Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-06-13Bitstream added on 2014-06-13T19:18:06Z : No. of bitstreams: 1 basseto_ma_me_ilha.pdf: 949120 bytes, checksum: dd3f3b104d600fa3d0cc25023fb35d18 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A mancha areolada causada por Thanatephorus cucumeris, é uma das doenças mais importantes da seringueira (Hevea brasiliensis) na região Amazônica. Apesar disso, há pouca informação disponível sobre a diversidade biológica, patogênica e genética do patógeno. Uma questão importante sobre o real posicionamento filogenético deste patógeno ainda não foi respondida. Neste estudo, foram analisadas seqüências da região ITS-5.8S do rDNA de uma população de T. cucumeris (fase anamórfica = Rhizoctonia solani AG 2-2) associado à mancha areolada da seringueira, obtida em Belém (PA), Manaus (AM) e Xapuri/Rio Branco (AC). Esta população foi também comparada filogeneticamente com membros do AG 2 descritos mundialmente. Este estudo representa um passo importante para revelar a origem, os padrões de movimento e amplificação de genótipos epidemiologicamente importantes de T. cucumeris da seringueira. Filogenéticamente, através de análise Bayesiana e de máxima parcimônia, encontramos suporte para nomear um novo grupo de anastomose associado à mancha areolada da seringueira: o AG 2-2 Hb. Este grupo constitui-se numa unidade evolucionária independente em relação aos subgrupos mundiais do AG 2-2 analisados. Na genealogia construída por análise coalescente, observou-se que a população de R. solani AG 2-2 Hb, de Belém, é relativamente mais velha que as demais populações analisadas. O ancestral comum de todas as três populações analisadas está associado com a mancha foliar do maracujazeiro (Passiflora edulis), em Belém, e tem cerca de 0,8 unidades evolucionárias coalescentes de idade. Nenhum haplótipo da região ITS-5.8S do AG 2-2 Hb, de Belém, foi observado em outras regiões. Entretanto, a população de Manaus compartilhou dois, de seus quatro haplótipos, com aqueles observados em Xapuri / Rio Branco, no Acre, indicando fluxo gênico e deriva genética. / Thanatephorus leaf spot is one of the most important diseases of rubber tree (Hevea brasiliensis) in the Amazon region, Brazil. However, there is fill information available about the biological, pathogenic and genetic diversity of the pathogen. An important question about the actual phylogenetic placement of this pathogen is not answered yet. In this study, we analyzed sequences of the ITS-5.8S rDNA region from a population of T. cucumeris (anamorphase = Rhizoctonia solani AG 2-2) associated to the rubber tree leaf spot obtained in Belém (PA), Manaus (AM) and Xapuri/Rio Branco (AC). This population was also phylogenetically compared with members of AG 2 world-widely described. This study represents an important step to reveal the origin, the patterns of movement and amplification of epidemiologically important genotypes of rubber tree-infecting T. cucumeris. Phylogenetically, through both Bayesiana and maximum parsimony analyses, we found support to nominate a new group of anastomosis associated with the rubber tree foliar spot: the AG 2-2 Hb. This group consisted of a independent evolutionary unit in relation to the world-wide sub-groups of AG 2-2 analyzed. In the gene genealogy built by coalescent analysis, was observed that the population of R. solani AG 2-2 Hb of Belém is relatively older than the other populations analyzed. The oldest most recent common ancestor of all the three populations analyzed was associated with a sample obtained from passion-fruit (Passiflora edulis) leaf blight in Belém and has about 0.8 coalescent evolutionary units of age. No AG 2- 2 Hb ITS-5.8S rDNA haplotype from Belém was observed in any other regions. However, the population from Manaus shared two, of its four haplotypes, with those observed in Xapuri/Rio Branco (Acre), indicating both gene flow and genetic drift.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-28Bitstream added on 2014-06-13T21:00:34Z : No. of bitstreams: 1 carvalhobatista_a_me_botib_parcial.pdf: 551790 bytes, checksum: 39071529c2f3d0dd3d7dd8196bf2322c (MD5) Bitstreams deleted on 2014-06-27T19:00:48Z: carvalhobatista_a_me_botib_parcial.pdf,Bitstream added on 2014-06-27T19:02:03Z : No. of bitstreams: 1 carvalhobatista_a_me_botib.pdf: 1703783 bytes, checksum: e2cb73c96ed8c819313a3d0a2cc22287 (MD5) / O presente trabalho averiguou os efeitos da ressurgência de Cabo Frio sobre a dinâmica e a estrutura genética populacional do camarão Artemesia longinaris Spence Bate, 1888. As coletas foram realizadas em duas regiões do sudeste brasileiro, sendo uma localizada ao norte da ressurgência de Cabo Frio (Macaé – RJ) e outra ao sul (Ubatuba – SP). Os objetivos foram comparar a abundância, o tamanho médio dos indivíduos, a proporção sexual, o tamanho da maturidade sexual (CL50), o período reprodutivo, o recrutamento juvenil, o crescimento e a longevidade em ambas as áreas. Foram capturados 51221 indivíduos em Macaé e 757 em Ubatuba. Apenas para as fêmeas foi constada diferença significativa no tamanho médio dos indivíduos entre as duas regiões, com o maior tamanho sendo verificado em Macaé (15,9 ± 3,10 mm) e contrapondo Ubatuba, com 14,2 ± 2,55 mm. Em ambas as regiões, a proporção sexual foi desviada em favor das fêmeas. Os valores de CC50 foram de 12,2 mm para os machos e 15,7 mm para as fêmeas em Macaé, e 12,0 mm para os machos e 13,8 mm para as fêmeas em Ubatuba. Em ambas as áreas a reprodução contínua foi constatada, porém dois picos foram verificados, sendo