariate morphometric analyses showed the possibility of the occurrence of four F. paulensis populations. The results of this study are of great value to the development of future programs for the conservation of this species, so that this resource is not depleted by over-fishing, fishing activity guaranteed to the current generation and future generations. / Farfantepenaeus paulensis, popularmente conhecida como camarãorosa, é uma espécie que se distribui naturalmente desde Ilhéus (BA) até Mar Del Plata, na Argentina, e representa uma fonte de renda para muitas famílias de pescadores brasileiros. O estudo de sua estrutura populacional, com o uso de análises morfométricas e marcadores microssatélites, pode dar subsídios para o desenvolvimento de programas de manejo e conservação. Este trabalho teve como objetivo estudar a estrutura populacional de F. paulensis nas regiões sudeste e sul da costa brasileira, por meio do uso de marcadores microssatélites e da análise de seus padrões morfométricos. As coletas foram realizadas Na Lagoa dos Patos (RS), Lagoa de Santo Antônio (SC), Rio Itajaí-Açu (SC), Baía de Babitonga (SC) e no município de Cananéia (SP). Embora as análises morfométricas univariada e multivariada tenham exibido diferentes graus de diferenciação entre os locais estudados, os resultados das análises dos marcadores microssatélites e da análise morfométrica multivariada mostraram a possível ocorrência de quatro populações de F. paulensis. Os resultados obtidos neste estudo são de grande valia para o desenvolvimento de futuros programas de conservação desta espécie, de forma que este recurso não seja esgotado pela sobre-pesca, garantido a atividade pesqueira da geração atual e das gerações futuras.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TesePSRM.pdf: 2134848 bytes, checksum: f2e72b242b86b33b1b87eef088f5bfc2 (MD5) Previous issue date: 2003-06-02 / Universidade Federal de Minas Gerais / This study was accomplished in the northeastern area of the state of São Paulo, obtaining biological material of maned wolves for the epidemiology (parasitic diseases) and populacional genetic study. The occurrences of deaths were also verified and the relationships between the farmers and wolves were appraised. In the studies of parasitic diseases, infestations by ancilostomídeos, tricurídeos, estrongilídeos, ascarídeos, Dypilidium sp., coccídeos, Dioctophyme renale, ticks and fleas were detected. The inedited parasitosis occurrences by Hymenolepis sp and Prosthenorchis sp were verified. in the parasitoses, it was possible to detect hematological alterations of animals infected by ancilostomídeos, Hymenolepis sp., coccídeos and ticks. The populational genetic studies were accomplished with proteic markers, to evaluate the heterozygosity and the existence of populational structuring in the area. The polymorphysm degree (20%) verified in this study does not differ from the values that were verified by other authors in maned wolves and others wild canids populational studies. F statistics indicated that there were not significant reduction of the heterozygosity in the sample. This test also indicated that there was not a populacional structuring in the area, indicating that the Moji Guaçu and Pardo rivers were not characterized as a gene flow block to the species. In this area, three translocations to the interior of the Ecological Station of Jataí were verified. Also verified four death by road kill accident in the highways, one death by firegun and an occurrence of an sub-adult animal with strong dehydration and caquexis. The main problems associated with the conservation of the species, identified by the inhabitants relates of the area were the domestic avian predation, the access to the garbage and supertitions. The preservative actions discussed in the present work include the establishment of the parasitic monitoring program in wolves, promotion of critic attitudes in relation to the translocations, traffic signs in highways and implementation of environmental education programs involving adults and childrens resident in the area. / Este estudo foi realizado na região nordeste do estado de São Paulo, com a obtenção de material biológico de lobos guarás para o estudo de epidemiologia (doenças parasitárias) e genética populacional. Foram levantadas também as ocorrências de mortes e avaliadas as relações entre os moradores da área rural e a espécie. Nos estudos de doenças parasitárias, foram detectadas infestações por ancilostomídeos, tricurídeos, estrongilídeos, ascarídeos, Dypilidium sp., coccídeos, Dioctophyme renale, carrapatos e pulgas. Foram constatadas também ocorrências inéditas de parasitoses por Hymenolepis