em Macaé um no inverno e no verão e, em Ubatuba,um na primavera e outro no verão . O recrutamento juvenil também foi contínuo com dois picos para as duas regiões, sendo um na primavera e outro no final do verão em Macaé, e um na primavera e outro no início do outono em Ubatuba. As estimativas dos parâmetros de crescimento em Macaé foram de CC∞ = 20,07 mm; k = 0,01/dia; t0 = 0,403 para os machos e de CC∞ = 26,93 mm; k = 0,007/dia; t0 = 0,338 para as fêmeas. Já para Ubatuba, as estimativas foram de CC∞ = 16,57 mm; k = 0,016/dia; t0 = 0,44 para os machos e CC∞ = 20,59 mm; k = 0,012/dia; t0 = 0,116 para... / The present work investigated the effects of upwelling from Cabo Frio on the dynamics and on the population genetic structure of the shrimp Artemesia longinaris Spence Bate, 1888. Samples were performed in two Brazilian Southeast regions, one of them located at north of Cabo Frio upwelling (Macaé – RJ) and the other at south (Ubatuba – SP). The aims of this work were to compare abundance, size, average size of individuals, sex ratio, size at sexual maturity (CL50), reproductive period, juvenile recruitment and longevity in both areas. A total of 51,221 individuals were captured at Macaé and, at Ubatuba, 757 individuals were caught. A significant difference on the average size between the two regions was observed only in females, with the greatest size found at Macaé (15,9 ± 3,10 mm), whereas average size at Ubatuba was 14,2 ± 2,55 mm. At both regions, sex ratio was in favor of females. The values for CL50 were estimated as 12.2 mm in males and 15.7 mm in females at Macaé and, at Ubatuba, as 12.0 mm and 13.8 mm, in males and females, respectively. A continuous reproduction was verified at both regions, but two peaks were observed: spring and autumn, for Macaé, and spring and summer, for Ubatuba. Juvenile recruitment also was continuous, with two peaks for both regions: spring and late summer, for Macaé, and spring and early autumn, for Ubatuba. Growth parameters in Macaé were estimated as CL∞ = 20,07mm; k = 0,01/day; t0 = 0,403 in males and estimated as CL∞ = 26,93 mm; k = 0,007/day; t0 = 0,338 in females. In Ubatuba, values were estimated as CL∞ = 16,57 mm; k = 0,016/day; t0 = 0,44 in males and CL∞ = 20,59 mm; k = 0,012/day; t0 = 0,116 in females. Longevity was estimated as 457 days (1.25 years) in males and 643 days (1.76 years) in females of Macaé, and 294 days (0.81 years) in males and 400 days... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-04-03Bitstream added on 2014-06-13T19:18:40Z : No. of bitstreams: 1 moraes_mb_me_rcla.pdf: 11646475 bytes, checksum: 65d3defdae19c0628f35b04c33c38e31 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A bacia do rio Itanhaém é a segunda maior bacia costeira do Estado de São Paulo. Nesta bacia, a proximidade da Serra do Mar determina um forte gradiente altitudinal que pode ser percebido pela distribuição da ictiofauna. Ferreira (2007) realizou estudo acerca da estrutura da ictiofauna e de sua distribuição nos riachos da bacia do rio Itanhaém, verificando a complexa diversidade, comparada a outras bacias costeiras do Leste. Silva (2009) enfocou estudo sobre a composição alimentar e estrutura trófica das principais espécies encontradas no trabalho de Ferreira (2007). O objetivo desse trabalho foi caracterizar a biologia reprodutiva das principais espécies de peixes nos riachos na bacia do rio Itanhaém (SP), a saber : Deuterodon iguape (n= 1.367) (Characidae), Mimagoniates lateralis (n=247) e M. microlepis (n=294) (Characidae), H. reticulatus (n=180) (Characidae), Kronichthys heylandi (n=392) (Loricariidae), Scleromystax macropterus (n=98) e S. barbatus (n=112) (Callichthyidae), Rhandioglanis transfaciatus (n=220) (Heptapteridae). A análise da dinâmica da reprodução foi realizada através dos parâmetros reprodutivos: estádios de maturidade gonadal (EM), relação gonadossomática (RGS), grau de gordura acumulada (GA) e grau de repleção do estômago (GR) associados aos valores do fator de condição alométrico (K) e relativo (Kr) para cada população. A determinação do tipo de desova e a estimativa da fecundidade foram realizadas para as fêmeas que estiveram em atividade reprodutiva (estádio C). As estratégias reprodutivas adotadas por cada população de peixes foram analisadas, com relação aos diferentes tipos de água (clara e preta) dos riachos. O período reprodutivo de todas as espécies culminou na estação chuvosa, período que apresenta altos índices pluviométricos na região, que é regida pelo regime pluvial marcado, de chuvas mais intensas... / The Itanhaém River basin is the second largest coastal basin of São Paulo State. Its proximity of the Serra do Mar provides a strong altitudinal gradient which may be perceived by the fish distribution. Ferreira (2007) conducted a study about the fish fauna structure and its distribution in the Itanhaém River basin streams by checking the diversity complex, compared to other East coastal basins. Silva (2009) focused on the food composition and trophic structure of the main species found in Ferreia (2007). The aim of this study was to characterize the reproductive biology of the main species in the Itanhaém River basin streams, as followed: Deuterodon iguape (n= 1.367) (Characidae), Mimagoniates lateralis (n=247) and M. microlepis (n=294) (Characidae), H. reticulatus (n=180) (Characidae), Kronichthys heylandi (n=392) (Loricariidae), Scleromystax macropterus (n=98) and S. barbatus (n=112) (Callichthyidae), Rhandioglanis transfaciatus (n=220) (Heptapteridae). Reproductive dynamic analysis was carried