sp e Prosthenorchis sp. Entre as parasitoses, foi possível detectar alterações do quadro hemático de animais parasitados por ancilostomídeos, Hymenolepis sp., coccídeos e carrapatos. Os estudos de genética populacional foram realizados com marcadores protéicos, com o objetivo de avaliar a heterozigosidade e a existência de estruturação populacional na região. O grau de polimorfismo encontrado (20%) não difere muito dos valores encontrados por outros autores em estudos populacionais de lobos guarás e outros canídeos silvestres. A estatística F indicou que não há uma redução significativa da heterozigosidade na amostra. Este teste indicou também que não há uma estruturação populacional na região, indicando que os rios Moji Guaçu e Pardo não se caracterizaram como bloqueadores do fluxo gênico para a espécie. Nesta região foram constatados 3 translocamentos para o interior da Estação Ecológica de Jataí, 4 atropelamentos em estradas, uma morte por arma de fogo e uma ocorrência de uma animal sub-adulto em avançado estado de desidratação e caquexia. Os principais problemas relacionados com a conservação da espécie, relatados pelos moradores da região, foram a predação de aves domésticas, o acesso ao lixo e crendices populares. Entre as ações conservativas discutidas no presente trabalho está a implantação de medidas de monitoramento da carga parasitária na espécie, a promoção de atitudes mais criteriosas em relação aos translocamentos, a sinalização das estradas e a implementação de programas de educação ambiental, envolvendo adultos e crianças residentes na região.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4307.pdf: 6078793 bytes, checksum: 9d7555a1abf994b872469b293f4390ff (MD5) Previous issue date: 2012-03-22 / Financiadora de Estudos e Projetos / O sucesso da utilização da semeadura direta para a recuperação de áreas degradadas depende, entre outros fatores, da escolha das espécies tolerantes a este tipo de ambiente. As fabáceas são bastante utilizadas em projetos de recuperação florestal de áreas de pastagens abandonadas, mas grande parte das espécies apresenta sementes dormentes. Para que haja uma rápida taxa de recobrimento de solo é necessária que a dormência seja superada. Contudo, esse procedimento poderia resultar em uma redução do número de indivíduos sobreviventes, uma vez que a dormência garantiria que a germinação ocorresse somente quando as condições para o estabelecimento de plântulas fossem adequadas. Este estudo avaliou, através de um experimento fatorial (6.2) em blocos (sítios) conduzido por dois anos, se a superação da dormência poderia ser eficiente para reduzir tempo de emergência e influenciar o recrutamento de seis espécies de fabáceas arbóreas reintroduzidas numa área de pasto na região de Cerrado. A área experimental da Embrapa Gado de Corte, em Campo Grande, MS era dominada por Brachiaria brizantha cv. Marandu. As espécies usadas no experimento foram: Mimosa caesalpiniifolia, Peltophorum dubium, Pterogyne nitens, Dimorphandra mollis, Copaifera caesalpiniifolia e Hymenaea stigonocarpa. Em cada sítio foram adicionadas 100 sementes por espécie, sendo metade com superação de dormência e metade sem superação, totalizando 2.400 sementes nos quatro sítios. O tratamento de superação de dormência reduziu o tempo de emergência de todas as espécies avaliadas. Após 94 semanas de experimento, a superação de dormência aumentou o recrutamento de H. stigonocarpa e, em D. mollis, apresentou um valor marginal com uma forte tendência também a um aumento no recrutamento. Nas demais espécies o procedimento de superação de dormência não influenciou o recrutamento. Este estudo mostrou que o tratamento prévio de superação de dormência de sementes parece ser vantajoso por promover um maior controle no tempo de emergência e não influenciar negativamente a sobrevivência de plântulas de todas as espécies avaliadas.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:30:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6093.pdf: 4286116 bytes, checksum: 90a1a56ecb255a1ab9fec51056b77336 (MD5) Previous issue date: 2014-04-01 / Financiadora de Estudos e Projetos / brasiliensis (CUVIER, 1816) is distributed in several basins of South America. Commonly known by dourado, is a large fish and economical and social importance for artisanal and sport fishing. Due to the necessity of conservation and the absence of knowledge about the genetic structure of Neotropical migratory fish, the present study aimed to infer about the mating system and population genetic parameters of S. brasiliensis from the upper and middle Uruguay River basin. Populations of adult individuals were sampled during two years in the