out using reproductive parameters: stage of gonadal maturity (EM), gonadosomatic relationship (RGS), degree of fat accumulation (GA) and degree of stomach replation (GR) associated with allometric (K) and relative (Kr) condition factor values for each population. Type of spawning and fecundity estimative were conducted from females in reproductive activity (stage C). The reproductive strategies adopted by each fish population were analysed for different type of stream water (clear and black). All species reproduced at the rainy season in Itanhaém river basin, which has high rainfall indices, marked by heaviest rains during February to May and dry season during August to November. Species were allocated into two groups to better discussion. The Characiforms, represented by D. iguape, M. lateralis, M. microlepis and H. reticulatus were total spawner, had small oocytes and showed... (Complete abstract click electronic access below)

Dois estudos foram realizados com o objetivo de analisar a distribuição espacial de diferentes raças bovinas e dos valores genéticos de animais Brangus no Brasil, relacionando sua ocorrência com variáveis climáticas, físicas e socioeconômicas. O objetivo do primeiro estudo foi analisar a relação das variáveis climáticas, físicas e socioeconômicas com a distribuição de raças bovinas. Neste estudo utilizou-se as informações município e estado das raças Aberdeen Angus, Ayrshire, Braford, Brangus, Charolês, Devon, Flamenga, Hereford, Pinzgauer, Shorthorn e Simental. As raças foram classificadas conforme sua finalidade: carne, dupla aptidão e leite e posteriormente espacializadas no programa ArcGis 10.2. As raças leiteiras estudadas estavam localizadas nos estados do Rio Grande do Sul e Santa Catarina, as raças de duplo propósito em Minas Gerais e no Rio Grande do Sul e as raças de carne estão concentradas na região sul do país. As regressões logísticas demonstraram que as raças de corte e dupla aptidão tendem a ser criadas em regiões com menor temperatura máxima e média, menor amplitude térmica e ITU, porém em municípios com alta umidade e altitude, menor produto interno bruto, pouca orientação técnica, baixo controle de doenças e parasitas e pouca rotação de pastagens A análise de variância mostrou que as raças de carne, leite e dupla aptidão não variaram para as características climáticas, físicas e socioeconômicas. No segundo estudo objetivou-se analisar a associação das variáveis climáticas, físicas e socioeconômicas com a distribuição dos valores genéticos para características de crescimento e perímetro escrotal de animais da raça Brangus. Foram utilizados registros de 84.703 animais da raça Brangus, nascidos entre 2000 e 2010 distribuídos em 65 fazendas do Brasil. Os animais localizaram-se nos estados RS, PR, SP, MG, GO, MG e MS. Á desmama, as maiores médias dos valores genéticos por fazenda estão agrupadas no cluster 1 e ao sobreano agruparam-se no cluster 2. Os maiores valores genéticos ficaram fortemente relacionadas com amplitude térmica e área municipal. Ter conhecimento da distribuição espacial de raças bovinas e dos valores genéticos de animais Brangus pode auxiliar no desenvolvimento de índices ambientais, avaliações genéticas e escolha de animais para determinados ambientes. / Two studies were conducted in order to analyze the spatial distribution of different breeds and breeding values of Brangus animals in Brazil, relating their occurrence to climatic, physical and socioeconomic variables. The aim of the first study was to analyze the relationship of climatic, physical and socioeconomic variables with the distribution of bovine breeds. In this study we used the municipality and state information of the Aberdeen Angus, Ayrshire, Braford, Brangus, Charolais, Devon, Flemish, Hereford, Pinzgauer, Shorthorn and Simmental breeds. Breeds were classified according to their purpose: beef, dual purpose and milk and spatialized using ArcGis 10.2. The dairy breeds studied were located in the states of Rio Grande do Sul and Santa Catarina, the dual purpose breeds in Minas Gerais and Rio Grande do Sul and the beef breeds are concentrated in the southern region of the country. Logistic regression showed that both beef and dual purpose cattle are more likely to be raised in municipalities with lower maximum and average temperatures, lower thermic amplitude and THI, although, with high humidity and altitude, with lower gross domestic product, where technical guidance, rotation of pastures and control of diseases and parasites were low Analysis of variance showed that beef, dairy and dual purpose breeds did not ranged for climatic, physical and socio-economic characteristics. The second study aimed to analyze the association of climate, physical and socio-economic characteristics with the distribution of breeding values of growths traits and scrotal perimeter of Brangus animals. Records of 84.703 Brangus animals, born between 2000 and 2010 distributed in 65 farms in Brazil were used. Cluster analysis formed three clusters of average breeding values per farm. Animals were located in the Brazilian states of RS, PR, SP, MG, GO, MG and MS. At weaning, the highest averages of breeding values per farm were grouped in cluster 1 and to yearling in cluster 2. The highest breeding values were strongly related to thermal amplitude and municipal area. knowledge the spatial distribution of cattle breeds and breeding values of Brangus animals can help in the development of environmental indices, genetic evaluations and in the choice of animals for certain environments.