reproductive and non-reproductive periods in the upper and middle river Uruguay. The larvae of this species were obtained from natural spawning in the upper Uruguay River basin. Genetic analyses were performed using microsatellite markers to infer parameters of genetic diversity, population structure and estimation of kinship. All populations evaluated in this study showed high levels of genetic diversity. For the first reproductive period four genetically distinct populations were identified, one corresponding to the beginning of breeding season, two to the intermediate period and one to the end of the spawning season. The populations analyzed during the non-reproductive period were genetically different between the two years of study. Both populations of reproductive and nonreproductive period did not reveal any isolation by distance in the downstream of HPP Itá area. No bottleneck effect was observed in the populations sampled in the region fragmented by hydroelectric dams; however, the populations under the influence of the dams presented small effective population sizes. The results revealed no genetic structure among populations situated upstream and downstream of the Hydroelectric Power Plant (HPP) Machadinho and a particular differentiation between populations sampled upstream and downstream the HPP Itá, due, probably, of the barrier resulting from the preexisting of geographical barrier in the Uruguay River, Augusto César Gorge. The analyses of kinship indicated that multiple males and females participated effectively during reproduction and spawning of S. brasiliensis evaluated in the environment. The findings of this study provide new insights into the mating system and mode of organization during the reproductive and non-reproductive period of S. brasiliensis. This information must be taken into account in decisions about fisheries management programs and in broodstock samplings and for restocking programs. / Salminus brasiliensis (CUVIER, 1816) está distribuído em diversas bacias hidrográficas da América do Sul. Conhecido popularmente como dourado, é uma espécie de grande porte e com importância econômica e social para a pesca artesanal e esportiva. Frente à necessidade de conservação biológica e a falta de conhecimento sobre a estrutura genética de peixes migradores Neotropicais, o presente estudo teve como objetivos inferir sobre o sistema de acasalamento e os parâmetros genéticos populacionais de S. brasiliensis da bacia do alto e médio rio Uruguai, Brasil. Populações de indivíduos adultos foram amostradas durante dois períodos reprodutivos e dois períodos nãoreprodutivos na bacia do alto e médio rio Uruguai, e larvas da espécie foram obtidas de uma desova natural na região do alto rio Uruguai. As análises para inferir parâmetros de diversidade genética, estrutura populacional e estimativa de parentesco foram realizadas por meio de marcadores microssatélites. Todas as populações avaliadas no presente estudo apresentaram elevados valores de diversidade genética. Para o primeiro período reprodutivo foram identificadas quatro populações estruturadas geneticamente, uma correspondendo ao início da temporada de reprodução, duas ao período intermediário e uma ao fim da estação de desova. As populações analisadas no período não-reprodutivo exibiram diferenciação entre os dois anos analisados. Tanto as populações correspondentes ao período reprodutivo quanto as do não-reprodutivo não exibiram isolamento por distância no trecho a jusante da UHE Itá. Não foi identificado gargalo populacional nas populações amostrais da região fragmentada por barragens, porém, as populações sob influência dos barramentos apresentaram pequenos tamanhos populacionais efetivos. Identificamos ausência de estruturação genética entre as populações amostrais situadas a jusante e a montante da Usina Hidrelétrica (UHE) Machadinho e diferenciação entre as populações amostrais a jusante e a montante da UHE Itá, decorrente, possivelmente, da barreira geográfica preexistente no rio Uruguai, conhecida como Estreito Augusto César Gorge. As análises de parentesco indicaram que múltiplos machos e fêmeas participaram efetivamente durante a reprodução e a desova de S. brasiliensis avaliada em ambiente natural. Os resultados do presente estudo constituem novas descobertas sobre o sistema de acasalamento e modo de organização durante o período reprodutivo e não-reprodutivo de S. brasiliensis. Essas informações devem ser levadas em consideração para tomadas de decisão sobre programas de manejo da pesca, para a amostragem de reprodutores para programas de repovoamento.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissEL.pdf: 2495028 bytes, checksum: d96355fb30280d38e4159c481dd3947d (MD5) Previous issue date: 2006-04-10 / Universidade Federal de Sao Carlos / The natural populations of the white shrimp Litopenaeus schmitti are being threatened by intensive fishing, habitat destruction and introduction of exotic culture species. This species presents characteristics related to its distribution and life cycle that may lead to the fine-scale structuring of its populations. The results obtained in the present work by biometric and microsatellite analysis indicated the existence of genetic and morphological structure between three populations sampled off the coast of the State of Rio Grande do Norte. This structuring was more pronounced for females than males, observing the significant differentiation between Diogo Lopes x Touros and Diogo Lopes x Baía Formosa. The factors responsible for this differentiation seem to be related to the habitat and life cycle of the shrimp and the ocean currents. No population was in the Hardy- Weinberg equilibrium, probably due to the significant heterozygote deficit (FIS=0,212, p<0,05). The assignment tests indicated a larger inflow of migrants in the Baía Formosa Diogo Lopes direction, a probable result of the Brazilian Northern Current and the Brazilian North Undercurrent. When the allelic richness and number of private alleles were compared, it was seen that Diogo Lopes and Touros presented similar and significantly larger values than those of Baía Formosa, corroborating the situation of the estuaries that influences each of these populations. The Mantel test did not show isolation by distance, indicating that the populational structure found is due to genetic and genotypic differences. The results obtained in the present work show for the first time that Brazilian shrimp populations may be genetically distinct even with small geographic distances, reinforcing the particular role of estuaries in the maintenance of this genetic diversity. / As populações naturais do camarão branco Litopenaeus schmitti estão sendo ameaçadas pela pesca intensiva, pela destruição de habitat e pela introdução de espécies exóticas de cultivo. Esta espécie apresenta características relacionadas à sua distribuição e ao seu ciclo de vida que podem levar à estruturação em escala fina de suas populações. Os resultados obtidos no presente trabalho a partir de análises biométricas e de marcadores microssatélites indicaram a existência de estruturação genética e morfológica entre três populações amostradas na costa do Rio Grande do Norte. Essa estruturação foi mais pronunciada para as fêmeas e entre as populações de Diogo Lopes x Touros e Diogo Lopes x Baía Formosa. Os fatores atribuídos a essa diferenciação parecem estar relacionados ao habitat, ao ciclo de vida e às correntes oceânicas. Todas as populações se encontraram fora do equilíbrio de Hardy-Weinberg, devido provavelmente ao significativo déficit de heterozigotos (FIS=0,212, p<0,05). Os testes de assignmet indicaram um maior aporte de migrantes na direção Baía Formosa Diogo Lopes, um provável resultado da influência da Corrente Norte do Brasil e da Subcorrente Norte do Brasil. Quando se comparou a riqueza alélica e o número de alelos privados, foi verificado que Diogo Lopes e Touros apresentaram valores similares e significativamente superiores aos de Baía Formosa, dados condizentes com a situação dos estuários que influenciam cada uma dessas populações. O teste de Mantel não apontou isolamento pela distância, indicando que a estrutura populacional encontrada se deve às diferenças gênicas e genotípicas. Os resultados obtidos no presente trabalho mostraram pela primeira vez que as populações de camarões da costa brasileira podem ser genética e morfometricamente distintas mesmo entre curtas distâncias geográficas, reforçando o papel particular dos estuários na manutenção dessa diversidade genética.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissJES.pdf: 3251640 bytes, checksum: 1a2925395aad5a4359dc8d598a17edc7 (MD5) Previous issue date: 2007-02-23 / Financiadora de Estudos e Projetos / The Cichla kelberi population was characterized in terms of sexual proportion, size structure and some reproductive aspects. The collects were made in two distinct periods. The first, from November 2002 to November 2003 and the second, from December 2004 to May 2006. The sexual proportion showed significantly difference from 1:1 with predominance of females. Total length varied from 3.4 to 40.1cm, with large frequency on the small sized classes. These smallest individuals occurred around all the year, but mainly in the warmer months. Females and males reached similar maximum length. Individuals with Mature or