Após a chegada dos conquistadores europeus, as populações nativas americanas foram dizimadas por diversas razões, como guerras e doenças, o que possivelmente levou diversas linhagens genéticas autóctones à extinção. Entretanto, durante essa invasão, houve miscigenação entre os colonizadores e os povos nativos e muitos estudos genéticos têm mostrado uma importante contribuição matrilinear nativa americana na formação da população colonial. Portanto, se muitos indivíduos na atual população urbana brasileira carregam linhagens nativas americanas no seu DNA mitocondrial (mtDNA), muito da diversidade genética nativa perdida durante o período colonial pode ter se mantido, por miscigenação, nas populações urbanas. Assim, essas populações representam, efetivamente, um importante reservatório genético de linhagens nativas americanas no Brasil e em outros países americanos, constituindo o reflexo mais fiel da diversidade genética pré-colombiana em populações nativas. Baseado nisso, este estudo teve como objetivos 1) comparar os padrões de diversidade genética de linhagens nativas americanas do mtDNA em populações nativas do Sul do Brasil e da população urbana (miscigenada) adjacente; e 2) comparar, através de Computação Bayesiana Aproximada (ABC), a história demográfica de ambas populações para chegar a uma estimativa do nível de redução do tamanho efetivo populacional (Ne) das populações indígenas aqui tratadas. Foram utilizados dados já publicados da região hipervariável (HVS-I) do mtDNA de linhagens nativas de 396 indivíduos Nativos Americanos (NAT) pertencentes aos grupos Guarani, Caingangue e Charrua e de 309 indivíduos de populações miscigenadas urbanas (URB) do Sul do Brasil e do Uruguai As análises de variabilidade e estrutura genética, bem como testes de neutralidade, foram feitos no programa Arlequin 3.5 e a rede de haplótipos mitocondriais foi estimada através do método Median-Joining utilizando o programa Network 5.0. Estimativas temporais do tamanho populacional efetivo foram feitas através de Skyline Plot Bayesiano utilizando o pacote de programas do BEAST 1.8.4. Por fim, o programa DIYABC 2.1 foi utilizado para testar cenários evolutivos e para estimar o Ne dos nativos americanos pré- (Nanc) e pós-contato (Nnat), para assim, se estimar o impacto da redução de variação genética causada pela colonização europeia. Os resultados deste estudo indicam que URB é a melhor preditora da diversidade nativa ancestral, possuindo uma diversidade substancialmente maior que NAT, pelo menos na região Sul do Brasil e no Uruguai (H = 0,96 vs. 0,85, Nhap = 131 vs. 27, respectivamente). Ademais, a composição de haplogrupos é bastante diferente entre as populações, sugerindo que a população nativa tenha tido eventos de gargalo afetando os haplogrupos B2 e C1 e super-representando o haplogrupo A2. Em relação à demografia histórica, observou-se que URB mantém sinais de expansão remetendo à entrada na América, contrastando com NAT em que esses sinais estão erodidos, apenas retendo sinais de contração populacional recente. De acordo com as estimativas aqui geradas, o declínio populacional em NAT foi de cerca de 300 vezes (84 – 555). Em outras palavras, a população efetiva nativa amricana nessa região corresponderia a apenas 0,33% (0,18% – 1,19%) da população ancestral– 99,8%, corroborando os achados de outros estudos genéticos e também com os registros históricos. / After the arrival of the European conquerors, the Native American populations were decimated due to multiple reasons, such as wars and diseases, which possibly led many autochtonous genetic lineages to extinction. However, during the European invasion of the Americas, colonizers and indigenous people admixed, and many genetic studies have shown an important Native American matrilineal contribution to the formation of the Colonial population. Therefore, if many individuals in the current urban population harbor Native American lineages in their mitochondrial DNA (mtDNA), much of Native American genetic diversity that have been lost during the Colonial Era may have been mantained by admixture in urban populations. In this case, these populations effectively represent an important reservoir of Native lineages in Brazil and other American countries, constituting the most accurate portrait of pre-Columbian genetic diverstity of Native populations. Based on this, the aims of the presente study were 1) to compare the patterns of genetic diversity of Native American mtDNA lineages in Native populations from Southern Brazil and the surrounding admixed urban populations; and 2) to compare, using Approximate Bayesian Computation (ABC), the demographic history of both groups to estimate the level of reduction in the effective population size (Ne) for the indigenous groups present here. We used mtDNA hypervariable segment (HVS-I) data of indigenous origin already published from 396 Native American individuals (NAT) belonging to the Guarani, Kaingang, and Charrua groups, and 309 individuals from Southern Brazilian and Uruguayan admixed urban populations (URB) The analyzes of variability and genetic structure, as well as the neutrality tests were accomplished using Arlequin 3.5, and the mitochondrial haplotype network estimated through the Median-Joining method available in Network 5.0. Time estimates for effective population size were performed using Bayesian Skyline Plot available in the BEAST 1.8.4 package. Finally, the DIYABC 2.1 software was used to test evolutionary scenarios and to estimate the pre (Nanc) and post-contact (Nnat) Native American Ne, and estimate the impact of the colonization process on the Native American genetic variability. The results indicate that URB is the best predictor of ancestral Native diversity, having substancially greater genetic diversity than NAT, at least in the Southern Brazilian and Uruguayan regions (H = 0.96 vs. 0.85, Nhap = 11 vs. 27, respectively). Moreover, the haplogroup compositions are very distinct between these groups, suggesting that the Native population passed through bottleneck events affecting the haplogroups B2 and C1, and overrepresenting the haplogroup A2. In relation to demographic history, we observed that URB retains signals of population expansion back to the entry in the Americas. In contrast, these signals are eroded in NAT, which maintains only signals of recent population contraction. According to our estimates, the population decline in NAT was around 300x (84 – 555x). In other words, the effective Native American population in this region would correspond to only 0.33% (0.18% – 1.19%) of the ancestral population, corroborating the findings of other genetic studies and historical records.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2010. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2011-02-17T19:57:59Z No. of bitstreams: 1 2010_GustavoCarvalhoDalton.pdf: 1576686 bytes, checksum: 080e210f6ef6123172c5a6fcaf1fe807 (MD5) / Rejected by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br), reason: on 2011-02-18T12:11:11Z (GMT) / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2011-02-18T12:48:45Z No. of bitstreams: 1 2010_GustavoCarvalhoDalton.pdf: 1569914 bytes, checksum: b8c1916b5c2421b6439eec869edcdcbe (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2011-02-18T12:55:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_GustavoCarvalhoDalton.pdf: 1569914 bytes, checksum: b8c1916b5c2421b6439eec869edcdcbe (MD5) / Made available in DSpace on 2011-02-18T12:55:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_GustavoCarvalhoDalton.pdf: 1569914 bytes, checksum: b8c1916b5c2421b6439eec869edcdcbe (MD5) / A história do povoamento do Brasil teve relação direta com a composição atual de sua população. Inicialmente com a presença indígena (ameríndia), e posteriormente com a colonização de europeus (notadamente da península ibérica) e contribuição africana decorrente da política escravagista, a população resultante traz a participação básica destes três grupos parentais. O histórico de ocupação mais recente do Centro-Oeste, com o deslocamento de migrantes de diversos outros Estados brasileiros, tem sugerido que esta região apresente um retrato genético da população do país. Um questionamento acerca dos estudos populacionais é se a amostra utilizada em um dado trabalho representa a população pretendida. Amostragens visando uma descrição populacional buscam adotar condições de aleatoriedade, porém devido às singularidades de coleta questiona-se se diferentes amostras da mesma população podem refletir alguma estratificação nela existente. Outra questão é se perfis definidos por marcadores considerados neutros, como os STR autossômicos do sistema CODIS, fornecem informações sobre a ancestralidade de um dado indivíduo. Dessa forma, o objetivo geral desse trabalho foi investigar se amostras coletadas em uma mesma localidade geográfica, porém de estratos sócio-econômicos distintos, apresentam diferenças quanto à caracterização genética para marcadores genéticos do tipo STR autossômicos e se perfis genéticos gerados para esses marcadores fornecem informações sobre ancestralidade dos indivíduos em análise. Para tanto, foram utilizadas duas amostras do Distrito Federal, uma oriunda de pessoas amostradas em laboratório público e que apresentam menor poder aquisitivo e outra de um laboratório privado, onde os indivíduos apresentam um maior poder aquisitivo. Análises de diferenciação genética mostraram que essas duas amostras, assim como a comparação dessas com outras localidades brasileiras, não apresentam diferença quanto à constituição genética para 12 marcadores STR autossômicos. Entretanto, análises de contribuição genética dos grupos parentais na constituição das duas amostras, assim como a análise de estrutura populacional (STRUCTURE) mostraram diferenças. A amostra de origem de laboratório privado apresentou uma maior contribuição europeia (77,7%) do que a do laboratório público (61,2%). Por outro lado, a contribuição africana e ameríndia foram maiores no público (26,6% e 12,2%, respectivamente) em contraste com o privado (13,2% e 9,0%, respectivamente). Análise obtida com o auxílio do programa STRUCTURE corrobora essa visão. Quanto à análise de perfis genéticos obtidos por STR autossômicos descritos como neutros serem ou não informativos de ancestralidade em população miscigenada, foram utilizadas as planilhas OMNIPOP e MPGO/EHSTRAFD. Foi possível identificar um potencial de indicação de ancestralidade a partir de alelos sugeridos no presente trabalho como indicativo de ancestralidade europeia, africana ou ameríndia. Deste modo, foram estabelecidos alelos e genótipos característicos de determinadas origens geográficas ou parentais, estabelecendo-se que os marcadores autossômicos do sistema CODIS, notadamente cinco deles (TPOX, D5S818, TH01, D13S317 e FGA), podem ser utilizados como indicadores de ancestralidade. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The history of the populating of Brazil had a direct relation with the current composition of its population. Originally with indigenous (Amerindian), and subsequently with the colonization of Europeans (mainly from the Iberian peninsula) and the African contribution arising from slavery politics, the population shares the involvement of these three basic groups of parents. The history of more recent occupation of the Midwest, with the displacement of many migrants from other Brazilian states, has suggested that this region presents a portrait of the genetic population. A questioning of population studies is whether the sample used in a given work represents the intended population. Sampling aiming at a description of population seeks to adopt conditions of randomness, but due to the singularity of collecting methods there is a questioning whether different samples of the same population may reflect some stratification that might exist within it. Another question is whether profiles defined by markers allegedly neutral, such as autosomal STR CODIS system, provide information about the ancestry of a given individual. Thus, the general objective of this study was to investigate whether the samples collected in the same geographic location, but in different socio-economic strata, show differences in genetic characterization for genetic markers of autosomal STR type and if genetic profiles generated by these markers provide information on ancestry of these individuals in the analysis. To this end, we used two samples of the Federal District, one coming from people sampled in a public laboratory with a lower purchasing power and another from a private laboratory, where individuals have a higher purchasing power. Analysis of genetic differentiation showed that these two samples, as well as the comparison among other locations in Brazil, have no difference in the genetic constitution for 12 autosomal STR markers. However, analysis of the genetic contribution of parental groups in the constitution of the two samples, as well as analysis of population structure (STRUCTURE) showed differences. The sample source from the private laboratory showed a greater European contribution (77.7%) than the one from the public laboratory (61.2%). On the other hand, African and Amerindian contributions were higher in public (26.6% and 12.2% respectively) in contrast with the private laboratory (13.2% and 9.0% respectively). Analysis obtained with the help of the STRUCTURE program corroborates this view. As for the analysis of genetic profiles obtained by autosomal STR described as neutral being or not ancestry informative in a mixed population, we used OMNIPOP and MPGO/EHSTRAFD spreadsheets. It was possible to identify a potential indication of ancestry from allele suggested in this study as indicative of European, African or American ancestry. Thus, alleles and genotypes characteristic of certain geographic origins or parents were established, indicating that the CODIS system autosomal markers, especially five of them (TPOX, D5S818, TH01, D13S317 and FGA), can be used as indicators of ancestry.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2010. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-04-13T00:51:35Z No. of bitstreams: 1 2010_CassiadeOliveiraHiragi.pdf: 1151931 bytes, checksum: 21b0148453cd8aa94298ec189b748546 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-04-13T00:55:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_CassiadeOliveiraHiragi.pdf: 1151931 bytes, checksum: 21b0148453cd8aa94298ec189b748546 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-04-13T00:55:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_CassiadeOliveiraHiragi.pdf: 1151931 bytes, checksum: 21b0148453cd8aa94298ec189b748546 (MD5) / A superóxido dismutase (SOD), a catalase (CAT), a haptoglobina (HAPTO), as glutationas S-Transferases (M1 e T1) e a glutationa peroxidase (GPX1) são marcadores genéticos associados ao estresse oxidativo, que têm como função inibir ou diminuir as taxas de oxidação no organismo, evitando danos ao DNA. A variação genética dessas enzimas sugere diferenças individuais quanto ao grau de proteção antioxidante e a distribuição das frequências alélicas apresenta diferenças geográficas, dependendo do grupo étnico. Neste trabalho foi descrita a distribuição da freqüência dos polimorfismos: CAT (21A/T), SOD2 (Ala9Val), GPX1 (Pro198Leu), subtipos da HAPTO e deleção dos genes da GSTM1 e GSTT1 em três grupos populacionais brasileiros de origens étnicas diferentes: Kayabi (n = 60), Kalunga (n = 72) e Distrito Federal (n = 162). A maioria das freqüências dos alelos variantes observadas em Kalunga (18% a 60%) e Distrito Federal (15% a 63%) foram similares aos observados em Euro e Afro-descendentes, enquanto que em Kayabi (3% a 68%), dependendo do marcador foram semelhantes aos Asiáticos, Ameríndios e Euro-descendentes. Exceto para SOD2 e HAPTO em todos os grupos de população estudados e para GPX1 em Kayabi e Kalunga, as distribuições genotípicas estavam de acordo com o equilíbrio de Hardy-Weinberg. Valores de FST mostram que há uma diferenciação genética moderada nestes três grupos populacionais brasileiros. Em populações miscigenadas, como a brasileira, esses dados podem elucidar a contribuição de diferentes etnias em sua formação. Além disso, estes polimorfismos têm revelado dados interessantes para evitar associações genótipo-fenótipo inconsistentes nos estudos de farmacogenética. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Genetic markers associated with oxidative stress such as superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), haptoglobin (HAPTER), glutathione S-transferase (M1 and T1) and glutathione peroxidase (GPX1) inhibit, or decrease the rate of oxidation in the organism avoiding damage to DNA. Genetic variation of these enzymes suggests individual differences in the degree of antioxidant protection and the distribution of allele frequencies shows geographical differences, depending on the ethnic group. This study describes the frequency distribution of polymorphisms CAT (21A/T), SOD2 (Ala9Val), GPX1 (Pro198Leu), HAPTO subtypes and deletions of the GSTM1 and GSTT1 in three population groups from different ethnic backgrounds: Kayabi (n = 60), Kalunga (n = 72) and the Federal District (n = 162). Most of the frequencies of variant alleles observed in Kalunga (18% to 60%) and the Federal District (15% to 63%) were similar to those observed in European and African descendants, while in Kayabi (3% to 68%) depending on the marker were similar to Asians, Amerindians and Euro-descendants. Except for SOD2 in all population groups studied and HAPTO in Kayabi and Federal Districti and GPX1 in Kalunga, the genotypic distributions were in accordance with the Hardy-Weinberg. FST values show that there is a moderate genetic differentiation in these three population groups. In admixed populations such as Brazilian, these data can elucidate the contribution of different ethnic groups in their formation. Moreover, these polymorphisms have revealed interesting data to avoid the genotype-phenotype inconsistent in pharmacogenetic studies.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, 2011. / Submitted by Suelen Silva dos Santos (suelenunb@yahoo.com.br) on 2011-06-28T17:49:21Z No. of bitstreams: 1 2011_RafaelaCesareParmezanToledo.pdf: 689527 bytes, checksum: 94da9c149705926f4a0b862b4232701a (MD5) / Approved for entry into archive by Elna Araújo(elna@bce.unb.br) on 2011-07-06T22:36:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_RafaelaCesareParmezanToledo.pdf: 689527 bytes, checksum: 94da9c149705926f4a0b862b4232701a (MD5) / Made available in DSpace on 2011-07-06T22:36:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_RafaelaCesareParmezanToledo.pdf: 689527 bytes, checksum: 94da9c149705926f4a0b862b4232701a (MD5) / Kimura propôs que o principal fator evolutivo na evolução humana foi a deriva genética. Porem, nos últimos anos diversos trabalhos tem indicado que a seleção natural também pode ter tido um papel importante na evolução da espécie. Nesse trabalho foi avaliado se há forças evolutivas atuando sobre a região 3´UTR do HLA-G em duas populações do Centro-Oeste brasileiro, Distrito Federal e Kalunga, cujas histórias demográficas são bem conhecidas. O Distrito Federal apresenta uma população que foi recentemente formada pela migração de pessoas advindas de várias regiões do Brasil, tornando-se uma região urbana geneticamente representativa do país. Kalunga é uma população semi-isolada rural formada basicamente por escravos fugidos e abandonados. O HLA G apresenta baixo nível de polimorfismo, distribuição e expressão restrita a tecidos/órgãos específicos e propriedades biológicas que levam a tolerância imunológica. O maior conhecimento atual sobre o HLA-G em comparação aos demais genes de classe Ib deve-se à observação de associação de alelos e padrões de expressão com abortos espontâneos recorrentes e diversas doenças. Devido à associação do gene HLA-G com várias doenças e por ele produzir respostas diferentes a cada doença, é possível pensar que esteja sob direta influência da seleção natural, sendo que no caso da região 3´UTR do HLA-G, acredita-se que esteja sob seleção balanceadora. A hipótese desse trabalho é que a região 3´UTR do gene HLA-G deve apresentar uma série de mutações, várias ainda desconhecidas, e que essa região genômica possa estar sob pressão seletiva. Para testar essa hipótese novas mutações foram buscadas e oito SNPs (single nucleotide polymorphisms) foram avaliados na região 3´UTR do gene HLA-G a partir do seqüenciamento total do éxon 8 de 61 indivíduos de Kalunga e 72 do Distrito Federal. Com os dados levantados foram avaliados parâmetros de genética de populações e a ocorrência de seleção utilizando os Teste D de Tajima, Teste F de Fu & Li e Teste D de Fu & Li, utilizando o DNASP v5.10.01 e o teste de neutralidade de Ewens–Watterson com o Pypop v0.7.0. Como resultado, uma mutação nova foi identificada na população Kalunga. As populações não mostraram diferenças significativas, para os oito loci avaliados, quanto as freqüências gênicas e genotípicas. Ambas se adequaram ao equilíbrio de Hardy-Weinberg. Foi observado forte desequilíbrio de ligação. Foram observados 11 haplótipos diferentes no Distrito Federal e na população Kalunga oito. As populações não diferiram quanto as freqüências haplotípicas. O teste F de Fu & Li e o teste de Ewens-Watterson foram significativos para ambas as populações, o teste D de Tajima foi significativo para o Distrito Federal e o teste D de Fu & Li não foi significativo para nenhuma das populações. É possível perceber que apesar de todas as diferenças contidas na história demográfica das duas populações, para a região 3´UTR do HLA-G há forças evolutivas mantendo essa região semelhante nas duas populações. Pelo teste F de Fu & Li e pelo teste de Ewens- Watterson é visto que provavelmente houve atuação de seleção balanceadora desde muito tempo até hoje. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Kimura proposed that the main evolutionary factor in human evolution is genetic drift. However, in recent years several studies have shown that natural selection may also have played an important role in the evolution of species. In this study, we assessed whether there are evolutionary forces acting on the 3'UTR region of the HLA-G in two populations of the Brazilian Center-West, Federal District and Kalunga, whose demographic histories are well known. The Federal District has a population that was recently formed by the migration of people from many different regions of Brazil, becoming an urban region genetically representative of the country. Kalunga is a semiisolated rural population basically formed by runaway and abandoned slaves. HLA G shows a low level of polymorphism, distribution and expression restricted to tissues / organs and specific biological properties that lead to immunological tolerance. The most current knowledge on the HLA-G in comparison with other class Ib genes is due to the observation of association of alleles and patterns of expression with recurrent miscarriages and various diseases. Due to the association of HLA-G gene with various diseases and for him to produce different answers to different disease it is possible to think that this region is under the direct influence of natural selection. The case of the 3'UTR of the HLA-G, it is believed that is under balancing selection. The hypothesis of this study is that the 3'UTR of the gene HLA-G should present a series of mutations, several still unknown, and that this genomic region may be under selective pressure. To test this hypothesis were sought new mutations, one InDel and seven SNPs (single nucleotide polymorphisms) were evaluated in the 3'UTR of the HLA-G gene from the total sequencing of exon 8 of 61 individuals and 72 Kalunga of the Federal District. With the data collected were evaluated parameters of population genetics and the occurrence of selection using the Tajima D test, Fu &Li F test, and Fu & Li D test, using the DNASP v5.10.01 and the test of neutrality of Ewens-Watterson with Pypop v0.7.0. As a result, a new mutation was identified in the population Kalunga. The populations showed no significant differences for the eight markers examined for allele frequency and genotype. Both fitted the Hardy-Weinberg. We observed strong linkage disequilibrium. We observed 11 different haplotypes in the Federal District and the population Kalunga eight. The populations did not differ in haplotype frequencies. The Fu &Li F test and Ewens-Watterson test were significant for both populations, the test was significant Tajima D for the Federal District and the Fu & Li D test was not significant for any population. It is possible to verify that despite all the differences included in demographic history between populations, to the 3'UTR of the HLA-G is evolutionary forces maintaining this region similar in both populations. The Fu & Li F test and the Ewens-Watterson test is seen that there was likely action of balancing selection for a long time until today.

Nesta tese investigamos modelos irreversíveis dentro do contexto da mecânica estatística de não-equilíbrio motivados por alguns problemas de dinâmicas de populações biológicas. Procuramos identificar a existência de transições de fase e as classes de universalidade às quais os modelos pertencem. Além disso, buscamos modelos que capturem as principais características dos sistemas biológicos que procuramos descrever. Encontramos a solução analítica exata para o modelo suscetível-infectado-recuperado (SIR) em uma rede unidimensional. Investigamos o modelo suscetível-infectado-recuperado com infecção recorrente. Mostramos que o modelo pertence à classe de universalidade da percolação isotrópica, salvo pelos parâmetros em que se torna o processo de contato. Obtivemos também a linha de transição entre as fases em que há e não há propagação da epidemia, através de aproximações de campo médio e por simulações de Monte Carlo do modelo na rede quadrada. Investigamos uma dinâmica para duas espécies biológicas e dois nichos ecológicos; para tanto introduzimos um modelo estocástico irreversível de quatro estados. Concluímos que o modelo oferece uma descrição para as oscilações temporais das populações das espécies e para a alternância de dominância entre estas. Para chegar a esta conclusão, utilizamos simulações de Monte Carlo do modelo na rede quadrada, aproximações de campo médio e a abordagem da equação mestra de nascimento e morte, a qual, para grandes populações, pode ser aproximada por uma equação de Fokker-Planck que é associada a um conjunto de equações de Langevin. Por fim, usando simulações de Monte Carlo, analisamos a dinâmica de duas espécies biológicas e dois nichos ecológicos incluindo difusão. Novamente verificamos que o modelo gera cenários com oscilações temporais das populações das espécies e alternância de dominância entre estas. Ademais, concluímos que modelo pertence à classe de universalidade da percolação direcionada e obtivemos o diagrama de fase. / In this thesis we investigate irreversible models within the context of nonequilibrium statistical mechanics motivated by some problems of biological population dynamics. We look for dentifying the existence of phase transition and the universality classes to which the models belong. In addition to that, we look for models that capture the main characteristics of the biological systems which we are interested in describing. We found the exact analytic solution of the susceptible-infected-recovered (SIR) model on one-dimensional lattice. We investigated the susceptible-infected-recovered model with recurrent infection. We showed that the model belongs to the isotropic percolation universality class, except for the parameters that make the model become a contact process. We obtained the transition line between the phases in which there is propagation of the epidemic and in which there is not, by means of mean-field approximations and Monte Carlo simulations on a square lattice. Furthermore, we investigated a dynamic for two biological species and ecological niches; for this purpose we introduced an irreversible stochastic model with four states. We conclude that the modoffers a description of time oscillations of the species populations and of the alternating dominance between them. To achieve this conclusion we used Monte Carlo simulations of this model on a square lattice, mean-field approximation, and the birth and death master equation approach, which for large populations can be approximated by a Fokker-Planck equation that is associated to a set of Langevin equations. Finally, using Monte Carlo simulations, we analyzed a dynamic for two biological species and ecological niches including diffusion. Again, we verified that the model generates scenarios with time oscillations of the species populations and with alternating dominance between them. Also, we conclude that the model belongs to the directed percolation universality class and we found the phase diagram.