Partial Spent gonads occurred mainly from November to April, indicating that Cichla kelberi has a long reproductive period, a biological evidence that it is a species well adapted in this reservoir, showing partial spawning and an absolute fecundity ranging from 6089 to 6908 oocytes. / Foi caracterizada a composição da população de Cichla kelberi quanto à proporção sexual, composição em comprimento e algumas características reprodutivas. As coletas foram realizadas em dois períodos. O primeiro, de novembro de 2002 a novembro de 2003 e o segundo, de dezembro de 2004 a maio de 2006. A proporção sexual foi significativamente diferente de 1:1, com predomínio de fêmeas. Os comprimentos totais variaram de 3,4 a 40,1cm, com altas freqüências nas classes de menor tamanho. A ocorrência de indivíduos nas menores classes deu-se ao longo de todo o ano, com maior incidência nos períodos mais quentes. Fêmeas e machos atingem comprimentos máximos similares. Indivíduos com gônadas Maduras ou Semi Esgotadas ocorreram com maior freqüência de setembro a abril, indicando que Cichla kelberi apresenta um longo período reprodutivo, uma condição biológica que indica a boa adaptação da espécie neste reservatório. A desova é do tipo parcelada e com fecundidade absoluta de variando de 6089 a 6908 ovócitos.

Submitted by Izabel Franco (izabel-franco@ufscar.br) on 2016-10-06T19:46:13Z No. of bitstreams: 1 TeseEAM.pdf: 2624367 bytes, checksum: 6fb400538bb8550750bc360ce1db0a37 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-20T13:52:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseEAM.pdf: 2624367 bytes, checksum: 6fb400538bb8550750bc360ce1db0a37 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-20T13:52:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseEAM.pdf: 2624367 bytes, checksum: 6fb400538bb8550750bc360ce1db0a37 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-20T13:52:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseEAM.pdf: 2624367 bytes, checksum: 6fb400538bb8550750bc360ce1db0a37 (MD5) Previous issue date: 2016-04-29 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Partamona rustica is a stingless bee endemic to dry forests in Brazil. Despite its importance as a pollinator and its occurrence in endangered areas, such as the Caatinga (scrubland forest) and Cerrado (savanna) biomes, its natural history, biogeography, population genetics and evolutionary history are poorly known. This PhD Dissertation is presented in four chapters addressing specific aims to reduce the gaps in knowledge regarding P. rustica. In Chapter I, aspects of the natural history of this bee were investigated. The results revealed that P. rustica occurs from the northern portion of the state of Minas Gerais to the southern portion of the state of Bahia in the Caatinga and Cerrado biomes, contouring the plateaus and hills of Chapada Diamantina by the east. It is a floral visitor of at least 62 kinds of plant and its nests are built in arboreal termite nests constructed by Constrictotermes cyphergaster. In Chapter II, the hypothesis was tested that populations of stingless bees, such as P. rustica and Partamona helleri, have a high degree of differentiation when analyzed for mitochondrial genes due to the fact that the occupation of a site is performed by a small number of founding females. Therefore, each occupation event may exhibit a founder effect. The results revealed few haplotypes per population as well as a high degree of genetic differentiation, which supports the hypothesis. Implications for future studies were also indicated, such as the need to change the current focus of studies related to the genetic structure of bee populations, which usually estimate the degree of inter-population differentiation, to x estimates of genetic relatedness among queens, workers and males who founded the colonies of a given population. In Chapter III, the genetic relatedness among workers of P. rustica was estimated to evaluate the role of males in dispersal and gene flow among colonies and populations. The results revealed a low degree of average genetic relatedness among workers of colonies from the same locality and even lower relatedness among workers of colonies from different localities, suggesting that, although the areas analyzed were occupied by few females, dispersal promoted by males reduces relatedness and, consequently, the risk of inbreeding, which is harmful to hymenopterans due to their complementary sex determination system (locus csd). In Chapter IV, we used an integrative approach to reconstruct the evolutionary history of P. rustica in a spatiotemporal framework. The results identified two groups: one to the west and the other to the east of the São Francisco River Valley, which putatively diverged during the late Pleistocene, and indicated the western group as ancestral to the eastern group. The results also indicate that the inferences from both the analysis of genetic data and spatial distribution modelling are compatible with a history of populations of a constant size. The data presented in this thesis can be used to guide conservation and management strategies concerning the species as well as the Caatinga and Cerrado biomes, broaden knowledge on the biology and genetics of stingless bees, which can be useful in beekeeping and bee management, as well as reinforce the need for more detailed investigations into Pleistocene climate changes and the effects on the diversification of the endemic biota in Neotropical dry forests, especially studies involving the considerable diversity of bees in this region. / Partamona rustica é uma abelha sem ferrão endêmica de florestas secas do Brasil. Apesar da sua importância como polinizadora e da sua localização em áreas ameaçadas, como a Caatinga e o Cerrado, pouco se sabe a respeito da sua história natural, biogeografia, genética de suas populações, bem como da sua história evolutiva. Esta tese é apresentada em quatro capítulos, os quais apresentam objetivos específicos que visam reduzir estas lacunas em nosso conhecimento acerca de P. rustica. No Capítulo I, buscou-se investigar alguns aspectos da história natural de P. rustica. Os resultados revelaram que o principal substrato de nidificação utilizado pela espécie são termiteiros da espécie Constrictotermes cyphergaster, que P. rustica é visitante floral de pelo menos 62 tipos de plantas, e se ditribui em áreas de Caatinga e Cerrado entre o norte de Minas Gerais e o sudoeste da Bahia, contornando a Chapada Diamantina. No Capítulo II foram utilizadas as espécies P. rustica e Partamona helleri como modelos para testar a hipótese de que, nas abelhas sem ferrão, a ocupação de uma determinada área é realizada por um número reduzido de fêmeas fundadoras; desta forma, cada evento de ocupação pode, eventualmente, apresentar as condições de efeito fundador. Os resultados deste estudo revelaram um ou poucos haplótipos por localidade e elevada diferenciação entre as populações analisadas, dados que suportaram a hipótese testada. Além disto, foram apontadas algumas implicações para os futuros estudos, dentre elas, a necessidade de mudança do foco atual dos estudos relacionados à estrutura genética das viii populações de abelhas, os quais, via de regra, apenas estimam o nível de diferenciação interpopulacional, para estimativas das relações genéticas entre rainhas e machos que fundaram as colônias de uma dada população. No Capítulo III foi estimado o parentesco genético entre operárias de P. rustica, buscando avaliar o papel dos machos na dispersão e fluxo gênico entre colônias e populações. Os resultados mostraram baixos índices de parentesco genético médio entre operárias de colônias da mesma localidade e parentesco ainda menor entre operárias de colônias de diferentes localidades, sugerindo que apesar da ocupação das áreas analisadas ter se dado por poucas fêmeas, a dispersão promovida pelos machos reduz o parentesco e, consequentemente, o risco de acasalamentos endogâmicos, nocivos para os himenópteros, devidos ao sistema de determinação complementar do sexo (csd). No Capítulo IV foi utilizada uma abordagem integrada para reconstruir a história evolutiva de P. rustica num contexto espaçotemporal. Os resultados apontaram para a formação de dois grupos (grupo leste e oeste), separados pelo Vale do Rio São Francisco, que apresentaram divergência datada ao final do Pleistoceno. Os resultados ainda indicaram o grupo oeste como sendo ancestral ao grupo leste. Ademais, tanto os resultados das análises genéticas quanto da paleomodelagem são compatíveis com uma história de populações de tamanho constante. Os dados apresentados nesta tese poderão ser utilizados para nortear estratégias de conservação e manejo da espécie, bem como dos biomas Caatinga e Cerrado; ampliam o conhecimento acerca da biologia e da genética das abelhas sem ferrão, podendo ser úteis na criação racional destas abelhas e reforça-se a necessidade de novas e mais detalhadas investigações sobre as mudanças climáticas Pleistocênicas e seus efeitos na diversificação da biota endêmica das florestas secas da região Neotropical, principalmente, novos estudos envolvendo a grande diversidade de abelhas existente nesta região.

Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-26. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:16:43Z : No. of bitstreams: 1 000866312.pdf: 1513735 bytes, checksum: ebc1a9c4c91be977c085b13a32f3b8b4 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A crescente exploração pesqueira de diversas espécies de tubarões nas últimas décadas tem se tornado um assunto de preocupação internacional. Tal situação tem determinado a realização de levantamentos sobre o estado atual das populações, tornando urgente a disponibilização de informações que auxiliem no estabelecimento de planos de conservação. Dentre as espécies mais exploradas, o tubarão martelo Sphyrna zygaena está classificado mundialmente como Vulnerável, já tendo sido incluída na lista de restrições de comércio internacional da Comissão Internacional para o Comércio de Espécies Ameaçadas. Assim, dada a urgente necessidade da formulação de programas de controle sustentável da pesca, este estudo busca caracterizar a estrutura genética populacional da espécie S. zygaena no Oceano Atlântico utilizando marcadores moleculares do DNA mitocondrial. Neste trabalho apresentam-se os resultados sobre a estrutura genética populacional do tubarão-martelo, Sphyrna zygaena, utilizando sequências da região controladora do DNA mitocondrial de espécimes capturados em diversas regiões do Oceano Atlântico (191) e em pontos dos oceanos Índico (21) e Pacífico (39). A análise realizada em 733 nucleotídeos de 251 indivíduos resultou na identificação de nove haplótipos pela combinação de sete sítios polimórficos. Os índices de variabilidade genética da espécie, considerando a totalidade das amostras, foi de 0,00177 para diversidade nucleotídica e 0,519 para diversidade haplotípica. Na estimativa de diferenciação genética pelo método de Análise de Variância Molecular observa-se que há forte estruturação populacional (FST = 0.78149) e baixo fluxo gênico da espécie entre o Oceano Atlântico e a região do Indo-Pacífico, caracterizando estoques genéticos distintos. Entre os grupos amostrais do Atlântico, onde o maior número de amostras possibilitou análises em fina escala, não foram...

Submitted by Renato Coutinho (renatomc@ift.unesp.br) on 2016-08-23T17:20:11Z No. of bitstreams: 1 Coutinho RM - PhD Thesis IFT 2015.pdf: 13482267 bytes, checksum: 45f0c36912e49b3e829c6d4b6168c91f (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-08-26T14:56:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 coutinho_rm_dr_ift.pdf: 13482267 bytes, checksum: 45f0c36912e49b3e829c6d4b6168c91f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-26T14:56:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 coutinho_rm_dr_ift.pdf: 13482267 bytes, checksum: 45f0c36912e49b3e829c6d4b6168c91f (MD5) Previous issue date: 2015-02-25 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Esta tese aborda a dinâmica de populações biológicas estruturadas. Essas estruturas podem ser quaisquer características que distinguam indivíduos da mesma população: sexo, idade, estágio, tamanho, localização espacial. Exploramos uma variedade de sistemas ecológicos e estratégias de modelagem, trabalhando com biólogos e ecólogos em problemas específicos. Estudamos alguns modelos espaciais explícitos para dispersão em conexão com estrutura de estágio. Isto inclui um modelo de equaçõesintegrais a diferenças para a invasão de moscas varejeiras no Brasil durante os anos 70, parametrizado com dados tanto de laboratório quanto de campo para prever \emph{a posteriori} a velocidade de invasão, obtendo boa concordância. Também estudamos o fenômeno conhecido como desconexão de \emph{habitat}, em que indivíduos imaturos de espécies com história de vida complexa, tais como anfíbios dependentes de cursos d'água para reproduzir, são fisicamente separados do seu \emph{habitat} adulto, o que aumenta sua mortalidade drasticamente e pode levar a um limiar de extinção. Investigamos ainda um modelo para migração a partir de uma mancha em uma paisagem com forte sazonalidade, onde a dispersão é possível somente durante uma parte do ano, levando a regimes distintos dependendo da duração dessa estação em relação ao tempo característico de difusão na matriz. Atacamos também problemas envolvendo a coexistência de espécies em comunidades, começando com a dinâmica de coexistência de duas espécies relacionadas por mutualismo intraguilda -- predadores de um recurso comum compartilhado, mas que se beneficiam da presença uma da outra devido ao aumento da eficiência de predação, levando a coexistência estável. Além disso, desenvolvemos um modelo eco-epidemiológico para a transmissão de malária na mata Atlântica, que incorpora fatores ecológicos na taxa de picadas e tamanho da população de mosquitos.Este modelo é parametrizado com dados e explica a ausência da transmissão de malária nesta região, em contraste