É conhecido que a utilização repetitiva e consecutiva dos mesmos herbicidas, ou de herbicidas diferentes, porém com mesmo mecanismo de ação, exerce uma pressão de seleção sobre as populações de plantas daninhas controladas. As duas formas principais de resposta das populações de plantas daninhas resultantes da pressão de seleção dos herbicidas são a mudança da flora pela seleção de espécies de plantas daninhas tolerantes, ou a seleção de biótipos de plantas daninhas resistentes aos herbicidas. Na prática têm sido observadas, pelos produtores de cana-de-açúcar, mudanças de flora pela seleção de algumas espécies de capim-colchão (Digitaria spp), as quais não têm sido controladas eficientemente pelos herbicidas normalmente recomendados para o seu controle. Suspeita-se que estas populações selecionadas são constituídas por diferentes espécies de capim-colchão, que apresentam níveis maiores de tolerância aos herbicidas. Sendo assim, os objetivos desta pesquisa foram: (i) identificar taxonomicamente as espécies de capim-colchão infestante da cultura da cana-de-açúcar no Estado de São Paulo, e avaliar a eficácia de herbicidas no controle de Digitaria nuda a nível de campo; (ii) comparar a suscetibilidade das espécies D. nuda e D. ciliaris aos herbicidas do grupo químico das triazinas, uréias substituídas, imidazolinonas, triazinonas e aos herbicidas, cujo mecanismo de ação é a inibição da síntese de caroteno, e quantificar o nível de tolerância das espécies através da elaboração de curvas de dose-resposta; (iii) determinar, com a utilização de 14C-herbicida, a absorção e translocação pelas espécies Digitaria nuda e Digitaria ciliaris dos herbicidas diuron (via folha) e imazapyr e metribuzin (via raiz). A identificação das espécies de capim-colchão (Digitaria spp) foi efetuada seguindo chave de identificação existente na literatura. No estudo da eficácia de herbicidas no controle de Digitaria nuda a nível de campo, foram utilizados oito tratamentos herbicidas, aplicados em condições de pré-emergência. As avaliações de controle foram realizadas aos 15, 30 e 60 dias após a aplicação (DAA). O estudo da eficácia de herbicidas no controle das espécies Digitaria nuda e Digitaria ciliaris, foram conduzidos em casa-de-vegetação. Foram utilizados oito tratamentos herbicidas, aplicados em condições de pré-emergência. As avaliações de controle foram realizadas aos 14 e 21 (DAA). O estudo do nível de tolerância foi realizado em casa-de-vegetação do Departamento de Produção Vegetal da ESALQ/USP, Piracicaba/SP, através de curvas de dose-resposta. Os estudos de absorção e translocação foram conduzidos em câmara de crescimento, e as análises realizadas no Laboratório de Ecotoxicologia do Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA/USP), em Piracicaba, SP, utilizando-se 14C-herbicida, medindo-se a radioatividade em diferentes partes das plantas. Os resultados permitiram concluir que: (i) a espécie Digitaria nuda foi selecionada pela aplicação repetitiva dos herbicidas utilizados no controle de capim-colchão na cultura da cana-de-açúcar; demonstrando ser mais tolerante aos herbicidas dos grupos químicos das imidazolinonas e uréias substituídas, quando comparada à Digitaria ciliaris; (ii) a partir das curvas de dose-resposta, pode ser verificado que a Digitaria nuda demonstrou ser mais tolerante que a Digitaria ciliaris aos herbicidas diuron, imazapyr e tebuthiuron; (iii) a absorção e translocação não foram os mecanismos responsáveis pela tolerância apresentada pela Digitaria nuda aos herbicidas diuron e imazapyr. / It is known that the repetitive and successive use of the same or differents herbicides, but with same mechanism of action, impose a selection pressure on the weed population controled. The two main forms of weed population response resulted from the selection pressure of the herbicide is, weed species shifts, through selection of the tolerant species of weed, or selection of resistant biotipes within the population. It has been observed by sugarcane growers weed species shifts whitin the genus (Digitaria spp). It is suspected that the populations selected are constituted by different crabgrass species, with higher level of herbicide tolerance. The objectives of the research were: (i) identify taxonomically the crabgrass infesting the sugarcane crop in São Paulo state – Brazil, and to study herbicide efficacy in the control of the Digitaria nuda in field conditions; (ii) compare the susceptibility of D. nuda and D. ciliaris to herbicides of the chemical groups triazine, substituted urea, imidazolinone, triazinone, and inhibitors of carotene synthesis, and quantify the level of susceptibility of the species, through dose-response curves; (iii) determine, by using 14C-herbicide, the absorption and translocation by the species Digitaria nuda and Digitaria ciliaris of herbicides diuron (by leaf), and imazapyr and metribuzin (by root). The identification of the crabgrass species (Digitaria spp) was carry out following a identification key published in the literature. In the study of herbicides efficacy in the control of Digitaria nuda in field conditions, eight herbicide treatments, applied in pre-emergence were used, and the control percentage was evaluated at 15, 30 and 60 days after herbicide application (DAA). The study of herbicide efficacy to control the species Digitaria nuda and Digitaria ciliaris were conducted in greenhouse. Eight herbicide treatments, applied in pre-emergence were used, and the control percentage was evaluated at 14 and 21 days after herbicide application (DAA). The study of the level of tolerance was conducted in the greenhouse of the Department of Crop Science, University of São Paulo, Piracicaba/SP – Brazil, through dose-response curves; The study of absorption and translocation were conducted in a growth chamber, and the 14C-herbicide analysis was done in the Laboratory of Ecotoxicology of the Center of Nuclear Energy Applied to Agriculture, Piracicaba/SP, Brazil, using 14C-herbicide, measuring radioactivity in different plant parts. The results allowed to conclud that: (i) the specie Digitaria nuda was selected by repetitive applications of the herbicides used in the control of the crabgrass in the sugarcane crop, showing that the specie is more tolerant to the herbicides of the chemical group of imidazolinone and substituted urea, when compared to Digitaria ciliaris; (ii) From the dose-response curves study, it was observed that Digitaria nuda showed more tolerance than Digitaria ciliaris to the herbicides diuron, imazapyr and tebuthiuron; (iii) The absorption and translocation were not the mechanism responsible for the tolerance showed by Digitaria nuda to the herbicides diuron and imazapyr.