ao modelo de Ross-MacDonald. Introduzimos um novo quadro teórico para prever a dinâmica populacional de animais de sangue frio levando em conta a variação de temperatura e a estrutura de estágios. Em particular, incorporamos características de história de vida (taxas de nascimento, morte e desenvolvimento) e sua resposta à temperatura a um modelo de dinâmica de populações, aplicando-o a duas questões: viabilidade da população e competição intra\hyp específica dependente de temperatura. Finalmente, exploramos a dinâmica de comunidades predador-presa nas quais cada população é composta por muitas espécies. Presas podem investir mais em defesa contra predadores às custas de uma menor taxa de crescimento, ao passo que predadores podem ser mais ou menos seletivos, porém os mais seletivos são mais eficientes. Essas características variam ao longo de um eixo contínuo, com cada valor correspondendo a uma espécie. Embora a teoria tradicional simplifique o sistema modelando apenas médias e variâncias, nós seguimos a dinâmica do sistema completo para descobrir como distribuições de características com grande variância, especialmente as bimodais, alteram os resultados da dinâmica de comunidades.Observamos vários tipos de dinâmica, e determinamos sob quais circunstâncias espera-se ver diferenças drásticas entre os modelos usuais e o nosso. / This thesis broaches the dynamics of structured biological populations. These structures consist of anything that distinguishes individuals of the same population: sex, age, stage, size, spatial location, individual characteristics, etc. We explored a wide range of ecological systems and modeling approaches, working closely with biologists and ecologists in problems arising in specific contexts. We studied some spatially explicit models for dispersal in connection with stage structure. Those include an integrodifference model for a blowfly invasion in Brazil during the 1970s, parametrized with laboratory and reanalyzed field data to predict a posteriori the invasion speed, obtaining a reasonable agreement. We also study the phenomenon known as habitat split, where immature individuals of species with complex life history, such as amphibians dependent on water streams to reproduce, are physically separated from their adult habitat, what can increase their mortality dramatically and lead to sharp extinction thresholds. We also investigate a model for population migration from a patch in a scenario of strong seasonality, where dispersal is possible only during part of the year, leading to distinct scenarios depending on that duration relative to the characteristic time for diffusion into the matrix. Then we look at problems involving coexisting species in communities, beginning with the dynamics and coexistence of two species engaging in intraguild mutualism, in which they are both specialist predators on a common, shared resource, but benefit from each other’s presence because of increased predation efficiency, leading to stable coexistence. We also develop an eco-epidemiological model for malaria transmission in the Atlantic Forest that incorporates feedbacks from ecological factors into biting rate and mosquito population size. Parametrized with data, it explains the absence of malaria transmission in the area, in contrast to the Ross-MacDonald model. We introduce a novel framework to predict the population dynamics of cold-blooded animals taking into account temperature variation and stage structure. We use individual life-history traits (birth, death and development rates) and their response to temperature to parametrize the population dynamics model, applying it to two sets of questions: population viability and (temperature-dependant) intra-specific competition. Finally, we explore the dynamics of predator-prey communities in which each population is composed by many species, characterized by their traits. Prey can invest more in defense against predators, at the cost of slower growth, while predators can be more or less selective on which prey it feeds on, but selective predators are more efficient. These traits can vary along a range of values, each species corresponding to a trait value. While traditional theory simplifies the description of the system by modeling only the aggregate measures of the distribution of traits in the population, we follow the dynamics of the whole system in order to learn how trait distributions with large variance, especially bimodal ones, change the outcomes of the community dynamics. We observe a range of behaviors, and characterize under which circumstances we expect to see drastic deviations from the usual aggregate models. / FAPESP: 2010/09464-1